CN106282355A - 脓毒症的基因标志物rgl4 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了脓毒症的基因标志物RGL4，RGL4基因在脓毒症中表达上调，通过检测RGL4基因的表达水平可以为脓毒症患者提供早期诊断，以期实现早治疗，降低脓毒症患者的病死率。

Description

脓毒症的基因标志物RGL4
技术领域
本发明属于生物技术领域，涉及脓毒症的基因标志物RGL4。
背景技术
脓毒症是指由于感染引起的全身炎症反应综合症，并可以导致严重脓毒症(感染继发急性器官功能障碍)或脓毒性休克(严重脓毒症加之液体复苏不能逆转的低血压状态)。脓毒症大约占ICU病房收治患者总数的40％左右，而死亡率可高达25％-40％。脓毒症的早期诊断及治疗是影响脓毒症患者病死率的重要因素，脓毒症通常会有明显的临床表现，但是这些临床表现并不是感染所特有的，非感染疾病有时也表现为脓毒症样的特征。而抗生素应用往往也是根据这些非特异临床表现，这不但影响脓毒症的诊断，也影响脓毒症患者治疗。
目前临床上缺乏感染判定的特异性指标，主要是根据存在感染因素或明确的感染病灶，同时伴有体温、白细胞变化等非特异性指标进行认定或评估，或根据体温、白细胞增高反推存在感染的可能性。然而，这些因素可受多种因素影响，尤其是对ICU患者来说，影响这两项指标的因素可能会多种多样。虽然发热原因就是由感染引起，但是很多如术后，药物热，肺不张，输血反应，胰腺炎，消化道出血等非感染因素也可能参与到机体发热的过程，这些非感染因素加重了感染性发热的程度，并可能使疾病评估变得复杂化。另外，严重感染时由于机体的抑制反应，致使可能出现白细胞降低的改变，因此白细胞计数也不是评估脓毒症的特异指标。
近年来随着分子生物学的发展，生物标志物成为用于临床评估疾病或损伤的一类重要物质，不仅可以从分子水平探讨疾病的发生机制，而且还可以准确敏感地评价早期的组织损害，并有其独特的优势来提供早期预警，为临床提供良好的辅助诊断依据。目前大约有上千种标志物被用于脓毒症相关的研究，如CRP、PCT、活化蛋白C(APC)，高迁移率族蛋白B(HMGB1)、细胞因子、内毒素、巨噬细胞移动抑制因子(MIF)及其他新型标志物等，但是目前尚缺乏有效和特异的标志物能够高效、易于鉴别炎症的病因、可识别潜在的病毒或细菌感染、准确反映抗感染的疗效。因此寻找敏感和特异性的生物标志物应用于临床诊断、治疗和预后具有重要的意义。
发明内容
为了弥补现有技术的不足，本发明的目的之一，提供一种敏感和特异的脓毒症诊断标志物，区别脓毒症和其他原因引起的SIRS。
本发明的目的之二，提供一种产品，能够对早期脓毒症进行诊断。
为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：
本发明提供了检测RGL4基因的试剂在制备诊断脓毒症产品中的应用。
进一步，所述RGL4基因在脓毒症患者中表达上调。
进一步，所述产品包括：通过RT-PCR、实时定量PCR、免疫检测、原位杂交或芯片检测RGL4基因的表达水平以诊断脓毒症的产品。其中，所述用RT-PCR诊断脓毒症的产品至少包括一对特异扩增RGL4基因的引物；所述用实时定量PCR诊断脓毒症的产品至少包括一对特异扩增RGL4基因的引物；所述用免疫检测诊断脓毒症的产品包括：与RGL4蛋白特异性结合的抗体；所述用原位杂交诊断脓毒症的产品包括：与RGL4基因的核酸序列杂交的探针；所述用微阵列芯片诊断脓毒症的产品包括：蛋白芯片和基因芯片；其中，蛋白芯片包括与RGL4蛋白特异性结合的抗体，基因芯片包括与RGL4基因的核酸序列杂交的探针。
进一步，所述产品包括芯片和/或试剂盒；其中所述芯片包括基因芯片、蛋白质芯片；所述试剂盒包括基因检测试剂盒、蛋白免疫检测试剂盒。
进一步，所述基因检测试剂盒包括特异性扩增RGL4基因的引物对。
在本发明的具体实施方式中，所述特异性扩增RGL4基因的引物对序列如SEQ IDNO.3和SEQ ID NO.4所示。
本发明提供了一种诊断脓毒症的产品，所述产品能够通过检测样品中RGL4基因的表达水平来诊断脓毒症。
进一步，上面所述的产品包括芯片、或试剂盒。其中，所述芯片包括基因芯片、蛋白质芯片；所述基因芯片包括固相载体以及固定在固相载体上的寡核苷酸探针，所述寡核苷酸探针包括用于检测RGL4基因转录水平的针对RGL4基因的寡核苷酸探针；所述蛋白质芯片包括固相载体以及固定在固相载体上的RGL4蛋白的特异性抗体；所述试剂盒包括基因检测试剂盒和蛋白免疫检测试剂盒；所述基因检测试剂盒包括用于检测RGL4基因转录水平的试剂；所述蛋白免疫检测试剂盒包括RGL4蛋白的特异性抗体。其中，所述基因芯片可用于检测包括RGL4基因在内的多个基因(例如，与脓毒症相关的多个基因)的表达水平。所述蛋白质芯片可用于检测包括RGL4蛋白在内的多个蛋白质(例如与脓毒症相关的多个蛋白质)的表达水平。通过将多个与脓毒症的标志物同时检测，可大大提高脓毒症诊断的准确率。
进一步，所述检测RGL4基因转录水平的试剂包括针对RGL4基因的引物和/或探针。
在本发明的一个具体实施方式中，所述针对RGL4基因的引物对序列如SEQ IDNO.3和SEQ ID NO.4所示。
在本发明中，“抗体”覆盖单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体)、及抗体片段、组合抗体等，只要它们展现出期望的生物学活性即可。“单克隆抗体”指从一群基本上同质的抗体获得的抗体，即构成群体的各个抗体相同和/或结合相同表位，除了生产单克隆抗体的过程中可能产生的可能变体外，此类变体一般以极小量存在。此类单克隆抗体典型的包括包含结合靶物的多肽序列的抗体，其中靶物结合多肽序列是通过包括从众多多肽序列中选择单一靶物结合多肽序列在内的过程得到的。
单克隆抗体还包括“嵌合”抗体，其中重链和/或轻链的一部分与衍生自特定物种或属于特定抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，而链的剩余部分与衍生自另一物种或属于另一抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，以及此类抗体的片段，只要它们展现出期望的生物学活性即可。
“抗体或抗体片段”指无论自天然生成抗体的任何物种衍生，还是通过重组DNA技术创建；无论自血清、B细胞、杂交瘤、转染瘤、酵母或细菌分离的抗体(例如IgG、IgM、IgA、IgD或IgE)或片段(诸如Fab、F(ab’)2、Fv、二硫化物连接的Fv、scFv、闭合构象多特异性抗体、二硫化物连接的scFv、双抗体)。
在本发明中，术语“探针”指能与另一分子的特定序列或亚序列或其它部分结合的分子。除非另有指出，术语“探针”通常指能通过互补碱基配对与另一多核苷酸(往往称为“靶多核苷酸”)结合的多核苷酸探针。根据杂交条件的严谨性，探针能和与该探针缺乏完全序列互补性的靶多核苷酸结合。探针可作直接或间接的标记，其范围包括引物。杂交方式，包括，但不限于：溶液相、固相、混合相或原位杂交测定法。
在本发明中，术语“微阵列”是杂交阵列原件有序排列在基质上，所述杂交阵列原件诸如聚核苷酸探针(例如寡核苷酸)或结合剂(例如抗体)。所述基质可以是固体基质，例如，玻璃或二氧化硅玻片、珠、纤维光学粘结剂或半固态基质，例如硝酸纤维素膜。核苷酸序列可以是DNA、RNA或其中的任何排列。
各种探针阵列已经描述在文献中并且可以用于本发明上下文中检测可能与本文所述表型相关的标志物。例如，DNA探针阵列芯片或较大的DNA探针阵列晶片(否则，可以通过打断晶片而获得各个体芯片)用于本发明的一个实施方案。DNA探针阵列晶片一般包含玻璃晶片，其上放置了高密度DNA探针(短DNA片段)阵列。这些晶片各自可以保持例如约6000万个用于识别较长样品DNA序列(例如，来自个体或群体，例如，包含所关注的标志物)的DNA探针。用玻璃晶片上的DNA探针组识别样品DNA通过DNA杂交进行。当DNA样品与DNA探针阵列杂交时，样品结合于样品DNA序列互补的那些探针。通过评价个体样品DNA与那些探针更稳固地杂交，有可能确定已知的核酸序列是否存在于样品中，由此确定核酸中发现的标志物是否存在。还可以使用这一手段通过控制杂交条件以允许区别单一核苷酸，例如，用于SNP鉴定和一种或多种SNP的样品基因分型来进行ASH。阵列提供了一种同时(或串连)检测多个多态性标志物的便利性实施方案。
上述探针具有与靶点基因的特定的碱基序列互补的碱基序列。这里，所谓“互补”，只要是杂交即可，可以不是完全互补。这些多核苷酸通常相对于该特定的碱基序列具有80％以上、优选90％以上、更优选95％以上、特别优选100％的同源性。这些探针可以是DNA，也可以是RNA，另外，可以为在其一部分或全部中核苷酸通过PNA、LNA、ENA、GNA、TNA等人工核酸置换得到的多核苷酸。
在本发明的上下文中，“RGL4基因”包括人RGL4基因以及人RGL4基因的变体。所述序列的“变体”是生物活性的序列，其因为在天然序列中一个或多个核苷酸的插入、缺失、修饰和/或替换具有与天然序列或野生型序列(或其补体)不同的核苷酸序列。这种变体通常与天然序列或其补体的序列一致性小于100％。然而，生物活性的变体通常与对应的天然存在的序列或其补体具有至少约70％的序列一致性，通常至少约75％、更通常至少约80％、甚至更通常至少约85％、甚至更通常至少约90％、且甚至更通常至少约95％、96％、97％、98％或99％序列一致性。任何长度的变体核苷酸片段保留对应天然序列的生物活性。变体还包括其中在5’或3’端或在天然序列或其补体内添加一个或多个核苷酸的序列。变体还包括其中一些核苷酸被删除和任选地被一个或多个不同核苷酸替换的序列。
RGL4基因包括与目前国际公共核酸序列数据库GeneBank中RGL4基因(NC_000022.11)DNA序列具有70％以上同源性，且编码相同功能蛋白质的DNA序列；在本发明的具体实施方案中，所述RGL4基因的编码序列是SEQ ID NO.1所示的DNA序列。
本发明的RGL4基因可以是天然的或是人工合成的，或者使用可以表达RGL4的DNA片段的载体转染细胞获得。所述载体所述载体包括病毒载体、真核表达载体。
病毒载体可以是任何适当的载体，包括但不限于逆转录病毒载体、腺病毒载体、腺病毒相关病毒载体、疱疹病毒(例如单纯疱疹病毒、痘苗病毒及EB病毒)载体、甲病毒载体。真核表达载体可以是任何适当的表达载体，包括但不限于pCMV-Myc表达载体、pcDNA3.0表达载体、pcDNA3.1表达载体、pEGFP表达载体、pEF Bos表达载体、pTet表达载体、pTRE表达载体、或者在公知表达载体的基础上经改造的载体，比如pBin438、pCAMBIA1301等。
在本发明的上下文中，RGL4基因表达产物包括人RGL4蛋白以及人RGL4蛋白的部分肽。所述RGL4蛋白的部分肽含有与脓毒症相关的功能域。
“RGL4蛋白”包括RGL4蛋白以及RGL4蛋白的任何功能等同物。所述功能等同物包括RGL4蛋白保守性变异蛋白质、或其活性片段，或其活性衍生物，等位变异体、天然突变体、诱导突变体、在高或低的严紧条件下能与人RGL4的DNA杂交的DNA所编码的蛋白质。在本发明的具体实施方式中，所述RGL4蛋白是由序列表中SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列组成的蛋白质。
在本发明中，术语“样品”是指从目标患者得到的组合物，其包含细胞和/或其他分子体—将其进行特征化和/或识别，例如，根据物理、生化、化学和/或生理特征。例如，短语“临床样本”或“疾病样本”及其变体，是指从目标患者获得的任何样本，将预期或已知所述样本中能够获得细胞和/或分子体，例如将被特征化的生物标志物。
在本发明的具体实施方式中，所述“样品”为受试者的血液。
在本发明的上下文中，“诊断脓毒症”既包括判断受试者是否已经患有脓毒症、也包括判断受试者是否存在患有脓毒症的风险。
本发明的优点和有益效果：
本发明首次发现了RGL4基因表达与脓毒症相关，通过检测受试者血液中RGL4的表达，可以判断受试者是否患有脓毒症、或者判断受试者是否存在患有脓毒症的风险，从而指导临床医师给受试者提供预防方案或者治疗方案。
本发明发现了一种脓毒症的新的分子标记物-RGL4基因，相比传统的检测手段，基因诊断更及时、更特异、更灵敏，能够实现脓毒症的早期诊断，从而降低脓毒症的死亡率。
附图说明
图1显示利用QPCR检测RGL4基因在脓毒症患者中的表达情况。
具体的实施方式
下面结合附图和实施例对本发明作进一步详细的说明。以下实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，例如Sambrook等人，分子克隆：实验室手册(New York:Cold Spring HarborLaboratoryPress,1989)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。
实施例1筛选与脓毒症相关的基因标志物
1、样品收集
各收集10例健康人血液和脓毒症患者血液样本，上述所有标本的取得均通过伦理委员会的同意，并获得受试者的知情同意。
2、RNA样品的制备及质量分析
2.1RNA样品的制备
(1)匀浆处理
直接取血液，加入3倍体积红细胞裂解液，混匀后室温放置10min，10,000rpm离心1min。彻底吸弃上清，收集白细胞沉淀。每100-200μl血液收集的白细胞沉淀加入1mlTrizol。
(2)分层
a.样品加入Trizol后，室温放置5min，使样品充分裂解。4℃12,000rpm离心10min，取上清；
b.每1ml Trizol加入200μl氯仿，剧烈振荡混匀后室温放置3-5min使其自然分相。
(3)RNA沉淀
a.4℃12,000rpm离心10-15min。样品会分成三层：黄色的有机相，中间层和无色的水相，RNA主要在水相中，把水相小心的转移到新管中。
b.在上清中加入等体积冰冷的异丙醇，室温放置10-20min。4℃12,000rpm离心10min，弃上清，RNA沉淀于管底。
(4)RNA漂洗
a.RNA沉淀中加入1ml 75％乙醇(用RNase-free水配制)，温和振荡离心管，悬浮沉淀。每1ml TRIzol加入1ml 75％乙醇。
b.4℃5,000-8,000rpm离心1-2min，弃上清；短暂快速离心，用移液器小心吸弃上清，注意不要吸弃沉淀。室温放置1-2min晾干沉淀。
(5)溶解RNA
沉淀中加入50-100μl RNase-free水，轻弹管壁，以充分溶解RNA，-70℃保存。
2.2RNA样品的质量分析(NanoDrop1000分光光度计)
NanoDrop1000分光光度计检测RNA样品，RNA-seq测序的样品要求：OD260/OD280为1.8-2.2。
2.3RNA样品的质量分析(Agilent Technologies 2100Bioanalyzer)
将上述提取的RNA进行琼脂糖凝胶电泳，Agilent Technologies2100Bioanalyzer检测RNA样品质量，观察28S rRNA和18S rRNA主带明显、无降解、RNA完整性指数合格、浓度达到要求的符合RNA-seq测序cDNA文库构建的要求，可以用于文库构建及测序。
3、高通量转录组测序
3.1RNA-seq读段定位
首先将低质量的读段去除得到清洁读段，然后利用TopHat v1.3.1将清洁片段与UCSC H.sapiens参考基因组(hg19)进行匹配，H.sapiens UCSC hg19版的预先构建的索引从TopHat主页下载，并作为参考基因组，利用TopHat与基因组匹配时，允许每个读段(默认到20)有多个匹配位点，最多2次错配。TopHat根据外显子区域和GT-AG剪切信号建立可能的剪切位点库，根据这些剪切位点库将没有定位到基因组的读段定位到基因组上。我们使用TopHat方法的系统默认参数。
3.2转录丰度评估
匹配上的读段文件通过Cufflinks v1.0.3处理，Cufflinks v1.0.3将RNA-seq片段数目进行标准化计算转录本的相对丰度。FPKM值指的是每一百万测序片段中匹配到特定基因1kb长的外显子区域的片段数目。通过贝叶斯推理方法计算FPKM估计值的置信区间。Cufflinks使用的参考的GTF注释文件从Ensembl数据库下载(Homo_sapiens.GRCh37.63.gtf)。
3.3差异表达基因的检测
将下载的Ensembl GTF文件和通过TopHat匹配的原始文件传输到Cuffdiff，Cuffdiff使用原始的匹配文件重新估算GTF文件中列出的转录本的表达丰度，检测差异表达。在Cuffidff输出中只有q值＜0.01，测试显示成功的比较才被认为是差异表达。
4、结果
RNA-seq结果显示，RGL4基因在脓毒症患者血液中的表达水平显著高于健康人的表达水平。
实施例2QPCR测序验证RGL4基因的差异表达
1、根据高通量测序的检测结果选择RGL4基因进行大样本QPCR验证。按照实施例1中的样本收集方式选择脓毒症患者血液和健康人血液各80例。
2、RNA提取步骤同实施例1。
3、逆转录：使用TAKARA公司的反转录试剂盒进行操作。具体步骤如下：
(1)取总RNA 2μg进行逆转录，加入Oligo(dT)2μl，充分混匀；70℃水浴；5min后立即冰浴2-3min；
(2)构建25μl反应体系，其中包括5×逆转录缓冲液5μl，dNTP(2.5mM)5μl，RNasin40U/μl，M-MLV 200U/μl，补无核酶水至25μl；
(3)42℃水浴60min后，95℃水浴5min以灭活M-MLV，-20℃储存备用。
4、QPCR扩增
(1)引物设计
根据Genebank中RGL4基因和管家基因GAPDH基因的编码序列设计QPCR扩增引物，北京赛诺基因组研究中心有限公司合成。其中RGL4基因的引物对序列如下：正向引物序列为5’-TAAGCCTCAACAACTTCT-3’(SEQ ID NO.3)；反向引物序列为5’-TGTGTAGCTGACCTATTG-3’(SEQ ID NO.4)。GAPDH基因的引物序列对如下：正向引物序列为5’-CTCTGGTAAAGTGGATATTGT-3’(SEQ ID NO.5)；反向引物序列为5’-GGTGGAATCATATTGGAACA-3’(SEQ ID NO.6)。
(2)PCR反应体系：正向引物和反向引物各1μl，SYBR Green聚合酶链式反应体系12.5μl，模板2μl，加去离子水补足至25μl。
其中，SYBR Green聚合酶链式反应体系购自Invitrogen公司。
(3)PCR反应条件：95℃10min，(95℃15s，60℃60s)×30个循环。以SYBR Green作为荧光标记物，在Light Cycler荧光定量PCR仪上进行PCR反应，通过融解曲线分析和电泳确定目的条带，ΔΔCT法进行相对定量。
5、统计学方法
实验采用3次重复实验，结果数据都是以平均值±标准差的方式来表示，使用SPSS13.0统计软件来进行统计分析的，两者之间的差异采用t检验，认为当P<0.05时具有统计学意义。
6、结果
结果如图1所示，与健康人血液相比，RGL4基因在脓毒症患者血液中的表达上调，差异具有统计学意义(P<0.05)，同RNA-sep结果一致。
上述实施例的说明只是用于理解本发明的方法及其核心思想。应当指出，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以对本发明进行若干改进和修饰，这些改进和修饰也将落入本发明权利要求的保护范围内。

Claims (10)

1.检测RGL4基因的试剂在制备诊断缺脓毒症产品中的应用。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述RGL4基因在脓毒症患者中表达上调。
3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述产品包括：通过RT-PCR、实时定量PCR、免疫检测、原位杂交或微阵列芯片检测RGL4基因的表达水平以诊断脓毒症的产品。
4.根据权利要求1-3任一项所述的应用，其特征在于，所述产品包括芯片和/或试剂盒；其中所述芯片包括基因芯片、蛋白质芯片；所述试剂盒包括基因检测试剂盒、蛋白免疫检测试剂盒。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述基因检测试剂盒包括特异性扩增RGL4基因的引物对。
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述特异性扩增RGL4基因的引物对序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示。
7.一种诊断脓毒症的产品，其特征在于，所述的产品能够通过检测样品中RGL4基因的表达水平来诊断脓毒症。
8.根据权利要求7所述的产品，其特征在于，所述产品包括芯片、或试剂盒；其中，所述芯片包括基因芯片、蛋白质芯片；所述基因芯片包括固相载体以及固定在固相载体的寡核苷酸探针，所述寡核苷酸探针包括用于检测RGL4基因转录水平的针对RGL4基因的寡核苷酸探针；所述蛋白质芯片包括固相载体以及固定在固相载体的RGL4蛋白的特异性抗体；所述试剂盒包括基因检测试剂盒和蛋白免疫检测试剂盒；所述基因检测试剂盒包括用于检测RGL4基因转录水平的试剂；所述蛋白免疫检测试剂盒包括RGL4蛋白的特异性抗体。
9.根据权利要求8所述的产品，其特征在于，所述检测RGL4基因转录水平的试剂包括针对RGL4基因的引物和/或探针。
10.根据权利要求9所述的产品，其特征在于，所述针对RGL4基因的引物对序列如SEQID NO.3和SEQ ID NO.4所示。
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