CN106957828A - 一种独脚金内酯不敏感水稻多分蘖突变体htd7及应用 - Google Patents

一种独脚金内酯不敏感水稻多分蘖突变体htd7及应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种独脚金内酯不敏感水稻多分蘖突变体htd7及应用。该突变体htd7的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,该突变体编码的蛋白质的氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示,与野生型植株相比,htd7突变体表现为矮化,多分蘖,短根,细秆等表型;该突变体对外施GR24不敏感,揭示HTD7基因在独脚金内酯信号转导过程中发挥作用。本发明通过转基因的方法改变HTD7基因(Os07g0162700)的表达可以改变水稻的分蘖数。

Description

一种独脚金内酯不敏感水稻多分蘖突变体htd7及应用
技术领域
本发明属于基因工程技术领域,具体地说,涉及一种独脚金内酯不敏感水稻多分蘖突变体htd7及应用。
背景技术
植物地上系统的结构特性在植物的生长和发育过程中发挥重要作用,直接影响植物的形态和功能,因此,理解地上部分的调节机制具有重要意义。高等植物的分枝从茎顶端分生组织分化而来。位于顶端的初生分生组织和位于叶腋的次生分生组织分别分化为主分生组织和侧生分生组织。一些顶端分生组织形成后,停止生长进入休眠期,直到特定的环境条件和发育信号才能恢复生长活性。许多植物存在顶端优势,即植物的顶芽优先生长而侧芽受抑制的现象,普遍认为顶端合成的生长素在这一过程中起作用。然而一系列证据显示植物体内存在第二信使传导生长素信号到叶芽,从而控制叶芽的生长。细胞分裂素直接处理腋芽能刺激腋芽的生长,所以这个第二信使极有可能就是细胞分裂素。然而近来也发现独脚金内酯在调节腋芽生长中发挥着重要作用。
独脚金内酯是一类萜类内酯,作用于植物根围在寄生和共生中发挥作用。无论是在单子叶植物还是在双子叶植物,独脚金内酯均抑制腋芽的生长,独脚金内酯缺陷和不敏感突变体均表现为分枝增多的表型。近年来,一系列参与独脚金内酯生物合成和信号转导的基因被发现和研究。在水稻中,矮化突变体(dwarf,D)27,D17/HTD(高分蘖矮秆突变体,High Tillering Dwarf)1,D10和OsMAX1s(Os900,Os1400)参与独脚金内酯的生物合成,而D3,D14/D88/HTD2和D53参与独脚金内酯的信号转导。α/β水解酶D14在独脚金内酯的促进下,和D3,D53蛋白互作形成D53-D14-SCFD3复合体,进而导致D53泛素化和降解。D53降解后启动一系列下游独脚金内酯响应基因表达。
发明内容
有鉴于此,本发明针对上述的问题,提供了一种独脚金内酯不敏感水稻多分蘖突变体htd7及应用。
为了解决上述技术问题,本发明公开了一种独脚金内酯不敏感水稻多分蘖突变体htd7编码的蛋白质,其特征在于,该基因的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。
进一步地,所述氨基酸序列还包括在SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列中添加、取代、插入或缺失一个或多个氨基酸或其他物种的同源序列而生成的氨基酸序列或衍生物。
本发明还公开了一种编码上述蛋白质的基因,其特征在于,该基因具有SEQ IDNO:1所示的核苷酸序列。
进一步地,核苷酸序列还包括在SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列中添加、取代,插入或缺失一个或多个核苷酸而生成的突变体、等位基因或衍生物。
本发明还公开了一种干扰上述基因表达的转基因干扰表达载体。
本发明还公开了一种上述基因在控制植物分蘖数目中的应用。
进一步地,所述的植物为水稻。
本发明还公开了一种控制植物分蘖数目的方法,将上述基因转入植物中,得到控制植物分蘖数目的转基因植物。
进一步地,所述的植物为水稻。
与现有技术相比,本发明可以获得包括以下技术效果:
1)本发明的目的是提供一种从水稻突变体htd7中克隆的新基因HTD7;
2)本发明通过转基因的方法改变HTD7基因(Os07g0162700)的表达可以改变水稻的分蘖数。
当然,实施本发明的任一产品并不一定需要同时达到以上所述的所有技术效果。
附图说明
此处所说明的附图用来提供对本发明的进一步理解,构成本发明的一部分,本发明的示意性实施例及其说明用于解释本发明,并不构成对本发明的不当限定。在附图中:
图1是本发明htd7突变体的表型;其中,A,野生型(+/+)和htd7突变体的在成熟期的表型;B,野生型(wt)、杂合突变体(htd7/+)、纯合突变体(htd7/htd7)株高比较;C,野生型(wt)、杂合突变体(htd7/+)、纯合突变体(htd7/htd7)分蘖数比较;E,野生型和突变体第二节分蘖芽形态比较。白色箭和箭头分别代表分蘖芽和第二节;标尺,10cm(A),10mm(D).B,C中的数值是10个植株的平均值±标准差;利用Duncan多重比较进行统计分析,不同的字母表示差异显著(p<0.01);
图2是本发明T-DNA插入和htd7突变体的共分离分析;其中,A,T-DNA位于Os07g0162700基因上游6.1kb处;B,基因型检测引物在染色体上位置示意图;T-DNA插在虚线位置,正向引物MUP1位于插入位点的左侧,反向引物MUP3位于插入位点的右侧,反向引物MUP2位于T-DNA内;以MUP1/MUP3为引物对,只能在无T-DNA插入的基因组模板中扩增出686bp的片段,以MUP1/MUP2为引物对只能在含T-DNA插入的基因组模板中扩增出42bp的片段;C,htd7和野生型杂交获得F2代个体的基因型分析检测。泳道1-8是野生型个体,泳道9-16为突变体;在8个突变体中,6个突变体是T-DNA插入纯合突变体(T-DNA/T-DNA),另2个T-DNA插入杂合突变体(T-DNA/+);所有8个野生型个体均为无T-DNA插入的野生型(+/+);
图3是本发明HTD7-RNAi/htd7转基因植株的表型和HTD7表达分析;其中,A,野生型(wt),htd7突变体和HTD7-RNAi/htd7转基因植株的表型,标尺为10cm;B,成熟期株高比较;C,成熟期分蘖数比较;D,实时定量PCR分析HTD7在野生型,纯合htd7突变体和转HTD7干涉结构的htd7突变体(HTD7-RNAi/htd7)中的表达变化;B,C图数值为10个植株的平均值±标准差;D图数值3个植株的平均值±标准差;利用Duncan多重比较进行统计分析,不同的字母表示差异显著(p<0.01);
图4是本发明GR24处理实验和HTD7蛋白及其同源蛋白的系统进化树分析;其中,A,GR24处理下d27、d14、htd7突变体和野生型植株的分蘖芽生长情况;红箭显示分蘖芽,标尺为5mm;B,蛋白质序列来自于NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/);用Mega软件(6.06)和邻接法构建系统进化树,各分支上的数字为自引导值(1000次重复抽样检验);At,拟南芥(Arabidopsis thaliana);Os,水稻(Oryza sativa);Pp,小立碗藓(Physcomitrellapatens);Mp,地钱(Marchantia polymorpha);Sm,江南卷柏(Selaginellamoellendorffii);Si,小米(Setaria italica);Sb,高粱(Sorghum bicolor);Gr,雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii)。
具体实施方式
以下将配合实施例来详细说明本发明的实施方式,藉此对本发明如何应用技术手段来解决技术问题并达成技术功效的实现过程能充分理解并据以实施。
实施例1独脚金内酯不敏感水稻多分蘖突变体htd7的突变体的分离与遗传分析
1.材料和方法
1.1.植物材料
htd7突变体来自于本实验构建的包含15000个独立株系的水稻T-DNA插入突变体库(W.Liu,Y.Fu,G.Hu,H.Si,L.Zhu,C.Wu,Z.Sun,Identification and fine mapping of athermo-sensitive chlorophyll-deficient mutant in rice(Oryza sativa L.),Planta226(2007)785–795)。htd7突变体和原始亲本日本晴杂交获得的F2代用于遗传分析。
水稻生长在中国水稻研究所富阳基地的自然条件下的水稻田中(119°57’E,30°03’N)和室内植物生长箱中(32℃光照12小时,28℃黑暗12小时)。所有材料均来自中国水稻研究所水稻生物学国家重点实验室。
该htd7突变体在Os07g0162700基因启动子-6099bp区域插入T-DNA序列,导致Os07g0162700基因过表达,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
与野生型植株相比,htd7突变体表现为矮化,多分蘖,短根,细秆等表型(图1A,B,C)。为了进一步了解突变体分蘖增加的原因,观察第二节的分蘖芽。突变体和野生型的第二节都只有一个分蘖芽。野生型的第二节分蘖芽处于休眠状态,而突变体的第二节的芽继续生长形成分蘖(图1E)。因此htd7突变体多分蘖表型不是由分蘖芽增加引起的,而是由分蘖芽过度生长导致的。
1.2.潮霉素抗性分析
潮霉素抗性分析被用于检测htd7转基因株系中T-DNA插入和突变表型是否共分离。剪取4cm左右的叶片,浸泡于潮霉素溶液中(0.5mg/L 6BA and 50mg/L潮霉素),置于常温28℃12小时光照,12小时黑暗的组织培养室,5天后观察根据叶颜色变化判断该植株是否含有潮霉素抗性基因。
对htd7转基因株系的T2代植株进行潮霉素抗性分析,以获悉突变性状和T-DNA插入是否共分离。潮霉素浸泡5天后44个突变个体的叶片全部保持绿色,而该株系中野生型个体和非转基因对照的叶片均呈现坏死变黄现象。这一结果揭示该突变表型可能是由T-DNA插入引起的。
1.3.TAIL-PCR和共分离分析
利用CTAB法提取植物基因组DNA。TAIL-PCR被用于分离T-DNA插入的旁邻序列,在T-DNA的右边界设计特异引物TR1,TR2,和TR3(表1),兼并引物为AD1,AD2,AD3和AD4(表1)。TAIL-PCR产生的第3轮产物送去测序。基于测序结果,设计了3条引物MUP1,MUP2和MUP3(表1)用于T-DNA插入共分离分析。
用TAIL-PCR获得T-DNA插入的旁邻序列,第3轮PCR产物测序结果显示,T-DNA插在Os07g0162700基因上游6.1kb处(图2A),Os07g0162700基因编码一个α/β水解酶。根据共分离分析的结果,Os07g0162700基因极有可能是HTD7基因,T-DNA插入导致Os07g0162700基因表达上升,从而导致htd7表型。
表1用于PCR扩增的引物
实施例2 RNA干涉载体构建和水稻转化
用于RNA干涉载体构建的HTD7基因反向重复序列首先用两对引物扩增(RI-1BSPF和RI-1BSPR;RI-1SXPF和RI-1SXPR)(表1),PCR产物分别用BamHI/SpeI和SacI/XbaI酶切,酶切产物连接到由pCAMBIA1300改造而来的RNA干涉载体p35SRi,获得p35SRi-HTD7。p35SRi-HTD7转入农杆菌菌株EHA105,然后转化htd7突变体(D.H.Jeong,S.An,H.G.Kang,S.Moon,J.J.Han,S.Park,H.S.Lee,K.An,G.An,T-DNA insertional mutagenesis for activationtagging in rice,Plant Physiol.130(2002)1636-1644.)。获得转基因植株后,用引物MUP1,MUP2和MUP3(表1)检测转基因植株的基因型。
为了进一步证明htd7表型是由T-DNA插入引起的,通过htd7和日本晴杂交获得F2代植株,然后对F2代植株的基因型和表型进行鉴定(图2B)。我们选了16个植株进行PCR检测,其中8个植株的表型是突变型,另8个植株的表型为野生型。在8个突变体中,有6个的基因型显示为T-DNA插入纯合型(T-DNA/T-DNA),另2个为T-DNA插入杂合型(T-DNA/+),而8个野生型植株均没有检测到T-DNA插入(+/+)(图2C)。这些结果进一步证明htd7突变表型和T-DNA插入共分离。在96个F2代植株中,有76个突变植株,20个野生型植株,突变体和野生型的比值符合3:1(X2=0.55<X2 0.05=3.84)的孟德尔分离比,说明htd7突变表型由一个显性基因控制。
实施例3实时定量PCR分析
用RNA提取试剂盒(Qiagen Plant RNeasy Mini kit)提取剑叶总RNA,总RNA用DNA酶去除基因组DNA(Promega RQ1 RNase-free DNase)。第一链cDNA由Roche公司的cDNA合成试剂盒合成。实时定量PCR在ABI公司的7900HT系统中进行,使用试剂为ABI的SYBR GreenPCR Master Mix,HTD7基因特异引物为HTD7RTF和HTD7RTR,对照基因OsACT1的引物序列为ACT1RTF和ACT1RTR(表1)。
为了进一步证实Os07g0162700基因和htd7突变表型相关,我们通过Real-timePCR分析Os07g0162700基因在突变体和野生型之间的表达变化,结果显示,突变体特别是纯合突变体Os07g0162700基因的表达远远大于野生型植株(图1D)。Os07g0162700基因的表达升高极有可能和htd7突变表型直接相关。为了更直接的证明htd7突变表型是由Os07g0162700基因过表达引起的,我们通过RNA干涉降低突变体中Os07g0162700基因的表达,结果显示,随着Os07g0162700基因表达量降低,突变体又恢复为野生型表型(图3A,B,C,D)。以上结果证明T-DNA插入导致Os07g0162700基因过表达,进而导致htd7的矮秆多分蘖表型。
实施例4 GR24处理实验和HTD7蛋白及其同源蛋白的系统进化树分析
参照Umehara等(M.Umehara,A.Hanada,S.Yoshida,K.Akiyama,T.Arite,N.Takedakamiya,H.Magome,Y.Kamiya,K.Shirasu,K.Yoneyama,J.Kyozuka,S.Yamaguchi,Inhibition of shoot branching by new terpenoid plant hormones,Nature 455(2008)195–200.)的方法对水稻植株进行GR处理。首先水稻种子用30%的次氯酸钠表面消毒,然后用无菌水清洗3次,置于100×15mm培养皿中,在黑暗条件下催芽2天。发芽的种子转移到含1μM GR24水培培养基上,另一部分种子不加GR24作为对照,然后置于植物生长箱中培养(32℃光照12小时,28℃黑暗12小时)。
前面的研究显示独脚金内酯合成缺陷突变体d27对独脚金内酯处理敏感,而独脚金内酯信号转导突变体d14对独脚金内酯处理不敏感。通过外施1μM的GR24,我们发现d27的分蘖芽生长被抑制,而d14和htd7分蘖芽生长未受抑制(图4A)。
HTD7是一个351个氨基酸残基的α/β水解酶超家族蛋白,其氨基酸序列如SEQ IDNO.1所示。α/β水解酶超家族蛋白广泛分布于各种植物,这些植物包括单子叶植物小米(Setaria italica),和高粱(Sorghum bicolor),双子叶植物拟南芥(Arabidopsisthaliana)和雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii),蕨类植物江南卷柏(Selaginellamoellendorffii)以及苔藓植物小立碗藓(Physcomitrellapatens)和地钱(Marchantiapolymorpha)。这些植物来源的同源蛋白和水稻HTD7蛋白的40-78%氨基酸是一致的。系统进化分析显示水稻HTD7蛋白和单子叶植物来源的蛋白亲缘关系更近。双子叶植物和低等植物中只有一个HTD7的同源蛋白,而单子叶植物中HTD7同源蛋白至少有3个拷贝。以上结果显示,HTD7蛋白的拷贝数增加事件可能发生在单子叶和双子叶分化以后(图4B)。
α/β水解酶超家族蛋白具有相似的结构,在这些蛋白的催化中有3个保守的氨基酸。这个3个保守氨基酸被称为催化三联体(Ser185,Asp294 and His320),同样在水稻HTD7蛋白及其同源蛋白都含有这3个保守序列。
本发明可以得到以下结论:
一、htd7是水稻矮秆多分蘖突变体的新成员
分枝是高等植物最重要法的特性之一,它不仅决定植物的整体形态,而且影响植物的生长发育。水稻既是模式植物,又是一种重要的粮食作物,而分蘖是水稻产量构成的重要组成部分,因此,水稻分蘖形成机理的研究具有非常重要的意义,水稻矮分蘖突变体可以分为两类:一类为独脚金内酯生物合成缺陷突变体,这类突变体包括d27、htd1/d17和d10。D27基因编码一种异构酶,催化反式-β-胡萝卜素转换为9-顺式-β-胡萝卜素,HTD1/D17和D10分别编码CCD7和CCD8。另一类对独脚金内酯不敏感,在独脚金内酯信号转导过程中发挥作用,这类突变体包括d14/d88/htd2,d3和d53。本发明发现一个新的水稻多分蘖矮秆突变体(图1A,B,C),该突变体对外施GR24不敏感(图4),揭示HTD7基因在独脚金内酯信号转导过程中发挥作用。
二、T-DNA插入导致HTD7基因过表达
T-DNA插入不仅可导致基因活性降低,使其表达减少或不表达,也可以促进基因表达。虽然大部分报道显示T-DNA插入导致基因表达减少,但T-DNA插入也可以当做激活标签,激活邻近基因的表达。htd1突变体的T-DNA序列并没有激活标签,但是该T-DNA含有35S启动子,35S启动子含有激活基因表达的增强子序列,我们推测该增强子导致Os07g0162700过表达,从而导致htd1表型(图1D)。
三、HTD7是一个新的调节腋芽生长的α/β水解酶
不同的α/β水解酶具有不同的酶活性,它们中的一些作为激素受体在体内发挥重要作用。例如几个α/β水解酶超家族蛋白包括D14,KAI2,SABP2和GID1分别为独脚金内酯,karrikin,水杨酸和赤霉素信号转导的受体。酶结构分析显示α/β水解酶的催化三联体在结合底物的过程中至关重要,独角金内酯受体D14和karrikin受体KAI2都和F-box蛋白D3相互作用,独脚金内酯被D14-SCFD3复合体捕获后导致D53蛋白泛素化进而被降解。SABP2是水杨酸受体蛋白,该蛋白将水杨酸甲酯转换为水杨酸,激活系统获得性抗性。GID1是一种赤霉素受体,该受体结合DELLA蛋白与F-box蛋白GID2相互作用形成SCFGID2复合体,该复合体使SLR1泛素化进而被降解。与上面的几个α/β-水解酶类似,HTD7和它的同源序列也有保守的催化三联体结构。有趣的是,htd7突变体对独脚金内酯也同样不敏感(图4),揭示HTD7在独脚金内酯信号转导中发挥功能。
上述说明示出并描述了发明的若干优选实施例,但如前所述,应当理解发明并非局限于本文所披露的形式,不应看作是对其他实施例的排除,而可用于各种其他组合、修改和环境,并能够在本文所述发明构想范围内,通过上述教导或相关领域的技术或知识进行改动。而本领域人员所进行的改动和变化不脱离发明的精神和范围,则都应在发明所附权利要求的保护范围内。
SEQUENCE LISTING
<110> 中国水稻研究所
<120> 一种独脚金内酯不敏感水稻多分蘖突变体htd7及应用
<130> 2017
<160> 16
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 1056
<212> DNA
<213> htd7 突变体
<400> 1
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His Leu Ala Val Arg Ala Gly Ser Ala Ala Ala Ala Ala Pro Asp Asp
195 200 205
Pro Val Ala Ile Arg Gly Tyr Val Leu Leu Met Pro Phe Phe Gly Gly
210 215 220
Val Ser Arg Thr Pro Ser Glu Ala Gly Cys Pro Ala Glu Val Phe Leu
225 230 235 240
Asn Leu Asp Leu Phe Asp Arg Phe Trp Arg Leu Ser Leu Pro Pro Gly
245 250 255
Ala Thr Arg Asp His Pro Met Ala Asn Pro Phe Gly Pro Asp Ser Pro
260 265 270
Ala Met Asp Gly Val Glu Leu Pro Pro Val Leu Val Val Ala Gly Gly
275 280 285
Leu Asp Met Leu Arg Asp Arg Ala Val Asp Tyr Ala Glu Arg Leu Ser
290 295 300
Ala Met Gly Lys Pro Val Glu Leu Ala Glu Phe Ala Gly Glu His His
305 310 315 320
Gly Phe Phe Thr Leu Gly Pro Gly Ser Asp Ala Ala Gly Glu Leu Ile
325 330 335
Ala Ala Val Ala Arg Phe Val Asp Val Ala Ala Pro Pro Pro Lys
340 345 350
<210> 3
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
acccaactta atcgccttgc agcagcaca 29
<210> 4
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
tcgccagctg gcgtaatagc gaaga 25
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
gcagcctgaa tggcgaatgc t 21
<210> 6
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
agcagtagca taggagagtg ag 22
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
ctggcgtaat agcgaagagg 20
<210> 8
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
ttttctttag ccagaaccca a 21
<210> 9
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
ggatccggtg ctcgtctact tcca 24
<210> 10
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 10
actagtgaac aggtccaggt tgagga 26
<210> 11
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 11
gagctcggtg ctcgtctact tcca 24
<210> 12
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 12
tctagaacag gtccaggttg agga 24
<210> 13
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 13
gaccacccga tggcgaacc 19
<210> 14
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 14
ccacggcggc gatcagct 18
<210> 15
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 15
tggctgacgc cgaggata 18
<210> 16
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 16
acccagcctt gaccatacca 20

Claims (9)

1.一种独脚金内酯不敏感水稻多分蘖突变体htd7编码的蛋白质,其特征在于,该基因的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。
2.根据权利要求1所述的独脚金内酯不敏感水稻多分蘖突变体htd7编码的蛋白质,其特征在于,所述氨基酸序列还包括在SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列中添加、取代、插入或缺失一个或多个氨基酸或其他物种的同源序列而生成的氨基酸序列或衍生物。
3.编码如权利要求1或2所述蛋白质的基因,其特征在于,该基因具有SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列。
4.根据权利要求3所述的基因,其特征在于:所述核苷酸序列还包括在SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列中添加、取代,插入或缺失一个或多个核苷酸而生成的突变体、等位基因或衍生物。
5.一种干扰权利要求3或4所述基因表达的转基因干扰表达载体。
6.权利要求3或4所述基因在控制植物分蘖数目中的应用。
7.根据权利要求6所述的应用,其特征在于,所述的植物为水稻。
8.一种控制植物分蘖数目的方法,其特征在于,将权利要求3或4所述基因转入植物中,得到控制植物分蘖数目的转基因植物。
9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,所述的植物为水稻。
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