CN111739594B - 临床科研数据的采集方法及系统 - Google Patents

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CN111739594B CN202010272485.5A CN202010272485A CN111739594B CN 111739594 B CN111739594 B CN 111739594B CN 202010272485 A CN202010272485 A CN 202010272485A CN 111739594 B CN111739594 B CN 111739594B
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Abstract

本发明公开了一种临床科研数据的采集方法及系统，所述采集方法包括：预设电子病历数据与临床科研数据之间的转换规则；获取临床科研项目对应的基本信息；根据基本信息设置临床科研项目对应的配置信息；根据配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据；根据转换规则对目标电子病历数据进行转换处理，得到与临床科研项目对应的目标临床科研数据。本发明实现自动化采集电子病历数据并完成表单转化，代替现有手工或半手工式数据采集方式，解决人工干预造成的工作量大、数据缺失、前后数据不一致等问题，提高临床医师科研工作效率，提供一站式数据服务，提升医院科研能力，且保证了临床科研数据收集的完整性、及时性和准确性。

Description

临床科研数据的采集方法及系统
技术领域
本发明涉及数据处理技术领域，特别涉及一种临床科研数据的采集方法及系统。
背景技术
科研管理是医院管理的重要环节，对医院科学技术水平的提升、核心竞争力的形成至关重要。强化科研管理工作，需以临床科研数据为基石，快速获取完整、准确、及时的临床数据，目前如何满足科研专题个性化需求，实现临床科研数据的准确、完整、高效率采集，并减轻医务人员的庞大工作量，已经成为临床科研迫切需要解决的关键问题。
针对临床科研数据的采集问题，目前主要通过如下方式实现：
(1)通过创建科研病历模板，统一化科研病历和科研表单中包含的元素，使得科研表单中的科研数据和科研病历中的文本内容具有统一的数据标准，确保了科研数据的真实性和可追溯性；(2)通过对医疗设备中患者的实时临床数据的采集，并根据科研需求简单扩展规则引擎模板，减少了科研人员在科研试验过程中额外的人工监督和审查工作，使科研人员将更多的精力投入到前期的试验设计和后期的数据分析中，提高了科研精度，节约了科研时间。(3)通过手动输入的方式将医疗数据录入到系统中，进行医疗数据的清洗、整合和转换，以来自客户端的算法配置指令为依据进行医疗数据的统计分析，最终完成医疗数据处理。
但是，上述临床科研数据的采集方案存在以下问题：(1)临床科研数据来源混乱，数据质量难以保障，获取数据常存在样本量少、不完整、不准确，难以根据科研需要进行有效提取的问题；(2)多通过创建固定的科研病历模板，以实现所有科研项目的统一管理，无法根据研究需求为科研项目提供个性化支持；(3)数据采集缺乏系统管控与提醒，受限于医师个人因素，数据采集常滞后于临床，导致科研工作与临床诊疗脱节，难以满足临床需求；(4)多采用手工或半手工式数据采集，需要临床医师重复查找和录入，导致临床科研工作效率及质量不佳；(5)仅满足于既往临床科研数据的一次性采集，无法实现未来数据的持续性采集和更新。
发明内容
本发明要解决的技术问题是为了克服现有技术中无法实现对临床科研数据的有效采集，不能满足实际要求的缺陷，目的在于提供一种临床科研数据的采集方法及系统。
本发明是通过下述技术方案来解决上述技术问题：
本发明提供一种临床科研数据的采集方法，所述采集方法包括：
预设电子病历数据与临床科研数据之间的转换规则；
获取临床科研项目对应的基本信息；
根据所述基本信息设置所述临床科研项目对应的配置信息；
根据所述配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据；
根据所述转换规则对所述目标电子病历数据进行转换处理，得到与所述临床科研项目对应的目标临床科研数据。
较佳地，所述采集方法还包括：
预先部署医疗机构；
根据所述临床科研项目选取多个所述医疗机构作为当前数据采集的所述目标医疗机构；
所述获取临床科研项目对应的基本信息的步骤包括：
从临床科研管理平台中获取所述临床科研项目对应的基本信息；
根据所述基本信息自动填写所述临床科研项目的基本信息表；
所述根据所述基本信息设置所述临床科研项目对应的配置信息的步骤包括：
根据所述基本信息表中的所述基本信息配置所述临床科研项目对应的所述配置信息；
根据所述配置信息填写所述临床科研项目对应的配置表；
所述根据所述配置信息采集得到与所述临床科研项目对应的目标电子病历数据的步骤包括：
根据所述配置表中的所述配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据。
较佳地，配置信息包括数据采集类型、数据采集范围、数据采集条件和数据采集表单中的至少一种。
较佳地，当所述数据采集类型为一次性采集时，所述采集方法还包括：
在采集完第一设定时间段内的数据时，确定所述目标临床科研数据采集完成；和/或，
当所述数据采集类型为连续采集时，所述采集方法还包括：
每隔设定时长采集一次数据；
记录采集时间，并在所述采集时间达到设定时间时确定所述目标临床科研数据采集完成；或，记录采集的病例数，并在采集的病例数达到设定阈值时，确定所述目标临床科研数据采集完成。
较佳地，所述根据所述配置表中的所述配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据的步骤包括：
根据所述配置信息中的所述数据采集类型、患者出院的标志信息和患者ID(身份识别)获取患者在每个所述目标医疗机构中一个诊断流程内的所有电子病历表，并作为第一电子病历组；
将同一所述目标医疗机构中与所述数据采集条件相匹配的所有所述第一电子病历组作为目标电子病历组；
在同一所述数据采集类型下，根据所述患者ID获取患者在不同的所述目标医疗机构且不同时间生成的所述目标电子病历组以形成每个患者的目标电子病历集；
汇集所述目标电子病历集获取所述临床科研项目所需的目标电子病历群。
较佳地，所述根据所述转换规则对所述目标电子病历数据进行转换处理得到目标临床科研数据的步骤包括：
根据所述转换规则对所有所述目标电子病历表进行转换处理得到对应的目标临床科研数据表；
汇集与所述目标电子病历组对应的所述目标临床科研数据表以形成目标临床科研数据组；
汇集与所述目标电子病历集对应的所述目标临床科研数据组以形成目标临床科研数据集；
汇集与所述目标电子病历群对应的所述目标临床科研数据集以形成目标临床科研数据群；
其中，所述目标临床科研数据群对应所述目标临床科研数据。
较佳地，所述根据所述基本信息自动填写所述临床科研项目的基本信息表的步骤之后、所述根据所述基本信息表中的所述基本信息配置所述临床科研项目对应的所述配置信息的步骤之前还包括：
判断所述基本信息表中的信息填写情况是否满足设定条件，若是，则执行所述根据所述基本信息表中的所述基本信息配置所述临床科研项目对应的所述配置信息的步骤；否则，生成反馈信息并对所述基本信息表进行修正，直至满足所述设定条件；和/或，
所述采集方法还包括：
预设数据采集权限；
所述根据所述基本信息表中的所述基本信息配置所述临床科研项目对应的所述配置信息的步骤之前还包括：
判断是否具备数据采集权限，若是，则执行所述根据所述基本信息表中的所述基本信息配置所述临床科研项目对应的所述配置信息的步骤。
本发明还提供一种临床科研数据的采集系统，所述采集系统包括规则预设模块、基本信息获取模块、信息设置模块、采集模块和转换模块；
所述规则预设模块用于预设电子病历数据与临床科研数据之间的转换规则；
所述基本信息获取模块用于获取临床科研项目对应的基本信息；
所述信息设置模块用于根据所述基本信息设置所述临床科研项目对应的配置信息；
所述采集模块用于根据所述配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据；
所述转换模块用于根据所述转换规则对所述目标电子病历数据进行转换处理，得到与所述临床科研项目对应的目标临床科研数据。
较佳地，所述采集系统还包括部署模块；
所述部署模块用于预先部署医疗机构，并根据所述临床科研项目选取多个所述医疗机构作为当前数据采集的所述目标医疗机构；
所述基本信息获取模块用于从临床科研管理平台中获取所述临床科研项目对应的基本信息，并根据所述基本信息自动填写所述临床科研项目的基本信息表；
所述信息设置模块用于根据所述基本信息表中的所述基本信息配置所述临床科研项目对应的所述配置信息，并根据所述配置信息填写所述临床科研项目对应的配置表；
所述采集模块用于根据所述配置表中的所述配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据。
较佳地，配置信息包括数据采集类型、数据采集范围、数据采集条件和数据采集表单中的至少一种。
较佳地，所述采集系统还包括确定模块；
所述确定模块用于在采集完第一设定时间段内的数据时，确定所述目标临床科研数据采集完成；和/或，
所述确定模块用于每隔设定时长采集一次数据，记录采集时间，并在所述采集时间达到设定时间时确定所述目标临床科研数据采集完成；或，记录采集的病例数，并在采集的病例数达到设定阈值时，确定所述目标临床科研数据采集完成。
较佳地，所述采集模块包括第一病历组获取单元、目标病历组获取单元、目标病历集获取单元和目标病历群获取单元；
所述第一病历组获取单元用于根据所述配置信息中的所述数据采集类型、患者出院的标志信息和患者ID获取患者在每个所述目标医疗机构中一个诊断流程内的所有电子病历表，并作为第一电子病历组；
所述目标病历组获取单元用于将同一所述目标医疗机构中与所述数据采集条件相匹配的所有所述第一电子病历组作为目标电子病历组；
所述目标病历集获取单元用于在同一所述数据采集类型下，根据所述患者ID获取患者在不同的所述目标医疗机构且不同时间生成的所述目标电子病历组以形成每个患者的目标电子病历集；
所述目标病历群获取单元用于汇集所述目标电子病历集获取所述临床科研项目所需的目标电子病历群。
较佳地，所述转换模块用于根据所述转换规则对所有所述目标电子病历表进行转换处理得到对应的目标临床科研数据表；
所述转换模块还用于汇集与所述目标电子病历组对应的所述目标临床科研数据表以形成目标临床科研数据组；
所述转换模块还用于汇集与所述目标电子病历集对应的所述目标临床科研数据组以形成目标临床科研数据集；
所述转换模块还用于汇集与所述目标电子病历群对应的所述目标临床科研数据集以形成目标临床科研数据群；
其中，所述目标临床科研数据群对应所述目标临床科研数据。
较佳地，所述采集系统还包括第一判断模块；
所述第一判断模块用于判断所述基本信息表中的信息填写情况是否满足设定条件，若是，则执行所述根据所述基本信息表中的所述基本信息配置所述临床科研项目对应的所述配置信息的步骤；否则，生成反馈信息并对所述基本信息表进行修正，直至满足所述设定条件；和/或，
所述采集系统还包括权限预设模块和第二判断模块；
所述权限预设模块用于预设数据采集权限；
所述第二判断模块用于判断是否具备数据采集权限，若是，则调用所述信息设置模块。
本发明的积极进步效果在于：
(1)通过与医院临床数据中心对接，解决了目前临床科研数据获取中存在的数据样本量少、不完整、不准确等问题，实现样本数据全生命周期管理，保证了基于电子病历的临床科研数据收集的完整性、及时性和准确性，且减少了人工干预，降低了人工成本；
(2)针对面上项目、重点专项、回顾性研究和前瞻性研究等不同科研项目实现数据采集的定制化；
(3)系统按照预先设定的临床科研配置表对数据进行自动采集和流程管控，以住院患者出院为数据采集启动标志，实现科研数据来自并同步于临床真实数据，解决了科研工作与临床诊疗工作脱节的问题；
(4)实现CDR(医院临床数据中心)自动化采集电子病历数据并完成表单转化为临床科研数据，代替现有手工或半手工式数据采集方式，解决人工干预造成的工作量大、数据缺失、前后数据不一致等问题，提高临床医师科研工作效率，提供一站式数据服务，提升医院科研能力；
(5)既可实现对既往临床科研数据的个性化采集，也可通过设置条件，实现对未来新生成数据的持续性监测及采集，满足多种科研应用场景需求。
附图说明
图1为本发明的实施例1的临床科研数据的采集方法的流程图。
图2为本发明的实施例2的临床科研数据的采集方法的流程图。
图3为本发明的实施例2的临床科研数据的采集方法中的电子病历数据存储架构示意图。
图4为本发明的实施例2的临床科研数据的采集方法中的临床科研数据存储架构示意图。
图5为本发明的实施例3的临床科研数据的采集系统的模块示意图。
图6为本发明的实施例4的临床科研数据的采集系统的模块示意图。
具体实施方式
下面通过实施例的方式进一步说明本发明，但并不因此将本发明限制在所述的实施例范围之中。
实施例1
如图1所示，本实施例的临床科研数据的采集方法包括：
S100、预先部署医疗机构；
具体地，根据实际情况，事先选定一定区域范围内(省、市、县/区等)的多家医疗机构作为临床科研数据自动化采集的试点医疗机构。当然，部署的医疗机构也可以根据实际需求进行调整。
每个试点医疗机构的临床数据中心中均采用基于国际信息标准(HL7、ICD10、CDA等)的电子病历数据模型，以保证对试点医疗机构的电子病历数据的规范化、结构化和标准化采集。
采用适合国家或地区的疾病诊断相关分组(DRG)分组方案，完成试点医疗机构DRG分组器部署。其中，疾病诊断相关分组的分组方案可根据不同国家地区需求进行个性化配置。具体如何进行DRG分组器部署属于本领域的成熟技术，因此此处就不再赘述。
S101、预设电子病历数据与临床科研数据之间的转换规则；
S102、获取临床科研项目对应的基本信息；
其中，在临床科研项目负责人点击“启动”按钮后，启动临床科研数据自动化采集流程。首先通过对接医院科研管理平台获取临床科研项目的基本信息，具体包括项目名称、项目类别、项目主要研究内容、项目组成员、项目状态、项目经费总额等。
S103、根据基本信息设置临床科研项目对应的配置信息；
其中，配置信息包括但不限于数据采集类型、数据采集范围、数据采集条件和数据采集表单。
数据采集类型用于确定数据采集的方式，包括一次性采集和连续采集。其中，在“一次性采集”条件下，既往数据采集后一次性汇集；在“连续采集”条件下，依照时间顺序逐渐汇集，采集结束后完成最终汇集。
数据采集范围包括数据采集的机构范围，包括区域信息和医疗机构信息。
数据采集条件包括DRG病组、用药信息、检查信息、检验信息、性别等。
数据采集表单包括临床科研数据表等。
S104、根据配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据；
S105、根据转换规则对目标电子病历数据进行转换处理，得到与临床科研项目对应的目标临床科研数据。
通过与医院临床数据中心对接，解决了目前临床科研数据获取中存在的数据样本量少、不完整、不准确等问题，实现样本数据全生命周期管理，保证了基于电子病历的临床科研数据收集的完整性、及时性和准确性，且减少了人工干预，降低了人工成本。
本实施例中，根据临床科研项目的基本信息设置对应的配置信息以采集得到目标医疗机构的数据库中的目标电子病历数据，进而根据转换规则得到最终需要采集的目标临床科研数据，实现自动化采集电子病历数据并完成表单转化临床科研数据，代替现有手工或半手工式数据采集方式，解决人工干预造成的工作量大、数据缺失、前后数据不一致等问题，提高临床医师科研工作效率，提供一站式数据服务，提升医院科研能力。
实施例2
如图2所示，本实施例的临床科研数据的采集方法是对实施例1的进一步改进，具体地：
步骤S102包括：
S1021、从临床科研管理平台中获取临床科研项目对应的基本信息；
S1022、根据基本信息自动填写临床科研项目的基本信息表；
步骤S103包括：
S1031、根据基本信息表中的基本信息配置临床科研项目对应的配置信息；
S1032、根据配置信息填写临床科研项目对应的配置表；
步骤S1022之后、步骤S1031之前还包括：
判断基本信息表中的信息填写情况是否满足设定条件，若是，则执行步骤S1031；否则，生成反馈信息并对基本信息表进行修正，直至满足设定条件。
具体地，在启动临床科研数据自动化采集流程时，自动调用“临床科研项目基本信息表”，从而根据对接医院科研管理平台，完成表单内容的自动填写。
在填写完成后，可以提醒对自动填写的临床科研项目基本信息表进行核实操作。如向项目负责人发送“请完成临床科研项目基本信息审核”的提醒消息。在基本信息表中的信息填写情况审核无误时，项目负责人点击“审核无误”按钮，即完成对项目基本信息的录入；若审核有误，则项目负责人点击“审核有误”，并对有误信息进行手动修正，然后点击“修正完成”按钮，以完成对项目基本信息的录入。
本实施例的采集方法还包括：预设数据采集权限。
具体地，系统提醒项目负责人“请完成临床科研数据采集权限分配，选定负责医师”。项目负责人通过调取“医护人员信息库”，选定负责数据采集的医师(以下简称“数据采集医师”)，并点击“完成”按钮；系统为该医师分配临床科研数据采集权限，并完成标注。
步骤S1031之前还包括：
判断是否具备数据采集权限，若是，则执行步骤S1031。
具体地，(1)系统提醒数据采集医师“您已获取临床科研数据采集权限，数据采集前请完成临床科研配置表填写”；
(2)数据采集医师登录系统，系统调取采集权限分配信息，完成权限验证；
(3)系统自动推送“临床科研配置表”，并提醒数据采集医师“请完成临床科研配置表填写”；
(4)数据采集医师根据临床科研需求，结合“临床科研配置表”填写规则，完成表单填写，点击“完成”按钮。
其中，针对同一科研项目，采集医师可变更采集条件，填写多张“临床科研配置表”，以实现多维度的综合分析。
步骤S104包括：
S1041、根据配置表中的配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据。
步骤S104具体包括：
根据配置信息中的数据采集类型、患者出院的标志信息(以“出院小结”生成标志)和患者ID获取患者在每个目标医疗机构中一个诊断流程内的所有电子病历表，并作为第一电子病历组；
将同一目标医疗机构中与数据采集条件相匹配的所有第一电子病历组作为目标电子病历组；
在同一数据采集类型下，根据患者ID获取患者在不同的目标医疗机构且不同时间生成的目标电子病历组以形成每个患者的目标电子病历集；
汇集目标电子病历集获取临床科研项目所需的目标电子病历群，然后完成对电子病历采集数据的存储，如图3所示，为本实施例的电子病历数据存储架构图。
步骤S105包括：
根据转换规则对所有目标电子病历表进行转换处理得到对应的目标临床科研数据表；
汇集与目标电子病历组对应的目标临床科研数据表以形成目标临床科研数据组；
汇集与目标电子病历集对应的目标临床科研数据组以形成目标临床科研数据集；
汇集与目标电子病历群对应的目标临床科研数据集以形成目标临床科研数据群。
其中，目标临床科研数据群对应目标临床科研数据。
即依据“电子病历数据模型”与“临床科研数据采集模型”间的转换规则，将电子病历表转变为临床科研数据表，进而将电子病历组转变为临床科研数据组，将电子病历集转变为临床科研数据集，将电子病历群转变为临床科研数据群，该临床科研数据群即为本次采集的临床科研数据。
另外，在将电子病历表转变为临床科研数据表的表单转换过程中进行脱敏处理，如“临床科研数据采集模型”中“社会学信息表”表单中仅保留患者性别代码、患者性别名称、年龄(岁/月)共3项数据，患者姓名、联系方式、现住址等信息均不再保留；
在对临床科研数据存储的过程中进行脱敏处理，隐藏患者ID信息，仅以患者序号替代(如“患者1”)，依照“临床科研数据存储架构”，完成对采集的临床科研数据的存储。
本实施例中根据数据采集类型进行数据采集时，系统向数据采集医师发送数据采集结果通知：
当数据采集类型为一次性采集时，本实施例的采集方法还包括：
在采集完第一设定时间段内的数据时，确定目标临床科研数据采集完成；和/或，
当数据采集类型为连续采集时，本实施例的采集方法还包括：
每隔设定时长采集一次数据；
记录采集时间，并在采集时间达到设定时间时确定目标临床科研数据采集完成；或，记录采集的病例数，并在采集的病例数达到设定阈值时，确定目标临床科研数据采集完成。
即在“一次性采集”条件下，系统完成临床科研数据采集时，则提醒数据采集医师“本次临床科研数据集采集已经完成”；
在“连续采集”条件下，自临床科研数据自动化采集启动开始，每间隔固定时间周期(如5天，由数据采集医师根据需求自主设定)，提醒数据采集医师“目前已完成采集病例数为N”。若选定为时间范围，则系统识别截止时间，终止采集并进行提醒“本次临床科研数据集采集已经完成”；若选定为病例数，则系统识别采集临床科研数据组数达到病例数要求，终止采集并进行提醒“本次临床科研数据集采集已经完成”。
其中，在“一次性采集”条件下，数据采集医师可一次性调取采集完成的临床科研数据；在“连续采集”条件下，数据采集医师可在采集全程随时调取已经采集到的临床科研数据。
数据采集医师完成权限验证并登录以调取已采集到的临床科研数据。
下面结合具体实例说明：
(1)医疗机构前期部署阶段
前期部署阶段，首先确定部署“基于电子病历的临床科研数据自动化采集系统”，可进行数据采集的医疗机构，按照区域进行划分，生成“试点医疗机构信息表”并进行存储，具体内容如下表：
Figure BDA0002443596760000131
Figure BDA0002443596760000141
其中，本实施例中在填写“临床科研配置表”时，系统自动调取上表中的信息，数据采集人员依次选择进行临床科研数据采集的区域及医疗机构。
(2)电子病历数据模型
基于医院业务场景，参照国际信息标准HL7、ICD10、CDA等设计电子病历数据模型，包含门诊记录单、检验报告单、检查报告单、处方单、入院记录单等25张表单内容，具体内容如下：
Figure BDA0002443596760000142
Figure BDA0002443596760000151
Figure BDA0002443596760000161
其中，综合“患者身份证件类别+患者证件号”信息，作为患者ID，每张表单均记录患者ID，连接患者单诊疗周期内产生的所有电子病历表，形成电子病历组。
参考的国际信息标准包括以下内容：1、消息和数据交换标准：HL7、DICOM、NCPDP；2、术语标准：SNOMED、ICD10；3、文档标准：CCR、CDA、CCD；4、概念标准：HL7 RIM；5、应用标准：定义人机接口和实施方法，例如单点登录的标准要求CCOW；6、体系标准：定义数据存储与分布逻辑PHIN。
以“生命体征测量记录单”为例，其具体内容如下：
患者ID：
Figure BDA0002443596760000162
Figure BDA0002443596760000171
(3)临床科研数据采集模型
为更好满足临床科研数据应用需求，对“电子病历数据模型”中各表单的数据依据数据类别进行重新转化，转变为临床科研数据采集模型，其中包含社会学信息表、健康学信息表、检查信息表、检验信息表等27张表单，具体内容如下表：
Figure BDA0002443596760000172
Figure BDA0002443596760000181
Figure BDA0002443596760000191
其中，表单转化过程中需要进行脱敏处理，具体地隐藏患者ID信息，仅以患者序号替代，每张表单均记录患者序号，连接患者单诊疗周期内产生的所有临床科研数据表，形成临床科研数据组。
以“护理信息表”为例，其具体内容如下：
患者N：
Figure BDA0002443596760000192
Figure BDA0002443596760000201
Figure BDA0002443596760000211
(4)项目信息录入阶段
存储“临床科研项目基本信息表”模板及最终录入的项目基本信息，具体内容如下表：
序号 数据名称 数据内容
1 项目名称
2 项目类别
3 项目主要研究内容
4 项目组成员
5 项目状态
6 项目经费总额
… …
(5)采集权限分配阶段
依照医院组织架构及科室设置，汇总医护人员信息，形成医护人员信息库，各医护人员信息主要内容如下表：
Figure BDA0002443596760000212
Figure BDA0002443596760000221
具体操作中，临床科研项目负责人调取医护人员信息库，依据医院组织架构依次选择，最终选定负责数据采集的医师，并可查看其相关信息，信息进行采集权限标注并存储。
(6)配置表填写阶段
Figure BDA0002443596760000222
Figure BDA0002443596760000231
存储“临床科研配置表”模板及数据采集医师录入的需求信息，具体内容如下表：
其中，步骤一中，选择当前时间前任意一时间段以进行“一次性采集”；选取当前时间后任意一时间段或病例数以进行“连续采集”；亦可两项均选，进行既往数据及未来数据的采集；
步骤二中，依次选填临床科研数据采集的区域，在区域项下选定采集的医疗机构；
步骤三中，采集条件不局限于上述5项，可根据具体临床科研数据采集需求进行调整；
步骤四中，根据临床科研需求，从临床科研数据27张表单中选取所需表单，至少为一项。
(7)数据采集阶段
如图3所示的为电子病历数据存储架构。根据“临床科研数据自动化采集方法”中数据采集流程，调取“临床科研配置表”，根据录入信息，依次采集得到电子病历表-电子病历组-电子病历集-电子病历群，并完成存储。
对采集得到的电子病历群中各表单依据“临床科研数据自动化采集方法”中数据处理流程进行转化，将电子病历表转变为临床科研数据表，进而将电子病历组转变为临床科研数据组，将电子病历集转变为临床科研数据集，将电子病历群转变为临床科研数据群，该临床科研数据群即为本次采集的临床科研数据，如图4所示，为转化后的临床科研数据表单，然后按照该临床科研数据存储架构进行存储，且该整体存储架构与电子病历数据存储架构保持不变。
另外，本实施例的采集方法还包括：实现对执行各阶段启动事件、结束事件、模型表单等内容的读取；实现对执行各阶段采集信息的评判，并根据评判结果启动后续流程的执行；实现对执行各阶段评判结果的通知，并向相关人员发起流程执行的信息提醒。
即本实施例主要包括：医疗机构前期部署阶段，采集权限分配阶段，采集数据采集医师的相关信息；项目基本信息录入阶段，采集临床科研项目负责人审核结果信息，采集最终录入的项目基本信息；配置表填写阶段，采集数据采集医师录入的“临床科研配置表”相关信息；数据采集阶段，对接各选定医疗机构的CDR，依据数据采集流程，采集满足本次临床科研数据采集需求的电子病历群；数据处理阶段，采集依照转换规则转变后的临床科研样本数据，从而有效地实现对临床科研数据的自动化采集的目的。
本实施例中，根据临床科研项目的基本信息设置对应的配置信息以采集得到目标医疗机构的数据库中的目标电子病历数据，进而根据转换规则得到最终需要采集的目标临床科研数据，实现自动化采集电子病历数据并完成表单转化临床科研数据，代替现有手工或半手工式数据采集方式，解决人工干预造成的工作量大、数据缺失、前后数据不一致等问题，提高临床医师科研工作效率，提供一站式数据服务，提升医院科研能力。
实施例3
如图5所示，本实施例的临床科研数据的采集系统包括部署模块1、规则预设模块2、基本信息获取模块3、信息设置模块4、采集模块5和转换模块6。
部署模块1用于预先部署医疗机构；
具体地，根据实际情况，事先选定一定区域范围内(省、市、县/区等)的多家医疗机构作为临床科研数据自动化采集的试点医疗机构。当然，部署的医疗机构也可以根据实际需求进行调整。
每个试点医疗机构的临床数据中心中均采用基于国际信息标准(HL7、ICD10、CDA等)的电子病历数据模型，以保证对试点医疗机构的电子病历数据的规范化、结构化和标准化采集。
采用适合国家或地区的疾病诊断相关分组(DRG)分组方案，完成试点医疗机构DRG分组器部署。其中，疾病诊断相关分组的分组方案可根据不同国家地区需求进行个性化配置。具体如何进行DRG分组器部署属于本领域的成熟技术，因此此处就不再赘述。
规则预设模块2用于预设电子病历数据与临床科研数据之间的转换规则；
基本信息获取模块3用于获取临床科研项目对应的基本信息；
其中，在临床科研项目负责人点击“启动”按钮后，启动临床科研数据自动化采集流程。首先通过对接医院科研管理平台获取临床科研项目的基本信息，具体包括项目名称、项目类别、项目主要研究内容、项目组成员、项目状态、项目经费总额等。
信息设置模块4用于根据基本信息设置临床科研项目对应的配置信息；
其中，配置信息包括但不限于数据采集类型、数据采集范围、数据采集条件和数据采集表单。
数据采集类型用于确定数据采集的方式，包括一次性采集和连续采集。其中，在“一次性采集”条件下，既往数据采集后一次性汇集；在“连续采集”条件下，依照时间顺序逐渐汇集，采集结束后完成最终汇集。
数据采集范围包括数据采集的机构范围，包括区域信息和医疗机构信息。
数据采集条件包括DRG病组、用药信息、检查信息、检验信息、性别等。
数据采集表单包括临床科研数据表等。
采集模块5用于根据配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据；
转换模块6用于根据转换规则对目标电子病历数据进行转换处理，得到与临床科研项目对应的目标临床科研数据。
通过与医院临床数据中心对接，解决了目前临床科研数据获取中存在的数据样本量少、不完整、不准确等问题，实现样本数据全生命周期管理，保证了基于电子病历的临床科研数据收集的完整性、及时性和准确性，且减少了人工干预，降低了人工成本。
本实施例中，根据临床科研项目的基本信息设置对应的配置信息以采集得到目标医疗机构的数据库中的目标电子病历数据，进而根据转换规则得到最终需要采集的目标临床科研数据，实现自动化采集电子病历数据并完成表单转化临床科研数据，代替现有手工或半手工式数据采集方式，解决人工干预造成的工作量大、数据缺失、前后数据不一致等问题，提高临床医师科研工作效率，提供一站式数据服务，提升医院科研能力。
实施例4
如图6所示，本实施例的临床科研数据的采集系统是对实施例3的进一步改进，具体地：
基本信息获取模块3用于从临床科研管理平台中获取临床科研项目对应的基本信息，并根据基本信息自动填写
临床科研项目的基本信息表。
信息设置模块4用于根据基本信息表中的基本信息配置临床科研项目对应的配置信息，并根据配置信息填写临床科研项目对应的配置表。
本实施例的采集系统还包括第一判断模块7；
第一判断模块7用于判断基本信息表中的信息填写情况是否满足设定条件，若是，则执行根据基本信息表中的基本信息配置临床科研项目对应的配置信息的步骤；否则，生成反馈信息并对基本信息表进行修正，直至满足设定条件。
具体地，在启动临床科研数据自动化采集流程时，自动调用“临床科研项目基本信息表”，从而根据对接医院科研管理平台，完成表单内容的自动填写。
在填写完成后，可以提醒对自动填写的临床科研项目基本信息表进行核实操作。如向项目负责人发送“请完成临床科研项目基本信息审核”的提醒消息。在基本信息表中的信息填写情况审核无误时，项目负责人点击“审核无误”按钮，即完成对项目基本信息的录入；若审核有误，则项目负责人点击“审核有误”，并对有误信息进行手动修正，然后点击“修正完成”按钮，以完成对项目基本信息的录入。
本实施例的采集系统还包括权限预设模块8和第二判断模块9；
权限预设模块8用于预设数据采集权限；
具体地，系统提醒项目负责人“请完成临床科研数据采集权限分配，选定负责医师”。项目负责人通过调取“医护人员信息库”，选定负责数据采集的医师(以下简称“数据采集医师”)，并点击“完成”按钮；系统为该医师分配临床科研数据采集权限，并完成标注。
第二判断模块9用于判断是否具备数据采集权限，若是，则调用信息设置模块。
具体地，(1)系统提醒数据采集医师“您已获取临床科研数据采集权限，数据采集前请完成临床科研配置表填写”；
(2)数据采集医师登录系统，系统调取采集权限分配信息，完成权限验证；
(3)系统自动推送“临床科研配置表”，并提醒数据采集医师“请完成临床科研配置表填写”；
(4)数据采集医师根据临床科研需求，结合“临床科研配置表”填写规则，完成表单填写，点击“完成”按钮。
其中，针对同一科研项目，采集医师可变更采集条件，填写多张“临床科研配置表”，以实现多维度的综合分析。
采集模块5用于根据配置表中的配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据。
具体地，采集模块5包括第一病历组获取单元、目标病历组获取单元、目标病历集获取单元和目标病历群获取单元；
第一病历组获取单元用于根据配置信息中的数据采集类型、患者出院的标志信息(以“出院小结”生成标志)和患者ID获取患者在每个目标医疗机构中一个诊断流程内的所有电子病历表，并作为第一子病历组；
目标病历组获取单元用于将同一目标医疗机构中与数据采集条件相匹配的所有第一电子病历组作为目标电子病历组；
目标病历集获取单元用于在同一数据采集类型下，根据患者ID获取患者在不同的目标医疗机构且不同时间生成的目标电子病历组以形成每个患者的目标电子病历集；
目标病历群获取单元用于汇集目标电子病历集获取临床科研项目所需的目标电子病历群，然后完成对电子病历采集数据的存储，如图3所示，为本实施例的电子病历数据存储架构图。
转换模块6用于根据转换规则对所有目标电子病历表进行转换处理得到对应的目标临床科研数据表；
转换模块6还用于根据与目标电子病历组对应的目标临床科研数据表获取目标临床科研数据组；
转换模块6还用于根据与目标电子病历集对应的目标临床科研数据组获取目标临床科研数据集；
转换模块6还用于汇集与目标电子病历群对应的目标临床科研数据集以形成目标临床科研数据群；
其中，目标临床科研数据群对应目标临床科研数据。
即依据“电子病历数据模型”与“临床科研数据采集模型”间的转换规则，将电子病历表转变为临床科研数据表，进而将电子病历组转变为临床科研数据组，将电子病历集转变为临床科研数据集，将电子病历群转变为临床科研数据群，该临床科研数据群即为本次采集的临床科研数据。
另外，在将电子病历表转变为临床科研数据表的表单转换过程中进行脱敏处理，如“临床科研数据采集模型”中“社会学信息表”表单中仅保留患者性别代码、患者性别名称、年龄(岁/月)共3项数据，患者姓名、联系方式、现住址等信息均不再保留；
在对临床科研数据存储的过程中进行脱敏处理，隐藏患者ID信息，仅以患者序号替代(如“患者1”)，依照“临床科研数据存储架构”，完成对采集的临床科研数据的存储。
本实施例中根据数据采集类型进行数据采集时，系统向数据采集医师发送数据采集结果通知：
具体地，本实施例的采集系统还包括确定模块；
当数据采集类型为一次性采集时，确定模块用于在采集完第一设定时间段内的数据时，确定目标临床科研数据采集完成；和/或，
当数据采集类型为连续采集时，确定模块用于每隔设定时长采集一次数据，记录采集时间，并在所述采集时间达到设定时间时确定所述目标临床科研数据采集完成；或，每隔设定时长采集一次数据，记录采集的病例数，并在采集的病例数达到设定阈值时，确定所述目标临床科研数据采集完成。
即在“一次性采集”条件下，系统完成临床科研数据采集时，则提醒数据采集医师“本次临床科研数据集采集已经完成”；
在“连续采集”条件下，自临床科研数据自动化采集启动开始，每间隔固定时间周期(如5天，由数据采集医师根据需求自主设定)，提醒数据采集医师“目前已完成采集病例数为N”。若选定为时间范围，则系统识别截止时间，终止采集并进行提醒“本次临床科研数据集采集已经完成”；若选定为病例数，则系统识别采集临床科研数据组数达到病例数要求，终止采集并进行提醒“本次临床科研数据集采集已经完成”。
其中，在“一次性采集”条件下，数据采集医师可一次性调取采集完成的临床科研数据；在“连续采集”条件下，数据采集医师可在采集全程随时调取已经采集到的临床科研数据。
数据采集医师完成权限验证并登录以调取已采集到的临床科研数据。
本实施例的具体实例说明如参见实施例2中所述，因此此处就不再赘述。
本实施例主要包括：医疗机构前期部署阶段，采集权限分配阶段，采集数据采集医师的相关信息；项目基本信息录入阶段，采集临床科研项目负责人审核结果信息，采集最终录入的项目基本信息；配置表填写阶段，采集数据采集医师录入的“临床科研配置表”相关信息；数据采集阶段，对接各选定医疗机构的CDR，依据数据采集流程，采集满足本次临床科研数据采集需求的电子病历群；数据处理阶段，采集依照转换规则转变后的临床科研样本数据，从而有效地实现对临床科研数据的自动化采集的目的。
本实施例中，根据临床科研项目的基本信息设置对应的配置信息以采集得到目标医疗机构的数据库中的目标电子病历数据，进而根据转换规则得到最终需要采集的目标临床科研数据，实现自动化采集电子病历数据并完成表单转化临床科研数据，代替现有手工或半手工式数据采集方式，解决人工干预造成的工作量大、数据缺失、前后数据不一致等问题，提高临床医师科研工作效率，提供一站式数据服务，提升医院科研能力。
虽然以上描述了本发明的具体实施方式，但是本领域的技术人员应当理解，这仅是举例说明，本发明的保护范围是由所附权利要求书限定的。本领域的技术人员在不背离本发明的原理和实质的前提下，可以对这些实施方式做出多种变更或修改，但这些变更和修改均落入本发明的保护范围。

Claims (8)

1.一种临床科研数据的采集方法，其特征在于，所述采集方法包括：
预设电子病历数据与临床科研数据之间的转换规则；
获取临床科研项目对应的基本信息；
所述基本信息包括项目自身属性信息和项目参与成员信息；
根据所述基本信息设置所述临床科研项目对应的配置信息；
所述配置信息包括数据采集类型、数据采集范围、数据采集条件和数据采集表单中的至少一种；
根据所述配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据；
根据所述转换规则对所述目标电子病历数据进行转换处理，得到与所述临床科研项目对应的目标临床科研数据；
所述获取临床科研项目对应的基本信息的步骤包括：
从临床科研管理平台中获取所述临床科研项目对应的基本信息；
根据所述基本信息自动填写所述临床科研项目的基本信息表；
所述根据所述基本信息设置所述临床科研项目对应的配置信息的步骤包括：
根据所述基本信息表中的所述基本信息配置所述临床科研项目对应的所述配置信息；
根据所述配置信息填写所述临床科研项目对应的配置表；
所述根据所述配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据的步骤包括：
根据所述配置表中的所述配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据；
所述根据所述配置表中的所述配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据的步骤包括：
根据所述配置信息中的所述数据采集类型、患者出院的标志信息和患者ID获取患者在每个所述目标医疗机构中一个诊断流程内的所有电子病历表，并作为第一电子病历组；
将同一所述目标医疗机构中与所述数据采集条件相匹配的所有所述第一电子病历组作为目标电子病历组；
在同一所述数据采集类型下，根据所述患者ID获取患者在不同的所述目标医疗机构且不同时间生成的所述目标电子病历组以形成每个患者的目标电子病历集；
汇集所述目标电子病历集获取所述临床科研项目所需的目标电子病历群；
所述根据所述转换规则对所述目标电子病历数据进行转换处理得到目标临床科研数据的步骤包括：
根据所述转换规则对所有所述目标电子病历表进行转换处理得到对应的目标临床科研数据表；
汇集与所述目标电子病历组对应的所述目标临床科研数据表以形成目标临床科研数据组；
汇集与所述目标电子病历集对应的所述目标临床科研数据组以形成目标临床科研数据集；
