CN106480041A - 促红细胞生成素核酸适体及其制备方法 - Google Patents

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Abstract

本发明公开具有高特异性和高亲和力的促红细胞生成素核酸适体及其制备方法。促红细胞生成素核酸适体的核苷酸序列为：atgagacacc ggtgggacgg acgtactctc tccagagcca，命名为EPO2。促红细胞生成素核酸适体制备方法包括：构建随机序列文库，筛选靶物质‑核酸复合物，分离目的寡核苷酸适体，PCR扩增目的寡核苷酸适体，循环筛选出高度特异性适体，促红细胞生成素核酸适体的修饰。制备获得的核酸适体无毒性，分子量小，易于合成与标记，只特异性识别促红细胞生成素，对其他异型血红蛋白或其类似物不识别结合，可成为检测促红细胞生成素含量的分子信标。

Description

促红细胞生成素核酸适体及其制备方法
技术领域
本发明属于蛋白检测技术领域，涉及一种核酸，特别是涉及高特异性和高亲和力的促红细胞生成素核酸适体及其制备方法。
背景技术
EPO是促红细胞生成素（ErythropoietEP）的英文简称。人体中的促红细胞生成素是由肾脏和肝脏分泌的一种激素样物质，能够促进红细胞生成。服用红细胞生成素可以使患肾病贫血的病人增加血流比溶度（即增加血液中红细胞百分比）。这种药物近年进入商业市场。人体缺氧时，此种激素生成增加，并导致红细胞增生。EPO兴奋剂正是根据促红细胞生成素的原理人工合成，它能促进肌肉中氧气生成，从而使肌肉更有劲、工作时间更长。
促红细胞生成素是对红细胞的生成有增强作用的体液性因子。为分子量6-7万的糖蛋白，糖的含量多，已证明血和尿中都有它的存在。未分化的干细胞分化成红细胞系干细胞（erythropoietEP responsive cell），促红细胞生成素在此发挥作用，使之变为前成红细胞。对进一步再成熟为成红血细胞、网织红细胞，血红蛋白的合成以及流入末梢血管等均有促进作用。一般在贫血和低氧状态时，根据身体组织对氧的需要，促红细胞生成素的供给量将增加，但在肾脏贫血时其含量则非常低。其生成器官和机制虽尚未清楚，可是作为某肾脏因子（renal erythropoietic factor）与血浆的基质反应产生肾小球的说法是有力的。此外，起着相当于促红细胞生成素作用的因子中，促进白细胞生成的有colonystimulatEPg factor，促进血小板生成的为促血小板生成素，包括促红细胞生成素在内，统称为造血促进因子。
增加红血球的数目，用于贫血、组织断离、早产儿，用在癌学和血液学方面。用于治疗慢性肾衰患者的贫血症。治疗最初1～3周观察到血细胞比容增加，且与剂量成比例，在4～6周中血细胞比容水平在不同研究中可达30%～40%之间不等，患者的生活质量提高，包括体力耐受、情绪、起居方式和性功能的提高。对慢性肾衰不需要透析的贫血患者的研究表明，使用本品也是有利的。
目前促红细胞生成素的检测方法有三大类：色谱法、免疫学法、循环酶法。色谱法灵敏度高、特异性好，但样品处理、分离条件、色谱柱制备诸多变异，使其难以标准化；而且HPLC设备价格昂贵、技术条件要求高，需专门的维护人员，使其推广困难。免疫学法需要还原游离EPO形式，抗体荧光分析法和比浊法不能直接检测游离型同型半胱胺酸，只能检测血浆总糖化蛋白，用还原剂在37℃半小时卵育对血样进行还原处理。免疫学法需一小时以上才能出结果，操作步骤繁琐，因为需要进行还原处理可受一些不确定的因素影响。循环酶法过程繁琐，且检测限低、产生误差较大，价格昂贵，故得不到推广。
核酸适配体是近年发展起来的一类新型识别分子，近年来受到科学家的广泛关注，大量针对重要生理活性分子的核酸适配体被筛选出来；各种基于核酸适配体的分析方法和技术已被报道；核酸适配体药物“Macugen”也已于2005年被FDA正式批准上市。SELEX技术筛选得到的寡核苷酸序列被称为适配子, 国内其翻译为核酸适体、核酸适配子、核酸识体或核酸适配体等。SELEX 技术是指应用化学法合成大容量的随机寡核苷酸(由两端的固定序列和中间的随机序列组成) 文库,通过施加选择压力(结合靶目标，淘选与靶目标高度特异结合片段的过程), 并结合体外扩增技术, 经过多轮的循环选择富集, 获得与靶物质高度特异结合的寡核苷酸分子, 可以是RNA 也可以是DNA, 长度一般为25~ 60 个核苷酸。
由上可知，核酸适体与靶物质结合所呈现的高敏感性和高特异性, 使其在疾病诊断中具有良好的应用前景, 尽管目前成熟的临床应用报道较少, 但应用适体检测球蛋白的研究却不断增多, 基于适体的检测新技术也不断出现。但是目前基于核酸适体的针对于促红细胞生成素的高效特异性识别研究还很缺乏，且针对于促红细胞生成素的核酸适体及其筛选制备方法尚未见有报道。
发明内容
本发明要解决的技术问题是克服现有的促红细胞生成素检测技术的不足，填补还未见促红细胞生成素的核酸适体及其筛选制备方法空白，提供一种促红细胞生成素核酸适体及其制备方法，本发明所提供的核酸适体命名EPO2。
本发明的方案是通过这样实现的：一种促红细胞生成素核酸适体，其特征在于，所述核酸适体的核苷酸序列其序列为：atgagacacc ggtgggacgg acgtactctc tccagagcca。
以上所述促红细胞生成素核酸适体的衍生物，所述衍生物包括以下四种中的任意一种：
（1）将权利要求1中所述核酸适体任意位置上的碱基A、T、C或G置换成稀有碱基甲基化嘌呤、二氢尿嘧啶或次黄嘌呤后，得到的核酸适体衍生物；
（2）权利要求1中所述核酸适体的核苷酸序列的骨架衍生出的硫代磷酸酯骨架；
（3）权利要求1中所述核酸适体改造成的肽核酸；
（4）权利要求1中所述核酸适体改造成的锁核酸。
一种以上所述促红细胞生成素核酸适体或其衍生物在识别、检测促红细胞生成素，或者制备检测促红细胞生成素的试剂盒方面的应用。
为了使本发明公开充分，本发明促红细胞生成素核酸适体的制备方法步骤如下：
促红细胞生成素核酸适体的制备方法包括以下步骤：
1） 合成单链DNA随机序列寡核苷酸库：所述单链DNA随机寡核苷酸库的两端为固定序列，作为PCR扩增引物结合区，中间为60个碱基的随机序列，库容量1015以上。所述PCR引物为：
引物1：5’-ATACCAGCTTATTCAATT-3’
引物2：5’-Biotin-AGATTGCACTTACTATCT-3’
所述PCR引物2带有5’端生物素标记。
2）制备连接促红细胞生成素的固相基质：以微磁珠为基质，通过化学方法把促红细胞生成素通过其羧基共价连接到微磁珠上。
3） 初次筛选目的寡核苷酸序列：将DNA随机寡核苷酸库与促红细胞生成素混合，筛选除去DNA随机寡核苷酸库中不结合和非特异结合促红细胞生成素的寡核苷酸序列，回收特异结合促红细胞生成素的核酸序列。
4） 制备次级单链DNA寡核苷酸库：将步骤3中所得与促红细胞生成素特异结合的寡核苷酸序列进行PCR扩增，PCR扩增产物以链霉亲和素微磁珠为基质进行分离，经过碱变性解链，过滤，纯化，获得次级DNA寡核苷酸库，用于下一轮筛选。
5） 筛选并鉴定促红细胞生成素核酸适体：将步骤4所得的次级单链DNA寡核苷酸库进行下一轮筛选，经过15轮筛选后获得目标寡核酸序列。克隆并测序所述目标寡核酸序列，通过酶联核酸适体吸附测定法鉴定其与促红细胞生成素结合的特异性和亲和力。
6） 所述促红细胞生成素核酸适体可作为检测试剂用于检测促红细胞生成素。
本发明的有益效果如下：（1）所筛选到的核酸适体分子量小，无毒性，有利于分子探针的设计，易于合成与标记；（2）核酸适体只特异的识别促红细胞生成素，不结合非促红细胞生成素和其它血红蛋白分子，结合促红细胞生成素的能力是结合非促红细胞生成素Hb的能力的20~80倍，可以成为鉴别促红细胞生成素的试剂，提高检测方法的特异性和灵敏度，简化检测方法，降低成本。
附图说明
图1为本发明核酸适体与促红细胞生成素的结合能力，图1中横坐标为核酸适体DNA浓度，纵坐标为解离常数(Kd)相对值，图中EPO曲线表示核酸适体EPO2与促红细胞生成素的结合曲线，IN曲线表示核酸适体EPO2与非促红细胞生成素（血红蛋白IN）的结合曲线。
具体实施方式
实施1 促红细胞生成素特异结合的核酸适体EPO2的制备
构建随机序列寡核苷酸库：人工合成单链DNA序列，构建库容量为1×105的单链DNA随机序列寡核苷酸库，单链DNA随机寡核苷酸库包括的DNA序列为：
5’-GGATCCACCAGCGTCATCAGCA-N25~40-AGATAGTAAGTGCAATCTGGC-3’
所述单链DNA随机寡核苷酸库的DNA序列包括中间随机序列N25~60和两端固定序列，所述中间随机序列N25~40为30~40个碱基的随机序列，所述两端固定序列为：5’-GGATCCACCAGCGTCATCAGCA，3’-CGGTCTAACGTGAATGATAGA，所述两端固定序列为PCR扩增引物结合区
1）将0.5ml (1x109 微粒) Invitrogen公司的带有活化氨基的微磁珠与1 mol/L促红细胞生成素在偶联缓冲液（20mM 磷酸钾盐缓冲液，0.15M NaCl, 1mM DTT, pH 5.5）中混合，加入200ul偶联剂溶液 [57% 1-ethyl-3- (3-dimethylaminopropyl) carbodiimide(EDC)]，将上述反应置于25ºC条件下轻混24小时。将藕连促红细胞生成素的磁珠用磁珠分离装置和清洗液（PBS，1mM DTT， 批H7.3）清洗后，重新悬浮于0.5ml PBS中。
2）将5nmol单链DNA文库溶于结合缓冲液（100 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl pH7.6, 2 mM MgCl2, 5mM KCl, 1 mM CaCl2,0.02% Tween 20, 1 mM DTT），进行加热处理：90 ºC加热10min，置于冰上10min，然后温度放置5min。
3）将处理好的单链DNA文库与结合有血红蛋白的微磁珠孵育后，收集不结合磁珠的液体。
4）将步骤3）收集的液体与25ul步骤1）得到的促红细胞生成素-磁珠一起在结合缓冲液中37ºC温育30min。
5）用结合缓冲液洗涤温育后的磁珠，然后加入200ul洗脱缓冲液（20 mM Tris-HClpH7.6, 200 mM NaCl, 10 mM EDTA），92ºC孵育5min后，回收带有单链寡核苷酸序列的洗脱缓冲液，进行PCR反应。
6）PCR反应程序为： 94ºC预变性5 min; 94ºC 30s，47ºC 1min，72ºC 1min, 扩增20个循环；最终延伸反应为72ºC 10min。
7）PCR产物为5’端带有生物素标记的双链DNA，将产物与链霉亲和素磁珠混合，25ºC孵育30min后，用0.15 mol/L NaOH使双链DNA变性为单链DNA，通过脱盐柱纯化即得到下一轮筛选的单链DNA文库。
8）使用200pmol步骤7）得到的新单链DNA文库，重复进行步骤2）至步骤8）的筛选程序，共进行15轮筛选。最后克隆并测序第15轮单链DNA文库，得到EPO2核酸序列：atgagacaccggtgggacgg acgtactctc tccagagcca。
实施例2 以流式分析法检测核酸适体EPO2与促红细胞生成素的结合能力
1）合成5’端带荧光基团FAM标记的促红细胞生成素核酸适体。
2）使用0 nml/L, 5 nml/L, 10 nml/L, 20 nml/L, 50 nml/L, 100 nml/L, 200nml/L浓度梯度的FAM标记的核酸适体连接促红细胞生成素(EPO)的微磁珠来测定促红细胞生成素核酸适体的解离常数（kd）。用200μL结合缓冲液稀释的上述各种浓度核酸适体，加入150 nmol/L连接促红细胞生成素的微磁珠, 37ºC温育30min。用结合缓冲液洗涤磁珠后，重新悬浮在250μL结合缓冲液中。设置随机序列的寡核苷酸片段和连接血红蛋白(IN)的微磁珠作为对照。
3）使用BD公司的流式细胞仪对微珠进行荧光测定，然后用Sigma plot软件作图，计算出所筛选到的核酸适体与促红细胞生成素相互作用的解离常数（kd）相对值，结果如图1所示。
序列表
<110> 柳州立洁科技有限公司
<120> 促红细胞生成素核酸适体及其制备方法
<130> 2016
<160> 1
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
atgagacacc ggtgggacgg acgtactctc tccagagcca 40

Claims (3)

1.一种促红细胞生成素核酸适体，其特征在于，所述核酸适体的核苷酸序列其序列为：
atgagacacc ggtgggacgg acgtactctc tccagagcca。
2.一种权利要求1中任一所述促红细胞生成素核酸适体的衍生物，所述衍生物包括以下四种中的任意一种：
（1）将权利要求1中所述核酸适体任意位置上的碱基A、T、C或G置换成稀有碱基甲基化嘌呤、二氢尿嘧啶或次黄嘌呤后，得到的核酸适体衍生物；
（2）权利要求1中所述核酸适体的核苷酸序列的骨架衍生出的硫代磷酸酯骨架；
（3）权利要求1中所述核酸适体改造成的肽核酸；
（4）权利要求1中所述核酸适体改造成的锁核酸。
3.一种权利要求1或2中所述促红细胞生成素核酸适体或其衍生物在识别、检测促红细胞生成素，或者制备检测促红细胞生成素的试剂盒方面的应用。
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