CN107849565A - Atp结合盒家族的编码多核糖核苷酸及其制剂 - Google Patents
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Abstract
公开了编码肽、蛋白质、酶及其功能片段的多核苷酸。本公开的多核苷酸可被有效递送到器官,如肺,并在所述器官的细胞内被表达。本公开的多核糖核苷酸可用来治疗与ATP结合盒(ABC)家族基因如ABCA3相关的疾病或状况。
Description
交叉引用
本申请要求根据35U.S.C.§119,于2015年6月30日提交的EP15174677.3的权益,其通过引用整体并入本文。
背景技术
信使RNA(mRNA)是含有多个连接的核苷酸的多聚体(聚合物,polymer),每个核苷酸由糖、磷酸基和碱基构成。每个mRNA多聚体沿着核苷酸链储存遗传信息。信使RNA多聚体将来自细胞核中的DNA的遗传信息携带到形成蛋白质的细胞质。mRNA中的每个核苷酸三联体被称作密码子,并且每个密码子指定经翻译的蛋白质中氨基酸的身份。
细胞还可摄取并翻译外源性RNA,但是多种因素影响有效摄取和翻译。比如,免疫系统将很多外源性RNA识别为外来物质并触发响应,该响应目的在于使该RNA失活。另外,很多外源性RNA不充分稳定以在宿主细胞中足够地表达。
发明内容
本公开提供了包含经修饰的多核糖核苷酸的组合物,其用来治疗患有或者怀疑患有与ATP结合盒(ABC)家族基因(如可与呼吸窘迫综合征相关的ABCA3)相关的疾病的个体。经修饰的多核糖核苷酸可包括针对暴露于经修饰的多核糖核苷酸的个体的细胞内的翻译被优化的密码子序列,其中在翻译后,经修饰的多核糖核苷酸产生缓解疾病症状的多肽。ATP结合盒家族中的基因可选自由以下组成的群组:ABCA1、ABCA3、ABCA4、ABCA12、ABCB4、ABCB7、ABCB11、ABCC2、ABCC6、ABCC8、ABCC9、ABCD1、ABCG5、ABCG8和CFTR。在一些情况下,ATP结合盒家族中的基因为ABCA3或者与人类ABCA3至少70%同源。在一些情况下,组合物包含的阳离子聚合物的胺基团摩尔数与经修饰的多核糖核苷酸的磷酸基团的摩尔数的比例为至少约8。在一些情况下,组合物选自表8。在一些情况下,优化的密码子序列在个体细胞内翻译的有效性比未优化的密码子序列高至少20%。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸包含未修饰的核苷酸和经修饰的核苷酸的组合。本公开的组合物可用来治疗疾病,并且该疾病可选自由以下组成的群组:年龄相关性黄斑变性、良性复发性肝内胆汁郁积症、坎图综合征(Cantu syndrome)、先天性双侧输精管缺如、先天性高胰岛素血症、囊性纤维化、杜-约二氏综合征、家族性扩张性心肌病、家族性HDL缺乏症、婴儿泛发性动脉钙化、斑色鱼鳞病、遗传性胰腺炎、妊娠期肝内胆汁郁积症、片层状鱼鳞病、永久性新生儿糖尿病、进行性家族性肝内胆汁郁积症、弹性假黄瘤病、色素性视网膜炎、谷固醇血症、斯特格黄斑变性(Stargardt macular degeneration)、表面活性物质功能障碍(surfactantdysfunction)、丹吉尔病、X-连锁脑白质肾上腺萎缩症、X-连锁铁粒幼红细胞性贫血和共济失调。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸在具有经修饰的多核糖核苷酸的个体的细胞中提供一定时间段的多肽表达,其中所述时间段为上至4周,其中与已暴露于编码多肽的未修饰的多核糖核苷酸的对照细胞中的表达相比,表达被增强。该时间段可以是至少约30秒以及上至5天。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸包含处于编码多肽的密码子序列侧翼的3′或5′非编码区,其中非编码区协助细胞中多肽的增强表达。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸被配制在纳米颗粒、纳米胶囊、阳离子脂质、阳离子聚合物、纳米乳液中。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸包含尿苷类似物或胞苷类似物。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸包含5%至50%的尿苷类似物或5%至50%的胞苷类似物。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸包含15%至30%的尿苷类似物或15%至30%的胞苷类似物。在一些情况下,尿苷类似物选自由以下组成的群组:假尿苷、2-硫尿苷、5-碘尿苷和5-甲基尿苷。在一些情况下,胞苷类似物选自由以下组成的群组:5-甲基胞苷、2′-氨基-2′-脱氧胞苷、2′-氟-2′-脱氧胞苷和5-碘胞苷。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸包含5-甲基胞苷或假尿苷。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸包含(i)尿苷和胞苷;以及(ii)尿苷和胞苷的类似物。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸包含腺苷类似物或鸟苷类似物。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸包含(i)腺苷或鸟苷;以及(ii)腺苷或鸟苷的类似物。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸包含小于50%的腺苷或鸟苷类似物。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸包含(i)腺苷和鸟苷;以及(ii)腺苷和鸟苷的类似物。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸在暴露于经修饰的多核糖核苷酸的细胞中具有大于80%的转染效率。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸基本上不引起由暴露于经修饰的多核糖核苷酸的外周血单核细胞表达的至少一种炎性标记物的水平的变化。在一些情况下,(i)密码子序列是其缺损或缺陷与疾病的存在相关的基因或片段,或者(ii)多肽的缺乏或缺陷与疾病的存在相关。例如,ABCA3基因的缺陷可能是呼吸窘迫综合征的原因。在一些情况下,经修饰的多核糖核苷酸,与编码多肽的未修饰多核糖核苷酸相比,降低个体的免疫响应,该免疫响应通过与暴露于未修饰多核糖核苷酸的对照中的外周血单核细胞中的至少一种炎性标记物的水平的对比,暴露于经修饰的多核糖核苷酸的外周血单核细胞表达的选自TNF-α、IL-2和IL-8的至少一种炎性标记物的水平来确定。
通过以下详细描述,本公开的其它方面和优势对于本领域技术人员而言将变得显而易见,其中仅显示和描述了本公开的示例性实施方式。将认识到,本公开能够有其它不同的实施方式,并且其一些细节可以在各种显而易见的方面发生改动,并且都没有偏离本公开。因此,附图和描述本质上应被认为是示例性的,而非限制性的。
通过引用而并入
该说明书中提到的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文,程度如同表示每个单独的出版物、专利或专利申请被具体地和单独地通过引用并入本文。
附图说明
本发明的新颖特征具体地在所附权利要求书中展示。本发明的特征和优势将通过参考展示了利用本发明原理的示例性实施方式的以下详细描述和其附图而得到更好的理解,该附图:
图1示例了给小鼠气溶胶施用本公开的工程多核糖核苷酸的实例。
图2是示例转染后6小时具有不同UTR的ABCA3 mRNA在A549细胞中的翻译的蛋白质印迹。
图3是示例在HEK-293细胞中从包含各种核苷酸修饰的mRNA进行的ABCA3蛋白表达的蛋白质印迹。
图4是示例在A549细胞中从包含各种核苷酸修饰的mRNA进行的ABCA3蛋白表达的蛋白质印迹。
图5是示例在MLE-15细胞中从包含各种核苷酸修饰的mRNA进行的ABCA3蛋白表达的蛋白质印迹。
图6示例HEK-293细胞、A549细胞和MLE-15细胞中在mRNA转染后6小时通过蛋白质印迹测量的ABCA3蛋白表达水平的对比。
图7示例从包含各种核苷酸修饰的ABCA3-FLAG mRNA翻译ABCA3蛋白的A549细胞中的IL-6的诱导。
图8示例从包含各种核苷酸修饰的ABCA3-FLAG mRNA翻译ABCA3蛋白的HepG2细胞中的IP-10的诱导。
图9示例用包含各种化学修饰的mRNA转染后的A549细胞的细胞存活力。
图10示例用包含各种化学修饰的mRNA转染后的HEP G2细胞的细胞存活力。
图11示例测量来自用包含各种化学修饰的mRNA转染后的A549细胞的IL-6水平的ELISA分析的结果。
图12示例测量来自用包含各种化学修饰的mRNA转染后的A549细胞的IP-10水平的ELISA分析的结果。
图13是示例体外在肺细胞中由SEQ ID NO:17表达的ABCA3多肽的翻译的时间过程的蛋白质印迹。
具体实施方式
尽管本文显示和描述了本发明的多种实施方式,但对本领域技术人员显而易见的是,这种实施方式仅作为实例给出。本领域技术人员可在不偏离本发明的情况下想到多种变型、改变和替代。应理解,可采用本文所述发明实施方式的各种替代形式。
如本文所使用,术语“个体”总体上是指人类。在一些情况下,个体还可以是动物,如小鼠、大鼠、豚鼠、狗、猫、马、兔以及各种其它动物。个体可以是任何年龄的,例如,个体可以是婴儿、幼儿、儿童、前青少年(pre-adolescent)、青少年、成人或老年人。
如本文所使用,术语“疾病”总体上是指影响个体的部分或整体的异常生理状况,如病症(例如,哮喘)或癌症。
如本文所使用,术语“癌症”总体上是指任何由细胞异常分裂引起的生长。癌症可以由异常细胞的分裂引起的恶性或良性生长或者肿瘤。癌症可以是血液系统癌症,或者癌症可以是实体癌。癌症可以是疾病,可以是个体身体任何部分中的异常细胞的良性或恶性的不受控的分裂。涵盖的癌症的非限制性实例包括乳腺癌和肺癌。肺癌的实例是非小细胞肺癌、小细胞肺癌和肺类癌瘤。乳腺癌的实例包括转移性乳腺癌、炎性乳腺癌、三阴性乳腺癌(孕酮、雌激素和HER2/neu受体阴性)、浸润性导管癌和原位管癌。
如本文所使用,术语“多核苷酸”或“核酸”是指任何长度的核苷酸多聚体形式——核醣核苷酸或脱氧核醣核苷酸,包含嘌呤碱基和嘧啶碱基——经化学修饰或生物化学修饰的、天然或非天然的、或衍生的核苷酸碱基。在一些实施方式中,多核苷酸包含嘌呤和/或嘧啶类似物。多核苷酸包括脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA)、或核糖核酸的DNA拷贝(cDNA)的序列,其全都可以重组产生、人工合成或者从天然来源分离和纯化。多核苷酸和核酸可以单链或双链存在。多核苷酸的骨架可包含糖和磷酸基团(如一般可在RNA或DNA中找到)或经修饰或取代的糖或磷酸基团。多核苷酸可包含经修饰的核苷酸,包括天然存在的或非天然存在的核苷酸,如甲基化的核苷酸和核苷酸类似物(analogues或analogs)。核苷酸序列可被非核苷酸组分中断。
如本文所使用,术语“多核糖核苷酸”总体上是指含有大于50%的核糖碱基(包括未修饰的和/或经修饰的核醣核苷酸)的多核苷酸聚合物。该术语还指包含核糖核酸的多核苷酸聚合物,如含有大于50%的核糖碱基(包括未修饰的和/或经修饰的核醣核苷酸)的多核苷酸聚合物。该术语还指包含经化学修饰的核醣核苷酸(如类似物)的多核苷酸聚合物。多核糖核苷酸可由D-核糖(其可在自然界找到)和L-核糖(其在自然界中找不到)形成。
如本文所使用,术语“多肽”总体上是指由通过酰胺键(肽键)连接在一起的氨基酸残基单体构成的聚合物链。氨基酸可以是L-光学异构体或D-光学异构体。多肽可以是至少三个氨基酸的链、肽模拟物、蛋白质、重组蛋白质、抗体(单克隆或多克隆)、抗体片段、单链可变区片段(scFv)、抗原、表位、酶、受体、维生素、或结构类似物或其组合。如本文所使用,形成多肽的L-对映体和D-对映体氨基酸的缩写如下:丙氨酸(A,Ala);精氨酸(R,Arg);天门冬酰胺(N,Asn);天门冬氨酸(D,Asp);半胱胺酸(C,Cys);谷氨酸(E,Glu);谷氨酰胺(Q,Gln);甘氨酸(G,Gly);组胺酸(H,His);异亮胺酸(I,Ile);亮胺酸(L,Leu);赖胺酸(K,Lys);蛋氨酸(M,Met);苯丙氨酸(F,Phe);脯氨酸(P,Pro);丝氨酸(S,Ser);苏氨酸(T,Thr);色氨酸(W,Trp);酪氨酸(Y,Tyr);缬胺酸(V,Val)。X或Xaa可表示任何氨基酸。
如本文所使用,术语“工程型”通常是指非天然存在的、经基因修饰的多核苷酸、载体和核酸构建物,其已经过基因设计和操作以在细胞内提供多核苷酸。在一些实施方式中,工程型是指已经过基因设计和操作以在细胞内提供多核苷酸的多核苷酸、载体和核酸构建物。工程多核苷酸可部分或全部在体外合成。工程多核苷酸还可被克隆。工程多核糖核苷酸可含有一个或多个经修饰的碱基或者碱基或糖类似物,如信使RNA中非天然存在的核醣核苷酸。工程多核糖核苷酸可含有经修饰的、存在于转运RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、向导RNA(gRNA)、小核RNA(snRNA)、小核仁RNA(snoRNA)、SmY RNA、剪接前导RNA(SL RNA)、CRISPRRNA、长链非编码RNA(lncRNA)、微RNA(miRNA)或另一适当RNA中的核苷酸或核苷酸类似物。
概要
本公开提供了用编码蛋白质或蛋白质片段(一个或多个)的稳定核酸来治疗状况的组合物和方法。本公开还提供向个体递送多核糖核苷酸的方法,该多核糖核苷酸可在表面活性物质产生所涉及的细胞内被翻译。比如,ABCA3基因提供形成表面活性物质产生所涉及的蛋白质的指令。表面活性物质可以是某些脂肪(称作磷脂)和蛋白质的混合物,其内衬肺组织(lines the lung tissue)并促进肺的扩张和收缩以及个体的呼吸。若没有正常的表面活性物质,围绕肺中气囊(肺泡)的组织会在呼气后粘在一起(由于被称作表面张力的力),导致肺泡塌缩。因此,基于每次呼吸的肺充气可能难以进行,并可能有损氧气向身体的输送。这会导致个体(如婴儿)的呼吸窘迫综合征。
ABCA3蛋白一般被发现于包围片层体的膜中,该片层体是其中封装构成表面活性物质的磷脂和蛋白质的细胞结构。ABCA3蛋白可将磷脂运输到片层体中,在此其与表面活性蛋白相互作用,形成表面活性物质。ABCA3蛋白还呈现涉及正常片层体的形成。除封装外,片层体还可对于表面活性蛋白的恰当加工是重要的,而恰当加工对于蛋白质的成熟和发挥作用是必要的。本公开的工程多核糖核苷酸可在个体细胞内被递送和翻译,以产生ABCA3蛋白、其功能片段或功能同源体,从而治疗状况,该状况例如与表面活性物质产生中的缺陷相关。
在一些情况下,工程多核糖核苷酸包含表1所示的5′非翻译区(UTR)和3′UTR的遗传密码:
工程多核苷酸可包括ABCA3基因的mRNA序列(SEQ ID NO:8)、ABCA3的DNA序列(SEQID NO:9)、具有5′CYBA UTR和3′CYBA UTR的天然ABCA3DNA序列(SEQ ID NO:10)、具有5′CYBA UTR和3′CYBA UTR的天然ABCA3mRNA序列(SEQ ID NO:11)、具有5′CYBA UTR和3′CYBAUTR的密码子优化ABCA3 DNA序列(SEQ ID NO:12)、或具有5′CYBA UTR和3′CYBA UTR的密码子优化ABCA3 mRNA序列(SEQ ID NO:13)。
在一些情况下,工程多核糖核苷酸包含ATP结合盒(ABC)家族基因的至少一部分序列。ATP结合盒家族基因可以是ABCA1、ABCA3、ABCA4、ABCA12、ABCB4、ABCB7、ABCB11、ABCC2、ABCC6、ABCC8、ABCC9、ABCD1、ABCG5、ABCG8或CFTR。工程多核糖核苷酸可包含与ATP结合盒(ABC)家族基因的序列至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或至少95%同源的序列。
工程多核苷酸
本公开提供核酸分子,如多核苷酸,其编码一种或多种目标多肽。术语核酸包括包含核苷酸多聚体的任何化合物和/或物质。含有大于50%的核糖碱基或修饰核醣核苷酸或核醣核苷酸类似物的核苷酸多聚体被称作多核糖核苷酸。工程多核苷酸序列可衍生自,例如,DNA、RNA、mRNA转录物、基因组DNA、线粒体DNA、线粒体RNA或者其它包含目标基因的遗传信息的适当核酸。核酸构建物、载体、工程多核苷酸或多核糖核苷酸、或组合物可衍生自携带突变基因和多态性(polymorphisms)的核酸。
除了四种经典的/典型的核醣核苷酸,即腺苷、鸟苷、胞苷和尿苷,几种细胞RNA还含有多种结构不同的核醣核苷酸。在转运RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、信使RNA(mRNA)和小核RNA(snRNA)中已经鉴定出约一百种结构不同的核苷酸、修饰核苷酸或核苷酸类似物。在tRNA中,一些核苷酸或修饰核苷酸可能是氨酰化和密码子识别的特异性和有效性的重要决定因子。这种结构不同的核醣核苷酸可以是修饰核醣核苷酸或核苷酸类似物。在一些情况下,本公开的多核苷酸被工程改造,以包含修饰核醣核苷酸或核醣核苷酸类似物。
可形成本公开的多核苷酸的示例性核酸包括,但不限于,核糖核酸(RNA)、脱氧核糖核酸(DNA)或其混杂物。可形成本公开的多核苷酸的至少部分的示例性修饰核苷酸包括,但不限于,假尿苷(Ψ)、5-碘尿苷(I5U)、5-碘胞苷(I5C)、2-硫尿苷(s2U)、5-甲基胞苷(m5C)。
修饰,如化学修饰,可位于核酸分子的一个或多个核苷或骨架上。其可位于核苷和骨架连接体上。可在体外将修饰工程改造到多核苷酸中。修饰的核醣核苷酸和核酸类似物还可通过典型核醣核苷酸的共价修饰在转录后被合成。
本公开的工程多核糖核苷酸可包含经修饰的嘌呤和嘧啶或者嘌呤和嘧啶类似物。在一些情况下,本公开的多核糖核苷酸包含经修饰的嘧啶,如修饰尿苷和/或修饰胞苷。在一些情况下,修饰尿苷或尿苷类似物选自假尿苷(ψ)、2-硫尿苷(s2U)、5-甲基尿苷(m5U)、5-甲基尿苷(m5U)、5-碘尿苷(I5U)、4-硫尿苷(s4U)、5-溴尿苷(Br5U)、2′O-甲基尿苷(U2′m)、2′-氨基-2′-脱氧尿苷(U2′NH2)、2′-叠氮基-2′-脱氧尿苷(U2′N3)和2′-氟-2′-脱氧尿苷(U2′F)。在一些情况下,修饰胞苷选自5-甲基胞苷(m5C)、3-甲基胞苷(m3C)、2-硫胞苷(s2C)、2′-O-甲基胞苷+(C2′m)、2′-氨基-2′-脱氧胞苷(C2′NH2)、2′-氟-2′-脱氧胞苷(C2′F)、5-碘胞苷(I5C)、5-溴胞苷5′-三磷酸(Br5C)和2′-叠氮基-2′-脱氧胞苷5′-三磷酸(C2′N3)。注意,当提到类似物时,前述类似物(或者下表中所列的类似物)还指处于其5′三磷酸盐形式的类似物。
在一些情况下,工程多核糖核苷酸包含至少一种修饰核醣核苷酸。在一些情况下,修饰核醣核苷酸在个体中的稳定性比非修饰(或未修饰)核醣核苷酸高至少25%。在一些情况下,修饰核苷酸在个体中的稳定性可比非修饰核醣核苷酸高至少30%、高至少35%、高至少40%、高至少45%、高至少50%、高至少55%、高至少60%、高至少65%、高至少70%、高至少75%、高至少80%、高至少85%、高至少90%或高至少95%。
多核糖核苷酸可具有以相同形式修饰的核苷酸,抑或不同修饰核苷酸的混合物。修饰核苷酸可具有在信使RNA中天然存在或非天然存在的修饰。可采用各种修饰核苷酸的混合物。例如,多核苷酸中的一种或多种修饰核苷酸可具有天然修饰,而另一部分具有在mRNA中非天然存在的修饰。在一些情况下,可通过改变修饰多核糖核苷酸中的修饰碱基的属性来选择性地优化RNA的稳定性。
表2示出了影响多核苷酸的稳定性或免疫原性的尿苷修饰的非限制性实例。
表3列出了影响多核苷酸的稳定性或免疫原性的胞苷修饰的非限制性实例。
表4示出了影响多核苷酸的稳定性或免疫原性的腺苷修饰的非限制性实例。
表5示出了影响多核苷酸的稳定性或免疫原性的鸟苷修饰的非限制性实例。
修饰核苷酸可选自包含以下的群组:吡啶-4-酮核糖核苷酸、5-氮-尿苷、2-硫-5-氮-尿苷、2-硫尿苷、4-硫-假尿苷、2-硫-假尿苷、5-羟基尿苷、3-甲基尿苷、5-羧甲基-尿苷、1-羧甲基-假尿苷、5-丙炔基-尿苷、1-丙炔基-假尿苷、5-牛磺酸基甲基尿苷、1-牛磺酸基甲基-假尿苷、5-牛磺酸基甲基-2-硫-尿苷、1-牛磺酸基甲基-4-硫-尿苷、5-甲基-尿苷、1-甲基-假尿苷、4-硫-1-甲基-假尿苷、2-硫-1-甲基-假尿苷、1-甲基-1-脱氮-假尿苷、2-硫-1-甲基-1-脱氮-假尿苷、二氢尿苷、二氢假尿苷、2-硫-二氢尿苷、2-硫-二氢假尿苷、2-甲氧基尿苷、2-甲氧基-4-硫-尿苷、4-甲氧基-假尿苷、4-甲氧基-2-硫-假尿苷、5-氮-胞苷、假异胞苷、3-甲基-胞苷、N4-乙酰基胞苷、5-甲酰基胞苷、N4-甲基胞苷、5-羟甲基胞苷、1-甲基-假异胞苷、吡咯并-胞苷、吡咯并-假异胞苷、2-硫-胞苷、2-硫-5-甲基-胞苷、4-硫-假异胞苷、4-硫-1-甲基-假异胞苷、4-硫-1-甲基-1-脱氮-假异胞苷、1-甲基-1-脱氮-假异胞苷、zebularine、5-氮-zebularine、5-甲基-zebularine、5-氮-2-硫-zebularine、2-硫-zebularine、2-甲氧基-胞苷、2-甲氧基-5-甲基-胞苷、4-甲氧基-假异胞苷、4-甲氧基-1-甲基-假异胞苷、2-氨基嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、7-脱氮-腺嘌呤、7-脱氮-8-氮-腺嘌呤、7-脱氮-2-氨基嘌呤、7-脱氮-8-氮-2-氨基嘌呤、7-脱氮-2,6-二氨基嘌呤、7-脱氮-8-氮-2,6-二氨基嘌呤、1-甲基腺苷、N6-甲基腺苷、N6-异戊烯基腺苷、N6-(顺-羟基异戊烯基)腺苷、2-甲基硫-N6-(顺-羟基异戊烯基)腺苷、N6-甘氨酰基氨基甲酰基腺苷、N6-苏氨酰基氨基甲酰基腺苷、2-甲基硫-N6-苏氨酰基氨基甲酰基腺苷、N6,N6-二甲基腺苷、7-甲基腺嘌呤、2-甲基硫-腺嘌呤、2-甲氧基-腺嘌呤、肌苷、1-甲基-肌苷、丫苷、怀丁苷(wybutosine)、7-脱氮-鸟苷、7-脱氮-8-氮-鸟苷、6-硫-鸟苷、6-硫-7-脱氮-鸟苷、6-硫-7-脱氮-8-氮-鸟苷、7-甲基-鸟苷、6-硫-7-甲基-鸟苷、7-甲基肌苷、6-甲氧基-鸟苷、1-甲基鸟苷、N2-甲基鸟苷、N2,N2-二甲基鸟苷、8-氧-鸟苷、7-甲基-8-氧-鸟苷、1-甲基-6-硫-鸟苷、N2-甲基-6-硫-鸟苷和N2,N2-二甲基-6-硫-鸟苷。
在一些情况下,工程多核糖核苷酸的至少约5%包括非天然存在的(例如,修饰的或工程改造的)尿嘧啶、腺嘌呤、鸟嘌呤或胞嘧啶,如本文所述的修饰核苷酸。在一些情况下,工程多核糖核苷酸的至少约10%、15%、20%、25%、30%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%包括非天然存在的尿嘧啶、腺嘌呤、鸟嘌呤或胞嘧啶。在一些情况下,工程多核糖核苷酸的至多约99%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%、1%包括非天然存在的尿嘧啶、腺嘌呤、鸟嘌呤或胞嘧啶。
本公开的工程多核糖核苷酸可包含一个或多个启动子序列以及任何相关的调控序列。启动子序列和/或相关调控序列可包含任何数量的修饰的或未修饰的核苷酸。启动子序列和/或任何相关调控序列可包含,例如,至少150个碱基或碱基对、200个碱基或碱基对、300个碱基或碱基对、400个碱基或碱基对、500个碱基或碱基对、600个碱基或碱基对、700个碱基或碱基对、800个碱基或碱基对、900个碱基或碱基对、1000个碱基或碱基对、2000个碱基或碱基对、3000个碱基或碱基对、4000个碱基或碱基对、5000个碱基或碱基对、或至少10000个碱基或碱基对。启动子序列和/或相关调控序列可包含任何数量的修饰的或未修饰的核苷酸,例如至多10000个碱基或碱基对、5000个碱基或碱基对、4000个碱基或碱基对、3000个碱基或碱基对、2000个碱基或碱基对、1000个碱基或碱基对、900个碱基或碱基对、800个碱基或碱基对、700个碱基或碱基对、600个碱基或碱基对、500个碱基或碱基对、400个碱基或碱基对、300个碱基或碱基对、200个碱基或碱基对、或100个碱基或碱基对。
在一些情况下,启动子序列或相关调控区中小于全部的核苷酸被修饰。比如,在一些情况下,小于或等于启动子或相关调控区中99%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%或5%的核苷酸。在一些情况下,启动子或相关调控区中的全部核苷酸被修饰。
本公开的工程多核糖核苷酸可包含工程改造的5′帽,或者可在细胞内将5′帽添加到多核糖核苷酸。mRNA的5′帽结构可涉及与mRNA帽结合蛋白(CBP)的结合,该mRNA帽结合蛋白通过CBP与多(A)结合蛋白结合形成成熟的环状mRNA种类(species)来负责细胞中的mRNA稳定性和翻译能力。5′帽结构还可涉及核输出、mRNA稳定性的增加,和在mRNA剪接过程中协助除去5′近端内含子。
工程多核糖核苷酸可5-端加帽,生成末端鸟苷帽残基与mRNA分子的5端转录正义核苷酸之间的5-ppp-5′-三磷酸连接。帽结构可包含修饰的或未修饰的7-甲基鸟苷,该7-甲基鸟苷通过5′-5′三磷酸桥与第一个核苷酸连接。然后此5-鸟苷酸帽可被甲基化,生成N7-甲基-鸟苷酸残基。mRNA的5′端的末端和/或前端转录核苷酸的核糖还可任选地被2′-O-甲基化。通过鸟苷酸帽结构的水解和裂解进行的5′-脱帽可靶向核酸分子,如mRNA分子,以降解。
在一些情况下,帽可包含进一步的修饰,包括mRNA的5′端的前2个核糖的2′羟基的甲基化。比如,真核帽-1具有在第一个核糖上的甲基化2′-羟基,而帽-2具有在前两个核糖上的甲基化2′-羟基。这种双修饰可提供对5′核酸外切酶的显著抗性。可与工程多核糖核苷酸一起应用的5′帽结构的非限制性实例包括,但不限于,m7G(5′)ppp(5′)N(帽-0)、m7G(5′)ppp(5′)N1mpNp(帽-1)和7mG(5′)-ppp(5′)N1mpN2mp(帽-2)。
本公开的修饰mRNA的修饰可生成不可水解的帽结构,防止脱帽并因此增加mRNA半衰期。由于帽结构水解需要5′-ppp-5′磷酸二酯连接体的裂解,可在加帽反应过程中使用修饰核苷酸。例如,可按照制造商说明书将来自NewEngland Biolabs(Ipswich,MA)的牛痘加帽酶与a-硫-鸟苷核苷酸一起使用,以产生5′-ppp-5′帽中的硫代磷酸酯连接。可利用另外的修饰鸟苷核苷酸,如a-甲基-磷酸核苷酸和硒-磷酸核苷酸。另外的修饰包括,但不限于,mRNA的5′-端和/或5′-前端核苷酸的核糖的糖环的2′-羟基上的2′-O-甲基化。可利用多种不同的5′-帽结构来生成多核糖核苷酸的5′-帽。
修饰mRNA可在转录后加帽,根据本公开,5’端帽可包括内源的帽或帽类似物。根据本公开,5’端帽可包含鸟嘌呤类似物。可用的鸟嘌呤类似物包括,但不限于,肌苷、N1-甲基-鸟苷、2′氟-鸟苷、7-脱氮-鸟苷、8-氧-鸟苷、2-氨基-鸟苷、LNA-鸟苷和2-叠氮基-鸟苷。
