CN112195228B - X-str荧光扩增体系、试剂盒及应用 - Google Patents
X-str荧光扩增体系、试剂盒及应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN112195228B CN112195228B CN202011040150.7A CN202011040150A CN112195228B CN 112195228 B CN112195228 B CN 112195228B CN 202011040150 A CN202011040150 A CN 202011040150A CN 112195228 B CN112195228 B CN 112195228B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- artificial sequence
- amplification system
- dna
- str
- kit
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种X‑STR荧光扩增体系、试剂盒及应用，扩增体系中包括对应于X染色体上28个X‑STR位点及一个Amel位点的29对引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1‑58所示。本发明所述设计的扩增体系中所对应的X染色体中的28个STR位点包含了多个X染色体的连锁群，不仅仅检测位点数量多，且分布在X染色体短臂、着丝点和长臂，故能有效的提高检测的精准度，尤其是能够更好的满足公安、司法机关对于X‑STR检测的高要求的应用需求。
Description
技术领域
本发明属于生物检测技术领域，具体涉及一种X-STR荧光扩增体系、试剂盒及应用。
背景技术
短串联重复(Short tandem repeats,STR)，是目前应用于法医DNA分型研究的主流遗传标记。人类基因组STR(短串联重复序列)是以少数几个碱基为核心单位，串联重复形成的DNA遗传标记。不同种族、不同人群甚至不同个体之间的区分是通过核心单位序列和重复数的差异，这也构成了STR的遗传多态性。在基因组中，平均每15～20kb就有一个STR位点，占基因组的10％，多存在于非编码区及内含子中，重复单位为2～6bp，重复次数10～60次，片段大小在70～500bp，并按孟德尔规律呈共显性遗传。因此STR复合扩增检测技术可以广泛应用于法医个体识别、亲子鉴定等领域。
在人类的23对染色体中，其中一对为性别染色体即为X染色体和Y染色体。X染色体全长为155Mb，拥有1100个基因，占人类基因座的大约5％。人类女性有两条X染色体，而男性只有一条，因此X染色体遗传标记在基因传递上表现为性连锁遗传和交叉遗传，即母亲的两条X染色体上的等位基因可随机传递给其子女，而父亲则只能将其X染色体的基因传递给女儿，其X染色体来源必定也来自于祖母。近年来，随着各种复杂亲缘关系鉴定案件的不断增多，X-STR遗传标记因具有这种独一无二的遗传方式和结构特征使得其在法医亲权鉴定中的父女单亲、缺失父母的同胞姐妹认亲、隔代认亲、乱伦关系鉴定、强奸案件的鉴定以及与X染色体相关的遗传疾病的鉴定等中发挥了常染色体、Y染色体和线粒体遗传标记所不能替代的作用，并逐渐成为法医DNA工作中一项行之有效的工具。
目前，国际上认可通用的试剂盒仅有几家可供选择，另外X染色体相关的专利数量也比较少。现有技术主要针对X染色体上的少数STR位点进行检测，且在遗传多态性、个体识别力和检测的准确性上有一定欠缺，因此有必要开发一种位点数量多、遗传多态性高、个体识别力强的X-STR试剂盒。
发明内容
针对上述问题，本发明提出一种一次性能检测28个X-STR基因座及1个Amel基因座的复合扩增体系。
实现上述技术目的，达到上述技术效果，本发明通过以下技术方案实现：
本发明提供了一种X-STR荧光扩增体系，包括对应于X染色体上28个X-STR位点及一个Amel位点的29对引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1-58所示；其中，所筛选的28个X-STR为：DXS6795、DXS6803、DXS6807、DXS9907、DXS7423、DXS10103、Amel、GATA172D05、DXS101、DXS9902、DXS7133、DXS6810、DXS7132、GATA31E08、DXS6800、DXS981、DXS10162、DXS6809、DXS10074、GATA165B12、DXS10079、DXS10135、HPRTB、DXS10101、DXS8378、DXS10159、DXS7424、DXS10134、DXS6789。
作为本发明的进一步改进，各对引物的浓度如下表所示：
作为本发明的进一步改进，还包括五种荧光标记素，被扩增的基因被划分为五组，不同荧光标记素分别用于标记被划分的不同组的基因，基因的分组及与荧光标记素对应关系如下表所示：
| 荧光标记素 | 基因分组情况 |
| FAM | DXS6795、DXS6803、DXS6807、DXS9907、DXS7423、DXS10103 |
| HEX | Amel、GATA172D05、DXS101、DXS9902、DXS7133、DXS6810、DXS7132 |
| TAMRA | GATA31E08、DXS6800、DXS981、DXS10162、DXS6809、DXS10074 |
| ROX | GATA165B12、DXS10079、DXS10135、HPRTB、DXS10101 |
| TET-592 | DXS8378、DXS10159、DXS7424、DXS10134、DXS6789 |
。
作为本发明的进一步改进，还包括PCR预混液，所述PCR预混液成分包括：2.5mM硫酸铵，50mM氯化钾，0.3mg/ml BSA，6.00％DMSO，35mM pH 8.0的Tris-HCl，2mM镁离子，10mMBrij58，0.1mol/L Betaine，0.2mM dNTP以及1U Taq DNA聚合酶，0.25U UDG酶，体积分数为0.25～1％的甘油，体积分数为0.5～1％的PEG20000，体积分数为0.5～1％的PEG5000，0.1ng/ul大豆甾醇A。
进一步的，本发明还提供了所述的荧光扩增体系制作的试剂盒。
进一步，本发明还涉及将前述的试剂盒在法医DNA鉴定中的应用。
进一步，本发明还涉及将前述的试剂盒在祖源分析中的应用。
本发明的有益效果：本发明所述设计的扩增体系中所对应的X染色体中的28个STR位点包含了多个X染色体的连锁群，不仅仅检测位点数量多，且分布在X染色体短臂、着丝点和长臂，故能有效的提高检测的精准度，尤其是能够更好的满足公安、司法机关对于X-STR检测的高要求的应用需求。
附图说明
图1为本发明的扩增体系与国际标准品的扩增效果，(a)9948扩增效果图，(b)9947扩增效果图，(c)本发明的扩增体系扩增效果图；
图2为采用不同方式所提取的DNA测试图谱，(a)Chelex提取法，(b)磁珠提取法，(c)血卡，(d)毛囊，(e)唾液卡；
图3为反复冻融测试结果图；
图4为灵敏度测试结果图；
图5为鼠源3T3细胞系检测结果图；
图6为抑制能力检测结果图；
图7为亲子鉴定检测结构，(a)父亲扩增图谱，(b)女儿扩增图谱。
具体实施方式
为了使本发明的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合实施例，对本发明进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本发明，并不用于限定本发明。
1)X-STR位点的筛选：
本发明所筛选的28个X-STR的遗传数据统计见结果(表1)。
表1：本发明所采用的28个X-STR的遗传数据统计表
2)引物设计：
所述引物采用Prime Premier5和NCBI Blast等软件设计而成，设计引物时应当确保各引物的Tm值在(60±2)℃的范围内，扩增效率接近并确保各对引物的扩增产物大小不同并足以在毛细管电泳中区分开。设计完成后，用AutoDimer等软件分析引物二聚体和不同引物之间的相互作用，如果有相互作用可产生非特异性产物或者二聚体的需要重新设计，直到得到符合要求的引物序列。具体引物信息如下表2。
表2：引物序列信息
3)六色荧光标记的确定：
将上述的29对引物分为5组，并用5种不同的荧光标记素对每组引物进行标记，具体的分组情况如表3所示：
| 荧光标记素 | 基因分组情况 |
| FAM | DXS6795、DXS6803、DXS6807、DXS9907、DXS7423、DXS10103 |
| HEX | Amel、GATA172D05、DXS101、DXS9902、DXS7133、DXS6810、DXS7132 |
| TAMRA | GATA31E08、DXS6800、DXS981、DXS10162、DXS6809、DXS10074 |
| ROX | GATA165B12、DXS10079、DXS10135、HPRTB、DXS10101 |
| TET-592 | DXS8378、DXS10159、DXS7424、DXS10134、DXS6789 |
4)引物浓度的确定：
得到荧光标记引物后，用其相配对的非荧光引物组合，然后分别进行单重扩增，将扩增产物置于3500遗传分析仪上进行毛细管电泳，根据毛细管电泳检测的结果来评估每对引物的扩增效率。其后，将同一荧光标记的5对或6对或7对引物混合置于同一管中扩增，将扩增产物置于3500遗传分析仪上进行毛细管电泳，根据毛细管电泳检测的结果来确定每对引物的扩增效率，以及判断该5对或6对或7对引物混合扩增是否引起非特异性。最后，根据单重扩增及组合扩增的毛细管电泳结果来初步确定各引物对的加入量，将29对引物混合置于同一管中扩增，再根据复合扩增的电泳结果来调整各自的浓度，使各引物对的扩增效率(反应在电泳结果的峰高上)基本一致为准。最终确定的29对引物序列和浓度比例(引物浓度值是在PCR扩增体系中的引物浓度)，所确定的扩增体系中29对引物的浓度详见表4。
表4：扩增体系中引物浓度
针对上述29个基因位点设计特异性引物，其扩增产物的长度范围为85-550bp之间。本发明的检测组分中内标采用Orange橙色物标记，能够明确地标记区分出检测样本各个基因座位点的大小。
5)扩增反应体系其它组份的优化：
通过多次反复实验来确定29个位点复合扩增体系中的PCR预混液各成分的浓度，包括2.5mM硫酸铵，50mM氯化钾，0.3mg/ml BSA，6.00％DMSO，35mM pH 8.0的Tris-HCl，2mM镁离子，10mM Brij58，0.1mol/L Betaine，0.2mM dNTP以及1U Taq DNA聚合酶，0.25U UDG酶，体积分数为0.25～1％的甘油，体积分数为0.5～1％的PEG20000，体积分数为0.5～1％的PEG5000，0.1ng/ul大豆甾醇A。
6)反应条件的确定：
经过大量实验摸索了反应程序的变性、退火及延伸的温度和时间范围，认为在以下条件下(见表5)进行的扩增可以得到较好的结果：表5聚合酶链式反应扩增条件
结果验证
(1)检测设备和方法
毛细管电泳检测：将检测组分的内标(QD550)和甲酰胺按比例3:100混合，取10ul混合物加入到96孔板，再加入扩增产物样品或者是等位基因标准物1μl，混合静置数分钟，95℃变性3min，立即冰浴3min，离心后放入ABI3500测序仪上，进行检测。之后采用GeneMapperR ID-X软件分析得到的数据并生成图谱。
测试一：将本发明所设计的扩增体系与现有技术中市售常见试剂盒的对比如表6所示。
表6：现有的X-STR复合扩增体系与本发明扩增体系对比
测试二：扩增结果准确性，以国际参考品9947和9948为模板，将本发明与现有技术中市售常见试剂盒测试结果进行分型统计对比
表7：9947扩增结果分型统计
表8：9948扩增结果分型统计
由图1和表7-8的统计的结果可以看出，对于同一位点，不同的试剂盒对同一个参考品的检测结果即分型是一样的，以此可以说明我们发明的准确性，系统特异性和稳定性好。在后续的反复验证多次，无非特异扩增产物产生，信号强度稳定。另相比于对照组，本发明的PCR扩增体系采用单管扩增29个位点，PCR扩增时间在1小时之内，检测周期短。
测试三：由图2通过从不同检材样本中所进行的测试可以看出，更高的样本适用性，适用于多种免提取型检材，血卡，唾液卡，毛囊等均可以直接扩增。
测试四：图3为采用反复冻融测试所获得的图谱，可以看出反复冻融十次未发生变化。由此可以看出系统特异性和稳定性好，经过反复验证多次，无非特异扩增产物产生，信号强度稳定。
测试五：如图4所示的灵敏度测试，灵敏度高，低至0.0625ng的DNA模板量可以得到准确分型，不丢点。