汇集与所述目标电子病历群对应的所述目标临床科研数据集以形成目标临床科研数据群；
其中，所述目标临床科研数据群对应所述目标临床科研数据。
2.如权利要求1所述的临床科研数据的采集方法，其特征在于，所述采集方法还包括：
预先部署医疗机构；
根据所述临床科研项目选取多个所述医疗机构作为当前数据采集的所述目标医疗机构。
3.如权利要求1所述的临床科研数据的采集方法，其特征在于，当所述数据采集类型为一次性采集时，所述采集方法还包括：
在采集完第一设定时间段内的数据时，确定所述目标临床科研数据采集完成；和/或，
当所述数据采集类型为连续采集时，所述采集方法还包括：
每隔设定时长采集一次数据；
记录采集时间，并在所述采集时间达到设定时间时确定所述目标临床科研数据采集完成；或，记录采集的病例数，并在采集的病例数达到设定阈值时，确定所述目标临床科研数据采集完成。
4.如权利要求2所述的临床科研数据的采集方法，其特征在于，所述根据所述基本信息自动填写所述临床科研项目的基本信息表的步骤之后、所述根据所述基本信息表中的所述基本信息配置所述临床科研项目对应的所述配置信息的步骤之前还包括：
判断所述基本信息表中的信息填写情况是否满足设定条件，若是，则执行所述根据所述基本信息表中的所述基本信息配置所述临床科研项目对应的所述配置信息的步骤；否则，生成反馈信息并对所述基本信息表进行修正，直至满足所述设定条件；和/或，
所述采集方法还包括：
预设数据采集权限；
所述根据所述基本信息表中的所述基本信息配置所述临床科研项目对应的所述配置信息的步骤之前还包括：
判断是否具备数据采集权限，若是，则执行所述根据所述基本信息表中的所述基本信息配置所述临床科研项目对应的所述配置信息的步骤。
5.一种临床科研数据的采集系统，其特征在于，所述采集系统包括规则预设模块、基本信息获取模块、信息设置模块、采集模块和转换模块；
所述规则预设模块用于预设电子病历数据与临床科研数据之间的转换规则；
所述基本信息获取模块用于获取临床科研项目对应的基本信息；
所述基本信息包括项目自身属性信息和项目参与成员信息；
所述信息设置模块用于根据所述基本信息设置所述临床科研项目对应的配置信息；
所述配置信息包括数据采集类型、数据采集范围、数据采集条件和数据采集表单中的至少一种；
所述采集模块用于根据所述配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据；
所述转换模块用于根据所述转换规则对所述目标电子病历数据进行转换处理，得到与所述临床科研项目对应的目标临床科研数据；
所述基本信息获取模块用于从临床科研管理平台中获取所述临床科研项目对应的基本信息，并根据所述基本信息自动填写所述临床科研项目的基本信息表；
所述信息设置模块用于根据所述基本信息表中的所述基本信息配置所述临床科研项目对应的所述配置信息，并根据所述配置信息填写所述临床科研项目对应的配置表；
所述采集模块用于根据所述配置表中的所述配置信息从目标医疗机构的数据库中采集得到目标电子病历数据；
所述采集模块包括第一病历组获取单元、目标病历组获取单元、目标病历集获取单元和目标病历群获取单元；
所述第一病历组获取单元用于根据所述配置信息中的所述数据采集类型、患者出院的标志信息和患者ID获取患者在每个所述目标医疗机构中一个诊断流程内的所有电子病历表，并作为第一电子病历组；
所述目标病历组获取单元用于将同一所述目标医疗机构中与所述数据采集条件相匹配的所有所述第一电子病历组作为目标电子病历组；
所述目标病历集获取单元用于在同一所述数据采集类型下，根据所述患者ID获取患者在不同的所述目标医疗机构且不同时间生成的所述目标电子病历组以形成每个患者的目标电子病历集；
所述目标病历群获取单元用于汇集所述目标电子病历集获取所述临床科研项目所需的目标电子病历群；
所述转换模块用于根据所述转换规则对所有所述目标电子病历表进行转换处理得到对应的目标临床科研数据表；
所述转换模块还用于汇集与所述目标电子病历组对应的所述目标临床科研数据表以形成目标临床科研数据组；
所述转换模块还用于汇集与所述目标电子病历集对应的所述目标临床科研数据组以形成目标临床科研数据集；
所述转换模块还用于汇集与所述目标电子病历群对应的所述目标临床科研数据集以形成目标临床科研数据群；
其中，所述目标临床科研数据群对应所述目标临床科研数据。
6.如权利要求5所述的临床科研数据的采集系统，其特征在于，所述采集系统还包括部署模块；
所述部署模块用于预先部署医疗机构，并根据所述临床科研项目选取多个所述医疗机构作为当前数据采集的所述目标医疗机构。
7.如权利要求5所述的临床科研数据的采集系统，其特征在于，所述采集系统还包括确定模块；
所述确定模块用于在采集完第一设定时间段内的数据时，确定所述目标临床科研数据采集完成；和/或，
所述确定模块用于每隔设定时长采集一次数据，记录采集时间，并在所述采集时间达到设定时间时确定所述目标临床科研数据采集完成；或，记录采集的病例数，并在采集的病例数达到设定阈值时，确定所述目标临床科研数据采集完成。
8.如权利要求6所述的临床科研数据的采集系统，其特征在于，所述采集系统还包括第一判断模块；
所述第一判断模块用于判断所述基本信息表中的信息填写情况是否满足设定条件，若是，则执行所述根据所述基本信息表中的所述基本信息配置所述临床科研项目对应的所述配置信息的步骤；否则，生成反馈信息并对所述基本信息表进行修正，直至满足所述设定条件；和/或，
所述采集系统还包括权限预设模块和第二判断模块；
所述权限预设模块用于预设数据采集权限；
所述第二判断模块用于判断是否具备数据采集权限，若是，则调用所述信息设置模块。
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