CN110527742A - 与低盐条件下小麦穗长相关的kasp标记及其应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种与低盐条件下小麦穗长相关的KASP标记及其应用。本发明提供了检测SNP标记AX‑111449179的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定小麦穗长中的应用；所述SNP标记AX‑111449179为位于小麦7A染色体上的第22745792位核苷酸，其为C或T。本发明开发出与低盐条件下小麦穗长相关的SNP标记AX‑111449179相关联的KASP标记，为选育高产稳产品质优良的耐盐小麦品种奠定理论基础且提供分子辅助选择手段。

Description

与低盐条件下小麦穗长相关的KASP标记及其应用
技术领域
本发明涉及生物技术领域，具体涉及与低盐条件下小麦穗长相关的KASP标记及其应用。
背景技术
小麦是世界上最重要的粮食作物之一，全球约有35％的人口以小麦为主食。中国是小麦生产和消费大国，小麦产量对中国的粮食安全有着至关重要的作用。中国盐渍化土壤总面积为14.87亿亩(约合1亿公顷)，如何利用面积广大的盐碱地等中低产田，有效提高小麦总产量是人们亟待解决的重大问题。小麦穗部性状对小麦产量有着直接或间接的影响。小麦穗长属于多基因控制的数量性状，相较于小穗数和穗密度等其他穗部性状，小麦穗长的遗传力较高。在小麦育种工作中，穗部性状如穗长等，因其易于早期观察等特点，常作为小麦育种环节中的一个重要指标进行选择和研究。
分子标记辅助选择是指在作物改良过程中应用分子标记来进行选择的一种辅助手段。借助于与目标基因紧密连锁的某个分子标记，通过检测分子标记的基因型，就能获知目标基因的基因型。利用分子标记对个体进行目标区域以及全基因组筛选，可加速育种进程，减少育种工作量，达到提高育种效率的目的。
单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)是指在基因组水平上单个核苷酸的变异形成的DNA序列多态性。SNP可以稳定遗传，并且分布广泛，多态性丰富，易于实现自动化分析。目前SNP检测的方法主要有两种：简化基因组测序和SNP芯片。但是当通过连锁分析或关联分析获得与目标性状连锁的SNP标记后，检测其他材料是否含有该优良位点时，简化基因组测序或高密度SNP芯片技术成本显然太高，且没有必要。竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR，KASP)技术可以基于引物末端碱基的特异匹配实现SNP分型以及插入和缺失的检测(Insertions and Deletions，InDels)。KASP技术是英国LGC(Laboratory of the Government Chemist政府化学家实验室)有限公司开发的，目前已经成为国际上SNP分析的主流方法之一。与Taqman探针相比，KASP方法可以通过通用荧光探针来替代针对位点的荧光探针，大大节约成本。
因此，筛选出与穗长相关的标记，特别是低盐条件下与穗长相关的标记，并利用该标记筛选穗长性状优良的小麦品种，为选育高产稳产品质优良的耐盐小麦品种奠定了理论基础，并提供分子辅助选择手段。
发明内容
本发明所要解决的技术问题为如何开发与小麦穗长，特别是低盐条件下穗长相关的KASP标记，以选育出高产的耐盐小麦品种。
为解决上述问题，本发明提供了检测SNP标记AX-111449179的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定小麦穗长中的应用；
所述SNP标记AX-111449179为位于小麦7A染色体上的第22745792位核苷酸，其为C或T。
上述应用中，所述鉴定或辅助鉴定小麦穗长中的应用为鉴定或辅助鉴定低盐条件下小麦穗长中的应用。
上述检测SNP标记AX-111449179的多态性或基因型的物质在小麦育种中的应用尤其是耐盐小麦育种中的应用也在本发明的保护范围之内。
上述应用中，所述小麦育种为培育长穗长的耐盐小麦品种。
上述应用中，所述SNP标记AX-111449179对应序列表中序列1的第106位核苷酸。
上述应用中，所述检测SNP标记AX-111449179的多态性或基因型具体可为检测小麦基因组中SNP标记AX-111449179的核苷酸种类。所述SNP标记AX-111449179的基因型是CC、TT或CT。其中，所述CC基因型是小麦基因组中所述SNP标记AX-111449179为C的纯合型，TT基因型是小麦基因组中所述SNP标记AX-111449179为T的纯合型，CT基因型是小麦基因组中所述SNP标记AX-111449179为C和T的杂合型。
上述应用中，所述检测SNP标记AX-111449179的多态性或基因型的物质如下A1)或A2)或A3)：
A1)成套引物，所述成套引物由序列表中序列2所示的单链DNA分子或其衍生物、序列表中序列3所示的单链DNA分子或其衍生物和序列表中序列4所示的单链DNA分子组成；
A2)含有所述成套引物的PCR试剂；
A3)含有A1)或A2)的试剂盒；
所述序列表中序列2所示的单链DNA分子的衍生物为序列2所示的单链DNA分子的5′端连接一种荧光标签得到的；
所述序列表中序列3所示的单链DNA分子的衍生物为序列3所示的单链DNA分子的5′端连接另一种荧光标签得到的。
其中，所述序列表中序列2所示的单链DNA分子的衍生物中所述荧光标签可为FAM或HEX；
在本发明具体实施方式中，所述序列表中序列2所示的单链DNA分子的衍生物具体为FAM-KASP-F1，其核苷酸序列是5′-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTTAGTATATCCGAACCTGGAAAGTAAGC-3′(带下划线的序列为荧光标签FAM)。
所述序列表中序列3所示的单链DNA分子的衍生物中所述荧光标签可为HEX或FAM。
在本发明具体实施方式中，所述序列表中序列3所示的单链DNA分子的衍生物具体为HEX-KASP-F2，其核苷酸序列是5′-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTATTTAGTATATCCGAACCTGGAAAGTAAGT-3′(带下划线的序列为荧光标签HEX)
本发明还提供了一种产品。
上述产品为上述检测SNP标记AX-111449179的多态性或基因型的物质；
其具有如下1)或2)或3)或4)或5)或6)至少一种功能：
1)鉴定或辅助鉴定小麦的穗长；
2)鉴定或辅助鉴定低盐条件下小麦的穗长；
3)长穗长小麦的育种；
4)长穗长耐盐小麦的育种；
5)选育长穗长的小麦；
6)选育长穗长的耐盐小麦。
本发明还进一步提供了一种鉴定或辅助鉴定小麦穗长的方法。
一种鉴定或辅助鉴定低盐条件下小麦穗长的方法为检测待测小麦的SNP标记AX-111449179的基因型，根据基因型确定所述待测小麦的穗长；
SNP标记AX-111449179的基因型为CC的待测小麦的穗长大于SNP标记AX-111449179的基因型为TT的待测小麦；
其中，所述CC基因型是小麦基因组中所述SNP标记AX-111449179为C的纯合型，TT基因型是小麦基因组中所述SNP标记AX-111449179为T的纯合型。
一种耐盐小麦的育种方法，包括：检测待测小麦基因组中SNP标记AX-111449179的基因型，选择待测小麦基因组中SNP标记AX-111449179的基因型为CC的小麦进行育种。
上述方法中，检测待测小麦SNP标记AX-111449179的基因型为TT还是CC的方法为如下A)或B)：
A)通过SNP芯片检测小麦SNP标记AX-111449179的基因型；
B)用权利要求1-4任一中的所述检测SNP标记AX-111449179的基因型的物质对所述待测小麦基因组DNA进行PCR反应获得产物，对产物进行基因分型。
上述方法中，
所述基因分型的方法包括检测所述产物的荧光信号，根据荧光信号确定基因型：若所述产物仅显示序列2所示DNA分子5′端连接荧光标签的颜色，则所述待测小麦SNP标记AX-111449179的基因型为CC；若所述产物仅显示序列3所示DNA分子5′端连接荧光标签的颜色，则所述待测小麦SNP标记AX-111449179的基因型为TT。
本发明中所述低盐条件为土壤中盐的质量百分含量为0.18％-0.2％。
本发明开发出与SNP标记AX-111449179相关联的KASP标记，并证明该KASP标记在149个株系组成的DH群体(旱选10号×鲁麦14)中与在低盐条件下穗长性状显著相关，说明本发明中开发的KASP标记可以对在低盐条件下小麦穗长实现辅助选择作用，为选育高产稳产品质优良的耐盐小麦品种奠定理论基础且提供分子辅助选择手段。
附图说明
图1为低盐条件下穗长位点QSl-7A不同基因型的穗长统计分析
图2为SNP标记AX-111449179对12个随机选择小麦样本的基因分型结果。
图3为SNP标记AX-111449179对DH群体(旱选10号×鲁麦14)149个株系的基因分型结果。
图4分子标记AX-111449179分型结果的穗长统计分析图。“**”表示CC基因型与TT基因型相比具有极显著差异((p＜0.01)
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
下述实施例中旱选10号记载在如下文献：杨志民.选育耐旱小麦品种的实践与理论.山西农业科学，1980，4：5-7.
下述实施例中鲁麦14记载在如下文献：方正等.从鲁麦14号的育成论小麦种质资源改良策略.麦类作物学报，2005，25(6)：121-124.
下述实施例中DH群体(旱选10号×鲁麦14)是以旱选10号为母本、鲁麦14为父本，由中国农业科学研究院作物科学研究所创建，公众可以从中国农业科学研究院作物科学研究所获得，以重复本申请实验，不可作为其他用途使用。
实施例1低盐条件下小麦穗长相关SNP标记的发现与KASP标记开发及检测方法的建立
一、低盐条件下小麦穗长表型鉴定
从收集的小麦种质资源中筛选出的191个品种(系)为研究材料，地理来源包括了14个省区，其中北京17个，河北40个，河南30个，山东34个，山西8个，陕西39个，青海6个，甘肃3个，吉林1个，内蒙古1个，西藏1个，天津1个，安徽1个，四川3个，此外还包括了5个国外引进种以及1个未知来源小麦种质。
2014-2015，2015-2016和2016-2017三个年度，在中国科学院南皮生态农业试验站(116°40′E，38°00′N，海拔11m)对191个小麦品种(系)穗长性状进行鉴定。大田土壤含盐量为0.18％(m/m)。实验采用完全随机区组设计，每个品种(系)以穴播方式种植，即每个品种播种1穴，每穴播种3粒露白的种子，行距23cm，穴距15em。设置5个重复，每个重复中品种随机排列播种。出苗后，生育期无灌溉，田间常规管理，生长期间无严重病虫害和倒伏。成熟后按穴全部收获5个重复，并测量主穗的穗长。
二、基因型扫描与全基因组关联分析
利用小麦660K SNP芯片对191个小麦品种(系)进行全基因组扫描，获得其基因型，并利用软件TASSEL 5.0进行全基因组关联分析，筛选与低盐条件下小麦穗长关联的位点。
采用稍改良的SLS法提取191个小麦品种(系)的DNA。具体步骤如下：
(1)取0.2g新鲜小麦叶片至2mL离心管中(管内提前放入4mm钢珠2颗)，液氮预冷，在组织研磨仪(TissueLyserII，QIAGEN，德国)中研磨至粉末状，加入0.8mL 1％SLS(十二烷基肌氨酸钠)裂解液，剧烈振荡使样品充分混匀，室温静置10min，使细胞充分裂解。
(2)向离心管中加入与裂解液等体积的提取液(酚∶氯仿∶异戊醇＝25∶24∶1)，缓慢摇匀至乳浊液，室温静置10min，12000rpm离心10min后，将上清液转移至新的离心管。再重复此操作1次。
(3)吸取上清液至另一个新的1.5mL离心管，加入上清液0.6倍体积的预冷异丙醇，充分混匀，-20℃沉淀30min，如果沉淀很多，则可瞬时离心，去上清后洗涤。
(4)4℃，10000rpm离心10min后，弃上清，加入1mL 75％乙醇洗涤沉淀，4℃，10000rpm离心5min后，弃上清，再重复洗涤一次。最后用无水乙醇洗涤，离心后弃上清，倒置，室温干燥DNA；
(5)向干燥的DNA中加入100uL 1×TE缓冲液(含RNase A)，溶解DNA。
利用琼脂糖凝胶检测DNA样品的完整性，利用NanoDrop检测DNA浓度与质量(A260/280和A260/230)。检测合格后(DNA总量大于1ug，DNA完整，无RNA污染，A260/280和A260/230符合要求)，根据美国昂飞公司操作手册AXIOM Array 2.0的要求，将样品DNA与小麦660K SNP芯片杂交，对SNP芯片杂交信号进行扫描，使用Affymetrix软件APT1.17.0和SNPolisher1.5.0对原始扫描结果进行解读，得到的原始分型数据经SNP标记质控后，获得191个小麦品种(系)的基因型。质控标准如下：
a)剔除分型成功率(call rate)小于80％的SNPs；
b)剔除较小等位基因频率((Minor Allele Frequency，MAF)小于0.05的SNPs；
c)剔除不符合哈迪-温伯格平衡检验的SNPs；
d)剔除分型成功率(call rate)小于90％的样品。
三、穗长性状的关联分析
利用软件TASSEL5.0，使用混合线性模型MLM，进行全基因组关联分析，在全基因组范围挖掘与小麦低盐条件下穗长性状相关的遗传变异。基于191个小麦品种的质控后SNPs分型结果，使用软件TASSEL5.0中的Analysis选项下的PCA功能进行群体分层评估，构建Q矩阵，参数设置均选择默认值(number of components＝5，minimum eigenvalue＝0.0，totalvariance＝0.5)。使用TASSEL5.0中的Analysis选项下的kinship功能进行群体遗传关系分析，构建K矩阵，参数设置均选择默认值(Kinship method＝Centered_IBS，Max Alleles＝6)。将191个小麦品种的SNPs分型结果与低盐条件下穗长的表型数据整合，结合群体分层Q矩阵和遗传关系K矩阵，在混合线性模型MLM下进行关联分析。结果显示，在7A染色体长臂128.54cM位置处检测到一个与低盐条件下穗长关联的QTL位点(QSl-7A)，该QTL位点包含11个SNPs，对低盐条件下穗长表型变异的解释率为20.20-28.47％。如图1所示，位点QSl-7A的优良等位变异类型(A类型)，可增加小麦穗长0.62-0.89cm。其所含的SNP标记中，AX-111449179对穗长性状的解释率最大，为28.47％，该标记的优良等位类型为CC型，故将这个标记开发为KASP标记，利于对此遗传位点进行分子标记辅助选择。
四、KASP标记开发及验证
(一)KASP标记的开发
将SNP标记AX-111449179的DNA序列与小麦基因组参考序列(iwgsc_refseqv1.0)进行比对后，延伸两端后得到211bp的序列，该序列对应序列1的DNA序列，序列1从左到右为5′→3′，SNP标记AX-111449179位于序列1的第106位，代表C或T。
SNP标记AX-111449179是小麦基因组的一个SNP位点，SNP标记AX-111449179位于小麦7A染色体上的第22745792位(对应于序列1的第106位)，该核苷酸为C或T。
SNP标记AX-111449179的基因型是CC、TT或CT。所述CC基因型是小麦基因组中所述SNP标记AX-111449179为C的纯合型，TT基因型是小麦基因组中所述SNP标记AX-111449179为T的纯合型，CT基因型是小麦基因组中所述SNP标记AX-111449179为C和T的杂合型。
(二)特异引物设计及方法的建立
针对目标SNP标记AX-111449179的两个等位基因，设计成套KASP引物，KASP引物包含2个上游引物和1个通用下游引物，所述上游引物为5′末端添加荧光标签FAM的DNA分子、5′末端添加荧光标签HEX的DNA分子、所述通用下游引物为序列4所示的单链DNA分子；
5′末端添加荧光标签FAM的DNA分子为序列2所示的单链DNA分子(KASP-F1)的5′末端添加荧光标签FAM得到的，即FAM-KASP-F1；
5′末端添加荧光标签HEX的DNA分子为序列3所示的单链DNA分子(KASP-F2)的5′末端添加荧光标签HEX得到的，即HEX-KASP-F2。
SNP标记AX-111449179的引物序列为：
KASP-F1：5′-TTAGTATATCCGAACCTGGAAAGTAAGC-3′(序列2)；
KASP-F2：5′-ATTTAGTATATCCGAACCTGGAAAGTAAGT-3′(序列3)；
KASP-R：5′-GAGAGTGCTCAACGACCCTGAA-3′(序列4)；
荧光标签FAM为5′-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3′；
荧光标签HEX为5′-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3′；
FAM-KASP-F1：
5′-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTTAGTATATCCGAACCTGGAAAGTAAGC-3′(带下划线的序列为荧光标签FAM)；
HEX-KASP-F2：
5′-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTATTTAGTATATCCGAACCTGGAAAGTAAGT-3′(带下划线的序列为荧光标签HEX)。
上述序列2所示的单链DNA分子的5′末端添加荧光标签FAM得到的单链DNA分子(FAM-KASP-F1)与序列4所示的单链DNA分子(KASP-R)扩增SNP位点基因型为CC(即SNP标记AX-111449179为C的纯合型)的片段，携带FAM的序列PCR扩增后的产物经荧光照射显示蓝色；
上述序列3所示的单链DNA分子的5′末端添加荧光标签HEX得到的单链DNA分子(HEX-KASP-F2)与序列4所示的单链DNA分子(KASP-R)扩增SNP位点基因型为TT(即SNP标记AX-111449179为T的纯合型)的片段，携带HEX的序列PCR扩增后的产物经荧光照射显示红色。
(三)SNP分型
利用微流控芯片检测系统(为北京博奥晶典生物技术有限公司产品)进行SNP分型。
具体步骤如下：
(1)按步骤二中稍改良的SLS法提取12个随机选择的小麦样本(见表3)的DNA，这些样本为10个RIL群体(小偃54×京411)的株系及其两个亲本，即小偃54和京411；
(2)配置PCR扩增反应体系，用移液器将配置的反应体系从芯片入口注入到微流控芯片里，并密封进出口。
PCR反应体系如下表1所示：
表1 PCR反应体系
其中，引物Mix由FAM-KASP-F1、HEX-KASP-F2和KASP-R组成，FAM-KASP-F1的终浓度为0.6uM、HEX-KASP-F2的终浓度为0.6uM、KASP-R的终浓度为1.5uM。
将芯片放入到离心机中4000rpm，离心1min。放入芯片热封仪中进行热封1Sec。放入平板PCR仪上进行扩增反应，PCR扩增程序如表2所示：
表2 PCR扩增程序
(3)反应产物经LuxScan-10K/D扫描仪扫描，生成tif文件，通过软件转换成数据信号值，再通过分型软件SNPTyper进行分型。显示蓝色荧光的基因型为CC，显示红色荧光的基因型为TT。结果如图2所示，图中左上方为SNP标记AX-111449179基因型为TT的品种，右下方为SNP标记AX-111449179基因型为CC的品种；表明该标记可以区分SNP标记AX-111449179不同的基因型。经检测，KASP标记分型结果(表3)与小麦55K SNP芯片获得的基因型结果一致，证明开发的KASP标记可以实现SNP标记AX-111449179的成功分型。
表3 KASP标记在12个小麦样本的分型结果与芯片分型比较
注：文献1为：陈桂玲等，2012，小偃6号及其衍生后代品质相关性状基因的分子检测；
文献2为：孙果忠等，2010，我国小麦主推品种穗发芽抗性鉴定及相关分子标记的评价；
文献3为：程建峰等，2009，小偃54和京411及其杂交后代稳定优选株系光合特性的动态变化。
公众可以从中国科学院遗传与发育生物学研究所获得上述样本材料，以重复本申请实验，不可作为其他用途使用。
实施例2 SNP标记AX-111449179在双单倍体群体中的验证
2017-2018年度，在低盐条件下，鉴定DH群体(旱选10号×鲁麦14)149个株系及其两个亲本的穗长性状。试验在中国科学院南皮生态农业试验站(116°40′E，38°00′N，海拔11m)进行，大田土壤含盐量为0.18％(m/m)。实验采用随机区组设计，每个株系种植一个三行区，行长2m，行距20cm，株距10cm。保证出苗后，生育期无灌溉，田间常规管理，生长期间无严重病虫害和倒伏。每个株系收获中间行中长势一致的5个单株。测量主穗穗长。
按实施例1中所稍改良的SLS法提取149个株系的DNA，利用开发成功的KASP标记按照实施例1中方法对149个DNA样品进行SNP分型。
KASP标记分型结果如表4和图3所示，统计结果如图4所示：SNP标记AX-111449179中，63个株系(42.28％)的基因型为CC，与鲁麦14相同；79个株系(53.02％)基因型为TT，与旱选10号相同；7个株系(4.70％)为缺失。根据分型结果，结合低盐条件下DH群体(旱选10号×鲁麦14)的穗长表型数据分析发现，SNP标记AX-111449179的基因型为CC的小麦株系的穗长(8.61±0.12cm(平均值±标准差))显著大于基因型为TT的小麦株系的穗长(8.19±0.10cm(平均值±标准差))。
表4 SNP标记AX-111449179的基因型与小麦穗长情况
注：“--”表示缺失。
综合以上结果，本发明中开发成功的KASP标记在149个株系组成的DH群体(旱选10号×鲁麦14)中与低盐条件下穗长性状显著相关。这表明191个小麦品种组成的自然群体中鉴定得到的与低盐条件下穗长关联的优异等位位点在DH群体(旱选10号×鲁麦14)中同样适用，实验结果与预期一致。说明本发明中开发成功的KASP标记可以对小麦低盐条件下穗长实现辅助选择作用。
以上对本发明进行了详述。对于本领域技术人员来说，在不脱离本发明的宗旨和范围，以及无需进行不必要的实验情况下，可在等同参数、浓度和条件下，在较宽范围内实施本发明。虽然本发明给出了特殊的实施例，应该理解为，可以对本发明作进一步的改进。总之，按本发明的原理，本申请欲包括任何变更、用途或对本发明的改进，包括脱离了本申请中已公开范围，而用本领域已知的常规技术进行的改变。按以下附带的权利要求的范围，可以进行一些基本特征的应用。
SEQUENCE LISTING
<110> 中国科学院遗传与发育生物学研究所
<120> 与低盐条件下小麦穗长相关的KASP标记及其应用
<130> GNCFY191667
<160> 4
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 211
<212> DNA
<213> 小麦（Triticum aestivum L.）
<400> 1
tgatctcttg cgccaggatg tcacgaccgt ccagaatagg tcgccaaatt tgagaaggat 60
gtgaacccaa atcagcattt agtatatccg aacctggaaa gtaagbcgct tttagaattt 120
gagcgcttaa cgattcaggg tcgttgagca ctctccatgc ctgcctagcc agtagtgcca 180
gattgaaaat ctcaatcacg aaacccagac c 211
<210> 2
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ttagtatatc cgaacctgga aagtaagc 28
<210> 3
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
atttagtata tccgaacctg gaaagtaagt 30
<210> 4
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
gagagtgctc aacgaccctg aa 22

Claims (10)

1.检测SNP标记AX-111449179的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定小麦穗长中的应用；
所述SNP标记AX-111449179为位于小麦7A染色体上的第22745792位核苷酸，其为C或T。
2.检测SNP标记AX-111449179的多态性或基因型的物质在小麦育种中的应用；
所述SNP标记AX-111449179为位于小麦7A染色体上的第22745792位核苷酸，其为C或T。
3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述鉴定或辅助鉴定小麦穗长为鉴定或辅助鉴定低盐条件下小麦穗长；
所述小麦育种为培育长穗长的耐盐小麦品种。
4.根据权利要求1-3任一所述的应用，其特征在于：
所述检测SNP标记AX-111449179的多态性或基因型的物质如下A1)或A2)或A3)：
A1)成套引物，所述成套引物由序列表中序列2所示的单链DNA分子或其衍生物、序列表中序列3所示的单链DNA分子或其衍生物和序列表中序列4所示的单链DNA分子组成；
A2)含有所述成套引物的PCR试剂；
A3)含有A1)或A2)的试剂盒。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于：
所述序列表中序列2所示的单链DNA分子的衍生物为序列2所示的单链DNA分子的5′端连接一种荧光标签得到的；
所述序列表中序列3所示的单链DNA分子的衍生物为序列3所示的单链DNA分子的5′端连接另一种荧光标签得到的。
6.一种产品，其特征在于，所述产品为权利要求1-5所述的应用中的所述检测SNP标记AX-111449179的多态性或基因型的物质；
所述产品具有如下1)或2)或3)或4)或5)或6)至少一种功能：
1)鉴定或辅助鉴定小麦的穗长；
2)鉴定或辅助鉴定低盐条件下小麦的穗长；
3)长穗长小麦的育种；
4)长穗长耐盐小麦的育种；
5)选育长穗长的小麦；
6)选育长穗长的耐盐小麦。
7.一种鉴定或辅助低盐条件下鉴定小麦的穗长的方法，其特征在于：所述方法为检测待测小麦的SNP标记AX-111449179的基因型，根据基因型确定所述待测小麦的穗长。
8.一种耐盐小麦的育种方法，包括：检测待测小麦基因组中权利要求1中所述SNP标记AX-111449179的基因型，选择待测小麦基因组中权利要求1中所述SNP标记AX-111449179的基因型为CC的小麦进行育种。
9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于：
所述检测待测小麦SNP标记AX-111449179的基因型为TT还是CC的方法为如下A)或B)：
A)通过SNP芯片检测小麦SNP标记AX-111449179的基因型；
B)用权利要求1-4任一中的所述检测SNP标记AX-111449179的基因型的物质对所述待测小麦基因组DNA进行PCR反应获得产物，对产物进行基因分型。
10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于：
所述基因分型的方法包括检测所述产物的荧光信号，根据荧光信号确定基因型：若所述产物仅显示序列2所示的单链DNA分子的5′端连接的荧光标签的颜色，则所述待测小麦SNP标记AX-111449179的基因型为CC；若所述产物仅显示序列3所示的单链DNA分子的5′端连接的荧光标签的颜色，则所述待测小麦SNP标记AX-111449179的基因型为TT。
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