CN109652570A - 微生物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用 - Google Patents

微生物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用 Download PDF

Info

Publication number
CN109652570A
CN109652570A CN201910040720.3A CN201910040720A CN109652570A CN 109652570 A CN109652570 A CN 109652570A CN 201910040720 A CN201910040720 A CN 201910040720A CN 109652570 A CN109652570 A CN 109652570A
Authority
CN
China
Prior art keywords
allisonella
genus
individuals
microorganism
environment
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201910040720.3A
Other languages
English (en)
Inventor
何昆仑
冯强
赵乐
兰翔
许振国
刘继轩
赵晓静
崔佳奕
王依慧
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Chinese PLA General Hospital
Original Assignee
Chinese PLA General Hospital
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Chinese PLA General Hospital filed Critical Chinese PLA General Hospital
Priority to CN201910040720.3A priority Critical patent/CN109652570A/zh
Publication of CN109652570A publication Critical patent/CN109652570A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供了微生物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用及检测微生物丰度的产品在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用，本发明还提供了一种鉴别和/或区分不同种族个体的方法，所述的方法包括检测个体肠道和/或粪便中的Allisonella菌属的相对丰度，并与阈值比较。

Description

微生物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用
技术领域
本发明涉及生物医药技术领域，具体涉及微生物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用，更具体的，涉及检测Allisonella菌属的相对丰度，并与阈值比较，鉴定个体种族来源的方法。
背景技术
高原反应即高原病，是人到达一定海拔高度后，身体为适应因海拔高度而造成的气压差、含氧量少、空气干燥等的变化而产生的自然生理反应。高原反应的症状一般表现为头疼、心慌、疲倦、胸闷、气短、呕吐、食欲减退、抽搐、意识恍惚、认知能力骤降等。体征为心率加快、呼吸加深、血压轻度异常、颜面或四肢水肿、口唇紫绀等。高原心脏病是高原病的一种，由于高原低压缺氧环境引起的心脏结构功能受损，以肺动脉高压和右心功能受损为特征。青藏高原的藏族居民是全球主要高海拔人群，对高原的低氧、低气压环境进行了长期的生理和遗传适应，低氧环境下肺血管收缩反应性降低，具备更好的运动能力。
人体肠道中存在大量的共生菌群，其数量超过1000万亿个，大约是人体细胞总数的10倍。同时肠道内微生物基因的数量约为300万个，大约是人类基因组基因数量的100多倍，如此海量的基因能够帮助微生物适应多变的环境，形成了与人体密不可分的共生关系。不同遗传背景和生活习惯的居民其肠道菌群组成存在较大差异，例如拟杆菌属是西方居民肠道中相对含量最多且个体间差异最大的细菌属，韩国居民是栖粪杆菌属。菌属的差异也暗示个体对当地环境的耐受能力。
对于个体在高原环境下的耐受能力或者高原病的诊断标志物，目前研究广泛。例如，专利CN106248947A公开了一种脂质和多糖的复合物脂多糖作为哺乳动物高原脑水肿标志物的用途，实验检测进入高原低氧环境后哺乳动物血浆中脂多糖的含量，当血浆中脂多糖的含量超过0.5EU/mL时，哺乳动物脑组织含水量明显增加。专利CN104614462B公开了C8-神经酰胺、鞘氨醇和谷氨酰胺作为高原肺水肿诊断标志物，检测此诊断标志物的诊断试剂盒诊断结果准确度高，为高原肺水肿的诊断提供了可量化的、客观灵敏的临床诊断指标。专利CN102605089B公开了以单核苷酸多态性为标志物检测高原红细胞过度增多的易感性，其中提供了检测单核苷酸多态性引物及试剂盒。专利CN101135666B、CN101470095B、CN101470096A、CN101135665B、CN101469345B、CN101135667B、CN1898394B均公开了以单核苷酸多态性为标志物检测高原肺水肿的易感性，其中提供了检测单核苷酸多态性引物及试剂盒。但是，迄今为止，尚未见以Allisonella菌属作为标志物，来鉴别和/或区分不同种族个体的技术方案。
发明内容
本发明的第一方面，提供了微生物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用。
优选的，所述的微生物为Allisonella菌属。
进一步优选的，所述的微生物为肠道或粪便中的Allisonella菌属。
在本发明的一个具体实施方式中，所述的微生物为肠道或粪便中的Allisonellahistaminiformans。
优选的，所述的不同种族为高原环境的种族和平原环境的种族。
在本发明的一个具体实施方式中，所述的不同种族为藏族和汉族。
在本发明的一个具体实施方式中，所述的不同种族为高原环境下生活的藏族和汉族。
本发明的第二方面，提供了一种鉴别和/或区分不同种族个体的方法，所述的方法包括检测所述不同种族个体的肠道和/或粪便中微生物的丰度，将所述的微生物的丰度值与阈值比较，确定所述不同种族个体为高原环境的种族或平原环境的种族。
本发明所述的高原环境为海拔2000m以上，具有低压、缺氧的条件。
优选的，所述的高原环境为海拔2700m以上，具有低压、缺氧的条件下。
在本发明的一个具体实施方式中，所述的高原环境为海拔3500m以上，具有低压、缺氧的条件下。
在本发明的一个具体实施方式中，所述的高原环境为海拔5500m以上，具有低压、缺氧的条件下。
优选的，所述的方法包括如下步骤：
1)提取待测个体粪便或肠道中的微生物核酸；
2)扩增步骤1)提取的微生物核酸；
3)对步骤2)扩增的核酸进行测序；
4)计算Allisonella菌属的相对丰度；
5)将步骤4)所述的Allisonella菌属的相对丰度值与9.98×10-5相比；
其中，Allisonella菌属的相对丰度值大于9.98×10-5确定为藏族人，Allisonella菌属的相对丰度值小于9.98×10-5确定为汉族人。
本发明的第三方面，提供了检测微生物丰度的产品在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用。
优选的，所述的微生物为Allisonella菌属。
优选的，所述的不同种族为高原环境的种族和平原环境的种族。
本发明的第四方面，提供了一种检测微生物丰度的产品，所述的产品包括检测微生物相对丰度的试剂和/或装置，优选的，所述的微生物为Allisonella菌属。
本发明的第五方面，提供了检测Allisonella菌属的试剂在制备评估个体高原环境下耐受能力的产品中的应用。
优选的，所述的Allisonella菌属为肠道中的Allisonella菌属。
本发明所述的检测Allisonella菌属的试剂为检测Allisonella菌属丰度的试剂。
优选的，所述的检测Allisonella菌属的试剂为检测个体肠道中的Allisonella菌属丰度的试剂。
在本发明的一个具体实施方式中，所述的检测Allisonella菌属的试剂为检测个体粪便中的Allisonella菌属丰度的试剂。
本发明所述的高原环境下耐受能力为高原病的易感程度。
本发明所述的高原环境为海拔2000m以上，具有低压、缺氧的条件。
优选的，所述的高原环境为海拔2700m以上，具有低压、缺氧的条件下。
在本发明的一个具体实施方式中，所述的高原环境为海拔3500m以上，具有低压、缺氧的条件下。
在本发明的一个具体实施方式中，所述的高原环境为海拔5500m以上，具有低压、缺氧的条件下。
本发明的第六方面，提供了一种鉴别和/或区分不同种族个体的微生物，所述的微生物为Allisonella菌属。
优选的，所述的微生物为肠道或粪便中的Allisonella菌属。
在本发明的一个具体实施方式中，所述的微生物为粪便中的Allisonella菌属。
本发明的第七方面，提供了一种评估高原环境耐受能力的标志物，所述的标志物为Allisonella菌属。
优选的，所述的标志物为肠道内的Allisonella菌属。
在本发明的一个具体实施方式中，所述的标志物为粪便中的Allisonella菌属。
本发明的第八方面，提供了一种评估个体高原环境下耐受能力的产品，所述的产品包含检测Allisonella菌属的试剂。
优选的，所述的检测Allisonella菌属的试剂为检测个体肠道中的Allisonella菌属丰度的试剂。
在本发明的一个具体实施方式中，所述的检测Allisonella菌属的试剂为检测个体粪便中的Allisonella菌属丰度的试剂。
本发明所述的产品包含检测Allisonella菌属的试剂及检测其他菌的试剂。
本发明的第九方面，提供了一种检测Allisonella菌属丰度的方法，所述的方法包括对样本进行16S rRNA测序，和对测序获得的reads进行OTU聚类及物种注释。
优选的，所述的16S rRNA测序之后、OTU聚类之间还包括对测序获得的reads进行低质量部分剪切、拆分各样本的数据和/或去除嵌合体序列。
优选的，所述的聚类方法选自sortmerna、mothur、trie、uclust_ref、usearch、usearch_ref、blast、usearch61、usearch61_ref、sumaclust、swarm、prefix_suffix、cdhit或uclust。
优选的，所述的聚类算法选自furthest、nearest或average。
优选的，所述的注释算法选自rdp、blast,rtax、mothur、uclust或sortmerna。
在本发明的一个具体实施方式中，所述的OTU聚类以97％的一致性将序列聚类。
本发明的第十方面，提供了一种提高个体高原环境耐受能力的方法，所述的方法包括向个体移植Allisonella菌属。
优选的，所述的方法包括向个体肠道内移植Allisonella菌属。
在本发明的一个具体实施方式中，所述的方法包括在个体去高原环境之前移植Allisonella菌属。
优选的，所述的提高个体高原环境耐受能力为提高平原地区人适应高原环境的能力。
本发明所述的高原病选自在高原环境下产生的急性高原病和/或慢性高原病。所述的急性高原病选自高原昏迷、高原脑水肿、高原肺水肿或脑、肺异常症状同时存在的混合型疾病；和/或所述的慢性高原病选自高原心脏病、高原红细胞增多症、高原高血压、高原低血压、高原心脏病、红细胞增多症同时存在的混合型疾病。优选的，所述的高原病为抗高原心肺及血管损伤；进一步优选的，所述的高原病为高原心脏病。
在本发明的一个具体实施方式中，所述的高原病为肺动脉高压和/或右室肥厚。
本发明所述高原病的临床表现选自头疼、头昏、心慌、心率加快、疲倦、胸闷、气短、呼吸加深、恶心、呕吐、失眠、乏力、眼花、嗜睡、食欲减退、抽搐、意识恍惚、手足麻木、唇指发绀、颜面水肿、四肢水肿或认知能力骤降中的一种或两种以上的组合。
本发明所述的Allisonella菌属的丰度或相对丰度为Allisonella菌属在特定菌群中的相对丰度，在本发明的实施例中为Allisonella菌属在肠道菌群中的丰度程度。
本发明所述的Allisonella菌属为从个体分离纯化或购买获得。
本发明所述的Allisonella菌属以活的形式被提供。
本发明所述的Allisonella菌属以冻干、冷冻干燥或喷雾干燥的形式被提供。
本发明所述的Allisonella菌属以孢子形式被提供。
本发明所述的Allisonella菌属为Allisonella histaminiformans。
本发明所述的“和/或”包括择一列出的项目以及任何数量的项目组合。
本发明所述的“包括”是开放式的描述，含有所描述的指定成分或步骤，以及不会实质上影响的其他指定成分或步骤。
本发明所述的“鉴别”表示将一个或两个以上的个体判断或确定为一个或两个以上的属性，例如，本发明实施例中的“鉴别”为将一个或两个以上的个体判断或确定为来源是汉族或藏族。
本发明所述的“区分”表示将两个以上的个体分开为不同的属性，例如，本发明实施例中描述的“区分”为将两个以上的个体区分为来源为汉族或来源为藏族。
附图说明
以下，结合附图来详细说明本发明的实施例，其中：
图1：为藏族士兵组(Zang)与汉族士兵(Han)组粪便中Allisonella菌属的丰度的差异。
图2：Allisonella菌属相对丰度鉴别和/或区分个体来源是汉族或藏族的敏感性和特异性的ROC曲线。
图3：为藏族士兵组(Zang)粪便中群落组成。
图4：汉族士兵(Han)组粪便中群落组成。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅是本发明的部分实施例，而不是全部。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
实施例1
一、材料与方法：
1.1研究人群
根据STROBE声明设计病例对照研究，纳入某年某月至某年某月在中国某部队服役128个习服海拔3500米高原以上的藏族男性士兵为实验组，根据藏族士兵年龄匹配128个平原汉族士兵进行对照。严格控制两组人群的进行相同的中国部队混合饮食，保持相同的海拔3500米训练环境和训练强度，戒烟、酒，持续3个月。排除有慢性炎性疾病、口服抗生素、急性感染和胃肠道疾病的士兵。
1.2粪便样品收集
每一个研究对象在纳入后均收到一个马桶粪便收集器，在排出大便后将大便装入粪便收集管，即刻保存在-20℃冰箱，次日将粪便标本转运至-80℃冰箱保存，统一储存备用。
1.3 DNA提取
吸取1000μL十六烷基三甲基溴化铵(Hexadecyl trimethyl ammonium Bromide，CTAB)裂解液至2.0mL EP管里，加入溶菌酶，再将500μL左右的样品加入裂解液中，65℃水浴，期间颠倒混匀数次，以使样品充分裂解。离心取上清，加酚(pH8.0)：氯仿：异戊醇(25：24：1)，颠倒混匀，12000rpm离心10min。取上清，加氯仿：异戊醇(24:1)，颠倒混匀，12000rpm离心10min。吸取上清至1.5mL离心管里，加入异丙醇，上下摇晃，-20℃沉淀。12000rpm离心10分钟，倒出液体，注意不要倒出沉淀。用1mL 75％乙醇洗涤2次，剩余的少量液体可再次离心收集，然后用枪头吸出。超净工作台吹干或者室温晾干。加入ddH2O溶解DNA样品，加RNaseA 1μL消化RNA，37℃放置15min。之后利用琼脂糖凝胶电泳检测DNA的纯度和浓度，取适量的样本DNA于离心管中，使用无菌水稀释样本DNA至1ng/μL。
1.4 PCR扩增、混样和纯化
以1.3稀释后的基因组DNA为模板，根据测序区域16S V3-V4，选择使用带Barcode的特异引物515F和806R，New England Biolabs公司的High-Fidelity PCRMaster Mix with GC Buffer，和高效高保真酶(Taq DNA Polymerase)进行PCR，确保扩增效率和准确性；
其中，
特异性引物515F为：5’-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3’(SEQ ID NO：1)
特异性引物806R为：5’-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3’(SEQ ID NO：2)。
PCR产物使用2％浓度的琼脂糖凝胶进行电泳检测；根据PCR产物浓度进行等量混样，充分混匀后使用1×TAE浓度2％的琼脂糖胶电泳纯化PCR产物，剪切回收目标条带。产物纯化试剂盒使用的是Thermo Scientific公司GeneJET胶回收试剂盒回收PCR产物。
1.5文库构建和上机测序
使用Thermofisher公司的Ion Plus Fragment Library Kit 48 rxns建库试剂盒进行文库的构建，构建好的文库经过Qubit定量和文库检测合格后，使用Thermofisher的Ion S5TMXL进行上机测序。
1.6数据分析
1.6.1测序数据处理
使用Cutadapt(V1.9.1，http://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/)先对reads进行低质量部分剪切，再根据Barcode从得到的reads中拆分出各样品数据，截去Barcode和引物序列初步质控得到原始数据，经过以上处理后得到的Reads需要进行去除嵌合体序列的处理，Reads序列通过与物种注释数据库进行比对检测嵌合体序列，并最终去除其中的嵌合体序列，得到最终的有效数据。
1.6.2运算的分类单位(operational taxonomic unit，OUT)聚类和物种注释
利用Uparse软件(Uparse v7.0.1001，http://www.drive5.com/uparse/)对所有样品的全部有效数据进行聚类，默认以97％的一致性将序列聚类成为OTUs(OperationalTaxonomic Units)，同时会选取OTUs的代表性序列，依据其算法原则，筛选的是OTUs中出现频数最高的序列作为OTUs的代表序列。对OTUs序列进行物种注释，用Mothur方法与SILVA(http://www.arb-silva.de/)的SSUrRNA数据库进行物种注释分析(设定阈值为0.8～1)，获得分类学信息并分别在属水平统计汉族士兵组、藏族士兵组的群落组成(见图3、4)。
1.6.3菌属相对丰度计算和差异比较
菌属相对丰度用Allisonella菌属OTU值/检测样本检测到的所有菌属OTU值表示，差异比较因为样本非正态分布采用Mann-Whitney检验。绘制ROC曲线鉴别/区分个体种族来源或评估菌属相对丰度对高原环境下耐受能力诊断的敏感性和特异性，计算界值，P＜0.05为差异有统计学意义，采用SPSS22.0软件包进行统计学处理。
二、实验结果
2.1汉族和藏族人群粪便标本中Allisonella菌属相对丰度差异
汉族人群中Allisonella菌属的相对丰度[中位数(四分位数)]为[6.50×10-5(0，3.33×10-4)]，藏族人群中Allisonella菌属的相对丰度[中位数(四分位数)]为2.22×10-4(2.02×10-5，4.47×10-4)，表明藏族人群Allisonella菌属相对丰度显著高于汉族人群，差异具有显著性，如图1所示。
2.2 Allisonella菌属相对丰度鉴别/区分汉藏来源的敏感性和特异性
如图2所示，ROC曲线显示Allisonella菌属相对丰度鉴别/区分汉藏来源或评估高原环境下耐受能力的敏感性和特异性，ROC曲线下的面积(Area Under Curve，AUC)值为0.64977，菌属相对丰度为9.98×10-5时。精确度(Accuracy)为0.659，特异度性为0.733，敏感度为0.589，C统计量(F1-Score值)为0.64，可得到最大的约登指数0.360。
上述结果表明，利用16SrRNA测序检测粪便标本Allisonella菌属相对丰度，可以鉴别人群来源是藏族还是汉族，或者，评估个体对于高原环境下耐受能力，当相对丰度大于9.98×10-5可判定个体为藏组人，且对于高原环境下耐受能力很强。
实施例2验证实验
根据STROBE声明设计病例对照研究，选择5名志愿者，严格控制5名志愿者进行相同的中国部队混合饮食，保持相同的海拔3500米环境和运动强度，戒烟、酒，持续3个月。5名志愿者均排除有慢性炎性疾病、口服抗生素、急性感染和胃肠道疾病。
实验步骤：
1、粪便样品收集；
2、DNA提取；
3、PCR扩增、混样和纯化；
4、文库构建和上机测序；
5、测序数据处理；
6、运算的分类单位聚类和物种注释。步骤1-6具体操作如实施例1所述。
实验结果
5名志愿者中，有3名志愿者Allisonella菌属相对丰度值低于阈值，判定为汉族；2名志愿者Allisonella菌属相对丰度值高于阈值，判定为藏族。实验检测后经询问及调查证实，3名志愿者确实为汉族，2名志愿者确实为藏族，实验结果准确。
以上详细描述了本发明的优选实施方式，但是，本发明并不限于上述实施方式中的具体细节，在本发明的技术构思范围内，可以对本发明的技术方案进行多种简单变型，这些简单变型均属于本发明的保护范围。
另外需要说明的是，在上述具体实施方式中所描述的各个具体技术特征，在不矛盾的情况下，可以通过任何合适的方式进行组合，为了避免不必要的重复，本发明对各种可能的组合方式不再另行说明。
序列表
<110> 中国人民解放军总医院
<120> 微生物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用
<130> 1
<160> 2
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 19
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
gtgccagcmg ccgcggtaa 19
<210> 2
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ggactachvg ggtwtctaat 20

Claims (10)

1.微生物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用，其特征在于，所述的微生物为Allisonella菌属。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述的微生物为肠道或粪便中的Allisonella菌属。
3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述的微生物为肠道或粪便中的Allisonella histaminiformans。
4.根据权利要求1-3任一所述的应用，其特征在于，所述的不同种族为高原环境的种族和平原环境的种族。
5.根据权利要求1-4任一所述的应用，其特征在于，所述的不同种族为藏族和汉族。
6.一种鉴别和/或区分不同种族个体的方法，其特征在于，所述的方法包括检测所述不同种族个体的肠道和/或粪便中微生物的丰度，将所述的微生物的丰度值与阈值比较，确定所述不同种族个体为高原环境的种族或平原环境的种族。
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述的方法包括如下步骤：
1)提取待测个体粪便或肠道中的微生物核酸；
2)扩增步骤1)提取的微生物核酸；
3)对步骤2)扩增的核酸进行测序；
4)计算Allisonella菌属的相对丰度；
5)将步骤4)所述的Allisonella菌属的相对丰度值与9.98×10-5相比；
其中，Allisonella菌属的相对丰度值大于9.98×10-5确定为藏族人，Allisonella菌属的相对丰度值小于9.98×10-5确定为汉族人。
8.检测微生物丰度的产品在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用。
9.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，所述的微生物为Allisonella菌属；或者，所述的不同种族为高原环境的种族和平原环境的种族。
10.一种检测微生物丰度的产品，其特征在于，所述的产品包括检测微生物相对丰度的试剂和/或装置，优选的，所述的微生物为Allisonella菌属。
CN201910040720.3A 2019-01-16 2019-01-16 微生物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用 Pending CN109652570A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910040720.3A CN109652570A (zh) 2019-01-16 2019-01-16 微生物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910040720.3A CN109652570A (zh) 2019-01-16 2019-01-16 微生物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN109652570A true CN109652570A (zh) 2019-04-19

Family

ID=66120333

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201910040720.3A Pending CN109652570A (zh) 2019-01-16 2019-01-16 微生物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN109652570A (zh)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112980712A (zh) * 2019-12-14 2021-06-18 山东大学 一种调节高原人群情绪及肠道菌群稳定的微生物组合物及其应用
CN114566224A (zh) * 2022-03-09 2022-05-31 中国人民解放军总医院 一种用于鉴别或区分不同海拔人群的模型及其应用

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101956006A (zh) * 2010-08-27 2011-01-26 公安部物证鉴定中心 获得人种特异性位点的方法和人种推断系统及其应用
CN104614462A (zh) * 2015-02-11 2015-05-13 中国人民解放军第四军医大学 一种高原肺水肿诊断标志物及其应用和诊断试剂盒
EP3122870A4 (en) * 2014-03-25 2017-08-30 Ginkgo Bioworks Inc. Methods and genetic systems for cell engineering
CN107506582A (zh) * 2017-08-16 2017-12-22 周礼红 一种基于肠道微生物的健康风险预测系统
CN108192831A (zh) * 2018-01-25 2018-06-22 中国药科大学 一种青霉菌及其在降解芳香族化合物中的应用

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101956006A (zh) * 2010-08-27 2011-01-26 公安部物证鉴定中心 获得人种特异性位点的方法和人种推断系统及其应用
EP3122870A4 (en) * 2014-03-25 2017-08-30 Ginkgo Bioworks Inc. Methods and genetic systems for cell engineering
CN104614462A (zh) * 2015-02-11 2015-05-13 中国人民解放军第四军医大学 一种高原肺水肿诊断标志物及其应用和诊断试剂盒
CN107506582A (zh) * 2017-08-16 2017-12-22 周礼红 一种基于肠道微生物的健康风险预测系统
CN108192831A (zh) * 2018-01-25 2018-06-22 中国药科大学 一种青霉菌及其在降解芳香族化合物中的应用

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
KANG LI等: "Comparative Analysis of Gut Microbiota of Native Tibetan and Han Populations Living at Different Altitudes", 《PLOS ONE》 *
LONG LI等: "Comparative analyses of fecal microbiota in Tibetan and Chinese Han living at low or high altitude by barcoded 454 pyrosequencing", 《SCIENTIFIC REPORTS》 *
MATTHEW R. GARNER等: "Allisonella histaminiformans gen. nov., sp. nov. A Novel Bacterium that Produces Histamine, Utilizes Histidine as its Sole Energy Source, and Could Play a Role in Bovine and Equine Laminitis", 《SYSTEMATIC AND APPLIED MICROBIOLOGY》 *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112980712A (zh) * 2019-12-14 2021-06-18 山东大学 一种调节高原人群情绪及肠道菌群稳定的微生物组合物及其应用
CN114566224A (zh) * 2022-03-09 2022-05-31 中国人民解放军总医院 一种用于鉴别或区分不同海拔人群的模型及其应用
CN114566224B (zh) * 2022-03-09 2023-08-11 中国人民解放军总医院 一种用于鉴别或区分不同海拔人群的模型及其应用

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Ye et al. Altered gut microbiome composition in patients with Vogt-Koyanagi-Harada disease
CN105603066B (zh) 精神障碍的肠道微生物标志物及其应用
CN109913525B (zh) 丁酸弧菌属在鉴别和/或区分高原地区汉族人群和藏族人群中的应用
Zhao et al. Alterations of oral microbiota in Chinese patients with esophageal cancer
CN109266766A (zh) 肠道微生物作为胆管细胞癌诊断标志物的用途
CN109652570A (zh) 微生物在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用
WO2020248665A1 (zh) 结直肠癌的相关预测系统、电子设备和存储介质
WO2022262491A1 (zh) 基于细菌16S rRNA基因序列的细菌&#34;种&#34;水平检测和分析方法
CN109913526B (zh) 微生物在鉴别和/或区分不同民族个体中的应用
CN111254207A (zh) 用于区别自身免疫性肝炎和健康人群的肠道微生物标志物及其应用
CN113913490A (zh) 非酒精性脂肪肝标志微生物及其应用
Sharma et al. Exploring the Genetic Basis of Tuberculosis Susceptibility in Human Populations
CN109652493B (zh) 颤杆菌克属在鉴别和/或区分不同民族个体中的应用
CN109825561B (zh) 拟普雷沃菌属在鉴别和/或区分不同种族个体中的应用
CN109913524B (zh) 普雷沃菌属在鉴别和/或区分不同民族个体中的应用
CN113699261B (zh) 鉴定幽门螺杆菌的特异性分子靶标、检测引物和快速检测方法
CN109517906A (zh) 一种皮肤抗衰老能力检测方法及其检测引物和试剂盒
CN109735598B (zh) 琥珀酸弧菌属在鉴别和/或区分不同民族个体中的应用
JP7193810B1 (ja) 疾患リスク評価のための腸内細菌叢のタイプ分類方法
CN115261500B (zh) 爆发力相关的肠道微生物标记物及其应用
CN115976237B (zh) 鉴定气单胞菌的特异性新分子靶标及其快速检测方法
CN111394485B (zh) 一种基于唾液微生物检测人是否吸烟的引物对、试剂盒及方法
CN115992220B (zh) 一种类风湿关节炎的分子标记及应用
Bisgin et al. Changes of gut microbiota in FAP and UC patients in Mediterranean region of Turkey: an omic landscape to be discovered
Ramezani et al. A Study on Blood Microbiome Using 16S rRNA Gene and Sequencing in Rheumatoid Arthritis Patients

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination