JP7469286B2 - C型肝炎ウイルスを検出または定量するための組成物および方法 - Google Patents
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Description
本出願は、2016年10月19日に出願された米国仮特許出願第62/410,188号の利益を主張し、その内容は参照により本明細書に組み込まれる。
第1および第2の増幅オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列はそれぞれ、C型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含み、
1つ以上のアンプリコンは、C型肝炎ウイルス核酸の存在下での第1および第3の増幅オリゴマーまたは第2および第3の増幅オリゴマーの伸長を通して産生される。
第2の捕獲オリゴマーは、配列番号55のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、第1および第2の捕獲オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列はそれぞれ、C型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含む。
HCVゲノム81位の上流に特異的にハイブリダイズするように構成された、C型肝炎ウイルス配列の少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含む、第1の増幅オリゴマーとは異なる第2の増幅オリゴマーと、
HCVゲノムの90位の下流に特異的にハイブリダイズするように構成された、アンチセンスC型肝炎ウイルス配列の少なくとも約14の連続したヌクレオチドを含む、初期増幅オリゴマーとは異なる第3の増幅オリゴマーと、のうちの少なくとも1、2、または3つをさらに含む。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される:
(項目1)
少なくとも第1および第2の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
前記第1の増幅オリゴマーは、配列番号2の5、7、12、および15位のうちの少なくとも1つを含む、配列番号2のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第2の増幅オリゴマーは、配列番号3の5、7、12、および15位のうちの少なくとも1つを含む、配列番号3のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第1および第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列はそれぞれ、C型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含む、組成物またはキット。
(項目2)
第3の増幅オリゴマーをさらに含み、前記第3の増幅オリゴマーは、アンチセンスC型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含み、HCVゲノムの78位の下流に特異的にハイブリダイズするように構成されている、項目1に記載の組成物またはキット。
(項目3)
試料中のC型肝炎ウイルス核酸を検出する方法であって、
前記試料を少なくとも第1、第2、および第3の増幅オリゴマーと接触させ、それによって組成物を形成することと、
C型肝炎ウイルス核酸の存在下で1つ以上のアンプリコンを産生する核酸増幅反応を前記組成物中で実施することと、
前記アンプリコンを検出することと、を含み、
前記第1の増幅オリゴマーは、配列番号2の5、7、12、および15位のうちの少なくとも1つを含む、配列番号2のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第2の増幅オリゴマーは、配列番号3の5、7、12、および15位のうちの少なくとも1つを含む、配列番号3のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第3の増幅オリゴマーは、アンチセンスC型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含み、HCVゲノムの78位の下流に特異的にハイブリダイズするように構成され、
前記第1および第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列はそれぞれ、C型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含み、
前記1つ以上のアンプリコンは、前記C型肝炎ウイルス核酸の存在下での前記第1および第3の増幅オリゴマーまたは第2および第3の増幅オリゴマーの伸長を通して産生される、方法。
(項目4)
少なくとも第1および第2の捕獲オリゴマーを含む組成物またはキットであって、前記第1の捕獲オリゴマーは、配列番号54のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第2の捕獲オリゴマーは、配列番号55のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第1および第2の捕獲オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列はそれぞれ、C型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含む、組成物またはキット。
(項目5)
試料からC型肝炎ウイルス核酸を単離する方法であって、
前記試料を少なくとも第1および第2の捕獲オリゴマーと、前記第1および第2の捕獲オリゴマーのC型肝炎ウイルス核酸へのアニーリングを許容する条件下で接触させ、それによってC型肝炎ウイルス核酸と捕獲オリゴマーとの少なくとも1つの複合体を形成することと、前記少なくとも1つの複合体を単離し、それによって前記複合体を含む組成物を提供することと、を含み、
前記第1の捕獲オリゴマーは、配列番号54のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第2の捕獲オリゴマーは、配列番号55のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第1および第2の捕獲オリゴマーの標的ハイブリダイズ配列はそれぞれ、C型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含む、方法。
(項目6)
前記組成物またはキットが、配列番号6のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含む初期増幅オリゴマーをさらに含む、項目1~5のいずれか一項に記載のキット、組成物、または方法。
(項目7)
前記組成物またはキットが、配列番号13のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドおよびC型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含むプローブオリゴマーをさらに含む、項目1~6のいずれか一項に記載のキット、組成物、または方法。
(項目8)
前記初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーが、HCV核酸中の少なくとも1つの共通の位置にアニールする、項目7に記載のキット、組成物、または方法。
(項目9)
初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーを含むキットまたは組成物であって、
前記初期増幅オリゴマーは、配列番号6のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含み、
前記プローブオリゴマーは、配列番号13のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含み、
前記初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーはそれぞれ、C型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含み、
前記初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーは、HCV核酸中の少なくとも1つの共通の位置にアニールする、キットまたは組成物。
(項目10)
キットまたは組成物が、
HCVゲノムの81位の上流に特異的にハイブリダイズするように構成された、C型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含む第1の増幅オリゴマーと、
HCVゲノムの81位の上流に特異的にハイブリダイズするように構成された、C型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含む、前記第1の増幅オリゴマーとは異なる第2の増幅オリゴマーと、
HCVゲノムの90位の下流に特異的にハイブリダイズするように構成された、アンチセンスC型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含む、初期増幅オリゴマーとは異なる第3の増幅オリゴマーと、のうちの少なくとも1、2、または3つをさらに含む、項目4もしくは7に記載のキットもしくは組成物、または項目5に記載の方法。
(項目11)
キットまたは組成物が、アンチセンスC型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含む1つ以上の捕獲オリゴマーをさらに含む、項目1~3または6~10のいずれか一項に記載のキット、組成物、または方法。
(項目12)
試料中のC型肝炎ウイルス核酸を検出する方法であって、
前記試料を1つ以上の捕獲オリゴマーおよび初期増幅オリゴマーと接触させ、それによって少なくとも1つの捕獲オリゴマーおよび増幅オリゴマーを、存在する場合、HCV核酸と会合させことと、
前記HCV核酸と会合していない初期増幅オリゴマーを除去することと、
存在する場合、HCV核酸と会合した初期増幅オリゴマーを伸長する伸長反応を実施することと、
存在する場合、伸長した初期増幅オリゴマーを鋳型として用いて増幅反応を実施し、それによってアンプリコンを産生することと、
プローブオリゴマーを用いて前記アンプリコンの有無を検出することと、を含み、
前記初期増幅オリゴマーは、配列番号6のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含み、
前記プローブオリゴマーは、配列番号13のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含み、存在する場合、前記アンプリコンに特異的にハイブリダイズするように構成され、
前記初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーはそれぞれ、C型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含み、
前記初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーは、HCV核酸中の少なくとも1つの共通の位置にアニールする、方法。
(項目13)
前記増幅反応を実施することが、(i)前記プローブオリゴマーの上流で前記鋳型またはアンプリコンにアニールする前記第1および第2の増幅オリゴマーのうちの少なくとも一方、および(ii)前記プローブオリゴマーの下流で前記鋳型またはアンプリコンに特異的にハイブリダイズするように構成された第3の増幅オリゴマーを付加することと、
前記鋳型が存在する場合、前記第1および第2の増幅オリゴマーを伸長させることと、を含む、項目12に記載の方法。
(項目14)
前記第1の増幅オリゴマーが、配列番号2のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含む、項目9~11または13のいずれか一項に記載のキット、組成物、または方法。
(項目15)
前記第2の増幅オリゴマーが、配列番号3のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含む、項目9~11または13~14のいずれか一項に記載のキット、組成物、または方法。
(項目16)
前記第3の増幅オリゴマーが、少なくとも1つのHCV型において120、125、130、135、140、145、または150位から選択されるHCVゲノム位置の下流でアニールしない、項目2~15のいずれか一項に記載のキット、組成物、または方法。(項目17)
前記少なくとも1つのHCV型が、HCV型1a、1b、2b、3b、4b、5a、および6aのうちの1つ以上を含む、項目16に記載のキット、組成物、または方法。
(項目18)
前記第3の増幅オリゴマーが、HCVゲノム80~119位のうちの少なくとも1つを含む部位に特異的にハイブリダイズするように構成されている、項目2~17のいずれか一項に記載のキット、組成物、または方法。
(項目19)
前記第3の増幅オリゴマーが、配列番号6または7のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目18に記載のキット、組成物、または方法。
(項目20)
前記第3の増幅オリゴマーが、配列番号33~37のうちの少なくとも1、2、3、または4つを含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目19に記載の組成物、キット、または方法。
(項目21)
前記第3の増幅オリゴマーが配列番号7のうちの少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、または31個の連続したヌクレオチドを含む、項目19または20に記載の組成物、キット、または方法。
(項目22)
前記第3の増幅オリゴマーが配列番号7の配列を含む、項目21に記載の組成物、キット、または方法。
(項目23)
前記第3の増幅オリゴマーが、配列番号42~47のうちの少なくとも1、2、3、4、または5つの配列を含む、項目2~22のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目24)
前記第3の増幅オリゴマーが配列番号5の配列を含む、項目23に記載の組成物、キット、または方法。
(項目25)
前記第1の増幅オリゴマーが、配列番号23~27のうちの少なくとも1、2、3、または4つを含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目1~3、6~8、10~11、または13~24のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目26)
前記第1の増幅オリゴマーが配列番号2のうちの少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、または26個の連続したヌクレオチドを含む、項目1~3、6~8、10~11、または13~25のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目27)
前記第1の増幅オリゴマーが配列番号2の配列を含む、項目26に記載の組成物、キット、または方法。
(項目28)
前記第2の増幅オリゴマーが、配列番号28~32のうちの少なくとも1、2、3、または4つを含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目1~3、6~8、10~11、または13~27のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目29)
前記第2の増幅オリゴマーが配列番号3のうちの少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、または26個の連続したヌクレオチドを含む、項目1~3、6~8、10~11、または13~28のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目30)
前記第2の増幅オリゴマーが配列番号3の配列を含む、項目29に記載の組成物、キット、または方法。
(項目31)
前記第1および第2の増幅オリゴマーが、約8.5:1.5~約1.5:8.5、約7.5:2.5~約2.5:7.5、約8:2~約7:3、約7:3~約6:4、約6:4~約5:5、約5:5~約4:6、約4:6~約3:7、または約3:7~約2:8の範囲の相対モル量(第1:第2)で存在する、項目1~3、6~8、10~11、または13~30のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目32)
前記第1および第2の増幅オリゴマーが、約6:4~約1.5:8.5、約4:6~約6:4、または約4.5:5.5~約5.5:4.5の範囲の相対モル量(第1:第2)で存在する、項目31に記載の組成物、キット、または方法。
(項目33)
前記初期増幅オリゴマーが、配列番号33~41のうちの少なくとも1、2、3、4、5、6、または7つを含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目4または7~32のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目34)
前記初期増幅オリゴマーが、配列番号6のうちの少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、または44個の連続したヌクレオチドを含む、項目4または7~33のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目35)
前記初期増幅オリゴマーが配列番号6の配列を含む、項目34に記載の組成物、キット、または方法。
(項目36)
前記初期増幅オリゴマーが、配列番号42~47のうちの少なくとも1、2、3、4、または5つの配列を含む、項目4または7~35のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目37)
前記初期増幅オリゴマーが配列番号4の配列を含む、項目36に記載の組成物、キット、または方法。
(項目38)
前記プローブオリゴマーが、配列番号50~52のうちの少なくとも1つまたは2つを含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目7~37のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目39)
前記プローブオリゴマーが、配列番号48または49の配列を含む、項目7~38のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目40)
前記プローブオリゴマーが、配列番号12のうちの少なくとも11、12、13、14、または15個の連続したヌクレオチドを含む、項目7~39のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目41)
前記プローブオリゴマーが、配列番号13の少なくとも11、12、13、14、または15個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目40に記載の組成物、キット、または方法。
(項目42)
前記プローブオリゴマーが、その5’末端に第1の自己相補的領域およびその3’末端に第2の自己相補的領域を含む、項目7~41のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目43)
前記自己相補的領域がハイブリダイズして、約4~7個のワトソン-クリック塩基対またはゆらぎ塩基対を形成し得る、項目42に記載の組成物、キット、または方法。
(項目44)
前記自己相補的領域がハイブリダイズして、約5個のワトソン-クリック塩基対またはゆらぎ塩基対を形成し得る、項目43に記載の組成物、キット、または方法。
(項目45)
前記プローブオリゴマーが配列番号12の配列を含む、項目39~44のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目46)
前記プローブオリゴマーが、配列番号13の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む、項目45に記載の組成物、キット、または方法。
(項目47)
前記プローブオリゴマーが、非ヌクレオチド検出可能標識を含む、項目7~46のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目48)
前記非ヌクレオチド検出可能標識が蛍光標識である、項目47に記載の組成物、キット、または方法。
(項目49)
前記プローブオリゴマーが消光剤を含む、項目47または48に記載の組成物、キット、または方法。
(項目50)
前記非ヌクレオチド検出可能標識が蛍光標識であり、前記消光剤は、前記プローブが遊離しているときに、前記プローブが標的核酸にアニールされているときよりも大きな程度で蛍光を吸収する、項目49に記載の組成物、キット、または方法。
(項目51)
前記蛍光標識がFAM、HEX、またはアクリジンである、項目48~50のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目52)
前記消光剤がDABCYLまたはROXである、項目49~51のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目53)
前記蛍光標識がプローブオリゴマーの5’末端に付着し、前記消光剤がプローブオリゴマーの3’末端に付着するか、または前記蛍光標識がプローブオリゴマーの3’末端に付着し、前記消光剤がプローブオリゴマーの5’末端に付着する、項目49~52のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目54)
前記プローブオリゴマー中の糖のうちの少なくとも約半分、少なくとも約90%、または全てが、2’-O-メチル-リボースである、項目7~53のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目55)
前記捕獲オリゴマーが、配列番号54のうちの少なくとも10、11、12、13、14、15、16、17、または18個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含む第1の捕獲オリゴマーを含む、項目4~5または11~54のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目56)
前記第1の捕獲オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号57~59のうちの少なくとも1つまたは2つを含む、項目55に記載の組成物、キット、または方法。
(項目57)
前記第1の捕獲オリゴマーが配列番号54の配列を含む、項目56に記載の組成物、キット、または方法。
(項目58)
前記捕獲オリゴマーが、配列番号55のうちの少なくとも10、11、12、13、14、15、16、または17個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含む第2の捕獲オリゴマーを含む、項目4~5または11~57のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目59)
前記第2の捕獲オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、配列番号60~62のうちの少なくとも1つまたは2つを含む、項目58に記載の組成物、キット、または方法。
(項目60)
前記第2の捕獲オリゴマーが配列番号55の配列を含む、項目59に記載の組成物、キット、または方法。
(項目61)
前記捕獲オリゴマーのうちの少なくとも1つが非ヌクレオチド親和性標識をさらに含む、項目4~5または11~60のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目62)
前記捕獲オリゴマーのうちの少なくとも1つが、非HCV配列をさらに含む、項目4~5または11~61のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目63)
前記第1および第2の捕獲オリゴマーが非HCV配列をさらに含む、項目60に記載の組成物、キット、または方法。
(項目64)
捕獲オリゴマーの少なくとも1つまたは2つがポリ-N配列をさらに含む、項目62または63に記載の組成物、キット、または方法。
(項目65)
前記ポリ-N配列が、ポリ-Aまたはポリ-T配列である、項目64に記載の組成物、キット、または方法。
(項目66)
捕獲オリゴマーの少なくとも1つまたは2つが配列番号21または配列番号22の配列を含む、項目65に記載の組成物、キット、または方法。
(項目67)
前記第1の捕獲オリゴマーが配列番号16の配列を含む、項目66に記載の組成物、キット、または方法。
(項目68)
前記第2の捕獲オリゴマーが配列番号17の配列を含む、項目66または67に記載の組成物、キット、または方法。
(項目69)
前記キットまたは組成物が、プロモーター-プライマーである少なくとも1つの増幅オリゴマーを含む、項目1~68のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目70)
前記第3の増幅オリゴマーがプロモーター-プライマーである、項目2~3、6~8、10~11、または13~69のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目71)
前記プロモーター-プライマーのうちの1つ以上が、標的ハイブリダイズ配列の5’位に位置するT7プロモーターを含む、項目69~70のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目72)
1つ以上のプロモーター-プライマーが配列番号8、9、10、または11の配列を含む、項目71に記載の組成物、キット、または方法。
(項目73)
少なくとも1つの増幅オリゴマーが非ヌクレオチド検出可能標識を含む、項目1~3または6~72のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目74)
前記初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーがそれぞれ、HCVゲノムまたはその相補体における86~95位のうちの少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、または9個にアニールする、項目4または6~73のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目75)
前記組成物がHCV核酸をさらに含む、項目1~74のいずれか一項に記載の組成物または方法。
(項目76)
前記組成物またはキットが少なくとも1つのDNAポリメラーゼをさらに含む、項目1~75のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目77)
前記DNAポリメラーゼが逆転写酵素である、項目76に記載の組成物、キット、または方法。
(項目78)
前記DNAポリメラーゼが好熱性である、項目76または77に記載の組成物、キット、または方法。
(項目79)
前記DNAポリメラーゼが中温性である、項目76または77に記載の組成物、キット、または方法。
(項目80)
前記組成物またはキットがRNAポリメラーゼをさらに含む、項目1~79のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目81)
前記RNAポリメラーゼがT7 RNAポリメラーゼである、項目80に記載の組成物、キット、または方法。
(項目82)
前記組成物またはキットが、Mg2+、緩衝液、およびdNTPのうちの少なくとも1つ、少なくとも2つ、またはそれらの各々をさらに含む、項目1~81のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目83)
前記組成物またはキットが、rNTPをさらに含む、項目1~82のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目84)
前記組成物またはキットが、HCVに特異的にハイブリダイズしない第1の対照増幅オリゴマーおよび第2の対照増幅オリゴマーをさらに含む、項目1~83のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目85)
前記第1の対照増幅オリゴマーが、配列番号18の配列うちの少なくとも10、11、12、13、14、15、16、17、18、または19個の連続したヌクレオチドを含む、項目84に記載の組成物、キット、または方法。
(項目86)
前記第2の対照増幅オリゴマーが、配列番号56の配列のうちの少なくとも10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、または22個の連続したヌクレオチドを含む、項目84または85に記載の組成物、キット、または方法。
(項目87)
前記第1の対照増幅オリゴマーまたは前記第2の対照増幅オリゴマーが、プロモーター-プライマーである、項目84~86のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目88)
前記組成物またはキットが、前記第1および第2の対照増幅オリゴマーから産生されるアンプリコンに特異的にハイブリダイズすることができる少なくとも1つの対照プローブオリゴマーをさらに含む、項目84~87のいずれか一項に記載の組成物、キット、または方法。
(項目89)
前記対照プローブオリゴマーが、配列番号20の配列のうちの少なくとも10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、または23個の連続したヌクレオチドを含む、項目88に記載の組成物、キット、または方法。
(項目90)
1つ、2つ、3つ、またはそれ以上の標的ハイブリダイズ配列が、C型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25個の連続したヌクレオチドを含む、項目1~89のいずれか一項に記載の方法、組成物、またはオリゴマー。
(項目91)
少なくとも1つの増幅オリゴマーが伸長される線形増幅を実施することをさらに含む、項目12~90のいずれか一項に記載の方法。
(項目92)
前記線形増幅の前に、前記増幅オリゴマーがHCV核酸と捕獲オリゴマーとの複合体と会合し、前記複合体が固体支持体と会合し、前記方法が前記固体支持体を洗浄することを含む、項目91に記載の方法。
(項目93)
前記固体支持体がマイクロビーズの集団である、項目92に記載の方法。
(項目94)
前記集団の前記マイクロビーズが磁性である、項目93記載の方法。
(項目95)
洗浄ステップに続いて、前記方法が、HCV核酸と捕獲オリゴマーとの複合体と会合した増幅オリゴマーに対して反対向きの1つ以上のさらなる増幅オリゴマーを付加することを含む、項目91~93のいずれか一項に記載の方法。
(項目96)
1つ以上の反対向きのさらなる増幅オリゴマーがプロモーター-プライマーである、項目95に記載の方法。
(項目97)
1つ以上の反対向きのさらなる増幅オリゴマーがプロモーター-プライマーではない、項目96に記載の方法。
(項目98)
前記1つ以上の反対向きのさらなる増幅オリゴマーが、項目1、10、13、14、または25~27のいずれか一項に記載の第1の増幅オリゴマーを含む、項目97に記載の方法。
(項目99)
前記1つ以上の反対向きのさらなる増幅オリゴマーが、項目1、10、13、15、または28~30のいずれか一項に記載の第2の増幅オリゴマーを含む、項目97または98に記載の方法。
(項目100)
前記線形増幅に続いて指数関数的増幅を実施することをさらに含む、項目90~99のいずれか一項に記載の方法。
(項目101)
前記指数関数的増幅が、項目2、10、13、16、または18~24のいずれか一項に記載の第3の増幅オリゴマーを伸長させることを含む、項目100に記載の方法。
(項目102)
前記指数関数的増幅が等温増幅である、項目100または101に記載の方法。
(項目103)
前記等温増幅が転写媒介増幅である、項目102に記載の方法。
(項目104)
前記方法によって産生された少なくとも1つのアンプリコンを定量することをさらに含む、項目3、6~8、または11~103のいずれか一項に記載の方法。
(項目105)
前記アンプリコンがリアルタイムで定量化される、項目104に記載の方法。
(項目106)
プロモーターおよび3’末端標的ハイブリダイズ配列を含む初期増幅オリゴマーであって、前記標的ハイブリダイズ配列は、配列番号6のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドおよびC型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含む、初期増幅オリゴマー。
(項目107)
項目33~37のいずれか一項に記載の初期増幅オリゴマーである、項目106に記載の初期増幅オリゴマー。
(項目108)
T7プロモーターを含む、項目107に記載の初期増幅オリゴマー。
(項目109)
配列番号8、9、10、または11の配列を含む、項目107に記載の初期増幅オリゴマー。
(項目110)
HCVゲノム81~92位のうちの少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個を含む位置に特異的にハイブリダイズするように構成されている、項目106~109のいずれか一項に記載の初期増幅オリゴマー。
(項目111)
HCVゲノム81~89位のうちの少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、または9個を含む位置に特異的にハイブリダイズするように構成されている、項目110に記載の初期増幅オリゴマー。
(項目112)
配列番号13のうちの少なくとも10個の連続したヌクレオチドおよびC型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約14個の連続したヌクレオチドを含むプローブオリゴマー。(項目113)
項目38~54のいずれか一項に記載のプローブオリゴマーである、項目112に記載のプローブオリゴマー。
(項目114)
HCVゲノム81~92位のうちの少なくとも6、7、8、9、10、11、または12個を含む位置に特異的にハイブリダイズするように構成されている、項目112または113に記載のプローブオリゴマー。
(項目115)
HCVゲノム81~96位のうちの少なくとも11、12、13、14、15、または16個を含む位置に特異的にハイブリダイズするように構成されている、項目112~114のいずれか一項に記載のプローブオリゴマー。
(項目116)
項目1~2、4、6~9、または14~90のいずれか一項に記載のキット。
(項目117)
項目1~2、4、6~9、または14~90のいずれか一項に記載の組成物。
(項目118)
水性、凍結型、または凍結乾燥型である、項目117に記載の組成物。
(項目119)
初期増幅オリゴマーの伸長産物をさらに含み、前記伸長産物は項目106~111のいずれか一項に記載の初期増幅オリゴマーの配列と、C型肝炎核酸配列のうちの少なくとも1、2、3、4、5、10、15、または20個のさらなる3’末端ヌクレオチドとを含む、項目117または118に記載の組成物。
本教示を詳細に説明する前に、本開示は特定の組成物またはプロセスステップに限定されず、それ自体は変化し得ることを理解されたい。本明細書および添付の特許請求の範囲で使用されるように、単数形「a」、「an」および「the」は、文脈が明らかにそうでないことを指示しない限り、複数の言及を含むことに留意されたい。したがって、例えば、「1つのオリゴマー」への言及は複数のオリゴマーなどを含む。
本開示は、試料からのHCVを増幅、検出、または定量するのに有用なオリゴマー、組成物、およびキットを提供する。
本明細書に開示するいかなる方法も、本方法の目的に差し向けられた本方法に関与する材料の対応する使用の開示としても理解されることになっている。HCV配列を含むオリゴマーのうちのいかなるもの、およびこのようなオリゴマーを含むいかなる組み合わせ(例えば、キットおよび組成物)も、HCVを検出または定量する上での使用のために、およびHCVを検出または定量するための組成物の調製における使用のために、開示されもするものとして理解されることになっている。
HCVの5’非翻訳領域(UTR)を、遺伝子型にわたってHCVを検出するためのアッセイ標的として選択した。この領域の保存された性質は、類似のプライマーおよび検出プローブを用いてHCVの複数の遺伝子型を検出することができる遺伝子検査を可能にすると考えられた。5’-UTRの長さは、HCV遺伝子型間で約90%の相同性の341塩基長である。5’UTRは、ウイルスRNA複製に必要とされるが、翻訳に必須ではない。
HCV配列からアラインメントを創出し、Los Alamosデータベース(2008)(hcv.lanl.gov)由来の配列を含む種々のHCV遺伝子型のうちの配列差を同定した。初期セットのオリゴマーを、5’末端から約塩基50で開始する、遺伝子型のうちで約90%相同である領域であるC型肝炎ウイルスポリタンパク質前駆体(HCV-1)の5’UTR領域を標的とするよう設計した。本明細書で説明するプライマー配列は、誤対合を有さないHCV-1a mRNAゲノム配列(GenBank受託番号M62321)(配列番号75)と整列させる。
新たなオリゴマー設計を行った。プローブについて図1の左側の四角で囲んだ領域を含む代替的な領域を標的とし、これは、HCV遺伝子型全部と対合した。非T7およびT7をこのプローブ領域の周りに設計した。高C鎖を含有するオリゴマー設計のための貧弱な領域を図1の一番右側の四角で囲んだ領域に示す。この領域におけるオリゴマーまたはこの領域にわたって増幅するオリゴマーは、増幅しなかったかまたは非常に貧弱な増幅を示した。
元来のオリゴマーセットにより、HCVトーチ68~86は、HCV 3aおよびHCV 3b配列との2つの誤対合を有していた。数個の配列を、完全対合領域において検査し(図1の左側の四角)、いくつかは、配列を有するまたは有さない対合領域の縁部においてCのものと対合していた。元来のトーチHCV68~86配列を1つずつ、HCV80~98 5st a(+)(5‘-CUAGCCAUGGCGUUAGUAU-(c9)-gcuag(配列番号216))と比較し、この比較は、出現曲線がHCV 3aとは劇的に異なっていることを示す(図7)。
T7配列を元来のオリゴマーセット、HCVトーチ68~86、およびHCV非T7 50~66で検査する実験を、標準的なTMAフォーマットを用いた一本鎖HCV増幅において実施した。HCV 1aについての較正曲線をT7配列における変化を用いて実施し、図10において示されるT7配列による出現時間に対する依存性を明らかにした。T7 99-119(5’-
内部対照オリゴマーの組込みは、次のセットのオリゴマー、すなわち、T7 95-119、NT7 52-78、および80-98-aトーチを用いて検査した。
表2のオリゴマーセットを用いたHCV遺伝子型2b、3a、3b、4h、5aおよび6aについてのpBluescript IVTのHCV遺伝子型定量を、HCV 1a較正因子との定量差としてプロットした(図20)。HCV 1a較正因子との□0.25対数差におけるHCV遺伝子型の定量を達成した。
HCV定量アッセイを、特異的標的捕獲およびリアルタイム検出と組み合わせた二相性TMAを用いて設計および実施した。アッセイは、第1回の伸長および線形増幅のための標的捕獲試薬(TCR)における長いHCV T7初期増幅オリゴマーと、増幅試薬における2つのHCV NT7オリゴマーとを用いる。プロモーター試薬における第2のHCV T7は、HCV標的の指数関数的増幅に用いられる。FAMで標識され、Dabcylで消光される、プロモーター試薬中のHCVプローブは、リアルタイム蛍光検出に用いられる。
1.所与のプライマーまたはオリゴマー配列内での2を超える誤対合。
2.データベースにおいて1回を超えて生じる突然変異体配列全部を構築および検査した。
3.一般的な突然変異。例えば、位置「x」において「t」の代わりに「g」が共通してみられた場合、これらの型の突然変異の部分セットを作製した。この型の単一塩基突然変異は非常に一般的なので、部分セットのみを作製した。
4.欠失および挿入がなされて検査されたことを選択する。
これらのデータは、HCV 0327b(-)捕獲オリゴマーが使用されていないことを除き、表2に呈されるようなオリゴマーのセットを用いて発生させた。
本実施例におけるデータは、HCV 0327b(-)捕獲オリゴマーを使用していないことを除き、表2におけるオリゴマーのセットを用いて発生させた。
標的捕獲に関して性能に影響するかどうかについて、第2のTCOであるHCV 0327b(-)dT3dA30(配列番号17)を評価した。以下の実験はすべて、別段の記載がない限り、HCV 0327b(-)dT3dA30を6pmol/反応で用いて検査した。
ウイルス(A型肝炎、B型肝炎、単純ヘルペス1型、単純ヘルペス2型、パルボウイルス、ルベラ、デング2型、デング3型、デング4型、エプスタイン・バー、および西ナイル)については105粒子形成単位(PFU)/mLまたは50%組織培養感染量(TCID50)の、微生物(C.albicans、C.diphtheriae、P.acnes、S.aureus、S.epidermis、S.pneumoniae)については106コロニー形成単位(CFU)/mLのIAC(内部対照緩衝液)へと刺激されたウイルスおよび微生物のパネルに対する微生物交差反応性について含まれた0327b TCOを用いて検査を行った。陽性結果はHCV核酸の不在下では得られなかった。HCV(2.3対数コピー/ml)の存在下で、パネルにおけるいかなるウイルスまたは微生物からも有意な干渉はなかった(すなわち、定量は、刺激した試料全部についての対照の0.25対数以内とした)。
Claims (22)
- 少なくとも第1および第2の増幅オリゴマーを含む組成物またはキットであって、
前記第1の増幅オリゴマーは、配列番号2の5、7、12、および15位を含むヌクレオチド配列の少なくとも一部を含む、配列番号2のうちの少なくとも16個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第2の増幅オリゴマーは、配列番号3の5、7、12、および15位を含むヌクレオチド配列の少なくとも一部を含む、配列番号3のうちの少なくとも16個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、
前記第1および前記第2の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列はそれぞれ、C型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも16個の連続したヌクレオチドを含み、
前記キットまたは組成物は、(i)プロモータープライマーである増幅オリゴマー、または(ii)相補的増幅配列にハイブリダイズし、かつ、非ヌクレオチド検出可能標識を含み、および/もしくは、そのうちの糖部分の少なくとも半分が2’-O-メチル-リボースであるプローブオリゴマー、の少なくとも1つを含む、組成物またはキット。 - 前記第1の増幅オリゴマーは、配列番号23~27のうちの少なくとも1、2、3、もしくは4つを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、または、前記第1の増幅オリゴマーは、配列番号2のうちの少なくとも16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、もしくは26個の連続したヌクレオチドを含み、または、前記第1の増幅オリゴマーは配列番号2の配列を含む、請求項1に記載の組成物またはキット。
- 前記第2の増幅オリゴマーは、配列番号28~32のうちの少なくとも1、2、3、もしくは4つを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、または、前記第2の増幅オリゴマーは、配列番号3のうちの少なくとも16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、もしくは26個の連続したヌクレオチドを含み、または、前記第2の増幅オリゴマーは配列番号3の配列を含む、請求項1に記載の組成物またはキット。
- 第3の増幅オリゴマーをさらに含み、前記第3の増幅オリゴマーはアンチセンスC型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも16個の連続したヌクレオチドを含み、配列番号75の78位の下流に特異的にハイブリダイズするように構成されており、前記第3の増幅オリゴマーは、配列番号75の120、125、130、135、140、145、もしくは150位に対応する少なくとも1つのHCV型における位置から選択されるHCVゲノム位置の下流にアニールしない、請求項1に記載の組成物またはキット。
- 前記少なくとも1つのHCV型は、HCV型1a、1b、2b、3b、4b、5a、および6aのうちの1つ以上を含む、請求項4に記載の組成物またはキット。
- 第3の増幅オリゴマーをさらに含み、前記第3の増幅オリゴマーはアンチセンスC型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも16個の連続したヌクレオチドを含み、配列番号75の78位の下流に特異的にハイブリダイズするように構成されており、前記第3の増幅オリゴマーは、配列番号75の80~119位を含むヌクレオチド配列の少なくとも一部を含む部位に特異的にハイブリダイズするように構成されており、または、前記第3の増幅オリゴマーは、配列番号6もしくは7のうちの少なくとも16個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、または、前記第3の増幅オリゴマーは、配列番号33~37のうちの少なくとも1、2、3、もしくは4つを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、または、前記第3の増幅オリゴマーは、配列番号7のうちの16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、もしくは26個の連続したヌクレオチドを含み、または、前記第3の増幅オリゴマーは配列番号7の配列を含み、または、前記第3の増幅オリゴマーは、配列番号42~47のうちの少なくとも1、2、3、4もしくは5つの配列を含み、または、前記第3の増幅オリゴマーは配列番号5の配列を含む、請求項1に記載の組成物またはキット。
- 前記第1および前記第2の増幅オリゴマーは、8.5:1.5~1.5:8.5、7.5:2.5~2.5:7.5、8:2~7:3、7:3~6:4、6:4~5:5、5:5~4:6、4:6~3:7、もしくは3:7~2:8の範囲の相対モル量(第1:第2)で存在し、または、前記第1および前記第2の増幅オリゴマーは、6:4~1.5:8.5、4:6~6:4、もしくは4.5:5.5~5.5:4.5の範囲の相対モル量(第1:第2)で存在する、請求項1に記載の組成物またはキット。
- 初期増幅オリゴマーをさらに含み、前記初期増幅オリゴマーは、配列番号33~41のうちの少なくとも1、2、3、4、5、6、もしくは7つを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、または、前記初期増幅オリゴマーは配列番号6のうちの16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、もしくは39個の連続したヌクレオチドを含み、または、前記初期増幅オリゴマーは配列番号6の配列を含み、または、前記初期増幅オリゴマーは、配列番号42~47のうちの少なくとも1、2、3、4、もしくは5つの配列を含み、または、前記初期増幅オリゴマーは配列番号4の配列を含む、請求項1に記載の組成物またはキット。
- 前記プローブオリゴマーは、配列番号50~52のうちの少なくとも1つもしくは2つを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、または、前記プローブオリゴマーは、配列番号48もしくは49の配列を含み、または、前記プローブオリゴマーは、配列番号12の少なくとも16個の連続したヌクレオチドを含み、または、前記プローブオリゴマーは、配列番号13の少なくとも16個の連続したヌクレオチドを含む標的ハイブリダイズ配列を含み、または、前記プローブオリゴマーは、その5’末端に第1の自己相補的領域およびその3’末端に第2の自己相補的領域を含み、または、前記プローブオリゴマーは、その5’末端に第1の自己相補的領域およびその3’末端に第2の自己相補的領域を含み、前記自己相補的領域はハイブリダイズして、4~7個のワトソン-クリックもしくはゆらぎ塩基対を形成することができ、または、前記プローブオリゴマーは、その5’末端に第1の自己相補的領域およびその3’末端に第2の自己相補的領域を含み、前記自己相補的領域はハイブリダイズして、5個のワトソン-クリックもしくはゆらぎ塩基対を形成することができ、または、前記プローブオリゴマーは、配列番号12の配列を含み、または、前記プローブオリゴマーは、配列番号13の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項1に記載の組成物またはキット。
- 前記プローブオリゴマーは、非ヌクレオチド検出可能標識を含む、請求項9に記載の組成物またはキット。
- 前記非ヌクレオチド検出可能標識は、蛍光標識である、請求項10に記載の組成物またはキット。
- 前記プローブオリゴマーは、消光剤を含む、請求項10に記載の組成物またはキット。
- 前記非ヌクレオチド検出可能標識は、蛍光標識であり、前記消光剤は、プローブが遊離しているときに、プローブが標的核酸にアニーリングされているときよりも大きい程度で蛍光を吸収する、請求項12に記載の組成物またはキット。
- 前記蛍光標識は、フルオレセイン(FAM)、ヘキサクロロフルオレセイン(HEX)、カルボキシローダミン(ROX)、またはアクリジンである、請求項11に記載の組成物またはキット。
- 前記消光剤はDABCYLである、請求項12に記載の組成物またはキット。
- 前記蛍光標識が前記プローブオリゴマーの5’末端に付着し、前記消光剤が前記プローブオリゴマーの3’末端に付着するか、または、前記蛍光標識が前記プローブオリゴマーの3’末端に付着し、前記消光剤が前記プローブオリゴマーの5’末端に付着している、請求項13に記載の組成物またはキット。
- 前記プローブオリゴマー中の糖部分の少なくとも半分、少なくとも90%、または全てが2’-O-メチル-リボースである、請求項9に記載の組成物またはキット。
- 少なくとも1つの前記プロモータープライマーである増幅オリゴマーをさらに含み、前記少なくとも1つの前記プロモータープライマーである増幅オリゴマーは、配列番号8、9、10もしくは11の配列を含む、請求項1に記載の組成物またはキット。
- 第3の増幅オリゴマーをさらに含み、前記第3の増幅オリゴマーは、アンチセンスC型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも16個の連続したヌクレオチドを含み、配列番号75の78位の下流に特異的にハイブリダイズするように構成されており、プロモータープライマーである、請求項18に記載の組成物またはキット。
- 前記少なくとも1つの前記プロモータープライマーである増幅オリゴマーは、前記標的ハイブリダイズ配列の5’に位置するT7プロモーターを含む、請求項18に記載の組成物またはキット。
- 試料中のC型肝炎ウイルス核酸を検出する方法であって、
前記試料と第3の増幅オリゴマーとをさらに含む請求項1~3、7~18および20のいずれか一項に記載の組成物を提供すること、
C型肝炎ウイルス核酸の存在下で1つ以上のアンプリコンを産生する核酸増幅反応を前記組成物中で実施すること、および
前記アンプリコンを検出することを含み、
前記第3の増幅オリゴマーは、アンチセンスC型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも16個の連続したヌクレオチドを含み、配列番号75の78位の下流に特異的にハイブリダイズするように構成され、
前記1つ以上のアンプリコンは、C型肝炎ウイルス核酸の存在下での前記第1および前記第3の増幅オリゴマーまたは前記第2および前記第3の増幅オリゴマーの伸長を通して産生される、方法。 - 試料中のC型肝炎ウイルス核酸を検出する方法であって、
前記試料をさらに含む請求項4~6、および19のいずれか一項に記載の組成物を提供すること、
C型肝炎ウイルス核酸の存在下で1つ以上のアンプリコンを産生する核酸増幅反応を前記組成物中で実施すること、および
前記アンプリコンを検出することを含み、
前記1つ以上のアンプリコンは、C型肝炎ウイルス核酸の存在下での前記第1および前記第3の増幅オリゴマーまたは前記第2および前記第3の増幅オリゴマーの伸長を通して産生される、方法。
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Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2001514483A (ja) | 1996-07-31 | 2001-09-11 | ディヴィド ワイ ザン | 核酸増幅法:分枝―伸長増幅方法(ram) |
JP2002345467A (ja) | 2000-10-23 | 2002-12-03 | Srl Inc | C型肝炎ウイルスの型分類用プローブ及びそれを用いたc型肝炎ウイルスの型分類方法並びにそれを用いたインターフェロン投与の治療効果を予測する方法。 |
JP2010500328A (ja) | 2006-08-11 | 2010-01-07 | アンセルム(アンスティテュ ナシオナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル) | ファルネソイドx受容体(fxr)活性化または阻害を通じてhcvの複製を調節するための方法、使用および組成物 |
WO2010147848A2 (en) | 2009-06-15 | 2010-12-23 | Rd Biosciences, Inc. | Kits and methods for selective amplification and detection of nucleic acid targets |
JP2013143952A (ja) | 2002-06-14 | 2013-07-25 | Gen Probe Inc | B型肝炎ウイルスを検出するための組成物および方法 |
JP2013255516A (ja) | 2005-06-30 | 2013-12-26 | F Hoffmann La Roche Ag | 多次元プローブ分析法によるc型肝炎ウイルス型判定のためのプローブ及び方法 |
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---|---|---|---|---|
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US4786600A (en) | 1984-05-25 | 1988-11-22 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Autocatalytic replication of recombinant RNA |
US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
US4868105A (en) | 1985-12-11 | 1989-09-19 | Chiron Corporation | Solution phase nucleic acid sandwich assay |
US4800159A (en) | 1986-02-07 | 1989-01-24 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences |
DE3785658T2 (de) | 1986-08-11 | 1993-08-12 | Siska Diagnostics Inc | Methoden und zusammensetzungen fuer tests mit nukleinsaeuresonden. |
US5541308A (en) | 1986-11-24 | 1996-07-30 | Gen-Probe Incorporated | Nucleic acid probes for detection and/or quantitation of non-viral organisms |
IL86724A (en) | 1987-06-19 | 1995-01-24 | Siska Diagnostics Inc | Methods and kits for amplification and testing of nucleic acid sequences |
WO1989001050A1 (en) | 1987-07-31 | 1989-02-09 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Selective amplification of target polynucleotide sequences |
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ES2074051T3 (es) | 1987-09-21 | 1995-09-01 | Gen Probe Inc | Ensayo de proteccion homogeneo. |
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US5124246A (en) | 1987-10-15 | 1992-06-23 | Chiron Corporation | Nucleic acid multimers and amplified nucleic acid hybridization assays using same |
US5130238A (en) | 1988-06-24 | 1992-07-14 | Cangene Corporation | Enhanced nucleic acid amplification process |
US5118801A (en) | 1988-09-30 | 1992-06-02 | The Public Health Research Institute | Nucleic acid process containing improved molecular switch |
US5656207A (en) | 1989-06-24 | 1997-08-12 | Gen Probe Incorporated | Detecting or quantifying multiple analytes using labelling techniques |
CA2020958C (en) | 1989-07-11 | 2005-01-11 | Daniel L. Kacian | Nucleic acid sequence amplification methods |
US5427930A (en) | 1990-01-26 | 1995-06-27 | Abbott Laboratories | Amplification of target nucleic acids using gap filling ligase chain reaction |
US5516663A (en) | 1990-01-26 | 1996-05-14 | Abbott Laboratories | Ligase chain reaction with endonuclease IV correction and contamination control |
US5378825A (en) | 1990-07-27 | 1995-01-03 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Backbone modified oligonucleotide analogs |
US5849481A (en) | 1990-07-27 | 1998-12-15 | Chiron Corporation | Nucleic acid hybridization assays employing large comb-type branched polynucleotides |
ATE515510T1 (de) | 1991-12-24 | 2011-07-15 | Isis Pharmaceuticals Inc | Durch dna-abschnitte unterbrochene modifizierte oligonukleotide |
US5424413A (en) | 1992-01-22 | 1995-06-13 | Gen-Probe Incorporated | Branched nucleic acid probes |
AU681082B2 (en) | 1992-05-06 | 1997-08-21 | Gen-Probe Incorporated | Nucleic acid sequence amplification method, composition and kit |
DK0637342T3 (da) * | 1992-11-27 | 1999-11-01 | Innogenetics Nv | Fremgangsmåde til typebestemmelse af HCV-isolater |
US5422252A (en) | 1993-06-04 | 1995-06-06 | Becton, Dickinson And Company | Simultaneous amplification of multiple targets |
WO1995003430A1 (en) | 1993-07-23 | 1995-02-02 | Gen-Probe Incorporated | Methods for enhancing nucleic acid amplification |
US5925517A (en) | 1993-11-12 | 1999-07-20 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits |
US5547861A (en) | 1994-04-18 | 1996-08-20 | Becton, Dickinson And Company | Detection of nucleic acid amplification |
US5648211A (en) | 1994-04-18 | 1997-07-15 | Becton, Dickinson And Company | Strand displacement amplification using thermophilic enzymes |
US6169169B1 (en) | 1994-05-19 | 2001-01-02 | Dako A/S | PNA probes for detection of Neisseria gonorrhoeae and Chlamydia trachomatis |
DE69535240T2 (de) | 1994-10-28 | 2007-06-06 | Gen-Probe Inc., San Diego | Zusammensetzungen und Verfahren für die gleichzeitige Detektion und Quantifizierung von einer Mehrheit spezifischer Nuklein Säure Sequenzen |
DE69738687D1 (de) | 1996-04-12 | 2008-06-26 | Phri Properties Inc | Sonden, kits und assays |
JP4222635B2 (ja) | 1997-05-02 | 2009-02-12 | ジェン−プローブ・インコーポレーテッド | 2段階ハイブリダイゼーションおよびポリヌクレオチドの捕捉 |
US6180340B1 (en) | 1997-10-31 | 2001-01-30 | Gen-Probe Incorporated | Extended dynamic range assays |
WO1999028505A1 (en) * | 1997-12-03 | 1999-06-10 | Curagen Corporation | Methods and devices for measuring differential gene expression |
US6949367B1 (en) | 1998-04-03 | 2005-09-27 | Epoch Pharmaceuticals, Inc. | Modified oligonucleotides for mismatch discrimination |
AU762728B2 (en) | 1998-07-02 | 2003-07-03 | Gen-Probe Incorporated | Molecular torches |
AU2473900A (en) * | 1998-11-23 | 2000-06-13 | Exact Sciences Corporation | Primer extension methods utilizing donor and acceptor molecules for detecting nucleic acids |
US9353405B2 (en) | 2002-03-12 | 2016-05-31 | Enzo Life Sciences, Inc. | Optimized real time nucleic acid detection processes |
WO2006007567A2 (en) | 2004-07-01 | 2006-01-19 | Gen-Probe Incorporated | Methods and compositions to detect nucleic acids in a biological sample |
AU2005280162B2 (en) | 2004-08-27 | 2012-04-26 | Gen-Probe Incorporated | Single-primer nucleic acid amplification methods |
KR20070085275A (ko) * | 2004-09-20 | 2007-08-27 | 유니버시티 오브 피츠버그 오브 더 커먼웰쓰 시스템 오브 하이어 에듀케이션 | 멀티플 모드에 의한 멀티플렉스 반응 억제 방법 |
WO2006093892A2 (en) | 2005-02-28 | 2006-09-08 | Gen-Probe Incorporated | Compositions and methods of detecting an analyte by using a nucleic acid hybridization switch probe |
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FR2884522A1 (fr) | 2005-04-19 | 2006-10-20 | Larissa Balakireva | Methode d'inhibition de la traduction et/ou la replication d'une sequence d'arn par multimerisation d'une de ses regions d'arn non codant replie |
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US20110236983A1 (en) * | 2009-12-29 | 2011-09-29 | Joseph Beechem | Single molecule detection and sequencing using fluorescence lifetime imaging |
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Patent Citations (7)
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JP2002345467A (ja) | 2000-10-23 | 2002-12-03 | Srl Inc | C型肝炎ウイルスの型分類用プローブ及びそれを用いたc型肝炎ウイルスの型分類方法並びにそれを用いたインターフェロン投与の治療効果を予測する方法。 |
JP2013143952A (ja) | 2002-06-14 | 2013-07-25 | Gen Probe Inc | B型肝炎ウイルスを検出するための組成物および方法 |
JP2013255516A (ja) | 2005-06-30 | 2013-12-26 | F Hoffmann La Roche Ag | 多次元プローブ分析法によるc型肝炎ウイルス型判定のためのプローブ及び方法 |
JP2010500328A (ja) | 2006-08-11 | 2010-01-07 | アンセルム(アンスティテュ ナシオナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル) | ファルネソイドx受容体(fxr)活性化または阻害を通じてhcvの複製を調節するための方法、使用および組成物 |
WO2010147848A2 (en) | 2009-06-15 | 2010-12-23 | Rd Biosciences, Inc. | Kits and methods for selective amplification and detection of nucleic acid targets |
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