另外,工程多核糖核苷酸可含有一个或多个内部核糖体进入位点(IRES)。IRES序列可在不存在5′帽结构的情况下启动蛋白质合成。IRES序列还可以是仅有的核糖体结合位点,或者其可用作mRNA的多个核糖体结合位点之一。含有多于一个功能性核糖体结合位点的工程多核糖核苷酸可编码由核糖体翻译的几种肽或多肽(“聚顺反子(polycistronic)或多顺反子(multicistronic)多核苷酸”)。此处描述的工程多核苷酸可包含至少1个IRES序列、两个IRES序列、三个IRES序列、四个IRES序列、五个IRES序列、六个IRES序列、七个IRES序列、八个IRES序列、九个IRES序列、十个IRES序列,或者工程多核糖核苷酸中存在其它合适数量的IRES序列。根据本公开可使用的IRES序列的实例非限制地包括,来自细小核糖核酸病毒(例如,FMDV)、害虫病毒(CFFV)、脊髓灰质炎病毒(PV)、脑心肌炎病毒(ECMV)、口蹄疫病毒(FMDV)、丙肝病毒(HCV)、典型猪瘟病毒(CSFV)、鼠白血病病毒(MLV)、猴免疫缺陷病毒(SIV)或蟋蟀麻痹病毒(CrPV)的那些。IRES序列可源自,例如,可商购的载体,如可从ClontechTM、GeneCopoeiaTM、Sigma-AldrichTM得到的IRES序列。IRES序列可以是,例如,至少150个碱基或碱基对、200个碱基或碱基对、300个碱基或碱基对、400个碱基或碱基对、500个碱基或碱基对、600个碱基或碱基对、700个碱基或碱基对、800个碱基或碱基对、900个碱基或碱基对、1000个碱基或碱基对、2000个碱基或碱基对、3000个碱基或碱基对、4000个碱基或碱基对、5000个碱基或碱基对或10000个碱基或碱基对。IRES序列可以是至多10000个碱基或碱基对、5000个碱基或碱基对、4000个碱基或碱基对、3000个碱基或碱基对、2000个碱基或碱基对、1000个碱基或碱基对、900个碱基或碱基对、800个碱基或碱基对、700个碱基或碱基对、600个碱基或碱基对、500个碱基或碱基对、400个碱基或碱基对、300个碱基或碱基对、200个碱基或碱基对、100个碱基或碱基对、50个碱基或碱基对或10个碱基或碱基对。
本公开的工程多核糖核苷酸可包含一个或多个非翻译区。非翻译区可包含任何数量的修饰的或未修饰的核苷酸。基因的非翻译区(UTR)被转录但是不被翻译成多肽。在一些情况下,非翻译序列可增加核酸分子的稳定性和翻译的效率。例如,可在本公开的修饰mRNA分子中引入UTR的调控特征,以增加分子的稳定性。还可引入具体特征以确保转录物的受控下调,以防其被误引至不期望的器官位点。一些5′UTR在翻译启动中起作用。5′UTR可包含Kozak序列,该Kozak序列涉及核糖体启动多种基因翻译的过程。Kozak序列可具有共有的CCR(A/G)CCAUGG,其中R为位于起始密码子(AUG)上游三个碱基处的嘌呤(腺嘌呤或鸟嘌呤)。5′UTR可形成二级结构,该二级结构涉及翻译延伸因子的结合。在一些情况下,可通过工程改造一般在特定靶器官的大量表达的基因中发现的特征,来增加本公开的工程多核苷酸分子的稳定性和蛋白质产生。例如,肝表达的mRNA(如白蛋白、血清淀粉样蛋白A、载脂蛋白A/B/E、转铁蛋白、甲胎蛋白、促红细胞生成素或因子VIII)的5′UTR的引入可用来增加肝中工程多核苷酸的表达。同样,来自肌肉蛋白质(MyoD、肌球蛋白、肌红蛋白、肌细胞生成素(Myogenin)、棒状花椒酰胺)的5′UTR对于内皮细胞(Tie-1、CD36)、对于髓样细胞(C/EBP、AML1、G-CSF、GM-CSF、CD1 lb、MSR、Fr-1、i-NOS)、对于白细胞(CD45、CD18)、对于脂肪组织(CD36、GLUT4、ACRP30、脂连蛋白(adiponectin))和对于肺上皮细胞(SP-A/B/C/D)的应用可用于增加工程多核苷酸在期望的细胞或组织中的表达。在一些情况下,本公开的UTR可源自细胞色素b-245α多肽(CYBA)、α-珠蛋白基因或ATP结合盒(ABC)家族基因(如ABCA3基因)的序列。
因此,在优选实施方式中,本发明的包含修饰多核糖核苷酸的组合物包含源自细胞色素b-245α多肽(CYBA)序列的一个或多个非翻译区(UTR)。在更优选的实施方式中,包含修饰多核糖核苷酸(其包含源自细胞色素b-245α多肽(CYBA)序列的一个或多个非翻译区(UTR))的组合物是其中修饰多核糖核苷酸编码ABC-结合盒(ABC)家族基因的组合物,如上文和下文所述。
以下描述了源自细胞色素b-245α多肽(CYBA)序列的非翻译区(一个或多个)(UTR)的优选实施方式:
在以上表1中,显示人类CYBA基因5′-和3′UTR的DNA序列分别显示为SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2。
鉴于本发明主要涉及RNA分子(即,就本发明而言,修饰的多核糖核苷酸分子)的事实,下文参考所述UTR的相应RNA序列。
源自以上DNA序列,SEQ ID NO:1在RNA水平上对应于以下UTR序列:
5′-CGCGCCUAGCAGUGUCCCAGCCGGGUUCGUGUCGCC-3′(SEQ ID NO:14)。
该5′UTR序列紧接在人类CYBA基因的起始密码子之前。
源自以上DNA序列,SEQ ID NO:2在RNA水平上对应于以下UTR序列:
5′-CCUCGCCCCGGACCUGCCCUCCCGCCAGGUGCACCC
ACCUGCAAUAAAUGCAGCGAAGCCGGGA-3′(SEQ ID NO:15))。
SEQ ID NO:5在RNA水平上对应于SEQ ID NO:16中所示的序列。
根据本发明使用的术语“非翻译区”或“UTR”涉及起始密码子上游和终止密码子下游的未翻译的mRNA区段,因此分别称作5’非翻译区(5′UTR)和3’非翻译区(3′UTR)。这些区域与编码区一起被转录,因此在其存在于成熟mRNA中时是外显的(编码的,exonic)。
如本发明所使用,3′非翻译区(3′-UTR)涉及紧接在翻译中止密码子之后的信使RNA(mRNA)区段。mRNA分子从DNA序列转录,然后翻译成蛋白质。mRNA分子的几个区域未被翻译成蛋白质,包括5′帽、5′UTR、3′UTR和聚A尾。
如本发明所使用,5′非翻译区(5′UTR)(也称作前导序列或前导RNA)是紧接在起始密码子上游的mRNA区域。5′UTR始于转录起始位点,并止于在编码区的起始密码子(通常AUG)之前的一个核苷酸(nt)。在原核细胞中,5′UTR的长度趋于是3-10个核苷酸长,而在真核细胞中其趋于更长,总体上100至数千个核苷酸长,但有时真核细胞中也存在较短的UTR。
如本发明所使用,3′UTR可包含在3′-非翻译区内的调控区,已知该调控区影响mRNA的多腺苷酸化和稳定性。很多3′-UTR还含有富AU元件(ARE)。此外,3′-UTR含有序列AAUAAA,其引导被称作聚(A)尾的数百个腺嘌呤残基添加到mRNA转录物的末端。
因此,根据本发明使用的RNA分子可还含有聚A尾。聚A尾是通过称作多腺苷酸化的过程添加到前mRNA(pre-mRNA)的3′端的腺嘌呤核苷酸(通常数百个)的长序列。该尾促进从核输出和翻译,并保护mRNA免于降解。多腺苷酸化是将聚(A)尾添加到信使RNA。聚(A)尾由多个单磷酸腺苷组成;换句话说,其是仅具有腺嘌呤碱基的一段RNA。在真核细胞中,多腺苷酸化是产生用于翻译的成熟信使RNA(mRNA)的过程的一部分。如本文所使用,聚A尾涉及位于RNA的3′端的腺嘌呤核苷酸序列。聚A尾通常通过称作多腺苷酸化的过程被添加到RNA的3′端。因此,本发明涉及任何上述RNA,其中RNA分子在3′端包含聚A尾。
聚A尾的长度不被具体限制。然而,在优选实施方式中,本发明的RNA分子在3′端包含聚A尾,其中聚A尾具有至少50、60、70、80、90、100或110个核苷酸的长度。在更优选的实施方式中,本发明的RNA分子在3′端包含聚A尾,其中聚A尾具有至少120个核苷酸的长度。在其它优选实施方式中,本发明的RNA分子在3′端包含聚A尾,其中聚A尾具有至少150、200、250、300、350、400、500、600、700、800、900或1000个核苷酸的长度。
在优选实施方式中,包含本发明的修饰多核糖核苷酸/RNA分子(其包含源自细胞色素b-245α多肽(CYBA)序列的一个或多个非翻译区(UTR))的组合物是这样的组合物:其中一个或多个UTR包含SEQ ID NO:14中所示的序列或者如下序列——与SEQ ID NO:14相比显示1至4个取代并且导致RNA分子具有与包括包含SEQ ID NO:14的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列。
“一个或多个”在这一语境下意思是RNA分子可包含一个UTR,该UTR包含如SEQ IDNO:14所示的序列或者如下序列——与SEQ ID NO:14相比显示1至4个取代并且导致RNA分子具有与本发明的包括包含SEQ ID NO:14的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列。RNA分子还可包含本发明的这些UTR中的两个、三个或四个。可选地,RNA分子还可包含本发明的这些UTR中的五个或者甚至更多个。
在另一优选实施方式中,包含本发明的修饰多核糖核苷酸/RNA分子(其包含源自细胞色素b-245α多肽(CYBA)序列的一个或多个非翻译区(UTR))的组合物是这样的组合物:其中一个或多个UTR包含如SEQ ID NO:15所示的序列或者如下序列——与SEQ ID NO:15相比显示1至7个取代并且导致RNA分子具有与包括包含SEQ ID NO:15的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列。
“一个或多个”在这一语境下意思是RNA分子可包含一个UTR,该UTR包含如SEQ IDNO:15所示的序列或者如下序列——与SEQ ID NO:15相比显示1至7个取代并且导致RNA分子具有与本发明的包括包含SEQ ID NO:15的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列。RNA分子还可包含本发明的这些UTR中的两个、三个或四个。可选地,RNA分子还可包含本发明的这些UTR中的五个或者甚至更多个。
但是,如本发明所使用的源自细胞色素b-245α多肽基因的UTR不被具体限制为以上具体序列SEQ ID NO:14,而还可以是包含与SEQ ID NO:14相比显示1至4个取代的序列的UTR序列。可选地,UTR序列还可以是这样的序列:包含与SEQ ID NO:14相比显示1至3个取代的序列。UTR序列还可以是包含与SEQ ID NO:14相比显示1至2个取代的序列的序列。最优选地,UTR序列还可以是包含与SEQ ID NO:14相比显示1个取代的序列的序列。
优选地,与SEQ ID NO:14相比的以上核苷酸取代的位置在SEQ ID NO:14序列的第32位进行。优选地,此位置处的核苷酸“U”被“C”取代。这种取代是优选的,因为其使(部分地)存在于SEQ ID NO:1中的CYBA的Kozak元件更接近脊椎动物的Kozak共有序列。脊椎动物的Kozak共有序列具有序列GCCRCCAUGG(起始密码子加有下划线,同时“R”则表示任何嘌呤),而CYBA的Kozak元件具有序列GuCGCCAUGG(起始密码子加有下划线,同时相对于脊椎动物共有序列的偏差由小写字母“u”表示)。
与SEQ ID NO:14相比具有以上取代中的一个或多个的UTR序列(一种或多种)可导致RNA分子在翻译效率方面具有与包括包含SEQ ID NO:14的UTR的RNA分子相同或相似能力,优选如包括包含SEQ ID NO:14的UTR的RNA分子在翻译效率方面更高的能力。给定的修饰UTR序列在翻译效率方面的特性/能力——相比于包括包含SEQ ID NO:14的UTR的RNA分子,关于翻译效率——可由技术人员通过本领域已知的以及所附实施例展示的方法来确定。
翻译效率是在细胞内mRNA翻译成多肽或蛋白质的速率。给定mRNA的翻译效率以每个时间单位每个mRNA翻译的蛋白质或多肽的数量测量。翻译是细胞核糖体产生蛋白质的过程,并且是技术人员公知的。简而言之,在翻译中,通过从DNA转录产生的信使RNA(mRNA)被核糖体解码,以产生具体的氨基酸链或多肽或蛋白质。
因此,具有修饰UTR序列的给定本发明RNA分子的翻译效率优选比相同但具有SEQID NO:14的UTR的给定RNA的翻译效率更高。因此,每个时间单位每个RNA翻译的、由具有修饰UTR序列的RNA分子的ABC-结合盒(ABC)家族成员的基因编码的蛋白质或多肽的数量比每个时间单位每个RNA翻译的、由具有SEQ ID NO:14的UTR的RNA分子的ABC-结合盒(ABC)家族成员的基因编码的蛋白质或多肽的数量更高。
在具有修饰UTR序列的给定RNA分子的翻译效率与相同但具有SEQ ID NO:14的UTR的给定RNA的翻译效率相比之下相似或相同的情况下,每个时间单位每个RNA翻译的、由具有修饰UTR序列的RNA分子的ABC-结合盒(ABC)家族成员的基因编码的蛋白质或多肽的数量与每个时间单位每个RNA翻译的、由具有SEQ ID NO:14的UTR的RNA分子的ABC-结合盒(ABC)家族成员的基因编码的蛋白质或多肽的数量相似或相同。“翻译效率”可例如通过所附实施例描述和下文展示的方法来确定。
在本发明的情境中,翻译效率是在某个时间点细胞内被翻译成蛋白质的mRNA相对于在相同时间点所述细胞中编码相应蛋白质的mRNA的数量的比率。因此,翻译效率是在某个时间点细胞内被翻译成蛋白质的mRNA与编码相应蛋白质的mRNA的数量的商。两参数,即被翻译成蛋白质的mRNA以及编码相应蛋白质的mRNA的数量,均可通过本领域已知的方法来确定。如所附实施例(作为非限制性实例)进行的那样,细胞内被翻译成蛋白质的mRNA的数量可例如通过流式细胞术(FC)确定,而编码相应蛋白质的mRNA的数量可例如通过qPCR测量。
本发明所使用的UTR——包含如SEQ ID NO:14所示的序列或者与SEQ ID NO:14相比显示1至4个取代并且导致RNA分子具有与包括包含SEQ ID NO:14的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列——不具体局限于以上具体序列和以上描述的取代,而是还可涉及包含与SEQ ID NO:14相比显示核苷酸(一个或多个)增加(一个或多个)的序列的UTR序列(一个或多个)。核苷酸(一个或多个)的增加(一个或多个)可以是侧翼的。因此,可在本发明的UTR(一个或多个)的3′-端或5′-端添加另外的核苷酸(一个或多个)。另外的核苷酸(一个或多个)包括上至0个(无变化)、1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个核苷酸的多核苷酸链,优选上至20个核苷酸,或者甚至更优选上至30个核苷酸。鉴于核苷酸添加可不改变本发明UTR(一个或多个)的以上功能特性的基本原理,核苷酸添加还可具有上至40个、50个、60个、70个、80个、90个或者甚至100个核苷酸或者甚至更多、上至200个、300个、400个或500个核苷酸的长度,只要这些序列具有与SEQ ID NO:14相似的能力(在上述翻译效率方面),优选比SEQ ID NO:14更高的翻译效率,如上限定。
可选地,或者在核苷酸(一个或多个)的这些侧翼添加(一个或多个)之外,核苷酸(一个或多个)的添加可以是穿插的。因此,另外的核苷酸(一个或多个)可被添加/插入到本发明UTR(一个或多个)的核苷酸序列内。这些核苷酸(一个或多个)插入包括1个、2个或3个核苷酸,只要这些序列具有与SEQ ID NO:14相似的能力(在上述翻译效率方面),优选比SEQID NO:14更高的翻译效率,如上限定。
本发明所使用的UTR不具体局限于以上具体序列SEQ ID NO:14及其修饰型。而是,具体序列SEQ ID NO:14及其修饰型仅限定CYBA 5′核心区。因此,在优选实施方式中,SEQID NO:14所示的UTR在5′端(即上游)延伸至少1个核苷酸。在另一优选实施方式中,SEQ IDNO:14所示的UTR在5′端(即上游)延伸1至20个核苷酸。因此,在优选实施方式中,SEQ IDNO:14序列在5′端(即上游)延伸20个核苷酸。在其它优选实施方式中,SEQ ID NO:14序列在5′端(即上游)延伸18个、15个、13个、10个、7个或5个核苷酸。在其它优选实施方式中,SEQID NO:14序列在5′端(即上游)延伸4个、5个或2个核苷酸。在其它优选实施方式中,SEQ IDNO:14序列在5′端(即上游)延伸1个核苷酸。
在5′端(即上游)延伸的这些UTR序列还可被修饰,如上文关于SEQ ID NO:14限定。因此,这——加以必要的变通——可适用于如上限定在5′端延伸的UTR,如上文在SEQ IDNO:14的UTR的上下文所述。
此外,如本发明所使用的UTR也不具体局限于以上具体序列SEQ ID NO:15,而还可以是包含与SEQ ID NO:15相比显示1至7个取代的序列的UTR序列。或者,UTR序列还可以是包含与SEQ ID NO:15相比显示1至6个取代的序列的序列。UTR序列还可以是包含与SEQ IDNO:15相比显示1至5个取代的序列的序列。UTR序列还可以是包含与SEQ ID NO:15相比显示1至4个取代的序列的序列。UTR序列还可以是包含与SEQ ID NO:15相比显示1至3个取代的序列的序列。UTR序列还可以是包含与SEQ ID NO:15相比显示1至2个取代的序列的序列。UTR序列还可以是包含与SEQ ID NO:15相比显示1至3个取代的序列的序列。最优选地,UTR序列还可以是包含与SEQ ID NO:15相比显示1个取代的序列的序列。
与SEQ ID NO:15相比具有上述取代中的一个或多个的UTR序列可导致RNA分子具有与包括包含SEQ ID NO:15的UTR的RNA分子在翻译效率方面相同或相似的能力,优选在翻译效率方面比包括包含SEQ ID NO:15的UTR的RNA分子更高的能力。给定的修饰UTR序列在翻译效率方面的特性/能力——相比于包括包含SEQ ID NO:15的UTR的RNA分子,关于翻译效率——可由技术人员通过本领域已知和所附实施例中展示的方法来确定。
翻译效率是细胞内形成多肽或蛋白质的mRNA翻译的速率。给定mRNA的翻译效率以每个时间单位每个mRNA翻译的蛋白质或多肽的数量来测量。翻译是细胞核糖体产生蛋白质的过程,并且是技术人员公知的。简而言之,在翻译中,通过从DNA转录产生的信使RNA(mRNA)被核糖体解码,以产生具体的氨基酸链或多肽或蛋白质。
因此,具有修饰UTR序列的给定RNA分子的翻译效率优选比相同但具有SEQ ID NO:15的UTR的给定RNA的翻译效率更高。因此,每个时间单位每个RNA翻译的、由具有修饰UTR序列的RNA分子的ABC-结合盒(ABC)家族成员基因编码的蛋白质或多肽的数量比每个时间单位每个RNA翻译的、由具有SEQ ID NO:15的UTR的RNA分子的编码区编码的蛋白质或多肽的数量更高。
在具有修饰UTR序列的给定RNA分子的翻译效率与相同但具有SEQ ID NO:15的UTR的给定RNA的翻译效率相比相似或相同的情况下,每个时间单位每个RNA翻译的、由具有修饰UTR序列的RNA分子的编码区编码的蛋白质或多肽的数量与每个时间单位每个RNA翻译的、由具有SEQ ID NO:15的UTR的RNA分子的ABC-结合盒(ABC)家族成员基因编码的蛋白质或多肽的数量相似或相同。
“翻译效率”可例如通过所附实施例描述的方法和上文展示的方法来确定。
如本发明所使用的UTR——包含如SEQ ID NO:15所示的序列或与SEQ ID NO:15相比显示1至7个取代并且导致RNA分子具有与包括包含SEQ ID NO:15的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列——不具体局限于以上具体序列和上述取代,而还可以涉及包含与SEQ ID NO:15相比显示核苷酸(一个或多个)增加(一个或多个)的序列的UTR序列(一个或多个)。核苷酸(一个或多个)的添加可以是侧翼的或穿插的。因此,另外的核苷酸(一个或多个)可添加在本发明UTR(一个或多个)的3′-端或5′-端。可选地,或者在这些侧翼的另外的核苷酸(一个或多个)之外,另外的核苷酸(一个或多个)还可处于本发明UTR(一个或多个)的核苷酸序列之内。另外的核苷酸(一个或多个)包括上至0个(无变化)、1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个核苷酸,优选上至20个核苷酸,或者甚至更优选上至30个核苷酸的多核苷酸链。鉴于核苷酸的添加可不改变本发明的UTR(一个或多个)的以上功能特性的基本原理,核苷酸的添加也可以具有上至40个、50个、60个、70个、80个、90个或者甚至100个核苷酸或者甚至更多、上至200个、300个、400个或500个核苷酸的长度,只要这些序列具有与SEQ ID NO:15相似的能力(在上述翻译效率方面),优选比SEQ IDNO:15更高的翻译效率,如上文限定。
本发明的UTR(一个或多个)以及含有这种UTR(一个或多个)的RNA分子可通过本领域技术人员已知的方法重组地(例如,在体内或体外系统中)或合成地生成/合成。
更具体地,本发明的UTR和含有这种UTR(一个或多个)的RNA分子可通过本领域技术人员已知的方法在体内系统中重组地产生。
可选地,本发明的UTR和含有这种UTR(一个或多个)的RNA分子可在体外系统中产生——利用例如体外转录系统。体外转录系统是众所周知的,并且通常需要纯化的线性DNA模板。该DNA模板含有如以下进一步详细展示的“编码”模块(b)和/或模块(c)的DNA序列,其中所述DNA序列处在适当的启动子的控制下。此外,体外转录系统还通常需要核糖核苷三磷酸、包括DTT和镁离子的缓冲剂系统、以及适当的RNA聚合酶,该RNA聚合酶提供用于将“编码”所述UTR的DNA序列体外转录成本发明的UTR(一个或多个)的酶活性。
此外,本发明的UTR和含有这种UTR(一个或多个)的RNA分子可被化学合成,例如,通过利用固相支持物和标准技术在自动核苷酸序列合成仪上进行的常规化学合成,或通过相应DNA-序列的化学合成以及其随后的体外或体内转录。
在分子生物学与遗传学中,上游和下游都是指RNA分子中的相对位置。在本发明的语境中,上游接近RNA分子的5′端,下游接近该分子的3′端。
因此,在一个实施方式中,UTR(以下称作“模块(b)”)——包含如SEQ ID NO:14所示的序列或者与SEQ ID NO:14相比具有1至4个取代并且导致RNA分子具有与如上文限定的包括包含SEQ ID NO:14的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列——位于如上文和下文描述的、编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的修饰多核糖核苷酸(以下称作“模块(a)”)的上游。此外,在一个实施方式中,UTR(以下称作“模块(c)”)——包含如SEQ ID NO:15中所示的序列或与SEQ ID NO:15相比显示1至7个取代并且导致RNA分子具有与上文限定的包括包含SEQ ID NO:15的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列——位于如上文和下文所述的、编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的修饰多核糖核苷酸(以下称作“模块(a)”)的下游。然而,优选地,编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的基因(“模块(a)”)位于UTR模块(b)和UTR模块(c)之间,并且因此RNA分子优选具有5′-(b)-(a)-(c)-3′的排列。
在RNA分子仅具有一个UTR模块(即,模块(b)(即,一个或多个UTR,该UTR包含如SEQID NO:14所示的序列或与SEQ ID NO:14相比显示1至4个取代并且导致RNA分子具有与上文限定的包括包含、SEQ ID NO:14的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列),或模块(c)(即,一个或多个UTR,该UTR包含如SEQ ID NO:15中所示的序列或与SEQ ID NO:15相比显示1至7个取代并且导致RNA分子具有与上文限定的包括包含SEQ ID NO:15的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列))的情况下,RNA分子优选具有5′-(b)-(a)-3′或5′-(a)-(c)-3′的排列。
以下描述了本发明的UTR模块(b)和/或(c)相对于编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的修饰多核糖核苷酸(“模块(a)”)的优选排列,其中UTR模块(b)(对应于上文限定的CYBAmRNA的5′UTR片段)位于编码区的上游(即在编码区的5′端),和/或UTR模块(c)(对应于上文限定的CYBA mRNA的3′UTR)位于编码区的下游(即在编码区的3′端)。
因此,在优选实施方式中,并且根据上文,本发明涉及RNA分子,该RNA分子包含(a)经修饰的多核糖核苷酸(即编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的编码区);和(b)一个或多个UTR,该UTR包含如SEQ ID NO:14所示的序列或者与SEQ ID NO:14相比显示1至4个取代并且导致RNA分子具有与包括包含SEQ ID NO:14的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列,并且其中(b)中所限定的所述UTR位于(a)中所限定的编码区的5′端。
在优选实施方式中,并且根据上文,本发明涉及RNA分子,该RNA分子包含(a)编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的编码区;和(c)一个或多个UTR,该UTR包含如SEQ ID NO:15中所示的序列或者与SEQ ID NO:15相比显示1至7个取代并且导致RNA分子具有与包括包含SEQ ID NO:15的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列,其中(c)中所限定的所述UTR位于(a)中所限定的编码区的3′端。
在优选实施方式中,并且根据上文,本发明涉及RNA分子,该RNA分子包含(a)编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的编码区;(b)一个或多个UTR,该UTR包含如SEQ ID NO:14所示的序列或者与SEQ ID NO:14相比显示1至4个取代并且导致RNA分子具有与包括包含SEQ IDNO:14的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列;以及(c)一个或多个UTR,该UTR包含如SEQ ID NO:15中所示的序列或者与SEQ ID NO:15相比显示1至7个取代并且导致RNA分子具有与包括包含SEQ ID NO:15的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列,其中(b)中限定的所述UTR位于(a)中限定的编码区的5′端,并且其中(c)中限定的所述UTR位于(a)中限定的编码区的3′端。
在优选实施方式中,并且根据上文,本发明涉及RNA分子,该RNA分子包含(a)编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的编码区;(b)一个UTR,该UTR包含如SEQ ID NO:14所示的序列或者与SEQ ID NO:14相比显示1至4个取代并且导致RNA分子具有与包括包含SEQ ID NO:14的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列;以及(c)两个UTR,该UTR包含如SEQ ID NO:15中所示的序列或者与SEQ ID NO:15相比显示1至7个取代并且导致RNA分子具有与包括包含SEQ ID NO:15的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列;其中所述RNA分子包含处于如(a)中限定的编码区的5′端的、如(b)中限定的所述一个UTR,并且包含处于如(a)中限定的编码区的3′端的、如(c)中限定的所述两个UTR。
在优选实施方式中,并且根据上文,本发明涉及RNA分子,该RNA分子包含(a)编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的编码区;和(c)两个UTR,该UTR包含如SEQ ID NO:15中所示的序列或者与SEQ ID NO:15相比显示1至7个取代并且导致RNA分子具有与包括包含SEQ IDNO:15的UTR的RNA分子相同或更高的翻译效率的序列,其中所述RNA分子包含处于如(a)中限定的编码区的3′端的、如(c)中限定的所述两个UTR。
根据本发明的构建物可不仅包含以上三个主要模块(a)、(b)和/或(c)。而是可期望在单独的模块之间布置一个或多个连接体部分和/或一个或多个克隆位点,其可例如促进构建物的构建。适当的连接体部分和多个克隆位点是技术人员已知的。
本发明的RNA分子内的UTR模块(b)和/或(c)相对于模块(a)(即编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的编码区)的位置不被具体限制,因此,在本发明RNA分子的单独模块之间可存在间隔或间隙,该间隔或间隙填充有一个或多个核苷酸G、A、U和/或C,该核苷酸G、A、U和/或C不是主要模块(a)、(b)和/或(c)的部分。
在此情境中的“一个或多个核苷酸G、A、U和/或C”意为本发明RNA分子的单独模块之间的间隔或间隙填充有1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个核苷酸G、A、U和/或C。在其它优选实施方式中,本发明RNA分子的单独模块之间的间隔或间隙填充有20个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个或110个或更多个核苷酸G、A、U和/或C。
然而,在优选实施方式中,UTR模块(b)或(c)——在本发明RNA分子内相对于模块(a)(即编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的编码区)——紧邻模块(a)的编码区的起始密码子布置,之间没有任何间隔或间隙,即直接(紧接,directly)在模块(a)的编码区的起始密码子的上游。
在另一优选实施方式中,UTR模块(b)或(c)——在本发明的RNA分子内相对于模块(a)(即编码区)——紧邻编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的模块(a)的编码区的终止密码子(termination codon,即stop codon)布置,之间没有任何间隔或间隙,即直接在编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的模块(a)的编码区的终止密码子(termination codon/stopcodon)的下游。
在优选实施方式中,UTR模块(b)——在本发明的RNA分子内相对于模块(a)(即编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的编码区)——紧邻编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的模块(a)的编码区的起始密码子布置,之间没有任何间隔或间隙,即直接在编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的模块(a)的编码区的起始密码子的上游,并且UTR模块(c)——在本发明的RNA分子内相对于模块(a)(即编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的编码区)——紧邻编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的模块(a)的编码区的终止密码子(termination codon,即stopcodon)布置,之间没有任何间隔或间隙,即直接在编码ABC-结合盒(ABC)家族成员的模块(a)的编码区的终止密码子(termination codon/stop codon)的下游。
在甚至更优选的实施方式中,如上文限定的包含本发明的修饰多核糖核苷酸(其包含源自细胞色素b-245α多肽(CYBA)序列的一个或多个非翻译区(UTR))的组合物是这样的组合物:其中修饰多核苷酸编码ABC-结合盒(ABC)3蛋白(ABCA3),优选编码人ABCA3蛋白,其中所述修饰多核苷酸包括针对暴露于修饰多核糖核苷酸的个体的细胞内的翻译优化的密码子序列。
在最优选的实施方式中,如上文限定的、包含本发明的修饰多核糖核苷酸(其包含源自细胞色素b-245α多肽(CYBA)序列的一个或多个非翻译区(UTR))的组合物是具有5′CYBA UTR和3′CYBA UTR的密码子优化的ABCA3 DNA序列(SEQ ID NO:12)的mRNA序列、或具有5′CYBA UTR和3′CYBA UTR的密码子优化的ABCA3 mRNA序列(SEQ ID NO:13)。
可将其它非UTR序列并入本公开的多核糖核苷酸的5′UTR(或3′UTR)中。5′和/或3′UTR可提供多核糖核苷酸的稳定性和/或翻译效率。例如,可将内含子或部分内含子序列并入工程多核糖核苷酸的侧翼区。内含子序列的并入还可增加多核糖核苷酸的翻译速率。
3′UTR可具有嵌入其中的腺苷和尿苷段。这些富AU的标志尤其在具有高周转速率的基因中是普遍的。基于其序列特征和功能特性,富AU元件(ARE)可分为几类:I类ARE在富U区内含有AUUUA基序的几个分散拷贝。C-Myc和MyoD含有I类ARE。II类ARE具有两个或更多个重叠的UUAUUUA(U/A)(U/A)九聚体。含有这种ARE的分子包括GM-CSF和TNF-α。III类ARE的限定较不充分。这些富U区不含有AUUUA基序,c-Jun和肌细胞生成素是这类中的两个被充分研究的实例。与ARE结合的蛋白质可使信使失稳,而诸如HuR的ELAV家族成员可增加mRNA的稳定性。HuR可与全部三类ARE结合。将HuR特异性结合位点工程改造到核酸分子的3′UTR中可导致HuR结合,和因此导致体内信息稳定化。
3′UTR富AU元件(ARE)的工程改造可用来调节工程多核糖核苷酸的稳定性。可将ARE的一个或多个拷贝工程改造到多核糖核苷酸中,以调节多核糖核苷酸的稳定性。ARE可被识别、去除或突变,以增加胞内稳定性和因此增加所得蛋白质的翻译和产生。转染实验可利用工程多核糖核苷酸在相关细胞系中进行,并且可在转染后的不同时间点对蛋白质产生进行分析。例如,可用不同的ARE工程改造分子转染细胞,并使用针对相关蛋白质的ELISA试剂盒,以及分析在转染后6小时、12小时、24小时、48小时和7天产生的蛋白质。
非翻译区可包含任何数量的核苷酸。非翻译区可包含如下长度:约1至约10个碱基或碱基对、约10至约20个碱基或碱基对、约20至约50个碱基或碱基对、约50至约100个碱基或碱基对、约100至约500个碱基或碱基对、约500至约1000个碱基或碱基对、约1000至约2000个碱基或碱基对、约2000至约3000个碱基或碱基对、约3000至约4000个碱基或碱基对、约4000至约5000个碱基或碱基对、约5000至约6000个碱基或碱基对、约6000至约7000个碱基或碱基对、约7000至约8000个碱基或碱基对、约8000至约9000个碱基或碱基对、或者约9000至约10000个碱基或碱基对的长度。非翻译区可包含如下长度:例如,至少1个碱基或碱基对、2个碱基或碱基对、3个碱基或碱基对、4个碱基或碱基对、5个碱基或碱基对、6个碱基或碱基对、7个碱基或碱基对、8个碱基或碱基对、9个碱基或碱基对、10个碱基或碱基对、20个碱基或碱基对、30个碱基或碱基对、40个碱基或碱基对、50个碱基或碱基对、60个碱基或碱基对、70个碱基或碱基对、80个碱基或碱基对、90个碱基或碱基对、100个碱基或碱基对、200个碱基或碱基对、300个碱基或碱基对、400个碱基或碱基对、500个碱基或碱基对、600个碱基或碱基对、700个碱基或碱基对、800个碱基或碱基对、900个碱基或碱基对、1000个碱基或碱基对、2000个碱基或碱基对、3000个碱基或碱基对、4000个碱基或碱基对、5000个碱基或碱基对、6000个碱基或碱基对、7000个碱基或碱基对、8000个碱基或碱基对、9000个碱基或碱基对、或者10000个碱基或碱基对的长度。
本公开的工程多核糖核苷酸可包含一个或多个内含子。内含子可包含任何数量的修饰的或未修饰的核苷酸。内含子可包含,例如,至少1个碱基或碱基对、50个碱基或碱基对、100个碱基或碱基对、150个碱基或碱基对、200个碱基或碱基对、300个碱基或碱基对、400个碱基或碱基对、500个碱基或碱基对、600个碱基或碱基对、700个碱基或碱基对、800个碱基或碱基对、900个碱基或碱基对、1000个碱基或碱基对、2000个碱基或碱基对、3000个碱基或碱基对、4000个碱基或碱基对、或者5000个碱基或碱基对。在一些情况下,内含子可包含,例如,至多10000个碱基或碱基对、5000个碱基或碱基对、4000个碱基或碱基对、3000个碱基或碱基对、2000个碱基或碱基对、1000个碱基或碱基对、900个碱基或碱基对、800个碱基或碱基对、700个碱基或碱基对、600个碱基或碱基对、500个碱基或碱基对、400个碱基或碱基对、300个碱基或碱基对、200个碱基或碱基对、或100个碱基或碱基对。
在一些情况下,内含子中一定百分比的核苷酸被修饰。比如,在一些情况下,内含子中少于99%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%或1%的核苷酸被修饰。在一些情况下,内含子中的所有核苷酸被修饰。
本公开的工程多核糖核苷酸可包含聚A序列。聚A序列(例如,聚A尾)可包含任何数量的核苷酸。聚A序列可包含如下长度:约1至约10个碱基或碱基对、约10至约20个碱基或碱基对、约20至约50个碱基或碱基对、约50至约100个碱基或碱基对、约100至约500个碱基或碱基对、约500至约1000个碱基或碱基对、约1000至约2000个碱基或碱基对、约2000至约3000个碱基或碱基对、约3000至约4000个碱基或碱基对、约4000至约5000个碱基或碱基对、约5000至约6000个碱基或碱基对、约6000至约7000个碱基或碱基对、约7000至约8000个碱基或碱基对、约8000至约9000个碱基或碱基对、或约9000至约10000个碱基或碱基对的长度。在一些实例中,聚A序列为至少约100个、110个、120个、130个、140个、150个、160个、170个、180个、190个、或200个核苷酸的长度。聚A序列可包含如下长度:例如,至少1个碱基或碱基对、2个碱基或碱基对、3个碱基或碱基对、4个碱基或碱基对、5个碱基或碱基对、6个碱基或碱基对、7个碱基或碱基对、8个碱基或碱基对、9个碱基或碱基对、10个碱基或碱基对、20个碱基或碱基对、30个碱基或碱基对、40个碱基或碱基对、50个碱基或碱基对、60个碱基或碱基对、70个碱基或碱基对、80个碱基或碱基对、90个碱基或碱基对、100个碱基或碱基对、200个碱基或碱基对、300个碱基或碱基对、400个碱基或碱基对、500个碱基或碱基对、600个碱基或碱基对、700个碱基或碱基对、800个碱基或碱基对、900个碱基或碱基对、1000个碱基或碱基对、2000个碱基或碱基对、3000个碱基或碱基对、4000个碱基或碱基对、5000个碱基或碱基对、6000个碱基或碱基对、7000个碱基或碱基对、8000个碱基或碱基对、9000个碱基或碱基对、或10000个碱基或碱基对的长度。聚A序列可包含如下长度:至多100个碱基或碱基对、90个碱基或碱基对、80个碱基或碱基对、70个碱基或碱基对、60个碱基或碱基对、50个碱基或碱基对、40个碱基或碱基对、30个碱基或碱基对、20个碱基或碱基对、10个碱基或碱基对、或5个碱基或碱基对。
在一些情况下,聚A序列中一定百分比的核苷酸被修饰。例如,在一些情况下,聚A序列中少于99%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%或1%的核苷酸被修饰。在一些情况下,聚A中的所有核苷酸被修饰。
连接体序列可包含任何数量的核苷酸。连接体可在N-3或C-5位附接到修饰的核酸碱基。附接到核酸碱基的连接体可以是二乙二醇、二丙二醇、三乙二醇、三丙二醇、四乙二醇、四乙二醇、二价烷基、烯基、炔基部分、酯、酰胺或醚部分。连接体序列可包含如下长度:约1至约10个碱基或碱基对、约10至约20个碱基或碱基对、约20至约50个碱基或碱基对、约50至约100个碱基或碱基对、约100至约500个碱基或碱基对、约500至约1000个碱基或碱基对、约1000至约2000个碱基或碱基对、约2000至约3000个碱基或碱基对、约3000至约4000个碱基或碱基对、约4000至约5000个碱基或碱基对、约5000至约6000个碱基或碱基对、约6000至约7000个碱基或碱基对、约7000至约8000个碱基或碱基对、约8000至约9000个碱基或碱基对、或约9000至约10000个碱基或碱基对的长度。连接体序列可包含如下长度:例如,至少1个碱基或碱基对、2个碱基或碱基对、3个碱基或碱基对、4个碱基或碱基对、5个碱基或碱基对、6个碱基或碱基对、7个碱基或碱基对、8个碱基或碱基对、9个碱基或碱基对、10个碱基或碱基对、20个碱基或碱基对、30个碱基或碱基对、40个碱基或碱基对、50个碱基或碱基对、60个碱基或碱基对、70个碱基或碱基对、80个碱基或碱基对、90个碱基或碱基对、100个碱基或碱基对、200个碱基或碱基对、300个碱基或碱基对、400个碱基或碱基对、500个碱基或碱基对、600个碱基或碱基对、700个碱基或碱基对、800个碱基或碱基对、900个碱基或碱基对、1000个碱基或碱基对、2000个碱基或碱基对、3000个碱基或碱基对、4000个碱基或碱基对、5000个碱基或碱基对、6000个碱基或碱基对、7000个碱基或碱基对、8000个碱基或碱基对、9000个碱基或碱基对、或至少10000个碱基或碱基对的长度。连接体至多10000个碱基或碱基对、5000个碱基或碱基对、4000个碱基或碱基对、3000个碱基或碱基对、2000个碱基或碱基对、1000个碱基或碱基对、900个碱基或碱基对、800个碱基或碱基对、700个碱基或碱基对、600个碱基或碱基对、500个碱基或碱基对、400个碱基或碱基对、300个碱基或碱基对、200个碱基或碱基对、或100个碱基或碱基对的长度。
在一些情况下,连接体序列中一定百分比的核苷酸被修饰。比如,在一些情况下,连接体序列中少于99%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%或1%的核苷酸被修饰。在一些情况下,连接体序列中的所有核苷酸被修饰。
在一些情况下,工程多核糖核苷酸可在3′非翻译区(UTR)之前包括至少一个终止密码子。在一些情况下,工程多核糖核苷酸包括多个终止密码子。终止密码子可选自TGA、TAA和TAG。终止密码子可以是修饰的或未修饰的。在一些情况下,工程多核糖核苷酸包括终止密码子TGA和一个另外的终止密码子。在一些情况下,工程多核糖核苷酸包括添加TAA终止密码子。
编码的多肽
编码的多肽是由通过酰胺键(肽键)连接在一起的氨基酸残基单体构成的聚合物链。氨基酸可以是L-光学异构体或D-光学异构体。多肽可以是至少三个氨基酸的链、肽模拟物、蛋白质、重组蛋白质、抗体(单克隆或多克隆)、抗原、表位、酶、受体、维生素或结构类似物或其组合。在个体身体内翻译的多核糖核苷酸可在个体的细胞、组织内、或跨越多个细胞和组织产生特异性肽或蛋白质的充足供应。在一些情况下,多核糖核苷酸可在具体目标细胞型或目标组织的胞质内被体内翻译。在一些情况下,多核糖核苷酸可被体内翻译,以提供ABCA3蛋白、其功能片段、或与人类ABCA3蛋白至少70%同源的蛋白质。在一些情况下,多核糖核苷酸可在各种非目标细胞型或目标组织(一种或多种)中被体内翻译。作为目标细胞或非目标细胞的细胞的非限制性实例包括:a)皮肤细胞,例如:角质化细胞、黑色素细胞、泌尿道上皮细胞;b)神经细胞,例如:神经元、雪旺细胞(Schwann cell)、少突胶质细胞、星形胶质细胞;c)肝的细胞,例如:肝细胞;d)肠的细胞,例如:圆细胞(globlet celll)、肠细胞;e)血细胞,例如:淋巴样或髓样细胞。组织的非限制性实例包括结缔组织、肌肉组织、神经组织或上皮组织。在一些情况下,目标细胞或目标组织是癌细胞、组织或器官。
多核苷酸序列可源自一个或多个物种。例如,多核苷酸序列可源自人类(智人(Homo Sapiens))、小鼠(例如,小家鼠(Mus musculus))、大鼠(例如,褐鼠(Rattusnorvegicus)或黑鼠(Rattus rattus))、骆驼(例如,单峰驼(Camelus dromedarius)或双峰驼(Camelus bactrianus))、美洲驼(骆马(Lama vicugna))或任何其它合适的生物。多核苷酸序列可以是一个或多个物种的序列的嵌合组合。
在一些情况下,内源的翻译机制可将翻译后修饰添加到编码的肽。翻译后修饰可包括可靶向多肽以进行膜定位的疏水基团的添加、用于增加酶活性的辅因子的添加、或较小化学基团的添加。编码的多肽还可在翻译后被修饰,以接受其它肽或蛋白质部分的添加。比如,泛素化可导致泛素与编码的多肽共价连接,SUMO化可导致SUMO(小泛素相关修饰体)与编码的多肽共价连接,ISG化可导致ISGl5(干扰素刺激基因15)的共价连接。
在一些情况下,编码的多肽可在翻译后被修饰,以进行其它类型的结构改变。比如,编码的多肽可通过蛋白质水解被裂解,并且一个或多个蛋白质水解片段可调节胞内途径的活性。编码的多肽可在细胞内被折叠。在一些情况下,编码的多肽在辅因子和分子蛋白伴侣存在的情况下被折叠。折叠的多肽可具有二级结构和三级结构。折叠的多肽可与其它折叠肽结合形成四级结构。折叠肽可对折(folio)功能性多亚单位复合体(如抗体分子),其具有四聚四级结构。形成抗体的各种类或各同种型的各种多肽可由多核糖核苷酸表达。
编码的多肽可在翻译后被修饰以改变编码的氨基酸的化学属性。比如,编码的多肽可进行翻译后的瓜氨酸化或去亚胺基化,将精氨酸转化为瓜氨酸。编码的多肽可进行翻译后的去酰胺化;将谷氨酰胺转化为谷氨酸或将天冬酰胺转化为天冬氨酸。编码的多肽可进行消除化(eliminylation),通过磷酸苏氨酸和磷酸丝氨酸的β消除、或苏氨酸和丝氨酸的脱水、以及通过半胱胺酸的脱羧进行烯烃的转化。编码的肽还可进行氨甲酰化,将赖胺酸转化为高瓜氨酸。编码的肽还可进行消旋化,例如,通过脯氨酰基异构酶进行的脯氨酸消旋化、或者通过蛋白质-丝氨酸差向异构酶进行的丝氨酸消旋化。
多种生物分子的活性可被多核糖核苷酸编码的分子调节。其活性可被编码的多核苷酸调节的分子的非限制性实例包括:氨基酸、肽、肽模拟物、蛋白质、重组蛋白抗体(单克隆或多克隆)、抗体片段、抗原、表位、碳水化合物、脂质、脂肪酸、酶、天然产物、核酸(包括DNA、RNA、核苷、核苷酸、结构类似物或其组合)、营养物、受体和维生素。
表6公开了可以是本公开的多核苷酸的部分的核苷酸序列的非限制性实例。
多肽序列可与内源多肽的氨基酸序列共有a%的同源性。多肽序列可与内源多肽的氨基酸序列共有至多10%的同源性、至多20%的同源性、至多30%的同源性、至多40%的同源性、至多50%的同源性、至多60%的同源性、至多70%的同源性、至多80%的同源性、至多90%的同源性或至多99%的同源性。可使用各种方法和软件程序来确定两种或更多种肽之间的同源性,如NCBI BLAST、Clustal W、MAFFT、Clustal Omega、AlignMe、Praline或其它适当的方法或算法。
免疫原性
多种药物剂——包括包含各种大小的分子(多核苷酸、蛋白质或酶)的组合物——可在施用于个体时触发免疫响应。在很多情况下,免疫系统将组合物识别为外来体并中和其药物作用。本公开的多核糖核苷酸和组合物可具有低免疫原性或者无免疫原性,从而触发较小的免疫系统响应,或者根本不触发任何免疫响应。
免疫原性还可通过测量例如TNF-α和IL-8水平以及与TLR-3、TLR-7、TLR-8和解螺旋酶RIG-1的结合能力来确定。为了由此确定多核糖核苷酸是否具有期望的低免疫原性,可在给个体施用多核糖核苷酸后测量该因子中的一个或多个的量。多肽的免疫原性可关联于在将多肽施用给个体后血液白细胞的数量增加来确定。在一些情况下,在将组合物施用给个体后,个体呈现小于90%、小于80%、小于70%、小于60%、小于50%、小于40%、小于30%、小于20%或小于10%的血液白细胞的数量增加。本公开的多核糖核苷酸可触发最小的或不显著的炎性反应或免疫学反应。
关于确定多核糖核苷酸的免疫原性,可使用各种方法。非常适合的方法是确定细胞中的炎性标记物或仅仅白细胞血液计数,作为对施用多核糖核苷酸的反应。实施例中描述了这样的方法。可测量与发炎相关的细胞因子,如,例如TNF-α、IFN-α、IFN-β、IL-8、IL-6和/或IL-12。还可利用树突状细胞活化标志物的表达来估测免疫原性。免疫学反应的进一步指示可以是与Toll样受体TLR-3、TLR-7和TLR-8以及与解螺旋酶RIG-1结合的检测。
多核糖核苷酸的免疫原性可以炎性标记物或血液白细胞计数的水平相比于施用多核糖核苷酸之前的水平的总体增加来确定。比如,可将未修饰的或修饰的工程多核糖核苷酸施用于细胞或个体,并且可测量限定时间间隔内的炎性标记物分泌,作为对施用多核糖核苷酸的反应。
组合物
“裸”多核苷酸组合物可在无载体、稳定剂、稀释剂、分散剂、悬浮剂、增稠剂和/或赋形剂的协助的情况下被成功地施用于个体,并被个体的细胞摄取(Wolff等,1990,Science,247,1465-1468)。但是,在很多情况下,利用可增加内吞摄入的制剂包封多核苷酸可增加本公开组合物的效力。
多核糖核苷酸递送到多细胞生物体潜在的另一个技术挑战是鉴定提供在个体的细胞或组织内翻译的多核糖核苷酸的高效递送的组合物。已经认识到,裸核酸的施用可能高度低效,并且可能不提供适于将多核苷酸施用于多细胞生物体的方法。
为了克服这一挑战,可利用药物载体包封或配制包含工程多核糖核苷酸的组合物。制剂可以是,但不限于,纳米颗粒、聚(乳酸-共-乙醇酸)(PLGA)微球、类脂质、脂质复合物(lipoplex)、脂质体、聚合物、碳水化合物(包括简单糖)、阳离子脂质、纤维蛋白凝胶、纤维蛋白水凝胶、纤维蛋白胶、纤维蛋白密封剂、纤维蛋白原、凝血酶、迅速消除型脂质纳米颗粒(reLNP)及其组合。包含本文公开的工程多核糖核苷酸的组合物可包含约1%至约99%重量/体积的载体系统。载体系统中存在的载体量基于几种不同因素或配制人员做出的选择,例如多核糖核苷酸的最终浓度和增溶剂量。多种载体已经显示可用于递送不同种类的治疗剂。这些载体中,由生物相容性聚合物聚(D,L-丙交酯-共-乙交酯)(PLGA)和聚丙交酯(PLA)配制的可生物降解的纳米颗粒已经显示了持续胞内递送不同治疗剂的潜力。
组合物中工程多核苷酸的加载重量百分比可以是至少0.05%、0.1%、0.2%、0.3%、0.4%、0.5%、1%、2%、4%、5%、6%、7%、8%、9%或10%。PLGA微球中的修饰mRNA的包封效率可以是至少50%、至少70%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%。
本公开描述了包含含有交替的、不同的亚烷基胺单元的低聚(亚烷基胺)的纳米颗粒、低聚物、聚合物或类脂质,其可用于将多核苷酸(在一些情况下,工程多核糖核苷酸)递送到细胞或组织中。本文公开的组合物可稳定至少约1分钟、5分钟、10分钟、30分钟、1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、12小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、2周、4周、6周、8周、10周、12周、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月或一年。本文公开的制剂可例如在至少约0℃、5℃、10℃、15℃、20℃、25℃、30℃、35℃、40℃、45℃、50℃、60℃、70℃或80℃的温度下稳定。本公开的组合物可具有期望的密度。组合物的密度可改善组合物的性质,如组合物的流变性。
纳米颗粒
本公开还提供工程多核糖核苷酸的纳米颗粒系制剂,其能够在施用到个体后移位。在一些情况下,施用是肺部的,而工程多核糖核苷酸可完整地主动地或被动地从施用位点移动到全身血液供给,并随后沉积在不同的细胞或组织中,如,例如,胸部。包含工程多核糖核苷酸——其编码治疗蛋白质,如,例如,ABCA3或其功能片段——的纳米颗粒的这种移位构成了活性药物成分的超越肺的非侵入性全身递送,导致对于全身可达(systemicallyaccessible)非肺细胞或组织的功能蛋白质产生。
纳米颗粒可以是粒径为约10纳米(nm)至5000nm、10nm至1000nm、或60nm至500nm、或70nm至300nm的颗粒。在一些实例中,纳米颗粒具有约60nm至225nm的粒径。纳米颗粒可包括包封一种或多种多核糖核苷酸(其可以是工程多核糖核苷酸)的包封剂(例如,包衣)。纳米颗粒可包括工程改造的和/或天然存在的多核糖核苷酸。包封剂可以是聚合物材料,如PEI或PEG。
可用作递送剂的类脂质或脂质纳米颗粒可包括脂质,该脂质可选自由以下组成的群组:C12-200、MD1、98N12-5、DLin-DMA、DLin-K-DMA、DLin-KC2-DMA、DLin-MC3-DMA、PLGA、PEG、PEG-DMG、PEG化脂质及其类似物。适当的纳米颗粒可包含各种比例的一种或多种脂质。例如,本公开的组合物可包含40∶30∶25∶5比例的C12-200∶DOPE∶胆固醇∶DMG-PEG2000或40∶20∶35∶5比例的HGT5001∶DOPE∶胆固醇∶DMG-PEG2000。纳米颗粒可包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种脂质或其它适当数量的脂质。纳米颗粒可由任何适当比例的脂质形成,该脂质选自由以下组成的群组:C12-200、MD1、98N12-5、DLin-DMA、DLin-K-DMA、DLin-KC2-DMA、DLin-MC3-DMA、PLGA、PEG、PEG-DMG。
纳米颗粒制剂的平均尺寸可包括60纳米(nm)与225nm之间的修饰mRNA。包含修饰mRNA的纳米颗粒制剂的多分散指数PDI可以在0.03和0.15之间。纳米颗粒制剂的ζ电位在pH7.4下可以是-10至+10。修饰mRNA的制剂可包含致融类脂、胆固醇和PEG脂质。制剂可具有50∶10∶38.5∶1.5-3.0(阳离子脂质∶致融类脂∶胆固醇∶聚乙二醇(PEG)脂质)的摩尔比。PEG脂质可选自,但不限于,PEG-c-DOMG、PEG-DMG。致融类脂可以是DSPC。本公开的脂质纳米颗粒可被配制在密封剂中,如,但不限于,纤维蛋白密封剂。
低聚(亚烷基胺基团)
还已经认识到,尽管用一些制剂包封多核苷酸可增加组合物的内吞摄入,但细胞摄入的多核苷酸在细胞内可不被有效翻译。一些制剂可有效用于质粒DNA和/或siRNA递送,而不实用于递送多核糖核苷酸。本公开提供可用于向个体有效递送和翻译多核糖核苷酸组合物的制剂。
本公开的组合物可被设计以提供在细胞内被有效翻译的多核糖核苷酸。本公开的组合物可包含交替长度的亚烷基胺单元以三个或更多个单元为组的排列,并且组合物中含有乙烯胺单元,用于以任何多核苷酸(如,工程多核糖核苷酸)转染细胞。本公开的组合物可比相似排列的非交替长度的亚烷基胺单元更有效地将多核糖核苷酸递送到细胞。
可提供低聚物、聚合物或类脂质,其共有式(I)所示的共同结构实体:
本公开的组合物可包含低聚(亚烷基胺),该低聚(亚烷基胺)其选自:
a)包含多个式(II)基团作为侧链和/或作为末端基团的低聚物或聚合物:
其中独立地对于多个式(II)基团中的每个这种基团,变量a、b、p、m、n以及R2至R6被限定如下:
a为1,且b为2至4的整数;或者a为2至4的整数,且b为1,
p为1或2,
m为1或2;n为0或1,且m+n≥2;并且
R2至R5彼此独立地选自氢;基团-CH2-CH(OH)-R7、-CH(R7)-CH2-OH、-CH2-CH2-C=O)-O-R7、-CH2-CH2-(C=O)-NH-R7或-CH2-R7,其中R7选自C3-C18烷基或具有一个C-C双键的C3-C18烯基;氨基保护基团;以及聚(乙二醇)链;
R6选自氢;基团-CH2-CH(OH)-R7、-CH(R7)-CH2-OH、-CH2-CH2-(C=O)-O-R7、-CH2-CH2-(C=O)-NH-R7、或-CH2-R7,其中R7选自C3-C18烷基或具有一个C-C双键的C3-C18烯基;氨基保护基团;-C(NH)-NH;聚(乙二醇)链;以及受体配体,
并且其中式(II)所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供式(II)的阳离子基团。
b)包含多个式(III)基团作为重复单元的低聚物或聚合物:
其中独立地对于多个式(III)基团中的每个这种基团,变量a、b、p、m、n以及R2至R5被限定如下:
a为1,且b为2至4的整数;或者a为2至4的整数,且b为1,
p为1或2,
m为1或2;n为0或1,且m+n≥2;并且
R2至R5彼此独立地选自氢;基团-CH2-CH(OH)-R7、-CH(R7)-CH2-OH、-CH2-CH2-(C=O)-O-R7、-CH2-CH2-(C=O)-NH-R7、-CH2-R7或-CH2-,其中R7选自C3-C18烷基或具有一个C-C双键的C3-C18烯基;氨基保护集团;以及聚(乙二醇)链;
