CN105664163A - mir-5010及其成熟miRNA在制备骨肉瘤诊疗制剂的应用 - Google Patents
mir-5010及其成熟miRNA在制备骨肉瘤诊疗制剂的应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN105664163A CN105664163A CN201610069063.1A CN201610069063A CN105664163A CN 105664163 A CN105664163 A CN 105664163A CN 201610069063 A CN201610069063 A CN 201610069063A CN 105664163 A CN105664163 A CN 105664163A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- mir
- osteosarcoma
- mirna
- reagent
- cell
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/178—Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Pathology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Oncology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明涉及mir-5010及其成熟miRNA在制备骨肉瘤诊疗制剂的应用,更具体的涉及has-mir-5010及其成熟miRNA在制备骨肉瘤转移诊疗制剂的应用。高通量测序分析转移性骨肉瘤患者及原发性骨肉瘤对照,获得其miRNA的表达数据,对候选基因miR-5010-5p进行RT-PCR验证及Transwell实验检测其对细胞迁移和侵袭能力的影响,结果显示,本发明提供的miR-5010-5p骨肉瘤转移密切相关,为临床诊断及治疗提供参考,具有很好的临床应用价值。
Description
技术领域
本发明涉及分子生物学领域,具体的涉及mir-5010及其成熟miRNA在制备骨肉瘤诊疗制剂的应用,更具体的涉及has-mir-5010及其成熟miRNA在制备骨肉瘤转移诊疗制剂的应用。
背景技术
骨肉瘤(osteosarcoma,OSA)是源于间叶组织的恶性肿瘤,以能产生骨样组织的梭形基质细胞为特质,多发生在青少年,严重影响青壮年身心健康,社会危害极大。有资料显示,80-90%的患者确诊前已经发生了全身的微病灶转移,目前,单一肺转移大多进行手术切除,但是对于多发转移灶仍没有办法,因此,骨肉瘤转移成为当前进一步提高生存率的瓶颈,研究揭示骨肉瘤转移机制是临床中迫切需要解决的重大问题。骨肉瘤的病因和转移机理尚不完全清楚,研究表明,某些癌基因、抑癌基因、转移相关基因的异常表达及肿瘤细胞分泌的某些因子和骨肉瘤的发生及转移密切相关。
MicroRNAs(miRNAs)是一种大小约21-23个碱基的单链小分子RNA,是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成。miRNA通过特异性结合靶基因来调控其表达,典型作用方式主要有两种:通常情况下,复合物中的单链miRNA与靶mRNA的3’UTR不完全互补配对,阻断靶基因的翻译,从而调节基因表达;另一种作用方式与siRNA类似,当miRNA与mRNA完全互补配对时,Ago2蛋白通过切割mRNA直接导致其降解,实现基因沉默。
发明基于高通量测序方法,对5例转移性骨肉瘤患者及5例原发性骨肉瘤患者对照进行测序,获得其miRNA的表达数据,进而进行生物信息学分析,选取后备miRNA进行分子生物学验证,结果显示,本发明提供的miRNA与骨肉瘤转移密切相关,可用于临床诊断及预防检测,具有很好的临床应用价值。
发明内容
本发明的目的在于提供一种防治骨肉瘤转移试剂,所述试剂包含:
(a)抑制剂和/或抑制剂组合物,所述抑制剂和/或抑制剂组合物下调mir-5010和/或其成熟miRNA的转录和/或阻断mir-5010和/或其成熟miRNA的活性;
(b)药剂学上能接受的载体。
mir-5010的序列见序列表SEQIDNO1,mir-5010的成熟miRNA为miR-5010-5p和miR-5010-3p序列见序列表SEQIDNO2和SEQIDNO3。
优选的,采用反义寡核苷酸、antagomiRs、miRNA海绵、miRNAErasers、TargetMasking和/或多靶点反义寡核苷酸的方法下调mir-5010和/或其成熟miRNA的转录和/或阻断mir-5010和/或其成熟miRNA的活性。
本发明的目的在于提供mir-5010和/或其成熟miRNA在制备诊断和/或防治骨肉瘤试剂中的应用。
优选的,mir-5010的成熟miRNA为miR-5010-5p,miR-5010-5p在转移性骨肉瘤组中高表达。
进一步,诊断和/或防治骨肉瘤试剂为诊断和/或防治骨肉瘤转移试剂。
进一步,mir-5010和/或其成熟miRNA在制备诊断和/或防治骨肉瘤细胞迁移和侵袭试剂中的应用。
进一步,诊断骨肉瘤试剂包括基于高通量测序方法和/或基于定量PCR方法和/或基于探针杂交方法检测骨肉瘤样本中mir-5010和/或其成熟miRNA的转录或基于免疫检测方法检测骨肉瘤样本中mir-5010调控的靶基因的表达情况,优选采用northern杂交方法、miRNA表达谱芯片、核酶保护分析技术、RAKE法、原位杂交、基于微球的流式细胞术检测骨肉瘤样本中mir-5010和/或其成熟miRNA的转录;采用ELISA和/或胶体金试纸条检测骨肉瘤样本中mir-5010调控的靶基因的表达情况。
优选的,基于定量PCR方法包括特异性扩增mir-5010和/或其成熟miRNA的引物,进一步优选,特异性扩增mir-5010成熟miRNA的引物序列为SEQIDNO4;基于探针杂交方法包括与mir-5010和/或其成熟miRNA的核酸序列杂交的探针;免疫检测方法包括与mir-5010调控基因表达蛋白特异性结合的抗体。
进一步,检测骨肉瘤样本为外周血。
进一步,防治骨肉瘤试剂包括下调mir-5010和/或其成熟miRNA的转录和/或抑制mir-5010和/或其成熟miRNA的活性的试剂。
优选的,采用反义寡核苷酸、antagomiRs、miRNA海绵、miRNAErasers、TargetMasking和/或多靶点反义寡核苷酸的方法下调mir-5010和/或其成熟miRNA的转录和/或阻断mir-5010和/或其成熟miRNA的活性。
本发明的目的在于提供一种骨肉瘤诊断试剂,骨肉瘤诊断试剂能够检测骨肉瘤样本中mir-5010和/或其成熟miRNA的转录或免疫检测方法检测骨肉瘤样本中mir-5010和/或其成熟miRNA调控的靶基因的表达情况。
进一步,骨肉瘤诊断试剂基于高通量测序方法和/或基于定量PCR方法和/或基于探针杂交方法检测骨肉瘤样本中mir-5010和/或其成熟miRNA的转录或基于免疫方法检测骨肉瘤样本中mir-5010和/或其成熟miRNA调控的靶基因的表达情况,优选采用northern杂交方法、miRNA表达谱芯片、核酶保护分析技术、RAKE法、原位杂交、基于微球的流式细胞术检测骨肉瘤样本中mir-5010和/或其成熟miRNA的转录;采用ELISA和/或胶体金试纸条检测骨肉瘤样本中mir-5010和/或其成熟miRNA调控的靶基因的表达情况。
本发明的目的在于提供mir-5010的靶基因在制备诊断和/或防治骨肉瘤制剂中的应用。
进一步的,所述骨肉瘤为转移性骨肉瘤。
定义:
现阶段检测miRNA的表达水平的方法主要包括基于高通量测序技术、基于核苷酸杂交和基于PCR的miRNA检测方法。基于探针杂交技术的miRNA检测方法是一种直接检测法,不需要对样本RNA进行预扩增,包括northern杂交方法、miRNA表达谱芯片、核酶保护分析技术、RAKE法、原位杂交、基于微球的流式细胞术等技术。
(1)Northern杂交
又称RNA印迹技术为最经典的检测真核生物RNA大小,估计其丰度的实验方法。基本原理如下:首先在载体(如硅片、微球或膜等)上固定miRNA样本,再与经过标记的探针杂交,洗涤多余的杂交探针后进行信号检测;也可以在载体上先固定与靶miRNA序列互补的DNA探针,然后与经过标记的样本miRNA杂交,再进行信号检测。信号标记的方法包括同位素标记、荧光标记和纳米金标记等。
(2)miRNA表达谱芯片
原理同样是使用标记探针检测固相支持物上的目标分子。通过设计芯片上miRNA基因及内参序列,可精确分析出样品中相应miRNA的表达水平。基因芯片具有高通量的优点,可以一次在同一样本中检测出几百个基因的全部表达。Luminex公司研制的液相芯片(Liquidchip)又称多功能悬浮点阵(Multianalytesuspensionarray,MASA),是出的新一代生物芯片技术。液相芯片体系由许多小球体为主要基质构成,每种小球体上固定有不同的探针分子,为了区分不同的探针,每一种用于标记探针的球形基质都带有一个独特的色彩编号,将这些小球体悬浮于一个液相体系中,就构成了液相芯片系统。该系统可以对同一个微量样本中的多个不同分子同时进行快速的定性、定量分析,这种检测技术被称为FMAP(Flexiblemultianalyteprofiling)技术。分子杂交在悬浮溶液中进行,检测速度极快。
(3)核酶保护分析技术(RPA)
miRNA的检测还可以采用核酶保护分析技术,将标记好的探针和待测RNA样本混合,热变性后杂交,未杂交的RNA和多余的探针用单链核酸酶消化,热失活核酸酶后纯化受保护的RNA分子,最后通过变性PAGE电泳分离探针,显色。这种基于液相杂交的新方法简单快速,灵敏度高,但也只能用于分析已知miRNA。
(4)RAKE法
RAKE法(RNAprimedarraybasedKlenowemzyme)是在miRNAmicroarray的基础上利用DNA聚合酶I的Klenow片段,使miRNA与固定的DNA探针杂交的方法。RAKE可以敏感特异地检测miRNA,适用于大量快速的筛选所有己知的miRNA。能够在特定的细胞和肿瘤中检测miRNA表达谱情况。不仅如此,RAKE法还可以从由福尔马林固定了的石蜡包埋的组织中分离出miRNA并对其进行分析,为从存档标本中分析miRNA开启了希望之门。
(5)原位杂交(insituhybridization)
原位杂交技术可直观了解miRNA表达方式,是观测miRNA时空表达的一种较简便的方法,常标记方式包括地高辛、生物素、荧光标记等。锁定核酸基础上的原位杂交(LockedNucleicAcid(LNA)basedinsituhybridization(LNA-ISH))是当前应用较多的探针方式。
(6)基于微球的流式细胞术(bead-basedflowcytometry)
是一种液相芯片技术,该方法将流式细胞检测与芯片技术有机地结合起来,兼有通量大、检测速度快、灵敏度高和特异性好等特点。
(7)实时荧光定量PCR技术(Real-timePCR,RT-PCR)
荧光检测PCR仪可对整个PCR过程中扩增序列的累积速率绘制动态变化曲线。在反应混合体系中靶序列的起始浓度越大,要求获得扩增产物某特定产量的PCR循环数(一般用特定阈值循环数Ct来表达)越少。由于miRNA长度仅为22nt,传统的qRT-PCR不适合扩增如此短的片段。现今有几种用于miRNA的实时定量PCR方法,如加尾法、颈环法等。颈环法是一种理想的miRNA检测qRT-PCR方法:首先设计特殊的茎环结构引物,以待测miRNA为模板逆转录合成cDNA第一链,该cDNA一端为茎环状引物,茎环状结构被打开便增加了cDNA的长度,随后以合成的cDNA为模板设计引物进行实时定量PCR扩增。qRT-PCR具有特异性高、灵敏度好、快速简单等多种优点。
(8)测序法
大部分已知的miRNA都是通过cDNA克隆测序发现和鉴定的。该法需要先构建miRNA的cDNA文库,再进行PCR扩增,扩增产物随后克隆到表达载体上测序。Takada开发了一种改进的扩增克隆法(miRNAamplificationprofiling,mRAP),mRAP法先在miRNA的3’端连上接头,然后用与接头互补的反转录引物反转录。因为特定的反转录酶具有末端脱氧核苷酸转移酶活性,一些核苷酸(主要是脱氧胞苷酸)会连接到反转录出的cDNA链的3’末端。当5’端接头与cDNA链的poly(C)粘性末端退火后,加入一对共用引物即可实现对cDNA的PCR扩增。由于mRAP高度灵敏,可以直接用克隆和测序技术检测少量组织中miRNA的表达量。标签序列克隆法是一种在在基因表达系列分析(SAGE)技术的基础上发展了检测效率更高的miRAGE(miRNASAGE)克隆法,该法通过生成大的串联子,通过单个测序反应可检测多个miRNA,明显提高了检测效率。
高通量测序(High-throughputsequencing)又称下一代测序技术(nextgenerationsequencing)是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,极大提高了测序效率。这类大规模测序技术极大的提高了多个物种遗传信息的解读速度,为获取所有miRNA的序列信息,解密miRNA图谱提供了保证。同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(deepsequencing)。高通量测序平台的代表是罗氏公司(Roche)的454测序仪(RochGSFLXsequencer),Illumina公司的Solexa基因组分析仪(IlluminaGenomeAnalyzer)和ABI的SOLiD测序仪(ABISOLiDsequencer)。
免疫检测方法是以一种抗体或多种抗体作为分析试剂,对待测物进行定量或定性分析的检测方法。其基本原理是抗体和抗原之间的相互作用。为提高抗原和抗体检测的敏感性,将已知抗体或抗原标记上易显示的物质,通过检测标记物,反映有无抗原抗体反应,从而间接测出微量的抗原或抗体。常用的标记物有酶、荧光素、放射性同位素、胶体金及电子致密物质等。这种抗原或抗体标记上显示物所进行的特异性反应称为免疫标记技术(immunolabellingtechnique)。目前应用最广的免疫检测技术主要有:酶联免疫吸附试验(enzyme-linkedimmunosorbentassay,ELISA),胶体金免疫层析法等。
酶联免疫吸附试验原理是将抗原或抗体与底物(酶)结合,使其保持免疫反应和酶的活性。把标记的抗原或抗体与包被于固相载体上的配体结合,再使之与相应的无色底物作用而显示颜色,根据显色深浅程度目测或用酶标仪测定OD值判定结果。
胶体金试纸条一般由样品垫、金标垫、层析膜、吸水垫四部分组成。层析材料有硝化纤维膜(NC)、聚酯膜、尼龙膜和PVDF膜等,根据试验需要可选择不同要求的膜,其中NC膜最为常用,使用前可根据试验具体情况确定是否需要活化或处理,多数情况下无需处理,即可直接使用。将金标蛋白溶液均匀喷涂在金标垫上,于室温下晾干备用。NC膜可捕获一定量的包被(抗体)和二抗作为检测线和质控线。最后将样品垫、金标垫、NC膜和吸水纸依次固定于PVC板,即成试纸条。
基于RNA的microRNA功能获得性技术即通过外源性补充miRNAs合成的前体物质来升高miRNAs的水平。例如,可以人工合成与内源性miRNA序列一致的短发夹样RNA(shorthairpinRNA,shRNA),由聚合酶II或III做启动子,以病毒为载体转染细胞,被Dicer酶修饰后载入RISC发挥作用,相当于升高pre-miRNA的水平,作用效果稳定而持久。
基因特异性miRMimics技术该技术避免了miRNA与基因的非特异性作用。这种人工合成的与靶基因3’UTR互补结合的特异性寡核苷酸链,能够起到与miRNA相同的转录后调节作用。
包含在本发明的药剂学组合物的药剂学上许可的载体为在制剂时通常利用的载体,该载体包含乳糖(lactose)、右旋糖(dextrose)、蔗糖(sucrose)、山梨醇(sorbitol)、甘露醇(mannitol)、淀粉、阿拉伯橡胶、磷酸钙、藻酸盐(alginate)、凝胶(gelatin)、硅酸钙、微晶纤维素、聚乙烯吡咯烷酮(polyvinylpyrrolidone)、纤维素(cellulose)、水、糖浆、甲基纤维素(methylcellulose)、羟基苯甲酸甲酯(methylhydroxybenzoate)、丙基羟基苯甲酸丙酯(propylhydroxybenzoate)、滑石、硬脂酸镁(stearicacidmagnesium)及矿物油(mineraloil)等,但并非局限于此。
本发明的药剂学组合物除了上述成分以外还可以包含润滑剂、湿润剂、甜味剂、香味剂、乳化剂、悬浮剂、防腐剂等。药剂学上许可的适合的载体和制剂详细记载于雷明登氏药学全书。
本发明的药剂学组合物能通过口服或非口服进行给药,作为非口服给药时,能通过静脉内注射,鼻腔内注射,局部注射,脑室内注射,脊髓腔注射,皮下注射,腹腔注射,经皮给药等方式进行给药。
本发明的药剂学组合物的适合的给药剂量根据制剂化方法、给药方式、患者的年龄、体重、性别、病态、食物、给药时间、给药途径、排泄速度及反应灵敏性之类的因素而可以进行多种处方,通常,熟练的医生能够容易地决定及处方对所希望的治疗或预防有效的给药剂量。
本发明的药剂学组合物根据本发明所属技术领域的普通技术人员可以容易实施的方法,利用药剂学上能接受的载体和/或赋形剂来进行制剂化,从而能够以单位用量形态制备或者内装在多容量容器内来制备。此时,剂型是油性或者水性介质中的溶液、悬浮液或乳化液形态,或者也可以是浸膏剂、粉末剂、颗粒剂、片剂或者胶囊剂形态,还可以包括分散剂或者稳定剂。
附图说明
图1是RT-PCR检测转移性骨肉瘤中miR-5010-5p相对表达水平图
具体实施方式
下面结合具体实施例,进一步阐述本发明,仅用于解释本发明,而不能理解为对本发明的限制。本领域的普通技术人员可以理解:在不脱离本发明的原理和宗旨的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型,本发明的范围由权利要求及其等同物限定。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件或按照厂商所建议的条件实施检测。
实施例1样品的收集及总RNA提取
5例转移性骨肉瘤患者及5例原发骨肉瘤患者对照。所有患者要求空腹至少12h,于次日清晨7:00~8:00室温下,抽取10ml静脉血于乙二胺四乙酸(EDTA)抗凝管,提取外周血单个核细胞PBMCs,加入1mlTrizol试剂(Invitrogen公司),充分混匀,-80℃保存标本,以用于RNA提取。所有的血样和病理结果应真实可靠,研究经伦理委员会批准,患者知情同意。
RNA提取标准:RNA纯度:OD260/280≧1.8,28S/18S≧1;RNA完整性:RIN值≧7.0。RNA完整性检测方法:Agilent2100(RNA6000Nanokit)、琼脂糖凝胶电泳(琼脂糖凝胶浓度:1%琼脂糖胶;电压:5V/cm;时间:20min)。实施例2测序及数据分析
测序:运用lluminaHiseq2500/Miseq第二代高通量测序技术对mRNA和miRNA进行测序,通过去接头、去低质量、去污染等过程完成数据的处理,得到最终数据。
通过转录组数据分析软件对miRNA原始数据进行背景校正后进行t-test得到P值,然后利用Fisher检验合并P值,筛选差异表达miRNA。设定p值<0.01,共筛选出2个差异表达水平上调的miRNA,其中,上调表达的hsa-miR-5010-5p进入我们的研究范围。
实施例3Real-timePCR检测骨肉瘤组织中miR-5010-5p基因的表达
1样品采集:
46例转移性骨肉瘤患者和28例原发性骨肉瘤患者对照的外周血均来自医院(采集时间2014年1月-2015年5月)。
2总RNA提取:
相关实验物品的去Rnase的处理:
①将所有玻璃器皿应用前均用DEPC冲洗侵泡,120℃高压20min,180℃高温烤干2小时以上。
②将塑料器皿(如:EP管/枪头)使用前需用0.1%DEPC水侵泡过夜,后控干液体,120℃高压20min,烤箱烤干备用。
白细胞分离
(1)取2m1抗凝外周血(采血时间不超过3h);
(2)加入等体积无菌PBS于外周血中充分混合,形成细胞悬液;
(3)加入4m1淋巴细胞分离液于另一离心管;
(4)吸取4m1细胞悬液沿管壁轻轻加入到淋巴细胞分离液表面(注意勿与淋巴细胞分离液混合)。离心1500rpm20min;
(5)用吸管轻轻吸出界面层(白膜)入另一离心管中。无菌冷PBS洗2次,最后1次洗涤可以将细胞悬液移入EP管中,离心去上清,用于提取RNA。
RNA提取
(1)先加lmlTrizol于EP管中,若冻存细胞直接加入Trizol,不需解冻,吹打裂解后室温静置5-l0min;
(2)加入0.2m1氯仿,剧烈震荡15s,室温静置2-3min,在4℃下12000转离心15min;
(3)小心吸出上清水相约600ul移入另一离心管(注意不要抽到蛋白层),加入500:1异丙醇,颠倒混匀,室温静置10min;
(4)4℃12000g离心l0min,弃上清液,底部可见白色物质;
(5)加入lml75%冷乙醇旋转洗涤,清洗异丙醇;
(6)4℃7500g离心5min,去除乙醇后晾5-l0min,半透明即可,以20u1DEPC水溶解RNA。取3u1RNA样本,于1.5%琼脂糖凝胶中电泳;lu1RNA样品于紫外分光光度计检测浓度,以A260/280在1.8-2.0视为RNA样本合格。
3miRNA逆转录:
RT体系的配制:1μg总RNA作为模板RNA;5×miScriptHiSpecBuffer4μl;10×NucleicsMix2μl;miScriptReverseTranscriptaseMix2μl;灭菌水补平至20μl。ABI9700型PCR仪上37℃保温60min使逆转录反应完全后,95℃5min终止反应。加入80μlNuclease-freeH2O稀释至100μl储存在-20℃冰箱备用。
4荧光定量PCR
miRNA的RT-PCR体系的配制:
miRNAs的表达检测每次设置3个平行管反应,以snRNAU6作为内参。
扩增程序:95℃10min;40个循环(95℃10s,60℃30s)。
5统计学分析
实时定量PCR扩增曲线拐点清楚,扩增曲线整体平行性好,表明各反应管的扩增效率相近,极限平而无上扬现在,曲线指数期斜率较大,说明扩增效率较高;样本扩增产物溶解曲线都是单峰,说明扩增产物只有一条,为特异性扩增;根据qRT-PCR的相对定量公式:2-ΔCt×100%,比较miR-5010-5p基因在转移性骨肉瘤组和原发性骨肉瘤组中的表达水平。结果显示:qRT-PCR扩增结果稳定,其中miR-5010-5p在转移组表达水平明显高于原发对照组,约是对照组的2倍(具体见图1),以上结果验证了高通量转录组表达数据的整合分析的结果。
实施例4骨肉瘤细胞系MG-63的培养
一、材料
(一)标本来源
人骨肉瘤细胞系MG-63购自中科院上海细胞研究所。
(二)主要试剂
DMEM/HIGHGlucose(1×)(赛默飞世尔生物化学制品(北京)有限公司)
(三)主要溶液
1、细胞培养液
DMEM培养基+10%标准胎牛血清。
2、PBS(平衡盐溶液)
在800m1蒸馏水中溶解8gNaCl,0.25gKCl,1.44gNa2HPO4和0.24gKH2PO4用HCl调节溶液的pH值至7.4,加水定容至1L,高压灭菌,室温保存。
3、0.25%胰蛋白酶消化液
0.25g胰蛋白酶加入100m1去离子水中,滤器过滤灭菌,分装备用。
二、实验方法
(一)细胞培养
1、细胞传代
(1)将长满细胞的培养瓶中原来的培养液弃去,加入0.25%胰蛋白酶液1m1,覆盖细胞层,瓶口消毒,加盖;
(2)倒置显微镜下观察细胞变化,随着时间的推移,原贴壁的细胞逐渐趋于圆形,细胞间质回缩,细胞间隙加大,在还未漂起时将胰酶弃去,加入5ml含10%胎牛血清的培养液终止消化;
(3)细胞计数:取上述细胞悬液0.5mI,适当稀释后滴入血细胞计数板内,按白细胞计数法数四角四大格内细胞总数,计数时仅计数细胞核和细胞浆完整的细胞,成堆的细胞按一个细胞计算,将4大方格内的细胞总数按下列公式换算成每毫升细胞悬液中的细胞数:细胞总数/ml=4大格细胞总数/4×104×稀释倍数;
(4)根据细胞计数结果,用DMEM完全培养液进一步稀释为每毫升含3×105个细胞浓度,分装于培养瓶中(8m1/每瓶),放置于37℃,5%CO2培养箱中培养。2、细胞冻存
(1)消化细胞(方法同上),将细胞悬液收集至离心管中,1000rpm离心5min,弃上清液;
(2)沉淀加含保护液的培养液,计数,调整至5×106/ml左右,将悬液分至冻存管中,每管1ml;
(3)将冻存管口封严,否则复苏时易出现爆裂,贴上标签,写明细胞种类,冻存日期;
(4)按下列顺序降温:室温4℃(20分钟),冰箱冷冻室(30分钟)、低温冰箱(-30℃,1小时),低温冰箱(-70℃,过夜)、液氮。
3、细胞复苏
(1)从液氮中取出冻存管,迅速置于37℃温水中并不断搅动。使冻存管中的冻存物在1分钟之内融化,管消毒,入台;
(2)打开冻存管,将细胞悬液吸到离心管中,1000rpm离心10分钟,弃去上清液;
(3)沉淀加10ml培养液,吹打均匀,再离心10分钟,弃上清液;
(4)加入新培养液适当稀释,轻轻混匀,接种于培养瓶中培养。
实施例5转染miR-5010-5p对骨肉瘤细胞增殖的影响
一、材料
(一)标本来源
人骨肉瘤细胞系MG-63购自中科院上海细胞研究所。
(二)主要试剂
LipofectamineTM2000TransfectionReagent(Invitrogen),MTT(Solarbio),Transwell小室(Corning),Matrigel胶(BD)。
(三)序列合成
将miR-5010-5p序列发给上海吉玛公司,由其合成miR-5010-5pmimics、anti-miR-5010-5p。三种核苷酸序列的5’端用FAM修饰,可发绿色荧光,转染进细胞后可以在荧光显微镜下观测。
miR-5010-5pmimics序列:
5’-AGGGGGAUGGCAGAGCAAAAUU/UUUUGCUCUGCCAUCCCCCUUU-3’(SEQIDNO5)
anti-miR-5010-5p序列:
5’-AAUUUUGCUCUGCCAUCCCCCU-3’(SEQIDNO6)
二、实验方法
(一)人骨肉瘤细胞MG-63的培养
方法步骤同实施例6。
(二)细胞分组及转染
1、细胞分组
对照组(不转染)、转染miR-5010-5pmimics组(简称mimics组)、转染anti-miR-5010-5p组(简称anti组)。
2、转染
按照LipofectamineTM2000TransfectionReagent提供的步骤进行。
消化离心细胞:取长势良好对数生长期细胞,胰酶消化,加入新培养基,轻轻吹打均匀后,移入离心管,离心机1000r/min离心5min,弃上清。
细胞铺板:离心后的细胞加新培养基,用吸管将细胞吹打均匀,用移液器移出10ul,计数板计数,将细胞浓度调整适合浓度,将浓度标定好的细胞均匀铺进6孔板,每孔细胞数为1×105个,置入孵箱孵育过夜备用。细胞均分3大组,分别为转染miR-5010-5pmimics,anti-miR-5010-5p,以不转染任何序列的细胞作为对照。每大组细分3个副孔。
细胞转染:1)将铺板的细胞取出并用移液器吸出培养基,每孔加入lml的Opti-MEMI培养基。2)转染用液体配制:A液为按照以最终浓度为100nM(6孔板转染Opti-MEMI最终体积为2m1)计算出所需的加入物的量,加入到500uI的Opti-MEMI培养基中混匀;B液同样按照脂质体最终浓度计算出所需的LipofectamineTM2000转染试剂,加入到加入到500ul的Opti-MEMI培养基中混匀;A液和B液静置5min,5分钟后将A液和B液混合得到C液,轻轻吹打混匀,然后静置20min,以上操作避光。3)20min后,将C液加入到铺有细胞的6孔板中。置入孵箱孵育,4h后更换为完全培养基,继续后续试验。
3、转染效率的验证
因为在合成的模拟物(miR-5010-5pmimics)、抑制物(anti-miR-5010-5p)等核苷酸的5’端有FAM荧光标记,转染进细胞的合成核苷酸可以用荧光显微镜观察。转染后24h,利用荧光显微镜观察具有荧光的细胞的数量和转染效率。(三)Transwell迁移实验检测细胞迁移能力
1)采用含8um孔径聚碳酯膜的Transwell小室24孔板,在Transwell小室的下室中预先加入600ul含10%FBS的DMEM培养液,37℃平衡1小时。
2)收集各组对数期细胞,用PBS(pH7.4)漂洗3次,含10%FBS的RPMI1640培养液重悬各组细胞,计数后调整细胞密度为5×105个/ml,取100ul/孔加入上室。置于5%CO2、37℃恒温培养箱中孵育48小时。
3)取出Transwell小室,用棉签刮除滤膜上室面的细胞。
4)PBS漂洗后用4%多聚甲醛固定,结晶紫染色。
5)在200倍显微镜下计数滤膜下室面的细胞数,每个孔随即计数5个视野中的细胞数目。取其平均值,以迁移细胞的数目来表示各组细胞的迁移能力。
(四)Transwell侵袭实验检测细胞侵袭能力
1)提前一天冰上融化Matrigel,准备预冷的Tip、移液枪、Transwell小室。
2)将细胞外基质Matrigel,按50ul/cm2的比例加入Transwell小室的聚碳酯膜的上表面,37℃放置30分钟使其成胶。
3)在Transwell小室的下室中预先加入600ul含10%FBS的DMEM培养液,37℃平衡1小时。
4)收集各组对数期细胞,用PBS(pH7.4)漂洗3次,含10%FBS的RPMI1640培养液重悬各组细胞,计数后调整细胞密度为5×105个/ml,取100ul/孔加入上室。置于5%CO2,37℃恒温培养箱中孵育48小时。
5)取出Transwell小室,用棉签刮除滤膜上室面的细胞。
6)PBS漂洗后用4%多聚甲醛固定,结晶紫染色。
7)在200倍显微镜下计数滤膜下室面的细胞数,每个孔随即计数5个视野中的细胞数目。取其平均值,以迁移细胞的数目来表示各组细胞的侵袭能力。
三、实验结果
荧光显微镜观察转染效率。24小时后,荧光显微镜下观察,miR-5010-5pmimics、anti-miR-5010-5p均被成功转染进骨肉瘤细胞MG-63中,具有荧光颗粒的细胞占细胞总数80%-85%左右,显示转染成功。
用Transwell小室迁移和侵袭实验来分析miR-5010-5p对细胞MG-63迁移和侵袭能力的影响,结果显示,转染anti-miR-5010-5p的MG-63细胞迁移和侵袭的能力较对照组均有明显的下降,其迁移能力和侵袭能力分别减少了52%和54%,与此同时,转染miR-5010-5pmimics的MG-63细胞迁移和侵袭的能力较对照组均有明显的提高,其迁移能力和侵袭能力分别是对照组的136%和141%。
虽然已参考各种优选实施方案描述了本发明,但本领域技术人员理解,可进行各种变化,并且可用等同物替代其组件而不背离本发明的基本范围。此外,可进行许多改动来使特定情况或材料适合于本发明的教导而不背离其基本范围。
因此,本发明无意限定于本文中公开的用于进行本发明的特定实施方案;相反地,本发明意欲包括落在权利要求书范围内的所有实施方案。
Claims (10)
1.一种防治骨肉瘤转移试剂,所述试剂包含:
(a)抑制剂和/或抑制剂组合物,所述抑制剂和/或抑制剂组合物下调mir-5010和/或其成熟miRNA的转录和/或阻断mir-5010和/或其成熟miRNA的活性;
(b)药剂学上能接受的载体。
2.根据权利要求1所述的防治骨肉瘤转移试剂,其特征在于,抑制剂为anti-miR-5010-5p,序列为SEQIDNO6。
3.mir-5010和/或其成熟miRNA在制备诊断和/或防治骨肉瘤试剂中的应用。
4.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,骨肉瘤试剂为骨肉瘤转移试剂。
5.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,mir-5010和/或其成熟miRNA在制备诊断和/或防治骨肉瘤细胞迁移和侵袭试剂中的应用。
6.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,诊断骨肉瘤试剂包括基于高通量测序方法和/或基于定量PCR方法和/或基于探针杂交方法检测骨肉瘤样本中mir-5010和/或其成熟miRNA的转录或基于免疫检测方法检测骨肉瘤样本中mir-5010调控的靶基因的表达情况。
7.据权利要求6所述的应用,其特征在于,采用northern杂交方法、miRNA表达谱芯片、核酶保护分析技术、RAKE法、原位杂交、基于微球的流式细胞术检测骨肉瘤样本中mir-5010和/或其成熟miRNA的转录;采用ELISA和/或胶体金试纸条检测骨肉瘤样本中mir-5010调控的靶基因的表达情况。
8.据权利要求5所述的应用,其特征在于,定量PCR方法包括特异性扩增mir-5010和/或其成熟miRNA的引物,优选的,特异性扩增mir-5010成熟miRNA的引物序列为SEQIDNO4。
9.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,防治骨肉瘤试剂包括下调mir-5010和/或其成熟miRNA的转录和/或抑制mir-5010和/或其成熟miRNA的活性的试剂。
10.根据权利要求9所述的应用,其特征在于,采用反义寡核苷酸、antagomiRs、miRNA海绵、miRNAErasers、TargetMasking和/或多靶点反义寡核苷酸的方法下调mir-5010和/或其成熟miRNA的转录和/或阻断mir-5010和/或其成熟miRNA的活性。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201610069063.1A CN105664163B (zh) | 2016-02-01 | 2016-02-01 | mir-5010及其成熟miRNA在制备骨肉瘤诊疗制剂的应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201610069063.1A CN105664163B (zh) | 2016-02-01 | 2016-02-01 | mir-5010及其成熟miRNA在制备骨肉瘤诊疗制剂的应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN105664163A true CN105664163A (zh) | 2016-06-15 |
CN105664163B CN105664163B (zh) | 2019-02-05 |
Family
ID=56303250
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201610069063.1A Active CN105664163B (zh) | 2016-02-01 | 2016-02-01 | mir-5010及其成熟miRNA在制备骨肉瘤诊疗制剂的应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN105664163B (zh) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN108118094A (zh) * | 2018-03-06 | 2018-06-05 | 杨祚璋 | 骨肉瘤转移相关标志物ensg00000267886及其应用 |
CN108118093A (zh) * | 2018-03-06 | 2018-06-05 | 谢琳 | Linc00426在制备骨肉瘤转移诊断产品中的用途 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2013189309A1 (zh) * | 2012-06-21 | 2013-12-27 | 北京命码生科科技有限公司 | 含功能性microRNA/siRNA的细胞微粒子及其应用 |
CN104357566A (zh) * | 2014-11-04 | 2015-02-18 | 中国科学院北京基因组研究所 | 肝癌检测试剂盒 |
CN104903468A (zh) * | 2012-11-16 | 2015-09-09 | 西门子公司 | 用于帕金森氏病的新诊断MiRNA标志物 |
-
2016
- 2016-02-01 CN CN201610069063.1A patent/CN105664163B/zh active Active
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2013189309A1 (zh) * | 2012-06-21 | 2013-12-27 | 北京命码生科科技有限公司 | 含功能性microRNA/siRNA的细胞微粒子及其应用 |
CN104903468A (zh) * | 2012-11-16 | 2015-09-09 | 西门子公司 | 用于帕金森氏病的新诊断MiRNA标志物 |
CN104357566A (zh) * | 2014-11-04 | 2015-02-18 | 中国科学院北京基因组研究所 | 肝癌检测试剂盒 |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
ANGÉLIQUE GOUGELET ETAL: "Micro-RNA profiles in osteosarcoma as a predictive tool for ifosfamide response", 《INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER》 * |
