CN106029900A - 尿生物标志物群、基因表达特征及其使用方法 - Google Patents
尿生物标志物群、基因表达特征及其使用方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN106029900A CN106029900A CN201480054985.4A CN201480054985A CN106029900A CN 106029900 A CN106029900 A CN 106029900A CN 201480054985 A CN201480054985 A CN 201480054985A CN 106029900 A CN106029900 A CN 106029900A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- nucleotide
- microvesicle
- sample
- erg
- mark
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 149
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 title claims abstract description 122
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 title claims abstract description 82
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 title abstract description 104
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 claims abstract description 31
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 claims abstract description 31
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 92
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 85
- 108091033411 PCA3 Proteins 0.000 claims description 71
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 71
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 69
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 67
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 67
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims description 66
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 54
- 201000001514 prostate carcinoma Diseases 0.000 claims description 53
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims description 33
- 238000000605 extraction Methods 0.000 claims description 27
- 101000711466 Homo sapiens SAM pointed domain-containing Ets transcription factor Proteins 0.000 claims description 26
- 102100034018 SAM pointed domain-containing Ets transcription factor Human genes 0.000 claims description 26
- 108010002687 Survivin Proteins 0.000 claims description 22
- 239000008187 granular material Substances 0.000 claims description 22
- 101000588007 Homo sapiens SPARC-like protein 1 Proteins 0.000 claims description 21
- 102100031581 SPARC-like protein 1 Human genes 0.000 claims description 21
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 20
- 102100022599 Homeobox protein Hox-C6 Human genes 0.000 claims description 18
- 101001045154 Homo sapiens Homeobox protein Hox-C6 Proteins 0.000 claims description 18
- 238000010606 normalization Methods 0.000 claims description 15
- 239000003161 ribonuclease inhibitor Substances 0.000 claims description 11
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 claims description 11
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 claims description 10
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 claims description 10
- 238000000926 separation method Methods 0.000 claims description 9
- 239000002562 thickening agent Substances 0.000 claims description 6
- 238000000108 ultra-filtration Methods 0.000 claims description 5
- 238000005406 washing Methods 0.000 claims description 5
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 claims description 4
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 3
- 102000000763 Survivin Human genes 0.000 claims 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 abstract description 53
- 239000000203 mixture Substances 0.000 abstract description 4
- 208000017497 prostate disease Diseases 0.000 abstract 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 226
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 226
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 156
- 101001010792 Homo sapiens Transcriptional regulator ERG Proteins 0.000 description 92
- 102100029983 Transcriptional regulator ERG Human genes 0.000 description 92
- 101001077417 Gallus gallus Potassium voltage-gated channel subfamily H member 6 Proteins 0.000 description 90
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 39
- 102100038358 Prostate-specific antigen Human genes 0.000 description 37
- 101001091365 Homo sapiens Plasma kallikrein Proteins 0.000 description 36
- 101000605534 Homo sapiens Prostate-specific antigen Proteins 0.000 description 36
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 35
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 description 33
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 29
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 27
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 21
- 102100021663 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 Human genes 0.000 description 20
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 20
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 20
- 102100040410 Alpha-methylacyl-CoA racemase Human genes 0.000 description 17
- 108010044434 Alpha-methylacyl-CoA racemase Proteins 0.000 description 17
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 17
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 16
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 16
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 15
- 230000008859 change Effects 0.000 description 14
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 14
- -1 from microvesicle Substances 0.000 description 13
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 13
- 101000638154 Homo sapiens Transmembrane protease serine 2 Proteins 0.000 description 11
- 102100031989 Transmembrane protease serine 2 Human genes 0.000 description 11
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 11
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 11
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 10
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 10
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 10
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 10
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 10
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 9
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 9
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 9
- 210000004907 gland Anatomy 0.000 description 9
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 9
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 9
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 8
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 8
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 8
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 8
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 8
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 8
- 241000218636 Thuja Species 0.000 description 7
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 7
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 7
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 7
- 108091092724 Noncoding DNA Proteins 0.000 description 6
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 6
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 6
- 238000011088 calibration curve Methods 0.000 description 6
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 6
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 6
- 206010038389 Renal cancer Diseases 0.000 description 5
- 208000006265 Renal cell carcinoma Diseases 0.000 description 5
- 208000007097 Urinary Bladder Neoplasms Diseases 0.000 description 5
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 5
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 5
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 5
- 108091027963 non-coding RNA Proteins 0.000 description 5
- 102000042567 non-coding RNA Human genes 0.000 description 5
- 239000000047 product Substances 0.000 description 5
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 5
- 201000010174 renal carcinoma Diseases 0.000 description 5
- 238000011160 research Methods 0.000 description 5
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 5
- 238000007473 univariate analysis Methods 0.000 description 5
- 206010005003 Bladder cancer Diseases 0.000 description 4
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 4
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 4
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 4
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 4
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 4
- 208000009956 adenocarcinoma Diseases 0.000 description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 4
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 4
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 4
- 229920000344 molecularly imprinted polymer Polymers 0.000 description 4
- 238000000491 multivariate analysis Methods 0.000 description 4
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 4
- 238000011471 prostatectomy Methods 0.000 description 4
- 201000007094 prostatitis Diseases 0.000 description 4
- 238000003196 serial analysis of gene expression Methods 0.000 description 4
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 4
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 4
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 4
- 201000005112 urinary bladder cancer Diseases 0.000 description 4
- 230000002485 urinary effect Effects 0.000 description 4
- 101710094648 Coat protein Proteins 0.000 description 3
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 3
- 230000007067 DNA methylation Effects 0.000 description 3
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 3
- 101150029838 ERG gene Proteins 0.000 description 3
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 3
- 102100031940 Epithelial cell adhesion molecule Human genes 0.000 description 3
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 3
- 102100031181 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 3
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 description 3
- 206010061535 Ovarian neoplasm Diseases 0.000 description 3
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 3
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 3
- 238000005336 cracking Methods 0.000 description 3
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 3
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 3
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 3
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 3
- 238000007710 freezing Methods 0.000 description 3
- 230000008014 freezing Effects 0.000 description 3
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 3
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 3
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 3
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 3
- 108091070501 miRNA Proteins 0.000 description 3
- 238000010208 microarray analysis Methods 0.000 description 3
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 3
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 3
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 3
- 238000012797 qualification Methods 0.000 description 3
- 238000003762 quantitative reverse transcription PCR Methods 0.000 description 3
- 238000011472 radical prostatectomy Methods 0.000 description 3
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 3
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 3
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 3
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 3
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108020004463 18S ribosomal RNA Proteins 0.000 description 2
- 108020005096 28S Ribosomal RNA Proteins 0.000 description 2
- 101710132601 Capsid protein Proteins 0.000 description 2
- 101150084967 EPCAM gene Proteins 0.000 description 2
- 101150040602 ERG4 gene Proteins 0.000 description 2
- 101150098080 ERG5 gene Proteins 0.000 description 2
- 101150107463 ERG7 gene Proteins 0.000 description 2
- 101150045041 ERG8 gene Proteins 0.000 description 2
- 108010066687 Epithelial Cell Adhesion Molecule Proteins 0.000 description 2
- 101001077418 Homo sapiens Potassium voltage-gated channel subfamily H member 6 Proteins 0.000 description 2
- 101001077420 Homo sapiens Potassium voltage-gated channel subfamily H member 7 Proteins 0.000 description 2
- 101000914484 Homo sapiens T-lymphocyte activation antigen CD80 Proteins 0.000 description 2
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101710125418 Major capsid protein Proteins 0.000 description 2
- 206010025654 Malignant melanoma of sites other than skin Diseases 0.000 description 2
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 2
- 101100390535 Mus musculus Fdft1 gene Proteins 0.000 description 2
- 101100390536 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) erg-6 gene Proteins 0.000 description 2
- 101710141454 Nucleoprotein Proteins 0.000 description 2
- 102100025135 Potassium voltage-gated channel subfamily H member 6 Human genes 0.000 description 2
- 102100025133 Potassium voltage-gated channel subfamily H member 7 Human genes 0.000 description 2
- 101710083689 Probable capsid protein Proteins 0.000 description 2
- 108010018070 Proto-Oncogene Proteins c-ets Proteins 0.000 description 2
- 230000007022 RNA scission Effects 0.000 description 2
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 2
- 208000005718 Stomach Neoplasms Diseases 0.000 description 2
- 102100027222 T-lymphocyte activation antigen CD80 Human genes 0.000 description 2
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 description 2
- 208000027418 Wounds and injury Diseases 0.000 description 2
- 239000003098 androgen Substances 0.000 description 2
- 230000002280 anti-androgenic effect Effects 0.000 description 2
- 239000000051 antiandrogen Substances 0.000 description 2
- 229910052785 arsenic Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000037429 base substitution Effects 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 2
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 2
- 108010051489 calin Proteins 0.000 description 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 2
- 238000007621 cluster analysis Methods 0.000 description 2
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 2
- 239000000104 diagnostic biomarker Substances 0.000 description 2
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 2
- 108010087914 epidermal growth factor receptor VIII Proteins 0.000 description 2
- 101150050623 erg-6 gene Proteins 0.000 description 2
- 101150116391 erg9 gene Proteins 0.000 description 2
- 206010017758 gastric cancer Diseases 0.000 description 2
- 208000005017 glioblastoma Diseases 0.000 description 2
- 210000003128 head Anatomy 0.000 description 2
- 210000003701 histiocyte Anatomy 0.000 description 2
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 2
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 208000037819 metastatic cancer Diseases 0.000 description 2
- 208000011575 metastatic malignant neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 2
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 2
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 2
- 230000000474 nursing effect Effects 0.000 description 2
- 231100000590 oncogenic Toxicity 0.000 description 2
- 230000002246 oncogenic effect Effects 0.000 description 2
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 2
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 2
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 238000004451 qualitative analysis Methods 0.000 description 2
- 108010077182 raf Kinases Proteins 0.000 description 2
- 102000009929 raf Kinases Human genes 0.000 description 2
- 230000000306 recurrent effect Effects 0.000 description 2
- 238000002271 resection Methods 0.000 description 2
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 2
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 2
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 2
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 2
- 201000011549 stomach cancer Diseases 0.000 description 2
- 238000012706 support-vector machine Methods 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 238000002626 targeted therapy Methods 0.000 description 2
- 238000000123 temperature gradient gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 230000004614 tumor growth Effects 0.000 description 2
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 description 2
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- 101150037123 APOE gene Proteins 0.000 description 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 108091023043 Alu Element Proteins 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 208000003174 Brain Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N Carbon dioxide Chemical compound O=C=O CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000053642 Catalytic RNA Human genes 0.000 description 1
- 241000700199 Cavia porcellus Species 0.000 description 1
- 206010008342 Cervix carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 1
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 description 1
- 206010014759 Endometrial neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 102000018651 Epithelial Cell Adhesion Molecule Human genes 0.000 description 1
- 241000283073 Equus caballus Species 0.000 description 1
- 206010049466 Erythroblastosis Diseases 0.000 description 1
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 206010017993 Gastrointestinal neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 description 1
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 description 1
- 102100021181 Golgi phosphoprotein 3 Human genes 0.000 description 1
- 208000032843 Hemorrhage Diseases 0.000 description 1
- 108091027305 Heteroduplex Proteins 0.000 description 1
- 241000725303 Human immunodeficiency virus Species 0.000 description 1
- 208000005016 Intestinal Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 241000714210 Leviviridae Species 0.000 description 1
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 1
- 208000008771 Lymphadenopathy Diseases 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 108700011259 MicroRNAs Proteins 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- 201000004404 Neurofibroma Diseases 0.000 description 1
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 101710160107 Outer membrane protein A Proteins 0.000 description 1
- 244000131316 Panax pseudoginseng Species 0.000 description 1
- 235000005035 Panax pseudoginseng ssp. pseudoginseng Nutrition 0.000 description 1
- 235000003140 Panax quinquefolius Nutrition 0.000 description 1
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 108010072866 Prostate-Specific Antigen Proteins 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 108700005075 Regulator Genes Proteins 0.000 description 1
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 1
- 208000000453 Skin Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-N Sulfurous acid Chemical class OS(O)=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150106031 TRI gene Proteins 0.000 description 1
- 108700025716 Tumor Suppressor Genes Proteins 0.000 description 1
- 102000044209 Tumor Suppressor Genes Human genes 0.000 description 1
- 229910052770 Uranium Inorganic materials 0.000 description 1
- 208000008385 Urogenital Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000006105 Uterine Cervical Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 230000001594 aberrant effect Effects 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 1
- 208000013228 adenopathy Diseases 0.000 description 1
- 239000003570 air Substances 0.000 description 1
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 238000011237 bivariate analysis Methods 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 1
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 1
- 201000008275 breast carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 238000010805 cDNA synthesis kit Methods 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 235000011089 carbon dioxide Nutrition 0.000 description 1
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 201000010881 cervical cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000001332 colony forming effect Effects 0.000 description 1
- 239000000039 congener Substances 0.000 description 1
- 238000013211 curve analysis Methods 0.000 description 1
- 238000013480 data collection Methods 0.000 description 1
- 238000003935 denaturing gradient gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000000151 deposition Methods 0.000 description 1
- 238000009795 derivation Methods 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000001085 differential centrifugation Methods 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 230000008034 disappearance Effects 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 238000004043 dyeing Methods 0.000 description 1
- 201000006549 dyspepsia Diseases 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 201000003914 endometrial carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 230000008995 epigenetic change Effects 0.000 description 1
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 210000001808 exosome Anatomy 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 238000005227 gel permeation chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 235000008434 ginseng Nutrition 0.000 description 1
- 230000000762 glandular Effects 0.000 description 1
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 1
- 201000002313 intestinal cancer Diseases 0.000 description 1
- 238000004255 ion exchange chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 1
- 238000009533 lab test Methods 0.000 description 1
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 1
- 238000012417 linear regression Methods 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 1
- 208000015486 malignant pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000005075 mammary gland Anatomy 0.000 description 1
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 1
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 description 1
- 206010027191 meningioma Diseases 0.000 description 1
- 239000011156 metal matrix composite Substances 0.000 description 1
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 210000002500 microbody Anatomy 0.000 description 1
- 238000000386 microscopy Methods 0.000 description 1
- 239000011259 mixed solution Substances 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- PJUIMOJAAPLTRJ-UHFFFAOYSA-N monothioglycerol Chemical compound OCC(O)CS PJUIMOJAAPLTRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007839 multiplex biomarker analysis Methods 0.000 description 1
- 230000009826 neoplastic cell growth Effects 0.000 description 1
- 201000011682 nervous system cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000007538 neurilemmoma Diseases 0.000 description 1
- 230000003472 neutralizing effect Effects 0.000 description 1
- 208000002154 non-small cell lung carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 108010057248 oncogene proteins v-ets Proteins 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 210000003463 organelle Anatomy 0.000 description 1
- 238000002559 palpation Methods 0.000 description 1
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 230000000505 pernicious effect Effects 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001124 posttranscriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000011045 prefiltration Methods 0.000 description 1
- 238000004321 preservation Methods 0.000 description 1
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 1
- 210000005267 prostate cell Anatomy 0.000 description 1
- 208000023958 prostate neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 210000000664 rectum Anatomy 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 230000003362 replicative effect Effects 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 201000008933 retinal cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000001177 retroviral effect Effects 0.000 description 1
- 108020004418 ribosomal RNA Proteins 0.000 description 1
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 1
- 238000005464 sample preparation method Methods 0.000 description 1
- 206010039667 schwannoma Diseases 0.000 description 1
- 238000007790 scraping Methods 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 1
- 238000007493 shaping process Methods 0.000 description 1
- 201000000849 skin cancer Diseases 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000011222 transcriptome analysis Methods 0.000 description 1
- 230000018412 transposition, RNA-mediated Effects 0.000 description 1
- 239000000439 tumor marker Substances 0.000 description 1
- 208000029729 tumor suppressor gene on chromosome 11 Diseases 0.000 description 1
- 238000002562 urinalysis Methods 0.000 description 1
- 208000019206 urinary tract infection Diseases 0.000 description 1
- 208000037964 urogenital cancer Diseases 0.000 description 1
- 210000002845 virion Anatomy 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
- G16B25/10—Gene or protein expression profiling; Expression-ratio estimation or normalisation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Oncology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
本发明一般地涉及生物标志物分析领域，特别是测定来自尿样品的基因表达特征。本公开内容提供用于诊断男性受试者中的前列腺病症例如前列腺癌的组合物、试剂盒和方法。
Description
相关申请
本申请要求于2013年8月6日提交的美国临时申请号61/862,630的权益，所述临时申请的内容通过引用以其整体结合到本文中。
发明领域
本发明一般地涉及生物标志物分析领域，特别是测定尿样品的基因表达特征。
背景
不断增加的出现在癌细胞中的遗传和表观遗传变化的知识提供了通过分析肿瘤相关的核酸序列和概况来检测、表征和监测肿瘤的机会。这些变化可通过检测多种癌相关生物标志物中的任一个来观察。多种分子诊断测定被用于检测这些生物标志物并产生对患者、医生、临床医生和研究者有价值的信息。迄今为止，这些测定主要在衍生自外科手术切除的肿瘤组织或通过活组织检查获得的组织的癌细胞上进行。
然而，使用体液样品进行这些检验的能力时常比使用患者组织样品更合乎需要。使用体液样品的较小创伤方法在患者福利、进行纵向疾病监测的能力和甚至在组织细胞不易接近时获得表达概况的能力方面具有广泛的影响，例如，在前列腺中。对于这些样品，先前公开的采集方法常常需要直肠指检(DRE)或前列腺按摩以使得足够的前列腺衍生的细胞液能够进入尿。无DRE或前列腺按摩采集的样品显示对这些生物标志物较低的检测率。
因此，存在对新的、无创伤性的检测生物标志物，例如，尿微泡中生物标志物的方法的需求以帮助对前列腺疾病或其他医疗病况的诊断、预后、监测或治疗选择。特别地，存在对在尿样品采集之前不需要DRE或前列腺按摩和不需要涉及从尿样品分离细胞沉淀的样品制备步骤的非创伤性方法的需求。
发明概述
本发明提供检测尿微泡中的一种或多种生物标志物以帮助对受试者中的疾病，例如，癌症，特别是前列腺疾病或其他医疗病况的诊断、预后、监测或治疗选择的方法。所述方法包括从受试者获得随机尿样品；从样品中提取mRNA，检测PCA3和ERG的mRNA表达水平；和将PCA3和ERG的mRNA表达水平归一化至KLK3或SPDEF。所述方法进一步包括使用预定的式计算归一化的PCA3和ERG的mRNA表达水平的输出值；和比较输出值与使用基于PCA3和ERG的组合产生的ROC曲线测定的预定截断值以区分处于高癌症风险的受试者与具有低癌症风险的受试者。此外，这些方法允许鉴定相对于处于高GS前列腺癌的低风险的受试者，处于高Gleason分数(GS)前列腺癌(例如，Gleason分数(GS) > 6)的高风险的受试者。例如，具有大于，或在一些实施方案中等于用基于PCA3和ERG的组合产生的ROC曲线测定的预定截断值的输出值的受试者处于高GS前列腺癌的高风险，而具有低于预定截断值的输出值的受试者处于高GS前列腺癌的低风险。因此，这些方法可用于区分处于高GS前列腺癌的高风险的受试者与处于高GS前列腺癌的低风险的受试者。
本发明提供用于在有需要受试者中诊断、预后、监测或治疗选择的方法，所述方法由以下步骤组成：从受试者获得随机尿样品；从样品中提取一种或多种mRNA；检测PCA3和ERG的mRNA表达水平；和将PCA3和ERG的mRNA表达水平归一化至参考基因；通过将归一化的PCA3和ERG的mRNA表达水平应用到预定式计算输出值；和比较输出值与使用基于PCA3 mRNA和ERG mRNA的组合产生的ROC曲线测定的预定截断值以区分具有高癌症复发风险的受试者与具有低癌症复发风险的受试者。
本公开内容的方法使用来自男性受试者的尿样品，例如，在首段尿(first catchurine)的25-40 mL之间的样品。本公开内容的方法不需要直肠指检(DRE)，并且优选地，这些方法中使用的尿样品为来自未经受DRE的患者的样品。
在一些实施方案中，检测患者的PSA水平。在一些实施方案中，所述方法用于分析来自处于具有在2-10 ng/mL之间的PSA水平的PSA“灰区(gray zone)”的患者的样品。在一些实施方案中，所述患者为至少50岁的人类男性受试者。
在一些实施方案中，患者样品使用以下算法分析：
EXO106分数=
在一些实施方案中，EXO106分数用于预测患者是否处于低前列腺癌风险或高前列腺癌风险。例如，具有如使用上述算法所计算的小于10的EXO106分数的患者被鉴定为具有低前列腺癌风险，具有为10或更高的EXO106分数的患者被鉴定为具有较高的前列腺癌风险。
在一些实施方案中，EXO106分数用于预测患者是否处于高Gleason分数(GS)前列腺癌的低风险或高GS前列腺癌的高风险。例如，具有如使用上述算法所计算的小于10的EXO106分数的患者被鉴定为具有高GS前列腺癌的低风险，具有为10或更高的EXO106分数的患者被鉴定为具有较高的高GS前列腺癌风险。
在一些实施方案中，本发明的方法进一步包括从随机尿样品分离微泡部分和从微泡部分提取核酸。
在一些实施方案中，所述方法进一步包括检测AMACR、BIRC5、HOXC6和/或SPARCL1的表达水平。在一些实施方案中，所述方法进一步包括检测AMACR、BIRC5、HOXC6和/或SPARCL1的表达水平和计算基于PCA3、ERG和AMACR、BIRC5、HOXC6和/或SPARCL1组合的输出值。
在任何前述的方法中，在核酸提取之前向尿样品加入已知量的Q-β颗粒。检测Q-β靶基因的表达水平，并将检测到的表达水平与已知的Q-β颗粒量比较。
本发明提供用于受试者中医疗病况的诊断、预后、监测或治疗选择的方法，所述方法包括以下步骤：(a) 从受试者尿样品中获得微泡部分；(b) 从微泡部分提取一种或多种核酸；和(c) 分析所提取的核酸以检测PCA3和ERG的存在、不存在或表达水平。这些标志物在新鲜尿样品以及先前冷冻并解冻的尿样品中以稳定水平可检测。优选地，尿样品为40 mL或20 mL。更优选地，尿样品为从膀胱排出的第一个40 mL或从膀胱排出的第一个20 mL。这些标志物的检测在来自相同患者的样品中和来自不同患者的样品中可重现。
本发明还提供一种方法，其进一步包括检测参考基因的表达水平和测定生物标志物的归一化的相对表达水平的步骤，其中所述生物标志物的相对表达水平为生物标志物表达水平与参考基因表达水平的比率，并且其中当生物标志物的相对表达水平大于生物标志物表达的截断水平时，受试者被鉴定为患有或处于增加的医疗病况，例如癌症的风险中。在一些实施方案中，所述生物标志物为至少ERG和PCA3。在一些实施方案中，所述生物标志物为至少ERG和PCA3以及至少一种选自AMACR、BIRC5、HOXC6、SPARCL1和其组合的其他生物标志物。在一些实施方案中，所述参考基因为前列腺特异性基因。在一些实施方案中，所述参考基因为KLK3或SPDEF，或其组合。在一些实施方案中，所述参考基因为KLK3。在一些实施方案中，所述参考基因为管家基因，例如GAPDH。
在一些实施方案中,衍生自每一生物标志物水平的受试者工作特征(ReceiverOperator Characteristic, ROC)曲线或通过生物标志物组合所建立的分数的曲线下面积(AUC)使用来自对照和疾病患者二者的生物标志物结果计算。在一些优选的实施方案中,衍生自每一生物标志物水平的ROC曲线或通过生物标志物组合所建立的分数的AUC值大于0.5、0.6、0.7或0.8。优选地，AUC值大于0.7。通过实施考虑临床应用所必需的灵敏度、特异性、阴性预测值(NPV)、阳性预测值(PPV)、阳性似然比(PLR)和阴性似然比(NLR)的截断分析，本领域技术人员将容易地能够最大化生物标志物水平或生物标志物组合的诊断准确度。生物标志物结果或生物标志物结果的组合以多种方法中的任一种分析。在一些实施方案中，结果使用单变化的或单变量分析(SV)分析。在一些实施方案中，结果使用多变量分析(MV)分析。生物标志物和/或生物标志物群的SV和MV分析的实例在下表中示出。
在一些实施方案中，所述参考基因为前列腺特异性基因。在一些实施方案中，参考基因为KLK3或SPDEF，或其组合。在一些实施方案中，参考基因为管家基因，例如GAPDH。
生物标志物和生物标志物组合(本文中也称为生物标志物群)可用于医疗病况例如，癌症，包括侵袭性癌症的诊断、预后、监测或治疗选择的方法中。在一些实施方案中，生物标志物和生物标志物组合可用于基于所检测的表达水平和/或表达模式，关联生物标志物和/或群表达与受试者患有侵袭性癌症或处于患侵袭性癌症风险中的可能性。在一些实施方案中，生物标志物和生物标志物组合可用于基于所检测的表达水平和/或表达模式，关联生物标志物和/或群表达与受试者患有癌症复发或处于患癌症复发风险中的可能性。在一些实施方案中，生物标志物和生物标志物组合可用于基于所检测的表达水平和/或表达模式，关联生物标志物和/或群表达与受试者患有侵袭性前列腺癌或处于患侵袭性前列腺癌风险中的可能性。生物标志物和生物标志物组合可用于关联生物标志物和/或群表达与受试者的Gleason分数。例如，生物标志物和/或群表达水平可用于基于所检测的表达水平和/或表达模式鉴定受试者的Gleason分数。例如，PCA3和ERG的表达水平可用于鉴定受试者的Gleason分数大于6。生物标志物和生物标志物组合可用于基于所检测的表达水平和/或表达模式，关联生物标志物和/或群表达与受试者将需要根治性前列腺切除术的可能性。
在一些实施方案中，所述医疗病况为癌症。例如，所述癌症为前列腺癌。在一些实施方案中，所述癌症为泌尿生殖器癌症，例如，前列腺癌、肾癌、膀胱癌或扩散到泌尿生殖器的转移性癌症。在一些实施方案中，所述癌症为侵袭性癌症。例如，在一些实施方案中，所述医疗病况为侵袭性前列腺癌、侵袭性肾癌或侵袭性膀胱癌。
有需要的受试者患有癌症例如，侵袭性癌症或处于患癌症，例如，侵袭性癌症的风险中。在一些实施方案中，所述受试者患有前列腺癌或处于患前列腺癌的风险中。在一些实施方案中，所述受试者没有患前列腺癌的风险。在一些实施方案中，所述受试者具有前列腺癌并且已被指定具体的Gleason分数。例如，在一些实施方案中，受试者已被指定大于或等于7的Gleason分数。在一些实施方案中，所述受试者已被指定大于或等于1、2、3、4、5、6、7、8或9的Gleason分数。在一些实施方案中，受试者已被指定在1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-10、2-9、2-8、2-7、2-6、2-5、2-4、2-3、3-10、3-9、3-8、3-7、3-6、3-5、3-4、4-10、4-9、4-8、4-7、4-6、4-5、5-10、5-9、5-8、5-7、5-6、6-10、6-9、6-8、6-7、7-10、7-9、7-8、8-10、8-9或9-10范围内的Gleason分数。在一些实施方案中，受试者已经历前列腺切除术，例如，根治性前列腺切除术或处于必须经历前列腺切除术，例如，根治性前列腺切除术的风险中。
所述受试者为，例如，基于PSA检验结果和/或可疑DRE，例如，临床疑似前列腺癌的男性人类受试者。在一些实施方案中，受试者具有阴性活组织检查的临床史。在一些实施方案中，受试者无阴性活组织检查的临床史。在一些实施方案中，受试者已被建议进行重复活组织检查。在一些实施方案中，受试者已被建议进行初次或第一次活组织检查。
在一些实施方案中，受试者已被建议或安排前列腺切除术。在一些实施方案中，所述受试者已在组织学上证实腺泡型(即典型的)前列腺癌。在一些实施方案中，前列腺癌为局部的。在一些实施方案中，前列腺癌为局部晚期。
在一些实施方案中，所述受试者未患和/或不疑似患有诸如传染性疾病的疾病，例如，肝炎(所有类型)和/或HIV。在一些实施方案中，受试者无并发性肾和/或膀胱肿瘤史。在一些实施方案中，受试者先前没有接受或没有同时接受任何形式的对前列腺癌的新辅助或定向治疗(focal therapy)。在一些实施方案中，所述受试者在提供尿样品的六个月内先前没有接受或没有同时接受任何形式的新辅助或定向治疗，包括雄激素衍生治疗(androgenderivation therapy)。
本文所述的标志物和/或标志物组合可用于多种试剂盒，例如，可用于检验来自各种患者的尿样品的诊断试剂盒。在一些实施方案中，在用试剂盒检验样品之前，例如使用过滤浓缩步骤，浓缩尿样品。结果可使用多种方法的任一种处理，包括快速qPCR读出装置。
附图简述
图1A和1B为描绘患者群7样品分析的实验室工作流程第一天(图1A)和第二天(图1B)的一系列示意图。
图2A为描绘对于258个群7样品检测的Qβ Ct值的密度分布的图。Y轴代表密度，X轴代表Ct值。
图2B为描绘对于258个群7样品检测的Qβ Ct值的密度分布的盒形图。X轴代表Ct值。
图3A和3B为描绘对于群7中每一患者当归一化至KLK3时PCA3 AUC值与样品体积的相关性的两个图。在图3A中，Y轴代表AUC值并且X轴代表群7中的每一样品。在图3B中，Y轴显示样品体积并且X轴代表群7中的每一样品。图例指示每一样品来自的临床地点。图3A和3B表明当将供给体积限制于仅20 mL时，PCA3 AUC (归一化至KLK3)从<0.65提高至>0.7。这些图表明AUC高度依赖于样品体积。
图4A和4B为描绘对于来自患者群7的其中样品体积小于或等于100 mL的样品(N=236)，基于归一化至KLK3的ERG表达分析(非估算的，图4A)和归一化至KLK3的PCA3表达分析(图4B)的ROC曲线的两个图。在两个图中，X轴代表特异性；Y轴代表灵敏度。
图5A和5B为描绘对于来自患者群7的其中样品体积小于或等于40 mL的样品(N=189)，基于归一化至KLK3的ERG表达分析(非估算的，图5A)和归一化至KLK3的PCA3表达分析(图5B)的ROC曲线的两个图。在两个图中，X轴代表特异性；Y轴代表灵敏度。
图6A和6B为描绘对于来自患者群7的其中样品体积小于或等于20 mL的样品(N=122)，基于归一化至KLK3的ERG表达分析(非估算的，图6A)和归一化至KLK3的PCA3表达分析(图6B)的ROC曲线的两个图。在两个图中，X轴代表特异性；Y轴代表灵敏度。
图7为描绘对于来自患者群7的其中样品体积小于或等于100 mL的样品(N=236)，基于归一化至KLK3的ERG和PCA3表达分析的ROC曲线的图。ERG表达分析为估算的。X轴代表特异性；Y轴代表灵敏度。
图8为描绘对于来自患者群7的其中样品体积小于或等于40 mL的样品(N=189)，基于归一化至KLK3的ERG和PCA3表达分析的ROC曲线的图。ERG表达分析为估算的。X轴代表特异性；Y轴代表灵敏度。
图9为描绘对于来自患者群7的其中样品体积小于或等于20 mL的样品(N=122)，基于归一化至KLK3的ERG和PCA3表达分析的ROC曲线的图。ERG表达分析为估算的。X轴代表特异性；Y轴代表灵敏度。
图10为一系列显示使用应用于先前的群5数据的预定公式和模型截断阈值的群7数据的2x2分析的四个表。(Sens =灵敏度；Spec =特异性；NPV =阴性预测值；PPV =阳性预测值；C5 =群5；C7 =群7)。尽管C5与C7之间，例如，提取方案方法和探针化学有一些变化，当应用于C7时拟合至C5数据的权重(Weights)表现良好。C5群体积一般小于C6中的，具有更多的40 mL体积样品。
图11为显示每一样品组(German池= 对照池样品，患者=群7患者，参考=参考对照和RT-对照=反转录对照)中所检测基因(AMACR、BIRC5、ERG、HOXC6、KLK3、PCA4、QBETA、SPARCL1和SPDEF)的Ct值分布的盒形图。
图12为比较通过小体积(20 mL)样品中每一指示基因(PCA3、ERG、AMACR、BIRC5、HOXC6、SPARCL1和SPDEF)的单变量分析产生的AUC值和所有样品的AUC值的图。CI所有和CI20 mL分别指示对于“所有样品”和“20 mL样品”的AUC的95%置信区间。Y轴代表AUC值；X轴代表每一检验基因。
图13为显示通过每一指示基因(AMACR、BIRC5、ERG、HOXC6、KLK3、PCA3、SPARCL1和SPDEF)的单变量分析产生的AUC值和比较下列亚群之间的AUC值的图：归一化至SPDEF或KLK3；估算并归一化至SPDEF或KLK3；所有样品体积与小体积样品；和拷贝数与Ct值。
图14为显示通过三基因分析比较群5 (C5)和群7 (C7)的分析的两个图。左图显示对于所有样品C5和C7的比较。右图显示C5和C7小体积样品的比较。FTO =不使用PCA3的3基因模型。FTO指不使用PCA3的3基因模型。
图15为显示通过下列基因的指定组合的三基因模型分析产生的AUC值：AMACR、BIRC5、ERG、HOXC6、KLK3、PCA3、SPARCL1和SPDEF；和比较下列亚群之间的AUC值的图：归一化至SPDEF或KLK3；估算并归一化至SPDEF或KLK3；所有样品体积与小体积样品；和拷贝数与Ct值。
图16为描绘其中n = 453个样品，PSA中值= 5.3 ng/mL和80%的样品2 < PSA < 10ng/mL的患者群中示例性EXO106分数分布的图。
图17为描绘与护理标准(SOC)治疗的AUC相比具有任何Gleason分数的患者的EXO106表现的AUC的图。
图18A和18B为通过四分位数描绘EXO106表现，即通过EXO106分数四分位数通过活组织检查鉴定为阳性的样品百分数的一系列图。
图19为描绘EXO106分数对于高级别前列腺癌，例如，Gleason分数大于6的表现的图。
图20为描绘基于Gleason分数亚群的EXO106分数表现的统计分析的图。
发明详述
癌-相关的生物标志物包括，例如，基因序列中的特异性突变(Cortez和Calin, 2009;Diehl等人, 2008; Network, 2008; Parsons等人, 2008)，mRNA和miRNA表达的上调和下调(Cortez和Calin, 2009; Itadani等人, 2008; Novakova等人, 2009)，mRNA剪接变异，DNA甲基化模式中的变化(Cadieux等人, 2006; Kristensen和Hansen, 2009)，基因组区的扩增和缺失(Cowell和Lo, 2009)，以及重复DNA序列的异常表达(Ting等人, 2011)。各种分子诊断测定例如突变分析，基因组DNA甲基化状态和基因表达分析可检测这些生物标志物并产生对患者、医生、临床医生和研究者有价值的信息。迄今为止，这些测定主要在衍生自外科手术切除的肿瘤组织或活组织检查获得的组织的癌细胞上实施。例如，PCA3、TMPRSS2:ERG和ERG先前已通过活组织检查分析显示与正常前列腺组织相比在前列腺癌中差异表达(Bussemakers等人, 1999; Petrovics等人, 2005; Tomlins等人, 2005)。
然而，使用体液样品进行这些检验的能力时常比使用患者组织样品更合乎需要。使用体液样品的较小创伤方法在患者福利、进行纵向疾病监测的能力和甚至当组织细胞不易接触时获得表达概况的能力方面具有广泛的影响，例如，在前列腺中。
使用尿样品检测前列腺癌标志物例如PSA (也称为KLK3)、PCA3、TMPRSS2:ERG和ERG先前已有研究(Hessels等人, 2007; Laxman等人, 2008; Laxman等人, 2006; Nguyen等人, 2011; Rice等人, 2010; Rostad等人, 2009; Salami等人, 2011; Tomlins等人,2005)。然而，先前公开的样品采集方法需要直肠指检(DRE)或前列腺按摩以使得足够的前列腺衍生的细胞液能够进入尿。无DRE或前列腺按摩采集的样品显示对这些生物标志物较低的检测率。例如，用DRE时对TMPRSS2:ERG的检测率为约69%，但无DRE时仅为约24%(Rostad等人, 2009)。
实际上，目前用于前列腺癌生物标志物的尿分析的样品采集方法需要使用DRE，并在前列腺的整个触诊表面系统应用轻微指压，伴随每一侧叶3次扫描的指压前列腺，从每叶的底部到顶部和从侧面到中线用力挤压前列腺，或从每叶的底部到顶部和从侧面到中线(其中前列腺表面的凹陷在0.5到1 cm之间)用力挤压前列腺三次(Deras等人, 2008;Hessels等人, 2007; Laxman等人, 2008; Laxman等人, 2006; Nguyen等人, 2011; Rice等人, 2010; Salami等人, 2011)。
另外，先前公开的样品制备方法需要通过离心从DRE之后的尿样品中分离细胞沉淀(Hessels等人, 2007; Laxman等人, 2008; Laxman等人, 2006; Nguyen等人, 2011;Rostad等人, 2009; Salami等人, 2011)。
许多先前研究提示在使得能够采集足够RNA材料用于无创伤性前列腺基因分析中DRE为关键步骤(Deras等人, 2008; Hessels等人, 2007; Laxman等人, 2008; Laxman等人, 2006; Nguyen等人, 2011; Rice等人, 2010; Rostad等人, 2009; Salami等人,2011; Tomlins等人, 2011)。在这些研究的一些中，尿样品需要在采集4小时内处理(Deras等人, 2008; Tomlins等人, 2011)。
与这些先前的样品采集和尿生物标志物检测方法相比，本文提供的方法在尿样品采集之前不需要DRE或前列腺按摩，这些方法也不需要涉及从尿样品中分离细胞沉淀的样品制备步骤。这些新的、非创伤性方法使用尿微泡检测生物标志物以帮助前列腺疾病或其他医疗病况的诊断、预后、监测或治疗选择。肿瘤细胞释放的微泡可用于测定肿瘤的基因状态(Skog等人, 2008)。还参见WO 2009/100029、WO 2011/009104、WO 2011/031892和WO2011/031877。
微泡从真核细胞脱落或从质膜出芽，至细胞外。这些膜囊泡大小不均一，直径范围从约10 nm到约5000 nm。细胞脱落的直径小于0.8 µm的所有膜囊泡在本文中共同称为“微泡”。
本发明基于尿微泡包含受试者前列腺疾病或其他医疗病况的生物标志物这一出乎意料的发现。因此，可测定患者尿样品用于检测受试者中前列腺疾病或其他医疗病况的生物标志物。
在本文所提供的方法中，采集受试者的随机尿样品而在尿采集之前不使用直肠指检(DRE)或前列腺按摩。所述尿样品为60 mL、50 mL、40 mL、30 mL、20 mL、15 mL或10 mL。在一些优选的实施方案中，所述尿样品为40 mL或20 mL。在一些实施方案中，所述尿样品可为1-40 mL、1-35 mL、1-30 mL、1-25 mL、1-20 mL、1-15 mL、1-10 mL、1-5 mL、5-40 mL、5-35mL、5-30 mL、5-25 mL、5-20 mL、5-15 mL、5-10 mL、10-40 mL、10-35 mL、10-30 mL、10-25mL、10-20 mL、10-15 mL、15-40 mL、15-35 mL、15-30 mL、15-25 mL、15-20 mL、20-40 mL、20-35 mL、20-30 mL、20-25 mL、25-40 mL、25-35 mL、25-30 mL、30-40 mL、30-35 mL或35-40 mL。
在一个优选的实施方案中，所述尿样品为第一次从膀胱中排出的尿，也被称为“首段(first catch)”尿。第一次排出的尿包含最高浓度的前列腺-衍生微泡，因此分析第一次排出的尿提供更高的前列腺生物标志物信号。如本文所示，可用于前列腺癌诊断和预后的生物标志物的诊断准确度随着第一次排出的尿样品的样品体积的减小而增加。本文所述的发现表明第一次排出的40 mL或20 mL尿显示较高的诊断准确度(即AUC值)。因此，在一个优选的实施方案中，所述尿样品为从膀胱排出的第一个40 mL或更少。例如，尿样品为从膀胱排出的第一个20 mL。
不适合用于本公开内容的试剂盒和/或方法的尿样品包括其中样品没有恰当地保存和/或运送的样品。例如，试样不应长时间保持在室温(例如，15-25 ℃)。在一些实施方案中，试样不应保持在室温(例如，15-25 ℃)超过24小时。在一些实施方案中，试样不应保持在室温(例如，15-25 ℃)超过36小时。在一些实施方案中，试样不应保持在室温(例如，15-25 ℃)超过48小时。试样不应长时间保持在冷藏温度(例如，2-8 ℃)。例如，试样不应保持在冷藏温度(例如，2-8 ℃)超过21天。在一些实施方案中，试样不应保持在冷藏温度(例如，2-8 ℃)超过30天。通常，试样可无限期地冷冻(例如，≤ 70 ℃)。如果试样是冷冻的，则试样应该在冰袋或干冰上运送。
不适合用于本公开内容的试剂盒和/或方法的尿样品包括严重染血的试样。
采集尿样品的时间选择也可根据不同的应用而不同。样品可作为现场尿样品(spot urine sample)在任何时间采集。当微泡中待分析的生物标志物的量在一天中无太大波动时，现场尿可足以用于生物标志物分析。在其他情况下，当微泡中待分析的生物标志物的量存在波动时，采集24-小时尿样品，并且24-小时采集可减轻波动效应。在又进一步的情况下，采集一系列尿样品以研究微泡中生物标志物的量的波动。采集系列可以以一定的时间间隔，例如，每六小时，或以情景间隔，例如，在治疗干预之前和之后进行。
在本文提供的方法中，尿样品首先通过使用包括至少一个过滤步骤的方法进行预处理。例如，利用粗过滤器(0.8微米)去除细胞和细胞碎片。此过滤可随后是超滤步骤以去除溶剂和小分子分析物而保留微泡。初次过滤中使用的滤器可为足以去除细胞和细胞碎片的任何尺寸，例如，大于0.22微米的任何尺寸。为了分离尿微泡，预处理的样品接着经受过滤浓缩步骤，其中利用具有截留分子量的滤器以保留和浓缩直径大于10 nm的微泡。例如，样品接着浓缩至小于1 mL，优选100-200 µL的体积。例如，截留分子量至少为100 kDa。
在一些实施方案中，用于预处理和处理尿样品的方法包括下列步骤。首先，使用0.8 µm滤器处理一部分尿样品，例如，至少20 mL。例如，当样品体积≤ 50 mL时，将至少20mL吸入附着在0.8 µm滤器上的注射器中，然后挤压入干净容器，例如，干净的50 mL管中。当样品尿体积≥ 50 mL，样品使用0.8 µm瓶式滤器单元过滤，并且在一些实施方案中，使用抽吸装置吸取样品通过瓶式滤器单元。然后，不管初始样品体积如何，干净容器中的过滤尿随后经受脉冲涡旋几秒钟，例如，1-2秒。然后存储过滤尿直至准准备好开始过滤浓缩。
一部分过滤的尿，例如，15 mL，然后使用过滤浓缩器(FC)处理。一旦将过滤的尿吸入FC室(即FC容器顶部的室)中，可以合适的浓度加入内部对照，例如，Qβ噬菌体内部对照(Attostar, Catalog #BAC200)。然后，例如，在吊桶式转头离心机中离心FC容器，并且在室温(例如，20-25 ℃)以4,500 x g离心5分钟。如果样品过滤不完全(在FC中剩余>500 μL保留物)，然后FC应该再次离心2-5分钟。显示最小过滤迹象(在FC中剩余>10 mL保留物)的样品应丢弃。
然后从离心机中移走样品，并丢弃滤液(即FC容器底部的液体)。然后用5 mL剩余的过滤尿和10 mL 1X PBS重悬保留物。例如，通过将FC容器倒转3-4次将样品混合均匀。然后，例如，在吊桶式转头离心机中离心FC容器，并且在室温(例如，20-25 ℃)以4,500 x g离心5分钟。然后从离心机中移走样品，并丢弃滤液。
在第一个洗涤步骤中，将保留物重悬在15 mL 1X PBS中。例如，通过将FC容器倒转3-4次将样品混合均匀。然后，例如，在吊桶式转头离心机中离心FC容器，并且在室温(例如，20-25 ℃)以4,500 x g离心5分钟。
在第二个洗涤步骤中，将保留物重悬在15 mL 1X PBS中。例如，通过将FC容器倒转3-4次将样品混合均匀。然后，例如，在吊桶式转头离心机中离心FC容器，并且在室温(例如，20-25 ℃)以4,500 x g离心7分钟。预期的保留体积为100-200 μL。如果样品体积大于250μL，然后将FC容器在RT下以4,500 x g另外离心5分钟。
分离和浓缩尿微泡之后，样品用RNA酶抑制剂预处理，然后提取核酸，以防止消化提取的RNA并提高提取的质量。任选地，样品可使用合适的缓冲液洗涤至少一次以进一步富集或纯化微泡部分。在一些实施方案中，样品使用合适的缓冲液洗涤两次以进一步富集或纯化微泡部分。通过包括裂解微泡、处理裂解物通过RNA-结合柱和从RNA-结合柱上洗脱RNA的方法在设计为获得高质量的RNA制备物的适当条件下从微泡中提取RNA。任选地，在预处理步骤中使用的滤器上裂解浓缩的微泡。这些高质量的RNA制备物为前列腺癌和其他前列腺病症提供基于尿的分子诊断。
在一些实施方案中，向FC容器的上室中加入4 µL RNA酶抑制剂。然后横向振动容器以确保RNA酶抑制剂悬浮良好。然后样品用RNA酶抑制剂室温(例如，15-25 ℃)孵育2-3分钟。然后以250 µl的体积向每个样品中加入RNA裂解缓冲液，例如，包含2% 1-硫代甘油的Promega RNA Lysis Buffer (Catalog #Z3051)。然后短暂涡旋样品，并在室温下孵育1分钟。
然后将移液器置于FC容器底部(注意不要接触或刮擦到容器或滤器的侧面)，并将150 µl溶液(即样品+RNA酶抑制剂)转移到2 mL无RNA酶的管中。重复这一步骤直到所有的样品移走并转移到2 mL无RNA酶的管中。分离的微泡部分然后可供核酸提取，例如，RNA提取。
然后向2 mL管中加入150 µl体积的异丙醇，并通过移液器混合溶液。将裂解物转移至提取柱，并将提取柱以13,000 x g离心30秒。然后将提取柱转移至新的收集管中，以13,000 x g离心30秒并重复从提取柱转移至新的收集管直到所有的裂解物已转移。然后向收集管中加入500 µl体积的来自Promega的RNA Wash Solution (RWA Buffer) (Catalog#Z309B-C)，并以13,000 x g将管离心30秒。然后将样品转移至新的收集管，向收集管中加入300 µl RWA Buffer，然后将收集管以13,000 x g离心2分钟。接着将样品转移至新的收集管，然后以13,000 x g离心收集管2分钟。接着将收集管的内含物转移到无RNA酶DNA酶的1.5 mL Eppendorf®管中。然后使用16 μl无核酸酶水，例如，Promega Nuclease-FreeWater (Catalog #P119E)洗脱管的内含物，并以13,000 x g离心1分钟。
从微泡部分中提取的RNA然后可在超低温冰箱中≤ -70 ℃保存。
本文所述方法可包括使用对照颗粒以测定或评估微泡分离和/或微泡核酸提取的品质。对照颗粒统一指在微泡分离或核酸提取过程期间某一时刻加入的微泡大小范围的颗粒，其中所述颗粒包含对照核酸，例如DNA或RNA。特别地，对照核酸包含至少一种用于在分离或提取过程期间测定对照颗粒回收的量的待测定或测量的靶基因。
优选地，对照颗粒为Q-β噬菌体，本文中称为“Q-β颗粒”。本文所述方法中使用的Q-β颗粒可为天然存在的病毒颗粒或可为其中病毒颗粒的至少一个组分(例如，基因组或外壳蛋白部分)通过本领域已知的重组DNA或分子生物学技术合成的重组或经工程改造的病毒。Q-β为光滑病毒科家族的成员，特征在于由编码四种病毒蛋白：外壳蛋白、成熟蛋白、裂解蛋白和RNA复制酶的3种基因组成的线性、单链RNA基因组。由于其与平均微泡大小相似，Q-β可使用用于分离微泡的同种纯化方法从生物样品中容易地纯化，如本文所描述的。此外，Q-β病毒单链基因结构的低复杂性有利于其在基于扩增的核酸测定中用作对照。Q-β颗粒包含用于定量样品中Q-β颗粒的量的待检测或测量的对照靶基因或对照靶序列。例如，对照靶基因为Q-β外壳蛋白基因。将Q-β颗粒加入尿样品或分离的尿-衍生微泡后，Q-β颗粒的核酸与来自微泡和/或尿样品的核酸使用本文所述提取方法一起提取。Q-β对照靶基因的检测可通过RT-PCR分析，例如，与目的生物标志物(即BIRC5、ERG和SPARCL1)同时测定。对照靶基因10倍稀释的至少2、3或4个已知浓度的标准曲线可用于测定拷贝数。可比较所检测到的拷贝数和所加入Q-β颗粒的量以测定分离和/或提取过程的品质。
在一些实施方案中，本公开内容的试剂盒和/或方法使用包括SEQ ID NO: 1的核酸序列的至少一部分例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸、至少250个核苷酸、至少300个核苷酸、至少350个核苷酸、至少400个核苷酸、至少450个核苷酸和/或至少500个核苷酸或更多的Q-β颗粒：
AAACGGTTCTTGTGACCCATCCGTTACTCGCCAGGCATATGCTGACGTGACCTTTTCGTTCACGCAGTATAGTACCGATGAGGAACGAGCTTTTGTTCGTACAGAGCTTGCTGCTCTGCTCGCTAGTCCTAGCGTCCTCAGTTAGATCCTTATCAGATTCTTGGACCAACAAGTAGCCGCCTTGCAAATCCAGGCAGTGGCCAGATCCAGCTTTGGCAGTTCCTCCTGGAGCTCCTGTCGGACAGCTCCCGGTCGGATGTGCTGCTGGAGCCCTTCCGCCGCGGTGTCATGGAGAAACTCCAGCTGGGCCCAGAGATTCTGCAGCGGGAAAACCTGTCCGTGACGTGGATTGGTGCTGCACCCCTCATCCTGTCTCGGATTGTGGGAGGCTGGGAGTGCGAGAAGCATTCCCAACCCTGGCAGGTGCTTGTGGCCTCTCGTGGCAGGGCAGTCTGCGGCGGTGTTCTGGTGCACCCCCAGTGGGTCCTCACAGCTGCCCACTGCATCAGGAACAAAAGCGTGATCTTGCTGGGTCGGCACAGC (SEQ ID NO: 1)
在一些实施方案中，Q-β颗粒在核酸提取之前加入尿样品中。例如，Q-β颗粒在超滤之前和/或预过滤步骤之后加入尿样品中。
在一些实施方案中，向尿样品中加入50、100、150、200、250、300、350、400、450、500、1,000或5,000拷贝的Q-β颗粒。在一些实施方案中，向尿样品中加入100拷贝的Q-β颗粒。Q-β颗粒的拷贝数可基于Q-β噬菌体感染靶细胞的能力来计算。因此，Q-β颗粒的拷贝数与Q-β噬菌体的集落形成单位有关。
本文所提供方法可用于，例如，由于升高的PSA、可疑的DRE或任何其他本领域公认的前列腺癌诊断技术而疑似具有前列腺癌的受试者。在一些实施方案中，本文所提供的方法可用于无任何先前诊断检验，例如，PSA检验、DRE或任何其他本领域公认的前列腺癌诊断技术的受试者。
本文所提供的方法证明了尿微泡中生物标志物与如通过前列腺活组织检查测定的前列腺癌的发现的关联。前列腺活组织检查为用于前列腺癌诊断的现行标准，但是与前列腺活组织检查相关的风险是显著的，特别是当考虑到在美国每年实施一百万次活组织检查。疼痛、出血、尿潴留和尿路感染并非不常见，并且还可出现严重威胁生命的感染。
本文所述的方法提供尿样品或尿微泡中癌症-相关转录物的RNA表达水平的非创伤性分析的方法。特别地，所述方法用于检测尿样品中至少PCA3和ERG的mRNA表达。ERGmRNA可包括一种或多种ERG同种型，包括ERG1、ERG2、ERG3、ERG4、ERG5、ERG6、ERG7、ERG8、ERG9、ERG前列腺癌特异性同种型1 (EPC1)和ERG前列腺癌特异性同种型2 (EPC2)。如本文所证明的，检测尿微泡中PCA3和ERG的表达水平在先前经受前列腺活组织检查的受试者(本文中称为活组织检查群或患者群)中作为前列腺癌和其他前列腺-相关病症的生物标志物提供极好的灵敏度和特异性。在一些实施方案中，组合检测2、3、4、5、6、7、8、9或10种或更多种生物标志物。
在一些实施方案中，本公开内容的试剂盒和/或方法用于检测具有下列核酸序列的至少一部分例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸和/或至少250个核苷酸或更多的ERG mRNA：
CAGTCGAAAGCTGCTCAACCATCTCCTTCCACAGTGCCCAAAACTGAAGACCAGCGTCCTCAGTTAGATCCTTATCAGATTCTTGGACCAACAAGTAGCCGCCTTGCAAATCCAGGCAGTGGCCAGATCCAGCTTTGGCAGTTCCTCCTGGAGCTCCTGTCGGACAGCTCCAACTCCAGCTGCATCACCTGGGAAGGCACCAACGGGGAGTTCAAGATGACGGATCCCGACGAGGTGGCCCGGCGCTGGGGAGAGCGGAAGAGCAAACCCAACATGAACTACGATAAGCTCAGCCGCGCC(SEQ ID NO: 2)
如本文所显示的，PCA3和ERG通过单变量分析来分析，并且表明每一基因单独(当归一化至参考基因例如KLK3)具有高诊断准确度(AUC值大于0.6)。本文所公开的分析显示当一起测定二者的归一化表达水平时，PCA3和ERG具有比单独测定时更大的诊断价值。
在一些实施方案中，本公开内容的试剂盒和/或方法用于检测具有以下核酸序列的至少一部分例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸、至少250个核苷酸、至少300个核苷酸、至少350个核苷酸、至少400个核苷酸和/或至少450个核苷酸或更多的PCA3 mRNA：
GGGAGACGAAUUGGGCCCUCUAGAUGCAUGCUCGAGCGGCCGCCAGUGUGAUGGAUAUCUGCAGAAUUCGCCCUUAUUGUCUCCUCAGUGACACAGGGCUGGAUCACCAUCGACGGCACUUUCUGAGUACUCAGUGCAGCAAAGAAAGACUACAGACAUCUCAAUGGCAGGGGUGAGAAAUAAGAAAGGCUGCUGACUUUACCAUCUGAGGCCACACAUCUGCUGAAAUGGAGAUAAUUAACAUCACUAGAAACAGCAAGAUGACAAUAUAAUGUCUAAGUAGUGACAUGUUUUUGCACAUUUCCAGCCCCUUUAAAUAUCCACACACACAGGAAGCACAAAAGGAAGCACAGAGAUCCCUGGGAGAAAUGCCCGGCCACCUGCGGCCGCAAGCUUGGAUCCGAAUUCCUGUGUGAAAUUGUUAUCCGCUCACAAUUCCACACAACAUACGAGCCGGAAGCAUAAAGUGUAAAGCCUGGGGUGCCUAAUGA (SEQ ID NO: 3)
在一些实施方案中，本公开内容的试剂盒和/或方法用于检测具有SEQ ID NO: 2的核酸序列的至少一部分，例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸和/或至少250个核苷酸或更多的ERG mRNA，以及具有SEQ ID NO: 3的核酸序列的至少一部分，例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸、至少250个核苷酸、至少300个核苷酸、至少350个核苷酸、至少400个核苷酸和/或至少450个核苷酸或更多的PCA3 mRNA。
在一些实施方案中，本公开内容的试剂盒和/或方法用于检测具有SEQ ID NO: 2的全长核酸序列的ERG mRNA和具有SEQ ID NO: 3的全长核酸序列的PCA3 mRNA。
额外的生物标志物组合可与PCA3和ERG一起使用，其中1、2、3、4、5、6、7、8、9或10或更多个额外的基因作为癌症，例如侵袭性癌症或前列腺癌的生物标志物可具有高诊断价值。这些额外基因的实例包括AMACR、BIRC5、HOXC6和SPARCL1。
在一些实施方案中，本公开内容的试剂盒和/或方法用于检测具有SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 37或SEQ ID NO: 38的核酸序列的至少一部分，例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸、至少250个核苷酸、至少300个核苷酸、至少350个核苷酸、至少400个核苷酸、至少450个核苷酸和/或至少500个核苷酸或更多的AMACR mRNA：
人AMACR，转录物变体1，mRNA (SEQ ID NO: 4)
GGGGCGTGGCGCCGGGGATTGGGAGGGCTTCTTGCAGGCTGCTGGGCTGGGGCTAAGGGCTGCTCAGTTTCCTTCAGCGGGGCACTGGGAAGCGCCATGGCACTGCAGGGCATCTCGGTCGTGGAGCTGTCCGGCCTGGCCCCGGGCCCGTTCTGTGCTATGGTCCTGGCTGACTTCGGGGCGCGTGTGGTACGCGTGGACCGGCCCGGCTCCCGCTACGACGTGAGCCGCTTGGGCCGGGGCAAGCGCTCGCTAGTGCTGGACCTGAAGCAGCCGCGGGGAGCCGCCGTGCTGCGGCGTCTGTGCAAGCGGTCGGATGTGCTGCTGGAGCCCTTCCGCCGCGGTGTCATGGAGAAACTCCAGCTGGGCCCAGAGATTCTGCAGCGGGAAAATCCAAGGCTTATTTATGCCAGGCTGAGTGGATTTGGCCAGTCAGGAAGCTTCTGCCGGTTAGCTGGCCACGATATCAACTATTTGGCTTTGTCAGGTGTTCTCTCAAAAATTGGCAGAAGTGGTGAGAATCCGTATGCCCCGCTGAATCTCCTGGCTGACTTTGCTGGTGGTGGCCTTATGTGTGCACTGGGCATTATAATGGCTCTTTTTGACCGCACACGCACTGGCAAGGGTCAGGTCATTGATGCAAATATGGTGGAAGGAACAGCATATTTAAGTTCTTTTCTGTGGAAAACTCAGAAATTGAGTCTGTGGGAAGCACCTCGAGGACAGAACATGTTGGATGGTGGAGCACCTTTCTATACGACTTACAGGACAGCAGATGGGGAATTCATGGCTGTTGGAGCAATAGAACCCCAGTTCTACGAGCTGCTGATCAAAGGACTTGGACTAAAGTCTGATGAACTTCCCAATCAGATGAGCATGGATGATTGGCCAGAAATGAAGAAGAAGTTTGCAGATGTATTTGCAGAGAAGACGAAGGCAGAGTGGTGTCAAATCTTTGACGGCACAGATGCCTGTGTGACTCCGGTTCTGACTTTTGAGGAGGTTGTTCATCATGATCACAACAAGGAACGGGGCTCGTTTATCACCAGTGAGGAGCAGGACGTGAGCCCCCGCCCTGCACCTCTGCTGTTAAACACCCCAGCCATCCCTTCTTTCAAAAGGGATCCTTTCATAGGAGAACACACTGAGGAGATACTTGAAGAATTTGGATTCAGCCGCGAAGAGATTTATCAGCTTAACTCAGATAAAATCATTGAAAGTAATAAGGTAAAAGCTAGTCTCTAACTTCCAGGCCCACGGCTCAAGTGAATTTGAATACTGCATTTACAGTGTAGAGTAACACATAACATTGTATGCATGGAAACATGGAGGAACAGTATTACAGTGTCCTACCACTCTAATCAAGAAAAGAATTACAGACTCTGATTCTACAGTGATGATTGAATTCTAAAAATGGTTATCATTAGGGCTTTTGATTTATAAAACTTTGGGTACTTATACTAAATTATGGTAGTTATTCTGCCTTCCAGTTTGCTTGATATATTTGTTGATATTAAGATTCTTGACTTATATTTTGAATGGGTTCTAGTGAAAAAGGAATGATATATTCTTGAAGACATCGATATACATTTATTTACACTCTTGATTCTACAATGTAGAAAATGAGGAAATGCCACAAATTGTATGGTGATAAAAGTCACGTGAAACAGAGTGATTGGTTGCATCCAGGCCTTTTGTCTTGGTGTTCATGATCTCCCTCTAAGCACATTCCAAACTTTAGCAACAGTTATCACACTTTGTAATTTGCAAAGAAAAGTTTCACCTGTATTGAATCAGAATGCCTTCAACTGAAAAAAACATATCCAAAATAATGAGGAAATGTGTTGGCTCACTACGTAGAGTCCAGAGGGACAGTCAGTTTTAGGGTTGCCTGTATCCAGTAACTCGGGGCCTGTTTCCCCGTGGGTCTCTGGGCTGTCAGCTTTCCTTTCTCCATGTGTTTGATTTCTCCTCAGGCTGGTAGCAAGTTCTGGATCTTATACCCAACACACAGCAACATCCAGAAATAAAGATCTCAGGACCCCCCAGCAAGTCGTTTTGTGTCTCCTTGGACTGAGTTAAGTTACAAGCCTTTCTTATACCTGTCTTTGACAAAGAAGACGGGATTGTCTTTACATAAAACCAGCCTGCTCCTGGAGCTTCCCTGGACTCAACTTCCTAAAGGCATGTGAGGAAGGGGTAGATTCCACAATCTAATCCGGGTGCCATCAGAGTAGAGGGAGTAGAGAATGGATGTTGGGTAGGCCATCAATAAGGTCCATTCTGCGCAGTATCTCAACTGCCGTTCAACAATCGCAAGAGGAAGGTGGAGCAGGTTTCTTCATCTTACAGTTGAGAAAACAGAGACTCAGAAGGGCTTCTTAGTTCATGTTTCCCTTAGCGCCTCAGTGATTTTTTCATGGTGGCTTAGGCCAAAAGAAATATCTAACCATTCAATTTATAAATAATTAGGTCCCCAACGAATTAAATATTATGTCCTACCAACTTATTAGCTGCTTGAAAAATATAATACACATAAATAAAAAAATATATTTTTCATTTCTATTTCATTGTTAATCACAACTACTTACTAAGGAGATGTATGCACCTATTGGACACTGTGCAACTTCTCACCTGGAATGAGATTGGACACTGCTGCCCTCATTTTCTGCTCCATGTTGGTGTCCATATAGTACTTGATTTTTTATCAGATGGCCTGGAAAACCCAGTCTCACAAAAATATGAAATTATCAGAAGGATTATAGTGCAATCTTATGTTGAAAGAATGAACTACCTCACTAGTAGTTCACGTGATGTCTGACAGATGTTGAGTTTCATTGTGTTTGTGTGTTCAAATTTTTAAATATTCTGAGATACTCTTGTGAGGTCACTCTAATGCCCTGGGTGCCTTGGCACAGTTTTAGAAATACCAGTTGAAAATATTTGCTCAGGAATATGCAACTAGGAAGGGGCAGAATCAGAATTTAAGCTTTCATATTCTAGCCTTCAGTCTTGTTCTTCAACCATTTTTAGGAACTTTCCCATAAGGTTATGTTTTCCAGCCCAGGCATGGAGGATCACTTGAGGCCAAGAGTTCGAGACCAGCCTGGGGAACTTGGCTGGACCTCCGTTTCTACGAAATAAAAATAAAAAAATTATCCAGGTATGGTGGTGTGTGCCTGTAGTCCTATCTACTCAAGGGTGGGGCAGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAATTTGAGGCCACAGTGAATTAGGATTGCACCACTGCACTCTAGCCCAGGCAACAGAACAAGAACCTGTCTCTAAATAAATAAATAAAAATAATAATAATAAAAAAGATGTTTTCCCTACAA (SEQ ID NO: 4)
人AMACR，转录物变体1，mRNA (SEQ ID NO: 37)
GGGGCGTGGCGCCGGGGATTGGGAGGGCTTCTTGCAGGCTGCTGGGCTGGGGCTAAGGGCTGCTCAGTTTCCTTCAGCGGGGCACTGGGAAGCGCCATGGCACTGCAGGGCATCTCGGTCGTGGAGCTGTCCGGCCTGGCCCCGGGCCCGTTCTGTGCTATGGTCCTGGCTGACTTCGGGGCGCGTGTGGTACGCGTGGACCGGCCCGGCTCCCGCTACGACGTGAGCCGCTTGGGCCGGGGCAAGCGCTCGCTAGTGCTGGACCTGAAGCAGCCGCGGGGAGCCGCCGTGCTGCGGCGTCTGTGCAAGCGGTCGGATGTGCTGCTGGAGCCCTTCCGCCGCGGTGTCATGGAGAAACTCCAGCTGGGCCCAGAGATTCTGCAGCGGGAAAATCCAAGGCTTATTTATGCCAGGCTGAGTGGATTTGGCCAGTCAGGAAGCTTCTGCCGGTTAGCTGGCCACGATATCAACTATTTGGCTTTGTCAGGTGGAAGGAACAGCATATTTAAGTTCTTTTCTGTGGAAAACTCAGAAATTGAGTCTGTGGGAAGCACCTCGAGGACAGAACATGTTGGATGGTGGAGCACCTTTCTATACGACTTACAGGACAGCAGATGGGGAATTCATGGCTGTTGGAGCAATAGAACCCCAGTTCTACGAGCTGCTGATCAAAGGACTTGGACTAAAGTCTGATGAACTTCCCAATCAGATGAGCATGGATGATTGGCCAGAAATGAAGAAGAAGTTTGCAGATGTATTTGCAGAGAAGACGAAGGCAGAGTGGTGTCAAATCTTTGACGGCACAGATGCCTGTGTGACTCCGGTTCTGACTTTTGAGGAGGTTGTTCATCATGATCACAACAAGGAACGGGGCTCGTTTATCACCAGTGAGGAGCAGGACGTGAGCCCCCGCCCTGCACCTCTGCTGTTAAACACCCCAGCCATCCCTTCTTTCAAAAGGGATCCTTTCATAGGAGAACACACTGAGGAGATACTTGAAGAATTTGGATTCAGCCGCGAAGAGATTTATCAGCTTAACTCAGATAAAATCATTGAAAGTAATAAGGTAAAAGCTAGTCTCTAACTTCCAGGCCCACGGCTCAAGTGAATTTGAATACTGCATTTACAGTGTAGAGTAACACATAACATTGTATGCATGGAAACATGGAGGAACAGTATTACAGTGTCCTACCACTCTAATCAAGAAAAGAATTACAGACTCTGATTCTACAGTGATGATTGAATTCTAAAAATGGTTATCATTAGGGCTTTTGATTTATAAAACTTTGGGTACTTATACTAAATTATGGTAGTTATTCTGCCTTCCAGTTTGCTTGATATATTTGTTGATATTAAGATTCTTGACTTATATTTTGAATGGGTTCTAGTGAAAAAGGAATGATATATTCTTGAAGACATCGATATACATTTATTTACACTCTTGATTCTACAATGTAGAAAATGAGGAAATGCCACAAATTGTATGGTGATAAAAGTCACGTGAAACAGAGTGATTGGTTGCATCCAGGCCTTTTGTCTTGGTGTTCATGATCTCCCTCTAAGCACATTCCAAACTTTAGCAACAGTTATCACACTTTGTAATTTGCAAAGAAAAGTTTCACCTGTATTGAATCAGAATGCCTTCAACTGAAAAAAACATATCCAAAATAATGAGGAAATGTGTTGGCTCACTACGTAGAGTCCAGAGGGACAGTCAGTTTTAGGGTTGCCTGTATCCAGTAACTCGGGGCCTGTTTCCCCGTGGGTCTCTGGGCTGTCAGCTTTCCTTTCTCCATGTGTTTGATTTCTCCTCAGGCTGGTAGCAAGTTCTGGATCTTATACCCAACACACAGCAACATCCAGAAATAAAGATCTCAGGACCCCCCAGCAAGTCGTTTTGTGTCTCCTTGGACTGAGTTAAGTTACAAGCCTTTCTTATACCTGTCTTTGACAAAGAAGACGGGATTGTCTTTACATAAAACCAGCCTGCTCCTGGAGCTTCCCTGGACTCAACTTCCTAAAGGCATGTGAGGAAGGGGTAGATTCCACAATCTAATCCGGGTGCCATCAGAGTAGAGGGAGTAGAGAATGGATGTTGGGTAGGCCATCAATAAGGTCCATTCTGCGCAGTATCTCAACTGCCGTTCAACAATCGCAAGAGGAAGGTGGAGCAGGTTTCTTCATCTTACAGTTGAGAAAACAGAGACTCAGAAGGGCTTCTTAGTTCATGTTTCCCTTAGCGCCTCAGTGATTTTTTCATGGTGGCTTAGGCCAAAAGAAATATCTAACCATTCAATTTATAAATAATTAGGTCCCCAACGAATTAAATATTATGTCCTACCAACTTATTAGCTGCTTGAAAAATATAATACACATAAATAAAAAAATATATTTTTCATTTCTATTTCATTGTTAATCACAACTACTTACTAAGGAGATGTATGCACCTATTGGACACTGTGCAACTTCTCACCTGGAATGAGATTGGACACTGCTGCCCTCATTTTCTGCTCCATGTTGGTGTCCATATAGTACTTGATTTTTTATCAGATGGCCTGGAAAACCCAGTCTCACAAAAATATGAAATTATCAGAAGGATTATAGTGCAATCTTATGTTGAAAGAATGAACTACCTCACTAGTAGTTCACGTGATGTCTGACAGATGTTGAGTTTCATTGTGTTTGTGTGTTCAAATTTTTAAATATTCTGAGATACTCTTGTGAGGTCACTCTAATGCCCTGGGTGCCTTGGCACAGTTTTAGAAATACCAGTTGAAAATATTTGCTCAGGAATATGCAACTAGGAAGGGGCAGAATCAGAATTTAAGCTTTCATATTCTAGCCTTCAGTCTTGTTCTTCAACCATTTTTAGGAACTTTCCCATAAGGTTATGTTTTCCAGCCCAGGCATGGAGGATCACTTGAGGCCAAGAGTTCGAGACCAGCCTGGGGAACTTGGCTGGACCTCCGTTTCTACGAAATAAAAATAAAAAAATTATCCAGGTATGGTGGTGTGTGCCTGTAGTCCTATCTACTCAAGGGTGGGGCAGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAATTTGAGGCCACAGTGAATTAGGATTGCACCACTGCACTCTAGCCCAGGCAACAGAACAAGAACCTGTCTCTAAATAAATAAATAAAAATAATAATAATAAAAAAGATGTTTTCCCTACAA (SEQ ID NO: 37)
人AMACR，转录物变体1，mRNA (SEQ ID NO: 38)
GGGGCGTGGCGCCGGGGATTGGGAGGGCTTCTTGCAGGCTGCTGGGCTGGGGCTAAGGGCTGCTCAGTTTCCTTCAGCGGGGCACTGGGAAGCGCCATGGCACTGCAGGGCATCTCGGTCGTGGAGCTGTCCGGCCTGGCCCCGGGCCCGTTCTGTGCTATGGTCCTGGCTGACTTCGGGGCGCGTGTGGTACGCGTGGACCGGCCCGGCTCCCGCTACGACGTGAGCCGCTTGGGCCGGGGCAAGCGCTCGCTAGTGCTGGACCTGAAGCAGCCGCGGGGAGCCGCCGTGCTGCGGCGTCTGTGCAAGCGGTCGGATGTGCTGCTGGAGCCCTTCCGCCGCGGTGTCATGGAGAAACTCCAGCTGGGCCCAGAGATTCTGCAGCGGGAAAATCCAAGGCTTATTTATGCCAGGCTGAGTGGATTTGGCCAGTCAGGAAGCTTCTGCCGGTTAGCTGGCCACGATATCAACTATTTGGCTTTGTCAGGTGTTCTCTCAAAAATTGGCAGAAGTGGTGAGAATCCGTATGCCCCGCTGAATCTCCTGGCTGACTTTGCTGGTGGTGGCCTTATGTGTGCACTGGGCATTATAATGGCTCTTTTTGACCGCACACGCACTGGCAAGGGTCAGGTCATTGATGCAAATATGGTGGAAGGAACAGCATATTTAAGTTCTTTTCTGTGGAAAACTCAGAAATTGAGTCTGTGGGAAGCACCTCGAGGACAGAACATGTTGGATGGTGGAGCACCTTTCTATACGACTTACAGGACAGCAGATGGGGAATTCATGGCTGTTGGAGCAATAGAACCCCAGTTCTACGAGCTGCTGATCAAAGGACTTGGACTAAAGTCTGATGAACTTCCCAATCAGATGAGCATGGATGATTGGCCAGAAATGAAGAAGAAGTTTGCAGATGTATTTGCAGAGAAGACGAAGGCAGAGTGGTGTCAAATCTTTGACGGCACAGATGCCTGTGTGACTCCGGTTCTGACTTTTGAGGAGGTTGTTCATCATGATCACAACAAGGAACGGGGCTCGTTTATCACCAGTGAGGAGCAGGACGTGAGCCCCCGCCCTGCACCTCTGCTGTTAAACACCCCAGCCATCCCTTCTTTCAAAAGGGATCCTTTCATAGGAGAACACACTGAGGAGATACTTGAAGAATTTGGATTCAGCCGCGAAGAGATTTATCAGCTTAACTCAGATAAAATCATTGAAAGTAATAAGGCTGGTAGCAAGTTCTGGATCTTATACCCAACACACAGCAACATCCAGAAATAAAGATCTCAGGACCCCCCAGCAAGTCGTTTTGTGTCTCCTTGGACTGAGTTAAGTTACAAGCCTTTCTTATACCTGTCTTTGACAAAGAAGACGGGATTGTCTTTACATAAAACCAGCCTGCTCCTGGAGCTTCCCTGGACTCAACTTCCTAAAGGCATGTGAGGAAGGGGTAGATTCCACAATCTAATCCGGGTGCCATCAGAGTAGAGGGAGTAGAGAATGGATGTTGGGTAGGCCATCAATAAGGTCCATTCTGCGCAGTATCTCAACTGCCGTTCAACAATCGCAAGAGGAAGGTGGAGCAGGTTTCTTCATCTTACAGTTGAGAAAACAGAGACTCAGAAGGGCTTCTTAGTTCATGTTTCCCTTAGCGCCTCAGTGATTTTTTCATGGTGGCTTAGGCCAAAAGAAATATCTAACCATTCAATTTATAAATAATTAGGTCCCCAACGAATTAAATATTATGTCCTACCAACTTATTAGCTGCTTGAAAAATATAATACACATAAATAAAAAAATATATTTTTCATTTCTATTTCATTGTTAATCACAACTACTTACTAAGGAGATGTATGCACCTATTGGACACTGTGCAACTTCTCACCTGGAATGAGATTGGACACTGCTGCCCTCATTTTCTGCTCCATGTTGGTGTCCATATAGTACTTGATTTTTTATCAGATGGCCTGGAAAACCCAGTCTCACAAAAATATGAAATTATCAGAAGGATTATAGTGCAATCTTATGTTGAAAGAATGAACTACCTCACTAGTAGTTCACGTGATGTCTGACAGATGTTGAGTTTCATTGTGTTTGTGTGTTCAAATTTTTAAATATTCTGAGATACTCTTGTGAGGTCACTCTAATGCCCTGGGTGCCTTGGCACAGTTTTAGAAATACCAGTTGAAAATATTTGCTCAGGAATATGCAACTAGGAAGGGGCAGAATCAGAATTTAAGCTTTCATATTCTAGCCTTCAGTCTTGTTCTTCAACCATTTTTAGGAACTTTCCCATAAGGTTATGTTTTCCAGCCCAGGCATGGAGGATCACTTGAGGCCAAGAGTTCGAGACCAGCCTGGGGAACTTGGCTGGACCTCCGTTTCTACGAAATAAAAATAAAAAAATTATCCAGGTATGGTGGTGTGTGCCTGTAGTCCTATCTACTCAAGGGTGGGGCAGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAATTTGAGGCCACAGTGAATTAGGATTGCACCACTGCACTCTAGCCCAGGCAACAGAACAAGAACCTGTCTCTAAATAAATAAATAAAAATAATAATAATAAAAAAGATGTTTTCCCTACAA (SEQ IDNO: 38)
在一些实施方案中，本公开内容的试剂盒和/或方法用于检测具有SEQ ID NO: 5、SEQID NO: 39或SEQ ID NO: 40的核酸序列的至少一部分，例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸、至少250个核苷酸、至少300个核苷酸、至少350个核苷酸、至少400个核苷酸、至少450个核苷酸和/或至少500个核苷酸或更多的BIRC5 mRNA：
人BIRC5，转录物变体1，mRNA (SEQ ID NO: 5)
CCCAGAAGGCCGCGGGGGGTGGACCGCCTAAGAGGGCGTGCGCTCCCGACATGCCCCGCGGCGCGCCATTAACCGCCAGATTTGAATCGCGGGACCCGTTGGCAGAGGTGGCGGCGGCGGCATGGGTGCCCCGACGTTGCCCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGCCGGAGCTGCCTGGTCCCAGAGTGGCTGCACCACTTCCAGGGTTTATTCCCTGGTGCCACCAGCCTTCCTGTGGGCCCCTTAGCAATGTCTTAGGAAAGGAGATCAACATTTTCAAATTAGATGTTTCAACTGTGCTCTTGTTTTGTCTTGAAAGTGGCACCAGAGGTGCTTCTGCCTGTGCAGCGGGTGCTGCTGGTAACAGTGGCTGCTTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTGGGGGCTCATTTTTGCTGTTTTGATTCCCGGGCTTACCAGGTGAGAAGTGAGGGAGGAAGAAGGCAGTGTCCCTTTTGCTAGAGCTGACAGCTTTGTTCGCGTGGGCAGAGCCTTCCACAGTGAATGTGTCTGGACCTCATGTTGTTGAGGCTGTCACAGTCCTGAGTGTGGACTTGGCAGGTGCCTGTTGAATCTGAGCTGCAGGTTCCTTATCTGTCACACCTGTGCCTCCTCAGAGGACAGTTTTTTTGTTGTTGTGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTGGTAGATGCATGACTTGTGTGTGATGAGAGAATGGAGACAGAGTCCCTGGCTCCTCTACTGTTTAACAACATGGCTTTCTTATTTTGTTTGAATTGTTAATTCACAGAATAGCACAAACTACAATTAAAACTAAGCACAAAGCCATTCTAAGTCATTGGGGAAACGGGGTGAACTTCAGGTGGATGAGGAGACAGAATAGAGTGATAGGAAGCGTCTGGCAGATACTCCTTTTGCCACTGCTGTGTGATTAGACAGGCCCAGTGAGCCGCGGGGCACATGCTGGCCGCTCCTCCCTCAGAAAAAGGCAGTGGCCTAAATCCTTTTTAAATGACTTGGCTCGATGCTGTGGGGGACTGGCTGGGCTGCTGCAGGCCGTGTGTCTGTCAGCCCAACCTTCACATCTGTCACGTTCTCCACACGGGGGAGAGACGCAGTCCGCCCAGGTCCCCGCTTTCTTTGGAGGCAGCAGCTCCCGCAGGGCTGAAGTCTGGCGTAAGATGATGGATTTGATTCGCCCTCCTCCCTGTCATAGAGCTGCAGGGTGGATTGTTACAGCTTCGCTGGAAACCTCTGGAGGTCATCTCGGCTGTTCCTGAGAAATAAAAAGCCTGTCATTTCAAACACTGCTGTGGACCCTACTGGGTTTTTAAAATATTGTCAGTTTTTCATCGTCGTCCCTAGCCTGCCAACAGCCATCTGCCCAGACAGCCGCAGTGAGGATGAGCGTCCTGGCAGAGACGCAGTTGTCTCTGGGCGCTTGCCAGAGCCACGAACCCCAGACCTGTTTGTATCATCCGGGCTCCTTCCGGGCAGAAACAACTGAAAATGCACTTCAGACCCACTTATTTCTGCCACATCTGAGTCGGCCTGAGATAGACTTTTCCCTCTAAACTGGGAGAATATCACAGTGGTTTTTGTTAGCAGAAAATGCACTCCAGCCTCTGTACTCATCTAAGCTGCTTATTTTTGATATTTGTGTCAGTCTGTAAATGGATACTTCACTTTAATAACTGTTGCTTAGTAATTGGCTTTGTAGAGAAGCTGGAAAAAAATGGTTTTGTCTTCAACTCCTTTGCATGCCAGGCGGTGATGTGGATCTCGGCTTCTGTGAGCCTGTGCTGTGGGCAGGGCTGAGCTGGAGCCGCCCCTCTCAGCCCGCCTGCCACGGCCTTTCCTTAAAGGCCATCCTTAAAACCAGACCCTCATGGCTACCAGCACCTGAAAGCTTCCTCGACATCTGTTAATAAAGCCGTAGGCCCTTGTCTAAGTGCAACCGCCTAGACTTTCTTTCAGATACATGTCCACATGTCCATTTTTCAGGTTCTCTAAGTTGGAGTGGAGTCTGGGAAGGGTTGTGAATGAGGCTTCTGGGCTATGGGTGAGGTTCCAATGGCAGGTTAGAGCCCCTCGGGCCAACTGCCATCCTGGAAAGTAGAGACAGCAGTGCCCGCTGCCCAGAAGAGACCAGCAAGCCAAACTGGAGCCCCCATTGCAGGCTGTCGCCATGTGGAAAGAGTAACTCACAATTGCCAATAAAGTCTCATGTGGTTTTATCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA (SEQ ID NO: 5)
人BIRC5，转录物变体2，mRNA (SEQ ID NO: 39)
CCCAGAAGGCCGCGGGGGGTGGACCGCCTAAGAGGGCGTGCGCTCCCGACATGCCCCGCGGCGCGCCATTAACCGCCAGATTTGAATCGCGGGACCCGTTGGCAGAGGTGGCGGCGGCGGCATGGGTGCCCCGACGTTGCCCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGCCGGAGCTGCCTGGTCCCAGAGTGGCTGCACCACTTCCAGGGTTTATTCCCTGGTGCCACCAGCCTTCCTGTGGGCCCCTTAGCAATGTCTTAGGAAAGGAGATCAACATTTTCAAATTAGATGTTTCAACTGTGCTCTTGTTTTGTCTTGAAAGTGGCACCAGAGGTGCTTCTGCCTGTGCAGCGGGTGCTGCTGGTAACAGTGGCTGCTTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTGGGGGCTCATTTTTGCTGTTTTGATTCCCGGGCTTACCAGGTGAGAAGTGAGGGAGGAAGAAGGCAGTGTCCCTTTTGCTAGAGCTGACAGCTTTGTTCGCGTGGGCAGAGCCTTCCACAGTGAATGTGTCTGGACCTCATGTTGTTGAGGCTGTCACAGTCCTGAGTGTGGACTTGGCAGGTGCCTGTTGAATCTGAGCTGCAGGTTCCTTATCTGTCACACCTGTGCCTCCTCAGAGGACAGTTTTTTTGTTGTTGTGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTGGTAGATGCATGACTTGTGTGTGATGAGAGAATGGAGACAGAGTCCCTGGCTCCTCTACTGTTTAACAACATGGCTTTCTTATTTTGTTTGAATTGTTAATTCACAGAATAGCACAAACTACAATTAAAACTAAGCACAAAGCCATTCTAAGTCATTGGGGAAACGGGGTGAACTTCAGGTGGATGAGGAGACAGAATAGAGTGATAGGAAGCGTCTGGCAGATACTCCTTTTGCCACTGCTGTGTGATTAGACAGGCCCAGTGAGCCGCGGGGCACATGCTGGCCGCTCCTCCCTCAGAAAAAGGCAGTGGCCTAAATCCTTTTTAAATGACTTGGCTCGATGCTGTGGGGGACTGGCTGGGCTGCTGCAGGCCGTGTGTCTGTCAGCCCAACCTTCACATCTGTCACGTTCTCCACACGGGGGAGAGACGCAGTCCGCCCAGGTCCCCGCTTTCTTTGGAGGCAGCAGCTCCCGCAGGGCTGAAGTCTGGCGTAAGATGATGGATTTGATTCGCCCTCCTCCCTGTCATAGAGCTGCAGGGTGGATTGTTACAGCTTCGCTGGAAACCTCTGGAGGTCATCTCGGCTGTTCCTGAGAAATAAAAAGCCTGTCATTTCAAACACTGCTGTGGACCCTACTGGGTTTTTAAAATATTGTCAGTTTTTCATCGTCGTCCCTAGCCTGCCAACAGCCATCTGCCCAGACAGCCGCAGTGAGGATGAGCGTCCTGGCAGAGACGCAGTTGTCTCTGGGCGCTTGCCAGAGCCACGAACCCCAGACCTGTTTGTATCATCCGGGCTCCTTCCGGGCAGAAACAACTGAAAATGCACTTCAGACCCACTTATTTCTGCCACATCTGAGTCGGCCTGAGATAGACTTTTCCCTCTAAACTGGGAGAATATCACAGTGGTTTTTGTTAGCAGAAAATGCACTCCAGCCTCTGTACTCATCTAAGCTGCTTATTTTTGATATTTGTGTCAGTCTGTAAATGGATACTTCACTTTAATAACTGTTGCTTAGTAATTGGCTTTGTAGAGAAGCTGGAAAAAAATGGTTTTGTCTTCAACTCCTTTGCATGCCAGGCGGTGATGTGGATCTCGGCTTCTGTGAGCCTGTGCTGTGGGCAGGGCTGAGCTGGAGCCGCCCCTCTCAGCCCGCCTGCCACGGCCTTTCCTTAAAGGCCATCCTTAAAACCAGACCCTCATGGCTACCAGCACCTGAAAGCTTCCTCGACATCTGTTAATAAAGCCGTAGGCCCTTGTCTAAGTGCAACCGCCTAGACTTTCTTTCAGATACATGTCCACATGTCCATTTTTCAGGTTCTCTAAGTTGGAGTGGAGTCTGGGAAGGGTTGTGAATGAGGCTTCTGGGCTATGGGTGAGGTTCCAATGGCAGGTTAGAGCCCCTCGGGCCAACTGCCATCCTGGAAAGTAGAGACAGCAGTGCCCGCTGCCCAGAAGAGACCAGCAAGCCAAACTGGAGCCCCCATTGCAGGCTGTCGCCATGTGGAAAGAGTAACTCACAATTGCCAATAAAGTCTCATGTGGTTTTATCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA(SEQ ID NO: 39)
人BIRC5，转录物变体3，mRNA (SEQ ID NO: 40)
CCCAGAAGGCCGCGGGGGGTGGACCGCCTAAGAGGGCGTGCGCTCCCGACATGCCCCGCGGCGCGCCATTAACCGCCAGATTTGAATCGCGGGACCCGTTGGCAGAGGTGGCGGCGGCGGCATGGGTGCCCCGACGTTGCCCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATTGGGCCGGGCACGGTGGCTTACGCCTGTAATACCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGCCGGAGCTGCCTGGTCCCAGAGTGGCTGCACCACTTCCAGGGTTTATTCCCTGGTGCCACCAGCCTTCCTGTGGGCCCCTTAGCAATGTCTTAGGAAAGGAGATCAACATTTTCAAATTAGATGTTTCAACTGTGCTCTTGTTTTGTCTTGAAAGTGGCACCAGAGGTGCTTCTGCCTGTGCAGCGGGTGCTGCTGGTAACAGTGGCTGCTTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTGGGGGCTCATTTTTGCTGTTTTGATTCCCGGGCTTACCAGGTGAGAAGTGAGGGAGGAAGAAGGCAGTGTCCCTTTTGCTAGAGCTGACAGCTTTGTTCGCGTGGGCAGAGCCTTCCACAGTGAATGTGTCTGGACCTCATGTTGTTGAGGCTGTCACAGTCCTGAGTGTGGACTTGGCAGGTGCCTGTTGAATCTGAGCTGCAGGTTCCTTATCTGTCACACCTGTGCCTCCTCAGAGGACAGTTTTTTTGTTGTTGTGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTGGTAGATGCATGACTTGTGTGTGATGAGAGAATGGAGACAGAGTCCCTGGCTCCTCTACTGTTTAACAACATGGCTTTCTTATTTTGTTTGAATTGTTAATTCACAGAATAGCACAAACTACAATTAAAACTAAGCACAAAGCCATTCTAAGTCATTGGGGAAACGGGGTGAACTTCAGGTGGATGAGGAGACAGAATAGAGTGATAGGAAGCGTCTGGCAGATACTCCTTTTGCCACTGCTGTGTGATTAGACAGGCCCAGTGAGCCGCGGGGCACATGCTGGCCGCTCCTCCCTCAGAAAAAGGCAGTGGCCTAAATCCTTTTTAAATGACTTGGCTCGATGCTGTGGGGGACTGGCTGGGCTGCTGCAGGCCGTGTGTCTGTCAGCCCAACCTTCACATCTGTCACGTTCTCCACACGGGGGAGAGACGCAGTCCGCCCAGGTCCCCGCTTTCTTTGGAGGCAGCAGCTCCCGCAGGGCTGAAGTCTGGCGTAAGATGATGGATTTGATTCGCCCTCCTCCCTGTCATAGAGCTGCAGGGTGGATTGTTACAGCTTCGCTGGAAACCTCTGGAGGTCATCTCGGCTGTTCCTGAGAAATAAAAAGCCTGTCATTTCAAACACTGCTGTGGACCCTACTGGGTTTTTAAAATATTGTCAGTTTTTCATCGTCGTCCCTAGCCTGCCAACAGCCATCTGCCCAGACAGCCGCAGTGAGGATGAGCGTCCTGGCAGAGACGCAGTTGTCTCTGGGCGCTTGCCAGAGCCACGAACCCCAGACCTGTTTGTATCATCCGGGCTCCTTCCGGGCAGAAACAACTGAAAATGCACTTCAGACCCACTTATTTCTGCCACATCTGAGTCGGCCTGAGATAGACTTTTCCCTCTAAACTGGGAGAATATCACAGTGGTTTTTGTTAGCAGAAAATGCACTCCAGCCTCTGTACTCATCTAAGCTGCTTATTTTTGATATTTGTGTCAGTCTGTAAATGGATACTTCACTTTAATAACTGTTGCTTAGTAATTGGCTTTGTAGAGAAGCTGGAAAAAAATGGTTTTGTCTTCAACTCCTTTGCATGCCAGGCGGTGATGTGGATCTCGGCTTCTGTGAGCCTGTGCTGTGGGCAGGGCTGAGCTGGAGCCGCCCCTCTCAGCCCGCCTGCCACGGCCTTTCCTTAAAGGCCATCCTTAAAACCAGACCCTCATGGCTACCAGCACCTGAAAGCTTCCTCGACATCTGTTAATAAAGCCGTAGGCCCTTGTCTAAGTGCAACCGCCTAGACTTTCTTTCAGATACATGTCCACATGTCCATTTTTCAGGTTCTCTAAGTTGGAGTGGAGTCTGGGAAGGGTTGTGAATGAGGCTTCTGGGCTATGGGTGAGGTTCCAATGGCAGGTTAGAGCCCCTCGGGCCAACTGCCATCCTGGAAAGTAGAGACAGCAGTGCCCGCTGCCCAGAAGAGACCAGCAAGCCAAACTGGAGCCCCCATTGCAGGCTGTCGCCATGTGGAAAGAGTAACTCACAATTGCCAATAAAGTCTCATGTGGTTTTATCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA (SEQ ID NO: 40)
在一些实施方案中，本公开内容的试剂盒和/或方法用于检测具有SEQ ID NO: 6或SEQID NO: 41的核酸序列的至少一部分，例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸、至少250个核苷酸、至少300个核苷酸、至少350个核苷酸、至少400个核苷酸、至少450个核苷酸和/或至少500个核苷酸或更多的HOXC6 mRNA：
人HOXC6，转录物变体1，mRNA (SEQ ID NO: 6)
1TTTTGTCTGTCCTGGATTGGAGCCGTCCCTATAACCATCTAGTTCCGAGTACAAACTGGAGACAGAAATAAATATTAAAGAAATCATAGACCGACCAGGTAAAGGCAAAGGGATGAATTCCTACTTCACTAACCCTTCCTTATCCTGCCACCTCGCCGGGGGCCAGGACGTCCTCCCCAACGTCGCCCTCAATTCCACCGCCTATGATCCAGTGAGGCATTTCTCGACCTATGGAGCGGCCGTTGCCCAGAACCGGATCTACTCGACTCCCTTTTATTCGCCACAGGAGAATGTCGTGTTCAGTTCCAGCCGGGGGCCGTATGACTATGGATCTAATTCCTTTTACCAGGAGAAAGACATGCTCTCAAACTGCAGACAAAACACCTTAGGACATAACACACAGACCTCAATCGCTCAGGATTTTAGTTCTGAGCAGGGCAGGACTGCGCCCCAGGACCAGAAAGCCAGTATCCAGATTTACCCCTGGATGCAGCGAATGAATTCGCACAGTGGGGTCGGCTACGGAGCGGACCGGAGGCGCGGCCGCCAGATCTACTCGCGGTACCAGACCCTGGAACTGGAGAAGGAATTTCACTTCAATCGCTACCTAACGCGGCGCCGGCGCATCGAGATCGCCAACGCGCTTTGCCTGACCGAGCGACAGATCAAAATCTGGTTCCAGAACCGCCGGATGAAGTGGAAAAAAGAATCTAATCTCACATCCACTCTCTCGGGGGGCGGCGGAGGGGCCACCGCCGACAGCCTGGGCGGAAAAGAGGAAAAGCGGGAAGAGACAGAAGAGGAGAAGCAGAAAGAGTGACCAGGACTGTCCCTGCCACCCCTCTCTCCCTTTCTCCCTCGCTCCCCACCAACTCTCCCCTAATCACACACTCTGTATTTATCACTGGCACAATTGATGTGTTTTGATTCCCTAAAACAAAATTAGGGAGTCAAACGTGGACCTGAAAGTCAGCTCTGGACCCCCTCCCTCACCGCACAACTCTCTTTCACCACGCGCCTCCTCCTCCTCGCTCCCTTGCTAGCTCGTTCTCGGCTTGTCTACAGGCCCTTTTCCCCGTCCAGGCCTTGGGGGCTCGGACCCTGAACTCAGACTCTACAGATTGCCCTCCAAGTGAGGACTTGGCTCCCCCACTCCTTCGACGCCCCCACCCCCGCCCCCCGTGCAGAGAGCCGGCTCCTGGGCCTGCTGGGGCCTCTGCTCCAGGGCCTCAGGGCCCGGCCTGGCAGCCGGGGAGGGCCGGAGGCCCAAGGAGGGCGCGCCTTGGCCCCACACCAACCCCCAGGGCCTCCCCGCAGTCCCTGCCTAGCCCCTCTGCCCCAGCAAATGCCCAGCCCAGGCAAATTGTATTTAAAGAATCCTGGGGGTCATTATGGCATTTTACAAACTGTGACCGTTTCTGTGTGAAGATTTTTAGCTGTATTTGTGGTCTCTGTATTTATATTTATGTTTAGCACCGTCAGTGTTCCTATCCAATTTCAAAAAAGGAAAAAAAAGAGGGAAAATTACAAAAAGAGAGAAAAAAAGTGAATGACGTTTGTTTAGCCAGTAGGAGAAAATAAATAAATAAATAAATCCCTTCGTGTTACCCTCCTGTATAAATCCAACCTCTGGGTCCGTTCTCGAATATTTAATAAAACTGATATTATTTTTAAAACTTTA (SEQ IDNO: 6)
人HOXC6，转录物变体2，mRNA (SEQ ID NO: 41)
AACTTTTTATTGTGGTTTGTCCGTTCCGAGCGCTCCGCAGAACAGTCCTCCCTGTAAGAGCCTAACCATTGCCAGGGAAACCTGCCCTGGGCGCTCCCTTCATTAGCAGTATTTTTTTTAAATTAATCTGATTAATAATTATTTTTCCCCCATTTAATTTTTTTTCCTCCCAGGTGGAGTTGCCGAAGCTGGGGGCAGCTGGGGAGGGTGGGGATGGGAGGGGAGAGACAGAAGTTGAGGGCATCTCTCTCTTCCTTCCCGACCCTCTGGCCCCCAAGGGGCAGGAGGAATGCAGGAGCAGGAGTTGAGCTTGGGAGCTGCAGATGCCTCCGCCCCTCCTCTCTCCCAGGCTCTTCCTCCTGCCCCCTTCTTGCAACTCTCCTTAATTTTGTTTGGCTTTTGGATGATTATAATTATTTTTATTTTTGAATTTATATAAAGTATATGTGTGTGTGTGTGGAGCTGAGACAGGCTCGGCAGCGGCACAGAATGAGGGAAGACGAGAAAGAGAGTGGGAGAGAGAGAGGCAGAGAGGGAGAGAGGGAGAGTGACAGCAGCGCTCGGACGTCCTCCCCAACGTCGCCCTCAATTCCACCGCCTATGATCCAGTGAGGCATTTCTCGACCTATGGAGCGGCCGTTGCCCAGAACCGGATCTACTCGACTCCCTTTTATTCGCCACAGGAGAATGTCGTGTTCAGTTCCAGCCGGGGGCCGTATGACTATGGATCTAATTCCTTTTACCAGGAGAAAGACATGCTCTCAAACTGCAGACAAAACACCTTAGGACATAACACACAGACCTCAATCGCTCAGGATTTTAGTTCTGAGCAGGGCAGGACTGCGCCCCAGGACCAGAAAGCCAGTATCCAGATTTACCCCTGGATGCAGCGAATGAATTCGCACAGTGGGGTCGGCTACGGAGCGGACCGGAGGCGCGGCCGCCAGATCTACTCGCGGTACCAGACCCTGGAACTGGAGAAGGAATTTCACTTCAATCGCTACCTAACGCGGCGCCGGCGCATCGAGATCGCCAACGCGCTTTGCCTGACCGAGCGACAGATCAAAATCTGGTTCCAGAACCGCCGGATGAAGTGGAAAAAAGAATCTAATCTCACATCCACTCTCTCGGGGGGCGGCGGAGGGGCCACCGCCGACAGCCTGGGCGGAAAAGAGGAAAAGCGGGAAGAGACAGAAGAGGAGAAGCAGAAAGAGTGACCAGGACTGTCCCTGCCACCCCTCTCTCCCTTTCTCCCTCGCTCCCCACCAACTCTCCCCTAATCACACACTCTGTATTTATCACTGGCACAATTGATGTGTTTTGATTCCCTAAAACAAAATTAGGGAGTCAAACGTGGACCTGAAAGTCAGCTCTGGACCCCCTCCCTCACCGCACAACTCTCTTTCACCACGCGCCTCCTCCTCCTCGCTCCCTTGCTAGCTCGTTCTCGGCTTGTCTACAGGCCCTTTTCCCCGTCCAGGCCTTGGGGGCTCGGACCCTGAACTCAGACTCTACAGATTGCCCTCCAAGTGAGGACTTGGCTCCCCCACTCCTTCGACGCCCCCACCCCCGCCCCCCGTGCAGAGAGCCGGCTCCTGGGCCTGCTGGGGCCTCTGCTCCAGGGCCTCAGGGCCCGGCCTGGCAGCCGGGGAGGGCCGGAGGCCCAAGGAGGGCGCGCCTTGGCCCCACACCAACCCCCAGGGCCTCCCCGCAGTCCCTGCCTAGCCCCTCTGCCCCAGCAAATGCCCAGCCCAGGCAAATTGTATTTAAAGAATCCTGGGGGTCATTATGGCATTTTACAAACTGTGACCGTTTCTGTGTGAAGATTTTTAGCTGTATTTGTGGTCTCTGTATTTATATTTATGTTTAGCACCGTCAGTGTTCCTATCCAATTTCAAAAAAGGAAAAAAAAGAGGGAAAATTACAAAAAGAGAGAAAAAAAGTGAATGACGTTTGTTTAGCCAGTAGGAGAAAATAAATAAATAAATAAATCCCTTCGTGTTACCCTCCTGTATAAATCCAACCTCTGGGTCCGTTCTCGAATATTTAATAAAACTGATATTATTTTTAAAACTTTAAAA (SEQ ID NO: 41)
在一些实施方案中，本公开内容的试剂盒和/或方法用于检测具有SEQ ID NO: 7、SEQID NO: 42、SEQ ID NO: 43或SEQ ID NO: 44的核酸序列的至少一部分，例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸、至少250个核苷酸、至少300个核苷酸、至少350个核苷酸、至少400个核苷酸、至少450个核苷酸和/或至少500个核苷酸或更多的SPARCL1mRNA：
人SPARCL1，转录物变体1，mRNA (SEQ ID NO: 7)
AAAAATGCATAAAGAGCCAAGTGCTTATATTCTGGCCAAGTTATGAGGCTCTGAGAACAAGAGCTTGAGGGGAAGACTGTTAACCCCATCCACGCCACCAGAATTAGCTCTTTCCCTTTTGGTTTGCAAGCACTGCCTGTAAAGCCCTCGCATGAGAGGCCAGCCTGCTAGGGAAATCCAGGAATCTGCAACAAAAACGATGACAGTCTGAAATACTCTCTGGTGCCAACCTCCAAATTCTCGTCTGTCACTTCAGACCCCCACTAGTTGACAGAGCAGCAGAATTTCAACTCCAGTAGACTTGAATATGCCTCTGGGCAAAGAAGCAGAGCTAACGAGGAAAGGGATTTAAAGAGTTTTTCTTGGGTGTTTGTCAAACTTTTATTCCCTGTCTGTGTGCAGAGGGGATTCAACTTCAATTTTTCTGCAGTGGCTCTGGGTCCAGCCCCTTACTTAAAGGCCATAAGATGTTTTATTGAAAGAAACTTTCAATATCAAGTAATCCAACCAACCTTCTAAGATAAGCCTTTTCCTTCAACACAAAGAAGTGCATTTTGCCAAATCTGGAAAGCATGAAGACTGGGCTTTTTTTCCTATGTCTCTTGGGAACTGCAGCTGCAATCCCGACAAATGCAAGATTATTATCTGATCATTCCAAACCAACTGCTGAAACGGTAGCACCTGACAACACTGCAATCCCCAGTTTAAGGGCTGAAGCTGAAGAAAATGAAAAAGAAACAGCAGTATCCACAGAAGACGATTCCCACCATAAGGCTGAAAAATCATCAGTACTAAAGTCAAAAGAGGAAAGCCATGAACAGTCAGCAGAACAGGGCAAGAGTTCTAGCCAAGAGCTGGGATTGAAGGATCAAGAGGACAGTGATGGTCACTTAAGTGTGAATTTGGAGTATGCACCAACTGAAGGTACATTGGACATAAAAGAAGATATGAGTGAGCCTCAGGAGAAAAAACTCTCAGAGAACACTGATTTTTTGGCTCCTGGTGTTAGTTCCTTCACAGATTCTAACCAACAAGAAAGTATCACAAAGAGAGAGGAAAACCAAGAACAACCTAGAAATTATTCACATCATCAGTTGAACAGGAGCAGTAAACATAGCCAAGGCCTAAGGGATCAAGGAAACCAAGAGCAGGATCCAAATATTTCCAATGGAGAAGAGGAAGAAGAAAAAGAGCCAGGTGAAGTTGGTACCCACAATGATAACCAAGAAAGAAAGACAGAATTGCCCAGGGAGCATGCTAACAGCAAGCAGGAGGAAGACAATACCCAATCTGATGATATTTTGGAAGAGTCTGATCAACCAACTCAAGTAAGCAAGATGCAGGAGGATGAATTTGATCAGGGTAACCAAGAACAAGAAGATAACTCCAATGCAGAAATGGAAGAGGAAAATGCATCGAACGTCAATAAGCACATTCAAGAAACTGAATGGCAGAGTCAAGAGGGTAAAACTGGCCTAGAAGCTATCAGCAACCACAAAGAGACAGAAGAAAAGACTGTTTCTGAGGCTCTGCTCATGGAACCTACTGATGATGGTAATACCACGCCCAGAAATCATGGAGTTGATGATGATGGCGATGATGATGGCGATGATGGCGGCACTGATGGCCCCAGGCACAGTGCAAGTGATGACTACTTCATCCCAAGCCAGGCCTTTCTGGAGGCCGAGAGAGCTCAATCCATTGCCTATCACCTCAAAATTGAGGAGCAAAGAGAAAAAGTACATGAAAATGAAAATATAGGTACCACTGAGCCTGGAGAGCACCAAGAGGCCAAGAAAGCAGAGAACTCATCAAATGAGGAGGAAACGTCAAGTGAAGGCAACATGAGGGTGCATGCTGTGGATTCTTGCATGAGCTTCCAGTGTAAAAGAGGCCACATCTGTAAGGCAGACCAACAGGGAAAACCTCACTGTGTCTGCCAGGATCCAGTGACTTGTCCTCCAACAAAACCCCTTGATCAAGTTTGTGGCACTGACAATCAGACCTATGCTAGTTCCTGTCATCTATTCGCTACTAAATGCAGACTGGAGGGGACCAAAAAGGGGCATCAACTCCAGCTGGATTATTTTGGAGCCTGCAAATCTATTCCTACTTGTACGGACTTTGAAGTGATTCAGTTTCCTCTACGGATGAGAGACTGGCTCAAGAATATCCTCATGCAGCTTTATGAAGCCAACTCTGAACACGCTGGTTATCTAAATGAGAAGCAGAGAAATAAAGTCAAGAAAATTTACCTGGATGAAAAGAGGCTTTTGGCTGGGGACCATCCCATTGATCTTCTCTTAAGGGACTTTAAGAAAAACTACCACATGTATGTGTATCCTGTGCACTGGCAGTTTAGTGAACTTGACCAACACCCTATGGATAGAGTCTTGACACATTCTGAACTTGCTCCTCTGCGAGCATCTCTGGTGCCCATGGAACACTGCATAACCCGTTTCTTTGAGGAGTGTGACCCCAACAAGGATAAGCACATCACCCTGAAGGAGTGGGGCCACTGCTTTGGAATTAAAGAAGAGGACATAGATGAAAATCTCTTGTTTTGAACGAAGATTTTAAAGAACTCAACTTTCCAGCATCCTCCTCTGTTCTAACCACTTCAGAAATATATGCAGCTGTGATACTTGTAGATTTATATTTAGCAAAATGTTAGCATGTATGACAAGACAATGAGAGTAATTGCTTGACAACAACCTATGCACCAGGTATTTAACATTAACTTTGGAAACAAAAATGTACAATTAAGTAAAGTCAACATATGCAAAATACTGTACATTGTGAACAGAAGTTTAATTCATAGTAATTTCACTCTCTGCATTGACTTATGAGATAATTAATGATTAAACTATTAATGATAAAAATAATGCATTTGTATTGTTCATAATATCATGTGCACTTCAAGAAAATGGAATGCTACTCTTTTGTGGTTTACGTGTATTATTTTCAATATCTTAATACCCTAATAAAGAGTCCATAAAAATCCAAATGCTT (SEQ ID NO: 7)
人SPARCL1，转录物变体2，mRNA (SEQ ID NO: 42)
AAAAATGCATAAAGAGCCAAGTGCTTATATTCTGGCCAAGTTATGAGGCTCTGAGAACAAGAGCTTGAGGGGAAGACTGTTAACCCCATCCACGCCACCAGAATTAGCTCTTTCCCTTTTGGTTTGCAAGCACTGCCTGTAAAGCCCTCGCATGAGAGGCCAGCCTGCTAGGGAAATCCAGGAATCTGCAACAAAAACGATGACAGTCTGAAATACTCTCTGGTGCCAACCTCCAAATTCTCGTCTGTCACTTCAGACCCCCACTAGTTGACAGAGCAGCAGAATTTCAACTCCAGTAGACTTGAATATGCCTCTGGGCAAAGAAGCAGAGCTAACGAGGAAAGGGATTTAAAGAGTTTTTCTTGGGTGTTTGTCAAACTTTTATTCCCTGTCTGTGTGCAGAGGGGATTCAACTTCAATTTTTCTGCAGTGGCTCTGGGTCCAGCCCCTTACTTAAAGATCTGGAAAGCATGAAGACTGGGCTTTTTTTCCTATGTCTCTTGGGAACTGCAGCTGCAATCCCGACAAATGCAAGATTATTATCTGATCATTCCAAACCAACTGCTGAAACGGTAGCACCTGACAACACTGCAATCCCCAGTTTAAGGGCTGAAGCTGAAGAAAATGAAAAAGAAACAGCAGTATCCACAGAAGACGATTCCCACCATAAGGCTGAAAAATCATCAGTACTAAAGTCAAAAGAGGAAAGCCATGAACAGTCAGCAGAACAGGGCAAGAGTTCTAGCCAAGAGCTGGGATTGAAGGATCAAGAGGACAGTGATGGTCACTTAAGTGTGAATTTGGAGTATGCACCAACTGAAGGTACATTGGACATAAAAGAAGATATGAGTGAGCCTCAGGAGAAAAAACTCTCAGAGAACACTGATTTTTTGGCTCCTGGTGTTAGTTCCTTCACAGATTCTAACCAACAAGAAAGTATCACAAAGAGAGAGGAAAACCAAGAACAACCTAGAAATTATTCACATCATCAGTTGAACAGGAGCAGTAAACATAGCCAAGGCCTAAGGGATCAAGGAAACCAAGAGCAGGATCCAAATATTTCCAATGGAGAAGAGGAAGAAGAAAAAGAGCCAGGTGAAGTTGGTACCCACAATGATAACCAAGAAAGAAAGACAGAATTGCCCAGGGAGCATGCTAACAGCAAGCAGGAGGAAGACAATACCCAATCTGATGATATTTTGGAAGAGTCTGATCAACCAACTCAAGTAAGCAAGATGCAGGAGGATGAATTTGATCAGGGTAACCAAGAACAAGAAGATAACTCCAATGCAGAAATGGAAGAGGAAAATGCATCGAACGTCAATAAGCACATTCAAGAAACTGAATGGCAGAGTCAAGAGGGTAAAACTGGCCTAGAAGCTATCAGCAACCACAAAGAGACAGAAGAAAAGACTGTTTCTGAGGCTCTGCTCATGGAACCTACTGATGATGGTAATACCACGCCCAGAAATCATGGAGTTGATGATGATGGCGATGATGATGGCGATGATGGCGGCACTGATGGCCCCAGGCACAGTGCAAGTGATGACTACTTCATCCCAAGCCAGGCCTTTCTGGAGGCCGAGAGAGCTCAATCCATTGCCTATCACCTCAAAATTGAGGAGCAAAGAGAAAAAGTACATGAAAATGAAAATATAGGTACCACTGAGCCTGGAGAGCACCAAGAGGCCAAGAAAGCAGAGAACTCATCAAATGAGGAGGAAACGTCAAGTGAAGGCAACATGAGGGTGCATGCTGTGGATTCTTGCATGAGCTTCCAGTGTAAAAGAGGCCACATCTGTAAGGCAGACCAACAGGGAAAACCTCACTGTGTCTGCCAGGATCCAGTGACTTGTCCTCCAACAAAACCCCTTGATCAAGTTTGTGGCACTGACAATCAGACCTATGCTAGTTCCTGTCATCTATTCGCTACTAAATGCAGACTGGAGGGGACCAAAAAGGGGCATCAACTCCAGCTGGATTATTTTGGAGCCTGCAAATCTATTCCTACTTGTACGGACTTTGAAGTGATTCAGTTTCCTCTACGGATGAGAGACTGGCTCAAGAATATCCTCATGCAGCTTTATGAAGCCAACTCTGAACACGCTGGTTATCTAAATGAGAAGCAGAGAAATAAAGTCAAGAAAATTTACCTGGATGAAAAGAGGCTTTTGGCTGGGGACCATCCCATTGATCTTCTCTTAAGGGACTTTAAGAAAAACTACCACATGTATGTGTATCCTGTGCACTGGCAGTTTAGTGAACTTGACCAACACCCTATGGATAGAGTCTTGACACATTCTGAACTTGCTCCTCTGCGAGCATCTCTGGTGCCCATGGAACACTGCATAACCCGTTTCTTTGAGGAGTGTGACCCCAACAAGGATAAGCACATCACCCTGAAGGAGTGGGGCCACTGCTTTGGAATTAAAGAAGAGGACATAGATGAAAATCTCTTGTTTTGAACGAAGATTTTAAAGAACTCAACTTTCCAGCATCCTCCTCTGTTCTAACCACTTCAGAAATATATGCAGCTGTGATACTTGTAGATTTATATTTAGCAAAATGTTAGCATGTATGACAAGACAATGAGAGTAATTGCTTGACAACAACCTATGCACCAGGTATTTAACATTAACTTTGGAAACAAAAATGTACAATTAAGTAAAGTCAACATATGCAAAATACTGTACATTGTGAACAGAAGTTTAATTCATAGTAATTTCACTCTCTGCATTGACTTATGAGATAATTAATGATTAAACTATTAATGATAAAAATAATGCATTTGTATTGTTCATAATATCATGTGCACTTCAAGAAAATGGAATGCTACTCTTTTGTGGTTTACGTGTATTATTTTCAATATCTTAATACCCTAATAAAGAGTCCATAAAAATCCAAATGCTT (SEQ ID NO:42)
人SPARCL1，转录物变体3，mRNA (SEQ ID NO: 43)
AAAAATGCATAAAGAGCCAAGTGCTTATATTCTGGCCAAGTTATGAGGCTCTGAGAACAAGAGCTTGAGGGGAAGACTGTTAACCCCATCCACGCCACCAGAATTAGCTCTTTCCCTTTTGGTTTGCAAGCACTGCCTGTAAAGCCCTCGCATGAGAGGCCAGCCTGCTAGGGAAATCCAGGAATCTGCAACAAAAACGATGACAGTCTGAAATACTCTCTGGTGCCAACCTCCAAATTCTCGTCTGTCACTTCAGACCCCCACTAGTTGACAGAGCAGCAGAATTTCAACTCCAGTAGACTTGAATATGCCTCTGGGCAAAGAAGCAGAGCTAACGAGGAAAGGGATTTAAAGAGTTTTTCTTGGGTGTTTGTCAAACTTTTATTCCCTGTCTGTGTGCAGAGGGGATTCAACTTCAATTTTTCTGCAGTGGCTCTGGGTCCAGCCCCTTACTTAAAGATCTGGAAAGCATGAAGACTGGGCTTTTTTTCCTATGTCTCTTGGGAACTGCAGCTGCAATCCCGGTGAAAAGGAGATAAGAAGCAAAGGAGCAAACCAAACCTAATATGAATCCTGTACTTTGGCCAGAAGCCGTGGCTCACATCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGACAAATGCAAGATTATTATCTGATCATTCCAAACCAACTGCTGAAACGGTAGCACCTGACAACACTGCAATCCCCAGTTTAAGGGCTGAAGCTGAAGAAAATGAAAAAGAAACAGCAGTATCCACAGAAGACGATTCCCACCATAAGGCTGAAAAATCATCAGTACTAAAGTCAAAAGAGGAAAGCCATGAACAGTCAGCAGAACAGGGCAAGAGTTCTAGCCAAGAGCTGGGATTGAAGGATCAAGAGGACAGTGATGGTCACTTAAGTGTGAATTTGGAGTATGCACCAACTGAAGGTACATTGGACATAAAAGAAGATATGAGTGAGCCTCAGGAGAAAAAACTCTCAGAGAACACTGATTTTTTGGCTCCTGGTGTTAGTTCCTTCACAGATTCTAACCAACAAGAAAGTATCACAAAGAGAGAGGAAAACCAAGAACAACCTAGAAATTATTCACATCATCAGTTGAACAGGAGCAGTAAACATAGCCAAGGCCTAAGGGATCAAGGAAACCAAGAGCAGGATCCAAATATTTCCAATGGAGAAGAGGAAGAAGAAAAAGAGCCAGGTGAAGTTGGTACCCACAATGATAACCAAGAAAGAAAGACAGAATTGCCCAGGGAGCATGCTAACAGCAAGCAGGAGGAAGACAATACCCAATCTGATGATATTTTGGAAGAGTCTGATCAACCAACTCAAGTAAGCAAGATGCAGGAGGATGAATTTGATCAGGGTAACCAAGAACAAGAAGATAACTCCAATGCAGAAATGGAAGAGGAAAATGCATCGAACGTCAATAAGCACATTCAAGAAACTGAATGGCAGAGTCAAGAGGGTAAAACTGGCCTAGAAGCTATCAGCAACCACAAAGAGACAGAAGAAAAGACTGTTTCTGAGGCTCTGCTCATGGAACCTACTGATGATGGTAATACCACGCCCAGAAATCATGGAGTTGATGATGATGGCGATGATGATGGCGATGATGGCGGCACTGATGGCCCCAGGCACAGTGCAAGTGATGACTACTTCATCCCAAGCCAGGCCTTTCTGGAGGCCGAGAGAGCTCAATCCATTGCCTATCACCTCAAAATTGAGGAGCAAAGAGAAAAAGTACATGAAAATGAAAATATAGGTACCACTGAGCCTGGAGAGCACCAAGAGGCCAAGAAAGCAGAGAACTCATCAAATGAGGAGGAAACGTCAAGTGAAGGCAACATGAGGGTGCATGCTGTGGATTCTTGCATGAGCTTCCAGTGTAAAAGAGGCCACATCTGTAAGGCAGACCAACAGGGAAAACCTCACTGTGTCTGCCAGGATCCAGTGACTTGTCCTCCAACAAAACCCCTTGATCAAGTTTGTGGCACTGACAATCAGACCTATGCTAGTTCCTGTCATCTATTCGCTACTAAATGCAGACTGGAGGGGACCAAAAAGGGGCATCAACTCCAGCTGGATTATTTTGGAGCCTGCAAATCTATTCCTACTTGTACGGACTTTGAAGTGATTCAGTTTCCTCTACGGATGAGAGACTGGCTCAAGAATATCCTCATGCAGCTTTATGAAGCCAACTCTGAACACGCTGGTTATCTAAATGAGAAGCAGAGAAATAAAGTCAAGAAAATTTACCTGGATGAAAAGAGGCTTTTGGCTGGGGACCATCCCATTGATCTTCTCTTAAGGGACTTTAAGAAAAACTACCACATGTATGTGTATCCTGTGCACTGGCAGTTTAGTGAACTTGACCAACACCCTATGGATAGAGTCTTGACACATTCTGAACTTGCTCCTCTGCGAGCATCTCTGGTGCCCATGGAACACTGCATAACCCGTTTCTTTGAGGAGTGTGACCCCAACAAGGATAAGCACATCACCCTGAAGGAGTGGGGCCACTGCTTTGGAATTAAAGAAGAGGACATAGATGAAAATCTCTTGTTTTGAACGAAGATTTTAAAGAACTCAACTTTCCAGCATCCTCCTCTGTTCTAACCACTTCAGAAATATATGCAGCTGTGATACTTGTAGATTTATATTTAGCAAAATGTTAGCATGTATGACAAGACAATGAGAGTAATTGCTTGACAACAACCTATGCACCAGGTATTTAACATTAACTTTGGAAACAAAAATGTACAATTAAGTAAAGTCAACATATGCAAAATACTGTACATTGTGAACAGAAGTTTAATTCATAGTAATTTCACTCTCTGCATTGACTTATGAGATAATTAATGATTAAACTATTAATGATAAAAATAATGCATTTGTATTGTTCATAATATCATGTGCACTTCAAGAAAATGGAATGCTACTCTTTTGTGGTTTACGTGTATTATTTTCAATATCTTAATACCCTAATAAAGAGTCCATAAAAATCCAAATGCTT (SEQ ID NO: 43)
人SPARCL1，转录物变体4，mRNA (SEQ ID NO: 44)
AAAAATGCATAAAGAGCCAAGTGCTTATATTCTGGCCAAGTTATGAGGCTCTGAGAACAAGAGCTTGAGGGGAAGACTGTTAACCCCATCCACGCCACCAGAATTAGCTCTTTCCCTTTTGGTTTGCAAGCACTGCCTGTAAAGCCCTCGCATGAGAGGCCAGCCTGCTAGGGAAATCCAGGAATCTGCAACAAAAACGATGACAGTCTGAAATACTCTCTGGTGCCAACCTCCAAATTCTCGTCTGTCACTTCAGACCCCCACTAGTTGACAGAGCAGCAGAATTTCAACTCCAGTAGACTTGAATATGCCTCTGGGCAAAGAAGCAGAGCTAACGAGGAAAGGGATTTAAAGAGTTTTTCTTGGGTGTTTGTCAAACTTTTATTCCCTGTCTGTGTGCAGAGGGGATTCAACTTCAATTTTTCTGCAGTGGCTCTGGGTCCAGCCCCTTACTTAAAGATCTGGAAAGCCATGAACAGTCAGCAGAACAGGGCAAGAGTTCTAGCCAAGAGCTGGGATTGAAGGATCAAGAGGACAGTGATGGTCACTTAAGTGTGAATTTGGAGTATGCACCAACTGAAGGTACATTGGACATAAAAGAAGATATGAGTGAGCCTCAGGAGAAAAAACTCTCAGAGAACACTGATTTTTTGGCTCCTGGTGTTAGTTCCTTCACAGATTCTAACCAACAAGAAAGTATCACAAAGAGAGAGGAAAACCAAGAACAACCTAGAAATTATTCACATCATCAGTTGAACAGGAGCAGTAAACATAGCCAAGGCCTAAGGGATCAAGGAAACCAAGAGCAGGATCCAAATATTTCCAATGGAGAAGAGGAAGAAGAAAAAGAGCCAGGTGAAGTTGGTACCCACAATGATAACCAAGAAAGAAAGACAGAATTGCCCAGGGAGCATGCTAACAGCAAGCAGGAGGAAGACAATACCCAATCTGATGATATTTTGGAAGAGTCTGATCAACCAACTCAAGTAAGCAAGATGCAGGAGGATGAATTTGATCAGGGTAACCAAGAACAAGAAGATAACTCCAATGCAGAAATGGAAGAGGAAAATGCATCGAACGTCAATAAGCACATTCAAGAAACTGAATGGCAGAGTCAAGAGGGTAAAACTGGCCTAGAAGCTATCAGCAACCACAAAGAGACAGAAGAAAAGACTGTTTCTGAGGCTCTGCTCATGGAACCTACTGATGATGGTAATACCACGCCCAGAAATCATGGAGTTGATGATGATGGCGATGATGATGGCGATGATGGCGGCACTGATGGCCCCAGGCACAGTGCAAGTGATGACTACTTCATCCCAAGCCAGGCCTTTCTGGAGGCCGAGAGAGCTCAATCCATTGCCTATCACCTCAAAATTGAGGAGCAAAGAGAAAAAGTACATGAAAATGAAAATATAGGTACCACTGAGCCTGGAGAGCACCAAGAGGCCAAGAAAGCAGAGAACTCATCAAATGAGGAGGAAACGTCAAGTGAAGGCAACATGAGGGTGCATGCTGTGGATTCTTGCATGAGCTTCCAGTGTAAAAGAGGCCACATCTGTAAGGCAGACCAACAGGGAAAACCTCACTGTGTCTGCCAGGATCCAGTGACTTGTCCTCCAACAAAACCCCTTGATCAAGTTTGTGGCACTGACAATCAGACCTATGCTAGTTCCTGTCATCTATTCGCTACTAAATGCAGACTGGAGGGGACCAAAAAGGGGCATCAACTCCAGCTGGATTATTTTGGAGCCTGCAAATCTATTCCTACTTGTACGGACTTTGAAGTGATTCAGTTTCCTCTACGGATGAGAGACTGGCTCAAGAATATCCTCATGCAGCTTTATGAAGCCAACTCTGAACACGCTGGTTATCTAAATGAGAAGCAGAGAAATAAAGTCAAGAAAATTTACCTGGATGAAAAGAGGCTTTTGGCTGGGGACCATCCCATTGATCTTCTCTTAAGGGACTTTAAGAAAAACTACCACATGTATGTGTATCCTGTGCACTGGCAGTTTAGTGAACTTGACCAACACCCTATGGATAGAGTCTTGACACATTCTGAACTTGCTCCTCTGCGAGCATCTCTGGTGCCCATGGAACACTGCATAACCCGTTTCTTTGAGGAGTGTGACCCCAACAAGGATAAGCACATCACCCTGAAGGAGTGGGGCCACTGCTTTGGAATTAAAGAAGAGGACATAGATGAAAATCTCTTGTTTTGAACGAAGATTTTAAAGAACTCAACTTTCCAGCATCCTCCTCTGTTCTAACCACTTCAGAAATATATGCAGCTGTGATACTTGTAGATTTATATTTAGCAAAATGTTAGCATGTATGACAAGACAATGAGAGTAATTGCTTGACAACAACCTATGCACCAGGTATTTAACATTAACTTTGGAAACAAAAATGTACAATTAAGTAAAGTCAACATATGCAAAATACTGTACATTGTGAACAGAAGTTTAATTCATAGTAATTTCACTCTCTGCATTGACTTATGAGATAATTAATGATTAAACTATTAATGATAAAAATAATGCATTTGTATTGTTCATAATATCATGTGCACTTCAAGAAAATGGAATGCTACTCTTTTGTGGTTTACGTGTATTATTTTCAATATCTTAATACCCTAATAAAGAGTCCATAAAAATCCAAATGCTT (SEQ ID NO: 44)
在一些实施方案中，本公开内容的试剂盒和/或方法用于检测(i)具有SEQ ID NO: 2的核酸序列的至少一部分，例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸和/或至少250个核苷酸或更多的ERG mRNA，(ii) 具有SEQ ID NO: 3的核酸序列的至少一部分，例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸、至少250个核苷酸、至少300个核苷酸、至少350个核苷酸、至少400个核苷酸和/或至少450个核苷酸或更多的PCA3 mRNA，和(iii) 至少一种选自以下的其他mRNA的至少一部分：(1)具有SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO:37或SEQ ID NO: 38的核酸序列的至少一部分例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸、至少250个核苷酸、至少300个核苷酸、至少350个核苷酸、至少400个核苷酸、至少450个核苷酸和/或至少500个核苷酸或更多的AMACR mRNA；(2)具有SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 39或SEQ ID NO: 40的核酸序列的至少一部分，例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸、至少250个核苷酸、至少300个核苷酸、至少350个核苷酸、至少400个核苷酸、至少450个核苷酸和/或至少500个核苷酸或更多的BIRC5 mRNA；(3)具有SEQID NO: 6或SEQ ID NO: 41的核酸序列的至少一部分，例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸、至少250个核苷酸、至少300个核苷酸、至少350个核苷酸、至少400个核苷酸、至少450个核苷酸和/或至少500个核苷酸或更多的HOXC6 mRNA；和(4)具有SEQID NO: 7、SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 43或SEQ ID NO: 44的核酸序列的至少一部分，例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸、至少250个核苷酸、至少300个核苷酸、至少350个核苷酸、至少400个核苷酸、至少450个核苷酸和/或至少500个核苷酸或更多的SPARCL1。
在一些实施方案中，本公开内容的试剂盒和/或方法用于检测具有SEQ ID NO: 2的全长核酸序列的ERG mRNA、具有SEQ ID NO: 3的全长核酸序列的PCA3 mRNA和至少一种选自以下的其他mRNA：具有SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 37或SEQ ID NO: 38的全长核酸序列的AMACR mRNA、具有SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 39或SEQ ID NO: 40的全长核酸序列的BIRC5 mRNA、具有SEQ ID NO: 6或SEQ ID NO: 41的全长核酸序列的HOXC6 mRNA和具有SEQID NO: 7、SEQ ID NO: 42、SEQ ID NO: 43或SEQ ID NO: 44的全长核酸序列的SPARCL1mRNA。
mRNA表达水平使用各种本领域公认的技术中的任一种检测。例如，尿微泡中每个生物标志物的Ct (循环阈值)值通过RT-qPCR分析测定。在实时PCR测定中，阳性反应通过荧光信号的累积检测。Ct值定义为荧光信号越过阈值(即，超过背景水平)所需要的循环数目。Ct水平与样品中靶核酸的量成反比(即，Ct水平越低，样品中靶核酸的量越大)。
在一些实施方案中，计算所检测基因(即，PCA3和ERG)的拷贝数。拷贝数也可使用从尿微泡中提取的一种或多种核酸的RT-qPCR分析定量。使用本领域已知的方法，例如通过使用校准曲线，技术人员可容易地测定拷贝数。
为了生成校准曲线，在同一板上分析已知拷贝数的与检测基因同一的合成RNA序列的cDNA的稀释系列，如同分析那些相同基因的样品。通过比较样品的Ct值与校准曲线的Ct值，可测定所分析样品中序列的精确拷贝数。通过关联样品Ct值与相同板上的校准曲线，该方法“归一化”由于移液器不精确性的变化、测定组分表现(例如，酶、探针、引物、dNTP等)、qPCR热循环仪仪器性能(例如，滤波器、温度，等)和其他可能发生的板间变化引起的测定性能差异。
在本文所提供的方法中，其表达水平用于计算相对表达水平的那些基因统一称为“参考基因”。用于确定尿样品对微泡-衍生RNA的充分性的参考基因为通常存在于尿微泡中的基因，例如管家基因或前列腺特异性基因。这些参考基因的表达水平用于将所检测信号的量归一化以控制样品之间所分离微泡的量的变异性。例如，在本文所提供的方法中，用于归一化PCA3和ERG表达的参考基因可为KLK3、编码前列腺特异性抗原的基因(PSA)或SPDEF。参考基因可为前列腺特异性基因。在一些实施方案中，参考基因可为非组织特异性管家基因，例如GAPDH。在本文所提供的方法中，相对表达分析或归一化通过从对于PCA3和ERG所获得的Ct值减去前列腺特异性标志基因(例如，KLK3)的Ct值完成，所得的结果称为∆Ct。拷贝数通过拟合下式的曲线
Ct = b + a*log10(校准_拷贝数)
至板上的稀释系列上已知的校准点以得到“校准曲线”而计算。然后通过式：
样品_拷贝数= 10^((Ct_样品 – b)/a)
计算样品的拷贝数。
拷贝数计算对于每个标志基因(例如PCA3和/或ERG)以及对于参考基因(例如KLK3或SPDEF)独立进行。然后通过将基因标志拷贝数除以参考基因拷贝数(例如ERG/SPDEF、ERG/KLK3、PCA3/SPDEF和ERG/SPDEF)实现标志基因(例如PCA3和/或ERG)的所得信号的“归一化”。
在一些实施方案中，本公开内容的试剂盒和/或方法使用包含具有下列核酸序列的至少一部分，例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸和/或至少250个核苷酸或更多的KLK3 mRNA的参考基因：
TTGTCTTCCTCACCCTGTCCGTGACGTGGATTGGTGCTGCACCCCTCATCCTGTCTCGGATTGTGGGAGGCTGGGAGTGCGAGAAGCATTCCCAACCCTGGCAGGTGCTTGTGGCCTCTCGTGGCAGGGCAGTCTGCGGCGGTGTTCTGGTGCACCCCCAGTGGGTCCTCACAGCTGCCCACTGCATCAGGAACAAAAGCGTGATCTTGCTGGGTCGGCACAGCCTGTTTCATCCTGAAGACACAGGCCAGGTATTTCAGGTCAGCCACAGCTTCCCACACCCGCTCTACGATATGAGCC(SEQ ID NO: 8)
在一些实施方案中，本公开内容的试剂盒和/或方法使用包含具有下列核酸序列的至少一部分，例如，至少10个核苷酸、至少20个核苷酸、至少30个核苷酸、至少40个核苷酸、至少50个核苷酸、至少100个核苷酸、至少150个核苷酸、至少200个核苷酸、至少250个核苷酸、至少300个核苷酸、至少350个核苷酸、至少400个核苷酸、至少450个核苷酸和/或至少500个核苷酸或更多核酸序列的SPDEF mRNA的参考基因：
GGGAGACGAAUUGGGCCCUCUAGAUGCAUGCUCGAGCGGCCGCCAGUGUGAUGGAUAUCUGCAGAAUUCGCCCUUAUUUAAGUAGUGACAUGUUUUUGCACAUUUCCAGCCCCUUUAAAUAUCCACACACACAGGAAGCACAAAAGGAAGCACAGAGAUCCCUGGGAGAAAUGCCCGGCCCUGGGUGGGGAUGUGCUGCACGCCCACCUGGACAUCUGGAAGUCAGCGGCCUGGAUGAAAGAGCGGACUUCACCUGGGGCGAUUCACUACAAAUCUGGAAAGCAUGAAGACUGGGCUUUUUUUCCUAUGUCUCUUGGGAACUGCAGCUGCAAUCCCGACAAAUGCAAGAUUAUUAUCUGAUCAUUCCAAACCAACUGCUGAAACGGUAGCACCAGUUGCCCAGAUAACUGUGACGAUGGACUAUGCACCAAUGGUUGCAAGUACGAAGAUCUCUAUAGUAACUGUAAAAGUUUGAAGCUCACAUUAACCUGUAAACAUCAGUUGGUCAGGGACAGUUGCAAAAGGACCACCGCAUCUCUACAUUCAAGAACUGGCCCUUCUUGGAGGGCUGCGCCUGCACCCCGGAGCGGAUGGCCGAGGCUGGCUUCAUCCACUGCCCCACUGAGAACGAGCCAGACUUGACCUGCGGCCGCAAGCUUGGAUCCGAAUUCCUGUGUGAAAUUGUUAUCCGCUCACAAUUCCACACAACAUACGAGCCGGAAGCAUAAAGUGUAAAGCCUGGGGUGCCUAAUGA (SEQ ID NO:9)
PCA3和ERG的相对或归一化表达水平与参考基因也可使用各种本领域公认的技术中的任一种进行分析和比较。例如，可对PCA3和ERG以及任选地至少一种其他生物标志物进行受试者工作特征(ROC)分析，其中对于所测量的每个生物标志物所测量的生物标志物的表达水平产生曲线下面积(AUC)值。生物标志物的ROC分析可逐个运行，即作为个体生物标志物，或组合用于线性回归分析。具有高诊断价值的生物标志物的组合(作为如本文所述的具有高诊断能力的生物标志物)具有大于0.5、0.6、0.7或0.8的衍生自ROC曲线的AUC值。优选地，生物标志物或生物标志物的组合具有大于0.7的AUC值。例如，PCA3和ERG的组合产生大于0.7的AUC值。
ROC曲线为一种广泛使用的用于评估生物标志物的识别和诊断能力的工具。当对于一些观察，生物标志物值漏测时，由于样品大小减少仅基于完整情况的ROC分析失去有效性，并且更为重要地，其常遭受潜在偏倚。因此，在生物标志物值漏测的情况下，应用估算方法。
对于生物标志物的每个水平衍生自受试者工作特征(ROC)曲线的曲线下面积(AUC)或通过生物标志物的组合创建的分数使用来自对照和疾病患者二者的生物标志物的结果计算。通过考虑临床应用所必需的灵敏度、特异性、阴性预测值(NPV)、阳性预测值(PPV)、阳性似然比(PLR)和阴性似然比(NLR)的截断值分析，本领域技术人员将容易地能够最大化生物标志物水平或生物标志物组合的诊断准确度。
ROC曲线产生和样品群分析用于建立用于区分不同受试者亚群的截断值。例如，截断值可区分具有高癌症复发风险与低癌症复发风险的受试者。在一些实施方案中，截断值可区分具有癌症的受试者与无癌症的受试者。在一些实施方案中，截断值可区分具有非侵袭性癌症与侵袭性癌症的受试者。在一些实施方案中，截断值可区分具有高Gleason分数(例如，GS > 6)前列腺癌与低Gleason分数癌症的受试者。
如本文所述，将从受试者尿样品测定的归一化的的PCA3和ERG的表达水平计算为与截断值比较的输出值以区分受试者亚群。在一些实施方案中，归一化的PCA3和ERG的表达水平使用KLK3作为参考基因测定，如下：
△CtERG = CtERG – CtKLK3
△CtPCA3 = CtPCA3 – CtKLK3
然后将ERG和PCA3的△Ct值应用到数学式中以产生输出值。产生输出值的实例公式如下：
输出值= (△CtERG x 0.233) + (△CtPCA3 x 0.446)
在拷贝数的情况下，检验的输出值如下计算：
输出值= 拷贝PCA3/拷贝KLK3或SPDEF x Coeff + 拷贝ERG/拷贝KLK3或SPDEF x Coeff，
其中系数可都相等，例如1 (一)。在其中系数相等的情况下，所有基因对输出值具有相同的相对贡献。在一些实施方案中，对于每个标志基因系数不同，表明每个标志基因对输出值并因此对阳性活组织检查的可能性具有不同的贡献。在一种方法中，系数可通过经由线性回归将等式输出值= 拷贝PCA3/拷贝KLK3或SPDEF x Coeff + 拷贝ERG/拷贝KLK3或SPDEF x Coeff拟合至现有数据集确定。
如本文所提供的实施例中显示的，PCA3和ERG的组合能够以77.8%的灵敏度和61.8%的特异性明确区分活组织检查阴性和活组织检查阳性的受试者。这些值证明了本文所公开的生物标志物基因组合作为癌症，例如前列腺癌的灵敏和特异性诊断生物标志物的效力。
术语“受试者”意在包括显示或预期在尿中具有包含核酸的微泡和/或循环核酸的所有动物。在具体的实施方案中，所述受试者为哺乳动物；例如，人类或非人灵长类、狗、猫、马、牛或其他农场动物，或啮齿类(例如小鼠、大鼠、豚鼠等)。
从尿样品中获得微泡部分
用于从尿样品中获得微泡部分的方法在本申请以及在科学出版物和专利申请(Chen等人, 2010; Miranda等人, 2010; Skog等人, 2008)中描述。还参见WO 2009/100029、WO2011/009104、WO 2011/031892和WO 2011/031877。这些出版物对于它们关于微泡分离或部分获取的方法和技术的公开内容，通过引用结合到本文中。这些方法可包括，例如，通过检测该部分内18S和28S RNA表达水平而评估所分离微泡部分的RNA完整性的步骤。
例如，通过差速离心获得微泡的方法在Raposo等人的论文(Raposo等人, 1996)、Skog等人(Skog等人, 2008)的论文和Nilsson等人的论文(Nilsson等人, 2009)中描述。阴离子交换和/或凝胶渗透色谱的方法在美国专利号6,899,863和6,812,023中描述。蔗糖密度梯度或细胞器电泳的方法在美国专利号7,198,923中描述。磁活化细胞分选(MACS)的方法在Taylor和Gercel-Taylor的论文(Taylor和Gercel-Taylor, 2008)中描述。纳米膜超滤浓缩的方法在Cheruvanky等人的论文中(Cheruvanky等人, 2007)描述。此外，微泡可通过使用微流体平台以分离肿瘤衍生微泡的微芯片技术从受试者体液鉴定和分离(Chen等人,2010)。对于这些方法的教导，前述各参考文献均通过引用结合到本文中。
在本文所述方法的一个实施方案中，对于源自前列腺或肿瘤细胞的那些，富集从尿中分离的微泡。由于微泡经常携带表面分子，例如来自其供体细胞的抗原，表面分子可用于鉴定、分离和/或富集来自特异性的供体细胞类型的微泡(Al-Nedawi等人, 2008;Taylor和Gercel-Taylor, 2008)。这样，可对源自不同细胞群的微泡的核酸内含物进行分析。例如，肿瘤(恶性的和非恶性的)微泡携带肿瘤-相关表面抗原并且可经由这些特异性的肿瘤-相关表面抗原进行检测、分离和/或富集。在一个实例中，表面抗原为上皮细胞黏附分子(EpCAM)，其对来自肺、结肠直肠、乳腺、前列腺、头和颈部以及肝脏源而不是血液学细胞源的癌的微泡特异(Balzar等人, 1999; Went等人, 2004)。
另外，肿瘤特异性微泡可表征为缺乏表面标志，例如CD80和CD86。在这些情况下，对于肿瘤特异性标志的进一步分析，具有标志，例如CD80和CD86的微泡可排除。排除可通过各种方法实现，例如亲和力排除。
从前列腺获得微泡部分可，例如，通过使用抗体、适体、适体类似物或对期需表面抗原特异的分子印迹聚合物实现。在一些实施方案中，表面抗原对癌症类型特异。在一些实施方案中，表面抗原对细胞类型(不一定是癌性)特异。
基于细胞表面抗原的微泡分离方法的一个实例在美国专利号7,198,923中提供。如，例如美国专利号5,840,867和5,582,981、WO/2003/050290及Johnson等人的出版物(Johnson等人, 2008)中所描述的，适体及其类似物特异性结合表面分子并且可用作用于回收细胞类型特异性微泡的分离工具。分子印迹聚合物也特异性识别表面分子，如在，例如美国专利号6,525,154、7,332,553和7,384,589以及Bossi等人的出版物(Bossi等人,2007)中所描述的，并且为用于回收和分离细胞类型特异性微泡的工具。对于这些方法的教导，前述各参考文献均结合到本文中。
在本文所述的方法中，尿样品可通过一个或多个过滤或浓缩步骤预处理以去除细胞碎片和其他非微泡物质。例如，尿样品可过滤通过0.8 um滤器。任选地，从0.8 um滤器获得的滤液可进一步过滤通过0.22 um滤器。为了分离尿微泡，然后使用过滤浓缩步骤浓缩预处理的样品。该步骤包括使用具有分子截留以保留和浓缩直径大于10 nm的微泡的滤器。例如，然后将样品浓缩至小于1 mL，优选地100-200 µL的体积。例如，分子量截留为至少100kDa。优选地，分子量截留为100 kDa。
从微泡提取核酸
用于核酸提取的方法一般基于本领域所熟知的程序。技术人员将选择一种适合具体生物样品的具体提取程序。提取程序的实例在专利出版物WO 2009/100029、US 201/00196426、US 2011/0003704、US 2011/0053157、WO 2011/009104和WO 2011/031892中提供。这些出版物对于其关于微泡核酸提取方法和技术的公开内容，通过引用结合到本文中。
在本文所述的方法中，为了防止提取后不期需的核酸降解的目的，在微泡分离和纯化后但在微泡裂解和核酸提取之前向样品中加入RNA酶抑制剂。微泡在RNA酶抑制剂的存在下裂解。然后在本领域所已知的使得微泡RNA与柱结合的条件下将裂解物加入RNA-结合柱中。任选地，洗涤柱以增加RNA的品质和收率。然后在本领域所已知的使得高品质RNA被收集的条件下洗脱RNA。
在一些实施方案中，所提取核酸的品质可通过检测18S和28S核糖体RNA并测定比率评估。18S:28S rRNA的比率优选为约1:1-约1:2；更优选地约1:2。
在一些实施方案中，核酸可从尿样品中提取而不分离或纯化微泡部分。
核酸生物标志物的检测
生物标志物检测可以以许多不同方式对提取的核酸进行，并构成许多方面。在一些实施方案中，从一个或多个尿样品检测核酸生物标志物是为了获得所有或部分提取核酸的概况。
本文所使用的术语概况(profile)是指核酸收集物的具体特征的表现，其可通过微泡或从受试者尿样品分离的微泡部分所包含的一种或多种核酸的定量或定性分析测定。在此将参考概况定义为从独立受试者或一群受试者，或从不同时间点的相同受试者获得的概况。
微泡中的核酸可为一种或多种类型的核酸，其实例在本文中提供。
核酸可为RNA。RNA可为编码RNA，例如，可编码蛋白质的信使RNA。RNA也可为非编码RNA (ncRNA)，例如，核糖体RNA、转运RNA、微小RNA和可源自基因组DNA的其他非编码转录物。这些非编码RNA转录物可包括从卫星重复转录的转录物和可为DNA转座子或反转录转座子的转座子。优选地，核酸为mRNA。
核酸可为DNA。DNA可为从RNA反转录的单链DNA，例如，cDNA。反转录通常由细胞中的反转录酶基因编码的反转录酶介导。DNA也可为DNA复制期间产生的单链DNA。当细胞分裂时基因组DNA在细胞核中复制。一些复制的DNA可脱离其模板，输出细胞核，并包装入微泡中。DNA可进一步为双链DNA的片段。
另外，DNA可为非编码DNA (ncDNA)。人类基因组仅包含约20,000个蛋白质编码基因，代表小于2%的基因组。非编码与蛋白质编码DNA序列的比率随着发育复杂性的变化而增加(Mattick, 2004)。原核生物具有小于25%的ncDNA，简单的真核生物具有25-50%，更复杂的多细胞生物如植物和动物具有超过50%的ncDNA，而人类具有约98.5%的ncDNA (Mattick,2004)。
来自基因组的一些ncDNA转录为ncRNA。NcRNA涉及细胞中的许多重要过程，例如，酶(核酶)与蛋白质(适体)特异性结合以及在转录和转录后水平二者调节基因活性。
核酸的概况可通过根据本领域标准方案分析从分离的微泡获得的核酸获得。例如，DNA的分析可通过本领域已知的一种或多种不同方法进行，包括用于测定提取物中的核酸种类的微阵列分析、用于测量基因表达水平的定量PCR、用于检测基因突变的DNA测序和用于检测基因甲基化模式的亚硫酸氢盐甲基化测定。
在某些情况下，为了获得概况，可进行数据分析。这种数据分析可例如，通过聚类分析、主要成分分析、线性判别分析、受试者工作特征曲线分析、二元分析、Cox比例风险分析(Cox Proportional Hazards Analysis)、支持向量机(Support Vector Machine)和递归特征消除(SVM-RFE)、近质心分类(Classification to Nearest Centroid)、循证分析(Evidence-based Analysis)或任何前述分析技术的组合进行。
对于另一个实例，RNA的分析可使用数字基因表达(DGE)分析方法进行(Lipson等人, 2009)。对于RNA分析的又一个实例，可将RNA消化并转化为单链cDNA，单链cDNA可然后在DNA测序机器，例如，如Ting等人的出版物(Ting等人, 2011)中所描述的来自HelicosBioSciences的HeliScopeTM单分子测序仪上经受测序分析。
在其他情况下，RNA可在进一步扩增前反转录为互补DNA (cDNA)。这种反转录可单独或与扩增步骤组合进行。组合反转录和扩增步骤的方法的一个实例为反转录聚合酶链反应(RT-PCR)，其可进一步改进为定量的，例如，如美国专利号5,639,606中所描述的定量RT-PCR，所述专利通过引用结合到本文中用于该教导。该方法的另一个实例包括两个分开的步骤：第一个反转录步骤以使RNA转换为cDNA和第二个使用定量PCR定量cDNA的量的步骤。
核酸扩增方法包括，但不限于，聚合酶链反应(PCR) (美国专利号5,219,727)和其变体例如原位聚合酶链反应(美国专利号5,538,871)、定量聚合酶链反应(美国专利号5,219,727)、巢式聚合酶链反应(美国专利号5,556,773)、自主序列复制及其变体(Guatelli等人, 1990)、转录扩增系统及其变体(Kwoh等人, 1989)、Qb复制酶及其变体(Miele等人,1983)、cold-PCR (Li等人, 2008)、BEAMing (Li等人, 2006)或任何其他核酸扩增方法，随后使用本领域技术人员所熟知的技术检测扩增分子。如果这些分子以非常低的数目存在，特别有用的为那些为检测核酸分子设计的检测方案。前述参考文献结合到本文中，用于其对这些方法的教导。
在一些实施方案中，不进行核酸扩增步骤。未扩增的核酸可通过定量PCR (RT-PCR)分析，或例如通过下一代测序或nanostring技术直接分析。
所分离微泡中存在的核酸的分析可为定量的和/或定性的。对于定量分析，用本领域已知的和本文所述的方法测量所分离微泡内的特异性目的核酸的表达水平，相对的或绝对的表达水平。对于定性分析，用本领域已知的方法鉴定所分离微泡内的目的核酸的种类，无论是野生型还是变体。
在一些实施方案中，核酸生物标志物的检测涉及检测一种或一批基因畸变的存在或不存在。术语“基因畸变”在本文中用于指包含核酸的微泡内核酸的量以及核酸变体。特别地，基因畸变包括，但不限于，一个基因(例如，致癌基因)或一组基因的过表达、一个基因(例如，肿瘤抑制基因例如p53或RB)或一组基因的低表达、一个基因或一组基因的剪接变体的选择性产生、基因拷贝数变体(CNV) (例如，DNA双微体) (Hahn, 1993)、核酸修饰(例如，甲基化、乙酰化和磷酸化)、单核苷酸多态性(SNPs) (例如，Alu元件中的多态性)、染色体重排(例如，倒置、缺失和重复)和一个基因或一组基因的突变(插入、缺失、重复、错义、无义、同义或任何其他核苷酸变化)，这些突变，在许多情况下，最终影响基因产物的活性和功能，导致选择性转录剪接变体和/或基因表达水平的改变，或任何前述的组合。
基因畸变可存在于许多类型的核酸中。这种基因畸变的测定可通过技术人员已知的多种技术进行。例如，核酸的表达水平、选择性剪接变体、染色体重排和基因拷贝数可通过微阵列分析(参见，例如，美国专利号6,913,879、7,364,848、7,378,245、6,893,837和6,004,755)和定量PCR测定。拷贝数变化可例如，用Illumina Infinium II全基因组基因分型测定或Agilent人基因组CGH微阵列(Steemers等人, 2006)检测。
核酸修饰可通过，例如，美国专利号7,186,512和专利出版物WO/2003/023065中描述的方法测定。甲基化概况可，例如，通过Illumina DNA Methylation OMA003 CancerPanel测定。
SNP和突变可通过以下检测：与等位基因特异性探针杂交、酶突变检测、错配异源双链体的化学切割(Cotton等人, 1988)、配错碱基的核糖核酸酶切割(Myers等人, 1985)、质谱分析法(美国专利号6,994,960、7,074,563和7,198,893)、核酸测序、单链构象多态性(SSCP) (Orita等人, 1989)、变性梯度凝胶电泳(DGGE) (Fischer和Lerman, 1979a;Fischer和Lerman, 1979b)、温度梯度凝胶电泳(TGGE) (Fischer和Lerman, 1979a;Fischer和Lerman, 1979b)、限制性片段长度多态性(RFLP) (Kan和Dozy, 1978a; Kan和Dozy, 1978b)、寡核苷酸连接测定(OLA)、等位基因特异性PCR (ASPCR) (美国专利号5,639,611)、连接链反应(LCR)及其变体(Abravaya等人, 1995; Landegren等人, 1988;Nakazawa等人, 1994)、流式细胞异源双链体分析(WO/2006/113590)及其组合/改良。
在一些实施方案中，突变的检测通过使用仅消化生物标志物的一种变体而不消化生物标志物的其他变体的限制酶进行。如本领域已知的，限制酶忠实地识别多核苷酸的特定段并且该多核苷酸段中的一个或多个核苷酸的变化将很有可能使该多核苷酸不能被酶识别和消化。正因如此，可通过消化掉一些或所有其他可被酶识别的变体而帮助检测生物标志物的一种变体。待检测的变体可为野生型变体或突变体变体。
基因表达水平可通过基因表达系列分析(SAGE)技术(Velculescu等人, 1995)、定量PCR、定量反转录PCR、微阵列分析和下一代DNA测序测定，如本领域所已知的。
一般而言，用于分析基因畸变的方法在许多出版物中报道，不限于本文引用的那些，并且可为技术人员获得。适当的分析方法将取决于分析的具体目标、患者的病况/病史和待检测、监测或治疗的具体癌症、疾病或其他医疗病况。
与疾病或其他医疗病况相关的生物标志物
许多生物标志物可与受试者中疾病或其他医疗病况的存在或不存在情况有关。因此，根据本文公开的方法，在自分离的微泡的核酸提取中检测这样的生物标志物的存在或不存在情况可帮助诊断、预后或监测受试者中疾病或其他医疗病况的进展或复发。
ERG，如本文所使用的，指也称为v-ets成红细胞增多症病毒E26癌基因同源物的基因和任何鉴定的同种型。例如，ERG同种型包括ERG1、ERG2、ERG3、ERG4、ERG5、ERG6、ERG7、ERG8和ERG9。ERG也可指ERG前列腺癌特异性同种型1 (EPC1)和ERG前列腺癌特异性同种型2(EPC2)。ERG或任何一种ERG同种型可用作前列腺癌的生物标志物。
如本文所使用的PCA3也指还称为DD3的基因和任何鉴定的同种型，并可用作前列腺癌的生物标志物。
还发现许多生物标志物影响对特定患者的治疗选择。根据本文公开的方法，在自分离的微泡的核酸提取中检测这样的生物标志物的存在或不存在情况可帮助给定患者中的治疗选择。
患者亚群
本发明提供检测受试者尿样品中的一种或多种生物标志物的方法以帮助疾病，例如，癌症，特别是侵袭性癌症的诊断、预后、监测或治疗选择。
从其分离微泡的个体的选择由技术人员基于多种因素中的一个或多个的分析进行。要考虑的这种因素为受试者是否具有特定疾病(例如，癌症)的家族史、是否具有这种疾病的遗传倾向、是否具有这种疾病的增加的风险、是否具有指示某种倾向的身体症状或环境原因。环境原因包括生活方式、暴露于引起或促成疾病的媒介物例如空气、土地、水或饮食。选择个体用于进行本文所公开方法的其他原因包括疾病的既往史、治疗前或治疗后目前正诊断为该疾病、当前正治疗该疾病(处于治疗中)或处于疾病减轻或恢复中。
用本发明方法诊断、监测或其他方式评估的癌症可为任何种类的癌症或癌前病况。这包括，但不限于，上皮细胞癌例如肺癌、卵巢癌、宫颈癌、子宫内膜癌、乳腺癌、脑癌、结肠癌和前列腺癌。还包括胃肠癌、头和颈部癌、非小细胞肺癌、神经系统癌、视网膜癌、皮肤癌、肝癌、胰腺癌、肾癌、生殖器癌及膀胱癌、黑色素瘤和白血病。另外，本发明的方法和组合同样可适用于个体非恶性肿瘤(例如，纤维神经瘤、脑膜瘤和神经鞘瘤)的检测、诊断和预后。癌症可为任何侵袭性癌症。在一些实施方案中，癌症为泌尿生殖器癌，例如前列腺癌、膀胱癌、肾癌和已扩散至泌尿生殖道的转移性癌症。
本发明提供在不同患者亚群中具有显著诊断和预后价值的生物标志物。所述患者患有癌症，例如，前列腺癌。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物在已经经受根治性前列腺切除术的患者中检测。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物在已指定具体Gleason分数的患者中检测。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物在表达ERG的患者或其癌症经测定受ERG表达驱动的患者中检测。这些患者在本文中称为“ERG表达者(Expresser)”。ERG的存在或ERG表达超过某个预定阈值决定受ERG表达驱动的癌症。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物在不表达ERG的患者或其癌症经测定不受ERG表达驱动的患者中进行检测。这些患者在本文中称为“ERG非表达者”。
Gleason分级系统通常在本领域用作前列腺癌预后参数，经常与其他预后因素或检验组合使用。前列腺活组织检查样品例如，通过显微镜检查，并且Gleason分数通过病理学家基于前列腺肿瘤的架构模式确定。Gleason分数基于正常腺组织架构(即腺体的形状、大小和分化)的丧失程度。样品被赋予最常见肿瘤模式的一个级别和下一最常见肿瘤模式的第二个级别。可存在可鉴定的主要或最常见模式，然后次要或第二最常见模式；或者，可仅存在单个级别。Gleason模式与下列特征相关：
模式1-癌性前列腺与正常前列腺组织极为相似。腺体小、良好成形，并且紧密堆积。
模式2-组织仍具有良好成形的腺体，但是它们较大并且其间具有较多组织。
模式3-组织仍具有可识别的腺体，但细胞较暗。在高放大倍数下，这些细胞中的一些已离开腺体并开始侵入周围组织。
模式4-组织几乎无可识别的腺体。许多细胞正在侵入周围组织。
模式5-组织不具有可识别的腺体。往往仅有细胞片层遍及整个周围组织。
将两个级别加在一起以得到Gleason分数，也称为Gleason总和。2-4分为非常低的癌症侵袭标度。5-6分为轻微侵袭的。7分表明癌症为中等侵袭的。8-10分表明癌症为高度侵袭的。
对于其他癌症，例如膀胱癌或肾癌，将非侵袭性癌症与侵袭性癌症分层的其他分级系统为本领域所知。
实施例
实施例1：材料和方法：
引物/探针序列：用于检测尿生物标志物群的试剂盒和方法使用以下引物/探针序列。下列缩略语用于下表1中：来自Integrated DNA Technologies的探针指定为“IDT”、5’-FAM指5’报告染料、“3IABkFQ”指3’-IowaBlack猝灭剂和“ZEN”指来自IDT的序列内ZEN™猝灭剂。
表1.引物/探针序列
实施例2：患者群7样品制备
患者群样品用于鉴定生物标志物，其可用于自从尿-衍生微泡提取的核酸检测前列腺癌。258个受试者的患者群，本实施例中称为“群7”，参加了该研究。258个受试者中，196个接受他们的第一次活组织检查，并且59个接受重复活组织检查。初次活组织检查患者中，87个具有阳性活组织检查结果，109个具有阴性活组织检查结果。重复活组织检查的患者中，15个具有阳性活组织检查结果，44个具有阴性活组织检查结果。
尿样品体积为20-100 mL。患者尿样品的初始体积分布如下：样品体积(V)等于20mL (即V = 20 mL)，21%的患者 (n=55)；样品体积大于20 mL但小于或等于40 mL (即20 mL< V ≤ 40 mL)，27%的患者(n=70)；或样品体积大于40 mL (即V > 40 mL)，52%的患者(n=133)。
如图1A和1B所描绘的分析群7的尿样品。例如，收集尿样品并过滤通过0.8 μm滤器以分离细胞与微泡中的其他细胞碎片，并将微泡-富集的部分冷冻在-80℃。将每一样品的第一个等分试样(S1)进一步处理。额外的处理步骤可包括离心、通过过滤浓缩器浓缩、1-2个洗涤步骤和/或加入RNA酶抑制剂。任选地，可在微泡分离或核酸提取之前向样品中加入对照颗粒，例如Q-β颗粒，以测定分离或核酸提取的品质。例如，由于Q-β对照失效，18个受试者从研究中移除。
特别地，首先过滤尿样品，并将滤液丢弃。Q-β对照以合适的浓度(例如，100拷贝)加入过滤尿样品的等分试样(例如，15 mL)中。然后通过过滤浓缩器处理等分试样，并将滤液丢弃。保留物用过滤尿样品的第二个等分试样(例如，5 mL过滤尿)重悬并通过过滤浓缩器处理。然后将保留物至少洗涤一次(例如两次)，并在过滤浓缩器中重新旋转。向位于过滤浓缩器上室的保留物中加入RNA酶抑制剂，并在室温下孵育，例如2-3分钟。然后直接向样品中加入裂解缓冲液并孵育1分钟。然后将裂解物转移至到另一个容器中以继续核酸提取。
然后样品使用本领域熟知的方法和适于产生高品质RNA的条件经受核酸提取。通过BioAnalyzer Profile分析12 μl提取的RNA。将提取的RNA反转录为cDNA (SUPERSCRIPT® VILO cDNA Synthesis Kit, Life Technologies)。在cDNA样品上进行定量实时PCR以测定PCA3、ERG、KLK3和Qβ (每基因2 μl)的基因表达。每一qPCR板上均存在校准标准曲线。
引物和探针序列可参见表1。
实施例3：PCA3和ERG基因表达分析
多重分析使用来自qPCR实验的基因表达结果进行。ROC曲线基于相对于归一化基因KLK3的△Ct或拷贝数产生。估算可用于获得漏测值。PCA3的ROC分析，使用KLK3作为归一化基因，产生0.727的AUC值(图3)。PCA3和ERG的ROC曲线分析产生增加的AUC值0.756 (图4)。在其他实验中，使用的归一化基因为SPDEF (图13)，并且使用SPDEF归一化的分析所产生的AUC值显示KLK3和SPDEF表现相当。
对于每个样品，PCA3和ERG基因表达的模型或输出值也使用下式计算，其从不同的患者群(群5)的数据分析确定：
模型值= (△CtERG x 0.233) + (△CtPCA3 x 0.446)
其中△CtERG = CtERG – CtKLK3; △CtPCA3 = CtPCA3 – CtKLK3
选择模型截断值，例如，本实施例中使用的截断值为4.7，并且通过2x2分析和Gleason分析测定使用PCA3和ERG的组合与截断模型值4.7的诊断准确度(图10)。
对于群7的每个样品体积亚群，使用PCA3和ERG基因表达的2x2分析结果在表2a、3a和4a中概括。对于鉴定已通过活组织检查鉴定为阳性的样品中的前列腺癌，PCA3和ERG的组合灵敏度大于84%。特别地，数据证明20 mL的尿样品体积产生更好的诊断准确度，具有83.6%的灵敏度和58.7%的特异性。该方法还具有79.4%的高阴性预测值和53.4%的阳性预测值。
进一步分析包括通过其Gleason分数，如表2b、3b和4b所示，以及四分位数分析，如表2d、2e、3d、3e、4d和4e所示对样品分层。特别地，具有Gleason分数6或更高的患者的样品正确地鉴定了70%的样品。
实施例4：包含PCA3的三基因模型
多变量分析使用包含PCA3的基因集进行。如图15中所示，包含PCA3的模型(即，PCA3和ERG与额外的基因，例如AMACR、BIRC5、HOXC6和SPARCL1)始终胜过不包含PCA3的FTO三基因模型。使用的参考基因可为KLK3或SPDEF，如图15中通过使用任一基因归一化的一致的AUC值所示。
三基因模型还显示当使用小体积样品(即20 mL)时与所有样品相比具有改善的AUC值(图15)。
实施例5：最佳尿样品体积
患者群7的尿样品为20-100 mL。群7中具有20 mL或更小、40 mL或更小但大于20 mL和大于40 mL体积的样品分布在图1中示出。
如实施例1和2中所述分离微泡、提取RNA和测定生物标志基因表达。群7中生物标志物(即，PCA3、ERG)的生物统计学分析通过基于群中所有样品的拷贝数和KLK3归一化基因表达产生AUC和ROC图进行。图3显示从PCA3表达分析产生的AUC高度依赖样品体积。例如，产生大于0.7的AUC的样品来自样品体积小于40 mL的样品。相反地，产生0.60-0.65范围的AUC的样品具有40 mL或更大的样品体积。图12显示每个指定基因(PCA3、ERG、AMACR、BIRC5、HOXC6、SPARCL1和SPDEF)的单变量分析和与对于所有样品产生的AUC相比对于20 mL或更少的样品产生的AUC。这些结果显示20 mL或更少的样品导致增加的AUC值，表明单基因的诊断能力在小体积尿样品中增加。SPDEF为用于归一化的参考基因，因此，对于较小样品体积AUC值没有提高。
生物标志物表达的拷贝数而非Ct值的分析也显示当与所有样品比较时，具有较小体积(20 mL)的样品产生提高的AUC值(图13)。
实施例6：患者样品评分及其统计验证
在本文所述的研究中，若满足下列标准则使用样品：(i) 仅第一次活组织检查；(ii)患者年龄≥ 50岁；(iii) PSA“灰区”水平在2-10 ng/mL的范围内；和(iv) 尿供给体积在20-49 mL之间。选择PSA灰区中的患者样品，因为具有高PSA水平的患者将几乎总是进行活组织检查，并且具有低PSA水平的患者由于其他非PSA驱动的原因通常仅推荐进行活组织检查。
根据实验室开发的检验(LDT)分数(本文称为EXO106分数)使用下列算法：
EXO106分数=
为患者样品评分，其中拷贝数对于每个基因使用板上校准曲线用RGQ软件(Qiagen)计算，并且其中截断值为10。小于10的EXO106分数为与低前列腺癌风险关联的分数。大于或等于10的EXO106分数为与较高前列腺癌风险关联的分数。
应注意的是，分数通过乘以1.83按比例调节并通过加上16.92补偿以将EXO106分数转换为更吸引人和易读的范围。然而，这种按比例调节和补偿对检验的表现无影响。EXO106分数的转换将大部分数据置于0-30的范围，但任一端的分数均无上限(即，个体样品可评分落在该范围外)。配置EXO106分数的算法以致截断为10时EXO106分数的阴性预测值(NPV)大于前列腺癌预防性试验风险计算表(PCPTRC)的NPV，其中选择NPVPCPTRC截断值以致其将至少30%的患者预测为阴性。EXO106分数的算法还设计为使得预测为阴性(即EXO106分数小于10)的患者部分为至少30%。
本文中称为群8 (即C8，n = 453个样品，PSA中值= 5.3 ng/mL，并且80%的样品2 <PSA < 10 ng/mL)的患者群中的示例性EXO106分数分布在图16中示出。具有任何Gleason分数的患者的EXO106表现的AUC与护理标准(SOC)疗法的AUC的比较在图17中示出，其中SOC的AUC = 0.595；EXO106的AUC = 0.738；并且EXO106 + SOC的AUC = 0.764。图17中使用的患者群具有下列特征：所有样品均在PSA灰区，仅来自第一次活组织检查，并且来自小体积尿样品。依据四分位数，即按照EXO106分数四分位数通过活组织检查鉴定为阳性的样品百分数的EXO106表现在图18A和18B中示出。再次，这些样品来自具有任何Gleason分数的患者。
EXO106分数对于高级别前列腺癌，例如，大于6的Gleason分数的表现在图19中示出，并且基于Gleason分数亚群的EXO106分数表现的统计分析在图20中示出。
因此，EXO106分数可用于确定高级别前列腺疾病，例如，具有大于6的Gleason分数的疾病的预测。通常，来自首次活组织检查和来自重复活组织检查群体的样品是十分不同的，并且应该分别分析。
虽然本发明已经参考某些实施方案公开，但是不脱离如上文和所附权利要求中所述的本发明精神和范围的所述实施方案的许多修饰、变更和变化是可能的。因此，本发明意在不限于具体描述的实施方案，而是被赋予在法律之下享有的全部范围。
表2a. 群7 2x2分析(V ≤ 100 mL, N = 236)
表2b. 群7 Gleason分数分析(V ≤ 100 mL, N = 236)
| Gleason | #漏测的 | %漏测的 | 检测到的 |
| 6 | 11 | 29% | 27 |
| 3+4 = 7 | 6 | 21% | 22 |
| 4+3 = 7 | 2 | 13% | 13 |
| 8 | 0 | 0% | 3 |
| 9 | 1 | 13% | 7 |
| 10 | 1 | 100% | 0 |
表2c. 群7分析 (V ≤ 100 mL, N = 236)
| %检验阳性 | 59.7% |
| %检验阴性 | 40.3% |
表2d. 群7四分位数分析(V ≤ 100 mL, N = 236)
表2e. 群7四分位数分析(V ≤ 100 mL, N = 236)
表3a. 群7 2x2分析(V ≤ 40 mL, N = 189)
表3b. 群7 Gleason分数分析(V ≤ 40 mL, N = 189)
| Gleason | #漏测的 | %漏测的 | 检测到的 |
| 6 | 8 | 26% | 23 |
| 3+4 = 7 | 6 | 24% | 19 |
| 4+3 = 7 | 2 | 17% | 10 |
| 8 | 0 | 0% | 2 |
| 9 | 0 | 0% | 7 |
| 10 | 1 | 100% | 0 |
表3c. 群7分析(V ≤ 40 mL, N = 189)
| %检验阳性 | 59.8% |
| %检验阴性 | 40.2% |
表3d. 群7四分位数分析(V ≤ 40 mL, N = 189)
表3e. 群7四分位数分析(V ≤ 40 mL, N = 189)
表4a. 群7 2x2分析(V ≤ 20 mL, N = 122)
表4b. 群7 Gleason分数分析(V ≤ 20 mL, N = 122)
| Gleason | #漏测的 | %漏测的 | 检测到的 |
| 6 | 7 | 28% | 18 |
| 3+4 = 7 | 3 | 20% | 12 |
| 4+3 = 7 | 2 | 25% | 6 |
| 8 | 0 | 0% | 1 |
| 9 | 0 | 0% | 5 |
| 10 | 0 | 0 |
表4c. 群7分析(V ≤ 20 mL, N = 122)
| %检验阳性 | 55.7% |
| %检验阴性 | 44.3% |
表4d. 群7四分位数分析 (V ≤ 20 mL, N = 122)
表4e. 群7四分位数分析(V ≤ 20 mL, N = 122)
参考文献
Al-Nedawi, K., B. Meehan, J. Micallef, V. Lhotak, L. May, A. Guha和J.Rak. 2008. Intercellular transfer of the oncogenic receptor EGFRvIII bymicrovesicles derived from tumour cells (致癌受体EGFRvIII通过肿瘤细胞衍生的微泡的胞间转移). Nat Cell Biol. 10:619-24.
Balzar, M., M.J. Winter, C.J. de Boer和S.V. Litvinov. 1999. The biologyof the 17-1A antigen (Ep-CAM) (17-1A抗原的生物学). J Mol Med. 77:699-712.
Bossi, A., F. Bonini, A.P. Turner和S.A. Piletsky. 2007. Molecularlyimprinted polymers for the recognition of proteins: the state of the art (用于蛋白质识别的分子印迹聚合物：技术现状). Biosens Bioelectron. 22:1131-7.
Bussemakers, M.J., A. van Bokhoven, G.W. Verhaegh, F.P. Smit, H.F.Karthaus, J.A. Schalken, F.M. Debruyne, N. Ru和W.B. Isaacs. 1999. DD3: a newprostate-specific gene, highly overexpressed in prostate cancer (DD3：一种新的前列腺特异性基因，在前列腺癌中高度过表达). Cancer Res. 59:5975-9.
Chen, C., J. Skog, C.H. Hsu, R.T. Lessard, L. Balaj, T. Wurdinger, B.S.Carter, X.O. Breakefield, M. Toner和D. Irimia. 2010. Microfluidic isolationand transcriptome analysis of serum microvesicles (血清微泡的微流体分离和转录组分析). Lab Chip. 10:505-11.
Cheruvanky, A., H. Zhou, T. Pisitkun, J.B. Kopp, M.A. Knepper, P.S. Yuen和R.A. Star. 2007. Rapid isolation of urinary exosomal biomarkers using ananomembrane ultrafiltration concentrator (使用纳米膜超滤浓缩器快速分离尿体外生物标志物). Am J Physiol Renal Physiol. 292:F1657-61.
Cotton, R.G., N.R. Rodrigues和R.D. Campbell. 1988. Reactivity of cytosineand thymine in single-base-pair mismatches with hydroxylamine and osmiumtetroxide and its application to the study of mutations (单碱基对错配中胞嘧啶和胸腺嘧啶与羟胺和四氧化锇的反应性及其在突变研究中的应用). Proc Natl Acad SciU S A. 85:4397-401.
Cowell, J.K.和K.C. Lo. 2009. Application of oligonucleotides arrays forcoincident comparative genomic hybridization, ploidy status and loss ofheterozygosity studies in human cancers (寡核苷酸阵列在人类癌症中一致性比较基因组杂交、倍性状态和杂合性缺失的研究中的应用). Methods Mol Biol. 556:47-65.
Deras, I.L., S.M. Aubin, A. Blase, J.R. Day, S. Koo, A.W. Partin, W.J.Ellis, L.S. Marks, Y. Fradet, H. Rittenhouse和J. Groskopf. 2008. PCA3: amolecular urine assay for predicting prostate biopsy outcome (PCA3：一种用于预测前列腺活组织检查结果的分子尿测定). J Urol. 179:1587-92.
Furusato, B., C.L. Gao, L. Ravindranath, Y. Chen, J. Cullen, D.G. McLeod,A. Dobi, S. Srivastava, G. Petrovics和I.A. Sesterhenn. 2008. Mapping ofTMPRSS2-ERG fusions in the context of multi-focal prostate cancer (TMPRSS2-ERG融合物在多病灶性前列腺癌背景下的作图). Mod Pathol. 21:67-75.
Guatelli, J.C., K.M. Whitfield, D.Y. Kwoh, K.J. Barringer, D.D. Richman和T.R. Gingeras. 1990. Isothermal, in vitro amplification of nucleic acids by amultienzyme reaction modeled after retroviral replication (通过逆转录病毒复制后模仿的多酶反应，等温体外扩增核酸). Proc Natl Acad Sci U S A. 87:1874-8.
Hahn, P.J. 1993. Molecular biology of double-minute chromosomes (双微染色体的分子生物学). Bioessays. 15:477-84.
Hessels, D., F.P. Smit, G.W. Verhaegh, J.A. Witjes, E.B. Cornel和J.A.Schalken. 2007. Detection of TMPRSS2-ERG fusion transcripts and prostatecancer antigen 3 in urinary sediments may improve diagnosis of prostatecancer (检测尿沉渣中TMPRSS2-ERG融合转录物和前列腺癌抗原3可改善前列腺癌的诊断). Clin Cancer Res. 13:5103-8.
Johnson, S., D. Evans, S. Laurenson, D. Paul, A.G. Davies, P.K. Ferrigno和C. Walti. 2008. Surface-immobilized peptide aptamers as probe molecules forprotein detection (表面固定化肽适体作为用于蛋白质检测的探针分子). Anal Chem.80:978-83.
Kwoh, D.Y., G.R. Davis, K.M. Whitfield, H.L. Chappelle, L.J. DiMichele和T.R. Gingeras. 1989. Transcription-based amplification system and detectionof amplified human immunodeficiency virus type 1 with a bead-based sandwichhybridization format (基于转录的扩增系统和用基于小珠的夹心杂交模式检测扩增的1型人免疫缺陷病毒). Proc Natl Acad Sci U S A. 86:1173-7.
Laxman, B., D.S. Morris, J. Yu, J. Siddiqui, J. Cao, R. Mehra, R.J.Lonigro, A. Tsodikov, J.T. Wei, S.A. Tomlins和A.M. Chinnaiyan. 2008. A first-generation multiplex biomarker analysis of urine for the early detection ofprostate cancer (用于前列腺癌早期检测的第一代尿多重生物标志物分析). CancerRes. 68:645-9.
Laxman, B., S.A. Tomlins, R. Mehra, D.S. Morris, L. Wang, B.E. Helgeson,R.B. Shah, M.A. Rubin, J.T. Wei和A.M. Chinnaiyan. 2006. Noninvasive detectionof TMPRSS2:ERG fusion transcripts in the urine of men with prostate cancer(患前列腺癌男性尿中TMPRSS2:ERG融合转录物的无创检测). Neoplasia. 8:885-8.
Li, J., L. Wang, H. Mamon, M.H. Kulke, R. Berbeco和G.M. Makrigiorgos.2008. Replacing PCR with COLD-PCR enriches variant DNA sequences andredefines the sensitivity of genetic testing (用COLD-PCR替代PCR富集变体DNA序列并重新定义基因检测的灵敏度). Nat Med. 14:579-84.
Lipson, D., T. Raz, A. Kieu, D.R. Jones, E. Giladi, E. Thayer, J.F.Thompson, S. Letovsky, P. Milos和M. Causey. 2009. Quantification of the yeasttranscriptome by single-molecule sequencing (通过单分子测序定量酵母转录组).Nat Biotechnol. 27:652-8.
Mattick, J.S. 2004. RNA regulation: a new genetics? (RNA调控：一种新的遗传学) Nat Rev Genet. 5:316-23.
Miele, E.A., D.R. Mills和F.R. Kramer. 1983. Autocatalytic replication ofa recombinant RNA (重组RNA的自催化复制). J Mol Biol. 171:281-95.
Myers, R.M., Z. Larin和T. Maniatis. 1985. Detection of single basesubstitutions by ribonuclease cleavage at mismatches in RNA:DNA duplexes (通过配错处核糖核酸酶切割检测在RNA:DNA双链体中的单碱基置换). Science. 230:1242-6.
Nguyen, P.N., P. Violette, S. Chan, S. Tanguay, W. Kassouf, A. Aprikian和J.Z. Chen. 2011. A panel of TMPRSS2:ERG fusion transcript markers for urine-based prostate cancer detection with high specificity and sensitivity (具有高特异性和灵敏度的用于基于尿的前列腺癌检测的一组TMPRSS2:ERG融合转录物标志). EurUrol. 59:407-14.
Nilsson, J., J. Skog, A. Nordstrand, V. Baranov, L. Mincheva-Nilsson,X.O. Breakefield和A. Widmark. 2009. Prostate cancer-derived urine exosomes: anovel approach to biomarkers for prostate cancer (前列腺癌衍生的尿外来体：前列腺癌生物标志物的新方法). Br J Cancer. 100:1603-7.
Orita, M., H. Iwahana, H. Kanazawa, K. Hayashi和T. Sekiya. 1989.Detection of polymorphisms of human DNA by gel electrophoresis as single-strand conformation polymorphisms (通过凝胶电泳检测人DNA多态性作为单链构象多态性). Proc Natl Acad Sci U S A. 86:2766-70.
Orozco, A.F.和D.E. Lewis. 2010. Flow cytometric analysis of circulatingmicroparticles in plasma (血浆中循环微粒的流式细胞分析). Cytometry A. 77:502-14.
Palanisamy, N., B. Ateeq, S. Kalyana-Sundaram, D. Pflueger, K.Ramnarayanan, S. Shankar, B. Han, Q. Cao, X. Cao, K. Suleman, C. Kumar-Sinha,S.M. Dhanasekaran, Y.B. Chen, R. Esgueva, S. Banerjee, C.J. LaFargue, J.Siddiqui, F. Demichelis, P. Moeller, T.A. Bismar, R. Kuefer, D.R. Fullen,T.M. Johnson, J.K. Greenson, T.J. Giordano, P. Tan, S.A. Tomlins, S.Varambally, M.A. Rubin, C.A. Maher和A.M. Chinnaiyan. 2010. Rearrangements ofthe RAF kinase pathway in prostate cancer, gastric cancer and melanoma (前列腺癌、胃癌和黑色素瘤中RAF激酶通路的重排). Nat Med. 16:793-8.
Petrovics, G., A. Liu, S. Shaheduzzaman, B. Furusato, C. Sun, Y. Chen, M.Nau, L. Ravindranath, A. Dobi, V. Srikantan, I.A. Sesterhenn, D.G. McLeod, M.Vahey, J.W. Moul和S. Srivastava. 2005. Frequent overexpression of ETS-relatedgene-1 (ERG1) in prostate cancer transcriptome (前列腺癌转录组中常见的ETS-相关基因-1(ERG1)的过表达). Oncogene. 24:3847-52.
Raposo, G., H.W. Nijman, W. Stoorvogel, R. Liejendekker, C.V. Harding,C.J. Melief和H.J. Geuze. 1996. B lymphocytes secrete antigen-presentingvesicles (B淋巴细胞分泌抗原呈递囊泡). J Exp Med. 183:1161-72.
Rice, K.R., Y. Chen, A. Ali, E.J. Whitman, A. Blase, M. Ibrahim, S.Elsamanoudi, S. Brassell, B. Furusato, N. Stingle, I.A. Sesterhenn, G.Petrovics, S. Miick, H. Rittenhouse, J. Groskopf, D.G. McLeod和S. Srivastava.2010. Evaluation of the ETS-related gene mRNA in urine for the detection ofprostate cancer (用于检测前列腺癌的尿中ETS-相关基因mRNA的评估). Clin CancerRes. 16:1572-6.
Rostad, K., O.J. Hellwinkel, S.A. Haukaas, O.J. Halvorsen, A.M. Oyan, A.Haese, L. Budaus, H. Albrecht, L.A. Akslen, T. Schlomm和K.H. Kalland. 2009.TMPRSS2:ERG fusion transcripts in urine from prostate cancer patientscorrelate with a less favorable prognosis (前列腺癌患者尿中的TMPRSS2:ERG融合转录物与差预后相关). APMIS. 117:575-82.
Salami, S.S., F. Schmidt, B. Laxman, M.M. Regan, D.S. Rickman, D. Scherr,G. Bueti, J. Siddiqui, S.A. Tomlins, J.T. Wei, A.M. Chinnaiyan, M.A. Rubin和M.G. Sanda. 2011. Combining urinary detection of TMPRSS2:ERG and PCA3 withserum PSA to predict diagnosis of prostate cancer (组合TMPRSS2:ERG和PCA3的尿检测与血清PSA以预测前列腺癌诊断). Urol Oncol.
Skog, J., T. Wurdinger, S. van Rijn, D.H. Meijer, L. Gainche, M. Sena-Esteves, W.T. Curry, Jr., B.S. Carter, A.M. Krichevsky和X.O. Breakefield.2008. Glioblastoma microvesicles transport RNA and proteins that promotetumour growth and provide diagnostic biomarkers (促进肿瘤生长和提供诊断生物标志物的恶性胶质瘤微泡转运RNA和蛋白). Nat Cell Biol. 10:1470-6.
Steemers, F.J., W. Chang, G. Lee, D.L. Barker, R. Shen和K.L. Gunderson.2006. Whole-genome genotyping with the single-base extension assay (用单碱基延伸测定全基因组基因分型). Nat Methods. 3:31-3.
Taylor, D.D.和C. Gercel-Taylor. 2008. MicroRNA signatures of tumor-derived exosomes as diagnostic biomarkers of ovarian cancer (作为卵巢癌诊断生物标志物的肿瘤-衍生外来体的微小RNA特征). Gynecol Oncol. 110:13-21.
Ting, D.T., D. Lipson, S. Paul, B.W. Brannigan, S. Akhavanfard, E.J.Coffman, G. Contino, V. Deshpande, A.J. Iafrate, S. Letovsky, M.N. Rivera, N.Bardeesy, S. Maheswaran和D.A. Haber. 2011. Aberrant overexpression ofsatellite repeats in pancreatic and other epithelial cancers. Science (胰腺和其他上皮癌中卫星重复的异常过表达). 331:593-6.
Tomlins, S.A., S.M. Aubin, J. Siddiqui, R.J. Lonigro, L. Sefton-Miller,S. Miick, S. Williamsen, P. Hodge, J. Meinke, A. Blase, Y. Penabella, J.R.Day, R. Varambally, B. Han, D. Wood, L. Wang, M.G. Sanda, M.A. Rubin, D.R.Rhodes, B. Hollenbeck, K. Sakamoto, J.L. Silberstein, Y. Fradet, J.B.Amberson, S. Meyers, N. Palanisamy, H. Rittenhouse, J.T. Wei, J. Groskopf和A.M. Chinnaiyan. 2011. Urine TMPRSS2:ERG Fusion Transcript StratifiesProstate Cancer Risk in Men with Elevated Serum PSA (尿TMPRSS2:ERG融合转录物分层血清PSA升高男性中的前列腺癌风险). Sci Transl Med. 3:94ra72.
Tomlins, S.A., D.R. Rhodes, S. Perner, S.M. Dhanasekaran, R. Mehra, X.W.Sun, S. Varambally, X. Cao, J. Tchinda, R. Kuefer, C. Lee, J.E. Montie, R.B.Shah, K.J. Pienta, M.A. Rubin和A.M. Chinnaiyan. 2005. Recurrent fusion ofTMPRSS2 and ETS transcription factor genes in prostate cancer (前列腺癌中TMPRSS2和ETS转录因子基因的复发性融合). Science. 310:644-8.
Velculescu, V.E., L. Zhang, B. Vogelstein和K.W. Kinzler. 1995. Serialanalysis of gene expression (基因表达的系列分析). Science. 270:484-7.
Went, P.T., A. Lugli, S. Meier, M. Bundi, M. Mirlacher, G. Sauter和S.Dirnhofer. 2004. Frequent EpCam protein expression in human carcinomas (人类癌中常见的EpCam蛋白表达). Hum Pathol. 35:122-8.
Wong, M.L.和J.F. Medrano. 2005. Real-time PCR for mRNA quantitation (用于mRNA定量的实时PCR). Biotechniques. 39:75-85.
Zhang, M., D.E. Latham, M.A. Delaney和A. Chakravarti. 2005. Survivinmediates resistance to antiandrogen therapy in prostate cancer (存活素介导对前列腺癌抗雄激素治疗的抗性). Oncogene. 24:2474-82。
Claims (20)
1.用于有需要的受试者中前列腺癌的诊断、预后、监测或治疗选择的方法，所述方法包括以下步骤：
a. 从受试者获得随机尿样品；
b. 从样品提取一种或多种mRNA；
c. 检测PCA3和ERG的mRNA表达水平；
d. 将PCA3和ERG的mRNA表达水平归一化至SPDEF；
e. 使用式:
计算归一化的PCA3和ERG的mRNA表达水平的输出值以产生EXO106分数；和
f. 比较EXO106分数与使用基于PCA3和ERG的组合产生的ROC曲线测定的预定截断值以区分处于高前列腺癌风险的受试者与具有低前列腺癌风险的受试者。
2. 权利要求1的方法，其中所述随机尿样品为从膀胱中排出的第一个40 mL。
3. 权利要求1的方法，其中所述随机尿样品为从膀胱中排出的第一个20 mL。
4.权利要求1的方法，其中所述预定截断值为EXO106分数10，其中10或更高的EXO106分数表明受试者处于高前列腺癌风险。
5.权利要求1-4中任一项的方法，其中步骤(a)进一步包括从随机尿样品分离微泡部分并从微泡部分提取一种或多种核酸。
6.权利要求5的方法，其中分离微泡部分的步骤包括处理样品以去除细胞及细胞碎片和通过将微泡部分暴露于超滤或过滤浓缩器而浓缩微泡部分，和洗涤微泡部分，然后从微泡部分提取一种或多种核酸。
7.权利要求6的方法，其中所述方法进一步包括从微泡部分提取一种或多种核酸之前向微泡部分加入RNA酶抑制剂。
8.权利要求1-7中任一项的方法，进一步包括在步骤(d)中检测选自AMACR、BIRC5、HOXC6和SPARCL1的一种或多种基因的表达水平。
9.权利要求1-8中任一项的方法，其中在步骤(b)之前向尿样品中加入已知量的Q-β颗粒，并且其中在步骤(c)中检测Q-β靶基因的表达水平，并且其中将检测到的表达水平与已知量比较。
10.权利要求1-9中任一项的方法，其中所述癌症为侵袭性癌症。
11.用于有需要的受试者中Gleason分数大于6的高Gleason分数前列腺癌的诊断、预后、监测或治疗选择的方法，所述方法包括以下步骤：
a. 从受试者获得随机尿样品；
b. 从样品提取一种或多种mRNA；
c. 检测PCA3和ERG的mRNA表达水平；
d. 将PCA3和ERG的mRNA表达水平归一化至SPDEF；
e. 使用式:
计算归一化的PCA3和ERG的mRNA表达水平的输出值以产生EXO106分数；和
f. 比较EXO106分数与使用基于PCA3和ERG的组合产生的ROC曲线测定的预定截断值以区分处于Gleason分数大于6的高Gleason分数前列腺癌的高风险的受试者与具有Gleason分数大于6的高Gleason分数前列腺癌的低风险的受试者。
12. 权利要求11的方法，其中所述随机尿样品为从膀胱中排出的第一个40 mL。
13. 权利要求11的方法，其中所述随机尿样品为从膀胱中排出的第一个20 mL。
14.权利要求11的方法，其中所述预定截断值为EXO106分数10，其中10或更高的EXO106分数表明受试者处于Gleason分数大于6的高Gleason前列腺癌的高风险。
15.权利要求11-14中任一项的方法，其中步骤(a)进一步包括从随机尿样品分离微泡部分并从微泡部分提取一种或多种核酸。
16.权利要求15的方法，其中所述分离微泡部分的步骤包括处理样品以去除细胞及细胞碎片和通过将微泡部分暴露于超滤或过滤浓缩器而浓缩微泡部分，和洗涤微泡部分，然后从微泡部分提取一种或多种核酸。
17.权利要求16的方法，其中所述方法进一步包括从微泡部分提取一种或多种核酸之前向微泡部分加入RNA酶抑制剂。
18.权利要求11-17中任一项的方法，进一步包括在步骤(d)中检测选自AMACR、BIRC5、HOXC6和SPARCL1的一种或多种基因的表达水平。
19.权利要求11-18中任一项的方法，其中在步骤(b)之前向尿样品中加入已知量的Q-β颗粒，并且其中在步骤(c)中检测Q-β靶基因的表达水平，并且其中将检测到的表达水平与已知量比较。
20.权利要求11-19中任一项的方法，其中所述癌症为侵袭性癌症。
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201361862630P | 2013-08-06 | 2013-08-06 | |
| US61/862630 | 2013-08-06 | ||
| PCT/US2014/049946 WO2015021158A1 (en) | 2013-08-06 | 2014-08-06 | Urine biomarker cohorts, gene expression signatures, and methods of use thereof |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN106029900A true CN106029900A (zh) | 2016-10-12 |
| CN106029900B CN106029900B (zh) | 2020-02-28 |
Family
ID=51358123
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201480054985.4A Active CN106029900B (zh) | 2013-08-06 | 2014-08-06 | 尿生物标志物群、基因表达特征及其使用方法 |
Country Status (9)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US10301681B2 (zh) |
| EP (2) | EP3030675B1 (zh) |
| JP (3) | JP2016526922A (zh) |
| CN (1) | CN106029900B (zh) |
| AU (2) | AU2014305994B2 (zh) |
| BR (1) | BR112016002716B1 (zh) |
| CA (1) | CA2920429C (zh) |
| RU (1) | RU2668164C2 (zh) |
| WO (1) | WO2015021158A1 (zh) |
Cited By (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110923328A (zh) * | 2020-01-04 | 2020-03-27 | 广州中鑫基因医学科技有限公司 | 一种筛查前列腺癌的试剂盒及方法 |
| CN113234818A (zh) * | 2020-11-09 | 2021-08-10 | 廖红 | 前列腺癌症标志物基因组合及应用 |
| CN113249481A (zh) * | 2021-06-03 | 2021-08-13 | 深圳市拾方杰科技有限公司 | 外泌体基因的应用、前列腺癌检测物及其检测试剂盒和检测装置 |
| CN113528660A (zh) * | 2020-09-18 | 2021-10-22 | 深圳汇芯生物医疗科技有限公司 | 前列腺癌的风险评估装置 |
Families Citing this family (14)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP2707381B1 (en) * | 2011-05-11 | 2019-08-14 | Exosome Diagnostics, Inc. | Nucleic acid extraction from heterogeneous biological materials |
| EP2890783A4 (en) * | 2012-08-30 | 2016-03-02 | Exosome Diagnostics Inc | CONTROLS FOR NUCLEIC ACID TESTS |
| JP6297676B2 (ja) | 2013-05-06 | 2018-03-20 | 日立化成株式会社 | 標的分子を捕捉するためのデバイス及び方法 |
| EP3030675B1 (en) | 2013-08-06 | 2018-10-03 | Exosome Diagnostics Inc. | Urine biomarker cohorts, gene expression signatures, and methods of use thereof |
| DE112016003951T5 (de) * | 2015-08-31 | 2018-05-30 | City Of Sapporo | Molekulare verfahren zur beurteilung von komplikationen nach einer nierentransplatation |
| DE112016003948T5 (de) | 2015-08-31 | 2018-05-09 | City Of Sapporo | Molekulare verfahren zum beurteilen einer urothelialen erkrankung |
| DK3452613T3 (da) | 2016-05-05 | 2022-03-21 | Exosome Diagnostics Inc | Profilering af mikrovesikel-nukleinsyrer og anvendelse heraf som signaturer til diagnostisering af nyretransplantatafstødning |
| WO2018213392A1 (en) | 2017-05-17 | 2018-11-22 | Exosome Diagnostics, Inc. | Microvesicle nucleic acids and/or proteins and uses thereof as markers of renal transplant rejection |
| EP3652315A4 (en) | 2017-07-12 | 2021-09-01 | Exosome Diagnostics, Inc. | METHOD OF ISOLATION AND ENRICHMENT OF POPULATIONS OF EXTRACELLULAR VESICULES FROM A BIOFLUID AND METHOD OF USING THEREOF |
| MX2020008702A (es) * | 2018-02-22 | 2020-09-25 | Liquid Biopsy Res Llc | Metodos para la deteccion y tratamiento del cancer de prostata. |
| US11085089B2 (en) | 2019-03-01 | 2021-08-10 | Mercy Bioanalytics, Inc. | Systems, compositions, and methods for target entity detection |
| CN113528659A (zh) * | 2020-09-18 | 2021-10-22 | 深圳汇芯生物医疗科技有限公司 | 肾癌和膀胱癌的风险评估装置 |
| WO2022099221A1 (en) * | 2020-11-09 | 2022-05-12 | Johnson Heather H | Compositions and methods for cancer diagnosis, prognosis and management |
| CN114410787A (zh) * | 2022-01-24 | 2022-04-29 | 上海康黎医学检验所有限公司 | 一种用于前列腺癌早期诊断、转移预警以及预后评估的引物探针组合、试剂盒及其应用 |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN102084000A (zh) * | 2008-02-01 | 2011-06-01 | 总医院有限公司 | 微泡在医学疾病和病况的诊断、预后以及治疗中的用途 |
| WO2013028788A1 (en) * | 2011-08-22 | 2013-02-28 | Exosome Diagnostics, Inc. | Urine biomarkers |
Family Cites Families (34)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5639611A (en) | 1988-12-12 | 1997-06-17 | City Of Hope | Allele specific polymerase chain reaction |
| US5219727A (en) | 1989-08-21 | 1993-06-15 | Hoffmann-Laroche Inc. | Quantitation of nucleic acids using the polymerase chain reaction |
| US5840867A (en) | 1991-02-21 | 1998-11-24 | Gilead Sciences, Inc. | Aptamer analogs specific for biomolecules |
| CA2074214C (en) | 1991-07-23 | 2000-02-22 | Will Bloch | Improvements in the in situ pcr |
| US5582981A (en) | 1991-08-14 | 1996-12-10 | Gilead Sciences, Inc. | Method for identifying an oligonucleotide aptamer specific for a target |
| US5605798A (en) | 1993-01-07 | 1997-02-25 | Sequenom, Inc. | DNA diagnostic based on mass spectrometry |
| US5639606A (en) | 1993-04-06 | 1997-06-17 | The University Of Rochester | Method for quantitative measurement of gene expression using multiplex competitive reverse transcriptase-polymerase chain reaction |
| US5556773A (en) | 1993-08-06 | 1996-09-17 | Yourno; Joseph | Method and apparatus for nested polymerase chain reaction (PCR) with single closed reaction tubes |
| AU735416B2 (en) | 1996-11-06 | 2001-07-05 | Sequenom, Inc. | Dna diagnostics based on mass spectrometry |
| CA2292039A1 (en) | 1997-05-28 | 1998-12-03 | The Walter And Eliza Hall Institute Of Medical Research | Nucleic acid diagnostics based on mass spectrometry or mass separation and base specific cleavage |
| US6004755A (en) | 1998-04-07 | 1999-12-21 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Quantitative microarray hybridizaton assays |
| FR2788780B1 (fr) | 1999-01-27 | 2001-03-30 | Ap Cells Inc | Procede de preparation de vesicules membranaires |
| GB9927320D0 (en) | 1999-11-18 | 2000-01-12 | Chiron Spa | Exosome separation |
| EP1927604A1 (en) | 2000-01-28 | 2008-06-04 | MIP Technologies AB | Functional monomers for molecular recognition and catalysis |
| US6812023B1 (en) | 2000-04-27 | 2004-11-02 | Anosys, Inc. | Methods of producing membrane vesicles |
| US6913879B1 (en) | 2000-07-10 | 2005-07-05 | Telechem International Inc. | Microarray method of genotyping multiple samples at multiple LOCI |
| US6525154B1 (en) | 2000-07-20 | 2003-02-25 | The Regents Of The University Of California | Molecular imprinting for the recognition of peptides in aqueous solution |
| US6696271B2 (en) | 2001-08-23 | 2004-02-24 | The Regents Of The University Of California | Frozen tissue microarray technology for analysis of RNA, DNA, and proteins |
| WO2003023065A1 (en) | 2001-09-06 | 2003-03-20 | Syngenta Participations Ag | Dna methylation patterns |
| US20030162190A1 (en) | 2001-11-15 | 2003-08-28 | Gorenstein David G. | Phosphoromonothioate and phosphorodithioate oligonucleotide aptamer chip for functional proteomics |
| JP4384603B2 (ja) | 2002-06-26 | 2009-12-16 | コールド スプリング ハーバー ラボラトリー | メチル化プロファイルを測定するための方法および組成物 |
| AU2003267065A1 (en) | 2002-09-02 | 2004-03-19 | Pamgene B.V. | Novel integrated microarray analysis |
| US7141371B2 (en) | 2002-09-06 | 2006-11-28 | State Of Oregon Acting By And Through The State Board Of Higher Education On Behalf Of The University Of Oregon | Methods for detecting and localizing DNA mutations by microarray |
| US7384589B2 (en) | 2003-08-01 | 2008-06-10 | Lawrence Livermore National Security, Llc | Nanoscale molecularly imprinted polymers and method thereof |
| CA2491067A1 (en) | 2004-12-24 | 2006-06-24 | Stichting Katholieke Universiteit | Mrna rations in urinary sediments and/or urine as a prognostic marker for prostate cancer |
| US20080187923A1 (en) | 2005-04-15 | 2008-08-07 | Cedars-Sinai Medical Center | Flow-Cytometric Heteroduplex Analysis for Detection of Genetic Alterations |
| EP2613149B1 (en) | 2007-07-25 | 2014-09-17 | University Of Louisville Research Foundation, Inc. | Exosome-associated microRNA as a diagnostic marker |
| RU2348042C1 (ru) | 2007-10-05 | 2009-02-27 | Автономная некоммерческая организация "Центр медицинских биотехнологий" | Способ диагностики онкологических заболеваний предстательной железы |
| US20120053842A9 (en) * | 2008-06-16 | 2012-03-01 | Sividon Diagnostics | Molecular markers for cancer prognosis |
| JP5909444B2 (ja) | 2009-07-16 | 2016-04-26 | ザ ジェネラル ホスピタル コーポレイション | 核酸分析 |
| WO2011031877A1 (en) | 2009-09-09 | 2011-03-17 | The General Hospital Corporation | Use of microvesicles in analyzing nucleic acid profiles |
| WO2011031892A1 (en) | 2009-09-09 | 2011-03-17 | The General Hospital Corporation | Use of microvesicles in analyzing kras mutations |
| EP2742154A4 (en) * | 2011-08-08 | 2015-08-12 | Caris Life Sciences Switzerland Holdings Gmbh | BIOMARKER COMPOSITIONS AND METHODS |
| EP3030675B1 (en) | 2013-08-06 | 2018-10-03 | Exosome Diagnostics Inc. | Urine biomarker cohorts, gene expression signatures, and methods of use thereof |
-
2014
- 2014-08-06 EP EP14752743.6A patent/EP3030675B1/en active Active
- 2014-08-06 EP EP18198243.0A patent/EP3495509B1/en active Active
- 2014-08-06 BR BR112016002716-7A patent/BR112016002716B1/pt active IP Right Grant
- 2014-08-06 RU RU2016107882A patent/RU2668164C2/ru active
- 2014-08-06 US US14/909,916 patent/US10301681B2/en active Active
- 2014-08-06 CN CN201480054985.4A patent/CN106029900B/zh active Active
- 2014-08-06 WO PCT/US2014/049946 patent/WO2015021158A1/en active Application Filing
- 2014-08-06 CA CA2920429A patent/CA2920429C/en active Active
- 2014-08-06 AU AU2014305994A patent/AU2014305994B2/en active Active
- 2014-08-06 JP JP2016533401A patent/JP2016526922A/ja not_active Withdrawn
-
2019
- 2019-04-04 US US16/375,237 patent/US20200056244A1/en not_active Abandoned
- 2019-05-08 JP JP2019088129A patent/JP6966508B2/ja active Active
- 2019-05-20 AU AU2019203513A patent/AU2019203513A1/en not_active Abandoned
-
2021
- 2021-10-21 JP JP2021172523A patent/JP7358434B2/ja active Active
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN102084000A (zh) * | 2008-02-01 | 2011-06-01 | 总医院有限公司 | 微泡在医学疾病和病况的诊断、预后以及治疗中的用途 |
| WO2013028788A1 (en) * | 2011-08-22 | 2013-02-28 | Exosome Diagnostics, Inc. | Urine biomarkers |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| ALI GHADERSOHI ET AL.: "Prostate-derived ets transcription factor(PDEF) is a potential prognostic marker in patients with prostate cancer", 《THE PROSTATE》 * |
| ASHWANI K. SOOD ET AL.: "PDEF in prostate cancer", 《THE PROSTATE》 * |
Cited By (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110923328A (zh) * | 2020-01-04 | 2020-03-27 | 广州中鑫基因医学科技有限公司 | 一种筛查前列腺癌的试剂盒及方法 |
| CN113528660A (zh) * | 2020-09-18 | 2021-10-22 | 深圳汇芯生物医疗科技有限公司 | 前列腺癌的风险评估装置 |
| CN113234818A (zh) * | 2020-11-09 | 2021-08-10 | 廖红 | 前列腺癌症标志物基因组合及应用 |
| CN113234818B (zh) * | 2020-11-09 | 2024-03-01 | 廖红 | 前列腺癌症标志物基因组合及应用 |
| CN113249481A (zh) * | 2021-06-03 | 2021-08-13 | 深圳市拾方杰科技有限公司 | 外泌体基因的应用、前列腺癌检测物及其检测试剂盒和检测装置 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP3495509A1 (en) | 2019-06-12 |
| AU2019203513A1 (en) | 2019-06-06 |
| EP3030675B1 (en) | 2018-10-03 |
| AU2014305994A1 (en) | 2016-03-03 |
| JP6966508B2 (ja) | 2021-11-17 |
| CA2920429A1 (en) | 2015-02-12 |
| RU2016107882A (ru) | 2017-09-14 |
| JP2019141094A (ja) | 2019-08-29 |
| JP2016526922A (ja) | 2016-09-08 |
| US20160177401A1 (en) | 2016-06-23 |
| JP2022023159A (ja) | 2022-02-07 |
| BR112016002716B1 (pt) | 2023-02-28 |
| US20200056244A1 (en) | 2020-02-20 |
| CA2920429C (en) | 2021-11-16 |
| RU2668164C2 (ru) | 2018-09-26 |
| AU2014305994B2 (en) | 2019-02-21 |
| EP3030675A1 (en) | 2016-06-15 |
| JP7358434B2 (ja) | 2023-10-10 |
| EP3495509B1 (en) | 2021-12-15 |
| US10301681B2 (en) | 2019-05-28 |
| CN106029900B (zh) | 2020-02-28 |
| BR112016002716A2 (pt) | 2020-02-11 |
| WO2015021158A1 (en) | 2015-02-12 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN106029900A (zh) | 尿生物标志物群、基因表达特征及其使用方法 | |
| US20220333203A1 (en) | Urine biomarkers | |
| US11155874B2 (en) | Use of microvesicles in analyzing mutations | |
| AU2008289447B2 (en) | Methods of using miRNA for detection of in vivo cell death | |
| JP2007515947A (ja) | 羊水中の無細胞胎児ｄｎａを使用する出生前診断 | |
| US20230407289A1 (en) | Diagnosis of prostate cancer | |
| US20160201121A1 (en) | Microvesicle-based assays | |
| WO2008050870A1 (fr) | Gène spécifique d'un organe, procédé d'identification de celui-ci et son utilisation | |
| CN105821131B (zh) | 骨肉瘤miRNA标记物 | |
| WO2014207012A1 (en) | Method for the identification of effective drugs |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| C06 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| REG | Reference to a national code |
Ref country code: HK Ref legal event code: DE Ref document number: 1229857 Country of ref document: HK |
|
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |