CN111304339A - 一种用于检测绵羊尾脂沉积能力的分子标记及其应用 - Google Patents

一种用于检测绵羊尾脂沉积能力的分子标记及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN111304339A
CN111304339A CN202010227782.8A CN202010227782A CN111304339A CN 111304339 A CN111304339 A CN 111304339A CN 202010227782 A CN202010227782 A CN 202010227782A CN 111304339 A CN111304339 A CN 111304339A
Authority
CN
China
Prior art keywords
sheep
genotype
sequence
fat deposition
tail fat
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN202010227782.8A
Other languages
English (en)
Other versions
CN111304339B (zh
Inventor
张伟
王世银
邓双义
高莉
杨力伟
刘晓娜
徐梦思
刘守仁
王新华
甘尚权
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Xinjiang Agricultural Vocational Technical College
Original Assignee
Xinjiang Agricultural Vocational Technical College
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Xinjiang Agricultural Vocational Technical College filed Critical Xinjiang Agricultural Vocational Technical College
Priority to CN202010227782.8A priority Critical patent/CN111304339B/zh
Publication of CN111304339A publication Critical patent/CN111304339A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN111304339B publication Critical patent/CN111304339B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/172—Haplotypes
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
    • Y02P60/00—Technologies relating to agriculture, livestock or agroalimentary industries
    • Y02P60/80—Food processing, e.g. use of renewable energies or variable speed drives in handling, conveying or stacking
    • Y02P60/87—Re-use of by-products of food processing for fodder production

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种检测绵羊尾脂沉积能力的分子标记及其应用。本发明公开的检测绵羊尾脂沉积能力的分子标记为序列表中序列1的第97‑112位的所示的DNA片段，将该片段记为片段1，绵羊基因组DNA中对应于序列表中序列1所示的DNA片段含有片段1或不含片段1。实验证明，本发明的绵羊尾脂沉积分子标记与尾脂沉积能力相关，可用于绵羊育种。

Description

一种用于检测绵羊尾脂沉积能力的分子标记及其应用
技术领域
本发明涉及生物技术领域中，一种用于检测绵羊尾脂沉积能力的分子标记及其在鉴定绵羊尾脂沉积能力中的应用。
背景技术
脂肪由于其疏水性等特性使其储存能量的效率要远高于糖原等其他形式，所以成为机体贮能的主要方式，对维持机体能量代谢平衡至关重要。动物体可将体内过剩的 能量合成脂肪组织储存起来，以备食物匮乏时为机体生命活动提供基本的能量供应。 绵羊的脂尾性状即是一个很好的例子。
在被驯化和人工饲养以前，地球高纬度地区漫长而寒冷的冬季无疑是生活在这里的绵羊(Ovis aries)所必须面对的严峻挑战。在进化过程中，这些地区的瘦尾绵羊 品种群体中逐渐演化出一些尾部脂肪沉积能力很强的群体，其中尤以生活在我国西北 部阿勒泰地区的阿勒泰羊最为出名，这与该地区冬季漫长而寒冷、枯草期较长的气候 条件有直接关系。阿勒泰羊可以利用夏秋牧草丰茂的季节在尾部储积大量的脂肪，到 冬季牧草匮乏的时候即可通过分解尾部脂肪组织为机体提供能量。
绵羊品种按尾型可分为5类：(1)短瘦尾绵羊：尾细无明显的脂肪沉积，尾端 在飞节以上，如藏羊、罗曼诺夫羊等。(2)长瘦尾绵羊：尾细、尾端达飞节以下， 如新疆细毛羊、萨福克羊、林肯羊等。(3)短脂尾绵羊：脂肪在尾部积聚成垫状， 形状和大小不一，尾端在飞节以上，如小尾寒羊、湖羊、蒙古羊、卡拉库尔羊等； (4)长脂尾绵羊：尾端在飞节以下，如大尾寒羊等。(5)脂臀羊：尾部和臀部融合， 脂肪在臀部积聚成垫状，尾椎数少，尾短，呈"W"形，如阿勒泰羊、哈萨克羊等。
近年来随着脑血管疾病的发病率逐年增加，高脂肪肉食品的摄入对人们健康所造成的威胁已日益引起公众的关注，瘦肉的消费量也随之升高，阿勒泰羊等脂尾(臀) 型绵羊品种所产羊肉由于脂肪含量高而越来越无法适应市场需求的变化。如何在保持 其适应性强、肉质鲜美等优良性状的同时，适当降低其脂肪沉积水平、提高瘦肉率、 改善肉质已成为脂尾(臀)型绵羊品种后期选育提高的重要方向，而开发绵羊尾脂沉 积能力的分子标记并应用于辅助选择育种，将对脂尾(臀)型绵羊品种的改良和瘦肉 型绵羊品种的培育产生积极地推动作用。
动物的脂肪组织主要分布在皮下、内脏周围和肌肉等组织中，可分为白色脂肪组织(White adipose tissue,WAT)和褐色脂肪组织(Brown adipose tissue,BAT)， 但BAT多见于幼龄动物中，成年动物体内主要是WAT。WAT的脂肪细胞中有一个巨大的 脂滴(Lipiddroplets,LD)，是由磷脂单分子层包裹中性脂肪核心而构成的球形细胞 器，磷脂单分子层中嵌合着很多蛋白质。已有的研究结果表明，大脂滴是通过小脂滴 的聚集和融合而形成的。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是如何检测绵羊尾脂沉积能力。尾脂是指绵羊储存于尾部的脂肪组织，尾脂沉积能力在不同尾型绵羊品种间存在巨大差异。
为解决上述技术问题，本发明首先提供了绵羊尾脂沉积分子标记或检测所述绵羊尾脂沉积分子标记的物质在鉴定或辅助鉴定绵羊尾脂沉积能力中的应用；所述绵羊尾 脂沉积分子标记为序列表中序列1的第97-112位的所示的DNA片段，将该片段记为 片段1，绵羊基因组DNA中对应于序列表中序列1所示的DNA片段含有所述片段1 或不含所述片段1。
上述应用中，所述检测所述绵羊尾脂沉积分子标记的物质可为引物对，所述引物对由名称分别为P-F和P-R的单链DNA组成，所述P-F为在绵羊基因组中与序列1的 第97位上游特异结合的单链DNA，所述P-R为在绵羊基因组中与序列1的第112位下 游特异结合的单链DNA。
上述应用中，所述P-F为序列表中序列3所示的单链DNA；所述P-R为序列表 中序列4所示的单链DNA。
进一步，所述绵羊尾脂沉积分子标记可为序列表中序列1或序列2所示的DNA片段。
本发明还提供了检测绵羊基因型的方法，所述基因型为AA基因型、AB基因型 和BB基因型，所述方法包括：检测待测绵羊染色体中对应于序列表中序列1的第 97-112位的DNA片段，如所述待测绵羊两条染色体均为下述g1)的染色体，所述待 测绵羊为AA基因型绵羊；如所述待测绵羊两条染色体均为下述g2)的染色体，所述 待测绵羊为BB基因型绵羊；如所述待测绵羊两条染色体中一条为下述g1)的染色体， 另一条为下述g2)的染色体，所述待测绵羊为AB基因型绵羊；
g1)含有序列表中序列1的第97-112位的DNA片段；
g2)不含有序列表中序列1的第97-112位的DNA片段。
上述方法中，检测待测绵羊染色体中对应于序列表中序列1的第97-112位的 DNA片段可采用所述引物对进行，所述方法包括L1)和L2)：
L1)以待测绵羊基因组DNA为模板，采用所述引物对进行PCR扩增得到PCR产物；
L2)下述L21)或L22)：
L21)检测步骤L1)得到的PCR产物的序列，根据所述PCR产物序列确定绵羊基 因型：如所述PCR产物中含有序列1所示的DNA片段、且不含有序列表中序列2所示 的DNA片段，所述待测绵羊为AA基因型绵羊；如所述PCR产物中含有序列2所示的DNA片段、且不含有序列表中序列1所示的DNA片段，所述待测绵羊为BB基因型绵羊； 如所述PCR产物中含有序列1和2所示的两种DNA片段，所述待测绵羊为AB基因型绵 羊；
