CN109486779B - Dna甲基转移酶及其可溶性异源表达和分离纯化方法 - Google Patents

Dna甲基转移酶及其可溶性异源表达和分离纯化方法 Download PDF

Info

Publication number
CN109486779B
CN109486779B CN201811291824.3A CN201811291824A CN109486779B CN 109486779 B CN109486779 B CN 109486779B CN 201811291824 A CN201811291824 A CN 201811291824A CN 109486779 B CN109486779 B CN 109486779B
Authority
CN
China
Prior art keywords
dna methyltransferase
dna
purifying
expression
column
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201811291824.3A
Other languages
English (en)
Other versions
CN109486779A (zh
Inventor
华跃进
李胜杰
王梁燕
蔡建玲
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Zhejiang University ZJU
Original Assignee
Zhejiang University ZJU
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Zhejiang University ZJU filed Critical Zhejiang University ZJU
Priority to CN201811291824.3A priority Critical patent/CN109486779B/zh
Publication of CN109486779A publication Critical patent/CN109486779A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN109486779B publication Critical patent/CN109486779B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10Transferases (2.)
    • C12N9/1003Transferases (2.) transferring one-carbon groups (2.1)
    • C12N9/1007Methyltransferases (general) (2.1.1.)
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/70Vectors or expression systems specially adapted for E. coli
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12YENZYMES
    • C12Y201/00Transferases transferring one-carbon groups (2.1)
    • C12Y201/01Methyltransferases (2.1.1)
    • C12Y201/01113Site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-N4-specific) (2.1.1.113)

Abstract

本发明公开了一种DNA甲基转移酶及其可溶性异源表达和分离纯化方法。本发明首次从耐辐射奇球菌中分离纯化出具有DNA甲基转移酶活性并且在缓冲液中可溶的N4‑Cytosine DNA甲基转移酶M.DraR1;同时还提供了该甲基转移酶的核苷酸序列和其克隆表达及分离纯化方法。本发明所提供的克隆表达及分离纯化方法可为其它DNA甲基转移酶或者限制性内切酶的开发应用提供方法学参考,对开发新型分子生物学的工具酶具有重要指导意义。

