CN111154683B - 一种食甲基丁酸杆菌的优化培养方法及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种食甲基丁酸杆菌的优化培养方法及其应用。它是使用一型甲基化酶,在TOP10菌株体内对外源质粒进行甲基化修饰,得到已甲基化修饰的质粒DNA。采用的方法包括:(1)筛选适合梭菌的培养基;(2)筛选在梭菌中稳定存在的复制子;(3)确定最优的甲基化酶;在所有最优的条件下,可以使已甲基化修饰的质粒DNA转入存在限制修饰系统的食甲基丁酸杆菌,而不会被剪切降解,可以进行后续代谢路径改造。
Description
技术领域
本发明属于微生物领域,具体涉及一种食甲基丁酸杆菌的优化培养方法及其应用。
背景技术
近些年,越来越多的研究发现,梭菌难于或不能被转化的一个重要阻碍因素是存在的限制修饰系统。主要原因是修饰限制系统能将进入细胞内的大部分甚至是全部的外源DNA 在没有来得及行使功能就被剪切并降解,也就不能获得转化子或是转化子数量极少。
非模式菌株食甲基丁酸杆菌,简称Bm,是一种厌氧芽孢梭菌属,属于单碳厌氧型,可以同时利用多种C1原料进行发酵,如CO2、CO和甲醇等。另外, 还能代谢多碳物质, 包括葡萄糖、乳糖和丙酮酸,对这些物质代谢的主要产物是醋酸、丁酸或二者皆有, 以及相应的醇类。 Bm可用于生产石油和化学物质,开发食甲基丁酸杆菌作为甲醇利用的模式宿主,对促进甲醇生物转化具有重要意义。然而当前研究中该菌株遗传操作工具的缺乏,限制了其的发展和应用。
目前食甲基丁酸杆菌的研究非常少,对其遗传操作工具的研究就更加的稀少。为了对其进行后续基因改造,因此有必要开发出一种甲基化修饰外源基因的方法,突破这一瓶颈。
申请号201380044451.9 公开了对一氧化碳营养型产乙酸重组微生物进行修饰以使得它通过发酵包含CO的底物而生产生物柴油和任选的一种或多种其它产品。生物柴油是通过微生物发酵包含CO的底物来生产。所述重组微生物是经过修饰以表达生物柴油生物合成途径中的一种或多种外源性酶,所述一种或多种外源性酶在用于衍生出所述重组微生物的亲本微生物中不存在。所述一种或多种酶包括非特异性酰基转移酶。缺点是使用的外源性酶可能包含多种酶,操作较为繁琐。
发明内容
针对现有技术的不足,本发明的目的在于提供一种食甲基丁酸杆菌的优化培养方法及其应用,从而解决现有的食甲基丁酸杆菌难以接受外源基因的问题,丰富食甲基丁酸杆菌的研究,为后续该菌株遗传操作工具的进一步研究提供参考依据。
为解决上述问题,本发明采用以下技术方案来实现:
一种食甲基丁酸杆菌的优化培养方法,包括以下步骤:
步骤1,选择含有食甲基丁酸杆菌的甘油菌,接种于PB-G培养基中,进行活化和传代;
步骤2,选择固体培养基培养食甲基丁酸杆菌;
步骤3,选择在食甲基丁酸杆菌中稳定存在的复制子;
步骤4,选择甲基化酶,把甲基化修饰后的质粒电转进去得到含修饰的食甲基丁酸杆菌。
作为改进的是,所述食甲基丁酸杆菌来源于美国典型菌种保藏中心,编号为ATCC33266,属于现有菌株。
作为改进的是,所述固体培养基为RCM、TYA、YTF、PB-G、NRM或CCM。
作为改进的是,所述复制子包括pIM13,pCB102,pBP1,pCD6,pIP404。
作为改进的是,步骤4中所述甲基化酶为一型甲基化酶、噬菌体侵染枯草芽孢杆菌得到的甲基化酶,或食甲基丁酸杆菌的自身的三种二型甲基化酶,所述一型甲基化酶所用的质粒为pMCljS,所述噬菌体侵染枯草芽孢杆菌得到的甲基化酶所用的质粒为pAN2,所述食甲基丁酸杆菌的自身的三种二型甲基化酶构建到不同的质粒上,所述三种二型甲基化酶DNA modification methyltransferase I,DNA modification methyltransferase II,DNA modification methyltransferase III对应的质粒分别为pACYC184-M1,pACYC184-M2,pACYC184-M3。
基于上述修饰后的食甲基丁酸杆菌在菌在产丁酸上的应用。
有益效果:
与现有技术相比,本发明一种食甲基丁酸杆菌的优化培养方法及其应用的优势在于:
a)本发明解决食甲基丁酸杆菌电击转化后难以在固体培养基上生长的问题,确定了最稳定存在的复制子,获得了修饰效果最好的甲基化酶,使得电转得以进行;
b)在目前食甲基丁酸杆菌的研究稀少的大背景下,本发明对于外源质粒体内甲基化修饰的方法进行了探索及优化,克服了目前对于食甲基丁酸杆菌菌株遗传操作工具研究的难题。
附图说明
图1为不同种类培养基对食甲基丁酸杆菌铺板率影响;
图2为不同复制子对转化频率影响;
图3为不同甲基化酶修饰外源质粒对转化频率影响。
具体实施方式
下面结合附图和具体实施方式对本发明进行详细说明,不能认定本发明的具体实施只局限于这些说明。对于本发明所属技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明构思的前提下,还可以做出若干简单推演或替换,都应当视为属于本发明的保护范围。
选择含有食甲基丁酸杆菌的甘油菌,接种于PB-G培养基中,进行活化和传代,所述的活化和传代操作,常规方法进行;即用枪头吸取5μL甘油菌于PB-Gluc平板上划线,待长出单菌落后挑点接种于PB-Gluc培养基进行液体传代。
所述一型甲基化酶来源于大肠杆菌MG1655。
所述噬菌体侵染枯草芽孢杆菌得到的甲基化酶的制备方法为:通过pcr获得甲基化酶的基因,并构建到相应的质粒上,所得到的质粒为pAN2。
食甲基丁酸杆菌的自身的三种二型甲基化酶分别为DNA modificationmethyltransferase I,DNA modification methyltransferase II, DNA modificationmethyltransferase III。
实施例1 筛选不同种类的培养基
选择了6种适合梭菌生长的培养基,包括
RCM(酵母膏3g/L,牛肉膏10 g/L,蛋白胨10 g/L,可溶性淀粉1 g/L,葡萄糖5 g/L,氯化钠3 g/L,醋酸钠3 g/L),
TYA(葡萄糖40 g/L,牛肉膏2 g/L,酵母膏2 g/L,胰蛋白胨6 g/L,醋酸铵3 g/L,磷酸二氢钾0.5 g/L,七水合硫酸镁0.2 g/L,七水合硫酸亚铁0.01 g/L),
YTF(蛋白胨16 g/L,酵母粉12 g/L,氯化钠4 g/L,葡萄糖5 g/L),PB-G(磷酸二氢钾4 g/L,磷酸氢二钾6 g/L,氯化铵1 g/L,六水合氯化镁0.1 g/L,二水合氯化钙0.1 g/L,酵母粉3 g/L),
NRM(葡萄糖40 g/L,牛肉膏2 g/L,酵母膏2 g/L,胰蛋白胨6 g/L,醋酸铵3 g/L,磷酸二氢钾0.5 g/L,七水合硫酸镁0.2 g/L,七水合硫酸亚铁0.01 g/L,中性红0.2 g/L) 和
CCM(玉米粉65 g/L)。
将OD600nm为1的食甲基丁酸杆菌的菌液稀释106倍(以1OD=108 cfu/mL为基准),在每块固体培养基平板上涂布1ml的菌液,放入厌氧箱中,37℃培养3~4天后,计数菌落数,计算铺板率。
所述铺伴率的计算公式为:铺板率=(菌落数X稀释倍数)/108
食甲基丁酸杆菌在不同种类的培养基上的生长状况如图1所示,从图1中可以YTF的培养基中生长状态好,CCM中生长状态最差。YTF培养基含有浓度合适的葡萄糖和酵母粉,提供了菌株生长所需的碳源,氮源和能源,且pH等理化性质适宜。
实施例2 筛选不同类型的复制子
选择5种复制子,包括pIM13,pCB102,pBP1,pCD6,pIP404,对应质粒编号1,2,3,4,8,选择含有一型甲基化酶基因的质粒TOP10感受态或噬菌体侵染枯草芽孢杆菌得到的甲基化酶基因的质粒 TOP10感受态,编号9、10。(含有相应甲基化基因的TOP10感受态说明方法如下:将含有甲基化酶基因的质粒,转化到商业化的TOP10感受态中,并涂布于固体培养中。从平板上挑取单菌落接入含有10mL LB培养液的50mL离心管中,37℃培养至OD600=0.4后,将菌液放置冰上,冰敷10min, 4000r/min离心10min。弃上清,以10ml用冰预冷的0.1mMCaCl2重悬每份沉淀,放于冰上15min,于4℃以4000r/min离心10min,以回收细胞(重复两次)。 弃上清,每50ml初始培养物用2ml冰预冷的0.1M CaCl2重悬每份沉淀,得到含有相应甲基化基因的TOP10感受态。此时,可以迅速将细胞分装成小份,液氮中冰冻,-70℃贮存备用。)在冰上,将1,2,3,4,8号质粒分别加入9或10号TOP10感受态中,冰上孵育25min, 然后放入42℃水浴锅热激45s, 再取出放置冰上2min,接着在超净工作台加入1mL LB培养液,放入37℃摇床里培养1h,然后取出涂布于固体平板上。
从固体平板上挑取单菌落接入含有10mL LB培养液的50mL离心管中。过夜培养后,按照天根生化科技有限公司的质粒小提试剂盒说明书,提取被甲基化修饰了的质粒,并电击(1800V,200Ω)转化进食甲基丁酸杆菌内,计数转化子,计算转化频率。
所述转化频率的计算公式为:转化率=产生的菌落总数/DNA的加入量。
不同复制子的质粒在食甲基丁酸杆菌体内的稳定性如图2所示。
从图2中可以看出,当使用相同的甲基化质粒时,含有2号复制子即pCB102的转化频率最高,说明含有此复制子的质粒在食甲基丁酸杆菌中存在最稳定。
实施例3 筛选不同的甲基化酶
为考察不同的甲基化酶对质粒转化的影响,筛选了包括一型甲基化酶,噬菌体侵染枯草芽孢杆菌得到的甲基化酶,以及菌体本身有的三种二型甲基化酶,对应质粒分别是pMCljS,pAN2,pACYC184-M1,pACYC184-M2,pACYC184-M3,制备含有上述质粒的TOP10感受态,编号为9-13。选取筛选到的最稳定的复制子,进行电转化实验。
将含有pCB102复制子的质粒,加入分别含有9-13号甲基化质粒的TOP10感受态中,冰上孵育25min, 然后放入42℃水浴锅热激45s, 再取出放置冰上2min,接着在超净工作台加入1mL LB培养液,放入37℃摇床里培养1h,然后取出涂布于固体平板上。
从固体平板上挑取单菌落接入含有10mL LB培养液的50mL离心管中。过夜培养后,按照天根生化科技有限公司的质粒小提试剂盒说明书,提取被甲基化修饰了的质粒,并电击转化进食甲基丁酸杆菌内,计数转化子,计算转化频率。
所述转化频率的计算公式为:转化率=产生的菌落总数/DNA的加入量。
不同复制子的质粒在食甲基丁酸杆菌体内的稳定性如图3所示。
从图3中可以看出,对于相同的被甲基化修饰质粒,9号质粒甲基化修饰后,能够稳定存在于食甲基丁酸杆菌中。
实施例1-3中所有未明确提及的技术均匀现有技术,此处不多做介绍。
将实施例2的复制子,实施例3的甲基化酶的食甲基丁酸杆菌在实施例1的培养基上应用发酵产丁酸,产率提高50%。
综上所述,实施例1-3的优化条件下,解决了食甲基丁酸杆菌难以在固体培养基上生长的问题,为后续的转化计算转化率提供了技术上的可行性。并且选择了能够在梭菌中稳定存在的复制子和有效修饰外源基因的甲基化修饰系统,使得外源DNA能够在食甲基丁酸杆菌中稳定存在,为后续的基因改造提供了技术支撑。因此,具有良好的应用前景。
Claims (2)
1.一种食甲基丁酸杆菌( Butyribacterium methylotropicum ) 的优化培养方法,其特征在于,包括以下步骤:步骤1,选择含有食甲基丁酸杆菌的甘油菌,接种于PB-G培养基中,进行活化和传代;步骤2,选择固体培养基培养食甲基丁酸杆菌;步骤3,选择在食甲基丁酸杆菌中稳定存在的复制子;步骤4,选择甲基化酶,把甲基化修饰后的质粒电转进去得到含修饰的食甲基丁酸杆菌,所述食甲基丁酸杆菌来源于美国典型菌种保藏中心,编号为ATCC 33266,属于现有菌株,所述固体培养基为YTF,所述复制子包括pCB102,所述甲基化酶为一型甲基化酶,所述一型甲基化酶所用的质粒为pMCljS。
2.基于权利要求1中 所得的含修饰 的食甲基丁酸杆菌在产丁酸上的应用。
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Legal Events
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PB01 | Publication | ||
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SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
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GR01 | Patent grant | ||
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