L22)检测步骤L1)得到的PCR产物的大小，根据所述PCR产物大小确定绵羊基 因型：如所述PCR产物中含有365bp的DNA片段、且不含有349bp的DNA片段，所述 待测绵羊为AA基因型绵羊；如所述PCR产物中含有349bp的DNA片段、且不含有365bp 的DNA片段，所述待测绵羊为BB基因型绵羊；如所述PCR产物中含有365bp和349bp 两种大小的DNA片段，所述待测绵羊为AB基因型绵羊。
上述方法中，采用所述引物对进行PCR扩增的体系可为：基因组DNA(100ng/μL) 1μL，Premix Taq(TaKaRa TaqTM Version 2.0plus dye，宝生物工程(大连)有限 公司，RR901A)13μL，所述P-F(10μmol/L)和所述P-R(10μmol/L)各0.5μL， ddH2O 10μL。
上述方法中，采用所述引物对进行PCR扩增的条件可为：94℃预变性5min；94℃30s，58℃30s，72℃30s，共35个循环；72℃延伸10min，4℃保存。
上述方法中，PCR产物的大小可通过电泳检测，也可通过测序检测。
本发明还提供了下述X1)或X2)或X3)的方法：
X1)鉴定绵羊尾脂沉积能力的方法，包括：按照所述检测绵羊基因型的方法检 测待测绵羊的基因型，BB基因型和AB基因型绵羊为或候选为尾脂沉积能力强的绵 羊，AA基因型绵羊为或候选为尾脂沉积能力弱的绵羊；
X2)鉴定绵羊尾脂沉积能力的方法，包括：按照所述检测绵羊基因型的方法检 测待测绵羊的基因型，AA基因型绵羊尾脂沉积能力小于或候选小于BB基因型和AB 基因型绵羊，BB基因型和AB基因型绵羊尾脂沉积能力无差异或候选无差异；
X3)绵羊育种方法，包括：按照所述检测绵羊基因型的方法检测绵羊的基因型， 选择AA基因型绵羊作为亲本进行育种。
所述绵羊尾脂沉积分子标记，也属于本发明的保护范围。
本发明还提供了具有如下Y1)-Y4)中任一用途的物质，所述物质包括所述引物对：
Y1)检测绵羊尾脂沉积分子标记；
Y2)制备检测绵羊尾脂沉积分子标记的产品；
Y3)鉴定或辅助鉴定绵羊尾脂沉积能力；
Y4)制备鉴定或辅助鉴定绵羊尾脂沉积能力产品。
所述物质可仅由所述引物对组成，还可由所述引物对与进行PCR扩增所需的非引物和模板外的试剂组成。
本发明还提供了下述任一应用：
H1)所述绵羊尾脂沉积分子标记在绵羊育种中的应用；
H2)检测所述绵羊尾脂沉积分子标记的物质在绵羊育种中的应用；
H3)检测所述绵羊尾脂沉积分子标记的物质在制备鉴定或辅助鉴定绵羊尾脂沉积能力产品中的应用；
H4)所述检测绵羊基因型的方法在鉴定或辅助鉴定绵羊尾脂沉积能力的应用。
本发明中，所述绵羊可为湖羊、萨福克羊、新疆细毛羊、阿勒泰羊和小尾寒羊这 五种绵羊品种中的五种、任四种、任三种、任两种或任一种。
实验证明，本发明的绵羊尾脂沉积分子标记与尾脂沉积能力相关：尾脂沉积能力强的臀脂型阿勒泰羊、短脂尾型小尾寒羊和湖羊基因型基本为BB基因型(即两条染色 体均不含序列表中序列1的第97-112位)和AB基因型(即两条染色体一条含有序列 表中序列1的第97-112位，另一条不含序列表中序列1的第97-112位)，BB基因型 个体分别占62.5％、61.9％和74.4％，小尾寒羊和湖羊群体中没有检测到AA基因型(即 两条染色体均含有序列表中序列1的第97-112位)的个体，而168份阿勒泰羊基因组 中也仅检测到6个AA基因型的个体；而尾脂沉积能力差的长瘦尾型萨福克羊和新疆细 毛羊群体中95.6％和95.7％的个体为AA基因型，没有检测到BB基因型个体。通过分析 不同基因型绵羊的尾脂沉积能力，发现BB和AB基因型的绵羊脂臀长、宽和厚3项数 据均极显著高于AA基因型(P<0.01)，而BB和AB基因型的阿勒泰羊脂臀长、宽和厚 间均无显著差异。说明，绵羊尾脂沉积分子标记与尾脂沉积能力相关，可用于绵羊育 种。
附图说明
图1为部分PCR产物琼脂糖凝胶电泳结果。M为分子量标准。
图2为部分PCR产物聚丙烯酰胺凝胶电泳结果。++表示AA基因型，+-表示AB基 因型，--表示BB基因型。
图3为不同基因型片段测序结果。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。下述实施例中的实验方法，如无特殊 说明，均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂、仪器等，如无特殊说明， 均可从商业途径得到。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均 值。下述实施例中，如无特殊说明，序列表中各核苷酸序列的第1位均为相应DNA/RNA 的5′末端核苷酸，末位均为相应DNA/RNA的3′末端核苷酸。
实施例1、绵羊16碱基插入/缺失突变作为尾脂沉积分子标记的发现
本实施例发现了一个与绵羊尾脂沉积能力相关的分子标记，记为绵羊尾脂沉积分子标记。绵羊尾脂沉积分子标记为序列表中序列1的第97-112位所示的DNA片段(记 为片段1)。在绵羊群体中，根据该绵羊尾脂沉积分子标记将绵羊分为三种基因型，第 一种是两条染色体均含有片段1(即序列1的第97-112位)的绵羊，记为AA基因型； 第二种是两条染色体均不含有片段1，记为BB基因型；第三种是一条染色体含有片段 1，另一条不含片段1，记为AB基因型。
根据该分子标记设计引物，记为引物对P，引物对P由正向引物(P-F)和反向引 物(P-R)组成，正反向引物的序列分别为序列表中序列3和4，利用引物对P对绵羊 基因组DNA进行PCR扩增，PCR产物有三种：AA基因型绵羊的PCR产物含有序列表中 序列1所示的DNA片段，且不含有序列2所示的DNA片段；BB基因型绵羊的PCR产物 含有序列表中序列2所示的DNA片段，且不含有序列1所示的DNA片段；AB基因型的 PCR产物含有序列表中序列1和2所示的两种DNA片段。
利用引物对P检测待测绵羊基因型的步骤如下：
1.待测绵羊
180头湖羊(短脂尾型，新疆生产建设兵团农六师鑫宝种羊场)，187头萨福克羊(长瘦尾型，新疆奇台农场种羊场)，135头新疆细毛羊(长瘦尾型，新疆吉木萨尔县 三台镇细毛羊养殖基地)，126头小尾寒羊(短脂尾型，新疆华新种羊场)，168头阿勒 泰羊(脂臀型，阿勒泰富蕴县阿勒泰羊种群核心区)。
2.提取基因组DNA
采集上述绵羊品种耳组织提取基因组DNA作为PCR扩增的模板。
3.PCR扩增
以各绵羊的基因组DNA为模板，利用引物对P进行PCR扩增。
PCR扩增采用25μL体系：基因组DNA(100ng/μL)1μL，Premix Taq(TaKaRa TaqTMVersion 2.0plus dye，宝生物工程(大连)有限公司，RR901A)13μL，引物 对P正反向引物(10μmol/L)各0.5μL，ddH2O 10μL。
PCR反应条件：94℃预变性5min；94℃30s，58℃30s，72℃30s，共35 个循环；72℃延伸10min，4℃保存。
使用1.5％琼脂糖凝胶电泳检测上述扩增的PCR产物，分析扩增效率和特异性，部分样品的检测结果见图1。
4.PCR扩增产物测序
使用12％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测上述所有PCR产物。上样量：2μL PCR产物混 合6μL变性上样缓冲液，100℃变性10min，立即置于冰上降温，然后全部上样电 泳。电泳条件：在4℃-15℃温度下，先使用300V的电压电泳5min，然后在110V 的电压下电泳18h。电泳结束后将凝胶进行固定、银染、显色并拍照。部分检测结果 见图2。
挑选不同带型对应的PCR产物进行基因测序，以确定不同带型对应的序列突变情况(图3)。
5.不同带型PCR产物基因型确定
以上述5个不同绵羊品种基因组DNA为模板，使用引物对P扩增的所用PCR产物， 经12％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测共出现3种带型(图2)，结合测序结果，这3种带型 分别对应于3种基因型：AA基因型绵羊的PCR产物含有序列表中序列1所示的DNA片 段，且不含有序列2所示的DNA片段；BB基因型绵羊的PCR产物含有序列表中序列2 所示的DNA片段，且不含有序列1所示的DNA片段；AB基因型的PCR产物含有序列表 中序列1和2所示的两种DNA片段。
6.绵羊尾脂沉积能力与基因型关联性分析
采用SPSS软件计算上述检测群体中该突变位点(序列1的第97-112位)的基因 型频率及等位基因频率，并使用卡方检验的方法分析各群体中基因型是否处于 Hardy-Weinberg平衡。
结果显示，绵羊尾脂沉积能力与绵羊尾脂沉积分子标记高度相关：尾脂沉积能力强的臀脂型阿勒泰羊、短脂尾型小尾寒羊和湖羊基因型基本为BB和AB基因型，BB基 因型个体分别占62.5％、61.9％和74.4％，小尾寒羊和湖羊群体中没有检测到AA基因型 的个体，而168份阿勒泰羊基因组中也仅检测到6个AA基因型的个体；而尾脂沉积能 力差的长瘦尾型萨福克羊和新疆细毛羊群体中95.6％和95.7％的个体为AA基因型，没 有检测到BB基因型个体(表1)。
表1绵羊尾脂沉积能力与基因型关联性分析
Figure BDA0002428271700000061
Figure BDA0002428271700000071
