CN105980577A - 用于检测病原体和有益微生物的核酸和方法 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及用于检测病原体和有益微生物、特别是草坪草病原性真菌和促进植物生长的根际细菌的核酸、微阵列和方法。

Description

用于检测病原体和有益微生物的核酸和方法
发明领域
本发明涉及用于检测病原体和有益微生物的核酸和方法。
发明背景
草坪植物或草坪草中的疾病从易感植物、有利于疾病发展的环境和病原性生物(真菌和细菌)中的相互作用而发展。这样的生物还可能在装饰草、植物和作物上发展；事实上，它们可能出现在任何合适的有机底物上。因此，患病底物特别是草坪草的治疗通常在于施加将杀死病原体或使其不生长的处理剂。
然而，疾病管理特别是草坪草疾病管理的第一步应当总是在于鉴定致病病原体。疾病的致病病原体的知识对于选择最合适的治疗剂(杀真菌剂、杀细菌剂等)是重要的。事实上，重要的是已正确地鉴定了疾病，以使得可选择适当的杀真菌剂或杀细菌剂。不彻底的治疗将不会治愈疾病，并可能对土壤和其它有益生物产生严重的影响。使用错误的治疗是成本无效的并且可能牵涉恶化疾病的风险，以及引起其它不希望的副作用。
用于鉴定致病病原体的经典方法基本上依赖于在个体植物上和在草皮上以及在病原体结构上可观察到的症状，这可以在患病草坪草的附近发现。
然而，这些方法可能需要很长的时间来实施，因为它们通常涉及在实验室中分离和培养病原体。此外，区分紧密相关病原体的种可能是困难的。
因此，已开发了分子生物学方法来克服这些困难。最普遍的真菌检测方法之一依赖于内转录间隔区(1，2)和来自真菌rRNA操纵子的5.8S rRNA基因(ITS1-5.8S-ITS2)的聚合酶链式反应(PCR)(Goodwin等人(1995)Plant Pathology 44:384-391；Ranjard等人(2001)Applied and Environmental Microbiology 67:4479-4487)。
对于细菌检测，使用16S rRNA基因的PCR扩增和测序(Nam HR,Lee HM,LeeY.Isolation of quinupristin/dalfopristin-resistant Streptococcus agalactiaefrom asymptomatic Korean women.J Microbiol.2008Feb；46(1):108-11.doi:10.1007/s12275-007-0217-1.PubMed PMID:18337702)。
然而，特异性引物对区域的测序对于鉴定给定病原的种通常是必需的，这使得此方法在不知道病原体的身份并探索其身份时很繁琐。此外，病原体混合物的测序是昂贵和费力的。用于从混合物鉴定出某些种的种特异性引物并非对于所有的微生物是可用的。因此，这些方法未被常规用于测定最适合于治疗给定草坪草疾病的抗病原剂。
日本专利申请号2008005760公开了用于检测可发现于食品中霉菌的458个探针。这些458个探针被设计用于通过牵涉使用微阵列的基于杂交的方法来检测霉菌。
同一申请人的专利申请WO 2009/147017 A1公开了用于检测草坪草中的病原性真菌的核酸和方法。此发明涉及草坪草，但侧重于AFLP和T-RFLP作为鉴定方法。这种方法的局限是常常许多不同真菌的种(病原性和非病原性的)存在于草坪草中。复杂样品中的许多不同种使得很难甚至不可能鉴定数值未经充分表示的种。然而，致病病原种并不一定是最丰富的种。
因此，目前用于检测植物病原体和有益微生物的选择方法是费时、不够敏感、不够特异性和/或不够广泛地来检测广谱的微生物的。
因此，本发明的目的在于提供使得能够鉴定样品中存在的病原体和有益微生物的特异性核酸。
本发明的目的还在于提供含有多达100个具有这些特异性核酸的点样点的单个微阵列芯片。这些核酸特异性针对例如90种已知的真菌和例如10种细菌的种。
本发明的另一个目的在于使得能够在单个样品中测试多达100种不同种的方法。因为非常紧密相关的种的DNA序列是相同的，所以这种方法还能够包括那些微生物的检测。因此，本方法使得有可能非常快速地筛选许多微生物。此外，本方法可适应于高通量。因此，根据本发明的方法是非常敏感的，并且使得能够检测以低水平存在的病原体。
发明概述
本发明来源于本发明人对核苷酸序列选择库(selection)的鉴定，所述核苷酸序列特异于通常与草坪草的健康有关但也与其它有机底物有关的真菌和细菌的rRNA的基因内的保守区域及其基因间区域。
因此，本发明涉及一组核酸用于通过杂交技术检测样品中的至少一种病原体和/或至少一种有益微生物的用途，所述一组核酸包含以下序列或由以下序列组成：
(i)选自以下的序列：
-GGGTTGCTTGCTTGCGAGCTCC(SEQ ID N°1)；
-CTGGTGTTTGGACTCGCCTTAAAAC(SEQ ID N°2)；
-GCACATATTTTGCGCTTTGTATCAGG(SEQ ID N°3)；
-TCCGCCAGGGAARACCAAAACTCT(SEQ ID N°4)；
-CGGAGCGCGGGCCGTCGCG(SEQ ID N°5)；
-ACTTATACCCAAAACGTTGCCTCG(SEQ ID N°6)；
-CATTATCGAGTTTACGCTCCATAAC(SEQ ID N°7)；
-GCGCAGCTATTAGATCTACGGTG(SEQ ID N°8)；
-GCAAGGCTGGAGTATTTTATTACCCT(SEQ ID N°9)；
-CCGTGGCCTTGTTGCCACGCCC(SEQ ID N°10)；
-ATTGGGGCCTTGTTGCCACACCC(SEQ ID N°11)；
-TTTTGCGCTTTGTCCAGTTGCGG(SEQ ID N°12)；
-GATTCGTCGCCCCCCCTCCTGG(SEQ ID N°13)；
-GACCTTATTCAAACCTTTTTTTCAGTT(SEQ ID N°14)；
-GCTGTTGGGGACCGGCTCACCCG(SEQ ID N°15)；
-TGACCGTTGTCACGAGACGACTTTAT(SEQ ID N°16)；
-CTTGGTGTTGGGAGCTGCAGTCC(SEQ ID N°17)；
-CCATTGCGTAGTAGTAAAACCC(SEQ ID N°18)；
-AACGCGCTTCGTTCGGAGGCTT(SEQ ID N°19)；
-TTCAACCCTCAAGCCCCCGGGTTTG(SEQ ID N°20)；
-CGAAGTAGTGATATTCCGCATCGG(SEQ ID N°21)；
-GTTAGGGGGTCCCCTCTCCGG(SEQ ID N°22)；
-CTCGGTCTCGAGCCGCCGG(SEQ ID N°23)；
-ACACCCCATTGAACCTATTTATTTTYAA(SEQ ID N°24)；
-ACATCTCGCGCTTTGCATTCAGAA(SEQ ID N°25)；
-CGATTTTGGGGGGTGGCTAGTGC(SEQ ID N°26)；
-CTCTGAGTACGAAAAGAACCTGAAA(SEQ ID N°27)；
-TGCTGGCTCTTCTAGAGTCGGCTC(SEQ ID N°28)；
-GGCCAGACGACAGCCATAAACC(SEQ ID N°29)；
-CGCCGGTGGACTACCTAAACTCT(SEQ ID N°30)；
-CGTCGTCGCTGTTCGCAAGGAC(SEQ ID N°31)；
-TCGGGCAACGGAACCAGGCGC(SEQ ID N°32)；
-GTTGCCTCGGCGGGCACGGC(SEQ ID N°33)；
-CCAGTTATATAGGCACCCAATAAGCC(SEQ ID N°34)；
-CACCAAACCAGCTTGGGAAACCTT(SEQ ID N°35)；
-GTCACGTGGTCTTGGTTTTGAA(SEQ ID N°36)；
-CGCAACCGGGAGCCGCGGCGCGG(SEQ ID N°37)；
-TGGACTGGCTTCGGCTAGACTGG(SEQ ID N°38)；
-ACCATAGCTCAGTTGCTTGGCTTTT(SEQ ID N°39)；
-TGGCGAATGTTTGGACTTCGGTCT(SEQ ID N°40)；
-GCGCAAGCTGGGGTGGRCGAG(SEQ ID N°41)；
-GAACTTGTGTCTCTGCGGCGCG(SEQ ID N°42)；
-AACTGGTGAACCGTAGCTGTGTGGT(SEQ ID N°43)；
-CCGTACATTAAACTTGACTTTCTTCC(SEQ ID N°44)；
-GGAACTCCACCCTTGAATACACTG(SEQ ID N°45)；
-CGACCCCTTTTATAATTCACCCAAC(SEQ ID N°46)；
-CTAAAAAACCCCTCATAACCTTTTTTT(SEQ ID N°47)；
-CTCCTAAAACCCAATATCTTATTTTTAAG(SEQ ID N°48)；
-CAATACTGCCATCTTGTTTTTGAAGG(SEQ ID N°49)；
-ATACTTGCCATCTTTTTGGAAGG(SEQ ID N°50)；
-CCTAAAAACCCCCCTTATCA(SEQ ID N°51)；
-CAACCTTTTTGGAGTATTCTAATGAT(SEQ ID N°52)；
-ATACTGCCATCTTATTKAAGGGAGAC(SEQ ID N°53)；
-CAGGGCTATCCCCCTGCCAGG(SEQ ID N°54)；
-GGAGGGTTGCGCACTTTGTGCGTG(SEQ ID N°55)；
-GACGCCCTGTTTTCGGATAGGG(SEQ ID N°56)；
-TGGCGTGCGTTTGCTTGCGCTTC(SEQ ID N°57)；
-CTATACTCCGAGAACGAAAGTTTTTGG(SEQ ID N°58)；
-TAGTAGTGTGTGTRGCACGTTGTC(SEQ ID N°59)；
-TGTTTTTGTTTTGTGGAAATACGCTGTTT(SEQ ID N°60)；
-GTAGAATTTTGCTGCTCTTGGGCG(SEQ ID N°61)；
-CTGTGTAGTCAGGGATGGAATGTGC(SEQ ID N°62)；
-TGAACGCATCATGTTGCTTCGGG(SEQ ID N°63)；
-CTGGCTTTTGTTTTGGATTTGGAGGT(SEQ ID N°64)；
-CAGCGACAACCGACTCTAAGTTCA(SEQ ID N°65)；
-CTCGTGAAACACATGAAGTCTGAG(SEQ ID N°66)；
-TCGGCGCCCCAGGAGAAATCCT(SEQ ID N°67)；
-AGTCCATGTCCGCAATGGCAGG(SEQ ID N°68)；
-AACACATACCTCTCGTTACAGGGTC(SEQ ID N°69)；
-GAGCTGCTCTTCGGGGCCTTGTAT(SEQ ID N°70)；
-CTTGTATGCGCGCCAGAGAATATCA(SEQ ID N°71)；
-TATTGGGCGTCCGCGGGGGA(SEQ ID N°72)；
-GCGGAGTTCACGAGCCCTCAC(SEQ ID N°73)；
-GCGCCTTGTCTCTCGCGAGAC(SEQ ID N°74)；
-AGCTGGATCTCAGTGTTATGCTTGG(SEQ ID N°75)；
-GTGCCTCTCGGGGCTTCTGCCG(SEQ ID N°76)；
-CCTGTGTAGTAATGCTTAGCTTACAC(SEQ ID N°77)；
-CTACGGAGGGGTGGCTGCGTTG(SEQ ID N°78)；
-CTACGGAGGGGTGGCTGCGTTG(SEQ ID N°79)；
-ACAGCTCTGAGCAAAAATTCAAAATG(SEQ ID N°80)；
-GTCCAATGTAGGCGCAGCGTAA(SEQ ID N°81)；
-ATTAGCTGGAACCTCTTGTGGACC(SEQ ID N°82)；
-ATTAGCTGGAACCTCTTGTGGACC(SEQ ID N°83)；
-CTCATTAAACAATTTTTTCTTATAAAGATTG(SEQ ID N°84)；
-GTCATTGCACTCAGGTAGACGTAACA(SEQ ID N°85)；
-CTTTTTTCTTTTGGAAAAGGTTGACG(SEQ ID N°86)；
-ACAGACAATTTTATTGAACACTTTTT(SEQ ID N°87)；
-TTTGAAGAGTTGGCGGATCGGTAT(SEQ ID N°88)；
-ACGGACAATTTTATTTAACACTTTTG(SEQ ID N°89)；
-GCCCTTAAAAKCAGTGGCGGACC(SEQ ID N°90)；
-TAATACATGCAAGTCGAGCGGACAGAT(SEQ ID N°91)；
-GGGTACTTACCTAATACGTGAGTAT(SEQ ID N°92)；
-GAAGGGTARTGTCTTAATACGGCATT(SEQ ID N°93)；
-GGAAGGGYAGTGTGTTAATAGCAC(SEQ ID N°94)；
-ATGACTGTCCATCGCATGGTGGAT(SEQ ID N°95)；
-CTGCGGATCGCATGGTCTGCG(SEQ ID N°96)；
-AATACTTCTCCTCGCATGGGGAGG(SEQ ID N°97)；
-ATGACACACGACCGCATGGTCTGT(SEQ ID N°98)；
-CACCGGAAACGGCCAGAGATGGTCG(SEQ ID N°99)；和
-GAGTGTGGTAGAGGATGGCGGAA(SEQ ID N°100)；
(ii)与以下序列具有至少80％同一性的序列：SEQ ID N°1,SEQ ID N°2,SEQ IDN°3,SEQ ID N°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ IDN°10,SEQ ID N°11,SEQ ID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQID N°23,SEQ ID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQID N°42,SEQ ID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQID N°61,SEQ ID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQID N°80,SEQ ID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQID N°99和SEQ ID N°100,或
(iii)(i)或(ii)的互补序列。
本发明还涉及用于通过杂交技术检测样品中至少一种病原体和/或至少一种有益微生物的方法，所述方法包括使用一组包含以下序列或由以下序列组成的核酸：
(i)选自以下的序列：SEQ ID N°1；SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQ ID N°4,SEQ IDN°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQ ID N°11,SEQID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQ ID N°23,SEQ ID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQ ID N°42,SEQ ID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQ ID N°61,SEQ ID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQ ID N°80,SEQ ID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQ ID N°99和SEQ ID N°100,
(ii)与以下序列具有至少80％同一性的序列：SEQ ID N°1,SEQ ID N°2,SEQ IDN°3,SEQ ID N°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ IDN°10,SEQ ID N°11,SEQ ID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQID N°23,SEQ ID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQID N°42,SEQ ID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQID N°61,SEQ ID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQID N°80,SEQ ID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQID N°99和SEQ ID N°100,或
(iii)(i)或(ii)的互补序列。
在一个实施方案中，本发明还涉及至少一种核酸用于通过杂交技术检测样品中的至少一种病原体和/或至少一种有益微生物的用途，所述至少一种核酸包含以下序列或由以下序列组成：
(i)选自以下的序列：SEQ ID N°1,SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQ ID N°4,SEQ IDN°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQ ID N°11,SEQID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQ ID N°23,SEQ ID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQ ID N°42,SEQ ID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQ ID N°61,SEQ ID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQ ID N°80,SEQ ID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQ ID N°99或SEQ ID N°100,
(ii)与以下序列具有至少80％同一性的序列：SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQ IDN°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQ IDN°11,SEQ ID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQ ID N°23,SEQID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQ ID N°42,SEQID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQ ID N°61,SEQID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQ ID N°80,SEQID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQ ID N°99或SEQID N°100,或
(iii)(i)或(ii)的互补序列。
在具体的实施方案中，本发明还涉及用于通过杂交技术检测样品中至少一种病原体和/或至少一种有益微生物的方法，所述方法包括使用至少一种包含以下序列或由以下序列组成的核酸：
(i)选自以下的序列：SEQ ID N°1,SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQ ID N°4,SEQ IDN°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQ ID N°11,SEQID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQ ID N°23,SEQ ID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQ ID N°42,SEQ ID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQ ID N°61,SEQ ID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQ ID N°80,SEQ ID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQ ID N°99或SEQ ID N°100,
(ii)与以下序列具有至少80％同一性的序列：SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQ IDN°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQ IDN°11,SEQ ID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQ ID N°23,SEQID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQ ID N°42,SEQID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQ ID N°61,SEQID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQ ID N°80,SEQID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQ ID N°99或SEQID N°100,或
(iii)(i)或(ii)的互补序列。
本发明还涉及包含一组包含以下序列或由以下序列组成的核酸的微阵列芯片：
(i)序列SEQ N°1SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQ ID N°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQ ID N°11,SEQ ID N°12,SEQ IDN°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQ ID N°23,SEQ ID N°24,SEQ ID N°25,SEQID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQ ID N°42,SEQ ID N°43,SEQ ID N°44,SEQID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQ ID N°61,SEQ ID N°62,SEQ ID N°63,SEQID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQ ID N°80,SEQ ID N°81,SEQ ID N°82,SEQID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQ ID N°99和SEQ ID N°100,
(ii)与以下序列具有至少80％同一性的序列：SED ID N°1,SEQ ID N°2,SEQ IDN°3,SEQ ID N°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ IDN°10,SEQ ID N°11,SEQ ID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQID N°23,SEQ ID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQID N°42,SEQ ID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQID N°61,SEQ ID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQID N°80,SEQ ID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQID N°99和SEQ ID N°100,或
(iii)(i)或(ii)的互补序列。
在具体的实施方案中，本发明还涉及包含至少一种包含以下序列或由以下序列组成的核酸的微阵列芯片：
(i)选自以下的序列：SEQ N°1SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQ ID N°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQ ID N°11,SEQ ID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQ ID N°23,SEQ ID N°24,SEQID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQ ID N°42,SEQ ID N°43,SEQID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQ ID N°61,SEQ ID N°62,SEQID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQ ID N°80,SEQ ID N°81,SEQID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQ ID N°99和SEQ ID N°100,
(ii)与以下序列具有至少80％同一性的序列：SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQ IDN°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQ IDN°11,SEQ ID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQ ID N°23,SEQID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQ ID N°42,SEQID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQ ID N°61,SEQID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQ ID N°80,SEQID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQ ID N°99或SEQID N°100,或
(iii)(i)或(ii)的互补序列。
本发明还涉及有机样品中的病原体和/或有益微生物的检测方法，其包括以下步骤：
a)从样品和从包含所述病原体和/或有益微生物的DNA的标准品中分离DNA；
b)通过PCR扩增步骤a)中分离的DNA；
c)在如上所定义的微阵列芯片上杂交所获得的PCR产物；
d)检测结合的DNA；和
e)从其推断样品是否含有病原体和/或有益微生物。
本发明还涉及一种用于检测有机样品中的病原体和/或有益微生物的试剂盒，其包含：
(i)以下序列的核酸：SEQ N°1SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQ ID N°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQ ID N°11,SEQ ID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQ ID N°23,SEQ ID N°24,SEQID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQ ID N°42,SEQ ID N°43,SEQID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQ ID N°61,SEQ ID N°62,SEQID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQ ID N°80,SEQ ID N°81,SEQID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQ ID N°99和SEQ ID N°100,
(ii)与以下序列具有至少80％同一性的序列：SEQ ID N°1,SEQ ID N°2,SEQ IDN°3,SEQ ID N°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ IDN°10,SEQ ID N°11,SEQ ID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQID N°23,SEQ ID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQID N°42,SEQ ID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQID N°61,SEQ ID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQID N°80,SEQ ID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQID N°99和SEQ ID N°100，或
(iii)(i)或(ii)的互补序列的核酸。
本发明还涉及一种治疗患病草坪草的方法，其包括以下步骤：
a)使用如上所定义的至少一种核酸、特别是如上所定义的一组核酸，通过组合PCR和微阵列芯片的方法检测其中生长患病草坪草的土壤的样品或患病草坪草的样品中的来自至少一种病原性真菌和/或细菌的核酸的存在或不存在；
b)如果在步骤a)中检测到来自一种或多种病原性真菌和/或细菌的核酸，则选择一种或多种靶向已检测到来自其的核酸的一种或多种病原性真菌和/或细菌的抗真菌剂和/或抗细菌剂；和
c)将步骤b)中选择的一种或多种抗真菌剂和/或抗细菌剂施加至患病草坪草。
发明详述
如本文中所预期的核酸可以是任何类型，但优选的是它们是DNA。
下表1提供了可用于鉴定所指定种的核酸序列细节。它给出了参考SEQ ID，寡核苷酸的名称，相应的种以及需要2种PCR中的哪一种来扩增它们(ITS：真菌中的包含基因和编码核糖体RNA的基因间区域的基因组区域；16S rRNA：细菌中的编码16S核糖体RNA的基因组区域)。
表1：
核苷酸序列使用核苷酸碱基代码(IUPAC)(Cornish-Bowden,A.Nucl Acid Res13,3021-3030(1985))书写。在核苷酸序列中，字母G、A、T、C代表鸟嘌呤、腺嘌呤、胸腺嘧啶和胞嘧啶，M代表A和C，R代表A和G，W代表A和T，Y代表C和T，S代表C和G，K代表G和T，H代表A和C和T，V代表A和C和G，D代表A和G和T，B代表C和G和T，N代表A和C和G和T。
如本文所预期的，如前所述的包含与SEQ ID N°1至100具有至少80％同一性的序列或由其组成的核酸是与SEQ ID N°1至100的核酸序列80至100％同一的核酸序列。具体地，这些核酸序列是与SEQ ID N°1至100的核酸序列90至100％同一的，更具体为95至100％，最优选95、96、97、98、99或100％同一的。
所述的核酸与本发明的查询核酸序列具有至少例如95％的同一性是意指除了序列可以包括查询核酸序列的每100个核酸中最多5个核酸改变之外，核酸序列与查询序列是相同的。换句话说，为了获得具有与查询核酸序列至少95％同一的序列的核酸，目标序列中最多5％(5/100)的核酸可以被插入、缺失或由另一核酸取代。
在本申请的上下文中，同一性百分比是使用全局比对来计算的(即，两个序列在它们的整个长度上进行比较)。用于比较两个或更多个序列的同一性的方法是本领域众所周知的。例如可以使用<<needle>>程序，其使用Needleman-Wunsch全局比对算法(Needlemanand Wunsch,1970J.Mol.Biol.48:443-453)来在考虑它们的整个长度时发现两个序列的最佳比对(包括间隙)。
特别地，根据本发明的核酸的最大长度为小于或等于500个核苷酸，优选小于或等于300，更优选小于或等于200，还更优选小于或等于100，甚至更优选小于或等于50，最优选小于或等于35；在具体的实施方案中，核苷酸序列长度是19至31个核苷酸。
在本发明的上下文中，所述的“至少一种核酸”意指例如1、2、3、10、20、30、40、50或更多(多至100)种核酸，所述核酸包含选自序列SEQ N°1至100、与SEQ N°1至100至少80％同一的序列及其互补序列的序列或由所述序列组成。它可以例如是包含选自所述序列的序列或由其组成的至少40种核酸，至少50、60、70、80或90种核酸。必须指出的是，在上述(i)、(ii)和(iii)中提及的任何序列可被选择和组合在一起。
在根据本发明的用途、方法和微阵列芯片的特定实施方案中，使用至少40种核酸，并且更特别地，使用至少50种核酸。
“严格条件”可以由本领域技术人员使用公知常识来容易地定义。如果有必要，定义这样的条件的指导可见于许多教科书中，例如Tijssen,1993,Laboratory Techniquesin Biochemistry and Molecular Biology-Hybridization with Nucleic Acid Probes,Part I,Chapter 2"Overview of principles of hybridization and the strategy ofnucleic acid probe assays",Elsevier,New York。特别地，根据本发明的严格条件可以使用需要杂交缓冲液和杂交温度的优化组合的杂交反应来构成，这取决于杂交缓冲液的成分。这样的杂交条件的确定在本领域技术人员的常规工作能力范围内。
通过示例的方式(其不被认为是限制本发明)，杂交可以根据ALERE DNA阵列方案并通过使用在其中提及的杂交缓冲液来在55℃进行(Hybridisation Kit,ALERETechnologies GmbH,Germany,订购号245200100和24520K100)。
如本文所预期的，“一种病原体”是引起其宿主中的疾病的任何类型的微生物。宿主可以是动物、植物或甚至另一种微生物。具体地，病原体选自细菌和/或真菌。更具体地，真菌和/或细菌选自：蜜环菌(Armillaria mellea)，Ascochyta phleina，麦根腐平脐蠕孢(Bipolaris sorokiniana)，禾本科布氏白粉菌(Blumeria graminis)，条斑尾孢(Cercospora zebrine)，麦角菌(Claviceps purpurea)，三叶草刺盘孢(Colletotrichumtrifolii)，地衣状伏革菌(Corticium fuciforme)，近缘弯孢(Curvularia affinis)，网斑内脐蠕孢(Drechslera dictyoides)，草内脐蠕孢(Drechslera phlei)，早熟禾内脐蠕孢(Drechslera poae)，大斑内脐蠕孢(Drechslera siccans)，小麦褐斑内脐蠕孢(Drechslera tritici-repentis)，柱香菌(Epichloe typhina)，大斑凸脐蠕孢(Exserohilum turcicum)，大刀镰孢(Fusarium culmorum)，早熟禾镰孢(Fusarium poae)，禾顶囊壳菌(Gaeumannomyces graminis)，Gibberella intermedia，链孢粘帚霉(Gliocladium catenulatum)，Glomerella graminicola，Kabatiella caulivora，Leptosphaeria korrae，Leptosphaerulina australis，菜豆球壳孢菌(Macrophominaphaseolina)，早熟禾稻瘟病菌(Magnaporthe poae)，硬柄小皮伞(Marasmius oreades)，Microdochium bolleyi，微座孢属斑病菌(Microdochium nivale)，三叶草叉丝壳(Microsphaera trifolii)，露湿漆斑菌(Myrothecium roridum)，内生真菌属的种(Neotyphodium sp.)，Ophiosphaerella herpotricha，Ophiosphaerella narmari，三叶草霜霉(Peronospora trifoliorum)，普通黑痣菌(Phyllachora vulgata)，芸苔疫霉(Phytophthora brassicae)，恶疫霉(Phytophthora cactorum)，柑桔生疫霉(Phytophthora citricola)，掘氏疫霉(Phytophthora drechsleri)，草莓疫霉(Phytophthora fragariae)，大雄疫霉(Phytophthora megasperma)，烟草疫霉(Phytophthora nicotianae)，苜蓿假盘菌(Pseudopeziza medicaginis)，禾冠柄锈菌(Puccinia coronata)，Puccinia coronate，禾柄锈菌(Puccinia graminis)，Pucciniapoae-nemoralis，早熟禾柄锈菌(Puccinia poarum)，隐匿柄锈菌(Puccinia recondite)，高粱柄锈菌(Puccinia sorghi)，条形柄锈菌(Puccinia striiformis)，小麦叶锈菌(Puccinia triticina)，Pyrenochaeta lycopersici，瓜果腐霉(Pythiumaphanidermatuma)，德巴利腐霉(Pythium debaryanum)，禾生腐霉(Pythiumgraminicola)，畸雌腐霉(Pythium irregulare)，Pythium mastophorum，Pythiumsulcatum，终极腐霉(Pythium ultimum)，生柱隔胞菌(Ramularia collo-cygni)，禾谷丝核菌(Rhizoctonia cerealis)，草莓丝核菌(Rhizoctonia fragariae)，Rhynchosporiumorthosporum，黑麦喙孢(Rhynchosporium secalis)，北方贝核盘霉(Sclerotiniaborealis)，Sclerotinia homoeocarpa，核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)，三叶草核盘菌(Sclerotinia trifoliorum)，粗柄壳针孢(Septoria macropoda)，小麦壳针孢(Septoria tritici)，Stemphylium sarcinaeforme，瓜亡革菌(Thanatephoruscucumeris)，根串珠霉(Thielaviopsis basicola)，Thielaviopsis populi，小麦网腥黑粉菌(Tilletia caries)，小麦矮腥黑穗病菌(Tilletia controversa)，钩状木霉(Trichoderma hamatum)，肉孢核瑚菌(Typhula incarnate)，雪腐病核瑚菌(Typhulaishikariensis)，Typhula ishikariensis，鸭茅单胞锈菌(Uromyces dactylidis)，白三叶草单孢锈菌(Uromyces trifolii-repentis)，玉蜀黍黑粉菌(Ustilago maydis)，裸黑粉菌(Ustilago nuda)，香草黑粉菌(Ustilago striiformis)，小麦散黑粉菌(Ustilagotritici)，大丽花轮枝孢(Verticillium dahliae)；解淀粉芽孢杆菌(Bacillusamyloliquefaciens)，绿针假单胞菌(Pseudomonas chlororaphis)，嗜虫沙雷菌(Serratiaentomophila)，普城沙雷菌(Serratia plymuthica)，白黄链霉菌(Streptomycesalbidoflavus)，禾生链霉菌(Streptomyces graminofaciens)，灰绿链霉菌(Streptomycesgriseoviridis)，龟裂链霉菌(Streptomyces rimosus)，疮痂病链霉菌(Streptomycesscabiei)，半透明黄单胞菌(Xanthomonas translucens)。
应理解的是，还包括作为上述列表中的一部分但可具有同义名称和/或可能已被重新命名的真菌和/或细菌。此外，上述列表中提及的那些种的紧密相关种可在本发明的范畴内。所述的紧密相关种意指在它们的保守区域之内具有与如上所述的SEQ ID NO 1至100的一种或多种核苷酸相同序列的种。
在具体的实施方案中，本发明涉及一组核酸用于检测上述列表中提及的所有真菌和细菌的用途，所述一组核酸包含以下序列或由以下序列组成：
(i)序列SEQ N°1,SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQ ID N°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQ ID N°11,SEQ ID N°12,SEQ IDN°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQ ID N°23,SEQ ID N°24,SEQ ID N°25,SEQID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQ ID N°42,SEQ ID N°43,SEQ ID N°44,SEQID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQ ID N°61,SEQ ID N°62,SEQ ID N°63,SEQID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQ ID N°80,SEQ ID N°81,SEQ ID N°82,SEQID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQ ID N°99和SEQ ID N°100,
(ii)包含与以下序列具有至少80％同一性的序列或由其组成的序列：SEQ N°1,SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQ ID N°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQ ID N°11,SEQ ID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ IDN°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQ ID N°23,SEQ ID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQ ID N°42,SEQ ID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQ ID N°61,SEQ ID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQ ID N°80,SEQ ID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQ ID N°99和SEQ ID N°100,或
(iv)(i)或(ii)的互补序列。
如本文所预期的，“一种有益微生物”是有利于生长过程的任何生物，包括昆虫、蜘蛛、其它动物、植物、细菌、真菌、病毒和线虫。具体地，有益微生物是促进植物生长的根际细菌。
如本文所预期的，其中核酸待检测的样品可以是易于含有核酸的任何类型的有机底物。具体地，它可以是草坪草、土壤、天然肥料、种子或作物样品。更具体地，天然肥料可以是动物来源(诸如动物粪便或动物粪肥)，或植物或草本来源(诸如叶、茎、根、种子、果实体或花)。
当样品是草坪草样品时，它可以是从作为整体的草坪草或从草坪草的一部分的样品(例如根、种子或土壤)中获得的样品。具体地，样品可以是草坪草的根或种子或草坪草样品的叶片。
具体地，被考虑在本发明的范畴内的草坪草被特别地描述于由AmericanPhytopathological Society发布的Compendium of Turfgrass Diseases,第三版(2005)中。
更具体地，草坪样品选自Festaceae，燕麦族(Aveneae)，麦类(Triticeae)，虎尾草族(Chlorideae)，结缕草族(Zoysieae)，黍族(Paniceae)和须芒草族(AndropogoneaeTribe)。
当样品是土壤样品时，优选直接在患病区域下方或在患病区域的附近中采集样品，所述患病区域优选为草坪草。
样品可以直接从草坪草、肥料、种子、作物或土壤中获得，或在处理步骤之后获得，所述处理步骤为例如研磨、冷冻或提取，特别是核酸提取步骤。
在具体的实施方案中，其中核酸待检测的样品不是人来源的。
如在本发明中所预期的，如上所定义的至少一种核酸或如上述定义的一组核酸待被用于杂交技术，特别是基于核酸杂交的检测方法。此类方法的例子是其中所述核酸可以用作引物、探针或用于杂交的模板的微阵列芯片，Southern印迹分析，Northern印迹分析，或聚合酶链式反应(PCR)。取决于所选择的方法，标记或不标记核酸。此类标记的实例是生物素、链霉抗生物素蛋白、荧光化学品、放射性同位素、地高辛和允许检测结合的DNA的许多其它标记。
基于核酸杂交的检测方法是本领域技术人员众所周知的。
例如，微阵列芯片良好描述于Steve Russell的“Microarray Technology inPractice”(2008,ISBN-10:012372516X,ISBN-13:978-0123725165)中并且在许多出版物中使用(Oh S等人,Genomic diversity of Escherichia isolates from diversehabitats.PLoS One.2012；7(10):e47005.doi:10.1371/journal.pone.0047005.Epub2012 Oct 8)。
聚合酶链式反应(PCR)、Southern印迹分析和Northern印迹分析例如良好描述于Molecular Cloning:A Laboratory Manual,4thEdition(2012,ISBN-10:1936113422|ISBN-13:978-1936113422)中。
对于作为所选择的检测方法的聚合酶链式反应，将如上述定义的至少一种核酸或如上述定义的一组核酸用于运载PCR的特异性，其中所述核酸可以被标记或不被标记并且被用作引物或探针。
对于作为所选择的检测方法的Southern或Northern印迹分析，将如上述定义的至少一种核酸或如上述定义的一组核酸在杂交过程中使用，其中所述核酸可以被标记或不被标记。
对于作为所选择的检测方法的微阵列芯片，将如上述定义的至少一种核酸或如上述定义的一组核酸用作微阵列芯片上的探针，其中所述核酸可以被标记或不被标记。
上述的微阵列芯片杂交方法可以与一般的PCR组合以增加测定的灵敏度或特异性。将如上述定义的至少一种核酸或如上述定义的一组核酸将是最终的PCR产物的一部分。这样的使用PCR的扩增方法及其变型是本领域技术人员众所周知的。
在本发明的具体实施方案中，杂交技术因此可包括与微阵列芯片组合的PCR，其中PCR增加灵敏度、减少背景和/或添加检测标记至PCR产物。
如果来自真菌的核苷酸序列或从真菌分离的DNA待通过PCR进行扩增，则该PCR包括靶向一种或多种真菌的基因组内的序列(内转录间隔区(ITS))的引物，其包含上文描述的至少一种核酸序列。具体地，一种引物靶向一种或多种真菌的18S rDNA/ITS1区域或ITS2/28S rDNA区域。真菌rRNA操纵子包括18S rRNA基因、内转录间隔区1(ITS1)、5.8SrRNA基因、内转录间隔区2(ITS2)和28S rRNA基因。18S rDNA/ITS1和ITS2/28S rDNA区域因而涉及分别在18S rRNA基因和ITS1的接合处和ITS2和28S rRNA基因的接合处附近的一种或多种真菌的基因组的区域。如任何本领域技术人员将清楚的是，为了设计一种核酸作为正向引物，靶向18S rDNA/ITS1区域或ITS2/28S rDNA区域的引物将是反向引物，反之亦然。18S rDNA/ITS1和ITS2/28S rDNA区域的序列是本领域技术人员众所周知的并且可通常从公共序列数据库获得。当对于特定真菌的种18S rDNA/ITS1和ITS2/28S rDNA区域的序列不可公共获得时，可对它们进行常规测序。此外，选择已知序列内的引物很好地在任何本领域技术人员的常识范围内。
通过对靶向18S rDNA/ITS1区域的引物进行举例的方式，可以引用序列TCCGTAGGTGAACCTGCGG(SEQ ID N°101)的所谓“ITS1引物”。相反地，通过对靶向ITS2/28SrDNA区域的引物进行举例的方式，可以引用序列序列TCCTCCGCTTATTGATATGC(SEQ ID N°102)的所谓“ITS4引物”。其它实例可获自从WO 2009/147017 A1、White等人1990,Gardes&Bruns 1993。
如果来自细菌的核苷酸序列或从细菌分离的DNA待通过PCR进行扩增，则该PCR包括靶向一种或多种细菌的基因组内的序列(16S rRNA)的引物，其包含上文描述的至少一种核酸序列。然而，优选的是引物靶向16S rRNA的基因。如任何本领域技术人员将清楚的是，为了设计一种核酸作为正向引物，另一引物将是反向引物，反之亦然。16S rRNA基因的序列是本领域技术人员众所周知的并且可通常从公共序列数据库获得。当16S rRNA基因的序列对于特定细菌的种不可公共获得时，可对它们进行常规测序。此外，选择已知序列内的引物很好地在任何本领域技术人员的常识范围内。
通过对靶向16S rRNA的引物进行举例的方式，可以引用所谓的序列AGAGTTTGATCMTGGCTCAG(SEQ ID N°103)的“EUB8m_f引物”和序列CTCGTTGCGGGACTTAACC(SEQ ID N°104)的“EUB1088_r引物”，其中一个引物作为正向引物且另一引物作为反向引物。
如本文所预期的，待使用的引物可以是未修饰或修饰的核酸，特别是DNA。当引物是修饰的核酸时，它们可特别地是标记的核酸，特别是生物素标记的核酸、荧光标记的核酸或放射性标记的核酸。
核酸可能需要从有机样品(例如草坪草，土壤，作物，植物，肥料，种子等)分离并纯化。用于分离核酸的方法是本领域技术人员众所周知的，并且可取决于用于检测的检测方法和有机样品的来源。通过举例的方式，用于核酸分离的方法在科学文献中描述(例如Michele K.Nishiguchi,Phaedra Doukakis,Mary Egan等人,“DNA Isolation Methods”,Methods and Tools in Biosciences and Medicine,Techniques in molecularsystematics and evolution,Rob DeSalle等人编辑2002Verlag Basel/Switzerland)。其它的例子是许多市售的方法或试剂盒(例如“Plant Mini Kit(QIAGEN 69104)或“DNA Isolation Kit(MO BIO laboratories Inc,目录号12888-100))。
如上所述，本发明还涉及一种微阵列芯片，其包含根据本发明的至少一种核酸。
特别地，微阵列芯片包含所有根据本发明的和上面提及的一组核酸。
根据本发明的实施方案，根据本发明的微阵列芯片用于检测样品中的至少一种病原体和/或有益微生物，所述病原体、有益微生物和样品与上文的定义相同。
特别地，根据本发明的微阵列芯片用于检测上述列表中提及的所有真菌和细菌。
如上所述，本发明还涉及有机样品中的病原体和/或有益微生物的检测方法。
特别地，此方法是用于检测上述列表中定义的所有真菌和细菌，并且在其步骤b)中进行两个PCR，第一个针对真菌DNA并且第二个针对细菌DNA。
在具体的实施方案中，将两个PCR组合在一个单反应管中。
实验程序
从有机样品(例如草坪草，土壤，作物，植物部分等)和从标准品(分离的细菌，分离的真菌等)中分离DNA。方法是本领域技术人员已知的。实例被描述在科学文献中(MicheleK.Nishiguchi,Phaedra Doukakis,Mary Egan等人,“DNA Isolation Methods”,Methodsand Tools in Biosciences and Medicine,Techniques in molecular systematics andevolution,Rob DeSalle等人编辑2002Verlag Basel/Switzerland)并且许多商业方法也是可用的。(例如。Plant Mini Kit(QIAGEN 69104)或“DNA Isolation Kit(MO BIO laboratories Inc,目录号12888-100))。
可以进行真菌-PCR(ITS)。通过真菌特异性但种非特异性的PCR，扩增rDNA内转录间隔区序列(ITS)。这样的引物对的实例是ITS1(TCCGTAGGTGAACCTGCGG)(SEQ ID N°101)和ITS4(TCCTCCGCTTATTGATATGC)(SEQ ID N°102)，其靶向18S rDNA/ITS1和ITS2/28S rDNA区域，如在别处所描述的(White等人1990,Gardes&Bruns 1993)。扩增同一区域的其它引物对也适用于此方法。本领域技术人员会能够设计和/或使用靶向所有生物中的此区域的这样的引物。
还可以进行细菌PCR(16S rRNA)。通过细菌特异性但种非特异性的PCR，扩增细菌16S rDNA。这样的引物对的实例是序列AGAGTTTGATCMTGGCTCAG(SEQ ID N°103)的“EUB8m_f引物”和序列CTCGTTGCGGGACTTAACC(SEQ ID N°104)的“EUB1088_r引物”。扩增同一区域或整个16S rRNA的其它引物对也适用于此方法。本领域技术人员会能够设计和/或使用靶向所有生物中的此区域的这样的引物。
可将两个PCR组合在单反应管中。本领域技术人员会能够做到这一点。
最终PCR产物需要被标记。有许多方法和染料来进行标记(荧光染料标记、生物素标记、同位素标记、地高辛标记)。PCR产物可以在PCR过程中被标记(例如标记的引物)或PCR产物在扩增后被标记。
将PCR产物通过标准方法进行纯化(例如QIAGEN PCR纯化试剂盒)。
将单个或组合的纯化PCR产物与根据本发明和如上所述的微阵列芯片上的DNA进行杂交，并且进行严格洗涤以除去未结合的DNA(Hybridisation Kit,ALERE TechnologiesGmbH,Germany,订购号245200100和24520K100)。
结合的DNA通过特异针对在扩增过程中添加到PCR产物的标记的检测方法进行检测。
这样的检测方法是本领域技术人员众所周知的。例如，荧光标记可以使用能够激发荧光染料和使用荧光敏感摄像机测量发射的信号的装置来测量。生物素标记可使用连接有辣根过氧化物酶(HRP)的链霉抗生物素蛋白来检测。HRP催化底物转化成有色产物。HRP和从而生物素的存在随后通过检测处理的底物来测量。底物的实例是3,3'-二氨基联苯胺或3,3',5,5'-四甲基联苯胺。用于产品测量的方法取决于底物，并且可以是化学发光信号敏感的摄像机或测量光谱的光学摄像机，包括人的眼睛。这样的装置的具体实例是ATR3ArrayTubeTM Reader(用于Identibac,Alere的微阵列)或ChemiDocTM MP成像仪(用于Biorad的southern和northern印迹)和Rotor Gene Q(用于QIAGEN的PCR)。
随后可以从其推断样品是否含有病原体和/或有益微生物以及鉴定存在于样品中的种。
特别地，这种方法可以用于在其使用之前就病原体的不存在筛选有机样品并且在病原体已出现并引起疾病之前检测病原体。
如上所述，本发明还涉及用于检测有机样品中的病原体和/或有益微生物的检测试剂盒。
如上所述，本发明还涉及一种治疗患病草坪草的方法。
从而，由于本发明，草坪草、土壤、天然肥料(例如不存在病原体)、种子和作物的分析以及显示疾病的草中致病病原体的检测是可能的。
本发明将通过下面的实施例作进一步说明。
实施例1
微阵列管共价连接有根据本发明的核酸序列(SEQ ID NO 1至100)(由AlereTechnologies GmbH,Jena,Germany提供)。根据本发明和上文描述的核苷酸序列以一式两份点样到微阵列上，以产生可再现的结果。每个点样点含有0.02μmol核苷酸并且核苷酸通过3'C7-氨基修饰固定到阵列上。
根据制造商的说明使用商业试剂盒DNA分离试剂盒(来自MO BIOlaboratories Inc.，订购号12888-100)提取来自分离的真菌、草坪草或土壤的DNA。使用最多0.3克土壤分离来自由草坪草组成的样品的DNA。
真菌rDNA基因组区域(ITS)的扩增使用引物对ITS1和ITS4进行，所述引物在其5'端含有生物素标记。引物从Microsynth(Balgach,Switzerland)购买。PCR产物使用来自Qiagen(#28104)的“PCR纯化试剂盒”纯化以除去残余的引物、缓冲液和核苷酸。
将所得到的纯化的生物素化PCR产物杂交到微阵列管。杂交方案和试剂来自Alere(杂交试剂盒，ALERE Technologies GmbH,Germany，订购号245200100)。增加杂交温度(从55至61℃)，以增加特异性。在杂交和洗掉未结合的DNA后，用来自Alere(杂交试剂盒，ALERETechnologies GmbH,Germany，订购号24520K100)的辣根过氧化物酶标记的链霉抗生物素蛋白和辣根过氧化物酶底物检测结合的生物素化PCR产物。
点样芯片的位置和微阵列管上的信号强度用ATR3(Alere管读取器第3版)来测量。强度测量值产生结合的PCR产物的半定量值。Alere开发的分析软件(标准版IconoClust，版本号：3.6r0)处理从给定的点样点接收的信号强度和背景信号并将信号强度分配至给定点样点上存在的核酸。每个点样点产生约0和+1(任意单位)之间的信号强度，从对照点样点和信号强度计算。结果提供于下面的表2中。
表2：不同样品中检测到的信号强度(A-E：各草坪草样品，F：分离真菌培养物的混合物：麦根腐平脐蠕孢菌株583、小核盘菌(Sclerotinia minor)菌株454、Pyrenochaetalycopersici菌株45，预期结合至探针BISO、SCSC和PYLY，小核盘菌与核盘菌十分密切相关并且预期与探针结合。>0.07的信号强度以粗体书写。寡核苷酸ID和种之间对应关系可以在表1中找到。
结论：
本发明允许鉴定来自真菌和细菌的种的大型选择库中的微生物。
与常规方法相比，本发明的方法更迅速，拥有更广谱的可以被鉴定的微生物，并且更具特异性。

Claims (28)

1.一组核酸用于通过杂交技术检测样品中的至少一种病原体和/或至少一种有益微生物的用途，所述一组核酸包含以下序列或由以下序列组成：
(i)选自以下的序列：
-GGGTTGCTTGCTTGCGAGCTCC(SEQ ID N°1)；
-CTGGTGTTTGGACTCGCCTTAAAAC(SEQ ID N°2)；
-GCACATATTTTGCGCTTTGTATCAGG(SEQ ID N°3)；
-TCCGCCAGGGAARACCAAAACTCT(SEQ ID N°4)；
-CGGAGCGCGGGCCGTCGCG(SEQ ID N°5)；
-ACTTATACCCAAAACGTTGCCTCG(SEQ ID N°6)；
-CATTATCGAGTTTACGCTCCATAAC(SEQ ID N°7)；
-GCGCAGCTATTAGATCTACGGTG(SEQ ID N°8)；
-GCAAGGCTGGAGTATTTTATTACCCT(SEQ ID N°9)；
-CCGTGGCCTTGTTGCCACGCCC(SEQ ID N°10)；
-ATTGGGGCCTTGTTGCCACACCC(SEQ ID N°11)；
-TTTTGCGCTTTGTCCAGTTGCGG(SEQ ID N°12)；
-GATTCGTCGCCCCCCCTCCTGG(SEQ ID N°13)；
-GACCTTATTCAAACCTTTTTTTCAGTT(SEQ ID N°14)；
-GCTGTTGGGGACCGGCTCACCCG(SEQ ID N°15)；
-TGACCGTTGTCACGAGACGACTTTAT(SEQ ID N°16)；
-CTTGGTGTTGGGAGCTGCAGTCC(SEQ ID N°17)；
-CCATTGCGTAGTAGTAAAACCC(SEQ ID N°18)；
-AACGCGCTTCGTTCGGAGGCTT(SEQ ID N°19)；
-TTCAACCCTCAAGCCCCCGGGTTTG(SEQ ID N°20)；
-CGAAGTAGTGATATTCCGCATCGG(SEQ ID N°21)；
-GTTAGGGGGTCCCCTCTCCGG(SEQ ID N°22)；
-CTCGGTCTCGAGCCGCCGG(SEQ ID N°23)；
-ACACCCCATTGAACCTATTTATTTTYAA(SEQ ID N°24)；
-ACATCTCGCGCTTTGCATTCAGAA(SEQ ID N°25)；
-CGATTTTGGGGGGTGGCTAGTGC(SEQ ID N°26)；
-CTCTGAGTACGAAAAGAACCTGAAA(SEQ ID N°27)；
-TGCTGGCTCTTCTAGAGTCGGCTC(SEQ ID N°28)；
-GGCCAGACGACAGCCATAAACC(SEQ ID N°29)；
-CGCCGGTGGACTACCTAAACTCT(SEQ ID N°30)；
-CGTCGTCGCTGTTCGCAAGGAC(SEQ ID N°31)；
-TCGGGCAACGGAACCAGGCGC(SEQ ID N°32)；
-GTTGCCTCGGCGGGCACGGC(SEQ ID N°33)；
-CCAGTTATATAGGCACCCAATAAGCC(SEQ ID N°34)；
-CACCAAACCAGCTTGGGAAACCTT(SEQ ID N°35)；
-GTCACGTGGTCTTGGTTTTGAA(SEQ ID N°36)；
-CGCAACCGGGAGCCGCGGCGCGG(SEQ ID N°37)；
-TGGACTGGCTTCGGCTAGACTGG(SEQ ID N°38)；
-ACCATAGCTCAGTTGCTTGGCTTTT(SEQ ID N°39)；
-TGGCGAATGTTTGGACTTCGGTCT(SEQ ID N°40)；
-GCGCAAGCTGGGGTGGRCGAG(SEQ ID N°41)；
-GAACTTGTGTCTCTGCGGCGCG(SEQ ID N°42)；
-AACTGGTGAACCGTAGCTGTGTGGT(SEQ ID N°43)；
-CCGTACATTAAACTTGACTTTCTTCC(SEQ ID N°44)；
-GGAACTCCACCCTTGAATACACTG(SEQ ID N°45)；
-CGACCCCTTTTATAATTCACCCAAC(SEQ ID N°46)；
-CTAAAAAACCCCTCATAACCTTTTTTT(SEQ ID N°47)；
-CTCCTAAAACCCAATATCTTATTTTTAAG(SEQ ID N°48)；
-CAATACTGCCATCTTGTTTTTGAAGG(SEQ ID N°49)；
-ATACTTGCCATCTTTTTGGAAGG(SEQ ID N°50)；
-CCTAAAAACCCCCCTTATCA(SEQ ID N°51)；
-CAACCTTTTTGGAGTATTCTAATGAT(SEQ ID N°52)；
-ATACTGCCATCTTATTKAAGGGAGAC(SEQ ID N°53)；
-CAGGGCTATCCCCCTGCCAGG(SEQ ID N°54)；
-GGAGGGTTGCGCACTTTGTGCGTG(SEQ ID N°55)；
-GACGCCCTGTTTTCGGATAGGG(SEQ ID N°56)；
-TGGCGTGCGTTTGCTTGCGCTTC(SEQ ID N°57)；
-CTATACTCCGAGAACGAAAGTTTTTGG(SEQ ID N°58)；
-TAGTAGTGTGTGTRGCACGTTGTC(SEQ ID N°59)；
-TGTTTTTGTTTTGTGGAAATACGCTGTTT(SEQ ID N°60)；
-GTAGAATTTTGCTGCTCTTGGGCG(SEQ ID N°61)；
-CTGTGTAGTCAGGGATGGAATGTGC(SEQ ID N°62)；
-TGAACGCATCATGTTGCTTCGGG(SEQ ID N°63)；
-CTGGCTTTTGTTTTGGATTTGGAGGT(SEQ ID N°64)；
-CAGCGACAACCGACTCTAAGTTCA(SEQ ID N°65)；
-CTCGTGAAACACATGAAGTCTGAG(SEQ ID N°66)；
-TCGGCGCCCCAGGAGAAATCCT(SEQ ID N°67)；
-AGTCCATGTCCGCAATGGCAGG(SEQ ID N°68)；
-AACACATACCTCTCGTTACAGGGTC(SEQ ID N°69)；
-GAGCTGCTCTTCGGGGCCTTGTAT(SEQ ID N°70)；
-CTTGTATGCGCGCCAGAGAATATCA(SEQ ID N°71)；
-TATTGGGCGTCCGCGGGGGA(SEQ ID N°72)；
-GCGGAGTTCACGAGCCCTCAC(SEQ ID N°73)；
-GCGCCTTGTCTCTCGCGAGAC(SEQ ID N°74)；
-AGCTGGATCTCAGTGTTATGCTTGG(SEQ ID N°75)；
-GTGCCTCTCGGGGCTTCTGCCG(SEQ ID N°76)；
-CCTGTGTAGTAATGCTTAGCTTACAC(SEQ ID N°77)；
-CTACGGAGGGGTGGCTGCGTTG(SEQ ID N°78)；
-CTACGGAGGGGTGGCTGCGTTG(SEQ ID N°79)；
-ACAGCTCTGAGCAAAAATTCAAAATG(SEQ ID N°80)；
-GTCCAATGTAGGCGCAGCGTAA(SEQ ID N°81)；
-ATTAGCTGGAACCTCTTGTGGACC(SEQ ID N°82)；
-ATTAGCTGGAACCTCTTGTGGACC(SEQ ID N°83)；
-CTCATTAAACAATTTTTTCTTATAAAGATTG(SEQ ID N°84)；
-GTCATTGCACTCAGGTAGACGTAACA(SEQ ID N°85)；
-CTTTTTTCTTTTGGAAAAGGTTGACG(SEQ ID N°86)；
-ACAGACAATTTTATTGAACACTTTTT(SEQ ID N°87)；
-TTTGAAGAGTTGGCGGATCGGTAT(SEQ ID N°88)；
-ACGGACAATTTTATTTAACACTTTTG(SEQ ID N°89)；
-GCCCTTAAAAKCAGTGGCGGACC(SEQ ID N°90)；
-TAATACATGCAAGTCGAGCGGACAGAT(SEQ ID N°91)；
-GGGTACTTACCTAATACGTGAGTAT(SEQ ID N°92)；
-GAAGGGTARTGTCTTAATACGGCATT(SEQ ID N°93)；
-GGAAGGGYAGTGTGTTAATAGCAC(SEQ ID N°94)；
-ATGACTGTCCATCGCATGGTGGAT(SEQ ID N°95)；
-CTGCGGATCGCATGGTCTGCG(SEQ ID N°96)；
-AATACTTCTCCTCGCATGGGGAGG(SEQ ID N°97)；
-ATGACACACGACCGCATGGTCTGT(SEQ ID N°98)；
-CACCGGAAACGGCCAGAGATGGTCG(SEQ ID N°99)；和
-GAGTGTGGTAGAGGATGGCGGAA(SEQ ID N°100)；
(ii)与以下序列具有至少80％同一性的序列：SEQ N°1SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQID N°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQID N°11,SEQ ID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQ ID N°23,SEQ ID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQ ID N°42,SEQ ID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQ ID N°61,SEQ ID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQ ID N°80,SEQ ID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQ ID N°99和SEQ ID N°100，或
(iii)(i)或(ii)的互补序列。
2.根据权利要求1所述的用途，其中所述至少一种病原体选自细菌和/或真菌。
3.根据权利要求2所述的用途，其中至少一种真菌和/或细菌选自：蜜环菌，Ascochytaphleina，麦根腐平脐蠕孢，禾本科布氏白粉菌，条斑尾孢，麦角菌，三叶草刺盘孢，地衣状伏革菌，近缘弯孢，网斑内脐蠕孢，草内脐蠕孢，早熟禾内脐蠕孢，大斑内脐蠕孢，小麦褐斑内脐蠕孢，柱香菌，大斑凸脐蠕孢，大刀镰孢，早熟禾镰孢，禾顶囊壳菌，Gibberellaintermedia，链孢粘帚霉，Glomerella graminicola，Kabatiella caulivora，Leptosphaeria korrae，Leptosphaerulina australis，菜豆球壳孢菌，早熟禾稻瘟病菌，硬柄小皮伞，Microdochium bolleyi，微座孢属斑病菌，三叶草叉丝壳，露湿漆斑菌，内生真菌属的种，Ophiosphaerella herpotricha，Ophiosphaerella narmari，三叶草霜霉，普通黑痣菌，芸苔疫霉，恶疫霉，柑桔生疫霉，掘氏疫霉，草莓疫霉，大雄疫霉，烟草疫霉，苜蓿假盘菌，禾冠柄锈菌，Puccinia coronate，禾柄锈菌，Puccinia poae-nemoralis，早熟禾柄锈菌，隐匿柄锈菌，高粱柄锈菌，条形柄锈菌，小麦叶锈菌，Pyrenochaeta lycopersici，瓜果腐霉，德巴利腐霉，禾生腐霉，畸雌腐霉，Pythium mastophorum，Pythium sulcatum，终极腐霉，生柱隔胞菌，禾谷丝核菌，草莓丝核菌，Rhynchosporium orthosporum，黑麦喙孢，北方贝核盘霉，Sclerotinia homoeocarpa，核盘菌，三叶草核盘菌，粗柄壳针孢，小麦壳针孢，Stemphylium sarcinaeforme，瓜亡革菌，根串珠霉，Thielaviopsis populi，小麦网腥黑粉菌，小麦矮腥黑穗病菌，钩状木霉，肉孢核瑚菌，雪腐病核瑚菌，Typhula ishikariensis，鸭茅单胞锈菌，白三叶草单孢锈菌，玉蜀黍黑粉菌，裸黑粉菌，香草黑粉菌，小麦散黑粉菌，大丽花轮枝孢；解淀粉芽孢杆菌，绿针假单胞菌，嗜虫沙雷菌，普城沙雷菌，白黄链霉菌，禾生链霉菌，灰绿链霉菌，龟裂链霉菌，疮痂病链霉菌，半透明黄单胞菌。
4.根据权利要求1所述的用途，其用于检测权利要求3中定义的所有真菌和细菌。
5.根据权利要求1所述的用途，其中所述至少一种有益微生物是植物促生根际细菌。
6.根据前述权利要求中任一项所述的用途，其中所述样品是草坪草；土壤；天然肥料，特别是动物来源例如动物粪便或动物粪肥的天然肥料，或植物或草本来源例如叶、茎、根、种子、果实体或花的天然肥料；种子或作物样品。
7.根据权利要求6所述的用途，其中所述样品是草坪草的根或种子或草坪草样品的叶片。
8.根据权利要求6或7所述的用途，其中所述草坪草选自Festaceae，燕麦族，麦类，虎尾草族，结缕草族，黍族和须芒草族。
9.根据前述权利要求中任一项所述的用途，其中所述杂交技术选自微阵列芯片、Southern印迹、Northern印迹、PCR。
10.根据前述权利要求中任一项所述的用途，其中所述杂交技术包括与微阵列芯片组合的PCR，其中所述PCR增加灵敏度、减少背景和/或添加检测标记至PCR产物。
11.一种微阵列芯片，其包含一组包含以下序列或由以下序列组成的核酸：
(i)序列SEQ N°1,SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQ ID N°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQ ID N°11,SEQ ID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQ ID N°23,SEQ ID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQ ID N°42,SEQ ID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQ ID N°61,SEQ ID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQ ID N°80,SEQ ID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQ ID N°99和SEQ ID N°100,
(ii)与以下序列具有至少80％同一性的序列：SEQ N°1,SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQID N°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQID N°11,SEQ ID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQ ID N°23,SEQ ID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQ ID N°42,SEQ ID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQ ID N°61,SEQ ID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQ ID N°80,SEQ ID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQ ID N°99和SEQ ID N°100，或
(iii)(i)或(ii)的互补序列。
12.根据权利要求11所述的微阵列芯片用于检测样品中的至少一种病原体和/或有益微生物的用途。
13.根据权利要求12所述的用途，其中所述至少一种病原体选自细菌和/或真菌。
14.根据权利要求13所述的用途，其中至少一种真菌和/或细菌选自：蜜环菌，Ascochyta phleina，麦根腐平脐蠕孢，禾本科布氏白粉菌，条斑尾孢，麦角菌，三叶草刺盘孢，地衣状伏革菌，近缘弯孢，网斑内脐蠕孢，草内脐蠕孢，早熟禾内脐蠕孢，大斑内脐蠕孢，小麦褐斑内脐蠕孢，柱香菌，大斑凸脐蠕孢，大刀镰孢，早熟禾镰孢，禾顶囊壳菌，Gibberella intermedia，链孢粘帚霉，Glomerella graminicola，Kabatiella caulivora，Leptosphaeria korrae，Leptosphaerulina australis，菜豆球壳孢菌，早熟禾稻瘟病菌，硬柄小皮伞，Microdochium bolleyi，微座孢属斑病菌，三叶草叉丝壳，露湿漆斑菌，内生真菌属的种，Ophiosphaerella herpotricha，Ophiosphaerella narmari，三叶草霜霉，普通黑痣菌，芸苔疫霉，恶疫霉，柑桔生疫霉，掘氏疫霉，草莓疫霉，大雄疫霉，烟草疫霉，苜蓿假盘菌，禾冠柄锈菌，Puccinia coronate，禾柄锈菌，Puccinia poae-nemoralis，早熟禾柄锈菌，隐匿柄锈菌，高粱柄锈菌，条形柄锈菌，小麦叶锈菌，Pyrenochaeta lycopersici，瓜果腐霉，德巴利腐霉，禾生腐霉，畸雌腐霉，Pythium mastophorum，Pythium sulcatum，终极腐霉，生柱隔胞菌，禾谷丝核菌，草莓丝核菌，Rhynchosporium orthosporum，黑麦喙孢，北方贝核盘霉，Sclerotinia homoeocarpa，核盘菌，三叶草核盘菌，粗柄壳针孢，小麦壳针孢，Stemphylium sarcinaeforme，瓜亡革菌，根串珠霉，Thielaviopsis populi，小麦网腥黑粉菌，小麦矮腥黑穗病菌，钩状木霉，肉孢核瑚菌，雪腐病核瑚菌，Typhula ishikariensis，鸭茅单胞锈菌，白三叶草单孢锈菌，玉蜀黍黑粉菌，裸黑粉菌，香草黑粉菌，小麦散黑粉菌，大丽花轮枝孢；解淀粉芽孢杆菌，绿针假单胞菌，嗜虫沙雷菌，普城沙雷菌，白黄链霉菌，禾生链霉菌，灰绿链霉菌，龟裂链霉菌，疮痂病链霉菌，半透明黄单胞菌。
15.根据权利要求12所述的用途，其用于检测权利要求14中定义的所有真菌和细菌。
16.根据权利要求12所述的用途，其中所述至少一种有益微生物是植物促生根际细菌。
17.根据权利要求12至16中任一项所述的用途，其中所述样品是草坪草；土壤；天然肥料，特别是动物来源例如动物粪便或动物粪肥的天然肥料，或植物或草本来源例如叶、茎、根、种子、果实体或花的天然肥料；种子或作物样品。
18.根据权利要求17所述的用途，其中所述样品是草坪草的根或种子或草坪草样品的叶片。
19.根据权利要求17或18所述的用途，其中所述草坪草选自Festaceae，燕麦族，麦类，虎尾草族，结缕草族，黍族和须芒草族。
20.有机样品中的病原体和/或有益微生物的检测方法，其包括以下步骤：
a)从样品和从包含所述病原体和/或有益微生物的DNA的标准品中分离DNA；
b)通过PCR扩增步骤a)中分离的DNA；
c)在如权利要求11中定义的微阵列芯片上杂交所获得的PCR产物；
d)检测结合的DNA；和
e)从其推断样品是否含有病原体和/或有益微生物。
21.根据权利要求20所述的方法，其中待检测的病原体选自细菌和/或真菌。
22.根据权利要求21所述的方法，其中真菌和/或细菌选自：蜜环菌，Ascochytaphleina，麦根腐平脐蠕孢，禾本科布氏白粉菌，条斑尾孢，麦角菌，三叶草刺盘孢，地衣状伏革菌，近缘弯孢，网斑内脐蠕孢，草内脐蠕孢，早熟禾内脐蠕孢，大斑内脐蠕孢，小麦褐斑内脐蠕孢，柱香菌，大斑凸脐蠕孢，大刀镰孢，早熟禾镰孢，禾顶囊壳菌，Gibberellaintermedia，链孢粘帚霉，Glomerella graminicola，Kabatiella caulivora，Leptosphaeria korrae，Leptosphaerulina australis，菜豆球壳孢菌，早熟禾稻瘟病菌，硬柄小皮伞，Microdochium bolleyi，微座孢属斑病菌，三叶草叉丝壳，露湿漆斑菌，内生真菌属的种，Ophiosphaerella herpotricha，Ophiosphaerella narmari，三叶草霜霉，普通黑痣菌，芸苔疫霉，恶疫霉，柑桔生疫霉，掘氏疫霉，草莓疫霉，大雄疫霉，烟草疫霉，苜蓿假盘菌，禾冠柄锈菌，Puccinia coronate，禾柄锈菌，Puccinia poae-nemoralis，早熟禾柄锈菌，隐匿柄锈菌，高粱柄锈菌，条形柄锈菌，小麦叶锈菌，Pyrenochaeta lycopersici，瓜果腐霉，德巴利腐霉，禾生腐霉，畸雌腐霉，Pythium mastophorum，Pythium sulcatum，终极腐霉，生柱隔胞菌，禾谷丝核菌，草莓丝核菌，Rhynchosporium orthosporum，黑麦喙孢，北方贝核盘霉，Sclerotinia homoeocarpa，核盘菌，三叶草核盘菌，粗柄壳针孢，小麦壳针孢，Stemphylium sarcinaeforme，瓜亡革菌，根串珠霉，Thielaviopsis populi，小麦网腥黑粉菌，小麦矮腥黑穗病菌，钩状木霉，肉孢核瑚菌，雪腐病核瑚菌，Typhula ishikariensis，鸭茅单胞锈菌，白三叶草单孢锈菌，玉蜀黍黑粉菌，裸黑粉菌，香草黑粉菌，小麦散黑粉菌，大丽花轮枝孢；解淀粉芽孢杆菌，绿针假单胞菌，嗜虫沙雷菌，普城沙雷菌，白黄链霉菌，禾生链霉菌，灰绿链霉菌，龟裂链霉菌，疮痂病链霉菌，半透明黄单胞菌。
23.根据权利要求20所述的方法，其用于检测权利要求22中定义的所有真菌和细菌，其中在步骤b)中进行两个PCR，第一个针对真菌DNA并且第二个针对细菌DNA。
24.根据权利要求23所述的方法，其中将所述两个PCR组合在一个单反应管中。
25.根据权利要求20所述的方法，其中所述有益微生物是促进植物生长的根际细菌。
26.根据权利要求20至24中任一项所述的方法，其用于在其使用之前就病原体的不存在筛选样品。
27.一种用于检测有机样品中的病原体和/或有益微生物的试剂盒，其包含：
(i)以下序列的核酸：SEQ N°1SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQ ID N°4,SEQ ID N°5,SEQID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQ ID N°11,SEQ ID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQ ID N°23,SEQ ID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQ ID N°42,SEQ ID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQ ID N°61,SEQ ID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQ ID N°80,SEQ ID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQ ID N°99和SEQ ID N°100,
(ii)与以下序列具有至少80％同一性的序列：SEQ ID N°1,SEQ ID N°2,SEQ ID N°3,SEQ ID N°4,SEQ ID N°5,SEQ ID N°6,SEQ ID N°7,SEQ ID N°8,SEQ ID N°9,SEQ ID N°10,SEQ ID N°11,SEQ ID N°12,SEQ ID N°13,SEQ ID N°14,SEQ ID N°15,SEQ ID N°16,SEQ ID N°17,SEQ ID N°18,SEQ ID N°19,SEQ ID N°20,SEQ ID N°21,SEQ ID N°22,SEQID N°23,SEQ ID N°24,SEQ ID N°25,SEQ ID N°26,SEQ ID N°27,SEQ ID N°28,SEQ ID N°29,SEQ ID N°30,SEQ ID N°31,SEQ ID N°32,SEQ ID N°33,SEQ ID N°34,SEQ ID N°35,SEQ ID N°36,SEQ ID N°37,SEQ ID N°38,SEQ ID N°39,SEQ ID N°40,SEQ ID N°41,SEQID N°42,SEQ ID N°43,SEQ ID N°44,SEQ ID N°45,SEQ ID N°46,SEQ ID N°47,SEQ ID N°48,SEQ ID N°49,SEQ ID N°50,SEQ ID N°51,SEQ ID N°52,SEQ ID N°53,SEQ ID N°54,SEQ ID N°55,SEQ ID N°56,SEQ ID N°57,SEQ ID N°58,SEQ ID N°59,SEQ ID N°60,SEQID N°61,SEQ ID N°62,SEQ ID N°63,SEQ ID N°64,SEQ ID N°65,SEQ ID N°66,SEQ ID N°67,SEQ ID N°68,SEQ ID N°69,SEQ ID N°70,SEQ ID N°71,SEQ ID N°72,SEQ ID N°73,SEQ ID N°74,SEQ ID N°75,SEQ ID N°76,SEQ ID N°77,SEQ ID N°78,SEQ ID N°79,SEQID N°80,SEQ ID N°81,SEQ ID N°82,SEQ ID N°83,SEQ ID N°84,SEQ ID N°85,SEQ ID N°86,SEQ ID N°87,SEQ ID N°88,SEQ ID N°89,SEQ ID N°90,SEQ ID N°91,SEQ ID N°92,SEQ ID N°93,SEQ ID N°94,SEQ ID N°95,SEQ ID N°96,SEQ ID N°97,SEQ ID N°98,SEQID N°99和SEQ ID N°100，或
(iii)(i)或(ii)的互补序列的核酸。
28.一种治疗患病草坪草的方法，其包括以下步骤：
a)使用如权利要求1中定义的一组核酸，通过组合PCR和微阵列芯片的方法检测其中生长患病草坪草的土壤的样品或患病草坪草的样品中的来自至少一种病原性真菌和/或细菌的核酸的存在或不存在；
b)如果在步骤a)中检测到来自一种或多种病原性真菌和/或细菌的核酸，则选择一种或多种靶向已检测到来自其的核酸的一种或多种病原性真菌和/或细菌的抗真菌剂和/或抗细菌剂；和
c)将步骤b)中选择的一种或多种抗真菌剂和/或抗细菌剂施加至患病草坪草。
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