CN111566085A - 抗感染杂环化合物及其用途 - Google Patents

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CN111566085A CN201880074775.XA CN201880074775A CN111566085A CN 111566085 A CN111566085 A CN 111566085A CN 201880074775 A CN201880074775 A CN 201880074775A CN 111566085 A CN111566085 A CN 111566085A
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莱夫·基尔塞布姆
拉姆·尚卡尔·乌帕德哈雅雅
拉加瓦·雷迪·凯斯里
安德斯·弗塔嫩
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Abstract

本发明涉及可用作抗感染剂的具有式F‑I的杂环化合物。本发明进一步涉及通过施用此类化合物治疗感染的方法，以及包含此类化合物的药物组合物。

Description

抗感染杂环化合物及其用途
技术领域
本发明涉及可用作抗感染剂的杂环化合物。本发明进一步涉及抑制通过施用这种化合物治疗感染的方法。本发明进一步涉及包含此类化合物的药物组合物。
背景技术
抗微生物剂耐药性对全球公共卫生的威胁日益严重。新的耐药机制在全球范围内出现并传播，从而威胁由细菌、寄生虫和真菌引起的一系列感染的有效预防和治疗。
可提供许多实例来说明所构成的威胁。在2013年，存在大约50万新的多重耐药性结核病例。已经在大湄公河次区域检测到对基于青蒿素的组合疗法的耐药性，这些组合疗法是用于恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)疟疾的最佳可用方法。耐药性较高的细菌(例如MRSA)会导致大量医院获得性感染，并且也开始在社区中传播。与感染非耐药性细菌的患者相比，患有此类耐药性感染的患者具有较差临床结果和死亡的风险增加。10个国家已经报道了由于对最后手段抗生素(第3代头孢菌素)的治疗的抗性而使淋病不可治疗的病例。因此，淋病可能很快变得不可治疗。
这强调了对于用于疗法中的新抗感染剂存在增加且迫切的需要。
发明内容
因此，本发明的目的是提供可用于治疗或预防感染的化合物。另一个目的是提供治疗感染，如细菌、真菌或寄生虫感染的方法。
这些目的通过如由所附权利要求披露的化合物实现。
这些化合物具有式F-I：
Figure BDA0002497911790000021
或其药学上可接受的盐
其中
X5选自CH、CMe、C＝O、和N；
Figure BDA0002497911790000022
在当X5是CH、CMe或N时表示双键，并且在当X5是C＝O时表示单键；
R1选自由以下组成的组：
-R2、-(CH2)m-R2、-C(O)-R2、和-CHMe-R2；
R2选自由以下组成的组：
任选地被一个或多个选自-卤素和-C1-3烷基的基团取代的-苯基，
-C3-10环烷基，其中所述环烷基基团是单环的、二环的或多环的并且任选地被一个或多个选自-F和-Me的基团取代，
-C1-10烷基，其中所述烷基基团是直链的或支链的，
-C2-10烯基，其中所述烯基基团是直链的或支链的，和
-杂环基，其中所述杂环基基团是5元或6元脂肪族杂环；
R3选自由以下组成的组：
-CH(R4)-(CH2)n-C(O)NR5R6、
-CH(R4)-(CH2)n-NHR5、
-CH(R4)-(CH2)n-NR5R6、
-CH(R4)-(CH2)n-CH(NH2)-C(O)NR5R6、
-C(O)-NR5R6、
-(CH2)n-Cy-NR5R6、和
-CH(R4)-(CH2)n-OR6；
R4选自由以下组成的组：
-C1-6烷基，其中所述烷基基团是直链的或支链的，
-C3-6环烷基，
任选地被一个或多个选自-卤素、-C1-3烷基、-C1-3全卤代烷基、-C1-3烷氧基、-C1-3全卤代烷氧基、和-羟基的基团取代的-苯基，
任选地被一个或多个选自-卤素、-C1-3烷基、-C1-3全卤代烷基、-C1-3烷氧基、-C1-3全卤代烷氧基、和-羟基的基团取代的-苄基，
-杂环基，其中所述杂环基基团是5元或6元脂肪族或芳香族的任选地苯并稠合的杂环，并且任选地被一个或多个选自-苄基、-卤素、-C1-3烷基、-C1-3全卤代烷基、-C1-3烷氧基、-C1-3全卤代烷氧基、和-羟基的基团取代；
R5选自由以下组成的组：
-H、
任选地被一个或多个选自-卤素和-C1-3烷基的基团取代的-苄基、
-C1-6烷基、
-乙酰基、
-CN、和
-(CH2)3-NH2；
或者
R4和R5与它们所键合的原子一起形成杂脂肪族环；
R6选自由以下组成的组：
任选地被一个或多个R7基团取代的-C1-3烷基，
-C0-3烷基-环烷基，其中所述环烷基基团是任选地被一个或多个R7基团取代的3-6元单环环烷基，
-C(O)-环烷基，其中所述环烷基基团是任选地被一个或多个R7基团取代的3-6元单环环烷基，
-C0-3烷基-杂环基，其中所述杂环基基团是5元或6元脂肪族或芳香族的任选地苯并稠合的杂环，并且任选地被一个或多个R7基团取代，
-C1-3烷基-苯基，其中所述苯基基团任选地被一个或多个R7基团取代，
-C(O)-(CH2)p-NH-(CH2)r-苯基，其中所述苯基基团任选地被一个或多个R7基团取代；
或者
R5和R6与它们所键合的原子一起形成任选地被一个或多个R7基团取代的杂脂肪族环；
R7选自由以下组成的组：-卤素、-C1-3烷基、-C1-3烷氧基、苯基、羟基、-CH2OH、-氧代、-C(O)Me、-SO2Me、任选地被-F取代的-SO2Ph、单或二-C1-3烷基胺、-C(O)-NH2、-NH-C(O)-NH2、-C(＝NH)-NH2、-NH-C(＝NH)-NH2、-(CH2)s-NH2、哌啶、哌嗪、吗啉、-(CH2)t-NH-P(O)(OEt)2、-C(O)-NH-R8、和任选地被-Cl取代的-苯氧基；
R8选自由以下组成的组：-OH、-(氨基)环己基、-吡咯烷基乙基、和-甲基哌嗪基乙基；
R9和R10各自独立地选自由以下组成的组：-H，-卤素，-C1-3烷基，-C1-3全氟代烷基，C2-3烷氧基，-C1-3全氟代烷氧基，-NO2，-OH，-CN，-CO2H，-CO2Me，-CO2NH2，-CH2NH2，-Cy，-吡啶基，-四氢吡啶基，任选地被-Me取代的-吡嗪基，和任选地被-卤素、-C1-3烷基、-C1-3全氟代烷基、-C1-3烷氧基、-C1-3全氟代烷氧基取代的-苯基；并且
其中m、n、p、r、s和t各自独立地选自0、1和2。
在此还披露具有式(I)的化合物：
Figure BDA0002497911790000051
或其药学上可接受的盐
其中
X1、X2、X3、和X4各自独立地选自C和N；
X5选自CH、CMe、C＝O、和N；
R1选自由以下组成的组：
-H、-R2、-(CH2)m-R2、-C(O)-R2、和-CHMe-R2；
R2选自由以下组成的组：
任选地被一个或多个选自-卤素和-C1-3烷基的基团取代的-苯基，
-C3-10环烷基，其中所述环烷基基团是单环的、二环的或多环的并且任选地被一个或多个选自-F和-Me的基团取代，
-C1-10烷基，其中所述烷基基团是直链的或支链的，
-C2-10烯基，其中所述烯基基团是直链的或支链的，和
-杂环基，其中所述杂环基基团是5元或6元脂肪族杂环；
R3选自由以下组成的组：
-CH(R4)-(CH2)n-C(O)NR5R6、
-CH(R4)-(CH2)n-NHR5、
-CH(R4)-(CH2)n-NR5R6、
-CH(R4)-(CH2)n-CH(NH2)-C(O)NR5R6、
-C(O)-NR5R6、
-(CH2)n-Cy-NR5R6、和
-CH(R4)-(CH2)n-OR6；
R4选自由以下组成的组：
-H，
-C1-6烷基，其中所述烷基基团是直链的或支链的，
-C3-6环烷基，
任选地被一个或多个选自-卤素、-C1-3烷基、-C1-3全卤代烷基、-C1-3烷氧基、-C1-3全卤代烷氧基、和-羟基的基团取代的-苯基，
任选地被一个或多个选自-卤素、-C1-3烷基、-C1-3全卤代烷基、-C1-3烷氧基、-C1-3全卤代烷氧基、和-羟基的基团取代的-苄基，
-杂环基，其中所述杂环基基团是5元或6元脂肪族或芳香族的任选地苯并稠合的杂环，并且任选地被一个或多个选自-苄基、-卤素、-C1-3烷基、-C1-3全卤代烷基、-C1-3烷氧基、-C1-3全卤代烷氧基、和-羟基的基团取代；
R5选自由以下组成的组：
-H、
任选地被一个或多个选自-卤素和-C1-3烷基的基团取代的-苄基、
-C1-6烷基、
-乙酰基、
-CN、和
-(CH2)3-NH2；
或者
其中R4和R5与它们所键合的原子一起形成杂脂肪族环；
R6选自由以下组成的组：
任选地被一个或多个R7基团取代的-C1-3烷基，
-C0-3烷基-环烷基，其中所述环烷基基团是任选地被一个或多个R7基团取代的3-6元单环环烷基，
-C(O)-环烷基，其中所述环烷基基团是任选地被一个或多个R7基团取代的3-6元单环环烷基，
-C0-3烷基-杂环基，其中所述杂环基基团是5元或6元脂肪族或芳香族的任选地苯并稠合的杂环，并且任选地被一个或多个R7基团取代，
-C1-3烷基-苯基，其中所述苯基基团任选地被一个或多个R7基团取代，
-C(O)-(CH2)p-NH-(CH2)r-苯基，其中所述苯基基团任选地被一个或多个R7基团取代；
或者
其中R5和R6与它们所键合的原子一起形成任选地被一个或多个R7基团取代的杂脂肪族环；
R7选自由以下组成的组：-卤素、-C1-3烷基、-C1-3烷氧基、苯基、羟基、-CH2OH、-氧代、-C(O)Me、-SO2Me、任选地被-F取代的-SO2Ph、单或二-C1-3烷基胺、-C(O)-NH2、-NH-C(O)-NH2、-C(＝NH)-NH2、-NH-C(＝NH)-NH2、-(CH2)s-NH2、哌啶、哌嗪、吗啉、-(CH2)t-NH-P(O)(OEt)2、-C(O)-NH-R8、和任选地被-Cl取代的-苯氧基；
R8选自由以下组成的组：-OH、-(氨基)环己基、-吡咯烷基乙基、和-甲基哌嗪基乙基；
R9和R10各自独立地选自由以下组成的组：-H，-卤素，-C1-3烷基，-C1-3全氟代烷基，-C1-3烷氧基，-C1-3全氟代烷氧基，-NO2，-OH，-CN，-CO2H，-CO2Me，-CO2NH2，-CH2NH2，-Cy，-吡啶基，-四氢吡啶基，任选地被-Me取代的-吡嗪基，和任选地被-卤素、-C1-3烷基、-C1-3全氟代烷基、-C1-3烷氧基、-C1-3全氟代烷氧基取代的-苯基；并且
其中m、n、p、r、s和t各自独立地选自0、1或2。
因此如由式I和F-I所定义的化合物或盐可以用于治疗或预防感染，尤其是细菌感染。
不希望受到理论的束缚，认为以上披露的化合物至少部分地通过抑制RNA酶P来达到其抗菌作用。RNA酶P是存在于所有活细胞和细菌中的核糖核蛋白复合物，RNA酶P涉及RNA转录物的加工，例如从tRNA前体中去除5′前导序列。在细菌中，RNA酶P由一个RNA亚基和小的碱性蛋白组成，并且已经显示催化活性与其RNA亚基相关。RNA酶P潜在地是良好的药物靶标，因为RNA酶P对于细菌存活力是必不可少的，并且RNA酶P的结构在细菌与真核生物之间不同。例如，细菌中重要的P-15环是抗菌药物设计的良好靶标，因为它不存在于人(真核)RNA酶P RNA中。
具有式F-I的这些化合物可以属于具有式F-II的化合物的子集：
Figure BDA0002497911790000081
或其药学上可接受的盐
其中
X5选自CH、CMe、C＝O、和N；
Figure BDA0002497911790000082
在当X5是CH、CMe或N时表示双键，并且在当X5是C＝O时表示单键；
R1选自由以下组成的组：
-R2、-(CH2)m-R2、-C(O)-R2、和-CHMe-R2；
R2选自由以下组成的组：
任选地被一个或多个选自-F和-Me的基团取代的-苯基，
-C3-10环烷基，其中所述环烷基基团是任选地被一个或多个选自-F和-Me的基团取代的环丙基、环庚基、二环庚基或金刚烷基，
-C1-10烷基，其中所述烷基基团是乙基、异丙基或辛基，
-C2-10烯基，其中所述烯基基团是直链的或支链的，和
-杂环基，其中所述杂环基基团是哌啶基或六氢吡喃基；
R3选自由以下组成的组：
-CH(R4)-(CH2)n-C(O)NR5R6、
-CH(R4)-(CH2)n-NHR5、
-CH(R4)-(CH2)n-NR5R6、
-CH2-CH(NH2)-C(O)NR5R6、
-C(O)-NR5R6、
-Cy-NR5R6、和
-CH(R4)-(CH2)n-OR6；
R4选自由以下组成的组：
-C1-6烷基，其中所述烷基基团是直链的或支链的，
选自由环丙基、环戊基和环己基组成的组的-C3-6环烷基，
任选地被一个或多个选自-F、-Cl、-Me、-iPr、-CF3、-OMe、OCF3的基团取代的-苯基，
任选地被一个或多个甲基基团取代的-苄基，
-杂环基，其中所述杂环基基团是咪唑基、噻唑基、吡啶基、哌啶基、四氢吡喃基、喹啉基或异喹啉基，并且任选地被一个或多个选自-苄基、和-羟基的基团取代；
R5选自由以下组成的组：
-H、
任选地被一个或多个选自-F和-Me的基团取代的-苄基、
-C1-2烷基、
-乙酰基、
-CN、和
-(CH2)3-NH2；
或者
R4和R5与它们所键合的原子一起形成6元杂脂肪族环；
R6选自由以下组成的组：
任选地被一个或多个R7基团取代的-C1-3烷基，
-C0-3烷基-环烷基，其中所述环烷基基团是任选地被一个或多个R7基团取代的环丙基、环戊基或环己基，
-C(O)-环烷基，其中所述环烷基基团是任选地被一个或多个R7基团取代的环丙基、环戊基或环己基，
-C0-3烷基-杂环基，其中所述杂环基基团是吡咯烷基、吡啶基、咪唑基、噻唑基、哌啶基、呋喃基、苯并二氧戊环基(benzodioxolanyl)、噁唑基、吗啉基或四氢吡喃基，并且任选地被一个或多个R7基团取代，
-C1-3烷基-苯基，其中所述苯基基团任选地被一个或多个R7基团取代，
-C(O)-(CH2)p-NH-(CH2)r-苯基，其中所述苯基基团任选地被一个或多个R7基团取代；
或者
R5和R6与它们所键合的原子一起形成6元杂脂肪族环，该环任选地被一个或多个R7基团取代；
R7选自由以下组成的组：甲基、氟、溴、苯基、羟基、-CH2OH、-氧代、甲氧基、-C(O)Me、-SO2Me、任选地被-F取代的-SO2Ph、-NH2、-NHMe、-NMe2、-C(O)-NH2、-NH-C(O)-NH2、-C(＝NH)-NH2、-NH-C(＝NH)-NH2、-(CH2)s-NH2、哌啶、哌嗪、吗啉、-(CH2)t-NH-P(O)(OEt)2、-C(O)NH-R8、和任选地被-Cl取代的苯氧基；
R8选自由以下组成的组：-OH、-(氨基)环己基、-吡咯烷基乙基、和-甲基哌嗪基乙基；
R9选自由以下组成的组：-H，-F，-Br，-NO2，-OH，-CN，-CO2H，-CO2Me，-CO2NH2，-CH2NH2，-Cy，-吡啶基，-四氢吡啶基，任选地被-Me取代的-吡嗪基，和任选地被-Cl、-Me、-CF3、-OMe或-OCF3取代的-苯基；
R10是-H或-Br；并且
m、n、p、r、s和t各自独立地选自0、1和2。
具有式F-I和F-II的这些化合物可以属于具有式F-III的化合物的子集：
Figure BDA0002497911790000111
或其药学上可接受的盐
其中R11是-H、-Me或-氧代；
Figure BDA0002497911790000112
在当R11是-H或-Me时表示双键，并且在当R11是氧代时表示单键。
具有式F-I、F-II和F-III的这些化合物可以属于具有式F-IV的化合物的子集：
Figure BDA0002497911790000121
或其药学上可接受的盐。
具有式F-I、F-II和F-III的这些化合物可以属于具有式F-V的化合物的子集：
Figure BDA0002497911790000122
或其药学上可接受的盐。
具有式F-I、F-II和F-III的这些化合物可以属于具有式VI的化合物的子集：
Figure BDA0002497911790000123
或其药学上可接受的盐，
其中v是0或1，
Z选自CH或N，
并且其中
每当Z是CH时，R12是-NR5R6，并且
每当Z是N时，R12选自包含至少一个N原子的R7基团。
具有式F-I、F-II、F-IlI、F-IV和F-V中任一个的这些化合物可以属于以下化合物的子集，其中：
R1是环己基或正辛基；
n是2；
R4选自由以下组成的组：-Cy、-PhOCF3和戊烷-3-基；
R5是H；
R6是-(CH2)3-NH2或-Cy-NH2；
R9是-H或-CN；并且
R10是H。
具有式VI的化合物可以属于以下化合物的子集，其中：
R1是环己基或正辛基；
R9是-H或-CN；并且
R10是H。
具有式I的这些化合物可以属于具有式II的化合物的子集：
Figure BDA0002497911790000131
或其药学上可接受的盐。
X1、X2、X3、和X4可以各自独立地选自C和N，其条件是当X3是N则X1也是N。
X5可以选自CH、CMe、C＝O、和N。
R1可以选自由以下组成的组：
-H、-R2、-(CH2)m-R2、-C(O)-R2、和-CHMe-R2。
R2可以选自由以下组成的组：
任选地被一个或多个选自-F和-Me的基团取代的-苯基，
-C3-10环烷基，其中所述环烷基基团是任选地被一个或多个选自-F和-Me的基团取代的环丙基、环庚基、二环庚基或金刚烷基，
-C1-10烷基，其中所述烷基基团是乙基、异丙基或辛基，
-C2-10烯基，其中所述烯基基团是直链的或支链的，和
-杂环基，其中所述杂环基基团是哌啶基或六氢吡喃基。
R3可以选自由以下组成的组：
-CH(R4)-(CH2)n-C(O)NR5R6、
-CH(R4)-(CH2)n-NHR5、
-CH(R4)-(CH2)n-NR5R6、
-CH2-CH(NH2)-C(O)NR5R6、
-C(O)-NR5R6、
-Cy-NR5R6、和
-CH(R4)-(CH2)n-OR6。
R4可以选自由以下组成的组：
-H，
-C1-6烷基，其中所述烷基基团是直链的或支链的，
选自由环丙基、环戊基和环己基组成的组的-C3-6环烷基，
任选地被一个或多个选自-F、-Cl、-Me、-iPr、-CF3、-OMe、OCF3的基团取代的-苯基，
任选地被一个或多个甲基基团-C1-3烷基的基团取代的-苄基，以及
-杂环基，其中所述杂环基基团是咪唑基、噻唑基、吡啶基、哌啶基、四氢吡喃基、喹啉基或异喹啉基，并且任选地被一个或多个选自-苄基、和-羟基的基团取代。
R5可以选自由以下组成的组：
-H、
任选地被一个或多个选自-F和-Me的基团取代的-苄基、
-C1-2烷基、
-乙酰基、
-CN、和
-(CH2)3-NH2。
R4和R5与它们所键合的原子一起可以形成6元杂脂肪族环。
R6可以选自由以下组成的组：
任选地被一个或多个R7基团取代的-C1-3烷基，
-C0-3烷基-环烷基，其中所述环烷基基团是任选地被一个或多个R7基团取代的环丙基、环戊基或环己基，
-C(O)-环烷基，其中所述环烷基基团是任选地被一个或多个R7基团取代的环丙基、环戊基或环己基，
-C0-3烷基-杂环基，其中所述杂环基基团是吡咯烷基、吡啶基、咪唑基、噻唑基、哌啶基、呋喃基、苯并二氧戊环基(benzodioxolanyl)、噁唑基、吗啉基或四氢吡喃基，并且任选地被一个或多个R7基团取代，
-C1-3烷基-苯基，其中所述苯基基团任选地被一个或多个R7基团取代，并且
-C(O)-(CH2)p-NH-(CH2)r-苯基，其中所述苯基基团任选地被一个或多个R7基团取代。
R5和R6与它们所键合的原子一起可以形成任选地被一个或多个R7基团取代的6元杂脂肪族环。
R7可以选自由以下组成的组：甲基、氟、溴、苯基、羟基、-CH2OH、-氧代、甲氧基、-C(O)Me、-SO2Me、任选地被-F取代的-SO2Ph、-NH2、-NHMe、-NMe2、-C(O)-NH2、-NH-C(O)-NH2、-C(＝NH)-NH2、-NH-C(＝NH)-NH2、-(CH2)s-NH2、哌啶、哌嗪、吗啉、-(CH2)t-NH-P(O)(OEt)2、-C(O)NH-R8、和任选地被-Cl取代的苯氧基。
R8可以选自由以下组成的组：-OH、-(氨基)环己基、-吡咯烷基乙基、和-甲基哌嗪基乙基。
R9可以选自由以下组成的组：-H，-F，-Br，-NO2，-OH，-OMe，-CN，-CO2H，-CO2Me，-CO2NH2，-CH2NH2，-Cy，-吡啶基，-四氢吡啶基，任选地被-Me取代的-吡嗪基，和任选地被-Cl、-Me、-CF3、-OMe或-OCF3取代的-苯基。
R10可以是-H或-Br。
m、n、p、r、s和t可以各自独立地选自0、1或2。
具有式I或II的这些化合物可以属于具有式III的化合物的子集：
Figure BDA0002497911790000171
或其药学上可接受的盐
其中R11是-H、-Me或-氧代。
具有式I-III的这些化合物可以属于具有式IV的化合物的子集：
Figure BDA0002497911790000172
或其药学上可接受的盐。
具有式I-III中任一个的这些化合物可以属于具有式V的化合物的子集：
Figure BDA0002497911790000173
或其药学上可接受的盐。
具有式I-III中任一个的这些化合物可以属于具有式VI的化合物的子集：
Figure BDA0002497911790000181
或其药学上可接受的盐，
其中v是0或1，
Z选自CH或N，
并且其中
每当Z是CH时，R12是-NR5R6，并且
每当Z是N时，R12选自包含至少一个N原子的R7基团。
具有式I-VI中任一个的这些化合物可以属于以下化合物的子集，其中：
R1是环己基或正辛基；
n是2；
R4选自由以下组成的组：-Cy、-PhOCF3和戊烷-3-基；
R5是H；
R6是-(CH2)3-NH2或-Cy-NH2；
R9是-H或-CN；并且
R10是H。
具有式I-V中任一个的这些化合物可以属于以下化合物的子集，其中：
X1-X4中的每个是C，并且X5是CH。
根据本发明的另一方面，本发明的目的通过如上文披露的根据式F-I、I或II的化合物或其任何子集而实现，该化合物用于在通过疗法治疗人或动物体的方法中使用。该疗法可以是治疗或预防感染。感染可以是细菌、真菌或寄生虫感染。感染可以是由选自以下的属的细菌引起或与之并发的细菌感染：葡萄球菌属、肠球菌属、链球菌属、假单胞菌属、军团菌属、克雷伯氏菌属、嗜血杆菌属、奈瑟氏菌属、李斯特菌属、埃希氏菌属、螺杆菌属以及分枝杆菌属。细菌感染可能由选自下组的细菌物种引起或与之并发：金黄色葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、肺炎链球菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯氏菌、流感嗜血杆菌、鲍氏不动杆菌、铜绿假单胞菌、铜绿假单胞菌、淋病奈瑟氏菌、偶发分枝杆菌、草分枝杆菌、和幽门螺杆菌。细菌感染可能由选自下组的细菌物种引起或与之并发：脑膜炎奈瑟氏球菌、单核细胞性李斯特菌、嗜肺军团菌、牛分枝杆菌、和结核分枝杆菌。细菌感染可能由耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)引起或与之并发。
根据本发明的另一方面，本发明的目的通过治疗感染的方法而实现，该方法包括向有需要的患者施用治疗有效量的如上文披露的化合物。感染可以是细菌、真菌或寄生虫感染。感染可以是由选自以下的属的细菌引起或与之并发的细菌感染：葡萄球菌属、肠球菌属、链球菌属、假单胞菌属、军团菌属、克雷伯氏菌属、嗜血杆菌属、奈瑟氏菌属、李斯特菌属、埃希氏菌属、螺杆菌属以及分枝杆菌属。细菌感染可能由选自下组的细菌物种引起或与之并发：金黄色葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、肺炎链球菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯氏菌、流感嗜血杆菌、鲍氏不动杆菌、铜绿假单胞菌、铜绿假单胞菌、淋病奈瑟氏菌、偶发分枝杆菌、草分枝杆菌、和幽门螺杆菌。细菌感染可能由选自下组的细菌物种引起或与之并发：脑膜炎奈瑟氏球菌、单核细胞性李斯特菌、嗜肺军团菌、牛分枝杆菌、和结核分枝杆菌。细菌感染可能由耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引起或与之并发。
根据本发明的又另一方面，本发明的目的通过如上文披露的化合物或其盐在抑制细菌RNA酶P活性中的用途而实现。
根据本发明的又另一方面，本发明的目的通过如上文披露的化合物或其盐作为杀菌剂的用途而实现。
根据本发明的仍然另一方面，本发明的目的通过一种药物组合物而实现，该药物组合物包含与药学上可接受的赋形剂、佐剂、稀释剂和/或载体缔合的如上文披露的化合物或其药学上可接受的盐。
在下文参考附图的详细描述中定义了其他方面、目的和优点。
附图说明
为了理解本发明及其其他目的和优点，下文给出的详细描述可以与附图一起阅读。
图1示出用于合成根据本发明的所选择化合物的方案1。
图2示出用于合成根据本发明的所选择化合物的方案2。
图3示出用于合成根据本发明的所选择化合物的方案3。
图4示出用于合成根据本发明的所选择化合物的通用方案1。
图5示出用于合成根据本发明的3-(3-((3-氨基丙基)氨基)-1-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙基)-1-环己基-1H-吲哚-5-甲腈二盐酸盐的合成方案。
图6示出用于合成根据本发明的所选择化合物的通用方案2。
图7示出用于合成根据本发明的所选择化合物的通用方案3。
图8示出用于合成根据本发明的所选择化合物的通用方案4。
图9示出用于合成根据本发明的所选择化合物的通用方案5A。
图10示出用于合成根据本发明的所选择化合物的通用方案5B。
图11示出用于合成根据本发明的所选择化合物的通用方案6。
图12示出用于合成根据本发明的N-((1R，4R)-4-氨基环己基)-3-(1-(环己基甲基)-5-苯基-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酰胺的合成方案。
图13示出用于合成根据本发明的所选择化合物的通用方案8。
图14示出用于合成根据本发明的所选择化合物的通用方案9。
图15示出用于合成根据本发明的所选择化合物的通用方案10。
图16示出用于合成根据本发明的所选择化合物的通用方案11。
具体实施方式
通用合成方法
除非另有说明，否则所有反应都在干燥氮气和或氩气氛下进行。除非另有说明，否则所有原始起始材料、溶剂和试剂都购自商业来源(例如，AVRA化学品公司(AVRAChemicals)、阿波罗科技有限公司(Apollo Scientific Limited)、Bepharma有限公司(Bepharma Ltd.)、康比乐公司(Combi-Blocks Inc.)、西格玛奥德里奇化学品私人有限公司(Sigma Aldrich Chemicals Pvt.Ltd.)、Ultra Labs、多伦多研究化学品公司(TorontoResearch Chemicals Inc.)、Chemical House、RFCL有限公司(RFCL Limited)、光谱化学私人有限公司(Spectro Chem Pvt.Ltd.)、里奥尼德化学品公司(Leonid Chemicals)、洛巴化学公司(Loba Chemie)、常州阳源公司(Changzhou Yangyuan)、NeoSynth.、兰科姆公司(Rankem)等)并且不经进一步纯化按原样使用。可替代地，可以通过文献中已知的程序合成试剂。
使用以下缩写并且这些缩写具有指定的定义：MHz是兆赫(频率)，m是多重峰，t是三重峰，d是双重峰，s是单峰，br是宽，CDCl3是氘代氯仿，calcd是计算的，min是分钟，h是小时，g是克，mmol是毫摩尔，mL是毫升，N是当量浓度(浓度)，M是摩尔浓度(浓度)，μM是微摩尔，ee是对映体过量，de是非对映体过量，℃是摄氏度，HPLC是高效液相色谱法，LC-MS是液相色谱-质谱法，NMR是核磁共振，TLC是薄层色谱法，THF是四氢呋喃，MeOH是甲醇，DCM是二氯甲烷，DEA是二乙胺，DMA是二甲基乙酰胺，DMF是N，N-二甲基甲酰胺，DMSO是二甲亚砜，EtOH是乙醇，EtOAc是乙酸乙酯，RT是室温，HCl是氯化氢或盐酸，TFA是三氟乙酸，EtMgBr是乙基溴化镁，n-BuLi是正丁基锂，NaHCO3是碳酸氢钠，Na2CO3是碳酸钠，Na2SO4是硫酸钠，DCC是N，N-二环己基碳二亚胺，DIPA是二异丙胺，LDA是二异丙基氨基锂，HOBt是N-羟基-苯并三唑，NCS是N-氯琥珀酰亚胺，并且TBAB是四丁基溴化铵。
Biotage
Figure BDA0002497911790000221
One和
Figure BDA0002497911790000222
(特利丹蒂斯科公司(TeledyneIsco))自动闪蒸纯化系统用于使用相应程序中提及的洗脱液组合纯化粗产物。使用来自ChemLabs的硅胶(60-100、100-200和230-400目)，用氮气和/或压缩空气进行快速色谱法。使用硅胶(来自美国特拉华州的安莱尔科技公司(Analtech，Inc.Delaware，USA)的GF 1500μM 20×20cm和GF 2000μM 20×20cm预备刻痕板)进行制备型薄层色谱法。使用预涂覆的硅胶片(Merck 60F254)进行薄层色谱法。用紫外光、对茴香醛染色剂、茚三酮染色剂、二硝基苯肼染色剂、高锰酸钾染色剂或碘进行视觉检测。通过使用冷浴(例如0℃的H2O/冰和-78℃的丙酮/干冰)进行较低温度下的反应。通过使用LabIndia MR-VIS视觉熔化范围设备测定熔点。使用四甲基硅烷作为内部参考，在环境温度下使用Varian V400光谱仪，Bruker 400(除非另有说明)在400MHz下记录1H NMR光谱。化学位移值以δ(百万分率)表示。使用
Figure BDA0002497911790000223
UPLC-SQD(Waters)和具有6150 SQD机器的Agilent 1290
Figure BDA0002497911790000224
记录所有中间体和最终化合物的质谱。使用Agilent 1290
Figure BDA0002497911790000225
UHPLC和Alliance(Waters)系统记录HPLC光谱。使用Kinetex C18(50mm×2.1mm×2.7mic)和/或X-terra MS C18(50mm×2.1mm×3.0微米)柱，使用Agilent
Figure BDA0002497911790000226
LCMS/Agilent
Figure BDA0002497911790000228
UHPLC-SQD与二极管阵列检测器(DAD)检测LC-MS仪器记录LCMS光谱。使用具有SQD的
Figure BDA0002497911790000229
PDA或具有6150 SQD仪器的
Figure BDA0002497911790000227
DAD检测每种最终化合物的纯度。
使用常规有机合成方法制备根据式I和II的化合物。适合的合成途径在下文在以下通用反应方案中描绘。
本领域技术人员将理解，如果在此所述的取代基与在此所述的合成方法不相容，则可以用对反应条件稳定的适合保护基团保护取代基。可以在反应顺序中的适合点除去保护基团，以提供所希望的中间体或目标化合物。适合的保护基团和用于使用此类适合的保护基团对不同的取代基进行保护和脱保护的方法对于本领域技术人员而言是熟知的；它们的实例可以参见T.Greene和P.Wuts，Protecting Groups in Organic Synthesis[有机合成中的保护基团](第4版)，John Wiley&Sons[约翰威立国际出版公司]，纽约(2006)。在一些情况下，可以具体地选择取代基以在所用的反应条件下具有反应性。在这些情况下，反应条件将所选择的取代基转化为另一个取代基，该取代基可用作中间体化合物或是目标化合物中的所希望的取代基。
方案1(图1)示出从化合(Ia)或化合物(If)合成具有通式(IA)的化合物的合成途径。用R1的适当的醛或酮对(Ia)进行还原胺化，提供N-取代的假吲哚(indolonine)衍生物(Ib)，该衍生物在氧化后给出吲哚衍生物(Ic)。具有式(Id)的化合物是经由与R2-CHO和Mandrolic酯进行缩合反应从具有式(Ic)的化合物获得，随后通过与Cu和乙醇反应，给出具有式(Ie)的化合物。
另一方面，具有式(Ie)的化合物可以获得自吲哚衍生物(If)。化合物(Ig)通过与适当的R2CHO和米氏酸(Meldrum’s acid)反应获得自(If)并且随后的脱羧和酯化提供具有式(Ih)的化合物。用适当的R1X对(Ih)进行烷基化获得关键中间体(Ie)。使用文献中已知的用于还原酯的程序将化合物(Ie)还原以获得化合物(Ii)，该化合物(Ii)在用烷基或芳基磺酰氯或卤化试剂处理后提供具有式(Ij)的化合物。最后，通过化合物Ij与适当的胺(R3R4NH)反应获得具有式IA的化合物。具有式Ic的化合物在其中R5、R6是卤素的情况下，可以使用文献中已知的氰化反应通过CuCN将其转化为R5、R6为CN。另一方面，在文献中已知的铃木偶联下，卤素被转化为芳基、烷基基团。含有N/O保护基团的R1至R6通常在需要进一步步骤或以获得最终化合物时脱保护。
方案2(图2)示出从化合物2a合成具有式(IB)的化合物的合成途径。在文献中已知的碱性条件下2a的酯水解提供化合物2b。具有式2b的化合物如上定义与相应的胺NHR3R4反应以获得(IB)。该反应可以使用通常用于由酸合成酰胺的条件在适合的偶联剂下或用卤化试剂或脱水试剂处理进行。
方案3(图3)示出具有式(IC)的化合物的制备方法。化合物3a可以由3a在路易斯酸存在下在迈克尔反应条件下与不饱和酮反应制得。在文献中已知的还原胺化条件下，用相应的胺NHR3R4处理化合物3b以给出具有式(IC)的化合物。
通用方案1(图4)描述了具有式F-I和I的化合物的合成。用酮对吲哚啉衍生物I-a进行还原胺化反应提供I-b，该I-b在氧化下，通过DDQ产生N-取代的吲哚化合物I-c。当用相应的醛R2-CHO和米氏酸处理时，从Ic获得3取代的吲哚衍生物I-d，随后通过在Cu-EtOH下脱羧给出酯I-e。通过LiOH皂化I-e，随后与适当的NHR3R4偶联，产生化合物I-g。在I-g酰胺还原下给出胺衍生物I-h，该I-h通过用Boc酸酐处理分离为非极性Boc衍生物。最后，通过在酸性条件下将I-h脱保护，分离出呈盐酸盐的化合物I。另一方面，将酯化合物I-e在还原剂(像LiAlH4)下还原为醇，以获得相应的醇I-j，将I-j用甲磺酰氯处理以给出甲磺酰基衍生物I-k，随后与适当的胺NHR3R4进行置换反应以给出具有式I-g的化合物。如果R3和R4含有N和O保护基团，可以在文献报道的各种条件下将其脱保护，以获得表1中所列的具有式F-I和I的最终化合物。
实例I：N1-(3-(1-(哌啶-4-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基)环己烷-1，4-二胺的合成
Figure BDA0002497911790000241
4-(吲哚啉-1-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯的合成：
Figure BDA0002497911790000242
向吲哚啉(1g，8.403mmol)在DCM(25mL)中的搅拌溶液添加4-氧代哌啶-1-甲酸叔丁酯(4.18g，21.008mmol)并将反应混合物在室温下搅拌，搅拌1h后，在0℃下添加NaBH(OAC)3(2.67g，12.60mmol)然后将反应混合物在室温下搅拌24h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物用NaHCO3水溶液(30mL)稀释并将化合物用DCM(3x 50mL)萃取。将有机层经无水硫酸钠干燥，在减压下浓缩。该粗化合物不经进一步纯化直接用于下一步骤(粗wt1.8g)。
LC-MS m/z(M)：计算值302；实测值(M+H)：303
4-(1H-吲哚-1-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯的合成：
Figure BDA0002497911790000251
在0℃下，向4-(吲哚啉-1-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(2g，6.622mmol)在THF(20mL)中的搅拌溶液中添加DDQ(2.2g，9.933mmol)并将反应混合物在室温下搅拌1h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物用水(50mL)稀释，用乙酸乙酯(3x 60mL)萃取。将有机层经无水硫酸钠干燥，在减压下浓缩。将粗化合物通过柱色谱法使用在石油醚中的4％EtOAc作为洗脱液进行纯化以提供呈粘性物质(gummy mass)的所希望的产物(产率：250mg，25％)。
1H NMR(400MHz，CDCl3)δ7.65(d，J＝4.9Hz，1H)，7.39(d，J＝9.49Hz，2H)，7.23-7.15(m，2H)，7.10(t，J＝7.14Hz，1H)，6.54(d，J＝10.7Hz，1H)，4.40-4.28(m，2H)，2.92(t，J＝12.08Hz，2H)，2.12-2.05(m，2H)，1.94-1.85(m，2H)，1.5(s，10H)
4-(3-((2，2-二甲基-4，6-二氧代-1，3-二噁烷-5-基)(间甲苯基)甲基)-1H-吲哚-1-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯的合成：
Figure BDA0002497911790000252
向4-(1H-吲哚-1-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(520mg，1.73mmol)在干乙腈(6mL)中的搅拌溶液添加米氏酸(499mg，3.46mmol)、间甲苯甲醛(270mg，2.25mmol)和L-脯氨酸(20mg，0.173mmol)然后将反应混合物在室温下搅拌16h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物在真空下浓缩并将粗产物不经纯化直接用于下一步骤(粗wt：1.3g)。
LC-MS m/z(M)：计算值546.6
乙基3-(1-(哌啶-4-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸乙酯的合成：
Figure BDA0002497911790000261
向4-(3-((2，2-二甲基-4，6-二-氧代-1，3-二噁烷-5-基)(间甲苯基)甲基)-1H-吲哚-1-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(1.3g，2.380mmol)在吡啶和乙醇的1：1混合物(20mL)中的搅拌溶液中添加Cu粉(15mg，0.238mmol)并将反应混合物在90℃下搅拌16h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物过滤并将滤液在减压下浓缩。将粗化合物通过柱色谱法(硅胶60-120目，用在石油醚中的10％EtOAc洗脱)进行纯化以提供呈黄色液体的所希望的产物(产率：600mg，54％)。
3-(1-(1-(叔丁氧基羰基)哌啶-4-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸的合成：
Figure BDA0002497911790000262
在0℃下，向3-(1-(1-(叔丁氧基羰基)哌啶-4-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸(530mg，1.08mmol)在THF/MeOH/H2O(1∶1∶1)(15mL)中的搅拌溶液中添加LiOH(454mg，10.8mmol)并将反应混合物在室温下搅拌6h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物用柠檬酸酸化至pH 6。将灰白色固体在酸化期间弃出，将其过滤并风干(产率：358mg，71％)。
1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ7.44(d，J＝7.8Hz，1H)，7.31(d，J＝8.38Hz，1H)，7.20-7.08(m，4H)，7.09-6.98(m，3H)，4.74(t，J＝7.87Hz，1H)，4.38-4.25(m，3H)，3.20-3.12(m，1H)，3.09-3.02(m，1H)，2.90-2.87(m，2H)，2.29(s，3H)，2.10-2.0(m，2H)，1.92-1.84(m，2H)，1.49(s，9H)
LC-MS m/z(M)：计算值462.59；实测值(M-H)：461.2
4-(3-(3-((4-((叔丁氧基羰基)氨基)环己基)氨基)-3-氧代-1-(间甲苯基)丙基)-1H-吲哚-1-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯的合成：
Figure BDA0002497911790000271
在0℃下，向3-(1-(1-(叔丁氧基羰基)哌啶-4-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸(350mg，0.756mmol)在DMF(2mL)中的搅拌溶液中添加DIPEA(0.270mL，1.512mmol)、HATU(430mg，1.134mmol)，随后添加(4-氨基环己基)氨基甲酸叔丁酯(210mg，0.983mmol)，并将反应混合物在室温下搅拌5h。通过TLC监测反应的进程。在0℃下将冰冷的水添加至反应混合物，用EtOAc萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥并且在减压下浓缩。将粗化合物通过柱色谱法用在石油醚中的20％EtOAc洗脱进行纯化以提供呈灰白色固体的所希望的产物(产率：400mg，80％)。
1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ7.58(d，J＝7.92Hz，1H)，7.36(d，J＝8.22Hz，1H)，7.26-7.20(m，1H)，7.18-7.08(m，5H)，7.0(d，J＝6.54Hz，1H)，5.28-5.25(m，1H)，4.63(t，J＝7.53Hz，1H)，4.39-4.31(m，3H)，3.85-3.62(m，3H)，3.35-3.2(m，1H)，3.19-3.0(m，8H)，2.30(s，3H)，2.11-2.0(m，2H)，1.91-1.83(m，2H)，1.75-1.70(m，2H)，1.57-1.51(m，20H)，1.40-1.20(m，5H)
LC-MS m/z(M)：计算值658.87；实测值(M+H)：659.4
4-(3-(3-((4-((叔丁氧基羰基)氨基)环己基)氨基)-1-(间甲苯基)丙基)-1H-吲哚-1-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯的合成：
Figure BDA0002497911790000281
在0℃下，向4-(3-(3-((4-((叔丁氧基羰基)氨基)环己基)氨基)-1-(间甲苯基)丙基)-1H-吲哚-1-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(200mg，0.303mmol)在干THF(8mL)中的搅拌溶液中添加在THF(1M，4.5mL，4.553mmol)中的BH3，并将反应混合物回流8h。通过TLC监测反应的进程。回流8h后，添加5mL MeOH，然后回流5h。在减压下从反应混合物中除去溶剂，并将粗化合物不经进一步纯化即直接用于下一步骤(粗产率220mg)。
4-(3-(3-((叔丁氧基羰基)(4-((叔丁氧基羰基)氨基)环己基)氨基)-1-(间甲苯基)丙基)-1H-吲哚-1-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯的合成：
Figure BDA0002497911790000282
向4-(3-(3-((4-((叔丁氧基羰基)氨基)环己基)氨基)-1-(间甲苯基)丙基)-1H-吲哚-1-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(220mg，0.34mmol)在DCM(5mL)中的搅拌溶液中添加TEA(0.25mL，1.7mmol)，随后添加Boc酸酐(0.37mL，1.7mmol)并将反应混合物在室温下搅拌12h。通过TLC监测反应的进程。从反应混合物中除去过量的溶剂，并将粗化合物通过柱色谱法使用在己烷中的25％EtOAc作为洗脱液进行纯化以提供呈无色液体的所希望的化合物(产率：65mg，25％)。
N1-(3-(1-(哌啶-4-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基)环己烷-1，4-二胺三盐酸盐的合成：
Figure BDA0002497911790000291
在0℃下，向4-(3-(3-((叔丁氧基羰基)(4-((叔丁氧基羰基)氨基)环己基)氨基)-1-(间甲苯基)丙基)-1H-吲哚-1-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(65mg，0.087)在DCM(2mL)中的搅拌溶液中添加在二噁烷(4M，1.2mL)中的HCl并将反应混合物在室温下搅拌2h。通过TLC监测反应的进程。在减压下除去过量的溶剂，并用二乙醚洗涤以得到灰白色固体(产率：10mg，26％)。
1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ8.90-8.85(m，3H)，8.7(brs，1H)，7.96(brs，1H)，7.53(d，J＝8.1Hz，1H)，7.45(d，J＝8.04Hz，1H)，7.33(s，1H)，7.10-7.19(m，4H)，6.99-6.94(m，2H)，4.70-4.65(m，1H)，4.28-4.25(m，1H)，3.43(d，J＝11Hz，2H)，3.30-3.12(m，5H)，2.95-2.90(m，1H)，2.80-2.72(m，1H)，2.40-2.35(m，1H)，2.25-2.18(m，5H)，2.17-2.12(m，2H)，1.95-1.90(m，1H)，1.80-1.62(m，8H)，
LC-MS m/z(M)：计算值445.6；实测值(M+H)：446.4
3-(3-((3-氨基丙基)氨基)-1-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙基)-1-环己基-1H-吲哚-5-甲腈二盐酸盐的合成
参见图5。
1-环己基-1H-吲哚-5-甲腈的合成：
Figure BDA0002497911790000301
向5-溴-1-环己基-1H-吲哚(3g，11.07mmol)在DMF中的搅拌溶液中添加CuCN(2.95g，33.21mmol)并将反应混合物在140℃下搅拌20h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物用冰冷的水(50mL)稀释，用乙酸乙酯(3x 50mL)萃取。将有机层经无水硫酸钠干燥，在减压下浓缩。将粗化合物通过柱色谱法使用在石油醚中的5％EtOAc作为洗脱液进行纯化以提供呈无色粘稠液体的所希望的产物(产率：850mg，35％)。
1H NMR(400MHz，CDCl3)δ7.9(s，1H)，7.41(s，2H)，7.34(d，J＝3.29Hz，1H)，6.58(d，J＝3.25Hz，1H)，4.28-4.19(m，1H)，2.12(d，J＝11.58Hz，2H)，1.96(d，J＝13.47Hz，2H)，1.80-1.85(m，1H)，1.78-1.62(m，2H)，1.53-1.48(m，2H)，1.45-1.23(m，1H)
LC-MS m/z(M)：计算值224.3；实测值(M+H)：225.2
1-环己基-3-((2，2-二甲基-4，6-二氧代-1，3-二噁烷-5-基)(3-(三氟甲氧基)苯基)甲基)-1H-吲哚-5-甲腈的合成：
Figure BDA0002497911790000302
向1-环己基-1H-吲哚-5-甲腈(830mg，3.700mmol)在干乙腈中的搅拌溶液中添加米氏酸(959mg，6.66mmol)、3-(三氟甲氧基)苯甲醛(0.68mL，4.81mmol)和DL-脯氨酸(43mg，0.37mmol)然后将反应混合物在室温下搅拌16h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物在真空下浓缩并将粗产物不经纯化直接用于下一步骤(粗wt 3.26g)。
LC-MS m/z(M)：计算值540.5；实测值(M+H)：541.18
3-(5-氰基-1-环己基-1H-吲哚-3-基)-3-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙酸乙酯的合成：
Figure BDA0002497911790000311
向1-环己基-3-((2，2-二甲基-4，6-二氧代-1，3-二噁烷-5-基)(3-(三氟甲氧基)苯基)甲基)-1H-吲哚-5-甲腈(3.26g，6.03mmol)在吡啶和乙醇的1∶1混合物(40mL)中的搅拌溶液中添加Cu粉(77mg，1.206mmol)并将反应混合物在90℃下搅拌16h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物过滤并将滤液在减压下浓缩。将粗化合物通过柱色谱法(硅胶60-120目，用在石油醚中的10％EtOAc洗脱)进行纯化以提供呈黄色固体的所希望的产物(产率：1.57g，87％)。
1H NMR(400MHz，CDCl3)δ7.67(s，1H)，7.37(s，2H)，7.36-7.30(m，1H)，7.25-7.20(m，2H)，7.10-7.08(m，2H)，4.78(t，J＝7.91Hz，1H)，4.22-4.16(m，1H)，4.08-4.0(m，2H)，3.12-3.05(m，1H)，3.04-2.95(m，1H)，2.15-2.02(m，3H)，2.0-1.92(m，2H)，1.85-1.79(m，1H)，1.76-1.62(m，2H)，1.52-1.46(m，2H)，1.35-1.24(m，2H)，1.19-1.10(m，3H)
LC-MS m/z(M)：计算值484.5；实测值(M+H)：485.2
1-环己基-3-(3-羟基-1-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙基)-1H-吲哚-5-甲腈的合成：
Figure BDA0002497911790000312
在0℃下，向3-(5-氰基-1-环己基-1H-吲哚-3-基)-3-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙酸乙酯(1.55g，3.199)在干THF中的搅拌溶液中添加LiBH4(211mg，9.597mmol)并将反应混合物在60℃下搅拌10h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物用冰冷的水淬灭，用DCM萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥并且在减压下浓缩。该粗产物不经纯化直接用于下一步骤(粗wt：1.5g)。
1H NMR(400MHz，CDCl3)δ7.97(s，1H)，7.75(s，1H)，7.67(d，J＝8.65Hz，1H)，7.42-7.38(m，4H)，7.15-7.10(m，1H)，4.50-4.20(m，4H)，3.38-3.36(m，2H)，2.32-2.26(m，1H)，2.20-2.10(m，1H)，1.98-1.88(m，2H)，1.87-1.60(m，6H)，1.58-1.40(m，3H)，1.30-1.20(m，2H)，1.18-1.12(m，1H)
LC-MS m/z(M)：计算值442.4；实测值(M+H)：443.2
3-(5-氰基-1-环己基-1H-吲哚-3-基)-3-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙基甲磺酸盐的合成：
Figure BDA0002497911790000321
在0℃下，向1-环己基-3-(3-羟基-1-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙基)-1H-吲哚-5-甲腈(520mg，1.176mmol)在CH2Cl2(6mL)中的搅拌溶液中添加TEA(0.33mL，2.352mmol)随后逐滴添加甲磺酰氯(0.11mL，1.411mmol)并将反应混合物在室温下搅拌2h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物用H2O(20mL)稀释并将化合物用CH2Cl2(3x 20mL)萃取，将合并的有机层用饱和NaHCO3(20mL)洗涤，将其经无水硫酸钠干燥后，在减压下浓缩。该粗化合物不经纯化直接用于下一步骤(粗wt：630g)。
LC-MS m/z(M)：计算值520.5；实测值(M+H)：521.2
(3-((3-(5-氰基-1-环己基-1H-吲哚-3-基)-3-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙基)氨基)丙基)氨基甲酸叔丁酯的合成：
Figure BDA0002497911790000331
向3-(5-氰基-1-环己基-1H-吲哚-3-基)-3-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙基甲磺酸盐(630mg，1.210mmol)在干DMF(5mL)中的搅拌溶液中添加K2CO3(500mg，3.63mmol)和(3-氨基丙基)氨基甲酸叔丁酯(253mg，1.452mmol)然后将反应混合物在80℃下搅拌10h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物倒入冰冷的水(20mL)中，沉淀出固体，将其过滤并溶解于CH2Cl2(20mL)中，在减压下浓缩。将粗化合物通过制备型TLC(用在CH2Cl2中的5％Me0H洗脱)进行纯化以提供呈浅棕色液体的所希望的产物(产率：166mg，22.9％)。
1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ7.94(s，1H)，7.75(s，1H)，7.68(d，J＝8.65Hz，1H)，7.42-7.35(m，4H)，7.15-7.10(m，1H)，6.82-6.79(m，1H)，4.42-4.35(m，2H)，4.10-4.05(m，2H)，3.18-3.13(m，5H)，2.96-2.90(m，2H)，2.46-2.40(m，3H)，2.30-2.22(m，1H)，2.20-2.12(m，1H)，1.96-1.88(m，2H)，1.86-1.78(m，4H)，1.76-1.68(m，1H)，1.56-1.48(m，4H)，1.34(s，9H)，1.25-1.20(m，3H)
LC-MS m/z(M)：计算值598.2；实测值(M+H)：599.45
3-(3-((3-氨基丙基)氨基)-1-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙基)-1-环己基-1H-吲哚-5-甲腈二盐酸盐的合成：
Figure BDA0002497911790000332
在0℃下，向(3-((3-(5-氰基-1-环己基-1H-吲哚-3-基)-3-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙基)氨基)丙基)氨基甲酸叔丁酯(160mg，0.267mmol)在DCM(2mL)中的搅拌溶液中添加在二噁烷(4M，2mL)中的HCl并将反应混合物在室温下搅拌2h。将反应混合物在减压下浓缩并将粗化合物用二乙醚洗涤以提供呈灰白色固体的所希望的化合物(产率：118mg，77％)，MP：190℃-194℃
1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ9.38-9.30(m，2H)，8.00-7.70(m，5H)，7.71(d，J＝8.61Hz，1H)，7.44-7.42(m，4H)，7.18(brs，1H)，4.55(t，J＝7.40Hz，1H)，4.42-4.39(m，1H)，3.10-2.77(m，6H)，2.60-2.55(m，1H)，2.43-2.38(m，1H)，1.95-1.93(m，4H)，1.86-1.81(m，4H)，1.77-1.73(m，1H)，1.59-1.42(m，2H)，1.35-1.20(m，2H)
LC-MS m/z(M)：计算值498.5；实测值(M+H)：499.3
3-(3-((3-氨基丙基)氨基)-1-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙基)-1-环己基-1H-吲哚-5-甲酰胺的合成：
Figure BDA0002497911790000341
向(3-((3-(5-氰基-1-环己基-1H-吲哚-3-基)-3-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙基)氨基)丙基)氨基甲酸叔丁酯(30mg，0.058mmol)在EtOH∶H2O(9∶1)(2mL)中的搅拌溶液中添加KOH并将反应混合物在90℃下搅拌50h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物冷却至室温，用6N HCl酸化直至反应混合物的pH变为1，并用在DCM中的10％MeOH萃取化合物。将有机层经硫酸钠干燥并浓缩，提供呈灰白色固体的所希望的化合物(产率：6mg，25％)。
1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ8.10(brs，1H)，7.80(brs，1H)，7.68-7.61(m，2H)，7.51(d，J＝8.69Hz，1H)，7.40-7.34(m，3H)，7.13-7.07(m，2H)，4.34(t，J＝11.72Hz，1H)，2.85-2.81(m，2H)，2.74-2.70(m，2H)，2.29-2.25(m，2H)，2.00-1.93(m，2H)，1.89(s，1H)，1.87-1.72(m，7H)，1.54-1.45(m，2H)，1.32-1.22(m，4H)
LC-MS m/z(M)：计算值516.6；实测值(M+H)：517.2
按照方案1/实例A中所述的程序，通过使用适合的起始材料和合适的条件制备表1的化合物。
Figure BDA0002497911790000351
表1
Figure BDA0002497911790000352
表1
Figure BDA0002497911790000361
表1
Figure BDA0002497911790000371
表1
Figure BDA0002497911790000381
表1
Figure BDA0002497911790000391
通用方案2(图6)说明了化合物F-II和II的合成途径。将II-a分别与R1CH2X(X＝离去基团)吲哚衍生物II-b烷基化，将其与醛和环状酯偶联，随后脱羧，给出酯衍生物II-d。酯水解II-d，随后在偶联试剂下与胺偶联，提供具有保护基团的具有式II的化合物或具有式II的化合物。最后，根据反应条件在脱保护下给出游离碱或其盐。取决于R5的成熟度，进行了各种常见的官能团转化。例如，如果R5＝CN，则在BH3下还原II给出II-f，将II-f用(Boc)2O处理以给出II-g。通过在酸性条件下使Boc基团脱保护获得化合物XX。如果R3和R4含有N和O保护基团，可以在文献报道的各种条件下将其脱保护，以获得表2中所列的具有式F-II或II的最终化合物。
实例II：(1S，4S)-N1-(3-(5-(氨基甲基)-1-((四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基)环己烷-1，4-二胺的合成
Figure BDA0002497911790000392
1-((四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-5-甲腈的合成：
Figure BDA0002497911790000401
在0℃下，向1H-吲哚-5-甲腈(1.5g，10.56mmol)在DMF(8mL)中的搅拌溶液中添加KI(1.75g，10.56mmol)随后分批添加NaH(1.26g，31.68mmol)并将反应混合物在相同温度下搅拌5min。5min后，将4-(溴甲基)四氢-2H-吡喃(2.1mL，15.84mmol)添加至在0℃下的反应混合物中然后在室温下搅拌4h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物用碎冰淬灭，搅拌15min，将反应混合物中获得的固体滤出，在真空下干燥，以得到淡奶油色固体(产率：2.25g，88.9％)。
1H NMR(400MHz，CDCl3)δ8.0(s，1H)，7.47-7.36(m，2H)，7.18(d，J＝3.14Hz，IH)，6.58(d，J＝3.0Hz，1H)，4.02(d，J＝7.29Hz，2H)，3.98(d，J＝3.38Hz，2H)，3.38-3.28(m，2H)，2.10-2.05(m，1H)，1.51-1.40(m，4H)，
LC-MS m/z(M)：计算值240；实测值(M+H)：241
3-((2，2-二甲基-4，6-二氧代-1，3-二噁烷-5-基)(间甲苯基)甲基)-1-((四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-5-甲腈的合成：
Figure BDA0002497911790000402
向1-((四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-5-甲腈(2.2g，9.166mmol)在干乙腈(20mL)中的搅拌溶液中添加米氏酸(2.63g，18.33mmol)、间甲苯甲醛(1.4mL，11.91mmol)和DL-脯氨酸(105.3mg，0.916mmol)然后将反应混合物在室温下搅拌16h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物在真空下浓缩并将粗产物不经纯化直接用于下一步骤(粗wt 5.6g)。
LC-MS m/z(M)：计算值486.5；实测值(M+H)：487.3
3-(5-氰基-1-((四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸乙酯的合成：
Figure BDA0002497911790000411
向3-((2，2-二甲基-4，6-二氧代-1，3-二噁烷-5-基)(间甲苯基)甲基)-1-(四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-5-甲腈(5.6g，11.5mmol)于吡啶和乙醇的1∶1混合物(60mL)中的搅拌溶液中添加Cu粉(147mg，2.30mmol)并将反应混合物在90℃下搅拌16h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物过滤并将滤液在减压下浓缩。将粗化合物通过柱色谱法(硅胶60-120目，用在石油醚中的10％EtOAc洗脱)进行纯化以提供呈黄色固体的所希望的产物(产率：950mg，25％)。
1H NMR(400MHz，CDCl3)δ7.41(d，J＝7.92Hz，1H)，7.31(d，J＝8.25Hz，1H)，7.17-7.05(m，5H)，7.01-6.9(m，2H)，4.74(t，J＝7.91Hz，1H)，4.20-4.12(m，1H)，4.04-3.95(m，2H)，3.10-3.05(m，1H)，2.28(s，3H)，2.15-2.10(m，2H)，1.94-1.90(m，2H)，1-80-1.62(m，3H)，1.50-1.41(m，2H)，1.32-1.24(m，5H)，1.26(t，J＝3.5Hz，3H)，
LC-MS m/z(M)：计算值430.54；实测值(M+H)：430.9
3-(5-氰基-1-((四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸的合成：
Figure BDA0002497911790000412
在0℃下，向3-(5-氰基-1-((四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸乙酯(400mg，0.930mmol)在THF/MeOH/H2O(1∶1∶1)(12mL)中的搅拌溶液中添加LiOH.H2O(390mg，9.30mmol)并将反应混合物在室温下搅拌7h。通过TLC监测反应的进程。用柠檬酸将反应混合物酸化至pH 6，用EtOAc萃取，将分离的有机层经Na2SO4干燥并在减压下浓缩。将粗化合物通过柱色谱法进行纯化，用在己烷中的80％EtOAc洗脱以提供淡奶油色固体(产率：300mg，80％)。
1H NMR(400MHz，CDCl3)δ7.71(s，1H)，7.40-7.28(m，2H)，7.17(t，J＝7.47Hz，1H)，7.09-7.04(m，4H)，4.70(t，J＝7.81Hz，1H)，4.01-3.92(m，4H)，3.35-3.28(m，2H)，3.12-3.0(m，2H)，2.30(s，3H)，2.09-2.0(m，1H)，1.5-1.25(m，5H)，
LC-MS m/z(M)：计算值402.49；实测值(M-H)：401.1
((1S，4S)-4-(3-(5-氰基-1-((四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙氨基)环己基)氨基甲酸叔丁酯的合成：
Figure BDA0002497911790000421
在0℃下，向3-(5-氰基-1-((四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸(350mg，0.870mmol)在DMF(3mL)中的搅拌溶液中添加DIPEA(0.32mL，1.305mmol)、HATU(495mg，1.305mmol)随后添加((1s，4s)-4-氨基环己基)氨基甲酸叔丁酯(242.5mg，1.131mmol)并将反应混合物在室温下搅拌2h。通过TLC监测反应的进程。在0℃下将冰冷的水添加至反应混合物，用EtOAc萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥并且在减压下浓缩。将粗化合物通过柱色谱法用在石油醚中的70％EtOAc洗脱进行纯化以提供呈灰白色固体的所希望的产物(产率：500mg，96％)。
1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ7.71(s，1H)，7.39(d，J＝8.59Hz，1H)，7.31(d，J＝8.59Hz，1H)，7.18(t，J＝7.42Hz，1H)，7.10(d，J＝5.87Hz，2H)，7.04(d，J＝7.53Hz，2H)，4.66(t，J＝7.7Hz，1H)，4.28(d，J＝7.04Hz，1H)，4.0-3.95(m，4H)，3.80-3.71(m，2H)，3.45(brs，1H)，3.35-3.30(m，2H)，2.90-2.80(m，2H)，2.30(s，3H)，2.05-2.0(m，2H)，1.52-1.40(m，21H)，
LC-MS m/z(M)：计算值598.7；实测值(M-Boc)：499.2
((1S，4S)-4-((3-(5-(氨基甲基)-1-((四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基)氨基)环己基)氨基甲酸叔丁酯的合成：
Figure BDA0002497911790000431
在0℃下，向((1S，4S)-4-(3-(5-氰基-1-((四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙氨基)环己基)氨基甲酸叔丁酯(300mg，0.501)在干THF(6mL)中的搅拌溶液中添加在THF(1M，10mL，10.00mmol))中的BH3，并将反应混合物回流8h。通过TLC监测反应的进程。回流8h后，添加5mL MeOH，然后回流5h。在减压下从反应混合物中除去溶剂，并将粗化合物不经进一步纯化即直接用于下一步骤(粗wt：450mg)。
((1S，4S)-4-((叔丁氧基羰基)氨基)环己基)(3-(5-(((叔丁氧基羰基)氨基)甲基)-1-((四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基)氨基甲酸叔丁酯的合成：
Figure BDA0002497911790000432
向((1S，4S)-4-((3-(5-(氨基甲基)-1-((四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基)氨基)环己基)氨基甲酸叔丁酯(450mg，0.765mmol)的搅拌溶液中添加TEA(0.55mL，3.825mmol)，随后添加Boc酸酐(0.66mL，3.061mmol)，并将反应混合物在室温下搅拌12h。通过TLC监测反应的进程。从反应混合物中除去过量的溶剂，并将粗化合物通过柱色谱法使用在己烷中的20％EtOAc作为洗脱液进行纯化以提供呈棕色液体的所希望的化合物(产率：120mg，30％)。
1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ7.35(d，J＝8.7Hz，1H)，7.30-7.25(m，2H)，7.24-7.20(m，3H)，7.0-6.0(m，2H)，4.10-4.05(m，2H)，4.04-3.99(m，3H)，3.80-3.65(m，4H)，3.21-3.05(m，3H)，3.0-2.91(m，1H)，2.21(s，3H)，2.02-1.95(m，1H)，1.69-1.60(m，2H)，1.51-1.42(m，5H)，1.42-1.30(m，22H)，1.30-1.20(m，8H)，
LC-MS m/z(M)：计算值789；实测值(M-Boc)：689
(1S，4S)-N1-(3-(5-(氨基甲基)-1-((四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基)环己烷-1，4-二胺的合成：
Figure BDA0002497911790000441
在0℃下，向((1s，4s)-4-((叔丁氧基羰基)氨基)环己基)(3-(5-(((叔丁氧基羰基)氨基)甲基)-1-((四氢-2H-吡喃-4-基)甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基)氨基甲酸叔丁酯(120mg，0.152)在DCM(1.2mL)中的搅拌溶液中添加在1，4-二噁烷(1.2mL)中的4M HCl并将反应混合物在室温下搅拌10h。通过TLC监测反应的进程。在减压下除去过量的溶剂，并用二乙醚洗涤以得到灰白色固体(产率：80mg，94％)。MP：130℃-134℃
1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ9.28(brs，1H)，9.17(brs，1H)，8.96(brs，2H)，8.30(brs，3H)，8.12(brs，1H)，7.66(s，1H)，7.51(d，J＝8.47Hz，1H)，7.46(s，1H)，7.21(d，J＝8.47Hz，1H)，7.18-7.14(m，3H)，6.97(d，J＝5.88Hz，1H)，4.23-4.19(m，1H)，4.10-4.01(m，4H)，3.79(d，J＝10.73Hz，2H)，3.21-3.10(m，4H)，2.95-2.84(m，2H)，2.72-2.65(m，1H)，2.40-2.38(m，1H)，2.24(s，3H)，2.10-1.98(m，3H)，1.90-1.60(m，6H)，1.85-1.20(m，4H)
LC-MS m/z(M)：计算值488.3；实测值(M+H)：489.3
按照方案2/实例II中所述的程序，通过使用适合的起始材料和合适的条件制备表2的化合物。
Figure BDA0002497911790000451
表2
Figure BDA0002497911790000452
表2
Figure BDA0002497911790000461
表2
Figure BDA0002497911790000471
通用方案3(图7)说明了合成具有式F-III和III的化合物的合成途径。用酮还原氨化III-a给出III-b，将III-b用DDQ氧化以提供吲哚衍生物III-c。将米氏酸和适当的醛R2-CHO与III-c偶联，给出化合物III-d，将III-d在脱羧下提供相应的酯III-e。将III-e与适当的硼酸R5-B(OH)2进行铃木偶联，给出化合物III-f，随后还原酯基团，给出相应的醇III-g。通过与MsCl的亲核反应从III-g获得具有式III-h的化合物，将具有式III-h的化合物与合适的NHR3R4进行亲核取代以获得III-j。最后，在酸性条件下将保护基团脱保护提供化合物III的盐。如果R3和R4含有N和O保护基团，可以在文献报道的各种条件下将其脱保护，以获得表3中所列的具有式F-III或III的最终化合物。
实例3：(1R，4R)-N1-(3-(1-环己基-5-(1-甲基-1H-吡唑-5-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基)环己烷-1，4-二胺二盐酸盐的合成
Figure BDA0002497911790000481
步骤1：5-溴-1-环己基吲哚啉
Figure BDA0002497911790000482
在室温下，向5-溴吲哚啉(10g，50.48mmol，化合物-1)在EDC(200mL)中的搅拌溶液中添加环己酮(15.8m1-环己基-1H-吲哚-5-甲腈L，151.46mmol)。将反应混合物搅拌1h后，添加NaBH(OAc)3(53.5g，252.41 mmol)并将反应混合物在室温下搅拌16h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物用NaHCO3溶液(100mL)稀释，用乙酸乙酯(2x 200mL)萃取。将合并的有机层经无水硫酸钠干燥并在减压浓下缩。将粗化合物通过柱色谱法(硅胶60-120目，用在石油醚中的2％EtOAc洗脱)进行纯化以提供呈淡黄色液体的5-溴-1-环己基吲哚啉(13.2g，产率：92％)。
1H NMR(400MHz，CDCl3)δ1.10-1.17(m，1H)，1.30-1.39(m，4H)，1.68(d，J＝12.7Hz，1H)，1.76-1.84(m，4H)，2.90(t，J＝8.4Hz，2H)，3.23-3.39(m，1H)，3.36(t，J＝8.4Hz，2H)，6.22-6.24(m，1H)，7.08-7.09(m，2H)
步骤2：5-溴-1-环己基-1H-吲哚
Figure BDA0002497911790000483
在0℃下，向5-溴-1-环己基吲哚啉(13g，46.55mmol)在干THF(130mL)中的搅拌溶液中添加DDQ(11.6g，51.21mmol)并将反应混合物在相同温度下搅拌5min。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物用水(20mL)稀释，用乙酸乙酯(2×20mL)萃取。将合并的有机层经无水硫酸钠干燥并在减压浓下缩。将粗化合物通过柱色谱法(硅胶60-120目，用在石油醚中的2％EtOAc洗脱)进行纯化以提供呈浅绿色液体的5-溴-1-环己基-1H-吲哚(10g，产率：77％)。
步骤3∶5-((5-溴-1-环己基-1H-吲哚-3-基)(间甲苯基)甲基)-2，2-二甲基-1，3-二噁烷-4，6-二酮
Figure BDA0002497911790000491
向5-溴-1-环己基-1H-吲哚(5g，17.985mmol)在CH3CN(50mL)中的搅拌溶液中添加间甲苯甲醛(3.1mL，26.97mmol)、DL-脯氨酸(207mg，1.798mmol)随后添加米氏酸(5.1g，35.971mmol)并将反应混合物在室温下搅拌16h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物在减压下浓缩以提供呈棕色半固体的5-((5-溴-1-环己基-1H-吲哚-3-基)(间甲苯基)甲基)-2，2-二甲基-1，3-二噁烷-4，6-二酮(13g，粗品)。将粗化合物用于下一步骤。
LC-MS m/z(M-H)：429.4
步骤4：3-(5-溴-1-环己基-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸乙酯
Figure BDA0002497911790000492
向5-((5-溴-1-环己基-1H-吲哚-3-基)(间甲苯基)甲基)-2，2-二甲基-1，3-二噁烷-4，6-二酮(13g，24.787mmol)在EtOH/吡啶(195mL，1∶1v/v)中的搅拌溶液中添加Cu粉(143mg，2.478mmol)并将反应混合物在90℃`下搅拌16h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物冷却至室温，过滤并将滤液在减压下浓缩。将粗化合物通过combi-flash柱色谱法(用在石油醚中的10％EtOAc洗脱)进行纯化以提供呈淡黄色半固体的3-(5-溴-1-环己基-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸乙酯(7g，产率：60％)。
1H NMR(400MHz，CDCl3)δ1.10(t，J＝2.1Hz，3H)，1.22-1.33(m，1H)，1.42-1.53(m，2H)，1.61-1.71(m，2H)，1.78(d，J＝13.1Hz，1H)，1.92(d，J＝13.3Hz，2H)，2.08(s，2H)，2.30(s，3H)，2.93-2.99(m，1H)，3.03-3.09(m，1H)，4.00-4.09(m，2H)，4.10-4.15(m，1H)，4.67(t，J＝7.9Hz，1H)，6.99(d，J＝7.3Hz，1H)，7.06-7.08(m，3H)，7.13-7.20(m，3H)，7.53(d，J＝1.5Hz，1H)
LC-MS m/z(M+H)：468.4
步骤5：3-(5-溴-1-环己基-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸乙酯
Figure BDA0002497911790000501
在室温下，向3-(5-溴-1-环己基-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸乙酯(500mg，1.068mmol)在二噁烷/H2O(10mL，4∶1v/v)中的搅拌溶液中添加(1-甲基-1H-吡唑-5-基)硼酸(161mg，1.282mmol)、Na2CO3(339mg，3.205mmol)。脱气10min后，添加Pd(PPh3)4(123mg，0.106mmol)，再次脱气5min并将反应混合物在微波中在120℃下搅拌1h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物通过硅藻土垫过滤，将滤液经无水硫酸钠干燥并在减压下浓缩。将粗化合物通过combi-flash柱色谱法(用在石油醚中的13％EtOAc洗脱)进行纯化以提供呈淡黄色半固体的3-(5-溴-1-环己基-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸乙酯(300mg，产率：33％)。
LC-MS m/z(M+H)：470.3
步骤6：3-(1-环己基-5-(1-甲基-1H-吡唑-5-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙-1-醇
Figure BDA0002497911790000511
在0℃下，向3-(5-溴-1-环己基-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸乙酯(300mg，0.639mmol)在THF(6mL)中的搅拌溶液中添加LAH(48mg，1.279mmol)并将反应混合物在室温下搅拌1h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物缓慢倒入Na2SO4糊状物中，过滤并将滤液经无水硫酸钠干燥，并在减压下浓缩以提供呈淡黄色半固体的3-(1-环己基-5-(1-甲基-1H-吡唑-5-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙-1-醇(250mg，产率：91％)。
LC-MS m/z(M+H)：428.3
步骤7：3-(1-环己基-5-(1-甲基-1H-吡唑-5-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基甲磺酸盐
Figure BDA0002497911790000512
在0℃下，向3-(1-环己基-5-(1-甲基-1H-吡唑-5-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙-1-醇(250mg，0.585mmol)在CH2Cl2(5mL)中的搅拌溶液中添加TEA(0.2mL，1.463mmol)随后添加MsCl(0.07mL，0.877mmol)并将反应混合物在室温下搅拌1h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物用水(10mL)稀释，用DCM(2x 10mL)萃取。将合并的有机层用NaHCO3溶液洗涤，经无水硫酸钠干燥，并在减压下过滤以提供呈黄色半固体的3-(1-环己基-5-(1-甲基-1H-吡唑-5-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基甲磺酸盐(340mg，粗品)。将粗化合物用于下一步骤。
步骤8：((1R，4R)-4-((3-(1-环己基-5-(1-甲基-1H-吡唑-5-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基)氨基)环己基)氨基甲酸叔丁酯
Figure BDA0002497911790000521
向3-(1-环己基-5-(1-甲基-1H-吡唑-5-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基甲磺酸盐(340mg，0.672mmol)在DMF(5mL)中的搅拌溶液中添加((1R，4R)-4-氨基环己基)氨基甲酸叔丁酯(216mg，1.008mmol)随后添加K2CO3(278mg，2.017mmol)并将反应混合物在80℃下搅拌16h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物用水(10mL)稀释，过滤，将残余物溶解于乙酸乙酯(20mL)中，经无水硫酸钠干燥并在减压下浓缩。将粗化合物通过制备型TLC(5％MeOH/CH2Cl2)进行纯化以提供呈黄色液体的((1R，4R)-4-((3-(1-环己基-5-(1-甲基-1H-吡唑-5-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基)氨基)环己基)氨基甲酸叔丁酯(100mg，产率：23％)。
LC-MS m/z(M+H)：624.3
步骤9：(1R，4R)-N1-(3-(1-环己基-5-(1-甲基-1H-吡唑-5-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基)环己烷-1，4-二胺二盐酸盐
Figure BDA0002497911790000522
向((1r，4r)-4-((3-(1-环己基-5-(1-甲基-1H-吡唑-5-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基)氨基)环己基)氨基甲酸叔丁酯(70mg，0.113mmol)在CH2Cl2(2mL)中的搅拌溶液中添加在二噁烷(2mL)中的HCl并将反应混合物在室温下搅拌2h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物在减压下浓缩。将粗化合物用戊烷(5mL)洗涤以提供呈灰白色固体的(1R，4R)-N1-(3-(1-环己基-5-(1-甲基-1H-吡唑-5-基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙基)环己烷-1，4-二胺二盐酸盐(16mg，产率：23％)。
1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ1.22-1.44(m，5H)，1.46-1.56(m，2H)，1.70-1.85(m，5H)，1.95-2.06(m，6H)，2.24(s，3H)，2.31(s，1H)，2.79(s，1H)，2.92(s，3H)，3.79(s，4H)，4.31-4.37(m，2H)，6.96(s，1H)，7.13-7.18(m，4H)，7.41(d，J＝1.5Hz，1H)，7.49(s，1H)，7.57(d，J＝8.5Hz，1H)，7.61(s，1H)，7.99(s，3H)，9.03(s，1H)，9.14(s，1H)
LC-MS m/z(M+H)：524.3
按照方案3/实例III中所述的程序，通过使用适合的起始材料和合适的条件制备表3的化合物。
Figure BDA0002497911790000531
表3
Figure BDA0002497911790000532
通用方案4(图8)示出具有式IV化合物的合成。IV-a与各种硼酸或酯(像R5-B(ＯH)2)的铃木偶联，给出具有式IV-b的化合物，在路易斯酸下在迈克尔反应下给出相应的酮IV-c。IV-c的还原胺化给出相应的胺IV-d。如果R3、R4含有保护基团，则在酸性条件下进行脱保护，以提供化合物IV的盐。
实例4：(3-((2-(1-环己基-5-(3-(三氟甲氧基)苯基-1H-吲哚-3-基)乙基)氨基)丙基)氨基甲酸酯二盐酸盐的合成
Figure BDA0002497911790000541
1-环己基-5-(3-(三氟甲氧基)苯基)-1H-吲哚的合成：
Figure BDA0002497911790000542
在氮气气氛下，向5-溴-1-环己基-1H-吲哚(3g，10.791mmol)在DME(39mL)中的搅拌溶液中添加Pd(PPh3)4(623mg，0.539mmol)并将反应混合物在室温下搅拌15min。15min后，将(3-(三氟甲氧基)苯基)硼酸(2.22g，10.791mmol)在EtOH(10mL)中的溶液添加至反应混合物中并在室温下再次搅拌15min。最后，添加Na2CO3(2M)水溶液(39mL)并将反应混合物在90℃下搅拌16h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物冷却至室温，通过硅藻土床过滤，然后将滤液用EtOAc(3x 50mL)萃取。将有机层经无水硫酸钠干燥，在减压下浓缩。将粗化合物通过柱色谱法使用在石油醚中的2％EtOAc作为洗脱液进行纯化提供呈无色液体的所希望的产物(产率：1.19g，30.7％)。
1H NMR(400MHz，CDCl3)δ7.82(s，1H)，7.63-7.55(m，1H)，7.50-7.38(m，3H)，7.29-7.26(m，1H)，7.25-7.18(m，1H)，7.16-7.08(m，1H)，4.28-4.20(m，1H)，2.20-2.10(m，2H)，2.00-1.90(m，2H)，1.85-1.68(m，3H)，1.52-1.46(m，2H)，1.38-1.22(m，1H)
LC-MS m/z(M)：计算值359.3；实测值(M+H)：360.17
3-(1-环己基-5-(3-(三氟甲氧基)苯基)-1H-吲哚-3-基)环己酮的合成：
Figure BDA0002497911790000551
在0℃下，向1-环己基-5-(3-(三氟甲氧基)苯基)-1H-吲哚(1.19g，3.311mmol)在干ACN(12mL)中的搅拌溶液中添加环己-2-烯酮(0.32mL，3.311mmol)随后添加ZrCl4并将反应混合物在室温下搅拌1.5h。反应混合物变成蓝色，并通过TLC监测反应的进程。将反应混合物用水稀释，用EtOAc萃取，经硫酸钠干燥，并在减压下浓缩。将粗化合物通过柱色谱法使用在石油醚中的6％EtOAc作为洗脱液进行纯化提供呈棕色液体的所希望的产物(产率：238mg，15.8％)。
1H NMR(400MHz，CDCl3)δ7.75(s，1H)，7.58-7.55(m，1H)，7.48-7.42(m，3H)，7.20-7.15(m，1H)，7.04(s，1H)，7.02-6.98(m，1H)，4.24-4.18(m，1H)，3.52-3.48(m，1H)，2.82-2.78(m，1H)，2.68-2.60(m，1H)，2.49-2.40(m，2H)，2.39-2.32(m，1H)，2.30-2.22(m，1H)，2.15-2.10(m，2H)，2.05-1.90(m，4H)，1.88-1.78(m，2H)，1.75-1.68(m，2H)，1.55-1.45(m，2H)，1.35-1.20(m，5H)，0.90-0.80(m，2H)
LC-MS m/z(M)：计算值455.51；实测值(M+H)：456.2
(3-((3-(1-环己基-5-(3-(三氟甲氧基)苯基)-1H-吲哚-3-基)环己基)氨基)丙基)氨基甲酸叔丁酯的合成：
Figure BDA0002497911790000552
向3-(1-环己基-5-(3-(三氟甲氧基)苯基)-1H-吲哚-3-基)环己酮(120mg，0.263mmol)在MeOH(3mL)中的搅拌溶液中添加(3-氨基丙基)氨基甲酸叔丁酯(59.6mg，0.342mmol)、AcOH(36.2mg，0.604mmol)并将反应混合物在室温下搅拌，搅拌1h后，在0℃下添加NaCNBH4(33mg，0.526)然后将反应混合物在室温下搅拌16h。通过TLC监测反应的进程。将反应混合物用NaHCO3水溶液(10mL)稀释并将化合物用在DCM(3x 10mL)中的10％MeOH萃取。将有机层经无水硫酸钠干燥，在减压下浓缩。将粗化合物通过制备型HPLC方法进行纯化以提供呈无色粘性物质的所希望的产物(产率：30mg，18.6％)。
1H NMR(400MHz，CDCl3)δ7.81(s，1H)，7.72-7.68(m，1H)，7.60-7.52(m，3H)，7.40(d，J＝8.71Hz，1H)，7.30-7.22(m，2H)，6.82-6.78(m，1H)，4.32-4.28(m，1H)，3.02-2.88(m，3H)，2.60-2.55(m，2H)，2.20-2.18(m，1H)，2.0-1.90(m，4H)，1.88-1.78(m，3H)，1.75-1.68(m，3H)，1.15-1.45(m，5H)，1.38-1.36(m，1H)，1.32(s，9H)，1.25-1.20(m，6H)
LC-MS m/z(M)：计算值613.7；实测值(M+H)：614.23
(3-((2-(1-环己基-5-(3-(三氟甲氧基)苯基-1H-吲哚-3-基)乙基)氨基)丙基)氨基甲酸酯二盐酸盐的合成：
Figure BDA0002497911790000561
在0℃下，向(3-((3-(1-环己基-5-(3-(三氟甲氧基)苯基)-1H-吲哚-3-基)环己基)氨基)丙基)氨基甲酸叔丁酯(30mg，0.048mmol)在CH2Cl2(1mL)中的搅拌溶液中添加在二噁烷(4M，1mL)中的HCl并将反应混合物在室温下搅拌2h。将反应混合物在减压下浓缩并将粗化合物用正戊烷洗涤以提供呈灰白色固体的所希望的化合物(产率：25mg，87％)。
MP：202℃-206℃
1H NMR(400MHz，DMS0-d6)δ9.05-9.02(m，2H)，8.80-8.74(m，2H)，7.89-7.88(m，1H)，7.74(d，J＝7.88Hz，1H)，7.61-7.45(m，3H)，7.44(d，J＝8.36Hz，1H)，7.30-7.28(m，2H)，4.33(t，J＝11.56Hz，1H)，3.59-3.52(m，2H)，2.42-2.38(m，1H)，2.25-2.10(m，3H)，2.0-1.90(m，4H)，1.89-1.80(m，5H)，1.75-1.62(m，3H)，1.60-1.40(m，6H)，1.32-1.30(m，1H)，
LC-MS m/z(M)：计算值513.6；实测值(M+H)：514.33
按照方案4/实例IV中所述的程序，通过使用适合的起始材料和合适的条件制备表4的化合物。
Figure BDA0002497911790000571
表4
Figure BDA0002497911790000572
合成化合物V的合成途径描述于通用方案5A(图9)中。用R2CHO和环酯与吲哚衍生物的缩合反应给出VA-b，将VA-b在脱羧作用Cu-EtOH下产生酯衍生物VA-d。将酯进行皂化并与胺偶联，给出酰胺衍生物VA-f。如果化合物VA-f含有任何保护基团作为VA-g，则通过在酸性条件下脱保护以给出游离碱的酸性盐获得最终化合物V。
实例5A：3-(1-苄基-1H-吲哚-3-基)-N-(2-(哌啶-4-基)乙基)-3-(间甲苯基)丙酰胺盐酸盐的合成
Figure BDA0002497911790000581
5-((1H-吲哚-3-基)(间甲苯基)甲基)-2，2-二甲基-1，3-二噁烷-4，6-二酮的合成
Figure BDA0002497911790000582
将吲哚(2.0g，17.1mmol)、米氏酸(3.03g，21.0mmol)、间甲苯甲醛(4.1g，34.2mmol)和DL-脯氨酸(100mg)在CH3CN(25mL)中的混合物在室温下搅拌16h。将反应混合物在真空下浓缩，并将粗产物不经纯化直接用于下一步骤。
3-(1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸乙酯的合成：
Figure BDA0002497911790000583
向来自前一步骤的在吡啶和EtOH的1∶1混合物(60mL)中的粗产物(4.6g，12.6mmol)中添加Cu粉(80mg，1.26mmol)。将反应混合物加热至回流，持续16h。将反应混合物过滤并将滤液在真空下浓缩。将残余物通过柱色谱法(硅胶，乙酸乙酯/己烷)进行纯化以提供呈红色的油状物(2.15g，54％)。ESI MS m/z 308[M+H]+。
3-(1-苄基-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸乙酯的合成：
Figure BDA0002497911790000591
在0℃下，向(1.0g，3.45mmol)和CS2CO3(1.70g，5.18mmol)在DMF(10mL)中的混合物中添加苄基溴(0.5mL，3.80mmol)。将反应混合物在室温下搅拌16h。将该反应通过添加冰水(10mL)淬灭，随后用EtOAc(2X 25mL)萃取。将有机层合并，经无水MgSO4干燥并在减压下浓缩，并将粗材料通过柱色谱法(硅胶，EtOAc/己烷)进行纯化以提供呈黄色油状物的中间体(320mg，32％)。ESI MS m/z 398[M+H]+。
3-(1-苄基-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸的合成：
Figure BDA0002497911790000592
向(320mg 0.8mmol)在THF/MeOH/H2O(6mL)的混合物中的溶液中添加LiOH(192mg，8mmol)。将反应混合物在室温下搅拌8h并在真空下浓缩。将残余物溶解于H2O(5mL)中，并使用1N HCl将pH调节至6.0，并将水层用EtOAc(2X 20mL)萃取。将有机层合并，经无水MgSO4干燥并在减压下浓缩以提供呈灰白色固体的中间体(254mg，85％)。ESI MS m/z 370[M+H]+。
4-(2-(3-(1-苄基-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙氨基)-乙基)哌啶-1-甲酸叔丁酯的合成：
Figure BDA0002497911790000601
向(48mg，0.13mmol)在DMF(1.5mL)的混合物中添加HATU(69mg，0.18mmol)、DIPEA(45uL，0.26mmol)和4-(2-氨基乙基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(35mg，0.15mmol)。将反应混合物在室温下搅拌16h并通过反相柱色谱法进行纯化以提供呈白色固体的中间体(33mg，44％)。ESI MS m/z 580[M+H]+。
3-(1-苄基-1H-吲哚-3-基)-N-(2-(哌啶-4-基)乙基)-3-(间甲苯基)丙酰胺盐酸盐的合成
Figure BDA0002497911790000602
向(30mg，0.052mmol)在MeOH(2mL)中的溶液中添加在二噁烷(4M，1mL)中的HCl。将反应混合物在室温下搅拌2h。将反应混合物在真空下浓缩并将残余物冻干以提供呈棕红色半固体的产物(25mg，70％)。1H NMR(400MHz，DMS0-d6)8.49(bs，1H)，8.21(bs，1H)，7.81(t，J＝5.74Hz，1H)，7.43(bs，1H)，7.36(d，J＝8.61Hz，2H)，7.32-7.23(m，3H)，7.19-7.15(m，2H)，7.13-7.08(m，3H)，7.03(t，J＝7.76Hz，1H)，6.95-6.88(m，2H)，5.37(bs，2H)，4.64(t，J＝7.98Hz，1H)，3.19-2.98(m，4H)，2.95-2.83(m，2H)，2.74(dd，J＝14.0，8.10Hz，1H)，2.61-2.55(m，1H)，2.23(bs，3H)，1.67-1.55(m，2H)，1.20-1.08(m，5H)；HPLC(方法6)96.4％(AUC)，tR＝19.83min，ESI MS m/z 480[M+H]+。
合成化合物VB的合成途径描述于通用方案5B(图10)中。将吲哚与适合的卤代烷进行N-烷基化，给出化合物VB-a，该化合物VB-a与米氏酸和合适的醛缩合，给出化合物VB-b，随后在Cu-Et0H下脱羧，产生酯衍生物VB-c。将酯进行皂化并与胺偶联，给出酰胺衍生物VB-e。如果化合物VA-f含有任何保护基团，则通过在酸性条件下脱保护以给出游离碱的酸性盐获得最终化合物V。
实例5B：N-((1R，4R)-4-氨基环己基)-3-(1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酰胺的合成
Figure BDA0002497911790000611
1-(环己基甲基)-1H-吲哚的合成：
Figure BDA0002497911790000612
在0℃下，向NaH(2.0g，0.51mmol)在DMF(25mL)中的浆液中添加吲哚(4.0g，34.0mmol)。添加(溴甲基)环己烷(9.8g，0.51mmol)并将反应混合物在室温下搅拌16h。将该反应通过添加水(15mL)淬灭，并且然后用EtOAc(2X 30mL)萃取。将EtOAc层干燥(Na2SO4)、浓缩并将残余物通过柱色谱法(硅胶，EtOAc/己烷)进行纯化以提供呈白色粘性固体的1-(环己基甲基)-1H-吲哚(6.3g，86％产率)。ESI MS m/z 214[M+H]+。
5-((1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)(间甲苯基)甲基)-2，2-二甲基-1，3-二噁烷-4，6-二酮的合成
Figure BDA0002497911790000621
通过中间体的合成所述的程序制备5-((1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)(间甲苯基)甲基)-2，2-二甲基-1，3-二噁烷-4，6-二酮：通过在室温下搅拌(1.0当量)、间甲苯甲醛(1.3当量)、米氏酸(2.0当量)和DL-脯氨酸(0.1当量)在CH3CN中的溶液16h。将粗5-((1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)(间甲苯基)甲基)-2，2-二甲基-1，3-二噁烷-4，6-二酮直接用于下一步骤。ESI MS m/z 460[M+H]+。
3-(1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸乙酯的合成
Figure BDA0002497911790000622
通过合成中间体1-5所述的程序，通过在90℃下加热5-((1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)(间甲苯基)甲基)-2，2-二甲基-1，3-二噁烷-4，6-二酮(1.0当量)和Cu粉(0.1当量)在吡啶/EtOH的混合物中的溶液16h制备3-(1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸乙酯。获得呈棕色油状物(58％产率)。
3-(1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸的合成：
Figure BDA0002497911790000623
通过3-(1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸乙酯(1.0当量)和LiOH(10.0当量)在THF/MeOH/H2O(1∶1∶1)的混合物的溶液中在室温下酯水解4-6h，制备3-(1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酸。获得呈灰白色的固体(90％产率)。
合成酰胺的通用程序：
向8(1.0当量)HATU(1.5当量)和DIPEA(2.0当量)在DMF(1mL)中的混合物中添加相应的胺(1.3当量)。将反应混合物在室温下搅拌16h并通过反相C18柱色谱法进行纯化或通过添加水沉淀以提供酰胺中间体。
BOC基团脱保护的通用程序：
通过将在二噁烷中的HCl添加至酰胺中间体在MeOH中的溶液中，使具有Boc基团的酰胺中间体进行Boc脱保护。然后将反应混合物在真空中浓缩，并将残余物用溶剂(如EtOAc或CH3CN)洗涤，随后冻干。通过向中间体在H2O中的悬浮液添加1M HCl随后冻干，将具有碱性氮的那些中间体转化为相应的盐酸盐。
N-((1R，4R)-4-氨基环己基)-3-(1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酰胺的合成
1H NMR(400MHz，甲醇-d4)δ7.30(t，J＝8.8Hz，2H)，7.14-7.04(m，5H)，6.96(t，J＝7.5Hz，1H)，6.91-6.86(m，1H)，4.69(t，J＝8.1Hz，1H)，3.96(d，J＝7.2Hz，2H)，3.04-2.92(m，2H)，2.84-2.75(m，1H)，2.25(s，3H)，2.00-1.91(m，2H)，1.90-1.81(m，1H)，1.80-1.65(m，5H)，1.64-1.54(m，2H)，1.45-1.32(m，2H)，1.27-1.17(m，4H)，1.16-0.95(m，4H；HPLC(方法5)93.6％(AUC)，tR＝12.28min；ESI-MS m/z 472[M+H]+。
按照方案5A&5B/实例VA&VB中所述的程序，通过使用适合的起始材料和合适的条件制备表5的化合物。
Figure BDA0002497911790000631
表5
Figure BDA0002497911790000641
表5
Figure BDA0002497911790000651
表5
Figure BDA0002497911790000661
表5
Figure BDA0002497911790000671
表5
Figure BDA0002497911790000681
表5
Figure BDA0002497911790000691
表5
Figure BDA0002497911790000701
按照方案5B中遵循的方法，以5-Br吲哚开始合成化合物VI-a，随后与适合的硼酸偶联，然后脱保护，给出化合物VI(通用方案6，图11)。
实例VI：N-((1R，4R)-4-氨基环己基)-3-(1-(环己基甲基)-5-苯基-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙酰胺的合成
参见图12。
将Pd(PPh3)4(5.3mg，0.0046mmol)、碳酸钠(14.49mg，0.138mmol)、苯基硼酸(6.67，0.552mmol)和((1R，4R)-4-(3-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙氨基)环己基)氨基甲酸叔丁酯(30mg，0.046mmol)添加至2mL 1，4-二噁烷和水的脱气混合物(8∶2)中。将反应物在微波炉中在120℃下加热1h。将反应混合物用EtOAc(25mL)稀释并用H2O(30ml X 2)洗涤。将EtOAc层干燥(Na2SO4)，在真空中浓缩并将残余物通过combi-flash色谱法(硅胶，乙酸乙酯/己烷)进行纯化以提供呈白色固体的((1R，4R)-4-(3-(1-(环己基甲基)-5-苯基-1H-吲哚-3-基)-3-(间甲苯基)丙氨基)环己基)氨基甲酸叔丁酯(17mg，33％)。APCI MS m/z 648[M+H]+。将其在酸性条件下脱保护以获得标题化合物。
1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ7.80(bs，4H)，7.55-7.50(m，3H)，7.47(d，J＝7.4Hz，1H)，7.41(t，J＝7.4Hz，2H)，7.37-7.32(m，1H)，7.30-7.23(m，2H)，7.14-7.03(m，3H)，6.94-6.87(m，1H)，4.68(t，J＝7.9Hz，1H)，3.98(d，J＝7.2Hz，2H)，3.70-3.53(m，1H)，3.40-3.32(m，1H)，3.16-3.06(m，1H)，2.99-2.79(m，2H)，2.76-2.61(m，1H)，2.21(s，3H)，1.89-1.81(m，2H)，1.69-1.60(m，4H)，1.56-1.50(m，1H)，1.30-1.23(m，7H)，1.17-1.07(m，3H)。HPLC(方法5)98.1％(AUC)，tR＝13.31min；ESI-MS m/z 548.6[M+H]+。
按照方案6/实例VI中所述的程序，通过使用适合的起始材料和合适的条件制备表6的化合物。
Figure BDA0002497911790000711
表6
Figure BDA0002497911790000712
通用方案8(图13)说明了化合物VIII的合成。用适当的醛RCHO还原氨化VIII-a，给出VIII-b，将VIII-b在酸性条件下经历N-脱保护并产生化合物VIII的盐。
实例VIII：2-(1H-吲哚-3-基)-N-(3-苯氧基苄基)乙-1-胺的合成
还原胺化的通用程序：
将色胺(1.0当量)和相应的醛(1.05当量)的混合物在室温下搅拌1h。然后将反应混合物冷却至0℃，并添加NaBH4(1.2当量)。将反应混合物在室温下搅拌2-16h。完成后，将反应混合物冷却至0℃，通过逐滴添加H2O淬灭并用CH2Cl2萃取。将CH2Cl2层干燥(Na2SO4)、浓缩并将残余物通过柱色谱法(硅胶，EtOAc/己烷)进行纯化以提供中间体VIII-b。
Boc脱保护/HCl盐形成的通用程序：
通过将在二噁烷中的HCl添加至中间体在MeOH的溶液中，使具有Boc基团的中间体进行Boc脱保护。然后将反应混合物在真空中浓缩，并将残余物用溶剂(如EtOAc或CH3CN)洗涤，随后冻干。那些具有碱性氮的中间体被转化为相应的盐酸盐。
按照方案8/实例VIII中所述的程序，通过使用适合的起始材料和合适的条件制备表8的化合物。
Figure BDA0002497911790000721
表8
Figure BDA0002497911790000722
表8
Figure BDA0002497911790000731
表8
Figure BDA0002497911790000741
通用方案9(图14)证明了合成化合物IX的合成途径。IX-a的酯化和随后的IX-b的烷基化提供了酯IX-c。IX-c的酯水解以及随后与适合的胺的偶联反应提供化合物IX-e。进行IX-e与硼酸的铃木偶联以提供化合物IX-f，将化合物IX-f在酸性条件下进行脱保护并产生化合物IX的盐。
实例IX：N-((1R，4R)-4-氨基环己基)-2-(1-(环己基甲基)-5-(间甲苯基)-1H-吲哚-3-基)乙酰胺盐酸盐的合成。
Figure BDA0002497911790000742
2-(5-溴-1H-吲哚-3-基)乙酸甲酯的合成：
Figure BDA0002497911790000751
用PTSA(34mg，0.197mmol)处理2-(5-溴-1H-吲哚-3-基)乙酸(500mg，1.97mmol)无水MeOH(100mL)的溶液并在75℃下加热16h。将混合物浓缩，将残余物溶解于CH2Cl2(50mL)中，用水(3X 20mL)和盐水(20mL)洗涤。将CH2Cl2层分离、干燥(Na2SO4)、过滤并浓缩以给出呈深红色固体的2-(5-溴-1H-吲哚-3-基)乙酸甲酯(465mg，88％)。ESI-MS m/z 268[M]+。
2-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)乙酸甲酯的合成：
Figure BDA0002497911790000752
在0℃下，向碳酸铯(486mg，1.49mmol)在DMF(3mL)中的浆液中添加2-(5-溴-1H-吲哚-3-基)乙酸甲酯(200mg，0.746mmol)在DMF(10mL)中的溶液，随后添加溴甲基环己烷(0.156mL，1.12mmol)。将反应混合物经16h缓慢升温至室温。将反应混合物用水淬灭，溶解于EtOAc(50mL)中，用水(3X 20mL)和盐水(20mL)洗涤。将EtOAc层分离、干燥(Na2SO4)、过滤并浓缩。将残余物通过combi-flash色谱法(硅胶，EtOAc/己烷)进行纯化以给出呈黄色油状物的2-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)乙酸甲酯(64mg，24％)。ESI-MS m/z 364[M]+。
2-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)乙酸的合成：
Figure BDA0002497911790000753
使用中间体1-7所述的程序(方案4)，通过180-3(155mg，0.425mmol)的酯水解与在MeOH/THF/H2O(1∶1∶1)中的氢氧化锂(102mg，4.25mmol)制备2-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)乙酸。获得呈黄色的固体(126mg，85％)。ESI-MS m/z 350[M]+。
((1R，4R)-4-(2-(5-溴-1-(环己基甲基)-IH-吲哚-3-基)乙酰胺基)环己基)氨基甲酸叔丁酯的合成：
Figure BDA0002497911790000761
如中间体1-9的合成所述的，偶联2-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)乙酸(86mg，0.245mmol)与((1r，4r)-4-氨基环己基)氨基甲酸叔丁酯(63mg，0.295mmol)制备((1r，4r)-4-(2-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)乙酰胺基)环己基)氨基甲酸叔丁酯，使用HATU(130mg，0.343mmol)作为偶联试剂且DIPEA(0.08mL，0.49mmol)作为DMF中的碱。获得呈黄色的固体(74mg，56％)。ESI-MS m/z 546[M]+。
((1R，4R)-4-(2-(1-(环己基甲基)-5-(间甲苯基)-1H-吲哚-3-基)乙酰胺基)环己基)氨基甲酸叔丁酯的合成：
Figure BDA0002497911790000762
将((1R，4R)-4-(2-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)乙酰氨基)环己基)氨基甲酸叔丁酯(80mg，0.146mmol)、间甲苯基硼酸(30mg，0.220mmol)、碳酸铯(142mg，0.438mmol)溶解于1，4二噁烷(1.6mL)和水(0.4mL)中的溶液用氩气鼓泡10min。然后将Pd(dppf)(5mg，0.007mmol)添加到小瓶中并密封。将反应混合物在100℃下加热16h。将其过滤，溶解于EtOAc(20mL)中，用水(3X 10mL)和盐水(10mL)洗涤。将Et0Ac层分离、干燥(Na2SO4)、过滤并在真空中浓缩。将残余物溶解于MeOH中并通过C18反相combi-flash色谱法(乙腈/水)进行纯化以给出呈浅黄色固体的((1R，4R)-4-(2-(1-(环己基甲基)-5-(间甲苯基)-1H-吲哚-3-基)乙酰胺基)环己基)氨基甲酸叔丁酯(16mg，20％)。ESI-MS m/z 558[M+H]+。
N-((1R，4R)-4-氨基环己基)-2-(1-(环己基甲基)-5-(间甲苯基)-1H-吲哚-3-基)乙酰胺盐酸盐的合成。
Figure BDA0002497911790000771
通过5(30mg，0.05mmol)的Boc基团脱保护，使用前面所述的程序用在二噁烷中的HCl制备标题化合物。获得呈无定形灰白色的固体(6mg，43％)。1H NMR(400MHz，甲醇-d4)δ7.90(d，J＝7.3Hz，1H)，7.77(s，1H)，7.46-7.39(m，4H)，7.28(t，J＝7.6Hz，1H)，7.13-7.08(m，2H)，3.98(d，J＝7.3Hz，2H)，3.65(s，3H)，3.07-3.01(m，1H)，2.40(s，3H)，2.06-1.97(m，4H)，1.99-1.83(m，1H)，1.79-1.71(m，2H)，1.69-1.59(m，3H)，1.53-1.41(m，2H)，1.39-1.28(m，2H)，1.27-1.17(m，3H)，1.11-0.99(m，2H)；HPLC(方法5)97.1％(AUC)，tR＝12.62min；ESI-MS m/z 458[M+H]+。
按照方案9/实例IX中所述的程序，通过使用适合的起始材料和合适的条件制备表9的化合物。
Figure BDA0002497911790000772
表9：
Figure BDA0002497911790000773
表9：
Figure BDA0002497911790000781
通用方案10(图15)示出制备化合物X的方法。将适当的氮杂吲哚(X-a)、米氏酸和醛R2CHO缩合给出化合物X-b，在脱羧作用下产生酯衍生物X-c。X-c与苄基卤的N-烷基化给出化合物X-d，随后酯基团水解提供相应的酸X-e。在偶联条件下用适当的NHR3R4处理X-e，给出具有式X-f的化合物。最后，在适当条件下将N-保护基团脱保护提供化合物X。
按照通用方案VA中所述的制备化合物VA的方法，从合适的氮杂吲哚/代替吲哚衍生物开始，制备表10中提及的具有式X的化合物。
Figure BDA0002497911790000782
表10
Figure BDA0002497911790000783
表10
Figure BDA0002497911790000791
(1R，4R)-N1-(4-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)环己基)环己烷-1，4-二胺二盐酸盐(非对映异构体B-化合物265&266)的合成
参见通用方案11(图16)。
5-溴-3-(1，4-二氧杂螺[4.5]癸-7-烯-8-基)-1H-吲哚(XI-b)的合成：
将5-溴-1H-吲哚(1.0g，5.10mmol)、1，4-二氧杂螺[4.5]癸烷-8-酮(795mg，5.10mmol)和氢氧化钾(16g，25.50mmol)在MeOH(10mL)中的混合物加热至回流持续2-3h。将反应混合物冷却至室温并添加水(20mL)以淬灭反应。将反应混合物用EtOAc(50mL)萃取，用水(30mL X 2)和盐水(15mL)洗涤。将EtOAc层干燥(Na2SO4)，在真空中浓缩并将残余物通过combi-flash色谱法(硅胶，EtOAc/己烷)进行纯化以提供呈白色固体的5-溴-3-(1，4-二氧杂螺[4.5]癸-7-烯-8-基)-1H-吲哚(1.50g，87％)。ESI MS m/z 334[M+H]+。
5-溴-1-(环己基甲基)-3-(1，4-二氧杂螺[4.5]癸-烯-8-基)-1H-吲哚(XI-c)的合成：
使用中间体(XI-c)合成所述的程序，通过5-溴-3-(1，4-二氧杂螺[4.5]癸-7-烯-8-基)-1H-吲哚与(溴-甲基)环己烷的N-烷基化和NaH作为碱制备5-溴-1-(环己基甲基)-3-(1，4-二氧杂螺[4.5]癸-7-烯-8-基)-1H-吲哚。获得呈无色的油状物(70％产率)。ESI MSm/z 430[M+H]+。
5-溴-1-(环己基甲基)-3-(1，4-二氧杂螺[4.5]癸烷-8-基)-1H-吲哚(XI-d)的合成：
将5-溴-1-(环己基甲基)-3-(1，4-二氧杂螺[4.5]癸-7-烯-8-基)-1H-吲哚(450mg)(5)溶解于10ml的EtOAc中并向其中添加5mg氧化铂。将反应混合物在帕尔振荡器(Parr shaker)中在35PSI氢气压力下振荡8h。将反应混合物通过硅藻土床过滤，并在真空中浓缩以提供呈半固体的5-溴-1-(环己基甲基)-3-(1，4-二氧杂螺[4.5]癸烷-8-基)-1H-吲哚(450mg)，其不经纯化按原样用于下一步骤。ESI MS m/z 432[M+H]+。
4-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)环己酮(XI-e)的合成：
将5-溴-1-(环己基甲基)-3-(1，4-二氧杂螺[4.5]癸烷-8-基)-1H-吲哚(450mg)吸收在6ml的THF和6ml的1N HCl的混合物中。将反应混合物在室温下搅拌14h，并用碳酸氢钠饱和溶液中和。将反应混合物用EtOAc(50mL)萃取，用水(30mL X2)和盐水(15mL)洗涤。将EtOAc层干燥(Na2SO4)并在真空中浓缩以提供4-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)环己酮(350mg，86％)半固体物质。ESI MS m/z 388[M+H]+。
((1r，4r)-4-((4-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)环己基)氨基)环己基)氨基甲酸叔丁酯(IX-f)的合成：
将((1R，4R)-4-氨基环己基)氨基甲酸叔丁酯(145mg，0.68mmol)、4-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)环己酮(220mg，0.56mmol)和NaBH(OAc)3吸收在5mL的1，2-二氯乙烷中，并添加乙酸(0.1mL)。将反应混合物在室温下搅拌16h，并用碳酸氢钠饱和溶液中和。将反应混合物用CH2Cl2(50ml)萃取并用盐水洗涤(15mL)。分离CH2Cl2层，干燥(Na2SO4)，在真空中浓缩并将残余物通过combi-flash色谱法(硅胶，EtOAc/己烷)进行纯化以提供((1R，4R)-4-((4-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)环己基)氨基)环己基)氨基甲酸叔丁酯(30mg，9％)(作为非对映异构体A(XI-ga))1H NMR(400MHz，CDCl3)δ7.71(d，J＝1.7Hz，1H)，7.23(dd，J＝8.6，1.8，Hz，1H)，7.21(d，J＝1.9Hz，1H)，7.13(d，J＝8.7Hz，1H)，4.36(bs，1H)，3.87(d，J＝7.8Hz，2H)，3.39(bs，1H)，3.01-2.84(m，2H)，2.58-2.42(m，1H)，2.06-1.89(m，4H)，1.86-1.75(m，5H)，1.73-1.62(m，8H)，1.61-1.55(m，2H)，1.43(s，9H)，1.29-1.06(m，7H)，1.04-0.90(m，2H)；ESI MS m/z 586[M+H]+和呈白色固体的((1R，4R)-4-((4-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)环己基)氨基)环己基)氨基甲酸叔丁酯(20mg，6％)(作为非对映异构体B(XI-gb))。1H NMR(400MHz，CDCl3)δ7.71(d，J＝1.8Hz，1H)，7.23(dd，J＝8.6，1.8Hz，1H)，7.13(d，J＝8.7Hz，1H)，6.77(s，1H)，4.36(bs，1H)，3.82(d，J＝7.2Hz，2H)，3.42(bs，1H)，2.78-2.59(m，3H)，2.14-2.05(m，3H)，2.04-1.96(m，5H)，1.94-1.87(m，3H)，1.81-1.74(m，1H)，1.72-1.64(m，3H)，1.61-1.55(m，2H)，1.53-1.48(m，1H)，1.43(s，9H)，1.34-1.30(m，1H)，1.26-1.18(m，3H)，1.17-1.09(m，4H)，1.01-0.89(m，2H)；ESI MS m/z 586[M+H]+。
(1R，4R)-N1-(4-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)环己基)环己烷-1，4-二胺二盐酸盐(非对映异构体A-化合物265)的合成：
通过((1R，4R)-4-((4-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)环己基)氨基)环己基)氨基甲基叔丁酯(XI-ga)的Boc脱保护，使用别处所述的程序用在二噁烷中的HCl制备(1R，4R)-N1-(4-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)环己基)环己烷-1，4-二胺二盐酸盐。获得呈无定形白色的固体(70％产率)。
(1R，4R)-N1-(4-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)环己基)环己烷-1，4-二胺二盐酸盐(非对映异构体B-化合物266)的合成
通过((1R，4R)-4-((4-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)环己基)氨基)环己基)氨基甲基叔丁酯(XI-gb)的Boc基团脱保护，使用前面所述的程序用在二噁烷中的HCl制备(1R，4R)-M-(4-(5-溴-1-(环己基甲基)-1H-吲哚-3-基)环己基)环己烷-1，4-二胺二盐酸盐。获得呈无定形白色的固体(52％产率)。
可以通过使化合物经受所希望的酸来制备具有式F-I、I的化合物或其任何亚组的盐。在方案12中描述了化合物372的方法。
Figure BDA0002497911790000821
3-(3-((3-氨基丙基)氨基)-1-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙基)-1-环己基-1H-吲哚-5-甲腈的合成：
Figure BDA0002497911790000822
在0℃下向(3-((3-(5-氰基-1-环己基-1H-吲哚-3-基)-3-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙基)氨基)丙基)氨基甲叔丁酯(500mg，0.836mmol，1当量)在DCM(5mL)中的搅拌溶液中添加在1，4二噁烷(5mL)中的4M HCl并在室温下搅拌1小时。通过TLC分析监测反应的进程。反应完成后，将反应混合物在减压下浓缩以获得粗化合物。将粗化合物用饱和NaHCO3溶液(20mL)碱化，用DCM(2x30mL)萃取。将合并的有机层经无水硫酸钠干燥并在减压浓下缩。将该粗化合物用二乙醚洗涤，以提供呈淡黄色固体的产物(产率：350mg，84％)。
1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ7.97(s，1H)，7.77(s，1H)，7.68(d，J＝8.6Hz，2H)，7.40(d，J＝9.3Hz，4H)，7.12(d，J＝6.7Hz，2H)，4.40(s，2H)，3.55(s，2H)，3.15(s，1H)，2.64(s，1H)，2.43-2.37(m，2H)，2.24(s，1H)，2.15(s，1H)，1.91(s，2H)，1.82(s，3H)，1.78-1.66(m，4H)，1.49(d，J＝12.4Hz，5H)，1.30(d，J＝17.8Hz，2H)，1.23(d，J＝10.8Hz，3H)
3-(3-((3-氨基丙基)氨基)-1-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙基)-1-环己基-1H-吲哚-5-甲腈苯磺酸盐(S-1)的合成：
Figure BDA0002497911790000831
在0℃下，向3-(3-((3-氨基丙基)氨基)-1-(3-(三氟甲氧基)苯基)丙基)-1-环己基-1H-吲哚-5-甲腈(50mg，0.100mmol，1当量)在乙醇(2mL)中的搅拌溶液中添加苯磺酸(19mg，0.12mmol，1.2当量)并将反应混合物在室温下搅拌1h。通过TLC监测反应的进程。反应完成后，将反应混合物在减压下在低温下浓缩。将该粗化合物用二乙醚洗涤，以提供呈白色固体的产物(产率：38.6mg，58％)。
表11中列出的化合物372的盐是根据方案12中所述的方法使用适当的酸制备的。
表11
Figure BDA0002497911790000832
表11
Figure BDA0002497911790000841
合成的化合物的表征
以下表XI提供了关于合成的化合物的LC-MS数据，并且指示使用哪种通用合成方法(方案编号)来获得该化合物。
Figure BDA0002497911790000851
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表XII提供所化合物合成的NMR数据的总结
Figure BDA0002497911790001452
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Figure BDA0002497911790002021
Figure BDA0002497911790002031
Figure BDA0002497911790002041
合成的化合物的抗感染活性
由本申请披露的化合物具有抗感染活性。
对两种细菌菌株进行初始最低抑菌浓度(MIC)测试：
-大肠杆菌(ATCC25922)
-金黄色葡萄球菌(ATCC25923)。
这些测试的结果在表XIII中示出。
针对多种另外的菌株确定所选择的化合物的MIC：
粪肠球菌(ATCC29212)
铜绿假单胞菌(ATCC27853)
金黄色葡萄球菌金黄亚种(ATCC29213)
肺炎克雷伯氏菌肺炎亚种(ATCC13883)
肺炎链球菌(ATCC33400)
流感嗜血杆菌(ATCC49766)
脑膜炎奈瑟氏菌(ATCC13077)
单核细胞增多性李斯特氏菌(ATCC15313)
嗜肺军团菌嗜肺亚种(ATCC33152)
牛分枝杆菌BCG(ATCC19210)
这些测试的结果在表XIV中示出。
最低抑菌浓度(MIC)
基于临床和实验室标准化研究所(Clinical and Laboratory StandardsInstitute，CLSI)的指南，使用标准肉汤微量稀释程序测定MIC值。简言之，将这些化合物溶解于DMSO中至10mM。将它们在阳离子调节的米勒-辛顿肉汤(Mueller-Hinton broth)(CAMHB)中稀释至所测试的最高浓度的四倍。在微量稀释板中进行CAMHB的连续二倍稀释。有待测试的细菌菌株的接种物是通过在CAMHB中制备来自18至24小时旧板的菌落的悬浮液而制备的。将接种物进行稀释，以使得在接种后，每个孔含有大约5×105CFU/mL。向CAMHB中50μl化合物的体积中添加等体积的接种物。将托盘密封在塑料袋中并在35℃下孵育16至20小时。为了帮助检测生长，将染料刃天青添加至最终浓度0.001％并在室温下孵育1h。刃天青还原并且因此观察到细菌生长从蓝色至粉红色的变化。MIC是完全抑制生物的生长的化合物的最低浓度。
所使用的方法详细描述于：Methods for Dilution AntimicrobialSusceptibility Tests for Bacteria That Grow Aerobically[用于有氧生长的细菌的稀释抗微生物敏感性测试的方法]；认可的标准一第九版。CLSI文件M07-A9。韦恩，宾夕法尼亚州：临床和实验室标准化研究所；2012。
细菌RNA酶P活性的抑制。
该测定是基于化合物抑制大肠杆菌RNA酶P RNA，M1 RNA对标准底物pATSerUG的裂解的程度。
底物pATSerUG是45nt长的模型底物，包含5’前导序列、氨基酸受体茎和大肠杆菌tRNASerSu1前体的T-茎/环结构。它购自Dharmacon/通用电气医疗集团(GE Healthcare)，并根据标准程序在5′端用32P标记([γ-32P]ATP)，并通过在变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳进行纯化。
使用具有M1 RNA基因作为模板的PCR产物，通过T7体外转录产生M1 RNA。
将有待测试的化合物溶解于测定缓冲液中(参见下文)。将测定缓冲液添加至至多10mM的理论浓度。在涡旋并在室温下孵育30分钟后，通过离心(17,000xg 10min)除去未溶解的化合物。通过测量化合物具有最大吸光度的波长处的吸光度，通过光谱法测定上清液中化合物的浓度。校准曲线由溶解于DMSO中的已知浓度的化合物制成。
裂解反应在测定缓冲液(50mM Tris-HCl(pH 7.9)、1m MNH4Cl、10mM MgCl2、5％PEG6000、10mM亚精胺)中进行。
将M1 RNA稀释至有待用于测定缓冲液中的浓度的10倍，并在37℃下预孵育10min以允许适当折叠。测定每批酶的M1 RNA的最终浓度，并且该最终浓度是在10min反应中产生大约50％的底物裂解的浓度。将折叠的M1 RNA与有待测试的化合物以9μl的总体积混合，并在37℃下再孵育10min。将底物在37℃下单独预加热5min。通过向M1 RNA-化合物混合物中添加1μl底物来起始反应。在37℃下孵育10min后，通过添加20μl终止溶液(10M尿素、100mMEDTA、0.05％溴酚蓝、0.05％二甲苯腈蓝)终止反应。然后将反应加热至95℃持续3min，在冰上冷却，将裂解产物在变性20％聚丙烯酰胺(7M尿素/TBE)上分离，并使用磷光成像仪检测。使用软件QuantityOne或ImageLab对信号进行定量。
初始筛查RNA酶P活性的抑制
为了测试是否能检测到化合物的任何抑制，测定了RNA酶P活性的初始抑制。使用最大量的化合物，即来自测定缓冲液中新鲜溶解的化合物的8μl上清液用于10μl裂解反应。从标准化裂解(使用化合物的裂解除以不使用化合物的理解之间的比率)判断抑制的程度。如果此比率＜0.5，则确定IC50值(表XIII)。
IC50确定。
对于裂解测试了约8种不同的浓度，通常从化合物的最大浓度直至稀释8000倍。使用软件GraphPad Prism计算IC50值和希尔斜率。测定的IC50值列于表XIV中。
表XIII：RNA酶P抑制和抗菌功效结果
Figure BDA0002497911790002071
Figure BDA0002497911790002081
Figure BDA0002497911790002091
Figure BDA0002497911790002101
Figure BDA0002497911790002111
Figure BDA0002497911790002121
Figure BDA0002497911790002131
Figure BDA0002497911790002141
Figure BDA0002497911790002151
Figure BDA0002497911790002161
Figure BDA0002497911790002171
NA：不可获得NI：无抑制
表XIV：所选择的化合物针对一系列细菌的MIC
A.革兰氏阳性菌
Figure BDA0002497911790002172
Figure BDA0002497911790002181
B.革兰氏阴性菌
Figure BDA0002497911790002182
Figure BDA0002497911790002191

Claims (20)

1.一种具有式F-I的化合物：
Figure FDA0002497911780000011
或其药学上可接受的盐
其中
X5选自CH、CMe、C＝O、和N；
Figure FDA0002497911780000012
在当X5是CH、CMe或N时表示双键，并且在当X5是C＝O时表示单键；
R1选自由以下组成的组：
-R2、-(CH2)m-R2、-C(O)-R2、和-CHMe-R2；
R2选自由以下组成的组：
任选地被一个或多个选自-卤素和-C1-3烷基的基团取代的-苯基，
-C3-10环烷基，其中所述环烷基基团是单环的、二环的或多环的并且任选地被一个或多个选自-F和-Me的基团取代，
-C1-10烷基，其中所述烷基基团是直链的或支链的，
-C2-10烯基，其中所述烯基基团是直链的或支链的，和
-杂环基，其中所述杂环基基团是5元或6元脂肪族杂环；
R3选自由以下组成的组：
-CH(R4)-(CH2)n-C(O)NR5R6、
-CH(R4)-(CH2)n-NHR5、
-CH(R4)-(CH2)n-NR5R6、
-CH(R4)-(CH2)n-CH(NH2)-C(O)NR5R6、
-C(O)-NR5R6、
-(CH2)n-Cy-NR5R6、和
-CH(R4)-(CH2)n-OR6；
R4选自由以下组成的组：
-C1-6烷基，其中所述烷基基团是直链的或支链的，
-C3-6环烷基，
任选地被一个或多个选自-卤素、-C1-3烷基、-C1-3全卤代烷基、-C1-3烷氧基、-C1-3全卤代烷氧基、和-羟基的基团取代的-苯基，
任选地被一个或多个选自-卤素、-C1-3烷基、-C1-3全卤代烷基、-C1-3烷氧基、-C1-3全卤代烷氧基、和-羟基的基团取代的-苄基，
-杂环基，其中所述杂环基基团是5元或6元脂肪族或芳香族的任选地苯并稠合的杂环，并且任选地被一个或多个选自-苄基、-卤素、-C1-3烷基、-C1-3全卤代烷基、-C1-3烷氧基、-C1-3全卤代烷氧基、和-羟基的基团取代；
R5选自由以下组成的组：
-H、
任选地被一个或多个选自-卤素和-C1-3烷基的基团取代的-苄基、
-C1-6烷基、
-乙酰基、
-CN、和
-(CH2)3-NH2；
或者
R4和R5与它们所键合的原子一起形成杂脂肪族环；
R6选自由以下组成的组：
任选地被一个或多个R7基团取代的-C1-3烷基，
-C0-3烷基-环烷基，其中所述环烷基基团是任选地被一个或多个R7基团取代的3-6元单环环烷基，
-C(O)-环烷基，其中所述环烷基基团是任选地被一个或多个R7基团取代的3-6元单环环烷基，
-C0-3烷基-杂环基，其中所述杂环基基团是5元或6元脂肪族或芳香族的任选地苯并稠合的杂环，并且任选地被一个或多个R7基团取代，
-C1-3烷基-苯基，其中所述苯基基团任选地被一个或多个R7基团取代，
-C(O)-(CH2)p-NH-(CH2)r-苯基，其中所述苯基基团任选地被一个或多个R7基团取代；
或者
R5和R6与它们所键合的原子一起形成任选地被一个或多个R7基团取代的杂脂肪族环；
R7选自由以下组成的组：-卤素、-C1-3烷基、-C1-3烷氧基、苯基、羟基、-CH2OH、-氧代、-C(O)Me、-SO2Me、任选地被-F取代的-SO2Ph、单或二-C1-3烷基胺、-C(O)-NH2、-NH-C(O)-NH2、-C(＝NH)-NH2、-NH-C(＝NH)-NH2、-(CH2)s-NH2、哌啶、哌嗪、吗啉、-(CH2)t-NH-P(O)(OEt)2、-C(O)-NH-R8、和任选地被-Cl取代的-苯氧基；
R8选自由以下组成的组：-OH、-(氨基)环己基、-吡咯烷基乙基、和-甲基哌嗪基乙基；
R9和R10各自独立地选自由以下组成的组：-H，-卤素，-C1-3烷基，-C1-3全氟代烷基，-C2-3烷氧基，-C1-3全氟代烷氧基，-NO2，-OH，-CN，-CO2H，-CO2Me，-CO2NH2，-CH2NH2，-Cy，-吡啶基，-四氢吡啶基，任选地被-Me取代的-吡嗪基，和任选地被-卤素、-C1-3烷基、-C1-3全氟代烷基、-C1-3烷氧基、-C1-3全氟代烷氧基取代的-苯基；并且
其中m、n、p、r、s和t各自独立地选自0、1和2。
2.根据权利要求1所述的具有F-II的化合物：
Figure FDA0002497911780000041
或其药学上可接受的盐
其中
R2选自由以下组成的组：
任选地被一个或多个选自-F和-Me的基团取代的-苯基，
-C3-10环烷基，其中所述环烷基基团是任选地被一个或多个选自-F和-Me的基团取代的环丙基、环庚基、二环庚基或金刚烷基，
-C1-10烷基，其中所述烷基基团是乙基、异丙基或辛基，
-C2-10烯基，其中所述烯基基团是直链的或支链的，和
-杂环基，其中所述杂环基基团是哌啶基或六氢吡喃基；
R3选自由以下组成的组：
-CH(R4)-(CH2)n-C(O)NR5R6、
-CH(R4)-(CH2)n-NHR5、
-CH(R4)-(CH2)n-NR5R6、
-CH2-CH(NH2)-C(O)NR5R6、
-C(O)-NR5R6、
-Cy-NR5R6、和
-CH(R4)-(CH2)n-OR6；
R4选自由以下组成的组：
-C1-6烷基，其中所述烷基基团是直链的或支链的，
选自由环丙基、环戊基和环己基组成的组的-C3-6环烷基，
任选地被一个或多个选自-F、-Cl、-Me、-iPr、-CF3、-OMe、OCF3的基团取代的-苯基，
任选地被一个或多个甲基基团取代的-苄基，
-杂环基，其中所述杂环基基团是咪唑基、噻唑基、吡啶基、哌啶基、四氢吡喃基、喹啉基或异喹啉基，并且任选地被一个或多个选自-苄基、和-羟基的基团取代；
R5选自由以下组成的组：
-H、
任选地被一个或多个选自-F和-Me的基团取代的-苄基、
-C1-2烷基、
-乙酰基、
-CN、和
-(CH2)3-NH2；
或者
R4和R5与它们所键合的原子一起形成6元杂脂肪族环；
R6选自由以下组成的组：
任选地被一个或多个R7基团取代的-C1-3烷基，
-C0-3烷基-环烷基，其中所述环烷基基团是任选地被一个或多个R7基团取代的环丙基、环戊基或环己基，
-C(O)-环烷基，其中所述环烷基基团是任选地被一个或多个R7基团取代的环丙基、环戊基或环己基，
-C0-3烷基-杂环基，其中所述杂环基基团是吡咯烷基、吡啶基、咪唑基、噻唑基、哌啶基、呋喃基、苯并二氧戊环基、噁唑基、吗啉基或四氢吡喃基，并且任选地被一个或多个R7基团取代，
-C1-3烷基-苯基，其中所述苯基基团任选地被一个或多个R7基团取代，
-C(O)-(CH2)p-NH-(CH2)r-苯基，其中所述苯基基团任选地被一个或多个R7基团取代；
或者
R5和R6与它们所键合的原子一起形成6元杂脂肪族环，该环任选地被一个或多个R7基团取代；
R7选自由以下组成的组：甲基、氟、溴、苯基、羟基、-CH2OH、-氧代、甲氧基、-C(O)Me、-SO2Me、任选地被-F取代的-SO2Ph、-NH2、-NHMe、-NMe2、-C(O)-NH2、-NH-C(O)-NH2、-C(＝NH)-NH2、-NH-C(＝NH)-NH2、-(CH2)s-NH2、哌啶、哌嗪、吗啉、-(CH2)t-NH-P(O)(OEt)2、-C(O)NH-R8、和任选地被-Cl取代的苯氧基；
R8选自由以下组成的组：-OH、-(氨基)环己基、-吡咯烷基乙基、和-甲基哌嗪基乙基；
R9选自由以下组成的组：-H，-F，-Br，-NO2，-OH，-CN，-CO2H，-CO2Me，-CO2NH2，-CH2NH2，-Cy，-吡啶基，-四氢吡啶基，任选地被-Me取代的-吡嗪基，和任选地被-Cl、-Me、-CF3、-OMe或
-OCF3取代的-苯基；
R10是-H或-Br；并且
X5、R1、m、n、p、r、s和t是如权利要求1所定义的。
3.根据权利要求1或2中任一项所述的具有式F-III的化合物：
Figure FDA0002497911780000071
或其药学上可接受的盐
其中R11是-H、-Me或-氧代；
Figure FDA0002497911780000072
在当R11是-H或-Me时表示双键，并且在当R11是氧代时表示单键。
4.根据前述权利要求中任一项所述的具有F-IV的化合物：
Figure FDA0002497911780000073
或其药学上可接受的盐。
5.根据权利要求1-3中任一项所述的具有式F-V的化合物：
Figure FDA0002497911780000074
或其药学上可接受的盐。
6.根据权利要求1-3中任一项所述的具有式VI的化合物：
Figure FDA0002497911780000081
或其药学上可接受的盐，
其中v是0或1，
Z选自CH或N，
并且其中
每当Z是CH时，R12是-NR5R6，并且
每当Z是N时，R12选自包含至少一个N原子的R7基团。
7.根据权利要求1-5中任一项所述的化合物，其中
R1是环己基或正辛基；
n是2；
R4选自由以下组成的组：-Cy、-PhOCF3和戊烷-3-基；
R5是H；
R6是-(CH2)3-NH2或-Cy-NH2；
R9是-H或-CN；并且
R10是H。
8.根据权利要求6所述的化合物，其中
R1是环己基或正辛基；
R9是-H或-CN；并且
R10是H。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，用于在通过疗法治疗人或动物体的方法中使用。
10.根据权利要求1至8中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，用于根据权利要求9所述的用途，其中所述疗法是治疗或预防感染。
11.根据权利要求1至8中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，用于根据权利要求10所述的用途，其中所述感染是细菌、真菌或寄生虫感染。
12.根据权利要求1至8中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，用于根据权利要求10所述的用途，其中所述感染是由选自以下的属的细菌引起或与之并发的细菌感染：葡萄球菌属、肠球菌属、链球菌属、假单胞菌属、军团菌属、克雷伯氏菌属、嗜血杆菌属、奈瑟氏菌属、李斯特菌属、埃希氏菌属、螺杆菌属以及分枝杆菌属。
13.根据权利要求1至8中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，用于根据权利要求12所述的用途，其中所述细菌感染由选自下组的细菌物种引起或与之并发：金黄色葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、肺炎链球菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯氏菌、流感嗜血杆菌、鲍氏不动杆菌、铜绿假单胞菌、铜绿假单胞菌、淋病奈瑟氏菌、幽门螺杆菌、脑膜炎奈瑟氏球菌、单核细胞性李斯特菌、嗜肺军团菌、牛分枝杆菌、和结核分枝杆菌。
14.一种治疗感染的方法，所述方法包括向有需要的患者施用治疗有效量的根据权利要求1至8中任一项所述的化合物。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述感染是细菌、真菌或寄生虫感染。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述感染是由选自以下的属的细菌引起或与之并发的细菌感染：葡萄球菌属、肠球菌属、链球菌属、假单胞菌属、军团菌属、克雷伯氏菌属、嗜血杆菌属、奈瑟氏菌属、李斯特菌属、埃希氏菌属、螺杆菌属以及分枝杆菌属。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述细菌感染由选自下组的细菌物种引起或与之并发：金黄色葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、肺炎链球菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯氏菌、流感嗜血杆菌、鲍氏不动杆菌、铜绿假单胞菌、铜绿假单胞菌、淋病奈瑟氏菌、幽门螺杆菌、脑膜炎奈瑟氏球菌、单核细胞性李斯特菌、嗜肺军团菌、牛分枝杆菌、和结核分枝杆菌。
18.根据权利要求1至8中任一项所述的化合物或其盐的用途，用于抑制细菌RNA酶P活性。
19.根据权利要求1至8中任一项所述的化合物或其盐的用途，用作杀菌剂。
20.一种药物组合物，所述药物组合物包含根据权利要求1至8中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐、以及药学上可接受的赋形剂、佐剂、稀释剂和/或载体。
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