CN109022592B - 用于四种常用品系大鼠鉴定的snp标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开一种用于四种常用品系大鼠鉴定的SNP标记及其应用。该SNP标记包括13个SNP位点，为SNP1～SNP13，并分别表示其位于SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：13所示的核苷酸序列的第201位。本发明采用高通量测序及生物信息分析等技术的优势开发出能用于快速鉴定四种常用品系(Wistar、GK、BN、SD)大鼠的SNP标记，SNP标记的应用可大大降低大鼠遗传检测成本并简化操作。
Description
技术领域
本发明涉及利用高通量测序技术、生物信息学分析技术、一代测序技术及DNA混合池法筛选并验证了大鼠的13个SNP标记，用以快速鉴定四种常用品系(Wistar、GK、BN、SD)大鼠。
背景技术
在生物医学研究中，实验动物的遗传质量是衡量其品质好坏的重要因素，利用遗传特性稳定的实验动物才能保证实验结果更加具有参考价值与可比性。因此在实验动物的饲养过程中，对其进行定期的遗传检测是必不可少的环节。生化标记基因检测、免疫标记基因检测以及毛色基因检测等传统的遗传质量检测方法存在着精确度不高以及检测位点少等局限性，这些检测方法已不再满足科学发展的需要。随着基因组学研究的不断进步，SNP标记开始逐渐被应用于各种实验动物的鉴定及遗传检测中，相比于传统的遗传质量检测方法，利用SNP标记具有操作简单快速、能鉴别出同源品系以及能进行大规模高通量检测等显著优点。
大鼠具有体型较大易于研究以及在某些生理特性方面更接近人类等优点，是多种生物医学实验的首选动物模型。然而，在国内外的研究中，应用于大鼠遗传检测的SNP标记的研究却并不多。目前筛查到国内外广泛认可的有效遗传标记是实现实验动物遗传质量监测技术突破的有途径之一。因此，开发出能用于大鼠遗传检测的SNP标记具有重要意义。
发明内容
为了克服现有技术的缺点与不足，本发明的目的在于提供一种用于四种常用品系大鼠鉴定的SNP标记。大鼠作为常用的动物模型广泛应用于药物和疾病机制等研究中，在生物医学研究中占据着重要地位，其中Wistar、GK、BN、SD大鼠为比较常用的四种品系。本发明旨在于利用高通量测序技术、生物信息学分析技术、一代测序技术及DNA混合池法筛选并验证了大鼠的13个SNP标记，用以快速鉴定Wistar、GK、BN、SD这四种品系的大鼠。
本发明的另一目的在于提供所述的SNP标记的应用。
本发明的目的通过下述技术方案实现：
本发明首先对Wistar大鼠和GK大鼠进行全基因组重测序，利用生物信息学技术将重测序结果比对到BN大鼠参考基因组，筛查到Wistar大鼠和GK大鼠基因组范围内的特异性SNP，并从中进一步筛选了一组候选SNP位点，再利用一代测序和DNA混合池法对以上候选SNP位点在Wistar、GK、BN、SD四种大鼠群体中进一步筛查与验证，最终得到了13个可以区分四种常用品系大鼠的SNP标记及其在各品系中的基因型。
所述的13个SNP位点为SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12、SNP13。
所述的SNP1表示该SNP位点位于SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基D(G/A/T)；
所述的SNP2表示该SNP位点位于SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基V(G/A/C)；
所述的SNP3表示该SNP位点位于SEQ ID NO：3所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基V(G/A/C)；
所述的SNP4表示该SNP位点位于SEQ ID NO：4所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基B(G/T/C)；
所述的SNP5表示该SNP位点位于SEQ ID NO：5所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基H(A/T/C)；
所述的SNP6表示该SNP位点位于SEQ ID NO：6所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基H(A/T/C)；
所述的SNP7表示该SNP位点位于SEQ ID NO：7所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基B(G/T/C)；
所述的SNP8表示该SNP位点位于SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基R(G/A)；
所述的SNP9表示该SNP位点位于SEQ ID NO：9所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为—/G；
所述的SNP10表示该SNP位点位于SEQ ID NO：10所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基R(G/A)；
所述的SNP11表示该SNP位点位于SEQ ID NO：11所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基R(G/A)；
所述的SNP12表示该SNP位点位于SEQ ID NO：12所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基R(G/A)；
所述的SNP13表示该SNP位点位于SEQ ID NO：13所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基R(G/A)；
所述的13个SNP位点所在的DNA片段，序列如SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：13所示。
所述的13个SNP位点可应用于Wistar、GK、BN、SD四种常用品系大鼠的快速鉴定。
所述的13个SNP位点在制备试剂盒或检测方法中的应用；所述试剂盒或检测方法的用途为Wistar、GK、BN、SD四种常用品系大鼠的快速鉴定。
所述的DNA片段在辅助进行Wistar、GK、BN、SD四种常用品系大鼠的快速鉴定中的应用。
本发明还提供一种SNP1、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12或SNP13在Wistar、GK、BN、SD四种常用品系大鼠的快速鉴定中的应用。
所述的SNP1、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12或SNP13在制备试剂盒或检测方法中的应用；所述试剂盒或检测方法的用途为Wistar、GK、BN、SD四种常用品系大鼠的快速鉴定。
所述的SNP6和SNP8位点在SD封闭群遗传评估中的应用。
所述的SNP6和SNP8位点所在的DNA片段在辅助进行SD封闭群遗传评估中的应用。
本发明相对于现有技术具有如下的优点及效果：
本发明采用高通量测序及生物信息分析等技术的优势开发出能用于快速鉴定四种常用品系大鼠的SNP标记，SNP标记的应用可大大降低大鼠遗传检测成本并简化操作。
附图说明
图1是混合池扩增SNP6和SNP8的测序峰图。
具体实施方式
下面结合实施例及附图对本发明作进一步详细的描述，但本发明的实施方式不限于此。
实施例1
1、实验动物样本
SPF级Wistar大鼠53只，体重170～240g，1.5月龄；SPF级GK大鼠53只，体重150～220g，1.5月龄。均购于上海斯莱克实验动物有限责任公司【SCXK(沪)2017-0005】。SPF级BN大鼠50只，体重70～150g，1月龄；SPF级SD大鼠50只，体重80～150g，1月龄。均购于北京维通利华实验动物技术有限公司【SCXK(京)2016-0011】。大鼠的鼠尾组织取材于广东省实验动物监测所动物实验设施内进行【SYXK(粤)2016-0122】，伦理审查编号为IACUC2014029。
2、SNP的初筛过程
首先，提取3只Wistar大鼠和3只GK大鼠的DNA于华大基因Illumina HiSeq 2500平台进行全基因组重测序。然后，将截短和过滤后的clean reads比对到BN大鼠参考基因组(www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/？term＝Rat)并生成SAM文件，利用Picard去除PCR重复，将SAM文件用Samtools转换成BAM文件并进行sort排序。在Linux系统上，使用Samtools对上述准备好的BAM文件及参考基因组建索引，使用GATK的Haplotype Caller工进行SNP检测并得到相应的VCF文件，最后通过阈值筛选得到最终的VCF文件。
经过整理统计，Wistar大鼠比对参考序列Call出94800个纯合SNP，GK大鼠比对参考序列Call出106019个纯合SNP，其中有56216个SNP为Wistar和GK大鼠所共有，又对这些共有的SNP进行筛查，发现BN大鼠参考基因组、Wistar大鼠和GK大鼠三者基因型互不相同的位点仅有38个，从中随机挑选了15个作为候选SNP位点(表1)进行后续实验。
表1. 15个候选SNP位点在Wistar大鼠和GK大鼠中的基因型
注：“AA、GG、TT、CC”为等位基因型；“—”表示没有参照SNP编号。
3、测序
提取大鼠鼠尾组织的基因组DNA，在每种大鼠的DNA样品中挑10个(分别编号为：BN1～BN10、W1～W10、GK1～GK10、SD1～SD10)作为后续PCR扩增的模板。然后，在数据库中批量提取候选SNP位点在参考基因组上的上下游600bp序列，使用Primer6.0分别设计15对引物(表2)扩增出上述SNP所在的片段。取15μL的PCR扩增产物进行测序，利用SeqMan对序列进行整理与比对。根据比对结果进行进一步的筛选：1)若同品系的10只大鼠在某一SNP位点的基因型不一致，则不采用该SNP；2)若GK大鼠和Wistar大鼠在某一SNP位点的基因型与表1不一致，则不采用该SNP；3)对于候选SNP位点上下游序列，若出现能鉴别出某种大鼠的SNP位点，则挑选采用。
表2候选位点对应的15对引物信息
对于PCR扩增成功的产物测序结果显示，满足上述筛选要求的位点编号有4、5、6、9、12、13、14，分别命名为SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7，除此之外，在这些序列中还发掘了其他可以用于快速鉴定的6个位点，分别命名为SNP8(引物对采用14-F/R)、SNP9(引物对采用15-F/R)、SNP10(引物对采用4-F/R)、SNP11(引物对采用12-F/R)、SNP12(引物对采用6-F/R)、SNP13(引物对采用15-F/R)。这13个位点在4种大鼠中的多态性列表见表3。
表3. 13个SNP位点在四种大鼠中的基因型
注：“AA、GG、TT、CC”为等位基因型；“—”为碱基缺失。
4、DNA混合池实验
每种大鼠剩余的40个DNA样品用于合成DNA混合池，对于合成DNA混合池的样品，先用紫外分光光度计测量每个DNA样品的浓度3次，取平均值，然后稀释定量至50ng/μL，体积为20μL，每10个同物种的DNA混合为一个DNA池(例如Wistar大鼠，将编号为W11～W20的DNA样品混合为W-A，将编号为W21～W30的DNA样品混合为W-B，将编号为W31～W40的DNA样品混合为W-C，将编号为W41～W50的DNA样品混合为W-D)，混合好的16个池作为后续PCR扩增的模板。
针对最终筛选的13个SNP位点进行扩大样本的DNA混合池验证，以上述准备好的16个混合池为模板进行PCR扩增目的片段(扩增所用的引物对见表2)。对PCR产物进行测序，利用SeqMan对序列结果进行整理与比对，混合池PCR产物测序结果显示，除SNP6和SNP8在SD大鼠中出现套峰外(如图1)，其他位点均未出现套峰。SNP6在SD单个个体测序结果中10个个体都是杂合子，因此在混合池测序时出现套峰属于正常现象，而SNP8在SD中出现轻微G峰，说明SD大鼠群体中存在少数AG杂合子或GG纯合子的个体。这些现象是由于SD大鼠作为封闭群在这些位点保持着一定的杂合性。鉴于以上结果，SNP6和SNP8还可以作为SD封闭群遗传评估的SNP标记，其他未出现套峰的位点说明了在四个大鼠群体中已趋于稳定，用于鉴定物种具有可靠性。
上述实施例为本发明较佳的实施方式，但本发明的实施方式并不受上述实施例的限制，其他的任何未背离本发明的精神实质与原理下所作的改变、修饰、替代、组合、简化，均应为等效的置换方式，都包含在本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 华南理工大学
<120> 用于四种常用品系大鼠鉴定的SNP标记及其应用
<160> 43
