CN110241224A - lncRNA-T065925应用、诊断结直肠癌的试剂盒和治疗结直肠癌的药物 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及领域,具体而言,提供了一种lncRNA‑T065925应用、诊断结直肠癌的试剂盒和治疗结直肠癌的药物。本发明中提供的与结直肠癌相关的lncRNA‑T065925,其cDNA序列如SEQ ID NO.1所示,定位于第11号染色体chr11:93915222‑93918764,转录本序列长度为1006bp。lncRNA‑T065925是发明人利用正常组织和结直肠癌组织标本,通过芯片筛选得到的在结直肠癌组织中显著高表达的长非编码RNA,提示lncRNA‑T065925有望为临床结直肠癌的诊断和治疗提供有意义的生物学指标,并为抗结直肠癌的设计提供新的作用靶点和新思路。

Description

lncRNA-T065925应用、诊断结直肠癌的试剂盒和治疗结直肠 癌的药物
技术领域
本发明涉及临床诊断领域,具体而言,涉及一种lncRNA-T065925应用、诊断结直肠癌的试剂盒和治疗结直肠癌的药物。
背景技术
结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是世界范围内严重威胁人类健康的一种疾病,作为最常见的消化道肿瘤之一,其发生发展与环境、遗传、饮食及生活方式等多种因素密切相关,对于结直肠癌的发生发展机制目前并没有研究清楚。在我国消化道肿瘤中,其发病率仅次于食管癌和胃癌,且发病率和死亡率呈逐年上升的趋势。
尽管分子生物学和临床诊疗技术得到了发展和进步,新的诊断方法和技术不断出现,但是由于结直肠癌患者早期临床症状并不明显,以致延误诊治时机,危害到患者的生命健康。传统CRC的化疗会引起不良的副作用,且晚期CRC患者3年、5年生存率没有得到改善。因此,确定早期诊断和治疗靶点的生物标记物是十分必要的。
有鉴于此,特提出本发明。
发明内容
本发明的第一目的在于提供lncRNA-T065925在制备诊断结直肠癌的产品中的应用,lncRNA-T065925可以作为诊断结直肠癌的肿瘤标记物,并有望作为结直肠癌的新治疗靶点。
本发明的第二目的在于提供诊断结直肠癌的试剂盒,实现结直肠癌的有效诊断。
本发明的第三目的在于提供lncRNA-T065925在筛选治疗结直肠癌的药物中的应用。
本发明的第四目的在于提供lncRNA-T065925作为靶点在制备治疗结直肠癌的药物中的应用。
本发明的第五目的在于提供一种治疗结直肠癌的药物,实现结直肠癌的靶向治疗。
为了实现本发明的上述目的,特采用以下技术方案:
lncRNA-T065925在制备诊断结直肠癌的产品中的应用,其中,lncRNA-T065925的cDNA序列如SEQ ID NO.1所示。
进一步地,所述产品包括试剂或试剂盒。
一种诊断结直肠癌的试剂盒,所述试剂盒的检测靶点包括上述lncRNA-T065925。
进一步地,所述试剂盒包括识别lncRNA-T065925的标记物;
所述标记物包括如下A)或B)中的至少一种:
A)结合lncRNA-T065925的引物/引物组;
B)结合lncRNA-T065925的生物大分子,所述的生物大分子包括:抗体或抗体功能片段,或,RNA结合蛋白或其功能片段。
进一步地,A)中结合lncRNA-T065925的引物组的核苷酸序列如SEQ ID NO.2和SEQID NO.3所示。
lncRNA-T065925在筛选治疗结直肠癌的药物中的应用,其中,lncRNA-T065925的cDNA序列如SEQ ID NO.1所示。
lncRNA-T065925作为靶点在制备治疗结直肠癌的药物中的应用,其中,lncRNA-T065925的cDNA序列如SEQ ID NO.1所示。
一种治疗结直肠癌的药物,所述药物的治疗靶点包括lncRNA-T065925,其中,lncRNA-T065925的cDNA序列如SEQ ID NO.1所示。
进一步地,所述药物包括抑制lncRNA-T065925的抑制剂。
进一步地,所述抑制剂包括如下1)-3)中的至少一种:
1)抑制lncRNA-T065925的siRNA或shRNA;
2)抑制lncRNA-T065925的生物大分子,所述的生物大分子包括:抗体或抗体功能片段、高底物专一性的酶或其功能片段;
优选地,所述siRNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5所示。
与现有技术相比,本发明的有益效果为:
本发明中提供的与结直肠癌相关的长非编码RNA,其cDNA序列如SEQ ID NO.1所示,该长非编码RNA被命名为lncRNA-T065925,定位于第11号染色体chr11:93915222-93918764,转录本序列长度为1006bp。lncRNA-T065925是发明人利用正常组织和结直肠癌组织标本,通过芯片筛选得到的在结直肠癌组织中显著高表达的长非编码RNA,提示lncRNA-T065925有望为临床结直肠癌的诊断和治疗提供有意义的生物学指标,并为抗结直肠癌的设计提供新的作用靶点和新思路。针对该长非编码RNA可以开发出不同的产品,例如研发新的siRNA干扰其表达,筛选治疗结直肠癌的药物或以其为靶点的治疗结直肠癌的药物等等,对于结直肠癌的诊断和治疗具有重要的影响。
附图说明
为了更清楚地说明本发明具体实施方式或现有技术中的技术方案,下面将对具体实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图是本发明的一些实施方式,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1A为本发明实施例1中Real-time PCR检测标志物lncRNA-T065925的溶解曲线图;
图1B为本发明实施例1中Real-time PCR检测内参基因GAPDH的溶解曲线图;
图1C为本发明实施例1中Real-time PCR检测标志物lncRNA-T065925的扩增曲线图;
图1D为本发明实施例1中Real-time PCR检测内参基因GAPDH的扩增曲线图;
图2为本发明实施例1中临床样本中lncRNA-T065925的表达统计结果;
图3为本发明实施例2中不同结直肠癌细胞株中lncRNA-T065925的表达统计结果;
图4为本发明实施例2中siRNA干扰lncRNA-T065925的HCT116细胞系中lncRNA-T065925的表达示意图;
图5为本发明实施例3中siRNA1干扰lncRNA-T065925的HCT116细胞系的CCK-8增殖实验结果示意图;
图6为siRNA干扰lncRNA-T065925的HCT116细胞系的细胞迁移实验结果示意图;
图7为siRNA干扰lncRNA-T065925的HCT116细胞系的细胞侵袭实验结果示意图。
具体实施方式
下面将结合实施例对本发明的实施方案进行详细描述,但是本领域技术人员将会理解,下列实施例仅用于说明本发明,而不应视为限制本发明的范围。实施例中未注明具体条件者,按照常规条件或制造商建议的条件进行。
本发明提出lncRNA-T065925在制备诊断结直肠癌的产品中的应用,其中,lncRNA-T065925的cDNA序列如SEQ ID NO.1所示:
CATTTTTCATTACTTACTCAGTTTTATTTAGGTGGACACAACAGTGAAGAACTCAAACATGGTTTGACCTTTATCTACAGACACAGCAGCCTGGATTTTCAGCCTTTCATTCCTTTTAAATGAAAGTCAGCAGGCTCAAAATGCAGAGCTTGGCTAAGTCACTTCTGTGGAAATATGAAATATAGTAGTGATAACCACCAAGGGCTTTCAAATTCTTGTGTTCTTCTAAGGATCCTTTCCTAACACCATGATTTGTTCTCATCTTTGTGGAAATGAAACCAAGATGGTCTTAATTTGTAAAGTCCTTTTTCCTCTGTTGGCAGTCTTCTTACAAAGGATGCAGCAAAAAGAACACATTTTTCTTTCAAAGTTTTGAAGAAATATAGTCATTAAAAAGAATTTAAATTATGCCTAAAGCACCACTTTACAGAATACCATTAAATTGTAATTACGTGCTTTTAAAAAGCCAACTTGTTAAAGAGGAGCTGATGGTTTCAGTTTTTGTAGGGAACACTTGTAACACTGCAGAATTCTACAAGGGCTTTCTCCTCTGGTGGGCAGGGAAAAAACCACTCAAGTCATGAGAAACTTTTATAGCTTTCAGGAACTTGAAGAACAACTGCTGATTAAATTTCATGCTTTAGTGACGAAGTATTTTTACAGCTAAAAAAGGAACCCAGAAACATAATACATTTCATTTAAAGCAGGCAGAAAAACCAACCACAAATTAATATCTATTGTATTCCACATGGCACTATATAATCACAGAAGTACAAATAAAATCTGCTTTTCTGAATATTCCAAAAGGCAGACAGCAGCTTATATAATTTCCGTTCTTCAGAAAACAGTAATTAGATTATGTAAACAACTGTCCGTAAGAGCTAAAAGTAAACTTGGAGGTTCCTGAGGATTACTGAACTTATGCAACATGCTAACTTTCTAAGACTAAAACTGGGAAGTTCCACAGATGTTAAAGATTTTTGTGTGTGTGTGTAAAATGTGAACA(SEQ ID NO.1)。
基因组测序结果表明,人类约有20000个蛋白编码基因,约占基因组序列的1.2%,超过98%的序列是不编码蛋白质的,长度大于200个核苷酸却不具备蛋白编码能力的RNA称为长非编码RNA(long non-coding RNA,IncRNA),RNA能够在多层次对基因表达进行调控。长非编码RNA通过影响肿瘤细胞增殖迁移、逃避生长抑制因子、抵抗凋亡进程以及促进血管生成等方面来实现肿瘤发生发展。
lncRNA-T065925,定位于第11号染色体chr11:93915222-93918764,转录本序列长度为1006bp。lncRNA-T065925是发明人利用正常组织和结直肠癌组织标本,通过芯片筛选得到的在结直肠癌组织中显著高表达的长非编码RNA,提示lncRNA-T065925有望为临床结直肠癌的诊断和治疗提供有意义的生物学指标,并为抗结直肠癌的设计提供新的作用靶点和新思路。针对该长非编码RNA可以开发出不同的产品,例如研发新的siRNA干扰其表达,筛选治疗结直肠癌的药物或以其为靶点的治疗结直肠癌的药物等等,对于结直肠癌的诊断和治疗具有重要的影响。
在一些实施方式中,诊断结直肠癌的产品包括试剂或试剂盒。
一种诊断结直肠癌的试剂盒,试剂盒的检测靶点包括上述lncRNA-T065925。正常人体内的lncRNA-T065925表达水平较低,但在结直肠癌患者的肿瘤细胞中lncRNA-T065925显著高表达,通过对lncRNA-T065925表达水平的检测可以在一定程度上对结直肠癌进行诊断。
在优选地实施方式中,试剂盒包括识别lncRNA-T065925的标记物;
其中,标记物包括如下A)-C)中的至少一种:
A)结合lncRNA-T065925的引物/引物组,优选为荧光标记的结合lncRNA-T065925的引物/引物组;
B)结合lncRNA-T065925的生物大分子,所述的生物大分子包括:抗体或抗体功能片段,或,RNA结合蛋白或其功能片段。其中,抗体或抗体功能片段优选为荧光标记的抗体或抗体功能片段;RNA结合蛋白或其功能片段优选为荧光标记的RNA结合蛋白或其功能片段。
优选地,荧光标记包括:Alexa 350、氨基吖啶、BODIPY 630/650、5-羧基荧光素、Cy2、Cy3、Cy5、Cy7、6-FAM、丹磺酰氯、荧光素、HEX、6-JOE、NBD(7-硝基苯并-2-氧杂-1,3-二唑)、三双吡啶基二胺铕、铕穴状化合物或螯合物、四甲基罗丹明和德克萨斯红中的一种或多种。
利用上述标记物,可以对细胞中的lncRNA-T065925表达水平进行定量检测。
在一些实施方式中,A)中结合lncRNA-T065925的引物组的核苷酸序列如下表所示:
序列(5’-3’) 序列号
lncRNA-T065925-F AGAGGAGCTGATGGTTTCAGT SEQ ID NO.2
lncRNA-T065925-R CAGCAGTTGTTCTTCAAGTTCCT SEQ ID NO.3
本发明又提出lncRNA-T065925在筛选治疗结直肠癌的药物中的应用。由于lncRNA-T065925在直结肠癌患者肿瘤细胞中的显著高表达,lncRNA-T065925可以作为结直肠癌的治疗药物的一个筛选指标,能够对lncRNA-T065925产生抑制作用的药物,有可能对结直肠癌进行干预或治疗。
本发明又提出lncRNA-T065925作为靶点在制备治疗结直肠癌的药物中的应用。
一种治疗结直肠癌的药物,药物的治疗靶点包括lncRNA-T065925。
在一些实施方式中,药物包括抑制lncRNA-T065925的抑制剂。
在优选地实施方式中,抑制剂包括如下1)-3)中的至少一种:
1)抑制lncRNA-T065925的siRNA或shRNA;
2)抑制lncRNA-T065925的生物大分子,所述的生物大分子包括:抗体或抗体功能片段、高底物专一性的酶或其功能片段;
进一步优选地,抑制lncRNA-T065925的siRNA的核苷酸序列如下表所示:
下面通过具体的实施例进一步说明本发明,但是,应当理解为,这些实施例仅仅是用于更详细地说明之用,而不应理解为用于以任何形式限制本发明。
实施例1lncRNA-T065925在结直肠癌中的表达
一、结直肠癌组织及癌旁组织的lncRNA芯片技术筛查
1.随机收取3例结直肠癌患者手术切除的标本,分别提取肿瘤组织及癌旁组织的总RNA,委托上海康成生物工程有限公司进行“ArrayStar Human LncRNA Microarray V3.0Service”lncRNA芯片检测。检测结果用GeneSpring GX软件分析,筛选出差异表达的基因,得到该表达显著增高的lncRNA命名为lncRNA-T065925,全长1006bp,基因位置位于11号染色体:93915222-93918764,核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。
二、结直肠癌组织及癌旁组织中lncRNA-T065925的表达检测
1.总RNA提取
①分别获取结直肠癌组织及癌旁组织,大小0.5cm×0.5cm左右的样本,放入容量为2ml的组织研磨管内,加入1ml Trizol裂解液,加入7颗研磨珠,置于冰上。
②将研磨管放入细胞破碎仪,设置程序:5000转,20s,循环3次,室温放置10min。
③加入200μl氯仿,充分振荡混匀,室温放置10min,12000g离心15min。
④吸取上清液400-500μl于新的1.5ml EP管中,加入等体积的异丙醇,轻轻颠倒混匀,室温放置15min,12000g离心10min。
⑤去掉上清,加入1ml 75%的乙醇,12000g离心5min。
⑥去掉上清,加入1ml 100%无水乙醇,12000g离心5min。
⑦去掉上清,室温风干3-5min,加入30-80μl ddH2O溶解RNA,-80℃备用。
2.反转录RNA至cDNA
①使用反转录试剂盒(大连宝生物,货号:RR047A),首先配制体系Ⅰ:
试剂名称 体积
5×gDNA Eraser Buffer 2μl
gDNA Eraser 1μl
Total RNA 1μg
RNase Free ddH<sub>2</sub>O 根据RNA的体积补齐至10ul
将体系Ⅰ放入PCR仪中,42℃反应2min,迅速置于冰上备用。
②配置体系Ⅱ:
试剂名称 体积
体系Ⅰ反应液 10μl
PrimeScript RT Enzyme Mix I 1μl
RT Primer Mix 1μl
5×PrimeScript Buffer 2 4μl
RNase Free ddH<sub>2</sub>O 4μl
Total 20μl
将体系Ⅱ放入PCR仪中,37℃反应15min,85℃反应5s,迅速置于冰上备用。
3.荧光定量PCR扩增
使用荧光定量PCR试剂盒(美国Promega公司,货号:A6002),配置如下体系:
实验中用到的引物序列如下表所示:
序列(5’-3’) 序列号
lncRNA-T065925-F AGAGGAGCTGATGGTTTCAGT SEQ ID NO.2
lncRNA-T065925-R CAGCAGTTGTTCTTCAAGTTCCT SEQ ID NO.3
GAPDH-F CCCTCAAGATTGTCAGCAATGC SEQ ID NO.6
GAPDH-R GTCCTCATGTTAGCCCAGGAT SEQ ID NO.7
将该体系放入荧光定量PCR仪(美国Qiagen公司,型号:Rotor-Gene),按如下反应程序进行扩增,结果如图1A-图1D所示:
4.计算相对表达量
根据PCR相对定量的分析方法,将GAPDH作为参照基因,按如下公式进行计算:
ΔCt=ΔCtlncRNA-T065925-ΔCtGAPDH
ΔΔCt=ΔCtnormal-ΔCtcancer
相对表达量=log2-ΔΔCt
临床样本中lncRNA-T065925的表达统计结果如图2所示。
实施例2构建lncRNA-T065925干扰的结直肠癌细胞系
一、筛选lncRNA-T065925高表达的结直肠癌细胞系
选取常见的几种结直肠癌细胞系(Caco-2,T84,HCT-116,HT-29,SW480)进行常规细胞培养,培养48-72小时后当细胞融合至80%,用PBS清洗3次,加入1ml Trizol裂解液将细胞彻底裂解,按照实施例1中总RNA提取步骤提取细胞总RNA,再进行Real-time PCR检测不同细胞系中lncRNA-T065925的表达情况,结果如图3所示,选取表达最高的结直肠癌细胞系作为后续实验研究。
二、构建干扰lncRNA-T065925的HCT-116细胞系
1.根据lncRNA-T065925的基因序列,通过GeneScript的siRNA设计工具设计三组干扰序列及一组对照序列,并委托广州锐博生物科技有限公司合成,序列如下:
2.将HCT-116细胞以1×106密度接种于含有完全培养基的六孔板中,置于二氧化碳培养箱中培养至细胞融合度达到50%。将siRNA干粉按照锐博产品说明书稀释成浓度为20μM,利用脂质体LipofectamineTM 2000与siRNA混合制备成转染复合物,室温静置反应20分钟,然后加入细胞中,继续培养4小时后,吸去转染培养基,更换为新鲜完全培养基,继续培养24-72小时。
3.观察细胞生长融合达90%,取出六孔板,PBS清洗细胞3次,按照实施例1中总RNA提取方法提取RNA,并逆转录为cDNA。使用北京天根生化科技有限公司的2×Taq PCR预混试剂Ⅱ,按照其说明书进行lncRNA-T065925的常规PCR扩增。配制浓度为1%的琼脂凝胶,将PCR扩增产物吸取5μl加入凝胶孔进行电泳,电泳结束后紫外拍照检测siRNA干扰效果,并选择干扰效果最好的序列作为后续lncRNA-T065925在结直肠癌应用中的研究,结果如图4所示。
实施例3lncRNA-T065925在抗结直肠癌病变中的应用
一.lncRNA-T065925对HCT-116细胞增殖能力的影响
1.将HCT-116细胞以1×104密度接种于含有完全培养基的96孔板中,培养24小时,选取实施例2中lncRNA-T065925干扰效果最佳的siRNA1作为干扰序列。将脂质体LipofectamineTM 2000与siRNA1混合制备成转染复合物,室温静置反应20分钟,然后加入细胞中,培养4小时后,吸去转染培养基,更换为新鲜完全培养基,继续培养72小时。
2.对照组和干扰组每组设置5个复孔,向每孔细胞中加入10μl的CCK-8溶液,将培养板放入培养箱继续孵育1小时,放入酶标仪,于450nm波长处测定吸光值。
3.根据以下公式计算siRNA1对HCT-116细胞增殖的抑制率:
(对照组-干扰组)/(对照组-空白组)ⅹ100%=抑制率。
结果如图5所示。
二、lncRNA-T065925对HCT-116细胞迁移能力的影响
1.先用marker笔在即将接种细胞的6孔板背后,用直尺比着,均匀地划横线,大约每隔0.5~1cm一道,横穿过孔,每孔至少穿过5条线。
2.在孔中分别加入正常细胞及实施例2中干扰效果最好的细胞,每孔约5×105个细胞,用完全培养基培养24-72小时,以细胞长满培养板底为宜。用1ml枪头尽量垂直于背后的横线划痕,枪头要垂直,不要倾斜。
3.然后吸去培养基,用PBS洗三次,更换为无血清培养基,拍照记录。将细胞继续放入培养箱培养,每隔6小时取出拍照记录,观察细胞的侵袭迁移能力。
结果如图6所示。
三、lncRNA-T065925对HCT-116细胞侵袭能力的影响
1、将孔径大小为8μm的Transwell小室放入24孔培养板中,在上室加入300μl预温的无血清培养基,室温下静置15-30分钟,使基质胶再水化,再吸去剩余培养液。
2、将培养的正常细胞及实施例2中干扰效果最好的细胞分别消化,终止消化后离心弃去培养液,用PBS洗2遍,用含BSA的无血清培养基重悬,并调整细胞密度至1×105
3、取细胞悬液200μl加入Transwell小室,下室加入500μl完全培养基,避免下层培养液和小室间产生气泡。将细胞继续放入培养箱培养24小时。
4、小心取出Transwell小室,用PBS洗2遍,将小室倒扣于吸水纸上去除细胞培养基,然后加入0.1%结晶紫染色5-10min,PBS洗2遍,用棉球擦去小室表面细胞,再将小室浸泡冲洗3次并晾干,显微镜下观察并拍照。
结果如图7所示。
尽管已用具体实施例来说明和描述了本发明,然而应意识到,在不背离本发明的精神和范围的情况下可以作出许多其它的更改和修改。因此,这意味着在所附权利要求中包括属于本发明范围内的所有这些变化和修改。
SEQUENCE LISTING
<110> 中国人民解放军陆军军医大学第二附属医院
<120> lncRNA-T065925应用、诊断结直肠癌的试剂盒和治疗结直肠癌的药物
<160> 13
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 1006
<212> DNA
<213> 人
<400> 1
catttttcat tacttactca gttttattta ggtggacaca acagtgaaga actcaaacat 60
ggtttgacct ttatctacag acacagcagc ctggattttc agcctttcat tccttttaaa 120
tgaaagtcag caggctcaaa atgcagagct tggctaagtc acttctgtgg aaatatgaaa 180
tatagtagtg ataaccacca agggctttca aattcttgtg ttcttctaag gatcctttcc 240
taacaccatg atttgttctc atctttgtgg aaatgaaacc aagatggtct taatttgtaa 300
agtccttttt cctctgttgg cagtcttctt acaaaggatg cagcaaaaag aacacatttt 360
tctttcaaag ttttgaagaa atatagtcat taaaaagaat ttaaattatg cctaaagcac 420
cactttacag aataccatta aattgtaatt acgtgctttt aaaaagccaa cttgttaaag 480
aggagctgat ggtttcagtt tttgtaggga acacttgtaa cactgcagaa ttctacaagg 540
gctttctcct ctggtgggca gggaaaaaac cactcaagtc atgagaaact tttatagctt 600
tcaggaactt gaagaacaac tgctgattaa atttcatgct ttagtgacga agtattttta 660
cagctaaaaa aggaacccag aaacataata catttcattt aaagcaggca gaaaaaccaa 720
ccacaaatta atatctattg tattccacat ggcactatat aatcacagaa gtacaaataa 780
aatctgcttt tctgaatatt ccaaaaggca gacagcagct tatataattt ccgttcttca 840
gaaaacagta attagattat gtaaacaact gtccgtaaga gctaaaagta aacttggagg 900
ttcctgagga ttactgaact tatgcaacat gctaactttc taagactaaa actgggaagt 960
tccacagatg ttaaagattt ttgtgtgtgt gtgtaaaatg tgaaca 1006
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
agaggagctg atggtttcag t 21
<210> 3
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
cagcagttgt tcttcaagtt cct 23
<210> 4
<211> 25
<212> RNA
<213> 人工序列
<400> 4
acaccaugau uuguucucau cuuug 25
<210> 5
<211> 25
<212> RNA
<213> 人工序列
<400> 5
caaagaugag aacaaaucau ggugu 25
<210> 6
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
ccctcaagat tgtcagcaat gc 22
<210> 7
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
gtcctcatgt tagcccagga t 21
<210> 8
<211> 25
<212> RNA
<213> 人工序列
<400> 8
ggaacacuug uaacacugca gaauu 25
<210> 9
<211> 25
<212> RNA
<213> 人工序列
<400> 9
aauucugcag uguuacaagu guucc 25
<210> 10
<211> 25
<212> RNA
<213> 人工序列
<400> 10
gaacuugaag aacaacugcu gauua 25
<210> 11
<211> 25
<212> RNA
<213> 人工序列
<400> 11
uaaucagcag uuguucuuca aguuc 25
<210> 12
<211> 19
<212> RNA
<213> 人工序列
<400> 12
ccaacgacuu aaggcuaaa 19
<210> 13
<211> 19
<212> RNA
<213> 人工序列
<400> 13
uuuagccuua agucguugg 19

Claims (10)

1.lncRNA-T065925在制备诊断结直肠癌的产品中的应用,其中,lncRNA-T065925的cDNA序列如SEQ ID NO.1所示。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述产品包括试剂或试剂盒。
3.一种诊断结直肠癌的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒的检测靶点包括权利要求1所述的lncRNA-T065925。
4.根据权利要求3所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括识别lncRNA-T065925的标记物;
所述标记物包括如下A)或B)中的至少一种:
A)结合lncRNA-T065925的引物/引物组;
B)结合lncRNA-T065925的生物大分子,所述的生物大分子包括:抗体或抗体功能片段,或,RNA结合蛋白或其功能片段。
5.根据权利要求4所述的试剂盒,其特征在于,A)中结合lncRNA-T065925的引物组的核苷酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
6.lncRNA-T065925在筛选治疗结直肠癌的药物中的应用,其中,lncRNA-T065925的cDNA序列如SEQ ID NO.1所示。
7.lncRNA-T065925作为靶点在制备治疗结直肠癌的药物中的应用,其中,lncRNA-T065925的cDNA序列如SEQ ID NO.1所示。
8.一种治疗结直肠癌的药物,其特征在于,所述药物的治疗靶点包括lncRNA-T065925,其中,lncRNA-T065925的cDNA序列如SEQ ID NO.1所示。
9.根据权利要求8所述的药物,其特征在于,所述药物包括抑制lncRNA-T065925的抑制剂。
10.根据权利要求9所述的药物,其特征在于,所述抑制剂包括如下1)或2)中的至少一种:
1)抑制lncRNA-T065925的siRNA或shRNA;
2)抑制lncRNA-T065925的生物大分子,所述的生物大分子包括:抗体或抗体功能片段、高底物专一性的酶或其功能片段;
优选地,所述siRNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5所示。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107043823A (zh) * 2017-05-26 2017-08-15 郴州市第人民医院 一种结直肠癌相关的肿瘤标志物及应用

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107043823A (zh) * 2017-05-26 2017-08-15 郴州市第人民医院 一种结直肠癌相关的肿瘤标志物及应用

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
WU H等: "Comprehensive analysis of differentially expressed profiles of lncRNAs and construction of miR-133b mediated ceRNA network in colorectal cancer", 《ONCOTARGET》 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113186280A (zh) * 2021-03-31 2021-07-30 温州医科大学 抑制结直肠癌生长的靶标uc﹒77-与诊断标志物及其应用
CN113186280B (zh) * 2021-03-31 2022-06-21 温州医科大学 抑制结直肠癌生长的靶标uc.77-与诊断标志物及其应用

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