Description

DNA甲基转移酶及其可溶性异源表达和分离纯化方法
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域,涉及一种DNA甲基转移酶及其可溶性异源表达和分离纯化方法。
背景技术
DNA甲基化是一种广泛存在且非常重要的DNA表观遗传机制,对基因的表达、基因组的稳定性以及细胞的分化等具有重要的调节作用。介导催化DNA甲基化修饰的酶主要是DNA甲基化转移酶,广泛分布于所有原核和真核生物生命体中,可特异性识别和修饰基因组特定序列中的特定碱基位置。在几乎所有细菌或原核生物中,DNA甲基转移酶常与识别同一位点的限制性内切酶组成细菌的初级免疫防御系统—限制修饰系统,保护宿主细胞免受外来基因组的侵袭,从而维持自身生命活动或遗传稳定性。同时,还参与了调控DNA的复制、修复以及共生与致病性等生理活动。在真核系统中,DNA甲基转移酶具有非常重要的表观遗传调控作用,可参与调控基因转录、细胞分化、胚胎发生、基因组印记以及可移动遗传元件活动等。因此,DNA甲基转移酶正常功能的紊乱,会对哺乳动物胚胎发生的产生致命结果以及对植物生长发育的产生重大障碍。
作为分子和细胞生物学研究的强有力工具,DNA甲基转移酶已广泛应用于基因工程改造、分子生物学实验甚至是细菌感染的药物靶点等重要领域。将外源DNA甲基转移酶转化真核细胞,实现DNA甲基转移酶的异源表达,使其对真核基因组进行甲基化已成为体内分析功能性染色质结构以及研究DNA甲基化在细胞过程中功能作用的最有前景的方法。同时,利用DNA甲基转移酶融合DNA结合蛋白技术开发特异性遗传基因座靶向甲基化研究的新方法,也将有益于生命科学领域的研究。因此,开发利用DNA甲基转移酶,研究其空间结构及分子作用机制,不仅可为表观遗传治疗提供前景,而且可为解决重大科学问题提供强有力的工具和思路。
然而,DNA甲基转移酶的异源表达及分离纯化面临着诸多挑战,首当其冲的是其本身的蛋白毒性。细胞为维持自身基因组DNA的稳定性,保护其免受内源性限制性内切酶切割,外源DNA甲基转移酶异源诱导表达时会大量形成包涵体,不利于其分离纯化及后续研究。因此,选择合适的重组表达载体及宿主、优化诱导条件和分离纯化方法就显得尤为重要。本发明所涉及的DNA甲基转移酶来源于耐辐射奇球菌,是一种N4-Cytosine DNA甲基转移酶,其异源克隆表达及分离纯化方法尚未见报道。由于耐辐射奇球菌是一种对辐射和干旱等极端条件具极强抗性的微生物,其体内的很多蛋白活性需要独特的生理条件,因此该细菌中DNA甲基转移酶的表达和纯化过程显得尤为困难,需要付出特别艰辛的劳动和智慧。我们尝试了大量已报道的DNA甲基转移酶表达和纯化方法,均不能进行体外表达,或以包涵体的形式存在,无法获得有活性的纯化蛋白。
发明内容
为了克服现有技术的不足,本发明的目的是提供一种DNA甲基转移酶及其可溶性异源表达和分离纯化方法。
一种DNA甲基转移酶,编码所述DNA甲基转移酶的核苷酸序列包括:
1)如SEQIDNO.1所示的核苷酸序列;
2)与SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列不同,但编码相同氨基酸序列的核苷酸序列;
3)与SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列具有80%以上的同源性,且编码的蛋白具有N4-Cytosine DNA甲基转移酶活性的核苷酸序列;
4)与1)、2)和3)中的核苷酸序列互补或杂交的核苷酸序列;
所述的DNA甲基转移酶属α型N4-CytosineDNA甲基转移酶,可识别DNA保守序列为5’-CCGCGG-3’,并特异性甲基化修饰第二个胞嘧啶C的N4位,产生4mC类型甲基化修饰。
一种重组表达载体,含有所述的编码DNA甲基转移酶的核苷酸序列的重组原核表达载体。
一种原核表达宿主细胞,所述宿主细胞转化了所述的重组表达载体或者宿主细胞基因组中整合了所述的核苷酸序列的宿主细胞及其繁殖后代细胞。
一种DNA甲基转移酶的可溶性异源表达方法,所述DNA甲基转移酶的可溶性原核表达步骤为:将所述的原核表达宿主细胞活化2次,扩大培养至O.D.600 0.6,冰水浴冷却,无菌加入0.4-0.6 mM IPTG,16 ℃,220 rpm诱导培养20 h。
所述的DNA甲基转移酶的可溶性异源表达方法,所述的诱导培养后收集细胞进行破碎,步骤如下:先在4 ℃、800-1200 bar条件下高压破碎2-4 min;再在冰水浴中,用功率60%、超声3s和间隙9.9 s超声破碎60-90 min;最后低温高速离心30-50 min,收集上清。
一种所述的DNA甲基转移酶的分离纯化方法,收集异源表达后的细胞破碎得到上清后进行DNA甲基转移酶的分离纯化,步骤依次为:Ni柱层析,TEV蛋白酶酶切,MBP柱,脱盐,Ni柱层析,免疫印迹鉴定,再脱盐,Heparin柱,分子筛。
所述的分离纯化方法,进一步进行质谱鉴定,酶活性分析。
本发明的有益效果:
本发明提供了一种未被报道过的DNA甲基转移酶,克隆表达及其分离纯化方法,可为其它限制性内切酶或者DNA甲基化酶的开发应用提供方法学参考,对开发新型分子生物学的工具酶具有重要意义。
附图说明
图1是M.DraR1甲基转移酶Western-Blot检测结果图。泳道1为M.DraR1目的蛋白,经TEV蛋白酶酶切后不含6×His标签,大小约为48.7 kDa,WB检测结果为阴性;泳道2为TEV蛋白酶酶切后所分离的His-MBP蛋白,大小约为44.7 kDa,含6×His标签,WB结果呈阳性。
图2是M.DraR1甲基转移酶最后经分子筛纯化及SDS-PAGE电泳的结果图。所用分子筛型号为Superdex 75 10/300G,M.DraR1目的蛋白从进样到出峰的洗脱体积约为10 mL,表明其在溶液中是以单体形式存在,SDS-PAGE电泳结果显示其纯度在98%以上。
图3是M.DraR1甲基转移酶质谱检测结果。质谱结果显示所测目的蛋白绝大多数氨基酸序列均与参考序列值相同,其中加粗黑体字体显示质谱检测出的肽段,灰色代表尚未检出的肽段。
图4是M.DraR1甲基转移酶的酶活分析。其中,A为M.DraR1体外甲基化修饰λDNA酶切结果图;B为M.DraR1体外甲基化修饰λDNA PCR扩增片段酶切结果图;泳道1和4为原始底物,泳道2和5为未被甲基化阴性对照,泳道3和6为甲基化修饰阳性结果。
具体实施方式
以下结合附图和具体实施例对本发明做进一步的阐述。
实施例1:DNA甲基转移酶M.DraR1的克隆及表达载体的构建
为获得可溶性目的蛋白,本发明优化筛选了多种表达载体(包括pET-28a、pET-22b、pRRS和pET28a-HMT等)、宿主(包括BL21、BL21(DE3)、BL21(DE3)pLysS、Transetta(DE3)、TransB(DE3)及E.coli ER2566等)及诱导表达条件(如IPTG浓度、诱导温度和时间等),最终选择可溶性表达良好的pET28a-HMT与E.coli ER2566宿主作为原核表达体系(见表1)。
(1)使用天根生物的细菌基因组DNA提取试剂盒(DP302-02)提取耐辐射奇球菌基因组DNA,NANODROP 1000(美国Thermo公司)测定DNA浓度和纯度。针对DNA甲基转移酶M.DraR1的编码基因序列设计一对全长特异性引物,同时在每条引物的5’端引入与载体相同的限制性酶切位点,具体引物序列如下:
(2)上游引物M.DraR1-F:5’- TTAATTTCATATGACGCAACCTCTTCTCTTTGACC-3’(SEQID No. 2),其中,单下划线为Nde I限制性酶切位点,双下划线为对应的保护碱基。
(3)下游引物M.DraR1-R:5’-TATGGATCCTTACCTGGTCAGTTCAACCACGG-3’(SEQ IDNo. 3),其中,单下划线为BamH I限制性酶切位点,双下划线为相应的保护碱基。
(4)以耐辐射奇球菌基因组DNA为模板,采用北京全式基因公司的TransStart ® FastPfu DNA Polymerase(AP 221)体外PCR扩增,PCR扩增体系及条件按照该试剂说明书设置,扩增结束经电泳检测合格后,采用LIFE Science公司的Agarose Gel Extraction Kit/PCR Clean Kit(Cat NO. 116401)纯化回收PCR扩增产物。
(5)表达载体的选择:为增加目的蛋白的可溶性表达,本发明从pET-28a、pET-22b、pET-20b、pRRS(NEB公司Roberts教授馈赠)和pET28a-HMT(即在pET28a质粒核糖体结合位点RBS后插入一段融合N端6×His标签、麦芽糖结合蛋白MBP标签以及TEV蛋白酶酶切位点的碱基序列,本实验室保存)等多种质粒通过后续可溶性表达测试的方法筛选表达载体,最终选择pET28a-HMT为目的蛋白可溶性表达载体(见表1)。
表1是本发明优化筛选所用的原核表达载体、宿主、诱导条件及诱导结果和可溶性分析统计。其中“/”表示因蛋白表达量过低无法进行诱导测试及可溶性分析。
表1
Figure 254543DEST_PATH_IMAGE001
(6)将(4)中PCR扩增产物和(5)中pET28a-HMT质粒均用限制性内切酶Nde I和BamH I(Takara公司)双酶切过夜,酶切体系和温度参考试剂说明书。酶切结束后电泳检测,胶纯化回收双酶切产物。使用T4 DNA连接酶(Takara公司)将酶切后的目的片段与质粒在16℃条件下连接过夜,按转化操作说明将链接产物直接转化E.coli DH5α感受态细胞(全式基因,CD201),吸取50-100 μL复苏后的细胞均匀涂布于LK固体培养基皿(LB固体培养基含40-50 μg/mL卡那霉素),37 ℃倒置培养过夜,挑选若干单克隆子于5 mL LK液体培养基中,37℃,220 rpm震荡培养20 h左右。
(7)采用美国AxyGen公司质粒提取试剂盒(Cat. No. AP-MN-P-250G)按操作说明提取质粒,NANODROP 1000测定质粒纯度和浓度,首先使用Nde I和BamH I限制性内切酶进行双酶切鉴定,将鉴定成功的重组质粒再进一步测序验证,所用上游测序引物HMT-F如SEQID No. 4所示,下游测序引物HMT-R如SEQ ID NO. 5所示,测序结果进行BLAST在线比对,测序正确的质粒即为构建成功的重组表达质粒。
实施例2:DNA甲基转移酶M.DraR1的原核表达
(1)大肠杆菌E.coli ER2566感受态细胞的制备:将E.coli ER2566菌株(ZonHonBiopharma Institute,Inc.,ZHR5015)在无任何抗性LB固体培养皿上划线活化后,挑取单克隆接种于5 mL LB液体培养基,37 ℃,220 rpm震荡过夜培养。按照《分子克隆指南》中感受态细胞制备方法无菌操作制备ER2566感受态细胞,100 μL分装后置于-80 ℃超低温冰箱中保存备用。
(2)pET28a-HMT-M.DraR1重组载体的转化:从-80 ℃超低温冰箱中取ER2566感受态细胞于冰上解冻,无菌加入10-20 μg重组表达载体,轻混,冰浴30 min,42 ℃水浴热激45-90 s,然后再冰浴2-3 min,加入500 μL无菌LB液体培养基后置于37 ℃,220 rpm震荡培养约1 h,使菌株充分复苏。取50-100 μL复苏细胞均匀涂布于LK固体培养基皿,37 ℃倒置培养过夜,取若干单克隆子菌落PCR验证重组质粒是否成功进入表达宿主,所用引物对如实施例1(2)和实施例1(3)所示。
(3)M.DraR1蛋白的诱导表达:将(2)中的表达菌株接种至5 mL LK液体培养基中,37 ℃,220 rpm震荡培养过夜。取1 mL培养好的菌株再接种至100 mL LK液体培养基中,37℃,220 rpm震荡培养至O.D.600 =0.6~0.8,立刻置于冰水浴冷却,5 mL分装至50 mL无菌离心管中,分别加入不同浓度的IPTG(0、0.2、0.4、0.6和1.0 mM),再分别置于不同温度,220rpm震荡诱导培养,其中,16 ℃诱导培养20 h,20 ℃诱导16 h,30 ℃诱导5 h,37 ℃诱导3h。诱导结束后,按0.3/O.D.600 mL的比值取样,12000 rpm离心1 min收集菌体,加入30-50 μL 1×SDS loading buffer重悬细胞,沸水浴煮沸10-15 min至蛋白完全变性,15000 rpm离心3-5 min,各吸取8-10 μL上清样本,SDS-PAGE凝胶电泳观测诱导结果,确定最佳的IPTG诱导浓度为0.4 mM,诱导温度范围为16-37 ℃。
(4)M.DraR1甲基转移酶的可溶性表达:按(3)的方法诱导培养表达菌株,按0.4-0.6/O.D.600 mL的比值取样,12000 rpm离心收集菌体。加入60 μL裂解缓冲液(20 mM Tris-HCl pH8.0,500 mM NaCl,3mM β-Me)重悬细胞。悬浮细胞先用液氮迅速冷冻30 s,然后再37℃水浴溶解5 min,如此反复冻融5次以上,溶液呈澄清透明状可确保细胞完全溶解。15000rpm高速离心20-30 min后将上清和沉淀完全分离,并做好标记。将上清液中加入15 μL 5×SDS loading buffer,沉淀中加入75 μL 1×SDS loading buffer,混匀后沸水浴煮沸5-10min至蛋白完全变性,SDS-PAGE凝胶电泳检测目的蛋白在不同诱导温度下的可溶性,进一步确定最佳诱导条件为温度16 ℃诱导培养20 h。
(5)M.DraR1蛋白的可溶性测试:按(3)和(4)的方法诱导培养目的蛋白和取样。分别60 μL加入不同的裂解buffer(20 mM Tris-HCl pH7.0-8.0,50-1000 mM NaCl,3mM β-Me)重悬细胞。按(4)的方法制备可溶性测试样本,SDS-PAGE电泳检测目的蛋白在不同盐浓度和pH条件下的可溶性,结果表明M.DraR1蛋白的最适可溶性buffer为20 mM Tris-HCl pH7.8-8.0、50-500 mM NaCl和3mM β-Me。
实施例3:DNA甲基转移酶M.DraR1的分离纯化
(1)按实施例2(3)和实施例2(4)方法诱导培养目的蛋白,诱导结束后,8000 rpm,4℃, 10 min离心收集菌体,1×PBS溶液洗涤一次,再次离心收集菌体,-80 ℃保存备用。按20:1的比例,即1 g菌体(湿重)加入20 mL裂解Buffer (20 mM Tris-HCl pH8.0,500 mMNaCl,3mM β-Me,5% Glycerol,9 mM Imidazole)悬浮细胞,冰浴冷却5-10 min。
(2)细胞破碎:以上悬浮细胞先采用高压均质机(上海励途,FB-110系列)高压破碎细胞,参数为4 ℃、800-1200 bar、时间2-4 min。再继续用冰水浴超声破碎细胞(宁波新芝,JY92-IIN),参数为功率60%、超声3s、间隙9.9 s、时间60-90 min。超声结束后,4 ℃,15000rpm,30 min高速离心,收集上清,冰浴备用。
(3)镍柱亲和纯化:将制备的上清经0.22或0.45 μM微孔滤膜过滤,再利用AKTA蛋白纯化系统(美国GE公司)分离纯化目的蛋白。先用镍柱(1 mL Ni-NTA,GE公司)亲和层析纯化,其中,Ni-Buffer A为20 mM Tris-HCl pH8.0、500 mM NaCl、3mM β-Me和5% Glycerol,Ni-Buffer B为20 mM Tris-HCl pH8.0、500 mM NaCl、3mM β-Me、5% Glycerol和500 mMImidazole。纯化参数为进样流速1 mL/min、洗脱流速2 mL/min、7% Buffer B去除杂蛋白以及50% Buffer B洗脱收集目的蛋白,Nanodrop测定蛋白浓度。
(4)TEV蛋白酶酶切去除标签:TEV蛋白酶由本实验室纯化并保存,将其以上收集的目的蛋白按照 1:100的质量比例混合,反应体系为20mM Tris-HCl pH8.0、100-500 mMNaCl、5%~10% Glycerol、0.5mM EDTA和1mM DTT,4 ℃酶切过夜。
(5)MBP柱纯化:采用AKTA蛋白纯化系统,将上述酶切后的样本进一步纯化,5 mL柱载量的MBP纯化柱购自GE公司,纯化所用MBP-Buffer A为20 mM Tris-HCl pH8.0、500 mMNaCl、5% Glycerol和1mM DTT,MBP-Buffer B为20 mM Tris-HCl pH8.0、500 mM NaCl、20mM Maltose、5% Glycerol和1mM DTT,纯化参数为进样流速0.5 mL/min、收集全部流穿液。100% MBP-Buffer B和2 mL/min流速洗脱MBP标签及含MBP标签的目的蛋白,收集备用。
(6)脱盐柱脱盐:使用15 mL超滤管(Millipore公司,30 kDa)将以上收集的流穿液浓缩至10 mL左右体积,再经脱盐柱脱盐处理,脱盐Buffer为20 mM Tris-HCl pH8.0、200mM NaCl和5% Glycerol,脱盐参数为进样流速1 mL/min、洗脱流速2 mL/min、收集目的蛋白,约24 mL。
(7)镍柱进一步亲和纯化:将获得的目的蛋白溶液按(3)中所述方法进一步纯化,目的是进一步去除杂蛋白(例如His-TEV蛋白酶和His-MBP蛋白等)。纯化参数为进样流速1mL/min、洗脱流速2 mL/min、收集全部流穿液及3-5% Buffer B洗脱液。
(8)Western-Blot检测:所得目的蛋白样本(不含His标签)和(5)中收集的杂蛋白样本(含His标签)经SDS-PAGE电泳后,免疫印迹法(Western-Blot)检测蛋白中His标签的含量,采用6×His anti-His tag小鼠单克隆抗体(Proreintech公司,66005-1-lg)一抗,HRP标记山羊抗小鼠二抗(Wuhan Servicebio Technology公司,GB23301),X光片自显影技术检测,结果如图1所示,表明所获目的蛋白不带任何His标签,为后续纯化和质谱分析所用。
(9)按(6)中所述方法进一步脱盐,脱盐Buffer为20 mM Tris-HCl pH8.0、100 mMNaCl和5% Glycerol。
(10)Heparin柱纯化:所用Heparin柱购自美国GE公司,纯化所用Buffer-HA为20mM Tris-HCl pH8.0、100 mM NaCl和5% Glycerol,Buffer-HB为20 mM Tris-HCl pH8.0、1000 mM NaCl和5% Glycerol。纯化参数为进样流速1 mL/min、洗脱流速2 mL/min、15%Buffer-HB洗脱杂蛋白、50% Buffer-HB洗脱收集目的蛋白。
(11)分子筛Superdex 75纯化:所获目的蛋白用超滤管浓缩到约500 μL体积后,采用分子筛柱进一步纯化目的蛋白,分子筛Buffer为20 mM Tris-HCl pH8.0、200 mM KCl,纯化参数为0.75 mL/min进样和洗脱,计算进样到目的蛋白出峰的洗脱体积(约9.5 mL),收集目的蛋白后经SDS-PAGE电泳检测蛋白纯度,结果显示目的蛋白纯度达98%以上,且以单体形式存在(如图2所示)。采用Nanodrop仪器测定蛋白浓度,目的蛋白浓缩到一定浓度后分装,液氮速冻后于-80 ℃保存备用。
(12)目的蛋白质谱分析:将上述目的蛋白小心从SDS-PAGE胶中切割下来,切成小块后加少许ddH2O于低温保存后用MALDI-TOF进行质谱分析,结果表明蛋白大小及氨基酸序列均与理论值相同(如图3所示)。
实施例4: M.DraR1蛋白的酶活性分析
(1)λDNA片段的PCR扩增:采用pfu高保真聚合酶对λDNA片段进行体外扩增,上游引物λDNA-F序列如SEQ ID No. 6所示,下游引物λDNA-R序列如SEQ ID No. 7所示,该片段含3个“CCGCGG”保守序列,全长3008 bp。扩增结束后,经电泳检测合格后纯化备用(见图4B)。
(2)DNA甲基转移酶M.DraR1体外反应体系:将λ噬菌体DNA 2-5 μg和上述PCR反应片段1-2 μg加入含50-200 mM KCl、10-50 mM Tris-HCl (pH7.5-8.0)、0.1 mM EDTA、3-7mM β-Me及20-100 μM SAM的反应Buffer中,另外加入1 μM实施例3(11)的目的蛋白,置于30℃条件下反应1 h,纯化备用(图4)。
(3)限制性内切酶Sac II酶切反应:将纯化底物DNA用限制性内切酶Sac II(Takara公司)按试剂使用说明进行切割,反应结束后经0.7%和1.0%琼脂糖电泳检测,结果进一步表明M.DraR1甲基转移酶可甲基化修饰“CCGCGG”保守基序,保护底物免受限制性内切酶Sac II的切割。
本发明实施例中所用的方法是一种分离纯化DNA甲基转移酶的特有方法,根据本发明的教导和启示,任何使用相同或者类似方法纯化其它DNA甲基转移酶,也在本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 浙江大学
<120> DNA甲基转移酶及其可溶性异源表达和分离纯化方法
<141> 2018-10-31
<160> 7
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 1305
<212> DNA
<213> 耐辐射奇球菌(Deinococcus radiodurans)
<400> 1
atgacgcaac ctcttctctt tgacctgcca acgccacgac ctacctaccg ggatactgcc 60
ttcgcttcca acaagacgct ggcgatgcac cgttgggtga actggattgc gggattctcc 120
tctgagtttg tgcagcacgc tcttgagctg catcttcctg accccaaccc tgagcaagtc 180
gttctagacc ccttcggcgg cgttggtacc acaccgatta ccgcctttct gcgaggccac 240
tctgtcgtct cctacgacat caaccccttt cctctgttgg tgcagcgggc caagctcaga 300
gctattcagg acgtgactcc tgctgaattt gcacagcaga ttgaagcgtt cacagctcac 360
atggcgactg gaggagtacc caagagcaag gtgccccagg gctttacctc gcggacgccc 420
ttctacagcg agaaggtgct ggtgaaggtg ctgcacgttt gggacttcat caacgaggtg 480
gccgatgaag acctgcgcga cctgttccag gtggccttcg gagccacgat ggtgtcctac 540
tcgaactatt cctatgagcc gtcattgggt tccagggcgg ctgccgggaa acctgacatc 600
gaggacgctg acgtggccca ggtcatgcgg gacaagctgc tggagatgca cgccgaccta 660
ttaggcgtgc agggcatcaa gttgggtggc cagaccgctc aggtgtacca agggtctttc 720
atgcgttcag agctacccga ctccagcgtt gacttgatgg tgacctcgcc gccctacctg 780
aacaactatc actacctgcg gaatacccgg cctcaccttt actggctggg ctacgctacc 840
agcccgaagg acttgcggta cttggaattg gacaactacg gcaaatactg gcagaccgtg 900
cgagacgcga agtatcagac ctcactgata tttgattcac cttggctgca agacctggtg 960
aaccagctcg cgggcgttca gtcagataga ggcgtgtatg gcggccaagg atgggcgaac 1020
tatgccactg agtatttcaa cgacacctac cgcttcttgc agaagacgca agctgtattg 1080
cgtcctggcg cgaaggccct gattgtcgtc ggcaactcta tcgtcaaagg tacaaacctg 1140
cctattgacg aggtattcac ccacatcgct cagcacttgg gcttcagcgg ccacgacatc 1200
cacatggtgc gtgattcccg catcggctcg agcattgtgg ggactgggct acggtctgag 1260
gggaaaggga gactgtacga ggccgtggtt gaactgacca ggtaa 1305
<210> 2
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ttaatttcat atgacgcaac ctcttctctt tgacc 35
<210> 3
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
tatggatcct tacctggtca gttcaaccac gg 32
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
tgccgccact atggaaaacg 20
<210> 5
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
tcctttcggg ctttgttagc ag 22
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
tatgagagcc tgcgtggacg 20
<210> 7
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
ttccggtaac ggaccgagt 19

Claims (3)

1.一种DNA甲基转移酶的可溶性异源表达方法,其特征在于,
所述方法的步骤为:
1)将包含所述DNA甲基转移酶的核苷酸序列的重组原核表达载体pET28a-HMT转化原核表达宿主细胞E.coli ER2566;所述DNA甲基转移酶的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示;
2)将转化后的原核表达宿主细胞活化2次,扩大培养至O.D.600 0.6,冰水浴冷却,无菌加入0.4 mM IPTG,16 ℃,220 rpm诱导培养20 h;
3)诱导培养后离心收集菌体,菌体中加入裂解Buffer悬浮细胞,将悬浮的细胞先在4℃、800-1200 bar条件下高压破碎2-4 min;再在冰水浴中,用功率60%、超声3s和间隙9.9 s超声破碎60-90 min;最后低温高速离心30-50 min,收集上清;所述裂解buffer为20 mMTris-HCl pH 7.8-8.0、50-500 mM NaCl和3mM β-Me。
2.如权利要求1所述的DNA甲基转移酶的可溶性异源表达方法,其特征在于,进一步,将收集的上清进行DNA甲基转移酶的分离纯化,步骤依次为:镍柱亲和层析纯化,TEV蛋白酶酶切去除标签,MBP柱纯化,脱盐柱脱盐,镍柱进一步亲和层析纯化,免疫印迹鉴定,脱盐柱再脱盐,Heparin柱纯化,分子筛Superdex 75纯化。
3.如权利要求2所述的 DNA甲基转移酶的可溶性异源表达方法,其特征在于,进一步进行质谱鉴定,酶活性分析。
CN201811291824.3A 2018-10-31 2018-10-31 Dna甲基转移酶及其可溶性异源表达和分离纯化方法 Active CN109486779B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201811291824.3A CN109486779B (zh) 2018-10-31 2018-10-31 Dna甲基转移酶及其可溶性异源表达和分离纯化方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201811291824.3A CN109486779B (zh) 2018-10-31 2018-10-31 Dna甲基转移酶及其可溶性异源表达和分离纯化方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN109486779A CN109486779A (zh) 2019-03-19
CN109486779B true CN109486779B (zh) 2020-07-24

Family

ID=65693622

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201811291824.3A Active CN109486779B (zh) 2018-10-31 2018-10-31 Dna甲基转移酶及其可溶性异源表达和分离纯化方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN109486779B (zh)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20230183662A1 (en) * 2021-12-15 2023-06-15 Zhejiang University Novel dna methyltransferase
CN114317486A (zh) * 2021-12-30 2022-04-12 武汉赛维尔生物科技有限公司 一种末端脱氧核糖核苷酸转移酶TdT的纯化方法

Also Published As

Publication number Publication date
CN109486779A (zh) 2019-03-19

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7223377B2 (ja) 熱安定性cas9ヌクレアーゼ
US20190330659A1 (en) Scarless dna assembly and genome editing using crispr/cpf1 and dna ligase
JP2016136970A (ja) 変異型逆転写酵素
WO2019185751A1 (en) Inhibitors of crispr-cas associated activity
CN109486779B (zh) Dna甲基转移酶及其可溶性异源表达和分离纯化方法
CA3228222A1 (en) Class ii, type v crispr systems
CN113637658A (zh) 基于dCas9-oToV的基因转录系统及其应用
JP4857260B2 (ja) 低温性微生物由来エンドヌクレアーゼ
CN109593743A (zh) 新型CRISPR/ScCas12a蛋白及其制备方法
CN103898131A (zh) 从嗜热细菌中分离的编码dna聚合酶的dna
CN114645033B (zh) 一种三磷酸核苷水解酶及其纯化方法和应用
CN113234747B (zh) 一种热休克蛋白hsp60的表达和纯化方法及其应用
CN114686456A (zh) 基于双分子脱氨酶互补的碱基编辑系统及其应用
CN109735516B (zh) 受核苷酸片段引导具有特异核酸内切酶活性的piwi蛋白
CN108753753B (zh) Lrr受体激酶-pxy的纯化方法
JP4903004B2 (ja) ロドコッカス属に属する細菌の形質転換方法
JP5935382B2 (ja) RrhJ1IIヌクレアーゼおよびその遺伝子
US11697805B2 (en) High-fidelity polymerase with preference for gapped DNA and use thereof
CN113151213B (zh) 一种高忠实性dna聚合酶及其制备方法和pcr应用
JP6120066B2 (ja) 新規ヌクレアーゼ及びその遺伝子
WO2007010740A1 (ja) 新規なエンドリボヌクレアーゼ
JPWO2006123537A1 (ja) 新規なエンドリボヌクレア−ゼ
JP5357445B2 (ja) 環状核酸の単離方法
KR20240055073A (ko) 클래스 ii, v형 crispr 시스템
JP6171406B2 (ja) Dna修飾酵素およびその遺伝子

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant