CN110468230B - 一种与茶树次级代谢产物含量连锁的位于类受体蛋白激酶基因上的分子标记位点及其应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种位于类受体蛋白激酶基因上与茶树次级代谢产物含量连锁的分子标记位点及其应用，本发明首次发现了位于茶树基因组Scaffold4239:309117上的与茶树(+)‑儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯含量相关的SNP分子标记位点，AA基因型样本对应的茶汤干物质中茶树次级代谢产物((+)‑儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯)含量与GG和GA基因型样本相比具有极显著差异。进一步建立检测该位点的检测方法，可用于评价茶树的(+)‑儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯的含量，以进一步用于高茶树次级代谢产物茶树资源筛选及分子育种，具有很大的研究价值。

Description

一种与茶树次级代谢产物含量连锁的位于类受体蛋白激酶基 因上的分子标记位点及其应用
技术领域
本发明涉及分子遗传育种技术领域，更具体地，涉及一种与茶树次级代谢产物含量连锁的位于类受体蛋白激酶基因上的分子标记位点及其应用。
背景技术
茶(Camellia sinensis(L.)O.Kuntze)属于山茶科山茶属茶组，起源于中国的西南地区，距今有5000多年的栽培历史。茶叶与咖啡、可可并称为世界三大无酒精饮料，有着重要的经济价值，并对社会和文化有着重要影响。
作为叶用植物，茶树新稍中的特征性次级代谢产物咖啡碱和儿茶素类化合物是茶叶滋味的主要影响因子。
咖啡碱是三甲基黄嘌呤的衍生物，是茶叶中主要的生物碱，占茶鲜叶的2％～4％，是茶汤主要苦味物质。
(+)-儿茶素((+)-catechin，C)属于儿茶素类化合物，是茶叶的重要成分，具有防治心血管疾病、预防癌症等多种功能。它为还原性多元酚类物质，在水溶液中易被空气氧化，常用作抗氧化剂。右旋儿茶精还有降低毛细血管的通透性、止泻、止血、抗病毒、杀真菌、抑制ACE及预防胃溃疡等多种作用。
没食子儿茶素没食子酸酯(Gallocatechin gallate，GCG)同样属于儿茶素类化合物，是酚酸类化合物，能显著抑制细胞的黑色素生成和酪氨酸酶的活性。
目前茶树育种主要通过常规方法进行，从野生群体、杂交后代中选择优良单株进行系统选育。该方法时间长、效率低，使得新品种更新换代慢，不能快速满足大众对新产品的需求。分子标记辅助育种由于可以在苗期对育种材料进行选择，可显著提高育种效率。植物类受体蛋白激酶(Receptor-likeproteinkinases，RL Ks)具有内在的激酶活性，是植物许多信号传导途径中的关键组分。典型的植物RLKs具有一个胞外区、跨膜区和胞内激酶区。LRR基序参加蛋白-蛋白互作，在分子识别过程中发挥重要的作用。目前并没有RLK参与调控茶树次级代谢产物含量的报道。
发明内容
本发明的目的是为了克服现有技术的不足，提供一种位于类受体蛋白激酶基因上与茶树次级代谢产物含量连锁的分子标记位点及其应用。
本发明的第一个目的是提供一种茶树次级代谢产物含量数量性状连锁的分子标记。
本发明的第二个目的是提供所述分子标记在评价茶树次级代谢产物含量中的应用。
本发明的第三个目的是提供所述分子标记的引物。
本发明的第四个目的是提供所述引物在评价茶树次级代谢产物含量中的应用。
本发明的第五个目的是提供一种评价茶树次级代谢产物含量的试剂盒。
本发明的第六个目的是提供一种评价茶树次级代谢产物含量的方法。
本发明的第七个目的是提供所述分子标记SNP位点、所述引物、或所述试剂盒在分子辅助育种中的应用。
为了实现上述目的，本发明是通过以下技术方案予以实现的：
发明人经过长期探索性的研究发现了在植物类受体蛋白激酶基因上存在一个与茶树次级代谢产物((+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯)数量性状连锁的分子标记，该分子标记为单个核苷酸的变异(SNP)，位于茶树基因组Scaffold4239:309117(“舒茶早”CSS栽培种茶树基因组http://tpia.teaplant.org/index.html)(图1)，该位点位于LRR基因第2778位碱基，ATG下游2504个碱基。进一步利用其建立检测该位点的检测方法，可用于评价茶树的次级代谢产物((+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯)的含量，以进一步用于资源筛选和分子育种。
因此本发明要求保护一种茶树次级代谢产物含量数量性状连锁的分子标记，所述分子标记为位于茶树基因组Scaffold4239:309117的SNP位点(即SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的第501个碱基)，所述茶树次级代谢产物为(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯中的一种或几种。
茶树基因组Scaffold4239:309117，该位点为G或者为A，其基因型与茶树干物质中(+)-儿茶素含量具有极显著相关，通过相关性分析和显著性验证表明，AA基因型样本对应的茶汤干物质中茶树次级代谢产物((+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯)含量与GG和GA基因型样本相比极具有显著差异。从统计学上判断，当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中儿茶素含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中咖啡碱含量大概率低于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中没食子儿茶素没食子酸酯含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本。
本发明所述茶树次级代谢产物((+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯)含量具体为茶鲜叶干物质次级代谢产物的比例。
所述分子标记SNP位点在评价茶树次级代谢产物中的应用，所述茶树次级代谢产物为(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯中的一种或几种，也属于本发明的保护范围。
本发明还要求检测所述分子标记的引物，所述引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO：2～3所示。
引物F：GAAGACTAACCCGTATCGAG(SEQ ID NO：2)；
引物R：ACACTTACAGTCTCTTGCGG(SEQ ID NO：3)。
所述引物在评价茶树次级代谢产物含量中的应用，所述茶树次级代谢产物为(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯中的一种或几种，也属于本发明的保护范围。
进一步，本发明要求保护一种评价茶树次级代谢产物的试剂盒，包括检测所述分子标记SNP位点的试剂。
优选地，所述试剂为所述引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO：2～3所示。
最优选地，所述试剂盒含有核苷酸序列如SEQ ID NO：2～3所示的引物、2×TaqPCR Master Mix、ddH2O。
其使用方法为：
(1)采用CTAB法提取茶树嫩芽总DNA，并确保每个DNA样品的A260/A280在1.8～2.0之间，浓度大于100μg/μl；
(2)PCR扩增
PCR体系(10μl)如下：
Figure BDA0002191528340000031
Figure BDA0002191528340000041
PCR扩增程序如下：
Figure BDA0002191528340000042
(3)产物纯化
将PCR扩增产物进行凝胶电泳，之后使用市售凝胶电泳DNA回收试剂盒进行回收纯化。
(4)测序及结果判读
将回收纯化的产物送测序公司进行Sanger法测序，在Scaffold4239:309117位点，从统计学上判断，当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中(+)-儿茶素含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中咖啡碱含量大概率低于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中没食子(+)-儿茶素没食子酸酯含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本。
同时，本发明要求保护一种评价茶树次级代谢产物含量的方法，检测所述的分子标记的基因型，所述茶树次级代谢产物为(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯中的一种或几种。
优选地，利用所述引物检测所述的分子标记的基因型。
所述分子标记、所述引物、或所述试剂盒任一在分子辅助育种中的应用，也属于本发明的保护范围。
与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：
本发明首次发现了与茶树次级代谢产物((+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯)含量数量性状连锁的SNP分子标记位点，其位于茶树基因组Scaffold4239:309117上，其基因型与次级代谢产物含量((+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯)极显著相关。
从统计学上判断，当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中(+)-儿茶素含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中咖啡碱含量大概率低于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中没食子儿茶素没食子酸酯含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本。
进一步建立检测该位点的检测方法，可用于评价茶树的儿茶素含量，以进一步用于茶树资源筛选及分子育种。这是开展茶树分子标记辅助选择育种的基础，有很大的研究价值。
附图说明
图1为Scaffold4239:309117位点在植物类受体蛋白激酶(receptor-likeproteinkinases，RLKs)基因的位置。
图2为不同季节的(+)-儿茶素的含量。
图3为不同季节的咖啡碱的含量。
图4为不同季节的没食子儿茶素没食子酸酯的含量。
图5为Scaffold4239:309117位点与引物示意图，N表示Scaffold4239:309117位置上的待测碱基，加粗并下划线部分为上下游引物。
图6为样本2-72在Scaffold4239:309117位点的基因型SNaPshot测序结果。
图7为样本2-78在Scaffold4239:309117位点的基因型SNaPshot测序结果。
图8为样本2-97在Scaffold4239:309117位点的基因型SNaPshot测序结果。
图9为Scaffold4239:309117位点基因型测序图。
具体实施方式
下面结合说明书附图和具体实施例对本发明作出进一步地详细阐述，所述实施例只用于解释本发明，并非用于限定本发明的范围。下述实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，为可从商业途径得到的试剂和材料。
实施例1
一、实验样本
采集位于广东省茶树种质资源库(广东，英德，113.3OE,24.3ON)的191份茶树材料，其中广东124份、福建20份、广西15份，浙江9份，湖南6份，云南6份，江西1份，贵州1份，台湾1份。另外8份肯尼亚茶种后代，1份格鲁吉亚种后代，所选材料具有广泛代表性。
所选用的资源随机分布在资源库中。采用双行单株种植，每行4m，行距1.5m，株距35cm。资源库进行常规水肥管理。在2016年年末对资源进行修剪并深坑施基肥，每亩4吨有机肥、0.75吨花生麸和10斤复合肥。2017年春茶及夏茶之后进行修剪并在根外追肥，每亩30斤复合肥和60斤尿素。分别在2017年的3月15日、6月25日和9月28日采摘茶树新梢一芽二叶，制作蒸青样，并按照水浸提法制备茶汤。
二、表型数据分析
1、实验步骤
利用高效液相色谱法对茶汤中与茶树滋味相关的(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯进行检测，参照国标法进行检测。
利用SPSS软件对儿(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯含量的指数大小范围、平均值、标准差和变异系数进行分析。将数量性状以0.5个标准差，将数据分为10个等级，用于计算性状的Shannon-Wiener多样性指数。使用最佳线性无偏预测(Best LinerUnbiased Prediction,BLUP)方法，采用一年多点模型估计育种值，同时估算广义遗传力。
2、实验结果
(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯含量见表1。
表1不同季度不同资源(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯占干物质的百分比：
Figure BDA0002191528340000061
Figure BDA0002191528340000071
Figure BDA0002191528340000081
Figure BDA0002191528340000091
Figure BDA0002191528340000101
Figure BDA0002191528340000111
Figure BDA0002191528340000121
群体的(+)-儿茶素含量变异情况见表2和图2。
表2(+)-儿茶素含量表型变异：
Figure BDA0002191528340000122
Figure BDA0002191528340000131
群体的咖啡碱含量变异情况见表3和图3。
表3咖啡碱含量表型变异：
Figure BDA0002191528340000132
群体的没食子儿茶素没食子酸酯含量变异情况见表4和图4。
表4没食子儿茶素没食子酸酯含量表型变异：
Figure BDA0002191528340000133
三、基因型和性状关联分析
1、实验步骤
采用CTAB法提取191个茶树资源嫩芽总DNA，并确保每个DNA样品的A260/A280在1.8～2.0之间，浓度大于100μg/μl。将提取好的DNA样品，检测分别位于“舒茶早”CSS栽培种茶树基因组(http：//tpia.teaplant.org/index.html)的SNP位点(Scaffold4239:309117)的基因型，进行性状和标记的关联分析，关联的显著性水平以P值进行判断，p值小于1.25E-05为显著性水平。
2、实验结果
该SNP位点不同季节的P值见表5。(+)-儿茶素含量在三个季节中均与Scaffold4239:309117位点基因型显著相关，咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯在不少于两个季节中与Scaffold4239:309117位点基因型显著相关。
表5：不同季节Scaffold4239:309117位点的P值
Figure BDA0002191528340000141
实施例2分子标记在另外一个群体中的验证
一、实验方法
将位于Scaffold4239:309117的SNP位点在另一个含98个种质的群体中进行验证。
1、检测各样本的(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯干含量。具体检测方法同实施例1。
2、利用SnaPShot技术平台检测各样本的Scaffold4239:309117的SNP位点的基因型。
该方法针对不同突变位点设计不同长度的引物SNaPshot反应后，产物通过电泳分离、五色荧光检测、Gene mapper分析，可在一个测序反应中检测多个SNP位点。应用SNaPshot进行定点的序列分析，其基本原理遵循了DNA直接测序中的双脱氧终止法，所不同的是PCR反应中只有不同荧光标记的ddNTP。由于每个SNP位点的引物3′端都紧靠SNP点，因此每一种引物在聚合酶作用下，根据模板的的序列，只延伸一个核苷酸。然后用先进的荧光检测系统，检测延伸的那个核苷酸的种类。
(1)引物设计
根据Scaffold4239:309117在基因组的位置设计引物并进行合成。其中，Scaffold4239:309117上下游各延伸500bp。其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示(图2，其中N表示Scaffold4239:309117位置上的待测碱基)。
PCR引物：
F：GAAGACTAACCCGTATCGAG(SEQ ID NO：2)；
R：ACACTTACAGTCTCTTGCGG(SEQ ID NO：3)。
单碱基延伸引物：
ctgactgactgactgactgactATTGTCTCGTTGCTTCGGTTGTTTC。
(2)PCR扩增
PCR体系(10μl)如下：
2×Taq PCR Master Mix 5μl
PrimerMix(按扩增情况配比) 1μl
DNA template 1μl
ddH<sub>2</sub>O 3μl
PCR扩增程序如下：
Figure BDA0002191528340000151
(3)PCR产物纯化
使用虾碱酶纯化法进行纯化。虾碱酶MIX(EX-SAP)的主要功能成分为SAP及ExoI.SAP酶，可以将残余dNTPs去磷酸化，ExoI降解游离单链引物。取4μl的PCR产物，加入2μl的EX-SAP酶。具体反应体系如下所示：
消化体系组分 体积(μl)
ddH<sub>2</sub>O 0.75
SAP(1U/μl) 0.5
ExoI(5U/μl) 0.15
10*SAPbuffer 0.6
PCR产物 4
总体积 6
之后在PCR仪上进行消化温育：37℃40min，85℃5min，4℃forever。
(4)SNaPshot反应
PCR产物当做模板进行SNaPshot反应。
SNaPshot反应体系如下所示：
试剂 用量(μl
SNaPshot Mix 0.5
Pooled PCR Products 3
Pooled Primers 1
dH<sub>2</sub>O 0.5
总体积 5
SNaPshot反应程序为：
Figure BDA0002191528340000161
之后，对SNaPshot产物进行纯化，直接向SNaPshot反应产物中加入2μl的SAP mix，具体反应体系如下：
组分 体积(μl)
水 0.9
SAP(1U/μl) 0.5
10*SAP buffer 0.6
总计 2
在PCR仪上进行SNaPshot产物消化反应，反应程序为：37℃40min，75℃15min，4℃forever。
(5)上机检测
取2μl消化后的SNaPshot反应产物加入到8μl含有0.4％LIZ120的去离子甲酰胺中，95℃变性5min，然后放-20℃骤冷，然后上3730XL测序。
(6)结果分析
用GeneMarker分析得到的.fsa结果，导出峰图及表格文件，并统计出每个样品的SNP突变型。
二、实验结果
各样本的(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯含量及Scaffold4239:309117的SNP位点的基因型见表4，部分样本SNaPshot测序结果见图6到图8。。
表4验证群体中资源(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯的占干物质的含量及基因型：
Figure BDA0002191528340000171
Figure BDA0002191528340000181
Figure BDA0002191528340000191
Figure BDA0002191528340000201
显著性分析结果显示，Scaffold4239:309117的基因型与(+)-儿茶素含量极显著相关，相关系数为0.7，p-value为8.79×10-16，F值(6.91/3.94)为92.9，为隐性突变，AA基因型样本对应的茶汤干物质中(+)-儿茶素含量与GG和GA基因型样本相比具有极显著差异。从统计学上判断，当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中(+)-儿茶素含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本。
显著性分析结果显示，Scaffold4239:309117的基因型与咖啡碱含量极显著相关，相关系数为-0.4，p-value为3.66×10-5，F值(6.91/3.94)为18.7，为隐性突变，AA基因型样本对应的茶汤干物质中咖啡碱含量与GG和GA基因型样本相比具有极显著差异。从统计学上判断，当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中咖啡碱含量大概率低于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本。
显著性分析结果显示，Scaffold4239:309117的基因型与没食子儿茶素没食子酸酯含量极显著相关，相关系数为0.53，p-value为2.67×10-8，F值(6.91/3.94)为36.7，为隐性突变，AA基因型样本对应的茶汤干物质中儿茶素含量与GG和GA基因型样本相比具有极显著差异。从统计学上判断，当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中没食子儿茶素没食子酸酯含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本。
实施例3一种评价茶树(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯含量的试剂盒
一、组成
其核苷酸序列如SEQ ID NO：2～3所示的引物、2×Taq PCR Master Mix、ddH2O。
其中，引物F：GAAGACTAACCCGTATCGAG(SEQ ID NO：2)；
引物R：ACACTTACAGTCTCTTGCGG(SEQ ID NO：3)。
二、使用方法
(1)采用CTAB法提取茶树嫩芽总DNA，并确保每个DNA样品的A260/A280在1.8～2.0之间，浓度大于100μg/μl；
(2)PCR扩增
PCR体系(10μl)如下：
2×Taq PCR Master Mix 5μl
引物 各0.5μl
DNA template 1μl
ddH<sub>2</sub>O 3μl
PCR扩增程序如下：
Figure BDA0002191528340000211
(3)产物纯化
将PCR扩增产物进行凝胶电泳，之后使用市售凝胶电泳DNA回收试剂盒进行回收纯化。
(4)测序及结果判读
将回收纯化的产物送测序公司进行Sanger法测序，将测序结果与SEQ ID NO：1所示核苷酸序列进行比对，根据图5所示(加粗并下划线部分为上下游引物)，Scaffold4239:309117位点位于扩增产物的第73个碱基。从统计学上判断，当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中(+)-儿茶素含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中咖啡碱含量大概率低于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中没食子儿茶素没食子酸酯含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本。
实施例4一种评价茶树(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯含量的试剂盒的应用
一、实验方法
用实施例3的试剂盒检测实施例2中的98个茶树样本。
二、实验结果
检测结果与实施例2采用SnaPShot技术平台检测的结果一致，本试剂盒可以用于评价茶树(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯含量。部分样品测序结果见图9。
序列表
<110> 广东省农业科学院茶叶研究所
<120> 一种与茶树次级代谢产物含量连锁的位于类受体蛋白激酶基因上的分子标记位点及其应用
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 1001
<212> DNA
<213> Camellia sinensis
<400> 1
gaaggctctg gagtagctga agttgttatg agcttgtcta ggccgaaatc agcgaggtga 60
gcttcaaaat cggcgtcgaa taggacgttc tgaggcttga catcgccatg aaccatggcg 120
gtggagtgga ggaaggcgag gccgcgggcg attccgaggg ctattaggtg gcgcattggc 180
caattcaata catgcccgtc ttggtgagaa gcttcttgaa gcaatgtggc taggtttccg 240
ttaggcatat agtcgtagac taagagtctg aggtctggtg gtccggcgaa gtacccacgg 300
aggactgtga ggtttctgtg cttcactctc ccgagcgatt cggcttcttt tctgaacatg 360
ttttcgtcta gcgatccatc agggagtctc cgaatcgaaa gcaccattcc atcactgtaa 420
caggctttga agactaaccc gtatcgagtc ctgcttagaa cgttctcttc atcgaattgt 480
ctcgttgctt cggttgtttc ngctagagtg atcttgttat tgaacataac aagctttgga 540
ccgccattat cgccacttcc acgacctccg ctggctgcag ctgagcttgc tcttgctggg 600
ctgcgctttt tctctccggc agccttttct ttgagcctct tgcgccaccg caagagactg 660
taagtgtaga agcaacaaca cagtgctaag aggaaaccac cactaacagc catggcaata 720
aacatgatca gcctcttctt cctattactc atctcttcgc atttcgtgct taagggtttc 780
ccacataagt tcggatttcc tgcataatca gatggatcgt tgaatcttga agccagcatt 840
gttggaatct cgccggagag gttgttttgg gatacattga agtagaccaa gctagagatg 900
agtgaaatgt ttgctggaat cggtccggtc aggttgtttg cagagagatt gaggactgtg 960
aggtttgata aattggacaa tgagtctggt atttggcctg g 1001
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
gaagactaac ccgtatcgag 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
acacttacag tctcttgcgg 20

Claims (4)

1.一种茶树次级代谢产物含量数量性状连锁的分子标记在评价茶树次级代谢产物中的应用，其特征在于，所述分子标记为位于茶树基因组Scaffold4239:309117的SNP位点，即SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的第501个碱基，所述茶树次级代谢产物为(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯中的一种或几种，当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中儿茶素含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中咖啡碱含量大概率低于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中没食子儿茶素没食子酸酯含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本。
2.一种茶树次级代谢产物含量数量性状连锁的分子标记的检测引物在评价茶树次级代谢产物中的应用，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：2～3所示，所述茶树次级代谢产物为(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯中的一种或几种，所述分子标记为位于茶树基因组Scaffold4239:309117的SNP位点，即SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的第501个碱基，当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中儿茶素含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中咖啡碱含量大概率低于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中没食子儿茶素没食子酸酯含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本。
3.一种评价茶树次级代谢产物含量的方法，其特征在于，检测分子标记的基因型，所述茶树次级代谢产物为(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯中的一种或几种，所述分子标记为位于茶树基因组Scaffold4239:309117的SNP位点，即SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的第501个碱基，当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中儿茶素含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中咖啡碱含量大概率低于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中没食子儿茶素没食子酸酯含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本。
4.一种茶树次级代谢产物含量数量性状连锁的分子标记在茶树分子辅助育种中的应用，其特征在于，所述分子标记为位于茶树基因组Scaffold4239:309117的SNP位点，即SEQID NO:1所示核苷酸序列的第501个碱基，所述茶树次级代谢产物为(+)-儿茶素、咖啡碱和没食子儿茶素没食子酸酯中的一种或几种，当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中儿茶素含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中咖啡碱含量大概率低于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本；当基因型样本为双突变AA时，茶树中干物质中没食子儿茶素没食子酸酯含量大概率高于正常平均水平的基因型为野生型GG或单突变GA的样本。
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