注：括号内为不同基因型的个体数或等位基因的个数；A表示序列表中序列1所示的DNA片段，B 表示序列表中序列2所示的DNA片段；*表示：P<0.05(χ2 0.05＝5.99)，**表示：P<0.01(χ2 0.05＝9.21)。
上述结果表明，本发明的绵羊尾脂沉积分子标记与绵羊尾脂沉积能力高度相关，可以用于低脂肪绵羊品种的选育。
实施例2.绵羊16碱基插入/缺失突变在鉴定绵羊尾脂沉积能力中的应用
1.待测绵羊
300只脂臀型阿勒泰羊，年龄1.5岁至2岁，来自新疆阿勒泰富蕴县阿勒泰羊 种群核心群，待检羊均统一编号。每只羊采集左侧耳组织，同时用测杖测量脂臀长、 宽和厚3项数据，用来评价其臀部脂肪沉积能力，并记录该羊的编号。
2.提取基因组DNA
从上述采集的耳组织中提取基因组DNA，作为PCR扩增的模板。
3.PCR扩增
以上述阿勒泰羊的基因组DNA为模板，利用引物对P进行PCR扩增，PCR扩增 体系和反应条件与实施例1相同。
4.PCR扩增产物测序
PCR产物经1.5％琼脂糖凝胶电泳检测合格后，用实施例1中所述的方法进行聚丙烯酰胺凝胶电泳检测和测序，并进行基因分型。
5.检测结果
检测结果显示，300只待测阿勒泰羊中12只为AA基因型，98只为AB基因型，其 余190只均为BB基因型。
6.不同基因型与绵羊尾脂沉积能力的关系
分析12只为AA基因型以及AB基因型与BB基因型中各随机选出的12只绵羊的尾型，结果见表2。从表2可以看出基因型与绵羊的尾脂沉积能力具有明显的相关性。 BB和AB基因型的阿勒泰羊脂臀长、宽和厚3项数据均极显著高于AA基因型的阿勒泰 羊(P<0.01)，而BB和AB基因型的阿勒泰羊脂臀长、宽和厚间均无显著差异。检测的 300只阿勒泰羊中共有288只为BB和AB基因型。同时根据实施例1中的数据，尾部 脂肪沉积能力差的新疆细毛羊和萨福克羊均以AA基因型为主。
可见，本发明发现的绵羊尾脂沉积分子标记与绵羊的尾脂沉积能力高度相关，可以作为很好的分子标记应用于低脂肪绵羊品种的选育。
表2阿勒泰羊不同基因型个体尾型数据对比分析
Figure BDA0002428271700000081
注：同列中，相同字母表示差异不显著(P>0.05)，不同字母表示差异极显著(P<0.01)。
<110> 新疆农业职业技术学院
<120> 一种用于检测绵羊尾脂沉积能力的分子标记及其应用
<160> 4
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 365
<212> DNA
<213> 绵羊（Ovis aries）
<400> 1
tgccagcgta aagtggactc tgtccccaag ggcggaaact aactgagcag ggcctcttca 60
cttcgacttg ggatccctca tcagtgtgac tggaaccagg ggtcagagaa acatggagtg 120
agtggtgccg gggtgggagg cgtggctgct gaggggggct gagcctgggc actgaggggg 180
tctccaactt ggtcatggtg gtctactggg gttgaacaga agaagggctg ggggaggtgt 240
gtatgagttg agaggggaaa ccaaagtgga ggcctgatgg atggaggtcg ggttgcacgg 300
tttcaaaaaa ccagagggga cttccctggc atccattgtt taagactccc aacttccact 360
gcaga 365
<210> 2
<211> 349
<212> DNA
<213> 绵羊（Ovis aries）
<400> 2
tgccagcgta aagtggactc tgtccccaag ggcggaaact aactgagcag ggcctcttca 60
cttcgacttg ggatccctca tcagtgtgac tggaacatgg agtgagtggt gccggggtgg 120
gaggcgtggc tgctgagggg ggctgagcct gggcactgag ggggtctcca acttggtcat 180
ggtggtctac tggggttgaa cagaagaagg gctgggggag gtgtgtatga gttgagaggg 240
gaaaccaaag tggaggcctg atggatggag gtcgggttgc acggtttcaa aaaaccagag 300
gggacttccc tggcatccat tgtttaagac tcccaacttc cactgcaga 349
<210> 3
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial sequence）
<400> 3
tgccagcgta aagtggactc tg 22
<210> 4
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial sequence）
<400> 4
tctgcagtgg aagttgggag tc 22

Claims (9)

1.绵羊尾脂沉积分子标记或检测所述绵羊尾脂沉积分子标记的物质在鉴定或辅助鉴定绵羊尾脂沉积能力中的应用；所述绵羊尾脂沉积分子标记为序列表中序列1的第97-112位的所示的DNA片段，将该片段记为片段1，绵羊基因组DNA中对应于序列表中序列1所示的DNA片段含有所述片段1或不含所述片段1。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：所述检测所述绵羊尾脂沉积分子标记的物质为引物对，所述引物对由名称分别为P-F和P-R的单链DNA组成，所述P-F为在绵羊基因组中与序列1的第97位上游特异结合的单链DNA，所述P-R为在绵羊基因组中与序列1的第112位下游特异结合的单链DNA。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于：所述P-F为序列表中序列3所示的单链DNA；所述P-R为序列表中序列4所示的单链DNA。
4.检测绵羊基因型的方法，所述基因型为AA基因型、AB基因型和BB基因型，所述方法包括：检测待测绵羊染色体中对应于序列表中序列1的第97-112位的DNA片段，如所述待测绵羊两条染色体均为下述g1)的染色体，所述待测绵羊为AA基因型绵羊；如所述待测绵羊两条染色体均为下述g2)的染色体，所述待测绵羊为BB基因型绵羊；如所述待测绵羊两条染色体中一条为下述g1)的染色体，另一条为下述g2)的染色体，所述待测绵羊为AB基因型绵羊；
g1)含有序列表中序列1的第97-112位的DNA片段；
g2)不含有序列表中序列1的第97-112位的DNA片段。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于：检测待测绵羊染色体中对应于序列表中序列1的第97-112位的DNA片段采用权利要求3中所述引物对进行，所述方法包括L1)和L2)：
L1)以待测绵羊基因组DNA为模板，采用权利要求3中所述引物对进行PCR扩增得到PCR产物；
L2)下述L21)或L22)：
L21)检测步骤L1)得到的PCR产物的序列，根据所述PCR产物序列确定绵羊基因型：如所述PCR产物中含有序列1所示的DNA片段、且不含有序列表中序列2所示的DNA片段，所述待测绵羊为AA基因型绵羊；如所述PCR产物中含有序列2所示的DNA片段、且不含有序列表中序列1所示的DNA片段，所述待测绵羊为BB基因型绵羊；如所述PCR产物中含有序列1和2所示的两种DNA片段，所述待测绵羊为AB基因型绵羊；
L22)检测步骤L1)得到的PCR产物的大小，根据所述PCR产物大小确定绵羊基因型：如所述PCR产物中含有365bp的DNA片段、且不含有349bp的DNA片段，所述待测绵羊为AA基因型绵羊；如所述PCR产物中含有349bp的DNA片段、且不含有365bp的DNA片段，所述待测绵羊为BB基因型绵羊；如所述PCR产物中含有365bp和349bp两种大小的DNA片段，所述待测绵羊为AB基因型绵羊。
6.下述X1)或X2)或X3)的方法：
X1)鉴定绵羊尾脂沉积能力的方法，包括：按照权利要求4或5所述的方法检测待测绵羊的基因型，BB基因型和AB基因型绵羊为或候选为尾脂沉积能力强的绵羊，AA基因型绵羊为或候选为尾脂沉积能力弱的绵羊；
X2)鉴定绵羊尾脂沉积能力的方法，包括：按照权利要求4或5所述的方法检测待测绵羊的基因型，AA基因型绵羊尾脂沉积能力小于或候选小于BB基因型和AB基因型绵羊，BB基因型和AB基因型绵羊尾脂沉积能力无差异或候选无差异；
X3)绵羊育种方法，包括：按照权利要求4或5所述的方法检测绵羊的基因型，选择AA基因型绵羊作为亲本进行育种。
7.权利要求1中所述绵羊尾脂沉积分子标记。
8.具有如下Y1)-Y4)中任一用途的物质，包括权利要求2或3中所述引物对：
Y1)检测绵羊尾脂沉积分子标记；
Y2)制备检测绵羊尾脂沉积分子标记的产品；
Y3)鉴定或辅助鉴定绵羊尾脂沉积能力；
Y4)制备鉴定或辅助鉴定绵羊尾脂沉积能力产品。
9.下述任一应用：
H1)权利要求1中所述绵羊尾脂沉积分子标记在绵羊育种中的应用；
H2)检测权利要求1中所述绵羊尾脂沉积分子标记的物质在绵羊育种中的应用；
H3)检测权利要求1中所述绵羊尾脂沉积分子标记的物质在制备鉴定或辅助鉴定绵羊尾脂沉积能力产品中的应用；
H4)权利要求4或5所述的方法在鉴定或辅助鉴定绵羊尾脂沉积能力的应用。
CN202010227782.8A 2020-03-27 2020-03-27 一种用于检测绵羊尾脂沉积能力的分子标记及其应用 Active CN111304339B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010227782.8A CN111304339B (zh) 2020-03-27 2020-03-27 一种用于检测绵羊尾脂沉积能力的分子标记及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010227782.8A CN111304339B (zh) 2020-03-27 2020-03-27 一种用于检测绵羊尾脂沉积能力的分子标记及其应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN111304339A true CN111304339A (zh) 2020-06-19
CN111304339B CN111304339B (zh) 2023-07-14

Family

ID=71153730

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202010227782.8A Active CN111304339B (zh) 2020-03-27 2020-03-27 一种用于检测绵羊尾脂沉积能力的分子标记及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN111304339B (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112921104A (zh) * 2020-11-23 2021-06-08 扬州大学 一种辅助选择绵羊尾脂重量的可变剪切标志物及其检测引物和应用

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2702701A1 (en) * 2007-08-03 2009-03-19 Melba Ketchum Compositions, methods and systems for the simultaneous determination of parentage, identity, sex, genotype and/or phenotype, and breed determination in animals
CN103320520A (zh) * 2013-07-15 2013-09-25 新疆农垦科学院 一种辅助鉴定绵羊的脂尾性状的方法及其专用分子标记
CN109694915A (zh) * 2019-01-08 2019-04-30 甘肃农业大学 一种与绵羊尾脂重相关的分子标记及其应用

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2702701A1 (en) * 2007-08-03 2009-03-19 Melba Ketchum Compositions, methods and systems for the simultaneous determination of parentage, identity, sex, genotype and/or phenotype, and breed determination in animals
CN103320520A (zh) * 2013-07-15 2013-09-25 新疆农垦科学院 一种辅助鉴定绵羊的脂尾性状的方法及其专用分子标记
CN109694915A (zh) * 2019-01-08 2019-04-30 甘肃农业大学 一种与绵羊尾脂重相关的分子标记及其应用

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
S. MASTRANGELO等: "Genome-wide scan of fat-tail sheep identifies signals of selection for fat deposition and adaptation" *
张伟等: "绵羊Fsp27基因5\'-UTR区碱基突变与尾脂沉积能力的关联性" *
马丽娜等: "尾脂沉积标记在绵羊分子育种的研究与应用前景" *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112921104A (zh) * 2020-11-23 2021-06-08 扬州大学 一种辅助选择绵羊尾脂重量的可变剪切标志物及其检测引物和应用
CN112921104B (zh) * 2020-11-23 2022-11-01 扬州大学 一种辅助选择绵羊尾脂重量的可变剪切标志物及其检测引物和应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN111304339B (zh) 2023-07-14

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Chow et al. Investigation on natural diets of larval marine animals using peptide nucleic acid-directed polymerase chain reaction clamping
Bechara et al. Phylogenetic relationships in genus Arachis based on ITS and 5.8 S rDNA sequences
Williams et al. Use of random amplified polymorphic DNA (RAPD) for identification of largemouth bass subspecies and their intergrades
CN110643716B (zh) 一种与绵羊尾脂重相关的分子标记及其应用
CN110129456A (zh) 一种对虾抗弧菌分子标记组合及其在育种中的应用
JP7007710B2 (ja) クロマグロの遺伝的性判別マーカーおよび遺伝的性判別方法
Pathak et al. Repetitive DNA: A tool to explore animal genomes/transcriptomes
Knight Molecular systematics of the Agkistrodon complex
Danish et al. Molecular characterization of two populations of catfish Clarias batrachus L. using random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers
CN104328119A (zh) 团头鲂生长性状相关的微卫星分子标记及应用
Phromnoi et al. Genetic diversity and phylogenetic analysis of Khiew-Phalee chickens based on mitochondrial DNA cytochrome b gene sequences
CN111304339A (zh) 一种用于检测绵羊尾脂沉积能力的分子标记及其应用
CN104278027B (zh) 一种鉴定猪的肌内脂肪含量高低的方法及其专用引物对
KR20110105670A (ko) 대한한국 연안 해파리류의 종 판별 방법과 이에 따른 해파리류의 종 판별용 폴리뉴클레오티드 프로브, ｄｎａ 칩 및 키트
CN105331696B (zh) 一种鉴定猪肋骨数相关性状的方法及专用引物
CN106755422A (zh) 一种与黄牛生长性状相关的meg3基因snp的检测方法及其应用
CN106434974A (zh) 一种用于日本沼虾多样性分析的微卫星引物及其用途
CN105219873B (zh) 一种鉴定猪脊椎数相关性状的方法及专用引物
CN109055594A (zh) 一种用于检测中麦895抗赤霉病qtl的分子标记及使用方法
Nasren et al. Genetic variation and differentiation in the Stinging catfish, Heteropneustes fossilis (Bloch), populations assessed by heterologous microsatellite DNA markers
CN102943112B (zh) 辅助评价仔猪初生重和断奶重的方法及其专用引物
CN114686594B (zh) 一种适用于银龙鱼性别鉴定的snp分子标记及其应用
CN114686595B (zh) 一种用于银龙鱼性别鉴定的snp分子标记及其应用
CN117051128B (zh) 一种与猪肉质性状相关的nars2基因分子标记及其应用
CN110157809A (zh) 一种鸡CEL基因启动子99bp indel多态性标记检测试剂盒及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant