CN104826133A - 一种与肺腺癌有关的miRNA及其药物组合物 - Google Patents

一种与肺腺癌有关的miRNA及其药物组合物 Download PDF

Info

Publication number
CN104826133A
CN104826133A CN201510219094.6A CN201510219094A CN104826133A CN 104826133 A CN104826133 A CN 104826133A CN 201510219094 A CN201510219094 A CN 201510219094A CN 104826133 A CN104826133 A CN 104826133A
Authority
CN
China
Prior art keywords
mirna
mir
adenocarcinoma
lung
ripe mirna
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201510219094.6A
Other languages
English (en)
Other versions
CN104826133B (zh
Inventor
杨承刚
宋宏涛
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Beijing CapitalBio MedLab Co., Ltd.
Original Assignee
Beijing Medintell Bioinformatic Technology Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Beijing Medintell Bioinformatic Technology Co Ltd filed Critical Beijing Medintell Bioinformatic Technology Co Ltd
Priority to CN201510219094.6A priority Critical patent/CN104826133B/zh
Publication of CN104826133A publication Critical patent/CN104826133A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN104826133B publication Critical patent/CN104826133B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Abstract

本发明涉及一种与肺腺癌有关的miRNA及其药物组合物,更具体的涉及mir-3186和/或其成熟miRNA在诊治肺腺癌转移中的新用途。发明通过进行测序分析肺腺癌转移组和非转移组发现在肺腺癌转移组中mir-3186低表达显著,进一步的分子生物学验证结果显示,mir-3186和肺腺癌转移密切相关,可用于临床诊断及预防检测,具有很好的实际应用价值。

Description

一种与肺腺癌有关的miRNA及其药物组合物
技术领域
本发明涉及分子生物学领域,具体的涉及一种与肺腺癌有关的miRNA及其药物组合物,更具体的涉及mir-3186和/或其成熟miRNA在诊治肺腺癌转移中的新用途。
背景技术
miRNA通常由RNA聚合酶II(Pol II)转录生成。Pol II结合在以后形成发夹结构的颈环DNA序列附近。生成的转录本经修饰添加5’帽子结构和3’末端多腺苷酸尾巴结构,并剪切,生成的产物称为初级miRNA(pri-miRNA),该产物可能长达数千或数百核苷酸,可能包含多个miRNA环结构。
单个pri-miRNA可能含一到六个miRNA前体。这些发夹结构每个由约70nt左右的核苷酸组成。每个发卡结构附以部分序列以利于有效剪切处理。pri-miRNA中的双链发夹RNA结构被叫做DGCR8的核蛋白(DiGeorge Syndrome CriticalRegion 8)辨认,DGCR8同Drosha酶一起形成微处理(microprocessor)复合体。在该复合体中,DGCR8组织Drosha蛋白的RNase III结构域使其在距离发卡结构约11个核苷酸处切割pri-miRNA,使其释放发卡结构。释放的发卡结构即为前miRNA(pre-miRNA),pre-miRNA在3’存在两个悬空的核苷酸,pre-miRNA 5’为磷酸集团,3’为羟基集团。
在胞浆中,pre-miRNA发夹结构经RNase III Dicer切割处理。这种内源性核糖核酸酶(endoribonuclease)与发夹结构的3’相互作用并在环的3’和5’臂上完成切割,产生长约22nt并不完美匹配的miRNA:miRNA*双链结构。
miRNA与靶mRNA的典型作用方式主要有两种。在大多数情况下,复合物中的单链miRNA与靶mRNA的3’UTR不完全互补配对,阻断靶基因的翻译,从而调节基因表达。这种方式主要影响蛋白表达水平,并不影响mRNA的稳定性。近来,有研究对翻译抑制理论提出质疑,发现被抑制的靶mRNAs和miRNAs共同聚集于胞浆中被称为P小体(processing bodies,P-bodies)的区域,这个区域还浓缩了许多参与mRNA降解的酶类。P小体可能是作为未翻译mRNA进行暂时的可逆储存的容器,减少一些特定P小体组成蛋白的表达能够缓和miRNA介导的基因表达抑制作用。P小体是胞浆中的一定区域,它包含参与多种转录后过程的蛋白质,例如:mRNA降解(mRNA degradation)、无义介导mRNA衰退(nonsense-mediated mRNA decay,NMD),转录抑制及RNA介导的基因沉默(RNA-mediated gene silencing)。
另一种作用方式与siRNA类似,当miRNA与mRNA完全互补配对时,Ago2蛋白通过切割mRNA直接导致其降解,实现基因沉默。以siRNA参与的RNAi为例:siRNA可与RISC结合,作为模板识别mRNA靶子,通过碱基互补配对原则,mRNA与siRNA中的反义链结合,置换出正义链。双链mRNA在Dicer酶、ATP和解旋酶共同作用下产生22nt左右的siRNA,siRNA继续同RISC形成复合体,与siRNA互补的mRNA结合,使mRNA被RNA酶裂解。这个过程也称为转录后基因沉默(PTGS)。
总之,当前认为miRNA以何种方式与目的基因作用和miRNA与目的基因的配对程度有关。miRNA与目的基因配对不完全时,miRNA就以抑制目的基因的表达发挥作用;miRNA与目的基因某段序列配对完全时,就可能引起目的基因在互补区断裂而导致基因沉默。另外,miRNAs有时候也导致组氨酸修饰和启动子区的DNA甲基化,从而影响靶基因的表达。除此外,近来发现快速脱腺苷酸化(accelerated deadenylation)是miRNA抑制基因表达的新机制。在哺乳动物细胞中发现miR-125b和let-7能够促进mRNA聚腺苷酸尾巴(polyA tail)的去除。用3’组蛋白茎-环结构取代聚腺苷酸尾巴,不但可以消除miR-125b对mRNA含量的影响,还可以降低对蛋白质合成的作用,可见miRNA能通过降低翻译效率和聚腺苷酸化mRNA的浓度来抑制基因表达。
肺腺癌(lung adenocarcinoma)属于非小细胞肺癌,易发生于女性及不抽烟者。在肺部的位置常较周边,肿瘤扩大的速度较慢(倍增时间约120天)。早期无征兆,通常诊断出来时已经是晚期。非小细胞肺癌占肺癌总数的75%-80%。在我国由于肺癌所致的死亡占全部肿瘤相关死亡的23%左右,大约90%的恶性肿瘤的死亡与肿瘤转移有关,绝大多数肺癌患者由于肿瘤细胞的局部侵袭及远处转移,确诊时己经失去手术机会。因此,深入了解参与肺癌侵袭及转移的因子及可能的机制,对于肺癌的早期干预及个体化治疗提供指导,以期能改善肺癌的预后。
本发明通过对肺腺癌患者进行回顾性分析,将其分成两组:肺腺癌转移组和非转移组,通过Illumina平台进行测序分析,获得miRNA表达数据,进而进行生物信息学分析,发现在肺腺癌转移组中mir-3186低表达显著,进一步的分子生物学验证结果显示,mir-3186和肺腺癌转移密切相关,可用于临床诊断及预防检测,具有很好的实际应用价值。
发明内容
本发明的目的在于提供一种治疗肺腺癌转移药物组合物,其特征在于,所述药物组合物包含:
(a)上调mir-3186和/或其成熟miRNA的转录和/或促进其成熟miRNA的活性的试剂;
(b)药剂学上能接受的载体。
进一步,采用基于RNA的microRNA功能获得性技术和/或基因特异性miRMimics技术上调mir-3186和/或其成熟miRNA的转录和/或促进其成熟miRNA的活性。优选人工合成mir-3186成熟miRNA的短发夹RNA(short hairpin RNA,shRNA)或通过调控启动子上调mir-3186。
本发明的目的在于提供一种肺腺癌转移诊断试剂,所述肺腺癌转移诊断试剂能够检测肺腺癌样本中mir-3186和/或其成熟miRNA的转录或免疫检测方法检测肺腺癌样本中其成熟miRNA调控的靶基因的表达情况。
进一步,所述肺腺癌转移诊断试剂基于高通量测序方法和/或基于定量PCR方法和/或基于探针杂交方法检测肺腺癌样本中mir-3186和/或其成熟miRNA的转录或基于免疫方法检测肺腺癌样本中其成熟miRNA调控的靶基因的表达情况,优选采用northern杂交方法、miRNA表达谱芯片、核酶保护分析技术、RAKE法、原位杂交、基于微球的流式细胞术检测肺腺癌样本中mir-3186和/或其成熟miRNA的转录;采用ELISA和/或胶体金试纸条检测肺腺癌样本中其成熟miRNA调控的靶基因的表达情况。
优选的,所述的用于定量PCR方法包括特异性扩增mir-3186和/或其成熟miRNA的引物;所述的基于探针杂交方法包括与mir-3186和/或其成熟miRNA的核酸序列杂交的探针;所述免疫检测方法包括与其成熟miRNA调控基因表达蛋白特异性结合的抗体。
本发明的目的还在于提供mir-3186和/或其成熟miRNA在制备预防、诊断和/或治疗肺腺癌转移试剂中的应用。
进一步,所述的预防、诊断肺腺癌转移试剂包括基于高通量测序方法和/或基于定量PCR方法和/或基于探针杂交方法检测肺腺癌样本中mir-3186和/或其成熟miRNA的转录或基于免疫检测方法检测肺腺癌样本中其成熟miRNA调控的靶基因的表达情况,优选采用northern杂交方法、miRNA表达谱芯片、核酶保护分析技术、RAKE法、原位杂交、基于微球的流式细胞术检测肺腺癌样本中mir-3186和/或其成熟miRNA的转录;采用ELISA和/或胶体金试纸条检测肺腺癌样本中其成熟miRNA调控的靶基因的表达情况。
优选的,所述的基于定量PCR方法包括特异性扩增mir-3186和/或其成熟miRNA的引物;所述的基于探针杂交方法包括与mir-3186和/或其成熟miRNA的核酸序列杂交的探针;所述免疫检测方法包括与其成熟miRNA调控基因表达蛋白特异性结合的抗体。
进一步,所述的治疗肺腺癌转移试剂包括上调mir-3186和/或其成熟miRNA的转录和/或促进其成熟miRNA的活性的试剂。优选的,采用基于RNA的microRNA功能获得性技术和/或基因特异性miR Mimics技术上调mir-3186和/或其成熟miRNA的转录和/或促进其成熟miRNA的活性。更优选人工合成mir-3186成熟miRNA的短发夹RNA(short hairpin RNA,shRNA)或通过调控启动子上调mir-3186。
mir-3186的序列见序列表SEQ ID NO 1。mir-3186的成熟miRNA为miR-3186-5p和miR-3186-3p其序列见序列表SEQ ID NO 2(miR-3186-5p)和SEQID NO 3(miR-3186-3p)。
定义:
现阶段检测miRNA的表达水平的方法主要包括基于高通量测序技术、基于核苷酸杂交和基于PCR的miRNA检测方法。基于探针杂交技术的miRNA检测方法是一种直接检测法,不需要对样本RNA进行预扩增,包括northern杂交方法、miRNA表达谱芯片、核酶保护分析技术、RAKE法、原位杂交、基于微球的流式细胞术等技术。
(1)Northern杂交
又称RNA印迹技术为最经典的检测真核生物RNA大小,估计其丰度的实验方法。基本原理如下:首先在载体(如硅片、微球或膜等)上固定miRNA样本,再与经过标记的探针杂交,洗涤多余的杂交探针后进行信号检测;也可以在载体上先固定与靶miRNA序列互补的DNA探针,然后与经过标记的样本miRNA杂交,再进行信号检测。信号标记的方法包括同位素标记、荧光标记和纳米金标记等。
(2)miRNA表达谱芯片
原理同样是使用标记探针检测固相支持物上的目标分子。通过设计芯片上miRNA基因及内参序列,可精确分析出样品中相应miRNA的表达水平。基因芯片具有高通量的优点,可以一次在同一样本中检测出几百个基因的全部表达。Luminex公司研制的液相芯片(Liquid chip)又称多功能悬浮点阵(Multi analytesuspension array,MASA),是出的新一代生物芯片技术。液相芯片体系由许多小球体为主要基质构成,每种小球体上固定有不同的探针分子,为了区分不同的探针,每一种用于标记探针的球形基质都带有一个独特的色彩编号,将这些小球体悬浮于一个液相体系中,就构成了液相芯片系统。该系统可以对同一个微量样本中的多个不同分子同时进行快速的定性、定量分析,这种检测技术被称为FMAP(Flexible multianalyte profiling)技术。分子杂交在悬浮溶液中进行,检测速度极快。
(3)核酶保护分析技术(RPA)
miRNA的检测还可以采用核酶保护分析技术,将标记好的探针和待测RNA样本混合,热变性后杂交,未杂交的RNA和多余的探针用单链核酸酶消化,热失活核酸酶后纯化受保护的RNA分子,最后通过变性PAGE电泳分离探针,显色。这种基于液相杂交的新方法简单快速,灵敏度高,但也只能用于分析已知miRNA。
(4)RAKE法
RAKE法(RNA primed array based Klenow emzyme)是在miRNA microarray的基础上利用DNA聚合酶I的Klenow片段,使miRNA与固定的DNA探针杂交的方法。RAKE可以敏感特异地检测miRNA,适用于大量快速的筛选所有己知的miRNA。能够在特定的细胞和肿瘤中检测miRNA表达谱情况。不仅如此,RAKE法还可以从由福尔马林固定了的石蜡包埋的组织中分离出miRNA并对其进行分析,为从存档标本中分析miRNA开启了希望之门。
(5)原位杂交(in situ hybridization)
原位杂交技术可直观了解miRNA表达方式,是观测miRNA时空表达的一种较简便的方法,常标记方式包括地高辛、生物素、荧光标记等。锁定核酸基础上的原位杂交(Locked Nucleic Acid(LNA)based in situ hybridization(LNA-ISH))是当前应用较多的探针方式。
(6)基于微球的流式细胞术(bead-based flow cytometry)
是一种液相芯片技术,该方法将流式细胞检测与芯片技术有机地结合起来,兼有通量大、检测速度快、灵敏度高和特异性好等特点。
(7)实时荧光定量PCR技术(Real-time PCR,RT-PCR)
荧光检测PCR仪可对整个PCR过程中扩增序列的累积速率绘制动态变化曲线。在反应混合体系中靶序列的起始浓度越大,要求获得扩增产物某特定产量的PCR循环数(一般用特定阈值循环数Ct来表达)越少。由于miRNA长度仅为22nt,传统的qRT-PCR不适合扩增如此短的片段。现今有几种用于miRNA的实时定量PCR方法,如加尾法、颈环法等。颈环法是一种理想的miRNA检测qRT-PCR方法:首先设计特殊的茎环结构引物,以待测miRNA为模板逆转录合成cDNA第一链,该cDNA一端为茎环状引物,茎环状结构被打开便增加了cDNA的长度,随后以合成的cDNA为模板设计引物进行实时定量PCR扩增。qRT-PCR具有特异性高、灵敏度好、快速简单等多种优点。
(8)测序法
大部分已知的miRNA都是通过cDNA克隆测序发现和鉴定的。该法需要先构建miRNA的cDNA文库,再进行PCR扩增,扩增产物随后克隆到表达载体上测序。Takada开发了一种改进的扩增克隆法(miRNA amplification profiling,mRAP),mRAP法先在miRNA的3’端连上接头,然后用与接头互补的反转录引物反转录。因为特定的反转录酶具有末端脱氧核苷酸转移酶活性,一些核苷酸(主要是脱氧胞苷酸)会连接到反转录出的cDNA链的3’末端。当5’端接头与cDNA链的poly(C)粘性末端退火后,加入一对共用引物即可实现对cDNA的PCR扩增。由于mRAP高度灵敏,可以直接用克隆和测序技术检测少量组织中miRNA的表达量。标签序列克隆法是一种在在基因表达系列分析(SAGE)技术的基础上发展了检测效率更高的miRAGE(miRNA SAGE)克隆法,该法通过生成大的串联子,通过单个测序反应可检测多个miRNA,明显提高了检测效率。
高通量测序(High-throughput sequencing)又称下一代测序技术(nextgeneration sequencing)是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,极大提高了测序效率。这类大规模测序技术极大的提高了多个物种遗传信息的解读速度,为获取所有miRNA的序列信息,解密miRNA图谱提供了保证。同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(deep sequencing)。高通量测序平台的代表是罗氏公司(Roche)的454测序仪(Roch GSFLX sequencer),Illumina公司的Solexa基因组分析仪(Illumina Genome Analyzer)和ABI的SOLiD测序仪(ABI SOLiD sequencer)。
免疫检测方法是以一种抗体或多种抗体作为分析试剂,对待测物进行定量或定性分析的检测方法。其基本原理是抗体和抗原之间的相互作用。为提高抗原和抗体检测的敏感性,将已知抗体或抗原标记上易显示的物质,通过检测标记物,反映有无抗原抗体反应,从而间接测出微量的抗原或抗体。常用的标记物有酶、荧光素、放射性同位素、胶体金及电子致密物质等。这种抗原或抗体标记上显示物所进行的特异性反应称为免疫标记技术(immunolabelling technique)。目前应用最广的免疫检测技术主要有:酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbentassay,ELISA),胶体金免疫层析法等。
酶联免疫吸附试验原理是将抗原或抗体与底物(酶)结合,使其保持免疫反应和酶的活性。把标记的抗原或抗体与包被于固相载体上的配体结合,再使之与相应的无色底物作用而显示颜色,根据显色深浅程度目测或用酶标仪测定OD值判定结果。
胶体金试纸条一般由样品垫、金标垫、层析膜、吸水垫四部分组成。层析材料有硝化纤维膜(NC)、聚酯膜、尼龙膜和PVDF膜等,根据试验需要可选择不同要求的膜,其中NC膜最为常用,使用前可根据试验具体情况确定是否需要活化或处理,多数情况下无需处理,即可直接使用。将金标蛋白溶液均匀喷涂在金标垫上,于室温下晾干备用。NC膜可捕获一定量的包被(抗体)和二抗作为检测线和质控线。最后将样品垫、金标垫、NC膜和吸水纸依次固定于PVC板,即成试纸条。
基于RNA的microRNA功能获得性技术即通过外源性补充miRNAs合成的前体物质来升高miRNAs的水平。例如,可以人工合成与内源性miRNA序列一致的短发夹样RNA(short hairpin RNA,shRNA),由聚合酶II或III做启动子,以病毒为载体转染细胞,被Dicer酶修饰后载入RISC发挥作用,相当于升高pre-miRNA的水平,作用效果稳定而持久。
基因特异性miR Mimics技术该技术避免了miRNA与基因的非特异性作用。这种人工合成的与靶基因3’UTR互补结合的特异性寡核苷酸链,能够起到与miRNA相同的转录后调节作用。
包含在本发明的药剂学组合物的药剂学上许可的载体为在制剂时通常利用的载体,该载体包含乳糖(lactose)、右旋糖(dextrose)、蔗糖(sucrose)、山梨醇(sorbitol)、甘露醇(mannitol)、淀粉、阿拉伯橡胶、磷酸钙、藻酸盐(alginate)、凝胶(gelatin)、硅酸钙、微晶纤维素、聚乙烯吡咯烷酮(polyvinylpyrrolidone)、纤维素(cellulose)、水、糖浆、甲基纤维素(methyl cellulose)、羟基苯甲酸甲酯(methyl hydroxybenzoate)、丙基羟基苯甲酸丙酯(propyl hydroxybenzoate)、滑石、硬脂酸镁(stearic acid magnesium)及矿物油(mineral oil)等,但并非局限于此。
本发明的药剂学组合物除了上述成分以外还可以包含润滑剂、湿润剂、甜味剂、香味剂、乳化剂、悬浮剂、防腐剂等。药剂学上许可的适合的载体和制剂详细记载于雷明登氏药学全书。
本发明的药剂学组合物能通过口服或非口服进行给药,作为非口服给药时,能通过静脉内注射,鼻腔内注射,局部注射,脑室内注射,脊髓腔注射,皮下注射,腹腔注射,经皮给药等方式进行给药。
本发明的药剂学组合物的适合的给药剂量根据制剂化方法、给药方式、患者的年龄、体重、性别、病态、食物、给药时间、给药途径、排泄速度及反应灵敏性之类的因素而可以进行多种处方,通常,熟练的医生能够容易地决定及处方对所希望的治疗或预防有效的给药剂量。
本发明的药剂学组合物根据本发明所属技术领域的普通技术人员可以容易实施的方法,利用药剂学上能接受的载体和/或赋形剂来进行制剂化,从而能够以单位用量形态制备或者内装在多容量容器内来制备。此时,剂型是油性或者水性介质中的溶液、悬浮液或乳化液形态,或者也可以是浸膏剂、粉末剂、颗粒剂、片剂或者胶囊剂形态,还可以包括分散剂或者稳定剂。
具体实施方式
下面结合具体实施例,进一步阐述本发明,仅用于解释本发明,而不能理解为对本发明的限制。本领域的普通技术人员可以理解:在不脱离本发明的原理和宗旨的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型,本发明的范围由权利要求及其等同物限定。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件或按照厂商所建议的条件实施检测。
实施例1样品的收集
10例肺腺癌肿瘤组织均来自北京友谊医院2009年1月-2009年12月手术切除的标本,所有标本均在离体10分钟以内放入液氮罐中,随后转移至-80℃冰箱中储存,经过3年随访,其中3例患者未发生转移,7例患者发生转移。
实施例2总RNA提取
1提取方法
1)取80mg组织块,加入800μl Lysis/Binding缓冲液,使用匀浆器对组织块进行匀浆。匀浆的过程中样品要置于冰上保持低温状态。
2)再加入1/10体积Homogenate Additive到上述已经匀浆的组织样品中,冰上放置10min。
3)加入与Lysis/Binding缓冲液等量体积的水饱和酚,震荡45s,10,000×g室温离心5min。
4)小心取出上清到新的试管中,加入1.25倍体积的无水乙醇,混匀后,移入纯化柱中,10,000×g,离心15s,倒掉收集管中的液体。由于柱子的最大的体积只有700μl,因此重复此步操作,直到所有的上清都过滤完成。
5)向离心柱子中加入700μl miRNA洗脱液1,室温,10,000×g,离心15s,倒掉收集液,换用新的收集管。
6)再用500μl洗脱液2/3加入离心柱中,10,000×g,离心10s,重复这一步骤一次。
7)离心1min,10,000×g,弃去多余的液体。
8)将上述液体转移到新的离心管,加100μl 95℃预热的DEPC处理30s,10,000×g,离心。
9)使用nanodrop测定RN A浓度和260nm/280nm的比值。
10)得到的RNA保存于-80℃冰箱。
2提取标准
测定RNA浓度和260nm/280nm的比值:总RNA的纯度要求是OD260/OD280值应在1.8至2.2之间;RNA完整性的检测:用1%琼脂糖凝胶电泳检测RNA的完整性;
根据测序公司的要求,小RNA测序总量3μg以上,浓度在300ng/μl以上。
实施例3测序及数据分析
由测序公司进行测序文库的建立及上机测序,所使用的测序仪为Illumina公司的HiSeq2000测序仪。
根据公司提供的数据分析结果:转移组(7例)和非转移组(3例)进行统计学分析,P值小于0.05,并且转移组与非转移组的差异至少要超过2倍以上的差异表达miRNA,对差异表达miRNA人为挑选过滤中下调表达明显的mir-3186进入我们的研究范围。
实施例4电子验证mir-3186与肺腺癌转移的关系
肺腺癌(转移组vs非转移组)数据筛选
a.根据TCGA数据库中对肺腺癌患者AJCC癌症分期记录,将肺腺癌患者分为两组:肺腺癌转移组、非转移组。共筛选出212例未发生转移患者;186例发生淋巴结转移或/且远端转移患者。
b.下载TCGA数据库中腺癌转移组和非转移组患者mRNA表达数据、microRNA表达数据。以下数据进行高通量mRNA及miRNA表达数据整合分析。
表1数据的选择
通过转录组数据分析软件对TCGA数据库中肺腺癌(转移组vs非转移组)miRNA及mRNA原始数据进行背景校正和标准化后进行t-test得到P值,筛选差异表达miRNA及mRNA,设定P值<0.05,共筛选出58个差异表达的miRNA,其中表达水平上调的基因44个,表达水平下调的基因14个。在下调的基因中mir-3186下调表达明显。
实施例5Real-time PCR检测肺腺癌组织中mir-3186的表达
1样品采集:
104例肺腺癌肿瘤组织均来自北京友谊医院2009年6月-2011年12月手术切除的标本,所有标本均在离体10分钟以内放入液氮罐中,随后转移至-80℃冰箱中储存,经过3年随访,其中21例患者未发生转移,83例患者发生转移。
2miRNA提取:
使用miRNA提取试剂盒(货号:CW0627,康为世纪)具体操作参照试剂盒操作说明书。
3引物设计:
4荧光定量PCR
荧光定量PCR采用UltraSYBR一步法荧光定量PCR试剂盒(With ROX)(货号:CW0660,康为世纪),具体操作参照操作说明书。内参使用GAPDH。
5统计学分析
采用OriginPro8.1软件进行分析。统计方法均数间比较采用t检验,P<0.05(差异显著)和P<0.01(差异非常显著)定为有统计学意义,分析转移组和非转移组的mir-3186表达水平,结果显示转移组组织中mir-3186的表达明显低于非转移组组织。
实施例6一种肺腺癌转移检测试剂盒
试剂盒包括:UltraSYBR一步法荧光定量PCR试剂盒(With ROX)(货号:CW0660,康为世纪)内参使用GAPDH。
引物:
进一步还可以包括miRNA提取试剂盒(货号:CW0627,康为世纪)
实施例7miR-3186-5p和miR-3186-3p对细胞迁移影响的测定
划痕实验
A549细胞在DMEM(含10%FBS)培养基、37℃,5%CO2、饱和湿度条件下培养,将处于对数生长期的A549细胞按1.5×105个/mL接种在6孔板上,37℃、5%CO2、饱和湿度条件下培养24h。将miR-3186-5p和miR-3186-3p序列发给上海吉玛公司,由其合成miR-3186-5p mimics、miR-3186-3p mimics、anti-miR-3186-5p和anti-miR-3186-3p。按照LipofectaminTM 2000说明书转染方法,转染7组细胞,分别是对照组(不转染)、转染miR-3186-5p mimics组、转染miR-3186-3p mimics组、转染anti-miR-3186-5p组、转染anti-miR-3186-3p组、转染miR-3186-5p mimics+anti-miR-3186-5p和转染miR-3186-3pmimics+anti-miR-3186-3p组,每组样品转染浓度50nM;转染24h后用无菌黄枪头在每个孔中划痕并用无菌的1×PBS洗涤细胞板,以此作为起点,每隔12h拍照记录。
结果发现划痕实验24h后各组呈现明显差别,能够明显观察到miR-3186-5pmimics、miR-3186-3p mimics两组间无统计学差异,转染miR-3186-5pmimics和转染miR-3186-3p mimics组细胞迁移速度慢于对照组;而转染miR-3186-5p mimics+anti-miR-3186-5p和转染miR-3186-3pmimics+anti-miR-3186-3p组细胞的迁移能力明显加强,由此我们得出上调miR-3186-5p和miR-3186-3p能够抑制肺腺癌细胞的迁移。
虽然已参考各种优选实施方案描述了本发明,但本领域技术人员理解,可进行各种变化,并且可用等同物替代其组件而不背离本发明的基本范围。此外,可进行许多改动来使特定情况或材料适合于本发明的教导而不背离其基本范围。
因此,本发明无意限定于本文中公开的用于进行本发明的特定实施方案;相反地,本发明意欲包括落在权利要求书范围内的所有实施方案。

Claims (10)

1.一种治疗肺腺癌转移药物组合物,其特征在于,所述药物组合物包含:
(a)上调mir-3186和/或其成熟miRNA的转录和/或促进其成熟miRNA的活性的试剂;
(b)药剂学上能接受的载体。
2.根据权利要求1所述的药物组合物,其特征在于,采用基于RNA的microRNA功能获得性技术和/或基因特异性miR Mimics技术上调mir-3186和/或其成熟miRNA的转录和/或促进其成熟miRNA的活性。
3.一种肺腺癌转移诊断试剂,其特征在于,所述肺腺癌转移诊断试剂能够检测肺腺癌样本中mir-3186和/或其成熟miRNA的转录或免疫检测方法检测肺腺癌样本中其成熟miRNA调控的靶基因的表达情况。
4.根据权利要求3所述的肺腺癌转移诊断试剂,其特征在于,所述肺腺癌转移诊断试剂基于高通量测序方法和/或基于定量PCR方法和/或基于探针杂交方法检测肺腺癌样本中mir-3186和/或其成熟miRNA的转录或基于免疫方法检测肺腺癌样本中其成熟miRNA调控的靶基因的表达情况,优选采用northern杂交方法、miRNA表达谱芯片、核酶保护分析技术、RAKE法、原位杂交、基于微球的流式细胞术检测肺腺癌样本中mir-3186和/或其成熟miRNA的转录;采用ELISA和/或胶体金试纸条检测肺腺癌样本中其成熟miRNA调控的靶基因的表达情况。
5.根据权利要求4所述的肺腺癌转移诊断试剂,其特征在于,所述的用于定量PCR方法包括特异性扩增mir-3186和/或其成熟miRNA的引物;所述的基于探针杂交方法包括与mir-3186和/或其成熟miRNA的核酸序列杂交的探针;所述免疫检测方法包括与其成熟miRNA调控基因表达蛋白特异性结合的抗体。
6.mir-3186和/或其成熟miRNA在制备预防、诊断和/或治疗肺腺癌转移试剂中的应用。
7.根据权利要求6所述的应用,其特征在于,所述的预防、诊断肺腺癌转移试剂包括基于高通量测序方法和/或基于定量PCR方法和/或基于探针杂交方法检测肺腺癌样本中mir-3186和/或其成熟miRNA的转录或基于免疫检测方法检测肺腺癌样本中其成熟miRNA调控的靶基因的表达情况,优选采用northern杂交方法、miRNA表达谱芯片、核酶保护分析技术、RAKE法、原位杂交、基于微球的流式细胞术检测肺腺癌样本中mir-3186和/或其成熟miRNA的转录;采用ELISA和/或胶体金试纸条检测肺腺癌样本中其成熟miRNA调控的靶基因的表达情况。
8.根据权利要求7所述的应用,其特征在于,所述的基于定量PCR方法包括特异性扩增mir-3186和/或其成熟miRNA的引物;所述的基于探针杂交方法包括与mir-3186和/或其成熟miRNA的核酸序列杂交的探针;所述免疫检测方法包括与其成熟miRNA调控基因表达蛋白特异性结合的抗体。
9.根据权利要求6所述的应用,其特征在于,所述的治疗肺腺癌转移试剂包括上调mir-3186和/或其成熟miRNA的转录和/或促进其成熟miRNA的活性的试剂。
10.根据权利要求9所述的应用,其特征在于,采用基于RNA的microRNA功能获得性技术和/或基因特异性miR Mimics技术上调mir-3186和/或其成熟miRNA的转录和/或促进其成熟miRNA的活性。
CN201510219094.6A 2015-05-01 2015-05-01 一种与肺腺癌有关的miRNA及其药物组合物 Active CN104826133B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201510219094.6A CN104826133B (zh) 2015-05-01 2015-05-01 一种与肺腺癌有关的miRNA及其药物组合物

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201510219094.6A CN104826133B (zh) 2015-05-01 2015-05-01 一种与肺腺癌有关的miRNA及其药物组合物

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN104826133A true CN104826133A (zh) 2015-08-12
CN104826133B CN104826133B (zh) 2020-11-24

Family

ID=53804569

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201510219094.6A Active CN104826133B (zh) 2015-05-01 2015-05-01 一种与肺腺癌有关的miRNA及其药物组合物

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN104826133B (zh)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106636440A (zh) * 2017-02-20 2017-05-10 南京九寿堂医药科技有限公司 血浆microRNAs用于制备筛查诊断男性群体中肺腺癌患者的诊断试剂的用途
CN107058480A (zh) * 2016-12-14 2017-08-18 河北医科大学第四医院(河北省肿瘤医院) 用于诊断肺腺癌的长链非编码rna标志物

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102851282A (zh) * 2011-06-30 2013-01-02 上海市肿瘤研究所 用于区分原发性肺癌与癌旁组织的microRNA标志物
CN103173448A (zh) * 2013-02-07 2013-06-26 上海市胸科医院 早期肺腺癌miRNA特异表达谱及其反转录引物和用途
CN103476947A (zh) * 2011-03-02 2013-12-25 格路福生物制药公司 寡聚体的增强的生物分布
WO2014048441A1 (en) * 2012-09-26 2014-04-03 Mirrx Therapeutics Oligomers with improved off-target profile

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103476947A (zh) * 2011-03-02 2013-12-25 格路福生物制药公司 寡聚体的增强的生物分布
CN102851282A (zh) * 2011-06-30 2013-01-02 上海市肿瘤研究所 用于区分原发性肺癌与癌旁组织的microRNA标志物
WO2014048441A1 (en) * 2012-09-26 2014-04-03 Mirrx Therapeutics Oligomers with improved off-target profile
CN103173448A (zh) * 2013-02-07 2013-06-26 上海市胸科医院 早期肺腺癌miRNA特异表达谱及其反转录引物和用途

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ASSEL ISSABEKOVA ET AL.: ""Interactions of intergenic microRNAs with mRNAs of genes involved in carcinogenesis"", 《BIOINFORMATION》 *
何碧秀: ""基质金属蛋白酶-9反义寡核苷酸对肺腺癌细胞靶向治疗的实验研究"", 《中国博士学位论文全文数据库 医药卫生科技辑》 *
曾维忠: ""靶向MMP-9的脱氧核酶抑制人肺腺癌细胞的粘附与迁移"", 《实用癌症杂志》 *
曾维忠: ""靶向MMP-9脱氧核酶抑制人肺腺癌细胞的粘附与迁移的实验研究"", 《中国肺癌杂志》 *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107058480A (zh) * 2016-12-14 2017-08-18 河北医科大学第四医院(河北省肿瘤医院) 用于诊断肺腺癌的长链非编码rna标志物
CN107058480B (zh) * 2016-12-14 2018-07-13 河北医科大学第四医院(河北省肿瘤医院) 用于诊断肺腺癌的长链非编码rna标志物
CN106636440A (zh) * 2017-02-20 2017-05-10 南京九寿堂医药科技有限公司 血浆microRNAs用于制备筛查诊断男性群体中肺腺癌患者的诊断试剂的用途

Also Published As

Publication number Publication date
CN104826133B (zh) 2020-11-24

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN101711287B (zh) 确定肝细胞癌亚型和检测肝癌干细胞的方法
CN105561341B (zh) mir-1292及其靶基因在预防和治疗骨肉瘤转移中的应用
CN108531596B (zh) 一种lncRNA作为生物标志物在胃癌诊治中的应用
CN107519193B (zh) 食管鳞癌早期分子诊断标志物及其应用
CN108624693B (zh) miR-577在制备肾病诊断标志物中的应用
CN105543389B (zh) 脑卒中的miRNA分子标志物及其应用
CN104784704A (zh) 肺腺癌转移相关的组合物及其应用
CN105483275A (zh) mir-1299及其成熟miRNA的新用途
CN106244688B (zh) 一种评估结肠腺癌患病风险的标志物
Gupta et al. Clinical Applications of Noncoding RNAs in Cancer
CN107058579A (zh) 肺腺癌相关的miRNA、组合物及其应用
CN104826133A (zh) 一种与肺腺癌有关的miRNA及其药物组合物
CN105343896B (zh) 鼻咽癌的新诊治靶点及其应用
Riethdorf Detection of microRNAs in circulating tumor cells
CN105664163B (zh) mir-5010及其成熟miRNA在制备骨肉瘤诊疗制剂的应用
CN104774966A (zh) 肺腺癌miRNA标记物
CN108660211A (zh) 一种与肝细胞癌相关的生物标志物linc01549及其应用
CN104789683B (zh) 用于诊治癌转移的生物标志物及其用途
CN108192977A (zh) 一种与胃癌发生发展相关的分子标志物
CN104857513B (zh) 鼻咽癌诊治标志物及其应用
CN109161596B (zh) miR-129及其靶基因在检测肺腺癌中的应用
CN105505936A (zh) 一种抗骨肉瘤转移生物制剂及其应用
CN105734155A (zh) 软骨母细胞型骨肉瘤致病基因及其应用
CN104894132A (zh) 一种鼻咽癌抑制剂及其应用
CN104784705A (zh) 一种癌转移抑制剂及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
EXSB Decision made by sipo to initiate substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C41 Transfer of patent application or patent right or utility model
CB03 Change of inventor or designer information

Inventor after: Deng Tao

Inventor after: Zhang Zhiwei

Inventor after: Zhu Xiuhuang

Inventor before: Yang Chenggang

Inventor before: Song Hongtao

COR Change of bibliographic data
TA01 Transfer of patent application right

Effective date of registration: 20160928

Address after: 101111 Beijing branch of Beijing economic and Technological Development Zone Street 88 Hospital No. 9 Building 2 unit

Applicant after: Beijing CapitalBio MedLab Co., Ltd.

Address before: The court building 1 cubic Beijing No. 100080 Haidian District Shanyuan street 3103

Applicant before: Beijing Yang Shen biology information technology company limited

GR01 Patent grant
GR01 Patent grant