CN108291232A - 具有增强的产量相关的性状的植物和其制备方法 - Google Patents

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Abstract

用于通过在植物中引入并表达可操作连接根特异性启动子ICprom3的核酸增强植物中产量相关的性状的方法和组合物。

Description

具有增强的产量相关的性状的植物和其制备方法
相关申请的交叉参考
本申请要求2015年6月23日提交的美国临时申请号62/183,322的优先权。此临时申请的完整内容通过引用纳入本文。
发明背景
遗传转化要求异源转基因的5’末端可操作连接相关启动子,以促进表达。启动子通常是位于编码序列5’末端上游的核苷酸序列区域,并提供RNA聚合酶和任何需要的转录因子的结合位点,从而能起始转录。
许多启动子是组成型并在植物多个组织中起作用。在目的是于特定组织内表达转基因的情况中,需要组织特异性启动子。已知种子和甚至胚或胚乳特异性启动子,并用于在种子、谷粒或其部分中表达基因(如Abbitt,2009;Broglie等,2002;Furtado等,2009;Kridl和Knauf 1995)。在基因主要或完全表达于根的情况中,根特异性启动子能以所需方式提供基因表达控制。不意在限制,根特异性表达能提供有价值的益处的示例包括调控根的尺寸和结构;改变向地性;耐旱性和水分关系;耐盐性;pH控制和环境缓冲;控制渗出物;与土壤微生物组的信号相互作用;降低生物和非生物胁迫;内源激素控制;改善营养获得;改变根存储容量;根倒伏;疾病控制;昆虫控制;线虫控制;真菌控制;微生物控制;病毒控制;植物修复。因此,具有强特异性根启动子产生许多潜在的有价值的益处。
出现了对根特异性启动子(RSP)的需求。已经做了一些工作以基于特定元件设计特异性启动子,但该方法目前已被放弃(Bruce和Niu,2001)。因此,本领域需要新型植物启动子序列以在组织特异基础上有效驱动感兴趣序列表达,尤其是基于根特异性。
发明内容
本文公开了重组DNA分子,包含启动子以及与所述启动子可操作连接的感兴趣异源核苷酸序列,所述启动子包含SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列或其互补序列(complement),其中所述启动子促进所述感兴趣核苷酸序列在植物细胞中的转录。在某些方面,所述重组DNA分子是表达盒。
本文进一步公开在植物或植物细胞中表达感兴趣的核苷酸序列的方法,包括向植物或植物细胞引入表达盒,所述表达盒包含与感兴趣的异源核苷酸序列可操作连接的启动子,其中所述启动子包含SEQ ID NO:1所示的序列,且其中该启动子促进在所述植物中的转录。在某些方面,所述表达盒还包含SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列。
本文还公开了诱导感兴趣的核苷酸序列在植物中根特异性表达的方法,包括:向植物细胞引入表达盒并从植物细胞再生植物,所述植物具有稳定整合入其基因组的表达盒,该表达盒包括与感兴趣的异源核苷酸序列的可操作连接启动子,其中启动子包含核苷酸序列,所述核苷酸序列包含SEQ ID NO:1所示的序列。在某些实施方案中,所述表达盒还包括SEQ ID NO:2所示核苷酸序列。在其它实施方案中,所述感兴趣核苷酸序列的根特异性表达在植物中产生相对于野生型植物提高产量相关的特征。在其它实施方案中,所述增强的产量相关的性状在生物或非生物胁迫条件下增强。在其它实施方案中,所述产量相关的性状包括:增加的种子产量、增加的生物量、改进的针对害虫和疾病的保护和/或提高的资源利用效率。
尽管公开了多个实施方案,从以下详述本发明的其它实施方案对本领域技术人员也是明显的,该详述显示和描述本发明的说明性实施方案。应理解,本发明可在多个明显方面修改,所有这些都不偏离本发明精神和范围。因此,附图和详述被视作说明性质,而不是限制性。
附图简要说明
图1是启动子候选ICprom1、ICprom2和ICprom3在B73的不同组织中启动子活性的定量RT-PCR分析的图;相对量根据参考基因GRMZM2G080603标准化;误差条代表3次技术重复的SE;d=种植后天数;L=叶;R=根。
图2是用软件确定的ICprom3核苷酸序列的表;在合成前加入限制性酶位点HindIII(5’末端)和KpnI(3’末端)用于克隆。
图3是用3’RACE确定的ICpromU3核苷酸序列的表;在合成前加入限制性酶位点AscI(5’末端)和PstI(3’末端)用于克隆。
图4是pPZP212农杆菌双元载体的图,其携带ICprom3/GOI/ICpromU3表达盒;3’UTR用作增强子元件;新霉素磷酸转移酶(nptII)是植物选择性标记。
图5是源于pPZP212/ICprom3:GOI:ICpromU3的稳定转基因T1玉米事件964-10的10日龄叶(L)和根(R)组织中RT-PCR的琼脂糖凝胶。呈现来自9个单独家族的数据,即964-10-1,-3,-4,-6,-7,-8,-9,-12和-16。来自空载体玉米T1家族品系925-18-1的叶和根组织用作负对照。A幅-GOI(感兴趣的基因)的数据;B幅–参考基因GRMZ2G080603的数据。来自GoldBio的M–VersaLadderTM(100-10000bp)。
图6是源于pPZP212/ICprom3:GOI:ICpromU3的稳定转基因T1玉米事件964-10的10日龄叶(L,绿色)和根(R,蓝色)组织的GOI定量RT-PCR分析的图。呈现来自9个单独家族的数据,即964-10-1,-3,-4,-6,-7,-8,-9,-12和-16。表达根据参考基因GRMZM2G080603标准化,相对量计算自设为1的空载体对照L和R组织。误差条代表3次重复的标准误差(±SE)。
图7是源于pPZP212/ICprom3:GOI:ICpromU3的稳定转基因T1玉米事件964-12的10日龄叶(L)和根(R)组织中的RT-PCR的琼脂糖凝胶。呈现来自10个单独家族的数据,即964-12-2,-4,-5,-6,-9,-10,-11,-12,-15和-16。来自空载体玉米T1家族品系925-18-1的叶和根组织用作负对照(数据未显示)。
图8是源于PZP212/ICprom3:GOI:ICpromU3的稳定转基因T1玉米事件964-12的10日龄叶(L,绿色)和根(R,蓝色)组织的GOI定量RT-PCR分析的图。呈现来自10个单独家族的数据,即964-12-2,-4,-5,-6,-9,-10,-11,-12,-15和-16。表达根据参考基因GRMZM2G080603标准化,相对量计算自设为1的空载体对照L和R组织。误差条代表3次重复的标准误差(±SE)。
发明详述
本文所示全部出版物通过引用纳入本文以公开和描述与所引用出版物相关的方法和/或材料。本文讨论的出版物在本申请提交日前仅提供其公开内容。
提供以下定义和方法以更好地定义本发明并指导本领域技术人员实施本发明。除非另有说明,术语应根据相关领域普通技术人员的常规用法理解。
如本文所用,“增强的产量相关的性状”指趋向于增加一种或多种植物部分生物量(重量)的任何性质,其可包括地上(可收获)部分和/或地下(可收获)部分。具体地,这类可收获部分是种子,实施本文所公开的方法或组合物的应用导致植物的种子产量相对于对照植物种子产量增加。
如用于本申请,术语“资源”指所有植物营养物和对植物营养物有影响的植物功能或相互作用,包括但不限于水、氮、日光、二氧化碳、磷、矿物质、碳和微生物相互作用。
如本文所用,“表达”指转录和稳定积聚mRNA。表达也可指产生蛋白质。
如本文所用,“表达盒”指能指导特定核苷酸序列在合适的宿主细胞中表达的DNA序列,包含与感兴趣的核苷酸序列可操作连接的启动子,所述感兴趣的核苷酸序列与终止信号和/或3’非翻译区(UTR)可操作连接。其通常也包含正确翻译核苷酸序列所需的序列。编码区通常以有义或反义方向编码感兴趣的蛋白质,但也可编码感兴趣的功能RNA,例如反义RNA或非翻译RNA。包含感兴趣的核苷酸序列的表达盒可以是嵌合的,是指其组分的至少一个相对于其它组分的至少一个是异源的。
如本文所用,“异源核苷酸序列”或“感兴趣的异源核苷酸序列”是不天然与本发明启动子序列一起存在的序列。尽管此核苷酸序列对启动子序列是异源的,但其对植物宿主而言可以是同源的或天然的或异源的或外源的。
如本文所用,术语“根特异性表达”指异源核苷酸序列的表达在根或根部分最丰富,所述根部分包括例如根冠、顶端分生组织、表皮原、基本分生组织、原形成层、内皮、皮层(cortex)、维管皮层、表皮等。尽管可能在其它植物组织类型中出现一些水平的异源核苷酸序列表达,但根或根部分出现的表达最丰富,包括初生根、侧根和不定根。
如本文所用,术语“可操作连接”指第一DNA分子连接第二DNA分子,其中第一和第二DNA分子排列(arrange)成第一DNA分子影响第二DNA分子的功能。2种DNA分子可以是或不是单一连续DNA分子的一部分,且可以相邻或不相邻。例如,如果启动子能影响可转录的DNA分子的转录或翻译,则启动子与可转录的DNA分子可操作连接。
如本文所用,“重组DNA分子”是包含在没有人为干预时不会天然的共同存在的DNA分子的组合的DNA分子。例如,重组DNA分子可以是包含至少2种彼此异源的DNA分子的DNA分子,包含与自然界中存在的DNA序列不同的DNA序列的DNA分子,或通过遗传转化整合入宿主细胞DNA的DNA分子。
通常,本公开涉及具有提高的资源利用效率或增强的产量相关的性状的植物,更特定涉及植物的根特异性启动子,其在转化入植物时会协助提供提高的资源利用效率或增强的产量相关的性状。
本文公开的组合物包含启动子ICprom3的核苷酸序列以及其片段和变体。在某些实施方案中,ICprom3包含SEQ ID NO:1所示核苷酸序列。也涵盖所公开的启动子核苷酸序列的片段和变体。具体地,SEQ ID NO:1序列的片段和变体可用于本发明的DNA构建体。如本文所用,术语“片段”指核酸序列的一部分。启动子序列的片段可保留起始转录的生物活性,更特定是以根特异性方式驱动转录。启动子核苷酸序列的片段范围可以是至少约20个核苷酸、约50个核苷酸、约100个核苷酸,以及多至本发明的启动子的全长核苷酸序列。本领域普通技术人员能容易通过实施表达试验来确定具有启动子活性的启动子片段。
如本文所用,术语“变体”指基本类似的序列。对于核苷酸序列,天然存在的变体能用熟知的分子生物学技术鉴定,例如用本领域已知的聚合酶链式反应(PCR)和杂交技术。
在特定实施方案中,本发明的启动子序列用于以组织特异性尤其是根特异性方式表达感兴趣的序列。也发现本发明的核苷酸序列用于构建表达载体以在感兴趣的植物中后续表达异源核苷酸序列。
本文公开了包含启动子的重组DNA分子,以及与所述启动子可操作连接的感兴趣的异源核苷酸序列,所述启动子包含SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列或其互补序列,其中所述启动子促进所述感兴趣的核苷酸序列在植物细胞中的转录。在某些方面,所述重组DNA分子是表达盒。
在某些实施方案中,所述重组DNA分子还包含核苷酸序列,所述核苷酸序列包含SEQ ID NO:2所示的序列。在优选实施方案中,此序列位于所述感兴趣的异源序列的下游。
根据优选实施方案,用所公开的重组DNA分子转化植物可提供感兴趣的异源序列的根特异性表达。如本领域技术人员所理解,多种序列在根特异性基础上表达时会对植物产量有益。例如,苏云金杆菌(Bacillus thuringiensis)内毒素基因提供通过肠道结合抵御鞘翅目昆虫的保护,其通过免受根损伤来增强生长。参见例如美国专利号5,837,848。如美国专利号8,350,124所述,在根特异性基础上表达的水通道蛋白基因提高保水性。在某些实施方案中,所述感兴趣的异源序列编码杀线虫多肽,其抑制或杀死线虫并因而通过免受根损伤来提高产量。参见例如美国专利号7,301,069。此外,氮转运蛋白基因能在根特异性基础上表达以促进硝酸盐吸收并因而增强生长和氮利用效率。参见例如美国专利号7,982,093。
本文进一步公开了在植物或植物细胞中表达感兴趣的核苷酸序列的方法,其包括向植物或植物细胞引入表达盒,所述表达盒包含与感兴趣的异源核苷酸序列可操作连接的启动子,其中所述启动子包含SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列,且其中该启动子促进在所述植物中的转录。在某些方面,所述表达盒还包含SEQ ID NO:2所示核苷酸序列。
本文进一步公开了诱导感兴趣的核苷酸序列在植物中根特异性表达的方法,包括:向植物细胞引入表达盒并从植物细胞再生植物,所述植物具有稳定整合入其基因组的表达盒,该表达盒包含与感兴趣的异源核苷酸序列可操作连接的启动子,其中所述启动子包含核苷酸序列,所述核苷酸序列包含SEQ ID NO:1所示的序列。在某些实施方案中,所述表达盒还包干SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列。在进一步的实施方案中,所述感兴趣的核苷酸序列的根特异性表达在植物中导致相对于野生型植物增强产量相关的性状。在更进一步的实施方案中,所述增强的产量相关的性状在生物或非生物胁迫条件下增强。在再进一步的实施方案中,所述产量相关的性状包括:增加的种子产量、增加的生物量、改进的针对害虫和疾病的保护和/或提高的资源利用效率。
根据某些实施方案,所述植物是甜菜、苜蓿、甘蔗、马铃薯、大豆、油菜(rapeseed)、木薯、玉米、小麦、大麦、小米、黑麦、黑小麦、高粱、向日葵、稻、草皮草、棉花、花生、烟草、番茄、蜀黍(milo)、燕麦、柳枝稷、蔬菜、水果或树。在优选实施方案中,所述植物是玉米。
根据实验的实施例
制定(develop)实验计划以生成有所需目标特征的启动子:(1)在根中特异性起作用;(2)对根有紧密特异性(在其它组织如叶中不起作用);(3)对环境条件和内源激素信号相对不敏感;和(4)当与转基因可操作连接时促进在根中的表达。
(A)鉴定潜在的特异性根表达基因和启动子。为鉴定这类候选基因,我们首先从来自NCBI小片段序列集(short read archive)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra)获取所有公开可用的玉米组织特异性RNA-seq数据。使用B73基因组参考序列,我们使用cufflinks以评估组织特异性差异表达的基因(http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/tools/)。根据这些分析结果,如果(1)基因以根中每百万作图的(mapped)片段(FPKM)每外显子千碱基最小5个片段在根中表达,和(2)基因在次高表达(next highly expressed)组织中的表达不超过其根表达的一些极小(minimal)水平(1%,2%,3%,4%或5%),则鉴定基因为根特异性表达。基因随后根据此表达比例(根表达相比次高的组织表达)排序以用于进一步检测。用此方法总共鉴定了184个基因。
对于各选定的高优先级基因,获得其启动子序列并就已知启动子基序(如TATA盒)进行分析,所述启动子序列定义为其转录起始位点上游500-1000bp,使用经genomatix(获自https://www.genomatix.de/)或ExPASy门户的可用生物信息学工具。
(B)挑选(shortlist)来自上面列表的候选基因以用于进一步分析。进一步评估上面184个基因的数据集,用4种不同参数选择最优先的候选。
第一标准是确定任何候选基因或其相互作用伴侣是否与相关生物合成途径中的已知基因相关。使用称为CORNET的数据挖掘工具(De Bodt等.2012)用于网络相关性分析,发现不存在潜在关联性。
第二标准涉及确定上述基因或其相互作用伴侣是否响应感兴趣的性状(TOI)。为挖掘稳健的拟南芥性状相关性数据集,首先通过phytozome中的氨基酸序列搜索查询来鉴定上述基因的拟南芥直系同源物(Goodstein等2012)。此标准允许选择9个假定RSP候选(表1)。表1所示的3个基因各自对TOI正响应、负响应和不响应。还选择来自初始列表的基因GRMZM2G146502,因为其注释为根冠外围2蛋白。通过文献检索鉴定编码液泡膜内在蛋白的另一基因GRMZM2G125023(ZmTIP2-3),并将其加入所挑选的候选基因列表(表1)。
随后分析11个最优先的候选基因(表1)的所需空间动力学。使用Maize-EFP浏览器(Sekhon等.2011),显示每个基因与根优选表达相关。
最终标准基于确定是否已知任何潜在知识产权问题的评估。
