CN105567857B - 384个snp位点及其在大豆品种资源鉴定中的应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了384个SNP位点及其在大豆品种资源鉴定中的应用。本发明公开的应用中，384个SNP位点的物理位置是基于大豆品种Williams82的全基因组序列比对确定的，大豆品种Williams82的全基因组序列的版本号为Glyma.Wm82.a1(Gmax1.01)；384个SNP位点是SMK001‑SMK384。基于本发明的384个SNP位点的SNP芯片可应用于鉴别大豆品种资源；这384个SNP位点的组合的应用将极大提高检测准确度、缩短检测时间、提高检测水平，为大豆品种推广、种子市场检测提供强有力的技术支撑，并可加快优良大豆新品种的选育进程。

Description

384个SNP位点及其在大豆品种资源鉴定中的应用
技术领域
本发明涉及生物技术领域中384个SNP位点及其在大豆品种资源鉴定中的应用。
背景技术
大豆起源于中国，是人类植物蛋白质和脂肪的主要来源。我国保存着世界上最丰富的大豆种质资源，在国家种质库中保存的栽培大豆种质超过23000多份，野生大豆种质超过7000份。在库存的种质资源中，有很多仅仅进行了表型性状的记录，缺乏在遗传学上的深入鉴定。随着我国人民生活水平的提高，大豆需求量猛增，育成品种的数量也在迅速增加，迄今为止育成品种数量超过1800个，仅每年参加国家区域试验的大豆品种就超过200份。如此庞大的品种数量增加了大豆品种管理的难度，在市场上也出现了同名异物或异物同名所致的品种真实性问题，严重干扰大豆种业的健康发展。同时由于缺乏大豆种质资源间遗传关系的深入分析，育种家只能凭借经验在经常使用的一些种质资源中选择亲本，品种间的遗传差异越来越小，如何有效的管理和鉴别数量庞大的大豆品种资源已经成为品种和种质资源管理的难题。
传统的品种资源鉴定方法通常是通过田间种植，利用形态指标开展种质资源以及品种真实性的鉴定，但这类鉴定方法的区分能力有限，受环境影响较大，同时还存在鉴定工作量大、周期长、受季节限制等劣势。分子生物学技术的发展使得种质资源和品种鉴定进入到分子水平，基于DNA多态性的分子标记已经成为分析生物遗传多样性的有力工具。这些分子标记具有不受环境影响、供选择的标记数量多、可以进行高通量测试分析等优势，已经成为作物亲缘关系分析、种子纯度鉴定及品种真伪性检测的重要手段。在各种DNA分子标记中，SSR和SNP标记均为共显性遗传，它们在染色体上的位置已知、具有高通量自动化的特点，在DNA指纹鉴定上显示了独特的优越性。由于SSR标记多态性丰富、操作简单、成本低廉等特点以及在常规实验室即可开展的优势，已经在水稻、玉米、大豆等作物种质资源及品种鉴定领域应用了十多年。但是随着分子生物学技术的发展和鉴定需求的提高，SSR标记位点存在着通量难以提高、不同电泳平台间的数据共享困难等局限性。相对于SSR标记，SNP标记具有更多的优点：一是SNP位点数目更加丰富而且在基因组上分布更加均匀；二是由于SNP不以DNA长度差异作为检测手段，从而摆脱了凝胶电泳的瓶颈限制，易于实现分析的高通量和自动化；三是SNP位点通常只有两种等位基因，容易实现平台间数据的整合。随着水稻、玉米等多种作物基因组信息的完善，大量的SNP位点被开发，各种SNP基因分型平台出现，SNP标记已经成为作物DNA指纹数据库构建最有潜力的标记系统。
随着大豆全基因组测序的完成和重测序技术的开展，SNP位点的开发在大豆中取得了重要的进展，通过对野生大豆和栽培大豆的重测序，从大豆基因组中筛选出数百万的SNP位点，在序列分析的基础上开发了含有高密度SNP的大豆基因芯片SoySNP50K和SoySNP6K芯片，这些芯片在全基因组关联分析、遗传图谱构建和QTL定位中成功应用。但是适用于大豆品种真实性鉴定及指纹数据库构建的SNP位点的选择标准与其他研究领域如关联分析、遗传图谱构建等有很大的差别，并不能直接将这些高密度的芯片应用于大豆品种真实性鉴定和数据库构建中。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是如何鉴定大豆品种资源。
为解决上述技术问题，本发明首先提供了384个SNP位点在大豆品种资源鉴定中的应用；
所述384个SNP分子标记的物理位置是基于大豆品种Williams82的全基因组序列比对确定的，所述大豆品种Williams82的全基因组序列的版本号为Glyma.Wm82.a1(Gmax1.01)；所述384个SNP位点是SMK001-SMK384；所述SMK001-SMK384见实施例1。
为解决上述技术问题，本发明还提供了用于大豆品种资源鉴定的方法。所述方法，包括将待测大豆样品基因组DNA的384个SNP位点基因型与对照大豆样品基因组DNA的所述384个SNP位点基因型进行比较；根据比较结果确定所述待测大豆与所述对照大豆是否为同一品种。
具体方法为：将待测大豆样品基因组DNA的所述384个SNP位点基因型与对照大豆样品基因组DNA的所述384个SNP位点基因型进行比较后，根据公式1计算所述待测大豆样品与所述对照大豆样品的差异位点百分比，若所述待测大豆样品与所述对照大豆样品在所述384个SNP位点的差异位点百分比＜5％，则所述待测大豆样品与所述对照大豆样品属于或候选属于同一品种；若所述差异位点百分比≥5％，则所述待测大豆样品与所述对照大豆样品不属于或候选不属于同一品种；
所述待测大豆样品与所述对照大豆样品的差异位点百分比＝2Nij/(Ni+Nj)(公式1)，公式1中Nij为所述待测大豆样品与所述对照大豆样品的所述384个SNP位点中的差异位点数，Ni为所述待测大豆样品检测出的所述384个SNP位点中的位点数，Nj为所述对照大豆样品检测出的所述384个SNP位点中的位点数。
其中，所述5％可为3.9％。
为解决上述技术问题，本发明还提供了确定大豆群体中不同品种的遗传关系的方法，该方法包括：对待测大豆群体中每个待测大豆品种的基因组DNA进行所述384个SNP位点的检测，获得每个待测大豆品种的基因型数据；如所述待测大豆群体中两个待测大豆样品的所述384个SNP位点中差异位点越多，则所述两个待测大豆样品的遗传关系越远或候选越远；如所述两个待测大豆样品的所述384个SNP位点中差异位点越少，则所述两个待测大豆样品的遗传关系越近或候选越近；
所述差异位点为所述384个SNP位点中基因型不同的位点。
为解决上述技术问题，本发明还提供了用于大豆品种资源鉴定的384个SNP分子标记，所述384个SNP分子标记为所述384个SNP位点的脱氧核苷酸。
为解决上述技术问题，本发明还提供了用于检测384个SNP位点基因型的成套试剂。所述成套试剂中，所述384个SNP位点用于大豆品种资源鉴定，所述384个SNP位点分别为所述384个SNP位点；所述成套试剂由序列1-序列768中每条序列的第19-89位所示的768条单链DNA组成。
上述成套试剂中，所述成套试剂可由序列1-序列768所示的768条单链DNA组成。
上述成套试剂中，所述成套试剂中各单链DNA的摩尔数可相等，也可以根据具体的大豆品种进行调整。
为解决上述技术问题，本发明还提供了用于检测384个SNP位点基因型的系统。所述系统包括所述成套试剂和利用芯片检测SNP位点基因型所需的试剂、仪器、软件(如Genome Studio Genotyping Module软件)和/或模块；所述384个SNP位点用于大豆品种资源鉴定；所述384个SNP位点分别为所述的384个SNP位点。
上述系统也可为包括所述成套试剂和利用芯片检测SNP位点基因型所需的试剂芯片或试剂盒。
为解决上述技术问题，本发明还提供了下述X1或X2：
X1、所述成套试剂或所述系统在大豆品种资源鉴定或大豆分子育种中的应用；
X2、所述用于大豆品种资源鉴定的方法或所述确定大豆群体中不同品种的遗传关系的方法在大豆分子育种中的应用。
为解决上述技术问题，本发明还提供了所述成套试剂的制备方法，该方法包括A1)或A2)：
A1)将所述成套试剂中各单链DNA单独包装；
A2)将所述成套试剂中各单链DNA包装在一起。
为解决上述技术问题，本发明还提供了所述系统的的制备方法，该方法包括所述A1)或所述A2)。
本发明所提供的基于384个SNP位点新组合基础上的SNP芯片可应用于鉴别大豆品种资源；这384个SNP位点组合的应用将极大提高检测准确度、缩短检测时间、提高检测水平，为大豆品种推广、种子市场检测提供强有力的技术支撑，维护农民权益，确保农业生产安全；并为大豆分子育种提供重要的技术支撑，加快优良大豆新品种的选育进程。
附图说明
图1为384个SNP位点在大豆基因组上的分布。
图2为利用384个SNP位点对192份大豆种质资源进行聚类分析的结果。其中，绿色方块代表黄淮海地区的大豆材料，蓝色三角代表东北南片的吉林的大豆材料，红色圆形代表东北北片的黑龙江省和内蒙古的大豆材料。
图3为192份大豆品种资源间两两比对后384个SNP位点差异百分比的分布；图中差异百分比为差异位点百分比。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。
下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
实施例1、用于大豆品种资源鉴定或大豆分子育种芯片的制备
利用SoySNP6K芯片对300份来源于不同生态区的大豆品种进行鉴定，获得5361个SNP位点的数据，根据鉴定结果、位点的区分效率以及SNP在染色体上均匀分布的原则筛选出384个SNP位点，具体筛选过程如下：(1)通过剔除无信号、无多态性的位点，筛选MAF>0.2且缺失数据+杂合度的比例<5％的SNP位点，获得2839个候选SNP；(2)通过连锁不平衡分析筛选获得位于不同的连锁不平衡区域的tag SNP1440个；(3)基于无紧密连锁、在染色体上均匀分布的原则，确定了384个核心SNPs。
将384个SNP位点及其侧翼序列提交到Illumina公司的评估平台进行评价，经芯片设计系统评估，所有384个SNP位点的分值均适合制备芯片，这384个SNP位点命名为SMK001-SMK384，这384个SNP位点的物理位置及其侧翼序列是基于大豆品种Williams82的全基因组序列(版本号Glyma.Wm82.a1(Gmax1.01)，网址为：http://www.soybase.org/gb2/gbrowse/ gmax1.01/)比对确定的，这384个SNP位点在大豆基因组上的分布如图1所示，SMK001-SMK384具体如下：
SMK001位于1号染色体上第376871位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK002位于1号染色体上第1905126位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK003位于1号染色体上第2009015位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK004位于1号染色体上第3644772位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK005位于1号染色体上第3766931位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK006位于1号染色体上第5369218位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK007位于1号染色体上第34242779位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK008位于1号染色体上第35331895位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK009位于1号染色体上第36124186位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK010位于1号染色体上第37431876位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK011位于1号染色体上第41367155位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK012位于1号染色体上第42092477位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK013位于1号染色体上第44333894位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK014位于1号染色体上第47925857位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK015位于1号染色体上第48005973位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK016位于1号染色体上第52885135位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK017位于2号染色体上第1436429位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK018位于2号染色体上第2943710位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK019位于2号染色体上第6954614位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK020位于2号染色体上第8366792位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK021位于2号染色体上第8812907位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK022位于2号染色体上第9390424位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK023位于2号染色体上第11223101位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK024位于2号染色体上第13485851位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK025位于2号染色体上第39892187位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK026位于2号染色体上第40355756位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK027位于2号染色体上第40578850位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK028位于2号染色体上第40740650位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK029位于2号染色体上第45582001位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK030位于2号染色体上第45946501位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK031位于2号染色体上第47747116位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK032位于2号染色体上第48147900位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK033位于2号染色体上第48371970位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK034位于2号染色体上第49608405位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK035位于3号染色体上第2285179位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK036位于3号染色体上第2567559位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK037位于3号染色体上第2960225位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK038位于3号染色体上第3171837位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK039位于3号染色体上第3739270位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK040位于3号染色体上第3980046位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK041位于3号染色体上第5185602位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK042位于3号染色体上第5393744位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK043位于3号染色体上第5949610位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK044位于3号染色体上第6534897位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK045位于3号染色体上第7653508位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK046位于3号染色体上第8003625位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK047位于3号染色体上第8576092位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK048位于3号染色体上第10372947位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK049位于3号染色体上第17652662位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK050位于3号染色体上第33143761位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK051位于3号染色体上第36590761位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK052位于3号染色体上第38359136位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK053位于3号染色体上第40096919位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK054位于3号染色体上第45509392位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK055位于4号染色体上第3484605位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK056位于4号染色体上第9826375位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK057位于4号染色体上第11182315位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK058位于4号染色体上第13773098位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK059位于4号染色体上第14152425位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK060位于4号染色体上第14900199位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK061位于4号染色体上第15339676位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK062位于4号染色体上第15495892位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK063位于4号染色体上第16245909位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK064位于4号染色体上第16902743位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK065位于4号染色体上第17656771位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK066位于4号染色体上第19485049位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK067位于4号染色体上第20856490位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK068位于4号染色体上第24492629位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK069位于4号染色体上第25411209位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK070位于4号染色体上第27027612位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK071位于4号染色体上第34933592位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK072位于4号染色体上第38186183位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK073位于4号染色体上第44222288位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK074位于4号染色体上第45170733位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK075位于5号染色体上第7614099位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK076位于5号染色体上第8755146位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK077位于5号染色体上第8912289位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK078位于5号染色体上第31100388位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK079位于5号染色体上第34543149位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK080位于5号染色体上第37678203位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK081位于5号染色体上第38921514位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK082位于5号染色体上第39042180位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK083位于5号染色体上第39149697位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK084位于5号染色体上第40919916位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK085位于5号染色体上第41047840位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK086位于5号染色体上第41358920位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK087位于5号染色体上第41598095位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK088位于6号染色体上第1911440位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK089位于6号染色体上第2321305位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK090位于6号染色体上第3067294位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK091位于6号染色体上第4896983位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK092位于6号染色体上第7199259位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK093位于6号染色体上第14622806位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK094位于6号染色体上第15686633位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK095位于6号染色体上第16730377位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK096位于6号染色体上第17513415位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK097位于6号染色体上第18924869位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK098位于6号染色体上第19656740位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK099位于6号染色体上第21698167位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK100位于6号染色体上第40823262位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK101位于6号染色体上第41475707位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK102位于6号染色体上第45878618位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK103位于6号染色体上第46614521位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK104位于6号染色体上第47281088位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK105位于6号染色体上第47937644位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK106位于6号染色体上第48035025位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK107位于6号染色体上第49649563位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK108位于7号染色体上第1806776位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK109位于7号染色体上第2169433位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK110位于7号染色体上第2990071位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK111位于7号染色体上第3084952位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK112位于7号染色体上第3816276位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK113位于7号染色体上第5302924位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK114位于7号染色体上第6563425位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK115位于7号染色体上第7309867位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK116位于7号染色体上第8107502位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK117位于7号染色体上第9375554位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK118位于7号染色体上第10960265位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK119位于7号染色体上第17282625位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK120位于7号染色体上第18747515位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK121位于7号染色体上第36646602位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK122位于7号染色体上第37352860位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK123位于7号染色体上第38858390位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK124位于7号染色体上第40760824位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK125位于7号染色体上第42387987位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK126位于7号染色体上第43241505位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK127位于7号染色体上第44416303位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK128位于8号染色体上第1163015位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK129位于8号染色体上第5179820位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK130位于8号染色体上第7378719位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK131位于8号染色体上第8818682位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK132位于8号染色体上第10274746位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK133位于8号染色体上第11655156位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK134位于8号染色体上第12457475位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK135位于8号染色体上第14306937位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK136位于8号染色体上第18154249位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK137位于8号染色体上第19818051位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK138位于8号染色体上第21356991位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK139位于8号染色体上第23535554位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK140位于8号染色体上第35460999位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK141位于8号染色体上第36225104位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK142位于8号染色体上第38170672位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK143位于8号染色体上第39966379位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK144位于8号染色体上第41841138位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK145位于8号染色体上第43994881位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK146位于8号染色体上第44207689位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK147位于8号染色体上第46617389位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK148位于9号染色体上第5153841位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK149位于9号染色体上第5774576位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK150位于9号染色体上第6027402位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK151位于9号染色体上第6249819位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK152位于9号染色体上第7542080位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK153位于9号染色体上第8238821位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK154位于9号染色体上第9078857位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK155位于9号染色体上第9404713位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK156位于9号染色体上第9947528位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK157位于9号染色体上第10422545位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK158位于9号染色体上第11705595位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK159位于9号染色体上第12512906位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK160位于9号染色体上第18783871位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK161位于9号染色体上第20596388位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK162位于9号染色体上第26294064位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK163位于9号染色体上第27431122位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK164位于9号染色体上第34865579位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK165位于9号染色体上第36362102位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK166位于9号染色体上第40021124位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK167位于9号染色体上第42880143位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK168位于10号染色体上第4267119位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK169位于10号染色体上第4417859位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK170位于10号染色体上第4604891位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK171位于10号染色体上第5324254位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK172位于10号染色体上第6592424位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK173位于10号染色体上第13253193位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK174位于10号染色体上第13607816位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK175位于10号染色体上第15766092位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK176位于10号染色体上第17031846位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK177位于10号染色体上第21209182位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK178位于10号染色体上第27790377位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK179位于10号染色体上第28506100位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK180位于10号染色体上第32375819位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK181位于10号染色体上第38074797位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK182位于10号染色体上第38668792位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK183位于10号染色体上第42758844位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK184位于11号染色体上第3839823位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK185位于11号染色体上第5216312位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK186位于11号染色体上第5678011位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK187位于11号染色体上第7764577位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK188位于11号染色体上第8088818位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK189位于11号染色体上第8912997位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK190位于11号染色体上第11529151位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK191位于11号染色体上第12267809位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK192位于11号染色体上第14918730位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK193位于11号染色体上第16760579位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK194位于11号染色体上第17896589位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK195位于11号染色体上第18779055位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK196位于11号染色体上第30284153位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK197位于11号染色体上第30955692位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK198位于11号染色体上第33024104位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK199位于11号染色体上第34881271位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK200位于11号染色体上第36463815位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK201位于11号染色体上第36558615位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK202位于11号染色体上第36620995位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK203位于11号染色体上第39087202位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK204位于12号染色体上第446667位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK205位于12号染色体上第3071880位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK206位于12号染色体上第4214328位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK207位于12号染色体上第6306555位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK208位于12号染色体上第7025203位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK209位于12号染色体上第7944474位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK210位于12号染色体上第8005718位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK211位于12号染色体上第9128979位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK212位于12号染色体上第9530867位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK213位于12号染色体上第9670895位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK214位于12号染色体上第12663325位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK215位于12号染色体上第14168316位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK216位于12号染色体上第33878900位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK217位于12号染色体上第35999315位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK218位于12号染色体上第36576211位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK219位于12号染色体上第39419458位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK220位于12号染色体上第39489777位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK221位于13号染色体上第768019位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK222位于13号染色体上第3304126位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK223位于13号染色体上第5271893位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK224位于13号染色体上第6572267位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK225位于13号染色体上第8409182位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK226位于13号染色体上第9706806位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK227位于13号染色体上第11879139位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK228位于13号染色体上第18151279位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK229位于13号染色体上第20799614位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK230位于13号染色体上第22411655位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK231位于13号染色体上第25372240位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK232位于13号染色体上第27952502位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK233位于13号染色体上第29266441位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK234位于13号染色体上第30554108位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK235位于13号染色体上第31920269位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK236位于13号染色体上第32254622位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK237位于13号染色体上第35254913位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK238位于13号染色体上第37248926位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK239位于13号染色体上第38001170位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK240位于13号染色体上第39630734位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK241位于13号染色体上第41125306位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK242位于13号染色体上第43144000位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK243位于14号染色体上第4299573位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK244位于14号染色体上第5006497位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK245位于14号染色体上第6971649位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK246位于14号染色体上第8037352位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK247位于14号染色体上第9095540位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK248位于14号染色体上第10567991位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK249位于14号染色体上第13956701位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK250位于14号染色体上第19434048位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK251位于14号染色体上第24375052位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK252位于14号染色体上第28097808位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK253位于14号染色体上第30417010位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK254位于14号染色体上第31055714位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK255位于14号染色体上第32228240位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK256位于14号染色体上第33794113位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK257位于14号染色体上第34591092位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK258位于14号染色体上第36110826位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK259位于14号染色体上第38492599位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK260位于14号染色体上第42740133位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK261位于14号染色体上第43447922位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK262位于14号染色体上第46169538位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK263位于14号染色体上第49629460位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK264位于15号染色体上第2072155位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK265位于15号染色体上第3021343位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK266位于15号染色体上第4089422位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK267位于15号染色体上第5593448位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK268位于15号染色体上第6886773位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK269位于15号染色体上第8238831位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK270位于15号染色体上第9733870位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK271位于15号染色体上第10990404位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK272位于15号染色体上第12547291位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK273位于15号染色体上第13620803位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK274位于15号染色体上第15037925位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK275位于15号染色体上第18237732位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK276位于15号染色体上第19087710位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK277位于15号染色体上第20673905位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK278位于15号染色体上第22448785位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK279位于15号染色体上第24981421位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK280位于15号染色体上第33487671位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK281位于15号染色体上第39930084位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK282位于15号染色体上第41125792位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK283位于15号染色体上第42258067位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK284位于15号染色体上第48410634位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK285位于16号染色体上第1096019位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK286位于16号染色体上第1925663位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK287位于16号染色体上第2712778位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK288位于16号染色体上第4008875位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK289位于16号染色体上第6682942位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK290位于16号染色体上第10359254位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK291位于16号染色体上第11398865位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK292位于16号染色体上第12423757位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK293位于16号染色体上第13943112位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK294位于16号染色体上第18361943位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK295位于16号染色体上第19057180位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK296位于16号染色体上第23741999位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK297位于16号染色体上第24342123位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK298位于16号染色体上第25083035位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK299位于16号染色体上第26514916位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK300位于16号染色体上第27592381位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK301位于16号染色体上第28593043位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK302位于16号染色体上第31180008位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK303位于16号染色体上第32013677位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK304位于16号染色体上第33648903位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK305位于16号染色体上第37146816位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK306位于17号染色体上第7318895位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK307位于17号染色体上第8253336位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK308位于17号染色体上第9645677位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK309位于17号染色体上第11257863位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK310位于17号染色体上第15753292位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK311位于17号染色体上第16277729位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK312位于17号染色体上第17601149位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK313位于17号染色体上第18107856位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK314位于17号染色体上第19846807位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK315位于17号染色体上第21015164位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK316位于17号染色体上第22745633位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK317位于17号染色体上第24297067位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK318位于17号染色体上第25227868位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK319位于17号染色体上第27494688位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK320位于17号染色体上第28533941位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK321位于17号染色体上第30521244位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK322位于17号染色体上第32607008位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK323位于17号染色体上第34539211位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK324位于17号染色体上第36998820位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK325位于17号染色体上第39911042位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK326位于17号染色体上第40818517位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK327位于18号染色体上第385064位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK328位于18号染色体上第1374534位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK329位于18号染色体上第2434513位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK330位于18号染色体上第6041188位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK331位于18号染色体上第7579319位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK332位于18号染色体上第8931528位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK333位于18号染色体上第9901260位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK334位于18号染色体上第11759309位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK335位于18号染色体上第13087922位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK336位于18号染色体上第14185519位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK337位于18号染色体上第15867920位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK338位于18号染色体上第19493914位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK339位于18号染色体上第20939674位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK340位于18号染色体上第35056198位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK341位于18号染色体上第38185126位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK342位于18号染色体上第51517871位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK343位于18号染色体上第54757200位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK344位于18号染色体上第56568812位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK345位于18号染色体上第57445238位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK346位于18号染色体上第58798268位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK347位于18号染色体上第59826098位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK348位于19号染色体上第1987859位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK349位于19号染色体上第3668668位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK350位于19号染色体上第7308038位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK351位于19号染色体上第9829884位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK352位于19号染色体上第12212796位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK353位于19号染色体上第13860740位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK354位于19号染色体上第15226136位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK355位于19号染色体上第17991341位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK356位于19号染色体上第19879699位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK357位于19号染色体上第22862608位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK358位于19号染色体上第24693357位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK359位于19号染色体上第27992039位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK360位于19号染色体上第30687457位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK361位于19号染色体上第32276616位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK362位于19号染色体上第35475642位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK363位于19号染色体上第38792005位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK364位于19号染色体上第40971032位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK365位于19号染色体上第42218062位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK366位于19号染色体上第45478847位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK367位于19号染色体上第46297652位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK368位于19号染色体上第48082226位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK369位于20号染色体上第2129892位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK370位于20号染色体上第22798552位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK371位于20号染色体上第23551005位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK372位于20号染色体上第24791194位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK373位于20号染色体上第25832760位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK374位于20号染色体上第26760651位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK375位于20号染色体上第30209108位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK376位于20号染色体上第32399884位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK377位于20号染色体上第33513037位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK378位于20号染色体上第35995524位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK379位于20号染色体上第37898056位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK380位于20号染色体上第39917137位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK381位于20号染色体上第40269671位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK382位于20号染色体上第41015041位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK383位于20号染色体上第45704109位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK384位于20号染色体上第46464839位，其脱氧核苷酸为A或G。
检测每个SNP位点的脱氧核苷酸均需要两条探针。检测这384个SNP位点共需要768个探针，这768个探针的序列为序列表中序列1-序列768。
按照Illumina公司GoldenGate芯片制备的标准流程(Shen R,Fan JB，Campbell Det al.High-throughputSNP genotyping on universal bead arrays.Mutat Res.2005；573(1-2):70-82),利用这768个探针制备得到用于大豆品种资源鉴定或大豆分子育种的SNP芯片。
实施例2、利用实施例1制备的SNP芯片鉴别大豆品种资源的真实性
一、利用实施例1制备的SNP芯片鉴别大豆品种资源真实性的判断标准的确定
发明人选取具有较强代表性的192个大豆品种资源的种子为实验材料(表1，这192个大豆品种均来源于国家种质资源库，记载于《中国大豆品种资源目录》(中国农业科学院油料作物研究所编著，农业出版社,北京，1982年)，《中国大豆品种资源目录/续编二》(中国农业科学院作物品种资源研究所编著，农业出版社,北京，1996年)以及《中国大豆品种资源目录/续编三》(中国农业科学院作物科学研究所组编，中国农业大学出版社，北京，2013年)中，利用实施例1制备的SNP芯片检测这192个大豆品种资源中两两之间在实施例1所述384个SNP位点的基因型。
表1、192个大豆品种资源
整个实验流程是基于光纤微珠芯片GoldenGate芯片技术完成的。具体实验流程如下：
1、基因组DNA提取
用Thermo公司的Genomic DNA purification试剂盒提取上述192个大豆品种的基因组DNA。取适量叶片于2.0mlEP管中，加入400μl Lysis solution，65℃水浴30min(每间隔10min上下颠倒混匀一次)。水浴结束后稍微冷却加入600μl氯仿，充分震荡混匀，12000rpm离心10min，取上清于1.5mlEP管中。加入800μl PS solution，静置30min后，12000rpm离心10min，弃上清，再离心30s抽取残余上清。加入300μl冰无水乙醇，-20℃沉淀2h以上。12000rpm离心10min，弃上清。加入300μl 70％乙醇洗涤，静置2min后倒出乙醇，倒置于通风处晾干，加入100μl超纯水溶解，得到192个大豆品种的基因组DNA，每个大豆品种的基因组DNA的浓度稀释至50ng/μl。
2、SNP芯片检测
每个大豆品种的基因组DNA各取10μl用于芯片检测。利用实施例1的用于大豆品种资源鉴定或大豆分子育种的SNP芯片对每个大豆品种进行检测，使用Genome StudioGenotypingModule软件获取各个样品的SNP数据，形成每个大豆品种资源的DNA指纹数据库。
3、进化树的构建及品种资源的分类
利用PowerMarker软件对192份大豆品种资源的384个SNP位点的基因型数据进行分析，按照软件要求的格式将所有品种资源的基因型数据导入，利用PowerMarker软件中的Nei1983算法计算各个品种间的遗传距离(大豆品种间的遗传距离是由品种间这384个SNP位点中的差异位点决定的，差异位点越多，遗传距离越远，差异位点越少，遗传距离越近)，根据遗传距离选择Neighbor-Joining Tree参数，对所有供试大豆品种进行聚类分析。结果表明，384个SNP可以将这些大豆品种资源按照黄淮海和东北生态区的类型较好的区分开来，其中东北生态区的材料又可以进一步的分为东北北片的黑龙江、内蒙以及东北南片的吉林等(图2)，正确分类的百分比达93.2％。
4、大豆品种资源真实性鉴定的判断标准的确定
利用PowerMarker软件对192份大豆品种资源间的差异SNP位点进行两两比较，利用公式1计算这192份大豆品种两两间的差异位点百分比，大豆品种两两间的差异位点百分比＝2Nij/(Ni+Nj)(公式1)，其中Nij为两个大豆样品的这384个SNP位点中的差异位点数，Ni为其中一个大豆样品检测出的所述384个SNP位点中的位点数，Nj为另一个大豆样品检测出的所述384个SNP位点中的位点数。
结果表明，几乎所有成对大豆品种(99.33％)间差异位点的百分比介于20-60％之间；其中差异位点百分比为40-50％的样品占据比例最大，差异位点百分比低于10％的样品仅有4对，没有发现差异位点百分比低于5％的材料(图3)。表明可将差异位点百分比5％作为大豆品种资源真实性鉴定的判断标准。农业行业标准(NY/T 2595-2014)《大豆品种鉴定技术规SSR分子标记法》为基于SSR标记的大豆品种鉴定的方法，此标准将36个SSR位点中小于2个位点差异的品种认为是相同或极近似品种；按照位点比率计算为5.5％差异。
因此利用本专利进行大豆品种资源真实性检测具体判断标准如下：
获得待测样品和对照样品在384个SNP位点的基因型数据，并进行样品间数据比较，得到这两个样品的差异位点百分比。
(1)待测样品和对照品种间的差异位点百分比＜5％，结论为未检测到明显差异；
(2)待测样品和对照品种间的差异位点百分比≥5％，结论为检测到明显差异。
二、鉴定来源不同的大豆材料是否为同一品种
利用实施例1制备的SNP芯片及其配套试剂以及来源不同的四对名称相同的大豆(在其名称后分别添加A和B用以区分)是否为同一品种，这四对材料分别为：中黄20A(来源于国家种质资源库，统一编号为ZDD23883)/中黄20B(该中黄20B为大豆品种中黄20(王连铮，王岚，赵荣娟，等.高油大豆新品种中黄20(中作983)的选育和提高大豆含油量的育种研究.中国油料作物学报.2003,25(4):35-43),在本文中称为中黄20B)，吉育70A(来源于国家种质资源库，统一编号为ZDD23735)/吉育70B(该吉育70B为大豆品种吉育70(孙继颖，高聚林，薛春雷，等.不同品种大豆抗旱性能比较研究.华北农学报,2007,(6):91-97)，在本文中称为吉育70B)，中品95-5383A(来源于国家种质资源库，统一编号为ZDD23896)/中品95-5383B(该中品95-5383B为大豆品种中品95-5383(关荣霞，陈玉波，方宏亮，等.中品95-5117抗大豆花叶病毒基因源分析.作物学报,2010,36(4):549-554)，在本文中称为中品95-5383B)，Hobbit87A(来源于国家种质资源库，统一编号为WDD01945)/Hobbit87B(该Hobbit87B为大豆品种Hobbit87(夏长剑.大豆抗疫霉根腐病基因分析及大豆品种皖豆15抗疫霉根腐病基因作图.中国农业科学院硕士论文,2011)，在本文中称为Hobbit87B)。其中，中黄20A和中黄20B的品种均为中黄20，只是来源不同；吉育70A与吉育70B均为吉育70，只是来源不同；中品95-5383A与中品95-5383B均为中品95-5383，只是来源不同；Hobbit87A与Hobbit87B均为Hobbit87，只是来源不同。具体实验流程如下：
1、基因组DNA的提取及质量鉴定
提取上述四对材料的基因组DNA，具体方法同步骤一。
2、实验流程
按照illumina公司提供的标准实验流程进行实验，具体操作方法同步骤一。
结果为，中黄20A与中黄20B比较位点数为384个，差异位点数为8个，根据公式(1)差异位点百分比计算方法，中黄20A与中黄20B的差异位点百分比为2.1％，小于5％，根据步骤一中的判断标准，中黄20A与中黄20B为同一品种；吉育70A与吉育70B比较位点数为384个，差异位点数为15个，根据公式(1)差异位点百分比计算方法，吉育70A与吉育70B的差异位点百分比为3.9％，小于5％，根据步骤一中的判断标准，吉育70A与吉育70B为同一品种；中品95-5383A与中品95-5383B比较位点数为384个，差异位点数为5个，根据公式(1)差异位点百分比计算方法，中品95-5383A与中品95-5383B的差异位点百分比为1.3％，小于5％，根据步骤一中的判断标准，中品95-5383A与中品95-5383B为同一品种；Hobbit87A与Hobbit87B比较位点数为384个，差异位点数为12个，根据公式(1)差异位点百分比计算方法，Hobbit87A与Hobbit87B的差异位点百分比为3.1％，小于5％，根据步骤一中的判断标准，Hobbit87A与Hobbit87B为同一品种。
中黄20A与吉育70A、吉育70B、中品95-5383A、中品95-5383B、Hobbit87A、Hobbit87B的差异位点百分比分别为44.6％、43.8％、49.0％、49.3％、44.8％和45.8％，均大于5％，根据步骤一中的判断标准，中黄20A与吉育70A、吉育70B、中品95-5383A、中品95-5383B、Hobbit87A、Hobbit87B均不为同一品种；中黄20B与吉育70A、吉育70B、中品95-5383A、中品95-5383B、Hobbit87A、Hobbit87B的差异位点百分比分别为47.7％、46.9％、47.4％、47.7％、45.6％和46.1％，均大于5％，根据步骤一中的判断标准，中黄20B与吉育70A、吉育70B、中品95-5383A、中品95-5383B、Hobbit87A、Hobbit87B均不为同一品种；吉育70A与中品95-5383A、中品95-5383B、Hobbit87A、Hobbit87B的差异位点百分比分别为49.2％、49.5％、47.4％和46.4％，均大于5％，根据步骤一中的判断标准，吉育70A与中品95-5383A、中品95-5383B、Hobbit87A、Hobbit87B均不为同一品种；吉育70B与中品95-5383A、中品95-5383B、Hobbit87A、Hobbit87B的差异位点百分比分别为51.0％、51.4％、48.2％和47.1％，均大于5％，根据步骤一中的判断标准，吉育70B与中品95-5383A、中品95-5383B、Hobbit87A、Hobbit87B均不为同一品种；中品95-5383A与Hobbit87A、Hobbit87B的差异位点百分比分别为34.6％和34.1％，均大于5％，根据步骤一中的判断标准，中品95-5383A与Hobbit87A、Hobbit87B均不为同一品种；中品95-5383B与Hobbit87A、Hobbit87B的差异位点百分比分别为35.7％和35.2％，均大于5％，根据步骤一中的判断标准，中品95-5383B与Hobbit87A、Hobbit87B均不为同一品种。
采用目前我国正在使用的行业标准(NY/T 2595-2014,大豆品种鉴定技术规SSR分子标记法)进行检测，进一步证实中黄20A与中黄20B为同一品种，吉育70A与吉育70B为同一品种，中品95-5383A与中品95-5383B为同一品种，Hobbit87A与Hobbit87B为同一品种，中黄20A与吉育70A、吉育70B、中品95-5383A、中品95-5383B、Hobbit87A、Hobbit87B均不为同一品种，中黄20B与吉育70A、吉育70B、中品95-5383A、中品95-5383B、Hobbit87A、Hobbit87B均不为同一品种，吉育70A与中品95-5383A、中品95-5383B、Hobbit87A、Hobbit87B均不为同一品种，吉育70B与中品95-5383A、中品95-5383B、Hobbit87A、Hobbit87B均不为同一品种，中品95-5383A与Hobbit87A、Hobbit87B均不为同一品种，中品95-5383B与Hobbit87A、Hobbit87B均不为同一品种。

Claims (10)

1.384个SNP 位点在大豆品种资源鉴定中的应用；
所述384个SNP 位点的物理位置是基于大豆品种Williams82的全基因组序列比对确定的，所述大豆品种Williams82的全基因组序列的版本号为Glyma.Wm82.a1 (Gmax1.01)；所述384个SNP 位点是SMK001-SMK384；所述SMK001-SMK384如下：
SMK001位于1号染色体上第376871位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK002位于1号染色体上第1905126位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK003位于1号染色体上第2009015位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK004位于1号染色体上第3644772位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK005位于1号染色体上第3766931位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK006位于1号染色体上第5369218位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK007位于1号染色体上第34242779位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK008位于1号染色体上第35331895位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK009位于1号染色体上第36124186位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK010位于1号染色体上第37431876位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK011位于1号染色体上第41367155位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK012位于1号染色体上第42092477位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK013位于1号染色体上第44333894位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK014位于1号染色体上第47925857位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK015位于1号染色体上第48005973位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK016位于1号染色体上第52885135位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK017位于2号染色体上第1436429位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK018位于2号染色体上第2943710位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK019位于2号染色体上第6954614位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK020位于2号染色体上第8366792位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK021位于2号染色体上第8812907位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK022位于2号染色体上第9390424位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK023位于2号染色体上第11223101位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK024位于2号染色体上第13485851位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK025位于2号染色体上第39892187位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK026位于2号染色体上第40355756位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK027位于2号染色体上第40578850位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK028位于2号染色体上第40740650位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK029位于2号染色体上第45582001位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK030位于2号染色体上第45946501位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK031位于2号染色体上第47747116位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK032位于2号染色体上第48147900位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK033位于2号染色体上第48371970位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK034位于2号染色体上第49608405位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK035位于3号染色体上第2285179位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK036位于3号染色体上第2567559位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK037位于3号染色体上第2960225位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK038位于3号染色体上第3171837位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK039位于3号染色体上第3739270位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK040位于3号染色体上第3980046位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK041位于3号染色体上第5185602位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK042位于3号染色体上第5393744位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK043位于3号染色体上第5949610位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK044位于3号染色体上第6534897位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK045位于3号染色体上第7653508位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK046位于3号染色体上第8003625位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK047位于3号染色体上第8576092位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK048位于3号染色体上第10372947位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK049位于3号染色体上第17652662位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK050位于3号染色体上第33143761位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK051位于3号染色体上第36590761位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK052位于3号染色体上第38359136位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK053位于3号染色体上第40096919位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK054位于3号染色体上第45509392位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK055位于4号染色体上第3484605位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK056位于4号染色体上第9826375位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK057位于4号染色体上第11182315位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK058位于4号染色体上第13773098位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK059位于4号染色体上第14152425位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK060位于4号染色体上第14900199位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK061位于4号染色体上第15339676位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK062位于4号染色体上第15495892位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK063位于4号染色体上第16245909位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK064位于4号染色体上第16902743位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK065位于4号染色体上第17656771位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK066位于4号染色体上第19485049位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK067位于4号染色体上第20856490位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK068位于4号染色体上第24492629位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK069位于4号染色体上第25411209位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK070位于4号染色体上第27027612位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK071位于4号染色体上第34933592位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK072位于4号染色体上第38186183位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK073位于4号染色体上第44222288位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK074位于4号染色体上第45170733位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK075位于5号染色体上第7614099位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK076位于5号染色体上第8755146位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK077位于5号染色体上第8912289位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK078位于5号染色体上第31100388位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK079位于5号染色体上第34543149位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK080位于5号染色体上第37678203位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK081位于5号染色体上第38921514位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK082位于5号染色体上第39042180位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK083位于5号染色体上第39149697位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK084位于5号染色体上第40919916位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK085位于5号染色体上第41047840位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK086位于5号染色体上第41358920位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK087位于5号染色体上第41598095位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK088位于6号染色体上第1911440位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK089位于6号染色体上第2321305位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK090位于6号染色体上第3067294位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK091位于6号染色体上第4896983位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK092位于6号染色体上第7199259位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK093位于6号染色体上第14622806位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK094位于6号染色体上第15686633位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK095位于6号染色体上第16730377位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK096位于6号染色体上第17513415位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK097位于6号染色体上第18924869位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK098位于6号染色体上第19656740位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK099位于6号染色体上第21698167位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK100位于6号染色体上第40823262位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK101位于6号染色体上第41475707位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK102位于6号染色体上第45878618位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK103位于6号染色体上第46614521位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK104位于6号染色体上第47281088位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK105位于6号染色体上第47937644位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK106位于6号染色体上第48035025位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK107位于6号染色体上第49649563位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK108位于7号染色体上第1806776位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK109位于7号染色体上第2169433位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK110位于7号染色体上第2990071位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK111位于7号染色体上第3084952位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK112位于7号染色体上第3816276位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK113位于7号染色体上第5302924位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK114位于7号染色体上第6563425位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK115位于7号染色体上第7309867位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK116位于7号染色体上第8107502位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK117位于7号染色体上第9375554位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK118位于7号染色体上第10960265位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK119位于7号染色体上第17282625位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK120位于7号染色体上第18747515位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK121位于7号染色体上第36646602位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK122位于7号染色体上第37352860位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK123位于7号染色体上第38858390位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK124位于7号染色体上第40760824位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK125位于7号染色体上第42387987位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK126位于7号染色体上第43241505位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK127位于7号染色体上第44416303位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK128位于8号染色体上第1163015位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK129位于8号染色体上第5179820位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK130位于8号染色体上第7378719位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK131位于8号染色体上第8818682位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK132位于8号染色体上第10274746位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK133位于8号染色体上第11655156位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK134位于8号染色体上第12457475位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK135位于8号染色体上第14306937位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK136位于8号染色体上第18154249位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK137位于8号染色体上第19818051位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK138位于8号染色体上第21356991位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK139位于8号染色体上第23535554位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK140位于8号染色体上第35460999位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK141位于8号染色体上第36225104位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK142位于8号染色体上第38170672位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK143位于8号染色体上第39966379位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK144位于8号染色体上第41841138位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK145位于8号染色体上第43994881位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK146位于8号染色体上第44207689位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK147位于8号染色体上第46617389位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK148位于9号染色体上第5153841位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK149位于9号染色体上第5774576位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK150位于9号染色体上第6027402位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK151位于9号染色体上第6249819位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK152位于9号染色体上第7542080位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK153位于9号染色体上第8238821位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK154位于9号染色体上第9078857位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK155位于9号染色体上第9404713位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK156位于9号染色体上第9947528位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK157位于9号染色体上第10422545位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK158位于9号染色体上第11705595位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK159位于9号染色体上第12512906位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK160位于9号染色体上第18783871位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK161位于9号染色体上第20596388位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK162位于9号染色体上第26294064位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK163位于9号染色体上第27431122位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK164位于9号染色体上第34865579位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK165位于9号染色体上第36362102位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK166位于9号染色体上第40021124位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK167位于9号染色体上第42880143位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK168位于10号染色体上第4267119位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK169位于10号染色体上第4417859位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK170位于10号染色体上第4604891位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK171位于10号染色体上第5324254位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK172位于10号染色体上第6592424位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK173位于10号染色体上第13253193位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK174位于10号染色体上第13607816位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK175位于10号染色体上第15766092位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK176位于10号染色体上第17031846位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK177位于10号染色体上第21209182位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK178位于10号染色体上第27790377位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK179位于10号染色体上第28506100位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK180位于10号染色体上第32375819位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK181位于10号染色体上第38074797位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK182位于10号染色体上第38668792位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK183位于10号染色体上第42758844位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK184位于11号染色体上第3839823位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK185位于11号染色体上第5216312位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK186位于11号染色体上第5678011位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK187位于11号染色体上第7764577位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK188位于11号染色体上第8088818位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK189位于11号染色体上第8912997位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK190位于11号染色体上第11529151位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK191位于11号染色体上第12267809位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK192位于11号染色体上第14918730位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK193位于11号染色体上第16760579位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK194位于11号染色体上第17896589位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK195位于11号染色体上第18779055位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK196位于11号染色体上第30284153位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK197位于11号染色体上第30955692位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK198位于11号染色体上第33024104位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK199位于11号染色体上第34881271位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK200位于11号染色体上第36463815位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK201位于11号染色体上第36558615位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK202位于11号染色体上第36620995位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK203位于11号染色体上第39087202位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK204位于12号染色体上第446667位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK205位于12号染色体上第3071880位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK206位于12号染色体上第4214328位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK207位于12号染色体上第6306555位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK208位于12号染色体上第7025203位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK209位于12号染色体上第7944474位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK210位于12号染色体上第8005718位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK211位于12号染色体上第9128979位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK212位于12号染色体上第9530867位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK213位于12号染色体上第9670895位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK214位于12号染色体上第12663325位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK215位于12号染色体上第14168316位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK216位于12号染色体上第33878900位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK217位于12号染色体上第35999315位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK218位于12号染色体上第36576211位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK219位于12号染色体上第39419458位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK220位于12号染色体上第39489777位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK221位于13号染色体上第768019位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK222位于13号染色体上第3304126位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK223位于13号染色体上第5271893位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK224位于13号染色体上第6572267位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK225位于13号染色体上第8409182位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK226位于13号染色体上第9706806位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK227位于13号染色体上第11879139位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK228位于13号染色体上第18151279位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK229位于13号染色体上第20799614位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK230位于13号染色体上第22411655位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK231位于13号染色体上第25372240位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK232位于13号染色体上第27952502位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK233位于13号染色体上第29266441位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK234位于13号染色体上第30554108位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK235位于13号染色体上第31920269位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK236位于13号染色体上第32254622位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK237位于13号染色体上第35254913位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK238位于13号染色体上第37248926位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK239位于13号染色体上第38001170位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK240位于13号染色体上第39630734位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK241位于13号染色体上第41125306位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK242位于13号染色体上第43144000位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK243位于14号染色体上第4299573位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK244位于14号染色体上第5006497位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK245位于14号染色体上第6971649位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK246位于14号染色体上第8037352位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK247位于14号染色体上第9095540位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK248位于14号染色体上第10567991位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK249位于14号染色体上第13956701位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK250位于14号染色体上第19434048位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK251位于14号染色体上第24375052位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK252位于14号染色体上第28097808位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK253位于14号染色体上第30417010位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK254位于14号染色体上第31055714位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK255位于14号染色体上第32228240位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK256位于14号染色体上第33794113位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK257位于14号染色体上第34591092位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK258位于14号染色体上第36110826位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK259位于14号染色体上第38492599位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK260位于14号染色体上第42740133位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK261位于14号染色体上第43447922位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK262位于14号染色体上第46169538位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK263位于14号染色体上第49629460位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK264位于15号染色体上第2072155位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK265位于15号染色体上第3021343位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK266位于15号染色体上第4089422位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK267位于15号染色体上第5593448位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK268位于15号染色体上第6886773位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK269位于15号染色体上第8238831位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK270位于15号染色体上第9733870位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK271位于15号染色体上第10990404位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK272位于15号染色体上第12547291位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK273位于15号染色体上第13620803位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK274位于15号染色体上第15037925位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK275位于15号染色体上第18237732位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK276位于15号染色体上第19087710位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK277位于15号染色体上第20673905位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK278位于15号染色体上第22448785位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK279位于15号染色体上第24981421位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK280位于15号染色体上第33487671位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK281位于15号染色体上第39930084位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK282位于15号染色体上第41125792位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK283位于15号染色体上第42258067位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK284位于15号染色体上第48410634位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK285位于16号染色体上第1096019位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK286位于16号染色体上第1925663位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK287位于16号染色体上第2712778位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK288位于16号染色体上第4008875位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK289位于16号染色体上第6682942位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK290位于16号染色体上第10359254位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK291位于16号染色体上第11398865位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK292位于16号染色体上第12423757位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK293位于16号染色体上第13943112位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK294位于16号染色体上第18361943位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK295位于16号染色体上第19057180位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK296位于16号染色体上第23741999位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK297位于16号染色体上第24342123位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK298位于16号染色体上第25083035位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK299位于16号染色体上第26514916位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK300位于16号染色体上第27592381位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK301位于16号染色体上第28593043位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK302位于16号染色体上第31180008位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK303位于16号染色体上第32013677位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK304位于16号染色体上第33648903位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK305位于16号染色体上第37146816位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK306位于17号染色体上第7318895位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK307位于17号染色体上第8253336位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK308位于17号染色体上第9645677位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK309位于17号染色体上第11257863位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK310位于17号染色体上第15753292位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK311位于17号染色体上第16277729位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK312位于17号染色体上第17601149位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK313位于17号染色体上第18107856位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK314位于17号染色体上第19846807位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK315位于17号染色体上第21015164位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK316位于17号染色体上第22745633位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK317位于17号染色体上第24297067位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK318位于17号染色体上第25227868位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK319位于17号染色体上第27494688位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK320位于17号染色体上第28533941位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK321位于17号染色体上第30521244位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK322位于17号染色体上第32607008位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK323位于17号染色体上第34539211位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK324位于17号染色体上第36998820位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK325位于17号染色体上第39911042位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK326位于17号染色体上第40818517位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK327位于18号染色体上第385064位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK328位于18号染色体上第1374534位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK329位于18号染色体上第2434513位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK330位于18号染色体上第6041188位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK331位于18号染色体上第7579319位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK332位于18号染色体上第8931528位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK333位于18号染色体上第9901260位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK334位于18号染色体上第11759309位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK335位于18号染色体上第13087922位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK336位于18号染色体上第14185519位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK337位于18号染色体上第15867920位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK338位于18号染色体上第19493914位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK339位于18号染色体上第20939674位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK340位于18号染色体上第35056198位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK341位于18号染色体上第38185126位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK342位于18号染色体上第51517871位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK343位于18号染色体上第54757200位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK344位于18号染色体上第56568812位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK345位于18号染色体上第57445238位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK346位于18号染色体上第58798268位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK347位于18号染色体上第59826098位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK348位于19号染色体上第1987859位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK349位于19号染色体上第3668668位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK350位于19号染色体上第7308038位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK351位于19号染色体上第9829884位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK352位于19号染色体上第12212796位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK353位于19号染色体上第13860740位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK354位于19号染色体上第15226136位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK355位于19号染色体上第17991341位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK356位于19号染色体上第19879699位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK357位于19号染色体上第22862608位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK358位于19号染色体上第24693357位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK359位于19号染色体上第27992039位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK360位于19号染色体上第30687457位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK361位于19号染色体上第32276616位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK362位于19号染色体上第35475642位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK363位于19号染色体上第38792005位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK364位于19号染色体上第40971032位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK365位于19号染色体上第42218062位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK366位于19号染色体上第45478847位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK367位于19号染色体上第46297652位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK368位于19号染色体上第48082226位，其脱氧核苷酸为A或C；
SMK369位于20号染色体上第2129892位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK370位于20号染色体上第22798552位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK371位于20号染色体上第23551005位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK372位于20号染色体上第24791194位，其脱氧核苷酸为C或A；
SMK373位于20号染色体上第25832760位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK374位于20号染色体上第26760651位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK375位于20号染色体上第30209108位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK376位于20号染色体上第32399884位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK377位于20号染色体上第33513037位，其脱氧核苷酸为A或G；
SMK378位于20号染色体上第35995524位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK379位于20号染色体上第37898056位，其脱氧核苷酸为C或T；
SMK380位于20号染色体上第39917137位，其脱氧核苷酸为T或G；
SMK381位于20号染色体上第40269671位，其脱氧核苷酸为T或C；
SMK382位于20号染色体上第41015041位，其脱氧核苷酸为G或T；
SMK383位于20号染色体上第45704109位，其脱氧核苷酸为G或A；
SMK384位于20号染色体上第46464839位，其脱氧核苷酸为A或G。
2.大豆品种资源鉴定的方法，包括将待测大豆样品基因组DNA的384个SNP 位点基因型与对照大豆样品基因组DNA 的所述384个SNP 位点基因型进行比较；根据比较结果确定所述待测大豆与所述对照大豆是否为同一品种；所述384个SNP 位点为权利要求1中所述的384个SNP 位点。
3.大豆品种资源鉴定的方法，包括：将待测大豆样品基因组DNA 的384个SNP 位点基因型与对照大豆样品基因组DNA 的所述384个SNP 位点基因型进行比较后，根据公式1计算所述待测大豆样品与所述对照大豆样品的差异位点百分比，若所述待测大豆样品与所述对照大豆样品在所述384 个SNP 位点的差异位点百分比＜5%，则所述待测大豆样品与所述对照大豆样品属于或候选属于同一品种；若所述差异位点百分比≥5%，则所述待测大豆样品与所述对照大豆样品不属于或候选不属于同一品种；
所述384个SNP 位点为权利要求1中所述的384个SNP 位点；
所述待测大豆样品与所述对照大豆样品的差异位点百分比=2Nij/(Ni+Nj) （公式1），公式1中Nij为所述待测大豆样品与所述对照大豆样品的所述384个SNP 位点中的差异位点数，Ni为所述待测大豆样品检测出的所述384个SNP 位点中的位点数，Nj为所述对照大豆样品检测出的所述384个SNP 位点中的位点数。
4.确定大豆群体中不同品种资源的遗传关系的方法，该方法包括：对待测大豆群体中每个待测大豆品种的基因组DNA进行权利要求1中所述384个SNP位点的检测，获得每个待测大豆品种的基因型数据；如所述待测大豆群体中两个待测大豆样品的所述384个SNP位点中差异位点越多，则所述两个待测大豆样品的遗传关系越远或候选越远；如所述两个待测大豆样品的所述384个SNP位点中差异位点越少，则所述两个待测大豆样品的遗传关系越近或候选越近；所述差异位点为所述384个SNP位点中基因型不同的位点。
5.用于检测384个SNP 位点基因型的成套试剂，所述384个SNP 位点用于大豆品种资源鉴定，其特征在于：所述384个SNP 位点分别为权利要求1中所述的384个SNP 位点；所述成套试剂由序列1-序列768中每条序列的第19-89位所示的768条单链DNA组成。
6.根据权利要求5所述的成套试剂，其特征在于：所述成套试剂由序列1-序列768所示的768条单链DNA组成。
7.用于检测384个SNP 位点基因型的系统，包括权利要求5或6所述成套试剂和利用芯片检测SNP位点基因型所需的试剂、仪器、软件和/或模块；所述384个SNP 位点用于大豆品种资源鉴定；所述384个SNP 位点分别为权利要求1中所述的384个SNP 位点。
8.权利要求5或6所述成套试剂，或权利要求7所述系统在大豆品种资源鉴定或大豆分子育种中的应用。
9.权利要求2-4中任一所述方法在大豆分子育种中的应用。
10.权利要求5或6所述成套试剂或权利要求7所述系统的制备方法，包括A1）或A2）：
A1）将所述成套试剂中各单链DNA单独包装；
A2）将所述成套试剂中各单链DNA包装在一起。
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