并且其中式(III)中所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供式(III)的阳离子基团。
c)具有式(IV)结构的类脂质:
其中变量a、b、p、m、n以及R2至R6被限定如下:
a为1,且b为2至4的整数;或者a为2至4的整数,且b为1,
p为1或2,
m为1或2;n为0或1,且m+n≥2;并且
R2至R6彼此独立地选自氢;基团-CH2-CH(OH)-R7、-CH(R7)-CH2-OH、-CH2-CH2-(C=O)-O-R7、-CH2-CH2-(C=O)-NH-R7或-CH2-R7,其中R7选自C3-C18烷基或具有一个C-C双键的C3-C18烯基;氨基保护集团;聚(乙二醇)链;以及受体配体;条件是R1至R6中的至少两个残基是基团-CH2-CH(OH)-R7、-CH(R7)-CH2-OH、-CH2-CH2-(C=O)-O-R7、-CH2-CH2-(C=O)-NH-R7或-CH2-R7,其中R7选自C3-C18烷基或具有一个C-C双键的C3-C18烯基;
并且其中式(IV)中所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供式(IV)的阳离子基团。
烯基和亚烯基的非限制性实例包括直链、支链和环状烯基。烯基的一种或多种烯烃可以是,例如,E式、Z式、顺式、反式、末端、或外型-(exo-)亚甲基。亚烯基可以是,例如,取代的或未取代的C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30、C31、C32、C33、C34、C35、C36、C37、C38、C39、C40、C41、C42、C43、C44、C45、C46、C47、C48、C49或C50基团。
式(II)、式(III)和式(IV)的低聚(亚烷基胺)结构的特征在于,其可以交替的形式组合较短的(为示例起见,也称作“S”)亚乙基胺单元(即,a或b为1)与较长的(为示例起见,也称作“L”)亚烷基胺单元(即,a或b中的另一个为2至4的整数)。可质子化的单元的这种排列可在如下方面提供优势:所得基团提供将多核糖核苷酸递送到细胞中的载体的适用性。
本公开的组合物可包含多种式(II)的低聚(亚烷基胺)基团作为侧链或作为末端基团:
-NR2{CH2-(CH2)a-NR3-[CH2-(CH2)b-NR4]p}m-[CH2-(CH2)a-NR5]n-R6(II),
其中独立地对于多个式(II)基团中的每个这种基团,变量a、b、p、m、n以及R2至R6被限定如下:
a为1,且b为2至4的整数;或者a为2至4的整数,且b为1,
p为1或2,
m为1或2;n为0或1,且m+n≥2;并且
R2至R5彼此独立地选自氢;基团-CH2-CH(OH)-R7、-CH(R7)-CH2-OH、-CH2-CH2-(C=O)-O-R7、-CH2-CH2-(C=O)-NH-R7或-CH2-R7,其中R7选自C3-C18烷基或具有一个C-C双键的C3-C18烯基;氨基保护集团;-C(NH)-NH2-;以及聚(乙二醇)链;
R6选自氢;基团-CH2-CH(OH)-R7、-CH(R7)-CH2-OH、-CH2-CH2-(C=O)-O-R7、-CH2-CH2-(C=O)-NH-R7或-CH2-R7,其中R7选自C3-C16烷基或具有一个C-C双键的C3-C16烯基;氨基保护集团;-C(NH)-NH;聚(乙二醇)链;以及受体配体。
在一些情况下,R2至R5为氢,R6选自氢、氨基保护集团、-C(NH)-NH2和聚(乙二醇)链。在一些情况下,R2至R6为氢。在一些情况下,R7选自C8-C18烷基或具有一个C-C双键的C8-C18烯基,或者选自C8-C12烷基或具有一个C-C双键的C8-C12烯基,或者选自C10-C12烷基或具有一个C-C双键的C10-C12烯基。本公开的组合物可包含一种或多种式(II)-式(IV)的亚烷基基团。
在一些情况下,可用于根据本公开的组合物的低聚物或聚合物包含多个式(III)的低聚(亚烷基胺)基团作为重复单元:
NR2{CH2-(CH2)a-NR3-[CH2-(CH2)b-NR4]p}m-[CH2-(CH2)a-NR5]n-(III)
其中独立地对于多个式(III)基团中的每个这种基团,变量a、b、p、m、n以及R2至R5被限定如下:
a为1,且b为2至4的整数;或者a为2至4的整数,且b为1,
p为1或2,
m为1或2;n为0或1,且m+n≥2;并且
R2至R5彼此独立地选自氢;基团-CH2-CH(OH)-R7、-CH(R7)-CH2-OH、-CH2-CH2-(C=O)-O-R7、-CH2-CH2-(C=O)-NH-R7、-CH2-R7或-CH2-,其中R7选自C3-C18烷基或具有一个C-C双键的C3-C18烯基;氨基保护集团;-C(NH)-NH2;聚(乙二醇)链;以及内含体逃逸效应物(endosomal escape effector)和受体配体。在一些情况下,R2至R5为氢。在一些情况下,R7选自C8-C18烷基或具有一个C-C的C8-C18烯基。R7可选自C8-C12烷基或具有一个C-C的C8-C12烯基。作为可选项,R7可选自C10-C12烷基或具有一个C-C的C10-C12烯基。
式(III)中所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供式(III)的阳离子基团。
任选地,包含多个式(III)基团作为重复单元的低聚物或聚合物可另外包含一个或多个式(II)的低聚(亚烷基胺)基团作为侧链和/或作为末端基团。
在作为重复单元的多个式(III)基团中,式(III)基团中的两个、三个或更多个可被包含在低聚物或聚合物中。总体上,包含2至9个重复单元的物质在本文称作低聚物,包含10个和更多个重复单元的那些称作聚合物。因此,在含有多个式(III)基团作为重复单元的聚合物中,可存在10个或更多个式(III)基团。将理解,在聚合物或低聚物内,式(III)基团可具有相同结构,或者可具有式(III)范围内的两种或更多种不同结构。在一些情况下,含有多个式(III)基团作为重复单元的低聚物或聚合物可以如下形式提供:在受控的分步的聚合中由不同的式(III)基团制备的、序列限定的聚合物的库(1ibrary)。
根据以上式(II)和式(III),亚烷基胺单元可在交替链中重复一次,从而可产生-S-L-L-S-或-L-S-S-L型低聚(亚烷基胺)部分,其中S代表较短的亚乙基胺单元,L代表较长的亚烷基胺单元。在一些情况下,式(II)和式(III)的基团是其中不发生重复的那些,即其中p为1,使得较短或较长的单元不成对出现。式(II)基团可以是式(IIa)的低聚(亚烷基胺)基团,式(III)基团可以是(IIIa)的低聚(亚烷基胺)基团:
-NR2{CH2-(CH2)a-NR3-CH2-(CH2)b--NR4}m-[CH2-(CH2)a-NR5]n-R6(IIa),
其中a、b、m、n以及R2至R6如式(II)限定,并且其中式(IIa)中所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供阳离子低聚物或聚合物结构;
-NR2{CH2-(CH2)a-NR3-CH2-(CH2)b-NR4}m-[CH2-(CH2)aNR5]n- (IIIa),
其中a、b、m、n以及R2至R5如式(III)限定,并且其中式(IlIa)中所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供阳离子低聚物或聚合物结构。
此外,在一些情况下,式(II)和式(III)的低聚(亚烷基胺)基团的n可以为1。在一些情况下,m为1,且n为1。在一些情况下,式(II)基团是式(IIb)的低聚(亚烷基胺)基团,且式(III)基团是式(IIIb)的低聚(亚烷基胺)基团:
-NR2-CH2-(CH2)a-NR3-CH2-(CH2)b-NR4-CH2-(CH2)a-(NR5)-R6 (IIb),
其中a、b以及R2至R6如式(II)限定,并且其中式(IIb)中所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供阳离子低聚物或聚合物结构;
-NR2-CH2-(CH2)a-NR3-CH2-(CH2)b-NR4-CH2-(CH2)a-NR5- (IIIb)
其中a、b以及R2至R5如式(III)限定,并且其中式(IIIb)所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供阳离子低聚物或聚合物结构。
关于式(II)、(IIa)、(IIb)以及式(III)、(IIIa)、(IIIb)的低聚(亚烷基胺)基团中的亚烷基胺单元的长度,交替单元中的一个可以是亚乙基胺单元(即a或b为1)。另一交替单元可以是亚丙基胺单元、亚丁基胺单元或亚戊基胺单元(即a或b中的另一个可以是2至4的整数)。在一些情况下,a或b中的另一个可以是2或3,并且在一些情况下,a为1且b为2,或者a为2且b为1。在一些情况下,代替基团(II)或者在基团(II)之外,使用式(IIc)的低聚(亚烷基胺)基团,和/或代替基团(III)的替代或者在基团(III)之外,采用式(IIIc)的低聚(亚烷基胺)基团。基团(IIc)和基团(IIIc)的公式如下:
-NR2-CH2-CH2-NR3-CH2-CH2-CH2-NR4-CH2-CH2-NR5-R6 (IIc),
其中R2至R6如式(II)限定,并且其中R2至R6为氢,并且其中式(IIc)中所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供阳离子低聚物或聚合物结构;
-NR2-CH2-CH2-NR3-CH2-CH2-CH2-NR4-CH2-CH2-NR5- (IIIc),
其中R2至R5如式(III)限定,并且其中式(IIIc)中所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供阳离子低聚物或聚合物结构。
在一些情况下,式(II)、(IIa)、(IIb)和(IIc)中的基团R2至R6或者式(III)、(IIIa)、(IIIb)和(IIIc)中的基团R2至R5可以是氨基的保护基团。保护基团的非限制性实例包括叔丁氧基羰基(Boc)、9-芴基甲氧基羰基(Fmoc)或苄氧羰基(Cbz)。
在一些情况下,式(II)、(IIa)、(IIb)和(IIc)中的基团R1至R6或者式(III)、(IIIa)、(IIIb)和(IIIc)中的基团R2至R5为受体配体,如Philipp和Wagner在“Gene andCell Therapy-Therapeutic Mechanisms and Strategy”,第3版第15章,CRC Press,Taylor&Francis Group LLC,Boca Raton 2009中描述的受体配体。靶向肺组织的受体配体的实例被描述于Pfeifer等,2010,Ther.Deliv.,1(1):133-48。受体配体可包括合成的环状或线性肽(如得自筛选肽库,结合至特定细胞表面结构或特定细胞类型)、环状或线性的RGD肽、合成的或天然的碳水化合物(如唾液酸、半乳糖或甘露糖)或得自碳水化合物例如与肽的反应的合成配体、特异性识别细胞表面结构的抗体、叶酸、表皮生长因子和其衍生肽、转铁蛋白、抗转铁蛋白受体抗体、纳米抗体和抗体片段、可结合至细胞表面分子(例如,细胞表面受体)的批准药物等。
只要式(II)、(IIa)、(IIb)和(IIc)中的基团R1至R6或者式(III)、(IIIa)、(IIIb)和(IIIc)中的基团R2至R5中的任一个是聚(乙二醇)链,该聚(乙二醇)链的分子量可以是约100g/mol至20,000g/mol、约1,000g/mol至10,000g/mol或约1,000g/mol至5,000g/mol。
在一些情况下,基团(II)可以是式(IId)的低聚(亚烷基胺)基团:
-NH-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-NH-H (IId),
其中式(IId)中所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供阳离子聚合物或树状聚体结构。在一些情况下,基团(III)为式(IIId)的低聚(亚烷基胺)基团:
-NH-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-NH- (IIId)
其中式(IIId)中所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供阳离子聚合物或树状聚体结构。
类脂质
工程多核糖核苷酸可被封装在类脂质制剂中。类脂质制剂可以是具有脂质特征的任何材料,如脂肪、蜡、固醇、脂溶性维生素(如维生素A、D、E和K)、甘油单酯、甘油二酯、甘油三酯、磷脂及其它。例如,脂质或类脂质制剂可包括脂质(如胆固醇、DOPE、DOPC或DSPC,在科学文献中称作辅助脂质),和/或PEG化脂质或可用于制备脂质复合物的任何其它脂质。包含工程多核糖核苷酸的制剂可以是纳米颗粒,该纳米颗粒可包含至少一种脂质。类脂质制剂可以是脂质纳米颗粒。脂质可选自,但不限于,DOPE、DOPC、DSPC、胆固醇、DLin-DMA、DLin-K-DMA、98N12-5、C12-200、DLin-MC3-DMA、DLin-KC2-DMA、DODMA、PLGA、PEG、PEG-DMG和PEG化脂质。在另一方面,脂质可以是阳离子脂质,如,但不限于,DLin-DMA、DLin-D-DMA、DLin-MC3-DMA、DLin-KC2-DMA和DODMA。
含有类脂质的组合物(组成,composition)可以是约40-60%的类脂质、约40-60%的胆固醇、以及约5-20%的PEG-脂质(重量百分数,基于组合物的总重量)。含有类脂质的组合物可以是约50-60%的类脂质、约40-50%的胆固醇以及约5-10%的PEG-脂质。含有类脂质的组合物可以是约50-75%的类脂质、约20-40%的胆固醇、以及约1-10%的PEG-脂质。含有类脂质的组合物可以是约60-70%的类脂质、约25-35%的胆固醇、以及约5-10%的PEG-脂质。组合物可通过在例如Akinc等,2007,Nat Biotech,26,561-569;Akinc等,2009,MolTher,17,872-9;Love等,2010,PNAS,107,1864-9;US8,450,298,O2006/138380中描述的技术提供。RNA/类脂质复合物可形成颗粒,该颗粒可用于将RNA(如单链RNA或mRNA)递送到细胞中。
本公开的组合物可以是被式(IV)的类脂质包封的工程多核糖核苷酸,
R1-NR2{CH2-(CH2)a-NR3-[CH2-(CH2)b-NR4]p}m-[CH2-(CH2)a-NR5]n-R6(IV),
其中变量a、b、p、m、n以及R1至R6被限定如下:
a为1,且b为2至4的整数;或者a为2至4的整数,且b为1,
p为1或2,
m为1或2;n为0或1,且m+n≥2;并且
R1至R6彼此独立地选自氢;基团-CH2-CH(OH)-R7、-CH(R7)-CH2-OH、-CH2-CH2-(C=O)-O-R7、-CH2-CH2-(C=O)-NH-R7或-CH2-R7,其中R7选自C3-C18烷基或具有一个C-C双键的C3-C18烯基;氨基保护基团;-C(NH)-NH2;聚(乙二醇)链;以及受体配体;条件是R1至R6中至少两个残基是基团-CH2-CH(OH)-R7、-CH(R7)-CH2-OH、-CH2-CH2-(C=O)-O-R7、-CH2-CH2-(C=O)-NH-R7或-CH2-R7,其中R7选自C3-C18烷基或具有一个C-C双键的C3-C18烯基。
在一些情况下,R1至R6独立地选自氢;基团-CH2-C(OH)H-R7或-CH(R7)-CH2-OH,其中R7选自C3-C18烷基或具有一个C-C双键的C3-C18烯基;氨基保护集团;以及聚(乙二醇)链;条件是R1至R6中至少两个残基是基团-CH2-C(OH)H-R7或-CH(R7)-CH2-OH,其中R7选自C3-C18烷基或具有一个C-C双键的C3-C18烯基。在一些情况下,R1至R6独立地选自氢;以及基团-CH2-CH(OH)-R7或-CH(R7)-CH2-OH,其中R7选自C3-C16烷基或具有一个C-C双键的C3-C16烯基;条件是R1至R6中至少两个残基是基团-CH2-CH(OH)-R7或-CH(R7)-CH2-OH,其中R7选自C3-C18烷基或具有一个C-C双键的C3-C18烯基。在一些情况下,R1和R6独立地选自氢;以及基团-CH2-CH(OH)-R7或-CH(R7)-CH2-OH,其中R7选自C3-C18烷基或具有一个C-C双键的C3-C18烯基;并且R2至R5全部是基团-CH2-CH(OH)-R7或-CH(R7)-CH2-OH,其中R7选自C3-C18烷基或具有一个C-C双键的C3-C18烯基。在一些情况下,R7选自C8-C16烷基或具有一个C-C双键的C8-C18烯基,或者选自C8-C12烷基或具有一个C-C双键的C8-C12烯基,或者选自C10-C12烷基或具有一个C-C双键的C10-C12烯基。
式(IV)中所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供式(IV)的阳离子类脂质。
根据以上式(IV),亚烷基胺单元可在交替链中重复一次,从而可产生-S-L-L-S-或-L-S-S-L-型低聚(亚烷基胺)部分,其中S代表较短的亚乙基胺单元,L代表较长的亚烷基胺单元。在一些情况下,式(IV)的类脂质是其中不发生重复(即其中p为1)的类脂质,使得较短或较长的单元不成对出现。式(IV)的类脂质可以是(IVa)的类脂质:
R1-NR2{CH2-(CH2)a-NR3-CH2-(CH2)b-NR}m-[CH2-(CH2)a-NR5]n-R6(IVa),
其中a、b、m、n以及R1至R6如式(IV)限定,并且其中式(IVa)中所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供阳离子类脂质;
在一些情况下,类脂质为式(IV)的类脂质。在一些情况下,式(IV)的类脂质中的“n”为1。在一些情况下,式(IV)的类脂质中的“m”为1且n为1。在一些情况下,式(IV)的类脂质为式(IVb)的类脂质:
R-NR2-CH2-(CH2)a-NR3-CH2-(CH2)b-NR4-CH2-(CH2)a-NR5-R6 (IVb),
其中a、b以及R1至R6如式(IV)限定,其中式(Ivb)中所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供阳离子类脂质。
关于式(IV)、(IVa)和(IVb)的类脂质中的亚烷基胺单元的长度,将理解交替单元中的一个需是亚乙基胺单元(即,a或b为1)。另一交替单元可以是亚丙基胺单元、亚丁基胺单元、亚戊基胺单元或其它适当的单元(即,a或b中的另一个为2至4的整数。在一些情况下,式(N)的类脂质为式(IVc)的类脂质:
R1-NR2-CH2-CH2-NR3-CH2-CH2-CH2-NR4-CH2-CH2-NR5-RS (IVc)
其中R1至R6如式(IV)限定,并且其中式(IVc)中所示的氮原子中的一个或多个可被质子化,以提供阳离子类脂质;
在一些情况下,式(IV)、式(IVa)、式(IVb)和式(IVc)中的基团R1至R6是氨基的保护基团。保护基团的非限制性实例包括叔丁氧基羰基(Boc)、9-芴基甲氧基羰基(Fmoc)或苄氧羰基(Cbz)。
只要式(IV)、(IVa)、(IVb)和(IVc)中的基团R1至R6是受体配体,如Philipp和Wagner在“Gene and Cell Therapy-Therapeutic Mechanisms and Strategy”,第3版,第15章,CRC Press,Taylor&Francis Group LLC,Boca Raton2009中描述的受体配体。靶向肺组织的受体配体的实例被描述于Pfeifer等,2010,Ther.Deliv.,1(1):133-48。受体配体可包括合成的环状或线性肽(如得自筛选肽库,结合于特定细胞表面结构或特定细胞类型)、环状或线性RGD肽、合成的或天然的碳水化合物(如唾液酸、半乳糖或甘露糖)、或得自碳水化合物例如与肽反应的合成配体、特异性识别细胞表面结构的抗体、叶酸、表皮生长因子及其衍生肽、转铁蛋白、抗转铁蛋白受体抗体、纳米抗体和抗体片段、可结合至细胞表面分子(例如,细胞表面受体)的批准药物等。
只要式(IV)、(IVa)、(IVb)和(IVc)中的基团R1至R6是聚(乙二醇)链,该聚(乙二醇)链的分子量可以是约100g/mol至20,000g/mol、约1,000g/mol至10,000g/mol、或约1,000g/mol至5,000g/mol。在一些情况下,PEG链的分子量可为组合物提供期望的密度。
多个类脂质分子可与工程多核糖核苷酸结合。例如,组合物可包含1个工程多核糖核苷酸-100个类脂质分子、1个工程多核糖核苷酸-1,000个类脂质分子、10个工程多核糖核苷酸-1,000个类脂质分子、或100个工程多核糖核苷酸-10,000个类脂质分子。工程多核糖核苷酸和类脂质的复合物可形成颗粒。颗粒直径可例如在10纳米至1,200纳米范围内。在一些情况下,颗粒直径的范围为10纳米至500纳米。在一些情况下,颗粒直径为20纳米至150纳米。
对个体的施用
本文进一步描述了将多核苷酸(例如,多核糖核苷酸)施用给个体的方法。多核糖核苷酸可通过递送剂,如具有包封多核糖核苷酸的包封剂的颗粒或胶囊,被提供给个体。递送剂可以是治疗剂。个体可以是人,如患有癌症的人。递送剂可以给定剂量施用于个体(例如,自施用或由第三方(如健康护理提供者)施用),并且剂量可随时间增加、随时间减少、或保持恒定。剂量可基于个体的疾病(如罕见的疾病或癌症)的进展或消退而变化。
本公开的多核糖核苷酸可与将要施用于个体的一种或多种药学上可接受的载体一起配制。在一些情况下,多核糖核苷酸可被配制用于对目标细胞或细胞群的靶向递送。在一些情况下,多核糖核苷酸可被配制用于对细胞或细胞群体的非靶向递送。多核糖核苷酸的编码多肽产物然后被转录,并且其在受体细胞内累积。
组合物可以是本文所述的任何工程多核糖核苷酸与其它化学组分(如载体、稳定剂、稀释剂、分散剂、悬浮剂、增稠剂和/或赋形剂)的组合。组合物有利于将化合物施用于生物体。药物组合物可通过各种形式和途径(包括,例如,静脉内、皮下、肌内、口服、直肠、气溶胶、肠胃外、眼部、肺部、透皮、阴道、耳部、鼻部以及局部施用)作为药物组合物以治疗有效量施用。
组合物可以局部或全身性方式施用,例如通过将化合物直接注射到器官中——任选地在贮剂(depot)或持续释放的制剂中。药物组合物可以迅速释放制剂的形式、延长释放制剂的形式或中间释放制剂(intermediate release formulation)的形式提供。迅速释放形式可提供立即释放。延长释放制剂可提供受控的释放或持续的延迟的释放。
对于通过吸入的施用,活性化合物可以是气溶胶、雾气、蒸气、喷雾或粉末的形式。药物组合物方便地以气溶胶喷雾形式递送,该气溶胶喷雾形式来自加压包装或雾化器——利用适当的喷射剂,例如二氯二氟甲烷、三氯氟甲烷、二氯四氟乙烷、二氧化碳或其它适当的气体。在加压气溶胶的情况下,剂量单位可通过提供递送计量量(metered amount)的阀门来确定。例如用于吸入器或吹入器的明胶的胶囊和药筒(cartridge)可被配制以包含化合物和适当粉末基质(如乳糖或淀粉)的粉末混合物。
眼睛包含几种结构和功能不同的脉管床,该脉管床供应对于视力维持至关重要的眼组分。这些床包括视网膜和脉络膜脉管系统,其分别供应视网膜的内部部分和外部部分以及位于角膜外周的角膜缘脉管系统。
包含工程多核糖核苷酸的药物组合物可通过任何适当的形式或途径(包括,例如,局部、口服、全身、玻璃体内、前眼房、结膜下、眼球下、眼球后、眼内、后近巩膜(posteriorjuxtascleral)、眼周、视网膜下和脉络膜上施用)施用到眼睛。组合物可通过如下施用:在眼睛的任何部分注射制剂,包括前房、后房、玻璃体房(玻璃体内)、固有视网膜(retinaproper)和/或视网膜下隙。组合物还可通过非侵入性方法递送。施用制剂的非侵入性模式可包括使用无针注射装置。多种施用途径可用于有效递送药物组合物。
本公开的工程多核苷酸可被递送到任何合适的眼细胞,包括例如,内皮细胞(如血管内皮细胞)、视网膜细胞(如视网膜色素上皮细胞(RPE))、角膜细胞、成纤维细胞、星形胶质细胞、神经胶质细胞、周细胞、虹膜上皮细胞、神经起源细胞、睫状体上皮细胞、米勒细胞(mueller cells)、围绕和附着到眼睛的肌肉细胞(如外直肌细胞)、眼眶脂肪细胞、巩膜和巩膜外层细胞、小梁网细胞和结缔组织细胞。
本文公开的组合物在施用给个体后可具有至少约80%、90%或95%的个体细胞转染效率。在一些情况下,相对于未被包封的多核糖核苷酸,在施用给个体后,被包封的组合物的转染效率为至少约50%、60%、70%、80%、90%、95%、100%、110%、120%、130%、140%、150%、160%、170%、180%、190%、200%、225%、250%、275%、300%、325%、350%、375%、400%、450%或500%。在一些情况下,相对于仅含有未修饰多核糖核苷酸的组合物,在施用给个体后,包含修饰多核糖核苷酸(在一些情况下,还包含未修饰多核糖核苷酸)的组合物的转染效率为至少约50%、60%、70%、80%、90%、95%、100%、110%、120%、130%、140%、150%、160%、170%、180%、190%、200%、225%、250%、275%、300%、325%、350%、375%、400%、450%或500%。组合物的转染效率可通过将载体(如细胞穿透肽或阳离子包衣)加入组合物的外层来增加。组合物的转染效率可通过组合物的密度来调节。
用于制备包含本文所述的工程多核糖核苷酸的组合物的方法包括将化合物与一种或多种惰性的药学上可接受的赋形剂或载体一起配制,形成固体、半固体或液体组合物。固体组合物包括,例如,粉末、片剂、可分散颗粒、胶囊、扁囊剂和栓剂。液体组合物包括,例如,其中溶解化合物的溶液、包含化合物的乳液、或者包含含本文公开的化合物的脂质体、胶团或纳米颗粒的溶液。半固体组合物包括,例如,凝胶、悬浮液和乳膏(cream)。组合物可以处于液体溶液或悬浮液中,是适于在使用前溶于或悬浮于液体中的固体形式,或作为乳液。这些组合物还可包含少量的无毒辅助物质,如润湿剂和乳化剂、pH缓冲剂和其它药学上可接受的添加剂。
药学上可接受的赋形剂的非限制性实例可在,例如,Remington:The Science andPractice of Pharmacy,Nineteenth Ed(Easton,Pa.:Mack Publishing Company,1995);Hoover,John E.,Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Co.,Easton,Pennsylvania 1975;Liberman,H.A.and Lachman,L.,Eds.,PharmaceuticalDosage Forms,Marcel Decker,New York,N.Y.,1980;和Pharmaceutical Dosage Formsand Drug Delivery Systems,Seventh Ed.(Lippincott Williams&Wilkins 1999)中找到,其均通过引用整体并入本文。
包含多核苷酸(例如,多核糖核苷酸)的组合物可以各种剂量提供。多核苷酸或多核糖核苷酸的剂量可以是约1μg至约1000μg、约1μg至约500μg、约1μg至约1000μg、约10μg至约500μg、约20μg至约500μg、约25μg至约500μg、约30μg至约500μg、约40μg至约500μg、约50μg至约500μg、约10μg至约250μg、约20μg至约250μg、约30μg至约250μg、约40μg至约250μg、约50μg至约250μg、约1μg至约200μg、约10μg至约200μg、约20μg至约200μg、约30μg至约200μg、约40μg至约200μg、约50μg至约200μg、约25μg至约50μg、约25μg至约100μg、约25μg至约150μg、约25μg至约200μg、约25μg至约250μg、约25μg至约300μg、约25μg至约350μg、约25μg至约400μg、约25μg至约450μg、约25μg至约500μg、约50μg至约750μg或约25μg至约1000μg的工程多核糖核苷酸。在一些情况下,多核苷酸的剂量为约1mg至约100mg、约1mg至约50mg、约10mg至约50mg、约20mg至约50mg、约25mg至约50mg、约30mg至约50mg、约40mg至约50mg、约50mg至约100mg、约1mg至约25mg、约2mg至约25mg、约3mg至约25mg、约4mg至约25mg、约5mg至约25mg、约1mg至约20mg、约1mg至约20mg、约2mg至约20mg、约3mg至约20mg、约4mg至约20mg或约5mg至约20mg的工程多核糖核苷酸。
制剂中(例如,包封剂内)多核糖核苷酸的百分比可以是按重量计大于或等于0.25%多核糖核苷酸、0.5%多核糖核苷酸、0.75%多核糖核苷酸、1%多核糖核苷酸、1.25%多核糖核苷酸、1.5%多核糖核苷酸、1.75%多核糖核苷酸、2%多核糖核苷酸、2.25%多核糖核苷酸、2.5%多核糖核苷酸、2.75%多核糖核苷酸、3%多核糖核苷酸、3.25%多核糖核苷酸、3.5%多核糖核苷酸、3.75%多核糖核苷酸、4%多核糖核苷酸、4.25%多核糖核苷酸、4.5%多核糖核苷酸、4.75%多核糖核苷酸、5%多核糖核苷酸、5.25%多核糖核苷酸、5.5%多核糖核苷酸、5.75%多核糖核苷酸、6%多核糖核苷酸、6.25%多核糖核苷酸、6.5%多核糖核苷酸、6.75%多核糖核苷酸、7%多核糖核苷酸、7.25%多核糖核苷酸、7.5%多核糖核苷酸、7.75%多核糖核苷酸、8%多核糖核苷酸、8.25%多核糖核苷酸、8.5%多核糖核苷酸、8.75%多核糖核苷酸、9%多核糖核苷酸、9.25%多核糖核苷酸、9.5%多核糖核苷酸、9.75%多核糖核苷酸、10%多核糖核苷酸、10.25%多核糖核苷酸、10.5%多核糖核苷酸、10.75%多核糖核苷酸、11%多核糖核苷酸、11.25%多核糖核苷酸、11.5%多核糖核苷酸、11.75%多核糖核苷酸、12%多核糖核苷酸、12.25%多核糖核苷酸、12.5%多核糖核苷酸、12.75%多核糖核苷酸、13%多核糖核苷酸、13.25%多核糖核苷酸、13.5%多核糖核苷酸、13.75%多核糖核苷酸、14%多核糖核苷酸、14.25%多核糖核苷酸、14.5%多核糖核苷酸、14.75%多核糖核苷酸、15%多核糖核苷酸、15.25%多核糖核苷酸、15.5%多核糖核苷酸、15.75%多核糖核苷酸、16%多核糖核苷酸、16.25%多核糖核苷酸、16.5%多核糖核苷酸、16.75%多核糖核苷酸、17%多核糖核苷酸、17.25%多核糖核苷酸、17.5%多核糖核苷酸、17.75%多核糖核苷酸、18%多核糖核苷酸、18.25%多核糖核苷酸、18.5%多核糖核苷酸、18.75%多核糖核苷酸、19%多核糖核苷酸、19.25%多核糖核苷酸、19.5%多核糖核苷酸、19.75%多核糖核苷酸、20%多核糖核苷酸、20.5%多核糖核苷酸、21%多核糖核苷酸、21.5%多核糖核苷酸、22%多核糖核苷酸、22.5%多核糖核苷酸、23%多核糖核苷酸、23.5%多核糖核苷酸、24%多核糖核苷酸、24.5%多核糖核苷酸或25%多核糖核苷酸。可选地,制剂中(例如,包封剂内)多核糖核苷酸的百分比可以是小于约25%多核糖核苷酸、24.5%多核糖核苷酸、24%多核糖核苷酸、23.5%多核糖核苷酸、23%多核糖核苷酸、22.5%多核糖核苷酸、22%多核糖核苷酸、21.5%多核糖核苷酸、21%多核糖核苷酸、20.5%多核糖核苷酸、20%多核糖核苷酸、19.5%多核糖核苷酸、19%多核糖核苷酸、18.5%多核糖核苷酸、18%多核糖核苷酸、17.5%多核糖核苷酸、17%多核糖核苷酸、16.5%多核糖核苷酸、16%多核糖核苷酸、15.5%多核糖核苷酸、15%多核糖核苷酸、14.5%多核糖核苷酸、14%多核糖核苷酸、13.5%多核糖核苷酸、13%多核糖核苷酸、12.5%多核糖核苷酸、12%多核糖核苷酸、11.5%多核糖核苷酸、11%多核糖核苷酸、10.5%多核糖核苷酸、10%多核糖核苷酸、9.5%多核糖核苷酸、9%多核糖核苷酸、8.5%多核糖核苷酸、8%多核糖核苷酸、7.5%多核糖核苷酸、7%多核糖核苷酸、6.5%多核糖核苷酸、6%多核糖核苷酸、5.5%多核糖核苷酸、5%多核糖核苷酸、4.5%多核糖核苷酸、4%多核糖核苷酸、3.5%多核糖核苷酸、3%多核糖核苷酸、2.5%多核糖核苷酸、2%多核糖核苷酸、1.5%多核糖核苷酸、1%多核糖核苷酸、0.5%多核糖核苷酸或0.1%多核糖核苷酸。
在一些情况下,本公开的包封组合物可,在使用装置的约1秒钟至约30分钟、约1秒钟至20分钟、约1秒钟至10分钟、约1秒钟至5分钟、约1秒钟至2分钟、约1秒钟至1分钟、约1秒钟至约30秒、约30秒至30分钟、约30秒至20分钟、约30秒至10分钟、约30秒至5分钟、约30秒至2分钟、约30秒至约1分钟、约1分钟至约30分钟、约1分钟至约25分钟、约1分钟至约20分钟、约1分钟至约15分钟、约1分钟至约10分钟、约5分钟至约30分钟、约5分钟至约25分钟、约5分钟至约20分钟、约5分钟至约15分钟、约5分钟至约10分钟、约10分钟至约30分钟、约10分钟至约25分钟、约10分钟至约20分钟或约10分钟至约15分钟内,在个体中产生血浆、血清或血液浓度的多核糖核苷酸、药物载体、包封剂或聚合物材料(例如:聚乙二醇或聚乙烯亚胺)。多核糖核苷酸、药物载体、包封剂,或聚合物材料(例如聚乙二醇或聚乙烯亚胺)的血浆、血清或血液浓度可以是峰值浓度或平均浓度。
治疗和状况
本公开的方法、多核糖核苷酸和药物组合物提供治疗状况的方法。治疗可包括治疗个体(例如,患有疾病的患者和/或带有状况的实验室动物)。在一些情况下,该状况是癌症。在一些情况下,该状况是肺癌。在一些情况下,该状况是乳腺癌。在一些情况下,个体是人。治疗可在疾病临床发作之前提供给个体。治疗可在疾病临床发作之后提供给个体。治疗可在疾病临床发作时或疾病临床发作后1分钟、5分钟、10分钟、30分钟、1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、12小时、1天、1周、6个月、12个月或2年提供给个体。治疗可在疾病临床发作后提供给个体一定时间段,该时间段长于或等于1分钟、10分钟、30分钟、1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、12小时、1天、1周、1个月、6个月、12个月、2年或更多。治疗可在疾病临床发作后提供给个体一定时间段,该时间段短于或等于2年、12个月、6个月、1个月、1周、1天、12小时、6小时、5小时、4小时、3小时、2小时、1小时、30分钟、10分钟、或1分钟。治疗还可包括在临床试验中对人治疗。
本文所述的含有工程多核糖核苷酸的组合物可被施用用于预防性和/或治疗性处理。在治疗性应用中,工程多核糖核苷酸可被施用到已经患有疾病(如肺癌或乳腺癌)的个体——以用量足以提供治愈或至少改善疾病症状的编码多核糖核苷酸的量。工程多核糖核苷酸还可被施用以降低发展、罹患或恶化疾病的可能性。对于这种用途有效的用量可基于疾病或状况的严重程度和进程、工程多核苷酸的转染效率、编码多肽对目标分子的亲和力、在前治疗、个体的健康状态、重量、对药物的响应以及主治医生的判断而变化。
本公开的多核糖核苷酸可用于例如治疗与ATP结合盒(ABC)家族基因的缺陷或机能障碍相关的状况。与ATP结合盒(ABC)家族基因相关的状况的非限制性实例包括:年龄相关性黄斑变性、良性复发性肝内胆汁郁积症、坎图综合征、先天性双侧输精管缺如、先天性高胰岛素血症、囊性纤维化、杜-约二氏综合征、家族性扩张性心肌病、家族性HDL缺乏症、婴儿泛发性动脉钙化、斑色鱼鳞病、遗传性胰腺炎、妊娠期肝内胆汁郁积症、片层状鱼鳞病、永久性新生儿糖尿病、进行性家族性肝内胆汁郁积症、弹性假黄瘤病、色素性视网膜炎、谷固醇血症、斯特格黄斑变性、表面活性物质功能障碍、丹吉尔病、X-连锁脑白质肾上腺萎缩症、X-连锁铁粒幼红细胞性贫血和共济失调。
本公开的多核糖核苷酸、方法和药物组合物可用于,例如,治疗癌症。癌症的非限制性实例可包括:急性成淋巴细胞性白血病、急性髓细胞性白血病、肾上腺皮质癌、AIDS相关癌症、AIDS相关淋巴瘤、肛门癌、阑尾癌、星形细胞瘤、基底细胞瘤、胆管癌、膀胱癌、骨癌、脑瘤(如小脑星形细胞瘤)、大脑星形细胞瘤/恶性神经胶质瘤、室管膜瘤、成神经管细胞瘤、幕上原始神经外胚层肿瘤、视路和下丘脑神经胶质瘤、乳腺癌、支气管腺瘤、Burkitt淋巴瘤、原发起源不明的癌、中枢神经系统淋巴瘤、小脑星形细胞瘤、宫颈癌、儿童癌症、慢性淋巴细胞性白血病、慢性骨髓性白血病、慢性骨髓增生性疾病、结肠癌、皮肤T细胞淋巴瘤、成纤维细胞性小圆细胞瘤、子宫内膜癌、室管膜瘤、食道癌、Ewing肉瘤、生殖细胞瘤、胆囊癌、胃癌、胃肠道类癌肿瘤、胃肠道间质瘤、神经胶质瘤、毛细胞性白血病、头颈癌、心脏癌、肝细胞(肝)癌、Hodgkin淋巴瘤、下咽癌、眼内黑素瘤、胰岛细胞癌、Kaposi肉瘤、肾癌、喉癌、唇和口腔癌、脂肉瘤、肝癌、肺癌(如非小细胞肺癌和小细胞肺癌)、淋巴瘤、白血病、巨球蛋白血症、骨恶性纤维组织细胞瘤/骨肉瘤、成神经管细胞瘤、黑色素瘤、间皮瘤、原发地隐匿性转移性鳞状颈癌、口癌、多发性内分泌肿瘤综合征、骨髓增生异常综合征、髓细胞性白血病、鼻腔鼻窦癌、鼻咽癌、成神经细胞瘤、非Hodgkin淋巴瘤、非小细胞肺癌、口腔癌、口咽癌、骨肉瘤/骨恶性纤维组织细胞瘤、卵巢癌、卵巢上皮癌、卵巢生殖细胞肿瘤、胰腺癌、胰岛细胞胰腺癌、鼻窦鼻腔癌、甲状旁腺癌、阴茎癌、咽癌、嗜铬细胞瘤、松果体星形细胞瘤、松果体生殖细胞瘤、垂体腺瘤、胸膜肺母细胞瘤、浆细胞瘤形成、原发性中枢系统淋巴瘤、前列腺癌、直肠癌、肾细胞癌、肾盂和输尿管移行细胞癌、视网膜母细胞瘤、横纹肌肉瘤、唾液腺癌、肉瘤、皮肤癌、美克耳细胞皮肤癌、小肠癌、软组织肉瘤、鳞状细胞癌、胃癌、T细胞淋巴癌、喉癌、胸腺瘤、胸腺癌、甲状腺癌、滋养层细胞瘤(妊娠期)、原发位点不明的癌、尿道癌、子宫肉瘤、阴道癌、外阴癌、Waldenstrom巨球蛋白血症和Wilms肿瘤。在一些情况下,工程多核糖核苷酸被施用到个体以治疗肺癌。在一些情况下,工程多核糖核苷酸被施用到个体以治疗乳腺癌。
在一些情况下,本公开的多核苷酸可编码与ATP结合盒子家族A蛋白(如ABCA3)至少80%同源的多肽。
多种工程多核糖核苷酸可以任何顺序或同时被施用。该工程多核糖核苷酸可被一起或单独封装,封装在包含靶向相同目标分子的多核糖核苷酸的单一包装中或多个包装中。工程多核糖核苷酸中的一种或全部可以多剂给予。如非同时,那么多剂之间的时机可以变化。
工程多核糖核苷酸可在症状发作后尽快施用给个体。工程多核糖核苷酸可在检测到或怀疑疾病或状况发作后——只要实际可行——尽快地施用,并且施用疾病治疗所需的时长,如,例如,约1个月、约6个月、约12个月、约18个月、约24个月或任何恰当的时长。治疗长度可针对各个体而变化。
实施例
实施例1:用于治疗患有肺病的人个体的包含工程多核糖核苷酸的组合物的配制
组合物配制如下:
编码ABCA3基因序列(NCBI参考序列:NM_001089.2)的工程多核苷酸如WO2011012316、WO2014207231、WO2014153052、WO2013185069所述制备。支链聚乙烯亚胺(PEI,平均MW=25kDa)购自Sigma-AldrichTM(德国,施内尔多夫),不经进一步纯化而使用。PEI用无内毒素的水稀释,并用HCl调节至pH 7.4。无内毒素的水购自B.Braun(德国,梅尔松根)。
可将工程多核糖核苷酸和PEI在4.0ml双蒸水中稀释,分别得到250μg/ml mRNA和326.3μg/ml PEI的浓度(多核苷酸与PEI的比例大致为10)。可将工程多核糖核苷酸溶液移液至PEI溶液中,通过上下移液混合,产生125μg/ml的最终多核糖核苷酸浓度。复合物可在施用给个体之前在室温下培育20分钟。
实施例2:用于合成人ABCA3的工程多核糖核苷酸的设计、合成、配制以及基于细胞 的表征
制备编码人ABCA3的变型的工程多核糖核苷酸的八种不同形式,其包含以下序列
表7 |
仅天然ORF(无UTR) |
天然ORF+天然UTR |
天然ORF+CYBA UTR |
天然ORF+α-珠蛋白5′UTR ETH |
密码子优化的ORF |
密码子优化的ORF+天然UTR |
密码子优化的天然ORF+CYBA UTR |
密码子优化的ORF+UTR-ETH |
将构建物亚克隆(sub-cloned)至载体中,并用标准程序(例如:maxi prep)扩增。利用测序技术确认每种构建物的核酸序列。
实施例3:工程多核糖核苷酸在人肺泡上皮细胞系中的表达
将表达表6所述序列的不同构建物施用到人肺泡上皮细胞系A549、HepG2和HEK293细胞。将每种构建物并入制剂中,该制剂包含约8的N/P比(N/P=阳离子聚合物的胺基团的摩尔数与DNA的磷酸基团的摩尔数的比)。
表8显示配方的实例和组分的摩尔比。
如本文所使用,dL_01为
如本文所使用,dL_05为
测量每种制剂的多聚复合物(polyplex)尺寸和ζ电位。在各种pH、温度下以及在剧烈摇动后测量每种制剂的稳定性。
测量在全部三种肺上皮细胞系(A549、HepG2和HEK293)中每种多核糖核苷酸制剂的半衰期、RNA摄入和免疫原性。
实施例4:编码报道基因的工程多核糖核苷酸的摄入、表达和分布
编码荧火虫荧光素酶(FFL,1.64kb)、蕃茄红(TR,1.86kb)、增强型绿色荧光蛋白(Enhanced Green Fluorescent Protein)(EGFP,0.94kb)以及LacZ(3.3kb)报道分子的工程多核糖核苷酸。此研究还描述聚乙烯亚胺(“PEI”)和EPE(氨基乙基和氨基丙基单元的统计学聚合物;参见EP-A13034539,其通过引用并入本文)制剂之间的比较、细胞分布(例如,肺泡II型上皮细胞、肺泡I型上皮细胞、肺微血管内皮细胞)和对于编码报道基因的不同工程多核糖核苷酸的最佳摄入、表达和分布而言剂量范围的可变性(variability)。表9示例了在小鼠模型中测试的不同用药方案。
施用途径:吸入(气溶胶)。图1示例了工程多核糖核苷酸对小鼠的气溶胶施用的实例。实验可在任何小鼠中进行,如野生型C57B16小鼠。测量总数54只小鼠中荧火虫荧光素酶(FFL,1.64kb)、蕃茄红(TR,1.86kb)、增强型绿色荧光蛋白(EGFP,0.94kb)和LacZ(3.3kb)报道分子的表达。
实施例5:编码ABCA3蛋白的工程多核糖核苷酸的体内摄入、表达和分布
给总共36只野生型C57B16小鼠施用以表8所列的一种或多种配方制备的包含表7多核糖核苷酸的一种或多种构建物。气管内管用作施用途径。
在气管内施用每种肽后约24小时收集每只小鼠的肺组织。将每只小鼠的一个肺的组织快速冷冻,并通过qPCR、蛋白质印迹和ELISA分析ABCA3蛋白的表达。将每只小鼠的一个肺的组织固定在福尔马林中并分析,旨在工程多核糖核苷酸的原位存在和组织学分析。收集支气管肺泡灌洗液(Bronchoalveolar Lavage Fluid,BALF),并分析标记物IL-10、MIP-1α、INF-α、TNF-α、IL-12和IL-6的表达水平,以确定每种工程多核糖核苷酸的免疫原性。
实施例6:编码ABCA3蛋白的工程多核糖核苷酸的体内用药研究
给野生型C57B16小鼠施用以表8所列的一种或多种配方制备的包含表7的多核糖核苷酸的一种或多种构建物。利用气管内管将工程多核糖核苷酸施用给每只小鼠。测试不同剂量的每种工程多核糖核苷酸,包括在0.1mg/kg至1mg/kg以及1mg/kg至10mg/kg范围内的剂量。
在每种肽的气管内施用后约24小时收集每只小鼠的肺组织。将每只小鼠的一个肺的组织快速冷冻,并通过qPCR、蛋白质印迹和ELISA分析ABCA3蛋白的表达。将每只小鼠的一个肺的组织固定在福尔马林中并分析,旨在工程多核糖核苷酸的原位存在和组织学分析。收集支气管肺泡灌洗液(BALF),并分析标记物IL-10、MIP-1α、INF-α、TNF-α、IL-12和IL-6的表达水平,以确定每种工程多核糖核苷酸的免疫原性。
由肺和生物样品确定的度量(metrics)用来评价每种剂量的安全性和有效性。
实施例7:编码ABCA3蛋白的工程多核糖核苷酸的体内用药研究
野生型C57B16小鼠反复吸入包含具有表7所列多核糖核苷酸的一种或多种构建物的气溶胶。测试不同剂量的每种工程多核糖核苷酸,包括0.1mg/kg至1mg/kg以及1mg/kg至10mg/kg范围内的剂量。
不同的小鼠在初始剂量后8小时、24小时、48小时、72小时、96小时和120小时接受重复剂量。在每种肽施用后约8小时、24小时、48小时、72小时、96小时和120小时收集不同小鼠的肺组织和生物样品。在每个指定时间,将每只小鼠的一个肺的组织快速冷冻,并通过qPCR、蛋白质印迹和ELISA分析ABCA3蛋白的表达。将每只小鼠的一个肺的组织固定在福尔马林中并分析,旨在工程多核糖核苷酸的原位存在和组织学分析。收集支气管肺泡灌洗液(BALF),并分析标记物IL-10、MIP-1α、INF-α、TNF-α、IL-12和IL-6的表达水平,以确定每种工程多核糖核苷酸的免疫原性。血液、肝和脾也被收集,快速冷冻,和处理以进行组织学分析。
由肺和生物样品确定的度量用来评价反复施用气溶胶化工程多核糖核苷酸的安全性和有效性。
实施例8:哺乳动物细胞中ABCA3核糖核酸的表达
此实验证实两种ABCA3-FLAG mRNA在体外的表达(翻译)。关于此实验,缺少5′UTR的ABCA3-FLAG DNA(SEQ ID NO:17)(图2:ABCA3-FLAG-聚A~30,多腺苷酸化20分钟后;由多腺苷酸化20分钟以使尾延伸后具有30A聚A尾的模板制成)和包含5′人α-珠蛋白UTR的ABCA3-FLAG DNA(SEQ ID NO:18)(图2:ABCA3-FLAG-聚A~120,包含在DNA水平上SEQ IDNO:5和在RNA水平上SEQ ID NO:16的5′UTR)被用于在体外以四种典型核苷酸转录相应的mRNA,该mRNA以帽1结构加帽并被多腺苷酸化。将这两种ABCA3-FLAG mRNA(多腺苷酸化后的ABCA3-FLAG-聚A~30和ABCA3-FLAG-聚A~100)转染到A549细胞中。图2是示例转染后6小时A549细胞中ABCA3 mRNA的翻译的蛋白质印迹。图中显示生物一式三份。
关于此实验,将2×106个A549细胞(p7)用7.5μgABCA3-FLAG-聚A~30或ABCA3-FLAG-聚A~100转染,并在转染后6小时收集。将细胞从孔中刮出,制丸,并将小丸(pellet)在RIPA缓冲剂中溶解。将75μg总蛋白质加载到凝胶上。印迹以1∶10000O/N缀合的M2抗flag-HRP进行探测,并利用Femto Super信号底物显影。MLE-15细胞得到了相似的蛋白质印迹结果。
进行了另外的试验,证实在A549细胞中ABC3A蛋白由转染mRNA的成功表达(数据未显示)。简而言之,将A549细胞用编码人ABC3A的mRNA转染。转染后6小时将细胞收集和溶解,并通过蛋白质印迹检测ABC3A蛋白表达。关于此实验,利用具有CYBA 5′UTR和CYBA 3′UTR的、密码子优化的ABCA3-DNA在体外转录相应的mRNA。
实施例9:ABCA3 mRNA的体外表达
进行了以下试验,以比较并入不同比例和组合的具体化学修饰核苷酸在不同细胞类型中对翻译效率的影响。在此描述的实验评价了ABCA3 mRNA(SEQ ID NO:17)在体外的翻译,该ABCA3 mRNA已通过体外转录反应制备,包括:1)50%Ψ;2)100%Ψ;3)25%s2U+25%m5C(Mod1);4)50%I5U(Mod2);或5)35%I5U+7.5%I5C(Mod3))。此实验使用的ABCA3 mRNA模板包括人ABCA3的密码子优化的开放阅读框、长度为约30A的聚A、帽1结构,并且其不包括UTR(SEQ ID NO:17)。
由HEK-293细胞(生物一式三份)表达ABCA-FLAG mRNA:简而言之,将1×106个A549细胞(生物一式三份)用7.5μgABCA3-FLAG/11.25μl Messenger Max转染,并在6小时后收集。将50μg总蛋白质加载在凝胶上。对于ABCA3-FLAG检测:WB以1∶10000过夜缀合的M2抗flag-HRP进行探测,并利用Femto Super信号底物显影。图3是示例在HEK-293细胞中不同ABCA-FLAG mRNA的蛋白质表达的蛋白质印迹,该ABCA-FLAG mRNA通过体外转录反应转录,包括:1)50%Ψ;2)100%Ψ;3)25%s2U+25%m5C(Mod1);4)50%I5U(Mod2);5)35%I5U+7.5%I5C(Mod3);或对照。如图3所示,NTC=模拟转染细胞(无mRNA或质粒)。
图4是示例A549细胞中的相似试验的结果的蛋白质印迹。图4示例A549细胞中不同ABCA-FLAG mRNA的蛋白质表达,该ABCA-FLAG mRNA通过体外转录反应转录,包括:1)50%Ψ;2)100%Ψ;3)25%s2U+25%m5C(Mod1);4)50%FU(Mod2);或5)35%I5U+7.5%I5C(Mod3)。
相似地,图5是示例MLE-15细胞中ABCA3 mRNA的体外表达的结果的蛋白质印迹。图5示例MLE-15细胞中不同ABCA-FLAG mRNA的蛋白质表达,该ABCA-FLAG mRNA通过体外转录反应转录,包括:1)50%Ψ;2)100%Ψ;3)25%s2U+25%m5C(Mod1);4)50%I5U(Mod2);或5)35%I5U+7.5%I5C(Mod3)。
图6示例HEK-293细胞、A549细胞和MLE-15细胞中在mRNA转染后6小时通过蛋白质印迹测量的ABCA3蛋白表达水平的比较。结果相对于总蛋白质染色(SYPRO Ruby)而标准化。每个数据点是3个生物(转染)副本的平均值,误差线+/-标准偏差。此图上显示的所有ABCA3mRNA具有相同的序列,并且由相同的质粒制成。此实验使用的ABCA3 mRNA模板不包括UTR,其具有ABCA3的密码子优化的开放阅读框、长度为约30A的聚A、以及帽1结构。
实施例10:ABCA3 mRNA的体外免疫原性
通过测量细胞因子产生,测试在两种细胞系(即A549腺癌人肺泡基底上皮细胞和HepG2人肝癌细胞)中上述ABCA-FLAG mRNA的免疫原性。测量在A549细胞中响应于转录物的IL-6产生,同时测量HepG2细胞中的IP-10产生。以一定滴定度(titration)的每种RNA一式三份转染每个细胞系。简而言之,在转染前24小时将每孔20,000个(A549)或40,000个(HepG2)细胞接种在96孔板中。然后,利用MessengerMax试剂,以1∶1.5的RNA:MessengerMax比,用一定滴定度的每种转录物,每孔250ng到7ng,转染细胞。
转染后18小时收集培养物上清液。去除上清液后立即用CellTiter-Glo分析试剂盒(Promega)测量细胞成活力,该试剂盒测量ATP水平作为代谢活性细胞的指示。对于IL-6检测,将A549细胞培养物上清液1∶20稀释在分析缓冲剂中,并利用IL-6高灵敏度人ELISA试剂盒(Abcam ab46042)测量IL-6水平。利用人IP-10ELISA试剂盒SimpleStep(Abcamab173194)检测未稀释的HepG2细胞培养物上清液中的IP-10。
图7示例了由包含各种核苷酸修饰的ABCA3-FLAG mRNA翻译ABCA3蛋白的A549细胞中的IL-6诱导。IL-6表达被各种量的每种ABCA-FLAGmRNA诱导,通过ELISA测量。图7示例了利用CellTiter-Glo分析测量的、用各种量的每种ABCA-FLAG mRNA转染后的细胞成活力。图8示例了由包含各种核苷酸修饰的ABCA3-FLAG mRNA翻译ABCA3蛋白的HepG2细胞中的IP-10诱导。IP-10表达被各种量的每种ABCA-FLAG mRNA诱导,通过ELISA测量。图8示例了利用CellTiter-Glo分析测量的、用各种量的每种DNAI1 mRNA转染后的细胞成活力。
实施例11:细胞成活力和细胞因子诱导
图9-12示例了体外细胞成活力和细胞因子诱导的结果。
方法:在转染前24小时将A549细胞(2×104个/孔)或HEPG2细胞(4×104个/孔)接种在96孔板上。用Messenger MAX进行转染,RNA与转染试剂的比例为1∶1.5。此实验使用以下对照:阳性对照:1.聚I∶C用作snim并在相同的浓度下转染;以及2.mRNA eGFP(trilink)。阴性对照:1.用Opti Mem+Max试剂混合物处理的A549/HEPG2;以及2.未处理的A549/HEPG2细胞。在3个不同的96孔板上接种生物一式两份。
在转染后18小时收集上清液,并在去除上清液后立即评估细胞成活力。图9和图10分别示例了A549细胞和HEP G2的细胞成活力。图11和图12示例了测量IL-6和IP-10水平的ELISA分析的结果。对于IL-6ELISA,贯穿分析过程,样品在分析缓冲剂中1∶20稀释。对于IP-10,测试了未稀释的样品。
实施例12:肺细胞中ABCA3 mRNA翻译的时间过程
将1×106个第10传代的A549细胞(人肺细胞)用7.5ug RNA/11.5Messenger Max一式两份转染。在转染后4小时更换转染介质,并在转染后的不同时间点收集细胞:6hr、18hr、24hr、32hr和48hr。随后将细胞用PBS洗涤,并在室温下胰蛋白酶处理5分钟。通过添加含FBS介质来终止胰蛋白酶反应,将细胞收集、离心,并将小丸用冷PBS洗涤两次。然后将小丸冷冻。在收集所有样品后,将冷冻小丸在冰上解冻,并按照TTX方案在RIPA缓冲剂中溶解。将50ug蛋白质加入SDS-PAGE。图13是示例体外肺细胞中由SEQ ID NO:17表达的ABCA3多肽的翻译时间过程的蛋白质印迹。对于ABCA3-FLAG检测:将WB以1∶10000O/N缀合的M2抗flag-HRP进行探测,并利用Femto Super信号底物显影。
尽管本文显示和描述了本发明的优选实施方式,但对于本领域技术人员显而易见的是,这种实施方式仅作为实例提供。并非意图本发明受说明书中提供的具体实例限制。尽管参考上述说明描述了本发明,但是本文实施例的描述和示例不意为以限制意义解释。本领域技术人员将在不偏离本发明的情况下想到多种改动、改变和替换。此外,应理解,本发明的所有方面并不限于本文展示的具体描述、配置或相对比例,其取决于各种条件和变量。应理解,在实施本发明时可采用本文所述的发明实施方式的各种替代形式。因此,考虑本发明还应涵盖任何这种替代形式、改进、改动或等同形式。意图所附权利要求来限定本发明的范围,并且在这些权利要求内的方法和结构及其等同形式被其涵盖。
以下提供了本申请描述的示例性序列。本公开在一些实施方式中提供了多核苷酸,该多核苷酸包含例如SEQ ID NO:17、18或19所示的序列、或者与这种序列具有至少95%、96%、97%、98%、或99%同一性的序列、或者相应于前述任一种或由前述任一种编码的多核糖核苷酸序列——如mRNA。在一些实施方式中,本公开提供了包含SEQ ID NO:17或18所示序列(但不存在FLAG和/或myc标签)的多核苷酸。在一些实施方式中,用作编码ABC家族成员的多核苷酸的一部分的5′-UTR包含源自细胞色素b-245α多肽基因的非翻译区或源自α-珠蛋白多肽基因(如来自人基因)的非翻译区。在一些实施方式中,用作编码ABC家族成员的多核苷酸的一部分的5′-UTR包含SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:16所示的序列。在前述任一种的某些实施方式中,多核苷酸或多核糖核苷酸被修饰(例如,包含核苷酸相似物,如本文所述)。
序列表
1)SEQ ID NO:1
概述:CYBA 5′
CGCGCCTAGCAGTGTCCCAGCCGGGTTCGTGTCGCC
2)SEQ ID NO:2
概述:CYBA 3′
CCTCGCCCCGGACCTGCCCTCCCGCCAGGTGCACCCACCTGCAATAAATGCAGCGAAGCCGGGA
3)SEQ ID NO:3
概述:α-珠蛋白5′UTR(HBA1)
CATAAACCCTGGCGCGCTCGCGGCCCGGCACTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCACC
4)SEQ ID NO:4
概述:α-珠蛋白5′UTR(HBA2)
CATAAACCCTGGCGCGCTCGCGGGCCGGCACTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCACC(SEQ ID NO:4)
5)SEQ ID NO:5
概述:α-珠蛋白5′UTR ETH
TCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAAC
6)SEQ ID NO:6
概述:ABCA3 5′
GCGGCCGCTGCGTCCGCCAGTAGCGGGTTGCAGGCGCACCCTCCCCTCCAGGGCGGCCACGCAGCTGTCAGTGCCGCCGCCACTGCGAGGCTGGAGCGGAGCCCGGGTGGCCGAGGGAGGGGACCCCGCGAGAGGGCCGCGCGCCGGCCGCCGCCGCCCCGGCGCCCAGGCTCGGTGCTGGAGAGTCATGCCTGTGAGCCCTGGGCACCTCCTGATGTCCTGCGAGGTCACGGTGTTCCCAAACCTCAGGGTTGCCCTGCCCCACTCCAGAGGCTCTCAGGCCCCACCCCGGAGCCCTCTGTGCGGAGCCGCCTCCTCCTGGCCAGTTCCCCAGTAGTCCTGAAGGGAGACCTGCTGTGTGGAGCCTCTTCTGGGACCCAGCCATGAGTGTGGAGCTGAGCAACTGAACCTGAAACTCTTCCACTGTGAGTCAAGGAGGCTTTTCCGCACATGAAGGACGCTGAGCGGGAAGGACTCCTCTCTGCCTGCAGTTGTAGCGAGTGGACCAGCACCAGGGGCTCTCTAGACTGCCCCTCCTCCATCGCCTTCCCTGCCTCTCCAGGACAGAGCAGCCACGTCTGCACACCTCGCCCTCTTTACACTCAGTTTTCAGAGCACGTTTCTCCTATTTCCTGCGGGTTGCAGCGCCTACTTGAACTTACTCAGACCACCTACTTCTCTAGCAGCACTGGGCGTCCCTTTCAGCAAGACG
7)SEQ ID NO:7
概述:ABCA3 5′
GGGGTGGCGGCTGTCTCGCCATCAGGCAGGGACAGGACGGGCAAGCAGGGCCCATCTTACATCCTCTCTCTCCAAGTTTATCTCATCCTTTATTTTTAATCACTTTTTTCTATGATGGATATGAAAAATTCAAGGCAGTATGCACAGAATGGACGAGTGCAGCCCAGCCCTCATGCCCAGGATCAGCATGCGCATCTCCATGTCTGCATACTCTGGAGTTCACTTTCCCAGAGCTGGGGCAGGCCGGGCAGTCTGCGGGCAAGCTCCGGGGTCTCTGGGTGGAGAGCTGACCCAGGAAGGGCTGCAGCTGAGCTGGGGGTTGAATTTCTCCAGGCACTCCCTGGAGAGAGGACCCAGTGACTTGTCCAAGTTTACACACGACACTAATCTCCCCTGGGGAGGAAGCGGGAAGCCAGCCAGGTTGAACTGTAGCGAGGCCCCCAGGCCGCCAGGAATGGACCATGCAGATCACTGTCAGTGGAGGGAAGCTGCTGACTGTGATTAGGTGCTGGGGTCTTAGCGTCCAGCGCAGCCCGGGGGCATCCTGGAGGCTCTGCTCCTTAGGGCATGGTAGTCACCGCGAAGCCGGGCACCGTCCCACAGCATCTCCTAGAAGCAGCCGGCACAGGAGGGAAGGTGGCCAGGCTCGAAGCAGTCTCTGTTTCCAGCACTGCACCCTCAGGAAGTCGCCCGCCCCAGGACACGCAGGGACCACCCTAAGGGCTGGGTGGCTGTCTCAAGGACACATTGAATACGTTGTGACCATCCAGAAAATAAATGCTGAGGGGACACAGTC
8)SEQ ID NO:8
概述:ABCA3 mRNA
AUGGCUGUGCUCAGGCAGCUGGCGCUCCUCCUCUGGAAGAACUACACCCUGCAGAAGCGGAAGGUCCUGGUGACGGUCCUGGAACUCUUCCUGCCAUUGCUGUUUUCUGGGAUCCUCAUCUGGCUCCGCUUGAAGAUUCAGUCGGAAAAUGUGCCCAACGCCACCAUCUACCCGGGCCAGUCCAUCCAGGAGCUGCCUCUGUUCUUCACCUUCCCUCCGCCAGGAGACACCUGGGAGCUUGCCUACAUCCCUUCUCACAGUGACGCUGCCAAGACCGUCACUGAGACAGUGCGCAGGGCACUUGUGAUCAACAUGCGAGUGCGCGGCUUUCCCUCCGAGAAGGACUUUGAGGACUACAUUAGGUACGACAACUGCUCGUCCAGCGUGCUGGCCGCCGUGGUCUUCGAGCACCCCUUCAACCACAGCAAGGAGCCCCUGCCGCUGGCGGUGAAAUAUCACCUACGGUUCAGUUACACACGGAGAAAUUACAUGUGGACCCAAACAGGCUCCUUUUUCCUGAAAGAGACAGAAGGCUGGCACACUACUUCCCUUUUCCCGCUUUUCCCAAACCCAGGACCAAGGGAACCUACAUCCCCUGAUGGCGGAGAACCUGGGUACAUCCGGGAAGGCUUCCUGGCCGUGCAGCAUGCUGUGGACCGGGCCAUCAUGGAGUACCAUGCCGAUGCCGCCACACGCCAGCUGUUCCAGAGACUGACGGUGACCAUCAAGAGGUUCCCGUACCCGCCGUUCAUCGCAGACCCCUUCCUCGUGGCCAUCCAGUACCAGCUGCCCCUGCUGCUGCUGCUCAGCUUCACCUACACCGCGCUCACCAUUGCCCGUGCUGUCGUGCAGGAGAAGGAAAGGAGGCUGAAGGAGUACAUGCGCAUGAUGGGGCUCAGCAGCUGGCUGCACUGGAGUGCCUGGUUCCUCUUGUUCUUCCUCUUCCUCCUCAUCGCCGCCUCCUUCAUGACCCUGCUCUUCUGUGUCAAGGUGAAGCCAAAUGUAGCCGUGCUGUCCCGCAGCGACCCCUCCCUGGUGCUCGCCUUCCUGCUGUGCUUCGCCAUCUCUACCAUCUCCUUCAGCUUCAUGGUCAGCACCUUCUUCAGCAAAGCCAACAUGGCAGCAGCCUUCGGAGGCUUCCUCUACUUCUUCACCUACAUCCCCUACUUCUUCGUGGCCCCUCGGUACAACUGGAUGACUCUGAGCCAGAAGCUCUGCUCCUGCCUCCUGUCUAAUGUCGCCAUGGCAAUGGGAGCCCAGCUCAUUGGGAAAUUUGAGGCGAAAGGCAUGGGCAUCCAGUGGCGAGACCUCCUGAGUCCCGUCAACGUGGACGACGACUUCUGCUUCGGGCAGGUGCUGGGGAUGCUGCUGCUGGACUCUGUGCUCUAUGGCCUGGUGACCUGGUACAUGGAGGCCGUCUUCCCAGGGCAGUUCGGCGUGCCUCAGCCCUGGUACUUCUUCAUCAUGCCCUCCUAUUGGUGUGGGAAGCCAAGGGCGGUUGCAGGGAAGGAGGAAGAAGACAGUGACCCCGAGAAAGCACUCAGAAACGAGUACUUUGAAGCCGAGCCAGAGGACCUGGUGGCGGGGAUCAAGAUCAAGCACCUGUCCAAGGUGUUCAGGGUGGGAAAUAAGGACAGGGCGGCCGUCAGAGACCUGAACCUCAACCUGUACGAGGGACAGAUCACCGUCCUGCUGGGCCACAACGGUGCCGGGAAGACCACCACCCUCUCCAUGCUCACAGGUCUCUUUCCCCCCACCAGUGGACGGGCAUACAUCAGCGGGUAUGAAAUUUCCCAGGACAUGGUUCAGAUCCGGAAGAGCCUGGGCCUGUGCCCGCAGCACGACAUCCUGUUUGACAACUUGACAGUCGCAGAGCACCUUUAUUUCUACGCCCAGCUGAAGGGCCUGUCACGUCAGAAGUGCCCUGAAGAAGUCAAGCAGAUGCUGCACAUCAUCGGCCUGGAGGACAAGUGGAACUCACGGAGCCGCUUCCUGAGCGGGGGCAUGAGGCGCAAGCUCUCCAUCGGCAUCGCCCUCAUCGCAGGCUCCAAGGUGCUGAUACUGGACGAGCCCACCUCGGGCAUGGACGCCAUCUCCAGGAGGGCCAUCUGGGAUCUUCUUCAGCGGCAGAAAAGUGACCGCACCAUCGUGCUGACCACCCACUUCAUGGACGAGGCUGACCUGCUGGGAGACCGCAUCGCCAUCAUGGCCAAGGGGGAGCUGCAGUGCUGCGGGUCCUCGCUGUUCCUCAAGCAGAAAUACGGUGCCGGCUAUCACAUGACGCUGGUGAAGGAGCCGCACUGCAACCCGGAAGACAUCUCCCAGCUGGUCCACCACCACGUGCCCAACGCCACGCUGGAGAGCAGCGCUGGGGCCGAGCUGUCUUUCAUCCUUCCCAGAGAGAGCACGCACAGGUUUGAAGGUCUCUUUGCUAAACUGGAGAAGAAGCAGAAAGAGCUGGGCAUUGCCAGCUUUGGGGCAUCCAUCACCACCAUGGAGGAAGUCUUCCUUCGGGUCGGGAAGCUGGUGGACAGCAGUAUGGACAUCCAGGCCAUCCAGCUCCCUGCCCUGCAGUACCAGCACGAGAGGCGCGCCAGCGACUGGGCUGUGGACAGCAACCUCUGUGGGGCCAUGGACCCCUCCGACGGCAUUGGAGCCCUCAUCGAGGAGGAGCGCACCGCUGUCAAGCUCAACACUGGGCUCGCCCUGCACUGCCAGCAAUUCUGGGCCAUGUUCCUGAAGAAGGCCGCAUACAGCUGGCGCGAGUGGAAAAUGGUGGCGGCACAGGUCCUGGUGCCUCUGACCUGCGUCACCCUGGCCCUCCUGGCCAUCAACUACUCCUCGGAGCUCUUCGACGACCCCAUGCUGAGGCUGACCUUGGGCGAGUACGGCAGAACCGUCGUGCCCUUCUCAGUUCCCGGGACCUCCCAGCUGGGUCAGCAGCUGUCAGAGCAUCUGAAAGACGCACUGCAGGCUGAGGGACAGGAGCCCCGCGAGGUGCUCGGUGACCUGGAGGAGUUCUUGAUCUUCAGGGCUUCUGUGGAGGGGGGCGGCUUUAAUGAGCGGUGCCUUGUGGCAGCGUCCUUCAGAGAUGUGGGAGAGCGCACGGUCGUCAACGCCUUGUUCAACAACCAGGCGUACCACUCUCCAGCCACUGCCCUGGCCGUCGUGGACAACCUUCUGUUCAAGCUGCUGUGCGGGCCUCACGCCUCCAUUGUGGUCUCCAACUUCCCCCAGCCCCGGAGCGCCCUGCAGGCUGCCAAGGACCAGUUUAACGAGGGCCGGAAGGGAUUCGACAUUGCCCUCAACCUGCUCUUCGCCAUGGCAUUCUUGGCCAGCACGUUCUCCAUCCUGGCGGUCAGCGAGAGGGCCGUGCAGGCCAAGCAUGUGCAGUUUGUGAGUGGAGUCCACGUGGCCAGUUUCUGGCUCUCUGCUCUGCUGUGGGACCUCAUCUCCUUCCUCAUCCCCAGUCUGCUGCUGCUGGUGGUGUUUAAGGCCUUCGACGUGCGUGCCUUCACGCGGGACGGCCACAUGGCUGACACCCUGCUGCUGCUCCUGCUCUACGGCUGGGCCAUCAUCCCCCUCAUGUACCUGAUGAACUUCUUCUUCUUGGGGGCGGCCACUGCCUACACGAGGCUGACCAUCUUCAACAUCCUGUCAGGCAUCGCCACCUUCCUGAUGGUCACCAUCAUGCGCAUCCCAGCUGUAAAACUGGAAGAACUUUCCAAAACCCUGGAUCACGUGUUCCUGGUGCUGCCCAACCACUGUCUGGGGAUGGCAGUCAGCAGUUUCUACGAGAACUACGAGACGCGGAGGUACUGCACCUCCUCCGAGGUCGCCGCCCACUACUGCAAGAAAUAUAACAUCCAGUACCAGGAGAACUUCUAUGCCUGGAGCGCCCCGGGGGUCGGCCGGUUUGUGGCCUCCAUGGCCGCCUCAGGGUGCGCCUACCUCAUCCUGCUCUUCCUCAUCGAGACCAACCUGCUUCAGAGACUCAGGGGCAUCCUCUGCGCCCUCCGGAGGAGGCGGACACUGACAGAAUUAUACACCCGGAUGCCUGUGCUUCCUGAGGACCAAGAUGUAGCGGACGAGAGGACCCGCAUCCUGGCCCCCAGCCCGGACUCCCUGCUCCACACACCUCUGAUUAUCAAGGAGCUCUCCAAGGUGUACGAGCAGCGGGUGCCCCUCCUGGCCGUGGACAGGCUCUCCCUCGCGGUGCAGAAAGGGGAGUGCUUCGGCCUGCUGGGCUUCAAUGGAGCCGGGAAGACCACGACUUUCAAAAUGCUGACCGGGGAGGAGAGCCUCACUUCUGGGGAUGCCUUUGUCGGGGGUCACAGAAUCAGCUCUGAUGUCGGAAAGGUGCGGCAGCGGAUCGGCUACUGCCCGCAGUUUGAUGCCUUGCUGGACCACAUGACAGGCCGGGAGAUGCUGGUCAUGUACGCUCGGCUCCGGGGCAUCCCUGAGCGCCACAUCGGGGCCUGCGUGGAGAACACUCUGCGGGGCCUGCUGCUGGAGCCACAUGCCAACAAGCUGGUCAGGACGUACAGUGGUGGUAACAAGCGGAAGCUGAGCACCGGCAUCGCCCUGAUCGGAGAGCCUGCUGUCAUCUUCCUGGACGAGCCGUCCACUGGCAUGGACCCCGUGGCCCGGCGCCUGCUUUGGGACACCGUGGCACGAGCCCGAGAGUCUGGCAAGGCCAUCAUCAUCACCUCCCACAGCAUGGAGGAGUGUGAGGCCCUGUGCACCCGGCUGGCCAUCAUGGUGCAGGGGCAGUUCAAGUGCCUGGGCAGCCCCCAGCACCUCAAGAGCAAGUUCGGCAGCGGCUACUCCCUGCGGGCCAAGGUGCAGAGUGAAGGGCAACAGGAGGCGCUGGAGGAGUUCAAGGCCUUCGUGGACCUGACCUUUCCAGGCAGCGUCCUGGAAGAUGAGCACCAAGGCAUGGUCCAUUACCACCUGCCGGGCCGUGACCUCAGCUGGGCGAAGGUUUUCGGUAUUCUGGAGAAAGCCAAGGAAAAGUACGGCGUGGACGACUACUCCGUGAGCCAGAUCUCGCUGGAACAGGUCUUCCUGAGCUUCGCCCACCUGCAGCCGCCCACCGCAGAGGAGGGGCGA
9)SEQ ID NO:9
概述:ABCA3 DNA ORF(野生型)
ATGGCTGTGCTCAGGCAGCTGGCGCTCCTCCTCTGGAAGAACTACACCCTGCAGAAGCGGAAGGTCCTGGTGACGGTCCTGGAACTCTTCCTGCCATTGCTGTTTTCTGGGATCCTCATCTGGCTCCGCTTGAAGATTCAGTCGGAAAATGTGCCCAACGCCACCATCTACCCGGGCCAGTCCATCCAGGAGCTGCCTCTGTTCTTCACCTTCCCTCCGCCAGGAGACACCTGGGAGCTTGCCTACATCCCTTCTCACAGTGACGCTGCCAAGACCGTCACTGAGACAGTGCGCAGGGCACTTGTGATCAACATGCGAGTGCGCGGCTTTCCCTCCGAGAAGGACTTTGAGGACTACATTAGGTACGACAACTGCTCGTCCAGCGTGCTGGCCGCCGTGGTCTTCGAGCACCCCTTCAACCACAGCAAGGAGCCCCTGCCGCTGGCGGTGAAATATCACCTACGGTTCAGTTACACACGGAGAAATTACATGTGGACCCAAACAGGCTCCTTTTTCCTGAAAGAGACAGAAGGCTGGCACACTACTTCCCTTTTCCCGCTTTTCCCAAACCCAGGACCAAGGGAACCTACATCCCCTGATGGCGGAGAACCTGGGTACATCCGGGAAGGCTTCCTGGCCGTGCAGCATGCTGTGGACCGGGCCATCATGGAGTACCATGCCGATGCCGCCACACGCCAGCTGTTCCAGAGACTGACGGTGACCATCAAGAGGTTCCCGTACCCGCCGTTCATCGCAGACCCCTTCCTCGTGGCCATCCAGTACCAGCTGCCCCTGCTGCTGCTGCTCAGCTTCACCTACACCGCGCTCACCATTGCCCGTGCTGTCGTGCAGGAGAAGGAAAGGAGGCTGAAGGAGTACATGCGCATGATGGGGCTCAGCAGCTGGCTGCACTGGAGTGCCTGGTTCCTCTTGTTCTTCCTCTTCCTCCTCATCGCCGCCTCCTTCATGACCCTGCTCTTCTGTGTCAAGGTGAAGCCAAATGTAGCCGTGCTGTCCCGCAGCGACCCCTCCCTGGTGCTCGCCTTCCTGCTGTGCTTCGCCATCTCTACCATCTCCTTCAGCTTCATGGTCAGCACCTTCTTCAGCAAAGCCAACATGGCAGCAGCCTTCGGAGGCTTCCTCTACTTCTTCACCTACATCCCCTACTTCTTCGTGGCCCCTCGGTACAACTGGATGACTCTGAGCCAGAAGCTCTGCTCCTGCCTCCTGTCTAATGTCGCCATGGCAATGGGAGCCCAGCTCATTGGGAAATTTGAGGCGAAAGGCATGGGCATCCAGTGGCGAGACCTCCTGAGTCCCGTCAACGTGGACGACGACTTCTGCTTCGGGCAGGTGCTGGGGATGCTGCTGCTGGACTCTGTGCTCTATGGCCTGGTGACCTGGTACATGGAGGCCGTCTTCCCAGGGCAGTTCGGCGTGCCTCAGCCCTGGTACTTCTTCATCATGCCCTCCTATTGGTGTGGGAAGCCAAGGGCGGTTGCAGGGAAGGAGGAAGAAGACAGTGACCCCGAGAAAGCACTCAGAAACGAGTACTTTGAAGCCGAGCCAGAGGACCTGGTGGCGGGGATCAAGATCAAGCACCTGTCCAAGGTGTTCAGGGTGGGAAATAAGGACAGGGCGGCCGTCAGAGACCTGAACCTCAACCTGTACGAGGGACAGATCACCGTCCTGCTGGGCCACAACGGTGCCGGGAAGACCACCACCCTCTCCATGCTCACAGGTCTCTTTCCCCCCACCAGTGGACGGGCATACATCAGCGGGTATGAAATTTCCCAGGACATGGTTCAGATCCGGAAGAGCCTGGGCCTGTGCCCGCAGCACGACATCCTGTTTGACAACTTGACAGTCGCAGAGCACCTTTATTTCTACGCCCAGCTGAAGGGCCTGTCACGTCAGAAGTGCCCTGAAGAAGTCAAGCAGATGCTGCACATCATCGGCCTGGAGGACAAGTGGAACTCACGGAGCCGCTTCCTGAGCGGGGGCATGAGGCGCAAGCTCTCCATCGGCATCGCCCTCATCGCAGGCTCCAAGGTGCTGATACTGGACGAGCCCACCTCGGGCATGGACGCCATCTCCAGGAGGGCCATCTGGGATCTTCTTCAGCGGCAGAAAAGTGACCGCACCATCGTGCTGACCACCCACTTCATGGACGAGGCTGACCTGCTGGGAGACCGCATCGCCATCATGGCCAAGGGGGAGCTGCAGTGCTGCGGGTCCTCGCTGTTCCTCAAGCAGAAATACGGTGCCGGCTATCACATGACGCTGGTGAAGGAGCCGCACTGCAACCCGGAAGACATCTCCCAGCTGGTCCACCACCACGTGCCCAACGCCACGCTGGAGAGCAGCGCTGGGGCCGAGCTGTCTTTCATCCTTCCCAGAGAGAGCACGCACAGGTTTGAAGGTCTCTTTGCTAAACTGGAGAAGAAGCAGAAAGAGCTGGGCATTGCCAGCTTTGGGGCATCCATCACCACCATGGAGGAAGTCTTCCTTCGGGTCGGGAAGCTGGTGGACAGCAGTATGGACATCCAGGCCATCCAGCTCCCTGCCCTGCAGTACCAGCACGAGAGGCGCGCCAGCGACTGGGCTGTGGACAGCAACCTCTGTGGGGCCATGGACCCCTCCGACGGCATTGGAGCCCTCATCGAGGAGGAGCGCACCGCTGTCAAGCTCAACACTGGGCTCGCCCTGCACTGCCAGCAATTCTGGGCCATGTTCCTGAAGAAGGCCGCATACAGCTGGCGCGAGTGGAAAATGGTGGCGGCACAGGTCCTGGTGCCTCTGACCTGCGTCACCCTGGCCCTCCTGGCCATCAACTACTCCTCGGAGCTCTTCGACGACCCCATGCTGAGGCTGACCTTGGGCGAGTACGGCAGAACCGTCGTGCCCTTCTCAGTTCCCGGGACCTCCCAGCTGGGTCAGCAGCTGTCAGAGCATCTGAAAGACGCACTGCAGGCTGAGGGACAGGAGCCCCGCGAGGTGCTCGGTGACCTGGAGGAGTTCTTGATCTTCAGGGCTTCTGTGGAGGGGGGCGGCTTTAATGAGCGGTGCCTTGTGGCAGCGTCCTTCAGAGATGTGGGAGAGCGCACGGTCGTCAACGCCTTGTTCAACAACCAGGCGTACCACTCTCCAGCCACTGCCCTGGCCGTCGTGGACAACCTTCTGTTCAAGCTGCTGTGCGGGCCTCACGCCTCCATTGTGGTCTCCAACTTCCCCCAGCCCCGGAGCGCCCTGCAGGCTGCCAAGGACCAGTTTAACGAGGGCCGGAAGGGATTCGACATTGCCCTCAACCTGCTCTTCGCCATGGCATTCTTGGCCAGCACGTTCTCCATCCTGGCGGTCAGCGAGAGGGCCGTGCAGGCCAAGCATGTGCAGTTTGTGAGTGGAGTCCACGTGGCCAGTTTCTGGCTCTCTGCTCTGCTGTGGGACCTCATCTCCTTCCTCATCCCCAGTCTGCTGCTGCTGGTGGTGTTTAAGGCCTTCGACGTGCGTGCCTTCACGCGGGACGGCCACATGGCTGACACCCTGCTGCTGCTCCTGCTCTACGGCTGGGCCATCATCCCCCTCATGTACCTGATGAACTTCTTCTTCTTGGGGGCGGCCACTGCCTACACGAGGCTGACCATCTTCAACATCCTGTCAGGCATCGCCACCTTCCTGATGGTCACCATCATGCGCATCCCAGCTGTAAAACTGGAAGAACTTTCCAAAACCCTGGATCACGTGTTCCTGGTGCTGCCCAACCACTGTCTGGGGATGGCAGTCAGCAGTTTCTACGAGAACTACGAGACGCGGAGGTACTGCACCTCCTCCGAGGTCGCCGCCCACTACTGCAAGAAATATAACATCCAGTACCAGGAGAACTTCTATGCCTGGAGCGCCCCGGGGGTCGGCCGGTTTGTGGCCTCCATGGCCGCCTCAGGGTGCGCCTACCTCATCCTGCTCTTCCTCATCGAGACCAACCTGCTTCAGAGACTCAGGGGCATCCTCTGCGCCCTCCGGAGGAGGCGGACACTGACAGAATTATACACCCGGATGCCTGTGCTTCCTGAGGACCAAGATGTAGCGGACGAGAGGACCCGCATCCTGGCCCCCAGCCCGGACTCCCTGCTCCACACACCTCTGATTATCAAGGAGCTCTCCAAGGTGTACGAGCAGCGGGTGCCCCTCCTGGCCGTGGACAGGCTCTCCCTCGCGGTGCAGAAAGGGGAGTGCTTCGGCCTGCTGGGCTTCAATGGAGCCGGGAAGACCACGACTTTCAAAATGCTGACCGGGGAGGAGAGCCTCACTTCTGGGGATGCCTTTGTCGGGGGTCACAGAATCAGCTCTGATGTCGGAAAGGTGCGGCAGCGGATCGGCTACTGCCCGCAGTTTGATGCCTTGCTGGACCACATGACAGGCCGGGAGATGCTGGTCATGTACGCTCGGCTCCGGGGCATCCCTGAGCGCCACATCGGGGCCTGCGTGGAGAACACTCTGCGGGGCCTGCTGCTGGAGCCACATGCCAACAAGCTGGTCAGGACGTACAGTGGTGGTAACAAGCGGAAGCTGAGCACCGGCATCGCCCTGATCGGAGAGCCTGCTGTCATCTTCCTGGACGAGCCGTCCACTGGCATGGACCCCGTGGCCCGGCGCCTGCTTTGGGACACCGTGGCACGAGCCCGAGAGTCTGGCAAGGCCATCATCATCACCTCCCACAGCATGGAGGAGTGTGAGGCCCTGTGCACCCGGCTGGCCATCATGGTGCAGGGGCAGTTCAAGTGCCTGGGCAGCCCCCAGCACCTCAAGAGCAAGTTCGGCAGCGGCTACTCCCTGCGGGCCAAGGTGCAGAGTGAAGGGCAACAGGAGGCGCTGGAGGAGTTCAAGGCCTTCGTGGACCTGACCTTTCCAGGCAGCGTCCTGGAAGATGAGCACCAAGGCATGGTCCATTACCACCTGCCGGGCCGTGACCTCAGCTGGGCGAAGGTTTTCGGTATTCTGGAGAAAGCCAAGGAAAAGTACGGCGTGGACGACTACTCCGTGAGCCAGATCTCGCTGGAACAGGTCTTCCTGAGCTTCGCCCACCTGCAGCCGCCCACCGCAGAGGAGGGGCGA
10)SEQ ID NO:10
概述:具有5′CYBA UTR和3′CYBA UTR的天然ABCA3DNA序列(SEQ ID NO:10)
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11)SEO ID NO:11
概述:具有5′CYBA UTR和3′CYBA UTR的天然ABCA3mRNA序列(SEQ ID NO:11)
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13)SEQ ID NO:13
概述:具有5′CYBA UTR和3′CYBA UTR的、密码子优化的ABCA3 mRNA序列(SEQ IDNO:13)。
AGACCGCGCCUAGCAGUGUCCCAGCCGGGUUCGUGUCGCCGCCACCAUGGCCGUGCUGAGACAGCUGGCUCUGCUGCUGUGGAAGAACUACACCCUGCAGAAACGGAAGGUGCUCGUGACCGUGCUGGAACUGUUCCUGCCCCUGCUGUUCAGCGGCAUCCUGAUCUGGCUGCGGCUGAAGAUCCAGAGCGAGAACGUGCCCAACGCCACCAUCUACCCCGGCCAGAGCAUCCAGGAACUGCCCCUGUUCUUCACCUUCCCCCCACCCGGCGAUACCUGGGAGCUGGCCUAUAUCCCUAGCCACAGCGACGCCGCCAAGACCGUGACAGAGACAGUGCGGAGAGCCCUCGUGAUCAACAUGAGAGUGCGGGGCUUCCCCAGCGAGAAGGACUUCGAGGACUACAUCAGAUACGACAACUGCAGCAGCAGCGUGCUGGCCGCCGUGGUGUUUGAGCACCCCUUCAACCACAGCAAAGAGCCCCUGCCUCUGGCCGUGAAGUACCACCUGAGAUUCAGCUACACCCGGCGGAACUACAUGUGGACCCAGACCGGCUCAUUCUUCCUGAAAGAGACAGAGGGCUGGCACACCACCAGCCUGUUCCCUCUGUUCCCCAACCCUGGCCCCAGAGAGCCUACAUCUCCUGACGGCGGCGAGCCCGGCUAUAUCAGAGAAGGAUUCCUGGCCGUGCAGCACGCCGUGGACAGAGCCAUCAUGGAAUACCACGCCGAUGCCGCCACCCGGCAGCUGUUUCAGAGACUGACCGUGACCAUCAAGCGGUUCCCUUACCCCCCCUUUAUCGCCGACCCUUUCCUGGUGGCCAUCCAGUACCAGCUGCCACUCCUCCUGCUGCUGAGCUUUACCUACACCGCCCUGACAAUCGCCAGAGCCGUGGUGCAGGAAAAAGAGCGGCGGCUGAAAGAGUACAUGCGGAUGAUGGGCCUGUCCAGCUGGCUGCAUUGGAGCGCCUGGUUUCUGCUGUUCUUCCUGUUCCUGCUGAUCGCCGCCAGCUUCAUGACACUGCUGUUUUGCGUGAAAGUGAAGCCCAACGUGGCAGUGCUGAGCCGCAGCGAUCCUAGCCUGGUGCUGGCCUUCCUGCUGUGCUUCGCCAUCAGCACCAUCAGCUUCAGCUUUAUGGUGUCCACCUUCUUCAGCAAGGCCAACAUGGCCGCUGCCUUCGGCGGCUUCCUGUACUUCUUUACCUAUAUUCCCUACUUCUUCGUGGCCCCUCGGUACAACUGGAUGACCCUGAGCCAGAAGCUGUGCAGCUGCCUGCUGAGCAACGUGGCCAUGGCUAUGGGAGCCCAGCUGAUCGGCAAGUUCGAGGCCAAGGGCAUGGGCAUCCAGUGGCGGGAUCUGCUGAGCCCCGUGAACGUGGACGACGACUUCUGCUUCGGCCAGGUGCUGGGCAUGCUGCUGCUGGACUCCGUGCUGUAUGGCCUCGUGACCUGGUAUAUGGAAGCCGUGUUCCCUGGCCAGUUCGGCGUGCCCCAGCCCUGGUACUUCUUCAUCAUGCCUAGCUAUUGGUGCGGCAAGCCCAGGGCCGUGGCCGGCAAAGAGGAAGAGGAUAGCGACCCCGAGAAGGCCCUGCGGAACGAGUACUUUGAGGCCGAGCCCGAGGAUCUGGUGGCCGGAAUCAAGAUCAAGCACCUGAGCAAGGUGUUCCGCGUGGGCAACAAGGAUAGAGCCGCUGUGCGGGACCUGAACCUGAAUCUGUACGAGGGCCAGAUCACCGUGCUGCUGGGCCAUAAUGGCGCCGGAAAGACCACCACCCUGAGCAUGCUGACCGGCCUGUUUCCCCCAACAAGCGGCAGGGCCUACAUCAGCGGCUACGAGAUCAGCCAGGACAUGGUGCAGAUCCGGAAGUCCCUGGGCCUGUGCCCCCAGCACGACAUCCUGUUCGACAACCUGACCGUGGCCGAGCACCUGUACUUUUACGCUCAGCUGAAGGGCCUGAGCCGGCAGAAAUGCCCCGAGGAAGUGAAGCAGAUGCUGCACAUCAUCGGCCUGGAAGAUAAGUGGAACAGCCGGUCCCGGUUCCUGUCCGGCGGAAUGAGAAGAAAGCUGAGCAUCGGAAUCGCCCUGAUUGCCGGCAGCAAGGUGCUGAUCCUGGACGAGCCUACCAGCGGCAUGGACGCCAUCUCCAGAAGGGCCAUCUGGGACCUGCUGCAGCGGCAGAAGUCCGACAGAACCAUCGUGCUGACCACCCACUUCAUGGACGAGGCCGACCUGCUGGGCGACCGGAUCGCUAUUAUGGCCAAGGGGGAGCUGCAGUGCUGCGGCAGCAGCCUGUUUCUGAAGCAGAAAUACGGCGCUGGCUACCACAUGACCCUCGUGAAAGAGCCUCACUGCAACCCCGAGGACAUCUCCCAGCUGGUGCACCACCACGUGCCAAAUGCCACCCUGGAAAGCUCUGCCGGCGCUGAGCUGAGCUUCAUCCUGCCCAGAGAGAGCACCCACAGAUUCGAGGGCCUGUUCGCCAAGCUGGAAAAGAAACAGAAAGAGCUGGGCAUUGCCAGCUUCGGCGCCAGCAUCACAACAAUGGAAGAGGUGUUCCUGAGAGUGGGCAAGCUGGUGGACAGCUCCAUGGACAUCCAGGCUAUCCAGCUGCCCGCCCUGCAGUAUCAGCACGAGAGAAGGGCUAGCGACUGGGCCGUGGACUCCAAUCUGUGCGGCGCCAUGGAUCCCUCCGAUGGAAUCGGCGCCCUGAUCGAAGAGGAACGGACCGCCGUGAAGCUGAACACAGGACUGGCCCUGCACUGCCAGCAGUUCUGGGCCAUGUUCCUGAAGAAAGCCGCCUACAGCUGGCGCGAGUGGAAAAUGGUGGCCGCACAGGUGCUGGUGCCCCUGACCUGUGUGACACUGGCACUGCUGGCCAUCAACUACAGCAGCGAGCUGUUCGACGACCCCAUGCUGAGACUGACACUGGGCGAGUACGGCAGGACCGUGGUGCCUUUUUCUGUGCCCGGCACCUCACAGCUGGGCCAGCAGCUGUCUGAACACCUGAAGGAUGCCCUGCAGGCCGAAGGCCAGGAACCCAGAGAAGUGCUGGGCGAUCUGGAAGAGUUCCUGAUCUUCCGGGCCAGCGUGGAAGGCGGCGGAUUCAACGAGAGAUGCCUGGUGGCUGCCUCCUUCCGGGAUGUGGGCGAGAGAACAGUCGUGAACGCCCUGUUCAACAAUCAGGCCUACCACAGCCCCGCCACCGCUCUGGCUGUGGUGGACAACCUGCUGUUUAAGCUGCUGUGUGGCCCCCACGCCUCCAUCGUGGUGUCCAAUUUCCCCCAGCCCAGAAGCGCUCUGCAGGCUGCCAAGGACCAGUUCAACGAGGGCCGGAAGGGCUUCGACAUUGCUCUGAAUCUGCUGUUUGCCAUGGCCUUUCUGGCCUCCACCUUCAGCAUCCUGGCUGUGUCCGAGAGAGCCGUGCAGGCCAAGCACGUGCAGUUUGUGUCUGGCGUGCACGUGGCCAGCUUUUGGCUGUCUGCCCUGCUGUGGGACCUGAUCAGCUUCCUGAUCCCCAGCCUCCUGCUGCUGGUGGUGUUCAAGGCCUUCGACGUGCGGGCCUUCACCAGGGAUGGACACAUGGCCGACACCUUGUUGUUGCUGCUGCUGUACGGCUGGGCCAUCAUCCCCCUGAUGUACCUGAUGAACUUCUUCUUCCUGGGCGCUGCCACCGCCUACACCAGACUGACCAUCUUCAACAUCCUGAGCGGGAUCGCCACCUUCCUGAUGGUCACAAUCAUGCGGAUCCCUGCCGUGAAACUGGAAGAACUGAGCAAGACCCUGGACCAUGUGUUUCUGGUGCUGCCCAACCACUGCCUGGGCAUGGCCGUGUCUAGCUUCUACGAGAACUACGAGACACGGCGGUACUGCACCUCCAGCGAAGUGGCCGCCCACUACUGCAAGAAGUAUAACAUCCAGUAUCAGGAAAACUUCUACGCUUGGAGCGCACCCGGCGUGGGCAGAUUUGUGGCCUCUAUGGCCGCCAGCGGCUGCGCCUAUCUGAUCCUGCUGUUCCUGAUCGAGACUAACCUGCUGCAGAGACUGAGAGGCAUCCUGUGCGCCCUGCGGCGGAGAAGAACACUGACCGAGCUGUACACCCGGAUGCCCGUGCUGCCUGAGGACCAGGAUGUGGCCGACGAGCGGACAAGAAUCCUGGCCCCUAGCCCCGAUAGCCUGCUGCACACCCCCCUGAUCAUCAAAGAACUGUCCAAGGUGUACGAGCAGCGGGUGCCACUGCUGGCUGUGGACAGACUGAGUCUGGCUGUGCAGAAAGGCGAGUGCUUCGGACUGCUGGGCUUCAACGGCGCAGGCAAGACCACAACCUUCAAGAUGCUGACAGGCGAGGAAAGCCUGACCUCCGGCGACGCCUUUGUGGGCGGACACAGGAUCUCUUCCGAUGUGGGCAAAGUGCGGCAGCGGAUCGGCUACUGCCCUCAGUUCGACGCCCUGCUGGAUCACAUGACCGGCAGGGAAAUGCUCGUGAUGUACGCCCGGCUGAGGGGCAUCCCCGAGAGACACAUUGGCGCCUGCGUGGAAAACACCCUGCGGGGCCUGCUGCUGGAACCCCACGCUAACAAACUCGUGCGGACCUACAGCGGCGGCAACAAGAGAAAGCUGUCUACCGGCAUUGCACUGAUCGGCGAGCCAGCCGUGAUCUUUCUGGAUGAGCCCAGCACAGGCAUGGACCCCGUGGCUCGGAGACUGCUGUGGGAUACAGUGGCCAGAGCCAGAGAGUCCGGCAAGGCCAUCAUUAUCACCAGCCACAGCAUGGAAGAGUGCGAGGCCCUGUGUACAAGACUGGCAAUUAUGGUGCAGGGACAGUUCAAGUGUCUGGGCAGCCCUCAGCACCUGAAGUCCAAGUUCGGCUCCGGCUACAGCCUGCGGGCCAAGGUGCAGUCUGAAGGGCAGCAGGAAGCCCUGGAAGAAUUCAAAGCCUUCGUGGACCUGACCUUCCCCGGCUCUGUGCUGGAAGAUGAGCACCAGGGAAUGGUGCACUACCAUCUGCCUGGCAGGGACCUGUCCUGGGCCAAAGUGUUUGGCAUCCUGGAAAAGGCCAAAGAGAAGUACGGCGUGGACGAUUACAGCGUGUCCCAGAUCAGCCUGGAACAGGUGUUCCUGUCCUUUGCCCAUCUGCAGCCCCCUACCGCCGAAGAGGGAAGAACGCGUACGCGACCGCUCGAGCAGAAACUCAUCUCAGAAGAGGAUCUGGCAGCAAAUGAUAUCCUGGAUUACAAGGAUGACGACGAUAAGGUUUGACCUCGCCCCGGACCUGCCCUCCCGCCAGGUGCACCCACCUGCAAUAAAUGCAGCGAAGCCGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUU
14)SEQ ID NO:14
概述:SEQ ID NO:1的mRNA配对物(counterpart)
CGCGCCUAGCAGUGUCCCAGCCGGGUUCGUGUCGCC
15)SEQ ID NO:15
概述:SEQ ID NO:2的mRNA配对物
CCUCGCCCCGGACCUGCCCUCCCGCCAGGUGCACCCACCUGCAAUAAAUGCAGCGAAGCCGGGA
16)SEQ ID NO:16
概述:SEQ ID NO:5的mRNA配对物
UCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAAC
17)SEQ ID NO:17
概述:转录物TTX-ABCA3-RNA-018
黑色–侧翼序列
斜体下划线–Kozak序列
蓝色–密码子优化的ABCA3
红色–c-myc-标签
绿色-FLAG-标签
高亮红色–终止密码子
橙色–聚(A)尾
gggagacccaagctggctagcgtttaaacttaagcttggcaatccggtactgttggtaaaccgtgctgagacagctggctctgctgctgtggaagaactacaccctgcagaaacggaaggtgctcgtgaccgtgctggaactgttcctgcccctgctgttcagcggcatcctgatctggctgcggctgaagatccagagcgagaacgtgcccaacgccaccatctaccccggccagagcatccaggaactgcccctgttcttcaccttccccccacccggcgatacctgggagctggcctatatccctagccacagcgacgccgccaagaccgtgacagagacagtgcggagagccctcgtgatcaacatgagagtgcggggcttccccagcgagaaggacttcgaggactacatcagatacgacaactgcagcagcagcgtgctggccgccgtggtgtttgagcaccccttcaaccacagcaaagagcccctgcctctggccgtgaagtaccacctgagattcagctacacccggcggaactacatgtggacccagaccggctcattcttcctgaaagagacagagggctggcacaccaccagcctgttccctctgttccccaaccctggccccagagagcctacatctcctgacggcggcgagcccggctatatcagagaaggattcctggccgtgcagcacgccgtggacagagccatcatggaataccacgccgatgccgccacccggcagctgtttcagagactgaccgtgaccatcaagcggttcccttaccccccctttatcgccgaccctttcctggtggccatccagtaccagctgccactcctcctgctgctgagctttacctacaccgccctgacaatcgccagagccgtggtgcaggaaaaagagcggcggctgaaagagtacatgcggatgatgggcctgtccagctggctgcattggagcgcctggtttctgctgttcttcctgttcctgctgatcgccgccagcttcatgacactgctgttttgcgtgaaagtgaagcccaacgtggcagtgctgagccgcagcgatcctagcctggtgctggccttcctgctgtgcttcgccatcagcaccatcagcttcagctttatggtgtccaccttcttcagcaaggccaacatggccgctgccttcggcggcttcctgtacttctttacctatattccctacttcttcgtggcccctcggtacaactggatgaccctgagccagaagctgtgcagctgcctgctgagcaacgtggccatggctatgggagcccagctgatcggcaagttcgaggccaagggcatgggcatccagtggcgggatctgctgagccccgtgaacgtggacgacgacttctgcttcggccaggtgctgggcatgctgctgctggactccgtgctgtatggcctcgtgacctggtatatggaagccgtgttccctggccagttcggcgtgccccagccctggtacttcttcatcatgcctagctattggtgcggcaagcccagggccgtggccggcaaagaggaagaggatagcgaccccgagaaggccctgcggaacgagtactttgaggccgagcccgaggatctggtggccggaatcaagatcaagcacctgagcaaggtgttccgcgtgggcaacaaggatagagccgctgtgcgggacctgaacctgaatctgtacgagggccagatcaccgtgctgctgggccataatggcgccggaaagaccaccaccctgagcatgctgaccggcctgtttcccccaacaagcggcagggcctacatcagcggctacgagatcagccaggacatggtgcagatccggaagtccctgggcctgtgcccccagcacgacatcctgttcgacaacctgaccgtggccgagcacctgtacttttacgctcagctgaagggcctgagccggcagaaatgccccgaggaagtgaagcagatgctgcacatcatcggcctggaagataagtggaacagccggtcccggttcctgtccggcggaatgagaagaaagctgagcatcggaatcgccctgattgccggcagcaaggtgctgatcctggacgagcctaccagcggcatggacgccatctccagaagggccatctgggacctgctgcagcggcagaagtccgacagaaccatcgtgctgaccacccacttcatggacgaggccgacctgctgggcgaccggatcgctattatggccaagggggagctgcagtgctgcggcagcagcctgtttctgaagcagaaatacggcgctggctaccacatgaccctcgtgaaagagcctcactgcaaccccgaggacatctcccagctggtgcaccaccacgtgccaaatgccaccctggaaagctctgccggcgctgagctgagcttcatcctgcccagagagagcacccacagattcgagggcctgttcgccaagctggaaaagaaacagaaagagctgggcattgccagcttcggcgccagcatcacaacaatggaagaggtgttcctgagagtgggcaagctggtggacagctccatggacatccaggctatccagctgcccgccctgcagtatcagcacgagagaagggctagcgactgggccgtggactccaatctgtgcggcgccatggatccctccgatggaatcggcgccctgatcgaagaggaacggaccgccgtgaagctgaacacaggactggccctgcactgccagcagttctgggccatgttcctgaagaaagccgcctacagctggcgcgagtggaaaatggtggccgcacaggtgctggtgcccctgacctgtgtgacactggcactgctggccatcaactacagcagcgagctgttcgacgaccccatgctgagactgacactgggcgagtacggcaggaccgtggtgcctttttctgtgcccggcacctcacagctgggccagcagctgtctgaacacctgaaggatgccctgcaggccgaaggccaggaacccagagaagtgctgggcgatctggaagagttcctgatcttccgggccagcgtggaaggcggcggattcaacgagagatgcctggtggctgcctccttccgggatgtgggcgagagaacagtcgtgaacgccctgttcaacaatcaggcctaccacagccccgccaccgctctggctgtggtggacaacctgctgtttaagctgctgtgtggcccccacgcctccatcgtggtgtccaatttcccccagcccagaagcgctctgcaggctgccaaggaccagttcaacgagggccggaagggcttcgacattgctctgaatctgctgtttgccatggcctttctggcctccaccttcagcatcctggctgtgtccgagagagccgtgcaggccaagcacgtgcagtttgtgtctggcgtgcacgtggccagcttttggctgtctgccctgctgtgggacctgatcagcttcctgatccccagcctcctgctgctggtggtgttcaaggccttcgacgtgcgggccttcaccagggatggacacatggccgacaccttgttgttgctgctgctgtacggctgggccatcatccccctgatgtacctgatgaacttcttcttcctgggcgctgccaccgcctacaccagactgaccatcttcaacatcctgagcgggatcgccaccttcctgatggtcacaatcatgcggatccctgccgtgaaactggaagaactgagcaagaccctggaccatgtgtttctggtgctgcccaaccactgcctgggcatggccgtgtctagcttctacgagaactacgagacacggcggtactgcacctccagcgaagtggccgcccactactgcaagaagtataacatccagtatcaggaaaacttctacgcttggagcgcacccggcgtgggcagatttgtggcctctatggccgccagcggctgcgcctatctgatcctgctgttcctgatcgagactaacctgctgcagagactgagaggcatcctgtgcgccctgcggcggagaagaacactgaccgagctgtacacccggatgcccgtgctgcctgaggaccaggatgtggccgacgagcggacaagaatcctggcccctagccccgatagcctgctgcacacccccctgatcatcaaagaactgtccaaggtgtacgagcagcgggtgccactgctggctgtggacagactgagtctggctgtgcagaaaggcgagtgcttcggactgctgggcttcaacggcgcaggcaagaccacaaccttcaagatgctgacaggcgaggaaagcctgacctccggcgacgcctttgtgggcggacacaggatctcttccgatgtgggcaaagtgcggcagcggatcggctactgccctcagttcgacgccctgctggatcacatgaccggcagggaaatgctcgtgatgtacgcccggctgaggggcatccccgagagacacattggcgcctgcgtggaaaacaccctgcggggcctgctgctggaaccccacgctaacaaactcgtgcggacctacagcggcggcaacaagagaaagctgtctaccggcattgcactgatcggcgagccagccgtgatctttctggatgagcccagcacaggcatggaccccgtggctcggagactgctgtgggatacagtggccagagccagagagtccggcaaggccatcattatcaccagccacagcatggaagagtgcgaggccctgtgtacaagactggcaattatggtgcagggacagttcaagtgtctgggcagccctcagcacctgaagtccaagttcggctccggctacagcctgcgggccaaggtgcagtctgaagggcagcaggaagccctggaagagttcaaagccttcgtggacctgaccttccccggctctgtgctggaagatgagcaccagggaatggtgcactaccatctgcctggcagggacctgtcctgggccaaagtgtttggcatcctggaaaaggccaaagagaagtacggcgtggacgattacagcgtgtcccagatcagcctggaacaggtgttcctgtcctttgcccatctgcagccccctaccgccgaagagggaagaacgcgtacgcggccgctcgagcagaaactcatctcagaagaggatctggcagcaaatgatatcctggattacaaggatgacgacgataaggtttaagaattctgcagAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGC
18)SEQ ID NO:18
概述:转录物TTX-ABCA3-RNA-019
黑色-侧翼序列
灰色-5′UTR人α珠蛋白
斜体下划线-Kozak序列
蓝色-密码子优化的ABCA3
红色-c-myc-标签
绿色-FLAG-标签
高亮红色-终止密码子
桔色-聚(A)尾
GGGAGACTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACGCCGTGCTGAGACAGCTGGCTCTGCTGCTGTGGAAGAACTACACCCTGCAGAAACGGAAGGTGCTCGTGACCGTGCTGGAACTGTTCCTGCCCCTGCTGTTCAGCGGCATCCTGATCTGGCTGCGGCTGAAGATCCAGAGCGAGAACGTGCCCAACGCCACCATCTACCCCGGCCAGAGCATCCAGGAACTGCCCCTGTTCTTCACCTTCCCCCCACCCGGCGATACCTGGGAGCTGGCCTATATCCCTAGCCACAGCGACGCCGCCAAGACCGTGACAGAGACAGTGCGGAGAGCCCTCGTGATCAACATGAGAGTGCGGGGCTTCCCCAGCGAGAAGGACTTCGAGGACTACATCAGATACGACAACTGCAGCAGCAGCGTGCTGGCCGCCGTGGTGTTTGAGCACCCCTTCAACCACAGCAAAGAGCCCCTGCCTCTGGCCGTGAAGTACCACCTGAGATTCAGCTACACCCGGCGGAACTACATGTGGACCCAGACCGGCTCATTCTTCCTGAAAGAGACAGAGGGCTGGCACACCACCAGCCTGTTCCCTCTGTTCCCCAACCCTGGCCCCAGAGAGCCTACATCTCCTGACGGCGGCGAGCCCGGCTATATCAGAGAAGGATTCCTGGCCGTGCAGCACGCCGTGGACAGAGCCATCATGGAATACCACGCCGATGCCGCCACCCGGCAGCTGTTTCAGAGACTGACCGTGACCATCAAGCGGTTCCCTTACCCCCCCTTTATCGCCGACCCTTTCCTGGTGGCCATCCAGTACCAGCTGCCACTCCTCCTGCTGCTGAGCTTTACCTACACCGCCCTGACAATCGCCAGAGCCGTGGTGCAGGAAAAAGAGCGGCGGCTGAAAGAGTACATGCGGATGATGGGCCTGTCCAGCTGGCTGCATTGGAGCGCCTGGTTTCTGCTGTTCTTCCTGTTCCTGCTGATCGCCGCCAGCTTCATGACACTGCTGTTTTGCGTGAAAGTGAAGCCCAACGTGGCAGTGCTGAGCCGCAGCGATCCTAGCCTGGTGCTGGCCTTCCTGCTGTGCTTCGCCATCAGCACCATCAGCTTCAGCTTTATGGTGTCCACCTTCTTCAGCAAGGCCAACATGGCCGCTGCCTTCGGCGGCTTCCTGTACTTCTTTACCTATATTCCCTACTTCTTCGTGGCCCCTCGGTACAACTGGATGACCCTGAGCCAGAAGCTGTGCAGCTGCCTGCTGAGCAACGTGGCCATGGCTATGGGAGCCCAGCTGATCGGCAAGTTCGAGGCCAAGGGCATGGGCATCCAGTGGCGGGATCTGCTGAGCCCCGTGAACGTGGACGACGACTTCTGCTTCGGCCAGGTGCTGGGCATGCTGCTGCTGGACTCCGTGCTGTATGGCCTCGTGACCTGGTATATGGAAGCCGTGTTCCCTGGCCAGTTCGGCGTGCCCCAGCCCTGGTACTTCTTCATCATGCCTAGCTATTGGTGCGGCAAGCCCAGGGCCGTGGCCGGCAAAGAGGAAGAGGATAGCGACCCCGAGAAGGCCCTGCGGAACGAGTACTTTGAGGCCGAGCCCGAGGATCTGGTGGCCGGAATCAAGATCAAGCACCTGAGCAAGGTGTTCCGCGTGGGCAACAAGGATAGAGCCGCTGTGCGGGACCTGAACCTGAATCTGTACGAGGGCCAGATCACCGTGCTGCTGGGCCATAATGGCGCCGGAAAGACCACCACCCTGAGCATGCTGACCGGCCTGTTTCCCCCAACAAGCGGCAGGGCCTACATCAGCGGCTACGAGATCAGCCAGGACATGGTGCAGATCCGGAAGTCCCTGGGCCTGTGCCCCCAGCACGACATCCTGTTCGACAACCTGACCGTGGCCGAGCACCTGTACTTTTACGCTCAGCTGAAGGGCCTGAGCCGGCAGAAATGCCCCGAGGAAGTGAAGCAGATGCTGCACATCATCGGCCTGGAAGATAAGTGGAACAGCCGGTCCCGGTTCCTGTCCGGCGGAATGAGAAGAAAGCTGAGCATCGGAATCGCCCTGATTGCCGGCAGCAAGGTGCTGATCCTGGACGAGCCTACCAGCGGCATGGACGCCATCTCCAGAAGGGCCATCTGGGACCTGCTGCAGCGGCAGAAGTCCGACAGAACCATCGTGCTGACCACCCACTTCATGGACGAGGCCGACCTGCTGGGCGACCGGATCGCTATTATGGCCAAGGGGGAGCTGCAGTGCTGCGGCAGCAGCCTGTTTCTGAAGCAGAAATACGGCGCTGGCTACCACATGACCCTCGTGAAAGAGCCTCACTGCAACCCCGAGGACATCTCCCAGCTGGTGCACCACCACGTGCCAAATGCCACCCTGGAAAGCTCTGCCGGCGCTGAGCTGAGCTTCATCCTGCCCAGAGAGAGCACCCACAGATTCGAGGGCCTGTTCGCCAAGCTGGAAAAGAAACAGAAAGAGCTGGGCATTGCCAGCTTCGGCGCCAGCATCACAACAATGGAAGAGGTGTTCCTGAGAGTGGGCAAGCTGGTGGACAGCTCCATGGACATCCAGGCTATCCAGCTGCCCGCCCTGCAGTATCAGCACGAGAGAAGGGCTAGCGACTGGGCCGTGGACTCCAATCTGTGCGGCGCCATGGATCCCTCCGATGGAATCGGCGCCCTGATCGAAGAGGAACGGACCGCCGTGAAGCTGAACACAGGACTGGCCCTGCACTGCCAGCAGTTCTGGGCCATGTTCCTGAAGAAAGCCGCCTACAGCTGGCGCGAGTGGAAAATGGTGGCCGCACAGGTGCTGGTGCCCCTGACCTGTGTGACACTGGCACTGCTGGCCATCAACTACAGCAGCGAGCTGTTCGACGACCCCATGCTGAGACTGACACTGGGCGAGTACGGCAGGACCGTGGTGCCTTTTTCTGTGCCCGGCACCTCACAGCTGGGCCAGCAGCTGTCTGAACACCTGAAGGATGCCCTGCAGGCCGAAGGCCAGGAACCCAGAGAAGTGCTGGGCGATCTGGAAGAGTTCCTGATCTTCCGGGCCAGCGTGGAAGGCGGCGGATTCAACGAGAGATGCCTGGTGGCTGCCTCCTTCCGGGATGTGGGCGAGAGAACAGTCGTGAACGCCCTGTTCAACAATCAGGCCTACCACAGCCCCGCCACCGCTCTGGCTGTGGTGGACAACCTGCTGTTTAAGCTGCTGTGTGGCCCCCACGCCTCCATCGTGGTGTCCAATTTCCCCCAGCCCAGAAGCGCTCTGCAGGCTGCCAAGGACCAGTTCAACGAGGGCCGGAAGGGCTTCGACATTGCTCTGAATCTGCTGTTTGCCATGGCCTTTCTGGCCTCCACCTTCAGCATCCTGGCTGTGTCCGAGAGAGCCGTGCAGGCCAAGCACGTGCAGTTTGTGTCTGGCGTGCACGTGGCCAGCTTTTGGCTGTCTGCCCTGCTGTGGGACCTGATCAGCTTCCTGATCCCCAGCCTCCTGCTGCTGGTGGTGTTCAAGGCCTTCGACGTGCGGGCCTTCACCAGGGATGGACACATGGCCGACACCTTGTTGTTGCTGCTGCTGTACGGCTGGGCCATCATCCCCCTGATGTACCTGATGAACTTCTTCTTCCTGGGCGCTGCCACCGCCTACACCAGACTGACCATCTTCAACATCCTGAGCGGGATCGCCACCTTCCTGATGGTCACAATCATGCGGATCCCTGCCGTGAAACTGGAAGAACTGAGCAAGACCCTGGACCATGTGTTTCTGGTGCTGCCCAACCACTGCCTGGGCATGGCCGTGTCTAGCTTCTACGAGAACTACGAGACACGGCGGTACTGCACCTCCAGCGAAGTGGCCGCCCACTACTGCAAGAAGTATAACATCCAGTATCAGGAAAACTTCTACGCTTGGAGCGCACCCGGCGTGGGCAGATTTGTGGCCTCTATGGCCGCCAGCGGCTGCGCCTATCTGATCCTGCTGTTCCTGATCGAGACTAACCTGCTGCAGAGACTGAGAGGCATCCTGTGCGCCCTGCGGCGGAGAAGAACACTGACCGAGCTGTACACCCGGATGCCCGTGCTGCCTGAGGACCAGGATGTGGCCGACGAGCGGACAAGAATCCTGGCCCCTAGCCCCGATAGCCTGCTGCACACCCCCCTGATCATCAAAGAACTGTCCAAGGTGTACGAGCAGCGGGTGCCACTGCTGGCTGTGGACAGACTGAGTCTGGCTGTGCAGAAAGGCGAGTGCTTCGGACTGCTGGGCTTCAACGGCGCAGGCAAGACCACAACCTTCAAGATGCTGACAGGCGAGGAAAGCCTGACCTCCGGCGACGCCTTTGTGGGCGGACACAGGATCTCTTCCGATGTGGGCAAAGTGCGGCAGCGGATCGGCTACTGCCCTCAGTTCGACGCCCTGCTGGATCACATGACCGGCAGGGAAATGCTCGTGATGTACGCCCGGCTGAGGGGCATCCCCGAGAGACACATTGGCGCCTGCGTGGAAAACACCCTGCGGGGCCTGCTGCTGGAACCCCACGCTAACAAACTCGTGCGGACCTACAGCGGCGGCAACAAGAGAAAGCTGTCTACCGGCATTGCACTGATCGGCGAGCCAGCCGTGATCTTTCTGGATGAGCCCAGCACAGGCATGGACCCCGTGGCTCGGAGACTGCTGTGGGATACAGTGGCCAGAGCCAGAGAGTCCGGCAAGGCCATCATTATCACCAGCCACAGCATGGAAGAGTGCGAGGCCCTGTGTACAAGACTGGCAATTATGGTGCAGGGACAGTTCAAGTGTCTGGGCAGCCCTCAGCACCTGAAGTCCAAGTTCGGCTCCGGCTACAGCCTGCGGGCCAAGGTGCAGTCTGAAGGGCAGCAGGAAGCCCTGGAAGAATTCAAAGCCTTCGTGGACCTGACCTTCCCCGGCTCTGTGCTGGAAGATGAGCACCAGGGAATGGTGCACTACCATCTGCCTGGCAGGGACCTGTCCTGGGCCAAAGTGTTTGGCATCCTGGAAAAGGCCAAAGAGAAGTACGGCGTGGACGATTACAGCGTGTCCCAGATCAGCCTGGAACAGGTGTTCCTGTCCTTTGCCCATCTGCAGCCCCCTACCGCCGAAGAGGGAAGAacgcgtacgcggccgctcgagcagaaactcatctcagaagaggatctggcagcaaatgatatcctggattacaaggatgacgacgataaggtttaagaattctgcagAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGC
19)SEQ ID NO:19
概述:无任何标签(-FLAG和Myc标签)的、密码子优化的ABCA3序列
gggagacccaagctggctagcgtttaaacttaagcttggcaatccggtactgttggtaaagccaccatggccgtgctgagacagctggctctgctgctgtggaagaactacaccctgcagaaacggaaggtgctcgtgaccgtgctggaactgttcctgcccctgctgttcagcggcatcctgatctggctgcggctgaagatccagagcgagaacgtgcccaacgccaccatctaccccggccagagcatccaggaactgcccctgttcttcaccttccccccacccggcgatacctgggagctggcctatatccctagccacagcgacgccgccaagaccgtgacagagacagtgcggagagccctcgtgatcaacatgagagtgcggggcttccccagcgagaaggacttcgaggactacatcagatacgacaactgcagcagcagcgtgctggccgccgtggtgtttgagcaccccttcaaccacagcaaagagcccctgcctctggccgtgaagtaccacctgagattcagctacacccggcggaactacatgtggacccagaccggctcattcttcctgaaagagacagagggctggcacaccaccagcctgttccctctgttccccaaccctggccccagagagcctacatctcctgacggcggcgagcccggctatatcagagaaggattcctggccgtgcagcacgccgtggacagagccatcatggaataccacgccgatgccgccacccggcagctgtttcagagactgaccgtgaccatcaagcggttcccttaccccccctttatcgccgaccctttcctggtggccatccagtaccagctgccactcctcctgctgctgagctttacctacaccgccctgacaatcgccagagccgtggtgcaggaaaaagagcggcggctgaaagagtacatgcggatgatgggcctgtccagctggctgcattggagcgcctggtttctgctgttcttcctgttcctgctgatcgccgccagcttcatgacactgctgttttgcgtgaaagtgaagcccaacgtggcagtgctgagccgcagcgatcctagcctggtgctggccttcctgctgtgcttcgccatcagcaccatcagcttcagctttatggtgtccaccttcttcagcaaggccaacatggccgctgccttcggcggcttcctgtacttctttacctatattccctacttcttcgtggcccctcggtacaactggatgaccctgagccagaagctgtgcagctgcctgctgagcaacgtggccatggctatgggagcccagctgatcggcaagttcgaggccaagggcatgggcatccagtggcgggatctgctgagccccgtgaacgtggacgacgacttctgcttcggccaggtgctgggcatgctgctgctggactccgtgctgtatggcctcgtgacctggtatatggaagccgtgttccctggccagttcggcgtgccccagccctggtacttcttcatcatgcctagctattggtgcggcaagcccagggccgtggccggcaaagaggaagaggatagcgaccccgagaaggccctgcggaacgagtactttgaggccgagcccgaggatctggtggccggaatcaagatcaagcacctgagcaaggtgttccgcgtgggcaacaaggatagagccgctgtgcgggacctgaacctgaatctgtacgagggccagatcaccgtgctgctgggccataatggcgccggaaagaccaccaccctgagcatgctgaccggcctgtttcccccaacaagcggcagggcctacatcagcggctacgagatcagccaggacatggtgcagatccggaagtccctgggcctgtgcccccagcacgacatcctgttcgacaacctgaccgtggccgagcacctgtacttttacgctcagctgaagggcctgagccggcagaaatgccccgaggaagtgaagcagatgctgcacatcatcggcctggaagataagtggaacagccggtcccggttcctgtccggcggaatgagaagaaagctgagcatcggaatcgccctgattgccggcagcaaggtgctgatcctggacgagcctaccagcggcatggacgccatctccagaagggccatctgggacctgctgcagcggcagaagtccgacagaaccatcgtgctgaccacccacttcatggacgaggccgacctgctgggcgaccggatcgctattatggccaagggggagctgcagtgctgcggcagcagcctgtttctgaagcagaaatacggcgctggctaccacatgaccctcgtgaaagagcctcactgcaaccccgaggacatctcccagctggtgcaccaccacgtgccaaatgccaccctggaaagctctgccggcgctgagctgagcttcatcctgcccagagagagcacccacagattcgagggcctgttcgccaagctggaaaagaaacagaaagagctgggcattgccagcttcggcgccagcatcacaacaatggaagaggtgttcctgagagtgggcaagctggtggacagctccatggacatccaggctatccagctgcccgccctgcagtatcagcacgagagaagggctagcgactgggccgtggactccaatctgtgcggcgccatggatccctccgatggaatcggcgccctgatcgaagaggaacggaccgccgtgaagctgaacacaggactggccctgcactgccagcagttctgggccatgttcctgaagaaagccgcctacagctggcgcgagtggaaaatggtggccgcacaggtgctggtgcccctgacctgtgtgacactggcactgctggccatcaactacagcagcgagctgttcgacgaccccatgctgagactgacactgggcgagtacggcaggaccgtggtgcctttttctgtgcccggcacctcacagctgggccagcagctgtctgaacacctgaaggatgccctgcaggccgaaggccaggaacccagagaagtgctgggcgatctggaagagttcctgatcttccgggccagcgtggaaggcggcggattcaacgagagatgcctggtggctgcctccttccgggatgtgggcgagagaacagtcgtgaacgccctgttcaacaatcaggcctaccacagccccgccaccgctctggctgtggtggacaacctgctgtttaagctgctgtgtggcccccacgcctccatcgtggtgtccaatttcccccagcccagaagcgctctgcaggctgccaaggaccagttcaacgagggccggaagggcttcgacattgctctgaatctgctgtttgccatggcctttctggcctccaccttcagcatcctggctgtgtccgagagagccgtgcaggccaagcacgtgcagtttgtgtctggcgtgcacgtggccagcttttggctgtctgccctgctgtgggacctgatcagcttcctgatccccagcctcctgctgctggtggtgttcaaggccttcgacgtgcgggccttcaccagggatggacacatggccgacaccttgttgttgctgctgctgtacggctgggccatcatccccctgatgtacctgatgaacttcttcttcctgggcgctgccaccgcctacaccagactgaccatcttcaacatcctgagcgggatcgccaccttcctgatggtcacaatcatgcggatccctgccgtgaaactggaagaactgagcaagaccctggaccatgtgtttctggtgctgcccaaccactgcctgggcatggccgtgtctagcttctacgagaactacgagacacggcggtactgcacctccagcgaagtggccgcccactactgcaagaagtataacatccagtatcaggaaaacttctacgcttggagcgcacccggcgtgggcagatttgtggcctctatggccgccagcggctgcgcctatctgatcctgctgttcctgatcgagactaacctgctgcagagactgagaggcatcctgtgcgccctgcggcggagaagaacactgaccgagctgtacacccggatgcccgtgctgcctgaggaccaggatgtggccgacgagcggacaagaatcctggcccctagccccgatagcctgctgcacacccccctgatcatcaaagaactgtccaaggtgtacgagcagcgggtgccactgctggctgtggacagactgagtctggctgtgcagaaaggcgagtgcttcggactgctgggcttcaacggcgcaggcaagaccacaaccttcaagatgctgacaggcgaggaaagcctgacctccggcgacgcctttgtgggcggacacaggatctcttccgatgtgggcaaagtgcggcagcggatcggctactgccctcagttcgacgccctgctggatcacatgaccggcagggaaatgctcgtgatgtacgcccggctgaggggcatccccgagagacacattggcgcctgcgtggaaaacaccctgcggggcctgctgctggaaccccacgctaacaaactcgtgcggacctacagcggcggcaacaagagaaagctgtctaccggcattgcactgatcggcgagccagccgtgatctttctggatgagcccagcacaggcatggaccccgtggctcggagactgctgtgggatacagtggccagagccagagagtccggcaaggccatcattatcaccagccacagcatggaagagtgcgaggccctgtgtacaagactggcaattatggtgcagggacagttcaagtgtctgggcagccctcagcacctgaagtccaagttcggctccggctacagcctgcgggccaaggtgcagtctgaagggcagcaggaagccctggaagagttcaaagccttcgtggacctgaccttccccggctctgtgctggaagatgagcaccagggaatggtgcactaccatctgcctggcagggacctgtcctgggccaaagtgtttggcatcctggaaaaggccaaagagaagtacggcgtggacgattacagcgtgtcccagatcagcctggaacaggtgttcctgtcctttgcccatctgcagccccctaccgccgaagagggaaga
Claims (30)
1.包含经修饰的多核糖核苷酸的组合物,其用于治疗患有或者怀疑患有与ATP结合盒(ABC)家族基因相关的疾病的个体,其中所述经修饰的多核糖核苷酸包含源自细胞色素b-245α多肽基因的非翻译区或源自α-珠蛋白多肽基因的非翻译区,其中在翻译后所述经修饰的多核糖核苷酸产生缓解所述疾病的症状的多肽。
2.权利要求2所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸包括针对暴露于所述经修饰的多核糖核苷酸的所述个体的细胞内的翻译而被优化的密码子序列。
3.权利要求1所述的组合物,其中所述ATP结合盒家族中的基因选自由ABCA1、ABCA3、ABCA4、ABCA12、ABCB4、ABCB7、ABCB11、ABCC2、ABCC6、ABCC8、ABCC9、ABCD1、ABCG5、ABCG8和CFTR组成的群组。
4.权利要求1所述的组合物,其中所述ATP结合盒家族中的基因为ABCA3。
5.权利要求1所述的组合物,其中所述ATP结合盒家族中的基因与人类ABCA3至少70%同源。
6.权利要求1所述的组合物,其中所述组合物包含的阳离子聚合物的胺基团的摩尔数与所述经修饰的多核糖核苷酸的磷酸基团的摩尔数的比例为至少约8。
7.权利要求1所述的组合物,其中所述被优化的密码子序列在个体细胞内翻译的有效性比未优化的密码子序列高至少20%。
8.权利要求1所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸包含未修饰的核苷酸和经修饰的核苷酸的组合。
9.权利要求1所述的组合物,其中所述疾病选自由以下组成的群组:年龄相关性黄斑变性、良性复发性肝内胆汁郁积症、坎图综合征、先天性双侧输精管缺如、先天性高胰岛素血症、囊性纤维化、杜-约二氏综合征、家族性扩张性心肌病、家族性HDL缺乏症、婴儿泛发性动脉钙化、斑色鱼鳞病、遗传性胰腺炎、妊娠期肝内胆汁郁积症、片层状鱼鳞病、永久性新生儿糖尿病、进行性家族性肝内胆汁郁积症、弹性假黄瘤病、色素性视网膜炎、谷固醇血症、斯特格黄斑变性、表面活性物质功能障碍、丹吉尔病、X-连锁脑白质肾上腺萎缩症、X-连锁铁粒幼红细胞性贫血和共济失调。
10.权利要求1所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸在具有所述经修饰的多核糖核苷酸的个体的细胞中提供一定时间段的多肽表达,其中所述时间段为上至4周,其中与已暴露于编码所述多肽的未修饰的多核糖核苷酸的对照细胞中的表达相比,表达被增强。
11.权利要求10所述的组合物,其中所述时间段为至少约30秒。
12.权利要求10所述的组合物,其中所述时间段为上至5天。
13.权利要求10所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸包含位于编码所述多肽的密码子序列侧翼的3′或5′非编码区,其中所述非编码区协助所述细胞中所述多肽的增强表达。
14.权利要求1所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸被配制在纳米颗粒或纳米胶囊中。
15.权利要求1所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸被配制在阳离子脂质、阳离子聚合物或纳米乳液中。
16.权利要求1所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸包含尿苷类似物或胞苷类似物。
17.权利要求16所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸包含5%至50%的尿苷类似物或5%至50%的胞苷类似物。
18.权利要求16所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸包含15%至30%的尿苷类似物或15%至30%的胞苷类似物。
19.权利要求16所述的组合物,其中所述尿苷类似物选自由以下组成的群组:假尿苷、2-硫尿苷、5-碘尿苷和5-甲基尿苷。
20.权利要求16所述的组合物,其中所述胞苷类似物选自由以下组成的群组:5-甲基胞苷、2′-氨基-2′-脱氧胞苷、2′-氟-2′-脱氧胞苷和5-碘胞苷。
21.权利要求16所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸包含5-甲基胞苷或假尿苷。
22.权利要求16所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸包含(i)尿苷和胞苷;以及(ii)所述尿苷和胞苷的类似物。
23.权利要求1所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸包含腺苷类似物或鸟苷类似物。
24.权利要求23所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸包含(i)腺苷或鸟苷;以及(ii)所述腺苷或鸟苷的类似物。
25.权利要求1所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸包含小于50%的腺苷或鸟苷的类似物。
26.权利要求1所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸在暴露于所述经修饰的多核糖核苷酸的细胞中具有大于80%的转染效率。
27.权利要求1所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸基本上不引起由暴露于所述经修饰的多核糖核苷酸的外周血单核细胞表达的至少一种炎性标记物的水平的变化。
28.权利要求1所述的组合物,其中(i)所述密码子序列是其缺损或缺陷与所述疾病的存在相关的基因或片段,或(ii)所述多肽的缺乏或缺陷与所述疾病的存在相关。
29.权利要求1所述的组合物,其中所述经修饰的多核糖核苷酸与编码所述多肽的未修饰多核糖核苷酸相比降低所述个体的免疫响应,所述免疫响应通过,与已暴露于所述未修饰多核糖核苷酸的对照中的外周血单核细胞中的至少一种炎性标记物的水平相比,暴露于所述经修饰的多核糖核苷酸的外周血单核细胞表达的选自TNF-α、IL-2和IL-8的至少一种炎性标记物的水平来确定。
30.包含经修饰的多核糖核苷酸的组合物,其用于治疗患有或者怀疑患有与ATP结合盒(ABC)家族基因相关的疾病的个体,其中所述经修饰的多核糖核苷酸包括针对暴露于所述经修饰的多核糖核苷酸的所述个体的细胞内的翻译而被优化的密码子序列,其中在翻译后所述经修饰的多核糖核苷酸产生缓解所述疾病的症状的多肽。
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