张民等: "MicroRNA在骨肉瘤中作用的研究进展", 《国际免疫学杂志》 * |
程冬冬等: "microRNA与骨肉瘤研究进展", 《医药综述》 * |
赵晓蕾等: "micro RNA与骨肉瘤的研究进展", 《中国骨与关节杂志》 * |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN108118094A (zh) * | 2018-03-06 | 2018-06-05 | 杨祚璋 | 骨肉瘤转移相关标志物ensg00000267886及其应用 |
CN108118093A (zh) * | 2018-03-06 | 2018-06-05 | 谢琳 | Linc00426在制备骨肉瘤转移诊断产品中的用途 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN105664163B (zh) | 2019-02-05 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN105561341B (zh) | mir-1292及其靶基因在预防和治疗骨肉瘤转移中的应用 | |
Chen et al. | Long noncoding RNA (lncRNA) FOXD2-AS1 promotes cell proliferation and metastasis in hepatocellular carcinoma by regulating MiR-185/AKT axis | |
CN106834486A (zh) | 骨肉瘤分子诊疗标志物及其应用 | |
CN105483275B (zh) | mir-1299及其成熟miRNA的新用途 | |
CN107519193A (zh) | 食管鳞癌早期分子诊断标志物及其应用 | |
CN106244688B (zh) | 一种评估结肠腺癌患病风险的标志物 | |
CN105664163A (zh) | mir-5010及其成熟miRNA在制备骨肉瘤诊疗制剂的应用 | |
CN105288659B (zh) | Tenm1基因及其表达产物在诊治乳头状腺癌的应用 | |
CN105505936B (zh) | 一种抗骨肉瘤转移生物制剂及其应用 | |
CN106148337B (zh) | 长非编码rna ay927503及其用途 | |
CN105734155B (zh) | 软骨母细胞型骨肉瘤致病基因及其应用 | |
CN104784704A (zh) | 肺腺癌转移相关的组合物及其应用 | |
CN109652529A (zh) | 骨质疏松特异性miRNA、组合物及其诊疗用途 | |
CN105343896B (zh) | 鼻咽癌的新诊治靶点及其应用 | |
CN109161596B (zh) | miR-129及其靶基因在检测肺腺癌中的应用 | |
CN104826133A (zh) | 一种与肺腺癌有关的miRNA及其药物组合物 | |
CN105597109B (zh) | 原发骨肉瘤的诊治分子标记 | |
CN106399485A (zh) | 一种在舌鳞癌癌旁组织中高表达的基因及其应用 | |
CN105727294A (zh) | 骨肉瘤转移抑制剂组合物及其应用 | |
CN104894132B (zh) | 一种鼻咽癌抑制剂及其应用 | |
CN111471682A (zh) | miR-23a作为诊断和治疗胃癌伪管生成标志物的应用 | |
CN104740649B (zh) | Plekha5在制备肿瘤诊断试剂中的应用 | |
CN105535995B (zh) | 一种骨肉瘤诊疗制剂及其应用 | |
CN107254537A (zh) | miR‑1912及其靶基因在诊治心肌梗死中的应用 | |
CN108384856B (zh) | 调控c4b基因表达的非编码rna及其用途 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C10 | Entry into substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
TA01 | Transfer of patent application right |
Effective date of registration: 20170824 Address after: 065500 Hebei Valley peptide biological medicine base of Guan Province Applicant after: GU'AN BOJIAN BIOTECHNOLOGY CO., LTD. Address before: 100080 Beijing city Haidian District Shanyuan Street No. 1 cubic court building room 3103 Applicant before: Beijing Yang Shen biology information technology company limited |
|
TA01 | Transfer of patent application right | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |