CN109880888A

CN109880888A - 以人adrb1基因1165位点gg型为模板的阳性参考品

Info

Publication number: CN109880888A
Application number: CN201910222591.XA
Authority: CN
Inventors: 孙茜
Original assignee: Stepping Stone Biological Technology (suzhou) Co Ltd
Current assignee: Stepping Stone Biological Technology (suzhou) Co Ltd
Priority date: 2019-03-22
Filing date: 2019-03-22
Publication date: 2019-06-14

Abstract

以人ADRB1基因1165位点GG型为模板的阳性参考品，其特征在于：所述阳性参考品是一种以碱基序列为主要成分的试剂，该碱基序列包含人ADRB1基因片段，所述人ADRB1基因片段如SEQ NO:4所示，其中，带有下划线的碱基位点是人ADRB1基因的1165位点，所述1165位点用于表征人ADRB1基因的GG型可突变为人ADRB1基因的CC型的位置。本发明用于验证被检样本中是否含有人ADRB1基因1165位点GG型这一检测结果是否准确，解决了人ADRB1基因的质量检测问题。

Description

以人ADRB1基因1165位点GG型为模板的阳性参考品

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及一种以人ADRB1基因1165位点GG型为模板的阳性参考品，该阳性参考品用于验证ADRB1基因型检测试剂盒在应用于样本检测时样本是否为阳性的辅助判断。

背景技术

质控品是指用于体外诊断的质量控制物质，其具有已知浓度含量的目标检测物，为使人们确信某一产品或服务质量能满足规定的质量要求所必须的产品。质控品的使用目的是为了验证整个PCR反应过程具有准确性、有效性和特异性，并监控检测系统的状态。仪器在正式投入使用后，应定期对其校准，避免由于仪器原因导致的实验偏差。再次，在收到每批新试剂后，应首先对其进行预实验，确证新试剂质量后，再用于对临床标本的检测。

但是据申请人了解，目前在检测人ADRB1基因1165位点GG型质量控制方面没有阳性参考品。

发明内容

本发明旨在提供一种以人ADRB1基因1165位点GG型为模板的阳性参考品，用于验证被检样本中是否含有人ADRB1基因1165位点GG型这一检测结果是否准确，解决了人ADRB1基因的质量检测问题。

为达到上述目的，本发明采用的技术方案是：一种以人ADRB1基因1165位点GG型为模板的阳性参考品，该阳性参考品是一种以碱基序列为主要成分的试剂，该碱基序列包含人ADRB1基因片段，所述人ADRB1基因片段为5’-GGCGGGCCCTCGCGCCTCGTGGCCCTGCGCGAGCAGAAGGCGCTCAGGACGCTGGGCATCATCATGGGCGTCTTCACGCTGTGCTGGCTGCCCTTCTTCCTGGCCAACGTGGTGAAGGCCTTCCACCGCGAGCTGGTGCCCGACCGCCTCTTCGTCTTCT-3’，其中，带有下划线的碱基位点是人ADRB1基因的1165位点，所述1165位点用于表征人ADRB1基因的GG型可突变为人ADRB1基因的CC型的位置。

上述技术方案中的有关内容解释如下：

1、上述方案中，所述阳性参考品中还含有缓冲试剂，该缓冲试剂选自pH7.6的Tris-HCl缓冲液或pH7.6的TE缓冲液。

2、上述方案中，所述阳性参考品中含有的人ADRB1基因序列是构建到质粒载体上保存，根据现有技术即可得到，质粒构建过程如下：

引物设计——PCR扩增——割胶回收DNA片段——构建载体——转化培养——阳性克隆鉴定——37℃摇床培养——质粒抽提——测序确认碱基序列。

抽提后的质粒再配制成所述阳性参考品，配制方法如下：

（1）配制稀释液：加入50%配方量的纯化水→加入Tris-HCl缓冲液（pH7.6）→加入剩余的纯化水（涡旋震荡3次，每次5秒）→得0.002mol/L的Tris-HCl（pH 7.6）稀释液；

（2）人ADRB1基因1165位点GG纯合载体质粒预稀释：加入50%配方量的所述稀释液→加入人ADRB1基因1165位点GG纯合载体质粒溶液→加入剩余的所述稀释液（涡旋震荡3次，每次5秒）→得到X拷贝/微升人ADRB1基因1165位点GG纯合质粒溶液（X代表质粒浓度的具体数值）；

（3）得到GG型阳性参考品：加入50%配方量的稀释液→加入X拷贝/微升人ADRB1基因1165位点GG纯合质粒溶液→加入剩余的稀释液（涡旋震荡3次，每次5秒）→得到GG型阳性参考品。

本发明的特点以及有益效果是：所述阳性参考品实质是事先设计好的、当做已知浓度及碱基序列的样本，和其他被检样本（即人全血）一起利用相关的ADRB1基因型检测试剂盒进行检测，从而验证被检样本检测结果的准确性。也就是说，在利用ADRB1基因型检测试剂盒检测被检样本时，本发明的阳性参考品相当于是一种已知浓度的阳性样本，用于验证ADRB1基因型检测试剂盒的检测结果是否真实、有效，解决了人ADRB1基因的质量检测问题。

附图说明

附图1为人ADRB1基因的1165位点为GG型时的荧光定量PCR扩增熔解曲线图，横坐标是温度，纵坐标是荧光微分值；

附图2为人ADRB1基因的1165位点为CC型时的荧光定量PCR扩增熔解曲线图，横坐标是温度，纵坐标是荧光微分值；

附图3为人ADRB1基因的1165位点为CG型时的荧光定量PCR扩增熔解曲线图，横坐标是温度，纵坐标是荧光微分值；

附图4为空白对照时的荧光定量PCR扩增熔解曲线图，横坐标是温度，纵坐标是荧光微分值。

具体实施方式

下面结合附图及实施例对本发明作进一步描述：

实施例：一种以人ADRB1基因1165位点GG型为模板的阳性参考品

GG型阳性参考品是一种以碱基序列为主要成分的试剂，该碱基序列包含人ADRB1基因片段，所述人ADRB1基因片段为5’-GGCGGGCCCTCGCGCCTCGTGGCCCTGCGCGAGCAGAAGGCGCTCAGGACGCTGGGCATCATCATGGGCGTCTTCACGCTGTGCTGGCTGCCCTTCTTCCTGGCCAACGTGGTGAAGGCCTTCCACCGCGAGCTGGTGCCCGACCGCCTCTTCGTCTTCT-3’ （如SEQ NO:4所示），其中，带有下划线的碱基位点是人ADRB1基因的1165位点，所述1165位点用于表征人ADRB1基因的GG型可突变为人ADRB1基因的CC型的位置。所述GG型阳性参考品中还含有缓冲试剂，该缓冲试剂为pH7.6的Tris-HCl缓冲液。

CC型阳性参考品是一种以碱基序列为主要成分的试剂，该碱基序列包含人ADRB1基因片段，所述人ADRB1基因片段为5’- GGCGGGCCCTCGCGCCTCGTGGCCCTGCGCGAGCAGAAGGCGCTCAGGACGCTGGGCATCATCATGGGCGTCTTCACGCTCTGCTGGCTGCCCTTCTTCCTGGCCAACGTGGTGAAGGCCTTCCACCGCGAGCTGGTGCCCGACCGCCTCTTCGTCTTCT -3’（如SEQ NO:5所示），其中，带有下划线的碱基位点是人ADRB1基因的1165位点，所述1165位点用于表征人ADRB1基因的CC型可突变为人ADRB1基因的GG型的位置。所述CC型阳性参考品中还含有缓冲试剂，该缓冲试剂选自pH7.6的Tris-HCl缓冲液或pH7.6的TE缓冲液。

CG型阳性参考品是通过所述GG型阳性参考品与CC型阳性参考品按等体积混合配制而成。所述GG型阳性参考品中含有GG纯合型DNA序列的浓度为500拷贝/微升，所述CC型阳性参考品中含有CC纯合型DNA序列的浓度为500拷贝/微升，那么，所述CG型阳性参考品中含有GG纯合型DNA序列和CC纯合型DNA序列的浓度均为500拷贝/微升。

所述GG型阳性参考品、CC型阳性参考品以及CG型阳性参考品作为ADRB1基因型检测试剂盒中的一部分。

在本实施例中，ADRB1基因型检测试剂盒包括KOD DNA 聚合酶、上游引物、下游引物、特异性靶向荧光探针、GG型阳性参考品、CC型阳性参考品以及CG型阳性参考品；

所述上游引物为针对人ADRB1基因设计的上游引物，上游引物的序列为5’- ATC ATCATG GGC GTC TT -3’（如SEQ NO:1所示）；

所述下游引物为针对人ADRB1基因设计的下游引物，下游引物的序列为5’- GTA GCCCAG CCA GTT GA -3’（如SEQ NO:2所示）；

所述特异性靶向荧光探针是带有人ADRB1基因的特异性配对序列的探针，其碱基序列为5’- ACG CTG TGC TGG CTG CCC-3’，（如SEQ NO:3所示），荧光染料为氟硼二吡咯。

所述ADRB1基因型检测试剂盒还包括阳性质控品，阳性质控品是一种以碱基序列为主要成分的试剂，所述碱基序列是通过所述GG型阳性参考品与CC型阳性参考品按等体积混合配制而成，所述阳性质控品含有GG纯合型DNA序列和CC纯合型DNA序列的浓度均为1000拷贝/微升。

所述阳性质控品是事先设计好的、当做已知浓度及碱基序列的样本，和其他被检样本一起进行检测，它作为试剂盒的一部分，与其他试剂配套使用，用于用户验证检测结果的准确性。

在实际生产中，所述ADRB1基因型检测试剂盒可以做成包含下列组分的试剂盒：

（1）聚合酶试剂[KOD Mix]：由KOD DNA聚合酶、dNTP等组成，规格为140μL×2支、140μL×4支或140μL×6支；

（2）引物・探针试剂 [ADRB1 Mix]：即由上游引物、下游引物以及特异性靶向荧光探针组成的混合试剂，规格为140μL×1支、140μL×2支或140μL×3支；

（3）GG型阳性参考品、CC型阳性参考品以及CG型阳性参考品，规格均为100μL×1支；

（4）阳性质控品，规格为150μL×1支。

其中，GG型阳性参考品、CC型阳性参考品以及CG型阳性参考品中的DNA序列均是构建到载体质粒上保存，原始质粒购置于生工生物工程（上海）股份有限公司，载体质粒构建过程属于现有技术，具体过程如下：

抽提后的质粒再配制成所述GG型阳性参考品，配制方法如下：

抽提后的质粒再配制成所述CC型阳性参考品，配制方法如下：

（2）人ADRB1基因1165位点CC纯合载体质粒预稀释：加入50%配方量的所述稀释液→加入人ADRB1基因1165位点CC纯合载体质粒溶液→加入剩余的所述稀释液（涡旋震荡3次，每次5秒）→得到X拷贝/微升人ADRB1基因1165位点CC纯合质粒溶液（X代表质粒浓度的具体数值）；

（3）得到CC型阳性参考品：加入50%配方量的稀释液→加入X拷贝/微升人ADRB1基因1165位点CC纯合质粒溶液→加入剩余的稀释液（涡旋震荡3次，每次5秒）→得到CC型阳性参考品。

ADRB1基因型检测方法包括以下步骤：

第一步，准备被检样本，以被检样本作为检测的对象，被检样本为人全血；用样本溶解液把采集的人全血稀释25倍后，作为所述被检样本；其中，所述样本溶解液是由缓冲液和纯化水组成，缓冲液与纯化水的体积比为1：99，缓冲液为pH7.6的Tris-HCl缓冲液；

第二步，以所述被检样本为模板基因链，利用所述试剂盒进行荧光定量PCR扩增反应，荧光定量PCR扩增反应的反应体系为：

上游引物 0.1μmol/L，1.4μL；

下游引物 0.1μmol/L，1.4μL；

特异性靶向荧光探针 0.1μmol/L，1.0μL；

MgCl₂*6H₂O 0.35g/L，1.4μL；

dNTPs 0.02mM，0.4μL；

KOD DNA 聚合酶 0.02U/μL，0.4μL；

KOD buffer 3.2μL；

模板 4μL；

在上述荧光定量PCR扩增反应的反应体系中，在各组分的使用浓度不变的前提下，各组分的体积用量最多可为上述数值的2倍，即上游引物的所用体积为2.8μL，下游引物的所用体积为2.8μL，特异性靶向荧光探针的所用体积为2.0μL，MgCl₂*6H₂O的所用体积为2.8μL，dNTPs的所用体积为0.8μL，KOD DNA 聚合酶的所用体积为0.8μL，KOD buffer的所用体积为6.4μL，模板的所用体积为8μL；

所述荧光定量PCR扩增反应的反应过程如下：

（1）94.0℃预变性30.0秒，

（2）97.0℃变性1.0秒，

（3）60.0℃退火3.0秒，

（4）63.0℃延伸 5.0秒，其中，步骤（2）~（4）循环50次；

第三步，用高分辨率熔解曲线法进行检出，检出条件依次为：

（1）94.0 ℃，30.0秒，

（2）39.0 ℃，30.0秒，

（3）40.0~75.0℃，0.09℃/秒；

直接在全自动基因分析仪GENECUBE（生产商为TOYOBO）上进行荧光定量PCR扩增反应和检测。具体步骤为：将被检样本4μL、聚合酶试剂[KOD Mix]4μL、引物・探针试剂[ADBR1 Mix]5.2μL混合后，调制成反应液。专用吸管吸取反应液到专用塑料毛细管中。进行扩增反应。进行检出，测定波长为510nm~550nm的荧光值。测定的荧光值由专用分析软件解析，转换成表示荧光变化量的荧光微分值。解析荧光微分值，在显示屏上显示测定结果。

第四步，检出结果通过阳性判断值来判断，阳性判断值的三种结果的判断依据为：

（1）ADRB1基因的1165位点为GG纯合子：荧光微分值≥10，并且熔解曲线峰值所在的熔解温度在60.5℃~65.5℃之间，参见附图1所示；

（2）ADRB1基因的1165位点为CC纯合子：荧光微分值≥10，并且熔解曲线峰值所在的熔解温度在51℃~56℃之间，参见附图2所示；

（3）ADRB1基因的1165位点为CG杂合子：有2个熔解曲线峰，其中一个熔解曲线峰的荧光微分值≥10且熔解曲线峰值所在的熔解温度在51℃~56℃之间，另一个熔解曲线峰的荧光微分值≥10且熔解曲线峰值所在的熔解温度在60.5℃～65.5℃之间，参见附图3所示。

所述荧光微分值是指对检测到的目标物的荧光强度随温度变化的值做微分求导，得到荧光微分值。

在上述实施例中，所述GG型阳性参考品中含有GG纯合型DNA序列的浓度、CC型阳性参考品中含有CC纯合型DNA序列的浓度以及CG型阳性参考品中含有GG纯合型DNA序列和CC纯合型DNA序列的浓度均为500拷贝/微升，在该浓度下实施效果最好，但在本领域内上述阳性参考品中DNA序列的浓度在500~5000拷贝/微升范围内都可以实施。同理，阳性质控品含有GG纯合型DNA序列和CC纯合合型DNA序列的浓度在500~5000拷贝/微升范围内都可以实施。另外，在对人全血进行稀释时，上述实施例是以稀释25倍为例，在本领域实际操作中，用样本溶解液把采集的人全血稀释10~50倍作为被检样本都可以实施。

上述实施例只为说明本发明的技术构思及特点，其目的在于让熟悉此项技术的人士能够了解本发明的内容并据以实施，并不能以此限制本发明的保护范围。凡根据本发明精神实质所作的等效变化或修饰，都应涵盖在本发明的保护范围之内。

序列表

<110> 踏石生物科技（苏州）有限公司

<120> 以人ADRB1基因1165位点GG基因型为模板的阳性参考品

<160> 5

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 17

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 1

atcatcatgg gcgtctt 17

<210> 2

<211> 17

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 2

gtagcccagc cagttga 17

<210> 3

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

acgctgtgct ggctgccc 18

<210> 4

<211> 160

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 4

ggcgggccct cgcgcctcgt ggccctgcgc gagcagaagg cgctcaggac gctgggcatc 60

atcatgggcg tcttcacgct gtgctggctg cccttcttcc tggccaacgt ggtgaaggcc 120

ttccaccgcg agctggtgcc cgaccgcctc ttcgtcttct 160

<210> 5

<211> 160

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 5

ggcgggccct cgcgcctcgt ggccctgcgc gagcagaagg cgctcaggac gctgggcatc 60

atcatgggcg tcttcacgct ctgctggctg cccttcttcc tggccaacgt ggtgaaggcc 120

ttccaccgcg agctggtgcc cgaccgcctc ttcgtcttct 160

Claims

1.一种以人ADRB1基因1165位点GG型为模板的阳性参考品，其特征在于：所述阳性参考品是一种以碱基序列为主要成分的试剂，该碱基序列包含人ADRB1基因片段，所述人ADRB1基因片段为5’-GGCGGGCCCTCGCGCCTCGTGGCCCTGCGCGAGCAGAAGGCGCTCAGGACGCTGGGCATCATCATGGGCGTCTTCACGCTGTGCTGGCTGCCCTTCTTCCTGGCCAACGTGGTGAAGGCCTTCCACCGCGAGCTGGTGCCCGACCGCCTCTTCGTCTTCT-3’，其中，带有下划线的碱基位点是人ADRB1基因的1165位点，所述1165位点用于表征人ADRB1基因的GG型可突变为人ADRB1基因的CC型的位置。

2.根据权利要求1所述的以人ADRB1基因1165位点GG型为模板的阳性参考品，其特征在于：所述阳性参考品中还含有缓冲试剂，该缓冲试剂选自pH 7.6的Tris-HCl缓冲液或pH7.6的TE缓冲液。