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 401
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SNP1位点所在的DNA序列
<400> 1
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cgggaggtgg agtggagatg tagggacgcg gacgcggatg ggaggaggga ggaaccgcag 120
gagaagcagg aagtaaaggt tgcgggtggt caccacgatg ttaatgtgtc tcgcggacgc 180
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tgtagtatct gttcttatca gtttaatatc tgatacgtcc tctatccgag gacaatatat 300
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gacctggtat tgcagtacct tcaggaacgg tgcaccccct c 401
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<211> 401
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SNP2位点所在的DNA序列
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aaatactgaa agaaggggtg ggggagggag ggagatgtca gggacagtga gtgaaactga 180
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agtggtccag ggcatcactg tgcacaaaga tgttgcccaa aaacgtggca actgagcata 360
cagagaagga gagtgtgttt ttttttggtt tttgttttgt t 401
<210> 3
<211> 401
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SNP3位点所在的DNA序列
<400> 3
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<220>
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<400> 4
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<223> SNP5位点所在的DNA序列
<400> 5
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gggctcaccc ctctagttgc ccaggctccc attacgactc tcaaaaggag ggcaggagag 180
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gatactgtca taggccgagg tttcaggcag acaccaccac acctggaagg tcaaaactat 300
ttccatagca ttgtaaggtg ttatttatgg tcacgcaagc ggttttctac aattcccgtt 360
ttcaggtgag taatagctaa cagatttctc aggtttactt c 401
<210> 6
<211> 401
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SNP6位点所在的DNA序列
<400> 6
tatatgaata cacagtagct atccagacac accagaagag ggcatcagat tccattatag 60
atggttgtga gccaccatgt ggttgctggg aattgtactc aggacctttg aaagagcagt 120
cagcgccctt aaccactgag ccatctagcc cccaattaca catttctaaa caaacaaaca 180
atgcattgtt tgttttctta caaaaaatta ctttcctatc tctcatataa ccagaggtct 240
gtttgctaaa atatctattt ttcctctatt attaataact accaataaac ttttatccat 300
gacatcctag acagttctat taggaccctg ctggaagtct tacttcttga actgaaccac 360
tcaaaggact cagctctgga gtgtgtgcag gcttttaata t 401
<210> 7
<211> 401
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SNP7位点所在的DNA序列
<400> 7
tccctgcctt tgaactcgaa gggtcattca aggatacagt gctcagagcc aaagacccct 60
agaagaagga tcctgggaac agccagcaca cacgcggttc tggacaaccc tgtgaccttg 120
ctgcccgcag gacacctcac tggagccgcc tcagctgctg gctttcctgc ccctccccca 180
gtacccatgg gctagtcgac tgtaggggat tatttctgtt agtcagtctg gcctcctggg 240
gagccgttca cactgctggt ccttcaggac tagtggagtt tccctttctt tccacgttct 300
cctctgcact cctcctctct cgcctctctc cacctcacgg tccctacctg tgatccccca 360
gccccttaac tcaaactgga cctctttcta ttcctcccag t 401
<210> 8
<211> 401
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SNP8位点所在的DNA序列
<400> 8
caggtcctgt ttcctgcgct tgcttccctg ggacacttcc tcagctcacc ctctggcctc 60
tcttcactct cttctgtgcc ctcagtcgcc cttactcttc ttggtcaagt tctctctctt 120
ccctgccttt gaactcgaag ggtcattcaa ggatacagtg ctcagagcca aagaccccta 180
gaagaaggat cctgggaaca gccagcacac acgcggttct ggacaaccct gtgaccttgc 240
tgcccgcagg acacctcact ggagccgcct cagctgctgg ctttcctgcc cctcccccag 300
tacccatggg ctagtcgact gtaggggatt atttctgtta gtcagtctgg cctcctgggg 360
agccgttcac actgctggtc cttcaggact agtggagttt c 401
<210> 9
<211> 401
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SNP9位点所在的DNA序列
<400> 9
gacaaatgtc tgtgtcccta ctgtgtgcat ggtgtcagag cccaggcctg gaaagggcag 60
aacagtggtg cccacaggcg gattgattgc ctgtctctgt ctctgctgca ggcctcagtc 120
ttctggtcca tctcttatta ctcctctccc ttcgccttct tctacctgta caggaaaggt 180
cagtgtgctt tcaaaggtgt ggggggtcgg ccactggcca gcaagtccac tccccgaaga 240
gaagggggat cctgtgagaa tggcatgttt gacttctctc ttctcccagg agtctcttcc 300
ctctaagcta gcggttctca acctgcccag caccacgacc ctttaacaca gttccttgtg 360
tcctggtgac ccacccccca ccaccaaatt attcagtcga t 401
<210> 10
<211> 401
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SNP10位点所在的DNA序列
<400> 10
agtaccttca ggaacggtgc accccctcgg ggggataatg atggttaaac aaaagactga 60
tgacttgcct gtagctattt attcgctgac atgtcttaat atgagataag tctaaactta 120
ttcaatagcc agtgtagaag gcaaactgaa agtagaacca agttgaagat ttgcagtctc 180
attttggacc ccaagaggca gtttcctagg cacattgcac ctagtcacat gacagccctt 240
attaaaggag ccccttaata gtaatagctg tttcactgtg tagattagag ccatgtgata 300
gatagctctg tttataaaac aacctgggag tagagtgttt gcaacaaaga accctgagta 360
gtggtcagca acaccccgat catttggccc agaaaggagg g 401
<210> 11
<211> 401
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SNP11位点所在的DNA序列
<400> 11
atagcattgt aaggtgttat ttatggtcac gcaagcggtt ttctacaatt cccgttttca 60
ggtgagtaat agctaacaga tttctcaggt ttacttccca acacagtaaa tattaatagc 120
taaaccccac acaagtggaa gctttgtaag gagctgcgac caggcactca actagcctac 180
accacccact gtgagctctg aaactgtgtt aatagccaga cacagtaatc ccagcgctca 240
ggggatctgt gggcaagtgg cttaacagtt ccaggccaac cttgggctac atagagggaa 300
gaaagagcac gtagccctcg tgcccagtgg gcttctccag ccagaggctg aagccacatc 360
tgcacctatg atccccagtg ctctaacaaa tgcacctcag t 401
<210> 12
<211> 401
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SNP12位点所在的DNA序列
<400> 12
gcatatttta tgatatctag tttttccaag ttcataggca atgtgcagag aacctctgtg 60
gacagcatta ctgaccctgt gttatccaga ggcctgacct tagaaaatgc cgtgtctttt 120
gatagacaga tctgacagat aagaaggact gcagtggcta gagaaagcag attaactggg 180
catggagctg ctgcacatgg aggttgagat ctgcatttga gtcccagtca aatgttattc 240
tgaaagttaa acacaggaag actactacat tttacatcta agagctaatt tcctccctat 300
gcagacagag aagcatgcaa agcatggtca aggtgacatt tttagatacc attcaagcgt 360
acttgatacc tgttgctcat aatgctttat aacaagaaac a 401
<210> 13
<211> 401
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> SNP13位点所在的DNA序列
<400> 13
aagagaaggg ggatcctgtg agaatggcat gtttgacttc tctcttctcc caggagtctc 60
ttccctctaa gctagcggtt ctcaacctgc ccagcaccac gaccctttaa cacagttcct 120
tgtgtcctgg tgacccaccc cccaccacca aattattcag tcgatacttg acggtgtgat 180
tttggccact gttacgaatc gtaatgtaaa tacttttttg gaggtagaag tttgccaaag 240
ggttcccaac gcacaggttg agatccgctg ctctgataga atggctaacc caaaaacggg 300
gtatggggtc gagtttgtag gcaagctggg gagaaccgcc cagaggtcct gtgagagcat 360
ctcctaactg tcccccttcc ctcccaggtt acttgagttt g 401
<210> 14
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 1-F
<400> 14
aaaagtcata accagtgtc 19
<210> 15
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 1-R
<400> 15
tatctccagc ttctccat 18
<210> 16
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 2-F
<400> 16
ctctttgcca tagtgtttg 19
<210> 17
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 2-R
<400> 17
tctgtcccag cctgtctc 18
<210> 18
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 3-F
<400> 18
atgagccaag aactgcg 17
<210> 19
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 3-R
<400> 19
gaaacgaggg gaccaaa 17
<210> 20
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 4-F
<400> 20
cagtggagga taaaccg 17
<210> 21
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 4-R
<400> 21
ctgtcatgtg actaggtgc 19
<210> 22
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 5-F
<400> 22
cagcatagac accaagaaag 20
<210> 23
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 5-R
<400> 23
ctactccttg gggctttt 18
<210> 24
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 6-F
<400> 24
agggttgttc ctgcttt 17
<210> 25
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 6-R
<400> 25
ttccttcgtt ctgggtc 17
<210> 26
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 7-F
<400> 26
cccagtgtta gcctcca 17
<210> 27
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 7-R
<400> 27
aggacacggg taacgac 17
<210> 28
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 8-F
<400> 28
cacaagccct ctaccca 17
<210> 29
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 8-R
<400> 29
gagccactct aaacatcct 19
<210> 30
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 9-F
<400> 30
ccaaatctca taaggtgcta 20
<210> 31
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 9-R
<400> 31
atggatggtc tgggaata 18
<210> 32
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 10-F
<400> 32
ttccgaggac cctgaca 17
<210> 33
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 10-R
<400> 33
tgacctagcc tttccag 17
<210> 34
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 11-F
<400> 34
gatctttctg ccctcacc 18
<210> 35
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 11-R
<400> 35
gcgtgtactg cttctccc 18
<210> 36
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 12-F
<400> 36
gccatacttg ctttcca 17
<210> 37
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 12-R
<400> 37
tgctctttct tccctctat 19
<210> 38
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 13-F
<400> 38
tggttgctgg gaattgta 18
<210> 39
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 13-R
<400> 39
gtgctccttc tggactgc 18
<210> 40
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 14-F
<400> 40
actactgttg agggagtgag a 18
<210> 41
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 14-R
<400> 41
aaagaggtcc agtttgagtt 18
<210> 42
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 15-F
<400> 42
tacccttggg accgtctg 18
<210> 43
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 15-R
<400> 43
cgttgggaac cctttgg 17
Claims (7)
1.检测用于四种常用品系大鼠鉴定的SNP标记的试剂在四种常用品系大鼠的快速鉴定中的应用，其特征在于：
所述的SNP标记包括13个SNP位点，为SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12、SNP13；
所述的SNP1表示该SNP位点位于SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基D；
所述的SNP2表示该SNP位点位于SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基V；
所述的SNP3表示该SNP位点位于SEQ ID NO：3所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基V；
所述的SNP4表示该SNP位点位于SEQ ID NO：4所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基B；
所述的SNP5表示该SNP位点位于SEQ ID NO：5所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基H；
所述的SNP6表示该SNP位点位于SEQ ID NO：6所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基H；
所述的SNP7表示该SNP位点位于SEQ ID NO：7所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基B；
所述的SNP8表示该SNP位点位于SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基R；
所述的SNP9表示该SNP位点位于SEQ ID NO：9所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为—/G；
所述的SNP10表示该SNP位点位于SEQ ID NO：10所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基R；
所述的SNP11表示该SNP位点位于SEQ ID NO：11所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基R；
所述的SNP12表示该SNP位点位于SEQ ID NO：12所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基R；
所述的SNP13表示该SNP位点位于SEQ ID NO：13所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基R；
所述的四种常用品系大鼠为Wistar、GK、BN、SD。
2.检测权利要求1中所述的用于四种常用品系大鼠鉴定的SNP标记的试剂在制备试剂盒或检测方法中的应用，其特征在于：
所述试剂盒或检测方法的用途为Wistar、GK、BN、SD四种常用品系大鼠的快速鉴定。
3.检测权利要求1中所述的用于四种常用品系大鼠鉴定的SNP标记所在的DNA片段的试剂在辅助进行四种常用品系大鼠的快速鉴定中的应用，其特征在于：
所述的DNA片段的序列分别如SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：13所示。
4.检测权利要求1中所述的SNP1、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12和SNP13的试剂在四种常用品系大鼠的快速鉴定中的应用，其特征在于：所述的四种常用品系大鼠为Wistar、GK、BN、SD。
5.检测权利要求1中所述的SNP1、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12和SNP13的试剂在制备试剂盒或检测方法中的应用，其特征在于：
所述试剂盒或检测方法的用途为Wistar、GK、BN、SD四种常用品系大鼠的快速鉴定。
6.一种检测SNP标记的试剂在SD封闭群遗传评估中的应用，其特征在于：
所述的SNP标记包括SNP6和SNP8位点；
所述的SNP6表示该SNP位点位于SEQ ID NO：6所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基H；
所述的SNP8表示该SNP位点位于SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基R。
7.一种检测DNA片段的试剂在辅助进行SD封闭群遗传评估中的应用，其特征在于：
所述的DNA片段的序列分别如SEQ ID NO：6和SEQ ID NO：8所示。
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