CN112094924A - 一种以myst2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记及其检测方法和应用 - Google Patents

一种以myst2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记及其检测方法和应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记及其检测方法和应用，本发明的一种以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记，所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。本发明有益效果为：可以用于开发成诊断方法或试剂盒，在育种计划中利用这些方法或试剂盒来选留MYST2基因含有AA基因型的大白猪个体作为种畜，从而提高大白猪后代的瘦肉率与平均日增重。

Description

一种以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标 记及其检测方法和应用
技术领域
本发明涉及猪遗传标记制备技术领域，具体涉及一种以MYST2 (MYST组蛋白乙酰转移酶2)基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记。
背景技术
我国是传统的养猪及猪肉消费大国，养猪业在我国畜牧业中占有极为重要的地位，积极合理提高猪生长速度及瘦肉率能够为人们提供更多优质肉制品，改善人们的生活，尤其值得关注和研究。因此，发掘及筛选与猪生长速度及瘦肉率相关的基因，对于我国积极参与国际上猪基因产权的争夺和进一步利用这些基因改进我国养猪生产具有重要的意义。随着分子生物学技术的兴起和迅速发展，发展了常规育种与分子标记辅助选择(MAS)相结合的方法，可以有效地加快猪生长速度及瘦肉率性状的选择进展。目前市场上还未见关于利用猪 MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记，进行大白猪瘦肉率和平均日增重标记辅助选育的报道。
发明内容
本发明的目的在于针对大白猪现有标记辅助选育技术的不足，提供一种以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记，采用上述技术方案后，可以用于开发成诊断方法或试剂盒，从而在育种计划中利用这些方法来选择携带有利基因型的大白猪，从而可以达到较好的选择效果；通过选留MYST2基因位点含有AA基因型的猪个体作为种畜，可以提高大白猪瘦肉率和平均日增重。
为实现上述目的，本发明采用以下技术方案是：本发明的一种以 MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记，其特征在于：所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。所述的核苷酸序列中的N是g或a，导致PCR-PstI-RFLP基因型多态性。
进一步地，所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记的PCR扩增的特异引物包含第一引物，所述的第一引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。
进一步地，所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记的PCR扩增的特异引物包含第二引物，所述的第二引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。
本发明的一种所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记的检测方法，包括如下步骤：
(1)从猪耳组织中提取基因组DNA，根据猪MYST2基因序列和所述的两条遗传标记特异引物，用该两条引物在猪基因组DNA 中进行PCR扩增，得到PCR产物；
(2)将步骤(1)中得到的PCR产物用PstI限制性内切酶酶切，在2％的含有溴化乙锭的琼脂糖凝胶电泳检测酶切结果，凝胶成像系统观察并记录基因型；根据条带差异，可分为三种基因型，具有282bp、 164bp两条带的是AA型，只有446bp一条带的是BB型，同时具有446bp、282bp、164bp三条带的是AB型。
进一步地，在步骤(1)中，所述的PCR程序为：94℃4min，35 个循环94℃50s，58℃45s，72℃50s，然后72℃10min，最后4℃终止反应，PCR反应体系为：2.0μL DNA(100ng)，2.5μL 2mM mixed dNTPs，2.5μL 10×Taq DNApolymerase buffer，2.5μL 25mM MgCl2， 1μL 20μM第一引物，1μL 20μM第二引物，2unit of Taq DNA polymerase(1U/μL)，11.5μL无菌水。
进一步地，在步骤(2)中，所述的PCR产物PstI酶切反应体系为：10μL PCR产物，7μL无菌水，1μL Pst I(10U),2μL10×buffer， PCR产物PstI酶切反应条件为：混合物在37℃恒温培养箱培养4h。
本发明所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记在长大的二元母猪产仔数性状标记辅助选择中的应用。
有益效果：本发明可以用于开发成诊断方法或试剂盒，从而在育种计划中利用这些方法来选择携带有利等基因型的大白猪，从而可以达到较好的选择效果；通过选留大白猪MYST2基因含有AA基因型的个体作为种畜，可以提高大白猪后代的瘦肉率和平均日增重。
附图说明
为了更清楚地说明本发明使用的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍。
图1是猪MYST2基因mRNA2872-bp处G-A突变的示意图；
图2是猪MYST2基因PCR-PstI-RFLP分型检测结果的示意图。
附图说明：图2中：M为DL2000分子标志；AA基因型的片段大小分别为282bp、164bp；AB基因型的片段大小分别为446bp、 282bp、164bp；BB基因型的片段大小为446bp。
具体实施方式
下面结合附图对本发明内容作进一步详细说明。
本发明的附图和实施例，是对本发明的具体实施方式进行更加详细地说明，以便能够更好地理解本发明的方案以及其各个方面的优点，而不是对本发明的限制。
实施例1
本发明的一种以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记，其特征在于：所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记的核苷酸序列如SEQID No.1所示。所述的核苷酸序列中的N是g或a，导致PCR-PstI-RFLP基因型多态性。 SEQ IDNo.1：
tcttggtggaaggggatggaacactacttttggcctcaccagaacgtgcccggcagtaaatgtttt cttctctttactccctgcccctttttacgtttgcaggtgccaaagtaatggccagttctccctttcatgctgcct gttaaactggttaattagactgcaNaaaccttttctcctgtccccggctgctctagcacacctctccctgca catgcattgcattgctcttgtctgaacatcctcggagaagtgattgaaagtgacttccttatctcagaccatg actcggcaaggcagagtggccacccctgccaaggtttgcttctctttgcaccagtgcctcaccctccctct aggacgaaagtgctcatgcccttccaagaactcctcctccatttcctttttgggacttggcaccctcccccccattctctggcctccta；
所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记的PCR扩增的特异引物包含第一引物，所述的第一引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。
SEQ ID No.2为5′-TCTTGGTGGAAGGGGATG-3′。
2、所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记的PCR扩增的特异引物包含第二引物，所述的第二引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。SEQ ID No.3为 5′-TAGGAGGCCAGAGAATGG-3′。
本发明的一种所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记的检测方法，包括如下步骤：
(1)从猪耳组织中提取基因组DNA，根据猪MYST2基因序列和所述的两条遗传标记特异引物，用该两条引物在猪基因组DNA 中进行PCR扩增，得到PCR产物；所述的PCR程序为：94℃4min， 35个循环94℃50s，58℃45s，72℃50s，然后72℃10min，最后4℃终止反应，PCR反应体系为：2.0μL DNA(100ng)，2.5μL 2mM mixed dNTPs，2.5μL 10×Taq DNA polymerasebuffer，2.5μL 25mM MgCl2， 1μL 20μM第一引物，1μL 20μM第二引物，2unit of Taq DNApolymerase(1U/μL)，11.5μL无菌水。
(2)将步骤(1)中得到的PCR产物用PstI限制性内切酶酶切，在2％的含有溴化乙锭的琼脂糖凝胶电泳检测酶切结果，凝胶成像系统观察并记录基因型；根据条带差异，可分为三种基因型，具有282bp、 164bp两条带的是AA型，只有446bp一条带的是BB型，同时具有446bp、282bp、164bp三条带的是AB型。所述的PCR产物PstI酶切反应体系为：10μL PCR产物，7μL无菌水，1μL Pst I(10U),2μL10 ×buffer，PCR产物PstI酶切反应条件为：混合物在37℃恒温培养箱培养4h。
本发明所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记在长大的二元母猪产仔数性状标记辅助选择中的应用。
试验例1
通过上述方法制备的遗传标记应用于大白猪瘦肉率和平均日增重的关联选择：
为了确定猪MYST2基因PCR-PstI-RFLP多态性位点与大白猪瘦肉率和平均日增重差异是否相关，选择150头180日龄的大白猪群为试验材料，采用上述步骤(1)、步骤(2)建立的PCR-PstI-RFLP 方法进行多态性检测，并分析猪不同基因型与活体瘦肉率和平均日增重的相关关系。采用SAS统计软件GLM程序进行单标记方差分析并进行显著性检验，所采用模型为：Yij＝μ+Gi+Sj+bijX+Eij，其中Yij为性状表现值，μ为平均值，Gi为基因型效应(包括加性效应和显性效应，加性效应用1、0、-1分别代表AA、AB、BB基因型，显性效应用1、-1、1代表AA、AB、BB基因型)，Sj为性别效应， bij为活体体重的回归系数，X为活体体重，Eij为残差。
在150头大白猪群中进行了不同基因型与活体瘦肉率和平均日增重间关联分析，统计分析结果总结于表1。MYST2基因型与大白猪活体瘦肉率和平均日增重的关联分析如表1所示：
表1
Figure BDA0002736400780000061
注：以上数值为最小二乘均值±标准误；肩注小写字母表示差异水平差异极显著(P<0.01)。
由表1可以看出，在大白猪中，基因型AA个体的活体瘦肉率和平均日增重极显著高于BB基因型个体(P<0.01)。通过选留MYST2 基因含有AA基因型的猪个体作为种畜，可以提高大白猪后代的瘦肉率和平均日增重。
采用上述技术方案后，本发明有益效果为：可以用于开发成诊断方法或试剂盒，从而在育种计划中利用这些方法来选择携带有利基因型的猪，从而可以达到较好的选择效果；通过选留大白猪MYST2基因含有AA基因型的个体作为种畜，可以提高大白猪后代的瘦肉率和平均日增重。
以上显示和描述了本发明的基本原理、主要特征和本发明的优点。本行业的技术人员应该了解，本发明不受上述实施例的限制，上述实施例和说明书中描述的只是说明本发明的原理，在不脱离本发明精神和范围的前提下，本发明还会有各种变化和改进，本发明要求保护范围由所附的权利要求书、说明书及其等效物界定。
序列表
<110> 海南罗牛山种猪育种有限公司
<120> 一种以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记及其检测方法和应用
<130> 2019
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 446
<212> DNA
<213> 人工序列( 遗传标记核苷酸序列)
<220>
<221> misc_feature
<222> (166)..(166)
<223> n is a, c, g, t or u
<400> 1
tcttggtgga aggggatgga acactacttt tggcctcacc agaacgtgcc cggcagtaaa 60
tgttttcttc tctttactcc ctgccccttt ttacgtttgc aggtgccaaa gtaatggcca 120
gttctccctt tcatgctgcc tgttaaactg gttaattaga ctgcanaaac cttttctcct 180
gtccccggct gctctagcac acctctccct gcacatgcat tgcattgctc ttgtctgaac 240
atcctcggag aagtgattga aagtgacttc cttatctcag accatgactc ggcaaggcag 300
agtggccacc cctgccaagg tttgcttctc tttgcaccag tgcctcaccc tccctctagg 360
acgaaagtgc tcatgccctt ccaagaactc ctcctccatt tcctttttgg gacttggcac 420
cctccccccc attctctggc ctccta 446
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(第一引物)
<400> 2
tcttggtgga aggggatg 18
<210> 3
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列( 第二引物)
<400> 3
taggaggcca gagaatgg 18

Claims (7)

1.一种以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记，其特征在于：所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。
2.根据权利要求1所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记，其特征在于：所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记的PCR扩增的特异引物包含第一引物，所述的第一引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。
3.根据权利要求1所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记，其特征在于：所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记的PCR扩增的特异引物包含第二引物，所述的第二引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。
4.一种权利要求1所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记的检测方法，其特征在于包括如下步骤：
(1)从猪耳组织中提取基因组DNA，根据猪MYST2基因序列和所述的两条遗传标记特异引物，用该两条引物在猪基因组DNA中进行PCR扩增，得到PCR产物；
(2)将步骤(1)中得到的PCR产物用PstI限制性内切酶酶切，在2％的含有溴化乙锭的琼脂糖凝胶电泳检测酶切结果，凝胶成像系统观察并记录基因型；根据条带差异，可分为三种基因型，具有282bp、164bp两条带的是AA型，只有446bp一条带的是BB型，同时具有446bp、282bp、164bp三条带的是AB型。
5.根据权利要求4所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记的检测方法，其特征在于：在步骤(1)中，所述的PCR程序为：94℃4min，35个循环94℃ 50s，58℃ 45s，72℃ 50s，然后72℃ 10min，最后4℃终止反应，PCR反应体系为：2.0μL DNA(100ng)，2.5μL 2mM mixed dNTPs，2.5μL 10×Taq DNA polymerase buffer，2.5μL 25mMMgCl2，1μL 20μM第一引物，1μL 20μM第二引物，2unit of Taq DNA polymerase(1U/μL)，11.5μL无菌水。
6.根据权利要求5所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记的检测方法，其特征在于：在步骤(2)中，所述的PCR产物PstI酶切反应体系为：10μL PCR产物，7μL无菌水，1μL Pst I(10U),2μL10×buffer，PCR产物PstI酶切反应条件为：混合物在37℃恒温培养箱培养4h。
7.权利要求1至6任一项所述的以MYST2基因作为大白猪瘦肉率和平均日增重的遗传标记在长大的二元母猪产仔数性状标记辅助选择中的应用。
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