测试六：由图5所显示的鼠源3T3细胞系的测试结果可以看出，其结构为出现非特异条带。并将本发明扩增体系用于对包括猪，牛，羊，鸡，鸭，马，大鼠，小鼠，鸽子，犬及猴源细胞均没有检测出特异性，由此可以看出该扩增体系适用于物种特异性检测准确。
测试七：图6为在240mmol/L靛蓝与1ng/uL模板混合中，取1uL扩增检测得到的图谱，有图谱可以看出能够完整检出所有位点，由此可知该扩增体系抗多种抑制剂，适用于案件现场样本检材。
测试八：图7和表9为对应的将扩增体系用于祖源分析所得到的结果：
表9：女儿和父亲基因分型
由图7和表9所给出的检测结果可以确定女儿的基因分型有一半和父亲基因分型相同，因此不排除这两组基因存在父女关系。
以上显示和描述了本发明的基本原理和主要特征和本发明的优点。本行业的技术人员应该了解，本发明不受上述实施例的限制，上述实施例和说明书中描述的只是说明本发明的原理，在不脱离本发明精神和范围的前提下，本发明还会有各种变化和改进，这些变化和改进都落入要求保护的本发明范围内。本发明要求保护范围由所附的权利要求书及其等效物界定。
序列表
<110> 苏州阅微基因技术有限公司
<120> X-STR荧光扩增体系、试剂盒及应用
<160> 58
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
aacctctcat gaatcccatg ttaca 25
<210> 2
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ctggagagga ggttttcagc tccta 25
<210> 3
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
gaacatatgc tactttatct cga 23
<210> 4
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
gcatataaat tttgaattaa ag 22
<210> 5
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
ccaatgcatg catgttcaca taact 25
<210> 6
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
agttctccct tatccacagg agata 25
<210> 7
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
ttctcccatc tcagcctcct g 21
<210> 8
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
acaaaggatg ttaaagcatc atc 23
<210> 9
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
gatttatcct gtactactgg aggtg 25
<210> 10
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
atctcccaac ctgcccttta tcacc 25
<210> 11
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
gtagttaggc atccttcaat ctg 23
<210> 12
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
ctccagggaa acagaacca 19
<210> 13
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
ccctgggctc tgtaaagaat a 21
<210> 14
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
atcagagctt aaactgggaa gctg 24
<210> 15
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
tactgtttaa ccagtacaaa gtt 23
<210> 16
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
atagatatag gtattgatat ag 22
<210> 17
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
acaaagataa tacacacata ttcat 25
<210> 18
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
agtgagcata catacatgta tct 23
<210> 19
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
aagagaagca ggaatttttt tgt 23
<210> 20
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
attgatgatg tctattgcat 20
<210> 21
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
taatatctcc acttccaaaa gggga 25
<210> 22
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
gttcaccttt ccgagtcttc ttata 25
<210> 23
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
acctcaggtg atccacctgc ctcg 24
<210> 24
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
catagcttag caaacagctg tatg 24
<210> 25
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
gtactattgc ttttggccta tt 22
<210> 26
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
gtatgacgac attagagagc caata 25
<210> 27
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
tgtttatcat actagatata gata 24
<210> 28
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
agatacatgt atgtatgctc act 23
<210> 29
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
tagaaaagaa cctacgttga 20
<210> 30
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
agagggccta ttgtggga 18
<210> 31
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
aagtcaccac catattgttc cttga 25
<210> 32
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
ggaaaagaag tagacatact tc 22
<210> 33
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
ttccacccat cactaagcag tttca 25
<210> 34
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
ggttatcccc agttaaaagc tagaa 25
<210> 35
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
tctggagaat ccaattttgc 20
<210> 36
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
ggcctcactt aatggatgaa gca 23
<210> 37
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 37
ttcatgcagg aactttgg 18
<210> 38
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 38
acgtaactca ttgatgcctt gtg 23
<210> 39
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 39
ctgatatacg gatagatgat tg 22
<210> 40
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 40
aacttttaaa gcatacacag tg 22
<210> 41
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 41
ctgggtgacc aagtgagacc aa 22
<210> 42
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 42
gaacttttgc atcaataatc at 22
<210> 43
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 43
gaaactaaag tcaaatgggg ctaca 25
<210> 44
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 44
catgggaata cctggatcta gcca 24
<210> 45
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 45
gtagtttctt aaagtgtctc 20
<210> 46
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 46
atacacatcc ccattcctg 19
<210> 47
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 47
tgttgaagct gggtgat 17
<210> 48
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 48
agcgaaactc caactcaa 18
<210> 49
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 49
ctccttaggc aacccggtg 19
<210> 50
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 50
agcgaaactc caactcaa 18
<210> 51
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 51
cattgcactc caacctggat 20
<210> 52
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 52
tgacatgttg ctggatttgg 20
<210> 53
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 53
gtatttggga agctgaggtg g 21
<210> 54
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 54
tagtcccagg tatttgggaa gc 22
<210> 55
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 55
ggtgggagga ttgcttga 18
<210> 56
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 56
gctgatggac atttgggt 18
<210> 57
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 57
gatccctaga gggacagaac caata 25
<210> 58
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 58
tgtaacagtg ttgccaaagg agatt 25
Claims (6)
1.一种X-STR荧光扩增体系，其特征在于：包括对应于X染色体上28个X-STR位点及一个Amel位点的29对引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1-58所示；其中，所述的28个X-STR为：DXS6795、DXS6803、DXS6807、DXS9907、DXS7423、DXS10103、GATA172D05、DXS101、DXS9902、DXS7133、DXS6810、DXS7132、GATA31E08、DXS6800、DXS981、DXS10162、DXS6809、DXS10074、GATA165B12、DXS10079、DXS10135、HPRTB、DXS10101、DXS8378、DXS10159、DXS7424、DXS10134、DXS6789；
所述X-STR荧光扩增体系，还包括五种荧光标记素，被扩增的基因被划分为五组，不同荧光标记素分别用于标记被划分的不同组的基因，基因的分组及与荧光标记素对应关系如下表所示：
。
2.根据权利要求1所述的荧光扩增体系，其特征在于：各对引物的浓度如下表所示：
3.根据权利要求1所述的荧光扩增体系，其特征在于：还包括PCR预混液，所述PCR预混液成分包括：2.5mM硫酸铵，50mM氯化钾，0.3mg/ml BSA，6.00％DMSO，35mM pH 8.0的Tris-HCl，2mM镁离子，10mM Brij58，0.1mol/L Betaine，0.2mM dNTP以及1U Taq DNA聚合酶，0.25U UDG酶，体积分数为0.25～1％的甘油，体积分数为0.5～1％的PEG20000，体积分数为0.5～1％的PEG5000，0.1ng/ul大豆甾醇A。
4.包含根据权利要求1-3任一项所述的荧光扩增体系的试剂盒。
5.如权利要求4所述的试剂盒在法医DNA鉴定中的应用。
6.如权利要求4所述的试剂盒在祖源分析中的应用。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202011040150.7A CN112195228B (zh) | 2020-09-28 | 2020-09-28 | X-str荧光扩增体系、试剂盒及应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202011040150.7A CN112195228B (zh) | 2020-09-28 | 2020-09-28 | X-str荧光扩增体系、试剂盒及应用 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN112195228A CN112195228A (zh) | 2021-01-08 |
| CN112195228B true CN112195228B (zh) | 2022-02-22 |
Family
ID=74007614
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202011040150.7A Active CN112195228B (zh) | 2020-09-28 | 2020-09-28 | X-str荧光扩增体系、试剂盒及应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN112195228B (zh) |
Families Citing this family (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN113046430B (zh) * | 2021-03-15 | 2022-02-01 | 北京阅微基因技术股份有限公司 | 一种染色体非整倍体数目异常的扩增组合物及其应用 |
| CN115896354B (zh) * | 2022-12-20 | 2023-08-25 | 上海雄图生物科技有限公司 | 一种同时检测25种禽类疫病病原体的复合扩增引物组及试剂盒 |
Citations (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN101956004A (zh) * | 2010-08-13 | 2011-01-26 | 司法部司法鉴定科学技术研究所 | 一种荧光标记的16重x-str基因座复合扩增系统及其应用 |
| WO2014009578A1 (es) * | 2012-07-10 | 2014-01-16 | Universidad De Cantabria | Método para la obtención del perfil genético de un individuo mediante el análisis de loci de cromosoma x |
| CN104059980A (zh) * | 2014-06-30 | 2014-09-24 | 无锡中德美联生物技术有限公司 | 人x染色体dna19个基因座复合扩增试剂盒及应用 |
| CN105177125A (zh) * | 2015-08-21 | 2015-12-23 | 苏州阅微基因技术有限公司 | 人类x染色体20个短串联重复序列复合扩增体系及应用 |
| WO2019028189A2 (en) * | 2017-08-01 | 2019-02-07 | Human Longevity, Inc. | DETERMINING THE STR LENGTH BY SHORT READ SEQUENCING |
| CN110066791A (zh) * | 2018-01-24 | 2019-07-30 | 深圳华大法医科技有限公司 | 一种同步检测21个基因位点的六色荧光str分型方法及其专用试剂盒 |
| CN111088329A (zh) * | 2019-12-20 | 2020-05-01 | 苏州阅微基因技术有限公司 | 荧光复合扩增体系、试剂盒及其应用 |
-
2020
- 2020-09-28 CN CN202011040150.7A patent/CN112195228B/zh active Active
Patent Citations (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN101956004A (zh) * | 2010-08-13 | 2011-01-26 | 司法部司法鉴定科学技术研究所 | 一种荧光标记的16重x-str基因座复合扩增系统及其应用 |
| WO2014009578A1 (es) * | 2012-07-10 | 2014-01-16 | Universidad De Cantabria | Método para la obtención del perfil genético de un individuo mediante el análisis de loci de cromosoma x |
| CN104059980A (zh) * | 2014-06-30 | 2014-09-24 | 无锡中德美联生物技术有限公司 | 人x染色体dna19个基因座复合扩增试剂盒及应用 |
| CN105177125A (zh) * | 2015-08-21 | 2015-12-23 | 苏州阅微基因技术有限公司 | 人类x染色体20个短串联重复序列复合扩增体系及应用 |
| WO2019028189A2 (en) * | 2017-08-01 | 2019-02-07 | Human Longevity, Inc. | DETERMINING THE STR LENGTH BY SHORT READ SEQUENCING |
| CN110066791A (zh) * | 2018-01-24 | 2019-07-30 | 深圳华大法医科技有限公司 | 一种同步检测21个基因位点的六色荧光str分型方法及其专用试剂盒 |
| CN111088329A (zh) * | 2019-12-20 | 2020-05-01 | 苏州阅微基因技术有限公司 | 荧光复合扩增体系、试剂盒及其应用 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN112195228A (zh) | 2021-01-08 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US20070031845A1 (en) | Compositions, methods and systems for inferring bovine breed | |
| CN111088329B (zh) | 荧光复合扩增体系、试剂盒及其应用 | |
| CN110578009B (zh) | 一种包含人类X染色体40个InDel遗传多态性位点的复合扩增检测试剂盒 | |
| CN112195228B (zh) | X-str荧光扩增体系、试剂盒及应用 | |
| CN116397032B (zh) | 与水牛体重生长性状相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN113502335A (zh) | 一种与绵羊生长性状相关的分子标记及其应用 | |
| CN108060240A (zh) | 一种用于插入缺失多态性检测的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 | |
| CN107841566B (zh) | 快速突变y染色体短串联重复序列的复合扩增体系、试剂盒及应用 | |
| CN115851983A (zh) | 基因芯片及绵羊的snp位点组合在分析绵羊生长相关性状中的应用 | |
| CN106701988A (zh) | 用于检测短串联重复序列的引物、试剂盒及方法 | |
| CN110878376B (zh) | 用于鉴定霍山石斛的ssr分子标记引物及其应用 | |
| CN117144017B (zh) | 与鸡生长性状相关的分子标记及其应用 | |
| CN109136384A (zh) | 同时分析牛基因组dna16个基因座的荧光检测试剂盒 | |
| CN111575386B (zh) | 一种检测人y-snp基因座的荧光复合扩增试剂盒及应用 | |
| CN115992251A (zh) | 一种与湖羊生长性状相关的分子标记及应用 | |
| CN105368941B (zh) | 一种用于奶牛生产寿命辅助选择的分子标记检测方法 | |
| CN108060233B (zh) | 30个y染色体str基因座的荧光复合扩增体系、试剂盒及应用 | |
| CN114606335A (zh) | 玉米抗甘蔗花叶病毒病基因的kasp分子标记的开发及应用 | |
| CN114317810B (zh) | 一种鉴别谷子叶酸性状的snp位点、kasp分子标记引物组及其应用 | |
| CN110592237A (zh) | 一种用于检测浙东白鹅体重性状的引物、探针、试剂盒及其检测方法 | |
| CN116103386B (zh) | 一种筛选upd发病相关染色体str的复合扩增体系及其应用 | |
| CN116790783B (zh) | 两种强寄生性蜜环菌通用多态性微卫星分子标记及其引物与应用 | |
| CN113403406B (zh) | 一种x染色体str基因座的复合扩增体系及试剂盒 | |
| CN116479142A (zh) | 一种用于犬基因分型的引物组、检测体系、试剂盒及其应用 | |
| CN117904315A (zh) | 一种用于猫str标记位点扩增引物组及试剂盒 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |