CN110093408A - 一种dna编码化合物库及化合物筛选方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了一种DNA编码化合物、化合物库及化合物筛选方法。使用本发明的DNA编码化合物库进行筛选，不需要对靶点蛋白质进行纯化或固定，因此可适用于非固载蛋白、细胞跨膜蛋白、细胞裂解液等复杂体系的筛选。此外，本发明的DNA编码化合物在与蛋白共价交联后，蛋白与DNA标签部分全部通过共价连接，可耐受各种分离条件，如电泳分离、强洗脱条件等，蛋白与DNA标签部分不会因为分离条件苛刻而发生分离。

Description

一种DNA编码化合物库及化合物筛选方法
技术领域
本发明涉及一种DNA编码化合物库及化合物筛选方法。
背景技术
在药物研发，尤其是新药研发中，针对生物靶标的高通量筛选是快速获得先导化合物的主要手段之一。然而，基于单个分子的传统高通量筛选所需时间长、设备投入巨大、库化合物数量有限(数百万)，且化合物库的建成需要数十年的积累，限制了先导化合物的发现效率与可能性。近年来出现的DNA编码化合物库合成技术，结合了组合化学和分子生物学技术，在分子水平上将每个化合物加上一个DNA标签，能在极短的时间内合成高达亿级的化合物库。而且化合物能够通过基因测序的方法进行识别，大幅度地增加了化合物库的大小和合成效率，成为下一代化合物库筛选技术的趋势，并开始在国外制药行业广泛应用，产生了诸多积极的效果(Accounts of Chemical Research,2014,47,1247-1255)。
传统的DNA编码化合物库的合成及编码技术能很好的应用于筛选，但是其也存在一些应用上的局限：其一，采用传统的DNA编码化合物库进行筛选时，需要将靶标蛋白(蛋白质靶点)进行固定，然而某些靶标蛋白在进行固定化操作后，其空间结构发生变化，导致筛选出的化合物并不能与未固定的靶标蛋白结合，从而限制了DNA编码化合物库的应用范围；其二，采用传统的DNA编码化合物库只能对纯度较高的靶标蛋白进行筛选。然而由于技术、蛋白性质等因素影响，某些蛋白并不能被纯化到可以进行筛选的纯度，从而也限制了DNA编码化合物库的应用范围。
为了解决上述技术问题，CN107130299A公开了一种可以共价交联的DNA编码化合物库，它在常规单链DNA编码化合物库的基础上，引入一段具有8～12个碱基的短链DNA，其中短链DNA一端具有光交联基团。该DNA编码化合物库通过光交联基团与靶标蛋白的结合，DNA编码化合物与靶标蛋白共价结合，因此靶标蛋白可以不需要纯化和固定，扩大了DNA编码化合物库的应用范围。CN107130299A还公开了一种基于上述DNA编码化合物库的筛选方法，其中在共价交联后，需加入DNA外切酶对DNA进行降解。
然而由于不同蛋白质靶点的性质不同，在加入DNA外切酶时，可能会出现外切酶将共价交联后的DNA编码化合物的DNA标签降解，从而限制了其应用范围。而如果直接对上述共价交联后的DNA编码化合物采取电泳等强分离、强洗脱条件，则可能因为蛋白质靶点部分和DNA标签部分间仅以少量碱基间的氢键连接而不足以耐受，导致蛋白质靶点与DNA标签部分分离，从而使DNA标签失去作用。
因此，现在需要一种更稳定的可共价交联的DNA编码化合物库，使靶标蛋白与DNA编码化合物结合更稳定，在强分离、强洗脱条件下也不会发生分离。
发明内容
为了解决上述问题，进一步扩大DNA编码化合物库的应用范围，本发明提供了一种新的DNA编码化合物库及化合物筛选方法。
本发明首先提供了一种DNA编码化合物，它具有式Ⅰ所示的通式：
其中，X为原子或分子骨架；
A1为包含有连接链和寡核苷酸的部分；
A2为包含有连接链和寡核苷酸的部分；
M1为包含一个或多个结构单元的功能部分；
M2为包含一个或多个可操作进行共价交联的部分。
进一步地，X为碳原子或多原子的分子骨架。
进一步地，多原子骨架为环状或非环状骨架结构。
进一步地，非环状骨架结构为其中X1、X2、X3、X4分别独立的选自碳、氧、氮、硫。
进一步地，所述式Ⅰ通式具有式Ⅱ所示的结构：
其中，Z1为在其3'末端与L1连接的寡核苷酸，Z2为在其5'末端与L2连接的寡核苷酸或者Z1为在其5'末端与L1连接的寡核苷酸，Z2为在其3'末端与L2连接的寡核苷酸；
L1为包含有能与Z1的3'末端或5'末端形成键的官能团的连接链；
L2为包含有能与Z2的5'末端或3'末端形成键的官能团的连接链；
Y1为功能部分；
Y2为可操作进行共价交联的部分；
S1、S2各自独立地为连接链。
进一步地，Z1与Z2互补形成双链。
进一步地，Z1与Z2长度相同或不同。
进一步地，Z1、Z2的长度分别为10个以上的碱基，且具有10个以上的碱基对互补区。
进一步地，Z1、Z2均包含PCR引物序列。
进一步地，L1、L2分别独立地选自双官能团的亚烷基链或双官能团的低聚二醇链。
进一步地，L1、L2中的官能团选自磷酸基、氨基、羟基、羧基。
进一步地，L1、L2分别独立地选自其中，n为1～10的整数。
进一步地，S1、S2分别独立地选自双官能团的亚烷基链或双官能团的低聚二醇链。
进一步地，S1、S2中的官能团选自羧基、氨基或醛基。
进一步地，S1、S2选自 其中，m为1～10的整数。
进一步地，Y2包含光敏性基团、电敏性基团或可与蛋白质共价交联的基团。
进一步地，Y2包含叠氮基团、双吖丙啶基团、磺酰氟基团、重氮基团、肉桂酰基、丙烯酸酯基。
进一步地，Y2选自
本发明还提供了一种DNA编码化合物库，它是由前述的DNA编码化合物组成。
进一步地，所述DNA编码化合物库包含至少106种不同的DNA编码化合物。
进一步地，所述DNA编码化合物库包含至少108种不同的DNA编码化合物。
进一步地，所述DNA编码化合物库包含至少1010种不同的DNA编码化合物。
本发明还提供了前述的DNA编码化合物库的筛选方法，它包括以下步骤：
a、将化合物库与蛋白质靶点进行孵育，然后操作进行共价交联；
b、将蛋白-DNA编码化合物共价交联复合物与未交联的DNA编码化合物分离；
c、将回收的蛋白-DNA编码化合物共价交联复合物进行PCR扩增和DNA测序，读取DNA序列信息，获得化合物结构信息。
进一步地，所述步骤a中共价交联通过光照、通电或者直接孵育进行。
进一步地，所述步骤b中采用电泳法进行分离。
进一步地，所述步骤b中采用SDS-PAGE进行分离。
进一步地，所述步骤b中的分离方法为：将蛋白固定化，用洗脱剂将未固定物质洗掉即可。
进一步地，所述将蛋白固定化是使用磁珠将蛋白固定。
本发明还提供了前述的DNA编码化合物库对细胞裂解液筛选的方法，它包括以下步骤：
ⅰ、用物理方法将细胞打碎；
ⅱ、进行离心，分离出可溶性物质；
ⅲ、使用上述DNA编码化合物库对分离出的可溶性物质进行筛选。
本发明还提供了前述的DNA编码化合物库对跨膜蛋白进行筛选的方法，它包括以下步骤：
1)、用物理方法将细胞打碎；
2)、进行第一轮离心，分离出可溶性物质和细胞膜，沉淀除去不可溶物质；
3)、进行第二轮离心，沉淀分离出细胞膜；
4)、使用上述DNA编码化合物库对分离出的跨膜蛋白进行筛选。
使用本发明的DNA编码化合物库进行筛选，不需要对靶点蛋白质进行纯化或固定，因此可适用于非固载蛋白、细胞跨膜蛋白、细胞裂解液等复杂体系的筛选。
本发明的DNA编码化合物在与蛋白共价交联后，蛋白与DNA标签部分全部通过共价连接，可耐受各种分离条件，如电泳分离、强洗脱条件等，蛋白与DNA标签部分不会因为分离条件苛刻而发生分离。
显然，根据本发明的上述内容，按照本领域的普通技术知识和惯用手段，在不脱离本发明上述基本技术思想前提下，还可以做出其它多种形式的修改、替换或变更。
以下通过实施例形式的具体实施方式，对本发明的上述内容再作进一步的详细说明。但不应将此理解为本发明上述主题的范围仅限于以下的实例。凡基于本发明上述内容所实现的技术均属于本发明的范围。
附图说明
图1为化合物4、5和6与靶点蛋白进行共价交联后电泳分离结果。
图2为化合物6、7和8与靶点蛋白进行共价交联后电泳分离结果。
具体实施方式
缩写：Fmoc表示芴甲氧羰基；DMF表示N,N-二甲基甲酰胺；DMSO表示二甲基亚砜；DMT-MM表示2-氯-4,6-二甲氧基-1,3,5-三嗪；TEAA表示乙酸三乙胺，DIEA表示N,N-二异丙基乙胺；Boc表示叔丁氧羰基；DMA表示N,N-二甲基乙酰胺；HATU表示2-(7-氧化苯并三氮唑)-N,N,N',N'-四甲基脲六氟磷酸酯。
下述的DNA的序列：
简写为
下述的DNA的序列：
简写为
其中，A为腺嘌呤，T为胸腺嘧啶，C为胞嘧啶，G为鸟嘌呤；
DNA上进行的化学反应或DNA酶连接反应的后处理操作：在DNA上进行的化学反应或DNA酶连接反应的反应液中加入10％反应液体积的5M NaCl水溶液及2-3倍体积的乙醇。涡旋震荡后，将溶液置于-20℃冰箱冷冻1小时。冷冻后的溶液经高速离心沉淀后，去除上层清液，得到DNA样品。
实施例1、DNA编码化合物库的起始DNA原料的合成
合成方法一：
步骤1、化合物1的合成
将化合物HUB1(82nmol)溶于硼酸钠缓冲液(82μL,pH＝9.4,浓度250mM/L)中，配成浓度1mM/L的起始溶液；然后将4-叠氮-苯甲酸的DMA溶液(8.2μmol,浓度200mM/L)、HATU的DMA溶液(8.2μmol,浓度400mM/L)和DIPEA的DMA溶液(8.2μmol,浓度400mM/L)分别置于-20℃冰箱中冷却后混合，将该混合液涡旋振荡充分混匀，然后置于4℃冰箱中保存5分钟。将上述混合液加入到化合物HUB1起始溶液中，涡旋振荡充分混匀后，室温反应12小时。取1μL反应液加100μL dd-H2O稀释，LCMS监测反应。反应完全后，按照前述后处理操作进行后处理，得化合物1(77nmol)。
步骤2、化合物4的合成
将化合物1(77nmol)溶于硼酸钠缓冲液(308μL,pH＝9.4,浓度250mM/L)中，配成浓度0.25mM/L的溶液，涡旋振荡充分混匀后，在90℃下反应16小时。取1μL反应液加100μL dd-H2O稀释，LCMS监测反应。反应完全后，按照前述后处理操作进行后处理，得到化合物4(73nmol)。
合成方法二：
步骤1、化合物3的合成
将化合物HUB(10μmol)溶于硼酸钠缓冲液(10ml,pH＝9.4,浓度250mM/L)中，配成浓度1mM/L的起始溶液；然后将化合物2(AOP-Fmoc)的DMA溶液(1000μmol,浓度200mM/L)、HATU的DMA溶液(1000μmol，浓度400mM/L)和DIPEA的DMA溶液(1000μmol，浓度400mM/L)分别置于-20℃冰箱中冷却后混合，将该混合液涡旋振荡充分混匀，然后置于4℃冰箱中保存5分钟。将上述混合液加入到化合物HUB起始溶液中，涡旋振荡充分混匀后，室温反应12小时。取1μL反应液加100μL dd-H2O稀释，LCMS监测反应。反应完全后，加入2mL氯化钠水溶液(5M/L)和60mL乙醇振荡5分钟，置于-20℃冰箱中冷却2-3小时后离心40-60分钟。沉淀加入10mLdd-H2O溶解，再加入1ml哌啶后，室温反应1-3小时，LCMS监测反应。反应完全后，加入1mL氯化钠水溶液(5M/L)和60mL乙醇振荡5分钟，置于-20℃冰箱中冷却2-3小时后离心40-60分钟，分出上清液得到白色沉淀，即为化合物3(9μmol，纯度>95％)。
步骤2、化合物4的合成
将化合物3(1μmol)溶于硼酸钠缓冲液(1mL,pH＝9.4,浓度250mM/L)中，配成浓度1mM/L的起始溶液；然后将对叠氮苯甲酸的DMA溶液(2μmol,浓度20mM/L)，HATU的DMA溶液(2μmol,浓度20mM/L)和DIPEA的DMA溶液(2μmol，浓度20mM/L)分别置于-20℃冰箱中冷却后混合，将该混合液涡旋振荡充分混匀，然后置于4℃冰箱中保存5分钟。将上述混合液加入到化合物3起始溶液中，涡旋振荡充分混匀后，室温反应2-4小时。取1μL反应液加100μL dd-H2O稀释，LCMS监测反应。反应完全后，加入0.2mL氯化钠水溶液(5M/L)和10mL乙醇振荡5分钟，置于-20℃冰箱中冷却2-3小时后离心40-60分钟得到沉淀。沉淀加入1mL dd-H2O溶解，HPLC制备得到化合物4(300nmol，纯度>95％)。
实施例2、DNA编码化合物库及筛选
用实施例1制备的起始DNA原料构建了如下结构的DNA编码化合物库：
对上述DNA编码化合物库按以下步骤进行筛选：
1)将上述DNA编码化合物库与靶标蛋白ROCK2在100μL的缓冲液体系中与蛋白孵育60分钟，然后在365nm光照条件下反应60秒；
2)将反应液加热至90℃使蛋白变性，通过制备型SDS-PAGE(12-15％)进行分离，采用切胶的方法回收和提取相应的目标蛋白质-DNA编码化合物共价交联复合物的条带；
3)将回收的样本进行PCR扩增和DNA测序，读取被富集的小分子化合物对应的DNA序列，然后获得化合物的结构信息。
实施例3、DNA编码化合物合成
通过实施例2中DNA编码化合物库的筛选，对化合物结构进行解析后，重新合成无DNA标签的化合物，其对ROCK2的抑制活性IC50约为50nM。以其作为工具化合物合成DNA编码化合物，对共价交联进行进一步验证。
步骤1：化合物5的合成
将化合物3(5μmol)溶于硼酸钠缓冲液(5mL,pH＝9.4,浓度250mM/L)中，配成浓度1mM/L的起始溶液；然后将SM01的DMA溶液(10μmol,浓度20mM/L)，HATU的DMA溶液(10μmol,浓度20mM/L)和DIPEA的DMA溶液(10μmol,浓度20mM/L)分别置于-20℃冰箱中冷却后混合，将该混合液涡旋振荡充分混匀，然后置于4℃冰箱中保存5分钟。将上述混合液加入到化合物3起始溶液中，涡旋振荡充分混匀后，室温反应2-4小时。取1μL反应液加100uL dd-H2O稀释，LCMS监测反应。反应完全后，加入1mL氯化钠水溶液(5M/L)和50mL乙醇振荡5分钟，置于-20℃冰箱中冷却2-3小时后离心40-60分钟得到沉淀。沉淀加入5mL dd-H2O溶解，HPLC制备得到化合物5(2μmol，纯度>98％)。
步骤2：化合物6的合成
将化合物5(1μmol)溶于硼酸钠缓冲液(1mL,pH＝9.4,浓度250mM/L)中，配成浓度1mM/L的起始溶液；然后将对叠氮苯甲酸的DMA溶液(100μmol,浓度200mM/L)，HATU的DMA溶液(100μmol,浓度400mM/L)和DIPEA的DMA溶液(100μmol,浓度400mM/L)分别置于-20℃冰箱中冷却后混合，将该混合液涡旋振荡充分混匀，然后置于4℃冰箱中保存5分钟。将上述混合液加入到化合物5起始溶液中，涡旋振荡充分混匀后，室温反应2-4小时。取1μL反应液加100μL dd-H2O稀释，LCMS监测反应。反应完全后，加入0.2mL氯化钠水溶液(5M/L)和10mL乙醇振荡5分钟，置于-20℃冰箱中冷却2-3小时后离心40-60分钟得到沉淀。沉淀即为化合物6(270nmol，纯度>95％)。
步骤3：化合物7的合成
将化合物5(1μmol)溶于硼酸钠缓冲液(1mL,pH＝9.4,浓度250mM/L)中，配成浓度1mM/L的起始溶液；然后将3-甲基-3H-双吖丙啶-3-丙酸的DMA溶液(100μmol,浓度200mM/L)，HATU的DMA溶液(100μmol,浓度400mM/L)和DIPEA的DMA溶液(100μmol,浓度400mM/L)分别置于-20℃冰箱中冷却后混合，将该混合液涡旋振荡充分混匀，然后置于4℃冰箱中保存5分钟。将上述混合液加入到化合物5起始溶液中，涡旋振荡充分混匀后，室温反应2-4小时。取1μL反应液加100μL dd-H2O稀释，LCMS监测反应。反应完全后，加入0.2mL氯化钠水溶液(5M/L)和10mL乙醇振荡5分钟，置于-20℃冰箱中冷却2-3小时后离心40-60分钟得到沉淀。沉淀即为化合物7(310nmol，纯度>96％)。
步骤4：化合物8的合成
将化合物5(1μmol)溶于硼酸钠缓冲液(1ml,pH＝9.4,浓度250mM/L)中，配成浓度1mM/L的起始溶液；然后将4-(氟磺酰)苯甲酸的DMA溶液(100μmol,浓度200mM/L)，HATU的DMA溶液(100μmol,浓度400mM/L)和DIPEA的DMA溶液(100μmol,浓度400mM/L)分别置于-20℃冰箱中冷却后混合，将该混合液涡旋振荡充分混匀，然后置于4℃冰箱中保存5分钟。将上述混合液加入到化合物5起始溶液中，涡旋振荡充分混匀后，室温反应2-4小时。取1μL反应液加100μL dd-H2O稀释，LCMS监测反应。反应完全后，加入0.2mL氯化钠水溶液(5M/L)和10mL乙醇振荡5分钟，置于-20℃冰箱中冷却2-3小时后离心40-60分钟得到沉淀。沉淀即为化合物8(250nmol，纯度>82％)。
以下通过试验例来说明本发明的有益效果。
试验例1、化合物4、5和6与靶点蛋白进行共价交联
1、试验方法
(1)将化合物4、5和6在25μL的缓冲液体系(40mM PBS,50mM NaCl,pH 7.5)中分别与靶标蛋白孵育60分钟。
(2)在365nm的紫外条件下，光源直射反应液30分钟。
(3)在反应液中加入9μL 4x上样缓冲液，吹打混匀，置于100℃金属浴加热10分钟，使蛋白彻底变性。
(4)通过SDS-PAGE电泳(120V，120min)分离蛋白质-DNA编码化合物共价交联复合物和未交联的DNA编码化合物。
2、试验结果
试验结果如图1所示。
上述试验结果表明，本发明的DNA编码化合物能够特异性与靶标蛋白发生共价交联，靶标蛋白与DNA编码化合物形成的复合物在电泳条件下不会发生分离，但是复合物与单独靶标蛋白在电泳下可以分离。
试验例2、化合物6、7和8与靶点蛋白进行共价交联
1、试验方法
(1)将化合物6在25μL的缓冲液体系(40mM PBS,50mM NaCl,pH 7.5)中与靶标蛋白孵育60分钟。
(2)一组在365nm的紫外条件下，光源直射反应液1分钟和30分钟。另一组放置于冰上黑暗处保存1分钟和30分钟。
(3)在反应液中加入9μL 4x上样缓冲液，吹打混匀，置于100℃金属浴加热10分钟，使蛋白彻底变性。
(4)将化合物7在25μL的缓冲液体系(40mM PBS,50mM NaCl,pH 7.5)中与靶标蛋白孵育60分钟。
(5)一组在365nm的紫外条件下，光源直射反应液30分钟和120分钟。另一组放置于冰上黑暗处保存30分钟和120分钟。
(6)在反应液中加入9μL 4x上样缓冲液，吹打混匀，置于100℃金属浴加热10分钟，使蛋白彻底变性。
(7)将化合物8在25μL的缓冲液体系(40mM PBS,50mM NaCl,pH 7.5)中与靶标蛋白孵育60分钟。
(8)在4℃条件下保存120分钟。
(9)在反应液中加入9μL 4x上样缓冲液，吹打混匀，置于100℃金属浴加热10分钟，使蛋白彻底变性。
(10)通过SDS-PAGE电泳(120V，120min)分离蛋白质-DNA编码化合物共价交联复合物和未交联的DNA编码化合物。
2、试验结果
试验结果如图2所示。
上述试验结果表明，本发明的DNA编码化合物可采用多种可共价交联的基团(如叠氮基团、双吖丙啶基团和磺酰氟基团等)，在适当的条件下，均可以与靶点蛋白质发生共价交联，靶标蛋白与DNA编码化合物形成的复合物在电泳条件下不会发生分离，但是复合物与单独靶标蛋白在电泳下可以分离。
综上，使用本发明的DNA编码化合物库进行筛选，不需要对靶点蛋白质进行纯化或固定，因此可适用于非固载蛋白、细胞跨膜蛋白、细胞裂解液等复杂体系的筛选。此外，本发明的DNA编码化合物在与蛋白共价交联后，蛋白与DNA标签部分全部通过共价连接，可耐受各种分离条件，如电泳分离、强洗脱条件等，蛋白与DNA标签部分不会因为分离条件苛刻而发生分离。

Claims (30)

1.一种DNA编码化合物，其特征在于：它具有式Ⅰ所示的通式：
其中，X为原子或分子骨架；
A1为包含有连接链和寡核苷酸的部分；
A2为包含有连接链和寡核苷酸的部分；
M1为包含一个或多个结构单元的功能部分；
M2为包含一个或多个可操作进行共价交联的部分。
2.根据权利要求1所述的DNA编码化合物，其特征在于：X为碳原子或多原子的分子骨架。
3.根据权利要求2所述的DNA编码化合物，其特征在于：多原子骨架为环状或非环状骨架结构。
4.根据权利要求3所述的DNA编码化合物，其特征在于：非环状骨架结构为其中X1、X2、X3、X4分别独立的选自碳、氧、氮、硫。
5.根据权利要求1～4任一项所述的DNA编码化合物，其特征在于：所述式Ⅰ通式具有式Ⅱ所示的结构：
其中，Z1为在其3'末端与L1连接的寡核苷酸，Z2为在其5'末端与L2连接的寡核苷酸或者Z1为在其5'末端与L1连接的寡核苷酸，Z2为在其3'末端与L2连接的寡核苷酸；
L1为包含有能与Z1的3'末端或5'末端形成键的官能团的连接链；
L2为包含有能与Z2的5'末端或3'末端形成键的官能团的连接链；
Y1为功能部分；
Y2为可操作进行共价交联的部分；
S1、S2各自独立地为连接链。
6.根据权利要求5所述的DNA编码化合物，其特征在于：Z1与Z2互补形成双链。
7.根据权利要求5所述的DNA编码化合物，其特征在于：Z1与Z2长度相同或不同。
8.根据权利要求6或7所述的DNA编码化合物，其特征在于：Z1、Z2的长度分别为10个以上的碱基，且具有10个以上的碱基对互补区。
9.根据权利要求5所述的DNA编码化合物，其特征在于：Z1、Z2均包含PCR引物序列。
10.根据权利要求5所述的DNA编码化合物，其特征在于：L1、L2分别独立地选自双官能团的亚烷基链或双官能团的低聚二醇链。
11.根据权利要求10所述的DNA编码化合物，其特征在于：L1、L2中的官能团选自磷酸基、氨基、羟基、羧基。
12.根据权利要求11所述的DNA编码化合物，其特征在于：L1、L2分别独立地选自其中，n为1～10的整数。
13.根据权利要求5所述的DNA编码化合物，其特征在于：S1、S2分别独立地选自双官能团的亚烷基链或双官能团的低聚二醇链。
14.根据权利要求13所述的DNA编码化合物，其特征在于：S1、S2中的官能团选自羧基、氨基或醛基。
15.根据权利要求14所述的DNA编码化合物，其特征在于：S1、S2选自 其中，m为1～10的整数。
16.根据权利要求5所述的DNA编码化合物，其特征在于：Y2包含光敏性基团、电敏性基团或可与蛋白质共价交联的基团。
17.根据权利要求16所述的DNA编码化合物，其特征在于：Y2包含叠氮基团、双吖丙啶基团、磺酰氟基团、重氮基团、肉桂酰基、丙烯酸酯基。
18.根据权利要求17所述的DNA编码化合物，其特征在于：Y2选自
19.一种DNA编码化合物库，其特征在于：它是由权利要求1～18任一项所述的DNA编码化合物组成。
20.根据权利要求19所述的DNA编码化合物库，其特征在于：所述DNA编码化合物库包含至少106种不同的DNA编码化合物。
21.根据权利要求19所述的DNA编码化合物库，其特征在于：所述DNA编码化合物库包含至少108种不同的DNA编码化合物。
22.根据权利要求19所述的DNA编码化合物库，其特征在于：所述DNA编码化合物库包含至少1010种不同的DNA编码化合物。
23.权利要求19～22任一项所述的DNA编码化合物库的筛选方法，其特征在于：它包括以下步骤：
a、将化合物库与蛋白质靶点进行孵育，然后操作进行共价交联；
b、将蛋白-DNA编码化合物共价交联复合物与未交联的DNA编码化合物分离；
c、将回收的蛋白-DNA编码化合物共价交联复合物进行PCR扩增和DNA测序，读取DNA序列信息，获得化合物结构信息。
24.根据权利要求23所述的筛选方法，其特征在于：所述步骤a中共价交联通过光照、通电或者直接孵育进行。
25.根据权利要求23所述的筛选方法，其特征在于：所述步骤b中采用电泳法进行分离。
26.根据权利要求25所述的筛选方法，其特征在于：所述步骤b中采用SDS-PAGE进行分离。
27.根据权利要求23所述的筛选方法，其特征在于：所述步骤b中的分离方法为：将蛋白固定化，用洗脱剂将未固定物质洗掉即可。
28.根据权利要求27所述的筛选方法，其特征在于：所述将蛋白固定化是使用磁珠将蛋白固定。
29.权利要求19～22任一项所述的DNA编码化合物库对细胞裂解液筛选的方法，其特征在于：它包括以下步骤：
ⅰ、用物理方法将细胞打碎；
ⅱ、进行离心，分离出可溶性物质；
ⅲ、使用上述DNA编码化合物库对分离出的可溶性物质进行筛选。
30.权利要求19～22任一项所述的DNA编码化合物库对跨膜蛋白进行筛选的方法，其特征在于：它包括以下步骤：
1)、用物理方法将细胞打碎；
2)、进行第一轮离心，分离出可溶性物质和细胞膜，沉淀除去不可溶物质；
3)、进行第二轮离心，沉淀分离出细胞膜；
4)、使用上述DNA编码化合物库对分离出的跨膜蛋白进行筛选。
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