CN109863252A - 用于检测或定量丙型肝炎病毒的组合物和方法 - Google Patents

Abstract

本公开提供了用于检测和定量丙型肝炎病毒(HCV)，包括其不同的基因型和变体的寡聚物、组合物和试剂盒，以及相关的方法和用途。在一些实施例中，寡聚物靶向HCV的5'非翻译区并且配置成提供HCV的不同基因型和变体的基本等同的定量。

Description

用于检测或定量丙型肝炎病毒的组合物和方法

相关申请的交叉引用

本申请要求2016年10月19日提交的美国临时申请号62/410,188的权益，其内容特此以引用的方式并入本文中。

导论

本公开涉及可用于检测和定量丙型肝炎病毒核酸的组合物、试剂盒和方法。

发明内容

丙型肝炎病毒(HCV)可引起急性和慢性疾病，感染的个体有肝硬化和癌症的风险。根据2016年7月世界卫生组织丙型肝炎情况说明书，据估计，全世界大约有1.3亿至1.5亿人被感染，每年约有70万人死于丙型肝炎相关性肝病。HCV的传播可以通过血液病毒的典型途径发生，包括输血和使用受污染的针头或医疗设备。还知道有性传播和母婴传播。

HCV是正义单链RNA(ssRNA)病毒。它的分布遍布全球，已知有七种基因型和多种亚型。抗病毒治疗可以有效对抗HCV，但是基于核酸的可靠和灵敏的检测和定量由于不同基因型之间显著的遗传异质性而变得复杂。参见例如Ohno O，Mizokami M，Wu RR，Saleh MG，Ohba K，Orito E，Mukaide M，Williams R，Lau JY，等人(1997)，“允许鉴定HCV基因型1a、1b、2a、2b、3a、3b、4、5a和6a的新型丙型肝炎病毒(HCV)基因分型系统(New hepatitis Cvirus(HCV)genotyping system that allows for identification of HCV genotypes1a，1b，2a，2b，3a，3b，4，5a，and 6a)，”《临床微生物学杂志(J Clin Microbiol.)》35(1)：201-7，PMCID：PMC229539。定量可以是有用的，例如，在抗病毒治疗之前、期间或之后监测病毒载量，或评估感染的严重程度。

因此，无论基因型如何，都需要对HCV进行灵敏的检测和定量。本文提供了组合物、试剂盒和方法以满足该需要，提供其它益处，或至少为公众提供有用的选择。

在一些实施例中，提供了包含至少第一和第二扩增寡聚物的组合物或试剂盒，其中：第一扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO：2的至少10个连续核苷酸并包括SEQ ID NO：2的位置5、7、12和15中的至少一个的靶杂交序列；第二扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO：3的至少10个连续核苷酸并包括SEQ ID NO：3的位置5、7、12和15中的至少一个的靶杂交序列；第一和第二扩增寡聚物的靶杂交序列各自包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸。在一些实施例中，组合物或试剂盒还包含第三扩增寡聚物，其中第三扩增寡聚物包含反义丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸，并配置成与HCV基因组位置78的下游特异性杂交。

在一些实施例中，提供了检测样品中的丙型肝炎病毒核酸的方法，其包含：使样品与至少第一、第二和第三扩增寡聚物接触，从而形成组合物，在组合物中进行核酸扩增反应，其在丙型肝炎病毒核酸存在下产生一种或多种扩增子，并检测扩增子，其中：第一扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO：2的至少10个连续核苷酸并包括SEQ ID NO：2的位置5、7、12和15中的至少一个的靶杂交序列；第二扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO：3的至少10个连续核苷酸并包括SEQID NO：3的位置5、7、12和15中的至少一个的靶杂交序列；第三扩增寡聚物包含反义丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸，并配置成与HCV基因组位置78的下游特异性杂交；

第一和第二扩增寡聚物的靶杂交序列各自包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸；和

通过在丙型肝炎病毒核酸存在下延伸第一和第三扩增寡聚物或第二和第三扩增寡聚物产生一种或多种扩增子。

在一些实施例中，提供了包含至少第一和第二捕获寡聚物的组合物或试剂盒，其中：第一捕获寡聚物包含含有SEQ ID NO：54的至少10个连续核苷酸的靶杂交序列；和

第二捕获寡聚物包含含有SEQ ID NO：55的至少10个连续核苷酸的靶杂交序列；第一和第二捕获寡聚物的靶杂交序列各自包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸。

在一些实施例中，提供了从样品中分离丙型肝炎病毒核酸的方法，其包含：在允许第一和第二捕获寡聚物与丙型肝炎病毒核酸退火的条件下使样品与至少第一和第二捕获寡聚物接触，从而形成至少一种丙型肝炎病毒核酸和捕获寡聚物的复合物；分离所述至少一种复合物，从而提供包含所述复合物的组合物；其中：第一捕获寡聚物包含含有SEQ IDNO：54的至少10个连续核苷酸的靶杂交序列；第二捕获寡聚物包含含有SEQ ID NO：55的至少10个连续核苷酸的靶杂交序列；第一和第二捕获寡聚物的靶杂交序列各自包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸。

在一些实施例中，组合物或试剂盒还包含初始扩增寡聚物，其包含SEQ ID NO：6的至少10个连续核苷酸。

在一些实施例中，组合物或试剂盒还包含探针寡聚物，其包含SEQ ID NO：13的至少10个连续核苷酸和丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸。

在一些实施例中，初始扩增寡聚物和探针寡聚物与HCV核酸中的至少一个共同位置退火。

在一些实施例中，提供了包含初始扩增寡聚物和探针寡聚物的试剂盒或组合物，其中：所述初始扩增寡聚物包含SEQ ID NO：6的至少10个连续核苷酸；探针寡聚物包含SEQID NO：13的至少10个连续核苷酸；

初始扩增寡聚物和探针寡聚物各自包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸；初始扩增寡聚物和探针寡聚物与HCV核酸中的至少一个共同位置退火。

在一些实施例中，试剂盒或组合物还包含以下至少1、2或3个：第一扩增寡聚物，其包含含有丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸的靶杂交序列，被配置成与HCV基因组位置81的上游特异性杂交；

第二扩增寡聚物，其不同于第一扩增寡聚物，包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸，被配置成与HCV基因组位置81的上游特异性杂交；和

第三扩增寡聚物，其不同于初始扩增寡聚物，包含反义丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸，被配置成与HCV基因组位置90的下游特异性杂交。

在一些实施例中，试剂盒或组合物还包含一种或多种捕获寡聚物，其包含反义丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸。

在一些实施例中，提供了检测样品中的丙型肝炎病毒核酸的方法，其包含：使样品与一种或多种捕获寡聚物和初始扩增寡聚物接触，从而使至少一种捕获寡聚物和扩增寡聚物与HCV核酸(如果存在)缔合；去除未与HCV核酸缔合的初始扩增寡聚物；进行延伸反应，其延伸与HCV核酸(如果存在)缔合的初始扩增寡聚物；使用延伸的初始扩增寡聚物(如果存在)作为模板进行扩增反应，从而产生扩增子；使用探针寡聚物检测扩增子的存在与否；其中初始扩增寡聚物包含SEQ ID NO：6的至少10个连续核苷酸；探针寡聚物包含SEQ ID NO：13的至少10个连续核苷酸，并且被配置成与扩增子(如果存在)特异性杂交；初始扩增寡聚物和探针寡聚物各自包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸；初始扩增寡聚物和探针寡聚物与HCV核酸中的至少一个共同位置退火。

在一些实施例中，进行扩增反应包含：添加(i)与探针寡聚物上游的模板或扩增子退火的第一和第二扩增寡聚物中的至少一种，和(ii)配置成与探针寡聚物下游的模板或扩增子特异性杂交的第三扩增寡聚物；如果存在模板，则延伸第一和第二扩增寡聚物。

提供了初始扩增寡聚物，其包含启动子和3′端靶杂交序列，其中靶杂交序列包含SEQ ID NO：6的至少10个连续核苷酸和丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸。

在一些实施例中，初始扩增寡聚物包含T7启动子。在一些实施例中，初始扩增寡聚物包含SEQ ID NO：8、9、10或11的序列。在一些实施例中，初始扩增寡聚物被配置成与包含HCV基因组位置81-92中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个的位置特异性杂交。在一些实施例中，初始扩增寡聚物被配置成与包含HCV基因组位置81-89中的至少1、2、3、4、5、6、7、8或9个的位置特异性杂交。

提供了探针寡聚物，其包含SEQ ID NO：13的至少10个连续核苷酸和丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸。

在一些实施例中，探针寡聚物被配置成与包含HCV基因组位置81-92中的至少6、7、8、9、10、11或12个的位置特异性杂交。在一些实施例中，探针寡聚物被配置成与包含HCV基因组位置81-96中的至少11、12、13、14、15或16个的位置特异性杂交。

在一些实施例中，第一扩增寡聚物包含SEQ ID NO：2的至少10个连续核苷酸。

在一些实施例中，第二扩增寡聚物包含SEQ ID NO：3的至少10个连续核苷酸。

在一些实施例中，第三扩增寡聚物不在选自至少一种HCV类型的位置120、125、130、135、140、145或150的HCV基因组位置的下游退火。在一些实施例中，至少一种HCV类型包括HCV类型1a、1b、2b、3b、4b、5a和6a中的一种或多种。

在一些实施例中，第三扩增寡聚物被配置成与包含HCV基因组位置80-119中的至少一个的位点特异性杂交。在一些实施例中，第三扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO：6或7的至少10个连续核苷酸的靶杂交序列。在一些实施例中，第三扩增寡聚物包含含有SEQ IDNO：33-37中的至少一个、两个、三个或四个的靶杂交序列。在一些实施例中，第三扩增寡聚物包含SEQ ID NO：7的至少11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或31个连续核苷酸。在一些实施例中，第三扩增寡聚物包含SEQ ID NO：7的序列。在一些实施例中，第三扩增寡聚物包含SEQ ID NO：42-47中的至少一个、两个、三个、四个或五个的序列。在一些实施例中，第三扩增寡聚物包含SEQ ID NO：5的序列。

在一些实施例中，第一扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO：23-27中的至少一个、两个、三个或四个的靶杂交序列。在一些实施例中，第一扩增寡聚物包含SEQ ID NO：2的至少11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或26个连续核苷酸。在一些实施例中，第一扩增寡聚物包含SEQ ID NO：2的序列。

在一些实施例中，第二扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO：28-32中的至少一个、两个、三个或四个的靶杂交序列。在一些实施例中，第二扩增寡聚物包含SEQ ID NO：3的至少11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或26个连续核苷酸。在一些实施例中，第二扩增寡聚物包含SEQ ID NO：3的序列。

在一些实施例中，第一和第二扩增寡聚物以范围介于约8.5∶1.5至约1.5∶8.5、约7.5∶2.5至约2.5∶7.5、约8∶2至约7∶3、约7∶3至约6∶4、约6∶4至约5∶5、约5∶5至约4∶6、约4∶6至约3∶7或约3∶7至约2∶8的相对摩尔量(第一：第二)存在。在一些实施例中，第一和第二扩增寡聚物以范围介于约6∶4至约1.5∶8.5、约4∶6至约6∶4或约4.5∶5.5至约5.5∶4.5的相对摩尔量(第一：第二)存在。

在一些实施例中，初始扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO：33-41中的至少一个、两个、三个、四个、五个、六个或七个的靶杂交序列。在一些实施例中，初始扩增寡聚物包含SEQID NO：6的至少11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43或44个连续核苷酸。在一些实施例中，初始扩增寡聚物包含SEQ ID NO：6的序列。在一些实施例中，初始扩增寡聚物包含SEQ ID NO：42-47中的至少一个、两个、三个、四个或五个的序列。在一些实施例中，初始扩增寡聚物包含SEQ IDNO：4的序列。

在一些实施例中，探针寡聚物包含含有SEQ ID NO：50-52中的至少一个或两个的靶杂交序列。在一些实施例中，探针寡聚物包含SEQ ID NO：48或49的序列。在一些实施例中，探针寡聚物包含SEQ ID NO：12的至少11、12、13、14或15个连续核苷酸。在一些实施例中，探针寡聚物包含含有SEQ ID NO：13的至少11、12、13、14或15个连续核苷酸的靶杂交序列。在一些实施例中，探针寡聚物包含在其5′端的第一自身互补区和在其3′端的第二自身互补区。在一些实施例中，自身互补区可杂交形成约4至7个沃森-克里克(Watson-Crick)或摆动碱基对。在一些实施例中，自身互补区可杂交形成约5个沃森-克里克或摆动碱基对。在一些实施例中，探针寡聚物包含SEQ ID NO：12的序列。在一些实施例中，探针寡聚物包含含有SEQ ID NO：13的序列的靶杂交序列。在一些实施例中，探针寡聚物包含非核苷酸可检测标记。在一些实施例中，非核苷酸可检测标记是荧光标记。在一些实施例中，探针寡聚物包含猝灭剂。在一些实施例中，非核苷酸可检测标记是荧光标记，并且相比于当探针与靶核酸退火时，猝灭剂在探针游离时以更大程度吸收荧光。在一些实施例中，荧光标记是FAM、HEX或吖啶。在一些实施例中，猝灭剂是DABCYL或ROX。在一些实施例中，荧光标记连接于探针寡聚物的5′端，猝灭剂连接于探针寡聚物的3′端，或荧光标记连接于探针寡聚物的3′端，猝灭剂连接于探针寡聚物的5′端。在一些实施例中，探针寡聚物中至少约一半、至少约90％或所有的糖是2′-O-甲基-核糖。

在一些实施例中，存在第一捕获寡聚物，其包含含有SEQ ID NO：54的至少10、11、12、13、14、15、16、17或18个连续核苷酸的靶杂交序列。在一些实施例中，第一捕获寡聚物的靶杂交序列包含SEQ ID NO：57-59中的至少一个或两个。在一些实施例中，第一捕获寡聚物包含SEQ ID NO：54的序列。在一些实施例中，第一捕获寡聚物包含SEQ ID NO：16的序列。

在一些实施例中，存在第二捕获寡聚物，其包含含有SEQ ID NO：55的至少10、11、12、13、14、15、16或17个连续核苷酸的靶杂交序列。在一些实施例中，第二捕获寡聚物的靶杂交序列包含SEQ ID NO：60-62中的至少一个或两个。在一些实施例中，第二捕获寡聚物包含SEQ ID NO：55的序列。在一些实施例中，第二捕获寡聚物包含SEQ ID NO：17的序列。

在一些实施例中，至少一种捕获寡聚物还包含非核苷酸亲和标记。在一些实施例中，至少一种捕获寡聚物还包含非HCV序列。在一些实施例中，第一和第二捕获寡聚物还包含非HCV序列。在一些实施例中，至少一种或两种捕获寡聚物还包含poly-N序列。在一些实施例中，poly-N序列是poly-A或poly-T序列。在一些实施例中，至少一种或两种捕获寡聚物包含SEQ ID NO：21或SEQ ID NO：22的序列。

在一些实施例中，试剂盒或组合物包含至少一种扩增寡聚物，其是启动子-引物。在一些实施例中，第三扩增寡聚物是启动子-引物。在一些实施例中，一种或多种启动子-引物包含位于靶杂交序列5′的T7启动子。在一些实施例中，一种或多种启动子-引物包含SEQID NO：8、9、10或11的序列。

在一些实施例中，至少一种扩增寡聚物包含非核苷酸可检测标记。

在一些实施例中，初始扩增和探针寡聚物各自与HCV基因组中位置86-95的至少1、2、3、4、5、6、7、8或9个或其互补序列退火。

在一些实施例中，组合物还包含HCV核酸。

在一些实施例中，组合物或试剂盒还包含至少一种DNA聚合酶。在一些实施例中，DNA聚合酶是逆转录酶。在一些实施例中，DNA聚合酶是嗜热的。在一些实施例中，DNA聚合酶是嗜温的。

在一些实施例中，组合物或试剂盒还包含RNA聚合酶。在一些实施例中，RNA聚合酶是T7RNA聚合酶。

在一些实施例中，组合物或试剂盒还包含Mg2+、缓冲液和dNTP中的至少一种、至少两种或每种。

在一些实施例中，组合物或试剂盒还包含rNTP。

在一些实施例中，组合物或试剂盒还包含第一对照扩增寡聚物和第二对照扩增寡聚物，其不与HCV特异性杂交。在一些实施例中，第一对照扩增寡聚物包含SEQ ID NO：18的序列的至少10、11、12、13、14、15、16、17、18或19个连续核苷酸。在一些实施例中，第二对照扩增寡聚物包含SEQ ID NO：56的序列的至少10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22个连续核苷酸。在一些实施例中，第一对照扩增寡聚物或第二对照扩增寡聚物是启动子-引物。

在一些实施例中，组合物或试剂盒还包含至少一种能够与由第一和第二对照扩增寡聚物产生的扩增子特异性杂交的对照探针寡聚物。在一些实施例中，对照探针寡聚物包含SEQ ID NO：20的序列的至少10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23个连续核苷酸。

在一些实施例中，一种、两种、三种或更多种靶杂交序列(例如，扩增寡聚物、捕获寡聚物或探针寡聚物)包含丙型肝炎病毒序列的至少约15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个连续核苷酸。

在一些实施例中，方法还包含进行线性扩增，其中延伸至少一种扩增寡聚物。在一些实施例中，在线性扩增之前，扩增寡聚物与HCV核酸和捕获寡聚物的复合物缔合，并且所述复合物与固体支撑物缔合，并且所述方法包含洗涤固体支撑物。在一些实施例中，固体支撑物是微珠群。在一些实施例中，所述群体的微珠是磁性的。在一些实施例中，在洗涤步骤之后，所述方法包含将一种或多种相反取向的另外的扩增寡聚物添加到与HCV核酸和捕获寡聚物的复合物缔合的扩增寡聚物上。在一些实施例中，一种或多种相反取向的另外的扩增寡聚物是启动子-引物。在一些实施例中，一种或多种相反取向的另外的扩增寡聚物不是启动子-引物。在一些实施例中，一种或多种相反取向的另外的扩增寡聚物包括如本文公开的第一扩增寡聚物。在一些实施例中，一种或多种相反取向的另外的扩增寡聚物包括如本文公开的第二扩增寡聚物。

在一些实施例中，方法还包含在线性扩增后进行指数扩增。在一些实施例中，指数扩增包含延伸如本文公开的第三扩增寡聚物。在一些实施例中，指数扩增是等温扩增。在一些实施例中，等温扩增是转录介导的扩增。

在一些实施例中，方法还包含定量由所述方法产生的至少一种扩增子。在一些实施例中，实时定量扩增子。

在一些实施例中，组合物是含水的、冷冻的或冻干的。

在一些实施例中，组合物还包含初始扩增寡聚物的延伸产物，所述延伸产物包含权利要求106-111中任一项所述的初始扩增寡聚物的序列和丙型肝炎核酸序列的至少1、2、3、4、5、10、15或20个另外的3′端核苷酸。

提供章节标题是为了方便读者，并不限制本公开的范围。

附图说明

图1显示HCV序列的比对，并表明由扩增寡聚物和探针寡聚物结合的区域。在该随后的比对中，点表示与参考序列(这里，HCV 1a转录物)的匹配，短划线表示缺口，插入符号表示互补位置，错配表示为错配碱基。椭圆突出显示与基因型1a相关的某些错配。左框表示在列出的基因型(1a、2b、3a、3b、4h、5a和6a)中未观察到错配的区域。右框表示富含G+C的区域。

图2显示了三种浓度下各种HCV基因型的扩增动力学。在这些实验中，基因型1a显示三种浓度的不同痕量分组，但在最低浓度(10²个拷贝/毫升)，其它基因型不能扩增(2a)或显示异质出现时间(3b、4h、3a、5a、6a)。

图3显示了使用不同NT7引物的基因型1a和3a的校准曲线。

图4A、4B和4C显示了用不同NT7引物(HCV 52-78，匹配基因型1a序列，图4A；HCV52-78tg，匹配基因型3a序列，图4B；或HCV 52-78和HCV52-78tg的50：50混合物，图4C)的基因型定量。箭头指示图4A和4B中基因型1A的曲线。在图4C中，基因型1a和3a的曲线基本上重叠。

图5A和5B显示仅针对非T7引物52-78t(图5A；箭头指示基因型3a)和仅针对52-78tg(图5B)的多个HCV基因型的结果。

图6显示了具有各种基因型的定量测定的与靶标的对数差异(LogDiff)。基因型以1a、2b、3a、3b、4h、5a、6a的顺序从左到右呈现，每种基因型具有反映10⁴(左)和10⁷(右)个拷贝/毫升条件的两个条。

图7显示HCV矩68-86与HCV矩80-985st a的并列比较，其中所示基因型为10²、10⁴和10⁷个拷贝/毫升。箭头指示10²个拷贝/毫升条件的痕迹。

图8显示具有不同HCV矩和T7寡聚物的校准曲线。直箭头指示基因型3a、T795-119、矩68-86的曲线。弯箭头指示基因型1a、T795-119、矩68-86的曲线。

图9显示HCV矩81-96、81-97和80-98的校准曲线。

图10显示了具有不同T7引物的校准曲线，其在图中以从最高曲线到最低曲线的顺序列出。

图11显示针对HCV基因型的T7引物的比对。

图12A、12B、12C和12D显示了3种T793-119初始扩增寡聚物的基因型1a、2b、3a、3b、4h、5a和6a的3个拷贝水平的一系列出现曲线，所述寡聚物与基因型1a序列匹配(12A-D中的顶行)或含有肌苷(12A-D各自的底部2行)。每个图显示100、10000和1000000个拷贝/毫升的痕迹。箭头(图12B-12D)指示当肌苷碱基用于T7寡聚物时痕迹的收缩。

图13A、13B和13C显示了在10²、10⁴和10⁶个拷贝/毫升使用针对基因型1a、2b和5a的对照T793-119(13A)、T789-119(13B)和T780-119(13C)引物的出现曲线，其显示出对于T789-119和T780-119的不同浓度的曲线中基因型和分离更高的一致性。

图14显示当使用T793-119、T789-119和T780-119初始扩增寡聚物时，对于2.3、4.3和6.3log拷贝/毫升的不同HCV基因型对比HCV1a的对数差异(LogDiff)。

图15A、15B和15C显示当初始扩增寡聚物是T793-119(15A)、T789-119(15B)或T780-119(15C)时，基因型1a、2b、3a、3b、4h、5a和6a的校准曲线。图15A中的箭头指示基因型5a的曲线，当使用T793-119时，其基本上与其它基因型的曲线分开，但当使用较长的初始扩增寡聚物时，其出现在其它曲线中。

图16显示当使用不同的靶标浓度和初始扩增寡聚物时各种基因型相对于HCV 1a校准物的定量差异。对于每种基因型，从左到右的9个条排列为A1A2A3B1B2B3C1C2C3，其中A为200个拷贝/毫升(c/ml)，B为20000c/ml，C为2M c/ml，1表示80-119T7ip，2表示89-119T7ip，3表示89-119T7ip(T7ip＝T7初始扩增寡聚物)。

图17显示T7初始扩增寡聚物与选定的HCV基因型的比对。

图18显示了使用不同T7初始扩增寡聚物对HCV基因型的LogDiff数据的表征。基因型和浓度从左到右依次为：1a(10²、10³、10⁴、10⁵、10⁶、10⁷、10⁸c/ml)；2b(10²、10⁴、10⁶c/ml)；3a(10²、10⁴、10⁶c/ml)；3b(10²、10⁴、10⁶c/ml)；4h(10²、10⁴、10⁶c/ml)；5a(10²、10⁴、10⁶c/ml)；6a(10²、10⁴、10⁶c/ml)。对于每种基因型和浓度，从左到右的七个相邻条代表具有如下T7初始扩增寡聚物的数据：81-119；83-119；85-119；87-119；89-119；91-119；93-119。

图19显示了关于T7初始扩增寡聚物的HCV基因型的10K小组结果。这是仅来自图18的数据子集的10⁴c/ml数据的放大，其中基因型和引物的顺序相同。

图20显示了具有示例性寡聚物组的各种基因型与HCV 1a的HCV基因型定量。

图21显示寡聚物与HCV基因型序列HCV 1至HCV6的比对。

图22A和22B显示体外转录物HCV突变体测试，其具有所有测试突变体的初始测定可行性寡聚物系统对数差异(图23A)和与预期靶标具有＞0.4logc/ml散度的突变体的log差异c/ml(图23B)。

图23显示与13个HCV突变体的序列比对，其量化为＞0.4log c/mL。

图24显示示例性寡聚物组的序列比对。

图25A和25B显示了对于示例性寡聚物组的跨HCV突变体(靶标浓度：10⁴c/ml)的IVT突变体检测(图26A)和亚型检测(图26B)。

图26显示测定30-1e9c/ml的线性(30c/mLn＝60，1e2-1e9c/mLn＝12)。

图27A和27B显示一种靶标捕获寡聚物(TCO)(0297；暗条)和两种TCO(0297+0327b；亮条)条件的HCV基因型IVT阳性百分比结果。

具体实施方式

A.定义

在详细描述本教导之前，应理解本公开不限于具体的组合物或工艺步骤，因为这些可以变化。应注意，如本说明书和所附权利要求中所使用的，单数形式“一(a/an)”和“所述”包括复数指代，除非上下文另有明确说明。因此，例如，提及“寡聚物”包括多个寡聚物等。

应了解，在本公开中讨论的温度、浓度、时间等之前存在暗示的“约”，使得轻微和非实质性的偏差在本文的教导的范围内。通常，术语“约”表示组合物的组分的量的非实质性变化，其对组合物的活性或稳定性没有任何显著影响。另外，使用“包含(comprise/comprises/comprising)”、“含有(contain/contains/containing)”和“包括(include/includes/including)”不打算为限制性的。应理解，前面的一般性描述和详细描述都仅是示例性和解释性的，并不是对本教导的限制。如果通过引用并入的任何材料与本公开的表达内容不一致，则以表达内容为准。

除非特别指出，否则本说明书中叙述“包含”各种组分的实施例也被认为是“由所述组分组成”或“基本上由所述组分组成”；本说明书中叙述“由各种组分组成”的实施例也被认为是“包含”所述组分或“基本上由所述组分组成”；本说明书中叙述“基本上由各种组分组成”的实施例也被认为是“由所述组分组成”或“包含”所述组分(这种可互换性不适用于这些术语在权利要求中的使用)。

“样品”包括可能含有丙型肝炎病毒(HCV)或其组分的任何样本，例如核酸或核酸片段。样品包括“生物样品”，其包括源自活人或死人的任何组织或材料，其可含有HCV或由其衍生的靶核酸，包括例如外周血、血浆、血清、淋巴结、胃肠组织(例如，肝脏)或其它体液或材料。可以处理生物样品以物理地或机械地破坏组织或细胞结构，从而将细胞内组分释放到溶液中，该溶液可以进一步含有酶、缓冲液、盐、洗涤剂等，其用于使用标准方法制备生物样品进行分析。另外，样品可以包括处理过的样品，例如使样品通过过滤装置，或离心后，或通过粘附到介质、基质或载体上获得的样品。

“核酸”是指包含两个或更多个共价键合的核苷或具有含氮杂环碱基或碱基类似物的核苷类似物的多聚化合物，其中核苷通过磷酸二酯键或其它键连接在一起形成多核苷酸。核酸包括RNA、DNA或嵌合DNA-RNA聚合物或寡核苷酸及其类似物。核酸“骨架”可以由多种键构成，包括糖-磷酸二酯键、肽-核酸键(在“肽核酸”或PNA中，参见例如国际专利申请公开号WO 95/32305)、硫代磷酸酯键、甲基膦酸酯键或其组合中的一种或多种。核酸的糖部分可以是核糖或脱氧核糖，或具有已知取代的类似化合物，例如2′-甲氧基取代和2′-卤化物取代(例如2′-F)。含氮碱基可以是常规碱基(A、G、C、T、U)、其类似物(例如，肌苷、5-甲基异胞嘧啶、异鸟嘌呤；参见例如，《核酸的生物化学(The Biochemistry of the NucleicAcids)》5-36，Adams等人编，第11版，1992；Abraham等人，2007，《生物技术(BioTechniques)》43：617-24)，其包括嘌呤或嘧啶碱基的衍生物(例如，N⁴-甲基脱氧鸟苷、脱氮嘌呤或氮杂嘌呤、脱氮嘧啶或氮杂嘧啶、在5或6位具有取代基的嘧啶碱基、在2、6和/或8位具有改变或置换取代基的嘌呤碱基，例如2-氨基-6-甲基氨基嘌呤、O⁶-甲基鸟嘌呤、4-硫代-嘧啶、4-氨基-嘧啶、4-二甲基肼-嘧啶和O⁴-烷基-嘧啶和吡唑并化合物，例如未取代的或3-取代的吡唑并[3，4-d]嘧啶；美国专利号5,378,825、6,949,367和国际专利申请公开号WO 93/13121，其各自通过引用并入本文)。核酸可包括“无碱基”残基，其中骨架不包括一个或多个残基的含氮碱基(参见例如美国专利号5,585,481，其通过引用并入本文)。核酸可仅包含在RNA和DNA中发现的常规糖、碱基和键，或可包括常规组分和取代(例如，通过2′-甲氧基骨架连接的常规碱基，或包括常规碱基和一种或多种碱基类似物的混合物的核酸)。核酸可包括“锁核酸”(LNA)，其中一个或多个核苷酸单体具有锁定在模仿糖构象的RNA中的双环呋喃糖单元，其增强对单链RNA(ssRNA)、单链DNA(ssDNA)或双链DNA(dsDNA)中互补序列的杂交亲和力(Vester等人，《生物化学(Biochemistry)》43：13233-41，2004，其通过引用并入本文)。核酸可以包括修饰的碱基以改变核酸的功能或行为，例如添加3′端双脱氧核苷酸以阻止额外的核苷酸被添加到核酸中。用于体外制备核酸的合成方法在本领域中是公知的，但可以使用常规技术从天然来源纯化核酸。

序列是“丙型肝炎病毒序列”，如果它或其存在的互补序列相对于HCV的任何基因型、亚型或分离物至少约90％或至少约95％相同，或包含不超过一个错配，使得例如，“丙型肝炎病毒序列的14个连续核苷酸”是指与HCV的基因型、亚型或分离物的14个位置中的至少13个或其互补序列匹配的14聚体。为了确定序列是否符合丙型肝炎病毒序列，U的存在被认为等同于T，反之亦然。本文公开的示例性寡聚物的靶杂交区、本文公开的HCV衍生的体外转录物序列及其子序列也被认为是丙型肝炎病毒序列。因此，丙型肝炎病毒序列的实例包括SEQ ID NO：1-3、6-7、13-14、23-41、48、50-52、54-62和76-107；SEQ ID NO：166-214和221的HCV序列片段和表5中由登录号表示的HCV序列；SEQ ID NO：63-74的转录物序列，不包括任何非HCV组分(例如，可能存在于转录物中的TOPO或pBlueScript载体序列)；SEQ ID NO：108-147的T7扩增寡聚物的靶杂交区(不包括非HCV序列，例如T7启动子区，例如，如SEQ IDNO：11所示)；SEQ ID NO：161-165的捕获寡聚物的靶杂交区域(不包括非HCV序列，例如人工区域，例如，如SEQ ID NO：21)。在一些实施例中，上文提及的HCV的基因型、亚型或分离物是HCV的已知基因型、亚型或分离物，例如，其存在于本公开可获得的序列数据库或出版物中。

当寡聚物包含例如指定SEQ ID NO的“至少10个连续核苷酸”和“丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸”时，可以针对(i)和(ii)计数相同的核苷酸，例如，丙型肝炎病毒序列的至少14个连续核苷酸可以包含指定SEQ ID NO的至少10个连续核苷酸中的任何一个或全部，其程度与前述丙型肝炎病毒序列的定义一致。类似地，如果存在SEQ ID NO的每个序列，则“寡聚物包含含有多个指定SEQ ID NO中的至少两个(或更多个)的靶杂交序列”，无论它们是否重叠。因此，作为简化实例，CAT包含CA和AT。

对于“与至少N个共同位置退火”的两个分子，意指分子具有在靶核酸(例如HCV核酸)的相同或相反链上与N个或更多个核苷酸重叠的杂交位点。例如，配置成与位置81-96特异性杂交的第一寡聚物和配置成与位置93-119特异性杂交的第二寡聚物退火至四个共同位置(93、94、95和96)，无论是否(i)它们都与相同的链退火或(ii)一个被配置为与有义或(+)链特异性杂交，另一个被配置为与反义或(-)链特异性杂交。

如本文所用的术语“多核苷酸”表示核酸链。在本申请通篇，核酸由5′端至3′端进行指定。合成核酸，例如DNA、RNA、DNA/RNA嵌合体，(包括其中包括非天然核苷酸或类似物时)通常是“3′555′”合成，即通过添加核苷酸至生长核酸的5′端。

如本文所用的“核苷酸”是由磷酸基团、5-碳糖和含氮碱基(本文中也称为“核碱基”)组成的核酸的亚基。RNA中发现的5碳糖是核糖。在DNA中，5碳糖是2′-脱氧核糖。所述术语还包括这些亚基的类似物，例如核糖2′位置的甲氧基(本文中也称为“2′-O-Me”或“2′-甲氧基”)。如本文所用，含有“T”残基的甲氧基寡核苷酸在核糖部分的2′位置具有甲氧基，在核苷酸的碱基位置具有尿嘧啶。

如本文所用的“非核苷酸单元”是不显著参与聚合物杂交的单元。例如，这些单元不参与与核苷酸的任何显著的氢键合，并且排除具有五个核苷酸碱基或其类似物之一作为组分的单元。

如本文所用的“靶核酸”是包含待扩增的靶序列的核酸。靶核酸可以是如本文所述的DNA或RNA，并且可以是单链或双链的。靶核酸可以包括除靶序列之外的其它序列，其可以不被扩增。

如本文所用的术语“靶序列”是指待扩增和/或检测的靶核酸的特定核苷酸序列。“靶序列”包括在扩增过程(例如TMA)中与寡核苷酸(例如，引物寡核苷酸和/或启动子寡核苷酸)复合的复合序列。当靶核酸最初是单链时，术语“靶序列”也指与靶核酸中存在的“靶序列”互补的序列。当靶核酸最初是双链时，术语“靶序列”是指有义(+)和反义(-)链。

“靶杂交序列”在本文中用于指配置成与靶核酸序列杂交的寡聚物的部分。在一些实施例中，靶杂交序列被配置为与靶核酸序列特异性杂交。靶杂交序列可以与它们被配置为杂交的靶序列的部分100％互补，但不是必需的。靶杂交序列还可包括相对于靶序列的插入、缺失和/或取代的核苷酸残基。例如，当靶核酸是物种内的多个株系时，可能出现靶杂交序列与靶序列的小于100％的互补性，例如配置成与HCV的各种基因型杂交的寡聚物的情况。应理解，存在使靶杂交序列与靶核酸具有小于100％的互补性的其它原因。

如本文所用，关于HCV核酸区域的术语“靶向序列”是指寡核苷酸以允许如本文所述的扩增和检测的方式与靶序列杂交的过程。在一个优选的实施例中，寡核苷酸与靶HCV核酸序列互补并且不含错配。在另一个优选的实施例中，寡核苷酸是互补的，但含有与靶HCV核酸序列的1、2、3、4或5个错配。在一些实施例中，与HCV核酸序列杂交的寡核苷酸包括与靶序列互补的至少10至多达50个核苷酸。应理解，至少10和多达50是包含范围，使得包括10、50和其间的每个整数。在一些实施例中，寡聚物与靶序列特异性杂交。

术语“配置为”表示参考的寡核苷酸靶杂交序列的多核苷酸序列构型的实际排列。例如，配置为从靶序列产生特定扩增子的扩增寡聚物具有与靶序列杂交并可用于扩增反应以产生扩增子的多核苷酸序列。同样作为实例，配置成与靶序列特异性杂交的寡核苷酸具有在严格杂交条件下与参考序列特异性杂交的多核苷酸序列。

如本文所用，术语“被配置为与......特异性杂交”是指扩增寡核苷酸、检测探针或其它寡核苷酸的靶杂交区域被设计为具有可靶向参考HCV靶区域的序列的多核苷酸序列。这种寡核苷酸不限于仅靶向该序列，而是作为组合物、试剂盒或靶向HCV靶核酸的方法非常有用。设计寡核苷酸作为用于从样品中扩增和检测HCV的测定的组分，因此设计用于在测试样品中常见的其它核酸存在下靶向HCV。“与......特异性杂交”并不意味着完全杂交，因为可以发生与非靶核酸的一些小水平的杂交，如本领域所理解的。相反，“与......特异性杂交”是指寡核苷酸被配置成在测定中起作用以主要与靶标杂交，从而可以确定样品中靶核酸的准确检测。“上游”是指比给定位置更靠近(+)链的5′端(或(-)链的3′端)的位置。“下游”是指比给定位置更靠近(+)链的3′端(或(-)链的5′端)的位置。

如本文所用，关于靶向HCV核酸的术语“片段”是指一片连续核酸。在某些实施例中，片段包括来自对应于SEQ ID NO：1的HCV RNA的连续核苷酸，其中片段中的连续核苷酸的数目小于对应于SEQ ID NO：1的完整序列的数目。

如本文所用，术语“区”是指核酸的一部分，其中所述部分小于整个核酸。例如，当参考的核酸是寡核苷酸启动子引物时，术语“区”可用于指整个寡核苷酸的较小启动子部分。类似地，也仅作为实例，当核酸是HCV RNA时，术语“区”可用于指核酸的较小区域，其中所述较小区域由本公开的一种或多种寡核苷酸靶向。作为另一个非限制性实例，当参考的核酸是扩增子时，术语区可用于指通过探针的靶杂交序列鉴定用于杂交的较小核苷酸序列。

可互换的术语“寡聚物(oligomer)”、“寡核苷酸(oligo)”和“寡核苷酸(oligonucleotide)”是指通常具有少于1,000个核苷酸(nt)残基的核酸，包括具有约5nt残基的下限和约500至900nt残基的上限的聚合物。在一些实施例中，寡核苷酸的尺寸范围具有约12至15nt的下限和约50至600nt的上限，并且其它实施例在下限为约15至20nt并且上限为约22至100nt的范围内。寡核苷酸可以从天然存在的来源中纯化，或者可以使用多种众所周知的酶或化学方法中的任何一种来合成。术语寡核苷酸不表示对试剂的任何特定功能；相反，它一般用于涵盖本文所述的所有此类试剂。寡核苷酸可以提供各种不同的功能。例如，如果它特异性针对互补链并能够与互补链杂交且可以在核酸聚合酶的存在下进一步延伸，那么它可以充当引物；如果它含有RNA聚合酶识别的序列并允许转录(例如T7引物)，那么它可以充当引物并提供启动子；如果它能够与靶核酸或其扩增子杂交并且还提供可检测部分(例如荧光团)，那么它可以用于检测靶核酸。

如本文所用，“基本上对应于”指定参考核酸序列的寡核苷酸意指寡核苷酸与参考核酸序列充分相似，使得寡核苷酸具有与参考核酸序列相似的杂交特性，因为它将在严格杂交条件下与相同的靶核酸序列杂交。本领域技术人员将理解“基本上相应的寡核苷酸”可以与参考序列不同并且仍然与相同的靶核酸序列杂交。还应理解，对应于第二核酸的第一核酸包括其RNA或DNA等同物以及其DNA/RNA嵌合体，并包括其互补序列，除非上下文另有明确说明。核酸的这种变化可以用序列内相同碱基的百分比或探针或引物与其靶序列之间的完全互补碱基的百分比来表述。因此，在某些实施例中，如果碱基同一性或互补性的这些百分比为100％至约80％，那么寡核苷酸“基本上对应于”参考核酸序列。在一些实施例中，所述百分比为100％至约85％。在一些实施例中，所述百分比为100％至约90％，例如100％至约95％。类似地，核酸或扩增的核酸区在本文中可称为对应于参考核酸序列。本领域技术人员将理解，对各种互补百分比可能需要的杂交条件进行各种修改，以允许与特定靶序列杂交而不引起不可接受水平的非特异性杂交。

如本文所用，关于DNA序列的短语“或其互补序列，或其RNA等同物或DNA/RNA嵌合体”包括(除了所提及DNA序列之外)DNA序列的互补序列、所提及DNA序列的RNA等同物、所提及DNA序列的互补序列的RNA等同物、所提及DNA序列的DNA/RNA嵌合体和所提及DNA序列的互补序列的DNA/RNA嵌合体。类似地，关于RNA序列的短语“或其互补序列，或其DNA等同物或DNA/RNA嵌合体”包括(除了所提及RNA序列之外)RNA序列的互补序列、所提及RNA序列的DNA等同物、所提及RNA序列的互补序列的DNA等同物、所提及RNA序列的DNA/RNA嵌合体和所提及RNA序列的互补序列的DNA/RNA嵌合体。

如本文所用，“封闭部分”是用于“封闭”寡核苷酸或其它核酸的3′端的物质，使得它不能通过核酸聚合酶有效延伸。不打算通过核酸聚合酶延伸的寡聚物可包括取代3′OH以阻止扩增反应中酶介导的寡聚物延伸的封闭基团。例如，在扩增期间存在的封闭的扩增寡聚物和/或检测探针可以不具有功能性3′OH，而是包括位于3′端或其附近的一个或多个封闭基团。在一些实施例中，在3′端附近的封闭基团可以在3′端的五个残基内，并且足够大以限制聚合酶与寡聚物的结合。在其它实施例中，封闭基团共价连接至3′端。许多不同的化学基团可用于封闭3′端，例如烷基、非核苷酸接头、烷二醇双脱氧核苷酸残基和虫草素。

“扩增寡聚物”是寡聚物，其至少3′端与靶核酸互补，并且与靶核酸或其互补序列杂交，并参与核酸扩增反应。扩增寡聚物的实例是“引物”，其与靶核酸杂交并含有在扩增过程中通过聚合酶延伸的3′OH端。在一些实施例中，扩增寡核苷酸的5′区可包括与靶核酸不互补的启动子序列(其可称为“启动子引物”)。扩增寡聚物的另一个实例是不通过聚合酶延伸(例如，因为它具有3′封闭端)但参与或促进扩增的寡聚物。例如，扩增寡核苷酸的5′区可包括与靶核酸不互补的启动子序列(其可称为“启动子提供者”)。本领域技术人员将理解，可以修饰充当引物的扩增寡聚物以包括5′启动子序列，从而充当启动子引物。掺入3′封闭端进一步修饰启动子引物，其现在能够与靶核酸杂交并提供用于起始转录的上游启动子序列，但不提供寡核苷酸延伸的引物。这种修饰的寡核苷酸在本文中称为“启动子提供者”寡聚物。扩增寡核苷酸的大小范围包括约10至约70nt长(不包括任何启动子序列或poly-A尾)并且含有与靶核酸序列(或其互补链)区互补的至少约10个连续碱基，或甚至至少12个连续碱基的大小范围。连续碱基与扩增寡聚物结合的靶序列至少80％，或至少90％，或完全互补。扩增寡聚物可任选地包括修饰的核苷酸或类似物，或参与扩增反应但不与靶核酸或模板序列互补或包含在靶核酸或模板序列中的额外核苷酸。应理解，当提及寡核苷酸、扩增子或其它核酸的长度范围时，所述范围包括所有整数(例如，19-25个连续核苷酸长包括19、20、21、22、23、24和25个)。

如本文所用，“启动子”是特异性核酸序列，其被DNA依赖性RNA聚合酶(“转录酶”)识别为结合核酸并在特定位点开始RNA转录的信号。

如本文所用，“启动子提供者”或“提供者”是指包含第一和第二区的寡核苷酸，并且其被修饰以防止DNA合成从其3′端开始。启动子提供寡核苷酸的“第一区”包含与DNA模板杂交的碱基序列，其中杂交序列位于启动子区3′，但不一定与启动子区相邻。启动子寡核苷酸的杂交部分通常为至少10个核苷酸长，并且可以延伸至50个或更多个核苷酸长。“第二区”包含RNA聚合酶的启动子序列。对启动子寡核苷酸进行工程改造，使其不能通过RNA或DNA依赖性DNA聚合酶例如逆转录酶延伸，在一些实施例中，如上所述在其3′端包含封闭部分。如本文所述，“T7提供者”是封闭的启动子提供寡核苷酸，其提供被T7RNA聚合酶识别的寡核苷酸序列。

“终止寡核苷酸”是包含碱基序列的寡核苷酸，所述碱基序列与靶区域的5′端附近的靶核酸内的序列基本上互补，从而“终止”包括引发寡核苷酸的新生核酸的引物延伸，从而为新生核酸链提供确定的3′端。设计终止寡核苷酸以在足以实现新生核酸链的所需3′端的位置与靶核酸杂交。根据其设计，终止寡核苷酸的定位是灵活的。终止寡核苷酸可以是修饰的或未修饰的。在某些实施例中，终止寡核苷酸用至少一种或多种2′-O-ME核糖核苷酸合成。这些修饰的核苷酸已证明互补双链体具有更高的热稳定性。2′-O-ME核糖核苷酸还起到增加寡核苷酸对核酸外切酶的抗性的作用，从而增加修饰的寡核苷酸的半衰期。(参见例如，Majlessi等人，《核酸研究(Nucleic Acids Res.)》26：2224-9，1988，其通过引用并入本文。)除了2′-O-Me核糖核苷酸之外或代替2′-O-Me核糖核苷酸，可以使用如本文别处所述的其它修饰。例如，终止寡核苷酸可包含PNA或LNA。(参见例如，Petersen等人，《分子识别杂志(J.Mol.Recognit.)》13：44-53，2000，其通过引用并入本文。)本公开的终止寡核苷酸通常在其3′端包括封闭部分以防止延伸。终止寡核苷酸还可包含与寡核苷酸连接的蛋白质或肽，以终止聚合酶进一步延伸新生核酸链。本公开的终止寡核苷酸通常为至少10个碱基长，并且可以延伸至15、20、25、30、35、40、50或更多个核苷酸长。虽然终止寡核苷酸通常或必然包括3′-封闭部分，但“3′-封闭的”寡核苷酸不一定是终止寡核苷酸。

“扩增”是指用于获得靶核酸序列或其互补序列或其片段的多个拷贝的任何已知方法。多个拷贝可以称为扩增子或扩增产物。“片段”的扩增是指产生含有少于完整靶核酸或其互补序列的扩增核酸，例如通过使用与靶核酸的内部位置杂交并从其开始聚合的扩增寡核苷酸产生。已知的扩增方法包括例如复制酶介导的扩增、聚合酶链反应(PCR)、连接酶链反应(LCR)、链置换扩增(SDA)和转录介导的或转录相关的扩增。复制酶介导的扩增使用自我复制的RNA分子和复制酶如QB-复制酶(参见例如美国专利号4,786,600，其通过引用并入本文)。PCR扩增使用DNA聚合酶、引物对和热循环来合成dsDNA的两条互补链或cDNA的多个拷贝(参见例如美国专利号4,683,195；4,683,202；和4,800,159；其各自通过引用并入本文)。LCR扩增使用四种或更多种不同的寡核苷酸通过使用多个杂交、连接和变性循环来扩增靶标及其互补链(参见例如美国专利号5,427,930和5,516,663，其各自通过引用并入本文)。SDA使用含有限制性核酸内切酶识别位点的引物和核酸内切酶，所述核酸内切酶切割包括靶序列的半修饰DNA双链体的一条链，由此扩增发生在一系列引物延伸和链置换步骤中(参见例如美国专利号5,422,252；5,547,861；和5,648,211；其各自通过引用并入本文)。

如本文所用，术语“线性扩增”是指扩增机制，其被设计为产生与反应中靶核酸的量成线性比例的靶核酸的增加。例如，可以使用转录相关反应从DNA靶制备多个RNA拷贝，其中拷贝数的增加可以通过线性因子(例如，模板的起始拷贝×100)来描述。在一些实施例中，多相扩增程序中的第一阶段线性扩增使靶核酸链或其互补序列的起始数量增加至少10倍，例如至少100倍，或10至1,000倍，随后开始第二阶段扩增反应。线性扩增系统的实例是“基于T7的DNA线性扩增”(TLAD；参见Liu等人，《BMC基因组学(BMC Genomics)》，4：Art.No.19，2003年5月9日)。其它方法是已知的，例如来自美国专利号9,139,870，或本文公开。因此，术语“线性扩增”是指不导致靶核酸序列的指数扩增的扩增反应。术语“线性扩增”不是指简单地制备核酸链的单个拷贝的方法，例如RNA分子转录成单个cDNA分子，如逆转录(RT)-PCR的情况。

如本文所用，术语“指数扩增”是指核酸扩增，其被设计为产生与反应中靶核酸的量成几何比例的靶核酸的增加。例如，PCR为每个原始靶链和存在的每个合成链产生一条DNA链。类似地，转录相关的扩增为每个原始靶链和每个随后合成的链产生多个RNA转录物。扩增是指数的，因为合成的链用作后续轮次扩增中的模板。扩增反应实际上不需要产生指数增加量的核酸以被认为是指数扩增，只要扩增反应被设计为产生这种增加即可。

“转录相关的扩增”或“转录介导的扩增”(TMA)是指使用RNA聚合酶从核酸模板产生多个RNA转录物的核酸扩增。这些方法通常使用RNA聚合酶、DNA聚合酶、脱氧核糖核苷三磷酸、核糖核苷三磷酸和模板互补寡核苷酸，其包括启动子序列，例如T7启动子，并且任选地可以包括一种或多种其它寡核苷酸。当使用含有T7启动子的寡聚物时，它可以称为“T7引物”或“T7寡聚物”；其它引物/寡聚物可称为“非T7”或“NT7”引物/寡聚物。TMA方法和单引物转录相关的扩增方法是用于检测如本文所述的HCV靶序列的扩增方法的实施例。转录相关的扩增的变化在本领域中是众所周知的，如先前详细公开的(参见例如，美国专利号4,868,105；5,124,246；5,130,238；5,399,491；5,437,990；5,554,516；和7,374,885；和国际专利申请公开号WO 88/01302；WO 88/10315；和WO 95/03430；其各自通过引用并入本文)。本领域普通技术人员应理解，所公开的组合物可以用于基于聚合酶延伸寡聚物序列的扩增方法。

如本文所用，术语“实时TMA”是指通过实时检测来监测的靶核酸的单引物转录介导的扩增(“TMA”)。

如本文所用的术语“扩增子”或“扩增产物”是指在扩增过程中产生的核酸分子，其与靶序列内包含的序列互补或同源。扩增子的互补或同源序列在本文中有时称为“靶特异性序列”。使用本公开的扩增寡聚物产生的扩增子可包含非靶特异性序列。扩增子可以是双链或单链的，可以包括DNA、RNA或两者。例如，DNA依赖性RNA聚合酶在转录介导的扩增过程中由双链DNA转录单链扩增子。这些单链扩增子是RNA扩增子，并且可以是双链复合物的任一链，这取决于扩增寡聚物的配置方式。因此，扩增子可以是单链RNA。RNA依赖性DNA聚合酶合成与RNA模板互补的DNA链。因此，扩增子可以是双链DNA和RNA杂合体。RNA依赖性DNA聚合酶通常包括RNA酶活性，或与RNA酶结合使用，RNA酶降解RNA链。因此，扩增子可以是单链DNA。RNA依赖性DNA聚合酶和DNA依赖性DNA聚合酶从DNA模板合成互补DNA链。因此，扩增子可以是双链DNA。RNA依赖性RNA聚合酶从RNA模板合成RNA。因此，扩增子可以是双链RNA。DNA依赖性RNA聚合酶从双链DNA模板合成RNA，也称为转录。因此，扩增子可以是单链RNA。扩增子和产生扩增子的方法是本领域技术人员已知的。为方便起见，单链RNA或单链DNA可代表由本公开的扩增寡聚物组合产生的扩增子。这种表示并不意味着将扩增子限制于所示的表示。拥有本公开的技术人员将使用扩增寡聚物和聚合酶来产生多种类型的扩增子中的任何一种，所有这些都在本公开的精神和范围内。

如本文所用，“非靶特异性序列”是指寡聚物序列的区域，其中所述区域在标准杂交条件下不与靶序列稳定杂交。具有非靶特异性序列的寡聚物包括但不限于启动子引物和分子信标。扩增寡聚物可含有与靶或模板序列不互补的序列；例如，引物的5′区可包括与靶核酸不互补的启动子序列(称为“启动子引物”)。本领域技术人员将理解，可以修饰充当引物的扩增寡聚物以包括5′启动子序列，从而充当启动子引物。类似地，启动子引物可以通过去除启动子序列或在没有启动子序列的情况下合成来修饰，并且仍然充当引物。3′封闭的扩增寡聚物可以提供启动子序列并充当聚合的模板(称为“启动子提供者”)。因此，由例如启动子引物的扩增寡聚物成员产生的扩增子将包含靶特异性序列和非靶特异性序列。

“检测探针”、“检测寡核苷酸”、“探针寡聚物”和“检测探针寡聚物”可互换使用，是指在促进杂交的条件下与核酸或扩增的核酸中的靶序列特异性杂交的核酸寡聚物，以允许检测靶序列或扩增的核酸。检测可以是直接的(例如，探针直接与其靶序列杂交)或间接的(例如，探针通过中间分子结构与其靶标连接)。检测探针可以是DNA、RNA、其类似物或其组合(例如，DNA/RNA嵌合体)，它们可以是标记的或未标记的。检测探针可以进一步包括备选的骨架键联，例如2′-O-甲基键联。检测探针的“靶序列”通常是指较大的核酸序列内较小的核酸序列区，其通过标准碱基配对与探针寡聚物的至少一部分特异性杂交。检测探针可以包含靶特异性序列和有助于探针的三维构象的其它序列(参见例如美国专利号5,118,801；5,312,728；6,849,412；6,835,542；6,534,274；和6,361,945；和美国专利申请公开号20060068417；其各自通过引用并入本文)。

“稳定的”或“检测稳定的”是指反应混合物的温度比核酸双链体的解链温度低至少2℃。

如本文所用，“标记”是指直接或间接连接至探针的部分或化合物，其被检测或导致可检测的信号。直接标记可以通过将标记与探针连接的键或相互作用发生，包括共价键或非共价相互作用，例如氢键，疏水和离子相互作用，或螯合物或配位络合物的形成。间接标记可以通过使用桥接部分或“接头”发生，例如结合对成员、抗体或另外的寡聚物，其可以直接或间接标记，并且可以扩增可检测信号。标记包括任何可检测的部分，例如放射性核素、配体(例如，生物素、抗生物素蛋白)、酶或酶底物、反应性基团或发色团(例如，赋予可检测颜色的染料、粒子或珠子)、发光化合物(例如，生物发光、磷光或化学发光标记)或荧光团。标记可以在均相测定中检测，其中混合物中结合的标记探针表现出与未结合的标记探针不同的可检测变化，例如不稳定性或差异降解性质。可以检测“均相可检测标记”而不从物理上去除未结合形式的标记或标记探针的结合(参见例如美国专利号5,283,174；5,656,207；和5,658,737；其各自通过引用并入本文)。标记包括化学发光化合物，例如吖啶酯(“AE”)化合物，其包括标准AE和衍生物(参见例如美国专利号5,656,207；5,658,737；和5,639,604；其各自通过引用并入本文)。将标记附接到核酸上并检测标记的合成和方法是众所周知的。(参见例如，Sambrook等人《分子克隆.实验室手册(Molecular Cloning.ALaboratory Manual)》，第2版(Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold SpringHabor，N Y，1989)，第10章，其通过引用并入本文。也参见美国专利号5,658,737；5,656,207；5,547,842；5,283,174；和4,581,333；其各自通过引用并入本文)。在特定探针上可以存在多于一种标记和多于一种类型的标记，或者检测可以使用探针的混合物，其中每种探针用产生可检测信号的化合物标记(参见例如，美国专利号6,180,340和6,350,579，其各自通过引用并入本文)。

“捕获探针”、“捕获寡核苷酸”、“捕获寡聚物”和“捕获探针寡聚物”可互换使用，指通过标准碱基配对与靶核酸中的靶序列特异性杂交并连接至固定化探针上的结合配偶体以将靶核酸捕获到支撑物上的核酸寡聚物。捕获寡聚物的一个实例包括通常在同一寡聚物上的两个结合区：序列结合区(例如，靶特异性部分)和固定化探针结合区，但这两个区可以存在于由一个或多个接头连接在一起的两个不同的寡聚物上。捕获寡聚物的另一个实施例使用靶序列结合区，其包括随机或非随机poly-GU、poly-GT或poly U序列，以非特异性结合靶核酸并将其与支撑物上的固定化探针连接。

如本文所用，“固定化寡核苷酸”、“固定化探针”、“固定化结合配偶体”、“固定化寡聚物”或“固定化核酸”是指直接或间接地将捕获寡聚体连接到支撑物上的核酸结合配偶体。与支撑物连接的固定化探针有助于捕获探针结合的靶标与样品中未结合的材料的分离。固定化探针的一个实施例是与支撑物连接的寡聚物，其有助于分离结合的靶序列与样品中未结合的物质。支撑物可包括已知材料，例如基质和溶液中游离的粒子，其可由硝化纤维素、尼龙、玻璃、聚丙烯酸酯、混合聚合物、聚苯乙烯、硅烷、聚丙烯、金属或其它组合物制成，其中一个实施例是磁性可吸引的粒子。支撑物可以是与固定化探针直接(通过共价键、螯合或离子相互作用)或间接(通过一个或多个接头)连接的单分散磁球(例如，均匀尺寸+5％)，其中探针和支撑物之间的键联或相互作用在杂交条件下是稳定的。

“互补”是指两个单链核酸的相似区或同一单链核酸的两个不同区的核苷酸序列具有允许单链区在严格杂交或扩增条件下在稳定的双链氢键合区中杂交在一起的核苷酸碱基组成。通过标准核酸碱基配对(例如，G：C、A：T或A：U配对)，彼此杂交的序列可以与预期的靶序列完全互补或部分互补。“足够互补”是指能够通过一系列互补碱基之间的氢键与另一个序列杂交的连续序列，所述互补碱基可以通过标准碱基配对在序列中的每个位置互补，或者可以含有一个或多个残基，包括不互补的无碱基残基。足够互补的连续序列通常与寡聚物意图特异性杂交的序列至少80％或至少90％互补。“足够互补”的序列允许核酸寡聚物与其靶序列在适当的杂交条件下稳定杂交，即使序列不是完全互补的。当一个单链区的连续核苷酸序列能够与另一个单链区的类似核苷酸序列形成一系列“规范”或“沃森-克里克”氢键合的碱基对，使得A与U或T配对并且C与G配对时，核苷酸序列是“完全”互补的(参见例如Sambrook等人，《分子克隆.实验室手册》，第2版(Cold Spring Harbor LaboratoryPress，Cold Spring Harbor，N.Y.，1989)，§§1.90-1.91、7.37-7.57、9.47-9.51和11.47-11.57，特别是§§9.50-9.51、11.12-11.13、11.45-11.47和11.55-11.57，其通过引用并入本文)。应理解，同一性百分比的范围包括所有全部和部分数字(例如，至少90％包括90、91、93.5、97.687等)。除非上下文另有说明，否则提及特定序列的“互补序列”通常表示完全互补的序列。

“摆动”碱基对是指G与U或T的配对。

“优先杂交”或“特异性杂交”是指在严格杂交测定条件下，探针与其靶序列或其复制物杂交，形成稳定的探针：靶杂交体，同时使稳定的探针：非靶杂交体的形成最小化。因此，探针与靶序列或其复制物杂交到比非靶序列足够大的程度，使本领域普通技术人员能够准确地检测或定量在扩增过程中形成的靶序列的RNA复制物或互补DNA(cDNA)。适当的杂交条件在本领域中是公知的，可以基于序列组成预测，或者可以通过使用常规测试方法来确定(参见例如Sambrook等人，《分子克隆.实验室手册》，第2版(Cold Spring HarborLaboratory Press，Cold Spring Harbor，N.Y.，1989)，§§1.90-1.91、7.37-7.57、9.47-9.51和11.47-11.57，特别是§§9.50-9.51、11.12-11.13、11.45-11.47和11.55-11.57，其通过引用并入本文)。

“核酸杂合体”、“杂合体”或“双链体”是指含有双链氢键合区的核酸结构，其中每条链与另一条链互补，并且其中所述区在严格杂交条件下足够稳定，以便通过包括但不限于化学发光或荧光检测、放射自显影或凝胶电泳的方式检测。这种杂合体可包含RNA：RNA、RNA：DNA或DNA：DNA双链体分子。

“样品制备”是指处理样品用于随后扩增和/或检测样品中存在的HCV核酸的任何步骤或方法。样品可以是组分的复杂混合物，其中靶核酸是少数组分。样品制备可包括从较大样品体积中浓缩组分(例如微生物或核酸)的任何已知方法，例如通过从较大体积样品中过滤气载或水性粒子或通过使用标准微生物学方法从样品中分离微生物。样品制备可包括细胞组分的物理破坏和/或化学裂解，以将细胞内组分释放到基本上水相或有机相中并去除碎片，例如通过使用过滤、离心或吸附。样品制备可包括使用选择性或非特异性捕获靶核酸并将其与其它样品组分分离的核酸寡核苷酸(例如，如美国专利号6,110,678和国际专利申请公开号WO 2008/016988中所述，其各自通过引用并入本文)。

“分离”或“纯化”是指样品的一种或多种组分从其它样品组分中去除或分离。样品组分包括通常在水溶液相中的靶核酸，其也可包括细胞片段、蛋白质、碳水化合物、脂质和其它核酸。“分离”或“纯化”并不意味着任何程度的纯化。通常，分离或纯化从其它样品组分中取出至少70％，或至少80％，或至少95％的靶核酸。

如本文所用，“DNA依赖性DNA聚合酶”是从DNA模板合成互补DNA拷贝的酶。实例是来自大肠杆菌的DNA聚合酶I、噬菌体T7DNA聚合酶或来自噬菌体T4、Phi-29、M2或T5的DNA聚合酶。DNA依赖性DNA聚合酶可以是从细菌或噬菌体中分离或重组表达的天然存在的酶，或者可以是经过修饰或“进化”的形式，其已被工程化以具有某些期望的特征，例如热稳定性，或从各种修饰的模板识别或合成DNA链的能力。所有已知的DNA依赖性DNA聚合酶都需要互补引物来启动合成。已知在合适的条件下，DNA依赖性DNA聚合酶可以从RNA模板合成互补DNA拷贝。RNA依赖性DNA聚合酶通常还具有DNA依赖性DNA聚合酶活性。

如本文所用，“DNA依赖性RNA聚合酶”或“转录酶”是从具有通常为双链的启动子序列的双链或部分双链DNA分子合成多个RNA拷贝的酶。RNA分子(“转录物”)从恰好启动子下游的特定位置开始以5′至3′方向合成。转录酶的实例是来自大肠杆菌的DNA依赖性RNA聚合酶和噬菌体T7、T3和SP6。

如本文所用，“RNA依赖性DNA聚合酶”或“逆转录酶”(“RT”)是从RNA模板合成互补DNA拷贝的酶。所有已知的逆转录酶也具有从DNA模板制备互补DNA拷贝的能力；因此，它们都是RNA和DNA依赖性DNA聚合酶。RT也可具有RNA酶H活性。需要引物来启动RNA和DNA模板的合成。

“嗜热”表示酶，例如聚合酶，在大于约45℃的温度下，例如在约50℃至99℃的温度下表现出最佳活性。在一些实施例中，嗜热酶在60℃培育20分钟后不会损失超过50％的活性。在一些实施例中，嗜热酶获自或来源于嗜热生物，例如，最佳生长温度大于或等于约45℃，例如大于或等于约50℃的生物。

如本文所用，“选择性RNA酶”是降解RNA：DNA双链体而非单链RNA、双链RNA或DNA的RNA部分的酶。示例性选择性RNA酶是RNA酶H。也可以使用具有与RNA酶H相同或相似活性的酶。选择性RNA酶可以是核酸内切酶或核酸外切酶。大多数逆转录酶除了其聚合酶活性外还含有RNA酶H活性。然而，RNA酶H的其它来源可用而没有相关的聚合酶活性。降解可能导致RNA从RNA：DNA复合物分离。或者，选择性RNA酶可以简单地在不同位置切割RNA，使得部分RNA融化或允许酶解开RNA的部分。选择性降解本公开的RNA靶序列或RNA产物的其它酶对于本领域普通技术人员而言是显而易见的。

如本文所用，“标准曲线”是涉及(1)多核苷酸的预扩增量，和(2)相应扩增子的扩增后量的一些时间依赖性标志的表示。例如，标准曲线可以是在x轴上绘制已知数量的输入模板分子并且在y轴上绘制扩增反应以达到一定水平的可检测扩增子产生所需的时间值的图。标准曲线通常使用含有已知数量的多核苷酸模板的对照多核苷酸标准物产生。标准曲线可以电子形式存储或者可以图形方式呈现。测试样品中分析物多核苷酸的预扩增量可以通过将测试样品获得的测量的时间依赖性值与标准曲线进行比较来确定，这对于本领域普通技术人员来说是熟悉的。

在扩增和/或检测系统的上下文中，术语“特异性”在本文中用于指系统的特征，其描述了系统根据序列和测定条件区分靶序列和非靶序列的能力。就核酸扩增而言，特异性通常是指产生的特定扩增子的数量与副产物的数量的比率(例如，信噪比)。就检测而言，特异性通常是指由靶核酸产生的信号与由非靶核酸产生的信号的比率。

术语“灵敏度”在本文中用于指可以检测或定量核酸扩增反应的精度。扩增反应的灵敏度通常是可以在扩增系统中可靠检测的靶核酸的最小拷贝数的量度，并且将取决于例如所采用的检测测定和扩增反应的特异性，例如，特定扩增子与副产物的比率。

如本文所用，术语“相对光单位”(“RLU”)和“相对荧光单位”(“RFU”)表示任意测量单位，指示样品在给定波长或波长带下发射的相对光子数。RLU或RFU的测量值随用于测量的检测器的特性而变化。

如本文所用，术语“T时间”、“出现时间(emergence time)”和“出现时间(time ofemergence)”是可互换的，并且表示在测定数据的实时图中信号的阈值时间或出现时间。T时间值估计指示扩增子产生的特定阈值在实时扩增反应中通过的时间。T时间和用于计算和使用T时间值的算法描述在Light等人的美国公开号2006/0276972，[0517]至[0538]段，其公开通过引用并入本文。曲线拟合程序应用于标准化和背景调整的数据。仅对预定的低界限和高界限之间的一部分数据执行曲线拟合。在找到拟合数据的曲线之后，目标是估计对应于曲线或其投影与预定阈值相交的点的时间。在一个实施例中，标准化数据的阈值是0.11。根据经验确定高界限和低界限，其中曲线拟合到各种控制数据集的范围表现出与给定阈值相关联的时间中的最小可变性。例如，在一个实施例中，低界限为0.04，高界限为0.36。曲线拟合从低于低界限的第一个数据点延伸到超过高界限的第一个数据点的数据。接下来，确定拟合的斜率是否具有统计显著性。例如，如果一阶系数的p值小于0.05，那么拟合被认为是显著的，并且处理继续。如果不是，处理停止。或者，数据的有效性可以由R²值确定。确定拟合曲线的线性曲线y＝mx+b的斜率m和截距b。利用该信息，T时间可以确定如下：T时间＝(阈值-b)/m。

除非另有说明，否则下表中出现的寡聚物序列遵循以下惯例：小写字母表示寡聚物的2′-O-甲基RNA或病毒序列的RNA，大写字母表示DNA。“(c9)”表示-(CH₂)₉-接头。除非另有说明，否则体外转录物(IVT)序列是RNA。

特别是在权利要求中，对“SEQ ID NO：X的序列”的提及是指相应序列表条目的碱基序列，并且不需要骨架的同一性(例如，RNA，2′-O-Me RNA，或DNA)，除非另有说明。此外，除非另有说明，否则出于序列表条目的目的，T和U残基被认为是可互换的，例如，无论第六位的残基是T还是U，序列都可以被认为与SEQ ID NO：2相同。

B.寡聚物，组合物和试剂盒

本公开提供了用于从样品中扩增、检测或定量HCV的寡聚物、组合物和试剂盒。

在一些实施例中，提供了扩增寡聚物。扩增寡聚物通常包含靶杂交区，例如配置成与HCV核酸特异性杂交。虽然不同长度和碱基组成的寡聚物可用于扩增HCV核酸，但在一些实施例中，本公开中的寡聚物具有10至60个碱基长、14至50个碱基长或15至40个碱基长的靶杂交区。在一些实施例中，使用具有相对长的靶杂交区域(例如约30-50个核苷酸，例如35-45)的初始扩增寡聚物，并且在后期使用具有较短靶杂交区的扩增寡聚物，例如约14-35个核苷酸，例如约15-30nt。

在某些实施例中，如本文所述的扩增寡聚物是启动子引物，其进一步包含位于靶杂交序列5′并且与HCV靶核酸不互补的启动子序列。例如，在如本文所述的用于扩增HCV靶区域的寡聚物组合的一些实施例中，如上文(b)中所述的扩增寡聚物(例如，包含反义靶杂交序列或由其组成的扩增寡聚物，如表1所示)是进一步包含5′启动子序列的启动子引物。在特定实施例中，启动子序列是T7RNA聚合酶启动子序列，例如具有SEQ ID NO：8所示序列的T7启动子序列。在具体的变化方案中，启动子引物包含非HCV序列，其包括SEQ ID NO：9、SEQ ID NO：10或者在一些实施例中，SEQ ID NO：11之一中所示的T7启动子。或者，扩增寡聚物可以是启动子提供者。

在一些实施例中，扩增寡聚物不是启动子引物或不包含启动子序列。例如，在基于PCR的方法中，引物通常不是启动子引物，并且在基于TMA的方法中，通常使用至少一种不是启动子引物的引物(同时还使用至少一种启动子引物)。

在一些实施例中，提供第一扩增寡聚物，其是正向扩增寡聚物，即，其被配置为与(-)链HCV核酸特异性杂交，并且其靶杂交序列对应于HCV的“有义”序列。

在一些实施例中，第一扩增寡聚物的靶序列包含HCV基因组核酸如SEQ ID NO：75的位置65，例如位置64-66、63-67、62-68、61-69、60-70、59-71、58-72、57-73、56-74、55-75、54-76、53-77或52-78。在一些实施例中，第一扩增寡聚物包含相对于SEQ ID NO：2具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，第一扩增寡聚物包含相对于SEQ ID NO：3或215具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，第一扩增寡聚物包含相对于SEQ ID NO：76-107之一具有至多1或2个错配的序列。第一扩增寡聚物(包括关于其序列)的各种实施例在上面的发明内容中公开，其中任何一个都可以在本部分上面讨论的特征的可行范围内组合。

在一些实施例中，提供第二扩增寡聚物，其是不同于第一扩增寡聚物的另外的正向扩增寡聚物。如实例中所述，尽管基因型之间存在序列变异，但使用第二种正向扩增寡聚物可以提高HCV核酸定量的相对准确度。

在一些实施例中，第二扩增寡聚物的靶序列包含HCV基因组核酸如SEQ ID NO：75的位置65，例如位置64-66、63-67、62-68、61-69、60-70、59-71、58-72、57-73、56-74、55-75、54-76、53-77或52-78。在一些实施例中，第二扩增寡聚物包含相对于SEQ ID NO：3具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，第二扩增寡聚物包含相对于SEQ ID NO：2或215具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，第一扩增寡聚物包含相对于SEQ ID NO：76-107之一具有至多1或2个错配的序列。第二扩增寡聚物(包括关于其序列)的各种实施例在上面的发明内容中公开，其中任何一个都可以在本部分上面讨论的特征的可行范围内组合。

应注意，当仅使用一种正向扩增寡聚物时，其可具有归因于本文的第一或第二扩增寡聚物的特征。该注意加以必要修正适用于其中使用序数数字的其它情况，例如，如果仅使用一种捕获寡聚物，则其可具有归因于本文的第一或第二捕获寡聚物的特征。

在一些实施例中，提供第三扩增寡聚物，其是反向扩增寡聚物，即，其被配置成与(+)链HCV核酸特异性杂交，并且其靶杂交序列对应于HCV的“反义”序列。

在一些实施例中，第三扩增寡聚物的靶序列包含HCV基因组核酸如SEQ ID NO：75的位置106，例如位置105-107、104-108、103-109、102-110、101-111、100-112、99-113、98-114、97-115、96-116、95-117、94-118或93-119。在一些实施例中，第三扩增寡聚物包含相对于SEQ ID NO：7具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，第三扩增寡聚物包含SEQ IDNO：218或219的序列，或相对于其具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，第三扩增寡聚物包含SEQ ID NO：147或220的序列或相对于其具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，第三扩增寡聚物包含靶杂交序列，其包含SEQ ID NO：75的位置N-119的互补序列，其中N为87、88、89、90、91、92、93、94或95，或相对于其具有至多1或2个错配的序列，例如SEQID NO：114-128之一。

第三扩增寡聚物(包括关于其序列)的各种实施例在上面的发明内容中公开，其中任何一个都可以在本部分上面讨论的特征的可行范围内组合。

应注意，第三扩增寡聚物的存在不一定意味着存在第一和第二扩增寡聚物。例如，可以仅在第一和第三扩增寡聚物存在下进行指数扩增。另外，可以在第三扩增寡聚物存在下进行线性扩增，而不需要任何正向扩增寡聚物。在一些实施例中，第三扩增寡聚物是启动子引物，使得其可以具有上文讨论的启动子引物的任何特征。该注意加以必要修正适用于其中使用序数数字的其它情况，例如，第二捕获寡聚物的存在不一定意味着存在第一捕获寡聚物。

在一些实施例中，提供了初始扩增寡聚物。初始扩增寡聚物可以与第一、第二和第三扩增寡聚物不同，就它们的存在或使用来说。在一些实施例中，初始扩增寡聚物具有比至少一种其它扩增寡聚物如第三扩增寡聚物或比第一、第二和第三AO更长的靶杂交区。如实例中所述，发现使用包含长靶杂交区的初始扩增寡聚物可以改善某些HCV基因型的后续扩增和定量，从而改善总体检测和定量性能。

在一些实施例中，初始扩增寡聚物的靶序列包含HCV基因组核酸如SEQ ID NO：75的位置99，例如位置98-100、97-101、96-102、95-103、94-104、93-105、92-106、91-107、90-108、89-109、88-110、87-111、86-112、85-113、84-114、83-115、82-116、81-117、80-118或80-119。在一些实施例中，初始扩增寡聚物包含相对于SEQ ID NO：6具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，初始扩增寡聚物包含SEQ ID NO：218或219的序列，或相对于其具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，初始扩增寡聚物包含靶杂交序列，其包含SEQ IDNO：75的位置N-119的互补序列，其中N为79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94或95，或相对于其具有至多1或2个错配的序列。初始扩增寡聚物(包括关于其序列)的各种实施例在上面的发明内容中公开，其中任何一个都可以在本部分上面讨论的特征的可行范围内组合。

在一些实施例中，提供了至少一种探针寡聚物。与互补扩增序列杂交的检测探针的一些实施例可以是DNA或RNA寡聚物，或含有DNA和RNA核苷酸组合的寡聚物，或用修饰骨架合成的寡聚物，例如包括一个或多个2′-甲氧基取代的核糖核苷酸的寡聚物。用于检测扩增的HCV序列的探针可以是未标记的并间接检测(例如，通过另一个结合配偶体与探针上的部分结合)或可以用各种可检测标记进行标记。检测探针寡聚物可以在核酸骨架中的一个或多个键联处含有2′-甲氧基骨架。

在一些实施例中，根据本公开的检测探针寡聚物还包括标记。特别合适的标记包括发射可检测光信号的化合物，例如可以在均相混合物中检测的荧光团或发光(例如，化学发光)化合物。在特定探针上可以存在多于一种标记和多于一种类型的标记，或者检测可以依赖于使用探针的混合物，其中每种探针用产生可检测信号的化合物标记(参见例如，美国专利号6,180,340和6,350,579，其各自通过引用并入本文)。标记可通过各种手段连接到探针上，包括共价键、螯合和离子相互作用，但在一些实施例中，标记是共价连接的。例如，在一些实施例中，检测探针具有连接的化学发光标记，例如吖啶酯(AE)化合物(参见例如，美国专利号5,185,439；5,639,604；5,585,481；和5,656,744；其各自通过引用并入本文)，在典型的变化形式中，其通过非核苷酸接头与探针连接(参见例如，美国专利号5,585,481；5,656,744；和5,639,604，其各自通过引用并入本文)。

根据本公开的检测探针寡聚物可以进一步包括非靶杂交序列。在一些应用中，需要表现出至少一定程度的自神互补性的探针，以便于检测测试样品中的探针：靶双链体，而不需要在检测之前首先去除未杂交的探针。这种检测探针的具体实施例包括例如，形成通过分子内杂交保持的构象的探针，例如通常称为发夹的构象。特别合适的发夹探针包括“分子炬”(参见例如，美国专利号6,849,412；6,835,542；6,534,274；和6,361,945，其各自通过引用并入本文)和“分子信标”(参见例如，Tyagi等人，见上文；美国专利号5,118,801和美国专利5,312,728，见上文)。在其它实施例中，检测探针是线性寡聚物，其基本上不形成由分子内键保持的构象。

举例来说，称为“分子信标”的结构包含具有靶互补序列、在不存在靶核酸序列的情况下将探针保持在闭合构象中的亲和对(或核酸臂)和当探针处于闭合构象时相互作用的标记对的核酸分子。靶核酸和靶互补序列的杂交分离亲和对的成员，从而将探针转变为开放构象。由于标记对的相互作用减少，可以检测到向开放构象的转变，所述标记对可以是例如荧光团和猝灭剂(例如DABCYL和EDANS)。分子信标在美国专利号5,925,517中有充分描述，其公开在此通过引用并入。用于检测HCV特异性核酸序列的分子信标可以通过附加到本文公开的探针(例如，靶杂交)序列、包含荧光团的第一核酸臂和包含猝灭剂部分的第二核酸臂之一的任一端来产生。在该构型中，本文公开的HCV特异性探针序列用作所得分子信标的靶互补“环”部分，而探针的自身互补“臂”代表探针的“茎”部分。

可以与本公开结合使用的自身互补杂交测定探针的另一个实例是通常称为“分子炬”的结构(有时简称为炬)。这些自报告探针被设计为包括具有自身互补性性的不同区域(创造“靶结合结构域”和“靶关闭结构域”)，其通过连接区(例如，-(CT₂)₉-接头)连接并且在预定的杂交测定条件下彼此杂交。当暴露于合适的靶向或变性条件时，分子炬的两个互补区(可以是完全或部分互补的)解链，当预定的杂交测定条件恢复时，使靶结合结构域可用于与靶序列杂交。设计分子炬以使靶结合结构域有利于在靶关闭结构域上与靶序列杂交。分子炬的靶结合结构域和靶关闭结构域包括相互作用的标记(例如，荧光/猝灭剂)，其定位使得当分子炬自我杂交时产生不同的信号，与分子炬与靶核酸杂交时相反，从而允许在具有与其相关的活标记的未杂交探针存在下检测测试样品中的探针：靶双链体。分子炬在美国专利号6,361,945中有完整描述，其公开在此通过引用并入。

在一些实施例中，分子炬和分子信标用一对相互作用的可检测标记进行标记。作为相互作用的标记对的成员的可检测标记的实例包括通过FRET或非FRET能量转移机制彼此相互作用的标记。荧光共振能量转移(FRET)涉及能量量子从吸收位置到其分子中的利用位置其或分子系统的无辐射传输，其通过发色团之间的共振相互作用，跨越显著大于原子间距离的距离，无需转换热能，没有供体和受体发生动力学碰撞。“供体”是最初吸收能量的部分，“受体”是随后转移能量的部分。除了FRET之外，还存在至少三种其它“非FRET”能量转移过程，通过所述过程，激发能量可以从供体转移到受体分子。

当两个标记保持足够接近时，由一个标记发射的能量可以被第二标记接收或吸收，无论是通过FRET还是非FRET机制，所述两个标记都被称为彼此处于“能量转移关系”。例如，当通过形成茎双链体将分子信标保持在闭合状态，并且来自连接于探针的一个臂的荧光团的荧光发射被相对臂上的猝灭剂部分猝灭时就是这种情况。

所公开的分子炬和分子信标的示例性标记部分包括荧光团和具有荧光猝灭特性的第二部分(即“猝灭剂”)。在该实施例中，特征信号可能是特定波长的荧光，但也可以是可见光信号。当涉及荧光时，在一些实施例中，发射的变化是由于FRET或辐射能量转移或非FRET模式。当通过适当频率的光刺激具有处于闭合状态的一对相互作用标记的分子信标时，在第一级产生荧光信号，所述第一级可能非常低。当该相同探针处于打开状态并被适当频率的光刺激时，荧光团和猝灭剂部分彼此充分分离，基本上排除了它们之间的能量转移。在该条件下，猝灭剂部分不能猝灭荧光团部分的荧光。如果荧光团受到适当波长的光能的刺激，则将产生高于第一水平的第二水平的荧光信号。两种荧光水平之间的差异是可检测和可测量的。以这种方式使用荧光团和猝灭剂部分，分子信标仅在“开放”构象中“开启”，并且表明探针通过发出易于检测的信号与靶标结合。探针的构象状态通过调节标记部分之间的相互作用来改变探针产生的信号。

可以与本公开结合使用而不试图区分FRET与非FRET对的供体/受体标记对的实例包括荧光素/四甲基罗丹明、IAEDANS/荧光素、EDANS/DABCYL、香豆素/DABCYL、荧光素/荧光素、BODIPY FL/BODIPY FL、荧光素/DABCYL、荧光黄/DABCYL、BODIPY/DABCYL、曙红/DABCYL、赤藓红/DABCYL、四甲基罗丹明/DABCYL、德克萨斯红/DABCYL、CY5/BH1、CY5/BH2、CY3/BH1、CY3/BH2和荧光素/QSY7染料。具有本领域普通技术水平的人将理解，当供体和受体染料不同时，可以通过受体的敏化荧光的出现或通过猝灭供体荧光来检测能量转移。当供体和受体物质相同时，可以通过产生的荧光去极化来检测能量。非荧光受体如DABCYL和QSY7染料有利地消除了由直接(即，非敏化)受体激发引起的背景荧光的潜在问题。可用作供体-受体对的一个成员的示例性荧光团部分包括荧光素、ROX和CY染料(例如CY5)。可用作供体-受体对的另一成员的示例性猝灭剂部分包括DABCYL和BLACK HOLE QUENCHER部分，其可购自Biosearch Technologies，Inc.(Novato，Calif.)。

不打算通过核酸聚合酶延伸的寡聚物，例如探针寡聚物和捕获寡聚物，可包括取代3′OH的封闭基团，以防止扩增反应中酶介导的寡聚物延伸。例如，在一些实施例中，在扩增期间存在的封闭的扩增寡聚物和/或检测探针不具有功能性3′OH，而是包括位于3′端或其附近的一个或多个封闭基团。在一些实施例中，3′端附近的封闭基团在3′端的五个残基内并且足够大以限制聚合酶与寡聚物的结合，并且其它实施例包含共价连接至3′端的封闭基团。许多不同的化学基团可用于封闭3′端，例如烷基、非核苷酸接头、烷二醇双脱氧核苷酸残基和虫草素。

虽然不同长度和碱基组成的寡核苷酸探针可用于检测HCV核酸，但本公开中的探针的一些实施例为10至60个碱基长，或14至50个碱基长，或15至30个碱基长。

在一些实施例中，探针寡聚物的靶序列包含HCV基因组核酸如SEQ ID NO：75的位置88或89，例如位置88-89、87-90、86-91、85-92、84-93、83-94、82-95或81-96。在一些实施例中，探针寡聚物包含相对于SEQ ID NO：13具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，探针寡聚物包含SEQ ID NO：216的位置1-19或SEQ ID NO：217的位置1-19的序列，或相对于其具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，探针寡聚物包含相对于SEQ ID NO：12具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，探针寡聚物包含SEQ ID NO：216或217的序列，或相对于其具有至多1或2个错配的序列。探针寡聚物(包括关于其序列)的各种实施例在上面的发明内容中公开，其中任何一个都可以在本部分上面讨论的特征的可行范围内组合。

在一些实施例中，提供了至少一种捕获寡聚物。捕获寡聚物包含靶杂交序列，其配置成与HCV核酸特异性杂交，例如10至60个碱基长，或14至50个碱基长，或15至30个碱基长。靶杂交序列与结合固定化探针的序列或部分共价连接，例如与固体衬底如珠子连接的寡聚物。

在更具体的实施例中，捕获探针寡聚物包括尾部(例如，3′尾)，其与HCV靶序列不互补但是与固定化结合配偶体的序列(例如，固定化探针)特异性杂交，从而用作允许靶核酸与其它样品组分分离的部分，例如先前在例如美国专利号6，110,678中所述，其通过引用并入本文。任何序列可用于尾区，其通常为约5至50nt长，并且某些实施例包括至少约10nt，例如约10至40nt(例如，A₁₀至A₄₀)，例如约14至33nt(例如，A₁₄至A₃₀或T₃A₁₄至T₃A₃₀)的基本上同聚的尾部(“poly-N序列”)，其与连接于固体支撑物(例如基质或粒子)的互补固定化序列(例如，poly-T)结合。例如，在包含3′尾的捕获探针的具体实施例中，捕获探针具有选自SEQID NO：16或17的序列。

在一些实施例中，提供了第一捕获寡聚物。在一些实施例中，第一捕获寡聚物的靶序列包含HCV基因组核酸如SEQ ID NO：75的位置307，例如位置306-308、305-309、304-310、303-311、302-312、301-313、300-314、299-315或298-316。在一些实施例中，第一捕获寡聚物包含相对于SEQ ID NO：54具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，第一捕获寡聚物包含相对于SEQ ID NO：16具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，第一捕获寡聚物包含相对于SEQ ID NO：161-165之一的位置1-19具有至多1或2个错配的序列。第一捕获寡聚物(包括关于其序列)的各种实施例在上面的发明内容中公开，其中任何一个都可以在本部分上面讨论的特征的可行范围内组合。

在一些实施例中，提供了不同于第一捕获寡聚物的第二捕获寡聚物。在一些实施例中，第二捕获寡聚物的靶序列包含HCV基因组核酸如SEQ ID NO：75的位置335或336，例如位置335-336、334-337、333-338、332-339、331-340、330-341、329-342、328-343或327-344。在一些实施例中，第二捕获寡聚物包含相对于SEQ ID NO：55具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，第二捕获寡聚物包含相对于SEQ ID NO：17具有至多1或2个错配的序列。在一些实施例中，第一捕获寡聚物包含相对于SEQ ID NO：161-165之一的位置1-19具有至多1或2个错配的序列。第二捕获寡聚物(包括关于其序列)的各种实施例在上面的发明内容中公开，其中任何一个都可以在本部分上面讨论的特征的可行范围内组合。

第二捕获寡聚物(包括关于其序列)的各种实施例在上面的发明内容中公开，其中任何一个都可以在本部分上面讨论的特征的可行范围内组合。

可以提供内部对照寡聚物，例如，通过确定条件适合于扩增来确认阴性结果是有效的。示例性对照靶标捕获寡聚物是SEQ ID NO：15。示例性对照扩增寡聚物是SEQ ID NO：18和19。示例性对照探针寡聚物是SEQ ID NO：20。还可以提供可以通过对照扩增寡聚物扩增的对照模板。可以根据已知的方案制备对照模板。参见例如，美国专利号7,785,844，其通过引用并入本文，并且描述了由含有一部分HIV-1序列的体外合成的转录物和内部对照探针靶向的独特序列组成的内部对照。

在本公开的某些方面，提供了至少两种寡聚物的组合，用于确定样品中HCV的存在或不存在或定量HCV。在一些实施例中，寡聚物组合包括至少两种扩增寡聚物，其适合于扩增例如具有SEQ ID NO：1、75的序列的HCV靶核酸、表5中提到的HCV菌株、SEQ ID NO：63-74中任一个的HCV源性序列或实例10中描述的HCV构建体的靶区域。在这样的实施例中，至少一种扩增寡聚物包含有义方向的靶杂交序列(“有义THS”)并且至少一种扩增寡聚物包含反义方向的靶杂交序列(“反义THS”)，其中有义THS和反义THS各自配置成与HCV序列内的靶序列特异性杂交。应理解，选择靶杂交序列，使得反义THS靶向的HCV序列位于有义THS靶向的HCV序列的下游(即，至少两种扩增寡聚物的位置使得它们位于待扩增的靶区域的侧翼)。

寡聚物可以各种组合(例如，试剂盒或组合物)提供，例如包含第一扩增寡聚物、第二扩增寡聚物、第三扩增寡聚物、初始扩增寡聚物、探针寡聚物、第一捕获寡聚物和第二捕获寡聚物中的2、3、4、5、6或7个，例如初始扩增寡聚物和至少一种捕获寡聚物；第一捕获寡聚物和第二捕获寡聚物，任选地还包含初始扩增寡聚物；第一扩增寡聚物和第三扩增寡聚物，任选地还包含探针寡聚物；第一、第二和第三扩增寡聚物，任选地还包含探针寡聚物；初始扩增寡聚物、至少一种捕获寡聚物、第一扩增寡聚物和第三扩增寡聚物，任选地还包含探针寡聚物；初始扩增寡聚物、第一捕获寡聚物、第二捕获寡聚物、第一扩增寡聚物和第三扩增寡聚物，任选地还包含探针寡聚物；初始扩增寡聚物、至少一种捕获寡聚物、第一扩增寡聚物、第二扩增寡聚物和第三扩增寡聚物，任选地还包含探针寡聚物；或初始扩增寡聚物、第一捕获寡聚物、第二捕获寡聚物、第一扩增寡聚物、第二扩增寡聚物和第三扩增寡聚物，任选地还包含探针寡聚物。组合还可包含对照寡聚物或其组合，例如两种对照AO、对照靶标捕获寡聚物和/或对照探针寡聚物。在一些实施例中，存在第一和第二AO。在一些实施例中，存在初始和第三AO。在一些实施例中，存在初始扩增寡聚物和探针寡聚物，其中初始扩增寡聚物和探针寡聚物与HCV核酸中的至少一个共同位置退火，例如至少5、10或15个共同位置。

在一些实施例中，组合不包含多于8种、7种、6种或5种不同的寡聚物，不包括对照寡聚物。在此类实施例中，以痕量(例如，相对于主要种类的寡聚物，例如具有与变体最相似的序列的寡聚物，约15mol％或更少，或约10mol％或更少)存在的变体，例如可能由寡聚物合成过程中的错误掺入、双重掺入、遗漏或其它错误导致，不被认为是不同的寡聚物。

在一些实施例中，如下文在任一实例或实例中描述的单个反应中所述提供寡聚物的组合。

在一些实施例中，寡聚物的组合，例如在试剂盒或组合物中，被配置为与至少三种、四种、五种或六种HCV基因型(例如，类型1a、1b、2b、3a、3b、4h、5a、6a)的核酸特异性杂交，任选地与怀疑存在于样品中的其它非HCV核酸(例如，其它血源性病原体)具有最小的交叉反应性。在某些变化形式中，本公开的组合物还允许检测与前述类型的5′UTR不同的HCV序列，例如包含SEQ ID NO：166-213或214的序列的至少1个、2个、3个、4个、5个、10个、15个、20个、25个、30个、35个、40个、45个或所有HCV菌株(例如，列于表5中的菌株)。在一些实施例中，寡聚物的组合可用于在HCV 1a的1log内定量此类菌株。在一些实施例中，寡聚物的组合可用于在HCV 1a的0.5log内定量此类菌株。在一些方面，本公开的组合物被配置成与HCV核酸特异性杂交，与甲型肝炎、乙型肝炎、单纯疱疹1、单纯疱疹2、HIV、细小病毒、风疹、登革热2、登革热3、登革热4、爱泼斯坦-巴尔(Epstein-Barr)和西尼罗河(West Nile)病毒中的一种或多种或全部具有最小交叉反应性。在一些实施例中，本公开的组合物被配置成与HCV核酸特异性杂交，与白色念珠菌(C.albicans)、白喉杆菌(C.diphtheriae)、痤疮丙酸杆菌(P.acnes)、金黄色葡萄球菌(S.aureus)、表皮葡萄球菌(S.epidermis)、肺炎链球菌(S.pneumoniae)中的一种或多种或全部具有最小交叉反应性。在一个方面，本公开的组合物是多重系统的一部分，其还包括用于检测这些生物中的一种或多种的组分和方法。

本公开还提供了用于确定HCV靶核酸的存在或不存在或定量其在样品中的量的反应混合物。根据本发明的反应混合物至少包含下列中的一种或多种：如本文所述的用于扩增HCV靶核酸的寡聚物组合；如本文所述的用于纯化HCV靶核酸的捕获探针寡聚物；如本文所述的用于确定HCV扩增产物的存在或不存在的检测探针寡聚物；和如本文所述的用于去除检测HCV靶核酸的测定的灵敏度的探针保护寡聚物。在一些实施例中，上述任何寡聚物组合存在于反应混合物中。反应混合物还可以包括许多任选组分，例如捕获探针核酸阵列。对于扩增反应混合物，反应混合物通常包括适于进行体外扩增的其它试剂，例如缓冲液、盐溶液、合适的核苷酸三磷酸(例如，dATP、dCTP、dGTP、dTTP、ATP、CTP、GTP和UTP)和/或酶(例如，逆转录酶和/或RNA聚合酶)，并且通常包括测试样品组分，其中可以存在或不存在HCV靶核酸。此外，对于包括检测探针和扩增寡聚物组合的反应混合物，用于反应混合物的扩增寡聚物和检测探针寡聚物的选择通过共同的靶区域连接(即，反应混合物将包括结合通过反应混合物的扩增寡聚物组合可扩增的序列的探针)。

本公开还提供了用于实施本文所述方法的试剂盒。根据本发明的试剂盒至少包含下列中的一种或多种：如本文所述的用于扩增HCV靶核酸的寡聚物组合；如本文所述的用于纯化HCV靶核酸的捕获探针寡聚物；如本文所述的用于确定HCV扩增产物的存在或不存在的检测探针寡聚物；和如本文所述的用于去除检测HCV靶核酸的测定的灵敏度的探针保护寡聚物。在一些实施例中，上述任何寡聚物组合存在于试剂盒中。试剂盒还可以包括许多任选组分，例如捕获探针核酸阵列。试剂盒中可能存在的其它试剂包括适于进行体外扩增的试剂，例如缓冲液、盐溶液、合适的核苷酸三磷酸(例如，dATP、dCTP、dGTP、dTTP、ATP、CTP、GTP和UTP)和/或酶(例如，逆转录酶和/或RNA聚合酶)。如本文所述的寡聚物可以包装在各种不同的实施例中，并且本领域技术人员将理解本公开包括许多不同的试剂盒配置。例如，试剂盒可以包括仅用于HCV基因组的一个靶区域的扩增寡聚物，或者它可以包括用于多个HCV靶区域的扩增寡聚物。此外，对于包括检测探针和扩增寡聚物组合的试剂盒，试剂盒的扩增寡聚物和检测探针寡聚物的选择通过共同的靶区域连接(即，试剂盒将包括结合通过试剂盒的扩增寡聚物组合可扩增的序列的探针)。在某些实施例中，试剂盒还包括用于实施根据本公开的方法的一组说明书，其中所述说明书可与包装说明书和/或所述试剂盒或其组分的包装相关联。

C.方法和用途

本文公开的任何方法也应理解为涉及用于方法目的的方法中涉及的材料的相应用途的公开。包含HCV序列的任何寡聚物和包含这种寡聚物的任何组合(例如，试剂盒和组合物)应理解为还公开用于检测或定量HCV，并用于制备用于检测或定量HCV的组合物。

一般而言，方法可包含一种或多种以下组分：靶标捕获，其中HCV核酸与捕获寡聚物退火并任选地与初始扩增寡聚物退火；分离，例如洗涤，以去除与捕获寡聚物无关的物质；线性扩增；指数扩增；和扩增子检测，例如扩增子定量，其可以用指数扩增实时进行。某些实施例涉及前述步骤中的每一个。某些实施例涉及指数扩增而没有线性扩增。某些实施例涉及洗涤、分离和线性扩增。某些实施例涉及指数扩增和扩增子检测。某些实施例涉及上面列出的任何两种组分。某些实施例涉及上面相邻列出的任何两种组分，例如洗涤和线性扩增，或线性扩增和指数扩增。

在一些实施例中，扩增包含使样品与至少两种寡聚物接触以扩增对应于HCV靶核酸的HCV核酸靶区域，其中寡聚物包括至少两种如上所述的扩增寡聚物(例如，一种或多种取向为有义方向和一种或多种取向为反义方向，用于指数扩增)；(2)进行体外核酸扩增反应，其中样品中存在的任何HCV靶核酸用作产生扩增产物的模板；(3)检测扩增产物的存在或不存在，从而确定样品中HCV的存在或不存在，或定量样品中HCV核酸的量。

根据本公开的检测方法还可以包括获得待进行所述方法的后续步骤的样品的步骤。在某些实施例中，“获得”待使用的样品包括例如在测试设施或进行所述方法的一个或多个步骤的其它位置接收样品，和/或从进行所述方法的一个或多个步骤的设施内的位置(例如，来自存储或其它存放处)获取样品。

在某些实施例中，所述方法还包括例如在扩增之前，例如在捕获步骤之前，从样品中的其它组分纯化HCV靶核酸。这种纯化可以包括从其它样品组分中分离和/或浓缩样品中包含的生物体，或者去除或降解非核酸样品组分，例如蛋白质、碳水化合物、盐、脂质等的方法。在一些实施例中，样品中的DNA例如用DNA酶降解，并任选地去除或灭活DNA酶或去除降解的DNA。

在具体实施例中，纯化靶核酸包括捕获靶核酸以特异性或非特异性地将靶核酸与其它样品组分分离。非特异性靶标捕获方法可以包括从基本上含水的混合物中选择性沉淀核酸，将核酸粘附到洗涤的支撑物以去除其它样品组分，或者从含有HCV核酸和其它样品组分的混合物中物理分离核酸的其它手段。

靶标捕获通常在溶液相混合物中发生，所述溶液相混合物含有一种或多种捕获探针寡聚物，其在杂交条件下与HCV靶序列特异性杂交，通常在高于尾序列：固定化探针序列双链体的T_m的温度下。对于包含捕获探针尾的实施例，通过调节杂交条件捕获HCV靶标：捕获探针复合物，使得捕获探针尾与固定化探针杂交。某些实施例使用颗粒状固体支撑物，例如顺磁珠。

分离可以在捕获之后进行，其中固体支撑物上的复合物与其它样品组分分离。分离可以通过任何合适技术完成，例如洗涤与HCV靶序列相关的支撑物一次或多次(例如，2或3次)以去除其它样品组分和/或未结合的寡聚物。在使用颗粒状固体支撑物(例如顺磁珠)的实施例中，与HCV靶标相关的粒子可悬浮在洗涤溶液中并从洗涤溶液中回收，在一些实施例中，通过使用磁吸引力。为了限制处理步骤的数量，可以通过简单地将支撑物上的复合物中的HCV靶序列与扩增寡聚物混合并进行扩增步骤来扩增HCV靶核酸。

线性扩增可以例如通过使靶核酸序列与支持靶核酸序列的线性扩增的第一阶段扩增反应混合物接触并且缺少其指数扩增所需的至少一种组分来进行。在一些实施例中，第一阶段扩增反应混合物包括选自逆转录酶、聚合酶及其组合的扩增酶。聚合酶通常选自RNA依赖性DNA聚合酶、DNA依赖性DNA聚合酶、DNA依赖性RNA聚合酶及其组合。在一些实施例中，第一阶段扩增反应混合物还包括核糖核酸酶(RNA酶)，例如RNA酶H或具有RNA酶H活性的逆转录酶。在一些实施例中，第一阶段扩增混合物包括具有RNA酶H活性的逆转录酶和RNA聚合酶。

在一些实施例中，第一阶段扩增混合物还可包括扩增寡核苷酸。扩增寡核苷酸可包括RNA聚合酶如T7RNA聚合酶的5′启动子序列和/或阻止其酶促延伸的封闭的3′端。另外，第一阶段扩增混合物有时可包括封闭寡核苷酸以防止靶核酸序列的酶促延伸超过期望的终点。

如上所述，第一阶段扩增反应的关键特征是其不能支持指数扩增反应，因为缺乏指数扩增所需的一种或多种组分，和/或存在抑制指数扩增的试剂，和/或反应混合物的温度不利于指数扩增等。非限制性地，指数扩增所需的缺乏组分和/或抑制剂和/或反应条件可选自以下组：扩增寡核苷酸(例如，包含RNA聚合酶的5′启动子序列、非启动子扩增寡核苷酸或其组合的扩增寡核苷酸)、酶(例如聚合酶，例如RNA聚合酶)、核酸酶(例如核酸外切酶、核酸内切酶、裂解酶、RNA酶、磷酸化酶、糖基化酶等)、酶辅因子、螯合剂(例如EDTA或EGTA)、核糖核苷酸三磷酸(rNTP)、脱氧核糖核苷酸三磷酸(dNTP)、Mg²⁺、盐、缓冲液、酶抑制剂、封闭寡核苷酸、pH、温度、盐浓度及其组合。在一些情况下，缺乏组分可以间接参与，例如逆转第一阶段反应中存在的指数扩增抑制剂的作用的试剂。

指数扩增HCV靶序列利用体外扩增反应，其使用至少两个位于待扩增的靶区域侧翼的扩增寡聚物。在一些实施例中，如上所述的第一和第二扩增寡聚物以正向提供，第三扩增寡聚物以反向提供。在特定实施例中，待扩增的靶区域基本上对应于SEQ ID NO：75的区域，其包括核苷酸位置79，例如约位置74-84、69-89、64-94、59-99、59-109或52-119(包括掺入扩增产物中的寡聚物序列)。用于扩增这些靶区域的特别合适的扩增寡聚物组合如上所述。合适的扩增方法包括例如复制酶介导的扩增、聚合酶链反应(PCR)、连接酶链反应(LCR)、链置换扩增(SDA)和转录介导的或转录相关的扩增(TMA)。

例如，一些使用TMA扩增的扩增方法包括以下步骤。简而言之，含有待扩增序列的靶核酸作为单链核酸(例如，ssRNA，例如HCV RNA)提供。本领域技术人员将理解，或者，DNA可用于TMA；双链核酸(例如dsDNA)的常规解链可用于提供单链靶核酸。启动子引物(例如，包含如上所述的启动子的第三扩增寡聚物)在其靶序列处特异性结合靶核酸，并且逆转录酶(RT)使用靶链作为模板延伸启动子引物的3′端以产生cDNA延伸产物，如果ssRNA是原始模板，则产生RNA：DNA双链体。RNA酶消化RNA：DNA双链体的RNA链，第二引物特异性结合其靶序列，所述靶序列位于启动子引物端下游的cDNA链上。RT通过使用第一cDNA模板延伸另一引物的3′端来合成新的DNA链，以产生含有功能性启动子序列的dsDNA。然后，对启动子序列特异的RNA聚合酶启动转录以产生RNA转录物，其在反应中是初始靶链的约100至1000个扩增拷贝(“扩增子”)。当另一引物与每个扩增子中的靶序列特异性结合时，扩增继续，并且RT从扩增子RNA模板产生DNA拷贝以产生RNA：DNA双链体。反应混合物中的RNA酶从RNA：DNA双链体中消化扩增子RNA，启动子引物与新合成的DNA中的互补序列特异性结合。RT延伸启动子引物的3′端以产生dsDNA，其含有RNA聚合酶结合的功能性启动子以转录与靶链互补的另外的扩增子。在反应过程中重复制备更多扩增子拷贝的自催化循环使得样品中存在的靶核酸扩增约十亿倍。可以在扩增期间或在扩增反应结束时通过使用与扩增产物中包含的靶序列特异性结合的探针实时检测扩增产物。检测由结合的探针产生的信号表明样品中存在靶核酸。

在一些实施例中，所述方法利用“反向”TMA反应。在这些变化形式中，初始或“正向”扩增寡聚物是引发寡核苷酸，其与靶区域的3′端附近的靶核酸杂交。逆转录酶(RT)通过使用靶核酸作为模板延伸引物的3′端来合成cDNA链。另一种或“反向”扩增寡聚物是启动子引物或启动子提供者，其具有配置成与合成的cDNA链中包含的靶序列杂交的靶杂交序列。当第二扩增寡聚物是启动子引物时，RT使用cDNA链作为模板延伸启动子引物的3′端以产生靶序列链的第二个cDNA拷贝，从而产生含有功能性启动子序列的dsDNA。然后基本上如前面段落中所述继续扩增，用于利用RNA聚合酶从启动子序列开始转录。或者，当第二扩增寡聚物是启动子提供者时，通常利用与靶区域的5′端附近的靶序列杂交的终止寡核苷酸终止在终止寡核苷酸的3′端的引发寡聚物的延伸，从而为通过引发寡聚物延伸合成的初始cDNA链提供确定的3′端。然后，启动子提供者的靶杂交序列与初始cDNA链的确定的3′端杂交，并且cDNA链的3′端延伸以添加与启动子提供者的启动子序列互补的序列，从而形成双链启动子序列。然后使用识别双链启动子并从其开始转录的RNA聚合酶，将初始cDNA链用作模板以转录与初始cDNA链互补的多个RNA转录物，不包括启动子部分。然后可以将这些RNA转录物中的每一个用作模板，用于从第一引发扩增寡聚物进一步扩增。

可以使用多种已知技术中的任何一种来执行检测步骤，以检测与扩增的靶序列特异性相关的信号，例如通过使扩增产物与标记的检测探针杂交并检测由标记的探针产生的信号。检测步骤还可以提供关于扩增序列的额外信息，例如其核酸碱基序列的全部或部分。可以在扩增反应完成之后进行检测，或者可以与扩增靶区域同时进行检测，例如实时进行。在一个实施例中，检测步骤允许均相检测，例如检测杂交的探针而不从混合物中去除未杂交的探针(参见例如，美国专利号5,639,604和5,283,174，其各自通过引用并入本文)。在一些实施例中，核酸与导致物理变化如可检测的电变化的表面缔合。扩增的核酸可以通过将它们浓缩在基质中或基质上并检测与它们相关的核酸或染料(例如，嵌入剂如溴化乙锭或网状绿)，或检测与溶液相中的核酸相关的染料的增加来检测。其它检测方法可以使用核酸检测探针，其被配置为与扩增产物中的序列特异性杂交并检测探针：产物复合物的存在，或通过使用可扩增与扩增产物相关的可检测信号的探针复合物(例如，美国专利号5,424,413；5,451,503；和5,849,481；其各自通过引用并入本文)。与扩增产物特异性结合的直接或间接标记的探针提供可检测的信号，其指示样品中靶核酸的存在。特别地，扩增产物将含有HCV基因组RNA中的序列中或与其互补的靶序列，并且探针将直接或间接结合扩增产物中包含的序列，以指示测试样品中HCV核酸的存在。

在扩增步骤附近或结束时检测扩增产物的实施例中，线性检测探针可用于提供信号以指示探针与扩增产物的杂交。这种检测的一个实例使用与靶核酸杂交的发光标记的探针。然后从非杂交探针水解发光标记。使用光度计通过化学发光进行检测。(参见例如，国际专利申请公开号WO 89/002476，其通过引用并入本文)。在使用实时检测的其它实施例中，检测探针可以是发夹探针，例如分子信标、分子炬或杂交开关探针，其用报告部分标记，在探针结合扩增产物时检测。此类探针可包含靶杂交序列和非靶杂交序列。先前已经描述了这类探针的各种形式(参见例如，美国专利号5,118,801；5,312,728；5,925,517；6,150,097；6,849,412；6,835,542；6,534,274；和6,361,945；和美国专利申请公开号20060068417A1和20060194240A1；其各自通过引用并入本文)。

在一些实施例中，分子炬(有时简称为炬)用于检测。在一些实施例中，炬是如上公开的探针寡聚物。

通常，所公开的方法可以包括查阅标准曲线的步骤，所述标准曲线涉及分析物多核苷酸的扩增前量和分析物扩增子的扩增后量。

由于实时扩增反应有利地具有输入到反应中的分析物多核苷酸的数量与作为时间的函数合成的分析物扩增子的数量之间的定量关系，因此可以使用标准曲线确定测试样品中存在的分析物多核苷酸的数量。例如，含有已知量的多核苷酸标准品的多个扩增反应可以与使用含有未知数量的分析物多核苷酸的测试样品制备的扩增反应平行进行。或者，可以预先准备标准曲线，使得每次进行分析过程时不必准备曲线。预先准备的这种曲线甚至可以电子方式存储在测试仪器的存储装置中。然后准备在第一轴上具有扩增前量的多核苷酸标准品和在第二轴上实现一定水平的核酸扩增(例如在背景信号上方的出现时间)所需的时间的一些标志的标准曲线。然后将测试反应测量的分析物扩增子的扩增后量定位在标准曲线的扩增后轴上。曲线的另一轴上的对应值表示测试反应中存在的分析物多核苷酸的扩增前量。因此，确定测试样品中存在的分析物多核苷酸的分子数量是通过查阅标准曲线，或者更具体地通过将测试样品获得的定量结果与标准曲线进行比较，即本领域普通技术人员熟悉的程序来完成的。

本文描述的程序可以容易地用于定量测试样品中存在的分析物多核苷酸(例如，HCV核酸)。实际上，如果使用已知数量的分析物多核苷酸标准物启动多个标准对照扩增反应，并且如果进行包括未知数量的分析物多核苷酸分子的测试反应，则在测量每个反应中实现一定水平的扩增所需的时间之后，确定必定存在于测试样品中的分析物多核苷酸分子的数量变得可能。使用图表方便地确定输入标准扩增反应的分析物多核苷酸分子的数量与实现一定水平的扩增所需的时间之间的关系。确定测试样品中存在的分析物多核苷酸分子的数量仅仅是从标准图中确定对应于测量的分析物扩增子信号强度的分析物多核苷酸分子的数量的问题。这说明了分析物多核苷酸标准物如何与多核苷酸扩增反应结合使用以定量测试样品中包含的分析物多核苷酸的扩增前量。

在一些实施例中，方法或用途可以提供至少三种、四种、五种或六种HCV基因型(例如，类型1a、1b、2b、3a、3b、4h、5a、6a)的基本上等同的定量(例如，在1、0.5或0.25log内)，任选地与怀疑存在于样品中的其它非HCV核酸(例如，其它血源性病原体)具有最小的交叉反应性。在某些变化形式中，本公开的方法和用途进一步允许定量与前述类型的5′UTR不同的HCV序列，其例如包含SEQ ID NO：166-213或214的序列的至少1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35、40、45或所有HCV菌株(例如，表5中列出的菌株)，例如与HCV基因型1a(例如，SEQ ID NO：75)基本上等同的定量(例如，在1、0.5或0.25log内)。在一些方面，本公开的方法和用途显示对甲型肝炎、乙型肝炎、单纯疱疹1、单纯疱疹2、HIV、细小病毒、风疹、登革热2、登革热3、登革热4、爱泼斯坦-巴尔和西尼罗河病毒中的一种或多种或全部的最小交叉反应性。在一些实施例中，本公开的方法和用途显示对白色念珠菌、白喉杆菌、痤疮丙酸杆菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、肺炎链球菌中的一种或多种或全部的最小交叉反应性。在一个方面，本公开的方法和用途与用于检测前述病毒或微生物中的一种或多种的方法复用。通常，最小交叉反应性被理解为显示至少约95％的特异性，例如至少约96％、97％、98％或99％。

实例

提供以下实例以说明某些公开的实施例，而不应解释为以任何方式限制本公开的范围。

一般试剂和方法。除非另有说明，否则使用T7RNA聚合酶和逆转录酶的转录介导的扩增等温进行扩增。标准转录介导的扩增(TMA)反应基本上如Kacian等人在美国专利号5,399,491中所述进行，其通过引用并入本文。双相TMA基本上如美国专利号9,139,870中所述进行，其通过引用并入本文。通常，在双相程序中添加的最后一个引物是T7引物或较短的T7引物，其中使用两种不同T7引物序列的组合。

对于各种引物组合进行扩增反应，每次反应使用约5至10皮摩尔的T7引物和非T7引物。

检测使用分子炬作为探针寡聚物，其含有5′-荧光团(例如FAM或ROX)和3′-猝灭剂(例如DABCYL)(FAM和DABCYL的“5F3D”或ROX和DABCYL的“5R3D”)。炬在美国专利号6,849,412中有详细讨论，其通过引用并入。炬通常在3′端附近(例如，在3′端的第5和第6核苷酸之间或在第4和第5核苷酸之间)含有-(CH₂)₉-接头。靶标捕获基本上如美国专利号8,034,554中所述，其通过引用并入本文。

示例性的内部对照寡聚物和模板在美国专利号7,785,844中进行讨论，其通过引用并入本文。

实例1-HCV基因型和示例性寡聚物的HCV体外转录物

选择HCV的5′非翻译区(UTR)非编码区作为跨基因型检测HCV的测定靶。据认为，该区域的保守性质可以允许使用相似的引物和检测探针进行能够检测HCV的多种基因型的基因测试。5′-UTR的长度为341个碱基长，与HCV基因型之间具有～90％的同源性。5′UTR是病毒RNA复制所必需的，但对于翻译不是必需的。

使用pBluescript II SK(+)载体产生HCV 1a体外转录物(IVT)，其转录物长度为926个碱基，序列插入物长度为837个碱基对，包括HCV 1a 5′-UTR区。此IVT和随后的IVT的序列信息显示在下面的序列表中。

最初将HCV 2b IVT置于pBluescript II SK(+)中，转录物长度为998个碱基，HCV2b 5′-UTR区的序列插入物长度为～850个碱基对。

将由HCV 3a临床样品制备的IVT原液的等分试样用于将IVT逆转录成cDNA克隆，将其插入适于IVT制造的pBluescript II SK(+)载体中。对质粒插入物进行测序并与来自LosAlamos HCV DB的序列进行比较，从而证实该克隆与已知的HCV 3a基因型序列一致。使用T7启动子产生来自该新质粒的IVT，从而产生含有HCV 3a的大部分5′UTR区和5′-编码区的861个碱基的IVT。后续初始实验提示IVT的3′区正在形成抑制结构(未显示)，从HCV 3a IVT中去除3′开放阅读框(ORL)区，使其更匹配HCV 3b IVT。

HCV 3a的新版本2IVT(3aV2)使被去除的3′IVT的末端刚刚超过靶标捕获寡聚物HCV0297(-)dT3dA30(SEQ ID NO：16)的结合位点并且接近ORL起始点，从而产生约400个碱基更短的IVT，最终长度为351个碱基。该长度和区域更类似于322个碱基的HCV 3b IVT序列。

通过去除52-78(+)非T7引物的仅5′的高GC富集区，制备另外一类3a版本3(3aV3)，其与3a V2IVT略有不同。与HCV 3a的V1或V3版本相比，V2版本显示出比HCV 3b IVT更好的扩增和检测性能。

将HCV 3b 5′-UTR的PCR产物插入TOPO克隆质粒中，并转录出转录物长度为422个碱基的SP6启动子。随后将该插入物转移至具有325个碱基对长度的pBluescript II SK(+)质粒。原始插入物具有由原始RT-PCR引物引入的突变。校正该突变以匹配用于HCV 3b基因型序列的LosAlamos DB。

最初将长度为422个碱基对的HCV 4h插入序列置于含有SP6启动子的TOPO载体中。为了与其它IVT更一致，使用T7启动子将插入物移入具有325个碱基的IVT长度的pBluescript II SK(+)质粒中以产生IVT。

无论错配如何，与HCV 1a相比，产生的原始TOPO HCV 4h IVT过量定量。重新检查HCV 4h IVT的光密度(OD)、分子量和序列，发现是正确的。因此，可以得出结论，相对于HCV1a的过量定量对于4h IVT序列是固有的。效果小于0.15对数差(未显示)。

HCV 5a序列最初置于长度为435个碱基对的TOPO克隆ID 100007中，且IVT由T7TOPO启动子产生。将序列移入pBluescript II SK(+)载体，使其具有与HCV 3a、3b、4h和6a相似的IVT序列。再次使用pBluescript II SK(+)T7启动子制备IVT。得到的pBluescriptII(+)质粒的IVT长度产生具有HCV 5a的5′UTR区的325个碱基的IVT。

最初将HCV 6a序列置于TOPO克隆ID 100008中，碱基对长度为438个碱基对，并使用T7启动子产生。使用T7启动子将序列移入pBluescript II SK(+)载体以产生IVT。得到的pBluescript II SK(+)载体的IVT长度产生具有HCV 6a的5′UTR区的328个碱基的IVT。

所选pBluescript IVT序列与示例性寡聚物的比对显示在图1中。

实例2-初始测定设计

从HCV序列产生比对以鉴定各种HCV基因型之间的序列差异，包括来自Los Alamos数据库(2008)[hcv.lanl.gov]的序列。设计初始的一组寡聚物以靶向丙型肝炎病毒多蛋白前体(HCV-1)的5′UTR区，该区在基因型中具有约90％的同源性，从5′端的约碱基50处开始。这里描述的引物序列与HCV-1amRNA基因组序列(GenBank登录号M62321；SEQ ID NO：75)对齐而没有错配。

该原始HCV寡聚物组具有以下特征(图1中圈出)。对于HCV 3a/b型，炬68-86寡聚物具有2个错配，并且具有差的扩增动力学，基因型之间存在很大差异。非T750-66寡聚物在HCV 3a型中具有1个错配，并且T795-119在HCV 2b、3a和4h中的每一种中具有1个错配。来自原始寡聚物组测试的扩增曲线显示在图2中，清楚地证明了用该寡聚物组定量不同HCV基因型的差异。例如，在CAL02条件下(10²个拷贝/毫升)，HCV 1a比CAL04条件(10⁴个拷贝/毫升)晚约5分钟扩增；HCV 2b没有显著扩增；其它测试的基因型显示不一致的扩增动力学。

实例3-HCV非T7引物选择

进行了新的寡聚物设计。靶向替代区，包括图1中针对探针的左加框区，其与所有HCV基因型匹配。非T7和T7是围绕这个探针区设计的。在图1中最右边的加框区中显示了含有富C串的寡聚物设计的不良区。在该区中或跨越该区扩增的寡聚物没有扩增或显示非常差的扩增。

将非T7引物的新序列与原始序列进行比较。使用具有基因型1a和3a的原始HCVNT750-66寡聚物(图3中第二高和最高的线)与HCV 1a和3a的HCVNT752-78(绿色和金色)相比的校准曲线显示，使用NT752-78序列给出更快的出现时间并且基因型更相似(图3中较低四组的线)。

影响非T7引物设计的序列错配主要在HCV 3a/3b序列中。在用HCV 3a IVT进行的实验中，使用标准转录介导的扩增(TMA)、新炬和T7HCV 93-119(-)，与基因型1a和3a匹配的HCV 52-78NT7序列的50：50混合物显示比单独的52-78NT7序列更均等的定量(图4A-4C)。用所有基因型重新测试这些寡聚物。

用不同的非T7引物条件测试所有HCV基因型，包括新的寡聚物HCV非T752-78t(5′-GGAACTTCTGTCTTCACGCAGAAAGCG；SEQ ID NO：215)。HCV 3a用HCV非T752-78t(仅)定量不足(图5A中的箭头)，而HCV非T752-78tg(仅)显示跨基因型的定量相似性(图5B)。HCV 5a略微定量不足；然而，该序列在T7区域中具有两个错配。这些实验使用TOPO IVT序列用于HCV4h、5a和6a。选择HCV NT752-78基因型3a序列(“52-78tg”，也称为52-78-1；SEQ ID NO：2)包含在寡聚物组中。

图6所示为HCV引物组的确证实验结果，包括双相TMA形式的HCV非T752-78tg(仅)(包括内部对照[IC])。以10k个拷贝/毫升(图6中的“04”项)测试7种HCV基因型，对于基因型2-6，以1M个拷贝/毫升(图6中的“07”项)显示相对于靶标的对数差异。图6中的“CAL”条目使用基因型1a；其它项目的基因型由最后两个字符表示，例如“2B”。该实验的IVT来自用于HCV基因型4h、5a和6a的TOPO质粒；和用于HCV 1a、2b、3a(版本1)和3b的pBluescript IVT。

实例4-HCV炬选择实验

使用原始寡聚物组，HCV炬68-86与HCV 3a和HCV 3b序列具有两个错配。在完全匹配区(图1中的左侧框)中测试了几个序列，一些序列与具有序列和没有序列的匹配区边缘处的C匹配。将原始炬HCV 68-86序列与HCV80-985st a(+)(5′-CUAGCCAUGGCGUUAGUAU-(c9)-gcuag，SEQ ID NO：216)并排比较，并且比较显示HCV 3a的出现曲线显著不同(图7)。

用两个IVT(HCV 1a和3a)测试的3个炬的出现时间校准曲线显示在图8中。具有原始寡聚物组的HCV 3a基因型明显延迟(条件3；图8中的顶部校准曲线，用直箭头指示)。相对于68-86(cnd3，对照[cnt]组)的HCV 1a(用弯箭头指示)和HCV 3a校准曲线，两个具有不同茎长度的80-98靶结合区的两个HCV炬(炬80-98_5st(5′-gCUAGCCAUGGCGUUAGUAU-(c9)-cuagc，SEQ ID NO：217)和80-98_5st_a)使HCV 1a和3a的动力学更接近于一致(图8)。

与具有纯系统(没有靶标捕获)的HCV炬81-96和81-97的所有HCV基因型的精确匹配显示与HCV 1a的HCV炬80-98对照没有差异(图9)。选择HCV炬81-96用于进一步使用，并且在靶结合区中比HCV炬80-985st a短3个碱基。

实例5-选择HCV T7引物和初始扩增寡聚物

使用标准TMA形式在uniplex HCV扩增中进行用原始寡聚物组、HCV炬68-86和HCV非T750-66测试T7序列的实验。HCV 1a的校准曲线用T7序列的变化进行，如图10所示显示出对T7序列的出现时间的依赖性。T799-119(5′-AATTTAATACGACTCACTATAGGGAGACCTGGAGGCTGCACGACACTC，SEQ ID NO：218，靶杂交序列斜体)相对于T795-119从靶结合区去除4个碱基，导致在测定的低端出现时间延迟5分钟。T799-1191(5′-AATTTAATACGACTCACTATAGGGAGACCTGGAGGCTGIACGACA CTC，SEQ ID NO：219，靶杂交序列斜体)显示了进一步延迟。

在TCR和AMP2中测试了一系列匹配所有亚型、测试单体和混合物的标准T7引物。除非完全匹配，否则HCV 5a基因型总是被延迟。然而，引物与5a延迟的HCV 1a完全匹配，可能是由于T7区的靶结合区中心的AA错配(数据未显示)。还测试了具有肌苷碱基的标准T7引物，试图平衡基因型之间的扩增，如图11中的比对框所示。所有7种基因型均以双相TMA形式进行测试(使用TOPO IVT用于HCV 4、5和6基因型)。

比较3个T7引物的3个拷贝水平的一系列出现曲线显示当存在肌苷碱基时较低浓度的收缩，如图12A-12D中的箭头所示。没有用引物中的肌苷碱基进行进一步研究，因为没有观察到改善。

在富含C的区域中设计的T7引物还与炬和非T7引物组合进行测试；然而，观察到的敏感性水平并不能证明进一步的研究是合理的(数据未显示)。

测试了一系列HCV T7初始扩增寡聚物以消除第一轮启动时的错配，其中将T7初始扩增寡聚物添加到具有所有靶标捕获寡聚物(TCO)的TCR中并将最短标准物T7HCV 93-119(与HCV 1a匹配)添加到启动子AMP2试剂中。最初用两种候选初始扩增寡聚物T789-119和T780-119相对于TCR和AMP2中存在的对照T793-119筛选HCV基因型1a、2b和5a。对于图13A-13C中呈现的数据，HCV 1a的校准物是Cal02＝2.0，Cal04＝4.0和Cal06＝6.0log拷贝/毫升。对于HCV基因型2b和5a，浓度为CTR01＝2.3，CTR02＝4.3和CTR03＝6.3log拷贝/毫升。出现曲线显示三个水平的所有cal和对照。对照条件(T793-119，图13A)显示所有基因型中最不确定的水平组，而T789-119(图13B)和T780-119(图13C)条件显示分开的水平(尽管T789-119和T780-119具有略微不同的水平)(图13A-13C)。

图14中显示了每种T7初始扩增寡聚物与HCV 1a的HCV 2b和5a对数差异，其中HCV5a的差异最大(来自TOPO质粒的IVT)。在所有三种引物的T7靶结合区中存在两个AA错配，但较长的T7序列89-119和80-119克服了引发扩增的错配。

为了将所有HCV 6基因型与HCV 1a进行比较，用HCV基因型1a、2b、3a/b、4h、5a和6a(在HCV基因型4-6的TOPO质粒中)测试相同的三种T7初始扩增寡聚物HCV T793-119、T789-119和80-119(对照和AMP2用于所有)。绘制为校准物的所有基因型的比率校准曲线(与先前实验相同的水平)显示较长的初始扩增寡聚物(T789-119或80-119)明显使HCV 5a扩增曲线更接近其它基因型的那些(图15A-15C)。

图16中显示了绘制为基因型相对于HCV 1a校准物的定量差异的该相同数据组，也说明了较长的初始扩增寡聚物如HCV T789-119初始扩增寡聚物的改善(每组三个的中心栏)。

在HCV T7引物的原始标准TMA筛选期间，鉴定出HCV T789-119与内部对照(IC)引物(未显示)具有引物相互作用。由于这种相互作用，其在标准TMA形式中的使用被避免，但HCV T789-119可以双相TMA形式使用。

为了进一步表征基因型之间的对数拷贝差异，设计了一系列T7初始扩增寡聚物，并显示在图17中对角线旁边的比对中。

该系列T7初始扩增寡聚物的一部分以双相形式进行测试，其中A3amp试剂具有HCV1a校准物和HCV基因型1-6(使用来自TOPO质粒的IVT用于基因型4-6)。所有HCV基因型2-6都在3个水平进行测试：每毫升100、10k和1M个拷贝。同样，作为初始扩增寡聚物的T789-119表现良好，等等。对于存在于AMP2中的T793-119的其它HCV基因型，T789-119给出了相对于HCV1a的最小差异(图18)。

图19显示了该数据关于每毫升10k个拷贝的条件的一个子集，以更清楚地显示T7初始扩增寡聚物的相对性能。

实例6-示例性HCV寡聚物组

部分地基于前述结果，设计了含有表1中列出的寡聚物的示例性HCV寡聚物组。

寡聚物序列与不同HCV基因型的IVT和序列比对如下。

相对于(+)52-78引物，在1A型IVT的非T7结合区中存在两个错配的“A”碱基对。探针寡聚物、初始扩增寡聚物和T7引物与序列的其余部分匹配。1a型IVT用作与其余基因型的IVT进行比较的参考；

对于52-78(+)引物，在非T7结合区中存在两个错配的“A”碱基对，在T7结合区中存在单个“A”错配。这些“A”用粗体显示在序列表中的2b型IVT的条目中。

HCV 4h的特征在于非T752-78(+)区中的两个错配和起始子/T7区中的单个点U到G突变。炬和靶标捕获寡聚物与HCV1a基因型序列匹配。

HCV 5a IVT的特征在于非T752-78(+)区中的两个“A”错配和T7引物中间的两个并排“AA”错配。

没有起始子引物的初始实验使用HCV 5a基因型导致差的性能。由于T7引物结合区中的双“AA”错配，相对于HCV 1a标准物的定量不足是非常明显的。然而，一旦初始扩增寡聚物包含在靶标捕获试剂(TCR)中，HCV 5a IVT的性能与其它IVT基因型的性能相当。

HCV 6a IVT的特征在于非T752-78(+)区中的两个“A”错配和T7结合结构域的中间部分中的一个“A”碱基错配。

实例7-内部对照寡聚物引物选择

用下列一组寡聚物测试内部对照寡聚物的掺入：T795-119；NT752-78；和80-98-a炬。

评估根据SEQ ID NO：15和18-20的寡聚物用作内部对照(也称为通用内部对照[GIC]，IC)。使用OEM平台上的标准TMA形式将IC寡聚物掺入早期HCV amp系统中以确定是否存在任何引物相互作用。掺入一个或所有IC寡聚物导致一些因资源竞争而预期的减缓(在低端出现时间差异1-2分钟；数据未显示)。还证实，在HCV寡聚物组(未显示)存在下内部对照扩增是成功的。

实例8-用双相TMAHCV/IC测定法检测HCV基因型

将具有表2的寡聚物组的HCV基因型2b、3a、3b、4h、5a和6a的pBluescriptIVT的HCV基因型定量作为与来自HCV 1a校准物的定量差异作图(图20)。实现了与HCV 1a校准物的□0.25对数差异的HCV基因型定量。

用阴性血清测试TCR中的两种T7扩增寡聚物HCV T793-119(SEQ ID NO：5)和HCVT780-119(SEQ ID NO：4)，并且证实内部对照扩增的出现时间没有受到影响(未显示)。还测试了HCV T780-119初始扩增寡聚物以确定在由于TCR的T7携带与炬序列重叠的情况下是否存在血清实验中的假阳性，因为其与HCV炬序列的重叠更大。一个假阳性(N＝140，特异性＝99.3％)发生在非常低的浓度，并且可能是由于在加标血清样品的制备过程中操作者错误；由于明显退化，数据被排除在外。

实例9-HCV定量测定的总结和进一步发展

使用双相TMA结合特异性靶标捕获和实时检测设计和进行HCV定量测定。所述测定使用靶标捕获试剂(TCR)中的长HCV T7初始扩增寡聚物和扩增试剂中的两种HCV NT7寡聚物用于第一轮延伸和线性扩增。启动子试剂中的第二种HCV T7用于HCV靶标的指数扩增。用FAM标记并用Dabcyl猝灭的启动子试剂中的HCV探针用于实时荧光检测。

通用内部对照(GIC)寡聚物如下面的序列表中所述(SEQ ID NO：15和18-20)。

在开发用于检测和同等定量六种HCV基因型的测定的双相形式之后，寡聚物组的进一步开发解决了特定的HCV序列突变，并且第二种HCV TCO(0327b，SEQ ID NO：17)的添加解决了来自样品的靶标捕获。提供注释HCV序列的Los Alamos HCV序列数据库用作分析工具。

用于HCV定量的寡聚物列于表2中。

扩增引物靶向丙型肝炎病毒多蛋白前体(HCV-1)的5′UTR区，该区在基因型中具有～90％的同源性。

来自终点则定的HCV引物也以实时TMA形式进行测试。没有表现得足够好以进一步继续。

如上所述，较早的HCV寡聚物组具有与HCV基因型的错配(在图1中的椭圆中显示)。炬68-86对于HCV 3a/b具有2个错配，并且具有差的扩增动力学，基因型之间存在很大差异。非T750-66在HCV 3a中具有1个错配，并且T795-119在HCV 2b、3a和4h中各自具有1个错配。最初的寡聚物组没有对所有基因型进行同等定量。

对于炬序列，在图21中所示的替代区和炬加框区中设计新的寡聚物，其与所有HCV基因型完全匹配。非T7(NT7)和T7是围绕这个炬区设计的。

选择用于HCV-Quant测定的初级寡聚物列于表2中，其中比对数据在图21中。

(5F3D：5′-FAM，3’-DABCYL。5A3R：5′-吖啶，3′-ROX。)

发现表2中的寡聚物在多种HCV亚型中表现良好。然而，发现几个在寡聚物结合区内与某些HCV序列具有错配，这可能导致定量差。序列是从数据库来源搜集，包括HCVdB.org、Genbank和Los Alamos。这些数据库中的基因型流行率在下面的表3中报告，并且与美国流行率相似。

表3：HCV数据库序列中的基因型流行率

基因型	n	数据库中的流行率
			1	422	49.4％
2	63	7.4％
			3	120	14.0％
4	50	5.8％
			5	10	1.2％
6	70	8.2％
			7	1	0.1％
未知	119	13.9％
			总计	855

目标是提供在预期浓度+/-0.5log c/ml内的定量，而不管基因型如何。在源数据库中发现的855个序列中，表2中寡聚物组的相关区域中有81个独特序列(包括完全匹配)。如下表4所示，在有效的错配下，T7和炬序列中错配的频率最高。TCO也存在高错配流行率(超过5％)，但主要是单碱基错配，据信这些错配对性能影响不大。

注1：T7引物具有固有的单碱基错配(G-A)，其对于用于设计测定的HCV-1a、-2b、-5a和-6a是常见的(图21)，并且在数据库的序列中也普遍存在(参见图23最右侧的T7引物盒)。寡聚物组是围绕这种特定的错配设计的，因此它没有计入表中。

注2：NT7具有对于用于设计测定的HCV-1a、-2b、-4h、-5a和-6a常见的错配(T-A和G-A)(图21)，并且在来自数据库的81％的序列中也普遍存在。该寡聚物组是围绕这种特定的错配设计的，因此它不包括在‘有效错配’中。

根据以下标准选择81种独特突变体序列中的50种进行合成：

1.给定引物或寡聚物序列内＞2个错配

2.构建并测试了在数据库中出现不止一次的所有突变序列。

3.常见突变。例如，如果通常在位置“x”处看到“g”而不是“t”，则制作这些类型的突变的子集。由于这种单碱基突变非常常见，因此只制作了一个子集。

4.选择删除和插入并进行测试。

通过定点诱变将鉴定的突变掺入亲本HCV克隆中(使用含有碱基变化的引物对质粒进行PCR)。然后从这些新的突变体克隆中制备体外转录物。表5列出了合成和测试的突变体。在表5中，“亚型”栏表示最初鉴定出突变的亚型，并且克隆名称包括衍生出用于测试的构建体的亲本克隆的亚型的名称。

使用初始测定可行性寡聚物系统(表2)测试50个体外转录物突变体，并且从预期结果(图22A和22B)中在0.5log c/ml之外回收8个突变体，其代表群体的～1％(8/850)。13个突变体定量为＞0.4log c/mL。

对数差异＞0.5log的8个突变体中的6个位于T7和炬区，1个位于NT7区，并且单个突变体在T7、NT7和TCO区具有突变(表6)。

表6：在所选突变体中寡聚物组的错配

突变位置	数量
		T7	3
T7/炬	2
		炬	1
NT	1
		多个区域	1

图23显示了包括13个突变体的序列比对，所述突变体定量为＞0.4logc/mL。

为了改善突变体HCV的定量，对初始寡聚物组进行了改变。对初始寡聚物组的所选修饰是(1)延长T7初始扩增寡聚物以解决T7和炬错配和(2)添加第二种不同的NT7寡聚物。筛选的寡聚物列于表7中。

发现NT7寡聚物HCV(+)52-78_NT7_mut TTA_1(也称为52-78-2(SEQ ID NO：3))在某些突变存在下改善定量。通过添加该寡聚物以解决突变，在寡聚物组中存在2个NT7引物(HCV(+)52-78-1，SEQ ID NO：2；和HCV(+)52-78-2，SEQ ID NO：3)。

包括亚型3a、亚型3b和亚型1a NT7TTAA突变体的基因型在不同比例的两种NT7引物下的检测结果在表8中(以与靶标的对数差异给出；加粗斜体表示NT7T-T-A突变体的差异大于0.5log，或者3a和3b基因型的差异大于0.25log)。使用75％或50％的52-78-2NT7寡聚物导致所有测试序列在靶标的0.5log内的定量。使用25％的52-78-2NT7寡聚物导致除T-T-A突变体以外的所有测试序列在靶标的0.5log内的定量。还得出结论，关于引物浓度约+/-10％的制造公差是可接受的。在50％52-78-2，亚型3a和3b在靶标的+/-0.25log差异内定量，并且1a NT7TTA突变体在+/-0.5log c/ml内定量。

设计更长的T7初始扩增寡聚物(HCV(-)80-119T7)以解决T7和炬突变体。通过增加T7序列的长度，寡聚物结合克服了T7区中分离的错配。结果，新的T7初始扩增寡聚物与炬完全重叠。

T7初始扩增寡聚物位于靶标捕获试剂中。T7初始扩增寡聚物设计与炬区重叠。因此，为了使假阳性的风险最小化，应在洗涤步骤中去除游离T7初始扩增寡聚物。将T7初始扩增寡聚物直接掺入扩增反应中导致假阳性(数据未显示)。

图24是HCV寡聚物组中的寡核苷酸的序列比对，所述寡聚物组对应于错误！未发现参考源中列出的寡聚物。通过这些改变，所有IVT突变体恢复到靶标浓度的+/-0.5log c/ml内(图25A)，并且亚型检测在预期值的+/-0.25log c/ml内(图25B)。在试剂配制期间添加的第二种HCV TCO(0327)的序列也显示在图24中。

实例10-分析特异性研究

除了未使用HCV 0327b(-)捕获寡聚物之外，使用表2中所示的一组寡聚物产生这些数据。

使用内部制备的HCV阴性血清、内部扩增对照(IAC)缓冲液和临床阴性样品(包括更粘稠的临床样品)在一系列不同的仪器上进行了几项特异性研究。在测试的1468个阴性中未观察到假阳性(FP)，导致100％的特异性(95％CI：99.7至100％)(表9)。

＊RFU范围阈值：1000

实例11-临床样品的分析灵敏度和分析

除了不使用HCV0327b(-)捕获寡聚物之外，使用表2中的一组寡聚物产生该实例中的数据。

下面给出的研究是用血浆中的病毒、IAC缓冲液中的IVT以及类似于装甲RNA的人工AcroMetrix HCV-S病毒组进行的。AcroMetrix HCV-S组是HCV 1b的合成序列，其使用AcromMetrix的SynTura技术包埋在重组BVDV(牛病毒性腹泻病毒)蛋白质中，以IU/mL(Applied Biosystems目录号950350)校准。

基于初步实验，使用WHO HCV第二标准物，HCV测定具有5个拷贝/IU转化因子。用IAC中表10中所示的体外转录物进行初步敏感性研究。60c/ml的阳性率为100％。使用PROBIT分析，95％概率的检测限为19.58c/ml或3.9IU/ml。使用R统计计算软件，使用具有二项式误差分布的广义线性模型以及响应变量的Probit函数来执行Probit分析。参见表10和11。

还用Acrometrix组在血清中进行了研究。12IU/ml的阳性率为100％。使用PROBIT分析，95％概率的检测限为3.13IU/ml。参见表12和13。

使用各种低拷贝水平组历经3种仪器和3天评估精度，总共重复60次。在12IU/ml或1.78log c/ml时总误差小于1log c/ml。参见表14。

*总误差＝sqrt(2)×2×标准差

在该研究中还评估了5种不同浓度的QC校准物的精度。从2log c/ml(～20IU/m1)至9log c/ml(～2e8IU/ml)的总误差低于1log c/ml且sdlog c/ml＜0.20。参见表15。

*总误差＝sqrt(2)×2×标准差

图26表明该测定是从1.47log c/ml(～6IU/ml)至9log c/ml(～2e8IU/ml)的线性。

使用如实例11中所述的测定法测定91个临床样品的HCV病毒载量，并与来自Abbott Molecular Inc.和Roche Molecular Systems Inc.的商业HCV测定的结果进行比较。如上所述测定5个拷贝/IU转化率。本测定的结果均在Abbott结果(未显示)的1log c/ml内。当与Roche测定相比时，2个HCV亚型4样品给出超过1log过量定量。已知Roche测定使HCV亚型4定量不足。参见Chevaliez等人，《肝病学杂志(Journal of Hepatology)》，第44卷，增刊2，2006年4月，第S195-S196页。

实例12-第二靶标捕获寡聚物的添加

评估第二TCO，即HCV 0327b(-)dT3dA30(SEQ ID NO：17)是否影响关于靶标捕获的性能。除非另有说明，否则下面的所有实验均用HCV0327b(-、)dT3dA30以6pmol/反应进行测试。

测试以下条件以评估添加第二TCO的影响并确定第二TCO的最佳浓度。在le4个拷贝/毫升(n＝5)下测试在TCO(0297)区中具有突变的六个突变体转录物和基因型转录物组。以6和12pmol/反应添加第二TCO(0327b)具有类似的对数拷贝和精度。所有阳性组均为100％阳性且在靶标对数拷贝的+/-0.5log内。对照(单个TCO系统，仅0297)在初始运行中具有略高的对数拷贝值；然而，在不同日期重复的相同条件的结果具有与其余条件(未示出)一致的结果，表明轻微的日常变化。单独的第二TCO(0327b)使HCV和GIC的出现时间延迟了大约3分钟(数据未显示)。因此，6pmol/反应的额外第二TCO(0327b)是可接受的浓度。

通过添加第二TCO测试WHO HCV组。所述研究在多个仪器上完成，总重复次数范围为每组15-45次(3次运行)。先前的检测限(LoD)(95％阳性)被确定为3.76IU/mL(3个仪器，每组n＝30-90或6次运行)。LoD略微增加至5.06IU/mL，这可能是实验之间的可变性，因为先前的3.76IU/ml值在95％置信区间内(表16)。

计算所得的LoQ(定量限，即总误差等于1的浓度)为9.748IU/ml，与使用单个TCO时相似(单个TCO TE＝9.02IU/mL)，证明在测定的LoD附近的等效精度(表17)。

先前仅用0297TCO测试的六种HCV基因型的相同临床样本的LoD在LoD(12IU/ml)附近用第二TCO即0327b(NB3+TCO)重新测试。从初始测试开始，将临床样本在超过5IU/ml的适当血浆或血清稀释剂中连续稀释。对于除HCV基因型4之外的所有测试基因型，添加第二TCO时，最低靶标浓度下的阳性百分比结果和平均对数拷贝更大(表18)。也就是说，在1IU/ml下，1b、2a、3a、5a和6c中的每一个显示出改善的％阳性(增加13、20、26、13和13个百分点)。与单个TCO系统相比，HCV基因型4的样本具有与添加第二TCO相似的结果。所有阳性百分比结果在12IU/mL时≥95％，在100IU/ml时≤0.25SD对数拷贝。

为了进一步确认在有和没有第二TCO的情况下低浓度下的性能，用30、8和5个拷贝/毫升的组测试基因型IVT。使用仅0297TCO(n＝10)或0297和0327b TCO(n＝20)测试每个组。对于HCV基因型2b、3a、3b和4h，阳性百分比结果是相当的，并且对于基因型5a和6a，用0297和0327b TCO改善了结果(图27A-B)。所有条件在30个拷贝/毫升时产生100％阳性结果。平均对数拷贝结果在基因型2b、3a和3b的条件之间是相当的，并且对于基因型4h、5a和6a略高(未显示)。对于基因型如5a和6a，在第二TCO存在下在低浓度下的阳性百分比的增加趋势用8和5个拷贝/毫升组的另外30次重复和单独批次的0297TCO(未显示)证实。数据总结在表19中。

表19：在0297+/-0327b TCO存在下的HCV基因型IVT阳性百分比、平均对数拷贝和标准差对数拷贝结果

实例13-交叉反应性，分析特异性和临床特异性

使用0327b TCO进行测试，其包括微生物与掺入IAC(内部对照缓冲液)中的一组病毒(甲型肝炎、乙型肝炎、单纯疱疹1、单纯疱疹2、HIV、细小病毒、风疹、登革热2、登革热3、登革热4、爱泼斯坦-巴尔病毒和西尼罗河病毒)和微生物(白色念珠菌、白喉杆菌、痤疮丙酸杆菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、肺炎链球菌)以10⁵个颗粒形成单位(PFU)/mL或50％组织培养感染剂量(TCID50)的病毒和10⁶个菌落形成单位(CFU)/mL的微生物交叉反应。在不存在HCV核酸的情况下没有获得阳性结果。在HCV存在下(2.3log拷贝/毫升)，组中没有来自任何病毒或微生物的显著干扰(即，对于所有加标样品，定量均在对照的0.25log内)。

使用包括0297和0327b TCO的寡聚物组和961个冷冻未感染样本(420份个人血清和541份个人血浆)重复临床特异性。在测试期间出现了8个阳性，特异性为99％，下限(95％CI)为98.4％。出于信息目的，用少量IAC和阴性血清样品以总共n＝150重复分析特异性。IAC和阴性血清样品未出现阳性(特异性为100％；下限(95％CI)为98.4％)。

在使用相同样品的1个TCO的早期测试中没有出现阳性。用1个TCO和2个TCO平行重复测试，以确定阳性的增加是否归因于在测试时添加第二TCO或外来源如环境污染。在每种条件下测试的410个临床阴性样本中，2个TCO出现2个阳性，并且在对照1个TCO条件下没有出现阳性。在408个IAC阴性样品中，在对照1个TCO条件下出现2个阳性，对于2个TCO没有出现阳性。因此，1个TCO和2个TCO条件具有相似的结果，并且这些数据证实添加第二TCO不会导致更高的假阳性率。

序列表

在下表中，小写字母表示RNA(对于HCV序列)或2′-O-甲基RNA(对于寡聚物序列和子序列)，大写字母表示DNA。“(c9)”表示-(CH₂)₉-接头。下划线表示异源融合序列，例如其启动子或子序列(T₃A₃₀序列未显示下划线)。

注意：在说明书中，上面出现了编号高于SEQ ID NO：75的其它序列。

Claims (119)

1.一种包含至少第一和第二扩增寡聚物的组合物或试剂盒，其中：

所述第一扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO:2的至少10个连续核苷酸并包括SEQ ID NO:2的位置5、7、12和15中的至少一个的靶杂交序列；和

所述第二扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO:3的至少10个连续核苷酸并包括SEQ ID NO:3的位置5、7、12和15中的至少一个的靶杂交序列；和

所述第一和第二扩增寡聚物的靶杂交序列各自包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸。

2.根据权利要求1所述的组合物或试剂盒，其还包含第三扩增寡聚物，其中所述第三扩增寡聚物包含反义丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸，并配置成与HCV基因组位置78的下游特异性杂交。

3.一种检测样品中的丙型肝炎病毒核酸的方法，其包含：

使所述样品与至少第一、第二和第三扩增寡聚物接触，从而形成组合物，

在所述组合物中进行核酸扩增反应，其在丙型肝炎病毒核酸存在下产生一种或多种扩增子，

并且检测所述扩增子，

其中：

所述第一扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO:2的至少10个连续核苷酸并包括SEQ ID NO:2的位置5、7、12和15中的至少一个的靶杂交序列；

所述第二扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO:3的至少10个连续核苷酸并包括SEQ ID NO:3的位置5、7、12和15中的至少一个的靶杂交序列；

所述第三扩增寡聚物包含反义丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸，并配置成与HCV基因组位置78的下游特异性杂交；

所述第一和第二扩增寡聚物的靶杂交序列各自包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸；和

通过在所述丙型肝炎病毒核酸存在下延伸所述第一和第三扩增寡聚物或第二和第三扩增寡聚物产生所述一种或多种扩增子。

4.一种包含至少第一和第二捕获寡聚物的组合物或试剂盒，其中：

所述第一捕获寡聚物包含含有SEQ ID NO:54的至少10个连续核苷酸的靶杂交序列；和

所述第二捕获寡聚物包含含有SEQ ID NO:55的至少10个连续核苷酸的靶杂交序列；和

所述第一和第二捕获寡聚物的靶杂交序列各自包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸。

5.一种从样品中分离丙型肝炎病毒核酸的方法，其包含：

在允许第一和第二捕获寡聚物与所述丙型肝炎病毒核酸退火的条件下使所述样品与至少所述第一和第二捕获寡聚物接触，从而形成至少一种丙型肝炎病毒核酸和捕获寡聚物的复合物；

分离所述至少一种复合物，从而提供包含所述复合物的组合物；

其中：

所述第一捕获寡聚物包含含有SEQ ID NO:54的至少10个连续核苷酸的靶杂交序列；和

所述第二捕获寡聚物包含含有SEQ ID NO:55的至少10个连续核苷酸的靶杂交序列；和

所述第一和第二捕获寡聚物的靶杂交序列各自包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸。

6.根据前述权利要求中任一项所述的试剂盒、组合物或方法，其中所述组合物或试剂盒还包含初始扩增寡聚物，其包含SEQ ID NO:6的至少10个连续核苷酸。

7.根据前述权利要求中任一项所述的试剂盒、组合物或方法，其中所述组合物或试剂盒还包含探针寡聚物，其包含SEQ ID NO:13的至少10个连续核苷酸和丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸。

8.根据权利要求7所述的试剂盒、组合物或方法，其中所述初始扩增寡聚物和探针寡聚物与HCV核酸中的至少一个共同位置退火。

9.一种包含初始扩增寡聚物和探针寡聚物的试剂盒或组合物，其中：

所述初始扩增寡聚物包含SEQ ID NO:6的至少10个连续核苷酸；

所述探针寡聚物包含SEQ ID NO:13的至少10个连续核苷酸；

所述初始扩增寡聚物和探针寡聚物各自包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸；和

所述初始扩增寡聚物和探针寡聚物与HCV核酸中的至少一个共同位置退火。

10.根据权利要求4或7所述的试剂盒或组合物，或根据权利要求5所述的方法，其中所述试剂盒或组合物还包含以下至少1、2或3个：

第一扩增寡聚物，其包含含有丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸的靶杂交序列，被配置成与HCV基因组位置81的上游特异性杂交；

第二扩增寡聚物，其不同于所述第一扩增寡聚物，包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸，被配置成与HCV基因组位置81的上游特异性杂交；和

第三扩增寡聚物，其不同于所述初始扩增寡聚物，包含反义丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸，被配置成与HCV基因组位置90的下游特异性杂交。

11.根据权利要求1至3或6至10中任一项所述的试剂盒、组合物或方法，其中所述试剂盒或组合物还包含一种或多种捕获寡聚物，其包含反义丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸。

12.一种检测样品中的丙型肝炎病毒核酸的方法，其包含：

使所述样品与一种或多种捕获寡聚物和初始扩增寡聚物接触，从而使至少一种捕获寡聚物和扩增寡聚物与HCV核酸(如果存在)缔合；

去除未与所述HCV核酸缔合的初始扩增寡聚物；

进行延伸反应，其延伸与HCV核酸(如果存在)缔合的初始扩增寡聚物；

使用所述延伸的初始扩增寡聚物(如果存在)作为模板进行扩增反应，从而产生扩增子；和

使用探针寡聚物检测所述扩增子的存在与否；

其中所述初始扩增寡聚物包含SEQ ID NO:6的至少10个连续核苷酸；

所述探针寡聚物包含SEQ ID NO:13的至少10个连续核苷酸，并且被配置成与所述扩增子(如果存在)特异性杂交；

所述初始扩增寡聚物和探针寡聚物各自包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸；和

所述初始扩增寡聚物和探针寡聚物与HCV核酸中的至少一个共同位置退火。

13.根据权利要求12所述的方法，其中进行所述扩增反应包含：添加(i)与所述探针寡聚物上游的所述模板或扩增子退火的第一和第二扩增寡聚物中的至少一种，和(ii)配置成与所述探针寡聚物下游的所述模板或扩增子特异性杂交的第三扩增寡聚物；如果存在所述模板，则延伸所述第一和第二扩增寡聚物。

14.根据权利要求9至11或13中任一项所述的试剂盒、组合物或方法，其中所述第一扩增寡聚物包含SEQ ID NO:2的至少10个连续核苷酸。

15.根据权利要求9至11或13至14中任一项所述的试剂盒、组合物或方法，其中所述第二扩增寡聚物包含SEQ ID NO:3的至少10个连续核苷酸。

16.根据权利要求2至15中任一项所述的试剂盒、组合物或方法，其中所述第三扩增寡聚物不在选自至少一种HCV类型的位置120、125、130、135、140、145或150的HCV基因组位置的下游退火。

17.根据权利要求16所述的试剂盒、组合物或方法，其中所述至少一种HCV类型包括HCV类型1a、1b、2b、3b、4b、5a和6a中的一种或多种。

18.根据权利要求2至17中任一项所述的试剂盒、组合物或方法，其中所述第三扩增寡聚物被配置成与包含HCV基因组位置80-119中的至少一个的位点特异性杂交。

19.根据权利要求18所述的试剂盒、组合物或方法，其中所述第三扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO:6或7的至少10个连续核苷酸的靶杂交序列。

20.根据权利要求19所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第三扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO:33-37中的至少一个、两个、三个或四个的靶杂交序列。

21.根据权利要求19或20所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第三扩增寡聚物包含SEQ ID NO:7的至少11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或31个连续核苷酸。

22.根据权利要求21所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第三扩增寡聚物包含SEQID NO:7的序列。

23.根据权利要求2至22中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第三扩增寡聚物包含SEQ ID NO:42-47中的至少一个、两个、三个、四个或五个的序列。

24.根据权利要求23所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第三扩增寡聚物包含SEQID NO:5的序列。

25.根据权利要求1至3、6至8、10至11或13至24中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第一扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO:23-27中的至少一个、两个、三个或四个的靶杂交序列。

26.根据权利要求1至3、6至8、10至11或13至25中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第一扩增寡聚物包含SEQ ID NO:2的至少11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或26个连续核苷酸。

27.根据权利要求26所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第一扩增寡聚物包含SEQID NO:2的序列。

28.根据权利要求1至3、6至8、10至11或13至27中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第二扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO:28-32中的至少一个、两个、三个或四个的靶杂交序列。

29.根据权利要求1至3、6至8、10至11或13至28中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第二扩增寡聚物包含SEQ ID NO:3的至少11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或26个连续核苷酸。

30.根据权利要求29所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第二扩增寡聚物包含SEQID NO:3的序列。

31.根据权利要求1至3、6至8、10至11或13至30中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第一和第二扩增寡聚物以范围介于约8.5:1.5至约1.5:8.5、约7.5:2.5至约2.5:7.5、约8:2至约7:3、约7:3至约6:4、约6:4至约5:5、约5:5至约4:6、约4:6至约3:7或约3:7至约2:8的相对摩尔量(第一:第二)存在。

32.根据权利要求31所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第一和第二扩增寡聚物以范围介于约6:4至约1.5:8.5、约4:6至约6:4或约4.5:5.5至约5.5:4.5的相对摩尔量(第一:第二)存在。

33.根据权利要求4或7至32中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述初始扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO:33-41中的至少一个、两个、三个、四个、五个、六个或七个的靶杂交序列。

34.根据权利要求4或7至33中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述初始扩增寡聚物包含SEQ ID NO:6的至少11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43或44个连续核苷酸。

35.根据权利要求34所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述初始扩增寡聚物包含SEQID NO:6的序列。

36.根据权利要求4或7至35中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述初始扩增寡聚物包含SEQ ID NO:42-47中的至少一个、两个、三个、四个或五个的序列。

37.根据权利要求36所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述初始扩增寡聚物包含SEQID NO:4的序列。

38.根据权利要求7至37中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述探针寡聚物包含含有SEQ ID NO:50-52中的至少一个或两个的靶杂交序列。

39.根据权利要求7至38中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述探针寡聚物包含SEQ ID NO:48或49的序列。

40.根据权利要求7至39中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述探针寡聚物包含SEQ ID NO:12的至少11、12、13、14或15个连续核苷酸。

41.根据权利要求40所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述探针寡聚物包含含有SEQID NO:13的至少11、12、13、14或15个连续核苷酸的靶杂交序列。

42.根据权利要求7至41中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述探针寡聚物包含在其5'端的第一自身互补区和在其3'端的第二自身互补区。

43.根据权利要求42所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述自身互补区可杂交形成约4至7个沃森-克里克或摆动碱基对。

44.根据权利要求43所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述自身互补区可杂交形成约5个沃森-克里克或摆动碱基对。

45.根据权利要求39至44中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述探针寡聚物包含SEQ ID NO:12的序列。

46.根据权利要求45所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述探针寡聚物包含含有SEQID NO:13的序列的靶杂交序列。

47.根据权利要求7至46中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述探针寡聚物包含非核苷酸可检测标记。

48.根据权利要求47所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述非核苷酸可检测标记是荧光标记。

49.根据权利要求47或48所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述探针寡聚物包含猝灭剂。

50.根据权利要求49所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述非核苷酸可检测标记是荧光标记，并且相比于当所述探针与靶核酸退火时，所述猝灭剂在所述探针游离时以更大程度吸收荧光。

51.根据权利要求48至50中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述荧光标记是FAM、HEX或吖啶。

52.根据权利要求49至51中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述猝灭剂是DABCYL或ROX。

53.根据权利要求49至52中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述荧光标记连接于所述探针寡聚物的5'端，所述猝灭剂连接于所述探针寡聚物的3'端，或所述荧光标记连接于所述探针寡聚物的3'端，所述猝灭剂连接于所述探针寡聚物的5'端。

54.根据权利要求7至53中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述探针寡聚物中至少约一半、至少约90％或所有的糖是2'-O-甲基-核糖。

55.根据权利要求4至5或11至54中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述捕获寡聚物包括第一捕获寡聚物，其包含含有SEQ ID NO:54的至少10、11、12、13、14、15、16、17或18个连续核苷酸的靶杂交序列。

56.根据权利要求55所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第一捕获寡聚物的靶杂交序列包含SEQ ID NO:57-59中的至少一个或两个。

57.根据权利要求56所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第一捕获寡聚物包含SEQID NO:54的序列。

58.根据权利要求4至5或11至57中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述捕获寡聚物包括第二捕获寡聚物，其包含含有SEQ ID NO:55的至少10、11、12、13、14、15、16或17个连续核苷酸的靶杂交序列。

59.根据权利要求58所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第二捕获寡聚物的靶杂交序列包含SEQ ID NO:60-62中的至少一个或两个。

60.根据权利要求59所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第二捕获寡聚物包含SEQID NO:55的序列。

61.根据权利要求4至5或11至60中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述捕获寡聚物中的至少一种还包含非核苷酸亲和标记。

62.根据权利要求4至5或11至61中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述捕获寡聚物中的至少一种还包含非HCV序列。

63.根据权利要求60所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第一和第二捕获寡聚物还包含非HCV序列。

64.根据权利要求62或63所述的组合物、试剂盒或方法，其中至少一种或两种捕获寡聚物还包含poly-N序列。

65.根据权利要求64所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述poly-N序列是poly-A或poly-T序列。

66.根据权利要求65所述的组合物、试剂盒或方法，其中至少一种或两种捕获寡聚物包含SEQ ID NO:21或SEQ ID NO:22的序列。

67.根据权利要求66所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第一捕获寡聚物包含SEQID NO:16的序列。

68.根据权利要求66或67所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第二捕获寡聚物包含SEQ ID NO:17的序列。

69.根据前述权利要求中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述试剂盒或组合物包含至少一种扩增寡聚物，其是启动子-引物。

70.根据权利要求2至3、6至8、10至11或13至69中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第三扩增寡聚物是启动子-引物。

71.根据权利要求69至70中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述启动子-引物中的一种或多种包含位于所述靶杂交序列5'的T7启动子。

72.根据权利要求71所述的组合物、试剂盒或方法，其中一种或多种启动子-引物包含SEQ ID NO:8、9、10或11的序列。

73.根据权利要求1至3或6至72中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中至少一种扩增寡聚物包含非核苷酸可检测标记。

74.根据权利要求4或6至73中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述初始扩增和探针寡聚物各自与HCV基因组中位置86-95的至少1、2、3、4、5、6、7、8或9个或其互补序列退火。

75.根据前述权利要求中任一项所述的组合物或方法，其中所述组合物还包含HCV核酸。

76.根据前述权利要求中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述组合物或试剂盒还包含至少一种DNA聚合酶。

77.根据权利要求76所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述DNA聚合酶是逆转录酶。

78.根据权利要求76或77所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述DNA聚合酶是嗜热的。

79.根据权利要求76或77所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述DNA聚合酶是嗜温的。

80.根据前述权利要求中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述组合物或试剂盒还包含RNA聚合酶。

81.根据权利要求80所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述RNA聚合酶是T7 RNA聚合酶。

82.根据前述权利要求中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述组合物或试剂盒还包含Mg2+、缓冲液和dNTP中的至少一种、至少两种或每种。

83.根据前述权利要求中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述组合物或试剂盒还包含rNTP。

84.根据前述权利要求中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述组合物或试剂盒还包含第一对照扩增寡聚物和第二对照扩增寡聚物，其不与HCV特异性杂交。

85.根据权利要求84所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第一对照扩增寡聚物包含SEQ ID NO:18的序列的至少10、11、12、13、14、15、16、17、18或19个连续核苷酸。

86.根据权利要求84或85所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第二对照扩增寡聚物包含SEQ ID NO:56的序列的至少10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22个连续核苷酸。

87.根据权利要求84至86中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述第一对照扩增寡聚物或第二对照扩增寡聚物是启动子-引物。

88.根据权利要求84至87中任一项所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述组合物或试剂盒还包含至少一种能够与由所述第一和第二对照扩增寡聚物产生的扩增子特异性杂交的对照探针寡聚物。

89.根据权利要求88所述的组合物、试剂盒或方法，其中所述对照探针寡聚物包含SEQID NO:20的序列的至少10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23个连续核苷酸。

90.根据前述权利要求中任一项所述的方法、组合物或寡聚物，其中一种、两种、三种或更多种靶杂交序列包含丙型肝炎病毒序列的至少约15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个连续核苷酸。

91.根据权利要求12至90中任一项所述的方法，其还包含进行线性扩增，其中延伸至少一种扩增寡聚物。

92.根据权利要求91所述的方法，其中在所述线性扩增之前，所述扩增寡聚物与HCV核酸和捕获寡聚物的复合物缔合，并且所述复合物与固体支撑物缔合，并且所述方法包含洗涤所述固体支撑物。

93.根据权利要求92所述的方法，其中所述固体支撑物是微珠群。

94.根据权利要求93所述的方法，其中所述群体的微珠是磁性的。

95.根据权利要求91至93中任一项所述的方法，其中在所述洗涤步骤之后，所述方法包含将一种或多种相反取向的另外的扩增寡聚物添加到与HCV核酸和所述捕获寡聚物的所述复合物缔合的扩增寡聚物上。

96.根据权利要求95所述的方法，其中一种或多种相反取向的另外的扩增寡聚物是启动子-引物。

97.根据权利要求96所述的方法，其中一种或多种相反取向的另外的扩增寡聚物不是启动子-引物。

98.根据权利要求97所述的方法，其中所述一种或多种相反取向的另外的扩增寡聚物包括如权利要求1、10、13、14或25至27中任一项所述的第一扩增寡聚物。

99.根据权利要求97或98所述的方法，其中所述一种或多种相反取向的另外的扩增寡聚物包括如权利要求1、10、13、15或28至30中任一项所述的第二扩增寡聚物。

100.根据权利要求90至99中任一项所述的方法，其还包含在所述线性扩增后进行指数扩增。

101.根据权利要求100所述的方法，其中所述指数扩增包含延伸如权利要求2、10、13、16或18至24中任一项所述的第三扩增寡聚物。

102.根据权利要求100或101所述的方法，其中所述指数扩增是等温扩增。

103.根据权利要求102所述的方法，其中所述等温扩增是转录介导的扩增。

104.根据权利要求3、6至8或11至103中任一项所述的方法，其还包含定量由所述方法产生的至少一种扩增子。

105.根据权利要求104所述的方法，其中实时定量所述扩增子。

106.一种初始扩增寡聚物，其包含启动子和3'端靶杂交序列，其中所述靶杂交序列包含SEQ ID NO:6的至少10个连续核苷酸和丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸。

107.根据权利要求106所述的初始扩增寡聚物，其是如权利要求33至37中任一项所述的初始扩增寡聚物。

108.根据权利要求107所述的初始扩增寡聚物，其包含T7启动子。

109.根据权利要求107所述的初始扩增寡聚物，其包含SEQ ID NO:8、9、10或11的序列。

110.根据权利要求106至109中任一项所述的初始扩增寡聚物，其被配置成与包含HCV基因组位置81-92中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个的位置特异性杂交。

111.根据权利要求110所述的初始扩增寡聚物，其被配置成与包含HCV基因组位置81-89中的至少1、2、3、4、5、6、7、8或9个的位置特异性杂交。

112.一种探针寡聚物，其包含SEQ ID NO:13的至少10个连续核苷酸和丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸。

113.根据权利要求112所述的探针寡聚物，其是如权利要求38至54中任一项所述的探针寡聚物。

114.根据权利要求112或113所述的探针寡聚物，其被配置成与包含HCV基因组位置81-92中的至少6、7、8、9、10、11或12个的位置特异性杂交。

115.根据权利要求112至114中任一项所述的探针寡聚物，其被配置成与包含HCV基因组位置81-96中的至少11、12、13、14、15或16个的位置特异性杂交。

116.一种试剂盒，其是根据权利要求1至2、4、6至9或14至90中任一项所述。

117.一种组合物，其是根据权利要求1至2、4、6至9或14至90中任一项所述。

118.根据权利要求117所述的组合物，其是含水的、冷冻的或冻干的。

119.根据权利要求117或118所述的组合物，其还包含初始扩增寡聚物的延伸产物，所述延伸产物包含权利要求106至111中任一项所述的初始扩增寡聚物的序列和丙型肝炎核酸序列的至少1、2、3、4、5、10、15或20个另外的3'端核苷酸。