CN110446719B - Dna-抗原交换和扩增 - Google Patents
Dna-抗原交换和扩增 Download PDFInfo
- Publication number
- CN110446719B CN110446719B CN201880017452.7A CN201880017452A CN110446719B CN 110446719 B CN110446719 B CN 110446719B CN 201880017452 A CN201880017452 A CN 201880017452A CN 110446719 B CN110446719 B CN 110446719B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- antigen
- specific binding
- binding partner
- imaging
- docking
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 239000000427 antigen Substances 0.000 title claims abstract description 425
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 title claims description 80
- 230000003321 amplification Effects 0.000 title claims description 77
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims abstract description 393
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims abstract description 393
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 claims abstract description 284
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 claims abstract description 212
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims abstract description 181
- 238000003032 molecular docking Methods 0.000 claims abstract description 179
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 118
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 claims abstract description 89
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims abstract description 21
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 62
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 62
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 62
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 37
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 30
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 17
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 17
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 claims description 16
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 12
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 12
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 11
- 238000005096 rolling process Methods 0.000 claims description 9
- 238000002372 labelling Methods 0.000 claims description 7
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 5
- 210000001787 dendrite Anatomy 0.000 claims description 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 33
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 27
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 23
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 22
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 18
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 14
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 13
- -1 amyloid P Proteins 0.000 description 13
- 241000894007 species Species 0.000 description 12
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 11
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 11
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 11
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical compound OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 9
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 9
- FWBHETKCLVMNFS-UHFFFAOYSA-N 4',6-Diamino-2-phenylindol Chemical compound C1=CC(C(=N)N)=CC=C1C1=CC2=CC=C(C(N)=N)C=C2N1 FWBHETKCLVMNFS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 7
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 7
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 7
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 6
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 6
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 6
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 5
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 5
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 5
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 5
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 5
- 210000002741 palatine tonsil Anatomy 0.000 description 5
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 4
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 description 4
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 4
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 4
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 4
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 4
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 4
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 4
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 4
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 4
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 4
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 4
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 4
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 4
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 4
- 206010010144 Completed suicide Diseases 0.000 description 3
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 3
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 3
- 108091093094 Glycol nucleic acid Proteins 0.000 description 3
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 3
- 102000011782 Keratins Human genes 0.000 description 3
- 108010076876 Keratins Proteins 0.000 description 3
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 3
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 3
- 108091046915 Threose nucleic acid Proteins 0.000 description 3
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 3
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000002073 fluorescence micrograph Methods 0.000 description 3
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 3
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 3
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 3
- 125000004573 morpholin-4-yl group Chemical group N1(CCOCC1)* 0.000 description 3
- 239000002105 nanoparticle Substances 0.000 description 3
- 150000002972 pentoses Chemical class 0.000 description 3
- 150000003013 phosphoric acid derivatives Chemical group 0.000 description 3
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 3
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 3
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 3
- 108020004638 Circular DNA Proteins 0.000 description 2
- 108010078010 Complement C3c Proteins 0.000 description 2
- LTMHDMANZUZIPE-AMTYYWEZSA-N Digoxin Natural products O([C@H]1[C@H](C)O[C@H](O[C@@H]2C[C@@H]3[C@@](C)([C@@H]4[C@H]([C@]5(O)[C@](C)([C@H](O)C4)[C@H](C4=CC(=O)OC4)CC5)CC3)CC2)C[C@@H]1O)[C@H]1O[C@H](C)[C@@H](O[C@H]2O[C@@H](C)[C@H](O)[C@@H](O)C2)[C@@H](O)C1 LTMHDMANZUZIPE-AMTYYWEZSA-N 0.000 description 2
- 101001133056 Homo sapiens Mucin-1 Proteins 0.000 description 2
- 102100027754 Mast/stem cell growth factor receptor Kit Human genes 0.000 description 2
- 102100034256 Mucin-1 Human genes 0.000 description 2
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 2
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 2
- 239000013592 cell lysate Substances 0.000 description 2
- 229960005156 digoxin Drugs 0.000 description 2
- LTMHDMANZUZIPE-PUGKRICDSA-N digoxin Chemical compound C1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](C)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](C)O[C@@H](O[C@@H]2[C@H](O[C@@H](O[C@@H]3C[C@@H]4[C@]([C@@H]5[C@H]([C@]6(CC[C@@H]([C@@]6(C)[C@H](O)C5)C=5COC(=O)C=5)O)CC4)(C)CC3)C[C@@H]2O)C)C[C@@H]1O LTMHDMANZUZIPE-PUGKRICDSA-N 0.000 description 2
- LTMHDMANZUZIPE-UHFFFAOYSA-N digoxine Natural products C1C(O)C(O)C(C)OC1OC1C(C)OC(OC2C(OC(OC3CC4C(C5C(C6(CCC(C6(C)C(O)C5)C=5COC(=O)C=5)O)CC4)(C)CC3)CC2O)C)CC1O LTMHDMANZUZIPE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000799 fluorescence microscopy Methods 0.000 description 2
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 2
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 2
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 2
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 2
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- NLMDJJTUQPXZFG-UHFFFAOYSA-N 1,4,10,13-tetraoxa-7,16-diazacyclooctadecane Chemical compound C1COCCOCCNCCOCCOCCN1 NLMDJJTUQPXZFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BJHCYTJNPVGSBZ-YXSASFKJSA-N 1-[4-[6-amino-5-[(Z)-methoxyiminomethyl]pyrimidin-4-yl]oxy-2-chlorophenyl]-3-ethylurea Chemical compound CCNC(=O)Nc1ccc(Oc2ncnc(N)c2\C=N/OC)cc1Cl BJHCYTJNPVGSBZ-YXSASFKJSA-N 0.000 description 1
- 125000001894 2,4,6-trinitrophenyl group Chemical group [H]C1=C(C(*)=C(C([H])=C1[N+]([O-])=O)[N+]([O-])=O)[N+]([O-])=O 0.000 description 1
- XWNJMSJGJFSGRY-UHFFFAOYSA-N 2-(benzylamino)-3,7-dihydropurin-6-one Chemical compound N1C=2N=CNC=2C(=O)N=C1NCC1=CC=CC=C1 XWNJMSJGJFSGRY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FBTSQILOGYXGMD-LURJTMIESA-N 3-nitro-L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C([N+]([O-])=O)=C1 FBTSQILOGYXGMD-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- WHSOKGZCVSCOJM-UHFFFAOYSA-N 4-amino-1-benzylpyrimidin-2-one Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1CC1=CC=CC=C1 WHSOKGZCVSCOJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BYDNGJQDDNBAHI-UHFFFAOYSA-N 4-methyl-7-sulfanylchromen-2-one Chemical compound C1=C(S)C=CC2=C1OC(=O)C=C2C BYDNGJQDDNBAHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LMJXSOYPAOSIPZ-UHFFFAOYSA-N 4-sulfanylbenzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=C(S)C=C1 LMJXSOYPAOSIPZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WOVKYSAHUYNSMH-RRKCRQDMSA-N 5-bromodeoxyuridine Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(Br)=C1 WOVKYSAHUYNSMH-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- 102100031585 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 Human genes 0.000 description 1
- 239000012099 Alexa Fluor family Substances 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 102100035248 Alpha-(1,3)-fucosyltransferase 4 Human genes 0.000 description 1
- 102100032187 Androgen receptor Human genes 0.000 description 1
- 102000004145 Annexin A1 Human genes 0.000 description 1
- 108090000663 Annexin A1 Proteins 0.000 description 1
- 102000007592 Apolipoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108010071619 Apolipoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102100021569 Apoptosis regulator Bcl-2 Human genes 0.000 description 1
- 102000035101 Aspartic proteases Human genes 0.000 description 1
- 108091005502 Aspartic proteases Proteins 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 108050001427 Avidin/streptavidin Proteins 0.000 description 1
- 102100021631 B-cell lymphoma 6 protein Human genes 0.000 description 1
- 102100038080 B-cell receptor CD22 Human genes 0.000 description 1
- 102100024222 B-lymphocyte antigen CD19 Human genes 0.000 description 1
- 102100022005 B-lymphocyte antigen CD20 Human genes 0.000 description 1
- 108010074708 B7-H1 Antigen Proteins 0.000 description 1
- WOVKYSAHUYNSMH-UHFFFAOYSA-N BROMODEOXYURIDINE Natural products C1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C(Br)=C1 WOVKYSAHUYNSMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000015735 Beta-catenin Human genes 0.000 description 1
- 108060000903 Beta-catenin Proteins 0.000 description 1
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 1
- 102100031658 C-X-C chemokine receptor type 5 Human genes 0.000 description 1
- 108010009992 CD163 antigen Proteins 0.000 description 1
- 102000024905 CD99 Human genes 0.000 description 1
- 108060001253 CD99 Proteins 0.000 description 1
- 108010083123 CDX2 Transcription Factor Proteins 0.000 description 1
- 102000006277 CDX2 Transcription Factor Human genes 0.000 description 1
- 102000000905 Cadherin Human genes 0.000 description 1
- 108050007957 Cadherin Proteins 0.000 description 1
- 102400000113 Calcitonin Human genes 0.000 description 1
- 108060001064 Calcitonin Proteins 0.000 description 1
- 102100025580 Calmodulin-1 Human genes 0.000 description 1
- 101710164735 Calmodulin-1 Proteins 0.000 description 1
- 102100025475 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5 Human genes 0.000 description 1
- 101710118321 Casein kinase I isoform alpha Proteins 0.000 description 1
- 102100034356 Casein kinase I isoform alpha-like Human genes 0.000 description 1
- 102000010792 Chromogranin A Human genes 0.000 description 1
- 108010038447 Chromogranin A Proteins 0.000 description 1
- 102000004266 Collagen Type IV Human genes 0.000 description 1
- 108010042086 Collagen Type IV Proteins 0.000 description 1
- 102100032768 Complement receptor type 2 Human genes 0.000 description 1
- 241000975300 Concholepas concholepas Species 0.000 description 1
- 102100024458 Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A Human genes 0.000 description 1
- 229920000858 Cyclodextrin Polymers 0.000 description 1
- 102100032620 Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1 Human genes 0.000 description 1
- 101710086368 Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1 Proteins 0.000 description 1
- 102100035186 DNA excision repair protein ERCC-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100034157 DNA mismatch repair protein Msh2 Human genes 0.000 description 1
- 102100021147 DNA mismatch repair protein Msh6 Human genes 0.000 description 1
- 229920002307 Dextran Polymers 0.000 description 1
- WDJUZGPOPHTGOT-OAXVISGBSA-N Digitoxin Natural products O([C@H]1[C@@H](C)O[C@@H](O[C@@H]2C[C@@H]3[C@@](C)([C@@H]4[C@H]([C@]5(O)[C@@](C)([C@H](C6=CC(=O)OC6)CC5)CC4)CC3)CC2)C[C@H]1O)[C@H]1O[C@@H](C)[C@H](O[C@H]2O[C@@H](C)[C@@H](O)[C@@H](O)C2)[C@@H](O)C1 WDJUZGPOPHTGOT-OAXVISGBSA-N 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101000962643 Escherichia coli (strain K12) Malate synthase A Proteins 0.000 description 1
- PIICEJLVQHRZGT-UHFFFAOYSA-N Ethylenediamine Chemical compound NCCN PIICEJLVQHRZGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010000196 Factor XIIIa Proteins 0.000 description 1
- 102100024165 G1/S-specific cyclin-D1 Human genes 0.000 description 1
- 102100021260 Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010001517 Galectin 3 Proteins 0.000 description 1
- 102100039558 Galectin-3 Human genes 0.000 description 1
- 101001066288 Gallus gallus GATA-binding factor 3 Proteins 0.000 description 1
- 102100028652 Gamma-enolase Human genes 0.000 description 1
- 101710191797 Gamma-enolase Proteins 0.000 description 1
- 102100039289 Glial fibrillary acidic protein Human genes 0.000 description 1
- 101710193519 Glial fibrillary acidic protein Proteins 0.000 description 1
- 102100035716 Glycophorin-A Human genes 0.000 description 1
- 108091005250 Glycophorins Proteins 0.000 description 1
- 102000010956 Glypican Human genes 0.000 description 1
- 108050001154 Glypican Proteins 0.000 description 1
- 108050007237 Glypican-3 Proteins 0.000 description 1
- 108060005986 Granzyme Proteins 0.000 description 1
- 102000001398 Granzyme Human genes 0.000 description 1
- 241000590002 Helicobacter pylori Species 0.000 description 1
- 102100031573 Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Human genes 0.000 description 1
- 102000007513 Hemoglobin A Human genes 0.000 description 1
- 108010085682 Hemoglobin A Proteins 0.000 description 1
- 102100034458 Hepatitis A virus cellular receptor 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100027893 Homeobox protein Nkx-2.1 Human genes 0.000 description 1
- 101710114425 Homeobox protein Nkx-2.1 Proteins 0.000 description 1
- 101000777636 Homo sapiens ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001022185 Homo sapiens Alpha-(1,3)-fucosyltransferase 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000971171 Homo sapiens Apoptosis regulator Bcl-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000971234 Homo sapiens B-cell lymphoma 6 protein Proteins 0.000 description 1
- 101000884305 Homo sapiens B-cell receptor CD22 Proteins 0.000 description 1
- 101000980825 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD19 Proteins 0.000 description 1
- 101000897405 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD20 Proteins 0.000 description 1
- 101000922405 Homo sapiens C-X-C chemokine receptor type 5 Proteins 0.000 description 1
- 101000914324 Homo sapiens Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5 Proteins 0.000 description 1
- 101000914321 Homo sapiens Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 7 Proteins 0.000 description 1
- 101000941929 Homo sapiens Complement receptor type 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000876529 Homo sapiens DNA excision repair protein ERCC-1 Proteins 0.000 description 1
- 101001134036 Homo sapiens DNA mismatch repair protein Msh2 Proteins 0.000 description 1
- 101000968658 Homo sapiens DNA mismatch repair protein Msh6 Proteins 0.000 description 1
- 101001010541 Homo sapiens Electron transfer flavoprotein subunit alpha, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000980756 Homo sapiens G1/S-specific cyclin-D1 Proteins 0.000 description 1
- 101000894906 Homo sapiens Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000777663 Homo sapiens Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Proteins 0.000 description 1
- 101001068133 Homo sapiens Hepatitis A virus cellular receptor 2 Proteins 0.000 description 1
- 101001015004 Homo sapiens Integrin beta-3 Proteins 0.000 description 1
- 101001011441 Homo sapiens Interferon regulatory factor 4 Proteins 0.000 description 1
- 101001057504 Homo sapiens Interferon-stimulated gene 20 kDa protein Proteins 0.000 description 1
- 101001055144 Homo sapiens Interleukin-2 receptor subunit alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000998011 Homo sapiens Keratin, type I cytoskeletal 19 Proteins 0.000 description 1
- 101000994460 Homo sapiens Keratin, type I cytoskeletal 20 Proteins 0.000 description 1
- 101000608935 Homo sapiens Leukosialin Proteins 0.000 description 1
- 101000878605 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor Proteins 0.000 description 1
- 101000934372 Homo sapiens Macrosialin Proteins 0.000 description 1
- 101001008874 Homo sapiens Mast/stem cell growth factor receptor Kit Proteins 0.000 description 1
- 101000620359 Homo sapiens Melanocyte protein PMEL Proteins 0.000 description 1
- 101000578784 Homo sapiens Melanoma antigen recognized by T-cells 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000623901 Homo sapiens Mucin-16 Proteins 0.000 description 1
- 101001133081 Homo sapiens Mucin-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000934338 Homo sapiens Myeloid cell surface antigen CD33 Proteins 0.000 description 1
- 101000581981 Homo sapiens Neural cell adhesion molecule 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001024605 Homo sapiens Next to BRCA1 gene 1 protein Proteins 0.000 description 1
- 101001131670 Homo sapiens PWWP domain-containing DNA repair factor 3A Proteins 0.000 description 1
- 101000601724 Homo sapiens Paired box protein Pax-5 Proteins 0.000 description 1
- 101000601664 Homo sapiens Paired box protein Pax-8 Proteins 0.000 description 1
- 101001070790 Homo sapiens Platelet glycoprotein Ib alpha chain Proteins 0.000 description 1
- 101000617725 Homo sapiens Pregnancy-specific beta-1-glycoprotein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000583175 Homo sapiens Prolactin-inducible protein Proteins 0.000 description 1
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000701876 Homo sapiens Serpin A9 Proteins 0.000 description 1
- 101000874179 Homo sapiens Syndecan-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000946843 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Proteins 0.000 description 1
- 101000664703 Homo sapiens Transcription factor SOX-10 Proteins 0.000 description 1
- 101000825086 Homo sapiens Transcription factor SOX-11 Proteins 0.000 description 1
- 101000851376 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 8 Proteins 0.000 description 1
- 101000851370 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Proteins 0.000 description 1
- 101000621309 Homo sapiens Wilms tumor protein Proteins 0.000 description 1
- 241001502974 Human gammaherpesvirus 8 Species 0.000 description 1
- 101710123134 Ice-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 101710082837 Ice-structuring protein Proteins 0.000 description 1
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 1
- 102100032999 Integrin beta-3 Human genes 0.000 description 1
- 102100030126 Interferon regulatory factor 4 Human genes 0.000 description 1
- 102100026878 Interleukin-2 receptor subunit alpha Human genes 0.000 description 1
- 102100033420 Keratin, type I cytoskeletal 19 Human genes 0.000 description 1
- 102100032700 Keratin, type I cytoskeletal 20 Human genes 0.000 description 1
- 102000017578 LAG3 Human genes 0.000 description 1
- 101150030213 Lag3 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100039564 Leukosialin Human genes 0.000 description 1
- 102100038007 Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor Human genes 0.000 description 1
- 108060001084 Luciferase Proteins 0.000 description 1
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 1
- 229910015837 MSH2 Inorganic materials 0.000 description 1
- 102100025136 Macrosialin Human genes 0.000 description 1
- 102000005727 Mammaglobin A Human genes 0.000 description 1
- 108010031030 Mammaglobin A Proteins 0.000 description 1
- 229920000877 Melamine resin Polymers 0.000 description 1
- 102100022430 Melanocyte protein PMEL Human genes 0.000 description 1
- 102100028389 Melanoma antigen recognized by T-cells 1 Human genes 0.000 description 1
- 102000008071 Mismatch Repair Endonuclease PMS2 Human genes 0.000 description 1
- 108010074346 Mismatch Repair Endonuclease PMS2 Proteins 0.000 description 1
- 102100023123 Mucin-16 Human genes 0.000 description 1
- 102100034263 Mucin-2 Human genes 0.000 description 1
- 102000016943 Muramidase Human genes 0.000 description 1
- 108010014251 Muramidase Proteins 0.000 description 1
- 101100490437 Mus musculus Acvrl1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101001096236 Mus musculus Prolactin-inducible protein homolog Proteins 0.000 description 1
- 101000866339 Mus musculus Transcription factor E2F6 Proteins 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- 102100025243 Myeloid cell surface antigen CD33 Human genes 0.000 description 1
- 102100032970 Myogenin Human genes 0.000 description 1
- 108010056785 Myogenin Proteins 0.000 description 1
- 102100030856 Myoglobin Human genes 0.000 description 1
- 108010062374 Myoglobin Proteins 0.000 description 1
- 108010062010 N-Acetylmuramoyl-L-alanine Amidase Proteins 0.000 description 1
- 102000003729 Neprilysin Human genes 0.000 description 1
- 108090000028 Neprilysin Proteins 0.000 description 1
- 102000008730 Nestin Human genes 0.000 description 1
- 108010088225 Nestin Proteins 0.000 description 1
- 102100027347 Neural cell adhesion molecule 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100029438 Nitric oxide synthase, inducible Human genes 0.000 description 1
- 101710089543 Nitric oxide synthase, inducible Proteins 0.000 description 1
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 1
- 108010042215 OX40 Ligand Proteins 0.000 description 1
- 102000004473 OX40 Ligand Human genes 0.000 description 1
- 108010058846 Ovalbumin Proteins 0.000 description 1
- 102100030476 POU domain class 2-associating factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 101710114665 POU domain class 2-associating factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100035591 POU domain, class 2, transcription factor 2 Human genes 0.000 description 1
- 101710084411 POU domain, class 2, transcription factor 2 Proteins 0.000 description 1
- 102100037504 Paired box protein Pax-5 Human genes 0.000 description 1
- 102100037502 Paired box protein Pax-8 Human genes 0.000 description 1
- 108010004729 Phycoerythrin Proteins 0.000 description 1
- 102100024616 Platelet endothelial cell adhesion molecule Human genes 0.000 description 1
- 102100034173 Platelet glycoprotein Ib alpha chain Human genes 0.000 description 1
- 239000004743 Polypropylene Substances 0.000 description 1
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 1
- 102100024216 Programmed cell death 1 ligand 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100040678 Programmed cell death protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 101710089372 Programmed cell death protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100030350 Prolactin-inducible protein Human genes 0.000 description 1
- 102100038280 Prostaglandin G/H synthase 2 Human genes 0.000 description 1
- 108050003267 Prostaglandin G/H synthase 2 Proteins 0.000 description 1
- 101800004937 Protein C Proteins 0.000 description 1
- 102100028588 Protein ZNRD2 Human genes 0.000 description 1
- 108010007100 Pulmonary Surfactant-Associated Protein A Proteins 0.000 description 1
- 102100027773 Pulmonary surfactant-associated protein A2 Human genes 0.000 description 1
- 101001076287 Rattus norvegicus Insulin-like growth factor II Proteins 0.000 description 1
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 description 1
- 239000012327 Ruthenium complex Substances 0.000 description 1
- 102100036546 Salivary acidic proline-rich phosphoprotein 1/2 Human genes 0.000 description 1
- 101800001700 Saposin-D Proteins 0.000 description 1
- 102100025831 Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130 Human genes 0.000 description 1
- 102100030420 Serpin A9 Human genes 0.000 description 1
- 102000054727 Serum Amyloid A Human genes 0.000 description 1
- 108700028909 Serum Amyloid A Proteins 0.000 description 1
- 108010003723 Single-Domain Antibodies Proteins 0.000 description 1
- 102100029937 Smoothelin Human genes 0.000 description 1
- 101710151526 Smoothelin Proteins 0.000 description 1
- 244000300264 Spinacia oleracea Species 0.000 description 1
- 235000009337 Spinacia oleracea Nutrition 0.000 description 1
- 102000004874 Synaptophysin Human genes 0.000 description 1
- 108090001076 Synaptophysin Proteins 0.000 description 1
- 102100035721 Syndecan-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100034922 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Human genes 0.000 description 1
- QJJXYPPXXYFBGM-LFZNUXCKSA-N Tacrolimus Chemical compound C1C[C@@H](O)[C@H](OC)C[C@@H]1\C=C(/C)[C@@H]1[C@H](C)[C@@H](O)CC(=O)[C@H](CC=C)/C=C(C)/C[C@H](C)C[C@H](OC)[C@H]([C@H](C[C@H]2C)OC)O[C@@]2(O)C(=O)C(=O)N2CCCC[C@H]2C(=O)O1 QJJXYPPXXYFBGM-LFZNUXCKSA-N 0.000 description 1
- 108010032050 Tartrate-Resistant Acid Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 102000007591 Tartrate-Resistant Acid Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 239000004809 Teflon Substances 0.000 description 1
- 229920006362 Teflon® Polymers 0.000 description 1
- 108010079274 Thrombomodulin Proteins 0.000 description 1
- 102100026966 Thrombomodulin Human genes 0.000 description 1
- 108010034949 Thyroglobulin Proteins 0.000 description 1
- 102100033504 Thyroglobulin Human genes 0.000 description 1
- 101710088547 Thyroid transcription factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101710120037 Toxin CcdB Proteins 0.000 description 1
- 102100040250 Transcription elongation factor A protein-like 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100038808 Transcription factor SOX-10 Human genes 0.000 description 1
- 102100022415 Transcription factor SOX-11 Human genes 0.000 description 1
- 101710159262 Transcription termination factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100036857 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 8 Human genes 0.000 description 1
- 101710107540 Type-2 ice-structuring protein Proteins 0.000 description 1
- 102100039094 Tyrosinase Human genes 0.000 description 1
- 108060008724 Tyrosinase Proteins 0.000 description 1
- 108010061861 Uroplakins Proteins 0.000 description 1
- 102000012349 Uroplakins Human genes 0.000 description 1
- 108010053099 Vascular Endothelial Growth Factor Receptor-2 Proteins 0.000 description 1
- 102100033177 Vascular endothelial growth factor receptor 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100035071 Vimentin Human genes 0.000 description 1
- 108010065472 Vimentin Proteins 0.000 description 1
- 241000235013 Yarrowia Species 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 108010080146 androgen receptors Proteins 0.000 description 1
- 238000011948 assay development Methods 0.000 description 1
- 238000004630 atomic force microscopy Methods 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 1
- 229950004398 broxuridine Drugs 0.000 description 1
- 239000000337 buffer salt Substances 0.000 description 1
- BBBFJLBPOGFECG-VJVYQDLKSA-N calcitonin Chemical compound N([C@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC=1NC=NC=1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(N)=O)C(C)C)C(=O)[C@@H]1CSSC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N1 BBBFJLBPOGFECG-VJVYQDLKSA-N 0.000 description 1
- 229960004015 calcitonin Drugs 0.000 description 1
- 229940075397 calomel Drugs 0.000 description 1
- 239000002771 cell marker Substances 0.000 description 1
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 1
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 1
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 1
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 1
- 230000003750 conditioning effect Effects 0.000 description 1
- 150000003983 crown ethers Chemical class 0.000 description 1
- 239000002739 cryptand Substances 0.000 description 1
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 description 1
- 239000000412 dendrimer Substances 0.000 description 1
- 229920000736 dendritic polymer Polymers 0.000 description 1
- 229960000648 digitoxin Drugs 0.000 description 1
- WDJUZGPOPHTGOT-XUDUSOBPSA-N digitoxin Chemical compound C1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](C)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](C)O[C@@H](O[C@@H]2[C@H](O[C@@H](O[C@@H]3C[C@@H]4[C@]([C@@H]5[C@H]([C@]6(CC[C@@H]([C@@]6(C)CC5)C=5COC(=O)C=5)O)CC4)(C)CC3)C[C@@H]2O)C)C[C@@H]1O WDJUZGPOPHTGOT-XUDUSOBPSA-N 0.000 description 1
- ZOMNIUBKTOKEHS-UHFFFAOYSA-L dimercury dichloride Chemical compound Cl[Hg][Hg]Cl ZOMNIUBKTOKEHS-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 101150007302 dntt gene Proteins 0.000 description 1
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 description 1
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000011066 ex-situ storage Methods 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 229960002143 fluorescein Drugs 0.000 description 1
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091006047 fluorescent proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000034287 fluorescent proteins Human genes 0.000 description 1
- 210000005046 glial fibrillary acidic protein Anatomy 0.000 description 1
- 150000003278 haem Chemical class 0.000 description 1
- 229940037467 helicobacter pylori Drugs 0.000 description 1
- 108060003552 hemocyanin Proteins 0.000 description 1
- 210000003630 histaminocyte Anatomy 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 238000010166 immunofluorescence Methods 0.000 description 1
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 1
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 239000000893 inhibin Substances 0.000 description 1
- ZPNFWUPYTFPOJU-LPYSRVMUSA-N iniprol Chemical compound C([C@H]1C(=O)NCC(=O)NCC(=O)N[C@H]2CSSC[C@H]3C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@H](C(N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC=4C=CC(O)=CC=4)C(=O)N[C@@H](CC=4C=CC=CC=4)C(=O)N[C@@H](CC=4C=CC(O)=CC=4)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CSSC[C@H](NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC=4C=CC=CC=4)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC2=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CSSC[C@H](NC(=O)[C@H](CC=2C=CC=CC=2)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H]2N(CCC2)C(=O)[C@@H](N)CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N[C@@H](CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N3)C(=O)NCC(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC=2C=CC=CC=2)C(=O)N[C@H](C(=O)N1)C(C)C)[C@@H](C)O)[C@@H](C)CC)=O)[C@@H](C)CC)C1=CC=C(O)C=C1 ZPNFWUPYTFPOJU-LPYSRVMUSA-N 0.000 description 1
- 108010045069 keyhole-limpet hemocyanin Proteins 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 229960000274 lysozyme Drugs 0.000 description 1
- 239000004325 lysozyme Substances 0.000 description 1
- 235000010335 lysozyme Nutrition 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- JDSHMPZPIAZGSV-UHFFFAOYSA-N melamine Chemical compound NC1=NC(N)=NC(N)=N1 JDSHMPZPIAZGSV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910021645 metal ion Inorganic materials 0.000 description 1
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000005055 nestin Anatomy 0.000 description 1
- 125000006501 nitrophenyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 1
- 229920000620 organic polymer Polymers 0.000 description 1
- 229940092253 ovalbumin Drugs 0.000 description 1
- 101150093826 par1 gene Proteins 0.000 description 1
- 229920001277 pectin Polymers 0.000 description 1
- 239000001814 pectin Substances 0.000 description 1
- 235000010987 pectin Nutrition 0.000 description 1
- BLFWHYXWBKKRHI-JYBILGDPSA-N plap Chemical compound N([C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O)C(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O BLFWHYXWBKKRHI-JYBILGDPSA-N 0.000 description 1
- 229920002704 polyhistidine Polymers 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 229920001155 polypropylene Polymers 0.000 description 1
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 1
- 229920000915 polyvinyl chloride Polymers 0.000 description 1
- 239000004800 polyvinyl chloride Substances 0.000 description 1
- 150000004032 porphyrins Chemical class 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 229960000856 protein c Drugs 0.000 description 1
- 108020001580 protein domains Proteins 0.000 description 1
- ZAHRKKWIAAJSAO-UHFFFAOYSA-N rapamycin Natural products COCC(O)C(=C/C(C)C(=O)CC(OC(=O)C1CCCCN1C(=O)C(=O)C2(O)OC(CC(OC)C(=CC=CC=CC(C)CC(C)C(=O)C)C)CCC2C)C(C)CC3CCC(O)C(C3)OC)C ZAHRKKWIAAJSAO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007363 ring formation reaction Methods 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- HFHDHCJBZVLPGP-UHFFFAOYSA-N schardinger α-dextrin Chemical compound O1C(C(C2O)O)C(CO)OC2OC(C(C2O)O)C(CO)OC2OC(C(C2O)O)C(CO)OC2OC(C(O)C2O)C(CO)OC2OC(C(C2O)O)C(CO)OC2OC2C(O)C(O)C1OC2CO HFHDHCJBZVLPGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000008054 signal transmission Effects 0.000 description 1
- QFJCIRLUMZQUOT-HPLJOQBZSA-N sirolimus Chemical compound C1C[C@@H](O)[C@H](OC)C[C@@H]1C[C@@H](C)[C@H]1OC(=O)[C@@H]2CCCCN2C(=O)C(=O)[C@](O)(O2)[C@H](C)CC[C@H]2C[C@H](OC)/C(C)=C/C=C/C=C/[C@@H](C)C[C@@H](C)C(=O)[C@H](OC)[C@H](O)/C(C)=C/[C@@H](C)C(=O)C1 QFJCIRLUMZQUOT-HPLJOQBZSA-N 0.000 description 1
- 229960002930 sirolimus Drugs 0.000 description 1
- 229940126586 small molecule drug Drugs 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 238000004611 spectroscopical analysis Methods 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 238000004416 surface enhanced Raman spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 229960001967 tacrolimus Drugs 0.000 description 1
- QJJXYPPXXYFBGM-SHYZHZOCSA-N tacrolimus Natural products CO[C@H]1C[C@H](CC[C@@H]1O)C=C(C)[C@H]2OC(=O)[C@H]3CCCCN3C(=O)C(=O)[C@@]4(O)O[C@@H]([C@H](C[C@H]4C)OC)[C@@H](C[C@H](C)CC(=C[C@@H](CC=C)C(=O)C[C@H](O)[C@H]2C)C)OC QJJXYPPXXYFBGM-SHYZHZOCSA-N 0.000 description 1
- 101150047061 tag-72 gene Proteins 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- ANRHNWWPFJCPAZ-UHFFFAOYSA-M thionine Chemical compound [Cl-].C1=CC(N)=CC2=[S+]C3=CC(N)=CC=C3N=C21 ANRHNWWPFJCPAZ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229960002175 thyroglobulin Drugs 0.000 description 1
- 108090000195 villin Proteins 0.000 description 1
- 210000005048 vimentin Anatomy 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
- C12Q1/682—Signal amplification
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/5308—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for analytes not provided for elsewhere, e.g. nucleic acids, uric acid, worms, mites
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/58—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances
- G01N33/582—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances with fluorescent label
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2458/00—Labels used in chemical analysis of biological material
- G01N2458/10—Oligonucleotides as tagging agents for labelling antibodies
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Pathology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
描述了用于成像的方法，包括但不限于包括以下的方法：(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至对接链，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的对接链；(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体；(3)使所述样品与(直接或间接地)连接至光学标记的抗原结合成像链和抗原特异性结合配偶体接触，其中所述抗原结合成像链直接或间接地与对接链具有互补性，且其中每个抗原特异性结合配偶体连接至一个或多个光学标记，并且其中具有不同特异性的抗原特异性结合配偶体连接至不同的光学标记；(4)任选地去除未结合的抗原结合成像链和/或抗原特异性结合配偶体；(5)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体；(6)任选地去除/熄灭来自所述光学标记的信号；以及(7)任选地重复步骤(1)‑(7)或其任何子集。
Description
技术领域
DNA-抗原交换和扩增成像方法，能够通过将靶标与抗原、抗原特异性结合配偶体和光学标记连接来多重化靶标并提高靶标的检测灵敏度。
背景技术
产生二级抗体以结合其他抗体，通常具有物种特异性亲和力。在免疫荧光应用中使用二级抗体是很普遍的。二级抗体对于节省成本和信号扩增都是有利的。用荧光团标记二级抗体比直接标记一级抗体更具成本效益，因为可以使用一种类型的荧光标记的二级抗体对许多不同的靶标成像，条件是使用来自相同宿主物种的一级抗体在单独的样品上检测靶标。另外，由于多个荧光标记的二级抗体可以结合单个一级抗体，因此从样品产生的信号强度高于使用荧光标记的一级抗体产生的信号强度。然而，荧光标记的二级抗体的使用严重限制了进行多重化检测的能力。为了多重化多个靶标，必须在不同的宿主物种中产生每个靶标特异性一级抗体，以确保二级抗体与正确的靶标复合物结合并缔合。最常见的一级抗体宿主物种是小鼠和兔子，高质量替代性宿主物种的缺乏降低了多重化能力，这种能力实际上可以用每个样品的两个靶标的二级抗体来实现(即使用标记的抗小鼠二级抗体和标记的抗兔二级抗体来检测用小鼠抗体染色的一个靶标和用兔抗体染色的一个靶标)。
先前的方法试图克服用二级抗体进行物种特异性检测所带来的限制。已经描述了包含与抗原或半抗原连接的一级抗体的免疫试剂(WO2016127149)，用于用标记的抗抗原或抗半抗原抗体(即检测抗体)进行检测。虽然这种方法扩大了可以同时标记的靶标的数量，但是可以多重化的靶标的总数仍然受到可用于修饰检测抗体的光谱不同标记的数量的限制。此外，一旦样品被染色，来自检测抗体的信号是固定的并且不能被去除，除非应用严格的条件，而严格的条件可能损害样品。为了实现更高水平的多重化，需要一种温和的足以维持样品完整性的顺序多重化方法。
在这里，我们提出了用于高度多重化靶标检测的新方法，所述新方法实现了与标记的二级抗体相关联的相似水平的方便性和改进的扩增。这种方法称为DNA-抗原交换和扩增。DNA-抗原交换和扩增允许在单个样品上实现靶标的顺序多重化和扩增水平的动态调整。
发明内容
根据说明书，至少一种方法包括(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至对接链，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的对接链；(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体；(3)使所述样品与(直接或间接地)连接至光学标记的抗原结合成像链和抗原特异性结合配偶体接触，其中所述抗原结合成像链直接或间接地与对接链具有互补性，且其中每个抗原特异性结合配偶体连接至一个或多个光学标记，并且其中具有不同特异性的抗原特异性结合配偶体连接至不同的光学标记；(4)任选地去除未结合的抗原结合成像链和/或抗原特异性结合配偶体；(5)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体；(6)任选地去除/熄灭来自所述光学标记的信号(即，信号终止)；以及(7)任选地重复步骤(1)-(7)，或其任何子集(诸如(1)-(6)或其他子集，记住一些步骤可不重复，尤其是所述信号终止步骤)。
在一些实施方案中，一种方法包括(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至抗原，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的抗原；(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体；(3)使所述样品与连接至对接链的抗原特异性结合配偶体接触，其中不同的抗原特异性结合配偶体连接至不同的对接链；(4)任选地去除连接至对接链的未结合的抗原特异性结合配偶体；(5)添加成像链；其中所述成像链直接或间接地与对接链具有互补性，并且其中每个成像链(直接或间接地)连接至一个或多个光学标记，并且其中具有不同特异性的成像链连接至不同的光学标记；(6)任选地去除未结合的成像链；(7)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体；(8)任选地去除/熄灭来自所述光学标记的信号(即，信号终止)；以及(9)任选地重复步骤(1)-(9)，或其任何子集(诸如(1)-(8)或其他子集，记住一些步骤可不重复，尤其是所述信号终止步骤)。
在一些实施方案中，一种方法包括(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至第一对接链，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的对接链；(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体；(3)使所述样品与抗原结合成像链和抗原特异性结合配偶体接触，其中所述抗原结合成像链直接或间接地与对接链具有互补性，并且其中每个抗原特异性结合配偶体连接至至少一个第二对接链；(4)任选地去除未结合的抗原结合成像链和/或抗原特异性结合配偶体；(5)通过DNA扩增反应增加第二对接链链的数量，并使用光学标记标记所述第二对接链；(6)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体；(7)任选地熄灭来自所述光学标记的信号(即，信号终止)；以及(8)任选地重复步骤(1)-(8)，或其任何子集(诸如(1)-(7)或其他子集，记住一些步骤可不重复，尤其是所述信号终止步骤)。
在一些实施方案中，一种方法包括(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至抗原，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的抗原；(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体；(3)使所述样品与连接至对接链的抗原特异性结合配偶体接触，其中不同的抗原特异性结合配偶体连接至不同的对接链；(4)任选地去除连接至对接链的未结合的抗原特异性结合配偶体；(5)通过DNA扩增反应增加对接链的数量，并使用光学标记标记所述对接链；(6)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体；(7)任选地熄灭来自所述光学标记的信号(即，信号终止)；以及(8)任选地重复步骤(1)-(8)，或其任何子集(诸如(1)-(7)或其他子集，记住一些步骤可不重复，尤其是所述信号终止步骤)。
在一些实施方案中，一种组合物包含：(1)第一结合配偶体-寡核苷酸缀合物，所述缀合物包含与包含对接结构域的寡核苷酸连接的结合配偶体；(2)抗原结合的寡核苷酸缀合物，所述缀合物包含与包含成像结构域的寡核苷酸连接的抗原，其中(2)的成像结构域与(1)的对接结构域互补；以及(3)标记的抗原特异性结合配偶体，所述标记的抗原特异性结合配偶体包含与抗原特异性结合配偶体连接的光学标记，其中(3)的抗原特异性结合配偶体特异性地结合(2)中的抗原。
另外的目的和优点将部分地在下面的说明书中阐述，并且部分地根据说明书将显而易见，或者可以通过实践来学习。借助于所附权利要求中特别指出的元件和组合，将实现和获得这些目的和优点。
应当理解，前述一般性描述和以下具体描述都只是示例性和说明性的，并不是对权利要求的限制。
包含在本说明书中并构成本说明书一部分的附图示出了一个(几个)实施方案，并与说明书一起用于解释本文所述的原理。
附图说明
图1A-图1F提供了DNA-抗原扩增和交换的方案。图1A示出，附接至对接链(103)的靶标特异性结合配偶体(102)结合样品中的靶标(101)。添加包含抗原(105)的成像链(104)以结合对接链。将附接至光学标记(107)的抗原特异性结合配偶体(106)添加到样品中以结合在靶标上复合的抗原。在此阶段，可以对样品成像以检测信号并鉴定靶标。最后，可以进行交换反应(108)以去除信号。图1B示出了经由层叠方法的DNA-抗原扩增方案，其中附接至对接链(103)的靶标特异性结合配偶体(102)结合样品中的靶标(101)。添加包含抗原(105)的成像链(104)以结合对接链。将抗原特异性结合配偶体(106)添加到样品中以结合在靶标上复合的抗原。将附接至光学标记(107)的抗抗原特异性结合配偶体(109)添加到样品中，以通过层叠复合物结合靶标。在此阶段，可以对样品成像以检测信号并鉴定靶标。最后，可以任选地进行交换反应(未示出)以去除信号。图1C示出，附接至抗原(105)的靶标特异性结合配偶体(102)结合样品中的靶标(101)。将附接至对接链(103)的抗原特异性结合配偶体(106)添加到样品中以结合在靶标上复合的抗原。添加包含光学标记(107)的成像链(104)以结合对接链。在此阶段，可以对样品成像以检测信号并鉴定靶标。最后，可以任选地进行交换反应(未示出)以去除信号。图1D示出，附接至抗原(105)的靶标特异性结合配偶体(102)结合样品中的靶标(101)。将附接至对接链(103)的抗原特异性结合配偶体(106)添加到样品中以结合在靶标上复合的抗原。任选地，通过DNA扩增反应(110)诸如滚环扩增来增加与靶标复合的对接链的数量。添加包含光学标记(107)的成像链(104)以结合对接链。在此阶段，可以对样品成像以检测信号并鉴定靶标。最后，可以任选地进行交换反应(108)以去除信号。图1E示出，附接至对接链(103)的靶标特异性结合配偶体(102)结合样品中的靶标(101)。添加包含抗原(105)的成像链(104)以结合对接链。将附接至对接链(103)的抗原特异性结合配偶体(106)添加到样品中以结合在靶标上复合的抗原。任选地，通过DNA扩增反应(110)诸如滚环扩增来增加与靶标复合的对接链的数量。添加包含光学标记(107)的成像链(104)以结合对接链。在此阶段，可以对样品成像以检测信号并鉴定靶标。最后，可以任选地进行交换反应(108)以去除信号。图1F示出，附接至对接链(103)的靶标特异性结合配偶体(102)结合样品中的靶标(101)。添加包含抗原(105)的成像链(104)以结合对接链。将抗原特异性结合配偶体(106)添加到样品中以结合在靶标上复合的抗原。将附接至对接链(103)的抗抗原特异性结合配偶体(109)添加到样品中，以通过层叠复合物结合靶标。任选地，通过DNA扩增反应(110)(产物未示出)来增加与靶标复合的对接链的数量。可以添加包含光学标记(107)的成像链(104)以结合与靶标复合的对接链。在此阶段，可以对样品成像以检测信号并鉴定靶标。最后，可以任选地进行交换反应(108)以去除信号。虽然图1F显示为图1E的变体，但它也可以用与抗原直接缀合的一级抗体进行(诸如图1D)，而非用与对接链缀合的一级抗体进行(诸如图1E)。
图2A-图2D示出了显示使用生物素化的成像链和染料标记的链霉抗生物素蛋白对扁桃体组织进行2重测定的DNA抗原交换结果的数据。图2A示出了制备样品的空白图像。图2B示出了添加成像链I1-bio和SA-Cy5后样品中Ki67的图像。图2C示出了去除I1-bio和SA-Cy5的交换步骤后的样品图像。图2D示出了添加成像链I2-bio和SA-Cy5后样品中细胞角蛋白的图像。
图3A-图3B示出了使用用HRP标记的成像链和染料标记的抗HRP抗体进行的DNA抗原交换的扩增(图3A)与用荧光团标记的成像链的非扩增图像(图3B)的比较。两幅图像的亮度等级设置为0-3000。
图4示出了显示FFPE扁桃体组织中细胞角蛋白靶标上DNA-抗原扩增的数据。使用抗原缀合的一级抗体和DNA缀合的抗抗原抗体对细胞角蛋白染色；使用滚环扩增来增加与DNA缀合的抗抗原抗体缔合的对接链的数量；并在对样品成像之前使荧光标记的成像链结合。
本申请中使用了以下参考标号：′
具体实施方式
I.使用DNA-抗原交换扩增进行多重化成像
本申请涉及用于用一个或多个特异性结合配偶体测试一个或多个靶标的存在的方法和组合物。可以通过一系列结合相互作用将组分复合在一起以将靶标与检测元件连接。
交换成像是一种实现高多重化能力的方法，借此可以同时或顺序地在同一样品中对大量靶标成像。交换成像依赖于引入可检测部分的能力，所述可检测部分(例如通过分子复合物)特异性地结合样品中的一个或多个靶标，其中不同的靶标类型与不同的可检测部分结合；然后其次依赖于从样品中去除可检测部分的能力。然后可以通过引入附接至一个或多个可检测标记的抗原特异性结合配偶体来检测样品中与靶标特异性结合剂结合的靶标，所述靶标特异性结合剂附接至与抗原结合成像链附接的对接链。然后可以任选地去除所得信号。在一个实例中，通过破坏对接链与成像链之间的结合亲和力来去除信号。
信号扩增通常对低丰度靶标有利，或者当成像设备的灵敏度低时有利。信号扩增涵盖增加特异性地结合靶标的可检测元件的数量的概念。在一个非限制性实例中，信号扩增源于增加与靶标缔合的荧光团的数量。信号扩增方法可以与DNA-抗原交换方法结合，以产生更大的测定灵敏度、动态范围和更大的内容生成。在这里，我们讨论了涵盖DNA-抗原交换和信号扩增的实施方案。
在一些实施方案中，DNA-抗原交换方法包括(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至对接链，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的对接链；(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体；(3)使所述样品与(直接或间接地)连接至光学标记的抗原结合成像链和抗原特异性结合配偶体接触，(a)其中所述抗原结合成像链直接或间接地与对接链具有互补性，且(b)其中每个抗原特异性结合配偶体连接至一个或多个光学标记，并且其中具有不同特异性的抗原特异性结合配偶体连接至不同的光学标记；(4)任选地去除未结合的抗原结合成像链和/或抗原特异性结合配偶体；(5)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体；(6)任选地去除/熄灭来自所述光学标记的信号(即，信号终止)；以及(7)任选地重复步骤(1)-(7)，或其任何子集(诸如(1)-(6)或其他子集，记住一些步骤可不重复，尤其是所述信号终止步骤)。
任选地去除/熄灭来自光学标记的信号，意指导致信号终止的任何步骤。这可以包括从对接链中去除抗原结合成像链，使成像链和/或对接链裂解或降解，使标记光漂白或以其他方式熄灭其信号，或将标记从其所附接的部分中去除。这样的信号终止步骤可以完全消除来自光学标记的信号，或者基本上可以减少来自光学标记的信号，信号减少至少99％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、60％或50％。
在一些方法中，抗原特异性结合配偶体和抗原结合成像链在本文的方法中逐步添加。即，所述DNA-抗原交换方法包括(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至对接链，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的对接链；(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体；(3)使所述样品与抗原结合成像链接触，所述抗原结合成像链直接或间接地与对接链具有互补性；(4)任选地去除未结合的抗原结合成像链；(5)使所述样品与标记的抗原特异性结合配偶体接触，其中每个抗原特异性结合配偶体连接至一个或多个光学标记，并且其中具有不同特异性的抗原特异性结合配偶体连接至不同的光学标记；(6)任选地去除未结合的抗原特异性结合配偶体；(7)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体；(8)任选地去除/熄灭来自所述光学标记的信号(即，信号终止)；以及(9)任选地重复步骤(1)-(9)，或其任何子集(诸如(1)-(8)或其他子集，记住一些步骤可不重复，尤其是所述信号终止步骤)。
在一些其他实施方案中，将抗原特异性结合配偶体和抗原结合成像链预混合，然后将它们包括在本文的方法中。即，所述DNA-抗原交换方法包括(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至对接链，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的对接链；(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体；(3)使所述样品与标记的抗原特异性结合配偶体接触，其中每个抗原特异性结合配偶体连接至一个或多个光学标记，其中具有不同特异性的抗原特异性结合配偶体连接至不同的光学标记，并且其中所述标记的抗原特异性结合配偶体与抗原结合成像链结合，所述抗原结合成像链直接或间接地与对接链具有互补性；(4)任选地去除未结合的标记的抗原特异性结合配偶体和抗原结合成像链；(5)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体；(6)任选地去除/熄灭来自所述光学标记的信号(即，信号终止)；以及(7)任选地重复步骤(1)-(7)，或其任何子集(诸如(1)-(6)或其他子集，记住一些步骤可不重复，尤其是所述信号终止步骤)。
在于至少段落[0021]中陈述且参考该段落的标号的一些实施方案中，步骤(3)和(4)一起包括：(a)首选使样品与抗原结合成像链接触；(b)其次任选地去除未结合的抗原结合成像链；(c)第三使样品与标记的抗原特异性结合配偶体接触；以及(d)第四任选地去除未结合的抗原特异性结合配偶体。
在于至少段落[0021]中陈述且参考该段落的标号的一些实施方案中，步骤(3)包括使样品与抗原特异性结合配偶体接触，其中抗原特异性结合配偶体与抗原结合成像链结合。关于结合，申请人意图包括共价结合和非共价结合两者。
在于至少段落[0026]中陈述的一些实施方案中，步骤(3)和(4)一起包括：(a)通过使样品与抗原结合成像链接触来增加可观察信号，所述抗原结合成像链直接或间接地与对接链具有互补性；(b)任选地去除未结合的抗原结合成像链；(c)使样品与标记的抗原特异性结合配偶体接触，其中每个抗原特异性结合配偶体连接至一个或多个光学标记，并且其中具有不同特异性的抗原特异性结合配偶体连接至不同的光学标记；以及(d)任选地去除未结合的抗原特异性结合配偶体。
在一些实施方案中，所述方法包括去除未与对接链结合的抗原结合成像链。在一些实施方案中，所述方法包括去除未与抗原结合成像链结合的抗原特异性结合配偶体。
II.DNA-抗原扩增
动态调整信号扩增水平的能力在实验工作流、样品制备和测定开发中实现了更大的灵活性。靶标表达水平可能因样品而异。因此，能够在实验进行中调整信号扩增水平是有益的。首先可以制备样品和图像而不进行任何扩增。在成像时，如果发现信号低，则可能希望将未扩增的检测试剂更换为扩增的检测试剂。或者，可以在进行任何成像之前对样品使用扩增。
在一个实施方案中，DNA-抗原扩增可用于在功能上表征测定试剂。例如，可以应用DNA-抗原扩增来验证或质量检查抗体-DNA缀合物的产生。
在一个实施方案中，采用DNA-抗原扩增来检测样品中的多个靶标。在另一个实施方案中，使用来自相同宿主物种的靶标特异性结合配偶体来结合样品中的多个靶标。在一个非限制性实例中，来源于相同宿主物种的多个一级抗体与多个靶标结合并用DNA-抗原扩增进行检测。
A.DNA-抗原扩增用于动态信号调整
本文所述的实施方案可以在初始成像步骤之后使用，其中使用者确定信号是否足够强或是否需要扩增。在初始成像步骤中，可以使样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，所述靶标特异性结合配偶体连接至对接链，其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的对接链。作为“预览”或初始成像步骤，然后使样品与标记的成像链(其直接或间接地与对接链具有互补性)接触，对样品成像，并去除结合的标记的成像链。该初始“预览”成像步骤将不使用抗原结合成像链和抗原特异性结合配偶体，除非使用者确定使用标记的成像链的初始成像步骤未产生足够的信号。如果需要扩增，使用者可以使用抗原结合成像链和标记的抗原特异性结合配偶体转换成扩增模式。本申请将该功能称为“动态信号调整”，因为抗原结合成像链和抗原特异性结合配偶体可用于在交换成像方法的工作流期间进行扩增。
因此，在一些实施方案中，DNA-抗原扩增方法包括(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至对接链，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的对接链；(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体；(3)使所述样品与标记的成像链接触，所述标记的成像链直接或间接地与对接链具有互补性；(4)任选地去除未结合的标记的成像链；(5)对所述样品成像以检测结合的标记的成像链；(6)去除结合的标记的成像链；(7)通过使所述样品与抗原结合成像链接触来增加可观察信号，所述抗原结合成像链直接或间接地与对接链具有互补性；(8)任选地去除未结合的抗原结合成像链；(9)使所述样品与标记的抗原特异性结合配偶体接触，其中每个抗原特异性结合配偶体连接至一个或多个光学标记，并且其中具有不同特异性的抗原特异性结合配偶体连接至不同的光学标记；(10)任选地去除未结合的抗原特异性结合配偶体；(11)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体；(12)任选地去除/熄灭来自所述光学标记的信号(即，信号终止)；以及(13)任选地重复步骤(1)-(13)，或其任何子集(诸如(1)-(12)或其他子集，记住一些步骤可不重复，尤其是所述信号终止步骤)。
在于至少段落[0021]中陈述并参考该段落的标号的一些实施方案中，在步骤(2)和(3)之间该方法包括：(a)使样品与标记的成像链接触，所述标记的成像链直接或间接地与对接链具有互补性；(b)任选地去除未结合的标记的成像链；(c)对样品成像以检测结合的标记的成像链；以及(d)去除结合的标记成像链。
B.DNA-抗原扩增组合物
在一个实施方案中，描述了一种组合物，所述组合物包含：(a)第一结合配偶体-寡核苷酸缀合物，所述缀合物包含与包含对接结构域的寡核苷酸连接的结合配偶体；(b)抗原结合的寡核苷酸缀合物，所述缀合物包含与包含成像结构域的寡核苷酸连接的抗原，其中(b)的成像结构域与(a)的对接结构域互补；以及(c)标记的抗原特异性结合配偶体，所述标记的抗原特异性结合配偶体包含与抗原特异性结合配偶体连接的光学标记，其中(c)的抗原特异性结合配偶体对(b)中的抗原具有特异性。
C.采用二级结合配偶体进行扩增
在一些实施方案中，引入连接至光学标记的二级结合配偶体，其中二级结合配偶体直接或间接地特异性地结合抗原特异性结合配偶体。这允许层叠另外的连接至光学标记的结合配偶体以获得更强的信号。当二级结合配偶体直接结合时，二级结合配偶体因此可以是抗-抗原特异性结合配偶体。
在一些实施方案中，二级结合配偶体和抗原结合成像链的抗原各自包含相同的抗原。这意味着二级结合配偶体的至少部分和抗原是相同的，即使二级结合配偶体与光学标记结合并且抗原与成像链结合。在其他实施方案中，二级结合配偶体和抗原结合成像链的抗原可以包含不同的抗原，换句话说，在该实施方案中，二级结合配偶体可以不包含抗原结合成像链的抗原。
在一些实施方案中，抗原和二级结合配偶体各自包含生物素。在一些实施方案中，抗原特异性结合配偶体包含链霉抗生物素蛋白。
在一些实施方案中，二级结合配偶体间接结合抗原特异性结合配偶体。例如，如果抗原是生物素并且抗原特异性结合配偶体是链霉抗生物素蛋白，则如果使用采用通过接头缀合的两个生物素部分的构建体，则二级结合配偶体也可以是链霉抗生物素蛋白。当需要甚至更强的信号时，该实施方案可能具有优势，因为有可能将标记的更多拷贝缀合至链霉抗生物素蛋白而不是生物素。因此，采用两个生物素部分的构建体可以用作使二级结合配偶体与抗原特异性结合配偶体特异性结合的桥。
在一些实施方案中，抗原特异性结合配偶体和二级结合配偶体均包含抗体或其抗原结合片段。
在一些情况下，抗原特异性结合配偶体是抗原的一级抗体或其抗原结合片段，且二级结合配偶体是二级抗体或其抗原结合片段。
在一些实施方案中，多个抗原特异性结合配偶体与单个抗原结合。在一些实施方案中，抗原特异性结合配偶体包含多克隆抗体。在一些实施方案中，使用多种类型的抗原特异性结合配偶体。例如，多种类型的抗原特异性结合配偶体可包括多于一种针对抗原上不同表位的单克隆抗体。
在一些实施方案中，可以采用多层扩增，使得多个二级抗体彼此层叠。例如，第一二级抗体可结合抗原，而第二二级抗体(即三级抗体)可结合第一二级抗体，依此类推。第三二级抗体(即四级抗体)可结合第二二级抗体，依此类推。所采用的层数取决于所需的扩增和其他因素，如下所述。
当采用二级结合配偶体进行扩增时，一些层叠复合物能够通过洗涤步骤去除。其他层叠复合物可能无法通过洗涤步骤去除。可去除的那些层叠复合物可用于交换成像与扩增。不可去除的那些层叠复合物可用于扩增以及用于交换成像反应中的最后成像步骤。
III.组分
A.靶标
在某些实施方案中，靶标特异性结合配偶体对细胞标记物具有特异性。细胞标记物可包括：4-1BB、AFP、ALK1、淀粉样蛋白A、淀粉样蛋白P、雄激素受体、膜联蛋白A1、ASMA、BCA225、BCL-1、BCL-2、BCL-6、BerEP4、β-联蛋白、β-HCG、BG-8、BOB-1、CA19-9、CA125、降钙素、钙调结合蛋白、钙调理蛋白-1、钙网膜蛋白、CAM 5.2、CD1a、CD2、CD3、CD4、CD5、CD7、CD8、CD10、CD15、CD19、CD20、CD21、CD22、CD23、CD25、CD30、CD31、CD33、CD34、CD38、CD42b、CD43、CD45LCA、CD45RO、CD56、CD57、CD61、CD68、CD79a、CD99、CD117、CD138、CD163、CDX2、CEA、嗜铬粒蛋白A、CMV、c-kit、c-MET、c-MYC、IV型胶原、补体3c(C3c)、COX-2、CXCR5、CK1、CK5、CK6、CK7、CK8、CK14、CK18、CK17、CK19、CK20、CK903、CK AE1、CK AE1/AE3、D2-40、肌间线蛋白、DOG-1、E-钙粘蛋白、EGFR、EMA、ER、ERCC1、因子VIII-RA、因子XIIIa、成束蛋白、FoxP1、FoxP3、半乳糖凝集素-3、GATA-3、GCDFP-15、GCET1、GFAP、血型糖蛋白A、磷脂酰肌醇蛋白聚糖3、颗粒酶B、HBME-1、幽门螺杆菌、血红蛋白A、Hep Par 1、HER2、HHV-8、HMB-45、HSV 1/11、ICOS、IFNγ、IgA、IgD、IgG、IgM、IL17、IL4、抑制素、iNOS、κIg轻链、Ki67、LAG-3、λIg轻链、溶菌酶、乳腺珠蛋白A、MART-1/Melan A、肥大细胞类胰蛋白酶、MLH1、MOC-31、MPO、MSA、MSH2、MSH6、MUC1、MUC2、MUM1、MyoD1、肌细胞生成素、肌红蛋白、天冬氨酸蛋白酶A、巢蛋白、NSE、Oct-2、OX40、OX40L、p16、p21、p27、p40、p53、p63、p504s、PAX-5、PAX-8、PD-1、PD-L1、PHH3、PIN-4、PLAP、PMS2、耶氏肺孢子虫(卡氏肺孢子虫)、PR、PSA、PSAP、RCC、5-100、SMA、SMM、Smoothelin、SOX10、SOX11、表面活性物质载脂蛋白A、突触素、TAG 72、TdT、血栓调节蛋白、甲状腺球蛋白、TIA-1、TIM3、TRAcP、TTF-1、酪氨酸酶、Uroplakin、VEGFR-2、绒毛蛋白、波形蛋白和WT-1。在其他实施方案中，靶标特异性结合配偶体对来自不同物种的免疫球蛋白具有特异性。
B.靶标特异性结合配偶体
靶标特异性结合配偶体是指可用于检测靶标分子的抗体和抗体样分子。抗体是指可以特异性地识别靶标分子的来自任何物种的任何免疫球蛋白。抗体样分子是指(A类)抗体的任何工程化变异或片段诸如Fab、Fab′、F(ab′)2、单重链、双体等(抗体的抗原结合片段)；(B类)靶标分子的任何已知的结合配偶体和这种结合配偶体的工程化变体；(C类)通过定向进化进行工程化的靶标分子的任何结合配偶体(例如肽和适体)；和(D类)选择性地与靶标形成一个或多个共价键的任何分子(例如感兴趣酶的自杀底物)。在整个说明书中对特定类型的抗体的提及包括全长抗体和任何抗体样分子，所述抗体样分子包括抗体的任何工程化变异或片段诸如Fab、Fab′、F(ab′)2、单重链、双体等(抗体的抗原结合片段)。因此，例如在表2中，当靶标识别部分提及抗体时，它还包括那些抗体的抗原结合片段。
靶标特异性结合配偶体可以提供于液体介质或缓冲溶液中。可以在单个步骤或多个步骤中，诸如在先前的成像步骤之后，使不同靶标的靶标特异性结合配偶体与样品接触。
表2提供了靶标和对应的靶标识别部分的代表性列表。
表3提供了另外的靶标的列表。这些靶标的抗体和其他已知的结合配偶体可用作靶标识别部分。
C.对接链
在一些实施方案中，对接部分或对接链是核酸、蛋白质、肽或化学化合物。已知许多蛋白质和蛋白质结构域与其他蛋白质、结构域或肽相互作用。一些最知名的结构域包括SH2、SH3和WD40结构域。在许多情况下，这些蛋白质和结构域的结合配偶体是已知的，并且可以被工程化为具有所需的亲和力。例如，生物素和抗生物素蛋白/链霉抗生物素蛋白以足够的特异性相互作用。许多其他化学化合物，诸如地高辛、荧光素、他克莫司和雷帕霉素也具有众所周知的结合配偶体。
在一些实施方案中，对接链包含核酸。在一些实施方案中，核酸是单链核酸诸如单链DNA、RNA或核酸类似物。核酸类似物(也称为非天然核酸)可包括改变的磷酸骨架、改变的戊糖和/或改变的核碱基。核酸类似物可包括但不限于2′-O-甲基核糖核酸、2′-氟核糖核酸、肽核酸、吗啉代和锁核酸、乙二醇核酸和苏糖核酸。
在一些实施方案中，对接链与成像链共价附接，而在其他实施方案中非共价附接。
在一些实施方案中，对接链包含单链核酸，并且可以长约5至20个核酸、约8至15个核酸或长约10至12个核酸。在一些实施方案中，对接链长约5个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、18个或20个核酸。
对接链可以是独立元件，或者它可以是靶标识别部分的一部分。例如，如果靶标识别部分是抗体，则抗体的Fc结构域的一部分可以是对接链，并且可以使用结合Fc结构域的肽或蛋白质，诸如蛋白质A或蛋白质G。
对接链可以提供于液体介质或缓冲溶液中。
D.成像链
成像链可以是与对接链互补(即，能够特异性地结合对接链)并且(直接或间接地)连接至抗原的任何分子。在一些实施方案中，对接链可以是核酸链、蛋白质、肽或化学化合物。在这种情况下，可观察部分或标记可以缀合至成像部分，所述成像部分可以是与对接链互补的核酸链。换句话说，成像链特异性地结合对接链。在这种情况下，标记可以缀合至成像部分，所述成像部分可以长约5至20个核酸、约8至15个核酸或长约10至12个核酸。在一些实施方案中，成像部分长约5个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、18个或20个核酸。
在一些实施方案中，成像部分与对接链之间的互补部分可以长约5至20个核酸、约8至15个核酸或长约10至12个核酸核酸长。在一些实施方案中，成像部分与对接链之间的互补部分可以长约5个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、18个或20个核酸。
在一些实施方案中，核酸成像链包含单链核酸诸如单链DNA、RNA或核酸类似物。核酸类似物(也称为非天然核酸)可包括改变的磷酸骨架、改变的戊糖和/或改变的核碱基。核酸类似物可包括但不限于2′-O-甲基核糖核酸、2′-氟核糖核酸、肽核酸、吗啉代和锁核酸、乙二醇核酸和苏糖核酸。
在一些实施方案中，作为上文0部分中讨论的对接链选项的配偶体，成像部分是蛋白质、肽或化学化合物。
在一些实施方案中，对接链可诸如通过中间部分间接结合成像部分。例如，当对接链和成像部分是核酸时，可以使用包含核酸的中间部分，只要中间部分具有与对接链互补的第一区域和与成像部分互补的第二区域即可。在该实施方案中，对接链不必与成像部分互补。中间部分可以仅用于桥接功能，或者它也可以用于扩增功能。
成像链可以提供于液体介质或缓冲溶液中。
E.中间链
在一些情况下，对接链通过中间部分(或中间链)结合成像链。例如，当对接部分和成像部分包含核酸时，可以使用包含核酸的中间链，只要中间链具有与对接链互补的第一区域和与成像链互补的第二区域即可。在此类实施方案中，对接链不必与成像部分互补。
在一些实施方案中，将中间链添加到包含直接或间接地连接至对接链的靶标特异性结合配偶体的样品中作为第一步，并且添加成像链作为第二步。在另一个实施方案中，不以分立的步骤添加中间链和成像链。在一些情况下，将中间链和成像链杂交在一起，然后在单个步骤中添加。
在一些实施方案中，中间链包含核酸。在一些实施方案中，核酸是单链核酸诸如单链DNA、RNA或核酸类似物。核酸类似物(也称为非天然核酸)可包括改变的磷酸骨架、改变的戊糖和/或改变的核碱基。核酸类似物可包括但不限于2′-O-甲基核糖核酸、2′-氟核糖核酸、肽核酸、吗啉代和锁核酸、乙二醇核酸和苏糖核酸。
在一些实施方案中，中间链包含单链核酸，并且可以长约5至30个核酸、约8至15个核酸或长约10至12个核酸。在一些实施方案中，中间链长约5个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、18个、20个、25个或30个核酸。
中间链可以提供于液体介质或缓冲溶液中。
F.抗原
抗原可包括半抗原、小分子、蛋白质或免疫原性分子。例如，抗原可包括但不限于地高辛、生物素、抗生物素蛋白、链霉抗生物素蛋白、辣根过氧化物酶(HRP)、白蛋白、牛血清白蛋白、匙孔虫戚血蓝蛋白、似鲍罗螺(Concholepas concholepas)血蓝蛋白、卵清蛋白、碱性磷酸酶、蛋白质C或它们的衍生物。抗原可包括分子诸如硝基苯基、二硝基苯基、三硝基苯基、洋地黄毒苷、5-溴脱氧尿苷、3-硝基酪氨酸、苄基鸟嘌呤、苄基胞嘧啶、三聚氰胺、小分子药物和任何其他类似的化学标签。抗原可包括Myc标签、FLAG标签、SNAP标签、CLIP标签、HA标签、S标签、Streptag、His标签或V5标签。抗原可以是抗体(例如IgG、IgM、IgA、IgD、IgE等)、抗体片段(Fab、Fab′、F(ab′)2、Fc、pFc′、单链可变片段(scFv)、di-scFv、单结构域抗体(sdAb)、纳米抗体)。抗原可包括在本申请中作为靶标列出的任何细胞标记物，例如表3中列出的那些蛋白质。
抗原可以是核酸或适体，包括但不限于非天然核酸和寡聚物。抗原可以是聚合物(例如氨基酸寡聚物、肽、纤维素、果胶、聚乙烯、聚乙二醇(PEG)、葡聚糖、环糊精、尼龙、特氟隆、聚苯乙烯、PVC、聚丙烯)或分子印迹(MIP)。抗原可以是有机荧光团(例如Alexa Fluor染料、Atto染料、荧光素(FITC))、荧光或化学发光蛋白质(例如GFP、RFP、YFP、mCherry、藻红蛋白)。抗原可以是错误折叠或变性的蛋白质。抗原可以是纳米颗粒或涂覆的纳米颗粒。抗原可以通过化学合成产生、是天然存在的、是重组表达的或是遗传工程化的。
抗原可以是线性的、环状的、支链的、聚合的或树枝状的。抗原可以具有一个或多个表位，并且可以结合一个或多个抗原特异性结合配偶体。一个或多个不同种类的抗原结合配偶体可以结合同一抗原的不同表位。
G.抗原特异性结合配偶体
抗原特异性结合配偶体可以指可用于检测抗原的抗体和抗体样分子。抗体是指可以特异性地识别靶标分子或抗原的来自任何物种的任何免疫球蛋白。抗体样分子是指(A类)抗体的任何工程化变异或片段诸如Fab、Fab′、F(ab′)2、单重链、双体等(抗体的抗原结合片段)；(B类)抗原分子的任何已知的结合配偶体和这种结合配偶体的工程化变体；(C类)通过定向进化进行工程化的抗原分子的任何结合配偶体(例如肽和适体)；和(D类)选择性地与抗原形成一个或多个共价键的任何分子(例如感兴趣酶的自杀底物)。
抗原特异性结合配偶体还可以是对抗原具有高亲和力的蛋白质。例如，在使用生物素作为抗原的情况下，可以使用链霉抗生物素蛋白作为结合配偶体。如果抗原是金属离子，则抗原特异性结合配偶体可以是螯合剂，诸如EDTA、乙二胺、聚组氨酸、血红素、卟啉、冠醚、穴状配体或另一种多齿配体。
抗原特异性结合配偶体可以与抗原形成共价缔合或非共价缔合。
可以在单个步骤或多个步骤中，诸如在先前的成像步骤之后，使对应于不同靶标的抗原特异性结合配偶体与样品接触。
抗原结合成像链的抗原和抗原特异性结合配偶体在表4中成对描述。
H.核酸扩增方法
可以通过扩增本文描述的对接菌株来使用另外的核酸扩增方法。因此，本文的方法和构建体可受益于抗原：抗原特异性结合配偶体扩增，但它们也可受益于核酸扩增。
在核酸扩增方法中，使用扩增链(在一些情况下为环状DNA模板)扩增(直接或间接地)与靶标识别部分结合的寡核苷酸(诸如对接链)，然后通过DNA聚合酶延伸对接链以产生扩增链的反向互补序列的连环化重复序列(即扩增的链或滚环扩增(RCA)产物)。
核酸扩增诸如RCA的使用在图1D-图1F中示出。事实上，对接链可以用作聚合或树枝状化反应的引物分子。这种聚合反应的一个实例是RCA，其中RCA的引物(直接或间接地，例如参见图1D和图1E)连接至靶标识别分子并转化为长的重复单链DNA。荧光分子可以通过荧光标记的核苷酸直接掺入RCA产物中，或者作为被设计来与RCA产物杂交的荧光标记的寡核苷酸的一部分与RCA产物结合。这种聚合或树枝状化反应的其他实例包括基于支链DNA支点的链置换(branched DNA toehold-based strand displacement)(Schweller等人PMCID：PMC3517005)、杂交链式反应(HCR)(Dirks等人，2014，PMID：15492210、24712299)和类似的基于DNA发夹的树枝状化反应(Yin等人，2008，PMID 18202654)(这里我们称之为HDR)。可以使用其他基于发夹的连环化方法。
可以使用RCA、HCR或HDR从连接至抗体的引物分子产生聚合产物或树枝状产物。在一些实施方案中，产物可含有许多(例如大于2个、5个、10个、15个、20个、25个、50个、100个等)拷贝的单链DNA结构域，其可用作对接链，因此被用作成像链的寡核苷酸识别。此类DNA结构域可能足够长(例如长7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、20个或更多个核苷酸，或能够在成像条件下结合其互补链，Kd＜1nM)。对于RCA，这是定期实现的。对于HCR和HDR，如果需要，可以在底物发夹的环或尾部包括不参与链置换级联但构成成像链结合位点的一部分或全部的DNA结构域。在一些实施方案中，信号扩增涉及将靶标识别分子(共价或非共价地)连接至用作聚合或树枝状化反应的引物分子的对接链。
1.滚环扩增
在滚环扩增中，用作RCA引物的对接链(直接或间接地)连接至靶标识别分子，并转化为长的重复单链DNA。荧光分子可以通过荧光标记的核苷酸直接掺入RCA产物中，或者作为被设计来与RCA产物杂交的荧光标记的寡核苷酸的一部分与RCA产物结合。
在一些实施方案中，成像链可以与RCA反应期间(直接或间接地)连接至靶标识别部分的RCA产物(例如扩增链的反向互补序列的连环化重复序列)杂交。因此，在一些实施方案中，使用滚环扩增发生扩增，同时存在与扩增链具有互补性的标记的成像链。例如，可以使样品与缀合至靶标识别部分的寡核苷酸对接链接触，所述寡核苷酸对接链或者与扩增链预杂交，或者扩增链可以在后面的步骤中杂交。然后，可以在一个步骤中添加用于RCA反应的所有其他组分，包括蛋白质(例如DNA聚合酶，任选为BSA)、核苷酸、缓冲溶液、盐和成像链。在一些实施例中，使用者可能希望阻止成像链被扩增。这可以通过几种方法实现，这些方法包括但不限于采用在3′末端具有修饰的3′-修饰的成像链。例如，成像链上的3′修饰可包括标记(诸如荧光团)、修饰的碱基、终止码或终止子、′-O-修饰、双脱氧-C、双脱氧-G、双脱氧-A、双脱氧-T、反向核苷酸、消除3′羟基存在的任何修饰、或不与扩增链互补的3′末端的单链延伸。
除HCR和RCA之外，此类聚合或树枝状化反应的其他实例包括但不限于基于DNA发夹的树枝状化反应(HDR)(Yin等人，2008，PMID 18202654)和支点介导的链置换(toe-holdmediated strand displacement)。
DNA链置换是一种用于DNA复合物的等温和动态交换的方法。可以基于对DNA杂交相互作用和热力学的理解来设计和有意地控制链置换，并且可以通过引入被称为“支点结构域”的工程化手柄来促进链置换。调节结合相互作用以及交换杂交配偶体的能力产生了一系列潜在的信号扩增应用。
可以顺序地进行多个靶标的扩增。或者，可以同时进行多个靶标的扩增。成像步骤可以在几轮扩增之间或在所有扩增轮次之后进行。
甚至可以组合使用多种类型的信号扩增。例如，Gusev等人报告了组合滚环扩增和基于HRP的信号扩增(PMID：11438455)。
2.非线性扩增
RCA的另一种方法涉及使用非线性扩增链或模板链，其中与靶标识别部分(直接或间接地)结合的寡核苷酸(诸如对接链)与环状DNA模板(扩增链)杂交，然后通过DNA聚合酶延伸对接链以产生扩增链的反向互补序列的连环化重复序列(即扩增的链或RCA产物)。扩增链与缀合靶标识别部分的寡核苷酸的杂交可以在缀合靶标识别部分的寡核苷酸与样品接触之前(预组装或预杂交)或之后发生。
非线性DNA模板可作为环状扩增链用于信号扩增。可以与扩增方法分开产生与对接链互补的环状寡核苷酸。例如，可以在模板DNA链上进行非原位连接以形成DNA的环状链。可以在接触样品之前，使环状链与附接至靶标特异性结合配偶体的对接链杂交。或者，可首先使用靶标特异性结合配偶体对样品染色，然后可将环状链引入样品中以与靶标特异性结合配偶体上的对接链杂交。在形成复合物(其中环状链附接至与靶标特异性结合配偶体连接的对接链)之后，可以进行滚环扩增(RCA)。该方法提供了某些优点，因为它可用于避免低效原位连接步骤所带来的问题。
在一些实施方案中，聚合酶可用于RCA。在一些情况下，标记的成像链是线性链。在一些情况下，非线性扩增链是环状链。在一些情况下，非线性扩增链是分支链。在一些情况下，非线性扩增链在连接后变成环状。
在一些实施方案中，扩增产物可包括几何形状，诸如三角形、四边形、五边形、六边形等。
I.光学标记
各种光学标记，也称为可观察部分，可用于信号传导目的。光学标记可以与抗原特异性结合配偶体结合(参见图1A)。光学标记可以与特异性地结合抗原特异性结合配偶体的二级结合配偶体结合(参见图1B)。光学标记可以与成像链结合(参见图1C、图1D和图1E)。光学标记可以与核苷酸结合并掺入核酸扩增反应中(类似于图1D和图1E，但没有成像链)。因此，光学标记可以与抗原特异性结合配偶体直接或间接地结合。
在一些实施方案中，可以采用任何可观察部分，并且在一些实施方案中，该部分是光学可观察的。该部分可以是信号吸收或信号发射。在信号发射分子中，可以使用发荧光的分子，诸如有机小分子，包括但不限于荧光团，诸如但不限于荧光素、罗丹明、花菁染料、Alexa染料、DyLight染料、Atto染料等。
在一些实施方案中，可以采用有机聚合物诸如p-点。在一些实施方案中，可观察部分可以是生物分子，包括但不限于荧光蛋白或荧光核酸(包括荧光RNA，包括Spinach及其衍生物)。在一些实施方案中，可观察部分可以是包括Q点的无机部分。在一些实施方案中，可观察部分可以是通过散射(弹性散射或非弹性散射)进行操作的部分，诸如纳米颗粒和表面增强拉曼光谱(SERS)报告子(例如4-巯基苯甲酸、2，7-巯基-4-甲基香豆素)。在一些实施方案中，可观察部分可以是化学发光/电化学发光发射体，诸如钌络合物和萤光素酶。可观察部分可以产生光学信号、电磁信号(在整个电磁光谱上)、原子/分子质量(例如可通过质谱法检测)、有形质量(例如可通过原子力显微镜检测)、电流或电压。
在一些实施方案中，具有光学标记的抗原特异性结合配偶体可具有多个标记或可观察部分。例如，如果抗原特异性结合配偶体是链霉抗生物素蛋白，则它可以携带至少5个或6个荧光团。根据所需的信号程度，较大的抗原特异性结合配偶体可用于产生额外的信号传导容量。
J.样品
本文所述的试剂和技术可用于询问多个不同的样品。在一些情况下，样品是细胞、细胞裂解物、组织、组织裂解物、体液和/或完整生物体。
实施例
实施例1.在组织中用生物素抗原和染料标记的链霉抗生物素蛋白进行DNA-抗原交换
将福尔马林固定的石蜡包埋的(FFPE)扁桃体组织切片脱蜡并使用PT缓冲液(pH6)在Lab Vision PT模块中进行抗原修复。将组织切片在3％BSA和0.2％Triton-X 100中封闭1.5小时，然后在1x PBS中冲洗。将组织切片用小鼠抗细胞角蛋白和兔抗Ki67一级抗体在4C下在湿度室中染色过夜。然后将组织切片用1x PBS洗涤，并在室温下用缀合至DNA对接链(D1)的山羊抗小鼠二级抗体和缀合至不同DNA对接链(D2)的山羊抗兔抗体染色1.5小时。将组织切片再次在1x PBS中洗涤并进行DAPI染色。使用荧光显微镜在DAPI和Cy5通道中对组织切片成像以用作空白。(参见图2A)
将包含与DNA链(其包括与对接链D1互补的结构域)杂交的生物素化DNA链的成像链(I1-bio)添加到制备的组织切片中，并使其在室温下杂交25分钟。洗涤切片以去除未结合的I1-bio。然后，添加Cy5标记的链霉抗生物素蛋白(SA-Cy5)溶液，并使其在室温下孵育30分钟。将组织在含有0.1％Tween-20的1x PBS中洗涤。洗涤后，使用10x物镜在DAPI和Cy5通道中捕获荧光图像。(参见图2B)
然后通过在室温下将10单位的USER酶施加到组织切片15分钟，用1x PBS洗涤，去除成像链I1-bio。使用荧光显微镜在Cy5通道中确认荧光信号的完全去除。(参见图2C)。
将包含与DNA链(其包括与对接链D2互补的结构域)杂交的生物素化DNA链的成像链(I2-bio)添加到制备的组织切片中，并使其在室温下杂交25分钟。洗涤切片以去除未结合的I2-bio。然后，添加Cy5标记的链霉抗生物素蛋白(SA-Cy5)溶液，并使其在室温下孵育30分钟。将组织在含有0.1％Tween-20的1x PBS中洗涤。洗涤后，使用10x物镜在DAPI和Cy5通道中捕获荧光图像。(参见图2D)。
实施例2.用HRP抗原和染料标记的抗HRP抗体进行DNA-抗原交换
将福尔马林固定的石蜡包埋的(FFPE)扁桃体组织切片脱蜡并使用PT缓冲液(pH6)在Lab Vision PT模块中进行抗原修复。将组织切片在3％BSA和0.2％Triton-X 100中封闭1.5小时，然后在1x PBS中冲洗。将组织切片用小鼠抗细胞角蛋白和兔抗Ki67一级抗体在4C下在湿度室中染色过夜。然后将组织切片用1x PBS洗涤，并在室温下用缀合至DNA对接链(D1)的山羊抗小鼠二级抗体和缀合至不同DNA对接链(D2)的山羊抗兔抗体染色1.5小时。将组织切片再次在1x PBS中洗涤并进行DAPI染色。使用荧光显微镜在DAPI和Cy5通道中对组织切片成像以用作空白。
将包含与DNA链(其包括与对接链D2互补的结构域)杂交的HRP缀合DNA链的成像链(I2-HRP)添加到制备的组织切片中，并使其在室温下杂交25分钟。洗涤切片以去除未结合的I2-HRP。然后，将组织切片用缀合至Alexa-647的山羊抗HRP抗体在室温下染色1.5小时，避光。通过在含有0.1％Tween-20的1x PBS中洗涤来去除未结合的物质。洗涤后，使用10x物镜在DAPI和Cy5通道中捕获荧光图像。(参见图3)。
实施例3.用直接标记的抗原和DNA标记的抗抗原抗体进行DNA-抗原交换
将福尔马林固定的石蜡包埋的(FFPE)扁桃体组织切片脱蜡并使用PT缓冲液(pH9)在Lab Vision PT模块中进行抗原修复。将组织切片在3％BSA和0.2％Triton-X 100中封闭1.5小时，然后在1x PBS中冲洗。将组织切片用缀合至二硝基苯基(DNP)的小鼠抗细胞角蛋白一级抗体在室温下染色1小时，然后洗涤以去除未结合的一级抗体DNP缀合物。然后将组织切片在室温下用缀合至对接链的抗DNP KLH多克隆抗体染色1.5小时。使用滚环扩增(RCA)进行对接链的扩增。在RCA反应后，添加与对接链互补且用Cy5.5荧光团标记的成像链，并使其在室温下孵育25分钟以结合样品。洗去未结合的成像链，并用荧光显微镜对样品成像(图4)。
实施例4：某些实施方案
项目A.在一些实施方案中，抗原特异性结合配偶体和抗原结合成像链在本文的方法中逐步添加。即，一种方法，所述方法包括：
(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至对接链，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的对接链，
(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体，
(3)使所述样品与抗原结合成像链接触，所述抗原结合成像链直接或间接地与对接链具有互补性，
(4)任选地去除未结合的抗原结合成像链，
(5)使所述样品与标记的抗原特异性结合配偶体接触，其中每个抗原特异性结合配偶体连接至一个或多个光学标记，并且其中具有不同特异性的抗原特异性结合配偶体连接至不同的光学标记，
(6)任选地去除未结合的抗原特异性结合配偶体，
(7)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体，
(8)任选地去除/熄灭来自所述光学标记的信号(即，信号终止)，以及
(9)任选地重复步骤(1)-(9)，或其任何子集(诸如(1)-(8)或其他子集，记住一些步骤可不重复，尤其是所述信号终止步骤)。
项目B.在一些实施方案中，将抗原特异性结合配偶体和抗原结合成像链预混合，然后将它们包括在本文的方法中。即，一种方法，所述方法包括：
(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至对接链，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的对接链，
(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体，
(3)使所述样品与标记的抗原特异性结合配偶体接触，其中每个抗原特异性结合配偶体连接至一个或多个光学标记，其中具有不同特异性的抗原特异性结合配偶体连接至不同的光学标记，并且其中所述标记的抗原特异性结合配偶体与抗原结合成像链结合，所述抗原结合成像链直接或间接地与对接链具有互补性，
(4)任选地去除未结合的标记的抗原特异性结合配偶体和抗原结合成像链，
(5)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体，
(6)任选地去除/熄灭来自所述光学标记的信号(即，信号终止)，以及
(7)任选地重复步骤(1)-(7)，或其任何子集(诸如(1)-(6)或其他子集，记住一些步骤可不重复，尤其是所述信号终止步骤)。
项目C.一种方法，所述方法包括：
(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至对接链，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的对接链，
(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体，
(3)使所述样品与标记的成像链接触，所述标记的成像链直接或间接地与对接链具有互补性，
(4)任选地去除未结合的标记的成像链，
(5)对所述样品成像以检测结合的标记的成像链，
(6)去除结合的标记的成像链，
(7)通过使所述样品与抗原结合成像链接触来增加可观察信号，所述抗原结合成像链直接或间接地与对接链具有互补性，
(8)任选地去除未结合的抗原结合成像链，
(9)使所述样品与标记的抗原特异性结合配偶体接触，其中每个抗原特异性结合配偶体连接至一个或多个光学标记，并且其中具有不同特异性的抗原特异性结合配偶体连接至不同的光学标记，
(10)任选地去除未结合的抗原特异性结合配偶体，
(11)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体，
(12)任选地去除/熄灭来自所述光学标记的信号(即，信号终止)，以及
(13)任选地重复步骤(1)-(13)，或其任何子集(诸如(1)-(12)或其他子集，记住一些步骤可不重复，尤其是所述信号终止步骤)。
实施例5：另外的实施方案
以下标号的项目提供对本文实施方案的额外支持和描述。
项目1.一种方法，所述方法包括：
(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至对接链，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的对接链，
(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体，
(3)使所述样品与(直接或间接地)连接至光学标记的抗原结合成像链和抗原特异性结合配偶体接触，
其中所述抗原结合成像链直接或间接地与对接链具有互补性，并且
其中每个抗原特异性结合配偶体连接至一个或多个光学标记，并且其中具有不同特异性的抗原特异性结合配偶体连接至不同的光学标记，
(4)任选地去除未结合的抗原结合成像链和/或抗原特异性结合配偶体，
(5)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体，
(6)任选地去除/熄灭来自所述光学标记的信号(即，信号终止)，以及
(7)任选地重复步骤(1)-(8)，或其任何子集(诸如(1)-(6)或其他子集，记住一些步骤可不重复，尤其是所述信号终止步骤)。
项目2.一种方法，所述方法包括：
(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至抗原，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的抗原，
(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体，
(3)使所述样品与连接至对接链的抗原特异性结合配偶体接触，其中不同的抗原特异性结合配偶体连接至不同的对接链，
(4)任选地去除连接至对接链的未结合的抗原特异性结合配偶体；
(5)添加成像链；
其中所述成像链直接或间接地与对接链具有互补性，并且
其中每个成像链(直接或间接地)连接至一个或多个光学标记，并且其中具有不同特异性的成像链连接至不同的光学标记，
(6)任选地去除未结合的成像链，
(7)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体，
(8)任选地去除/熄灭来自所述光学标记的信号(即，信号终止)，以及
(9)任选地重复步骤(1)-(8)，或其任何子集(诸如(1)-(7)或其他子集，记住一些步骤可不重复，尤其是所述信号终止步骤)。
项目3.一种方法，所述方法包括：
(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至第一对接链，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的对接链，
(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体，
(3)使所述样品与抗原结合成像链和抗原特异性结合配偶体接触，
其中所述抗原结合成像链直接或间接地与对接链具有互补性，并且
其中每个抗原特异性结合配偶体连接至至少一个第二对接链，
(4)任选地去除未结合的抗原结合成像链和/或抗原特异性结合配偶体，
(5)通过DNA扩增反应增加第二对接链链的数量，并使用光学标记标记所述第二对接链，
(6)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体，
(7)任选地熄灭来自所述光学标记的信号(即，信号终止)，以及(8)任选地重复步骤(1)-(8)，或其任何子集(诸如(1)-(7)或其他子集，记住一些步骤可不重复，尤其是所述信号终止步骤)。
项目4.如项目3所述的方法，其中所述第一对接链和所述第二对接链具有不同的序列。
项目5.如项目3所述的方法，其中所述第一对接链和所述第二对接链具有相同的序列。
项目6.一种方法，所述方法包括：
(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至抗原，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的抗原，
(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体，
(3)使所述样品与连接至对接链的抗原特异性结合配偶体接触，其中不同的抗原特异性结合配偶体连接至不同的对接链，
(4)任选地去除连接至对接链的未结合的抗原特异性结合配偶体；
(5)通过DNA扩增反应增加对接链的数量，并使用光学标记标记所述对接链，
(6)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体，
(7)任选地熄灭来自所述光学标记的信号(即，信号终止)，以及
(8)任选地重复步骤(1)-(8)，或其任何子集(诸如(1)-(7)或其他子集，记住一些步骤可不重复，尤其是所述信号终止步骤)。
项目7.如项目3-6中任一项所述的方法，其中使用所述DNA扩增反应中的标记核苷酸直接标记所述对接链。
项目8.如项目7所述的方法，其中所述标记的核苷酸是荧光标记的核苷酸。
项目9.如项目3-6中任一项所述的方法，其中使用结合所述对接链的标记的核酸标记所述对接链。
项目10.如项目3-9中任一项所述的方法，其中所述DNA扩增反应包括滚环扩增。
项目11.如项目3-9中任一项所述的方法，其中所述DNA扩增反应包括杂交链式反应。
项目12.如项目3-9中任一项所述的方法，其中所述DNA扩增反应包括基于发夹的连环化(包括树枝状化)反应。
项目13.如项目1、3-5或7-12中任一项所述的方法，其中步骤(3)和(4)一起包括：
a.首先使所述样品与抗原结合成像链接触，
b.其次任选地去除未结合的抗原结合成像链，
c.第三使所述样品与标记的抗原特异性结合配偶体接触，以及
d.第四任选地去除未结合的抗原特异性结合配偶体。
项目14.如项目1、3-5或7-13中任一项所述的方法，其中在步骤(2)与(3)之间，所述方法包括：
a.使所述样品与标记的成像链接触，所述标记的成像链直接或间接地与对接链具有互补性，
b.任选地去除未结合的标记的成像链，
c.对所述样品成像以检测结合的标记的成像链，以及
d.从所述对接链中去除所述结合的标记的成像链。
项目15.如项目1、3-5或7-14中任一项所述的方法，其中步骤(3)包括使所述样品与抗原特异性结合配偶体接触，其中所述抗原特异性结合配偶体与抗原结合成像链结合。
项目16.如项目1-15中任一项所述的方法，其中所述方法包括去除未与对接链结合的抗原结合成像链。
项目17.如项目1、3-5、7-12或14-16中任一项所述的方法，其中所述方法包括去除未与抗原结合成像链结合的抗原特异性结合配偶体。
项目18.如项目1-19中任一项所述的方法，其中所述靶标特异性结合配偶体包括抗体或其抗原结合片段。
项目19.如项目1-18中任一项所述的方法，其中所述靶标特异性结合配偶体包括：
a.靶标分子的已知结合配偶体或这种结合配偶体的变体，
b.通过定向进化进行工程化的所述靶标分子的任何结合配偶体(例如肽和适体)，或
c.选择性地与靶标形成至少一个共价键的任何分子(例如感兴趣酶的自杀底物)。
项目20.如项目1-19中任一项所述的方法，其中所述对接链是核酸链。
项目21.如项目1-20中任一项所述的方法，其中所述成像链是核酸链。
项目22.如项目1、3-5、7-12、14-16或18-21中任一项所述的方法，其中所述抗原结合成像链的抗原包括HRP。
项目23.如项目1-22中任一项所述的方法，其中所述抗原特异性结合配偶体包括抗HRP抗体或其抗原结合片段。
项目24.如项目1、3-5、7-12、14-16、18-21或23中任一项所述的方法，其中所述抗原结合成像链的抗原包括生物素。
项目25.如项目1-24中任一项所述的方法，其中所述抗原特异性结合配偶体包括链霉抗生物素蛋白。
项目26.如项目1、3-5、7-12、14-16、18-21、23或25中任一项所述的方法，其中所述抗原特异性结合配偶体包括特异性地结合所述抗原结合成像链的抗原的抗体或其抗原结合片段。
项目27.如项目1、3-5、7-12、14-16、18-21、23或25中任一项所述的方法，其中所述抗原结合成像链的抗原和所述抗原特异性结合配偶体都是抗体或其抗原结合片段，并且所述抗原特异性结合配偶体抗体或其抗原结合片段结合所述抗原结合成像链的抗原抗体或其抗原结合片段。
项目28.如项目1-27中任一项所述的方法，其中所述光学标记包括信号发射分子。
项目29.如项目1-38中任一项所述的方法，其中所述光学标记包括信号吸收分子。
项目30.如项目1-29中任一项所述的方法，其中所述样品是细胞、细胞裂解物、组织、组织裂解物、体液和/或完整生物体。
项目31.如项目1-30中任一项所述的方法，其中引入连接至光学标记的二级结合配偶体，其中所述二级结合配偶体直接或间接地特异性地结合所述抗原特异性结合配偶体。
项目32.如项目1、3-5、7-12、14-16、18-21、23、25或28-31中任一项所述的方法，其中引入连接至光学标记的二级结合配偶体，其中所述二级结合配偶体直接或间接地特异性地结合所述抗原特异性结合配偶体，并且其中所述二级结合配偶体和所述抗原结合成像链的抗原各自包括相同的抗原。
项目33.如项目31-32中任一项所述的方法，其中所述抗原和所述二级结合配偶体各自包括生物素。
项目34.如项目31-33中任一项所述的方法，其中所述抗原特异性结合配偶体包括链霉抗生物素蛋白。
项目35.如项目1、3-5、7-12、14-16、18-21、23、25、28-31或33-34中任一项所述的方法，其中引入连接至光学标记的二级结合配偶体，其中所述二级结合配偶体直接或间接地特异性地结合所述抗原特异性结合配偶体，并且其中所述二级结合配偶体不包含所述抗原结合成像链的抗原。
项目36.如项目31-35中任一项所述的方法，其中所述抗原特异性结合配偶体和所述二级结合配偶体都包括抗体或其抗原结合片段。
项目37.如项目36所述的方法，其中所述抗原特异性结合配偶体是所述抗原的一级抗体或其抗原结合片段，并且所述二级结合配偶体是二级抗体或其抗原结合片段。
项目38.如项目1-37中任一项所述的方法，其中多个抗原特异性结合配偶体结合单个抗原。
项目39.如项目1-38中任一项所述的方法，其中所述抗原特异性结合配偶体包括多克隆抗体。
项目40.如项目44-41中任一项所述的方法，其中使用多种类型的抗原特异性结合配偶体。
项目41.如项目40所述的方法，其中所述多种类型的抗原特异性结合配偶体包括多于一种针对抗原上不同表位的单克隆抗体。
项目42.一种组合物，所述组合物包含：
(1)第一结合配偶体-寡核苷酸缀合物，所述缀合物包含与包含对接结构域的寡核苷酸连接的结合配偶体；
(2)抗原结合的寡核苷酸缀合物，所述缀合物包含与包含成像结构域的寡核苷酸连接的抗原，其中(2)的成像结构域与(1)的对接结构域互补；以及
(3)标记的抗原特异性结合配偶体，所述标记的抗原特异性结合配偶体包含与抗原特异性结合配偶体连接的光学标记，其中(3)的抗原特异性结合配偶体特异性地结合(2)中的抗原。
等同物
前述书面说明被认为足以使本领域技术人员能够实施这些实施方案。前述描述和实施例详述了某些实施方案并描述了发明人设想的最佳模式。然而，应当理解，无论前述内容在文本中的详细程度如何，所述实施方案可以以多种方式实施，并且应根据所附权利要求及其任何等同物来解释。
如本文所用，术语约是指数值，包括例如整数、分数和百分比，无论是否明确指示。说明书或权利要求中的每个数字都可以被认为是由术语约修饰。术语约通常是指本领域普通技术人员认为等同于所述值(例如具有相同的功能或结果)的数值范围(例如所述范围的+/-5-10％)。当术语诸如至少和约在数值或范围列表之前时，这些术语修饰列表中提供的所有值或范围。在一些情况下，术语约可以包括四舍五入到最接近的有效数字的数值。
Claims (28)
1.一种方法，所述方法包括：
(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至对接链，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的对接链，
(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体，
(3)使所述样品与直接或间接地连接至光学标记的抗原结合成像链和抗原特异性结合配偶体接触，
其中所述抗原结合成像链包含直接或间接地特异性结合对接链的核酸链，
其中对于抗原特异性结合配偶体，所述抗原特异性结合配偶体包含特异性结合所述抗原结合成像链的抗原的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗原是蛋白或肽，并且
其中每个抗原特异性结合配偶体连接至一个或多个光学标记，并且其中具有不同特异性的抗原特异性结合配偶体连接至不同的光学标记，
(4)任选地去除未结合的抗原结合成像链和/或抗原特异性结合配偶体，
(5)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体，
(6)任选地去除/熄灭来自所述光学标记的信号，以及
(7)任选地重复步骤(1)-(6)或其任何子集。
2.一种方法，所述方法包括：
(1)使待测一个或多个靶标的存在的样品与一个或多个靶标特异性结合配偶体接触，其中每个靶标特异性结合配偶体连接至第一对接链，并且其中具有不同特异性的靶标特异性结合配偶体连接至不同的对接链，
(2)任选地去除未结合的靶标特异性结合配偶体，
(3)使所述样品与抗原结合成像链和抗原特异性结合配偶体接触，
其中所述抗原结合成像链包含直接或间接地特异性结合对接链的核酸链，
其中对于抗原特异性结合配偶体，所述抗原特异性结合配偶体包含特异性结合所述抗原结合成像链的抗原的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗原是蛋白或肽，并且
其中每个抗原特异性结合配偶体连接至至少一个第二对接链；
(4)任选地去除未结合的抗原结合成像链和/或抗原特异性结合配偶体，
(5)通过DNA扩增反应增加第二对接链的数量，并使用光学标记标记所述第二对接链，
(6)对所述样品成像以检测结合的标记的抗原特异性结合配偶体，
(7)任选地熄灭来自所述光学标记的信号，以及
(8)任选地重复步骤(1)-(7)或其任何子集。
3.如权利要求2所述的方法，其中所述第一对接链和所述第二对接链具有不同的序列。
4.如权利要求2所述的方法，其中所述第一对接链和所述第二对接链具有相同的序列。
5.如权利要求2所述的方法，其中在所述DNA扩增反应中使用标记的核苷酸直接标记所述对接链。
6.如权利要求5所述的方法，其中所述标记的核苷酸是荧光标记的核苷酸。
7.如权利要求2所述的方法，其中使用结合所述对接链的标记的核酸标记所述对接链。
8.如权利要求2所述的方法，其中所述DNA扩增反应包括滚环扩增。
9.如权利要求2所述的方法，其中所述DNA扩增反应包括杂交链式反应。
10.如权利要求2所述的方法，其中所述DNA扩增反应包括基于发夹的连环化反应或树枝状化。
11.如权利要求1所述的方法，其中步骤(3)和(4)一起包括：
a.首先使所述样品与抗原结合成像链接触，
b.其次任选地去除未结合的抗原结合成像链，
c.第三使所述样品与标记的抗原特异性结合配偶体接触，以及
d.第四任选地去除未结合的抗原特异性结合配偶体。
12.如权利要求1所述的方法，其中在步骤(2)与(3)之间，所述方法包括：
a.使所述样品与标记的成像链接触，所述标记的成像链直接或间接地与对接链具有互补性，
b.任选地去除未结合的标记的成像链，
c.对所述样本成像以检测结合的标记的成像链，以及
d.从所述对接链中去除所述结合的标记的成像链。
13.如权利要求1所述的方法，其中步骤(3)包括使所述样品与抗原特异性结合配偶体接触，其中所述抗原特异性结合配偶体与抗原结合成像链结合。
14.如权利要求1所述的方法，其中所述方法包括去除未与对接链结合的抗原结合成像链。
15.如权利要求1所述的方法，其中所述方法包括去除未与抗原结合成像链结合的抗原特异性结合配偶体。
16.如权利要求1所述的方法，其中所述靶标特异性结合配偶体包括抗体或其抗原结合片段。
17.如权利要求1所述的方法，其中所述靶标特异性结合配偶体包括：
a.靶标分子的已知结合配偶体或这种结合配偶体的变体，
b.通过定向进化进行工程化的所述靶标分子的任何结合配偶体，或
c.选择性地与靶标形成至少一个共价键的任何分子。
18.如权利要求1所述的方法，其中所述对接链是核酸链。
19.如权利要求1所述的方法，其中所述成像链是核酸链。
20.如权利要求1所述的方法，其中所述抗原特异性结合配偶体包括特异性地结合所述抗原结合成像链的抗原的抗体或其抗原结合片段。
21.如权利要求1所述的方法，其中所述抗原结合成像链的所述抗原和所述抗原特异性结合配偶体都是抗体或其抗原结合片段，并且所述抗原特异性结合配偶体抗体或其抗原结合片段结合所述抗原结合成像链的所述抗原抗体或其抗原结合片段。
22.如权利要求1所述的方法，其中引入连接至光学标记的二级结合配偶体，其中所述二级结合配偶体直接或间接地特异性地结合所述抗原特异性结合配偶体。
23.如权利要求1所述的方法，其中引入连接至光学标记的二级结合配偶体，其中所述二级结合配偶体直接或间接地特异性地结合所述抗原特异性结合配偶体，并且其中所述二级结合配偶体和所述抗原结合成像链的所述抗原各自包含相同的抗原。
24.如权利要求1所述的方法，其中引入连接至光学标记的二级结合配偶体，其中所述二级结合配偶体直接或间接地特异性地结合所述抗原特异性结合配偶体，并且其中所述二级结合配偶体不包含所述抗原结合成像链的所述抗原。
25.如权利要求22所述的方法，其中所述抗原特异性结合配偶体和所述二级结合配偶体都包括抗体或其抗原结合片段。
26.如权利要求25所述的方法，其中所述抗原特异性结合配偶体是所述抗原的一级抗体或其抗原结合片段，并且所述二级结合配偶体是二级抗体或其抗原结合片段。
27.如权利要求1所述的方法，其中多个抗原特异性结合配偶体结合单个抗原。
28.如权利要求1所述的方法，其中使用多种类型的抗原特异性结合配偶体。
Priority Applications (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202311170155.5A CN117551741A (zh) | 2017-03-31 | 2018-03-30 | Dna-抗原交换和扩增 |
| CN202311169666.5A CN117187346A (zh) | 2017-03-31 | 2018-03-30 | Dna-抗原交换和扩增 |
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201762479676P | 2017-03-31 | 2017-03-31 | |
| US62/479,676 | 2017-03-31 | ||
| PCT/US2018/025444 WO2018183876A1 (en) | 2017-03-31 | 2018-03-30 | Dna-antigen exchange and amplification |
Related Child Applications (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202311169666.5A Division CN117187346A (zh) | 2017-03-31 | 2018-03-30 | Dna-抗原交换和扩增 |
| CN202311170155.5A Division CN117551741A (zh) | 2017-03-31 | 2018-03-30 | Dna-抗原交换和扩增 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN110446719A CN110446719A (zh) | 2019-11-12 |
| CN110446719B true CN110446719B (zh) | 2023-10-03 |
Family
ID=63673017
Family Applications (3)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201880017452.7A Active CN110446719B (zh) | 2017-03-31 | 2018-03-30 | Dna-抗原交换和扩增 |
| CN202311169666.5A Pending CN117187346A (zh) | 2017-03-31 | 2018-03-30 | Dna-抗原交换和扩增 |
| CN202311170155.5A Pending CN117551741A (zh) | 2017-03-31 | 2018-03-30 | Dna-抗原交换和扩增 |
Family Applications After (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202311169666.5A Pending CN117187346A (zh) | 2017-03-31 | 2018-03-30 | Dna-抗原交换和扩增 |
| CN202311170155.5A Pending CN117551741A (zh) | 2017-03-31 | 2018-03-30 | Dna-抗原交换和扩增 |
Country Status (4)
| Country | Link |
|---|---|
| US (4) | US10246738B2 (zh) |
| EP (1) | EP3601339A4 (zh) |
| CN (3) | CN110446719B (zh) |
| WO (1) | WO2018183876A1 (zh) |
Families Citing this family (14)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP2766498B1 (en) | 2011-10-14 | 2019-06-19 | President and Fellows of Harvard College | Sequencing by structure assembly |
| US11021737B2 (en) | 2011-12-22 | 2021-06-01 | President And Fellows Of Harvard College | Compositions and methods for analyte detection |
| CA2859761C (en) | 2011-12-22 | 2023-06-20 | President And Fellows Of Harvard College | Compositions and methods for analyte detection |
| WO2013184754A2 (en) | 2012-06-05 | 2013-12-12 | President And Fellows Of Harvard College | Spatial sequencing of nucleic acids using dna origami probes |
| EP2971184B1 (en) | 2013-03-12 | 2019-04-17 | President and Fellows of Harvard College | Method of generating a three-dimensional nucleic acid containing matrix |
| EP3603679B1 (en) | 2013-06-04 | 2022-08-10 | President and Fellows of Harvard College | Rna-guided transcriptional regulation |
| WO2017079406A1 (en) | 2015-11-03 | 2017-05-11 | President And Fellows Of Harvard College | Method and apparatus for volumetric imaging of a three-dimensional nucleic acid containing matrix |
| CN116200465A (zh) | 2016-04-25 | 2023-06-02 | 哈佛学院董事及会员团体 | 用于原位分子检测的杂交链反应方法 |
| EP4428536A2 (en) | 2016-08-31 | 2024-09-11 | President and Fellows of Harvard College | Methods of combining the detection of biomolecules into a single assay using fluorescent in situ sequencing |
| JP7239465B2 (ja) | 2016-08-31 | 2023-03-14 | プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ | 蛍光ｉｎ ｓｉｔｕ配列決定による検出のための核酸配列ライブラリの作製法 |
| US10246738B2 (en) | 2017-03-31 | 2019-04-02 | Ultivue, Inc. | DNA-antigen exchange and amplification |
| SG11202101934SA (en) | 2018-07-30 | 2021-03-30 | Readcoor Llc | Methods and systems for sample processing or analysis |
| WO2020076976A1 (en) | 2018-10-10 | 2020-04-16 | Readcoor, Inc. | Three-dimensional spatial molecular indexing |
| SG10201904897UA (en) * | 2019-05-30 | 2020-12-30 | Nat Univ Singapore | Method, structures and system for nucleic acid sequence topology assembly for multiplexed profiling of proteins. |
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2001031056A2 (fr) * | 1999-10-27 | 2001-05-03 | Universite De Liege | Methode de detection par pcr |
| CN104620107A (zh) * | 2012-07-17 | 2015-05-13 | 通用电气公司 | 检测生物样品中dna、rna和蛋白质的方法 |
| CN105980855A (zh) * | 2014-03-11 | 2016-09-28 | 哈佛学院院长及董事 | 利用可编程核酸探针的高通量且高度多路复用的成像 |
Family Cites Families (61)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5854033A (en) | 1995-11-21 | 1998-12-29 | Yale University | Rolling circle replication reporter systems |
| DK0868530T3 (da) | 1995-12-05 | 2003-07-21 | Jorn Erland Koch | Kaskade-nucleinsyreamplificeringsreaktion |
| US20040241759A1 (en) | 1997-06-16 | 2004-12-02 | Eileen Tozer | High throughput screening of libraries |
| WO1999031276A1 (en) | 1997-12-15 | 1999-06-24 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Homogeneous detection of a target through nucleic acid ligand-ligand beacon interaction |
| WO2000068434A2 (en) | 1999-05-07 | 2000-11-16 | Yale University | Multiple tag analysis |
| JP2004512012A (ja) | 2000-04-04 | 2004-04-22 | メディカル リサーチ カウンシル | 細胞検出法 |
| SE0001670D0 (sv) | 2000-05-04 | 2000-05-04 | Forskarpatent I Syd Ab | Mass-spectrometry-based biosensor |
| WO2001086296A2 (en) | 2000-05-05 | 2001-11-15 | Agilix Corporation | Highly multiplexed reporter carrier systems |
| US6511809B2 (en) | 2000-06-13 | 2003-01-28 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Method for the detection of an analyte by means of a nucleic acid reporter |
| US20060166227A1 (en) | 2000-06-20 | 2006-07-27 | Stephen Kingsmore | Protein expression profiling |
| WO2002103058A2 (en) | 2001-06-19 | 2002-12-27 | Molecular Staging, Inc. | Process for enhanced molecular target detection using layered rolling circle amplification |
| US20030124595A1 (en) | 2001-11-06 | 2003-07-03 | Lizardi Paul M. | Sensitive coded detection systems |
| US7553619B2 (en) | 2002-02-08 | 2009-06-30 | Qiagen Gmbh | Detection method using dissociated rolling circle amplification |
| US7604981B1 (en) | 2002-03-08 | 2009-10-20 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Excitable target marker detection |
| US20030175828A1 (en) | 2002-03-15 | 2003-09-18 | Lazar James G. | Signal amplification by Hybrid Capture |
| DK1563100T3 (da) | 2002-11-01 | 2013-08-05 | Iris Int Inc | Fortrængningssandwich-immuno-PCR |
| GB0303497D0 (en) | 2003-02-15 | 2003-03-19 | Univ Liverpool | Immuno PCR method |
| US8043834B2 (en) | 2003-03-31 | 2011-10-25 | Qiagen Gmbh | Universal reagents for rolling circle amplification and methods of use |
| KR101041106B1 (ko) | 2003-11-25 | 2011-06-13 | 한면기 | 핵산과 단백질의 신규한 실시간 탐지방법 |
| CA2569601C (en) | 2004-06-07 | 2014-10-21 | Iquum, Inc. | Sample multiprocessing |
| US7422855B2 (en) | 2004-06-10 | 2008-09-09 | Perkinelmer Las, Inc. | Multiplexing assays for analyte detection |
| US20130040840A1 (en) | 2004-09-02 | 2013-02-14 | Bioarray Solutions, Ltd. | Nucleic acid amplification with integrated multiplex detection |
| WO2006104979A2 (en) | 2005-03-29 | 2006-10-05 | Nanosphere, Inc. | Method for detecting a target analyte |
| EP1882189A2 (en) | 2005-04-20 | 2008-01-30 | Fluidigm Corporation | Analysis engine and database for manipulating parameters for fluidic systems on a chip |
| US7767414B1 (en) | 2005-04-20 | 2010-08-03 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Optical imaging of molecular characteristics of biological specimen |
| US7494776B2 (en) * | 2005-07-07 | 2009-02-24 | Beckman Coulter, Inc. | Labeled complementary oligonucleotides to detect oligonucleotide-linked ligands |
| DE602006018477D1 (de) | 2005-08-19 | 2011-01-05 | Nanosphere Inc | Dna und antikörpern sowie verwendungen davon |
| EP2444807B1 (en) | 2006-11-01 | 2014-06-11 | Ventana Medical Systems, Inc. | Mono- and dinitropyrazole hapten conjugates |
| US9008378B2 (en) | 2006-12-20 | 2015-04-14 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Arrangement and imaging of biological samples |
| US20080269068A1 (en) | 2007-02-06 | 2008-10-30 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplex decoding of sequence tags in barcodes |
| US20120258880A1 (en) | 2010-11-22 | 2012-10-11 | The University Of Chicago | Methods and/or Use of Oligonucleotide Conjugates for Assays and Flow Cytometry Detections |
| JP2009008608A (ja) | 2007-06-29 | 2009-01-15 | Sysmex Corp | Ｄｎａ結合タンパクの定量方法及び定量用キット |
| US8309306B2 (en) * | 2008-11-12 | 2012-11-13 | Nodality, Inc. | Detection composition |
| US20100304994A1 (en) | 2009-06-02 | 2010-12-02 | President And Fellows Of Havard College | Oligonucleotide Paints |
| GB201004292D0 (en) | 2010-03-15 | 2010-04-28 | Olink Ab | Assay for localised detection of analytes |
| GB201011971D0 (en) | 2010-07-15 | 2010-09-01 | Olink Ab | Methods and product |
| EP2627781B1 (en) | 2010-10-15 | 2017-02-22 | Olink Bioscience AB | Dynamic range methods |
| WO2012057689A1 (en) | 2010-10-29 | 2012-05-03 | Ge Healthcare Bio-Sciences Ab | Proximity ligation technology for western blot applications |
| GB201108678D0 (en) | 2011-05-24 | 2011-07-06 | Olink Ab | Multiplexed proximity ligation assay |
| WO2013191768A1 (en) | 2012-06-20 | 2013-12-27 | Aratome, LLC | Tissue adhesive substrates |
| US10150988B2 (en) * | 2012-08-13 | 2018-12-11 | William Marsh Rice University | Multiplexed in situ molecular analyses and programmable molecular probes for regulated single amplification |
| WO2014079802A2 (en) | 2012-11-20 | 2014-05-30 | Ventana Medical Systems, Inc. | Laser ablation inductively-coupled plasma mass spectral tissue diagnostics |
| AU2014248759B2 (en) | 2013-03-13 | 2020-02-27 | Meso Scale Technologies, Llc. | Improved assay methods |
| WO2014168968A1 (en) * | 2013-04-10 | 2014-10-16 | University Of Houston System | Exchange-induced remnant magnetization for label-free detection of dna, micro-rna, and dna/rna-binding biomarkers |
| EP2818867A1 (en) | 2013-06-27 | 2014-12-31 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Antibodies conjugated to at least one nucleic acid molecule and their use in multiplex immuno-detection assays |
| AU2014296253A1 (en) * | 2013-07-30 | 2016-02-04 | President And Fellows Of Harvard College | Quantitative DNA-based imaging and super-resolution imaging |
| GB201401885D0 (en) | 2014-02-04 | 2014-03-19 | Olink Ab | Proximity assay with detection based on hybridisation chain reaction (HCR) |
| GB201403625D0 (en) | 2014-02-28 | 2014-04-16 | Asrepresented By The Sec Dep Of Health And Human Services The | Multiplexed imaging of tissue samples by mass cytometry |
| US10858698B2 (en) | 2014-03-25 | 2020-12-08 | President And Fellows Of Harvard College | Barcoded protein array for multiplex single-molecule interaction profiling |
| AU2015259048B2 (en) | 2014-05-15 | 2021-09-09 | Meso Scale Technologies, Llc. | Improved assay methods |
| US10179932B2 (en) | 2014-07-11 | 2019-01-15 | President And Fellows Of Harvard College | Methods for high-throughput labelling and detection of biological features in situ using microscopy |
| US9625387B2 (en) | 2014-09-16 | 2017-04-18 | Lawrence Livermore National Security, Llc | System and method for controlling depth of imaging in tissues using fluorescence microscopy under ultraviolet excitation following staining with fluorescing agents |
| EP3204768A4 (en) | 2014-10-08 | 2018-03-21 | Aratome LLC | High resolution imaging of tissue proteins |
| AU2016215049B2 (en) | 2015-02-06 | 2021-12-02 | Cell Idx, Inc. | Antigen-coupled immunoreagents |
| EP3397764A4 (en) | 2015-12-30 | 2019-05-22 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | DIGITAL QUANTIFICATION OF PROTEINS |
| WO2017143155A2 (en) | 2016-02-18 | 2017-08-24 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplex alteration of cells using a pooled nucleic acid library and analysis thereof |
| CN109313180B (zh) | 2016-05-15 | 2022-06-28 | 乌尔蒂维尤股份有限公司 | 使用链置换的多重成像 |
| WO2017210387A1 (en) | 2016-06-02 | 2017-12-07 | Ultivue, Inc. | Compositions and methods to expedite antibody-based exchange imaging |
| WO2018017604A1 (en) * | 2016-07-18 | 2018-01-25 | Cell Idx, Inc. | Reagent compounds, compositions, kits, and methods for amplified assays |
| WO2018017949A1 (en) | 2016-07-22 | 2018-01-25 | Verily Life Sciences Llc | Quantitative massively parallel proteomics |
| US10246738B2 (en) | 2017-03-31 | 2019-04-02 | Ultivue, Inc. | DNA-antigen exchange and amplification |
-
2018
- 2018-03-30 US US15/941,770 patent/US10246738B2/en active Active
- 2018-03-30 CN CN201880017452.7A patent/CN110446719B/zh active Active
- 2018-03-30 CN CN202311169666.5A patent/CN117187346A/zh active Pending
- 2018-03-30 CN CN202311170155.5A patent/CN117551741A/zh active Pending
- 2018-03-30 WO PCT/US2018/025444 patent/WO2018183876A1/en active Application Filing
- 2018-03-30 EP EP18777112.6A patent/EP3601339A4/en active Pending
-
2019
- 2019-02-12 US US16/273,581 patent/US11279968B2/en active Active
-
2022
- 2022-02-10 US US17/668,665 patent/US11920186B2/en active Active
-
2024
- 2024-01-23 US US18/419,885 patent/US20240182952A1/en active Pending
Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2001031056A2 (fr) * | 1999-10-27 | 2001-05-03 | Universite De Liege | Methode de detection par pcr |
| CN104620107A (zh) * | 2012-07-17 | 2015-05-13 | 通用电气公司 | 检测生物样品中dna、rna和蛋白质的方法 |
| CN105980855A (zh) * | 2014-03-11 | 2016-09-28 | 哈佛学院院长及董事 | 利用可编程核酸探针的高通量且高度多路复用的成像 |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| Immunoquantitative Real-Time PCR for Detection and Quantification of Staphylococcus aureus Enterotoxin B in Foods;Andreja Rajkovic等;《Appl Environ Microbiol》;20061031;第72卷(第10期);6593-6599 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| US10246738B2 (en) | 2019-04-02 |
| CN110446719A (zh) | 2019-11-12 |
| US11920186B2 (en) | 2024-03-05 |
| US20240182952A1 (en) | 2024-06-06 |
| WO2018183876A1 (en) | 2018-10-04 |
| EP3601339A1 (en) | 2020-02-05 |
| US20220162669A1 (en) | 2022-05-26 |
| EP3601339A4 (en) | 2020-11-04 |
| US20180282787A1 (en) | 2018-10-04 |
| US11279968B2 (en) | 2022-03-22 |
| US20190177767A1 (en) | 2019-06-13 |
| CN117551741A (zh) | 2024-02-13 |
| CN117187346A (zh) | 2023-12-08 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN110446719B (zh) | Dna-抗原交换和扩增 | |
| US11708602B2 (en) | Simultaneous quantification of gene expression in a user-defined region of a cross-sectioned tissue | |
| US10501777B2 (en) | Simultaneous quantification of a plurality of proteins in a user-defined region of a cross-sectioned tissue | |
| US20240085424A1 (en) | Antigen-coupled immunoreagents | |
| Sukhanova et al. | Nanocrystal-encoded fluorescent microbeads for proteomics: antibody profiling and diagnostics of autoimmune diseases | |
| CN102713626B (zh) | 单个靶实体的免疫化学检测 | |
| WO2018017604A1 (en) | Reagent compounds, compositions, kits, and methods for amplified assays | |
| CN103328979A (zh) | 组合的组织学染色 | |
| WO2019144391A1 (en) | Use of ishcr for exm and solvent-based tissue clearing | |
| US20220356509A1 (en) | Improved Multiplexing Method | |
| Kim et al. | Western blot analysis using metal–nitrilotriacetate conjugated CdSe/ZnS quantum dots | |
| CN109716130B (zh) | 抗原偶联的杂交试剂 | |
| US12123874B2 (en) | Reagent compounds, compositions, kits, and methods for amplified assays |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |