CN111154862A - 检测abcb1和ldlr基因多态性的引物及探针组合物、试剂盒、方法 - Google Patents

检测abcb1和ldlr基因多态性的引物及探针组合物、试剂盒、方法 Download PDF

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Abstract

本发明涉及检测ABCB1和LDLR基因多态性的引物及探针组合物、试剂盒、方法，该检测ABCB1和LDLR基因多态性的引物及探针组合物包括：用于检测ABCB1位点的第一引物和第一探针；以及，用于检测LDLR位点的第二引物和第二探针；其中，第一引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1‑4所示，第一探针的核苷酸序列如SEQ ID No.9‑10所示；第二引物的核苷酸序列如SEQ ID No.5‑8所示，第二探针的核苷酸序列如SEQ ID No.11‑12所示。本发明具有检测通量高、操作简便、快速且安全的优点。

Description

检测ABCB1和LDLR基因多态性的引物及探针组合物、试剂盒、 方法
技术领域
本发明涉及基因检测技术，特别涉及一种检测ABCB1和LDLR基因多态性的引物及探针组合物、试剂盒、方法。
背景技术
根据我国流行病学调查，中国成人血脂异常总体患病率在2012年高达40.4％，较10年前呈大幅度上升，而血清总胆固醇(TC)水平的升高将导致未来中国心血管病事件增加约920万。低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)或TC升高为特点的血脂异常是动脉粥样硬化性心血管疾病(ASCVD)重要的危险因素，因此降低LDL-C水平，可显著减少ASCVD的发病及死亡危险。LDL-C每降低1mmol/L(38mg/dL)，患主要心血管事件的风险可降低20％，全因死亡率可降低10％，而非心血管事件引起的死亡率并未增加。
他汀类药物又称为3-羟甲基-3-甲基戊二酰辅酶A(HMGCo A)还原酶抑制剂，近20多年来的众多大规模临床试验结果显示，他汀类药物在ASCVD一级和二级预防中均能显著降低心血管事件风险，是防治此类疾病最为重要的药物。然而不同的他汀在化学结构上虽有相似之处，但它们在药代动力学(吸收、结合血浆蛋白、代谢和溶解度)与其他药物相互作用、药物疗效以及他汀导致的不良反应方面存在个体间的差异，而这些差异部分是归因于常见药物基因的遗传与变异，ABCB1和LDLR基因则是近年来研究比较多的热点基因。
三磷酸腺苷结合盒转运子A1(ABCA1)基因所编码的ABCA1蛋白在胆固醇的逆向转运和机体高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)的形成中起到关键作用。当ABCA1基因发生突变时，可影响其蛋白质的转录和翻译，从而影响机体血脂水平。在已发现的ABCB1的将近50个SNP中，2677T>G和3435C>T均能够影响P-gp的转运底物，导致阿托伐汀疗效的个体化出现差异。相关学者研究发现ABCA1基因多态性与机体血脂异常等疾病存在相关性。
低密度脂蛋白受体(low density lipoprotein receptor，LDLR)由Brown等发现，认为LDLR与血脂代谢异常密切相关。LDLR基因在人类基因组位于第19号染色体短臂末端(19p13.1～13.3)，在基因组中的长度为45kb，含有18个外显子。LDLR基因突变与血脂异常相关性疾病密切相关，LDLR基因的异常表达可导致低密度脂蛋白胆固醇(low densitylipoprotein-cholesterol，LDL-C)的清除障碍，使LDL-C在血浆中极度升高，导致高胆固醇血症、动脉粥样硬化(atherosclero-sis，AS)等疾病。在药物基因组学权威数据库PharmGKB中显示LDLR基因突变rs1433099(c.666T>C)和rs14158(c.52G>A)与他汀类的疗效有密切关系。
现有他汀类药物个体化基因检测的方法包括PCR-直接测序法、PCR-基因芯片法和荧光定量PCR法等多种方法，每种方法的原理和优缺点如下：
PCR-直接测序法：也称PCR-Sanger测序，该方法基于双脱氧核糖核酸(ddNTP)末端终止法，根据核苷酸在某一固定点开始延伸，随机在某一特定碱基处终止，由于掺入的每个碱基都进行了荧光标记，因此产生了以A、T、C、G结束的四组相差一个碱基的不同长度的系列核酸片段；通过毛细管电泳分离这些片段后读取待测核酸的碱基序列。Sanger法测序是DNA序列分析的经典方法。由于该方法可直接读取DNA的序列，因此被认为是基因分型的金标准。PCR-Sanger测序法的操作过程主要包括PCR扩增和PCR产物纯化、测序反应、测序和结果分析四个主要步骤。分析时需要设置阴性对照和阳性质控品。该方法属于定性检测，优点是测序长度较长，可发现新的变异位点。主要不足：灵敏度不高；对试剂和仪器有特殊要求，不易普及；操作复杂，成本相对较高，速度慢、通量低。
PCR-基因芯片法：该方法以特定的寡核苷酸片段作为探针，将其有规律地排列固定于支持物上，然后将样品DNA通过PCR扩增、荧光标记等程序，按碱基配对原理与芯片杂交，再通过荧光检测系统对芯片上的荧光信号进行检测和分析，从而迅速获得个体的基因型信息。基因芯片分型法的操作过程包括PCR核酸扩增、杂交、芯片扫描和结果分析。该方法用于DNA基因分型时属于定性检测，灵敏度为50ng/μL。基因芯片法分析时需设置阴性对照和阳性质控品。应用基因芯片检测试剂盒时应确保试剂在开封前按要求保存、各组分液体使用前振荡混匀，杂交和洗片操作务必在避光条件下进行，PCR反应液和定位参照需避光保存，芯片加样时注意使液体铺满整个反应区，但不能溢出、不能出现气泡，以防交叉污染。其主要优点是可同时对多个待测SNP位点进行检测。
实时荧光PCR法：根据检测原理的不同，实时荧光PCR法可分为探针法和非探针法两种，前者利用与靶序列特异杂交的探针(Taqman和分子信标)来指示扩增产物的增加，后者利用荧光染料或特殊设计的引物来指示扩增产物的增加。Taqman探针法同时综合了5’端核酸酶活性和荧光等技术，其在反应过程使用4条寡核苷酸链，其中两条为等位基因特异性探针，两条为PCR引物。两条探针可分别与突变型和野生型模板互补，其两端分别应用含报告基团和淬灭基团的染料进行标记，两条探针的报告基团荧光染料不一样。在进行SNP检测时，PCR扩增的退火过程导致探针与模板杂交结合，当引物延伸至探针处时，DNA聚合酶的5’端外切酶活性将探针的5’端报告基团从探针上切除，使之与淬灭基团分离，从而释放出相对应的荧光，而没有配对的探针仍然保持完整而不会发荧光。不同的等位基因探针由于标记的荧光染料不同，因此所发荧光信号不同，可通过对荧光信号的检测判断样本的基因型。
实时荧光PCR法灵敏度高，分型准确，操作简便快捷，所用仪器容易普及，易于推广使用。
现有与本申请专利相关的已经公开或者已授权的部分专利请参见下表1。
表1
Figure BDA0002371784510000031
Figure BDA0002371784510000041
目前，市场上厂家开发试剂盒采用的技术平台主要有2种：荧光PCR法和PCR-基因芯片法。基于荧光PCR法技术平台开发的试剂盒主要有：人类SLCO1B1和ApoE基因检测试剂盒(PCR-荧光探针法)(武汉友芝友医疗科技有限公司)、人类APOE基因ε2/ε3/ε4基因分型试剂盒(荧光PCR法)(厦门人瑞生物医药科技有限公司)和人类ApoE基因多态性检测试剂盒(PCR-荧光探针法)(武汉康录生物技术股份有限公司)；基于PCR-基因芯片法技术平台开发的试剂盒主要有：脂蛋白E(ApoE)基因型检测试剂盒(基因芯片法)(珠海赛乐奇生物技术有限公司)和载脂蛋白E(ApoE)基因检测试剂盒(PCR-芯片杂交法)(上海百傲科技股份有限公司)。
上述试剂盒具有准确性高、灵敏度高和特异性好等特点，在临床诊断中得到了一定的推广，但是所采用的荧光PCR技术均为常规的荧光PCR法，一个通道只能检测一个突变，多个基因需要分管检测，存在检测通量低，操作繁琐等问题；而PCR-基因芯片法，虽然检测通量高，但存在操作时间长、步骤多和容易污染等问题。这两种方法，均不能满足临床诊断通量高和操作简便快速的要求，无法大规模应用。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是：提供一种检测ABCB1和LDLR基因多态性的引物及探针组合物、试剂盒、方法，可提高检测通量以及操作简便性。
为了解决上述技术问题，本发明采用的技术方案为：
检测ABCB1和LDLR基因多态性的引物及探针组合物，包括：用于检测ABCB1位点的第一引物和第一探针；以及，用于检测LDLR位点的第二引物和第二探针；
其中，第一引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1-4所示，第一探针的核苷酸序列如SEQ ID No.9-10所示；第二引物的核苷酸序列如SEQ ID No.5-8所示，第二探针的核苷酸序列如SEQ ID No.11-12所示。
本发明还涉及检测ABCB1和LDLR基因多态性的试剂盒，包括上述的检测ABCB1和LDLR基因多态性的引物及探针组合物。
本发明还涉及检测ABCB1和LDLR基因多态性的方法，包括以下步骤：
(1)提取样品DNA；
(2)采用PCR溶解曲线法，利用上述的检测ABCB1和LDLR基因多态性的试剂盒对样品DNA进行PCR扩增；
(3)通过监测整个溶解过程当中的信号值随温度的变化规律，区分靶序列的基因型。
本发明的有益效果在于：
采用荧光PCR探针熔解曲线技术，可以在多通道实时PCR仪器上实现2个基因4种突变(ABCB1：2677T>G和3435T>C；LDLR：666T>C和52G>A)的他汀类药物个体化用药基因的检测，满足突变筛查和基因分型等多种突变检测需要。由于建立在闭管操作基础上，具有操作简便、速度快和通量高的优点，因此能够极大的满足临床诊断的需求。
附图说明
图1为本发明实施例的检测ABCB1和LDLR基因多态性的试剂盒的熔解曲线法原理示意图；
图2为本发明实施例的检测ABCB1和LDLR基因多态性的试剂盒中野生型对照在ROX通道中熔解峰的Tm值的检测结果图；
图3为本发明实施例的检测ABCB1和LDLR基因多态性的试剂盒中野生型对照在CY5通道中熔解峰的Tm值的检测结果图。
具体实施方式
为详细说明本发明的技术内容、所实现目的及效果，以下结合实施方式并配合附图予以说明。
本发明最关键的构思在于：采用荧光PCR探针熔解曲线技术，针对上述2个基因4种突变型别设计引物及探针序列，实现多个突变位点的同时检测。
本发明提供的检测ABCB1和LDLR基因多态性的引物及探针组合物，包括：用于检测ABCB1位点的第一引物和第一探针；以及，用于检测LDLR位点的第二引物和第二探针；
其中，第一引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1-4所示，第一探针的核苷酸序列如SEQ ID No.9-10所示；第二引物的核苷酸序列如SEQ ID No.5-8所示，第二探针的核苷酸序列如SEQ ID No.11-12所示。
本发明还提供检测ABCB1和LDLR基因多态性的试剂盒，包括上述的检测ABCB1和LDLR基因多态性的引物及探针组合物。
本发明还提供检测ABCB1和LDLR基因多态性的方法，包括以下步骤：
(1)提取样品DNA；
(2)采用PCR溶解曲线法，利用上述的检测ABCB1和LDLR基因多态性的试剂盒对样品DNA进行PCR扩增；
(3)通过监测整个溶解过程当中的信号值随温度的变化规律，区分靶序列的基因型。
从上述描述可知，本发明的有益效果在于：
采用荧光PCR探针熔解曲线技术，可以在多通道实时PCR仪器上实现2个基因4种突变(ABCB1：2677T>G和3435T>C；LDLR：666T>C和52G>A)的他汀类药物个体化用药基因的检测，满足突变筛查和基因分型等多种突变检测需要。由于建立在闭管操作基础上，具有操作简便、速度快和通量高的优点，因此能够极大的满足临床诊断的需求。
本发明的技术原理为：
本发明采用的是荧光PCR探针熔解曲线技术。它的原理是利用特定的探针在PCR扩增完成后，与靶序列杂交形成的熔解曲线及熔点值(Tm)进行分析，检测探针覆盖区域是否存在碱基突变以及具体的突变类型。它包括PCR扩增和熔解曲线分析，首先是使用不对称PCR进行扩增，富集单链靶序列，使熔解曲线分析过程探针可以与靶序列杂交，具体实施方式是在需要检测的突变区域探针，并在设计好的探针外围设计一条上游引物和一条下游引物，用该上游引物和下游引物扩增含有待检测区域的片段。PCR扩增结束后进行熔解曲线分析，如图1所示，当反应体系中没有靶序列存在时，即处于非杂交状态时，整个熔解曲线过程中，从低温到高温，探针都是处于自由卷曲的状态，使得荧光基团和淬灭基团相互靠近，根据荧光共振能量转移(fluorescence resonance energy transfer，FRET)的原理，当一个荧光基团与一个淬灭基团的距离邻近至一定范围内时，就会发生能量转移，淬灭基团会吸收荧光基团在激发光作用下的激发荧光，从而使其不发光或发出的荧光很弱。当反应体系中有互补的靶序列存在时，在整个熔解曲线的过程中，低温时，探针与靶序列杂交，形成刚性而稳定的双链结构，荧光基团和淬灭基团的距离很远，荧光基团发出的荧光不会被淬灭基团吸收，因而可以检测到很强的荧光信号；随着温度的升高，双链杂交体逐渐解链，达到熔点时荧光迅速下降，荧光变化最强的点对应的温度即是探针与靶序列形成双链结构的熔点(Tm)，探针与不同的靶序列杂交形成双链结构的稳定性不同，因而具有不同的熔点。
本发明的具体技术方案如下：
1、引物设计
根据国内外对ABCB1和LDLR基因的研究结果，将Genebank数据库中调取的ABCB1和LDLR基因相关序列进行BLAST比对分析，用Primer5.0和Oligo6.0设计针对ABCB1和LDLR基因特异扩增引物和探针。
2、引物筛选
利用正交试验方法，在同一管中同时扩增目标序列及内参序列，通过大量实验对比筛选引物和探针，发明人通过实验结果证明引物和探针序列左右平移或长度改变，实验结果均有很大不同。模板浓度、比例均对扩增效果有重要影响。引物太长会有非特异扩增信号，太短则扩增效率比较低，检测灵敏度下降。
根据荧光PCR探针熔解曲线技术的特点，合理搭配各对引物和探针的浓度，通过大量的实验优化最终确立的引物和探针组合见表2-3所示。
表2
Figure BDA0002371784510000081
表3
Figure BDA0002371784510000082
Figure BDA0002371784510000091
3、引物、探针浓度以及反应体系其他组分浓度确定
引物终浓度选择80nM-200nM，MgCl2终浓度选择1mM-5mM，dNTP终浓度选择100nM-200nM，Taq酶终浓度选择2-5U/反应，利用正交试验方法，通过大量实验对比，最终确定最优的PCR反应体系见表4。
表4
Figure BDA0002371784510000092
注：DNA加样量为2μL，总反应体积为25μL。
4、反应条件的确定
经过大量实验对比优化，最终确定的最佳反应条件(扩增程序)参见下表5。
表5
Figure BDA0002371784510000101
5、结果判断
野生型对照在各通道中的熔解峰的Tm值范围如下：
ROX通道：
ABCB1，2677T>G位点的Tm值为53℃±1℃；3435T>C位点的Tm值为62℃±1℃；
CY5通道：
LDLR，52G>A位点的Tm值为60℃±1℃；666T>C位点的Tm值为72℃±1℃。
检测结果示意图如图2-3。
其中，图2中，第一个箭头所示熔解峰对应ABCB1，2677T>G位点野生型峰，第二个箭头所示熔解峰对应ABCB1，3435T>C位点野生型峰；图3中，第一个箭头所示熔解峰对应LDLR，52G>A位点野生型峰，第二个箭头所示熔解峰对应LDLR，666T>C位点野生型峰。
6、检验结果的解释
本发明试剂盒检测一个样本包括两个检测通道，即每个样本需要查看两个通道的熔解峰情况综合判断样本的基因型。
ROX通道检测(ABCB1，2677T>G)位点，野生型峰和突变型峰的熔点差异(△Tm)为4.86±0.37；同时还检测(ABCB1，3435T>C)位点，野生型峰和突变型峰的熔点差异(△Tm)为3.98±0.62。
CY5通道检测(LDLR，52G>A)位点，野生型峰和突变型峰的熔点差异(△Tm)为5.29±0.45；同时还检测(LDLR，666T>C)位点，野生型峰和突变型峰的熔点差异(△Tm)为6.87±0.39。
本发明试剂盒采用荧光PCR探针熔解曲线技术，可以在多通道实时PCR仪器上实现多个突变位点的同时检测，可满足突变筛查和基因分型等多种突变检测需要。由于建立在闭管操作基础上，该技术又具有操作简便、速度快、通量高等优点，因此能够极大的满足临床诊断的需求。本发明试剂盒是一种单管同时检测2个基因4种突变(ABCB1：2677T>G和3435T>C；LDLR：666T>C和52G>A)的他汀类药物个体化用药基因检测试剂盒。
本发明的试剂盒具有如下特点：
1、通量高：单管检测，一次实验可检测96个样本；
2、简便快速：仅需1个小时；
3、安全：全程闭管检测。
本发明试剂盒具有通量高、操作简单，检测迅速等优点，可以弥补目前检测方法的不足，简化操作步骤，缩短检测时间，为临床他汀类药物个体化用药基因检测提供了新的技术平台。
具体实施方式
实施例1
本发明试剂盒对临床样品的检测情况
使用本发明试剂盒对临床300例样本进行检测，本发明试剂盒检测临床样本检测结果见下表6。
表6
基因型 数量(例)
ABCB1，2677T>G杂合 25
ABCB1，2677T>G纯合 4
ABCB1，3435T>C杂合 31
ABCB1，3435T>C纯合 6
LDLR，52G>A杂合 19
LDLR，52G>A纯合 3
LDLR，666T>C杂合 24
LDLR，666T>C纯合 6
正常 182
本发明试剂盒对临床300例样本检测结果与金标准测序结果进行对比，阳性符合率和阴性符合率均为100％，准确率达100％，本发明试剂盒检测结果和测序结果对比统计结果下表7。
表7
Figure BDA0002371784510000121
注：金标准测序结果中阳性是指本发明试剂盒检测范围内基因型阳性，阴性是指本发明试剂盒检测范围之外的其他基因型样本阳性或者阴性。
本产品的性能指标：
(1)测定准确性
对测定准确性进行研究，选用24例包含4个位点的临床样本，每例样本均包含高、中、低3个浓度，每个浓度重复检测3次，均用3批产品进行检测，分别计算该基因位点基因型的符合率。结果显示相应的位点基因型，研究结果与测序结果结果完全符合，产品符合率为72/72。
(2)最低检测限
对最低检测限进行研究，选用8种包含4个位点全部基因型的临床样本每种样本包含7个浓度梯度，每个浓度重复检测12次，均采用3批产品检测进行检测。确定本试剂盒能稳定检出基因组DNA的最低浓度为2ng/μL。
(3)分析特异性
对特异性进行研究，均采用3批产品进行检测，结果如下：
通过干扰筛查试验，当全血样本中甘油三酯≤13.5mmol/L或总胆红素≤358.24μmol/L时，不是本试剂盒的干扰物质，溶血样本不影响本试剂盒检测结果。
通过干扰评价试验，20IU/mL肝素抗凝剂是本品的外源性干扰物质，2mg/mL枸橼酸钠或5mg/mL EDTA作抗凝剂不是本品的干扰物质。
用本试剂盒检测9例临床样本：包括1例G6PD突变阴性样本(野生型样本)、3例G6PD其他突变样本(c.517T>C、c.835G>A、c.868A>G)，1例缺失型α-地贫样本(-α3.7/αα)、1例非缺失型α-地贫样本(αCSα/αα)，1例弓形虫感染DNA样本、1例巨细胞病毒感染全血样本、1例大肠杆菌DNA样本，检测结果与核酸序列测定结果比较，前8例检测结果与测序结果完全相同，后1例无检测出任何信号，即9例均无交叉反应。
(4)重复性
对重复性进行研究，选择8例包含4个位点基因型的临床样本，每例样本重复检测20次，结果显示重复性较好。
实施例2
本发明试剂盒的临床应用
1、预期用途
本试剂盒用于体外定性检测人类全血基因组DNA样本，能够检测出他汀类药物个体化用药的2种基因4个位点，如下表8所示：
表8
位点 通道
ABCB1(2677T>G，rs2032582) ROX
ABCB1(3435T>C，rs1045642) ROX
LDLR(c.666T>C，rs1433099) CY5
LDLR(c.52G>A,rs14158) CY5
2、检验原理
本试剂盒产品采用改良的荧光PCR探针熔解曲线技术。
设计特异的PCR引物，扩增获得一定长度的DNA片段，该片段包含了所要检测的多态位点。
其检测过程是使用不对称PCR进行扩增，富集单链靶序列，使熔解曲线分析过程探针可以与靶序列杂交，具体实施方式是在需要检测的区域和正常区域设计相应的探针，并在设计好的探针外围设计一条上游引物和一条下游引物，用该上游引物和下游引物扩增含有待检测区域的片段；PCR扩增结束后进行熔解曲线分析。
根据熔点值的大小及不同通道出现的熔解峰个数对模板的基因型作出判断。
3、主要组成成分如下表9。
表9
Figure BDA0002371784510000141
4、适用仪器
Bio-Rad CFX96
5、储存条件及有效期
储存条件：试剂盒避光储存于-30℃～-15℃，避免反复冻融。
有效期：6个月。
6、样本要求
(1)本试剂盒样本来源为抗凝全血，所用抗凝剂为枸橼酸钠或EDTA，不能使用肝素抗凝。
(2)样本采集：抽取静脉血1-5mL入含有抗凝剂的管中，标记好样本信息。
(3)血样保存：抗凝全血在室温放置不超过24小时，2-8℃保存不超过一个月，-18℃以下保存不超过两年，-70℃可长期保存，冷冻保存时应避免反复冻融。
(4)血样运输：抗凝全血运输时需用冰壶或泡沫箱加冰袋密封，应保证冰袋不化冻，且在途时限不宜超过72小时。
7、检验方法
7.1DNA的提取
本试剂盒对人基因组DNA的提取方法没有指定要求，一般可用实验室常规方法(酚-氯仿抽提法)或试剂盒提取人基因组DNA，推荐使用深圳会众生物技术有限公司的全血DNA提取试剂盒。若采用深圳会众生物技术有限公司的全血DNA提取试剂盒，直接按说明书加样；若用酚-氯仿或其它方法提取DNA，则要测定DNA浓度，必要时进行浓缩或稀释，将DNA浓度调整至2-200ng/μL后才能进行检测实验。
7.2PCR扩增
从试剂盒中取出所有组分置于室温融化并振荡混匀，5000rpm离心5～10秒。
取出八联管或96孔PCR板，做好标识。
每人份反应体系的配制如下表10所示：
表10
Figure BDA0002371784510000161
反应液可直接分装成23μL/份，加入2μL各待检DNA样本，盖紧管盖，5000rpm离心5～10秒。
将上述已加模板的反应管5000rpm离心5～10秒后，置于基因扩增仪中，并记录好样本摆放顺序，按下表11设置PCR扩增参数。
表11
Figure BDA0002371784510000162
8、结果判断
野生型对照在各通道中的熔解峰的Tm值范围如下：
ROX通道：
ABCB1，2677T>G位点的Tm值为53℃±1℃；3435T>C位点的Tm值为62℃±1℃；
CY5通道：
LDLR，52G>A位点的Tm值为60℃±1℃；666T>C位点的Tm值为72℃±1℃。
9、检验结果的解释
本产品检测一个样本包括四个检测通道，即每个样本需要查看四个通道的熔解峰情况综合判断样本的基因型。
ROX通道检测(ABCB1，2677T>G)位点，野生型峰和突变型峰的熔点差异(△Tm)为4.86±0.37；同时还检测(ABCB1，3435T>C)位点，野生型峰和突变型峰的熔点差异(△Tm)为3.98±0.62。
CY5通道检测(LDLR，52G>A)位点，野生型峰和突变型峰的熔点差异(△Tm)为5.29±0.45；同时还检测(LDLR，666T>C)位点，野生型峰和突变型峰的熔点差异(△Tm)为6.87±0.39。
10、检验方法的局限性
本试剂盒能检测2种基因4个位点，还有一些罕见的突变类型在本试剂盒检测范围之外，可能造成漏检，这类样本可用测序法进一步验证。
11、产品性能指标
(1)测定准确性
对测定准确性进行研究，选用24例包含4个位点的临床样本，每例样本均包含高、中、低3个浓度，每个浓度重复检测3次，均用3批产品进行检测，分别计算该基因位点基因型的符合率。结果显示相应的位点基因型，研究结果与测序结果完全符合，产品符合率为72/72。
(2)最低检测限
对最低检测限进行研究，选用8种包含4个位点全部基因型的临床样本每种样本包含7个浓度梯度，每个浓度重复检测12次，均采用3批产品检测进行检测。确定本试剂盒能稳定检出基因组DNA的最低浓度为2ng/μL。
(3)分析特异性
对特异性进行研究，均采用3批产品进行检测，结果如下：
通过干扰筛查试验，当全血样本中甘油三酯≤13.5mmol/L或总胆红素≤358.24μmol/L时，不是本试剂盒的干扰物质，溶血样本不影响本试剂盒检测结果。
通过干扰评价试验，20IU/mL肝素抗凝剂是本品的外源性干扰物质，2mg/mL枸橼酸钠或5mg/mL EDTA作抗凝剂不是本品的干扰物质。
用本试剂盒检测9例临床样本：包括1例G6PD突变阴性样本(野生型样本)、3例G6PD其他突变样本(c.517T>C、c.835G>A、c.868A>G)，1例缺失型α-地贫样本(-α3.7/αα)、1例非缺失型α-地贫样本(αCSα/αα)，1例弓形虫感染DNA样本、1例巨细胞病毒感染全血样本、1例大肠杆菌DNA样本，检测结果与核酸序列测定结果比较，前8例检测结果与测序结果完全相同，后1例无检测出任何信号，即9例均无交叉反应。
(4)重复性
对重复性进行研究，选择8例包含4个位点基因型的临床样本，每例样本重复检测20次，结果显示重复性较好。
综上所述，本发明提供的检测ABCB1和LDLR基因多态性的引物及探针组合物、试剂盒、方法，具有检测通量高、操作简便、快速且安全的优点。
以上所述仅为本发明的实施例，并非因此限制本发明的专利范围，凡是利用本发明说明书及附图内容所作的等同变换，或直接或间接运用在相关的技术领域，均同理包括在本发明的专利保护范围内。
SEQUENCE LISTING
<110> 深圳会众生物技术有限公司
<120> 检测ABCB1和LDLR基因多态性的引物及探针组合物、试剂盒、方法
<130> 2020
<160> 12
<170> PatentIn version 3.5
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<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
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caatagcagg agttgttg 18
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<212> DNA
<213> 人工序列
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ttactctact taattaatc 19
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ttgctgagaa cattgcctat g 21
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acttacatta ggcagtgac 19
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<212> DNA
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caggccacgt gtcctcacgg 20
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cgtggcgtga acatctgc 18
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gaaggttctg ggaaggtga 19
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gacctcgccg gccttgtt 18

Claims (6)

1.检测ABCB1和LDLR基因多态性的引物及探针组合物，其特征在于，包括：用于检测ABCB1位点的第一引物和第一探针；以及，用于检测LDLR位点的第二引物和第二探针；
其中，第一引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1-4所示，第一探针的核苷酸序列如SEQ IDNo.9-10所示；第二引物的核苷酸序列如SEQ ID No.5-8所示，第二探针的核苷酸序列如SEQID No.11-12所示。
2.根据权利要求1所述的检测ABCB1和LDLR基因多态性的引物及探针组合物，其特征在于，所述第一探针和第二探针的3’和5’端分别进行荧光标记。
3.检测ABCB1和LDLR基因多态性的试剂盒，其特征在于，包括权利要求1-2中任意一项所述的检测ABCB1和LDLR基因多态性的引物及探针组合物。
4.根据权利要求3所述的用于检测ABCB1和LDLR基因多态性的试剂盒，其特征在于，还包括MgCl2、dNTP和Tap酶；
所述MgCl2的终浓度为1-5mM；所述dNTP的终浓度为100-200nM；所述Tap酶的终浓度为2-5U。
5.检测ABCB1和LDLR基因多态性的方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)提取样品DNA；
(2)采用PCR溶解曲线法，利用权利要求3或4所述的检测ABCB1和LDLR基因多态性的试剂盒对样品DNA进行PCR扩增；
(3)通过监测整个溶解过程当中的信号值随温度的变化规律，区分靶序列的基因型。
6.根据权利要求5所述的检测ABCB1和LDLR基因多态性的方法，其特征在于，步骤(2)中，利用权利要求4所述的检测ABCB1和LDLR基因多态性的试剂盒对样品DNA进行PCR扩增；采用PCR溶解曲线法进行PCR扩增的反应条件为：
第一阶段：95℃，5min，1个循环；
第二阶段：95℃，15s；57℃，30s；72℃，30s；35个循环；
第三阶段：94℃，1min；40℃，2min；40-80℃，并收集荧光信号；1个循环。
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