CN105543383B - 一种与梨红皮/绿皮性状连锁的InDel位点及基于该位点的分子标记和应用 - Google Patents
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Abstract
一种与梨红皮/绿皮性状连锁的InDel位点及基于该位点的分子标记和应用，所述的InDel位点位于梨基因组组装的Scaffold NW_008988130.1的第908857碱基处，该处的碱基序列为A或者AATCTTCG，序列编码方向为5'—3'方向。根据上下游序列将该InDel位点转化为SCAR标记In2130‑12，该引物能够对供试群体中的所有红梨单株进行选择，选择效率达到100％，能够作为梨红皮性状的标记进行育种选择应用，可以大幅提高红皮梨育种选择的效率，具有很好的应用前景。
Description
技术领域
本发明涉及分子生物学与遗传育种技术领域，尤其涉及一种与梨红皮/绿皮性状连锁的 InDel位点及基于该位点的分子标记和应用。
背景技术
传统的梨杂交育种工作育种周期长，占地面积大，群体选择需要耗费大量的人力、物力和财力，育种效率较低。利用分子标记辅助育种选择，可以大大提高选择效率，节约杂交单株种植养护和调查考种的成本，促进我国梨育种从常规育种向分子育种手段转变。
果皮颜色是果实品质和商品性的重要组成部分，是最能吸引人们注意的果实性状。近年来，健康消费的观念日益深入人心，红色梨因其更高的健康价值而受到市场青睐，红色梨的选育与研究也日益受到各国从事梨育种工作相关机构的重视。
我国栽培的梨品种多属于东方梨，其红皮性状表现为数量性状，着色程度变异范围相对较广，且无法通过形态或枝梢、叶片的颜色进行早期选择。因此，目前急需一种准确高效的能应用于东方梨红皮/绿皮性状辅助选择育种的分子标记，快速提高东方红梨的选育效率，加速育种进程，加快中国红梨产业的发展。
发明内容
解决的技术问题：本发明提供一种与梨红皮/绿皮性状连锁的InDel位点及基于该位点的分子标记和应用。
技术方案：一种与梨红皮/绿皮性状连锁的InDel位点，所述的InDel位点位于砀山酥梨基因组组装的Scaffold NW_008988130.1的第908857碱基处，该处的碱基序列为A或者AATCTTCG，序列编码方向为5'—3'方向。
一种基于InDel位点开发的SCAR分子标记，记为In2130-12，所述InDel位点位于SCAR 分子标记扩增产物的内部。
所述基于InDel位点开发的SCAR分子标记在梨红皮/绿皮性状辅助选择育种中的应用。
基于所述分子标记选育红皮梨的引物对，
上游引物序列为：5'-TTGGAGATGTTACTGTGACG-3'；
下游引物序列为：5'-GATTACATGCATTGACGTTG-3'。
所述引物对在梨红皮/绿皮性状育种中的应用。
红皮梨辅助选育试剂盒，含有上述的引物对。
有益结果：‘满天红’和‘红香酥’是中国农业科学院郑州果树研究所选育的2个著名的红皮梨品种，在我国推广应用面积较大。这两个品种常被育种单位用作红梨育种的亲本，表现出良好的亲本遗传特点。本发明对‘满天红’ב红香酥’杂交组合群体用以上分子标记进行分析，该SCAR标记能够对供试群体中的所有红梨单株进行选择，选择效率达到100％，能够作为梨红皮性状的标记进行育种选择应用，可以大幅提高红皮梨育种选择的效率，具有很好的应用前景。
附图说明
图1为SCAR标记In2130-12在红皮梨和绿皮梨中的带型图；
图2为SCAR标记In2130-12在‘满天红’ב红香酥’组合中的扩增结果图；两边泳道为marker，大小为100bp；
图3为SCAR标记In2130-12与梨红皮/绿皮性状位点(Rg)的遗传连锁图。
具体实施方式
下面结合具体实施例对本发明做进一步的说明，但本发明不受以下实施例的限制。
实施例1
1.采集‘满天红’和‘红香酥’以及‘满天红’ב红香酥’杂交组合348个单株刚萌发的幼叶，小心洗净擦干，提取DNA。
2.用In2130-12分子标记对提取的DNA进行扩增，PCR采用20μL的反应体系，扩增该分子标记的引物对如表1，反应体系组成和PCR反应程序见表2和表3：
表1 SCAR标记引物序列
表2 PCR反应体系
表3 PCR反应程序
3.对PCR产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，并对电泳结果进行条带统计，红皮/绿皮单株的带型如图1所示。
4.利用293个单株的表型数据及其在In2130-12位点的基因型数据进行遗传距离分析，结果表明，In2130-12位点与红皮/绿皮性状位点的遗传距离为4.3cM，计算结果用MapChart 画图，结果如图3所示。
5.杂交组合中293个已经结果的单株中扩增出红色带型的单株有128个，扩增出绿色带型的单株有165个，所有的117个红皮单株在In2130-12引物位点全部表现红色带型，另外 11个表现红色带型的单株均为绿色果皮(均为第一年结果)。表明In2130-12标记能够将该组合红色单株全部筛选出来。
6.通过上述步骤即可简单快速地区分红皮梨单株与绿皮梨单株，成功地将分子标记辅助选择技术应用于梨育种中红皮梨与绿皮梨的选育，显著降低育种的工作量，极大地提高育种效率。
实施例2
1.采集来源于‘幸水’ב红香酥’、‘早美酥’ב红香酥’、‘中梨1号’ב红香酥’以及‘新世纪’ב红香酥’等杂交组合共计33个优系刚萌发的幼叶，小心洗净擦干，提取 DNA。
2.用In2130-12分子标记对提取的DNA进行扩增，PCR采用20μL的反应体系，扩增该分子标记的引物对同实施例1。
3.对PCR产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，并对电泳结果进行条带统计，红皮/绿皮单株的带型。
4.结果表明，In2130-12标记能准确区分33个优系中的红皮梨优系和绿皮梨优系。
5.通过上述步骤即可简单快速地区分红皮梨与绿皮梨，成功地将分子标记辅助选择技术应用于梨育种中红皮梨与绿皮梨的选育，显著降低育种的工作量，极大地提高育种效率。
以上所述，仅为本发明最佳实施方式，任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明披露的技术范围内，可显而易见地得到的技术方案的简单变化或等效替换均落入本发明的保护范围。
SEQUENCE LISTING
<110> 中国农业科学院郑州果树研究所
<120> 一种与梨红皮/绿皮性状连锁的InDel位点及基于该位点的分子标记和应用
<160> 2
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
ttgga gatgt tactg tgacg 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
gatta catgc attga cgttg 20
Claims (4)
1.由引物对5'-TTGGAGATGTTACTGTGACG-3'；5'-GATTACATGCATTGACGTTG-3'扩增得到的In2130-12 SCAR分子标记在梨红皮/绿皮性状辅助选择育种中的应用。
2.基于权利要求1所述In2130-12 SCAR分子标记选育红皮梨的引物对，其特征在于上游引物序列为：5'-TTGGAGATGTTACTGTGACG-3'；下游引物序列为：5'-GATTACATGCATTGACGTTG-3'。
3.权利要求2所述引物对在梨红皮/绿皮性状育种中的应用。
4.红皮梨辅助选育试剂盒，其特征在于含有权利要求2所述的引物对。
Priority Applications (1)
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| CN201610061608.4A CN105543383B (zh) | 2016-01-29 | 2016-01-29 | 一种与梨红皮/绿皮性状连锁的InDel位点及基于该位点的分子标记和应用 |
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Publications (2)
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2016
- 2016-01-29 CN CN201610061608.4A patent/CN105543383B/zh active Active
Non-Patent Citations (3)
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| Candidate genes and QTLs for fruit ripening and softening in melon;Eduard Moreno et al.;《Theor Appl Genet》;20071220;摘要，表2 * |
| 大白菜简单序列重复(SSR)和插入／缺失(InDel)标记的开发及通用性分析;仪泽会等;《农业生物技术学报》;20130308;第1399页第2段 * |
| 红皮梨色泽变异系的分子标记鉴定及遗传差异分析;赵广;《中国优秀硕士学位论文全文数据库.农业科技辑》;20150315;第一章至第二章 * |
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