CN112021226A - 一种适用于低产卵量淡水经济螯虾的种虾扩繁方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种适用于低产卵量淡水经济螯虾的种虾扩繁方法，利用本发明可以科学、灵活得实现几万到几十万数量的优良种虾扩繁，以满足种苗市场的需求。在整个扩繁方法中，一共施加了两次针对生长性状的选择，第一次是在仔虾阶段实施的家系内生长选择，从家系内所有后代中选留最大的200尾个体，第二次是根据育种值实施的家系间生长选择，从所有构建并测试的家系中选择按生长性状育种值从高到低排名前30％的家系，两次生长选择能够保障所生产的种虾具有一定生长优势。同时，方法中设计了科学的近交控制措施，可以在一定程度上避免种虾扩繁过程中发生明显近交。
Description
技术领域：
本发明涉及淡水螯虾育种技术领域，尤其涉及一种适用于低产卵量淡水经济螯虾的种虾扩繁方法。
背景技术：
克氏原螯虾和红螯螯虾是目前我国十分重要的两种淡水经济螯虾，尤其是克氏原螯虾，其产量高居我国虾类首位，也是我国出口创汇的重要水产品之一。红螯螯虾肉质结实、味道鲜美香甜，其出肉率可达30％以上，且低脂肪高蛋白，营养价值较高，因其品质优、个头大、供应少，目前在国内市场上经济价值很高。
在这两种螯虾产业中，都存在优质苗种缺乏的问题，苗种自产自用的方式较为普遍，仅从一般养殖群体中挑选个头较大的成虾作为种虾，由此造成后代中发生不同程度的近交，导致苗种不断弱化，形成恶性循环。优质虾苗源自优良的种虾，而优良种虾的培育需要科学的育种设计，经数代选择才能获得。两种螯虾的繁殖习性比较特殊，都是腹部抱卵，其产卵量较低，通常以数百计，相比对虾数以万计的产卵量，其良种扩繁工作的开展尤为困难，难以满足苗种市场需求。对高繁殖力的对虾品种来说，通过家系选择的方式挑选数个优秀家系通过简单的扩繁便可得到大量的优质种虾，但这并不适合低繁殖力的螯虾。由此可见，研究并设计一种适用于低繁殖力螯虾的良种扩繁方法对于解决目前优质螯虾种苗不足的现状极为迫切。
发明内容：
本发明的目的就是针对现有技术存在的问题，提供了一种适用于低产卵量淡水经济螯虾的优质种虾扩繁方法。
本发明提供一种适用于低产卵量淡水经济螯虾的种虾扩繁方法，包括：
1)选取适量候选亲虾，将每尾虾置入独立网箱中单独养殖并编号；其中，雄虾与雌虾的比例为1：2-5；
2)从上述候选亲虾取适量组织并分别提取基因组DNA；通过构建测序文库，对所有亲虾进行高通量SNP分型；
3)基于上述SNP分型数据计算候选亲虾的遗传距离，进行聚类分析并绘制树状图；
4)根据上述树状图选取适量遗传距离较远的雄虾，建立适量的交配组；
5)每个交配组中选取适量的雌虾，所述雌虾均选自候选亲虾中与对应交配组中雄虾的遗传距离较远的雌虾；同一交配组中的雌虾以可视嵌入性荧光标记区分；
6)定向交配后，每隔5天检查一次雌虾抱卵状况，发现抱卵虾后，将虾置入单独容器，并以家系为单位进行离体孵化；
7)离体孵化一周后，对仔虾进行性状选择；
8)当一定比例的仔虾生长到一定体长时，在虾体注射嵌入性荧光标记以区分家系；每个家系随机选择一定数量的标记后的个体进行混合养殖；
9)养殖5个月后回捕，测量个体的体重，将存活个体以家系为单位单独养殖；
10)使用BLUPF90系列软件包中的RENUMF90程序对系谱信息、亲本SNP分型数据、体重表型数据进行预处理，使用PREGSF90程序基于预处理后的数据文件构建混合型亲缘关系矩阵(H矩阵)，并输出其逆矩阵(Hinv.giv)，将Hinv.giv文件连同表型数据一起输入到ASReml软件，使用混合线性模型和AI-REML算法估计个体体重性状育种值，根据个体育种值计算家系平均育种值；
11)性状测量后，仅保留可以提供k尾以上雌虾和k尾以上雄虾的家系，优选地k≥30，按家系育种值从高到低对所有候选家系进行排名，设置家系选优比例为30％，选留排名前30％的家系；
12)利用每个家系双亲的基因型来代表这个家系的等位基因构成，基于MEGA5.0软件的UPGMA方法计算这些选留家系间的遗传距离并对其进行聚类；
13)根据聚类结果，将选留家系按亲缘关系远近分为A和B两个家系数量相近的扩繁组，从A扩繁组中选出亲缘关系最近的n个家系作为A1组，1≤n≤10，再选出与这n个家系亲缘关系最远的n×m个家系作为A2组，1<m≤5；同样，从B扩繁组中选出亲缘关系最近的n个家系作为B1组，1≤n≤10，再选出与这n个家系亲缘关系最远的n×m个家系作为B2组，1<m≤5；A1和B1两组中的每个家系只提供k尾雄虾，A2和B2两组中的每个家系只提供k尾雌虾；
14)在A扩繁组中，A1组的所有雄虾与A2组的所有雌虾单独置于一个容器中交配；在B扩繁组中，B1组的所有雄虾与B2组的所有雌虾单独置于另一容器进行交配；
15)每个扩繁组共有n×m×k尾雌虾，假设平均抱卵率为a，平均每尾雌虾抱卵量为b个，按此方案每个扩繁组可生产子一代种虾苗n×m×k×a×b尾。
16)假设养成率为c，雌雄比例为1:1，每个扩繁组可产生n×m×k×a×b×c×0.5对后备种虾，其中，A扩繁组生产的后备雄性种虾搭配B扩繁组生产的后备雌性种虾，B扩繁组生产的后备雄性种虾搭配A扩繁组生产的后备雌性种虾，最终可以产生n×m×k×a×b×c对商品种虾。
在根据本发明的一个实施方案中，所取组织为由候选亲虾的任一胸部步足的末端取一小节获得的肌肉组织，这样取组织样本可以保证不影响亲虾存活和交配。
在根据本发明的一个实施方案中，步骤2)中所述SNP分型是通过包括以下步骤的方法实现的，
a)采用Pstl-HF/Mspl对DNA进行酶切；
b)酶切后的片段两端用T4连接酶加接头和barcode；
c)使用磁珠回收系统回收300-700bp的片段；
d)对回收片段使用高保真酶进行PCR扩增；
e)使用Qubit测定PCR产物浓度，浓度需大于5ng/μl；
f)将混合好的文库上机测序；优选为Illumina Nova PE150；
g)对测序获得的Raw Reads进行质控得到Clean Reads；
h)将Clean reads比对到参考基因组；优选地使用bwa软件进行对比；
i)使用GATK软件进行SNP检测分型。
在根据本发明的一个实施方案中，步骤5)中，将挑选的每个交配组的雌虾在独立的交配容器中暂养10天，再放入对应的雄虾进行定向交配，以保证抱卵的同步性。
在根据本发明的一个实施方案中，步骤7)中所述性状选择为从每个家系中选出个体最大的200尾仔虾继续养殖，少于300尾的家系直接淘汰。
在根据本发明的一个实施方案中，步骤8)中，在80％的家系的仔虾生长至体长3-4cm通过注射可视嵌入性荧光标记区分家系。
在根据本发明的一个实施方案中，步骤10)中，所述表型数据包含个体的编号、父母本信息、体重表型值和固定效应分组。
本发明还提供了上述方法在低产卵量淡水经济螯虾的种虾扩繁中的应用。
本发明的有益效果是：
1)由于同一个扩繁组生产的后备种虾的父本仅来源于n个家系，两个扩繁组各自生产的子一代商品种虾杂交产生的子二代商品苗的祖父来源于同一个家系的概率是1/n，而且同一个扩繁组生产的子一代商品种虾的父本来源的n个家系在同一个扩繁组中亲缘关系最近，且有可能存在父系半同胞关系，因此，如果将子二代商品苗继续留作种虾，发生近交的概率较大，从而在一定程度上也可以达到控制种质的目的；
2)实际生产时，需要先根据商品种虾的扩繁需求量确定待构建的家系数量，再确定要设计的交配组数量，以及每个交配组的雌雄配比；根据选优比例确定选留家系数量；根据选留家系聚类结果确定两个扩繁组内的家系数量，再确定每个扩繁组中提供雄虾的家系数量(n)和提供雌虾的家系数量(n×m)。假设构建的家系数量可以满足扩繁需求量，当n和m同时取最大值时(10和5)，假设k取50，扩繁组内平均抱卵率为80％，平均每尾雌虾抱卵量为300个，子一代种虾苗养成率为50％，此时可以生产30万对商品种虾。但随着n的增大，采用子二代商品苗继续留作种用育苗发生近交的概率会变小，不利于控种。当n和m同时取最小值时(1和2)，假设k取50，扩繁组内平均抱卵率为80％，平均每尾雌虾抱卵量为300个，子一代种虾苗养成率为50％，此时可以生产1.2万对商品种虾，采用子二代商品苗继续留作种用育苗会发生严重近交，可以严格控制种质。
具体实施方式：
下面对本发明的较佳实施例进行详细阐述，以使本发明的优点和特征能更易被本领域人员理解，从而对本发明的保护范围做出更为清楚明确的界定。
实施例1
1、以克氏原螯虾为扩繁对象，从现存可用的育种群体中选择个体较大、身体特征正常、活力强的雌雄虾(雄性35g以上，雌性30g以上)作为候选亲虾，其中，雄虾选200尾，雌虾选800尾，每尾虾放在独立的网箱中单独养殖并编号；
2、从每尾候选亲虾的任一胸部第三步足末端取一小节，得到肌肉组织，保证不影响亲虾存活和交配，采用天根生化科技(北京)有限公司生产的海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒按照说明书从肌肉组织中提取基因组DNA；
利用SuperGBS技术(QiP,GimodeD,Saha D,et al.UGbS-Flex,a novelbioinformatics pipeline for imputation-free SNP discovery in polyploidswithout a reference genome:finger millet as a case study.BMC plant biology,2018,18(1):117.)进行测序文库构建，对所有亲虾进行高通量SNP分型，具体流程如下：
1)采用Pstl-HF/Mspl对DNA进行酶切；
2)酶切后的片段两端用T4连接酶加接头和barcode；
3)使用磁珠回收系统回收300-700bp的片段；
4)对回收片段使用高保真酶进行PCR扩增；
5)使用Qubit测定PCR产物浓度，浓度需大于5ng/μl；
6)将混合好的文库上机(IlluminaNovaPE150)测序；
7)对测序获得的Raw Reads进行质控得到CleanReads；
8)使用bwa软件将Cleanreads比对到参考基因组；
9)使用GATK软件进行SNP检测分型。
3、利用MEGA5.0软件中的UPGMA方法计算1000尾亲虾间的遗传距离并据此进行聚类分析绘制树状图，单独对200尾雄虾进行聚类分析并绘制树状图；根据聚类的原理，最低分类水平上类组内的个体遗传差异最小，遗传距离最小，亲缘关系最近，最先聚为一支，随着个体间遗传距离的增大，亲缘关系也越来越远，在树状图上显示为越迟聚在一起。
4、根据雄虾聚类分析的树状图，从200尾雄虾中优先选择100尾遗传距离较大的雄虾，避免选入亲缘关系很近的雄虾，设计100个交配组；
5、每个交配组按4尾雌虾搭配1尾雄虾设置，根据所有亲虾聚类的树状图，为每尾雄虾搭配亲缘关系较远的雌虾；同一个交配组中的雌虾通过在腹部注射不同的可视嵌入性荧光标记加以区分，荧光标记共有红、橙、黄、绿、蓝、粉、紫7种颜色，在每尾雌虾腹部壳下的肌肉表层注射其中一种颜色；为了保证抱卵的同步性，先挑选每个交配组的雌虾在独立的交配容器中暂养10天，再放入对应的雄虾进行定向交配；
6、定向交配后，每隔5天检查一次雌虾抱卵状况，发现抱卵虾后，将虾放入单独的容器，以家系为单位开始进行离体孵化；
7、离体孵化一周后，对每个家系的仔虾进行一次生长选择以及标准化操作，即从每个家系中选出个体最大的200尾仔虾继续养殖，少于300尾的家系直接淘汰；假设成功孵化250个家系，淘汰后保留220个家系；
8、当80％的家系的仔虾生长至体长3-4cm时，在螯虾腹部注射不同的可视嵌入性荧光标记组合以区别不同家系，荧光标记共有红、橙、黄、绿、蓝、粉、紫7种颜色，根据需求在每尾雌虾腹部壳下的肌肉表层注射其中一种、两种或三种颜色；每个家系随机选择150尾个体进行标记后放入池塘进行混合养殖，这期间如果没有淘汰的话可以标记220个家系；
9、池塘养殖5个月后利用地笼回捕，测量所有收获个体的体重，将存活的个体按家系为单位单独养殖，此时按照平均80％的回捕率(存活率)计算，每个家系测试后可留种个体数为120尾；
10、具体使用BLUPF90系列软件包中的RENUMF90程序对系谱信息、亲本SNP分型数据、体重表型数据(包含个体的编号、父母本信息、表型值、固定效应分组)进行预处理，使用PREGSF90程序基于预处理后的数据文件构建混合型亲缘关系矩阵(H矩阵)，并输出其逆矩阵(Hinv.giv)，将Hinv.giv文件连同表型数据(记录个体的编号、父母本信息、表型值、固定效应分组)一起输入到ASReml软件，使用混合线性模型和AI-REML算法估计个体体重性状育种值，根据每个家系内个体的育种值计算家系平均育种值；
11、混养测试结束后，仅保留可以提供30尾以上雌虾和30尾以上雄虾的家系，假设有200个家系符合要求，按体重育种值从高到低对这200家系进行排名，选留排名前30％的家系，即前60个家系；
12、利用每个家系双亲的基因型来代表这个家系的等位基因构成，基于MEGA5.0软件的UPGMA方法计算这60个家系间的遗传距离并对其进行聚类；
13、根据聚类结果，将这60个家系按亲缘关系远近分为A和B两个扩繁组，两个组的家系数量越接近越好，假设每组均包含30个家系。从A扩繁组中选出亲缘关系最近的4个家系作为A1组，再选出与这4个家系亲缘关系最远的10个家系作为A2组；同样，从B扩繁组中选出亲缘关系最近的4个家系作为B1组，再选出与这4个家系亲缘关系最远的10个家系作为B2组；A1和B1两组中的每个家系只提供30尾雄虾，A2和B2两组中的每个家系只提供30尾雌虾；
14、在A扩繁组中，A1组的所有雄虾(120尾)与A2组的所有雌虾(300尾)单独放在一个30平方的水泥池进行交配；在B扩繁组中，B1组的所有雄虾(120尾)与B2组的所有雌虾(300尾)也单独放在一个30平方的水泥池进行交配；
15、每个扩繁组共有300尾雌虾，假设平均抱卵率为90％，平均每尾雌虾抱卵量300个，按此方案每个扩繁组可生产子一代种虾苗81000尾；
16、假设养成率为60％，雌雄比例为1:1，每个扩繁组可产生24300对后备种虾，其中，A扩繁组生产的后备雄性种虾搭配B扩繁组生产的后备雌性种虾，B扩繁组生产的后备雄性种虾搭配A扩繁组生产的后备雌性种虾，这样最终可以产生48600对商品种虾。
上述发明内容及具体实施方式意在证明本发明所提供技术方案的实际应用，不应解释为对本发明保护范围的限定。本领域技术人员在本发明的精神和原理内，当可作各种修改、等同替换或改进。本发明的保护范围以所附权利要求书为准。
Claims (8)
1.一种适用于低产卵量淡水经济螯虾的种虾扩繁方法，其特征在于，包括：
1)选取适量候选亲虾，将每尾虾置入独立网箱中单独养殖并编号；其中，雄虾与雌虾的比例为1：2-5；
2)从上述候选亲虾取适量组织并分别提取基因组DNA；通过构建测序文库，对所有亲虾进行高通量SNP分型；
3)基于上述SNP分型数据计算候选亲虾的遗传距离，进行聚类分析并绘制树状图；
4)根据上述树状图选取适量遗传距离较远的雄虾，建立适量的交配组；
5)每个交配组中选取适量的雌虾，所述雌虾均选自候选亲虾中与对应交配组中雄虾的遗传距离较远的雌虾；同一交配组中的雌虾以可视嵌入性荧光标记区分；
6)定向交配后，每隔5天检查一次雌虾抱卵状况，发现抱卵虾后，将虾置入单独容器，并以家系为单位进行离体孵化；
7)离体孵化一周后，对仔虾进行性状选择；
8)当一定比例的仔虾生长到一定体长时，在虾体注射嵌入性荧光标记以区分家系；每个家系随机选择一定数量的标记后的个体进行混合养殖；
9)养殖5个月后回捕，测量个体的体重，将存活个体以家系为单位单独养殖；
10)使用BLUPF90系列软件包中的RENUMF90程序对系谱信息、亲本SNP分型数据、体重表型数据进行预处理，使用PREGSF90程序基于预处理后的数据文件构建混合型亲缘关系矩阵(H矩阵)，并输出其逆矩阵(Hinv.giv)，将Hinv.giv文件连同表型数据一起输入到ASReml软件，使用混合线性模型和AI-REML算法估计个体体重性状育种值，根据个体育种值计算家系平均育种值；
11)性状测量后，仅保留可以提供k尾以上雌虾和k尾以上雄虾的家系，优选地k≥30，按家系育种值从高到低对所有候选家系进行排名，设置家系选优比例为30％，选留排名前30％的家系；
12)利用每个家系双亲的基因型来代表这个家系的等位基因构成，基于MEGA5.0软件的UPGMA方法计算这些选留家系间的遗传距离并对其进行聚类；
13)根据聚类结果，将选留家系按亲缘关系远近分为A和B两个家系数量相近的扩繁组，从A扩繁组中选出亲缘关系最近的n个家系作为A1组，1≤n≤10，再选出与这n个家系亲缘关系最远的n×m个家系作为A2组，1<m≤5；同样，从B扩繁组中选出亲缘关系最近的n个家系作为B1组，1≤n≤10，再选出与这n个家系亲缘关系最远的n×m个家系作为B2组，1<m≤5；A1和B1两组中的每个家系只提供k尾雄虾，A2和B2两组中的每个家系只提供k尾雌虾；
14)在A扩繁组中，A1组的所有雄虾与A2组的所有雌虾单独置于一个容器中交配；在B扩繁组中，B1组的所有雄虾与B2组的所有雌虾单独置于另一容器进行交配；
15)每个扩繁组共有n×m×k尾雌虾，假设平均抱卵率为a，平均每尾雌虾抱卵量为b个，按此方案每个扩繁组可生产子一代种虾苗n×m×k×a×b尾；
16)假设养成率为c，雌雄比例为1:1，每个扩繁组可产生n×m×k×a×b×c×0.5对后备种虾，其中，A扩繁组生产的后备雄性种虾搭配B扩繁组生产的后备雌性种虾，B扩繁组生产的后备雄性种虾搭配A扩繁组生产的后备雌性种虾，最终可以产生n×m×k×a×b×c对商品种虾。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所取组织为由候选亲虾的任一胸部步足末端取一小节获得的肌肉组织。
3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤2)中所述SNP分型是通过包括以下步骤的方法实现的：
a)采用Pstl-HF/Mspl对DNA进行酶切；
b)酶切后的片段两端用T4连接酶加接头和barcode；
c)使用磁珠回收系统回收300-700bp的片段；
d)对回收片段使用高保真酶进行PCR扩增；
e)使用Qubit测定PCR产物浓度，浓度需大于5ng/μl；
f)将混合好的文库上机测序；
g)对测序获得的Raw Reads进行质控得到Clean Reads；
h)将Clean reads比对到参考基因组；
i)使用GATK软件进行SNP检测分型。
4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤5)中，将挑选的每个交配组的雌虾在独立的交配容器中暂养10天，再放入对应的雄虾进行定向交配。
5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤7)中所述性状选择为从每个家系中选出个体最大的200尾仔虾继续养殖，少于300尾的家系直接淘汰。
6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤8)中，在80％的家系的仔虾生长至体长3-4cm通过注射可视嵌入性荧光标记区分家系。
7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤10)中，所述表型数据包含个体的编号、父母本信息、表型值和固定效应分组。
8.如权利要求1-7中任一项所述的方法在低产卵量淡水经济螯虾的种虾扩繁中的应用。
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Citations (6)
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|---|---|---|---|---|
| CN104686430A (zh) * | 2015-04-07 | 2015-06-10 | 雷州市海威水产养殖有限公司 | 一种对虾耐低溶氧家系选育方法 |
| CN105602946A (zh) * | 2015-11-06 | 2016-05-25 | 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心 | 一种鉴别克氏原螯虾不同家系的方法 |
| CN108522383A (zh) * | 2018-04-26 | 2018-09-14 | 海南归耘田农业科技有限公司 | 一种保持克氏原螯虾优良性状的育种方法 |
| CN110348767A (zh) * | 2019-08-16 | 2019-10-18 | 淮阴师范学院 | 一种日本沼虾常规育种中预测和避免近交程度的方法 |
| CN111528152A (zh) * | 2020-06-02 | 2020-08-14 | 广西壮族自治区水产科学研究院 | 一种小龙虾快速生长品系选育方法 |
| CN111528151A (zh) * | 2020-05-20 | 2020-08-14 | 中国水产科学研究院黄海水产研究所 | 一种红螯螯虾大规模定向交配的实施方法和系统 |
-
2020
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Patent Citations (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN104686430A (zh) * | 2015-04-07 | 2015-06-10 | 雷州市海威水产养殖有限公司 | 一种对虾耐低溶氧家系选育方法 |
| CN105602946A (zh) * | 2015-11-06 | 2016-05-25 | 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心 | 一种鉴别克氏原螯虾不同家系的方法 |
| CN108522383A (zh) * | 2018-04-26 | 2018-09-14 | 海南归耘田农业科技有限公司 | 一种保持克氏原螯虾优良性状的育种方法 |
| CN110348767A (zh) * | 2019-08-16 | 2019-10-18 | 淮阴师范学院 | 一种日本沼虾常规育种中预测和避免近交程度的方法 |
| CN111528151A (zh) * | 2020-05-20 | 2020-08-14 | 中国水产科学研究院黄海水产研究所 | 一种红螯螯虾大规模定向交配的实施方法和系统 |
| CN111528152A (zh) * | 2020-06-02 | 2020-08-14 | 广西壮族自治区水产科学研究院 | 一种小龙虾快速生长品系选育方法 |
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