CN110799192A - 治疗癌症的组合物和方法 - Google Patents

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Abstract

本公开内容提供了可用于治疗感染、癌症和肿瘤性疾病的方法和组合物。

Description

治疗癌症的组合物和方法
相关申请的交叉引用
本申请要求依据35U.S.C.§119的2017年3月27日提交的临时申请序列号62/477,370和2018年3月2日提交的临时申请序列号62/638,058的的优先权，其公开内容通过引用结合到本文中。
关于联邦政府研究的声明
本发明是在国家卫生研究院授予的批准号AI083358的政府支持下完成的。政府拥有发明的某些权利。
技术领域
本公开涉及抗癌剂，制备方法及其使用方法。
通过引用序列表的引入
本申请包括以下序列表：标题为“Sequence_ST25.txt”，创建于2018年3月26日，具有98,239字节的数据，在IBM-PC，MS-Windows操作系统上格式化的机器。出于所有目的，该序列表通过引用整体并入本文。
微生物保藏
根据布达佩斯条约，本发明的示例性微生物(表皮葡萄球菌MO34和表皮葡萄球菌MO38)于2018年3月22日保藏于美国典型培养物保藏中心，美国弗吉尼亚州玛纳萨斯大学大道10801号，邮编20110-2209，作为ATCC编号_PTA-125026(菌株名称S.epi-MO38 UCSD20180315)和ATCC编号PTA-125025_(菌株名称S.epi-MO34 UCSD 20180315)。在保藏日期之后的30年或相关专利的可实施寿命期间(以较长者为准)，该保藏将保存在授权保管机构，并在保管机构收到最近一次取样申请后至少五年内，发生变异、无法生存或销毁事件时更换保藏。在专利授权后，将不可撤销地从申请中取消这些细胞系向公众提供的所有限制。
背景技术
据估计，在2017年，在美国将诊断出超过1.5百万的新癌症病例和超过600,000例癌症死亡。尽管已经在治疗和预防各种癌症方面取得了进展，但是需要新的方法和组合物。
发明内容
本公开提供了可用于治疗肿瘤和癌症的组合物和方法。
在一个具体实施方案中，本发明提供具有通式I(a)的化合物或其药学上可接受的盐或前药：
Figure BDA0002219279760000021
其中N1-N5是氮原子；X1-X2是碳原子；存在在由虚线连接的R基团，或者如果R基团连接到通过双共价键与另一个原子结合的原子，则不存在由虚线连接的R基团；由直线和虚线二者表示的键表示键可以是单共价键或双共价键；稠合杂环系统包括三个双键，其中N2或N3与X1形成双键，N4或N5与X2形成双键；R1是羟基，酯，羧酸或-O-R10；R2，R4，R5，R7-R9独立地为H，D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基；R3和R6独立地选自H，D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-杂烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)杂烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C1-C6)-杂炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基，任选取代的杂环，卤化物，羟基，羰基，醛，羧基，酯，烷氧基，羧酰胺，胺，亚胺，叠氮化物，氰基，硝基，亚硝基，硫醇，硫化物，亚砜，砜和磷酸盐；R10选自D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-杂烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-杂烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C1-C6)-杂炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基和任选取代的杂环。
在另一个实施方案中，本公开提供了具有通式I(b)的通式的化合物或其药学上可接受的盐或前药：
Figure BDA0002219279760000031
其中，N1-N5是氮原子；X1-X2是碳原子；存在由虚线连接的R基团，或者如果R基团连接到通过双共价键与另一个原子结合的原子，则不存在由虚线连接的R基团；由直线和虚线二者表示的键表示键可以是单共价键或双共价键；稠合杂环系统包括三个双键，其中N2或N3与X1形成双键，并且N4或N5与X2形成双键；R1是羟基，酯，羧酸或-O-R10；R2，R4，R5和R7独立地为H，D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基；R10选自D，任选取代的(C1-C6-烷基，任选取代的(C1-C6)-杂烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-杂烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C1-C6)-杂炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基和任选取代的杂环。
在另一个实施方案中，本发明提供通式II的化合物(6-N-羟基氨基嘌呤(6-HAP)或其药学上可接受的盐或前药；或式II化合物的互变异构体，或式II化合物的互变异构体的药学上可接受的盐或前药：
Figure BDA0002219279760000041
在另一个实施方案中，本公开提供了一种药物组合物，其包含式I(a)，I(b)和/或II的化合物和其药学上可接受的载体。在另一个实施方案中，药物组合物包含至少一种另外的活性剂。在又一个实施方案中，至少一种另外的活性剂是化学治疗剂。在另一个实施方案，化学治疗剂选自烷化剂，抗代谢物，抗微管剂，拓扑异构酶抑制剂和细胞毒性抗生素。在进一步的实施方案中，抗癌剂选自顺铂(CDDP)，卡铂，丙卡巴肼，氮芥，环磷酰胺，喜树碱，异环磷酰胺，美法仑，苯丁酸氮芥，白消安，亚硝基脲，放线菌素D，柔红霉素，多柔比星，博来霉素，光神霉素，丝裂霉素，依托泊苷(VP16)，他莫昔芬，雷洛昔芬，雌激素受体结合剂，多西紫杉醇，紫杉醇，吉西他滨，诺维本，法呢基蛋白转移酶抑制剂，反铂，5-氟尿嘧啶，长春新碱，长春碱，6-巯基嘌呤；卡培他滨；克拉屈滨；克罗拉滨；阿糖胞苷；多柔比星；氟达拉滨；氟尿苷；吉西他滨；羟基脲；甲氨蝶呤；培美曲塞；喷司他丁；强的松；丙卡巴肼和甲氨蝶呤，或其任何类似物或衍生物变体。
本公开内容还提供治疗肿瘤(包括癌前病变)，细胞增殖性病症或癌症的方法，包括使受试者局部或肠胃外接触含有式I(a)，I(b)或II的化合物的治疗肿瘤，癌症或细胞增殖性疾病有效量的化合物或药物组合物。
表皮葡萄球菌(S.epidermidis)产生6-HAP，发现其抑制DNA合成并且具有传递针对瘤形成的保护的潜力。皮肤细菌在宿主防御中的有益作用与共生菌抵抗金黄色葡萄球菌感染的作用的观察一致，但是进一步将该概念扩展到宿主防御癌症和癌前肿瘤(例如乳头瘤和光化性角化病)的防御功能。此外，产生6-HAP的表皮葡萄球菌菌株的丢失可能增加受试者患皮肤癌的风险。因此，本公开内容提供了包含表皮葡萄球菌菌株的益生菌组合物，所述表皮葡萄球菌菌株产生6-HAP以预防，减弱和/或抑制受试者的肿瘤形成。
在一个具体实施方案中，本公开内容提供了保护受试者免于皮肤癌或其他类型瘤形成的组合物，其包含(i)式I，II或II的组合物和/或(ii)益生菌共生微生物，其产生6-N-羟基氨基嘌呤(6-HAP)。在进一步的实施方案中，益生菌共生微生物是表皮葡萄球菌的菌株。在又一个实施方案中，菌株是表皮葡萄球菌中的一种或多种，是表皮葡萄球菌MO34和/或表皮葡萄球菌MO38。在另一个实施方案中，组合物被配制用于局部或皮肤递送。在另一个实施方案中，组合物为洗剂，摇动乳液，乳膏，软膏，凝胶，泡沫，粉末，固体，糊剂或酊剂的形式。在进一步的实施方案中，组合物还包含一种或多种防晒剂。防晒剂的实例包括但不限于氨基苯甲酸，阿伏苯宗，辛酸盐(cinoxate)，二氧苯酮，依卡姆苏莱、安舒利唑、均沙拉酸盐、美拉迪酯、八丁烯、辛氨酸盐、辛烷酸盐、氧苯酮、帕地马酯O、舒利贝松、二氧化钛、水杨酸三氨酯和氧化锌。在又一个实施方案中，皮肤保护剂组合物还包含一种或多种局部抗生素。局部抗生素的实例包括但不限于磺胺醋酰钠，杆菌肽，多粘菌素b，红霉素，磺胺嘧啶银，新霉素，瑞他帕林和莫匹罗星。
在某个实施方案中，本公开内容还提供了预防受试者患皮肤癌或其他类型瘤形成的方法，包括向受试者局部施用本公开的组合物。在进一步的实施方案中，肿瘤是上皮肿瘤。在又一个实施方案中，肿瘤形成由UV暴露导致或由UV暴露诱导。
附图的简要说明
图1A-D显示从正常人皮肤分离的表皮葡萄球菌菌株产生具有抗微生物活性的非蛋白质分子。(a)通过针对group A链球菌(GAS)的径向扩散分析，筛选来自44株从正常人皮肤分离的表皮葡萄球菌菌株的培养物上清液的抗微生物活性。数据代表每种菌株的条件培养基的生长抑制区的直径。UD＝检测不到。(b)使用聚羟甲基(PolyHYDROXYMETHYL)通过HPLC从表皮葡萄球菌MO34的培养上清液中纯化的抗微生物化合物的洗脱曲线。显示了5个纯化步骤的最后一步。插入板表示每种级分对抗GAS的径向扩散分析的抗微生物活性。绿线表示H2O在乙腈中的梯度。(c-d)来自表皮葡萄球菌的抗微生物分子的稳定性在热处理(100℃表示指定时间)后产生对GAS的最强抗生素活性(MO34)(c)利用蛋白酶K(2mg/mL)或木瓜蛋白酶(2mg/mL)孵育、在37℃下保持3小时，然后在90℃下孵育5分钟以使酶失活(d)。通过径向扩散分析确定抗GAS的抗微生物活性。
图2A-B显示产生6-HAP的表皮葡萄球菌菌株的定殖增强了对皮肤表面上的致病细菌的抗微生物活性。(a-b)通过表皮葡萄球菌产生6-HAP(MO34)，非抗微生物菌株(ATCC1457)或抗GAS或甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌(MRSA)攻击的载体定殖的小鼠皮肤的抗微生物活性。用表皮葡萄球菌(MO34或ATCC1457)或PBS(媒介物)施用小鼠背部皮肤2小时。然后将病原体施用于皮肤表面6小时。通过擦拭和计数在血琼脂平板上铺板的拭子样品的连续稀释液来测量细菌存活率，所述拭子样品用于GAS(溶血性)和表皮葡萄球菌(非溶血性)，或用蛋黄质的甘露醇盐琼脂用于MRSA(甘露醇阳性：大的黄色菌落与蛋黄反应)和表皮葡萄球菌(甘露醇阴性：一个没有蛋黄反应的小粉红色菌落)。每个点代表来自单个小鼠的数据。通过Student t-检验，*P<0.05和**P<0.01。
图3A-G显示表皮葡萄球菌菌株产生具有抗微生物活性的6-N-羟基氨基嘌呤。(a)通过高分辨率电子喷雾电离质谱法分析来自表皮葡萄球菌MO34菌株的纯化抗生素的分子量。(b)在含有15N氯化铵(12.5mM)的TSB中培养表皮葡萄球菌MO34 24小时后，将15N同位素掺入抗生素分子中。(c-d)在1H-NMR中比较纯化的抗生素(c)与合成的6-HAP(d)的化学位移。(e-f)纯化抗生素(e)与合成6-HAP(f)对电子轰击质谱法的碎裂特征的比较。(g)确定的抗生素(6-HAP)的化学结构。
图4A-G显示6-HAP是DNA聚合的直接抑制剂。(a)在含有6-HAP(25μg/mL)，丝裂霉素C(5μg/mL)或LL-37(10μM)的THB中对GAS进行时间过程杀灭。在每个指定的时间点，通过在琼脂平板上计数CFU来测量培养基中的活GAS。数据代表四个单独实验的平均值±SE。(b)在含有6-HAP(25μg/mL)，丝裂霉素C(5μg/mL)和LL-37(10μM)的THB中孵育1小时的GAS的膜渗透性。具有受损的质膜(红色)的细菌可以与具有完整膜(绿色)的细菌区分开。(c)在含有BrdU(10μM)的THB中用6-HAP(25μg/mL)或丝裂霉素C(5μg/mL)孵育30或60分钟后，将BrdU掺入GAS的新生DNA中。(d)在含有BrdU(10μM)的THB中与6-HAP(25μg/mL)或丝裂霉素C(5μg/mL)孵育60分钟后，BrdU掺入表皮葡萄球菌ATCC12228的新生DNA中。数据代表五个单独实验的平均值±SE(通过学生t-检验与载体对照的*P<0.05和**P<0.01)。(e-f)通过Klenow片段聚合酶阻断体外DNA扩增的6-HAP的能力。用IRDye800标记的18-nt引物(SEQ ID NO：57)和25-nt模板进行扩增反应，其在初始碱基处需要腺苷(X＝T)或胞苷(X＝G)用于扩增(SEQ IDNO：58)(e)。通过电泳(f)在20％丙烯酰胺凝胶上分析扩增反应。(g)在腺嘌呤存在下6-HAP对GAS的抗微生物活性。将GAS在含有6-HAP的培养基中与或不与腺嘌呤一起孵育20小时。通过计算CFU来测量GAS存活率。数据代表四次单独实验的平均值±SE(通过Student t检验，**P<0.01)。
图5A-E显示负责6-HAP的选择性抗增殖活性的mARC2。(a-b)针对Pam212鳞状细胞癌的6-HAP的选择性抗增殖活性，但不针对正常角质形成细胞。在含有指定浓度的6-HAP或丝裂霉素C(10μg/mL)(a)的合适培养基中，分别在孵育4小时或24小时后将BrdU掺入Pam212细胞(b)或NHEK(b)中。(c)mARC1和mARC2在NHEK，鳞状细胞癌(Pam212)，黑素瘤(B16F10)和淋巴瘤细胞系(L5178)中的表达。为了比较每个细胞中的相对表达水平，数据显示为相对于GAPDH表达。(d)用对照siRNA，mARC1siRNA和mARC2siRNA处理的NHEK中mARC1和mARC2的表达。(e)基因沉默与mARC1和mARC2 siRNA对NHEK中6-HAP敏感性的影响。将用每种siRNA处理的NHEK孵育48小时，然后与10μg/mL的6-HAP一起孵育24小时。
图6A-E显示6-HAP改善深部皮肤感染并减缓小鼠中B16黑素瘤的生长。(a-c)单次血管内注射6-HAP对GAS引起的皮肤感染的影响。通过Image-J软件测量感染病变的大小(a)。在感染后第1天和第3天用6-HAP或载体处理的小鼠的感染皮肤(箭头)的代表性图像显示在(b)中。在细菌注射后24和72小时除去感染的皮肤，并在PBS中均化(c)。通过在琼脂平板上铺板匀浆的连续稀释液来计算CFU。数据代表8个单独实验的平均值±SE(通过学生t检验与载体对照*P<0.05和**P<0.01)。(d-e)用6-HAP重复血管内给药对小鼠黑素瘤生长的影响。数据代表10次个体实验的平均值±SE(*P<0.05，**P<0.01和***P<0.001，通过学生t检验对载体对照)(d)。在(e)中显示了在第9天和第13天用6-HAP或载体处理的小鼠中肿瘤(虚线)的代表性图像。
图7A-H显示产生6-N-羟基氨基嘌呤的表皮葡萄球菌菌株抑制SKH-1无毛小鼠中UV诱导的皮肤肿瘤形成。(a-d)产生6-HAP的表皮葡萄球菌MO34定殖对用DMBA处理的SKH-1无毛小鼠的肿瘤发生率(a)和数量(b)的影响，然后每周两次以180mJ/cm 2进行UV-B照射。表皮葡萄球菌ATCC1457用作不产生6-HAP的对照菌株。每周记录每只小鼠的肿瘤发生率和肿瘤数。数据代表19只小鼠的平均值±SE。显示了在第12周用表皮葡萄球菌ATCC1457(c)或MO34(d)处理的小鼠中UV诱导的肿瘤形成的代表性图像。(e-f)分别用表皮葡萄球菌1457(e)或MO34(f)定殖的SKH-1小鼠获得的UV诱导的皮肤肿瘤或皮肤的代表性H&E染色，用UV-B处理12周。(g-h)分别用表皮葡萄球菌ATCC1457(g)或MO34(h)处理的SKH-1小鼠的UV诱导的肿瘤或皮肤中的表皮葡萄球菌和角蛋白-14的免疫染色。
图8A-D显示皮肤分离菌株和表皮葡萄球菌的实验室菌株的6-HAP的产生。(a-d)从正常人皮肤表面分离的表皮葡萄球菌的MO34(a)和MO38(b)菌株，或ATCC12228(c)和ATCC1457(d)实验室菌株在TSB中培养过夜。根据方法部分，从培养上清液中部分纯化6-HAP。左图显示在Sep-Pak步骤(参见方法)后在TSKgel NH2-100氨基柱(4.6×150mm)(TosohBiosci.LLC，Tokyo，Japan)上的6-HAP(箭头)的HPLC-洗脱曲线。在270nm处监测洗脱曲线。绿线表示H2O在乙腈中的梯度。右图表示每种级分对GAS的径向扩散分析的抗微生物活性。
图9显示了AcOD-D2O中6-HAP的gHMBC光谱(500MHz)。通过gHMBC实验间接测量6-HAP的碳谱。gHMBC光谱数据记录在Mercury Pluss 500(Varian)光谱仪上。使用MestRenova8.1(MestreLab Research)处理FID文件。AcOD-D2O(1：5v/v)中6-HAP的gHMBC光谱显示芳香区域中有5个碳信号(δC＝113.60,144.94,148.17,150.28,150.45)。
图10显示天然6-HAP和合成6-HAP的抗微生物活性的比较。将GAS(1×10 5CFU/mL)与指定浓度的纯化的6-HAP或合成的6-HAP在THB中孵育过夜。通过测量OD600(生长指数的相对％)监测细菌生长。
图11显示6-HAP直接破坏人角质形成细胞和皮脂腺细胞的质膜的能力。将正常人表皮角质形成细胞(NHEK)或永生化人皮脂细胞系(SZ95)(1×105个细胞)分别在Epilife或Sebmed培养基中与指定浓度的6-HAP一起在37℃温育6小时。加入载体(0.5％DMSO)或Triton X-100(0.1％)以分别达到0％或100％的LDH释放。根据提供的方案，用细胞毒性检测试剂盒(LDH)(Roche，Mannheim，Germany)分析LDH释放。数据代表三次单独实验的平均值±SE。
图12A-C显示6-HAP发挥针对肿瘤细胞系的抗增殖活性。在含有指定浓度的6-HAP或丝裂霉素C(10μg/mL)的合适培养基中孵育4小时后，肿瘤细胞系L5178(a)，YAC-1淋巴瘤(b)，B16F10黑素瘤(c)的增殖活性。通过监测BrdU掺入来确定细胞的增殖活性。数据代表四个单独实验的平均值±SE。
图13显示6-HAP在小鼠中的系统毒性。每48小时用6-HAP(20mg/kg)或等体积载体(2.5％DMSO在0.9％NaCl中)血管内给药C57BL6小鼠(8周雌性)，持续2周(箭头)。为了观察6-HAP的毒性，在指定的时间点测定小鼠体重。数据代表10只小鼠的平均值±SE。
详细说明
如本文和所附权利要求中所使用的，单数形式“一”，“一个”和“该”包括复数指示物，除非上下文另有明确说明。因此，例如，提及“一种化合物”包括多种这样的化合物，并且提及“该细胞”包括提及一种或多种细胞等。
除非另外定义，否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本公开所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同的含义。尽管与本文描述的那些类似或等同的任何方法和试剂可用于实施所公开的方法和组合物，但现在描述示例性方法和材料。
此外，除非另有说明，否则“或”的使用意味着“和/或”。类似地，“包括”，“包含”，“包含”，“包括”，“包括”，“包括”，“具有”，“具有”和“具有”是可互换的而不是限制性的。
应进一步理解，在各种实施方案的描述使用术语“包含”的情况下，本领域技术人员将理解，在一些特定实例中，可替代地使用“基本上由......组成”或“由...组成。”
为了描述和公开在出版物中描述的方法，本文提及的所有出版物通过引用整体并入本文，其可以与本文的描述结合使用。然而，对于在所结合的出版物或参考文献中找到的任何类似或相同的术语以及在本申请中明确提出或定义的术语，那么在本申请中明确提出的那些术语定义或含义应在所有方面都受到控制。上面和整个文本中讨论的出版物仅仅是为了它们在本申请的提交日之前的公开内容而提供的。本文中的任何内容均不应被解释为承认发明人无权凭借在先公开而先于此类公开。
术语“烷基”是指由碳和氢原子组成的有机基团，其在碳之间含有单共价键。通常，除非另有说明，否则本公开中使用的“烷基”是指含有1至20个碳原子的有机基团。其中如果碳含量大于1，则碳可以以线性方式连接，或者如果碳含量大于2，则碳也可以以支链方式连接，使得母链含有一个或多个二级碳，叔碳或季碳。除非另有说明，烷基可以是取代的或未取代的。取代的烷基尤其包括被芳基取代的那些，其又可以被任选取代。具体的烷基包括甲基，乙基，正丙基，异丙基，环丙基，正丁基，仲丁基，叔丁基，环丁基，正戊基，支链戊基，环戊基，正己基，支链己基，和环己基，所有这些都是任选取代的。具体的取代烷基包括卤代烷基，特别是三卤代甲基，特别是三氟甲基。
术语“烯基”是指由碳和氢原子组成的有机基团，其在两个碳之间含有至少一个双共价键。通常，除非另有说明，否则本公开中使用的“烯基”是指含有1至20个碳原子的有机基团。虽然C1-链烯基可以与母链的原子形成双键，但是三个或更多个碳的链烯基可以包含多于一个双键。在某些情况下，烯基将被共轭，在其他情况下，烯基不会被共轭，而在其他情况下，烯基可以具有一段共轭和非共轭的延伸。另外，如果存在多于1个碳，则碳可以以线性方式连接，或者如果存在多于3个碳，则碳也可以以支链方式连接，使得母链包含一个或多个二级碳，三元或四元碳。除非另有说明，烯基可以是取代的或未取代的。取代的烯基尤其包括被烷基或芳基取代的那些，该基团又可任选被取代。特定的烯基包括乙烯基，丙-1-烯基，丙-2-烯基，丁-1-烯基，丁-2-烯基，戊-1-烯基，戊-2-烯基，支链戊烯基，己-1-烯基，支链己烯基，所有这些都是任选取代的。
术语“炔基”是指由碳和氢原子组成的有机基团，其在两个碳之间含有三重共价键。通常，除非另有说明，否则本公开中使用的“炔基”是指含有1至20个碳原子的有机基团。虽然C1-炔基可以与母链的原子形成三键，但是三个或更多个碳的炔基可以包含多于一个三键。如果碳含量超过1，则碳可以以线性方式连接，或者如果含有多于4个碳，则碳也可以以支链方式连接，使得母链含有一个或多个仲，叔碳或季碳。除非另有说明，炔基可以是取代的或未取代的。
与治疗，药剂和化合物有关的术语“抗微生物剂”是指可用于抑制，减弱，改善由外来物质(试剂)感染引起或由其引起的任何症状的药剂。出于本公开的目的，外来试剂包括但不限于细菌，寄生虫，病毒和真菌。
与治疗剂，药剂和化合物有关的术语“抗癌剂”是指可用于抑制，减弱，改善由细胞增殖性疾病，肿瘤或癌症导致或由其引起的任何症状的药剂(例如，小分子，例如6-HAP或益生菌)。
本公开中使用的术语“芳基”是指具有离域π电子云的共轭平面环系统，其仅含有碳作为环原子。用于本发明目的的“芳基”包括1至7个芳基环，其中当芳基大于1个环时，芳基环连接使得它们连接，稠合或其组合。芳基可以是取代的或未取代的，或者在多于一个芳基环的情况下，一个或多个环可以是未取代的，一个或多个环可以是取代的，或其组合。取代的芳基尤其包括被烷基或烯基取代的那些，该基团又可任选被取代。具体的取代芳基包括单-，二-，三-，四-和五卤代-取代的苯基；单-，二-，三-，四-，五-，六-和七-卤-取代的萘基；3-或4-卤代苯基，3-或4-烷基取代的苯基，3-或4-烷氧基取代的苯基，3-或4-RCO-取代的苯基，5-或6-卤-取代的萘基。更具体地，取代的芳基包括乙酰基苯基，特别是4-乙酰基苯基；氟苯基，特别是3-氟苯基和4-氟苯基；氯苯基，特别是3-氯苯基和4-氯苯基；甲基苯基，特别是4-甲基苯基，和甲氧基苯基，特别是4-甲氧基苯基。具体的芳基包括苯基，联苯基和萘基，它们都是任选取代的。
出于本公开的目的，术语“癌症”将用于包括细胞增殖性病症，肿瘤，癌前细胞病症和癌症。因此，“癌症”是指经历异常细胞增殖的任何细胞，其可导致转移或肿瘤生长。示例性癌症包括但不限于肾上腺皮质癌，AIDS相关癌症，AIDS相关淋巴瘤，肛门癌，肛门直肠癌，肛管癌，阑尾癌，儿童小脑星形细胞瘤，儿童脑星形细胞瘤，基底细胞癌，皮肤癌症(非黑色素瘤)，胆道癌，肝外胆管癌，肝内胆管癌，膀胱癌，膀胱癌，骨关节癌，骨肉瘤和恶性纤维组织细胞瘤，脑癌，脑肿瘤，脑干胶质瘤，小脑星形细胞瘤，脑星形细胞瘤/恶性胶质瘤，室管膜瘤，成神经管细胞瘤，幕上原始神经外胚层肿瘤，视觉通路和下丘脑胶质瘤，乳腺癌，包括三阴性乳腺癌，支气管腺瘤/类癌，类癌，胃肠道，神经系统癌，神经系统淋巴瘤，中枢神经系统癌症，中枢神经系统淋巴瘤，宫颈癌，儿童癌症，慢性淋巴细胞白血病，慢性粒细胞白血病，慢性骨髓增生性疾病，结肠癌，结肠直肠癌，皮肤T细胞淋巴瘤，淋巴肿瘤，蕈样真菌病，网状细胞增生(Seziary)综合征，子宫内膜癌，食管癌，颅外生殖细胞肿瘤，外生殖细胞肿瘤，肝外胆管癌，眼癌，眼内黑色素瘤，视网膜母细胞瘤，胆囊癌，胃癌(胃癌)，胃肠道类癌，胃肠道间质瘤(GIST)，生殖细胞肿瘤，卵巢生殖细胞瘤，妊娠滋养细胞肿瘤胶质瘤，头颈癌，肝细胞癌(肝癌)，霍奇金淋巴瘤，下咽癌，眼内黑色素瘤，眼癌，胰岛细胞瘤(内分泌胰腺)，卡波西肉瘤，肾癌，肾癌，喉癌，急性淋巴细胞白血病，急性髓性白血病，慢性淋巴细胞白血病，慢性粒细胞白血病，毛细胞白血病，唇和口腔癌，肝脏罐头呃，肺癌，非小细胞肺癌，小细胞肺癌，艾滋病相关淋巴瘤，非霍奇金淋巴瘤，原发性中枢神经系统淋巴瘤，原发性巨球蛋白血症(Waldenstram macroglobulinemia)，成神经管细胞瘤，黑色素瘤，眼内黑色素瘤，默克细胞癌(merkel cell carcinoma)，间皮瘤恶性，间皮瘤，转移性鳞癌，口腔癌，舌癌，多发性内分泌肿瘤综合征，蕈样真菌病，骨髓增生异常综合征，骨髓增生异常/骨髓增生性疾病，慢性慢性粒细胞白血病，急性髓性白血病，多发性骨髓瘤，慢性骨髓增生性疾病，鼻咽癌，神经母细胞瘤，口腔癌，口腔癌，口咽癌，卵巢癌，卵巢上皮癌，卵巢低恶性潜能肿瘤，胰腺癌，胰岛细胞胰腺癌，鼻旁窦和鼻腔癌，甲状旁腺癌，阴茎癌，咽癌，嗜铬细胞瘤，松质母细胞瘤和幕上原始神经外胚层肿瘤，垂体瘤，浆细胞肿瘤/多发性骨髓瘤，胸膜肺母细胞瘤，前列腺癌，直肠癌，肾盂和输尿管，移行细胞癌，视网膜母细胞瘤，横纹肌肉瘤，唾液腺癌，尤文家族肉瘤，软组织肉瘤，子宫癌，子宫肉瘤，皮肤癌(非黑色素瘤)，皮肤癌(黑色素瘤)，乳头状瘤，光化性角化病和角化棘皮瘤，默克细胞皮肤癌，小肠癌，软组织肉瘤，鳞状细胞癌，胃癌(胃癌)，幕上原始神经外胚层肿瘤，睾丸癌，咽喉癌，胸腺瘤，胸腺瘤和胸腺癌，甲状腺癌，肾盂和输尿管移行细胞癌等泌尿器官，妊娠滋养细胞肿瘤，尿道癌症，子宫内膜子宫癌，子宫肉瘤，子宫体癌，阴道癌，外阴癌和威尔姆氏肿瘤。在一些实施方案中，癌症选自黑素瘤，结肠直肠癌，胰腺癌，膀胱癌，乳腺癌，三阴性乳腺癌，卵巢癌和肺癌。
本公开中使用的术语“环烷基”是指含有至少3个碳原子但不超过12个碳原子的烷基，这些碳原子连接形成环。出于本公开的目的，“环烷基”包括1至7个环烷基环，其中当环烷基大于1个环时，则环烷基环连接使得它们连接，稠合或其组合。“环烷基”还可包括基于双环和三环的基团。环烷基可以是取代的或未取代的，或者在多于一个环烷基环的情况下，一个或多个环可以是未取代的，一个或多个环可以是取代的，或其组合。
本公开中使用的术语“环烯基”是指含有至少3个碳原子但不超过12个碳原子的烯烃，这些碳原子连接形成环。用于本发明目的的“环烯基”包括1至7个环烯基环，其中当环烯基大于1个环时，则环烯基环连接使得它们连接，稠合或其组合。“环烯基”可包括基于双环和三环的基团。环烯基可以是取代的或未取代的，或者在多于一个环烯基环的情况下，一个或多个环可以是未取代的，一个或多个环可以是取代的，或其组合。具体的链烯基包括环丙-1-烯基，环丁-1-烯基，环丁-2-烯基，环戊-1-烯基，环己烯基，它们都是任选取代的。
本公开中使用的术语“杂环”是指含有至少1个非碳环原子的环结构。用于本发明目的的“杂环”包括1至7个杂环，其中当杂环大于1个环时，杂环被连接以使它们连接，稠合或其组合。杂环可以是杂芳基或非芳香族，或者在多于一个杂环的情况下，一个或多个环可以是非芳族的，一个或多个环可以是杂芳基，或其组合。杂环可以是取代的或未取代的，或者在多于一个杂环的情况下，一个或多个环可以是未取代的，一个或多个环可以是取代的，或其组合。通常，非碳环原子是N，O，S，Si，Al，B或P。在存在多于一个非碳环原子的情况下，这些非碳环原子可以是相同的元素，或者是不同元素的组合。杂环的实例包括但不限于：单环杂环，例如氮丙啶，环氧乙烷，硫杂丙环，氮杂环丁烷，氧杂环丁烷，硫杂环丁烷，吡咯烷，吡咯烷，咪唑烷，吡唑烷，吡唑啉，二氧戊环，环丁砜，2，3-二氢呋喃，2,5-二氢呋喃，四氢呋喃，四氢噻吩，哌啶，1,2,3,6-四氢吡啶，哌嗪，吗啉，硫代吗啉，吡喃，噻喃，2,3-二氢吡喃，四氢吡喃，1,4-二氢吡啶，1,4-二恶烷，1,3-二恶烷，二恶烷，高哌啶，2,3,4,7-四氢-1H-氮杂卓哌嗪，1,3-二氧杂环庚烷，4,7-二氢-1,3-二氧杂环庚烯和六亚甲基氧化物；和多环杂环，如吲哚，二氢吲哚，异吲哚啉，喹啉，四氢喹啉，异喹啉，四氢异喹啉，1,4-苯并二恶烷，香豆素，二氢香豆素，苯并呋喃，2,3-二氢苯并呋喃，异苯并呋喃，色烯，色满，异色满，氧杂蒽，吩恶嗪，噻蒽，吲嗪，异吲哚，吲唑，嘌呤，酞嗪，萘啶，喹喔啉，喹唑啉，噌啉，蝶啶，菲啶，呸啶，菲咯啉，吩嗪，吩噻嗪，吩恶嗪，1,2-苯并异恶唑，苯并噻吩，苯并恶唑，苯并噻唑，苯并咪唑，苯并三唑，硫黄嘌呤，咔唑，咔啉，吖啶，吡咯烷士定(pyrolizidine)和喹诺里西定(quinolizidine)。除了上述多环杂环外，杂环还包括多环杂环，其中两个或多个环之间的环稠合包括两个环共有的一个以上的键和两个环共有的两个以上的原子。这种桥联杂环的实例包括奎宁环，二氮杂双环[2.2.1]庚烷和7-氧杂二环[2.2.1]庚烷。
单独使用或作为后缀或前缀使用的术语“杂环基团”，“杂环部分”，“杂环”或“杂环基”是指从其中除去一个或多个氢的杂环。
单独使用或者作为后缀或前缀使用的术语“杂环基”是指通过从其中除去氢而衍生自杂环的单价基团。杂环基包括，例如，单环杂环基，例如氮丙啶基，环氧乙烷基，硫杂环丁基，氮杂环丁烷基，氧杂环丁烷基，硫杂环丁烷基，吡咯烷基，吡咯烷基，咪唑烷基，吡唑烷基，吡唑啉基，二氧戊环基，环丁砜基，2,3-二氢呋喃基，2,5-二氢呋喃基，四氢呋喃基，硫代噻吩基，哌啶基，1,2,3,6-四氢-吡啶基，哌嗪基，吗啉基，硫代吗啉基，吡喃基，硫吡喃基，2,3-二氢吡喃基，四氢吡喃基，1,4-二氢吡啶基，1,4-二恶烷基，1，3-二恶烷基，二恶烷基，高哌啶基，2,3,4,7-四氢-1H-氮杂环庚烯基，高哌嗪基，1,3-二氧杂环庚烷基，4,7-二氢-1,3-二氧杂环庚烯基和六亚甲基氧基。此外，杂环基包括芳族杂环基或杂芳基，例如，吡啶基，吡嗪基，嘧啶基，哒嗪基，噻吩基，呋喃基，呋喃基，吡咯基，咪唑基，噻唑基，恶唑基，吡唑基，异噻唑基，异恶唑基，1,2,3-三唑基，四唑基。1,2,3-噻二唑基，1,2,3-恶二唑基，1,2,4-三唑基，1,2,4-噻二唑基，1,2,4-恶二唑基，1,3,4-三唑基，1，3,4-噻二唑基和1,3,4-恶二唑基。另外，杂环基包括多环杂环基(包括芳香族或非芳香族)，例如吲哚基，二氢吲哚基，异吲哚啉基，喹啉基，四氢喹啉基，异喹啉基，四氢异喹啉基，1,4-苯并二恶烷基，香豆酰基，二氢香豆素基，苯并呋喃基，2,3-二氢苯并呋喃基，异苯并呋喃基，色烯基，色满基，异色满基，氧杂蒽基，吩恶嗪基(phenoxathiinyl)，噻蒽基，吲嗪基，异吲哚基，吲唑基，嘌呤基，酞嗪基，萘啶基，喹喔啉基，喹唑啉基，噌啉基，蝶啶基，菲啶基，呸啶基，菲咯啉基，吩嗪基，吩噻嗪基，吩嗪基，1,2--苯并异恶唑基，苯并噻吩基，苯并恶唑基，苯并噻唑基，苯并咪唑基，苯并三唑基，硫黄嘌呤基，咔唑基，咔啉基，吖啶基，吡咯烷士定基(pyrolizidinyl)和喹诺里西定基(quinolizidinyl)。除了上述多环杂环基之外，杂环基还包括多环杂环基，其中两个或多个环之间的环稠合包括两个环共有的一个以上的键和两个环共有的两个以上的原子。这种桥联杂环的实例包括但不限于奎宁环基，二氮杂双环[2.2.1]庚基；和7-氧杂二环[2.2.1]庚基。
单独使用或者作为后缀或前缀使用的术语“杂芳基”是指具有芳香性的杂环或杂环基。杂芳基的实例包括但不限于吡啶，吡嗪，嘧啶，哒嗪，噻吩，呋喃，呋咱，吡咯，咪唑，噻唑，恶唑，吡唑，异噻唑，异恶唑，1,2,3-三唑，四唑，1 2,3-噻二唑，1,2,3-恶二唑，1,2,4-三唑，1,2,4-噻二唑，1,2,4-恶二唑，1,3,4-三唑，1,3，4-噻二唑和1,3,4-恶二唑。
当用作前缀时，术语“杂-”，例如，杂-烷基，杂-烯基，杂-炔基或杂-烃，为了本公开的目的，是指具有一个或多个碳原子被非碳原子取代作为母链的一部分的特定烃。这种非碳原子的实例包括但不限于N，O，S，Si，Al，B和P。如果在基于杂原子的母链中存在多于一个非碳原子，那么该原子可以是相同的元素，也可以是不同元素的组合，例如N和O.
术语“混合环系统”是指含有至少两个环的任选取代的环结构，并且其中环通过连接，稠合或其组合连接在一起。混合环系统包含不同环类型的组合，包括环烷基，环烯基，芳基和杂环。
如本文所用，术语“益生菌组合物”包括含有本公开内容的益生菌共生皮肤细菌的组合物，并且可任选地包括描述为式I或II的化合物，其影响人皮肤的微生物组平衡并且可以抑制癌症生长，侵袭和/或转移，并且可以影响病原体的扩散和增殖。益生菌组合物可包含非天然比例的天然存在的试剂或微生物或他们的组合。例如，微生物益生菌组合物可以包含在皮肤上发现的单一类型的生物体(例如表皮葡萄球菌MO34或MO38或MO34和MO38)，其细胞密度或通常在自然界中不存在。或者，或另外，微生物益生菌组合物可包括如上所述的单一类型的生物体，但其存在于天然不存在的组合物中，例如药膏，洗剂，悬浮液，软膏等。在另一个实施方案中，微生物益生菌组合物可包含微生物，其密度通常不是天然存在的，或者与非天然存在的组合物以自然界中未发现的密度混合。在另一个实施方案中，微生物益生菌组合物可包含重组工程微生物(例如，减毒细菌物种)。在一个实施方案中，共生皮肤细菌是产生6-HAP的细菌。在另一个或进一步的实施方案中，所述细菌包含表皮葡萄球菌MO34和/或MO38。
如本文所用的术语“纯化的”和“基本上纯化的”是指微生物或生物制剂的培养物或共培养物(例如发酵培养基和提取物，分级发酵培养基，发酵副产物，式I或者II化合物等)，其基本上不含在天然环境中发现的其他细胞或组分，体内产生的试剂自然与之相关联。在一些实施方案中，共培养益生菌可包含一种或多种共生皮肤细菌。
关于烃，杂环等的术语“取代的”是指其中母链含有一个或多个取代基的结构。例如，任选取代的烃，杂烃，杂环，混合环系等可包括用一个或多个下列取代基取代：卤素，CN，-COOR，-OR，-COR，-OCOOR，-CON(R)2，-OCON(R)2，-N(R)2，NO2，-SR，-SO2R，-SO2N(R)2或-SOR基团，其中R选自烃，杂烃，杂环和混合环系统。烷基的任选取代包括用一个或多个链烯基，芳基或两者取代，其中链烯基或芳基也任选被取代。链烯基的任选取代包括用一个或多个烷基，芳基或两者取代，其中烷基或芳基也任选被取代。芳基的任选取代包括用一个或多个烷基，链烯基或两者取代芳环，其中烷基或链烯基也任选被取代。
术语“取代基”是指取代氢原子的原子或原子团。出于本公开的目的，取代基将包括氘原子。
烃，杂烃，杂环，混合环系等的任选取代基包括：
-COOR，其中R是氢或烷基或芳基，更具体地说，其中R是甲基，乙基，丙基，丁基或苯基，它们都是任选取代的；
-COR，其中R是氢，或烷基或芳基，更具体地说，其中R是甲基，乙基，丙基，丁基或苯基，所有基团都是任选取代的；
-CON(R)2，其中每个R彼此独立地为氢或烷基或芳基，更具体地，其中R是甲基，乙基，丙基，丁基或苯基，所有这些基团都是任选的取代；R和R可以形成可以含有一个或多个双键的环；
-OCON(R)2，其中每个R彼此独立地为氢或烷基或芳基，更具体地，其中R是甲基，乙基，丙基，丁基或苯基，所有这些基团都是任选的取代；R和R可以形成可以含有一个或多个双键的环；
-N(R)2，其中每个R彼此独立地是氢，或烷基，酰基或芳基，更具体地，其中R是甲基，乙基，丙基，丁基或苯基或乙酰基。所有这些都是任选取代的；或者R和R可以形成可以含有一个或多个双键的环；
-SR，-SO2R或-SOR，其中R是烷基或芳基，更具体地说，其中R是甲基，乙基，丙基，丁基，苯基，它们都是任选取代的；例如-SR，R可以是氢；
-OCOOR其中R是烷基或芳基；
-SO2N(R)2，其中R是氢，烷基或芳基，R和R可以形成环；和
-OR，其中R＝H，烷基，芳基或酰基；例如，R可以是产生酰基的-OCOR*，其中R*是氢或烷基或芳基，更具体地，其中R*是甲基，乙基，丙基，丁基或苯基，所有这些基团都是任选的取代。
如本文所用，术语“局部”可包括外用于皮肤，以及浅注射(例如，如实施例中所述的皮内和病灶内)，使得本文所述的局部益生菌组合物与皮肤直接接触。
关于烃，杂环等的术语“未取代的”是指其中母链不含取代基的结构。
如本文所用，与连接到原子的另一条线相交的波浪线表示该原子与存在但未在结构中描绘的另一实体共价键合。不与线相交但与原子相连的波浪线表示该原子通过键或其他类型的可识别关联与另一个原子相互作用。
由直线和虚线表示的键表示键可以是单共价键或者可选地是双共价键。但是在通过与另一个环原子形成双共价键而超过环原子的最大化合价的情况下，该键将是单共价键。
出于本公开的目的，在指定为X的环原子通过结合由R表示的基团而超过其最大化合价的情况下，由R表示的基团将不存在。
哺乳动物皮肤具有不同的微生物群落，其生长受到体表上的生态因素的影响，例如湿度，温度，pH，脂质含量和宿主产生的抗微生物剂的存在。尽管皮肤表面微生物影响宿主功能的具体机制尚不完全清楚，但已显示凝固酶阴性葡萄球菌物种的特定菌株产生与内源宿主抗微生物肽(AMP)一起起作用的蛋白质，以提供针对感染性病原体的直接保护。例如，表皮葡萄球菌产生酚溶性调节肽(PSMg和PSMd)可以选择性地杀死细菌病原体，例如金黄色葡萄球菌和A组链球菌(GAS)。该物种还显示出通过减少损伤后的炎症，促进皮肤T细胞的发育和促进宿主AMP如导管素和b-防御素的表达而有益于皮肤免疫功能。无菌小鼠比在无特定病原体条件下维持的小鼠或与表皮葡萄球菌单一相关的小鼠更容易受到皮肤感染。
共生葡萄球菌物种提供宿主防御的进一步证据来自观察到，用产生丝氨酸蛋白酶的表皮葡萄球菌的特定菌株或产生含噻唑烷的环肽的葡萄球菌菌株的鼻定殖可以抑制金黄色葡萄球菌(S-aureus)的鼻定植。最近，发现几种产生多种先前未知的AMP的表皮葡萄球菌，人葡萄球菌(S.hominis)和其他凝固酶阴性葡萄球菌物种的菌株缺乏由金黄色葡萄球菌定植的特应性皮炎患者，以及评估该菌株的临床试验。重新引入这些菌株的效果表明它们直接减少了人体金黄色葡萄球菌的定植。因此，越来越多的证据表明，皮肤微生物组在促进宿主防御方面具有重要作用。
这些观察结果表明皮肤微生物组可能有助于宿主防御的方面。本公开描述了人皮肤共生细菌的代谢产物的分子分析。出乎意料地发现表皮葡萄球菌菌株MO34和MO38产生具有抑制DNA合成能力的核碱基类似物。当静脉内或局部施用于小鼠时，该分子或活的表皮葡萄球菌菌株本身抑制体内肿瘤生长。
本公开内容提供用于治疗癌症和/或病原体感染的组合物，其包含式I(a)，I(b)和/或II的化合物，其单独或与共生益生菌组合(例如，由其产生)包含表皮葡萄球菌菌株的组合物，其产生本公开的化合物。在一个实施方案中，本公开内容提供了包含6-HAP的方法和组合物。在一个实施方案中，所述组合物和方法包含产生6-HAP的益生菌共生细菌。在另一个实施方案中，组合物和方法包含基本上纯化的6-HAP或其类似物或衍生物。在另一个或进一步的实施方案中，包含6-HAP的组合物包含共生益生菌和纯化的6-HAP或其类似物或衍生物。
本公开证明包含式I(a)，式I(b)和/或式II的结构的化合物具有抑制DNA复制和表达的能力。例如，本公开证明式II化合物(6-HAP)具有重要且独特的宿主防御能力。6-HAP抑制主要皮肤病原体如GAS，GBS，金黄色葡萄球菌(包括MRSA)和铜绿假单胞菌的生长。重要的是，这种抗微生物活性对这些皮肤病原体具有选择性，而不是人皮肤共生物如表皮葡萄球菌，人葡萄球菌和痤疮丙酸杆菌。因此，本公开内容提供了用于通过使病原体与式I(a)，I(b)和/或II的化合物单独或与本公开的益生菌共生细菌组合接触来治疗感染的方法和组合物。
此外，在研究6-HAP的作用机制时获得了意外的发现，这导致鉴定该分子还具有针对哺乳动物肿瘤细胞系和UV诱导的皮肤肿瘤的选择性抗增殖功能。如本文其他地方所述，6-HAP化合物或其衍生物(例如，式I(a)和I(b))以及可产生6-HAP的本公开的益生菌共生细菌可用于治疗肿瘤和癌症。
本公开证明6-HAP不通过破坏细胞膜发挥作用。6-HAP在无细胞试验中直接抑制腺嘌呤-胸苷碱基对匹配。因此，6-HAP的作用机制是通过抑制DNA合成。在6-HAP中，嘌呤环的碳C-6位的氨基被羟基氨基取代。这是DNA合成的关键位置，因为腺嘌呤的碳C-6位置的氨基的氢需要与胸腺嘧啶的碳C-4位的氧结合。
先前未显示共生皮肤微生物产生具有这种活性的核碱基类似物。然而，已知其他化学合成的核碱基类似物抑制DNA合成的能力。例如，将6-巯基嘌呤在体内转化为6-硫鸟嘌呤，然后将其掺入DNA中代替鸟嘌呤。8-氮鸟嘌呤也通过类似的机制抑制DNA合成。与6-HAP类似，6-硫鸟嘌呤和8-氮鸟嘌呤具有抗生素和抗肿瘤活性。通常的共生物不太可能产生先前未检测到的强效诱变剂。然而，如果情况确实如此，目前的观察结果仍然非常重要，因为这将确定以前未被发现的癌症风险因素。因此，观察共生皮肤微生物产生核碱基类似物的能力是非常重要的。
作为核碱基类似物的显着质量的6-HAP是对病原细菌和肿瘤细胞系发挥选择性活性的能力，但对共生细胞或正常细胞几乎没有毒性。先前已鉴定的来自表皮葡萄球菌或人葡萄球菌的AMP也已发挥选择性杀伤作用，如果宿主细胞要抵抗自身杀伤则是逻辑行为。负责这些AMP的选择性杀伤的机制知之甚少，但认为是由于破坏细胞膜的能力的差异。在6-HAP的情况下，仅在体外和体内抑制一些病原体和癌细胞系。当静脉内重复给予小鼠时，未观察到6-HAP的全身毒性，培养物中高浓度的6-HAP也未抑制正常角质形成细胞的生长。相反，DNA合成抑制剂丝裂霉素C对细胞生长没有显示出这种选择性作用。因此，证据表明6-HAP的选择性不仅仅是由于细胞分裂的速度。6-HAP对野生型大肠杆菌菌株没有毒性，但它抑制了缺乏参与钼辅助因子的基因的突变菌株的生长。本文的数据表明，钼酶mARC2保护NHEK免于6-HAP。此外，NHEKs中mARC2的相对表达水平高于癌细胞系。此外，本公开内容证明了钼酶的参与，其可能能够使6-HAP解毒以实现选择性活性。因此，在一个实施方案中，本公开内容提供了治疗感染或癌症的方法，其中感染或癌细胞的病原体具有的mARC2表达水平低于受试者的正常健康细胞，该方法包括施用本发明的益生菌和/或式I(a)，I(b)和/或II的化合物对病原体或癌细胞。
因此，本公开提供了一种全新的概念，即我们的皮肤微生物组的一些成员可以抑制肿瘤生长和UV诱导的肿瘤形成。大多数先前的观察已经报道，生态失调(微生物组改变的状态)可以促进癌症。将肠道中的细菌与癌发生的增加相关联的观察结果表明这种效应取决于炎症。据报道，肠道炎症通过增加微生物群产生引起DNA损伤的基因毒素的能力来促进肿瘤的发展。
本公开的重要性是几个方面。6-HAP的选择性活性对于维持皮肤微生物组的稳态可能是必需的，并且可以在治疗上用于治疗金黄色葡萄球菌感染或定植，其在特应性皮炎的发病机理中以及在治疗癌症进展或导致癌症的皮肤损害中起重要作用。这种防御策略在理论上优于使用现有的药物抗生素或抗菌药物，它们通过杀死正常的微生物区系来非特异性地杀死有益的共生细菌并破坏体内平衡。此外，如果施用的有益细菌可以成功地定殖在皮肤表面上，则可以实现长效保护。此外，本公开内容显示了来自表皮葡萄球菌的令人惊讶的抗肿瘤活性的存在。细菌产物可以直接限制肿瘤生长的观察结果表明了对人类皮肤微生物组功能的理解的范式转变。
因此，本公开内容提供了通过促进包含产生6-HAP的表皮葡萄球菌的有效皮肤生物组来治疗或降低皮肤感染和/或癌症(例如，皮肤癌)的风险的方法。本公开还提供了治疗或降低感染和/或皮肤癌风险的方法，包括施用包含表皮葡萄球菌的益生菌，其产生本公开的抗癌剂。在一个实施方案中，益生菌组合物包含表皮葡萄球菌MO34和/或MO38或其减毒或基因工程菌株。
本公开内容提供了用于抑制和/或调节皮肤损伤和肿瘤，特别是皮肤，优选人皮肤的益生菌组合物。在具体的实施方案中，本公开的益生菌组合物包含表皮葡萄球菌的共生菌株，其通过产生化合物6-N-羟基氨基嘌呤(6-HAP)来保护皮肤瘤形成。在一个实施方案中，所述菌株是表皮葡萄球菌MO34和/或MO38。
本公开的益生菌组合物可用于治疗肿瘤疾病和病症，改善愈合并降低与皮肤损伤和肿瘤相关的发病率以及通过6-HAP的抗微生物活性治疗感染。例如，局部益生菌组合物可用于通过使皮肤与治疗有效量或抑制有效量的如下文和本文所述的组合物接触来治疗由UV辐射引起的皮肤损伤。该组合物可包含单独的一种或多种表皮葡萄球菌MO34和/或MO35或其与6-HAP组合或其衍生物的组合，或者单独的6-HAP或其衍生物，以及改善皮肤健康的任何其它所需活性成分。
可以使用本领域已知的多种方法中的任何一种向受试者施用本公开的益生菌组合物或化合物。例如，可以配制本公开的6-HAP抗肿瘤剂和/或微生物益生菌组合物用于局部给药(例如，作为洗剂，乳膏，喷雾剂，凝胶剂或软膏剂)。这种局部制剂可用于治疗或抑制肿瘤细胞，导致肿瘤的UV损伤等。制剂的实例包括局部洗剂，乳膏，肥皂，擦拭物等。在瘤形成或癌症不是局部时，给药的实施方案中，式I(a)，I(b)和/或II的化合物的给药可以通过腹膜内，静脉内，通过吸入等方式递送。
因此，本公开内容提供了通过促进包含表皮葡萄球菌的有效皮肤生物组来治疗或降低癌症(例如，皮肤癌)风险的方法。本公开还提供了治疗或降低皮肤癌风险的方法，包括施用包含表皮葡萄球菌的益生菌，其产生本公开的抗癌剂。
本发明还提供具有通式I(a)的通式或其药学上可接受的盐或前药的抗微生物/抗癌分子，
Figure BDA0002219279760000221
其中，
其中，
N1-N5是氮原子；
X1-X2是碳原子；
存在在由虚线连接的R基团，或者如果R基团连接到通过双共价键与另一个原子结合的原子，则不存在由虚线连接的R基团；
由直线和虚线二者表示的键表示键可以是单共价键或双共价键；
稠合杂环系统包括三个双键，其中N2或N3与X1形成双键，N4或N5与X2形成双键；
R1是羟基，酯，羧酸或-O-R10；
R2，R4，R5，R7-R9独立地为H，D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基；
R3和R6独立地选自H，D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-杂烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)杂烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C1-C6)-杂炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基，任选取代的杂环，卤化物，羟基，羰基，醛，羧基，酯，烷氧基，羧酰胺，胺，亚胺，叠氮化物，氰基，硝基，亚硝基，硫醇，硫化物，亚砜，砜和磷酸盐；
R10选自D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-杂烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-杂烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C1-C6)-杂炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基和任选取代的杂环。。在另一个实施方案中，化合物具有式I(b)的通式或其药学上可接受的盐或前药，
Figure BDA0002219279760000231
其中，
N1-N5是氮原子；
X1-X2是碳原子；
存在由虚线连接的R基团，或者如果R基团连接到通过双共价键与另一个原子结合的原子，则不存在由虚线连接的R基团；
由直线和虚线二者表示的键表示键可以是单共价键或双共价键；
稠合杂环系统包括三个双键，其中N2或N3与X1形成双键，并且N4或N5与X2形成双键；
R1是羟基，酯，羧酸或-O-R10；
R2，R4，R5和R7独立地为H，D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基；
R10选自D，任选取代的(C1-C6-烷基，任选取代的(C1-C6)-杂烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-杂烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C1-C6)-杂炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基和任选取代的杂环。
在另一个实施方案中，本发明提供通式II的化合物或其药学上可接受的盐或前药；或式II化合物的互变异构体，或其式II化合物的互变异构体的药学上可接受的盐或前药；
Figure BDA0002219279760000232
提供了用于治疗癌症的方法和组合物。在一个实施方案中，本公开提供了可用于治疗癌症的组合物和方法，其中所述方法和组合物包含式I(a)，I(b)和/或II，其衍生物或盐。本公开的方法和组合物可以单独使用或与其他抗癌剂组合使用以治疗这种癌症。在一个实施方案中，除了式I(a)，I(b)和/或II的化合物之外，组合物还包含表皮葡萄球菌MO34和/或MO38。
用于制备本公开化合物的药学上可接受的盐的合适的酸包括但不限于：乙酸，2,2-二氯乙酸，酰化氨基酸，己二酸，海藻酸，抗坏血酸。酸，L-天冬氨酸，苯磺酸，苯甲酸，4-乙酰氨基苯甲酸，硼酸，(+)-樟脑酸，樟脑磺酸，(+)-(1S)-樟脑-10-磺酸，癸酸，己酸酸，辛酸，肉桂酸，柠檬酸，环己基氨基磺酸，环己烷氨基磺酸，十二烷基硫酸，乙烷-1,2-二磺酸，乙磺酸，2-羟基乙磺酸，甲酸，富马酸，半乳糖二酸，龙胆酸，葡庚糖酸，D-葡萄糖酸，D-葡萄糖醛酸，L-谷氨酸，α-氧代-戊二酸，乙醇酸，马尿酸，氢溴酸，盐酸，氢碘酸，(+)-L-乳酸，(+/-)-DL-乳酸，乳糖酸，月桂酸，马来酸，(-)-L-苹果酸，丙二酸，(+/-)-DL-扁桃酸，甲磺酸，萘-2-磺酸，萘-1,5-二磺酸，1-羟基-2-萘甲酸，烟酸，硝酸，油酸，乳清酸，草酸，棕榈酸，帕莫酸，高氯酸，磷酸，L-焦谷氨酸，糖酸，水杨酸，4-氨基水杨酸，癸二酸，硬脂酸，琥珀酸，硫酸，单宁酸，(+)-L-酒石酸，硫氰酸，对甲苯磺酸，十一烯酸和戊酸。
用于制备药学上可接受的盐的合适的酸包括但不限于无机碱，例如氢氧化镁，氢氧化钙，氢氧化钾，氢氧化锌或氢氧化钠；和有机碱，如伯，仲，叔和季，脂肪族和芳香胺，包括L-精氨酸，苯乙苄胺，苄星青霉素；，胆碱，丹醇，二乙醇胺，二乙胺，二甲胺，二丙胺，二异丙胺，2-(二乙氨基)-乙醇，乙醇胺，乙胺，乙二胺，异丙胺，N-甲基-葡萄糖胺，氢化胺，1H-咪唑，L-赖氨酸，吗啉，4-(2-羟乙基)-吗啉，甲胺，哌啶，哌嗪，丙胺，吡咯烷，1-(2-羟乙基)-吡咯烷，吡啶，奎宁环，喹啉，异喹啉，仲胺，三乙醇胺，三甲胺，三乙胺，N-甲基-D-葡糖胺，2-氨基-2-(羟甲基)-1,3-丙二醇和氨丁三醇。
药学上可接受的盐包含药学上可接受的阴离子和/或阳离子。药学上可接受的阳离子包括碱金属阳离子(例如，Li+，Na+，K+)，碱土金属阳离子(例如，Ca2+，Mg2+)，无毒重金属阳离子和铵(NH4+)和取代的铵(N(R')4 +。，其中R'是氢，烷基或取代的烷基，即包括甲基，乙基或羟乙基，具体地，三甲基铵，三乙基铵和三乙醇铵阳离子)。药学上可接受的阴离子包括其他卤化物(例如Cl-，Br-)，硫酸盐，乙酸盐(例如乙酸盐，三氟乙酸盐)，抗坏血酸盐，天冬氨酸盐，苯甲酸盐，柠檬酸盐和乳酸盐。
本文公开的化合物还可具有前药形式。前药是本文公开的化合物的功能性衍生物，并且在体内易于转化为母体化合物。前药通常是有用的，因为在某些情况下，它们可能比母体化合物更容易给药。例如，它们可以通过口服给药是生物可利用的，而母体化合物则不是。与药物组合物相比，前药在药物组合物中的溶解度也可提高。前药可通过各种机制转化为母体药物，包括酶促过程和代谢水解。前药的各种实例和形式是本领域熟知的。前药的实例尤其可见于H.Bundgaard编辑的Design of Prodrugs，(Elsevier，1985)；Methods inEnzymology，Vol42，pp.309-396，由K.Widder等人编辑(Academic Press，1985)；由Krosgaard-Larsen和H.Bundgaard编辑的药物设计与开发教科书，第5章，“Design andApplication of Prodrugs”，H.Bundgaard，第113-191页，1991年)；H.Bundgaard，AdvancedDrug Delivery Reviews，Vol。8，p.1-38(1992)；H.Bundgaard等，Journal ofPharmaceutical Sciences，Vol 77，p285(1988)；和Nogrady(1985)Medicinal ChemistryA Biochemical Approach，Oxford University Press，New York，pages 388-392)。在一个具体实例中，如果本文公开的母体化合物具有羟基，则该羟基可以转化为酯以试图提高含羟基的母体化合物的生物利用度，溶解度，注射部位疼痛缓解，消除令人不快的味道，降低毒性，减少代谢失活，增加化学稳定性和/或作用的延长或缩短。在另一个具体实例中，如果本文公开的母体化合物具有胺基，则该胺基可以转化为希夫碱，以试图提高含羟基母体化合物的生物利用度，溶解度，注射部位疼痛缓解，消除令人不快的味道，降低毒性，降低代谢。失活，增加化学稳定性，和/或作用延长或缩短。
包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物可以是适于使用载体，赋形剂和添加剂或助剂给予受试者的形式。经常使用的载体或助剂包括碳酸镁，二氧化钛，乳糖，甘露醇和其他糖，滑石，乳蛋白，明胶，淀粉，维生素，纤维素及其衍生物，动植物油，聚乙二醇和溶剂，如无菌水，醇，甘油和多元醇。静脉内载体包括液体和营养补充剂。防腐剂包括抗微生物剂，螯合剂和惰性气体。其它药学上可接受的载体包括水溶液，无毒赋形剂，包括盐，防腐剂，缓冲剂等，如例如Remington'sPharmaceutical Sciences，15th ed，Easton：Mack Publishing Co.，1405-1412,1461-1487(1975)中所述的，和The National Formulary XIV，14th ed，Washington：AmericanPharmaceutical Association(1975)，其内容在此引入作为参考。根据本领域的常规技术调节药物组合物的各种组分的pH和精确浓度，参见Goodman和Gilman的ThePharmacological Basis for Therapeutics(第7版)。
包含本文公开的益生菌的药物组合物，其包含共生细菌(例如，表皮葡萄球菌MO34和/或MO38)或其工程化形式(例如，减毒或遗传修饰的)，可以以任何剂型配制。适用于局部或全身作用的局部给药，包括乳液，溶液，悬浮液，乳膏，凝胶，水凝胶，软膏，粉剂，敷料，酏剂，乳液，悬浮液，酊剂，糊剂，泡沫，薄膜，气溶胶，冲洗液，喷雾剂，栓剂，绷带，皮肤贴片。包含本文公开的益生菌的局部制剂还可包含脂质体，胶束，微球，纳米系统及其混合物。
在一个实施方案中，提供绷带或敷料，其包含式I(a)，I(b)和/或II的化合物，和/或本文所述的益生菌共生皮肤细菌。在各个方面，提供绷带或敷料，其主要成分包括基质和上述式I或II的局部益生菌组合物。在各个方面，提供绷带或敷料，其主要成分包括基质和益生菌共生皮肤细菌。在各个方面，提供绷带或敷料，其主要成分包括基质和益生菌共生皮肤细菌发酵提取物。在各个方面，提供绷带或敷料，其主要成分包括基质和甘油。在一个实施方案中，将绷带或敷料施用于皮肤损伤或损伤部位。在另一个实施方案中，将绷带或敷料施用于感染部位。
“药学上可接受的载体”旨在包括溶剂，分散介质，包衣，抗细菌和抗真菌剂(根据需要，只要它们对益生菌共生细菌无害)，等渗和吸收延迟剂等。这些介质和试剂用于药物活性物质的用途是本领域熟知的。除非任何常规介质或试剂与药物组合物不相容，否则考虑将其用于治疗组合物和治疗方法中。补充的活性化合物也可以掺入组合物中。
适用于本文公开的局部制剂的药学上可接受的载体和赋形剂包括但不限于水性载体，水混溶性载体，非水性载体，稳定剂，溶解度增强剂，等渗剂，缓冲剂，抗氧化剂，局部麻醉剂，悬浮剂和分散剂，润湿剂或乳化剂，络合剂，多价螯合剂或螯合剂，渗透促进剂，冷冻保护剂，冻干保护剂，增稠剂和惰性气体。
包含益生菌的药物组合物可以以软膏，乳膏，喷雾剂和凝胶的形式配制。合适的软膏载体包括含油或烃类载体，包括例如猪油，苯甲酸类猪油，橄榄油，棉籽油和其它油，白凡士林；可乳化或吸收的载体，如亲水性凡士林，羟基硬脂酸硫酸盐和无水羊毛脂；水可移动的车辆，如亲水性软膏；水溶性软膏载体，包括不同分子量的聚乙二醇；乳液载体，油包水(W/O)乳液或水包油(O/W)乳液，包括十六醇，单硬脂酸甘油酯，羊毛脂和硬脂酸(参见Remington：The Science and Practice of Pharmacy)。这些载体是润肤剂，但通常需要添加抗氧化剂和防腐剂。
合适的乳膏基质可以是水包油或油包水。奶油载体可以是水可洗的，并含有油相，乳化剂和水相。油相也称为“内部”相，其通常由凡士林和脂肪醇如十六烷基或硬脂醇组成。水相通常但不一定超过油相的体积，通常含有保湿剂。乳膏制剂中的乳化剂可以是非离子，阴离子，阳离子或两性表面活性剂。
凝胶是半固体悬浮型系统。单相凝胶在整个液体载体中基本均匀地含有材料。合适的胶凝剂包括交联的丙烯酸聚合物，例如卡波姆，羧基聚亚烷基，CarbopolRTM；亲水性聚合物，如聚环氧乙烷，聚氧乙烯-聚氧丙烯共聚物和聚乙烯醇；纤维素聚合物，如羟丙基纤维素，羟乙基纤维素，羟丙基甲基纤维素，羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯和甲基纤维素胶，如黄蓍胶和黄原胶；海藻酸钠；和明胶。为了制备均匀的凝胶，可以加入分散剂如醇或甘油，或者可以通过研磨，机械混合和/或搅拌来分散胶凝剂。
包含本文公开的益生菌的药物组合物可以以栓剂，阴道栓剂，栓剂(bougies)，敷剂或巴布剂，糊剂，粉末，敷料，乳膏，膏药，避孕药，软膏的形式直肠，尿道，阴道或阴道周围给药，溶液，乳液，悬浮液，卫生棉条，凝胶，泡沫，喷雾剂或灌肠剂。这些剂型可以使用Remington：The Science and Practice of Pharmacy中描述的常规方法制备。
根据本发明的药物组合物可以局部或全身给药。“治疗有效量”是药剂(例如，式I(a)，I(b)和/或II的化合物)或包含根据本公开的共生细菌的益生菌的量以防止，治愈，或至少部分地阻止癌症症状(例如，增殖，转移，生长等)。当然，对该用途有效的量取决于癌症的严重程度，受试者的体重和一般状态和/或待治疗的表面积。通常，体外使用的剂量可以以对人和动物治疗有用的量提供有用的指导。例如，在Langer，Science，249：1527，(1990)；吉尔曼等人(eds.)(1990)中描述了各种考虑因素，其中的每一个都通过引用结合到本文中。可以调整剂量标准以提供最佳治疗反应。例如，可以每天施用几个分开的剂量，或者可以按照治疗情况的紧急程度按比例减少剂量。
将主要药物组合物与可接受剂量单位的合适的药学上可接受的载体以有效量方便和有效地给药。在含有补充活性成分的组合物的情况下，剂量通过参考所述成分的常用剂量和给药方式来确定。
本公开内容提供了本文公开的化合物(例如，式I(a)，I(b)和/或II的化合物)，其衍生物或类似物，包括药物盐形式和前药形式，其可以施用至任何宿主，包括人或非人动物，其量可有效抑制癌细胞或肿瘤的生长，扩散或增殖。在一个实施方案中，给药导致抑制癌症或肿瘤细胞的生长，增殖，迁移和/或转移。
可以使用多种本领域已知方法中的任何一种来施用本文公开的化合物(例如，式I(a)，I(b)和/或II的化合物)，其衍生物或类似物，包括药物盐形式和前药形式，单独或与一种或多种其他治疗剂组合使用。例如，可以通过注射或通过逐渐输注来肠胃外给药。所述药剂可以通过静脉内，腹膜内，肌肉内，皮下，腔内，通过吸入，局部或透皮给药。
药物组合物(例如，式I(a)，I(b)和/或II的化合物或包含共生细菌如表皮葡萄球菌MO34和/或MO38的益生菌组合物，或其组合共生细菌和本公开的化合物可以以方便和适当的方式施用，例如通过注射(皮下，静脉内等)，口服，吸入，透皮施用，局部通过洗剂，乳膏或软膏，或直肠。管理。根据给药途径，药物组合物可以用一种材料包衣，以保护药物组合物免受可能使药物组合物失活的酶，酸和其它天然条件的作用。药物组合物还可以肠胃外或腹膜内给药。分散体也可以在甘油，液体聚乙二醇及其混合物和油中制备。在通常的储存和使用条件下，这些制剂可含有防腐剂以防止微生物的生长。
在另一个实施方案中，包含本文公开的化合物和/或促性益生菌，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物可以单独配制或与一种或多种另外的治疗剂组合配制。药剂，包括但不限于化学治疗剂，抗生素(只要它们不破坏益生菌益处)，抗真菌剂，抗瘙痒药，镇痛药和/或抗病毒剂。
如本文所用，局部给药包括(内)皮肤，结膜，角膜内，眼内，眼，耳，透皮，鼻，阴道，尿道，呼吸和直肠给药。这种局部制剂可用于治疗或抑制眼，皮肤和粘膜(例如，口腔，阴道，直肠)的癌症。市场上的制剂的实例包括局部乳液，乳膏，肥皂，擦拭物等。
直肠，尿道和阴道栓剂是用于插入体孔的固体，其在常温下是固体但在体温下熔化或软化以在孔内释放活性成分。用于直肠和阴道栓剂的药学上可接受的载体包括碱或载体，例如硬化剂，当与本文公开的药物组合物一起配制时，其产生接近体温的熔点；和如本文所述的抗氧化剂，包括亚硫酸氢盐和偏亚硫酸氢钠。合适的载体包括但不限于可可脂(可可豆油)，甘油-明胶，聚乙二醇(聚乙二醇)，鲸蜡，石蜡，白蜡和黄蜡，以及脂肪酸的甘油单酯，甘油二酯和甘油三酯的适当混合物，水凝胶，如聚乙烯醇，甲基丙烯酸羟乙酯，聚丙烯酸；甘油明胶。可以使用各种载体的组合。直肠和阴道栓剂可通过压缩方法或模塑制备。直肠和阴道栓剂的典型重量为约2至约3g。
用于加压容器，泵，喷雾器，雾化器或喷雾器的溶液或悬浮液可以配制成含有乙醇，含水乙醇或用于分散，增溶或延长本文公开的活性成分释放的合适替代剂，推进剂作为溶剂；和/或表面活性剂，例如脱水山梨糖醇三油酸酯，油酸或低聚乳酸。
包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物可微粉化至适于通过吸入递送的尺寸，例如约50微米或更小，或约10微米。或更少。可以使用本领域技术人员已知的粉碎方法制备这种尺寸的颗粒，例如螺旋喷射研磨，流化床喷射研磨，超临界流体加工以形成纳米颗粒，高压均化或喷雾干燥。
用于吸入器或吹入器的胶囊，泡罩和药筒可以配制成含有本文公开的药物组合物的粉末混合物；合适的粉末基质，如乳糖或淀粉；和性能改良剂，例如1-亮氨酸，甘露醇或硬脂酸镁。乳糖可以是无水的或以一水合物的形式。其他合适的赋形剂或载体包括葡聚糖，葡萄糖，麦芽糖，山梨糖醇，木糖醇，果糖，蔗糖和海藻糖。包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物，用于吸入/鼻内给药，还可包含合适的香料，例如薄荷醇和左薄荷脑，或甜味剂，例如糖精或糖精钠。
包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物可以配制成立即释放或调节释放，包括延迟释放，持续释放，脉冲释放，控制，目标和程序发布。
包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物可以配制成脂质体以降低毒性或提高生物利用度。其他递送方法包括需要包封微球或蛋白质类的口服方法，气溶胶递送(例如，递送至肺)，或透皮递送(例如通过离子电渗疗法或透皮电穿孔)。其他给药方法是本领域技术人员已知的。
包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物可以配制成改良释放剂型。如本文所用，术语“调节释放”是指这样的剂型，其中当通过相同途径给药时，活性成分的释放速率或位置不同于立即剂型的释放速率或位置。改良释放剂型包括延迟，延长，延长，持续，脉冲，控制，加速和快速，靶向，程序释放和胃内保留剂型。改良释放剂型中的药物组合物可使用本领域技术人员已知的各种改良释放装置和方法制备，包括但不限于基质控释装置，渗透控释装置，多颗粒控释装置，离子交换树脂，肠溶包衣，多层包衣，微球，脂质体及其组合。还可以通过改变活性成分的粒度和多晶型来改变活性成分的释放速率。改良释放的实例包括但不限于如下美国专利中所述的那些：No.4,522,587；3,845,770；3,916,899；3,536,809；3,598,123；4,008,719；5674533；5059595；5591767；5120548；5073543；5639476；5,354,556；5639480；5,733,566；5739108；5891474；5922356；5972891；5980945；5993855；6045830；6087324；6113943；6197350；6248363；6264970；6267981；6376461；6419961；6589548；6613358；和6,699,500。
包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物可以使用基质控制释放装置制备，所述药物组合物以改良释放剂型配制(参见Takada等人的“Encyclopedia of Controlled Drug Delivery”，第2卷，Mathiowitz编，Wiley，1999)中。
在一个实施方案中，使用易溶于水的易蚀基质装置配制包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物，其为改良释放剂型。可溶蚀的或可溶的聚合物，包括合成聚合物，和天然存在的聚合物和衍生物，如多糖和蛋白质。
可用于形成易蚀基质的材料包括但不限于几丁质，壳聚糖，葡聚糖和支链淀粉；口香糖琼脂，阿拉伯树胶，刺梧桐树胶，刺槐豆胶，黄蓍胶，角叉菜胶，印度胶，瓜尔豆胶，黄原胶和硬葡聚糖；淀粉，如糊精和麦芽糖糊精；亲水胶体，如果胶；磷脂，如卵磷脂；藻酸盐；丙二醇海藻酸盐；明胶；胶原；和纤维素，如乙基纤维素(EC)，甲基乙基纤维素(MEC)，羧甲基纤维素(CMC)，CMEC，羟乙基纤维素(HEC)，羟丙基纤维素(HPC)，醋酸纤维素(CA)，丙酸纤维素(CP)，纤维素丁酸盐(CB)，乙酸丁酸纤维素(CAB)，CAP，CAT，羟丙基甲基纤维素(HPMC)，HPMCP，HPMCAS，偏苯三酸乙酸羟丙基甲基纤维素(HPMCAT)和乙基羟乙基纤维素(EHEC)；聚乙烯吡咯烷酮；聚乙烯醇；聚醋酸乙烯；甘油脂肪酸酯；聚丙烯酰胺；聚丙烯酸；乙基丙烯酸或甲基丙烯酸的共聚物(EUDRAGIT，Rohm America，Inc.，Piscataway，N.J。)；聚(2-羟乙基-甲基丙烯酸酯)；聚丙交酯；L-谷氨酸和L-谷氨酸乙酯的共聚物；可降解的乳酸-乙醇酸共聚物；聚D-(-)-3-羟基丁酸；和其它丙烯酸衍生物，如甲基丙烯酸丁酯，甲基丙烯酸甲酯，甲基丙烯酸乙酯，丙烯酸乙酯，甲基丙烯酸(2-二甲基氨基乙基)酯和甲基丙烯酸(三甲基氨基乙基)酯的氯化物的均聚物和共聚物。
在进一步的实施方案中，用非易蚀基质装置配制包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药用盐形式和前药形式)的药物组合物。活性成分溶解或分散在惰性基质中，一旦给药，主要通过惰性基质扩散释放。适合用作非侵蚀性基质装置的材料包括但不限于不溶性塑料，例如聚乙烯，聚丙烯，聚异戊二烯，聚异丁烯，聚丁二烯，聚甲基丙烯酸甲酯，聚甲基丙烯酸丁酯，氯化聚乙烯，聚氯乙烯，丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸甲酯共聚物，乙烯-乙酸乙烯酯共聚物，乙烯/丙烯共聚物，乙烯/丙烯酸乙酯共聚物，乙烯基氯与乙酸乙烯酯，偏二氯乙烯，乙烯和丙烯的共聚物，离聚物聚对苯二甲酸乙二醇酯，丁基橡胶环氧氯丙烷橡胶，乙烯/乙烯醇共聚物，乙烯/乙酸乙烯酯/乙烯基醇三元共聚物，乙烯/乙烯氧基乙醇共聚物，聚氯乙烯，增塑尼龙，增塑聚对苯二甲酸乙二醇酯，天然橡胶，硅橡胶，聚二甲基硅氧烷，硅氧烷碳酸酯共聚物；亲水性聚合物，如乙基纤维素，醋酸纤维素，交聚维酮和交联的部分水解的聚乙酸乙烯酯；和脂肪族化合物，如巴西棕榈蜡，微晶蜡和甘油三酯。
在基质控释系统中，可以控制所需的释放动力学，例如，通过所用的聚合物类型，聚合物粘度，聚合物和/或活性成分的粒度，比例，活性成分与聚合物，以及组合物中的其它赋形剂或载体。
包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物可以通过本领域技术人员已知的方法制备，包括直接压片，干燥或湿法制粒，然后压缩，熔融制粒，然后压制。
包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物可以使用渗透控制释放装置制造，所述渗透控制释放装置包括一室系统，两个-腔室系统，非对称膜技术(AMT)和挤出核心系统(ECS)。通常，这种装置具有至少两种组分：(a)含有活性成分的核心和(b)具有至少一个递送口的半透膜，其包封核心。半透膜控制水从使用的水性环境流入核心，以便通过挤出通过输送口引起药物释放。
除活性成分外，渗透装置的核心任选地包括渗透剂，其产生驱动力以将水从使用环境输送到装置的核心中。一类渗透剂水溶胀性亲水聚合物，也称为“渗透聚合物”和“水凝胶”，包括但不限于亲水乙烯基和丙烯酸聚合物，多糖如藻酸钙，聚环氧乙烷(PEO)，聚乙二醇(PEG)，聚丙二醇(PPG)，聚(甲基丙烯酸2-羟乙酯)，聚(丙烯酸)，聚(甲基丙烯酸)，聚乙烯吡咯烷酮(PVP)，交联PVP，聚乙烯醇(PVA)，PVA/PVP共聚物，含有疏水性单体的PVA/PVP共聚物，如甲基丙烯酸甲酯和乙酸乙烯酯，含有大PEO嵌段的亲水性聚氨酯，交联羧甲基纤维素钠，角叉菜胶，羟乙基纤维素(HEC)，羟丙基纤维素(HPC)，羟丙基甲基纤维素(HPMC)，羧甲基纤维素(CMC)和羧乙基，纤维素(CEC)，海藻酸钠，聚卡波非，明胶，黄原胶和羟基乙酸淀粉钠。
另一类渗透剂是渗透原，其能够吸收水以影响穿过周围涂层的屏障的渗透压梯度。合适的渗透原包括但不限于无机盐，例如硫酸镁，氯化镁，氯化钙，氯化钠，氯化锂，硫酸钾，磷酸钾，碳酸钠，亚硫酸钠，硫酸锂，氯化钾和钠。硫酸盐；糖，如右旋糖，果糖，葡萄糖，肌醇，乳糖，麦芽糖，甘露糖醇，棉子糖，山梨糖醇，蔗糖，海藻糖和木糖醇；有机酸，如抗坏血酸，苯甲酸，富马酸，柠檬酸，马来酸，癸二酸，山梨酸，己二酸，乙二胺四乙酸，谷氨酸，对甲苯磺酸，琥珀酸和酒石酸；尿素；及其混合物。
可以使用不同溶出速率的渗透剂来影响最初从剂型中递送活性成分的速度。例如，无定形糖，例如Mannogeme EZ(SPI Pharma，Lewes，Del)可用于在最初几小时内提供更快的递送以迅速产生所需的治疗效果，并逐渐且连续地释放剩余量至在延长的时间内保持所需的治疗或预防效果水平。在这种情况下，活性成分以这样的速率释放，以代替代谢和排泄的活性成分的量。
核心还可包括如本文所述的多种其他赋形剂和载体，以增强剂型的性能或促进稳定性或加工。
释放的活性成分的总量和释放速率可以基本上通过半透膜的厚度和孔隙率，核心的组成以及输送端口的数量，大小和位置来调节。
包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物在渗透控释剂型中可以进一步包含如本文所述的另外的常规赋形剂或载体以促进性能或加工。配方。
可以根据本领域技术人员已知的常规方法和技术制备渗透控释剂型(参见，Remington：The Science and Practice of Pharmacy，同上；Santus和Baker，J.Controlled Release 1995，35,2-21；Verma等，Drug Development and IndustrialPharmacy 2000,26,695-708；Verma等，J.Controlled Release 2002,79,7-27)。
在某些实施方案中，将包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物配制为AMT控释剂型，其包含涂覆核心的不对称渗透膜。包含活性成分和其他药学上可接受的赋形剂或载体。参见，美国专利No.5,612,059和WO 2002/17918。AMT控释剂型可根据本领域技术人员已知的常规方法和技术制备，包括直接压片，干法制粒，湿法制粒和浸涂法。
在一个具体实施方案中，将包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物配制成ESC控释剂型，其包含涂覆核心的渗透膜。活性成分，羟乙基纤维素和其他药学上可接受的赋形剂或载体。
包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物可以通过注射，输注或植入进行肠胃外给药，用于局部或全身给药。如本文所用，肠胃外给药包括静脉内，动脉内，腹膜内，鞘内，心室内，尿道内，胸骨内，颅内，肌肉内，滑膜内和皮下给药。
包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物可以配制成适于肠胃外给药的任何剂型，包括溶液，悬浮液，乳液，胶束，脂质体。，微球，纳米系统和固体形式，适用于注射前液体中的溶液或悬浮液。这些剂型可根据药学领域技术人员已知的常规方法制备(参见Remington：The Science and Practice ofPharmacy，同上)。
包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物可包括一种或多种药学上可接受的载体和赋形剂，包括但不限于水性载体，水混溶性的。载体，非水性载体，抗菌剂或防止微生物生长的防腐剂，稳定剂，溶解度增强剂，等渗剂，缓冲剂，抗氧化剂，局部麻醉剂，悬浮剂和分散剂，润湿剂或乳化剂，络合剂，螯合剂或螯合剂，冷冻保护剂，冻干保护剂，增稠剂，pH调节剂和惰性气体。
肠胃外施用包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物的制剂包括无菌水性或非水性溶液，悬浮液和乳液。合适的水性载体包括但不限于水，盐水，生理盐水或磷酸盐缓冲盐水(PBS)，氯化钠注射液，林格注射液，等渗右旋糖注射液，无菌水注射液，右旋糖，乳酸林格注射液，酒精/水溶液。和乳液或悬浮液。非水性载体包括但不限于可注射的有机酯，例如油酸乙酯，植物来源的固定油，蓖麻油，玉米油，棉籽油，橄榄油，花生油，薄荷油，红花油，芝麻油，大豆油，氢化植物油，氢化大豆油，以及椰子油，棕榈籽油的中链甘油三酯。可与水混溶的载体包括但不限于乙醇，1,3-丁二醇，液体聚乙二醇(例如，聚乙二醇300和聚乙二醇400)，丙二醇，甘油，N-甲基-2-吡咯烷酮，二甲基乙酰胺，和二甲基亚砜。肠胃外载体的实例包括氯化钠溶液，林格氏葡萄糖，右旋糖和氯化钠，乳酸林格氏液和固定油。静脉内载体包括液体和营养补充剂，电解质补充剂(例如基于林格氏葡萄糖的补充剂)等。还可以包括防腐剂和其他添加剂，例如其他抗菌剂，抗氧化剂，螯合剂，惰性气体等。
可与本公开的化合物一起使用的合适的抗菌剂或防腐剂包括但不限于酚，甲酚，汞，苄醇，氯丁醇，对羟基苯甲酸甲酯和对羟基苯甲酸丙酯，硫柳汞，苯扎氯铵，苄索铵氯化物，对羟基苯甲酸甲酯和对羟基苯甲酸丙酯，以及山梨酸。合适的等渗剂包括但不限于氯化钠，甘油和右旋糖。合适的缓冲剂包括但不限于磷酸盐和柠檬酸盐。合适的抗氧化剂是如本文所述的那些，包括亚硫酸氢盐和偏亚硫酸氢钠。合适的局部麻醉剂包括但不限于盐酸普鲁卡因。合适的悬浮剂和分散剂是如本文所述的那些，包括羧甲基纤维素钠，羟丙基甲基纤维素和聚乙烯吡咯烷酮。合适的乳化剂包括本文所述的那些，包括聚氧乙烯脱水山梨糖醇单月桂酸酯，聚氧乙烯脱水山梨糖醇单油酸酯80和三乙醇胺油酸酯。合适的螯合剂或螯合剂包括但不限于EDTA。合适的pH调节剂包括但不限于氢氧化钠，盐酸，柠檬酸和乳酸。合适的络合剂包括但不限于环糊精，包括α-环糊精，β-环糊精，羟丙基-β-环糊精，磺丁基醚-β-环糊精和磺丁基醚7-β-环糊精(CAPTISOLRTM，CyDex，Lenexa，Kans)。
包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物可以配制用于单剂量或多剂量给药。将单剂量制剂包装在安瓿，小瓶或注射器中。多剂量肠胃外制剂必须含有抑菌或抑菌浓度的抗微生物剂。如本领域已知和实践的，肠胃外制剂是无菌的。
在一个实施方案中，将包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物配制成即用型无菌溶液。在另一个实施方案中，将包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物配制成无菌的干燥可溶性产品，包括冻干粉末和皮下注射片剂，在使用前用载体重构。在另一个实施方案中，将包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物配制成即用型无菌悬浮液。在另一个实施方案中，将包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物配制成无菌的干燥不溶性产品，在使用前用载体重构。在另一个实施方案中，将包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物配制成即用型无菌乳液。
以剂量单位形式配制肠胃外组合物以便于给药和剂量均匀是特别有利的。如本文所用，“剂量单位形式”是指适合作为待治疗个体的单位剂量的物理上离散的单位；计算含有预定量药物组合物的每个单元以产生与所需药物载体相关的所需治疗效果。本公开的剂量单位形式的说明书涉及药物组合物的特征和要实现的特定治疗效果。
包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物的药物组合物，包括适于注射使用的药物盐形式和前药形式，包括无菌水溶液(水溶性的)或分散体和用于临时制备无菌的无菌粉末。可注射溶液或分散液。在所有情况下，包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物应该是无菌的并且应该是易于注射的程度的流体。载体可以是溶剂或分散介质，其含有例如水，乙醇，多元醇(例如甘油，丙二醇和液体聚乙二醇等)，其合适的混合物和植物油。例如，通过使用涂层如卵磷脂，通过维持所需的粒度，在分散的情况下，以及通过使用表面活性剂，可以保持适当的流动性。通过各种抗细菌剂和抗真菌剂，例如对羟基苯甲酸酯，氯丁醇，苯酚，抗坏血酸，硫柳汞等，可以防止微生物的作用。在许多情况下，通常在组合物中包含等渗剂，例如糖，多元醇，例如甘露醇，山梨糖醇或氯化钠。通过在组合物中包括延迟吸收的试剂，例如单硬脂酸铝和明胶，可以实现可注射组合物的延长吸收。
无菌可注射溶液可以通过将包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物的药物组合物(包括所需量的药物盐形式和前药形式)掺入适当的溶剂中与上面列举的成分中的一种或组合来制备。根据需要，然后过滤灭菌。通常，通过将包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物掺入无菌载体中来制备分散体，所述无菌载体含有基础分散介质和来自上面列举的那些的所需其他成分。
包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物可以口服给药，例如，用惰性稀释剂或可同化的食用载体。包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)和其他成分的药物组合物也可以包封在硬壳或软壳明胶胶囊中，压制成片剂，或直接掺入个体中。饮食。对于口服治疗给药，包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物可以与赋形剂一起掺入并以可摄入的片剂，口含片，锭剂，胶囊，酏剂的形式使用，悬浮液，糖浆，薄饼等。此类组合物和制剂应含有至少1％重量的活性化合物。当然，组合物和制剂的百分比可以变化，并且可以方便地为单位重量的约5％至约80％。
片剂，锭剂，丸剂，胶囊等也可含有以下物质：粘合剂，例如格拉帕庚，阿拉伯树胶，玉米淀粉或明胶；辅料，如磷酸二钙；崩解剂，例如玉米淀粉，马铃薯淀粉，海藻酸等；润滑剂，如硬脂酸镁；和甜味剂，如蔗糖，乳糖或糖精，或调味剂，如薄荷，冬青油或樱桃调味剂。当剂量单位形式是胶囊时，除了上述类型的材料外，它还可以含有液体载体。各种其他材料可以作为涂层存在或以其他方式改变剂量单位的物理形式。例如，片剂，丸剂或胶囊可以用虫胶，糖或两者包衣。糖浆或酏剂可含有药剂，蔗糖作为甜味剂，对羟基苯甲酸甲酯和对羟基苯甲酸丙酯作为防腐剂，染料和调味剂，例如樱桃或橙子调味剂。当然，用于制备任何剂量单位形式的任何材料应该是药学上纯的并且在所用量上基本上无毒/生物相容。
本文公开了包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物，可以配制成立即或改良释放剂型，包括延迟，持续，脉冲，受控制的，有针对性的和程序化的释放形式。
本文公开了包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物，其可以配制成悬浮液，固体，半固体或触变液体，用于作为植入的仓库。在一个实施方案中，包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐形式和前药形式)的药物组合物分散在固体内基质中，所述固体内基质被外部聚合物膜包围，所述外部聚合物膜不溶于体液但允许药物组合物中的活性成分扩散通过。
合适的内基质包括聚甲基丙烯酸甲酯，聚甲基丙烯酸丁酯，增塑或未增塑的聚氯乙烯，增塑的尼龙，增塑的聚对苯二甲酸乙二醇酯，天然橡胶，聚异戊二烯，聚异丁烯，聚丁二烯，聚乙烯，乙烯-乙酸乙烯酯共聚物，硅橡胶，聚二甲基硅氧烷，硅氧烷碳酸酯共聚物，亲水聚合物，例如丙烯酸和甲基丙烯酸的酯的水凝胶，胶原，交联的聚乙烯醇和交联的部分水解的聚乙酸乙烯酯。
合适的外部聚合物膜包括聚乙烯，聚丙烯，乙烯/丙烯共聚物，乙烯/丙烯酸乙酯共聚物，乙烯/乙酸乙烯酯共聚物，硅橡胶，聚二甲基硅氧烷，氯丁橡胶，氯化聚乙烯，聚氯乙烯，与乙酸乙烯酯，偏二氯乙烯的氯乙烯共聚物。，乙烯和丙烯，离聚物聚对苯二甲酸乙二醇酯，丁基橡胶表氯醇橡胶，乙烯/乙烯醇共聚物，乙烯/乙酸乙烯酯/乙烯醇三元共聚物，和乙烯/乙烯氧基乙醇共聚物。
治疗有效量可以测量为足以降低受试者症状(例如，肿瘤生长，癌症扩散等)的量。通常，用一定量的治疗组合物治疗受试者，所述治疗组合物包含本文公开的化合物，其衍生物或类似物，包括药物盐形式和前药形式，足以将疾病或病症的症状减少至少50％，90％或100％。通常，最佳剂量将取决于病症和因素，例如受试者的体重，癌症或肿瘤的类型，体重，性别和症状程度。尽管如此，本领域技术人员可以容易地确定合适的剂量。通常，合适的剂量为0.5至40mg/kg体重，例如1至8mg/kg体重。
本文公开的化合物还可以与用于治疗，预防或改善各种综合征，病症和/或疾病的一种或多种症状的其他药剂组合或组合使用。或者，仅举例来说，本文所述化合物之一的治疗效果可通过施用佐剂来增强(即，佐剂本身仅具有最小治疗益处，但与另一种治疗剂组合，整体增强了对患者的治疗益处)。
这些其他药剂，佐剂或药物可以通过其常用的途径和量，与本文公开的化合物同时(同时或在相同的制剂中)或顺序给药。当本文公开的化合物与一种或多种其他药物同时使用时，可以使用除本文公开的化合物之外还含有此类其他药物的药物组合物，但不是必需的。因此，除了本文公开的化合物之外，本文公开的药物组合物还包括还含有一种或多种其他活性成分或治疗剂(例如化学治疗剂或其他抗癌剂，抗生素等)的那些。
化学治疗剂的实例包括：烷化剂，例如塞替派和
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环磷酰胺；氨基磺酸盐，例如白消安，英丙舒凡(Improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶类，如苯佐替派(benzodopa),卡波醌(carboquone),美妥替派(meturedopa)和乌瑞替派(uredopa)；乙烯亚胺和甲基蜜胺类包括六甲蜜胺，三亚乙基三聚氰胺，三乙烯基磷酰胺，三乙烯基硫代磷酰胺和三羟甲基三聚氰胺；番茄素(例如，布拉它辛(bullatacin),布拉它辛酮(bullatacinone))；喜树碱(包括合成类似物拓扑替康)；苔藓抑素；callystatin；CC-1065(包括其阿多来新、卡折来新和比折来新合成类似物)；念珠藻素(cryptophycins)(特别是念珠藻素1和念珠藻素8)；多拉司他汀；多卡霉素(包括合成的类似物KW-2189和CBI-TMI)；艾榴塞洛素(eleutherobin):水鬼蕉碱；匍枝珊瑚醇；海绵抑制素；氮芥，例如苯丁酸氮芥、萘氮芥(chlomaphazine)、氯磷酰胺(cholophosphamide)、雌莫司汀(estramustine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、氮芥(mechlorethamine)、盐酸氧氮芥、美法仑、新氮芥(novembichin)、苯乙酸氮芥胆甾醇酯(phenesterine)、泼尼氮芥(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥；亚硝基脲，例如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)及雷莫司汀(ranimnustine)；长春花生物碱；表鬼臼毒素；抗生素，例如烯二炔抗生素(例如卡奇霉素(calicheamicin)，尤其卡奇霉素γ1I及卡奇霉素ωI1；L-天冬酰胺；蒽二酮取代的脲；甲基肼衍生物；达内霉素(dynemicin)，包含达内霉素A；二膦酸盐，例如氯膦酸盐；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌菌素发色团(neocarzinostatinchromophore)及有关色蛋白烯二炔抗生素发色团)、阿克拉霉素(aclacinomysin)、放线菌素(actinomycin)、安曲霉素(authramycin)、偶氮丝胺酸、博来霉素(bleomycin)、放线菌素c(cactinomycin)、卡拉比星(carabicin)、洋红霉素(carminomycin)、嗜癌霉素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、更生霉素(dactinomycin)、道诺霉素、地托比星(detorubicin)、6-重氮基-5-侧氧基-L-正白胺酸，
Figure BDA0002219279760000401
多柔比星(包含吗啉基-多柔比星、氰基吗啉基-多柔比星、2-吡咯啉基-多柔比星及脱氧阿霉素)，泛艾霉素(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、埃达霉素(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素(例如丝裂霉素C)、霉酚酸、诺加霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、波弗霉素(potfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑菌素(streptonigrin)、链脲菌素(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他汀(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢剂，例如胺甲蝶呤及5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，例如二甲叶酸(denopterin)、胺甲蝶呤、蝶罗呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，例如氟达拉滨(fludarabine)、6-巯嘌呤、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，例如安西他滨(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6-阿扎尿苷(azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、二脱氧尿苷、脱氧氟尿苷、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷(floxuridine)；雄激素，例如卡普睪酮(calusterone)、丙酸甲雄烷酮(dromostanolonepropionate)、环硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睪内酯(testolactone)；抗肾上腺剂，例如胺鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，例如亚叶酸；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷；胺基酮戊酸；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；贝斯特布西(bestrabucil)；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；秋水仙胺(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；依氟鸟胺酸(elfornithine)；依利乙铵(elliptiniumacetate)；埃坡霉素(epothilone)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖；氯尼达明(lonidamine)；类美坦辛(maytansinoids)，例如美坦辛(maytansine)及安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；美得眠(mopidanmol)；硝基胺；喷司他汀(pentostatin)；蛋胺氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；2-乙基酰肼；丙卡巴肼(procarbazine)
Figure BDA0002219279760000411
多糖复合物(JHSNaturalProducts,Eugene,Oreg.)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西佐喃(sizofuran)；锗螺胺(spirogermanium)；替奴佐酸(tenuazonicacid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2′,2″-三氯三乙胺；单端孢霉烯(trichothecene)(尤其T-2毒素、疣孢菌素A(verracurinA)、杆孢菌素A(roridinA)及蛇形菌索(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；加赛特辛(gacytosine)；阿糖胞苷(arabinoside)(“Ara-C”)；环磷酰胺；噻替哌(thiotepa)；类紫杉醇(taxoid)，例如太平洋紫杉醇(paclitaxel)(Bristol-MyersSquibbOncology,Princeton,N.J.)、太平洋紫杉醇的无克列莫佛(Cremophor)、经白蛋白改造的奈米颗粒调配物
Figure BDA0002219279760000412
(AmericanPharmaceuticalPartners,Schaumberg,Ill.)及多西紫杉醇(doxetaxel)(-PoulencRorer,Antony,France)；苯丁酸氮芥；吉西他滨(gemcitabine)；
Figure BDA0002219279760000413
(吉西他滨)；6-硫鸟嘌呤；巯嘌呤；胺甲蝶呤；铂类似物，例如顺铂(cisplatin)、奥沙利铂及卡铂(carboplatin)；长春碱铂；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌长春新碱；
Figure BDA0002219279760000414
长春瑞滨；诺肖林(novantrone)；替尼泊苷；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素(daunomycin)；胺基蝶呤(aminopterin)；；希罗达；伊班膦酸盐(ibandronate)；伊立替康(例如CPT-11)；拓扑异构酶抑制剂RFS2000；二氟甲基鸟氨酸(DFMO)；类维生素A，如维A酸；卡培他滨；亚叶酸(LV)；伊立替康；肾上腺皮质抑制剂；肾上腺皮质激素；孕激素；雌激素；雄激素；促性腺激素释放激素类似物；和任何上述的药学上可接受的盐，酸或衍生物。该定义还包括用于调节或抑制对肿瘤的激素作用的抗激素剂，例如抗雌激素和选择性雌激素受体调节剂(SERM)，包括例如他莫昔芬(包括NOLVADEXTM)、雷洛昔芬、屈洛昔芬、4-羟基他莫昔芬、曲沃昔芬、雷洛昔芬(keoxifene)、LY117018、奥那司酮和托瑞米芬；抑制酶芳香酶的芳香酶抑制剂，其调节肾上腺中的雌激素产生，例如，4(5)-咪唑类、氨鲁米特、
Figure BDA0002219279760000415
醋酸甲地孕酮、
Figure BDA0002219279760000416
依西美坦、福美坦(formestanie)、法倔唑、
Figure BDA0002219279760000421
伏氯唑、
Figure BDA0002219279760000422
来曲唑和
Figure BDA0002219279760000423
阿那曲唑；和抗雄激素如氟他胺，尼鲁米特，比卡鲁胺，亮丙瑞林和戈舍瑞林；以及曲沙他滨(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；反义寡核苷酸，特别是那些抑制与凋亡细胞增殖有关的信号通路中基因表达的寡核苷酸，例如PKC-α，Ralf和H-Ras；核酶，例如VEGF-A表达抑制剂(例如，
Figure BDA0002219279760000424
核酶)和HER2表达抑制剂；疫苗，如基因治疗疫苗，例如
Figure BDA0002219279760000425
疫苗，疫苗和
Figure BDA0002219279760000427
疫苗；
Figure BDA0002219279760000428
rJL-2；拓扑异构酶1抑制剂；
Figure BDA00022192797600004210
rmRH；抗体如曲妥珠单抗和任何上述药学上可接受的盐，酸或衍生物。
合适的抗生素包括氨基糖苷类(例如庆大霉素)，β-内酰胺类(例如青霉素和头孢菌素类)，喹诺酮类(例如环丙沙星)和新生霉素。通常，抗生素以杀菌，抗病毒和/或抗真菌量施用。在某个实施方案中，本文公开的化合物可与一种或多种抗生素组合，包括但不限于阿莫西林，氨苄青霉素，胂凡纳明，阿奇霉素，氨曲南，阿洛西林，杆菌肽，羧苄青霉素，头孢克洛，头孢羟氨苄，头孢孟多，头孢唑啉，头孢氨苄，头孢地尼，头孢妥仑(cefditorin)，头孢吡肟，头孢克肟，头孢哌酮，头孢噻肟，头孢西丁，头孢泊肟，头孢丙烯，头孢他啶，头孢噻肟，头孢噻肟，头孢曲松，头孢呋辛，氯霉素，西拉霉素，环丙沙星，克拉霉素，克林霉素，氯法齐明，氯唑西林，粘菌素，达福普利坦，地塞米环，双氯西林，地红霉素，强力霉素，红霉素，enafloxacin，恩维霉素，ertepenem，ethaloutin，氟氯西林，磷霉素，呋喃唑酮，加替沙星，格尔德霉素，庆大霉素，herbimicin，亚胺培南，利奈唑胺，洛美沙星，劳拉卡帕，磺胺嘧啶，莫西沙星，美罗培南，甲硝唑，美洛西林，米诺环素，mupirozin，乙氧萘青霉素，新霉素，奈替米星，呋喃妥因，诺氟沙星，土霉素，青霉素，哌拉西林，平片霉素，多粘菌素B，丙氯拉嗪，prontocil，奎奴平汀，利福布汀，罗红霉素，壮观霉素，磺胺醋酰，磺胺甲基咪唑，磺胺甲恶唑，替考拉宁，泰利霉素，四环素，硫代乙酰胺，甲硫哒嗪，替卡西林，妥布霉素，甲氧苄啶，竹桃霉素，曲氟沙星，万古霉素。
在又一个实施方案中，本文提供的化合物可以与本领域已知的一种或多种甾体药物组合，包括但不限于醛固酮，倍氯米松，倍他米松，醋酸去氧皮质酮，醋酸氟氢可的松，氢化可的松(皮质醇)，泼尼松龙，泼尼松，甲基泼尼松龙，地塞米松和曲安西龙。
在某些实施方案中，本文公开的化合物可与一种或多种抗真菌剂组合，包括但不限于阿莫罗芬，两性霉素B，阿尼芬净，联苯苄唑，布替萘芬，布康福汀，卡泊芬净，环吡酮，克霉唑，益康唑，芬替康唑，非律，氟康唑，异康唑，伊曲康唑，酮康唑，米卡芬净，咪康唑，萘替芬，纳他霉素，制霉菌素，氧康唑(oxyconazole)，雷夫康唑，泊沙康唑，龟裂霉素，舍他康唑，硫康唑，特比萘芬，特康唑，噻康唑，伏立康唑。
本文公开的化合物还可以与其他种类的化合物组合，优选顺序给予，包括但不限于止痒剂；抗凝剂，如比伐卢定；溶栓剂，如链激酶；非甾体类抗炎药，如阿司匹林；抗血小板药，如氯吡格雷；去甲肾上腺素再摄取抑制剂(NRIs)如阿托西汀；多巴胺再摄取抑制剂(DARIs)，如哌甲酯；血清素-去甲肾上腺素再摄取抑制剂(SNRIs)，如米那普仑；镇静剂，如地西泮；去甲肾上腺素-多巴胺再摄取抑制剂(NDRIs)，如安非他酮；血清素-去甲肾上腺素-多巴胺-再摄取抑制剂(SNDRIs)，如文拉法辛；单胺氧化酶抑制剂，如司来吉兰；下丘脑磷脂；内皮素转换酶(ECE)抑制剂，如磷酰胺；阿片类药物，如曲马多；血栓素受体拮抗剂，如伊非曲班；钾通道开放剂；凝血酶抑制剂，如水蛭素；生长因子抑制剂，如PDGF活性调节剂；血小板活化因子(PAF)拮抗剂；抗血小板药，如GPIIb/IIIa阻断剂(如阿巴昔单抗，依替巴肽和替罗非班)，P2Y(AC)拮抗剂(如氯吡格雷，噻氯匹定和CS-747)和阿司匹林；抗凝血剂，如华法林；低分子量肝素，如依诺肝素；因子VIa抑制剂和Xa因子抑制剂；肾素抑制剂；中性内肽酶(NEP)抑制剂；血管肽酶抑制剂(双重NEP-ACE抑制剂)，如奥马曲拉和格莫曲拉(gemopatrilat)；HMG CoA还原酶抑制剂，例如普伐他汀，洛伐他汀，阿托伐他汀，辛伐他汀，NK-104(a.k.a.伊伐他汀，奈斯伐他汀或nisbastatin)和ZD-4522(也称为罗苏伐他汀，或阿伐他汀或维沙他汀)；角鲨烯合成酶抑制剂；贝特类药物；胆汁酸螯合剂，如questran；烟酸；抗动脉粥样硬化剂，如ACAT抑制剂；MTP抑制剂；钙通道阻滞剂，如苯磺酸氨氯地平；钾通道激活剂；α-肾上腺素能药物；利尿剂，如氯磺酰肼，氢氯噻嗪，氟噻嗪，氢氟噻嗪，苄氟噻嗪，甲基氯噻嗪，三氯甲噻嗪，聚噻嗪，苯并苏肼，乙基丙烯酸，三氯乙烯，氯噻嗪，呋塞米，噻呋嗪，布美他尼，三氨基苯，阿米洛利和螺内酯；血栓溶解剂，如组织纤溶酶原激活物(tPA)，重组tPA，链激酶，尿激酶，尿激酶原和茴香酰化纤溶酶原链激酶活化复合物(APSAC)；抗糖尿病药，如双胍类(如二甲双胍)，葡萄糖苷酶抑制剂(如阿卡波糖)，胰岛素，氯茴苯酸(如瑞格列奈)，磺脲类药物(如格列美脲，格列本脲和格列吡嗪)，硫唑啉二酮类(如曲格列酮，罗格列酮和吡格列酮))和PPAR-γ激动剂；盐皮质激素受体拮抗剂，如螺内酯和依普利酮；生长激素促分泌素；aP2抑制剂；磷酸二酯酶抑制剂，如PDE III抑制剂(如西洛他唑)和PDE V抑制剂(如西地那非，他达拉非，伐地那非)；蛋白酪氨酸激酶抑制剂；消炎药；抗增殖剂，如甲氨蝶呤，FK506(他克莫司，Prograf)，霉酚酸酯；化疗药；免疫抑制剂；抗癌剂和细胞毒性剂(例如烷化剂，如氮芥，烷基磺酸盐，亚硝基脲，乙烯亚胺和三氮烯)；抗代谢物，如叶酸拮抗剂，嘌呤类似物和吡啶类似物；抗生素，如蒽环霉素，博来霉素，丝裂霉素，放线菌素和普利霉素；酶，如L-天冬酰胺酶；法呢基蛋白转移酶抑制剂；激素类药物，如糖皮质激素(如可的松)，雌激素/抗雌激素，雄激素/抗雄激素，孕激素和促黄体激素释放激素治疗剂，醋酸奥曲肽；微管-破坏剂，如海鞘素；微管稳定剂，如紫杉醇，多西紫杉醇和埃坡霉素A-F；植物衍生产品，如长春花生物碱，表鬼臼毒素和紫杉烷；和拓扑异构酶抑制剂；异戊二烯基蛋白转移酶抑制剂；和环孢菌素；细胞毒性药物，如阿扎西林和环磷酰胺；TNF-α抑制剂，如替尼达帕；抗TNF抗体或可溶性TNF受体，如依那西普，雷帕霉素和左氟亚胺；和环氧合酶-2(COX-2)抑制剂，如塞来考昔和罗非考昔；和羟基脲，丙卡巴肼，米托坦，六甲基蜜胺，金化合物，铂配位络合物，如顺铂，沙铂和卡铂等杂交剂。
本公开内容提供了通过将治疗有效量的本文公开的化合物，其衍生物或类似物单独或与其他抗癌剂组合接触或施用于患有的癌症和/或肿瘤病症来抑制癌症和/或肿瘤病症的方法，或有患这种疾病的风险。术语“抑制”意指预防或改善综合征，病症和/或疾病的体征或症状(例如，体细胞生长，癌细胞增殖和/或迁移，癌细胞转移等)。
本公开内容还提供了通过使肿瘤细胞，癌细胞或肿瘤细胞与其化合物，衍生物或类似物(包括药物盐和前药形式)接触来抑制肿瘤或癌症生长的方法，其具有抑制有效量。术语“接触”是指将细胞(例如肿瘤，癌症或肿瘤细胞)暴露于药剂。生物体与本公开的局部益生菌组合物的接触可以在体外发生，例如，通过将局部益生菌组合物添加到细菌培养物中以测试细菌的易感性。或者，接触可以在体内发生，例如通过使局部益生菌组合物与患有细菌感染的受试者，易受感染的受试者或患有癌症或有发展癌症风险的受试者接触。
接触可以在体内发生，例如，通过将化合物，其衍生物或类似物(包括药物盐和前药形式)给予患有感染，肿瘤，癌症或肿瘤的受试者。体内接触包括肠胃外和局部。“抑制”或“抑制有效量”是指足以引起例如肿瘤，癌症或肿瘤细胞死亡，抑制生长和/或迁移和/或抑制转移的药剂的量。
为了在本文描述的治疗应用中使用，本文还描述了试剂盒和制品。此类试剂盒可包括载体，包装或容器，其被分隔以容纳一个或多个容器，例如小瓶，管等，每个容器包含待用于所述方法的单独元件之一。于此。合适的容器包括例如瓶子，小瓶，注射器和试管。容器可以由各种材料形成，例如玻璃或塑料。
例如，容器可包含一种或多种本文所述的化合物，任选地在组合物中或与本文公开的另一种药剂组合。容器任选地具有无菌进入口(例如，容器可以是静脉内溶液袋或具有可由皮下注射针刺穿的塞子的小瓶)。此类试剂盒任选地包含本文公开的化合物，其具有与其在本文所述方法中的用途相关的识别描述或标签或说明。
试剂盒通常包含一个或多个另外的容器，每个容器具有一种或多种各种材料(例如试剂，任选地以浓缩形式和/或装置)，从商业和用户的观点来看，使用所述化合物是合乎需要的。于此。这些材料的非限制性实例包括但不限于缓冲剂，稀释剂，过滤器，针头，注射器；载体，包装，容器，小瓶和/或管标签列出内容和/或使用说明，包装说明书和使用说明。通常还将包括一组指令。
标签可以在容器上或与容器相关联。当形成标签的字母，数字或其他字符被附着，模制或蚀刻到容器本身中时，标签可以在容器上；当标签存在于也容纳容器的容器或载体内时，标签可以与容器相关联，例如作为包装插页。标签可用于指示内容物将用于特定治疗应用。标签还可以指示内容的使用方向，例如在本文描述的方法中。这些其他治疗剂可以例如以Physicians'Desk Reference(PDR)中指出的量使用，或者由本领域普通技术人员确定。
本公开还提供了鉴定可产生6-HAP的共生细菌的方法，包括确定表2的一种或多种序列的存在或表达(即，SEQ ID Nos：1,3,5,7，9,11,13,15,17,19,21,23,25,27,29,31,33,35,37,39,41,43,45,47,49,51,53和/或55)或与其至少98％相同的序列。确定同一性和同源性的方法在本领域中是非常熟知的，并且至少在过去的20年中已经进行。检测基因的表达可以通过定量RT-PCR，Southern印迹，北方印迹等来确定。具有与表皮葡萄球菌菌株MO34和/或MO38相似的表达谱的微生物，含有或SEQ ID NO：1的表达序列，3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23,25,27,29,31,33,35,37,39,41,43,45,47,49,51，可以在本公开的方法和组合物中使用53和/或55。
本公开还提供了用于确定皮肤癌的风险或存在的诊断。该方法包括从患有或患有皮肤癌的受试者的皮肤获得微生物组样品，并测量式I或II化合物的产生或鉴定产生式I或II化合物的微生物组中的细菌，其中式I或II化合物或产生式I或II化合物的细菌的存在指示癌症或患癌症的风险。在一个实施方案中，受试者是人受试者。在另一个实施方案中，该方法包括鉴定表皮葡萄球菌菌株的存在。在另一个实施方案中，表皮葡萄球菌菌株具有ATCC编号PTA-125026(菌株命名为S.epi-MO38 UCSD 20180315)和/或ATCC编号PTA-125025(菌株命名为S.epi-MO34 UCSD 20180315)的表型。
通过以下实施例进一步说明本发明：
实施例
细菌：从6个月以上未与医院接触的健康供体的皮肤表面分离出表皮葡萄球菌的临床菌株。通过兔血浆上的凝固酶和过氧化氢酶活性表征所有菌株。使用API-Staph( Inc.,Lyon,France)和全长16SrRNA基因序列进一步表征表皮葡萄球菌菌株。表皮葡萄球菌(ATCC12228和ATCC1457)，金黄色葡萄球菌(ATCC35556)，人葡萄球菌(ATCC27844)、大肠杆菌(ATCC25922)和铜绿假单胞菌(ATCC14213)，获自美国典型培养物保藏中心(Manassas，VA)。GAS(NZ131)、GBS(DK23)和MRSA(USA300和Sanger252)为慷慨赠送。
6-HAP的表征和纯化。将表皮葡萄球菌MO34菌株在胰蛋白酶大豆肉汤(TSB)中于37℃培养24小时，并用0.22μm过滤器从培养上清液中除去。将过滤的培养上清液冻干，将残余物悬浮在甲醇中以沉淀蛋白质。将上清液真空干燥，将残余物质溶于水中。由于6-HAP是弱保留的C18反相柱，将溶液施加在Sep-Pak柱(Waters Co.，Milford，MA)上并用H2O洗涤，并用5％乙腈的H2O溶液洗脱。将洗脱液冻干并悬浮在90％乙腈/10％水中。通过HPLC分离上清液。在每个纯化步骤后，通过针对GAS(NZ131)的径向扩散分析来确定活性。通过质谱和NMR表征纯化的化合物。将纯化的6-HAP冻干并测量干重以测量比活性。
抗微生物测定。使用GAS(NZ131)菌株进行径向扩散分析。简言之，将融化的Todd-Hewitt肉汤(THB)琼脂(10mL)与GAS[1×106菌落形成单位(CFU)]混合并倒入10cm培养皿中。将2至4μL测试样品施加在琼脂板上打孔的小孔中。将板在37℃下孵育过夜以使细菌可见生长。通过孔周围的透明区(无细菌生长)表明抗菌活性。
为了测定MBC，通过达到指数期(OD600＝0.5-0.8)，在TSB(葡萄球菌)，THB(链球菌)或营养肉汤(铜绿假单胞菌和大肠杆菌)中培养细菌。通过将1×10 5CFU/mL细菌与在PBS中的半强度Muller-Hinton肉汤(MHB)中的合成6-HAP的2倍系列稀释液在37℃下孵育24小时来测定6-HAP的MBC。孵育后，通过在合适的琼脂平板上铺展10倍连续稀释的细菌后计数CFU来测量活细菌的数量。在孵育24小时后，MBC被确定为活细菌的3-log减少(99.9％)。
BrdU掺入测定。通过达到指数期，分别在THB或TSB中培养GAS(NZ131)或表皮葡萄球菌(ATCC12228)。将细菌(1×10 6CFU)在100μL含有10μMBrdU和25μg/mL 6-HAP或5μg/mL丝裂霉素C的THB或TSB中于37℃温育至60分钟。孵育后，立即将细菌细胞固定在FixDenat溶液(Roche，Mannheim，Germany)上。根据手册，使用BrdU掺入测定试剂盒(Roche)以时间依赖性方式测量BrdU掺入新生DNA中。
体外DNA聚合测定。检查6-HAP是否破坏DNA扩增中的腺苷-胸苷碱基对匹配，IRDye800标记的18-bp引物和25-bp模板，其在突出的初始基础上需要腺苷(X＝T)或胞苷(X＝G)设计了扩增(图3e)。反应混合物含有100nM引物/模板，0.1U Klenow片段(exo-)DNA聚合酶(Promega，Madison，WI)，DNA聚合酶缓冲液中的1μMdNPT。将混合物在37℃下孵育10分钟。加入终止溶液(98％甲醛和20mM EDTA)终止反应。通过在含有7M尿素的20％变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳，将扩增的DNA与引物分离。用Oddyssey成像系统(LI-COR Biosciences，Lincoln，NE)显现荧光。
细胞培养和细胞增殖测定。B16F10小鼠黑素瘤，Pam212，L5178和YAC-1小鼠黑素瘤细胞系获自美国典型培养物保藏中心。将Pam212，L5178和YAC-1细胞系维持在补充有丙酮酸钠(1mM)，非必需氨基酸(0.1mM)，青霉素(100单位/mL)，链霉素(100μg/mL)和10％的RPMI-1640中。热灭活的胎牛血清(FBS)或马血清，37℃，5％(v/v)CO2空气中的气氛。将B16F10细胞系维持在补充有青霉素(100单位/mL)，链霉素(100μg/mL)和10％热灭活的FBS的DMEM中。NHEK获自Invitrogen(Life technologies，Grand Island，NY)并维持在补充有60μM钙，表皮生长因子，青霉素和链霉素的EpiLife培养基(Life technologies)中。在用6-HAP孵育4小时(肿瘤细胞系)或24小时(NHEK)后，通过根据手册(Roche)监测用细胞增殖试剂盒掺入BrdU来比色测定细胞的增殖活性。
用siRNA基因沉默mARC。NHEK在含有用于mARC1或mARC2(Thermo Fisher，Waltham，MA)和RNAiMAX试剂的预先设计的siRNA的EpiLife培养基中培养24小时。将细胞在EpiLife中维持72小时，并与6-HAP(10μg/mL)一起温育24小时。如上所述，通过测量BrdU掺入来测定6-HAP的抗增殖活性。
HPLC。来自SepPak柱的活性级分通过HPLC以亲水相互作用模式与Venusil XBPNH2(5μm，10×250mm)(Agela Technologies，Wilmington，DE)分离，其中H2O的线性梯度为5％至35％在乙腈中以4mL/min的速度进行。将活性级分分级，冻干并溶于90％乙腈的H2O溶液中。用聚羟基乙基甲醛(5μm，
Figure BDA0002219279760000482
9.4×250mm)进一步清洗活性级分，在乙腈中以3ml/min的速率用5％至35％的H2O梯度洗脱。用270nm的吸光度监测洗脱曲线。在每个纯化步骤后，通过针对GAS(NZ131)的径向扩散测定来确定活性。将纯化的6-HAP冻干并测量干重以测量比活性。
质谱法。使用Thermo Finnigan MAT900XL质谱仪(Thermo Scientific，Waltham，MA)进行低分辨率电子轰击质谱(LR-EI-MS)分析和使用直接插入探针的高分辨率电喷雾电离质谱(HR-EI-MS)样品介绍。电子能量设定为70eV，发射电流为1.0mA。在Thermo LTQOrbitrap XL质谱仪上进行高分辨率电喷雾电离MS(HR-ESI-MS)分析。源电压设定为4500V，加热毛细管温度为250℃，鞘气流速为60单位。
1H-NMR。在Mercury Plus 500MHz Varian仪器上记录6-HAP的1H NMR光谱。化学位移(δ)以参考适当的残留溶剂峰(DMSO-d6或D2O)的百万分率(ppm)表示，缩写s和brs表示单线态和宽单线态。在AcOD-D2O(1：5v/v)中6-HAP的1H NMR光谱在芳族区域中显示出两个质子信号，而在DMSO-d6中显示6个信号。1H NMR(500MHz，AcOD-D2O)δ8.19(s，1H)，8.17(s，1H)。1H NMR(500MHz，DMSO-d6)δ12.74(br s，1H)，10.87(br s，0.7H)，9.50(br s，1H)，8.08(br s，1H)，7.75(br s，1H))，7.48(br s，0.4H)。
6-HAP的合成。根据先前报道的程序制备6-HAP，稍作修改(核碱基和核苷作为抗寄生虫剂的制备，Loakes，D.；Too，K.，PCT Int.Apr.，2007，135380，2007年11月29日)。将羟胺盐酸盐(1.20g，17.3mmol)溶于20mL沸腾的无水乙醇中，并加入氢氧化钾(1.12g，20.0mmol)在4mL热无水乙醇中的溶液。过滤沉淀的KCl并用2mL热乙醇洗涤三次。然后，将溶解在7mL无水乙醇中的6-氯嘌呤(300mg，1.94mmol)(Sigma，St.Louis，MO)加入到羟胺溶液中。将反应物回流2小时，然后冷却至室温并静置过夜。将形成的白色沉淀物过滤并用水然后用乙醇彻底洗涤，并在高真空下干燥，得到6-HAP(230mg，78％)，为白色固体。1H NMR(500MHz，DMSO-d6)δ12.84(br s，1H)，10.92(br s，0.5H)，9.48(br s，1H)，8.08(br s，0.6H)，7.77(s，1H))，7.48(br s，0.7)，与报告的一致。如上所述，使用Venusil XBP NH 2和PolyHYDROXYETHYL A通过HPLC纯化产生的6-HAP。
动物。涉及动物工作的所有实验均符合加州大学圣地亚哥分校的机构动物护理和使用指南(协议号：S09074)的批准。
体内皮肤感染测定。将C57BL6小鼠(6-8周雌性)的背部皮肤剃毛，用脱毛膏处理并在施用细菌前至少24小时用水冲洗。用酒精棉签清洁剃掉的皮肤两次以除去最初定植的细菌。将表皮葡萄球菌(MO34或ATCC1457)在TSB中培养过夜，用PBS洗涤，然后重悬于PBS中。将GAS(NZ131)和MRSA(Sanger252)分别在THB或TSB中培养，直至指数期(OD600＝0.5-0.8)，洗涤并重悬于PBS中。将小鼠背部皮肤(2×2cm)与表皮葡萄球菌(1×10 8CFU/10μL)或PBS(10μL)的菌株一起施用2小时。GAS或MRSA(1×105CFU/10μL)在背部皮肤上表皮上攻击6小时。用来自皮肤表面(2×2cm)的TSB或THB预润湿的Catch-All Swab(EpicenterBiotechnologies，Madison，WI)收获活细菌。通过涡旋拭子头以1mL THB或TSB剧烈悬浮细菌。将细菌悬浮液的十倍连续稀释液涂布在血琼脂平板或甘露醇盐琼脂平板上以计数CFU。GAS(溶血性)与血琼脂平板上的表皮葡萄球菌(非溶血性)不同，MRSA(甘露醇阳性：大黄色菌落)与甘露醇盐上的表皮葡萄球菌(甘露醇阴性：小粉红色菌落)不同琼脂盘。
对于皮下感染，通过31G针将小鼠背部皮肤皮下注射GAS(PBS中1×107CFU/50μL)。在GAS感染后，给小鼠静脉内注射剂量为20mg/kg体重的6-HAP或等体积的载体(2.5％DMSO的0.9％NaCl溶液)。每天通过拍摄照片和伤口标尺来监测伤口发展，并且用ImageJ([http：//]rsbweb.nih.gov/ij/)测量病变大小(通过括号禁用超链接)。
体内肿瘤生长测定。将B16F10悬浮于无菌PBS中。将剃毛的小鼠背部皮肤皮内注射3×10 5个细胞/50μL。随后每隔48小时通过血管内途径以20mg/kg小鼠的剂量向C57BL6小鼠注射溶解在2.5％DMSO/0.9％NaCl溶液(40mg/mL)中的6-HAP，持续2周。对照小鼠接受等量的载体。测量肿瘤大小为两个垂直直径，用卡尺和体积通过公式估算，宽度2×长度/2。根据动物方案，当肿瘤大小达到>2cm时处死小鼠。
在SKH-1小鼠中UV诱导的肿瘤形成。雌性SKH-1无毛小鼠(4周龄)购自CharlesRiver Laboratories(Wilmington，MA)。用单次施用DMBA(200nmol/100μL丙酮)作为肿瘤引发剂局部处理小鼠的背部皮肤。肿瘤起始后一周，每周两次用180mJ/cm 2的UV-B照射小鼠，同时用表皮应用表皮葡萄球菌MO34或ATCC1457菌株(1×107CFU)每周6次照射12周。每周记录每只小鼠的肿瘤发生率和肿瘤数。
统计分析。使用GraphPad Prism 5软件(GraphPad，La Jolla，CA)进行统计学分析。使用独立t检验。使用独立双尾t检验比较实验组和对照组的差异显着性(P<0.05)。
来自人皮肤的表皮葡萄球菌菌株产生非蛋白质抗生素。为了筛选产生抗微生物活性的共生皮肤细菌，将来自正常人皮肤临床分离株的44株表皮葡萄球菌培养过夜，并通过其条件培养基对GAS的径向扩散测定来确定每种分离物产生的抗微生物活性(图1a)。33个菌株产生可检测的GAS生长抑制区。表皮葡萄球菌ATCC1457菌株未显示活性，并用作阴性对照。一些特定的菌株，命名为MO34和MO38，产生了最大的GAS生长抑制区，并首先被选择来表征最有效的抗微生物分子。
为了表征负责从MO34菌株分泌的抗微生物活性的分子，基于针对GAS的活性从条件培养基中纯化抗微生物分子。在5个纯化步骤的最后一个色谱中分离出单峰(图1b)。从6.4L培养上清液中纯化化合物的最终产量为7mg。该纯化的级分显示出对GAS生长的强抑制区，并且仅在MO34和MO38菌株的培养上清液中发现，但在实验室菌株如ATCC12228和ATCC1457菌株中未发现(图9)。该抗微生物分子是热稳定的(图1c)和蛋白酶不敏感的(图1d)，因此表明活性可能不是蛋白质。
通过抗微生物表皮葡萄球菌菌株的皮肤定植保护免受病原体侵害。检查在皮肤表面产生非蛋白质抗生素的表皮葡萄球菌菌株定殖的生理相关性，MO34或表皮葡萄球菌的对照菌株，没有可检测的抗菌活性(ATCC1457)(图1a)，或单独的载体，被应用于小鼠背部皮肤表面。施用后2小时，然后用确定量的GAS或MRSA攻击该位点。由抗微生物菌株定植的皮肤在6小时内抑制病原体的生长，但是对照菌株或载体定植的皮肤没有(图2a和b)。这些数据表明，该抗微生物表皮葡萄球菌菌株的定殖对皮肤表面上的微生物病原体具有保护作用。
表皮葡萄球菌产生的抗生素的结构分析。纯化的抗微生物级分的高分辨率电喷雾(ES)-质谱分析鉴定出质量为151.0487的分子，预测分子式为C5H5N5O(计算值：151.0489)(图3a)。当表皮葡萄球菌在氯化铵-15N存在下培养时，同位素被掺入该分子的氮原子中，表明它是通过从头合成产生的，而不是通过发酵或培养基中组分的分解产生的(图3b)。纯化的化合物的1H NMR光谱在芳香区域显示两个质子信号(δH＝8.19,8.17)，而在DMSO-d5中显示六个信号(δH＝12.74，1H；10.87 0.7H；9.50,1H；8.08,1H；7.75，1H；7.48,0.4H)(图1c)。纯化的化合物的gHMBC谱显示芳族区域中的五个碳信号(δC＝113.60,144.94,148.17,150.28,150.45)(图10)。这些NMR化学位移表明存在嘌呤部分，其中另外的氧原子连接在五个氮原子之一上。鉴于化学式为C5H5N5O，预测结构为6-N-羟基氨基嘌呤(6-HAP)。为了证实这种预测的结构，我们进行了6-HAP的化学合成。通过1H-NMR，天然化合物具有与合成6-HAP相同的化学位移(图3d)。此外，通过电子轰击MS(图3e)的天然化合物的碎裂特征也与合成产物的碎裂特征相匹配(图3f)。最重要的是，合成的6-HAP对GAS的抗微生物活性与天然产物的抗微生物活性相当(图11)。因此，组合数据表明该表皮葡萄球菌菌株产生的抗微生物活性是由6-HAP介导的(图3g)。
6-HAP的体外抗微生物活性。为了检查6-HAP对各种细菌的特异性，在体外温育24小时时根据剂量依赖性杀伤曲线确定最小杀菌浓度(MBC)(表1)。6-HAP杀死或抑制几种主要皮肤病原体的生长，包括GAS(NZ131)，B组链球菌(GBS)(DK23)，甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(ATCC35556)，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)菌株(USA300)和Sanger252)，铜绿假单胞菌(铜绿假单胞菌)(ATCC14213)体外。相反，6-HAP显示出对人葡萄球菌(S.hominis)(ATCC27844)和大肠杆菌(E.coli)(ATCC25922)和痤疮丙酸杆菌(ATCC6919)的弱抗微生物活性。表皮葡萄球菌(ATCC12228)也对6-HAP具有抗性。
表1.针对指定的细菌菌株的6-HAP的MBC。
Figure BDA0002219279760000521
*在37℃，PBS中半浓度的MHB孵育24小时后，MBC被确定为活细菌的3-log减少。孵育后，通过在琼脂平板上铺板连续稀释后计数CFU来测量活细菌。数据代表三个独立实验。
6-HAP的抗代谢作用机制。由于6-HAP在结构上与腺嘌呤相似，我们假设它通过与宿主2产生的大多数其他皮肤表面AMP或先前从表皮葡萄球菌17,18描述的细菌素所使用的膜渗透不同的机制抑制细菌生长。我们首先将6-HAP杀灭的动力学与LL37(一种具有破坏膜能力的强效人AMP)和已知DNA合成抑制剂丝裂霉素C的动力学进行了比较。6-HAP以与丝裂霉素C相似但比LL37慢的速率抑制GAS随时间的生长(图4a)。LL37在孵育1小时后破坏了GAS膜的渗透性，而6-HAP和丝裂霉素C没有(图4b)。6小时孵育后，6-HAP也不直接影响正常人表皮角质形成细胞(NHEK)或人类皮脂细胞系SZ95的质膜透性(图12)。
我们接下来评估了6-HAP对DNA合成的影响。可以以时间依赖性方式观察到BrdU掺入GAS基因组DNA的显着抑制(图4c)。然而，6-HAP不影响表皮葡萄球菌中的BrdU掺入(图4d)。为了直接检查6-HAP对无细胞系统中DNA扩增的作用，设计了25-bp模板和匹配的18-bp荧光引物，以通过Klenow(外切)DNA聚合酶测量体外DNA扩增(图4e)。在6-HAP存在下，当模板需要胞嘧啶(X＝G)时，我们观察到预期的扩增DNA产物的合成，但是当需要腺苷时(X＝T)缺乏扩增(图4f)。这些数据表明6-HAP通过干扰腺苷-胸苷碱基配对来抑制DNA合成。实际上，添加过量的腺嘌呤部分地降低了6-HAP对GAS的抗微生物活性(图4g)。
6-HAP的选择性抗增殖活性的机制。鉴于抑制DNA合成的能力，我们接下来探讨了6-HAP对哺乳动物细胞的抗增殖作用。6-HAP抑制几种肿瘤细胞系中的BrdU掺入，包括Pam212鳞状细胞癌(图5a)，B16F10黑素瘤和L5178和YAC-1淋巴瘤(图13)。相反，直至非常高剂量(100μg/mL)，正常人角质形成细胞(NHEK)中的BrdU掺入不受6-HAP的影响(图5b)。选择性抑制哺乳动物细胞系的机制以及细菌病原体的选择性抑制目前尚不清楚，并且正在进行研究。
因为一些核碱基类似物由于错误识别错误碱基而发挥诱变活性，所以通过检测L5178Y tk+/-小鼠淋巴瘤细胞的胸苷激酶(tk)基因座处的诱变事件来确定6-HAP的诱变活性。这种对诱变活性的敏感测定未检测到6-HAP与载体相比的差异，而用甲磺酸甲酯处理是测定的阳性对照并确实诱导高突变频率。这些数据与表皮葡萄球菌和肿瘤转化之间缺乏关联一致，尽管该分子长期存在作为正常共生微生物组的产物。
在哺乳动物细胞中，线粒体减少一氧化碳的组分(mARC)1和2已显示能够将N-羟基化的核碱基类似物还原为经典的核碱基。NHEK中mARC1和mARC2的相对表达水平远高于癌细胞系，例如Pam212，L5178和B16F10(图5c)。因此，我们假设mARCs可能有助于NHEKs中6-HAP的解毒作用。用siRNA沉默基因可显着降低NHEKs中mARC1和mARC2的表达(图5d)，并增加细胞对6-HAP的敏感性，表明mARC2可保护细胞免受6-HAP的侵害。
用6-HAP全身给药对小鼠皮肤感染和黑素瘤生长的影响。由于6-HAP在体外表现出抗微生物活性和抗增殖活性，我们接下来探讨了该化合物在体内的全身活性。每周48小时以20mg/kg的剂量反复静脉内注射6-HAP小鼠，持续2周，通过视觉外观，行为或体重变化评估没有明显的毒性作用(图14)。该反应与图4i中所见的先前结果一致，表明缺乏对快速分裂的正常角质形成细胞增殖的抑制。因此，鉴于明显缺乏毒性，通过将无毒剂量的6-HAP(20mg/kg)静脉内注射到GAS深部皮肤感染的小鼠模型中来测试对深部组织感染的影响。在接种GAS后单次注射6-HAP显着抑制小鼠的临床损伤大小(图6a-b)和GAS存活(图6c)。
与我们评估6-HAP的抗生素作用的实验类似，我们还检测了6-HAP在体内抑制肿瘤生长的活性。用B16F10黑素瘤皮内接种小鼠，然后每48小时静脉内注射6-HAP(20mg/kg)或载体，持续2周。与接受载体注射的小鼠相比，接受6-HAP的小鼠中该侵袭性生长肿瘤的肿瘤大小被抑制>60％(图6d-e)。
表皮葡萄球菌皮肤定植对UV诱导的皮肤肿瘤形成的影响。鉴于6-HAP在体外和体内抑制几种肿瘤细胞系增殖的数据，我们假设产生6-HAP的表皮葡萄球菌菌株的定殖对UV-B辐射诱导的皮肤肿瘤形成具有保护作用。为了解决这一假设，采用了两阶段致癌模型。将SKH-1无毛小鼠用DMBA处理1周，然后每周两次UV-B照射，并且每周6次用表皮葡萄球菌表皮施用。接种表皮葡萄球菌ATCC1457(非6-HAP菌株)的小鼠在第9周引发88％的肿瘤发生率(图7a)，并且在12周时引发多个肿瘤形成(图7b-c)。相反，重复施用产生6-HAP的表皮葡萄球菌MO34菌株显着降低了肿瘤发生率和数量(图7a-b，d)。组织病理学检查区分对照菌株定植的SKH-1小鼠发生鳞状乳头状瘤(图7e)。通过6-HAP菌株的表皮应用成功抑制了乳头状瘤的发展(图7b，d，f)。这些数据表明表皮葡萄球菌产生的6-HAP有助于对皮肤表面上的肿瘤形成的抗性。此外，两种菌株均穿透皮肤的肿瘤和真皮(图7g-h)，表明表皮葡萄球菌与肿瘤细胞或皮肤存活细胞之间的直接相互作用。该数据与我们之前的观察结果一致，即皮肤微生物组的一部分可以穿透人体皮肤的表皮屏障。
表皮葡萄球菌菌株在人皮肤中产生6-HAP。通过HPLC检测来自两种不同的表皮葡萄球菌临床分离株的培养上清液的6-HAP。为了进一步探索人共生表皮葡萄球菌染色体中6-HAP产生的频率，进行MO34菌株的全基因组测序并用于分析人皮肤微生物组的现有宏基因组数据集。序列分析经常鉴定表皮葡萄球菌菌株，其类似于人皮肤微生物组中产生6-HAP的分离物，但在不同的身体部位以不同频率检测到相似的菌株。
表2.存在于产生6-HAP的表皮葡萄球菌菌株中但不存在于任何其他菌株中的28种标记基因。
Figure BDA0002219279760000551
Figure BDA0002219279760000561
Figure BDA0002219279760000571
Figure BDA0002219279760000581
Figure BDA0002219279760000591
Figure BDA0002219279760000601
Figure BDA0002219279760000611
已经描述了本发明的许多实施例。然而，应该理解，在不脱离本发明的精神和范围的情况下，可以进行各种修改。因此，其他实施例在以下权利要求的范围内。
序列表
<110> 加利福尼亚大学董事会
<120> 治疗癌症的组合物和方法
<130> 00015-330WO1
<140> 没有分配
<141> 2018-03-26
<150> US 62/477,370
<151> 2017-03-27
<150> US 62/638,058
<151> 2018-03-02
<160> 58
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 132
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 假定编码序列(hypothetical coding sequence)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(132)
<400> 1
atg agt gct gtt tta tta tca gca att agt cca acg gca agt gta aat 48
Met Ser Ala Val Leu Leu Ser Ala Ile Ser Pro Thr Ala Ser Val Asn
1 5 10 15
gaa tca ata gaa ttg tac aag tca gtt agc aag tcg aat ata gaa att 96
Glu Ser Ile Glu Leu Tyr Lys Ser Val Ser Lys Ser Asn Ile Glu Ile
20 25 30
gaa aaa gat aat aag act tta gat gat tcg ttt taa 132
Glu Lys Asp Asn Lys Thr Leu Asp Asp Ser Phe
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<212> PRT
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<220>
<223> 合成构建体(Synthetic Construct)
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Glu Ser Ile Glu Leu Tyr Lys Ser Val Ser Lys Ser Asn Ile Glu Ile
20 25 30
Glu Lys Asp Asn Lys Thr Leu Asp Asp Ser Phe
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<212> DNA
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<220>
<221> CDS
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atg att cgt ttt aaa atc cta aat atg gta act gaa cag act att aat 48
Met Ile Arg Phe Lys Ile Leu Asn Met Val Thr Glu Gln Thr Ile Asn
1 5 10 15
agt tta cca tat aat ctt aaa gaa ggg act tca gaa aga att ggt ggt 96
Ser Leu Pro Tyr Asn Leu Lys Glu Gly Thr Ser Glu Arg Ile Gly Gly
20 25 30
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<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> YefM 蛋白质
<220>
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atg act gtt aaa tcc tat tca tat gta cgt gaa cat ttc aaa gac atg 48
Met Thr Val Lys Ser Tyr Ser Tyr Val Arg Glu His Phe Lys Asp Met
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att aat aaa gtt aat gat gat agc gat acg ata aca att aca aca aaa 96
Ile Asn Lys Val Asn Asp Asp Ser Asp Thr Ile Thr Ile Thr Thr Lys
20 25 30
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Asp Arg Asn Ala Val Met Met Ser Glu Asp Asn Tyr Asn Glu Ile Met
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Glu Thr Leu Tyr Leu Gln Gln Asn Pro Ala Asn Ala Lys Tyr Leu Ser
50 55 60
gaa tcc att gaa aac cta gaa cgt ggt aat ata aaa act aag gat att 240
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ttg ata taa 249
Leu Ile
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体(Synthetic Construct)
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Ile Asn Lys Val Asn Asp Asp Ser Asp Thr Ile Thr Ile Thr Thr Lys
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<212> DNA
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<220>
<221> CDS
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atg tta gat aaa gaa aag caa aaa gaa gct atg cct att att caa gga 48
Met Leu Asp Lys Glu Lys Gln Lys Glu Ala Met Pro Ile Ile Gln Gly
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Glu Tyr Lys Ser Asp Glu Pro Ile Asn Tyr Ile Lys Ala Asn Thr Ile
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Pro Asn Lys Ala Thr Ser Thr Thr Phe Gly Tyr Glu Lys Met Ile Ser
35 40 45
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Lys Glu Ala Met Thr Pro Glu Met Leu Glu Val Arg Gln Ile Ile Leu
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Asn Asp Val Val Lys Leu Thr Glu Ser Met Asn Gln Phe Lys Leu Asp
65 70 75 80
att aaa gtt agt aaa gta att tat gac aaa tat ggg gtg aga taa 285
Ile Lys Val Ser Lys Val Ile Tyr Asp Lys Tyr Gly Val Arg
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<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
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Pro Asn Lys Ala Thr Ser Thr Thr Phe Gly Tyr Glu Lys Met Ile Ser
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<212> DNA
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<220>
<221> CDS
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<400> 9
atg att aaa caa att ttc aat gat aaa gaa att cgg ttt atc gaa aaa 48
Met Ile Lys Gln Ile Phe Asn Asp Lys Glu Ile Arg Phe Ile Glu Lys
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gaa gat gaa tat tgg gca gta gct gga gat gtg gca aag gta ttg ggg 96
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Tyr Ser His Thr Pro His Met Thr Arg Leu Leu Asp Glu Ser Glu Lys
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gct gtc cat aat gtg gtc acc gtt aaa ggt aaa caa aat gct gtg atc 192
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ata tta gaa ata ggt att tat gaa gct att tgg aat agt aga aga gat 240
Ile Leu Glu Ile Gly Ile Tyr Glu Ala Ile Trp Asn Ser Arg Arg Asp
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<212> PRT
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
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Ala Val His Asn Val Val Thr Val Lys Gly Lys Gln Asn Ala Val Ile
50 55 60
Ile Leu Glu Ile Gly Ile Tyr Glu Ala Ile Trp Asn Ser Arg Arg Asp
65 70 75 80
Glu Ala Gln Glu Phe
85
<210> 11
<211> 219
<212> DNA
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(219)
<400> 11
gtg gtt aac aac gtt aaa aga ata cga aaa aat aaa aaa att acc att 48
Val Val Asn Asn Val Lys Arg Ile Arg Lys Asn Lys Lys Ile Thr Ile
1 5 10 15
act gaa tta agt aga aaa agt ggg ata agc aga aca act ata tac aaa 96
Thr Glu Leu Ser Arg Lys Ser Gly Ile Ser Arg Thr Thr Ile Tyr Lys
20 25 30
tta gaa tct caa aaa tca aat ccc agc ttg gaa acc att caa aaa ata 144
Leu Glu Ser Gln Lys Ser Asn Pro Ser Leu Glu Thr Ile Gln Lys Ile
35 40 45
tct tct ggt tta gat gaa aaa cca gaa aaa att ttt aac ctc att gtt 192
Ser Ser Gly Leu Asp Glu Lys Pro Glu Lys Ile Phe Asn Leu Ile Val
50 55 60
att caa gaa tta caa aag gag cct taa 219
Ile Gln Glu Leu Gln Lys Glu Pro
65 70
<210> 12
<211> 72
<212> PRT
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<400> 12
Val Val Asn Asn Val Lys Arg Ile Arg Lys Asn Lys Lys Ile Thr Ile
1 5 10 15
Thr Glu Leu Ser Arg Lys Ser Gly Ile Ser Arg Thr Thr Ile Tyr Lys
20 25 30
Leu Glu Ser Gln Lys Ser Asn Pro Ser Leu Glu Thr Ile Gln Lys Ile
35 40 45
Ser Ser Gly Leu Asp Glu Lys Pro Glu Lys Ile Phe Asn Leu Ile Val
50 55 60
Ile Gln Glu Leu Gln Lys Glu Pro
65 70
<210> 13
<211> 585
<212> DNA
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(585)
<400> 13
gtg aat gac ttt gga aag aaa tta aaa gaa tta aga ggc gac caa tca 48
Val Asn Asp Phe Gly Lys Lys Leu Lys Glu Leu Arg Gly Asp Gln Ser
1 5 10 15
att aga gaa gcc tct agg aat att ggt ata agt cac act tat tta gat 96
Ile Arg Glu Ala Ser Arg Asn Ile Gly Ile Ser His Thr Tyr Leu Asp
20 25 30
agt tta gaa aaa ggt att gat cca aga act ggc aaa gaa aga aaa cct 144
Ser Leu Glu Lys Gly Ile Asp Pro Arg Thr Gly Lys Glu Arg Lys Pro
35 40 45
aca att gaa gta att cat aaa cta tca aaa tat tat aat gtt gat ttt 192
Thr Ile Glu Val Ile His Lys Leu Ser Lys Tyr Tyr Asn Val Asp Phe
50 55 60
ttt gat tta agc aga tta gca ggt gtg ttt gta tca att aaa gat acg 240
Phe Asp Leu Ser Arg Leu Ala Gly Val Phe Val Ser Ile Lys Asp Thr
65 70 75 80
cct aaa gaa gat aag cga gaa gaa att aac aaa atg aag aaa aga ttt 288
Pro Lys Glu Asp Lys Arg Glu Glu Ile Asn Lys Met Lys Lys Arg Phe
85 90 95
aaa gaa tat ttt aac gat aca gaa ctt att gtt aaa gaa aat tat ctt 336
Lys Glu Tyr Phe Asn Asp Thr Glu Leu Ile Val Lys Glu Asn Tyr Leu
100 105 110
gat att atg aca aaa aag tta agt tat cat gaa att att ttt tgg caa 384
Asp Ile Met Thr Lys Lys Leu Ser Tyr His Glu Ile Ile Phe Trp Gln
115 120 125
aat tta tat aat ttt tat att caa gaa aaa gat tct gat tat cta aaa 432
Asn Leu Tyr Asn Phe Tyr Ile Gln Glu Lys Asp Ser Asp Tyr Leu Lys
130 135 140
ata aaa gat gaa gaa gat aca gat att tta aca ttt ata gct tcc ttg 480
Ile Lys Asp Glu Glu Asp Thr Asp Ile Leu Thr Phe Ile Ala Ser Leu
145 150 155 160
ttt aaa ata tta act gaa aat aaa aat tct aat gat gac gaa ata ttt 528
Phe Lys Ile Leu Thr Glu Asn Lys Asn Ser Asn Asp Asp Glu Ile Phe
165 170 175
aaa ggc att tcg aat gat ttt aat aaa ttc tta aaa tca tac tta aat 576
Lys Gly Ile Ser Asn Asp Phe Asn Lys Phe Leu Lys Ser Tyr Leu Asn
180 185 190
att aag tag 585
Ile Lys
<210> 14
<211> 194
<212> PRT
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<400> 14
Val Asn Asp Phe Gly Lys Lys Leu Lys Glu Leu Arg Gly Asp Gln Ser
1 5 10 15
Ile Arg Glu Ala Ser Arg Asn Ile Gly Ile Ser His Thr Tyr Leu Asp
20 25 30
Ser Leu Glu Lys Gly Ile Asp Pro Arg Thr Gly Lys Glu Arg Lys Pro
35 40 45
Thr Ile Glu Val Ile His Lys Leu Ser Lys Tyr Tyr Asn Val Asp Phe
50 55 60
Phe Asp Leu Ser Arg Leu Ala Gly Val Phe Val Ser Ile Lys Asp Thr
65 70 75 80
Pro Lys Glu Asp Lys Arg Glu Glu Ile Asn Lys Met Lys Lys Arg Phe
85 90 95
Lys Glu Tyr Phe Asn Asp Thr Glu Leu Ile Val Lys Glu Asn Tyr Leu
100 105 110
Asp Ile Met Thr Lys Lys Leu Ser Tyr His Glu Ile Ile Phe Trp Gln
115 120 125
Asn Leu Tyr Asn Phe Tyr Ile Gln Glu Lys Asp Ser Asp Tyr Leu Lys
130 135 140
Ile Lys Asp Glu Glu Asp Thr Asp Ile Leu Thr Phe Ile Ala Ser Leu
145 150 155 160
Phe Lys Ile Leu Thr Glu Asn Lys Asn Ser Asn Asp Asp Glu Ile Phe
165 170 175
Lys Gly Ile Ser Asn Asp Phe Asn Lys Phe Leu Lys Ser Tyr Leu Asn
180 185 190
Ile Lys
<210> 15
<211> 234
<212> DNA
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(234)
<400> 15
atg att aac act gcc gtc act ggt gct gaa cct gga ggt aac tgg aat 48
Met Ile Asn Thr Ala Val Thr Gly Ala Glu Pro Gly Gly Asn Trp Asn
1 5 10 15
cca aat atc atg ata agc tgc gct act ata gca aag atg cca cat ccc 96
Pro Asn Ile Met Ile Ser Cys Ala Thr Ile Ala Lys Met Pro His Pro
20 25 30
agt gca cca gca gtt ctt aac cct aat aat atc gct aga atc atg att 144
Ser Ala Pro Ala Val Leu Asn Pro Asn Asn Ile Ala Arg Ile Met Ile
35 40 45
atg att tct atg ata aac aat aac atg gaa gaa tct cct aac tta tgc 192
Met Ile Ser Met Ile Asn Asn Asn Met Glu Glu Ser Pro Asn Leu Cys
50 55 60
cga aca att ttc act tca ata ttt tat cac ttt aat atg taa 234
Arg Thr Ile Phe Thr Ser Ile Phe Tyr His Phe Asn Met
65 70 75
<210> 16
<211> 77
<212> PRT
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<400> 16
Met Ile Asn Thr Ala Val Thr Gly Ala Glu Pro Gly Gly Asn Trp Asn
1 5 10 15
Pro Asn Ile Met Ile Ser Cys Ala Thr Ile Ala Lys Met Pro His Pro
20 25 30
Ser Ala Pro Ala Val Leu Asn Pro Asn Asn Ile Ala Arg Ile Met Ile
35 40 45
Met Ile Ser Met Ile Asn Asn Asn Met Glu Glu Ser Pro Asn Leu Cys
50 55 60
Arg Thr Ile Phe Thr Ser Ile Phe Tyr His Phe Asn Met
65 70 75
<210> 17
<211> 135
<212> DNA
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(135)
<400> 17
atg ccg gaa gtt tcc gga gaa atc gct ttt aat ttt tca gca att tta 48
Met Pro Glu Val Ser Gly Glu Ile Ala Phe Asn Phe Ser Ala Ile Leu
1 5 10 15
gcc gca gct ata aca agt gat aaa gtt gat gta agt aag aaa gca gat 96
Ala Ala Ala Ile Thr Ser Asp Lys Val Asp Val Ser Lys Lys Ala Asp
20 25 30
gca att gta gtt ttg gtg tca aac cag cgt cta atg taa 135
Ala Ile Val Val Leu Val Ser Asn Gln Arg Leu Met
35 40
<210> 18
<211> 44
<212> PRT
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<400> 18
Met Pro Glu Val Ser Gly Glu Ile Ala Phe Asn Phe Ser Ala Ile Leu
1 5 10 15
Ala Ala Ala Ile Thr Ser Asp Lys Val Asp Val Ser Lys Lys Ala Asp
20 25 30
Ala Ile Val Val Leu Val Ser Asn Gln Arg Leu Met
35 40
<210> 19
<211> 117
<212> DNA
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(117)
<400> 19
atg ccg gca cca atc gct tgg ata atc cga gat atc att aaa ata gaa 48
Met Pro Ala Pro Ile Ala Trp Ile Ile Arg Asp Ile Ile Lys Ile Glu
1 5 10 15
aaa gta ggt gaa act gct gct aca aca gat cct ata aga aaa att gcc 96
Lys Val Gly Glu Thr Ala Ala Thr Thr Asp Pro Ile Arg Lys Ile Ala
20 25 30
att gag aaa ata tat aaa tga 117
Ile Glu Lys Ile Tyr Lys
35
<210> 20
<211> 38
<212> PRT
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<400> 20
Met Pro Ala Pro Ile Ala Trp Ile Ile Arg Asp Ile Ile Lys Ile Glu
1 5 10 15
Lys Val Gly Glu Thr Ala Ala Thr Thr Asp Pro Ile Arg Lys Ile Ala
20 25 30
Ile Glu Lys Ile Tyr Lys
35
<210> 21
<211> 753
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 假定蛋白质编码序列(Hypothetical protein coding sequence)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(753)
<400> 21
ttg cct aag aca cct gaa gat ggg aaa cca agt gta gat aag aaa agc 48
Leu Pro Lys Thr Pro Glu Asp Gly Lys Pro Ser Val Asp Lys Lys Ser
1 5 10 15
ttt gta agt gaa act att tta ttt tta ttt atg tcg att cta gga gaa 96
Phe Val Ser Glu Thr Ile Leu Phe Leu Phe Met Ser Ile Leu Gly Glu
20 25 30
gtt ttt ggc tat gaa gat gaa aaa gat gga caa ctt gta cat gat att 144
Val Phe Gly Tyr Glu Asp Glu Lys Asp Gly Gln Leu Val His Asp Ile
35 40 45
tct cca ata aaa gga caa gaa aaa aat ata gaa aat tct ggt tca gat 192
Ser Pro Ile Lys Gly Gln Glu Lys Asn Ile Glu Asn Ser Gly Ser Asp
50 55 60
gtg ttt ttc tct tat cat gta gaa gac gca ata cat cca tat aaa cca 240
Val Phe Phe Ser Tyr His Val Glu Asp Ala Ile His Pro Tyr Lys Pro
65 70 75 80
gat tat ctt gct tta tat tgt ttg aaa tcg gat cat gag aaa ata gct 288
Asp Tyr Leu Ala Leu Tyr Cys Leu Lys Ser Asp His Glu Lys Ile Ala
85 90 95
ata aca gag aca tct tct att agt gaa gca atg aaa aga tta agt acg 336
Ile Thr Glu Thr Ser Ser Ile Ser Glu Ala Met Lys Arg Leu Ser Thr
100 105 110
tca acg ctt aat att ctt aga aaa ccc atg tat gaa tta cat cca cct 384
Ser Thr Leu Asn Ile Leu Arg Lys Pro Met Tyr Glu Leu His Pro Pro
115 120 125
gct tct ttt aat tca agt cat tta tct aga aaa gta tca gta ata gga 432
Ala Ser Phe Asn Ser Ser His Leu Ser Arg Lys Val Ser Val Ile Gly
130 135 140
gga agt caa aag aat cct gaa tta tta att cat gaa aca tta atg caa 480
Gly Ser Gln Lys Asn Pro Glu Leu Leu Ile His Glu Thr Leu Met Gln
145 150 155 160
gga ata gaa gat gaa gca gaa aaa gca tta agt gaa ttg aaa gaa acg 528
Gly Ile Glu Asp Glu Ala Glu Lys Ala Leu Ser Glu Leu Lys Glu Thr
165 170 175
tta ccg gaa gtt tca aat gga gtt caa tta aac cca gga gaa ctt att 576
Leu Pro Glu Val Ser Asn Gly Val Gln Leu Asn Pro Gly Glu Leu Ile
180 185 190
att tta gat aat aat aaa gca gca cat gct aga tca gct ttt aaa ccc 624
Ile Leu Asp Asn Asn Lys Ala Ala His Ala Arg Ser Ala Phe Lys Pro
195 200 205
aga tat gac ggt gaa gat aga tgg cta caa aga atg ttt tct att aat 672
Arg Tyr Asp Gly Glu Asp Arg Trp Leu Gln Arg Met Phe Ser Ile Asn
210 215 220
gac tta aaa gga tta gag gat tac atg aaa gaa gac gaa aat ata ttt 720
Asp Leu Lys Gly Leu Glu Asp Tyr Met Lys Glu Asp Glu Asn Ile Phe
225 230 235 240
gta ccc ttg gtg gat ata tta aaa gac aaa taa 753
Val Pro Leu Val Asp Ile Leu Lys Asp Lys
245 250
<210> 22
<211> 250
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体(Synthetic Construct)
<400> 22
Leu Pro Lys Thr Pro Glu Asp Gly Lys Pro Ser Val Asp Lys Lys Ser
1 5 10 15
Phe Val Ser Glu Thr Ile Leu Phe Leu Phe Met Ser Ile Leu Gly Glu
20 25 30
Val Phe Gly Tyr Glu Asp Glu Lys Asp Gly Gln Leu Val His Asp Ile
35 40 45
Ser Pro Ile Lys Gly Gln Glu Lys Asn Ile Glu Asn Ser Gly Ser Asp
50 55 60
Val Phe Phe Ser Tyr His Val Glu Asp Ala Ile His Pro Tyr Lys Pro
65 70 75 80
Asp Tyr Leu Ala Leu Tyr Cys Leu Lys Ser Asp His Glu Lys Ile Ala
85 90 95
Ile Thr Glu Thr Ser Ser Ile Ser Glu Ala Met Lys Arg Leu Ser Thr
100 105 110
Ser Thr Leu Asn Ile Leu Arg Lys Pro Met Tyr Glu Leu His Pro Pro
115 120 125
Ala Ser Phe Asn Ser Ser His Leu Ser Arg Lys Val Ser Val Ile Gly
130 135 140
Gly Ser Gln Lys Asn Pro Glu Leu Leu Ile His Glu Thr Leu Met Gln
145 150 155 160
Gly Ile Glu Asp Glu Ala Glu Lys Ala Leu Ser Glu Leu Lys Glu Thr
165 170 175
Leu Pro Glu Val Ser Asn Gly Val Gln Leu Asn Pro Gly Glu Leu Ile
180 185 190
Ile Leu Asp Asn Asn Lys Ala Ala His Ala Arg Ser Ala Phe Lys Pro
195 200 205
Arg Tyr Asp Gly Glu Asp Arg Trp Leu Gln Arg Met Phe Ser Ile Asn
210 215 220
Asp Leu Lys Gly Leu Glu Asp Tyr Met Lys Glu Asp Glu Asn Ile Phe
225 230 235 240
Val Pro Leu Val Asp Ile Leu Lys Asp Lys
245 250
<210> 23
<211> 846
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 假定蛋白质编码序列(Hypothetical protein coding sequence)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(846)
<400> 23
atg aac ttt aaa acg aat ttt aaa ggt ttg ttt agt ata gaa aag aaa 48
Met Asn Phe Lys Thr Asn Phe Lys Gly Leu Phe Ser Ile Glu Lys Lys
1 5 10 15
ttt aat gta aat tta ttg cca tct caa ctc aaa tta gaa gat aaa ata 96
Phe Asn Val Asn Leu Leu Pro Ser Gln Leu Lys Leu Glu Asp Lys Ile
20 25 30
aac att ttt tgg gca acg tta atg agg gtt gta ggc tgg ctt tta tat 144
Asn Ile Phe Trp Ala Thr Leu Met Arg Val Val Gly Trp Leu Leu Tyr
35 40 45
aca tta tta att gca agt atg act gaa gtt aaa aat aat aat att att 192
Thr Leu Leu Ile Ala Ser Met Thr Glu Val Lys Asn Asn Asn Ile Ile
50 55 60
ata tac ata tca tgt att ttg ata gta gtc tta tta ata ttt gat ata 240
Ile Tyr Ile Ser Cys Ile Leu Ile Val Val Leu Leu Ile Phe Asp Ile
65 70 75 80
agt tca atc ttt ctt att tct gat gat atg aga aag aaa aat tat aga 288
Ser Ser Ile Phe Leu Ile Ser Asp Asp Met Arg Lys Lys Asn Tyr Arg
85 90 95
tat ttg ttt atc aaa aga gac gaa gaa tat tat cgt tta gat aaa tat 336
Tyr Leu Phe Ile Lys Arg Asp Glu Glu Tyr Tyr Arg Leu Asp Lys Tyr
100 105 110
ttt tac gat att tct gat aaa caa gtt tta caa tat act gta aat gaa 384
Phe Tyr Asp Ile Ser Asp Lys Gln Val Leu Gln Tyr Thr Val Asn Glu
115 120 125
aaa gat atg aaa att gaa aaa aat aat ggc gat cca aaa att gat gag 432
Lys Asp Met Lys Ile Glu Lys Asn Asn Gly Asp Pro Lys Ile Asp Glu
130 135 140
aaa gaa aaa ata gtt gga aaa aag att gtt act gaa aag ata aat agt 480
Lys Glu Lys Ile Val Gly Lys Lys Ile Val Thr Glu Lys Ile Asn Ser
145 150 155 160
gat aaa gtc aat aca ttt atc caa act gat agc gag gct aca tat agt 528
Asp Lys Val Asn Thr Phe Ile Gln Thr Asp Ser Glu Ala Thr Tyr Ser
165 170 175
agc aaa tat att act tta gta cct att gtt caa aac att ata ttg ata 576
Ser Lys Tyr Ile Thr Leu Val Pro Ile Val Gln Asn Ile Ile Leu Ile
180 185 190
ata agt ata ata tta aca gct tgt ttt cat aaa ctt tgg att gtt ata 624
Ile Ser Ile Ile Leu Thr Ala Cys Phe His Lys Leu Trp Ile Val Ile
195 200 205
tta tgt ctt atc ata tat ttt ttg tta aat gga ata ttt aca cta cga 672
Leu Cys Leu Ile Ile Tyr Phe Leu Leu Asn Gly Ile Phe Thr Leu Arg
210 215 220
tta tca tct aat gta aat gaa act tta gaa aat aac aat ata aag caa 720
Leu Ser Ser Asn Val Asn Glu Thr Leu Glu Asn Asn Asn Ile Lys Gln
225 230 235 240
gtt aaa aat aaa gtg aaa aat cat ttt aat gaa gac gaa aat gat aat 768
Val Lys Asn Lys Val Lys Asn His Phe Asn Glu Asp Glu Asn Asp Asn
245 250 255
gtt gga gat aaa aag gat agc tat gaa cac cgt gat aag aat atc aat 816
Val Gly Asp Lys Lys Asp Ser Tyr Glu His Arg Asp Lys Asn Ile Asn
260 265 270
att atc gtt gtt aat gaa cta aaa aag taa 846
Ile Ile Val Val Asn Glu Leu Lys Lys
275 280
<210> 24
<211> 281
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体(Synthetic Construct)
<400> 24
Met Asn Phe Lys Thr Asn Phe Lys Gly Leu Phe Ser Ile Glu Lys Lys
1 5 10 15
Phe Asn Val Asn Leu Leu Pro Ser Gln Leu Lys Leu Glu Asp Lys Ile
20 25 30
Asn Ile Phe Trp Ala Thr Leu Met Arg Val Val Gly Trp Leu Leu Tyr
35 40 45
Thr Leu Leu Ile Ala Ser Met Thr Glu Val Lys Asn Asn Asn Ile Ile
50 55 60
Ile Tyr Ile Ser Cys Ile Leu Ile Val Val Leu Leu Ile Phe Asp Ile
65 70 75 80
Ser Ser Ile Phe Leu Ile Ser Asp Asp Met Arg Lys Lys Asn Tyr Arg
85 90 95
Tyr Leu Phe Ile Lys Arg Asp Glu Glu Tyr Tyr Arg Leu Asp Lys Tyr
100 105 110
Phe Tyr Asp Ile Ser Asp Lys Gln Val Leu Gln Tyr Thr Val Asn Glu
115 120 125
Lys Asp Met Lys Ile Glu Lys Asn Asn Gly Asp Pro Lys Ile Asp Glu
130 135 140
Lys Glu Lys Ile Val Gly Lys Lys Ile Val Thr Glu Lys Ile Asn Ser
145 150 155 160
Asp Lys Val Asn Thr Phe Ile Gln Thr Asp Ser Glu Ala Thr Tyr Ser
165 170 175
Ser Lys Tyr Ile Thr Leu Val Pro Ile Val Gln Asn Ile Ile Leu Ile
180 185 190
Ile Ser Ile Ile Leu Thr Ala Cys Phe His Lys Leu Trp Ile Val Ile
195 200 205
Leu Cys Leu Ile Ile Tyr Phe Leu Leu Asn Gly Ile Phe Thr Leu Arg
210 215 220
Leu Ser Ser Asn Val Asn Glu Thr Leu Glu Asn Asn Asn Ile Lys Gln
225 230 235 240
Val Lys Asn Lys Val Lys Asn His Phe Asn Glu Asp Glu Asn Asp Asn
245 250 255
Val Gly Asp Lys Lys Asp Ser Tyr Glu His Arg Asp Lys Asn Ile Asn
260 265 270
Ile Ile Val Val Asn Glu Leu Lys Lys
275 280
<210> 25
<211> 120
<212> DNA
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(120)
<400> 25
gtg gct aca cca gtg ttt att gat agt gtt ggg gaa gaa gat gaa aag 48
Val Ala Thr Pro Val Phe Ile Asp Ser Val Gly Glu Glu Asp Glu Lys
1 5 10 15
aat gag aga gat tta gaa aag tta agt aaa cta tat cct aat gca gag 96
Asn Glu Arg Asp Leu Glu Lys Leu Ser Lys Leu Tyr Pro Asn Ala Glu
20 25 30
ttt cac att gat gat att agg tag 120
Phe His Ile Asp Asp Ile Arg
35
<210> 26
<211> 39
<212> PRT
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<400> 26
Val Ala Thr Pro Val Phe Ile Asp Ser Val Gly Glu Glu Asp Glu Lys
1 5 10 15
Asn Glu Arg Asp Leu Glu Lys Leu Ser Lys Leu Tyr Pro Asn Ala Glu
20 25 30
Phe His Ile Asp Asp Ile Arg
35
<210> 27
<211> 657
<212> DNA
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(657)
<400> 27
atg gct gtt gga tta ccg cct gca act gct tta ggt aca aat aaa tta 48
Met Ala Val Gly Leu Pro Pro Ala Thr Ala Leu Gly Thr Asn Lys Leu
1 5 10 15
gcg agt tct ttc gga tct ctt aca gct act atc tcc ttt att aga gca 96
Ala Ser Ser Phe Gly Ser Leu Thr Ala Thr Ile Ser Phe Ile Arg Ala
20 25 30
aaa aaa gta aat att aaa ttg atg cct aaa ata ttc cct ttt gtt ttt 144
Lys Lys Val Asn Ile Lys Leu Met Pro Lys Ile Phe Pro Phe Val Phe
35 40 45
ctt gct tct att att gga gct tat gtt gca act gta att cca gcg cga 192
Leu Ala Ser Ile Ile Gly Ala Tyr Val Ala Thr Val Ile Pro Ala Arg
50 55 60
tat ttt aaa cct ttg gcg att ata atg ctt ttt ata gta ttg att tat 240
Tyr Phe Lys Pro Leu Ala Ile Ile Met Leu Phe Ile Val Leu Ile Tyr
65 70 75 80
aca ctc ttt aaa aag gat tgg aac ggt aat aca cta ata aac gaa act 288
Thr Leu Phe Lys Lys Asp Trp Asn Gly Asn Thr Leu Ile Asn Glu Thr
85 90 95
tct aaa tta aaa tta ttt att gtt ttt tcc cta cta ata tta att ggc 336
Ser Lys Leu Lys Leu Phe Ile Val Phe Ser Leu Leu Ile Leu Ile Gly
100 105 110
ttc tat gat ggg ttt tta ggt gga gga aca ggt agt ttc ttt ata ttt 384
Phe Tyr Asp Gly Phe Leu Gly Gly Gly Thr Gly Ser Phe Phe Ile Phe
115 120 125
gtt tta tta att tta gga tta gac ttt tta aaa tct gca gga aat gct 432
Val Leu Leu Ile Leu Gly Leu Asp Phe Leu Lys Ser Ala Gly Asn Ala
130 135 140
aaa gtt tta aat ttt gga agt aat ata ggt gcc ctg ctt tta ttt ata 480
Lys Val Leu Asn Phe Gly Ser Asn Ile Gly Ala Leu Leu Leu Phe Ile
145 150 155 160
tta tta aat aaa gta gat tat tta tta ggt ttc agt atg gct ttg tct 528
Leu Leu Asn Lys Val Asp Tyr Leu Leu Gly Phe Ser Met Ala Leu Ser
165 170 175
atg att gtt gga agc tat att ggt agt tca ttc gca gta aaa aaa ggt 576
Met Ile Val Gly Ser Tyr Ile Gly Ser Ser Phe Ala Val Lys Lys Gly
180 185 190
gtt tca tat gta aaa tta tta ttt ata att gtt act tta ctt ttg tta 624
Val Ser Tyr Val Lys Leu Leu Phe Ile Ile Val Thr Leu Leu Leu Leu
195 200 205
ata aaa aac tta tat gat tat ata ttt cag taa 657
Ile Lys Asn Leu Tyr Asp Tyr Ile Phe Gln
210 215
<210> 28
<211> 218
<212> PRT
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<400> 28
Met Ala Val Gly Leu Pro Pro Ala Thr Ala Leu Gly Thr Asn Lys Leu
1 5 10 15
Ala Ser Ser Phe Gly Ser Leu Thr Ala Thr Ile Ser Phe Ile Arg Ala
20 25 30
Lys Lys Val Asn Ile Lys Leu Met Pro Lys Ile Phe Pro Phe Val Phe
35 40 45
Leu Ala Ser Ile Ile Gly Ala Tyr Val Ala Thr Val Ile Pro Ala Arg
50 55 60
Tyr Phe Lys Pro Leu Ala Ile Ile Met Leu Phe Ile Val Leu Ile Tyr
65 70 75 80
Thr Leu Phe Lys Lys Asp Trp Asn Gly Asn Thr Leu Ile Asn Glu Thr
85 90 95
Ser Lys Leu Lys Leu Phe Ile Val Phe Ser Leu Leu Ile Leu Ile Gly
100 105 110
Phe Tyr Asp Gly Phe Leu Gly Gly Gly Thr Gly Ser Phe Phe Ile Phe
115 120 125
Val Leu Leu Ile Leu Gly Leu Asp Phe Leu Lys Ser Ala Gly Asn Ala
130 135 140
Lys Val Leu Asn Phe Gly Ser Asn Ile Gly Ala Leu Leu Leu Phe Ile
145 150 155 160
Leu Leu Asn Lys Val Asp Tyr Leu Leu Gly Phe Ser Met Ala Leu Ser
165 170 175
Met Ile Val Gly Ser Tyr Ile Gly Ser Ser Phe Ala Val Lys Lys Gly
180 185 190
Val Ser Tyr Val Lys Leu Leu Phe Ile Ile Val Thr Leu Leu Leu Leu
195 200 205
Ile Lys Asn Leu Tyr Asp Tyr Ile Phe Gln
210 215
<210> 29
<211> 144
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 假定蛋白质编码序列(Hypothetical protein coding sequence)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(144)
<400> 29
atg aaa tta cta gat gac aat aat ttt gac tta aaa cta cct att aac 48
Met Lys Leu Leu Asp Asp Asn Asn Phe Asp Leu Lys Leu Pro Ile Asn
1 5 10 15
tat aaa atc aat act gat aat tat aga tca ctt act caa gat aaa tta 96
Tyr Lys Ile Asn Thr Asp Asn Tyr Arg Ser Leu Thr Gln Asp Lys Leu
20 25 30
gat gca tta agt tca tct gat gct aat ttt gat ggt att tgg gat tag 144
Asp Ala Leu Ser Ser Ser Asp Ala Asn Phe Asp Gly Ile Trp Asp
35 40 45
<210> 30
<211> 47
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体(Synthetic Construct)
<400> 30
Met Lys Leu Leu Asp Asp Asn Asn Phe Asp Leu Lys Leu Pro Ile Asn
1 5 10 15
Tyr Lys Ile Asn Thr Asp Asn Tyr Arg Ser Leu Thr Gln Asp Lys Leu
20 25 30
Asp Ala Leu Ser Ser Ser Asp Ala Asn Phe Asp Gly Ile Trp Asp
35 40 45
<210> 31
<211> 114
<212> DNA
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(114)
<400> 31
atg aat ctt tta atc aga gaa ttg gaa aat cat tca aga gaa gtt gga 48
Met Asn Leu Leu Ile Arg Glu Leu Glu Asn His Ser Arg Glu Val Gly
1 5 10 15
ctc ata gca tat aat aaa gaa ata ttg caa aaa gta tgg agt att tta 96
Leu Ile Ala Tyr Asn Lys Glu Ile Leu Gln Lys Val Trp Ser Ile Leu
20 25 30
agt gaa tac ata gtg taa 114
Ser Glu Tyr Ile Val
35
<210> 32
<211> 37
<212> PRT
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<400> 32
Met Asn Leu Leu Ile Arg Glu Leu Glu Asn His Ser Arg Glu Val Gly
1 5 10 15
Leu Ile Ala Tyr Asn Lys Glu Ile Leu Gln Lys Val Trp Ser Ile Leu
20 25 30
Ser Glu Tyr Ile Val
35
<210> 33
<211> 204
<212> DNA
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(204)
<400> 33
ttg aga gat cca agc caa aca tta ttg att aaa aag tta aaa ggt ata 48
Leu Arg Asp Pro Ser Gln Thr Leu Leu Ile Lys Lys Leu Lys Gly Ile
1 5 10 15
tat ttc aag gct ttt cta act tca tca cca tat tct gga att aat gga 96
Tyr Phe Lys Ala Phe Leu Thr Ser Ser Pro Tyr Ser Gly Ile Asn Gly
20 25 30
act aaa tta gtt gct ata ggt acg att aat ata aga aaa acc cca att 144
Thr Lys Leu Val Ala Ile Gly Thr Ile Asn Ile Arg Lys Thr Pro Ile
35 40 45
gaa aat act aaa gaa gaa ctt ttt act aat aaa gta att aga aat aga 192
Glu Asn Thr Lys Glu Glu Leu Phe Thr Asn Lys Val Ile Arg Asn Arg
50 55 60
aat aga cca taa 204
Asn Arg Pro
65
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<211> 67
<212> PRT
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<400> 34
Leu Arg Asp Pro Ser Gln Thr Leu Leu Ile Lys Lys Leu Lys Gly Ile
1 5 10 15
Tyr Phe Lys Ala Phe Leu Thr Ser Ser Pro Tyr Ser Gly Ile Asn Gly
20 25 30
Thr Lys Leu Val Ala Ile Gly Thr Ile Asn Ile Arg Lys Thr Pro Ile
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50 55 60
Asn Arg Pro
65
<210> 35
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 假定蛋白质编码序列(Hypothetical protein coding sequence)
<220>
<221> CDS
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<400> 35
atg aaa aag atg tgg tta cca att ata act aca atc ata gta gct ata 48
Met Lys Lys Met Trp Leu Pro Ile Ile Thr Thr Ile Ile Val Ala Ile
1 5 10 15
att ata gta tta atc att tta aaa aag aca aat cat tta tat ttt aac 96
Ile Ile Val Leu Ile Ile Leu Lys Lys Thr Asn His Leu Tyr Phe Asn
20 25 30
aac ttg gat aca tat aaa gtt tat aaa gtg gaa gat aga aaa gac att 144
Asn Leu Asp Thr Tyr Lys Val Tyr Lys Val Glu Asp Arg Lys Asp Ile
35 40 45
tct ggt aag ggt atc gtt ttt cct gaa cat gtt aaa gtg tat aaa att 192
Ser Gly Lys Gly Ile Val Phe Pro Glu His Val Lys Val Tyr Lys Ile
50 55 60
aat aaa aat ata gga gaa tat att aga cca caa att aaa gat ttt aga 240
Asn Lys Asn Ile Gly Glu Tyr Ile Arg Pro Gln Ile Lys Asp Phe Arg
65 70 75 80
aaa gtg aaa aaa ggt act ccc ctt att tat tat gat act aat agt agc 288
Lys Val Lys Lys Gly Thr Pro Leu Ile Tyr Tyr Asp Thr Asn Ser Ser
85 90 95
aac agg cct aat cta gtg gat aat att aat aac gtt aaa gaa gat tta 336
Asn Arg Pro Asn Leu Val Asp Asn Ile Asn Asn Val Lys Glu Asp Leu
100 105 110
aat cgt gat tat caa aac gta gct aaa cac aat agc agt agt tat caa 384
Asn Arg Asp Tyr Gln Asn Val Ala Lys His Asn Ser Ser Ser Tyr Gln
115 120 125
aag caa ata tct aat gat tac caa agg tta ttt aaa gct caa caa aaa 432
Lys Gln Ile Ser Asn Asp Tyr Gln Arg Leu Phe Lys Ala Gln Gln Lys
130 135 140
tta aat cag cat gat aat ctg tct agt aaa gat ata tat gca gct ttt 480
Leu Asn Gln His Asp Asn Leu Ser Ser Lys Asp Ile Tyr Ala Ala Phe
145 150 155 160
aat ggt gaa gtg aaa att agt aat tca att agc ggt aaa aat ggt gac 528
Asn Gly Glu Val Lys Ile Ser Asn Ser Ile Ser Gly Lys Asn Gly Asp
165 170 175
gaa att tta aaa tta gtt tct aca aag tca gtt att aag atg aga gct 576
Glu Ile Leu Lys Leu Val Ser Thr Lys Ser Val Ile Lys Met Arg Ala
180 185 190
tca caa tat ata gtt aat aag ata aaa aaa gga agt aac gtt aac ttt 624
Ser Gln Tyr Ile Val Asn Lys Ile Lys Lys Gly Ser Asn Val Asn Phe
195 200 205
aaa tta gat agt gac agt gaa aat gta aaa ggt aag gtc cag tct att 672
Lys Leu Asp Ser Asp Ser Glu Asn Val Lys Gly Lys Val Gln Ser Ile
210 215 220
gat aac tta cct ata aat atg aaa aaa gaa cgt tac tat aaa aac tat 720
Asp Asn Leu Pro Ile Asn Met Lys Lys Glu Arg Tyr Tyr Lys Asn Tyr
225 230 235 240
gaa cct aaa tat atg att aca att tct gat tta aat cat ggt gtg aga 768
Glu Pro Lys Tyr Met Ile Thr Ile Ser Asp Leu Asn His Gly Val Arg
245 250 255
gca gga ttt act ggg aaa gta acg att cct tat aat atg att gaa att 816
Ala Gly Phe Thr Gly Lys Val Thr Ile Pro Tyr Asn Met Ile Glu Ile
260 265 270
cct caa aat agt atc att aat aaa aat tat gtt ttt ata gtt aat aag 864
Pro Gln Asn Ser Ile Ile Asn Lys Asn Tyr Val Phe Ile Val Asn Lys
275 280 285
gat aat tat gta caa aaa cgt aga gtt aaa ata gta aag att aaa aat 912
Asp Asn Tyr Val Gln Lys Arg Arg Val Lys Ile Val Lys Ile Lys Asn
290 295 300
aaa ctc att gct aag aaa gga tta aaa tta ggt gat cga gtc att gaa 960
Lys Leu Ile Ala Lys Lys Gly Leu Lys Leu Gly Asp Arg Val Ile Glu
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aaa cct aaa aga tct tta caa gaa gga caa caa att aat att aaa taa 1008
Lys Pro Lys Arg Ser Leu Gln Glu Gly Gln Gln Ile Asn Ile Lys
325 330 335
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<211> 335
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体(Synthetic Construct)
<400> 36
Met Lys Lys Met Trp Leu Pro Ile Ile Thr Thr Ile Ile Val Ala Ile
1 5 10 15
Ile Ile Val Leu Ile Ile Leu Lys Lys Thr Asn His Leu Tyr Phe Asn
20 25 30
Asn Leu Asp Thr Tyr Lys Val Tyr Lys Val Glu Asp Arg Lys Asp Ile
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Ser Gly Lys Gly Ile Val Phe Pro Glu His Val Lys Val Tyr Lys Ile
50 55 60
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Lys Val Lys Lys Gly Thr Pro Leu Ile Tyr Tyr Asp Thr Asn Ser Ser
85 90 95
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100 105 110
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115 120 125
Lys Gln Ile Ser Asn Asp Tyr Gln Arg Leu Phe Lys Ala Gln Gln Lys
130 135 140
Leu Asn Gln His Asp Asn Leu Ser Ser Lys Asp Ile Tyr Ala Ala Phe
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Asn Gly Glu Val Lys Ile Ser Asn Ser Ile Ser Gly Lys Asn Gly Asp
165 170 175
Glu Ile Leu Lys Leu Val Ser Thr Lys Ser Val Ile Lys Met Arg Ala
180 185 190
Ser Gln Tyr Ile Val Asn Lys Ile Lys Lys Gly Ser Asn Val Asn Phe
195 200 205
Lys Leu Asp Ser Asp Ser Glu Asn Val Lys Gly Lys Val Gln Ser Ile
210 215 220
Asp Asn Leu Pro Ile Asn Met Lys Lys Glu Arg Tyr Tyr Lys Asn Tyr
225 230 235 240
Glu Pro Lys Tyr Met Ile Thr Ile Ser Asp Leu Asn His Gly Val Arg
245 250 255
Ala Gly Phe Thr Gly Lys Val Thr Ile Pro Tyr Asn Met Ile Glu Ile
260 265 270
Pro Gln Asn Ser Ile Ile Asn Lys Asn Tyr Val Phe Ile Val Asn Lys
275 280 285
Asp Asn Tyr Val Gln Lys Arg Arg Val Lys Ile Val Lys Ile Lys Asn
290 295 300
Lys Leu Ile Ala Lys Lys Gly Leu Lys Leu Gly Asp Arg Val Ile Glu
305 310 315 320
Lys Pro Lys Arg Ser Leu Gln Glu Gly Gln Gln Ile Asn Ile Lys
325 330 335
<210> 37
<211> 282
<212> DNA
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(282)
<400> 37
gtg caa gaa act cat tac gaa ttt aat ata gat gat gaa tta aga aaa 48
Val Gln Glu Thr His Tyr Glu Phe Asn Ile Asp Asp Glu Leu Arg Lys
1 5 10 15
cta ggt tta tta gtt gga ata tcc gaa gaa atg tac tac tgc tca att 96
Leu Gly Leu Leu Val Gly Ile Ser Glu Glu Met Tyr Tyr Cys Ser Ile
20 25 30
agt cga ata tca aca ttg tat ctt gaa aac ttt gga act aaa tgg gta 144
Ser Arg Ile Ser Thr Leu Tyr Leu Glu Asn Phe Gly Thr Lys Trp Val
35 40 45
gca tgg cgt gaa act tat gat ttt aag aat gat aaa aga gta tcg cac 192
Ala Trp Arg Glu Thr Tyr Asp Phe Lys Asn Asp Lys Arg Val Ser His
50 55 60
aga ata ata gca aat ggc agt ttt gaa tta gta gct gca aga act aaa 240
Arg Ile Ile Ala Asn Gly Ser Phe Glu Leu Val Ala Ala Arg Thr Lys
65 70 75 80
aac tat tta aac tac att aaa aga aag cag gga ata aaa tga 282
Asn Tyr Leu Asn Tyr Ile Lys Arg Lys Gln Gly Ile Lys
85 90
<210> 38
<211> 93
<212> PRT
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<400> 38
Val Gln Glu Thr His Tyr Glu Phe Asn Ile Asp Asp Glu Leu Arg Lys
1 5 10 15
Leu Gly Leu Leu Val Gly Ile Ser Glu Glu Met Tyr Tyr Cys Ser Ile
20 25 30
Ser Arg Ile Ser Thr Leu Tyr Leu Glu Asn Phe Gly Thr Lys Trp Val
35 40 45
Ala Trp Arg Glu Thr Tyr Asp Phe Lys Asn Asp Lys Arg Val Ser His
50 55 60
Arg Ile Ile Ala Asn Gly Ser Phe Glu Leu Val Ala Ala Arg Thr Lys
65 70 75 80
Asn Tyr Leu Asn Tyr Ile Lys Arg Lys Gln Gly Ile Lys
85 90
<210> 39
<211> 822
<212> DNA
<213> 解糖葡萄球菌(Staphylococcus saccharolyticus)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(822)
<400> 39
atg aaa atg tac aat gca gca aag aat ctc ctt agt aaa gat gtg caa 48
Met Lys Met Tyr Asn Ala Ala Lys Asn Leu Leu Ser Lys Asp Val Gln
1 5 10 15
gtt gta ccc tta aac gat aat aaa aag cca aca gta tca ttt aag aat 96
Val Val Pro Leu Asn Asp Asn Lys Lys Pro Thr Val Ser Phe Lys Asn
20 25 30
ata act att gat gat gat ttt ata gat aac aat ttt tta gca tat gca 144
Ile Thr Ile Asp Asp Asp Phe Ile Asp Asn Asn Phe Leu Ala Tyr Ala
35 40 45
aag aca aat gta tta ggt gtc cta act cgt ggt tta tgg tgt atc gac 192
Lys Thr Asn Val Leu Gly Val Leu Thr Arg Gly Leu Trp Cys Ile Asp
50 55 60
att gat att aat cat gta aat ggt gaa agt ggc ttt gat agt ttg aaa 240
Ile Asp Ile Asn His Val Asn Gly Glu Ser Gly Phe Asp Ser Leu Lys
65 70 75 80
gac att cct tac tat gct gag ttt gtt tct aat gca caa aat acg cta 288
Asp Ile Pro Tyr Tyr Ala Glu Phe Val Ser Asn Ala Gln Asn Thr Leu
85 90 95
gtg cag aca aca gca agt ggg gga aag cat gta ata ttt aaa aaa cgt 336
Val Gln Thr Thr Ala Ser Gly Gly Lys His Val Ile Phe Lys Lys Arg
100 105 110
gat ggt gtt gaa tac gct cag aaa ata gga tat tta cca tca gta gat 384
Asp Gly Val Glu Tyr Ala Gln Lys Ile Gly Tyr Leu Pro Ser Val Asp
115 120 125
att aaa gca cat gat aat aac tat ttt gta tta gct gga agt aaa aca 432
Ile Lys Ala His Asp Asn Asn Tyr Phe Val Leu Ala Gly Ser Lys Thr
130 135 140
gct aaa ggg cta tac act agt aat aag aaa cca gta atc act tat gat 480
Ala Lys Gly Leu Tyr Thr Ser Asn Lys Lys Pro Val Ile Thr Tyr Asp
145 150 155 160
ggt gaa ttt gaa gat cgc att ttt tca aaa cgt gga aat tat cta caa 528
Gly Glu Phe Glu Asp Arg Ile Phe Ser Lys Arg Gly Asn Tyr Leu Gln
165 170 175
cag act atg gaa aag ttc tca gta aaa agc gtg ttg cct aat cac aat 576
Gln Thr Met Glu Lys Phe Ser Val Lys Ser Val Leu Pro Asn His Asn
180 185 190
ttt aat cat tta caa cat act ggc aaa ggt gga cta ggt aaa gag gca 624
Phe Asn His Leu Gln His Thr Gly Lys Gly Gly Leu Gly Lys Glu Ala
195 200 205
tac aat cgt gta att aat ggt gaa agc ata gaa cgt aat aat gat gta 672
Tyr Asn Arg Val Ile Asn Gly Glu Ser Ile Glu Arg Asn Asn Asp Val
210 215 220
tat aaa gct att agt tac gct tta caa tgt aac gtg gat ata gag cct 720
Tyr Lys Ala Ile Ser Tyr Ala Leu Gln Cys Asn Val Asp Ile Glu Pro
225 230 235 240
cta aaa gta att att ggt gat gtt aaa gca aat ggt gat gaa ttt act 768
Leu Lys Val Ile Ile Gly Asp Val Lys Ala Asn Gly Asp Glu Phe Thr
245 250 255
tta gaa gag tgg gag gct tca tat aat agt gca aga aac tca tta cga 816
Leu Glu Glu Trp Glu Ala Ser Tyr Asn Ser Ala Arg Asn Ser Leu Arg
260 265 270
att taa 822
Ile
<210> 40
<211> 273
<212> PRT
<213> 解糖葡萄球菌(Staphylococcus saccharolyticus)
<400> 40
Met Lys Met Tyr Asn Ala Ala Lys Asn Leu Leu Ser Lys Asp Val Gln
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Ile Thr Ile Asp Asp Asp Phe Ile Asp Asn Asn Phe Leu Ala Tyr Ala
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Asp Ile Pro Tyr Tyr Ala Glu Phe Val Ser Asn Ala Gln Asn Thr Leu
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Tyr Asn Arg Val Ile Asn Gly Glu Ser Ile Glu Arg Asn Asn Asp Val
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Tyr Lys Ala Ile Ser Tyr Ala Leu Gln Cys Asn Val Asp Ile Glu Pro
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Leu Lys Val Ile Ile Gly Asp Val Lys Ala Asn Gly Asp Glu Phe Thr
245 250 255
Leu Glu Glu Trp Glu Ala Ser Tyr Asn Ser Ala Arg Asn Ser Leu Arg
260 265 270
Ile
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<212> DNA
<213> 解糖葡萄球菌(Staphylococcus saccharolyticus)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(1614)
<400> 41
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Met Asp Glu Val Ser Leu Tyr Lys Lys His Tyr Gln Phe His Ser Lys
1 5 10 15
tta gat aat gtt gat aca cct aat tta tct cgt ata aaa gaa att agt 96
Leu Asp Asn Val Asp Thr Pro Asn Leu Ser Arg Ile Lys Glu Ile Ser
20 25 30
aaa aga att tac ttt gct gca att aca aca gaa aaa caa att ttt aat 144
Lys Arg Ile Tyr Phe Ala Ala Ile Thr Thr Glu Lys Gln Ile Phe Asn
35 40 45
aat aaa gga agt gtt tat cac caa aca aaa gat gaa ttt gca ggt gat 192
Asn Lys Gly Ser Val Tyr His Gln Thr Lys Asp Glu Phe Ala Gly Asp
50 55 60
tac att aat aac ctt act tta gat tat acc ata aaa cct aga gaa ata 240
Tyr Ile Asn Asn Leu Thr Leu Asp Tyr Thr Ile Lys Pro Arg Glu Ile
65 70 75 80
ggt gca gtc tat gga act atc tct gtt aaa aca aca gta gag aac ggt 288
Gly Ala Val Tyr Gly Thr Ile Ser Val Lys Thr Thr Val Glu Asn Gly
85 90 95
gag gag aat aaa gag gca cat ttt aag cct agt aaa aca aat agc tat 336
Glu Glu Asn Lys Glu Ala His Phe Lys Pro Ser Lys Thr Asn Ser Tyr
100 105 110
gca aag ttc att att gat cta att act gaa aaa gtc atc tac tca aaa 384
Ala Lys Phe Ile Ile Asp Leu Ile Thr Glu Lys Val Ile Tyr Ser Lys
115 120 125
gag ttg gat agc ttt atc aaa tta aat agc aat caa tat gaa att ata 432
Glu Leu Asp Ser Phe Ile Lys Leu Asn Ser Asn Gln Tyr Glu Ile Ile
130 135 140
gat aat act aat ttt tca tta gag tat ccg gta gac aat aag tat cat 480
Asp Asn Thr Asn Phe Ser Leu Glu Tyr Pro Val Asp Asn Lys Tyr His
145 150 155 160
att aat gat ttt ctt gat gta atg cta gaa gtc tac aaa gag tat ttc 528
Ile Asn Asp Phe Leu Asp Val Met Leu Glu Val Tyr Lys Glu Tyr Phe
165 170 175
att aat gat tat caa tat aat att tat cct tac gct ttc gca ggt aat 576
Ile Asn Asp Tyr Gln Tyr Asn Ile Tyr Pro Tyr Ala Phe Ala Gly Asn
180 185 190
gac tgg ata tat aat tgc aga aaa tta gaa ttt gta gat aaa aaa att 624
Asp Trp Ile Tyr Asn Cys Arg Lys Leu Glu Phe Val Asp Lys Lys Ile
195 200 205
act agt aac gat tac tat atc atc aaa tat gat gta gat aag aaa aat 672
Thr Ser Asn Asp Tyr Tyr Ile Ile Lys Tyr Asp Val Asp Lys Lys Asn
210 215 220
ata aac act caa tta gca caa aaa ttt ttt gac tta gta agt gac aat 720
Ile Asn Thr Gln Leu Ala Gln Lys Phe Phe Asp Leu Val Ser Asp Asn
225 230 235 240
gaa cgc agt aag aat aat tta atg ttg gta cac gct tat act atg tat 768
Glu Arg Ser Lys Asn Asn Leu Met Leu Val His Ala Tyr Thr Met Tyr
245 250 255
cga aaa atg aaa ctt att caa gca gaa aaa tgg ttc tta atc aaa gac 816
Arg Lys Met Lys Leu Ile Gln Ala Glu Lys Trp Phe Leu Ile Lys Asp
260 265 270
ttt ggg cga tct ggt aaa ggt tta ttt atg gaa act ttt gaa aaa ctt 864
Phe Gly Arg Ser Gly Lys Gly Leu Phe Met Glu Thr Phe Glu Lys Leu
275 280 285
cta aat gta aac aaa gtc aat ttt gat agc tta tta tca tct ggc ttt 912
Leu Asn Val Asn Lys Val Asn Phe Asp Ser Leu Leu Ser Ser Gly Phe
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gag gct gca aat gaa tgg ctt aac ttt tat ggt gca gat att gct cat 960
Glu Ala Ala Asn Glu Trp Leu Asn Phe Tyr Gly Ala Asp Ile Ala His
305 310 315 320
gca aat gaa aca ggc gaa att aat aaa ggt atg atg aga ata tta cgc 1008
Ala Asn Glu Thr Gly Glu Ile Asn Lys Gly Met Met Arg Ile Leu Arg
325 330 335
aaa ata gct act ggt gag aat att tca ggg cgt ggc ata caa cga aat 1056
Lys Ile Ala Thr Gly Glu Asn Ile Ser Gly Arg Gly Ile Gln Arg Asn
340 345 350
aac gtt aag ttt aaa aat aat gca gta tta att tta gat act aat gaa 1104
Asn Val Lys Phe Lys Asn Asn Ala Val Leu Ile Leu Asp Thr Asn Glu
355 360 365
agt gtt gat act ggt gaa att aca gca aat aga aca cgt aca gtt aaa 1152
Ser Val Asp Thr Gly Glu Ile Thr Ala Asn Arg Thr Arg Thr Val Lys
370 375 380
atc gca ttt aag gat aga cca aag aat gaa act gat gaa gaa cgt tat 1200
Ile Ala Phe Lys Asp Arg Pro Lys Asn Glu Thr Asp Glu Glu Arg Tyr
385 390 395 400
caa gta ttt aaa cca ttt tgg gac ttt gtt aag cct aac ggg aaa aac 1248
Gln Val Phe Lys Pro Phe Trp Asp Phe Val Lys Pro Asn Gly Lys Asn
405 410 415
tca gtc aat gcg tca gta tca ttt tta ata tta agt ctt gag tat ctt 1296
Ser Val Asn Ala Ser Val Ser Phe Leu Ile Leu Ser Leu Glu Tyr Leu
420 425 430
aaa caa ata ggc aga gaa ttt aag ttc aat aac gta aca ctt aaa aac 1344
Lys Gln Ile Gly Arg Glu Phe Lys Phe Asn Asn Val Thr Leu Lys Asn
435 440 445
tat tac acc gaa gat gaa ttg acg gac act caa att ctt atg ctc aaa 1392
Tyr Tyr Thr Glu Asp Glu Leu Thr Asp Thr Gln Ile Leu Met Leu Lys
450 455 460
gtc tta gct aaa caa gat ttt att ttt tca ggt gat gag ata cta caa 1440
Val Leu Ala Lys Gln Asp Phe Ile Phe Ser Gly Asp Glu Ile Leu Gln
465 470 475 480
aaa act att gaa gaa gat tat aaa aat ctg aaa tat aaa aaa gca aaa 1488
Lys Thr Ile Glu Glu Asp Tyr Lys Asn Leu Lys Tyr Lys Lys Ala Lys
485 490 495
gaa gat atg aaa aaa ata gga gtg gct att aac caa cag gaa tgg ata 1536
Glu Asp Met Lys Lys Ile Gly Val Ala Ile Asn Gln Gln Glu Trp Ile
500 505 510
gag gga caa aac act aaa gtt cat aaa gtg aaa aat caa gaa tta ttt 1584
Glu Gly Gln Asn Thr Lys Val His Lys Val Lys Asn Gln Glu Leu Phe
515 520 525
aat atg gct tta gct ttg att gaa act tag 1614
Asn Met Ala Leu Ala Leu Ile Glu Thr
530 535
<210> 42
<211> 537
<212> PRT
<213> 解糖葡萄球菌(Staphylococcus saccharolyticus)
<400> 42
Met Asp Glu Val Ser Leu Tyr Lys Lys His Tyr Gln Phe His Ser Lys
1 5 10 15
Leu Asp Asn Val Asp Thr Pro Asn Leu Ser Arg Ile Lys Glu Ile Ser
20 25 30
Lys Arg Ile Tyr Phe Ala Ala Ile Thr Thr Glu Lys Gln Ile Phe Asn
35 40 45
Asn Lys Gly Ser Val Tyr His Gln Thr Lys Asp Glu Phe Ala Gly Asp
50 55 60
Tyr Ile Asn Asn Leu Thr Leu Asp Tyr Thr Ile Lys Pro Arg Glu Ile
65 70 75 80
Gly Ala Val Tyr Gly Thr Ile Ser Val Lys Thr Thr Val Glu Asn Gly
85 90 95
Glu Glu Asn Lys Glu Ala His Phe Lys Pro Ser Lys Thr Asn Ser Tyr
100 105 110
Ala Lys Phe Ile Ile Asp Leu Ile Thr Glu Lys Val Ile Tyr Ser Lys
115 120 125
Glu Leu Asp Ser Phe Ile Lys Leu Asn Ser Asn Gln Tyr Glu Ile Ile
130 135 140
Asp Asn Thr Asn Phe Ser Leu Glu Tyr Pro Val Asp Asn Lys Tyr His
145 150 155 160
Ile Asn Asp Phe Leu Asp Val Met Leu Glu Val Tyr Lys Glu Tyr Phe
165 170 175
Ile Asn Asp Tyr Gln Tyr Asn Ile Tyr Pro Tyr Ala Phe Ala Gly Asn
180 185 190
Asp Trp Ile Tyr Asn Cys Arg Lys Leu Glu Phe Val Asp Lys Lys Ile
195 200 205
Thr Ser Asn Asp Tyr Tyr Ile Ile Lys Tyr Asp Val Asp Lys Lys Asn
210 215 220
Ile Asn Thr Gln Leu Ala Gln Lys Phe Phe Asp Leu Val Ser Asp Asn
225 230 235 240
Glu Arg Ser Lys Asn Asn Leu Met Leu Val His Ala Tyr Thr Met Tyr
245 250 255
Arg Lys Met Lys Leu Ile Gln Ala Glu Lys Trp Phe Leu Ile Lys Asp
260 265 270
Phe Gly Arg Ser Gly Lys Gly Leu Phe Met Glu Thr Phe Glu Lys Leu
275 280 285
Leu Asn Val Asn Lys Val Asn Phe Asp Ser Leu Leu Ser Ser Gly Phe
290 295 300
Glu Ala Ala Asn Glu Trp Leu Asn Phe Tyr Gly Ala Asp Ile Ala His
305 310 315 320
Ala Asn Glu Thr Gly Glu Ile Asn Lys Gly Met Met Arg Ile Leu Arg
325 330 335
Lys Ile Ala Thr Gly Glu Asn Ile Ser Gly Arg Gly Ile Gln Arg Asn
340 345 350
Asn Val Lys Phe Lys Asn Asn Ala Val Leu Ile Leu Asp Thr Asn Glu
355 360 365
Ser Val Asp Thr Gly Glu Ile Thr Ala Asn Arg Thr Arg Thr Val Lys
370 375 380
Ile Ala Phe Lys Asp Arg Pro Lys Asn Glu Thr Asp Glu Glu Arg Tyr
385 390 395 400
Gln Val Phe Lys Pro Phe Trp Asp Phe Val Lys Pro Asn Gly Lys Asn
405 410 415
Ser Val Asn Ala Ser Val Ser Phe Leu Ile Leu Ser Leu Glu Tyr Leu
420 425 430
Lys Gln Ile Gly Arg Glu Phe Lys Phe Asn Asn Val Thr Leu Lys Asn
435 440 445
Tyr Tyr Thr Glu Asp Glu Leu Thr Asp Thr Gln Ile Leu Met Leu Lys
450 455 460
Val Leu Ala Lys Gln Asp Phe Ile Phe Ser Gly Asp Glu Ile Leu Gln
465 470 475 480
Lys Thr Ile Glu Glu Asp Tyr Lys Asn Leu Lys Tyr Lys Lys Ala Lys
485 490 495
Glu Asp Met Lys Lys Ile Gly Val Ala Ile Asn Gln Gln Glu Trp Ile
500 505 510
Glu Gly Gln Asn Thr Lys Val His Lys Val Lys Asn Gln Glu Leu Phe
515 520 525
Asn Met Ala Leu Ala Leu Ile Glu Thr
530 535
<210> 43
<211> 144
<212> DNA
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(144)
<400> 43
ttg ctt gat gaa gtt gtt att cta tat ttt tca ttt aat ggt ttt ata 48
Leu Leu Asp Glu Val Val Ile Leu Tyr Phe Ser Phe Asn Gly Phe Ile
1 5 10 15
ttt act gta aac gaa aca ata ctt tca ttc cca ctt tta tct gtg gct 96
Phe Thr Val Asn Glu Thr Ile Leu Ser Phe Pro Leu Leu Ser Val Ala
20 25 30
tta act ttt aca att tta ttt gtg cta tta gtt aca tta gga gcc tga 144
Leu Thr Phe Thr Ile Leu Phe Val Leu Leu Val Thr Leu Gly Ala
35 40 45
<210> 44
<211> 47
<212> PRT
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<400> 44
Leu Leu Asp Glu Val Val Ile Leu Tyr Phe Ser Phe Asn Gly Phe Ile
1 5 10 15
Phe Thr Val Asn Glu Thr Ile Leu Ser Phe Pro Leu Leu Ser Val Ala
20 25 30
Leu Thr Phe Thr Ile Leu Phe Val Leu Leu Val Thr Leu Gly Ala
35 40 45
<210> 45
<211> 357
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 假定蛋白质编码序列(Hypothetical protein coding sequence)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(357)
<400> 45
atg aat aaa tta aat aac aaa gat tat aaa aat att gaa ggc aaa ttg 48
Met Asn Lys Leu Asn Asn Lys Asp Tyr Lys Asn Ile Glu Gly Lys Leu
1 5 10 15
aat tac gat cat atc gta aat ggc aaa aag cac att aaa aaa atg agc 96
Asn Tyr Asp His Ile Val Asn Gly Lys Lys His Ile Lys Lys Met Ser
20 25 30
aaa cta tta caa aaa cgt cgt aac aaa gat att tca att att aaa aaa 144
Lys Leu Leu Gln Lys Arg Arg Asn Lys Asp Ile Ser Ile Ile Lys Lys
35 40 45
atg tac cct tat tta aat aat aat gaa att tta gaa atc act aat gat 192
Met Tyr Pro Tyr Leu Asn Asn Asn Glu Ile Leu Glu Ile Thr Asn Asp
50 55 60
tat caa gaa tac aaa aat ctt gtt caa gct act gaa act ttt aca gac 240
Tyr Gln Glu Tyr Lys Asn Leu Val Gln Ala Thr Glu Thr Phe Thr Asp
65 70 75 80
ttt cct agc att tac gaa ggt tct aat att agt aaa ttc tta act gaa 288
Phe Pro Ser Ile Tyr Glu Gly Ser Asn Ile Ser Lys Phe Leu Thr Glu
85 90 95
gat gat att gca gat tta aaa atg gct gtt gaa gaa atg cta gct ttt 336
Asp Asp Ile Ala Asp Leu Lys Met Ala Val Glu Glu Met Leu Ala Phe
100 105 110
gtt gaa aga ttg gag gag tag 357
Val Glu Arg Leu Glu Glu
115
<210> 46
<211> 118
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体(Synthetic Construct)
<400> 46
Met Asn Lys Leu Asn Asn Lys Asp Tyr Lys Asn Ile Glu Gly Lys Leu
1 5 10 15
Asn Tyr Asp His Ile Val Asn Gly Lys Lys His Ile Lys Lys Met Ser
20 25 30
Lys Leu Leu Gln Lys Arg Arg Asn Lys Asp Ile Ser Ile Ile Lys Lys
35 40 45
Met Tyr Pro Tyr Leu Asn Asn Asn Glu Ile Leu Glu Ile Thr Asn Asp
50 55 60
Tyr Gln Glu Tyr Lys Asn Leu Val Gln Ala Thr Glu Thr Phe Thr Asp
65 70 75 80
Phe Pro Ser Ile Tyr Glu Gly Ser Asn Ile Ser Lys Phe Leu Thr Glu
85 90 95
Asp Asp Ile Ala Asp Leu Lys Met Ala Val Glu Glu Met Leu Ala Phe
100 105 110
Val Glu Arg Leu Glu Glu
115
<210> 47
<211> 750
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 假定蛋白质编码序列(Hypothetical protein coding sequence)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(750)
<400> 47
atg cta aac ttt gag tta aag aaa cac tta aaa gat aaa gat atg act 48
Met Leu Asn Phe Glu Leu Lys Lys His Leu Lys Asp Lys Asp Met Thr
1 5 10 15
att agt gaa tta agc gaa aaa act gga ata tca aga aat tct tta gga 96
Ile Ser Glu Leu Ser Glu Lys Thr Gly Ile Ser Arg Asn Ser Leu Gly
20 25 30
tta tta ata aat gga aaa agt aga gga gtt caa ttt gaa aca ctt gaa 144
Leu Leu Ile Asn Gly Lys Ser Arg Gly Val Gln Phe Glu Thr Leu Glu
35 40 45
aaa att tct aga gtt atg aat gta gat atc aaa aat tta ttt tca atg 192
Lys Ile Ser Arg Val Met Asn Val Asp Ile Lys Asn Leu Phe Ser Met
50 55 60
act ttt gac ttt ata gaa ata tct gca aaa aat gaa aaa tta cgt agt 240
Thr Phe Asp Phe Ile Glu Ile Ser Ala Lys Asn Glu Lys Leu Arg Ser
65 70 75 80
tct gaa gta gga gtt gat tac aat gcg tct tat gat ttt aaa caa tta 288
Ser Glu Val Gly Val Asp Tyr Asn Ala Ser Tyr Asp Phe Lys Gln Leu
85 90 95
gtc tgt aat atg aat ata gat gga aca gaa tat gaa ttt tct gtt caa 336
Val Cys Asn Met Asn Ile Asp Gly Thr Glu Tyr Glu Phe Ser Val Gln
100 105 110
tat gaa ata gat tta cag tta aac ata tta aaa gat cat agt tct gaa 384
Tyr Glu Ile Asp Leu Gln Leu Asn Ile Leu Lys Asp His Ser Ser Glu
115 120 125
gtt aaa att act att gat tta aga aag ttt aac tac cta aat tta ttt 432
Val Lys Ile Thr Ile Asp Leu Arg Lys Phe Asn Tyr Leu Asn Leu Phe
130 135 140
tta ccc atc aat tct gac gta gat aat gaa ata gca tat tta act cat 480
Leu Pro Ile Asn Ser Asp Val Asp Asn Glu Ile Ala Tyr Leu Thr His
145 150 155 160
gtt tat ttt ata gac act ata ctc aaa atc aat aaa gat gaa att tta 528
Val Tyr Phe Ile Asp Thr Ile Leu Lys Ile Asn Lys Asp Glu Ile Leu
165 170 175
gaa tta atg ggt aaa ggt ata aaa ata tct tca aat caa att tct tat 576
Glu Leu Met Gly Lys Gly Ile Lys Ile Ser Ser Asn Gln Ile Ser Tyr
180 185 190
gta ata ata aaa gac gct ttt cac att att tca tct ggt att tta tat 624
Val Ile Ile Lys Asp Ala Phe His Ile Ile Ser Ser Gly Ile Leu Tyr
195 200 205
atg aat aat ttc aag att aca caa aaa gag ttt tat gtt aat aaa ctc 672
Met Asn Asn Phe Lys Ile Thr Gln Lys Glu Phe Tyr Val Asn Lys Leu
210 215 220
aaa act agt aat act ata aat tac atc gaa gac tcc aat aaa ata ctt 720
Lys Thr Ser Asn Thr Ile Asn Tyr Ile Glu Asp Ser Asn Lys Ile Leu
225 230 235 240
ttt aca agc agg cat aaa aat gtt aca taa 750
Phe Thr Ser Arg His Lys Asn Val Thr
245
<210> 48
<211> 249
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体(Synthetic Construct)
<400> 48
Met Leu Asn Phe Glu Leu Lys Lys His Leu Lys Asp Lys Asp Met Thr
1 5 10 15
Ile Ser Glu Leu Ser Glu Lys Thr Gly Ile Ser Arg Asn Ser Leu Gly
20 25 30
Leu Leu Ile Asn Gly Lys Ser Arg Gly Val Gln Phe Glu Thr Leu Glu
35 40 45
Lys Ile Ser Arg Val Met Asn Val Asp Ile Lys Asn Leu Phe Ser Met
50 55 60
Thr Phe Asp Phe Ile Glu Ile Ser Ala Lys Asn Glu Lys Leu Arg Ser
65 70 75 80
Ser Glu Val Gly Val Asp Tyr Asn Ala Ser Tyr Asp Phe Lys Gln Leu
85 90 95
Val Cys Asn Met Asn Ile Asp Gly Thr Glu Tyr Glu Phe Ser Val Gln
100 105 110
Tyr Glu Ile Asp Leu Gln Leu Asn Ile Leu Lys Asp His Ser Ser Glu
115 120 125
Val Lys Ile Thr Ile Asp Leu Arg Lys Phe Asn Tyr Leu Asn Leu Phe
130 135 140
Leu Pro Ile Asn Ser Asp Val Asp Asn Glu Ile Ala Tyr Leu Thr His
145 150 155 160
Val Tyr Phe Ile Asp Thr Ile Leu Lys Ile Asn Lys Asp Glu Ile Leu
165 170 175
Glu Leu Met Gly Lys Gly Ile Lys Ile Ser Ser Asn Gln Ile Ser Tyr
180 185 190
Val Ile Ile Lys Asp Ala Phe His Ile Ile Ser Ser Gly Ile Leu Tyr
195 200 205
Met Asn Asn Phe Lys Ile Thr Gln Lys Glu Phe Tyr Val Asn Lys Leu
210 215 220
Lys Thr Ser Asn Thr Ile Asn Tyr Ile Glu Asp Ser Asn Lys Ile Leu
225 230 235 240
Phe Thr Ser Arg His Lys Asn Val Thr
245
<210> 49
<211> 600
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 假定蛋白质编码序列(Hypothetical protein coding sequence)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(600)
<400> 49
ttg tcg att tta att agt ttt ctt agt tta att tta tca act ttc gct 48
Leu Ser Ile Leu Ile Ser Phe Leu Ser Leu Ile Leu Ser Thr Phe Ala
1 5 10 15
ttt tta tat gcg aac aaa aga cat aag ttg aat atg tta gat cat tta 96
Phe Leu Tyr Ala Asn Lys Arg His Lys Leu Asn Met Leu Asp His Leu
20 25 30
gat gat aaa tca gaa tgg aga aaa aaa cta ttt gaa att gca ggt tct 144
Asp Asp Lys Ser Glu Trp Arg Lys Lys Leu Phe Glu Ile Ala Gly Ser
35 40 45
tca aaa att gga atg gga aat tta tat caa ttt aga gct gca tta aga 192
Ser Lys Ile Gly Met Gly Asn Leu Tyr Gln Phe Arg Ala Ala Leu Arg
50 55 60
ttc aca tac aaa aat gaa gat gaa tat tat gaa tat aat tat ttt gag 240
Phe Thr Tyr Lys Asn Glu Asp Glu Tyr Tyr Glu Tyr Asn Tyr Phe Glu
65 70 75 80
tgc atg aac ata att att ata aaa tat tgt gaa aaa tta ata agt caa 288
Cys Met Asn Ile Ile Ile Ile Lys Tyr Cys Glu Lys Leu Ile Ser Gln
85 90 95
aat cga ata gaa gat cac aaa cac aac gaa aac gaa aag gat caa tct 336
Asn Arg Ile Glu Asp His Lys His Asn Glu Asn Glu Lys Asp Gln Ser
100 105 110
tat tta aaa aat tat gaa atg gat tca att aga tta ttt tgt att tac 384
Tyr Leu Lys Asn Tyr Glu Met Asp Ser Ile Arg Leu Phe Cys Ile Tyr
115 120 125
atg tta gca gat cat tgg gaa aaa aaa caa aac aaa aat ttt aaa ttt 432
Met Leu Ala Asp His Trp Glu Lys Lys Gln Asn Lys Asn Phe Lys Phe
130 135 140
aac aat cca gta aaa gaa gta gaa tta tgt ata gac acc tta caa aaa 480
Asn Asn Pro Val Lys Glu Val Glu Leu Cys Ile Asp Thr Leu Gln Lys
145 150 155 160
ttt ctc aat att aat gat aaa aac tat tgt tat aaa tgc cat aaa agt 528
Phe Leu Asn Ile Asn Asp Lys Asn Tyr Cys Tyr Lys Cys His Lys Ser
165 170 175
aaa tta aat aga gat aat ttt tac tgt ttg tat cac caa agt ata agt 576
Lys Leu Asn Arg Asp Asn Phe Tyr Cys Leu Tyr His Gln Ser Ile Ser
180 185 190
ttg ata aat tct atg aca tcc taa 600
Leu Ile Asn Ser Met Thr Ser
195
<210> 50
<211> 199
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体(Synthetic Construct)
<400> 50
Leu Ser Ile Leu Ile Ser Phe Leu Ser Leu Ile Leu Ser Thr Phe Ala
1 5 10 15
Phe Leu Tyr Ala Asn Lys Arg His Lys Leu Asn Met Leu Asp His Leu
20 25 30
Asp Asp Lys Ser Glu Trp Arg Lys Lys Leu Phe Glu Ile Ala Gly Ser
35 40 45
Ser Lys Ile Gly Met Gly Asn Leu Tyr Gln Phe Arg Ala Ala Leu Arg
50 55 60
Phe Thr Tyr Lys Asn Glu Asp Glu Tyr Tyr Glu Tyr Asn Tyr Phe Glu
65 70 75 80
Cys Met Asn Ile Ile Ile Ile Lys Tyr Cys Glu Lys Leu Ile Ser Gln
85 90 95
Asn Arg Ile Glu Asp His Lys His Asn Glu Asn Glu Lys Asp Gln Ser
100 105 110
Tyr Leu Lys Asn Tyr Glu Met Asp Ser Ile Arg Leu Phe Cys Ile Tyr
115 120 125
Met Leu Ala Asp His Trp Glu Lys Lys Gln Asn Lys Asn Phe Lys Phe
130 135 140
Asn Asn Pro Val Lys Glu Val Glu Leu Cys Ile Asp Thr Leu Gln Lys
145 150 155 160
Phe Leu Asn Ile Asn Asp Lys Asn Tyr Cys Tyr Lys Cys His Lys Ser
165 170 175
Lys Leu Asn Arg Asp Asn Phe Tyr Cys Leu Tyr His Gln Ser Ile Ser
180 185 190
Leu Ile Asn Ser Met Thr Ser
195
<210> 51
<211> 435
<212> DNA
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(435)
<400> 51
atg ggc tgt acg act gct gat att tta gcc tgt ttt aat cct aat cta 48
Met Gly Cys Thr Thr Ala Asp Ile Leu Ala Cys Phe Asn Pro Asn Leu
1 5 10 15
tat att ttt tta aga ttt gta tgc gca tta tct aac tct aaa cgc tca 96
Tyr Ile Phe Leu Arg Phe Val Cys Ala Leu Ser Asn Ser Lys Arg Ser
20 25 30
gta tta gat act tta act aaa cgc att tcg gta agc act cta cct aat 144
Val Leu Asp Thr Leu Thr Lys Arg Ile Ser Val Ser Thr Leu Pro Asn
35 40 45
aat cca ctg aag ttc gca att tca gat tgc gta ttg gta gat att ttt 192
Asn Pro Leu Lys Phe Ala Ile Ser Asp Cys Val Leu Val Asp Ile Phe
50 55 60
tgc atc aca cgt ccc aga gga acg atg att aaa ata aat aca gga ata 240
Cys Ile Thr Arg Pro Arg Gly Thr Met Ile Lys Ile Asn Thr Gly Ile
65 70 75 80
gta ata aat gtt aat aaa gtt aat ttc caa tcc atg ata aat agc atg 288
Val Ile Asn Val Asn Lys Val Asn Phe Gln Ser Met Ile Asn Ser Met
85 90 95
act aat gaa cct act aac gtt aaa aca gaa ggc aat aaa tta ggt agc 336
Thr Asn Glu Pro Thr Asn Val Lys Thr Glu Gly Asn Lys Leu Gly Ser
100 105 110
ttt tgt gaa ata aat tca tta atc act ttt gta tca tct gtt aga cga 384
Phe Cys Glu Ile Asn Ser Leu Ile Thr Phe Val Ser Ser Val Arg Arg
115 120 125
ctc att aat tgg cca ctt tca ttt tta tca aag aac ggc att ttt aat 432
Leu Ile Asn Trp Pro Leu Ser Phe Leu Ser Lys Asn Gly Ile Phe Asn
130 135 140
tga 435
<210> 52
<211> 144
<212> PRT
<213> 表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)
<400> 52
Met Gly Cys Thr Thr Ala Asp Ile Leu Ala Cys Phe Asn Pro Asn Leu
1 5 10 15
Tyr Ile Phe Leu Arg Phe Val Cys Ala Leu Ser Asn Ser Lys Arg Ser
20 25 30
Val Leu Asp Thr Leu Thr Lys Arg Ile Ser Val Ser Thr Leu Pro Asn
35 40 45
Asn Pro Leu Lys Phe Ala Ile Ser Asp Cys Val Leu Val Asp Ile Phe
50 55 60
Cys Ile Thr Arg Pro Arg Gly Thr Met Ile Lys Ile Asn Thr Gly Ile
65 70 75 80
Val Ile Asn Val Asn Lys Val Asn Phe Gln Ser Met Ile Asn Ser Met
85 90 95
Thr Asn Glu Pro Thr Asn Val Lys Thr Glu Gly Asn Lys Leu Gly Ser
100 105 110
Phe Cys Glu Ile Asn Ser Leu Ile Thr Phe Val Ser Ser Val Arg Arg
115 120 125
Leu Ile Asn Trp Pro Leu Ser Phe Leu Ser Lys Asn Gly Ile Phe Asn
130 135 140
<210> 53
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 假定蛋白质编码序列(Hypothetical protein coding sequence)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(120)
<400> 53
atg att cta tgg aag aaa tat ggg agc tat gaa atg caa att gca ttt 48
Met Ile Leu Trp Lys Lys Tyr Gly Ser Tyr Glu Met Gln Ile Ala Phe
1 5 10 15
aaa gat ttc aat gaa gat aag caa act att aat gag tat act cat ttt 96
Lys Asp Phe Asn Glu Asp Lys Gln Thr Ile Asn Glu Tyr Thr His Phe
20 25 30
tta gtt cag aaa gaa cta cat tga 120
Leu Val Gln Lys Glu Leu His
35
<210> 54
<211> 39
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体(Synthetic Construct)
<400> 54
Met Ile Leu Trp Lys Lys Tyr Gly Ser Tyr Glu Met Gln Ile Ala Phe
1 5 10 15
Lys Asp Phe Asn Glu Asp Lys Gln Thr Ile Asn Glu Tyr Thr His Phe
20 25 30
Leu Val Gln Lys Glu Leu His
35
<210> 55
<211> 270
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 假定蛋白质编码序列(Hypothetical protein coding sequence)
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(270)
<400> 55
atg gat gat tat aac tct aat aat gat acg aat gat tgg cat gaa atc 48
Met Asp Asp Tyr Asn Ser Asn Asn Asp Thr Asn Asp Trp His Glu Ile
1 5 10 15
att gaa cag ctg aag aac gat aac gag ata ctc aaa tct aac aat caa 96
Ile Glu Gln Leu Lys Asn Asp Asn Glu Ile Leu Lys Ser Asn Asn Gln
20 25 30
gaa ctt cag caa cat att cat cag ctg gaa gac gag ata gac cca atg 144
Glu Leu Gln Gln His Ile His Gln Leu Glu Asp Glu Ile Asp Pro Met
35 40 45
aga caa gaa aat gat gtt ttt cat cat tta tta caa cat ttt gat agt 192
Arg Gln Glu Asn Asp Val Phe His His Leu Leu Gln His Phe Asp Ser
50 55 60
aca gca ttt atg aac ttc aat aca tat cgt gat gat cgc cca tta aaa 240
Thr Ala Phe Met Asn Phe Asn Thr Tyr Arg Asp Asp Arg Pro Leu Lys
65 70 75 80
aat gcg att aaa cga ttg aaa gaa caa taa 270
Asn Ala Ile Lys Arg Leu Lys Glu Gln
85
<210> 56
<211> 89
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成构建体(Synthetic Construct)
<400> 56
Met Asp Asp Tyr Asn Ser Asn Asn Asp Thr Asn Asp Trp His Glu Ile
1 5 10 15
Ile Glu Gln Leu Lys Asn Asp Asn Glu Ile Leu Lys Ser Asn Asn Gln
20 25 30
Glu Leu Gln Gln His Ile His Gln Leu Glu Asp Glu Ile Asp Pro Met
35 40 45
Arg Gln Glu Asn Asp Val Phe His His Leu Leu Gln His Phe Asp Ser
50 55 60
Thr Ala Phe Met Asn Phe Asn Thr Tyr Arg Asp Asp Arg Pro Leu Lys
65 70 75 80
Asn Ala Ile Lys Arg Leu Lys Glu Gln
85
<210> 57
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 引物序列
<400> 57
cgcgcgaaga ccggttac 18
<210> 58
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 局部模板链（Partial template strand）
<220>
<221> misc_feature
<222> (7)..(7)
<223> N is T or G
<400> 58
ggcggcngta accggtcttc gcgcg 25

Claims (24)

1.一种抑制癌前期、癌或肿瘤细胞的生长，迁移，增殖和/或转移或抑制病原体的方法，包括使细胞或病原体与抑制有效量的包含式I(a)化合物或其药学上可接受的盐或前药的组合物接触，
Figure FDA0002219279750000011
其中，
N1-N5是氮原子；
X1-X2是碳原子；
存在在由虚线连接的R基团，或者如果R基团连接到通过双共价键与另一个原子结合的原子，则不存在由虚线连接的R基团；
由直线和虚线二者表示的键表示键可以是单共价键或双共价键；
稠合杂环系统包括三个双键，其中N2或N3与X1形成双键，N4或N5与X2形成双键；
R1是羟基，酯，羧酸或-O-R10；
R2，R4，R5，R7-R9独立地为H，D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基；
R3和R6独立地选自H，D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-杂烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)杂烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C1-C6)-杂炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基，任选取代的杂环，卤化物，羟基，羰基，醛，羧基，酯，烷氧基，羧酰胺，胺，亚胺，叠氮化物，氰基，硝基，亚硝基，硫醇，硫化物，亚砜，砜和磷酸盐；
R10选自D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-杂烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-杂烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C1-C6)-杂炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基和任选取代的杂环。
2.权利要求1所述的方法，其中所述化合物包含式I(b)的通式或其药学上可接受的盐或前药，
Figure FDA0002219279750000021
其中，
N1-N5是氮原子；
X1-X2是碳原子；
存在由虚线连接的R基团，或者如果R基团连接到通过双共价键与另一个原子结合的原子，则不存在由虚线连接的R基团；
由直线和虚线二者表示的键表示键可以是单共价键或双共价键；
稠合杂环系统包括三个双键，其中N2或N3与X1形成双键，并且N4或N5与X2形成双键；
R1是羟基，酯，羧酸或-O-R10；
R2，R4，R5和R7独立地为H，D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基；
R10选自D，任选取代的(C1-C6-烷基，任选取代的(C1-C6)-杂烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-杂烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C1-C6)-杂炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基和任选取代的杂环。
3.权利要求1所述的方法，其中所述化合物包含通式II或其药学上可接受的盐或前药；或式II化合物的互变异构体，或其式II化合物的互变异构体的药学上可接受的盐或前药：
Figure FDA0002219279750000031
4.权利要求1,2或3的方法，其中癌前期，癌或肿瘤细胞选自黑素瘤，鳞状细胞癌，光化性角化病，角化棘皮瘤和基底细胞癌。
5.权利要求1,2或3的方法，其中癌细胞在体内接触。
6.权利要求1,2或3的方法，其中所述接触是通过局部给药。
7.权利要求1,2或3的方法，其中所述组合物还包含化学治疗剂。
8.权利要求1,2或3的方法，其中配制所述组合物用于局部给药。
9.权利要求1,2或3的方法，其中配制所述组合物用于全身给药。
10.权利要求1,2或3的方法，其中所述组合物包含产生式I(a)，I(b)或II的化合物的共生益生菌。
11.权利要求10的方法，其中共生益生菌表达SEQ ID Nos：1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23，25,27,29,31,33,35,37,39,41,43,45,47,49,51,53和/或55中列出的一种或多种序列。
12.权利要求10的方法，其中共生益生菌包括表皮葡萄球菌菌株MO34和/或MO38。
13.一种用于产生或维持皮肤微生物组平衡和/或治疗感染或肿瘤的局部益生菌组合物，该组合物包含治疗有效量或抑制有效量的一种或多种具有式I(a)结构的化合物或其药学上可接受的盐或前药，
Figure FDA0002219279750000041
其中，
N1-N5是氮原子；
X1-X2是碳原子；
存在由虚线连接的R基团，或者如果R基团连接到通过双共价键与另一个原子结合的原子，则不存在由虚线连接的R基团；
由直线和虚线二者表示的键表示键可以是单共价键或双共价键；
稠合杂环系统包括三个双键，其中N2或N3与X1形成双键，N4或N5与X2形成双键；
R1是羟基，酯，羧酸或-O-R10；
R2，R4，R5，R7-R9独立地为H，D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基；
R3和R6独立地选自H，D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-杂烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-杂烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C1-C6)-杂炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基，任选取代的杂环，卤化物，羟基，羰基，醛，羧基，酯，烷氧基，羧酰胺，胺，亚胺，叠氮化物，氰基，硝基，亚硝基，硫醇，硫化物，亚砜，砜和磷酸盐；
R10选自D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-杂烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-杂烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C1-C6)-杂炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基和任选取代的杂环。
14.根据权利要求13所述的局部益生菌组合物，其中所述化合物包含式I(b)的通式或其药学上可接受的盐或前药，
其中，
N1-N5是氮原子；
X1-X2是碳原子；
存在由虚线连接的R基团，或者如果R基团连接到通过双共价键与另一个原子结合的原子，则不存在由虚线连接的R基团；
由直线和虚线二者表示的键表示键可以是单共价键或双共价键；
稠合杂环系统包括三个双键，其中N2或N3与X1形成双键，并且N4或N5与X2形成双键；
R1是羟基，酯，羧酸或-O-R10；
R2，R4，R5和R7独立地为H，D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基；
R10选自D，任选取代的(C1-C6)-烷基，任选取代的(C1-C6)-杂烷基，任选取代的(C1-C6)-烯基，任选取代的(C1-C6)-杂烯基，任选取代的(C1-C6)-炔基，任选取代的(C1-C6)-杂炔基，任选取代的(C3-C12)环烷基，任选取代的(C4-C12)环烯基，任选取代的芳基和任选取代的杂环。
15.如权利要求13所述的局部益生菌组合物，其中所述化合物包含通式II或其药学上可接受的盐或前药；或者式II化合物的互变异构体或式II化合物的互变异构体的药学上可接受的盐或前药
Figure FDA0002219279750000061
16.权利要求13中任一项的局部益生菌组合物，包含至少一种益生菌共生皮肤细菌。
17.权利要求16的局部益生菌组合物，其中益生菌共生皮肤细菌是表皮葡萄球菌菌株MO34和/或MO38。
18.权利要求13-16中任一项的局部益生菌组合物，其中将所述组合物配制成洗剂，摇动乳液，乳膏，软膏，凝胶，泡沫，粉末，固体，糊剂或酊剂。
19.一种绷带或敷料，其包含权利要求13-16中任一项的局部益生菌组合物。
20.一种治疗由UV辐射引起的皮肤损伤的方法，包括使皮肤与权利要求13-16中任一项的局部益生菌组合物接触。
21.一种药物组合物，其包含式I(a)，I(b)和/或II的化合物以及一种或多种药学上可接受的载体。
22.权利要求21的药物组合物，还包含一种或多种化学治疗剂。
23.如权利要求21或22所述的药物组合物，其中所述组合物适用于口服，肠胃外或局部给药。
24.如权利要求23所述的药物组合物，其中局部剂型是乳膏，软膏，凝胶，喷雾剂或洗剂的形式。
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