上述分析选择了3个基因用于验证研究:GRMZM2G112619、GRMZM2G146502和GRMZM2G125023。
(C)确定基因表达水平,以检查根活性。使用qRT-PCR评估3个选定的基因(代表RSP候选基因)GRMZM2G146502(简称,ICprom1g)、GRMZM2G112619(ICprom2g)和GRMZM2G125023(ICprom3g)的组织特异性表达。对于此分析,玉米自交系B73在集成的植物生长设备中于盆栽材料(允许容易提取根)内生长,生长状况为80.6–84.2°F日/夜温度、30%最小RH、16小时日长。滴灌设为10分钟,3x/天,滴注速率为每小时1/2加仑。来自10、15和30日龄植物的叶和根组织(100mg)收集与液氮中并保存于-80℃冰箱,待用。使用RNeasy迷你试剂盒((Qiagen,Cat#74104)遵循厂商说明,自在不同时间点收集的叶和根组织分离总RNA。在Nanodrop 2000分光光度计(Thermo Scientific,Waltham,MA,USA)上定量RNA后,用DNaseI处理3μg的总RNA以通过Turbo DNA free试剂盒(Ambion,Cat#AM1907)去除DNA。RNA用第一链合成系统(Invitrogen,La Jolla,CA,USA)转录成cDNA。cDNA样品用CFX-384实时系统(Bio-rad)定量,所述定量使用含有以下的缓冲液:1x Taq缓冲液、1xSYBR Green、10nM荧光素(Biorad)、0.1%(v/v)吐温20、5%(v/v)DMSO、50μg/ml BSA、0.25mM dNTPs、250nM引物和1U Taq DNA聚合酶。PCR条件是在95℃初始变性3分钟,40轮的95℃ 10秒,55℃ 10秒,72℃ 20秒(Nusinow等.2011)。来自玉米的富含甘氨酸的RNA结合蛋白2基因(GRMZM2G080603)用作标准化对照(Sekhon等.2011)。引物用Primer 3设计并列于表2。
定量RT-PCR数据(用ΔΔCt法分析)表明,ICprom1g显示在10d、15d和21d,相较于同一时间点的叶,根中的表达分别多23、22和12倍。ICprom2g显示在10d和15d有2和3倍表达,但表达在21d减少。在10d,根组织的ICprom3g表达相较于叶提高54倍,在15d和21d相较于叶组织分别高22和12倍。
根据这些数据,选择ICprom1g和ICprom3g上游启动子以建立启动子-报告子构建体用于测定多种组织类型中的表达活性。
(D)测定最优候选基因在多个组织中的表达活性。从所选定的基因ICprom1g和ICprom3g,在Gene2Promoter分析基础上用软件计算出分别为601bp和637bp的5’启动子。通过用于快速扩增cDNA末端的3’RACE系统(Invitrogen,Cat#18373-019),我们测定了ICprom1g和ICprom3g的3’UTR在植物中的(in planta)长度分别为201bp和230bp。
合成候选启动子ICprom1和ICprom3以及其各自的3’UTR——ICpromU1和ICpromU3(根据GenScript合同),加入合适的RE位点。本文称为GOI的报告基因也在Genscript合成。使用HindIII和KpnI位点将候选启动子ICprom1和ICprom3与GOI融合。使用AscI和PstI位点将ICpromU1和ICpromU3 3’UTR与启动子-GOI连接。使用HindIII和PstI位点将融合片段ICprom1/GOI/ICpromU1和ICprom3/GOI/ICpromU3克隆到双元载体pPZP212(Hajdukiewicz等,1994),该载体含有nptII作为植物选择性标记。
包含候选启动子-GOI构建体的pPZP212载体随后转至根癌农杆菌(Agrobacteriumtumefaciens)菌株EHA101以用于玉米转化。
初始评估转基因植物中的候选RSP表明,ICprom1不具有一致结果且不明显是根特异性,而ICprom3是恒定且出众的RSP。因此,对付诸实施的描述和进一步评估是对ICprom3进行的。图2显示ICprom3的合成的序列而图3显示单独的3’UTR区,各自加入RE位点。图4是ICprom3/GOI/ICpromU3转化载体的图。
为产生转基因玉米,遵循Sidorov等,2005所述的操作,使用玉米自交系H99的幼胚。所有植物如前所述在温室中生长。T0植物与自交系B73杂交以产生用于评估的T1植物。
收获携带ICprom3/GOI/ICpromU3的玉米T1植物,并如前所述通过RT-PCR和定量RT-PCR分析叶和根中的GOI表达。
图5显示来自转基因事件964-10的9个单独家族的叶和根的GOI和内源参考基因(GRMZ2G080603)的RT-PCR结果,。参考基因数据指示叶和根的表达,而GOI表达在根中更明显。定量RT-PCR结果(图6)显示,相对于参考基因,GOI在根中的表达多数倍,而叶中没有。
图7和图8分别就采用ICprom3/GOI/ICprom3构建体的另一独立转基因事件964-12确定了与上面相同的结果。
上面提供的数据证明ICprom3是强根特异性启动子。
上面的描述和附图包括本发明的说明性实施方案。本文所述的上列实施方案和方法可根据本领域技术人员的能力、经验和偏好而变化。仅以一定顺序列出方法步骤,并不对方法步骤的顺序构成任何限制。上面的描述和附图仅解释和说明本发明,本发明不限于此,除非权利要求如此限定。面对所公开内容,本领域技术人员能在其中进行修改和变化,而不偏离本发明范围。
参考文献
Abbitt SE.(2009).Seed-preferred regulatory elements.USPTO 7,622,637.
Broglie KE.,Hubbard NL.,Klein TM.,和Lightner JE.(2002)Starches viamodification of expression of starch biosynthetic enzyme genes.USPTO 6,376,749.
Bruce WB.和Niu X.(2001).Novel root-preferred promoter elements andmethods of use.USPTO application 20010047525.Now abandoned.
Curtis MD,Grossniklaus U.(2003).A Gateway Cloning Vector Set forHigh-Throughput Functional Analysis of Genes in Planta.Plant Physiology,133(2):462-469.
De Bodt S.,Hollunder J.,Nelissen H.,Meulemeester N.,Inze′D.(2012).CORNET 2.0:integrating plant coexpression,protein-protein interactions,regulatory interactions,gene associations and functional annotations.NewPhytol.195:707-20.
Furtado A.,Henry RJ.和Pellegrineschi A.(2009).Analysis of promotersin transgenic barley and wheat.Plant Biotech Journal,7,240-253.
Goodstein DM.,Shu S.,Howson R.,Neupane R.,Hayes RD.,Fazo J.,等.Phytozome:a comparative platform for green plant genomics.Nucleic AcidsRes.2012;40:D1178-D1186.
Hajdukiewicz P.,Svab Z.和Maliga P.(1994).The small,versatile pPZPfamily of Agrobacterium binary vectors for plant transformation.PlantMolecular Biology,25(6):989-994.
Kridl JC.和Knauf VC.(1995).Seed-specific transcriptionalregulation.USPTO 5,420,034.
Nusinow DA.,Helfer A.,Hamilton EE.,等.(2011).The ELF4-ELF3-LUXComplex Links the Circadian Clock to Diurnal Control of HypocotylGrowth.Nature,475(7356):398-402.
Sekhon R S.,Lin H.,Childs KL.,Hansey CN.,Buell CR.,de Leon N.和Kaeppler SM.(2011).Genome-wide atlas of transcription during maizedevelopment.The Plant Journal,66:553-563.
Sidorov V,Gilbertson L,Addae P and Duncan D.(2005).Agrobacteriummediated transformation of seedling-derived maize callus.Plant Cell Rep.25,320–328.

Claims (20)

1.一种在植物或植物细胞中表达感兴趣的核苷酸序列的方法,包括向植物或植物细胞中引入表达盒,所述表达盒包含与感兴趣的异源核苷酸序列可操作连接的启动子,其中所述启动子包含SEQ ID NO:1所示的序列,其中所述启动子促进在所述植物中的转录。
2.如权利要求1所述的方法,其中所述表达盒还包含SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列。
3.一种诱导感兴趣的核苷酸序列在植物中根特异性表达的方法,包括:向植物细胞中引入表达盒并从所述植物细胞再生植物,所述植物具有稳定整合入其基因组的所述表达盒,所述表达盒包含与感兴趣的异源核苷酸序列可操作连接的启动子,其中所述启动子包含核苷酸序列,所述核苷酸序列包含SEQ ID NO:1所示的序列。
4.如权利要求3所述的方法,其中所述表达盒还包含SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列。
5.如权利要求3所述的方法,其中所述感兴趣的核苷酸序列的根特异性表达导致植物中相对于野生型植物增强的产量相关的性状。
6.如权利要求5所述的方法,其中所述增强的产量相关的性状在生物或非生物胁迫条件下增强。
7.如权利要求5所述的方法,其中所述产量相关的性状包括:增加的种子产量、增加的生物量、改进的针对害虫和疾病的保护和/或提高的资源利用效率。
8.如权利要求3所述的方法,其中所述植物是甜菜、苜蓿、甘蔗、马铃薯、大豆、油菜、木薯、玉米、小麦、大麦、小米、黑麦、黑小麦、高粱、向日葵、稻、草皮草、棉花、花生、烟草、番茄、蜀黍、燕麦、柳枝稷、蔬菜、水果或树。
9.一种表达盒,包含:
a.启动子,包含SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列;
b.与所述启动子可操作连接的感兴趣的异源核苷酸序列,其中所述启动子促进所述感兴趣的核苷酸序列在植物细胞中的转录。
10.如权利要求9所述的表达盒,还包含SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列。
11.一种重组载体,包含权利要求9的表达盒。
12.如权利要求11所述的重组载体,其中所述载体是质粒。
13.一种重组载体,包含权利要求10的表达盒。
14.如权利要求13所述的重组载体,其中所述载体是质粒。
15.一种转化有权利要求9的表达盒的植物、植物部分或植物细胞。
16.一种转化有权利要求9的表达盒的植物,其中感兴趣异源序列以根特异性方式表达。
17.如权利要求15所述的植物,其中所述植物是甜菜、苜蓿、甘蔗、马铃薯、大豆、油菜、木薯、玉米、小麦、大麦、小米、黑麦、黑小麦、高粱、向日葵、稻、草皮草、棉花、花生、烟草、番茄、蜀黍、燕麦、柳枝稷、蔬菜、水果或树。
18.权利要求15的植物的可收获部分,其中所述可收获部分是种子。
19.如权利要求15所述的植物,其中所述植物具有增强的产量相关的性状,所述性状包括相对于野生型植物增加的种子产量、增加的生物量、改进的针对害虫和疾病的保护和/或提高的资源利用效率。
20.如权利要求15所述的植物,其中所述增强的产量相关的性状在生物或非生物胁迫条件下增强。
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Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101280313A (zh) * 2008-05-21 2008-10-08 中国农业大学 一种根特异性启动子及其重组表达载体
CN102559676A (zh) * 2011-12-09 2012-07-11 上海市农业生物基因中心 水稻根特异性启动子及其应用
WO2013012885A2 (en) * 2011-07-19 2013-01-24 Grassroots Biotechnology, Inc. Regulatory polynucleotides and uses thereof
US20140173779A1 (en) * 2012-04-06 2014-06-19 The University Of Guelph Methods and Compositions for Effecting Developmental Gene Expression in Plants

Family Cites Families (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5420034A (en) 1986-07-31 1995-05-30 Calgene, Inc. Seed-specific transcriptional regulation
US5837848A (en) 1990-03-16 1998-11-17 Zeneca Limited Root-specific promoter
EP0868520B1 (en) 1995-12-20 2009-01-14 E.I. Du Pont De Nemours And Company Novel starches via modification of expression of starch biosynthetic enzyme genes
EP1248850A2 (en) 2000-01-21 2002-10-16 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Root-preferred promoter elements and methods of use
WO2006085966A2 (en) 2004-06-30 2006-08-17 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Methods of protecting plants from pathogenic fungi and nematodes
CN101346061B (zh) 2005-12-23 2012-04-25 阿凯迪亚生物科学公司 来自水稻的启动子序列及其应用方法
US7622637B2 (en) 2007-08-13 2009-11-24 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Seed-preferred regulatory elements
MX357387B (es) * 2007-12-27 2018-07-06 Evogene Ltd Polipeptidos, polinucleotidos aislados utiles para modificar la eficacia en el uso de agua, eficacia en el uso del fertilizante, la tolerancia al estres biotico/abiotico, el rendimiento y biomasa en plantas.
KR100974820B1 (ko) 2008-02-19 2010-08-09 전남대학교산학협력단 고추 아쿠아포린 유전자 유래 뿌리 특이적 발현 프로모터및 이를 포함하는 뿌리 특이적 발현 벡터
KR20120093455A (ko) 2008-08-29 2012-08-22 인터디지탈 패튼 홀딩스, 인크 다운링크 공유 서비스에 대한 피드백 신호를 전송하고 무선 송수신 유닛의 갯수를 추정하기 위한 방법 및 장치
BR112013020824A8 (pt) 2011-02-15 2018-07-10 Pioneer Hi Bred Int molécula de ácido nucleico isolada, cassete de expressão, vetor, célula vegetal, planta, semente transgênica, método para expressar uma sequência de nucleotídeos em uma planta ou uma célula vegetal
US9243258B2 (en) 2013-03-12 2016-01-26 Pioneer Hi Bred International Inc Root-preferred promoter and methods of use
EP3130675A1 (en) 2015-08-10 2017-02-15 Genoplante-Valor Method for plant improvement

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101280313A (zh) * 2008-05-21 2008-10-08 中国农业大学 一种根特异性启动子及其重组表达载体
WO2013012885A2 (en) * 2011-07-19 2013-01-24 Grassroots Biotechnology, Inc. Regulatory polynucleotides and uses thereof
CN102559676A (zh) * 2011-12-09 2012-07-11 上海市农业生物基因中心 水稻根特异性启动子及其应用
US20140173779A1 (en) * 2012-04-06 2014-06-19 The University Of Guelph Methods and Compositions for Effecting Developmental Gene Expression in Plants

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
CHAN JU LIM等: "Screening of Tissue-Specif ic Genes and Promoters in Tomato by Comparing Genome Wide Expression Profiles of Arabidopsis Orthologues", 《MOLECULES AND CELLS》 *
YONG-LI XIAO 等: "High throughput generation of promoter reporter (GFP) transgenic lines of low expressing genes in Arabidopsis and analysis of their expression patterns", 《PLANT METHODS》 *
李凤龙等: "植物根特异性启动子研究进展", 《安徽农业科学》 *
王春燕: "根特异性启动子的种类和功能", 《生物技术通报》 *

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