具体实施方式
下面详细描述本发明的实施方式,所述实施方式的示例在附图中示出,其中自始至终相同或类似的标号表示相同或类似的元件或具有相同或类似功能的元件。下面通过参考附图描述的实施方式是示例性的,仅用于解释本发明,而不能理解为对本发明的限制。
在本发明的描述中,需要理解的是,术语“第一”、“第二”仅用于描述目的,而不能理解为指示或暗示相对重要性或者隐含指明所指示的技术特征的数量。由此,限定有“第一”、“第二”的特征可以明示或者隐含地包括一个或者更多个所述特征。在本发明的描述中,“多个”的含义是两个或两个以上,除非另有明确具体的限定。
在本发明的描述中,需要说明的是,除非另有明确的规定和限定,“连接”应做广义理解,例如,可以是固定连接,也可以是可拆卸连接,或一体地连接;可以是机械连接,也可以是电连接或可以相互通信;可以是直接相连,也可以通过中间媒介间接相连,可以是两个元件内部的连通或两个元件的相互作用关系。对于本领域的普通技术人员而言,可以根据具体情况理解上述术语在本发明中的具体含义。
下文的公开提供了许多不同的实施方式或例子用来实现本发明的不同结构。为了简化本发明的公开,下文中对特定例子的部件和设定进行描述。此外,本发明可以在不同例子中重复参考数字和/或参考字母,这种重复是为了简化和清楚的目的,其本身不指示所讨论各种实施方式和/或设定之间的关系。
所称的测序同序列测定,为核酸序列测定,包括DNA测序和/或RNA测序,包括长片段测序和/或短片段测序。
请参图1,本发明实施方式提供一种定位方法,用于测序系统300,请结合图2,测序系统300包括成像组件110和移动平台102,成像组件110包括光轴OP,移动平台102承载有反应装置200,成像组件110位于反应装置200的上方,利用限位开关控制移动平台102在第一方向上的行程,所称行程包括第一限位,该方法包括步骤:
(a)以第一步距往靠近第一限位的方向移动移动平台,直至反应装置的当前位置与反应装置的上一个位置之间的距离小于第一步距;
(b)往(a)的移动方向的反方向移动移动平台预设距离;
(c)以第二步距往(a)的移动方向移动移动平台,并利用成像组件对反应装置拍照,确定当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度变化,以及记录第二步距的步数,直至当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度变化和第二步距的步数满足预设条件,判定光轴和反应装置的位置满足预设关系。
上述定位方法,通过控制移动平台102在第一方向上来回移动的控制和位置变化相关信号的检测,包括对当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度变化以及所述第二步距的步数的判定,能够实现快速精确的第一通道定位,使得成像组件的光轴和反应装置的位置满足预设关系,这样使得后续能够设置出预定区域的多个目标视野的位置,以使成像组件能够快速连续地拍摄获得预定区域中的所有目标视野的信息。
具体地,请参图2,在一些示例中,反应装置200可固定放置在移动平台102上,测序系统300能够向反应装置200通入反应试剂。反应装置200上设有一个或多个平行设置的通道(channel),反应试剂进入通道中,使得固定在反应装置200上的待测核酸分子处于液体环境中,反应试剂包括聚合酶和带有光学可检测标记的核苷酸或核苷酸类似物;一般地,反应试剂包括多种,例如包含聚合酶、带有不同或相同光学可检测标记的四种核苷酸或核苷酸类似物或者缓冲液等的反应试剂,该些反应试剂可以混合或独立的存储于不同的容器中。
成像组件110置于反应装置200上方,使得在对待测核酸分子的测序过程中,能够采集反应装置200特定位置(视野)中的发光位置的图像,例如结合有带光学可检测标记的核苷酸或核苷酸类似物的待测核酸分子的图像,所称的光学可检测标记例如为荧光分子。反应装置200例如是一般所称的芯片或流动池(flowcell),芯片例如由上下两层基板或者上中下三层基板构成,通道形成于上下两层基板之间或者形成于中层基板上,待测核酸分子可固定于上层基板的下表面和/或下层基板的上表面(通道表面),通道提供待测核酸分子进行生化反应所需的空间,上层基板是透光的材质,例如为玻璃。
在一些实施方式中,成像组件110包括自动对焦模块,在利用自动对焦模块对反应装置200的特定位置进行对焦时,成像组件110不动,移动平台102根据自动对焦模块的信息/指令带动反应装置200在垂直于光轴OP的平面内移动,以使成像组件110能够对反应装置200上的不同位置进行图像采集。
当光轴OP与反应装置200的位置满足预设关系时,例如垂直关系,在核酸分子的荧光图像的拍照阶段,测序系统300可控制成像组件110对反应装置200进行拍照,以获得带有荧光分子的核酸分子的图像,图像例如为彩色图像或者灰度图像。成像组件110可包括显微镜和相机,相机采集来自显微镜的光。
参照图3所示的坐标系,在定位开始前或定位开始时,可将成像组件110的镜头(如显微镜的物镜112)移动到Z轴的0点位置,例如在Z轴方向上和反应装置200有一段距离且位于X轴方向的相对中间的任意位置,以防止物镜112和下方的反应装置200以及和两旁的结构碰撞。第一方向为沿Y轴的方向,包括Y轴正方向和Y轴负方向,往靠近第一限位的方向是Y轴正方向,在图3的示例中,垂直纸面向里的方向为Y轴正方向。
在一些实施方式中,反应装置200上设有多个通道21,如图4所示。所称的第一通道为拍照的起始通道,是一个指定的通道,通常地,第一通道的任意一位置都可以被选择作为拍照起始位置,所称的第一通道可以根据需要自行设定,如设定图4上从右至左的第一个通道和/或第二通道为所称的第一通道。利用本实施方式的定位方法,可使成像组件110的光轴OP垂直该第一通道,之后若有需要,可以使移动平台102沿X轴方向移动使成像组件110的光轴OP垂直该第一通道的特定位置再进行拍照,采集得该特定位置(视野)的图像。例如,图4中从上至下,使成像组件110的光轴OP垂直于第一通道211的上端点26,开始拍照。在图4和图5的示例中,垂直纸面向外的方向为Z轴正方向。
通常地,测序系统300包括限位开关、驱动模块(例如步进电机)和查询板卡来控制移动平台102的移动以及获得移动平台102或者反应装置200的位置坐标值,步进电机驱动移动平台运动,查询板卡根据步进电机运动的步数输出反应装置200/移动平台102的实时坐标值。限位开关用于限定移动平台102的运动极限位置,由于移动平台102和反应装置200的位置是相对固定,因此,限位开关同样可限定反应装置200的运动极限位置。
在另一实施方式中,测序系统300还包括机械挡块,机械挡块可设置在第一方向上的行程靠近限位开关的一端,用以限制移动平台102的运动。
本申请对所使用的限位开关的类型不作限制,可以是感应式的,如光电或电磁限位开关,也可以是接触式限位开关,也可以是多种限位开关的组合。在一个例子中,限位开关为电磁限位开关,移动平台102安装有磁性件。当电磁限位开关感应到磁性件时,该限位开关发生触点动作,实现电路切换断开驱动模块的电源,可认为移动平台102到达第一方向上的第一限位。一般地,由于限位开关有特定的精度,即该限位开关在一定的距离范围内能感应到该磁性件而发生响应,检测的是一个位置范围,因而可以理解地,反映到物理坐标上,移动平台102多次到达的第一限位不是一个具有固定坐标值的位置。
所称的预设距离,在一些实施方式中,可在利用测序系统300进行该定位方法之前确定。具体地,该预设距离L为第一通道与第一限位的垂直距离,可先确定和保存该L,以备后续调用;L例如可通过人工调节成像组件110和/或反应装置200的位置,通过采集第一通道上的任意一个视野的图像,来确定物镜112位于该第一通道上,进而基于此时第一通道的Y轴坐标和第一限位的Y轴坐标,确定该L。
关于机械运动定位,结合机械结构的尺寸公差、上述移动平台102运动、限位开关等的描述,可以理解地,具有一定的精度。在一些实施例中,进行步骤(a)之后进行步骤(b),即往(a)的移动方向的反方向移动移动平台102预设距离L,理论上,能使得第一通道位于物镜112的正下方即实现了目标定位,但由于存在移动平台102运动精度和/或同一规格的不同flowcell的重复精度,机械运动控制往往只能实现特定精度要求的定位;在一个示例中,指定的通道的宽度为小于2mm,机械运动精度需要高于±1mm才能通过控制该机械运动的方式来实现该精度要求的定位;对于定位精度要求更高的,只通过机械定位往往难以实现,或者说需要搭配更精密更贵的机械组件包括限位开关等才可能实现。
利用本实施方式的定位方法,能够解决机械定位精度低于指定定位精度、单纯靠机械定位难以实现的情况。
所称的第一步距与该移动方向的行程有关,一般地,第一步距小于该移动方向的行程。在一些例子中,Y轴正方向的行程为90mm,第一步距例如可以设置为20mm、18mm、15mm、10mm、5mm、2.5mm或者1mm等,在一个例子中,第一步距为Space1=2800μm。在步骤(a)中,在反应装置200的当前位置P2与反应装置200的上一位置P1之间的距离小于第一步距,即P2-P1<Space1时,即移动平台102在未走完该步距时,限位开关被触发开启,以使移动平台102停止移动。
在一些示例中,所述反应装置200设有一个或多个通道,通道的材质为第一材质,例如为玻璃,通道之间具有不同于第一材质的另一物质,例如为胶,以连接反应装置的多块基板和/或隔离开不同的通道;具体地,相邻两个通道之间和/或边缘通道与该反应装置200的边界之间设有第二材质物质,第二材质物质的材质为第二材质,通道和第二材质物质的光学特性具有差异;任选地,光学特性为光折射能力,因而,反映到图像上,这两种物质/结构的图像信号也有明显区别。如此,可以通过对两种光学特性不同的材质的图像之间的信号强度差异,对图像进行分析得知成像组件110的拍摄位置,例如确定成像组件110是位于通道上方还是位于胶上方。可以理解,在其它实施方式中,光学特性还可以是其它光学特性,而不限于光折射能力,例如,可以是光反射能力。
具体地,在成像组件110对反应装置200拍照时,由于反应装置200的不同部位/结构的材质的不同,该些不同结构/物质表现出的光学特性也不同,至少地,会使得拍得的相应图像的信号强度具有明显差异。
更具体地,在一个示例中,在拍照时,通道内具有空气或液体,可以认为通道的材质为空气或液体,通道之间或者边缘通道与反应装置200边界之间的物质为胶,对于光入射到通道,结合芯片的结构,可以理解地,光首先在玻璃和空气(或液体)两种介质的分界面上发生折射,基于折射光的反射光对通道进行成像;相对地,胶对入射光的折射能力比空气或液体对光的折射能力高,因而,成像时,胶的图像的强度大于通道的图像的强度。
在一些示例中,通道的图像的强度远小于胶的图像的强度;在一个具体示例中,所称的胶是UV胶,也称为无影胶、光敏胶或者紫外光固化胶,购自市售成品,该UV胶的图像的强度大于10倍的通道的图像的强度。
由此,据图像的强度的突然变化,可判断成像组件110的光轴OP为从通道进入胶或者从胶进入通道。在一些示例中,出现这种情况,例如当前拍摄所得的图像强度与上一步拍摄所得的图像强度比值突然小于某个预设值时,例如小于0.1,可以认为,成像组件110的拍摄位置从通道外转移至反应装置200的通道内;类似地,当前拍摄所得的图像强度与上一步拍摄所得的图像强度比值突然大于另一预设值时,例如大于10,可以认为,成像组件110的拍摄位置从通道内转移至反应装置200的通道外。该些预设值可通过对反应装置200不同部位/结构进行拍照并对比所得的图像强度来确定。在一个例子中,相对地,通道的图像强度为100至200,胶的图像强度大于2000。
在某些实施方式中,图像强度可以理解为图像的平均亮度。
所称的第二步距和/或第三步距的大小设置与反应装置200的尺寸包括通道的宽度和/或通道之间的间距有关,一般地,设置第二步距的大小为小于通道的宽度,设置第三步距的大小为小于通道之间的间距。
在一些例子中,一个通道的宽度为1.8mm,通道之间即第二材质物质例如胶的宽度为1.1mm;第二步距和/或第三步距例如可以独立地设置为0.1mm、0.18mm、0.2mm、0.3mm、0.5mm或者1mm等。
在某些实施方式中,预设条件与通道的图像的强度和第二材质物质的图像的强度比值、通道的宽度和/或第二材质物质的宽度有关。定义通道在第一方向上的长度为通道的宽度,定义相邻两个通道之间的第二材质物质在第一方向的长度为第二材质物质的宽度。边缘通道是指最靠近反应装置的边界的那些(个)通道,例如在图4的示例中,最左侧的通道214和最右侧的通道可称为边缘通道。在图5的示例中,第一通道211可称为边缘通道。
具体地,请结合图5,图5中示出了反应装置200的部分放大图,三个通道21从反应装置200的右边界向左分别为第一通道211、第二通道212和第三通道213。第二材质可为黏合基板或隔离开该多个通道的材质,例如是固体胶、塑胶材质或其它材质。在一个例子中,通道的宽度为1.8mm。两个通道之间的第二材质的宽度为1.0mm。
而在定位过程中,由于反应装置200在第一方向来回移动,反应装置200上的不同部位会位于成像组件110的显微镜的下方。在图5的示例中,反应装置200包括位置a、位置b、位置c、位置d,位置a、位置b和位置d为反应装置200的通道21外,位置a、位置b和位置d的材质第二材质,位置c位于通道21内,位置c的材质是第一材质。成像组件110在对这些不同部位进行拍照时,所得的图像强度可相同,也可不同,根据当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度变化及第二步距的步数,就可知道成像组件110的物镜112正下方是反应装置200的哪个部位,以及各部位之间的相对位置关系。
在一个例子中,请结合图5,反应装置200的多个通道21之间以及边缘通道与该反应装置边界之间的物质是胶,通道21的宽度为1.80mm,通道21之间例如第一通道211和第二通道212的间距即间隔胶的宽度为1.00mm,第一通道211与第一方向上离其最近的反应装置200的边界的间距即边缘胶的宽度大于1.80mm;欲从指定通道例如第一通道211开始拍照,即希望初始定位至第一通道211,由于机械运动定位的精度低于通道21的宽度,因此,在进行步骤(b)之后,对于正常的反应装置200例如没有发生漏胶、串胶的芯片,成像组件110的物镜112正下方或者光轴OP对应的反应装置200的位置可能为位置a、b、c或d,具体地,位置a和b分别位于相对靠近和远离第一通道211的边缘胶中,例如位置a距离第一通道211小于通道21的宽度,而位置b距离第一通道211大于通道21的宽度;位置c位于第一通道211中,位置d位于第一通道211和第二通道212的间隔胶中。
在本实施方式中,对一批相同规格尺寸的反应装置200进行定位时,可只对其中的任一个放置在移动平台102的反应装置200进行通道定位,定位完成后记录保存坐标,后续使用相同规格尺寸的反应装置200时,可直接利用移动平台102将该反应装置200移到到所保存的坐标位置实现初始定位,这样可大量节省序列测定的时间。在一些示例中,相同规格尺寸的反应装置200之间的机械公差不大于0.1mm。
在一个示例中,该定位方法为实现目标位置的精确定位,目标位置例如为反应装置200上的某个通道中的任意视野,通道21的宽度1.8mm,以使得成像组件110能够采集到目标位置的图像。相同规格的反应装置200之间以及相关机械结构的公差为±0.2mm,所以,可以理解的,要实现目标位置的定位,整个移动过程允许带进的偏差不得大于±0.7mm。
在某些实施方式中,定位为使成像组件110采集的视野来自反应装置200上的指定通道。在上述的例子中,指定通道可为反应装置200的第一通道211,更具体地,可将第一通道211的上端点26作为成像组件110拍照的起始位置。包含起始位置在内的拍照位置28可作为成像组件110的视野(FOV,field of view)。
在一些示例中,预设距离为在行程上、第一限位与满足预设关系时的移动平台102的位置之间的距离。
具体地,上述的例子中,可使光轴OP与反应装置200的第一通道211满足垂直关系。预设距离可在移动移动平台102前预先测量,并记录保存以调用。
需要说明的是,在图示的坐标系中,移动平台102的位置可由查询板卡而得出的,查询板卡可根据驱动移动平台102移动的电机的运动的步数反馈坐标值。在一个例子中,查询板卡计算输出坐标值的频率为20ms。
在某些实施方式中,请参图6,预设条件包括第一条件,(c)包括:
(c11)以第二步距往(a)的移动方向移动移动平台102,对反应装置200拍照并记录拍照所得的图像的强度和第二步距的步数,若满足第一条件,判定光轴和反应装置的位置满足的预设关系是定位成功,
第一条件为当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值小于第一预设比值且第二步距的步数大于第一预设步数,第一预设比值与通道和第二材质物质的光学特性的差异相关,第一预设步数与通道的宽度相关。
具体地,在步骤(b)中,往(a)的移动方向的反方向-Y移动移动平台预设距离L后,基于通道21的宽度和相邻两个通道21之间的第二材质的机械偏差,以及移动速度造成的偏差,可能使得显微镜的光轴OP对到反应装置200的位置如图5中示例的位置a、位置b、位置c和位置d。
在这个实施方式中,在(c11)中,在当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值小于第一预设比值的情况下,反映出从光轴OP对到第二材质切换到光轴OP对到第一材质,即通道21,而可能的移动路径是图5中的1.1)从位置a进入第一通道211(位置a与第一通道211的距离不大于第一预设步数的第二步距),或者1.2)从位置b进入第一通道211(相较于位置a与第一通道211的距离,位置b与第一通道211的距离大于第一预设步数的第二步距),或者1.3)从第一通道211和第二通道212之间的位置d进入第二通道212。在(c11)中,第二步距的步数用S1表示,当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值用R1表示。
进一步地,在第二步距的步数S1大于第一预设步数的情况下,由于上述1.1)-1.3)三种情况中的a、b和d位置与其各自进入的通道的距离,只有位置b与其进入的第一通道211的距离大于第一预设步数的第二步距,因此,移动路径只能是上述的1.2)即从位置b进入第一通道211。在这种情况下,判定光轴OP和反应装置200的位置满足的预设关系是定位成功。光轴对到第一通道211,即指定通道。
在一个例子中,第一预设比值是0.1,第一预设步数是10,第二步距是180微米。第一条件为R1<0.1且S1>10。
在某些实施方式中,请参图7,预设条件包括第一条件、第二条件和第三条件,(c)包括:
(c21)以第二步距往(a)的移动方向+Y移动移动平台102,对反应装置200拍照并记录拍照所得的图像的强度和第二步距的步数,若满足第一条件,清零第二步距的步数,第一条件为当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值小于第一预设比值且第二步距的步数不大于第一预设步数;
(c22)以第二步距往(a)的移动方向的反方向移动移动平台102,对反应装置200拍照并记录拍照所得的图像的强度和第二步距的步数;
(c23)若满足第二条件,使标志量为第一值,第二条件为当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值大于第二预设比值且第二步距的步数不大于第二预设步数;
(c24)以第三步距往(a)的移动方向的反方向移动移动平台102,并记录第三步距的步数;
(c25)使第三步距的大小与第二步距的大小相同,继续进行(c22)和(c24),若满足第三条件,以第三步距往(a)的移动方向移动移动平台102第三预设步数,判定光轴OP和反应装置200的位置满足的预设关系是定位成功,第三条件为第二步距的步数不大于第二预设步数、当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值不小于第一预设比值且不大于第二预设比值、标志量为第一值且第三步距的步数大于第三预设步数,第一预设比值和第二预设比值均与通道21和第二材质物质的光学特性的差异相关,第一预设步数与通道21的宽度相关,第二预设步数与通道21的宽度和第二材质物质的宽度相关,第三预设步数与第二材质物质的宽度相关。如此,可以确定对反应装置200的指定通道定位成功。
具体地,如前所述,在(b)中,往(a)的移动方向的反方向-Y移动移动平台预设距离L后,基于通道的宽度和相邻两个通道之间的第二材质的机械偏差,以及移动速度造成的偏差,可能使得显微镜的光轴对到图5中的位置a、位置b、位置c和位置d。
在这个实施方式中,(c21)中的第一条件若满足,包括在当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值小于第一预设比值,反映出从光轴OP对到第二材质变成光轴OP对到第一材质,即从胶进入到通道21,可能的移动路径是图5中的1.1)从位置a进入第一通道211(位置a与第一通道211的距离不大于第一预设步数的第二步距),或者1.2)从位置b进入第一通道211(位置b与第一通道211的距离大于第一预设步数的第二步距),或者1.3)从第一通道211和第二通道212之间的位置d进入第二通道212。
而该第一条件中所称的第一预设步数,是依据第二步距的大小和通道的宽度来设置的,例如,设置使第二步距的大小与第一预设步数的乘积与一个通道宽度相当,所称的相当为所得的乘积与一个通道宽度的大小的差异小于一个第二步距的大小。第二步距的步数不大于第一预设步数,表明第二材质离第一材质(通道21)相对较近,如小于一个通道宽度,说明可能是上述1.1)或1.3),即从光轴OP对到位置a移动到光轴OP对到第一通道211,或者从光轴OP对到位置d移动到光轴OP对到第二通道212。
满足该第一条件之后,进行(c22),使得移动平台102的移动方向与(c21)的移动方向相反。在(c22)中,第二步距的步数用S3表示,当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值用R2表示。
在(c23)中,第二条件包括当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值R2大于第二预设比值,表明反向移动移动平台102之后,从光轴OP对到第一材质(通道)移动至光轴OP对到第二材质,即从通道退回到胶中。结合第二步距的步数不大于第二预设步数,排除了反应装置200结构异常等情况(如芯片中的胶漏了、胶串连了不同的几个通道等),判定满足了第二条件,由此,触发改变标志量状态。
第二条件中所称的第二预设步数,是依据第二步距的大小、通道的宽度以及通道间隔的宽度来设置的,例如,设置使第二步距的大小与第二预设步数的乘积与一个通道宽度加一个通道间隔宽度的和值的大小相当,所称的相当为所得的乘积大于和值且乘积与和值的差不大于一个第二步距的大小。
具体地,在满足第二条件的情况下,使标志量为第一值。标志量可设置为两个状态或者说两个值:第一值和第二值,比如,标志量的第一值为“真”(true)、第二值为“假”(false);又比如,标志量的第一值为1、第二值为0;可设置标志量的初始值或默认值是第二值。标志量的变化例如从初始值(第二值)变化为第一值,可用于作为启动执行某个线路或动作的判断条件。在这个实施方式中,在标志量为第一值的情况下,确定进行(c24);在标志量为第二值即默认值的情况下,确定不进行(c24)。在一个例子中,可以用true表示第一值,false表示第二值,在另外的例子中,也可用1表示第一值,0表示第二值,在此不作具体限定。在满足第二条件的情况下,赋值bindex为true即bindex=true,bindex表示标志量。
在bindex为true的情况下,在(c24)中,以第三步距继续目前移动平台的移动方向移动移动平台102。一方面,记录第三步距的步数,另一方面,也需要在先前第二步距的计数基础上同时也记录第二步距的步数。第三步距的一步距离和第二步距的一步距离即第三步距和第二步距的大小可以是一样的,只在不同阶段的步数计数不同,也可以不一样;为简便,在一些示例中,设置第二步距和第三步距的大小一样。例如,第二步距的步数表示为S3,第三步距的步数表示为S2,在步骤(c23)中,记录得到第二步距的步数S3=N,在步骤(c24),开始以第三步距移动移动平台102时,第三步距的步数S2=1,同时,记录S3=N+1,N为自然数,即每次以一个步距移动移动102平台时,同时在第三步距的步数和第二步距的步数基础上加1。
在(c25)中,使所述第三步距的大小与所述第二步距的大小相同,继续进行(c22)和(c24),移动平台102的移动方向与(c22)和(c24)一致,不变。对第二步距的步数S3进行累计。第二步距的步数S3仍不大于第二预设步数和当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值R2不小于第一预设比值且不大于第二预设比值,表明光轴OP一直对着一种材质,结合以上以及标志量为第一值且第三步距的步数S2大于第三预设步数,表明光轴对到的位置是第二材质的位置a。
需要说明的,第三条件中所称的第三预设步数,是依据第三步距的大小和通道间隔的宽度来设置的,例如,设置使第三步距的大小与第三预设步数的乘积与一个通道间隔的宽度(第二材质物质的宽度)相当,所称的相当为所得的乘积与一个通道间隔的宽度的大小差异小于一个第三步距的大小。
在满足第三条件,以第三步距往(a)的移动方向移动移动平台102第三预设步数,使得光轴从对到位置a移动到对到第一通道211。定位成功。
在本实施方式中,第二预设比值大于第一预设比值,第二预设步数大于第一预设步数,第一预设步数大于第三预设步数。
在一个例子中,第一预设比值是0.1,第一预设步数是10,第二步距是180微米,第二预设比值是10,第二预设步数是16,第三预设步数是6。第一条件为R1<0.1且S1<=10,第二条件为R2>10且S3<=16,第三条件为S3<=16,0.1<=R2<=10,bindex=true且S2>6。
在基于以上确定了该实施方式实现了从a位置定位到第一通道211之后,可以验证上述步骤怎么从a位置实现定位到指定通道的,具体地,以第二步距以Y轴正方向一步一步移动移动平台102或反应装置200,触发满足第一条件时,表现为从a位置刚进入到第一通道211;进而,以第二步距以Y轴负方向移动移动平台102或反应装置200一步,即S3为1时,触发满足第二条件,表现为从第一通道211退回到边缘胶中;由此,改变标志量状态为非默认值,启动第三步距移动线路的执行;此后,在边缘胶中往边界的方向的每步移动中,R2都没有出现骤变;直至一旦出现第三步距的步数大于第三预设值,判定该定位是a位置情景,往Y轴正方向移动一定距离(所称的一定距离的大小例如为第三预设值和第三步距的乘积),实现定位到第一通道1。
在某些实施方式中,请参图8,预设条件包括第一条件、第二条件和第三条件,(c)包括:
(c31)以第二步距往(a)的移动方向移动移动平台102,对反应装置200拍照并记录拍照所得的图像的强度和第二步距的步数,若满足第一条件,清零第二步距的步数,第一条件为当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值小于第一预设比值且第二步距的步数不大于第一预设步数;
(c32)以第二步距往(a)的移动方向的反方向移动移动平台102,对反应装置200拍照并记录拍照所得的图像的强度和第二步距的步数;
(c33)若满足第二条件,使标志量为第一值,第二条件为当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值大于第二预设比值且第二步距的步数不大于第二预设步数;
(c34)以第三步距往(a)的移动方向的反方向移动移动平台102,并记录第三步距的步数;
(c35)使第三步距的大小与第二步距的大小相同,继续进行(c32)和(c34),若满足第三条件,判定光轴OP和反应装置200的位置满足的预设关系是定位成功,第三条件为第二步距的步数不大于第二预设步数、第三步距的步数不大于第三预设步数且当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值小于第一预设比值,第一预设比值和第二预设比值均与通道21和第二材质物质的光学特性的差异相关,第一预设步数与通道21的宽度相关,第二预设步数与通道21的宽度和第二材质物质的宽度21相关,第三预设步数与第二材质物质的宽度相关。如此,可以确定对反应装置的指定通道定位成功。
具体地,如前所述,在(b)中,往(a)的移动方向的反方向-Y移动移动平台预设距离L后,基于通道的宽度和相邻两个通道之间的第二材质的机械偏差,以及移动速度造成的偏差,可能使得显微镜的光轴对到图5中的位置a、位置b、位置c和位置d。
在这个实施方式中,(c31)中的第一条件若满足,包括在当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值小于第一预设比值的情况下,反映出从光轴OP对到第二材质变成光轴OP对到第一材质,即胶到通道,可能的移动路径是图5中的1.1)从位置a进入第一通道211(位置a与第一通道211的距离不大于第一预设步数的第二步距),或者1.2)从边缘位置b进入第一通道211(位置b与第一通道211的距离大于第一预设步数的第二步距),或者1.3)从第一通道211和第二通道212之间的位置d进入第二通道212。
第二步距的步数不大于第一预设步数,参照上述实施方式对第一预设步数的说明,表明第二材质离第一材质(通道21)相对较近,说明可能是上述1.1)或1.3)的情形,即光轴OP对到第二材质位置a或位置d移动到光轴OP对到第一材质(通道21),即从位置a或位置d到通道21。因而,进行(c32),使得移动平台102的移动方向与(c31)的移动方向相反。在(c32)中,第二步距的步数用S3表示,当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值用R2表示。
在(c33)中,所称的第二条件包括当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值R2大于第二预设比值,表明反向移动移动平台102后,光轴OP从对到第一材质(通道21)移动至光轴OP对到第二材质,即从通道21到胶。具体地,在满足第二条件的情况下,使标志量为第一值。标志量可设置两个值:第一值和第二值,比如,标志量的第一值为“真”(true)、第二值为“假”(false);又比如,标志量的第一值为1、第二值为0;可设置标志量的初始值或默认值是第二值。标志量的变化例如从初始值(第二值)变化为第一值,可用作启动执行某个线路或动作的条件。在这个实施方式中,在标志量为第一值的情况下,确定进行(c34)。在标志量为第二值的情况下,确定不进行(c34)。在一个例子中,可以用true表示第一值,false表示第二值,在另外的例子中,也可用1表示第一值,0表示第二值,在此不作具体限定。在满足第二条件的情况下,赋值使bindex=true,bindex表示标志量。
在(c34)中,以第三步距继续往目前的移动方向移动移动平台102。一方面,记录第三步距的步数,另一方面,也需要在先前第二步距的计数基础上同时也记录第二步距的步数。为简便,设置第三步距的一步距离和第二步距的一步距离一样的,只是在不同阶段的步数计数不同。例如,第二步距的步数表示为S3,第三步距的步数表示为S2,在步骤(c33)中,记录得到第二步距的步数S3=N,在步骤(c34),开始以第三步距移动移动平台102时,第三步距的步数S2=1,同时,记录S3=N+1,N为自然数,即每次以一个步距移动移动平台102时,同时在第三步距的步数和第二步距的步数基础上加1。
在(c35)中,继续进行(c32)和(c34),移动平台的移动方向与(c32)和(c34)一致,不变。对第二步距的步数S3进行累计。第二步距的步数S3仍不大于第二预设步数和当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值R2小于第一预设比值,表明光轴OP对着的材质发生改变,表明光轴OP初始对到的位置是由两个通道之间的第二材质移动到第一材质的第一通道211,即从位置d到第一通道211。定位成功。
在本实施方式中,第二预设比值大于第一预设比值,第二预设步数大于第一预设步数。
在一个例子中,第一预设比值是0.1,第一预设步数是10,第二步距是180微米,第二预设比值是10,第二预设步数是16,第三预设步数是6。第一条件为R1<0.1且S1<=10,第二条件为R2>10且S3<=16,第三条件为S3<=16,S2<=6且R2<0.1。
在某些实施方式中,请参图9,预设条件包括第一条件、第二条件和第三条件,(c)包括:
(c41)以第二步距往(a)的移动方向+Y移动移动平台,对反应装置拍照并记录拍照所得的图像的强度和第二步距的步数,若满足第一条件,以第二步距往(a)的移动方向的反方向-Y移动移动平台一步,以及清零第二步距的步数,第一条件为当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值大于第二预设比值;
(c42)以第二步距往(a)的移动方向的反方向-Y移动移动平台,对反应装置拍照并记录拍照所得的图像的强度和第二步距的步数;
(c43)若满足第二条件,使标志量为第一值,第二条件为当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值大于第二预设比值且第二步距的步数不大于第二预设步数;
(c44)以第三步距往(a)的移动方向的反方向移动移动平台,并记录第三步距的步数;
(c45)使第三步距的大小与第二步距的大小相同,继续进行(c42)和(c44),若满足第三条件,以第三步距往(a)的移动方向移动移动平台第三预设步数,判定光轴和反应装置的位置满足的预设关系是定位成功,第三条件为第二步距的步数不大于第二预设步数、当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值不小于第一预设比值且不大于第二预设比值、标志量为第一值且第三步距的步数大于第三预设步数,第一预设比值和第二预设比值均与通道和第二材质物质的光学特性的差异相关,第二预设步数与通道的宽度和第二材质物质的宽度相关,第三预设步数与第二材质物质的宽度相关。如此,可以确定对反应装置的指定通道定位成功。
具体地,如前所述,在(b)中,往(a)的移动方向的反方向-Y移动移动平台预设距离L后,基于通道的宽度和相邻两个通道之间的第二材质的机械偏差,以及移动速度造成的偏差,可能使得显微镜的光轴对到图5中的位置a、位置b、位置c和位置d。具体地,在(c41)中第一条件若满足,包括当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值表示为R1,R1大于第二预设比值,表明光轴OP从对到第一材质移动到对到第二材质,即从通道到胶。猜测,光轴OP初始对着的是位置c,即步骤(b)后,已经实现了目标定位;但由于还有可能是芯片异常等原因,无法确定(b)步骤之后就是c位置情况。
进一步地,进行(c42),反方向移动移动平台102。在往(a)的移动方向+Y移动所述移动平台时的第二步距的步数用S1表示,在往(a)的移动方向+Y的反方向移动所述移动平台时的第二步距的步数用S3表示。反向移动移动平台102一步,可以推知,若是c位置情形,会使光轴OP从对到第二材质变为对到第一材质,即从第一通道211和第二通道212的间隔胶中回到第一通道211。在往(a)的移动方向+Y移动所述移动平台102过程中,所拍照的图像强度比值用R1表示。
在(c42)中,继续往(a)的移动方向+Y的反方向移动所述移动平台,第二步距的步数S3进行累加。
标志量、第二预设步数和/或第三预设步数的相关说明可以参看上面的相关部分。
在(c43)中,在往(a)的移动方向+Y的反方向移动移动平台102时所拍照的图像强度比值用R2表示。R2大于第二预设比值且所述第二步距的步数不大于第二预设步数,表明光轴OP从对到第一材质变成对到第二材质,即通道21到胶,可以推知,若是c位置情形,表现为从第一通道211进入到边缘胶中。
在(c44)中,光轴OP对到的位置继续在第二材质,并向位置b移动。第三步距的步数用S2表示。
类似于上述a位置情形,在(c45)中,第三步距的步数大于第三预设步数时,反向移动移动平台102,即往(a)的移动方向移动移动平台,使光轴OP对到第一通道211。实现从位置c定位到目标通道,定位成功。
在本实施方式中,第二预设比值大于第一预设比值,第二预设步数大于第三预设步数。
在一个例子中,第一预设比值是0.1,第二步距是180微米,第二预设比值是10,第二预设步数是16,第三预设步数是6。第一条件为R1>10,第二条件为R2>10且S3<=16,第三条件为S3<=16,0.1<=R2<=10,bindex=true且S2>6。
在某些实施方式中,请参图10,(c)包括:
(c13)在当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值不小于第一预设比值且不大于第二预设比值,第二步距的步数大于第四预设步数的情况下,判定光轴和反应装置的位置满足的预设关系是定位失败;
(c14)在当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值不小于第一预设比值且不大于第二预设比值,第二步距的步数不大于第四预设步数的情况下,对反应装置重新拍照和重新记录第二步距的步数;
第四预设步数与通道的宽度和第二材质物质的宽度相关。如此,根据不同的结果,可进行相应操作。
具体地,在当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值不小于第一预设比值且不大于第二预设比值,确定所述定位失败。根据这个结果,可对定位失败的原因进行分析。定位失败的原因包括定位装置漏胶、定位装置不合格等。根据具体的原因来进行相应操作,例如更换或修复等操作。
当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值不小于第一预设比值且不大于第二预设比值,所述第二步距的步数不大于第四预设步数的情况下,对所述反应装置继续拍照和记录所述第二步距的步数S1。
在本实施方式中,第四预设步数大于第一预设步数。在一个例子中,第一预设步数是10,第四预设步数是20。
可以理解,在其它实施方式中,(c)也可包括(c13)或(c14)。
在某些实施方式中,请参图11,在(c24)后,(c)包括:
(c26)第二步距的步数大于第二预设步数的情况下,判定光轴和反应装置的位置满足的预设关系是定位失败。如此,可根据失败的结果,分析原因,执行相应操作。
具体地,在第二步距的步数大于第二预设步数的情况下,图像强度比值没有出现较大变化,确定所述定位失败。根据这个结果,可对定位失败的原因进行分析。定位失败的原因包括定位装置漏胶、定位装置不合格等。根据具体的原因来进行相应操作,例如更换或修复等操作。在一个例子中,第二预设步数是16。
在某些实施方式中,请参图12,(c)包括:
在第二步距的步数不大于第二预设步数且当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像比值不大于第二预设比值且不小于第一预设比值的情况下,一直进行(c22)。如此,可以继续以目前的移动方向移动平台,直至图像强度比值出现较大变化。
具体地,通过图像强度比值与第二预设比值和第一预设比值的比较,可以得出光轴对到的位置变化,当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像强度比值大于第二预设比值,表明光轴OP对到的位置从通道21变化到胶,当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像强度比值小于第二预设比值,表明光轴OP对到的位置从胶变化到通道21。当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像强度比值不大于第二预设比值和不小于第二预设比值,表明光轴OP对到的位置没有变化,要么是胶,要么是通道21。第一预设比值和第二预设比值可通过预先对反应装置200进行的拍照测试来确定。在图12中,T1表示第二步距的步数不大于第二预设步数且当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像比值不大于第二预设比值且不小于第一预设比值。
在某些实施方式中,请参图13,(c)包括:在第二步距的步数不大于第二预设步数且当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像比值不大于第二预设比值且不小于第一预设比值以及第三步距的步数不大于第三预设步数的情况下,使第二步距和第三步距的大小相同,一直进行(c22)和(c24)。如此,可以继续以目前的移动方向移动平台,直至触发条件:所述第二步距的步数大于第三预设步数。
具体地,在触发条件:所述第三步距的步数大于所述第三预设步数的情况下,反向移动移动平台第三预设步数,使光轴对到第一通道211。在图13中,T2表示第二步距的步数不大于第二预设步数且当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像比值不大于第二预设比值且不小于第一预设比值以及第三步距的步数不大于第三预设步数的情况下,第二步距和第三步距的大小相同。
在某些实施方式中,请参图14,(c)包括:
(c15)在当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值大于第二预设比值的情况下,以第二步距往(a)的移动方向的反方向移动移动平台一步,并对第二步距的步数清零,第二预设比值与通道和第二材质物质的光学特性的差异相关。如此,可使光轴对到通道21。
具体地,在当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值大于第二预设比值,表明光轴对到的位置变化从通道21到胶,反方向移动平台,使光轴对到的位置回到通道21。对第二步距的步数清零,避免对后续步距步数判断的影响。
在某些实施方式中,请参图15,定位方法包括:(d)在光轴OP和反应装置200的位置满足预设关系的情况下,发出提示信息。如此,可以在光轴OP和反应装置200的位置满足预设关系时,及时让用户继续后续操作,提高了序列测定效率。
具体地,光轴OP和反应装置200的位置满足的预设关系可以是定位成功,也可以定位失败。提示信息可采用声和/或光的方式来提示,例如,测序系统300包括扬声器和/或显示屏,在光轴OP和反应装置200的位置满足预设关系时,扬声器可播放成功或失败信息,显示屏可显示成功或失败信息等。当然,测序系统300也可包括震动元件,在光轴OP和反应装置200的位置满足预设关系时,震动元件震动以提示成功或失败信息。不管采集哪种方式来发出提示信息,提示信息发出时,应该能够让用户马上了解到具体是成功信息还是失败信息。
图16汇总示例了上述多种实施方式的判断和步骤执行流程。
请结合图2和图17,本发明实施方式提供一种定位装置302,用于测序系统300,测序系统300包括成像组件110和移动平台102,成像组件110包括光轴OP,移动平台102承载有反应装置200,成像组件110位于反应装置200的上方,利用限位开关控制移动平台102在第一方向上的行程,行程包括第一限位,定位装置302用于实现以下步骤:
(a)以第一步距往靠近所述第一限位的方向移动所述移动平台,直至所述反应装置的当前位置与所述反应装置的上一个位置之间的距离小于所述第一步距;
(b)往(a)的移动方向的反方向移动所述移动平台预设距离;
(c)以第二步距往(a)的移动方向移动所述移动平台,并利用所述成像组件对所述反应装置拍照,确定当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度变化,以及记录所述第二步距的步数,直至当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度变化和所述第二步距的步数满足预设条件,判定所述光轴和所述反应装置的位置满足预设关系。
上述定位装置302,通过控制移动平台102在第一方向上来回移动的控制和位置变化相关信号的检测,包括对当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度变化以及所述第二步距的步数的判定,能够实现快速精确的第一通道定位,使得成像组件的光轴和反应装置的位置满足预设关系,这样使得后续能够设置出预定区域的多个目标视野的位置,以使成像组件能够快速连续地拍摄获得预定区域中的所有目标视野的信息。
需要说明的是,上述任一实施方式和实施例中的对定位方法的技术特征和有益效果的解释和说明也适用于本实施方式的测序系统300,为避免冗余,在此不再详细展开。
定位装置302可以包括控制器,用于控制成像组件110和移动平台102,例如,控制成像组件110移动,对焦、调焦、拍照,控制移动平台102移动等。
在某些实施方式中,反应装置200设有一个或多个通道21,通道21的材质为第一材质,相邻两个通道21之间和/或边缘通道与反应装置200的边界之间设有第二材质物质,第二材质物质的材质为第二材质,通道的光折射能力与第二材质物质的光折射能力具有差异。
在某些实施方式中,反应装置200设有多个通道21,多个通道21以阵列形式排设,预设条件与通道21的图像的强度和第二材质物质的图像的强度比值、通道21的宽度和第二材质物质的宽度有关;
定义通道21在第一方向上的长度为通道21的宽度;
定义相邻两个通道21之间的第二材质物质在第一方向的长度为第二材质物质的宽度。
在某些实施方式中,预设条件包括第一条件,(c)包括:
(c11)以第二步距往(a)的移动方向移动移动平台102,对反应装置200拍照并记录拍照所得的图像的强度和第二步距的步数,若满足第一条件,判定光轴OP和反应装置200的位置满足的预设关系是定位成功,
第一条件为当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值小于第一预设比值且第二步距的步数大于第一预设步数,第一预设比值与通道21和第二材质物质的光学特性的差异相关,第一预设步数与通道21的宽度相关。
在某些实施方式中,预设条件包括第一条件、第二条件和第三条件,(c)包括:
(c21)以第二步距往(a)的移动方向移动移动平台102,对反应装置200拍照并记录拍照所得的图像的强度和第二步距的步数,若满足第一条件,清零第二步距的步数,第一条件为当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值小于第一预设比值且第二步距的步数不大于第一预设步数;
(c22)以第二步距往(a)的移动方向的反方向移动移动平台102,对反应装置200拍照并记录拍照所得的图像的强度和第二步距的步数;
(c23)若满足第二条件,使标志量为第一值,第二条件为当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值大于第二预设比值且第二步距的步数不大于第二预设步数;
(c24)以第三步距往(a)的移动方向的反方向移动移动平台102,并记录第三步距的步数;
(c25)使第三步距的大小与第二步距的大小相同,继续进行(c22)和(c24),若满足第三条件,以第三步距往(a)的移动方向移动移动平台102第三预设步数,判定光轴OP和反应装置200的位置满足的预设关系是定位成功,
第三条件为第二步距的步数不大于第二预设步数、当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值不小于第一预设比值且不大于第二预设比值、标志量为第一值且第三步距的步数大于第三预设步数,
第一预设比值和第二预设比值均与通道21和第二材质物质的光学特性的差异相关,
第一预设步数与通道21的宽度相关,
第二预设步数与通道21的宽度和第二材质物质的宽度相关,
第三预设步数与第二材质物质的宽度相关。
在某些实施方式中,预设条件包括第一条件、第二条件和第三条件,(c)包括:
(c31)以第二步距往(a)的移动方向移动移动平台102,对反应装置200拍照并记录拍照所得的图像的强度和第二步距的步数,若满足第一条件,清零第二步距的步数,第一条件为当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值小于第一预设比值且第二步距的步数不大于第一预设步数;
(c32)以第二步距往(a)的移动方向的反方向移动移动平台102,对反应装置200拍照并记录拍照所得的图像的强度和第二步距的步数;
(c33)若满足第二条件,使标志量为第一值,第二条件为当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值大于第二预设比值且第二步距的步数不大于第二预设步数;
(c34)以第三步距往(a)的移动方向的反方向移动移动平台102,并记录第三步距的步数;
(c35)使第三步距的大小与第二步距的大小相同,继续进行(c32)和(c34),若满足第三条件,判定光轴OP和反应装置200的位置满足的预设关系是定位成功,第三条件为第二步距的步数不大于第二预设步数、第三步距的步数不大于第三预设步数且当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值小于第一预设比值。
在某些实施方式中,预设条件包括第一条件、第二条件和第三条件,(c)包括:
(c41)以第二步距往(a)的移动方向移动移动平台102,对反应装置200拍照并记录拍照所得的图像的强度和第二步距的步数,若满足第一条件,以第二步距往(a)的移动方向的反方向移动移动平台102一步,以及清零第二步距的步数,第一条件为当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值大于第二预设比值;
(c42)以第二步距往(a)的移动方向的反方向移动移动平台102,对反应装置200拍照并记录拍照所得的图像的强度和第二步距的步数;
(c43)若满足第二条件,使标志量为第一值,第二条件为当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值大于第二预设比值且第二步距的步数不大于第二预设步数;
(c44)以第三步距往(a)的移动方向的反方向移动移动平台102,并记录第三步距的步数;
(c45)使第三步距的大小与第二步距的大小相同,继续进行(c42)和(c44),若满足第三条件,以第三步距往(a)的移动方向移动移动平台102第三预设步数,判定光轴OP和反应装置200的位置满足的预设关系是定位成功,第三条件为第二步距的步数不大于第二预设步数、当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值不小于第一预设比值且不大于第二预设比值、标志量为第一值且第三步距的步数大于第三预设步数,
第一预设比值和第二预设比值均与通道21和第二材质物质的光学特性的差异相关,
第二预设步数与通道21的宽度和第二材质的宽度相关,
第三预设步数与第二材质物质的宽度相关。
在某些实施方式中,(c)包括:
(c13)在当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值不小于第一预设比值且不大于第二预设比值,第二步距的步数大于第四预设步数的情况下,判定光轴OP和反应装置200的位置满足的预设关系是定位失败;任选地,
(c14)在当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值不小于第一预设比值且不大于第二预设比值,第二步距的步数不大于第四预设步数的情况下,对反应装置200重新拍照和重新记录第二步距的步数;
第四预设步数与通道21的宽度和第二材质物质的宽度相关。
在某些实施方式中,在(c24)后,(c)包括:
(c26)第二步距的步数大于第二预设步数的情况下,判定光轴OP和反应装置200的位置满足的预设关系是定位失败。
在某些实施方式中,(c)包括:
在第二步距的步数不大于第二预设步数且当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像比值不大于第二预设比值且不小于第一预设比值的情况下,一直进行(c22)。
在某些实施方式中,(c)包括:在第二步距的步数不大于第二预设步数且当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像比值不大于第二预设比值且不小于第一预设比值以及第三步距的步数不大于第三预设步数的情况下,使第二步距和第三步距的大小相同,一直进行(c22)和(c24)。
在某些实施方式中,(c)包括:
(c15)在当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度比值大于第二预设比值的情况下,以第二步距往(a)的移动方向的反方向移动移动平台102一步,并对第二步距的步数清零,第二预设比值与通道21和第二材质物质的光学特性的差异相关。
在某些实施方式中,定位装置用于实现以下步骤:(d)在光轴OP和反应装置200的位置满足预设关系的情况下,发出提示信息。
请参图18,本发明实施方式提供一种定位装置302,用于测序系统300,测序系统300包括成像组件110和移动平台102,成像组件110包括光轴OP,移动平台102承载有反应装置200,成像组件110位于反应装置200的上方,利用限位开关控制移动平台102在第一方向上的行程,行程包括第一限位,定位装置302包括:
存储装置304,用于存储数据,数据包括计算机可执行程序;
处理器306,用于执行计算机可执行程序,执行计算机可执行程序包括完成上述任一实施方式的定位方法的步骤。
请参图2、图17和图18,本发明实施方式提供一种测序系统300,包括上述任一实施方式的定位装置302。
上述测序系统300,通过控制移动平台102在第一方向上来回移动的控制和位置变化相关信号的检测,包括对当前拍照所得的图像与上一步拍照所得的图像的强度变化以及所述第二步距的步数的判定,能够实现快速精确的第一通道定位,使得成像组件的光轴和反应装置的位置满足预设关系,这样使得后续能够设置出预定区域的多个目标视野的位置,以使成像组件能够快速连续地拍摄获得预定区域中的所有目标视野的信息。
在本说明书的描述中,参考术语“一个实施方式”、“某些实施方式”、“示意性实施方式”、“示例”、“具体示例”、或“一些示例”等的描述意指结合所述实施方式或示例描述的具体特征、结构、材料或者特点包含于本发明的至少一个实施方式或示例中。在本说明书中,对上述术语的示意性表述不一定指的是相同的实施方式或示例。而且,描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任何的一个或多个实施方式或示例中以合适的方式结合。
在流程图中表示或在此以其他方式描述的逻辑和/或步骤,例如,可以被认为是用于实现逻辑功能的可执行指令的定序列表,可以具体实现在任何计算机可读存储介质中,以供指令执行系统、装置或设备(如基于计算机的系统、包括处理器的系统或其他可以从指令执行系统、装置或设备取指令并执行指令的系统)使用,或结合这些指令执行系统、装置或设备而使用。就本说明书而言,"计算机可读存储介质"可以是任何可以包含、存储、通信、传播或传输程序以供指令执行系统、装置或设备或结合这些指令执行系统、装置或设备而使用的装置。
此外,在本发明各个实施方式中的各功能单元可以集成在一个处理模块中,也可以是各个单元单独物理存在,也可以两个或两个以上单元集成在一个模块中。上述集成的模块既可以采用硬件的形式实现,也可以采用软件功能模块的形式实现。所述集成的模块如果以软件功能模块的形式实现并作为独立的产品销售或使用时,也可以存储在一个计算机可读取存储介质中。
尽管上面已经示出和描述了本发明的实施方式,可以理解的是,上述实施方式是示例性的,不能理解为对本发明的限制,本领域的普通技术人员在本发明的范围内可以对上述实施方式进行变化、修改、替换和变型。