CN107815509A - 基于黄秋葵转录组序列开发的ssr引物组及其应用 - Google Patents
基于黄秋葵转录组序列开发的ssr引物组及其应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明提供了基于黄秋葵转录组序列开发的SSR引物组及其在鉴定黄秋葵亲缘关系和遗传特性中的应用，属于生物技术领域。本发明所述SSR引物组有36对引物，其中第1至36对引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1‑72所示。本发明获得的SSR引物组具有多态性丰富、重复性好、扩增稳定、电泳条带清晰等优点，同时由于这些引物均来自黄秋葵表达基因，能够反映基因组中功能序列的变异，从而能够更好的区分黄秋葵遗传种质的多样性。该引物组可用于黄秋葵质资源遗传多样性分析、亲缘关系鉴定和DNA指纹图谱构建等领域。
Description
技术领域
本发明涉及SSR引物，具体涉及一套基于黄秋葵转录组序列开发的SSR 引物组及其应用，属于生物技术领域。
背景技术
黄秋葵（Hibiscus esculentus L.）别名羊角，原产于非洲东北部，世界各国均有栽培，中国主要在台湾和福建栽培。黄秋葵果实富含蛋白质、多种维生素、矿物质和丰富膳食纤维，同时还富含黄酮、多糖等成分。黄秋葵具有很高保健价值：它可保护视网膜，防止白内障的产生；可预防心血管疾病发生；能促进胃肠蠕动、防止便秘；可消除疲劳、迅速恢复体力，属营养保健蔬菜，有“天然植物黄金”之称，是多个国家运动员的首选蔬菜。黄秋葵种质资源丰富，分布地域广，栽培品种和变种较多，特别在印度、尼日利亚等国资源蕴藏丰富。据国际植物遗传资源委员会（IBPGR）报道，印度国家植物种质资源部保存有1806份资源，科特迪瓦收集保存2375份，尼日利亚拥有450份，美国保存有1688份。我国栽培黄秋葵的史悠久，早在明代的《本草纲目》中已有叙述，上世纪80年代，中国又从国外引进部分黄秋葵种质试种和扩繁成功，随后国内各科研单位积极引进国外优良品种，目前我国收集黄秋葵种质资源50多份，保存在中国热带作物研究院。我国黄秋葵育种发展时间较短，近几年各地才逐渐开始对黄秋葵种质资源进行收集和整理。由于缺乏大量的多态性分子标记，其遗传学和基因组学方面的研究比较滞后。因此，查清黄秋葵种质资源的遗传背景、开展相应的遗传学基础研究、定位重要经济性状是我国黄秋葵选育工作中首先需要解决的问题。
DNA分子标记是鉴定种质资源遗传多样性的重要手段，其中微卫星序列（即简单重复序列Simple sequence repeat，SSR）分子标记被广泛应用于遗传多样性分析、品种鉴定、遗传图谱建立等方面。EST-SSR标记来源于DNA序列的转录区，比基于基因组序列开发的SSR标记种间通用性更高，也更经济方便。目前黄秋葵SSR报道非常少，而分子标记的数量影响着种质资源遗传多样性分析的准确性和遗传图谱构建的精确性，现有的黄秋葵SSR分子标记数量远远不能满足黄秋葵分子生物学研究的需求，因此大量开发SSR标记仍是目前黄秋葵研究的重要工作之一。鉴于此，开发基于黄秋葵转录组序列的SSR引物组，将会对黄秋葵遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、DNA 指纹图谱构建、重要性状基因的定位、克隆及分子标记辅助选择育种和比较基因组学研究等起重要推动作用。
发明内容
针对现有技术的不足，本发明的目的是提供一套基于黄秋葵转录组序列开发的SSR 引物组及其应用。
本发明所述的基于黄秋葵转录组序列开发的SSR引物组，该SSR引物组有36对引物，分别为：
第1对引物，其序列如 SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示；
第2对引物，其序列如 SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示；
第3对引物，其序列如 SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示；
第4对引物，其序列如 SEQ ID NO：7和SEQ ID NO：8所示；
第5对引物，其序列如 SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：10所示；
第6对引物，其序列如 SEQ ID NO：11和SEQ ID NO：12所示；
第7对引物，其序列如 SEQ ID NO：13和SEQ ID NO：14所示；
第8对引物，其序列如 SEQ ID NO：15和SEQ ID NO：16所示；
第9对引物，其序列如 SEQ ID NO：17和SEQ ID NO：18所示；
第10对引物，其序列如 SEQ ID NO：19和SEQ ID NO：20所示；
第11对引物，其序列如 SEQ ID NO：21和SEQ ID NO：22所示；
第12对引物，其序列如 SEQ ID NO：23和SEQ ID NO：24所示；
第13对引物，其序列如 SEQ ID NO：25和SEQ ID NO：26所示；
第14对引物，其序列如 SEQ ID NO：27和SEQ ID NO：28所示；
第15对引物，其序列如 SEQ ID NO：29和SEQ ID NO：30所示；
第16对引物，其序列如 SEQ ID NO：31和SEQ ID NO：32所示；
第17对引物，其序列如 SEQ ID NO：33和SEQ ID NO：34所示；
第18对引物，其序列如 SEQ ID NO：35和SEQ ID NO：36所示；
第19对引物，其序列如 SEQ ID NO：37和SEQ ID NO：38所示；
第20对引物，其序列如 SEQ ID NO：39和SEQ ID NO：40所示；
第21对引物，其序列如 SEQ ID NO：41和SEQ ID NO：42所示；
第22对引物，其序列如 SEQ ID NO：43和SEQ ID NO：44所示；
第23对引物，其序列如 SEQ ID NO：45和SEQ ID NO：46所示；
第24对引物，其序列如 SEQ ID NO：47和SEQ ID NO：48所示；
第25对引物，其序列如 SEQ ID NO：49和SEQ ID NO：50所示；
第26对引物，其序列如 SEQ ID NO：51和SEQ ID NO：52所示；
第27对引物，其序列如 SEQ ID NO：53和SEQ ID NO：54所示；
第28对引物，其序列如 SEQ ID NO：55和SEQ ID NO：56所示；
第29对引物，其序列如 SEQ ID NO：57和SEQ ID NO：58所示；
第30对引物，其序列如 SEQ ID NO：59和SEQ ID NO：60所示；
第31对引物，其序列如 SEQ ID NO：61和SEQ ID NO：62所示；
第32对引物，其序列如 SEQ ID NO：63和SEQ ID NO：64所示；
第33对引物，其序列如 SEQ ID NO：65和SEQ ID NO：66所示；
第34对引物，其序列如 SEQ ID NO：67和SEQ ID NO：68所示；
第35对引物，其序列如 SEQ ID NO：69和SEQ ID NO：70所示；
第36对引物，其序列如 SEQ ID NO：71和SEQ ID NO：72所示。
所述基于黄秋葵转录组序列开发的SSR引物组在鉴定黄秋葵亲缘关系和遗传特性中的应用。
本发明突出的效果是：1) 本发明以提取的黄秋葵总DNA 为鉴定材料，在任何生长时期和部位取材都不影响反应结果；2) 本发明的36对SSR引物多态性丰富，扩增稳定，重复性好，扩增条带清晰，具有简便、快捷、特异等特点；3) 通过大量的筛选工作，得到了多态性的SSR引物组，进行黄秋葵多样性评价、亲缘关系分析、品种鉴定和品种权保护等提供分子水平上的依据，促进了黄秋葵遗传育种水平的提高和黄秋葵产业的发展。
附图说明
图1：引物HeSS20和HeSS033在32份黄秋葵种质资源中的多态性。M为DNA Marker，A：HeSSR20，B：HeSSR033，1-32分别为表3所列的32份黄秋葵种质资源。
图2：基于36对黄秋葵SSR引物组对32份黄秋葵材料聚类分析。品种编号名称见表3。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明作进一步的说明，但并不局限于此。
一、黄秋葵转录组数据来源
从福建省农业科学院作物研究所黄秋葵种质资源库中选取绿色黄秋葵资源(全株及嫩果均为绿色，果实6～8棱) ，花后6天的嫩果，液氮速冻，-80℃保存。测序时，每个单株构建1个文库。测序委托广州基迪奥生物科技有限公司采用Illumina HiSeqTM 2500 PE125 系统进行RNA-Seq 转录组测序（无参），采用Trinity进行序列组装，经过滤获得3.87G的有效数据。
二、黄秋葵转录组中SSR的分布及结构特点
黄秋葵转录组经组装后共获得74600条Unigene（序列总长约52976011 bp），用MISA软件对1kb以上的Unigene（16257条，序列全长为26945574 bp）进行搜索，发现其中3191条Unigene序列中含有3448个SSR位点，其中235条Unigene含有两个或两个以上的EST-SSR位点。SSR发生频率为19.63%，出现频率为20.59%，平均7.81kb出现1个SSR，其中复合SSR有123个，占3.57%。SSR重复类型5种均有，即二核苷酸至六核苷酸重复。其中三核苷酸和二核苷酸重复出现频率占优势，分别占总SSR的60.79%、21.43%；四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复类型数量较少，分别占总数的8.93%、3.54%和5.31%（表1）。
黄秋葵转录组SSR重复单元的重复次数分布在4~26次之间，其中4~10次的SSR共有3358个，占总数的97.39%；其次为11~26次的SSR，共有90个，占总数的2.61%。黄秋葵转录组SSR的长度主要集中在12~256bp，其中长度在12~18 bp的SSR达2504个，占总数的72.62%，长度在18 bp以上的SSR有944个，只占27.38%。
表1 黄秋葵SSR的类型、数量及分布频率
三、黄秋葵转录组中SSR基序重复类型和频率特征
黄秋葵转录组中3448个SSR位点共含181种重复基序，二核苷酸至六核苷酸重复分别有4、10、25、43和99种。从分布频率来看（表2），以三核苷酸重复类型AAG/CTT出现最多，占总SSR的19.61%，占三核苷酸重复基序的总数的32.25%。其次是二核苷酸重复类型AG/CT，占总SSR的11.02%，占二核苷酸总数的51.42%。四核苷酸、五核苷酸尤其是六核苷酸重复基序分布较为分散，出现的频率较低。
表2 黄秋葵转录中不同微卫星重复基序(motif)出现的频率
四、材料及其DNA提取
用于SSR引物筛选和可用性评价的材料为福建省农业科学院作物研究所收集于亚蔬-世界蔬菜中心、中国热带作物研究院、福建省农业科学院蔬菜中心资源库的32份种质资源（表3）。基因组DNA提取采用CTAB法进行。
表3 黄秋葵SSR多态性分析材料
五、黄秋葵SSR引物设计与筛选
使用MISA程序（http://pgrc.ikp-gatersleben.de/misa）进行SSR位点搜索，以二至六核苷酸最少重复次数分别为6、5、5、4和4次为标准进行搜索。用Primer 3.0软件对SSR重复单元前后的序列进行引物设计及评价，每条SSR产生3条引物。引物序列长度18~27bp，GC含量40%~60%，退火温度57~63℃，上、下游引物的Tm值相差≤2℃，预期扩增产物长度100~280bp；且无二级结构和二聚体。
含SSR位点的3191条Unigene序列共设计出引物8088对。随机挑选100对不同重复单元（二、三、四、五、六核苷酸）的引物对黄秋葵‘Hk08’DNA进行SSR-PCR扩增以验证其有效性。结果表明100对引物实现有效扩增，有效率为100%，其中87对（87.00%）PCR扩增产物与预期大小相符，有13对（13.00%）扩增产物长度超过预期。
六、SSR引物组的有效性检验
从上述87对有效扩增引物中随机选取60对EST-SSR引物对32份黄秋葵种质资源（表3）进行扩增及多态性评价。其中36对引物存在多态性差异（表4），占有效扩增引物的60.00%。每对引物产生的条带数在2~6之间，共得到147条条带，其中多态性片段102个，每对引物平均产生2.83个多态性片段。图1为引物HeSS20和HeSS033的扩增情况。36对多态性引物中二核苷酸重复的5对，三核苷酸重复的14对，五核苷酸重复的6对，六核苷酸重复的11对。
表4 36对黄秋葵SSR引物信息
36对多态性SSR引物对32份黄秋葵种质资源进行聚类分析，在遗传距离0.73处，供试材料被分成2大类（图2）。第1类包含28份种质资源，全部为含绿色果荚，在遗传距离0.39处，该类被分为4小类，果荚绿色的16、10、16、14、25、24、26、19、3、7、11、21、23、22、4、15和果荚绿白色的2、9、5、12、13聚在一起，均为原产亚非的资源种类；来自我国海南和福建的30、31、32聚为一类；原产美国的8、18聚为一类，原产澳大利亚的17成一类。第2类为果荚为红色的4份资源，27、28果荚为深红色，20、29果荚为红色。21、23的遗传距离为最近，均表现为植株较矮小，果荚浅绿色，果面茸毛细软，果无棱角，横断面近圆形。本研究结果表明，由黄秋葵转录组数据开发出的SSR标记可用性较高，为黄秋葵种质资源遗传多样性研究、遗传图谱构建、基因定位及克隆及分子标记辅助育种等奠定了基础。
SEQUENCE LISTING
<110> 福建省农业科学院作物研究所
<120> 基于黄秋葵转录组序列开发的SSR引物组及其应用
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<170> PatentIn version 3.3
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<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 45
caaaacaaac aataaggaac cca 23
<210> 46
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 46
tggctttacc tcaaacccag 20
<210> 47
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 47
tcactcctga atcctggtcc 20
<210> 48
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 48
ggctttgtcc gtgcttatgt 20
<210> 49
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 49
tcgtcccttt taacaatccg 20
<210> 50
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 50
aattccccct acaatcccag 20
<210> 51
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 51
tactagaggg caacgccact 20
<210> 52
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 52
ggaggaggaa gagggaaatg 20
<210> 53
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 53
tatgggcgaa aaatgactcc 20
<210> 54
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 54
cttattttca tcgcccctga 20
<210> 55
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 55
tgtctccgag tgttgtctgc 20
<210> 56
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 56
aaccctaaac ttggagggga 20
<210> 57
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 57
cgtcgtcttc attttcagca 20
<210> 58
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 58
gatcggcatc agatccactt 20
<210> 59
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 59
cggctgactc atgaccacta 20
<210> 60
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 60
tgctttccaa gtgttcctcc 20
<210> 61
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 61
gcgattacat caaaaaccca 20
<210> 62
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 62
gtcatttcgc aagggaatgt 20
<210> 63
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 63
ttctccccct cctcttcaat 20
<210> 64
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 64
tgactcactg gcactttgct 20
<210> 65
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 65
ggacatttta atgccgcttc 20
<210> 66
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 66
atcatggtgg tgatgggagt 20
<210> 67
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 67
tcaggatttg ggaatgaagc 20
<210> 68
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 68
ggctctgaat gttttgccat 20
<210> 69
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 69
tgaccttgct cgggtacttc 20
<210> 70
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 70
ctagggtttc agtctcccga 20
<210> 71
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 71
gatcagagcc attcttggga 20
<210> 72
<211> 20
<212> DNA
<213> 2 Ambystoma laterale x Ambystoma jeffersonianum
<400> 72
agcgaccatc aaaacaaacc 20
Claims (2)
1.一套基于黄秋葵转录组序列开发的SSR引物组，其特征在于，所述SSR引物组有36对引物；所述引物分别为：
第1对引物，其序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示；
第2对引物，其序列如 SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示；
第3对引物，其序列如 SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示；
第4对引物，其序列如 SEQ ID NO：7和SEQ ID NO：8所示；
第5对引物，其序列如 SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：10所示；
第6对引物，其序列如 SEQ ID NO：11和SEQ ID NO：12所示；
第7对引物，其序列如 SEQ ID NO：13和SEQ ID NO：14所示；
第8对引物，其序列如 SEQ ID NO：15和SEQ ID NO：16所示；
第9对引物，其序列如 SEQ ID NO：17和SEQ ID NO：18所示；
第10对引物，其序列如 SEQ ID NO：19和SEQ ID NO：20所示；
第11对引物，其序列如 SEQ ID NO：21和SEQ ID NO：22所示；
第12对引物，其序列如 SEQ ID NO：23和SEQ ID NO：24所示；
第13对引物，其序列如 SEQ ID NO：25和SEQ ID NO：26所示；
第14对引物，其序列如 SEQ ID NO：27和SEQ ID NO：28所示；
第15对引物，其序列如 SEQ ID NO：29和SEQ ID NO：30所示；
第16对引物，其序列如 SEQ ID NO：31和SEQ ID NO：32所示；
第17对引物，其序列如 SEQ ID NO：33和SEQ ID NO：34所示；
第18对引物，其序列如 SEQ ID NO：35和SEQ ID NO：36所示；
第19对引物，其序列如 SEQ ID NO：37和SEQ ID NO：38所示；
第20对引物，其序列如 SEQ ID NO：39和SEQ ID NO：40所示；
第21对引物，其序列如 SEQ ID NO：41和SEQ ID NO：42所示；
第22对引物，其序列如 SEQ ID NO：43和SEQ ID NO：44所示；
第23对引物，其序列如 SEQ ID NO：45和SEQ ID NO：46所示；
第24对引物，其序列如 SEQ ID NO：47和SEQ ID NO：48所示；
第25对引物，其序列如 SEQ ID NO：49和SEQ ID NO：50所示；
第26对引物，其序列如 SEQ ID NO：51和SEQ ID NO：52所示；
第27对引物，其序列如 SEQ ID NO：53和SEQ ID NO：54所示；
第28对引物，其序列如 SEQ ID NO：55和SEQ ID NO：56所示；
第29对引物，其序列如 SEQ ID NO：57和SEQ ID NO：58所示；
第30对引物，其序列如 SEQ ID NO：59和SEQ ID NO：60所示；
第31对引物，其序列如 SEQ ID NO：61和SEQ ID NO：62所示；
第32对引物，其序列如 SEQ ID NO：63和SEQ ID NO：64所示；
第33对引物，其序列如 SEQ ID NO：65和SEQ ID NO：66所示；
第34对引物，其序列如 SEQ ID NO：67和SEQ ID NO：68所示；
第35对引物，其序列如 SEQ ID NO：69和SEQ ID NO：70所示；
第36对引物，其序列如 SEQ ID NO：71和SEQ ID NO：72所示。
2.如权利要求1所述基于黄秋葵转录组序列开发的SSR引物组在鉴定黄秋葵亲缘关系和遗传特性中的应用。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201711322289.9A CN107815509B (zh) | 2017-12-12 | 2017-12-12 | 基于黄秋葵转录组序列开发的ssr引物组及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201711322289.9A CN107815509B (zh) | 2017-12-12 | 2017-12-12 | 基于黄秋葵转录组序列开发的ssr引物组及其应用 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN107815509A true CN107815509A (zh) | 2018-03-20 |
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ID=61606559
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Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN109338008A (zh) * | 2018-12-06 | 2019-02-15 | 浙江省农业科学院 | 黄秋葵叶绿体微卫星多态性标记引物及品种分子鉴定方法 |
| CN113373255A (zh) * | 2021-06-16 | 2021-09-10 | 浙江省园林植物与花卉研究所(浙江省萧山棉麻研究所) | 黄秋葵果色相关的est-ssr标记开发及试剂盒 |
Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN107287288A (zh) * | 2017-05-05 | 2017-10-24 | 浙江农林大学 | 一种榧树转录组序列的est‑ssr标记特异引物及筛选方法 |
| CN107312868A (zh) * | 2017-08-30 | 2017-11-03 | 福建省农业科学院作物研究所 | 基于美洲南瓜转录组序列开发的ssr引物组及其应用 |
| CN107345256A (zh) * | 2017-08-22 | 2017-11-14 | 山西省农业科学院农作物品种资源研究所 | 一种基于转录组测序开发山黧豆est‑ssr引物组及方法和应用 |
| CN107365874A (zh) * | 2017-09-21 | 2017-11-21 | 中国农业科学院蔬菜花卉研究所 | 亨利兜兰est‑ssr标记引物、其开发方法及其应用 |
-
2017
- 2017-12-12 CN CN201711322289.9A patent/CN107815509B/zh active Active
Patent Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN107287288A (zh) * | 2017-05-05 | 2017-10-24 | 浙江农林大学 | 一种榧树转录组序列的est‑ssr标记特异引物及筛选方法 |
| CN107345256A (zh) * | 2017-08-22 | 2017-11-14 | 山西省农业科学院农作物品种资源研究所 | 一种基于转录组测序开发山黧豆est‑ssr引物组及方法和应用 |
| CN107312868A (zh) * | 2017-08-30 | 2017-11-03 | 福建省农业科学院作物研究所 | 基于美洲南瓜转录组序列开发的ssr引物组及其应用 |
| CN107365874A (zh) * | 2017-09-21 | 2017-11-21 | 中国农业科学院蔬菜花卉研究所 | 亨利兜兰est‑ssr标记引物、其开发方法及其应用 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| KUMAR, S. ET AL.: "Assessment of genetic diversity among okra genotypes using SSR markers", 《JOURNAL OF PLANT BIOCHEMISTRY AND BIOTECHNOLOGY》 * |
| 张少平等: "紫色黄秋葵转录组功能基因测序及分析", 《核农学报》 * |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN109338008A (zh) * | 2018-12-06 | 2019-02-15 | 浙江省农业科学院 | 黄秋葵叶绿体微卫星多态性标记引物及品种分子鉴定方法 |
| CN109338008B (zh) * | 2018-12-06 | 2022-06-14 | 浙江省农业科学院 | 黄秋葵叶绿体微卫星多态性标记引物及品种分子鉴定方法 |
| CN113373255A (zh) * | 2021-06-16 | 2021-09-10 | 浙江省园林植物与花卉研究所(浙江省萧山棉麻研究所) | 黄秋葵果色相关的est-ssr标记开发及试剂盒 |
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