CN110512015A - 一种肠癌生物标志物组合物及其应用 - Google Patents

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陆敏
张水龙
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Abstract

本发明提供了一种肠癌生物标志物组合物及其应用,所述生物标志物组合物包括梭菌科(Clostridiales Family XI)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、消化链球菌属(Peptostreptococcus)、具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)和微单胞菌属(Parvimonas)。采用本发明确定的微生物的不同组合作为生物标志物组合物,用于结直肠癌和癌前病变的早期诊断和预后监测,准确性高,特异性好,灵敏度强。

Description

一种肠癌生物标志物组合物及其应用
技术领域
本发明属于微生物技术领域,涉及一种肠癌生物标志物组合物及其应用,尤其涉及一种生物标志物组合物及其在结直肠癌诊断和结直肠癌早期筛查中的应用。
背景技术
结直肠癌是消化道最常见的恶性肿瘤之一,流行病学资料显示,结直肠癌已经成为全球第三大常见癌症,致死率排名第四,在中国,随着人们生活方式和饮食习惯的改变,结直肠癌的发生率也在逐年攀升。结直肠癌也是最可预防的肿瘤之一,医学界认为,如果及早发现,结直肠癌是最容易治愈的癌症。结直肠腺瘤是常见的肠道良性肿瘤,起源于结直肠黏膜腺上皮,包括结肠腺瘤和直肠腺瘤。结直肠腺瘤与结直肠癌关系密切,研究认为,至少80%的结直肠癌由结直肠腺瘤演变而来,历时5年以上,平均10~15年。积极诊治结直肠腺瘤是控制和减少结直肠癌的重要途径。报道指出,早期发现和治疗可使结直肠癌的5年生存率提高到90%,病变非局限时期的5年生存率为58%,而晚期的5年生存率只有5%。在我国,超过80%的患者确诊时已发展到中晚期,早期诊断率只有10%。因此,重视结直肠腺瘤的筛查对于结直肠癌早期诊断和结直肠癌预后改善具有重要意义。
传统的结直肠癌筛选方法主要为结肠镜检查,另外还有活体组织检查和脱落细胞学检查,这几种检查方法都是侵入式的,尤其是脱落细胞学检查取材繁琐,不易获得满意的标本,临床应用少。在没有相关症状的情况下,很多人避免进行结直肠癌的早期筛查,其过程痛苦,患者体验差。
CN 109576386 A公开了一种鉴定肠道微生态状态的引物组合物及其应用,所述引物组合物为针对肠道细菌的16S rRNA设计的特异性引物,所述特异性引物包括随机碱基,所述随机碱基的个数为3-5个;所述肠道细菌包括共生梭菌、青春双歧杆菌、具核梭杆菌、厌氧消化链球菌或克雷伯氏菌属中的任意一种或至少两种的组合;基于所述引物组合物研发的试剂盒,检测肠道微生态失衡的特异性高达92.5%,灵敏度高达80.43%,但是对结直肠癌的早期筛查的准确性较弱。
CN 109680086 A公开了一种检测微小微单胞菌的引物组及其检测体系和应用,通过设计并验证得到特异性的引物组,基于引物组摸索验证检测体系,各步骤各条件相互配合,协同增持,使其检测结果稳定准确,检测步骤简洁高效,具有广阔的应用前景和巨大的市场价值,但是同样存在对结直肠癌的早期筛查的准确性较弱的问题。
因此,亟需一种非侵入式检测方法,能够高效准确地评估罹患结直肠癌的风险。
发明内容
针对现有技术的不足,本发明提供了一种肠癌生物标志物组合物及其应用,所述生物标志物组合物为粪便中的肠道微生物,用于评估个体罹患结直肠癌的风险,为结直肠癌的早期诊断提供了一种高灵敏度的非入侵方式。
为达此目的,本发明采用以下技术方案:
第一方面,本发明提供了一种肠癌生物标志物组合物,所述生物标志物组合物包括梭菌科(Clostridiales Family XI)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、消化链球菌属(Peptostreptococcus)、具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)和微单胞菌属(Parvimonas)。
优选地,所述卟啉单胞菌属(Porphyromonas)包括不解糖卟啉单胞菌(Porphyromonas asaccharolytica)。
优选地,所述消化链球菌属(Peptostreptococcus)包括俄罗斯消化链球菌(Peptostreptococcus russellii)和/或口炎消化链球菌(Peptostreptococcusstomatis)。
优选地,所述微单胞菌属(Parvimonas)包括微小微单胞菌(Parvimonas micra)。
优选地,所述生物标志物组合物还包括肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)、放线杆菌属(Actinobacillus)、丁酸弧菌属(Anaerostipes)、丹毒杆菌属(Erysipelatoclostridium)、Intestinimonas、厌氧菌属(Anaerotruncus)、唾液链球菌(Streptococcus salivarius)、Fusicatenibacter saccharivorans、副流感嗜血杆菌(Haemophilus parainfluenzae)、脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)、马赛布劳特氏菌(Blautia massiliensis)或Dialister pneumosintes中的任意一种或至少两种的组合。
优选地,所述肠杆菌科(Enterobacteriaceae)包括肠杆菌属(Enterobacter)。
优选地,所述放线杆菌属(Actinobacillus)包括猪放线杆菌(Actinobacillusporcinus)。
优选地,所述丁酸弧菌属(Anaerostipes)包括丁酸产生菌(Anaerostipeshadrus)。
优选地,所述丹毒杆菌属(Erysipelatoclostridium)包括多枝丹毒杆菌(Erysipelatoclostridium ramosum)。
优选地,所述厌氧菌属(Anaerotruncus)包括Anaerotruncus colihominis。
优选地,所述生物标志物组合物还包括双歧杆菌属(Bifidobacterium)、蔷薇属(Roseburia spp)、产气柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、Dorea longicatena或乳杆菌长病毒(Lactonifactor longoviformis)中的任意一种或至少两种的组合。
优选地,所述双歧杆菌属(Bifidobacterium)包括假小链双歧杆菌(Bifidobacterium pseudocatenulatum)。
本发明中,发明人采集大量结直肠癌和癌前病变(结直肠腺瘤和结直肠肿瘤性息肉)患者和健康个体的粪便样本,利用高通量测序、实时荧光定量PCR、高分辨率熔解曲线法或生物芯片等方法,通过对粪便样本中微生物的丰度和相对含量差异进行对比分析和验证,确定了与结直肠癌和癌前病变相关的微生物标志物组合物;采用上述微生物的不同组合作为生物标志物组合物,用于结直肠癌和癌前病变的早期诊断和预后监测,准确性高,特异性好,灵敏度强。
第二方面,本发明提供了一种如第一方面所述的生物标志物组合物的引物组,所述蔷薇属(Roseburia spp)的引物如SEQ ID NO:1~6所示,共包括3对引物组;
SEQ ID NO:1(第一上游引物):GCGGTRCGGCAAGTCTGA;
SEQ ID NO:2(第一下游引物):CCTCCGACACTCTAGTMCGAC;
SEQ ID NO:3(第二上游引物):TGCGGCAAGTCTGATGTGAA;
SEQ ID NO:4(第二下游引物):GTTTACGGCGTGGACTACCA;
SEQ ID NO:5(第三上游引物):AGGCGGTACGGCAAGTCT;
SEQ ID NO:6(第三下游引物):AGTTTYATTCTTGCGAACG.
优选地,所述脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)的引物如SEQ ID NO:7~12所示,共包括3对引物组;
SEQ ID NO:7(第一上游引物):CACTTGACTGTTGTAGATAAAGC;
SEQ ID NO:8(第一下游引物):CATCTTCATTGCAGCATTATCC;
SEQ ID NO:9(第二上游引物):GCCGGTCAGAATGGGAGTAGGAGACC;
SEQ ID NO:10(第二下游引物):CCCGACGAGCCGGACCTTGCAACAGA;
SEQ ID NO:11(第三上游引物):TTGTGAAAGTTTGCGGCTC;
SEQ ID NO:12(第三下游引物):GGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTT.
优选地,所述具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)的引物如SEQ ID NO:13~18所示,共包括3对引物组;
SEQ ID NO:13(第一上游引物):CCTCTTAGGAATGAGACAGAGATG;
SEQ ID NO:14(第一下游引物):ATTGATGGTAACATACGAAAGGGCC;
SEQ ID NO:15(第二上游引物):TTCACTTAGGAATGAGACAGAGATG;
SEQ ID NO:16(第二下游引物):TGATGGTAACATACGAAAGGCATG;
SEQ ID NO:17(第三上游引物):TGGACTTAGGAATGAGACAGAGATG;
SEQ ID NO:18(第三下游引物):ACCTGATGGTAACATACGAAAGGT.
优选地,所述克雷伯氏菌属(Klebsiella)的引物如SEQ ID NO:19~26所示,共包括4对引物组;
SEQ ID NO:19(第一上游引物):CCGATTACGACCAGGGCTACAC;
SEQ ID NO:20(第一下游引物):GGGAACGTATTCACCGTACCTA;
SEQ ID NO:21(第二上游引物):GCATTACGACCAGGGCTACACT;
SEQ ID NO:22(第二下游引物):ACTGGGAACGTATTCACCGTAG;
SEQ ID NO:23(第三上游引物):TTGCTTACGACCAGGGCTACAC;
SEQ ID NO:24(第三下游引物):AGTGGGAACGTATTCACCGTA;
SEQ ID NO:25(第四上游引物):CTGATTACGACCAGGGCTACAC;
SEQ ID NO:26(第四下游引物):AACGGGAACGTATTCACCGTAT.
第三方面,本发明提供了一种如第一方面所述的生物标志物组合物的检测方法,所述方法包括以下步骤:
(1)提取样本DNA;
(2)设计生物标志物组合物的引物;
(3)利用步骤(2)所述的引物检测生物标志物组合物在样本中的丰度。
优选地,步骤(1)所述样本来源于粪便、土壤、尿液或唾液中的任意一种或至少两种的组合,优选来源于粪便。
优选地,步骤(2)所述的引物针对生物标志物组合物的16S rRNA进行设计。
优选地,步骤(2)所述的引物包括如SEQ ID NO:1~26所示的引物组。
优选地,步骤(3)所述的检测方法包括高通量测序、实时荧光定量PCR、高分辨率熔解曲线法或生物芯片中的任意一种或至少两种的组合,优选为高通量测序或实时荧光定量PCR。
优选地,所述高通量测序的检测方法包括以下步骤:
(1’)利用设计的引物对样本DNA进行建库测序,对测序结果进行组装;
(2’)将组装片段与生物标志物的参考序列进行比对,组装片段与生物标志物的参考序列的同一性不小于90%,确定组装片段来源于生物标志物,获得组装片段丰度;
(3’)根据组装片段丰度的平均值,确定样本中生物标志物组合物的丰度。
优选地,在实时荧光定量PCR中,所述引物包括随机碱基,所述随机碱基的数量为3~5个,例如可以是3个、4个或5个。
本发明中,通过向引物中加入随机碱基,调控随机碱基的数量,有利于提高检测特异性。
优选地,所述引物的长度为18~25bp,例如可以是18bp、19bp、20bp、21bp、22bp、23bp、24bp或25bp。
优选地,所述引物的GC含量为50~60%,例如可以是50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%或60%。
优选地,所述引物的Tm值为60~65℃,例如可以是60℃、61℃、62℃、63℃、64℃或65℃。
第四方面,本发明提供了一种如第一方面所述的生物标志物组合物和/或如第二方面所述的引物组在制备结直肠癌诊断试剂和/或治疗药物中的应用。
第五方面,本发明提供了一种如第一方面所述的生物标志物组合物和/或如第二方面所述的引物组在制备结直肠腺瘤诊断试剂和/或治疗药物中的应用。
与现有技术相比,本发明具有如下有益效果:
(1)本发明通过采集大量结直肠癌和癌前病变患者和健康个体的粪便样本,对粪便样本中微生物的丰度和相对含量差异进行对比分析和验证,确定了与结直肠癌和癌前病变相关的微生物标志物组合物;
(2)采用本发明的微生物的不同组合作为生物标志物组合物,用于结直肠癌和癌前病变的检测,准确性分别最高可达100%和96%,在结直肠癌早期诊断和预后监测中具有重要意义。
具体实施方式
为进一步阐述本发明所采取的技术手段及其效果,以下结合实施例对本发明作进一步地说明。可以理解的是,此处所描述的具体实施方式仅仅用于解释本发明,而非对本发明的限定。
实施例中未注明具体技术或条件者,按照本领域内的文献所描述的技术或条件,或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者,均为可通过正规渠道商购获得的常规产品。
实施例1高通量测序检测生物标志物组合物在样本中的丰度
本实施例使用一次性样本采集器(普瑞森)采集粪便样本后,使用DNA提取试剂盒提取样本DNA,利用16S通用引物对V3、V4可变区进行PCR扩增和测序,具体步骤如下:
(1)将提取的样本DNA进行建库测序,获得下机数据;
(2)利用SOAPdenovo软件对读段进行组装,获得组装片段;
(3)将组装片段与生物标志物的参考序列进行比对,组装片段与生物标志物的参考序列的同一性不小于90%,确定组装片段来源于生物标志物,获得组装片段丰度;
(4)根据组装片段丰度的平均值,确定样本中生物标志物的丰度。
实施例2实时荧光定量PCR检测生物标志物组合物在样本中的丰度
利用引物设计软件Primer Primer 5设计生物标志物的引物(例如SEQ ID NO:1~26)和总菌引物SEQ ID NO:27~32,引物设计要求为:引物长度为18~25bp,避免二级结构,GC含量为50~60%,Tm值为60~65℃,产物长度为100~250bp;设计的特异性引物包括随机碱基,随机碱基的个数为3~5个;
SEQ ID NO:27(第一上游引物):TCCGTGSTGCAYGGYTGTCGTCAG;
SEQ ID NO:28(第一下游引物):AGGTACGTCRTCCMCACCTTCCTC;
SEQ ID NO:29(第二上游引物):CCTTGTGSTGCAYGGYTGTCGTCA;
SEQ ID NO:30(第二下游引物):ATCCACGTCRTCCMCACCTTCCTC;
SEQ ID NO:31(第三上游引物):GTGSTGCAYGGYTGTCGTCATGGAC;
SEQ ID NO:32(第三下游引物):CTGGACGTCRTCCMCACCTTCCTCT.
利用设计的引物,在具有SYBRGreen检测通道的荧光定量PCR仪(西安天隆)上,对基因组进行扩增和荧光检测,荧光采集温度为60℃;
获取生物标志物的Ct值,通过2-ΔCt法(ΔCt=Ct细菌-Ct总菌),得到样本中生物标志物在总菌中的相对含量。
实施例3结直肠癌、结直肠腺瘤和结直肠肿瘤性息肉检测
通过问卷调查,收集60名结直肠癌高风险的志愿者的粪便样本,通过高通量测序方法检测粪便样本中生物标志物的丰度,预测患者罹患结直肠癌和结直肠腺瘤/肿瘤性息肉的可能性,同时推荐志愿者进行肠镜检查,对比肠镜结果,分析生物标志物组合物的准确率。
本实施例中,用于检测结直肠癌的生物标志物组合物如表1-1所示,用于检测癌前病变(结直肠腺瘤和结直肠肿瘤性息肉)的生物标志物组合物如表1-2所示,检测结果见1-3。
表1-1用于检测结直肠癌的生物标志物组合物
表1-2用于检测结直肠癌前病变的生物标志物组合物
表1-3检测结果
可以看出,利用粪便样本中生物标志物组合物预测结直肠癌发生的准确率达到100%,结直肠腺瘤的准确率达96%。
实施例4结直肠癌检测
收集45例粪便样本,采用实施例3的检测和对比方法,进行结直肠癌检测,采用的生物标志物组合物为梭菌科(Clostridiales Family XI)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、消化链球菌属(Peptostreptococcus)、具核梭杆菌(Fusobacteriumnucleatum)和微小微单胞菌(Parvimonas micra),其他方法与实施例3相同。
结果如表2所示,预测结直肠癌发生的准确率达到85.71%。
表2结直肠癌检测结果
实施例5结直肠癌检测
与实施例3相比,采用的生物标志物组合物为梭菌科(Clostridiales FamilyXI)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、消化链球菌属(Peptostreptococcus)、具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)、微小微单胞菌(Parvimonas micra)、唾液链球菌(Streptococcus salivarius)和假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio),其他方法与实施例3相同。
采用本实施例的生物标志物组合物,预测结直肠癌发生的准确率达到88.52%。
实施例6结直肠癌检测
与实施例3相比,采用的生物标志物组合物为梭菌科(Clostridiales FamilyXI)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、消化链球菌属(Peptostreptococcus)、具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)、微小微单胞菌(Parvimonas micra)、唾液链球菌(Streptococcus salivarius)、假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)和放线杆菌属(Actinobacillus),其他方法与实施例3相同。
采用本实施例的生物标志物组合物,预测结直肠癌发生的准确率达到90.13%。
实施例7结直肠癌检测
与实施例3相比,采用的生物标志物组合物为梭菌科(Clostridiales FamilyXI)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、微单胞菌属(Parvimonas)、丁酸弧菌属(Anaerostipes)、丁酸产生菌(Anaerostipes hadrus)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)、丹毒杆菌属(Erysipelatoclostridium)、肠杆菌属(Enterobacter)、放线杆菌属(Actinobacillus)、猪放线杆菌(Actinobacillus porcinus)、Intestinimonas、唾液链球菌(Streptococcussalivarius)、口炎消化链球菌(Peptostreptococcus stomatis)、Dialisterpneumosintes、具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)和Anaerotruncus colihominis,其他方法与实施例3相同。
采用本实施例的生物标志物组合物,预测结直肠癌发生的准确率达到94.89%。
实施例8结直肠癌检测
与实施例3相比,采用的生物标志物组合物为梭菌科(Clostridiales FamilyXI)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、微单胞菌属(Parvimonas)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)、Intestinimonas、口炎消化链球菌(Peptostreptococcus stomatis)、Dialister pneumosintes、具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)和Anaerotruncus colihominis,其他方法与实施例3相同。
采用本实施例的生物标志物组合物,预测结直肠癌发生的准确率达到92.64%。
实施例9结直肠癌检测
与实施例3相比,采用的生物标志物组合物为梭菌科(Clostridiales FamilyXI)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、微单胞菌属(Parvimonas)、口炎消化链球菌(Peptostreptococcus stomatis)、Dialister pneumosintes和具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum),其他方法与实施例3相同。
采用本实施例的生物标志物组合物,预测结直肠癌发生的准确率达到87.24%。
实施例10结直肠腺瘤检测
收集103例粪便样本,采用实施例3的检测和对比方法,进行结直肠癌前病变检测,采用的生物标志物组合物为假小链双歧杆菌(Bifidobacterium pseudocatenulatum)、唾液链球菌(Streptococcus salivarius)、产气柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、Dorea longicatena和假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio),其他方法与实施例3相同。
结果如表3所示,预测结直肠癌发生的准确率达到90.24%。
表3结直肠癌前病变检测结果
实施例11结直肠腺瘤检测
与实施例3相比,采用的生物标志物组合物为假小链双歧杆菌(Bifidobacteriumpseudocatenulatum)、唾液链球菌(Streptococcus salivarius)、产气柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、Dorea longicatena、假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)和假丁酸弧菌(Pseudobutyrivibrio spp),其他方法与实施例3相同。
采用本实施例的生物标志物组合物,预测结直肠腺瘤发生的准确率达到92.17%。
综上所述,本发明通过采集大量结直肠癌和癌前病变患者和健康个体的粪便样本,对粪便样本中微生物的丰度和相对含量差异进行对比分析和验证,确定了与结直肠癌和癌前病变相关的微生物标志物组合物;采用本发明的微生物的不同组合作为生物标志物组合物,用于结直肠癌和癌前病变的检测,准确性分别最高可达100%和96%,在结直肠癌早期诊断和预后监测中具有重要意义。
申请人声明,本发明通过上述实施例来说明本发明的详细方法,但本发明并不局限于上述详细方法,即不意味着本发明必须依赖上述详细方法才能实施。所属技术领域的技术人员应该明了,对本发明的任何改进,对本发明产品各原料的等效替换及辅助成分的添加、具体方式的选择等,均落在本发明的保护范围和公开范围之内。
SEQUENCE LISTING
<110> 苏州普瑞森基因科技有限公司
<120> 一种肠癌生物标志物组合物及其应用
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Claims (10)

1.一种肠癌生物标志物组合物,其特征在于,所述生物标志物组合物包括梭菌科(Clostridiales Family XI)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、消化链球菌属(Peptostreptococcus)、具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)和微单胞菌属(Parvimonas)。
2.根据权利要求1所述的生物标志物组合物,其特征在于,所述卟啉单胞菌属(Porphyromonas)包括不解糖卟啉单胞菌(Porphyromonas asaccharolytica);
优选地,所述消化链球菌属(Peptostreptococcus)包括俄罗斯消化链球菌(Peptostreptococcus russellii)和/或口炎消化链球菌(Peptostreptococcusstomatis);
优选地,所述微单胞菌属(Parvimonas)包括微小微单胞菌(Parvimonas micra)。
3.根据权利要求1或2所述的生物标志物组合物,其特征在于,所述生物标志物组合物还包括肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)、放线杆菌属(Actinobacillus)、丁酸弧菌属(Anaerostipes)、丹毒杆菌属(Erysipelatoclostridium)、Intestinimonas、厌氧菌属(Anaerotruncus)、唾液链球菌(Streptococcus salivarius)、Fusicatenibactersaccharivorans、副流感嗜血杆菌(Haemophilus parainfluenzae)、脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)、马赛布劳特氏菌(Blautia massiliensis)或Dialisterpneumosintes中的任意一种或至少两种的组合;
优选地,所述肠杆菌科(Enterobacteriaceae)包括肠杆菌属(Enterobacter);
优选地,所述放线杆菌属(Actinobacillus)包括猪放线杆菌(Actinobacillusporcinus);
优选地,所述丁酸弧菌属(Anaerostipes)包括丁酸产生菌(Anaerostipes hadrus);
优选地,所述丹毒杆菌属(Erysipelatoclostridium)包括多枝丹毒杆菌(Erysipelatoclostridium ramosum);
优选地,所述厌氧菌属(Anaerotruncus)包括Anaerotruncus colihominis。
4.根据权利要求1-3任一项所述的生物标志物组合物,其特征在于,所述生物标志物组合物还包括双歧杆菌属(Bifidobacterium)、蔷薇属(Roseburia spp)、产气柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、Dorea longicatena或乳杆菌长病毒(Lactonifactorlongoviformis)中的任意一种或至少两种的组合;
优选地,所述双歧杆菌属(Bifidobacterium)包括假小链双歧杆菌(Bifidobacteriumpseudocatenulatum)。
5.一种如权利要求1-4任一项所述的生物标志物组合物的引物组,其特征在于,所述蔷薇属(Roseburia spp)的引物如SEQ ID NO:1~6所示;
优选地,所述脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)的引物如SEQ ID NO:7~12所示;
优选地,所述具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)的引物如SEQ ID NO:13~18所示;
优选地,所述克雷伯氏菌属(Klebsiella)的引物如SEQ ID NO:19~26所示。
6.一种如权利要求1-4任一项所述的生物标志物组合物的检测方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
(1)提取样本DNA;
(2)设计生物标志物组合物的引物;
(3)利用步骤(2)所述的引物检测生物标志物组合物在样本中的丰度。
7.根据权利要求6所述的检测方法,其特征在于,步骤(1)所述样本来源于粪便、土壤、尿液或唾液中的任意一种或至少两种的组合,优选来源于粪便;
优选地,步骤(2)所述的引物针对生物标志物组合物的16S rRNA进行设计;
优选地,步骤(2)所述的引物包括如SEQ ID NO:1~26所示的引物组;
优选地,步骤(3)所述的检测方法包括高通量测序、实时荧光定量PCR、高分辨率熔解曲线法或生物芯片中的任意一种或至少两种的组合,优选为高通量测序或实时荧光定量PCR。
8.根据权利要求6或7所述的检测方法,其特征在于,所述高通量测序的检测方法包括以下步骤:
(1’)利用设计的引物对样本DNA进行建库测序,对测序结果进行组装;
(2’)将组装片段与生物标志物的参考序列进行比对,组装片段与生物标志物的参考序列的同一性不小于90%,确定组装片段来源于生物标志物,获得组装片段丰度;
(3’)根据组装片段丰度的平均值,确定样本中生物标志物组合物的丰度;
优选地,在实时荧光定量PCR中,所述引物包括随机碱基,所述随机碱基的数量为3~5个;
优选地,所述引物的长度为18~25bp;
优选地,所述引物的GC含量为50~60%;
优选地,所述引物的Tm值为60~65℃。
9.一种如权利要求1-4任一项所述的生物标志物组合物和/或如权利要求5所述的引物组在制备结直肠癌诊断试剂和/或治疗药物中的应用。
10.一种如权利要求1-4任一项所述的生物标志物组合物和/或如权利要求5所述的引物组在制备结直肠腺瘤诊断试剂和/或治疗药物中的应用。
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