CN107429242A - 辅助大肠癌的预后诊断的方法、记录介质及判断装置 - Google Patents

辅助大肠癌的预后诊断的方法、记录介质及判断装置 Download PDF

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Abstract

本发明对从大肠癌患者采集的生物体试样中的SCEL基因的表达量进行测定,基于测定的表达量而辅助大肠癌的预后诊断。

Description

辅助大肠癌的预后诊断的方法、记录介质及判断装置
【技术领域】
本发明涉及辅助大肠癌的预后诊断的方法。特别是,涉及对于从大肠癌患者的组织得到的核酸,取得SCEL基因的表达量数据,基于取得的表达量数据而辅助患者的大肠癌的预后诊断的方法、记录介质及判断装置。
【背景技术】
大肠癌是在盲肠、结肠、直肠中发生的癌肿瘤的总称。与多种癌同样地,在大肠癌中,早期的发现也对于其治疗重要。在癌的治疗中,有使用有强的副作用的抗癌剂的情况,此时,患者被强迫大的负担。为了降低这样的患者的负担,医师根据患者选择最适的治疗法是重要的,因此,医师有必要确切掌握患者的癌的进行度、恶性度、症状等。
另外,正确地预测患者的预后对于在患者的预后的QOL(Quality of Life)的提高重要。近年,作为大肠癌的病理学预后因子,关注出芽(budding)的出现的有无。非专利文献1报告,出芽可作为直肠及结肠粘液癌的预后因子有用。
【现有技术文献】
【专利文献】
非专利文献1:Okuyama T.等人,Budding(sprouting)as a useful prognosticmarker in colorectal mucinous carcinoma,Jpn J Clin Oncol,2002;32(10)412-416
【发明内容】
【发明要解决的技术课题】
由于在上述的以往方法中由病理医生用显微镜的观察进行,诊断结果变得主观。本发明人发现,由于出芽是含1~4个癌细胞的巢,有在由显微镜的观察中被忽略的危险性。另外发现,由于由以往方法的预后判断要求高度的专门知识,有预后判断难的课题。
本发明旨在提供更客观的的大肠癌的预后诊断的辅助方法、记录介质及判断装置。
【解决课题的技术方案】
本发明人为解决上述的课题而重复锐意研究的结果发现,SCEL基因的表达与出芽的有无相关,从而完成本发明。
本发明提供辅助大肠癌的预后诊断的方法,其包括对从大肠癌患者采集的生物体试样中的SCEL基因的表达量进行测定的工序,及基于测定的表达量而判断大肠癌的预后的工序。
【发明效果】
由本发明可取得辅助医师等进行大肠癌的预后诊断的中间信息。
【附图说明】
【图1】是显示诊断辅助装置的一例的概略图。
【图2】是显示诊断辅助装置的软件的功能构成的框图。
【图3】是显示诊断辅助装置的硬件的构成的框图。
【图4】是显示诊断辅助装置的动作的一例的流程图。
【图5】是显示诊断辅助装置的动作的一例的流程图。
【图6】是显示BSS和出芽等级的相关的箱形图。
【图7】是在实施例1(训练组)的病例中的ROC曲线。
【图8】是显示在实施例1(训练组)的病例中的高风险组(预后不良)和低风险组(预后良好)的生存期间比较的结果的Kaplan-Meier曲线。
【图9】是在实施例2(验证组)的病例中的ROC曲线。
【图10】是显示在实施例2(验证组)的病例中的高风险组(预后不良)和低风险组(预后良好)的无病生存期间比较的结果的Kaplan-Meier曲线。
【图11】是在实施例3的病例中的ROC曲线。
【图12】是显示在实施例3的病例中的高风险组(预后不良)和低风险组(预后良好)的无再发生存期间比较的结果的Kaplan-Meier曲线。
【图13】是在实施例4的病例中的ROC曲线。
【图14】是显示在实施例4的病例中的高风险组(预后不良)和低风险组(预后良好)的无再发生存率比较的结果的Kaplan-Meier曲线。
【实施方式】
在本实施方式的大肠癌的预后判断方法(以下,有时记为“判断方法”)中,首先,进行对从大肠癌患者采集的生物体试样中的SCEL基因的表达量进行测定的工序。
作为“生物体试样”,只要是含大肠癌患者的肿瘤细胞来源的核酸(例如mRNA),就不特别限定,可使用例如临床受试体。作为临床受试体,具体可举出由手术或活体检查采集的组织、血液、血清等。优选为,临床受试体,可为由手术或活体检查采集的肿瘤组织、特别癌进展部周边的组织。
将SCEL(sciellin)基因的cDNA的碱基序列表示为SEQ ID NO:1。此碱基序列在人基因组数据库GenBank中作为登录编号NM_001160706公知。
在别的实施方式中,在测定工序中,除了SCEL基因之外,可还测定选自MGAT3基因、SLC4A11基因、MSLN基因、FOXC1基因、RUNX2基因及WNT11基因的至少1个表达量。
将MGAT3(甘露糖基(β-1,4-)-糖蛋白β-1,4-N-乙酰葡萄糖胺基转移酶)基因的cDNA的碱基序列表示为SEQ ID NO:2。此碱基序列在人基因组数据库GenBank中作为登录编号NM_001098270公知。
将SLC4A11(溶质载体家族4,硼酸钠转运体,成员11)基因的cDNA的碱基序列表示为SEQ ID NO:3。此碱基序列在人基因组数据库GenBank中作为登录编号NM_001174089公知。
将MSLN(间皮素)基因的cDNA的碱基序列表示为SEQ ID NO:4。此碱基序列在人基因组数据库GenBank中作为登录编号NM_001177355公知。
将FOXC1(叉头框C1)基因的cDNA的碱基序列表示为SEQ ID NO:5。此碱基序列在人基因组数据库GenBank中作为登录编号NM_001453公知。
将RUNX2(矮小相关的转录因子2)基因的cDNA的碱基序列表示为SEQ ID NO:6。此碱基序列在人基因组数据库GenBank中作为登录编号NM_001015051公知。
将WNT11(无翼型MMTV整合位点家族,成员11)基因的cDNA的碱基序列表示为SEQID NO:7。此碱基序列在人基因组数据库GenBank中作为登录编号NM_004626公知。
出芽是含存在于癌进展部附近的间质的1~4个癌细胞的巢。根据日本癌治疗学会“癌诊疗指南”,当言及大肠癌时,出芽是癌细胞从癌组织游离增殖的,被知为大肠癌的淋巴节转移风险因子。出芽的等级通过选择出芽最高度的区域,用20×10倍视野观察癌发育进展部,对出芽的个数进行计数来评价。计数的出芽数是5个以上(2及3级)的个体与不足4个(1级)的个体比较,淋巴节转移率显著地升高。
本发明人本次发现,上述的7个基因的表达量在有出芽的癌进展部中开始显著地升高。从而,上述的7个基因可在大肠癌的预后判断中成为有用的基因标志物。基因的表达量由于能根据本领域技术人员公知的方法而进行测定及数值化,通过对这些基因的表达量进行测定,可客观判断大肠癌的预后。
“基因的转录产物”是指通过基因转录得到的产物的。具体而言,例示信使RNA(mRNA)、mRNA的前体。
另外,“基因的表达量”是指上述的生物体试样中的基因的转录产物的存在量或反映其的物质的量。从而,在本实施方式中,可测定mRNA的量、或者从mRNA得到的互补脱氧核糖核酸(cDNA)或互补RNA(cRNA)的量。通常,由于生物体试样中的mRNA是微量的,优选对从其由逆转录及体外转录(IVT)得到的cDNA或cRNA的量进行测定。
作为从生物体试样提取基因的转录产物的方法,可举在现有技术中已知的RNA提取法。例如,对生物体试样进行离心分离而使含RNA的细胞沉淀,将上述细胞由物理方法、化学方法或酶的方法破坏,通过除去细胞碎片而可得到RNA提取物。RNA的提取也可使用市售的RNA提取试剂盒等进行。
也可进行用于从如上所述得到的基因的转录产物的提取物除去优选在基因的表达量的测定时不混入的生物体试样来源的混入成分(例如,在生物体试样是血液时,球蛋白的mRNA等)的处理。
基因的表达量的测定只要是有定量性的方法,就不特别限定。例如,可使用以DNA、RNA、人工核酸等作为探针使用的微阵列(以下,也简称为“微阵列”)、定量PCR(例如定量RT-PCR等)进行。在优选的实施方式中,可使用利用微阵列的方法。
当使用微阵列而测定基因的表达量时,例如,通过使基因的转录产物的提取物或从基因的转录产物制作的cDNA或cRNA接触于固定于基板上的20~25mer程度的核酸探针,对荧光、显色、电流等的指标的变化进行测定而测定杂交体的形成的有无,可测定目的基因的表达量。
上述的核酸探针是,对于1种基因的转录产物使用至少1种即可,也可根据基因的转录产物的长度等,使用多个探针。探针的序列可由本领域技术人员根据要测定的基因的转录产物的序列适宜确定。例如,在本实施方式中,作为这样的探针,可使用SEQ ID NO:8~84所示的多核苷酸。
作为使用微阵列的基因的表达量的测定方法,例如,可使用由Affymetrix公司提供的GeneChip(注册商标)系统。
当使用微阵列时,为了使与核酸探针的杂交体形成容易,也可对基因的转录产物或其cDNA或cRNA进行片段化。片段化可由在现有技术中公知的方法进行。例如,可使用核糖核酸酶、脱氧核糖核酸酶等的核酸分解酶进行。
在微阵列中与核酸探针接触的基因的转录产物或其cDNA或cRNA通常只要是5~20μg左右即可。接触条件通常是于45℃实施16小时左右。
与核酸探针接触而形成杂交体的基因的转录产物或其cDNA或cRNA,可对于其杂交体形成的有无及杂交体形成的量,基于荧光物质、染料或通过杂交体形成而流过微阵列上的电流量的变化等检测。
当将杂交体的形成由荧光物质或染料的检测测定时,基因的转录产物或其cDNA或cRNA优选被用于荧光物质或染料的检测的标记物质标记。这样的标记物质可使用在现有技术中通常使用的。通常,通过以生物素化核苷酸或生物素化核糖核苷酸作为合成cDNA或cRNA之时的核苷酸或核糖核苷酸基质混合,可将得到的cDNA或cRNA用生物素标记。cDNA或cRNA被生物素标记,则可在微阵列上结合作为对于生物素的结合偶体的亲和素或链霉亲和素。亲和素或链霉亲和素通过与适合的荧光物质或染料结合,可检测到杂交体的形成。作为荧光物质,可举出异硫氰酸荧光素(FITC)、绿色荧光蛋白质(GFP)、荧光素、藻红蛋白等。通常,由于藻红蛋白-链霉亲和素的缀合物在市售,使用其是简便的。
另外,也可使针对亲和素或链霉亲和素的标记抗体与亲和素或链霉亲和素接触,检测标记抗体的荧光物质或染料。
在此工序中得到的基因的表达量只要是相对地表示生物体试样中的各基因的转录产物的存在量的值,就不特别限定。当由上述的微阵列进行测定时,表达量可为从基于荧光强度、显色强度、电流量等的微阵列得到的信号。
这些信号可使用微阵列用的测定装置测定。
接下来,在判断工序中,基于在测定工序中得到的基因的表达量而判断大肠癌的预后。优选为,判断工序包括对基因的表达量或其对数与指定的基准值进行比较的工序。作为基因的表达量,可直接使用可在上述的测定方法中取得的值。例如当,用微阵列测定表达量时,作为基因的表达量,可使用荧光强度的值。当用定量RT-PCR测定表达量时,可使用从PCR循环数、PCR循环数算出的mRNA拷贝数等的值。
基因的表达量的对数的底不特别限定,可使用2或10。
当基于多个基因的表达量而执行判断工序时,可使用基因的表达量的平均值、基因的表达量的中位值、基因的表达量的对数的平均值、所述对数的中位值、使基因的表达量标准化的值的平均值、所述标准化的值的中位值等。在上述比较工序中将这些值与指定的基准值比较。
在指定的基准值以上时,可判断为预后不良好。在不足基准值时,可判断为预后良好。
“基准值”可从基因的表达量的数据的蓄积适宜设定。具体而言,可为可对预后不良好的患者和预后良好的患者进行高精度分类的阈值。例如,基准值是对已知预后的多个患者的基因的表达量进行测定,成为可最高精度分类预后不良好的患者组和预后良好的患者组的值。由本实施方式的方法测定预后未知的患者的基因的表达量,通过与基准值比较而可判断预后良好或不良好。
在本实施方式中,基准值可为对于多个受试体,使用由微阵列测定的基因的表达量的对数(底=2)的平均值而进行ROC解析,基于得到的ROC曲线而设定的阈值。在本实施方式中当,对于来源于成为预后判断的对象的个体的受试体,由微阵列测定的基因的表达量的对数(底=2)的平均值是上述的阈值时,可判断为所述个体的大肠癌的预后不良好。一方面,当不足上述的阈值时,可判断为所述个体的大肠癌的预后良好。
在本发明中,也含用于在计算机中执行患者的大肠癌的预后判断的程序制品。作为这样的程序制品,例示能经互联网等下载的程序或,记录所述程序的计算机能读取的记录介质等。
例如,例示用于在计算机中执行如下所述的工序的程序。
从测定装置取得在从大肠癌患者采集的生物体试样中的与基因的表达量关联的信息的工序;基于取得的信息而判断上述患者的大肠癌的预后的工序。
接下来,参照附图说明适宜于实施本实施方式的方法的装置的一形态。但是,本发明不仅限于此实施方式。图1是显示在患者的大肠癌的预后判断中使用的诊断辅助装置的一例的概略图。图1中所示的诊断辅助装置10含测定装置20和与上述测定装置20连接的判断装置30。
在本实施方式中,测定装置20可为微阵列用的测定装置。此测定装置20可取得基因的表达量本身及微阵列的荧光的色相或如荧光强度一样的基因的表达量关联的信息。向测定装置20设置从大肠癌患者采集的生物体试样,则测定装置20可取得在上述生物体试样中的与基因的表达量关联的信息,将得到的信息提供于判断装置30。
判断装置30含计算机本体300,由键盘或鼠标构成的输入部301,由LCD或CRT制成的显示受试体信息或判断结果等的显示部302。判断装置30从测定装置20取得与各自基因的表达量关联的信息。进而,判断装置30执行基于这些信息而判断受试者的大肠癌的预后的程序。可从输入部301输入后述的“进行1基因判断”、“进行3基因判断”等。
再者,判断装置30是,如图1所示,测定装置20可为个别的机器,也可为内包测定装置20的机器。后者的情况,判断装置30其自身可为诊断辅助装置10。
图2是以功能块显示判断装置30的计算机本体300的软件的框图。如图2所示,计算机具备取得部321、存储部322、算出部323、判断部324和输出部325。取得部321与测定装置20经网络能通信地连接。可向判断部324经输入部301输入对于大肠癌的预后判断的实施必要的信息、具体而言关于进行1基因判断与否的信息及/或关于进行3基因判断与否的信息。
取得部321取得从测定装置20提供的信息。存储部322存储用于算出对于判断必要的基准值及基因的表达量的式或处理程序等。算出部323使用在取得部321中取得的信息,根据存储的式而算出基因的表达量。判断部324判断由取得部321取得或者由算出部323算出的基因的表达量是否是存储到存储部322中的基准值以上。输出部325以由判断部324的判断结果作为受试者的大肠癌的预后判断结果输出到显示部302。
图3是显示图2中所示的计算机本体300的硬件构成的框图。如图3所示,计算机本体300具备CPU(中央处理器,Central Processing Unit)310、ROM(只读存储器,Read OnlyMemory)311、RAM(随机访问存储器,Random Access Memory)312、硬盘313、输入输出界面314、读取装置315、通信接口316和图像输出界面317。CPU310、ROM311、RAM312、硬盘313、输入输出界面314、读取装置315、通信接口316及图像输出界面317由总线318能数据通信地连接。
CPU310能执行存储到ROM311中的程序及加载到RAM312上的程序。通过CPU310执行程序,执行图2中所示的各功能。由此,判断装置30作为用于判断受试者的大肠癌的预后的判断装置发挥功能。
ROM311由掩模型ROM、PROM、EPROM、EEPROM等构成。在ROM311中记录了如前所述由CPU310执行的程序及在其中使用的数据。
RAM312由SRAM、DRAM等构成。RAM312在ROM311及硬盘313中记录的程序的读取中使用。另外,RAM312在执行这些程序之时,作为CPU310的作业区域利用。
硬盘313上安装了用于由CPU310执行的操作系统、应用程序(用于判断受试者的大肠癌的预后的程序)等的程序及在所述程序的执行中使用的数据。
读取装置315由软盘驱动器、CD-ROM驱动器、DVD-ROM驱动器等构成。读取装置315可读取在可移动型记录介质40中记录的程序或数据。
输入输出界面314例如,由USB、IEEE1394、RS-232C等的串行接口,SCSI、IDE、IEEE1284等的并行接口,由D/A变换器、A/D变换器等制成的模拟接口构成。在输入输出界面314,连接了键盘、鼠标等的输入部301。操作者能由所述输入部301向计算机本体300输入各种的指令。
通信接口316是例如,Ethernet(注册商标)界面等。计算机本体300能由通信接口316,向打印机等发送印刷数据。
图像输出界面317与由LCD、CRT等构成的显示部302连接。由此,显示部302可输出CPU310所给的对应于图像数据的影像信号。显示部302根据输入的影像信号而表示图像(画面)。
接下来,对利用诊断辅助装置10的受试者的大肠癌的预后判断的处理顺序进行说明。
图4是大肠癌的预后判断的流程图的一例。其中,作为例举从使用受试者来源的生物体试样得到的荧光信息算出荧光强度,从得到的荧光强度算出基因的表达量,进行得到的表达量是基准值以上与否的判断的情况而进行说明。但是,本发明不仅限于此实施方式。
首先,在步骤S1-1中,诊断辅助装置10的取得部321从测定装置20取得与SCEL基因、MGAT3基因、SLC4A11基因、MSLN基因、FOXC1基因、RUNX2基因及WNT11基因的表达量关联的荧光信息。
接下来,在步骤S1-2中,算出部323从取得的荧光信息算出荧光强度,发送到存储部322。进而,在步骤S1-3中,算出部323基于存储的荧光强度,根据存储的式而算出基因的表达量。
其后,在步骤S1-4中,判断部324进行在步骤S1-3中算出的表达量是否是存储到存储部322中的基准值以上的判断。其中,当表达量是基准值以上之时,程序进到步骤S1-5。进而,判断部324将示受试者的大肠癌的预后不良好的判断结果发送到输出部325。一方面,当表达量不足基准值之时,程序进到步骤S1-6。进而,判断部324将示受试者的大肠癌的预后良好的判断结果发送到输出部325。
最后,在步骤S1-7中,输出部325输出受试者的大肠癌的预后判断结果,显示于显示部302。由此,诊断辅助装置10可对于受试者的大肠癌的预后良好或者不良好,将辅助诊断的信息提供于医师等。
在此实施方式中,在预后判断中使用的基因可为仅SCEL基因,也可为还加选自MGAT3基因、SLC4A11基因、MSLN基因、FOXC1基因、RUNX2基因及WNT11基因的至少1个基因的2个以上。
另外,在别的实施方式中,也可使使用者可选择在预后判断中使用的基因。以图5作为例,对于这样的处理顺序进行说明。其中,使用者可选择仅使用SCEL基因(1基因判断),使用SCEL基因、MGAT3基因及SLC4A11基因(3基因判断),或者,使用SCEL基因、MGAT3基因、SLC4A11基因、MSLN基因、FOXC1基因、RUNX2基因及WNT11基因(7基因判断)。
首先,在步骤S2-1中,在从输入部301被输入“进行1基因判断”时,程序进到S2-3。进而,判断装置30的取得部321从测定装置20取得与SCEL基因的表达量关联的荧光信息(1基因判断)。
一方面,在未被输入“进行1基因判断”时,程序进到S2-2。进而,在步骤S2-2中,在从输入部301输入“进行3基因判断”时,程序进到S2-4。其后,诊断辅助装置10的取得部321从测定装置20取得与SCEL基因、MGAT3基因及SLC4A11基因的表达量关联的荧光信息(3基因判断)。
在步骤S2-2中,在未被输入“进行3基因判断”时,程序进到S2-5。进而,诊断辅助装置10的取得部321从测定装置20取得与SCEL基因、MGAT3基因、SLC4A11基因、MSLN基因、FOXC1基因、RUNX2基因及WNT11基因的表达量关联的荧光信息(7基因判断)。
接下来,在步骤S2-6中,算出部323从取得的荧光信息算出荧光强度,发送到存储部322。进而,在步骤S2-7中,算出部323基于存储的荧光强度,根据存储的式而算出基因的表达量。
其后,在步骤S2-8中,判断部324进行在步骤S2-7中算出的表达量是否是存储到存储部322中的基准值以上的判断。其中,当表达量是基准值以上之时,程序进到步骤S2-9。进而,判断部324将示受试者的大肠癌的预后不良好的判断结果发送到输出部325。一方面,当表达量不足基准值之时,程序进到步骤S2-10。进而,判断部324将示受试者的大肠癌的预后良好的判断结果发送到输出部325。
最后,在步骤S2-11中,输出部325输出受试者的大肠癌的预后判断结果,显示于显示部302。由此,诊断辅助装置10可将辅助诊断受试者的大肠癌的预后良好或者不良好的信息提供于医师等。
在本发明中,也含适宜于受试者的大肠癌的预后判断的判断装置。
再者,存储部322记录用于在判断装置30中执行以下的工序的程序:从测定装置取得在从大肠癌患者采集的生物体试样中的与基因的表达量关联的信息的工序;基于取得的信息而判断上述患者的大肠癌的预后的工序。
在本实施方式中,可取得由微阵列测定的关于基因的表达量的信息,基于取得的信息而判断受试者的大肠癌的预后。例如,可提供受试者的大肠癌的预后良好或者不良好的判断结果。通过将上述的判断结果提供于医师等,可辅助医师等诊断大肠癌的预后。
【实施例】
【实施例1:使用7个基因的大肠癌的预后判断(训练组)】
(1)标志物的探索
出芽标志物的探索根据以下的顺序进行。具体而言,首先,对于见到出芽的大肠癌组织3个受试体的进展部及基底部的合计各2处,(1)选择在微阵列(Affymetrix制)测定中的表达值的平均是200以上的23,509个基因。接下来,(2)选择在3个受试体中的进展部及基底部间的表达比的最低值是2以上的73个基因(有出芽的进展部比基底部大概多2倍表达量的基因)。其后,(3)选择进展部及组织整体间的表达比是1以上的34个基因(有出芽的进展部比组织整体表达量多的基因)。
进而,(4)使用含上述3受试体的大肠癌组织85个受试体,上述的34个基因之中,选择出芽阳性受试体(等级3):26例和阴性受试体(等级1):44例之间用T检验有显著差异(p<0.05)、并且在出芽阳性受试体中表达升高的7个基因。选择的7个基因及在它们的表达量测定中使用的探针组的ID示于下述的表1。另外,各探针的碱基序列(均为反义链)用SEQ IDNO:8~84表示。
【表1】
上述算出的表达量的对数(底=2)的平均值(以下,出芽标识分值(BuddingSignature Score);称为BSS;具体的计算式如下所示)和由病理诊断的出芽等级的相关示于图6。其中,出芽等级如在日本癌治疗学会的癌诊疗指南中定义的[出芽等级]定。即,选择受试体中的出芽最高度的区域后,用20×10倍视野观察癌发育进展部,对出芽的数进行计数的结果,该数是0~4个时设为1级,该数是5~9个时设为2级,该数是10个以上时设为3级。从图6得知,伴随出芽等级的升高,BSS升高。即得知,出芽等级越高,基因表达越多。
【数1】
出芽标识分值(Budding Signature Score)=[Log2(MSLN基因的DNA芯片的信号值)+Log2(SCEL基因的DNA芯片的信号值)+Log2(RUNX2基因的DNA芯片的信号值)+Log2(FOXC1基因的DNA芯片的信号值)+Log2(MGAT3基因的DNA芯片的信号值)+Log2(SLC4A11基因的DNA芯片的信号值)+Log2(WNT11基因的DNA芯片的信号值)]÷7
(2)预后判断
使用上述算出的BSS值,对于85个受试体进行ROC解析,设定阈值。结果示于图7。以在图7的ROC曲线中灵敏度,特异性成为最高的值(对应于ROC曲线上变得最接近(灵敏度,特异性)=(1,1)的点)作为阈值(8.436)。曲线下面积(Area under the curve,AUC)是0.602。
接下来,用上述示阈值以上的BSS的受试体和示不足上述阈值的BSS的受试体比较生存期间。结果示于图8。如图8所示,在示阈值以上的BSS的受试体和示不足阈值的BSS的受试体中,从生存可能性(Probability)的观点来看,确认到显著差异(p=0.0479)。以上提示,可基于SCEL基因、MGAT3基因、SLC4A11基因、MSLN基因、FOXC1基因、RUNX2基因及WNT11基因的7个基因的表达量而判断大肠癌患者的预后是高风险或者是低风险。
【实施例2:使用7个基因的大肠癌的预后判断(验证组)】
对于上述7个基因作为大肠癌预后标志物的有用性,使用公开的大肠癌的基因表达量数据,再进行验证。数据使用作为公共数据库的Gene Expression Omunibus(GEO)的GE39582(461个受试体)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE39582)。
与实施例1同样地进行ROC解析,设定阈值(7.686,AUC=0.5752),用上述示阈值以上的BSS的受试体和示不足上述阈值的BSS的受试体比较生存期间。结果示于图9及10。如图10所示,在示阈值以上的BSS的受试体和示不足阈值的BSS的受试体中,从无病生存率(Disease Free Survival)的观点来看,确认到显著差异(p=0.000473)。结果再现实施例1的结果。从而,确认到上述的7个基因作为大肠癌的预后标志物有用。
【实施例3:使用3个基因的大肠癌的预后判断】
本发明人对于SCEL基因、MGAT3基因及SLC4A11基因的3基因,使用与实施例2相同的数据库而进行与实施例2同样的实验。具体而言,与实施例2同样地进行ROC解析,设定阈值(6.112,AUC=0.5828),用上述示阈值以上的BSS(以下示3基因测定的情况的BSS的具体的计算式)的受试体和上述示不足阈值的BSS的受试体比较无再发生存期间(r.f.s.delay、天数)。结果示于图11及12。如图12所示,在示阈值以上的BSS的受试体和示不足阈值的BSS的受试体中,从生存可能性的观点来看,确认到显著差异(p=0.000684)。从而示,可基于上述的3个基因的表达量而判断大肠癌的预后。
【数2】
出芽标识分值(Budding Signature Score)=[Log2(SCEL基因的DNA芯片的信号值)+Log2(MGAT3基因的DNA芯片的信号值)+Log2(SLC4A11基因的DNA芯片的信号值)]÷3
【实施例4:使用SCEL基因的大肠癌的预后判断】
基于SCEL基因的表达量而验证能否进行大肠癌的预后判断。即,对于SCEL基因,使用与实施例2相同的数据库而进行与实施例2同样的实验。具体而言,与实施例2同样地进行ROC解析,设定阈值(5.300,AUC=0.6003),用上述示阈值以上的BSS(以下示3基因测定的情况的BSS的具体的计算式)的受试体和上述示不足阈值的BSS的受试体比较无再发生存期间(天数)。结果示于图13及14。如图14所示,在示阈值以上的BSS的受试体和示不足阈值的BSS的受试体中,从生存可能性的观点来看,确认到显著差异(p=0.000702)。从而示,可基于SCEL基因的表达量而判断大肠癌的预后。
【数3】
出芽标识分值(Budding Signature Score)=Log2(SCEL基因的DNA芯片的信号值)
【符号的说明】
10:诊断辅助装置
20:测定装置
30:判断装置
40:记录介质
300:计算机本体
301:输入部
302:显示部
310:CPU
311:ROM
312:RAM
313:硬盘
314:输入输出界面
315:读取装置
316:通信接口
317:图像输出界面
318:总线
321:取得部
322:存储部
323:算出部
324:判断部
325:输出部
 序列表
<110> Sysmex Corporation
<120> 辅助大肠癌的预后诊断的方法、记录介质及判断装置
<130> 14-041JP
<160> 84
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 3180
<212> DNA
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 1
aagaaacctc tgaactgttc actaatacag tcaggtagag gttgagactc cactgaataa 60
actctaggtt cccatttctt tcagccagat cctcccaggg aatcactaca ggctggttag 120
ccaaaaagtc ctgattttct gctcaataga ggtccttact ggaaggcagc atgtccaatg 180
ttaccttgag aaaaatgtct cccacaggaa atgagatgaa gagcaccact cagggaacca 240
cacggaagca gcaggatttt cacgaggtga acaaaagaag aactttctta caggataaca 300
gttggataaa gaaacgccct gaagaagaaa aagatgaaaa ttacggtagg gtggtgctca 360
accgacataa ttcccatgat gcattggaca ggaaagtaaa tgagagagat gtgccaaaag 420
ctacaattag tcggtacagt tctgatgaca ctttggacag gatctcagac agaaatgatg 480
ctgctaaaac atataaggcc aataccttgg ataaccaact aaccaatagg agcatgtcca 540
tgtttagatc actggaagta acaaagttgc aacctggcgg ttcattgaat gccaacacct 600
ccaacaccat agcatccact tctgctacta ctcctgtaaa gaagaagagg cagtcctggt 660
ttccaccgcc ccctccaggt tacaatgcct cctcgagcac aggaaccagg agacgggaac 720
caggtgttca ccctccaata cctccaaagc ccagttctcc tgtttcttct cctaaccagc 780
tgagacagga taataggcag atacatccac ctaaaccagg tgtatataca gaaaccaaca 840
gatctgctga aagaaatata agtgaagaat tggataatct catcaaaatg aacaaaagct 900
tgaataggaa tcaaggtctt gatagtctct tcagagcaaa tccaaaggta gaagaaagag 960
agaaaagagc caaaagcctt gaaagtctca tctatatgag tacccggaca gataaagatg 1020
gcaaaggaat ccaaagcctt ggaagtccga ttaaagttaa tcaaaggact gacaaaaatg 1080
agaaaggaag acaaaatctc gaatctgttg ctaaagtgaa tgccaggatg aataaaacga 1140
gcagaagaag tgaagacctt gataatgcta ctgaagtaaa tcccaaagga catgaaaata 1200
ccactggaaa aaaagacctt gatgggctta ttaaagtgga tcctgaaaca aataaaaata 1260
ttacgagggg ccagagcctt gataatctca tcaaagtgac ccctgaagta aagagaagta 1320
accaaggttc caaagacctt aataacttca tcaaagtgta tccaggaaca gaaaaaagta 1380
ctgaaggggg ccaaagtctc gacagcctca ttaaagtgac tcctgaaaga aacagaacta 1440
accaagggaa ccaagacttg gaaaatctta tcaaagtgat cccttcagca aacaaaagca 1500
gtgaacaagg tcttgatgaa catattaatg tcagccccaa agctgtcaaa aacactgatg 1560
gaaaacaaga tcttgataaa ctcatcaagg tgaatcctga aattttcaca aacaaccaaa 1620
gaaaccaaga tcttgctaac ctcatcaaag taaatcctgc agtaatcaga aacaatcaga 1680
gccaagactt ggacaatctt attaaagtga aaccttcagc tcttagaaac actaatcgag 1740
accagaacct ggaaaattta attgaagtaa attctcatgt gtctgaaaac aagaatggaa 1800
gctctaacac tggagccaag caggcaggac cacaggatac tgttgtgtac acaaggacat 1860
atgtggagaa tagtaaatca cccaaggatg gatatcagga gaatatctct ggaaaataca 1920
tacaaactgt ttattcaact tctgataggt ctgtcattga aagagatatg tgcacttact 1980
gccgaaaacc cttgggtgta gaaactaaaa tgattttaga tgaattacaa atttgctgcc 2040
attctacttg ctttaagtgt gaaatatgca agcagccttt ggaaaatcta caagcgggtg 2100
atagtatttg gatttataga cagacaatac actgtgaacc ttgctactct aaaattatgg 2160
caaagtggat tccataactc tggcacaagg aaatcaagat gaaaagcact cattaaggaa 2220
ttaaagttac aagttttatc ttaataatat gtaatctaga aaagctttca cattgaagat 2280
caactcttgt acaaaattaa caattctgtt attgcataag taatctaatt gtcttcaata 2340
aggtcacaca cataaaaaga gccatctggt ctctggctag agttagcaat aaaaagttca 2400
aatggttcca gattccagtg tcaaaggagt gatgcattac actccagcca ggtccatccc 2460
tgctccgtat gttggctgtg agtggtggtt tccatttaaa ccaagtttct catttcttca 2520
cctttttttc tctaagaatt tggattcgta gacattgaca tcccgaagaa ctgtcaagga 2580
agcaagatat gctttcttca tctgcaaaag aaatactaac aacaattttc ttatacagtt 2640
tggcagaaag atgttaacat aaaaagttta tatacctcaa aaatcactaa actttccaga 2700
tctctgtcct attatttgta acacaagggg cattggataa aatgatttct agggttcctt 2760
ttgcttccca aattctctga ttctaaagca gtttttagaa tcattagctc tttggaaaca 2820
tatatgcata catgtttgtt aagcctattg aactaggtag gacatataaa caatttaatt 2880
ttagtgtcat tgtttaatca cagacttagt gtttgaaaac tgtgttttaa aaacagaaac 2940
agattgatgg gtaacaggta aaatatgaca tgtatagctt acatgttatt atttgttaaa 3000
ttttctttgt atacatttca aaatctgggt atacttataa tccattagaa gtaatggtta 3060
tggactaaaa agatatgttc tttagtatgt tatatatact catattacat agcagtatgt 3120
ttacaaaagg cttataaaaa taaaatgaac tatcagttac atagaaaaaa aaaaaaaaaa 3180
<210> 2
<211> 4987
<212> DNA
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 2
ggggcagcag gtgctggcca ccacattgtc cagcaaggtg gcagcagagg cctcctaggt 60
ccccttccta ggaaaggagc ctgggctgcc ctgatgagtc tcctgtctct ctctctcccg 120
caggatgaag atgagacgct acaagctctt tctcatgttc tgtatggccg gcctgtgcct 180
catctccttc ctgcacttct tcaagaccct gtcctatgtc accttccccc gagaactggc 240
ctccctcagc cctaacctgg tgtccagctt tttctggaac aatgccccgg tcacgcccca 300
ggccagcccc gagccaggag gccctgacct gctgcgtacc ccactctact cccactcgcc 360
cctgctgcag ccgctgccgc ccagcaaggc ggccgaggag ctccaccggg tggacttggt 420
gctgcccgag gacaccaccg agtatttcgt gcgcaccaag gccggcggcg tctgcttcaa 480
acccggcacc aagatgctgg agaggccgcc cccgggacgg ccggaggaga agcctgaggg 540
ggccaacggc tcctcggccc ggcggccacc ccggtacctc ctgagcgccc gggagcgcac 600
ggggggccga ggcgcccggc gcaagtgggt ggagtgcgtg tgcctgcccg gctggcacgg 660
acccagctgc ggcgtgccca ctgtggtgca gtactccaac ctgcccacca aggagcggct 720
ggtgcccagg gaggtgccgc gccgcgtcat caacgccatc aacgtcaacc acgagttcga 780
cctgctggac gtgcgcttcc acgagctggg cgacgtggtg gacgcctttg tggtgtgcga 840
gtccaacttc acggcttatg gggagccgcg gccgctcaag ttccgggaga tgctgaccaa 900
tggcaccttc gagtacatcc gccacaaggt gctctatgtc ttcctggacc acttcccgcc 960
cggcggccgg caggacggct ggatcgccga cgactacctg cgcaccttcc tcacccagga 1020
cggcgtctcg cggctgcgca acctgcggcc cgacgacgtc ttcatcattg acgatgcgga 1080
cgagatcccg gcccgtgacg gcgtcctttt cctcaagctc tacgatggct ggaccgagcc 1140
cttcgccttc cacatgcgca agtcgctcta cggcttcttc tggaagcagc cgggcaccct 1200
ggaggtggtg tcaggctgca cggtggacat gctgcaggca gtgtatgggc tggacggcat 1260
ccgcctgcgc cgccgccagt actacaccat gcccaacttc agacagtatg agaaccgcac 1320
cggccacatc ctggtgcagt ggtcgctggg cagccccctg cacttcgccg gctggcactg 1380
ctcctggtgc ttcacgcccg agggcatcta cttcaagctc gtgtccgccc agaatggcga 1440
cttcccacgc tggggtgact acgaggacaa gcgggacctg aactacatcc gcggcctgat 1500
ccgcaccggg ggctggttcg acggcacgca gcaggagtac ccgcctgcag accccagcga 1560
gcacatgtat gcgcccaagt acctgctgaa gaactacgac cggttccact acctgctgga 1620
caacccctac caggagccca ggagcacggc ggcgggcggg tggcgccaca ggggtcccga 1680
gggaaggccg cccgcccggg gcaaactgga cgaggcggaa gtctagagct gcatgatctg 1740
atagggtttg tgacagggcg ggggtggcgg cggcccctag cgctatctcc ctgcctcctg 1800
ccggctcctt ggttcttgag gggaccagga gtgggtgggg agtgggggtg ggggtagggt 1860
ttccctactg aagcccttgt gaatcaaggg tcaggccttt gagctcagaa aatatccctc 1920
ctgttgggag agggcgcagg ccgtgacgtc tgggtggccc ttatgactgc caagactgct 1980
gtggccagga ggtgccactg gagtgtgcgt ggtggtccct gggtagcggg ggagggtagg 2040
caggattggg gaagagagcc tgcaggatct caccaggcag cctctggggg gtggccaggc 2100
cgggaaaaag cccaccattt ggcatccctg ggccttgggc tccgtgtggg agaccggcct 2160
gccaggagga cccagggctc tgtaagtaga tgcatttggg tccaggagga agcgtggaca 2220
cctcgtaggg aagagatgaa aaagccacat cctaccaaga ggaggtgctg agggatgctt 2280
tgcagtgtag tcagaagtgc tgggccagat ggagacagaa ctccaccccc tgccgcaaag 2340
gacaggacct ggctgccctg ggatgctggt gcctgagtct gtctctgtgc acccctcagg 2400
ctgtcgtgag ccaacacagg ggcctggaga accctgagga gctttccttt tggttctaaa 2460
cccggcgttg acgttccttc tccctttcac attgctgtct tgtggactgt gcactcagtc 2520
cttgcaaggc caagagtcca gttgtaggtg tggccttgag ggggaagtgg ggaggagaag 2580
actgacatga gtcctctgca cggatccgtc tctccctccc catcacccct tccttctgac 2640
acccagtccc agctgtccac tgtcccaggt gcagtcactg ttgtgccctt ccttggggca 2700
ggctggctgg gggccagaaa ggggccatga ggctgtcttg ggcccaaaaa gggacaataa 2760
ggccagttgt atgcttcctg ttcctcatag cttgccttgg tggggatgtc tttgttggag 2820
ttgattctga gctgctgtga ttaggagacc ctgaaataca gtggtttaag caagatggaa 2880
gcttgtttct aattagtcta gattgagatg gcccagagct ggtagggcag ctctgcgttt 2940
cttcatacgc accttccaat tctgggtaca cagcggctgc tccagcgccc accctcctgt 3000
gtgcatccaa gcctggggga agcagaaata gacaagaggg cacacccact ttttgctaaa 3060
ggcatgagcc agaattggca ggctcacctc tgctggcctc tcattggctg ggactcagtc 3120
acatggccac aagcagctgc tagggaacct gggaagtgta gtcttcagcg gggccgccat 3180
gtgcctggcc tcaccttggg agttatctta ttgatggagg agaagagaat ggatatgggg 3240
gaccagtagc atctctggga gagggggagg gagcagcaat aactcagtcg tcggatccag 3300
ctctcattgt cagagtttcc ggaacagctt gctcctgttt ccctcactgt gcagcccagg 3360
gctgggggca gtgaggagct tgcagctctg tgggaagggg aaacaccccc tcccctcggc 3420
ccctcagacg ctacccaatg atgccggttt gcagagttgg cctgtggaat ggctcatgtt 3480
tgtgcgtgtg tgtgtgtata tttatgggca tgggtgcatg cttggtgtgt atttgtacat 3540
gtctgtattg ctgtgtccct gtaaatacat gcttgtgtat ggatggaaga ggccaggccc 3600
aggcctggcc tcttcctcgg gcctgtggcc acacctcctg cagctcccca aaatgactga 3660
ggcagaaagc ccttggggag cctagaaagc aaagctaaag gggatgcagg gtctgtctgt 3720
ctgtctgtct ttcagtctga ggaatgagaa tcctgacctg agggctgtgc agctgagagc 3780
ccactacctc cccagcccct ctcggcccca gccgcatcat cccacctgtc ccctcccccc 3840
cacctccagt ggggctttct ccagatgtct tatggttggg ggtttcctga tgggccagga 3900
gaggagggca tcttcttgcg acagcactgt ctgggttaag tgcccagtga gggcatggtg 3960
tggggagctg gcctcagagg agccgctggt gggcaagcgt gaagtgggct gaggggctct 4020
gagccacttt gctcccatct aggggactgc cccccatgga actcctttga agtcacagca 4080
gccttccttt ctgtttgctc ttggggctga gaggtggctc aaacactcgg ggtccctatg 4140
gctctgggtc aatctaggcc aggctgcacc ccatggacag ggagtctcag ggctcctgat 4200
catgcccagg ccctggcctg gggcctccct ccttggcagc tttcccaccc ccacgcccct 4260
ggcatcctca gttgctatgg gatgcccctc cagggcacca gctcagggct aagcgaagga 4320
agataggagc agctcagagc tgccaggctc tgccttcctc acagacctgg tggggcaggt 4380
cctgttcaca gcagcaggag tgaaggcctg gccatcggtg gagagggcag ctgtcagagg 4440
gctgggggcc agggcacagg attgaagagt ttcacatatc atcacagcat acactgggaa 4500
tttggtgggg gcagaagaac ccagggccac tccctcaata tgaagggaaa ccaagctgaa 4560
tgtgaccacc ggcacactgc tgccatgtcc catgtccacc tttctccccg ggaataactg 4620
gccctgagac ccctagaccc aaggaggcct gtccatgcca agcatccggg aagcatggct 4680
ggccttatcc acccatgggt cacgtcggtt cccaggggca gcatgggaga tctttggggg 4740
caacagggag agtctgggtg gggagacggg acttgtccaa gcagaaggca ggaccctggg 4800
aaatgcataa tgtaaggaca tcaataatag tattattttt tttgtaaggg aaaatcaata 4860
tgtacattct gaaatcattt tctctgtaaa tggttggatt tcatttcacc cttaaaggga 4920
tgcttaaagg agaagataat attaataata aaaacagcta caaagtctga aaaaaaaaaa 4980
aaaaaaa 4987
<210> 3
<211> 3268
<212> DNA
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 3
cccttttgga ccaacggctc tggcttccag gcggccggga cgcggtccca ggactggaga 60
ccgttgcctg tcggcccccg tgtgacccgg ggcgcgtgac gggggtcggg ggaactgcgc 120
ctgcaatggg cgtttatggc ccccaggacc ggtctgagag tgagaagagg gatgtgcaga 180
gagatccccc gccttggcat ccgaggagag agggggagag gcccgctcgg gcccggtccc 240
ttcctctcgc tgcagcgggg cagggttttc tcaggaaaac ctggattagc gaacatgaaa 300
actctcccac catgtcgcag aatggatact tcgaggattc aagctactac aagtgtgaca 360
cagatgacac cttcgaagcc cgagaggaga tcctggggga tgaggccttc gacactgcca 420
actcctccat cgtgtctggc gagagtatcc gtttttttgt caatgtcaac cttgagatgc 480
aggccaccaa cactgagaat gaagcgactt ccggtggctg tgtgctcctg cacacctccc 540
gaaagtacct gaagttaaag aacttcaagg aagagatccg tgcgcaccgc gacctagatg 600
gcttcctggc gcaggccagc atcgtcctga acgagacggc cacctccctg gataacgtgc 660
tgcggaccat gcttcgccgc ttcgccaggg accctgacaa caatgagccc aactgcaacc 720
tggacctgct catggccatg ctcttcaccg atgccggggc acccatgcgg ggtaaagtcc 780
acctgctgtc agataccatc caaggggtca ccgccacagt gacaggggtg cggtaccagc 840
agtcgtggct ctgcatcatc tgtaccatga aggccctaca gaagcggcac gtgtgcatca 900
gccgcctggt tcgcccacag aactgggggg agaattcctg tgaggttcgg ttcgtcatcc 960
tggtgctggc cccacccaag atgaaaagca ctaagactgc gatggaggtg gcgcgcacgt 1020
ttgccaccat gttctcggat atcgccttcc gccagaagct cctggagacc cgcacagagg 1080
aggaattcaa ggaggccttg gtgcatcaga gacagctgct caccatggtg agccacggtc 1140
cagtggcgcc gagaacgaag gaacgcagca cagtctccct ccctgcccac agacacccag 1200
agcccccaaa gtgcaaggac tttgtccctt ttgggaaggg catccgggag gacatcgcac 1260
gcaggttccc cttgtacccc ttggacttca ctgatggcat tattgggaaa aacaaggctg 1320
tgggcaaata catcaccacc accctgttcc tctacttcgc ctgcctcctg cccaccatcg 1380
ctttcgggtc tctcaatgac gagaacacag acggggccat cgacgtgcag aagaccatag 1440
ccgggcagag catcgggggc ctgctctacg cgctcttctc tgggcagcca ttggtgattc 1500
tgctgaccac cgcgcccctg gcgctctaca tccaggtgat tcgtgtcatc tgtgatgact 1560
atgacctgga cttcaactcc ttctacgcat ggacgggcct gtggaatagt ttcttccttg 1620
cgctttatgc ctttttcaac ctcagcctgg tcatgagtct cttcaagagg tcgacggagg 1680
agatcatcgc cctcttcatt tccatcacgt ttgtgctgga tgccgtcaag ggcacggtta 1740
aaatcttctg gaagtactac tatgggcatt acttggacga ctatcacaca aaaaggactt 1800
catcccttgt cagcctgtca ggcctcggcg ccagcctcaa cgccagcctc cacactgccc 1860
tcaacgccag cttcctcgcc agccccacgg agctgccctc ggccacacac tcaggccagg 1920
cgaccgccgt gctcagcctc ctcatcatgc tgggcacgct ctggctgggc tacaccctct 1980
accaattcaa gaagagcccc tacctgcacc cctgcgtgcg agagatcctg tccgactgcg 2040
ccctgcccat cgcggtgctc gccttctccc tcatcagctc ccatggcttc cgggaaatcg 2100
agatgagcaa gttccgctac aaccccagcg agagcccctt tgcgatggcg cagatccagt 2160
cgctgtccct gagggccgtc agcggtgcca tgggcctcgg cttcctgctg tccatgctct 2220
tcttcatcga gcagaacttg gtggccgcct tggtgaatgc accggagaac aggctggtga 2280
agggcactgc ctaccactgg gacctcctgc tcctcgccat catcaacaca gggctgtctc 2340
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206884_s_at中的探针
<400> 8
aatcacccaa ggatggatat cagga 25
<210> 9
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206884_s_at中的探针
<400> 9
attcaacttc tgataggtct gtcat 25
<210> 10
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206884_s_at中的探针
<400> 10
atgtgcactt actgccgaaa accct 25
<210> 11
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206884_s_at中的探针
<400> 11
tactgccgaa aacccttggg tgtag 25
<210> 12
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206884_s_at中的探针
<400> 12
gatgaattac aaatttgctg ccatt 25
<210> 13
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206884_s_at中的探针
<400> 13
tttgctgcca ttctacttgc tttaa 25
<210> 14
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206884_s_at中的探针
<400> 14
gtgaaatatg caagcagcct ttgga 25
<210> 15
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206884_s_at中的探针
<400> 15
agacaataca ctgtgaacct tgcta 25
<210> 16
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206884_s_at中的探针
<400> 16
gtggattcca taactctggc acaag 25
<210> 17
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206884_s_at中的探针
<400> 17
gctttcacat tgaagatcaa ctctt 25
<210> 18
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206884_s_at中的探针
<400> 18
atctggtctc tggctagagt tagca 25
<210> 19
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID209764_at中的探针
<400> 19
gcaggagtga aggcctggcc atcgg 25
<210> 20
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID209764_at中的探针
<400> 20
gcctggccat cggtggagag ggcag 25
<210> 21
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID209764_at中的探针
<400> 21
agagtttcac atatcatcac agcat 25
<210> 22
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID209764_at中的探针
<400> 22
cagggccact ccctcaatat gaagg 25
<210> 23
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID209764_at中的探针
<400> 23
aaccaagctg aatgtgacca ccggc 25
<210> 24
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID209764_at中的探针
<400> 24
tccccgggaa taactggccc tgaga 25
<210> 25
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID209764_at中的探针
<400> 25
aagcatccgg gaagcatggc tggcc 25
<210> 26
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID209764_at中的探针
<400> 26
tcggttccca ggggcagcat gggag 25
<210> 27
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID209764_at中的探针
<400> 27
gcatgggaga tctttggggg caaca 25
<210> 28
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID209764_at中的探针
<400> 28
ggggagacgg gacttgtcca agcag 25
<210> 29
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID209764_at中的探针
<400> 29
ggaccctggg aaatgcataa tgtaa 25
<210> 30
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID223748_at中的探针
<400> 30
gaggtgtagg tgtgtgggtg actgc 25
<210> 31
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID223748_at中的探针
<400> 31
tgtaggggtg cagtggtatg tgccc 25
<210> 32
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID223748_at中的探针
<400> 32
cccattatcc tttagcttta ggcca 25
<210> 33
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID223748_at中的探针
<400> 33
gctttaggcc aagagcgttg ctcag 25
<210> 34
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID223748_at中的探针
<400> 34
caagagcgtt gctcagggca gcttc 25
<210> 35
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID223748_at中的探针
<400> 35
gggactgagc aggatggatt ttctt 25
<210> 36
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID223748_at中的探针
<400> 36
taaaagagtc gatgcctgaa agaga 25
<210> 37
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID223748_at中的探针
<400> 37
gtgtaaggaa cttgctggac gcaca 25
<210> 38
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID223748_at中的探针
<400> 38
ggaacttgct ggacgcacat taaag 25
<210> 39
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID223748_at中的探针
<400> 39
agaataaagc tcctgtttct aggct 25
<210> 40
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID223748_at中的探针
<400> 40
gctcctgttt ctaggctcct aaaaa 25
<210> 41
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID204885_s_at中的探针
<400> 41
tttccagaac atgaacgggt ccgaa 25
<210> 42
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID204885_s_at中的探针
<400> 42
gaacgggtcc gaatacttcg tgaag 25
<210> 43
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID204885_s_at中的探针
<400> 43
cttcgtgaag atccagtcct tcctg 25
<210> 44
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID204885_s_at中的探针
<400> 44
ggcccccacg gaggatttga aggcg 25
<210> 45
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID204885_s_at中的探针
<400> 45
ggatttgaag gcgctcagtc agcag 25
<210> 46
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID204885_s_at中的探针
<400> 46
ggcgctcagt cagcagaatg tgagc 25
<210> 47
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID204885_s_at中的探针
<400> 47
agcagaatgt gagcatggac ttggc 25
<210> 48
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID204885_s_at中的探针
<400> 48
gccacgttca tgaagctgcg gacgg 25
<210> 49
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID204885_s_at中的探针
<400> 49
gttcatgaag ctgcggacgg atgcg 25
<210> 50
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID204885_s_at中的探针
<400> 50
tgaagctgcg gacggatgcg gtgct 25
<210> 51
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID204885_s_at中的探针
<400> 51
tgctgccgtt gactgtggct gaggt 25
<210> 52
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID1553613_s_at中的探针
<400> 52
aacctgcaag ccatgagcct gtacg 25
<210> 53
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID1553613_s_at中的探针
<400> 53
acctcgtggt acctgaacca ggcgg 25
<210> 54
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID1553613_s_at中的探针
<400> 54
agaacttcca ctcggtgcgg gagat 25
<210> 55
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID1553613_s_at中的探针
<400> 55
tgttcgagtc acagaggatc ggctt 25
<210> 56
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID1553613_s_at中的探针
<400> 56
ggatcggctt gaacaactct ccagt 25
<210> 57
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID1553613_s_at中的探针
<400> 57
tgtaccgcac gtccggagct ttcgt 25
<210> 58
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID1553613_s_at中的探针
<400> 58
ggagctttcg tctacgactg tagca 25
<210> 59
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID1553613_s_at中的探针
<400> 59
tgtagcaagt tttgacacac cctca 25
<210> 60
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID1553613_s_at中的探针
<400> 60
acacaccctc aaagccgaac taaat 25
<210> 61
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID1553613_s_at中的探针
<400> 61
gaactaaatc gaaccccaaa gcagg 25
<210> 62
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID1553613_s_at中的探针
<400> 62
ggaacccatc aaggcaaaat cgaaa 25
<210> 63
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID232231_at中的探针
<400> 63
aagacacttc ttccaaacct tgaat 25
<210> 64
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID232231_at中的探针
<400> 64
gatgtgtgtt tacttcatgt ttaca 25
<210> 65
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID232231_at中的探针
<400> 65
atcagccaaa accataactt acaat 25
<210> 66
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID232231_at中的探针
<400> 66
ttggatatgc tttaccattc ttagg 25
<210> 67
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID232231_at中的探针
<400> 67
accattctta ggtttctgtg gaaca 25
<210> 68
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID232231_at中的探针
<400> 68
tttttccaat tgctattgcc caaga 25
<210> 69
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID232231_at中的探针
<400> 69
gctattgccc aagaattgct ttcca 25
<210> 70
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID232231_at中的探针
<400> 70
gaattgcttt ccatgcacat attgt 25
<210> 71
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID232231_at中的探针
<400> 71
ttgtaaaaat tccgctttgt gccac 25
<210> 72
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID232231_at中的探针
<400> 72
gctttgtgcc acaggtcatg attgt 25
<210> 73
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID232231_at中的探针
<400> 73
agggactatt tgtattgtat gttgc 25
<210> 74
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206737_at中的探针
<400> 74
gccttcactt ggaagccacc aggaa 25
<210> 75
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206737_at中的探针
<400> 75
gggcttggga tcggtgagac tgata 25
<210> 76
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206737_at中的探针
<400> 76
gagactgata cagacttgac ctttc 25
<210> 77
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206737_at中的探针
<400> 77
cttgaccttt cagggccaca gagac 25
<210> 78
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206737_at中的探针
<400> 78
gagaccagcc tccgggaagg ggtct 25
<210> 79
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206737_at中的探针
<400> 79
cccgccttct tcagaatgtt ctgcg 25
<210> 80
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206737_at中的探针
<400> 80
cttcagaatg ttctgcggga ccccc 25
<210> 81
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206737_at中的探针
<400> 81
gggccaccac atggaatcac tagct 25
<210> 82
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206737_at中的探针
<400> 82
atcactagct tcgggttgta aatgt 25
<210> 83
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206737_at中的探针
<400> 83
ctttggggtg gcacttctca attcc 25
<210> 84
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 包括在探针组ID206737_at中的探针
<400> 84
ccggcctcgt caagtgaact cggca 25

Claims (9)

1.辅助大肠癌的预后诊断的方法,其包括:
对从大肠癌患者采集的生物体试样中的SCEL基因的表达量进行测定的工序,及
基于上述表达量而判断大肠癌的预后的工序。
2.权利要求1所述的方法,其中在上述判断工序中,将上述表达量或其对数与指定的基准值进行比较,
当上述表达量或其对数在上述基准值以上时,判断为预后不良好;
当上述表达量或其对数不足上述基准值时,判断为预后良好。
3.权利要求1所述的方法,其中
在上述测定工序中,对选自MGAT3基因、SLC4A11基因、MSLN基因、FOXC1基因、RUNX2基因及WNT11基因的至少1个基因的表达量进一步进行测定,
在上述判断工序中,基于在上述测定工序中测定的基因的表达量而判断大肠癌的预后。
4.权利要求1所述的方法,其中
在上述测定工序中,对MGAT3基因及SLC4A11基因的表达量进一步进行测定,
在上述判断工序中,基于在上述测定工序中测定的基因的表达量而判断大肠癌的预后。
5.权利要求4所述的方法,其中
在上述测定工序中,对MSLN基因的表达量、FOXC1基因的表达量、RUNX2基因的表达量及WNT11基因的表达量进一步进行测定,
在上述判断工序中,基于在上述测定工序中测定的基因的表达量而判断大肠癌的预后。
6.权利要求1所述的方法,其中在上述判断工序中,
算出在上述测定工序中测定的基因的表达量的对数,
对上述对数与指定的基准值进行比较,
当上述对数在上述基准值以上时,判断为预后不良好;
当上述对数不足上述基准值时,判断为预后良好。
7.权利要求3~5之任一项所述的方法,其中在上述判断工序中,
算出在上述测定工序中测定的基因的表达量的平均值或其对数,
对上述平均值或对数与指定的基准值进行比较,
当上述平均值或对数在上述基准值以上时,判断为预后不良好;
当上述平均值或对数不足上述基准值时,判断为预后良好。
8.计算机能读取的记录介质,其记录有用于在计算机中执行下列工序的程序:
从测定装置取得与从大肠癌患者采集的生物体试样中的SCEL基因的表达量关联的信息的工序,及
基于取得的信息而判断上述患者的大肠癌的预后的工序。
9.判断大肠癌的预后的判断装置,其至少具备含处理器和存储器的计算机,在上述存储器中记录有用于在上述计算机中执行下列工序的程序:
从测定装置取得与从大肠癌患者采集的生物体试样中的SCEL基因的表达量关联的信息的工序,及
基于取得的信息而判断上述患者的大肠癌的预后的工序。
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