CN105483268A - 一种检测海洋环境中γ-变形菌群落的基因芯片 - Google Patents
一种检测海洋环境中γ-变形菌群落的基因芯片 Download PDFInfo
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Abstract
本发明提供一种检测海洋环境γ-变形菌群落的基因芯片，即可平行、快速、高通量的检测海洋环境γ-变形菌群落，使基因芯片技术更好的应用于海洋环境监测。本发明芯片所使用的探针可以快速、高通量地对海水中的γ-变形菌群落进行检测，最大可以检测31个科的γ-变形菌信息，从而为海洋环境细菌群落的监测提供了有力的技术支持，为建立、健全近岸海域海洋环境质量综合评价体系奠定了坚实的基础。
Description
技术领域
本发明属于分子检测技术领域，具体涉及一种检测海洋环境中γ-变形菌群落的基因芯片。
背景技术
γ-变形菌纲是海洋环境微生物中的主要类群，有研究表明，在一些自然生态灾害(浒苔)暴发期间，γ-变形菌纲是相应近海岸地区最丰富的菌群，以青岛为例，浒苔暴发期间青岛近岸环境中微生物种类的多样性很高，测定的种属中γ-变形菌纲占绝大多数，并且其中的很多属在浒苔暴发前并未出现。这说明，γ-变形菌纲具有潜在的环境指示作用。另，据象山港养殖区细菌群落与环境因子的影响研究表明，γ-变形菌的细菌在港底沉积物环境中起着重要作用。如假单胞菌目能够同化CO2和氧化硫化物，在碳、硫循环中起重要作用；Alteromonassp.S属于γ-变形菌纲的交替单胞菌目，目前的报道中交替单胞菌属的细菌有些属于海洋中的有益菌，而且这些有益菌在水产养殖中日益受到重视。Vibriosp.7G03属于γ-变形菌纲的弧菌目，弧菌属有些种是海水养殖动物的重要致病菌之一，这种病具有流行广、发病率高、死亡率高的特点，对于海域安全的治理具有指导意义。
目前，海洋环境监测中的生物监测主要是对海洋环境中的浮游生物、底栖生物、潮间带生物、游泳动物、大肠杆菌等生物种类组成和数量进行监测，缺少对海洋细菌群落的监测。细菌复杂的群落结构、功能、相互作用和动态变化对海洋生态功能的维持有着重要意义。微生物群落对环境变化响应快速，对污染具有指示作用。因此，增加对海洋环境各个细菌种类组成和数量分布的监测，对建立、健全近岸海域海洋环境质量综合评价体系十分必要。γ-变形菌是海洋环境中最为常见的细菌类群之一，对其组成和分布进行监测是海洋细菌多样性监测的重要部分。
目前传统的微生物监测主要是利用分离培养方法。这种监测方法繁琐、耗时，不适合对多种细菌进行同时监测。亟需发展高通量、高效、便捷、低成本的海洋细菌群落监测技术。基因芯片技术是采用原位合成或显微点样技术将大量DNA探针有序地固化于支持物上，然后与标记的样品杂交，通过对杂交信号的检测分析，获得样品的基因序列、基因表达信息等遗传信息。具有高通量、并行性；采用荧光标记，检测的准确性高、检测时间短，可完全实现自动化及快速检测。在芯片制备和结果检测以及信号分析、处理过程中采用计算机控制，分析、检测结果更为客观、准确。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是提供一种检测海洋环境γ-变形菌群落的基因芯片，即可平行、快速、高通量的检测海洋环境γ-变形菌群落，使基因芯片技术更好的应用于海洋环境监测，以弥补现有检测技术的不足。
本发明的基因芯片，包括有芯片载体，以及固定在芯片载体上的，用于检测海水中的Aeromonadaceae菌、Alcanivoracaceae菌、Alteromonadaceae菌、Chromatiaceae菌、Colwelliaceae菌、Coxiellaceae菌、Ectothiorhodospiraceae菌、Enterobacteriaceae菌、Thiotrichaceae菌、Xanthomonadaceae菌、Hahellaceae菌、Halomonadaceae菌、Idiomarinaceae菌、Legionellaceae菌、Litoricolaceae菌、Oceanospirillaceae菌、Zooshikella菌、Vibrionaceae菌、Moraxellaceae菌、Thiotrichales_incertae_sedis菌、Pasteurellaceae菌、Piscirickettsiaceae菌、Pseudoalteromonadaceae菌、Pseudomonadaceae菌、Psychromonadaceae菌、Salinisphaeraceae菌、Shewanellaceae菌、Sinobacteraceae菌、Ferrimonadaceae菌、Francisellaceae菌、Methylococcaceae菌的探针。
其中用于检测Aeromonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:1-3中的任一种或几种；
其中用于检测Alcanivoracaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:4-6中的任一种或几种；
其中用于检测Alteromonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:7-9中的任一种或几种；
其中用于检测Chromatiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:10-12中的任一种或几种；
其中用于检测Colwelliaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:13-15中的任一种或几种；
其中用于检测Coxiellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:16-18中的任一种或几种；
其中用于检测Ectothiorhodospiraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:19-21中的任一种或几种；
其中用于检测Enterobacteriaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:22-24中的任一种或几种；
其中用于检测Thiotrichaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:25-27中的任一种或几种；
其中用于检测Xanthomonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:28-30中的任一种或几种；
其中用于检测Hahellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:31-33中的任一种或几种；
其中用于检测Halomonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:34-36中的任一种或几种；
其中用于检测Idiomarinaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:37-38中的任一种或几种；
其中用于检测Legionellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:39-41中的任一种或几种；
其中用于检测Litoricolaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:42-44中的任一种或几种；
其中用于检测Oceanospirillaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:45-47中的任一种或几种；
其中用于检测Zooshikella菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:48-50中的任一种或几种；
其中用于检测Vibrionaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:51中的一种；
其中用于检测Moraxellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:52-54中的任一种或几种；
其中用于检测Thiotrichales_incertae_sedis菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:55-57中的任一种或几种；
其中用于检测Pasteurellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:58-60中的任一种或几种；
其中用于检测Piscirickettsiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:61-63中的任一种或几种；
其中用于检测Pseudoalteromonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:64-66中的任一种或几种；
其中用于检测Pseudomonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:67-69中的任一种或几种；
其中用于检测Psychromonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:70-72中的任一种或几种；
其中用于检测Salinisphaeraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:73-75中的任一种或几种；
其中用于检测Shewanellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:76-78中的任一种或几种；
其中用于检测Sinobacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:79-81中的任一种或几种；
其中用于检测Ferrimonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:82-84中的任一种或几种；
其中用于检测Francisellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:85-87中的任一种或几种；
其中用于检测Methylococcaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:88-89中的任一种或几种；
在本发明的基因芯片上还固定有杂交阳性对照质控探针、杂交阴性对照质控探针、表面化学质控探针中的任一种或几种，
其中杂交阳性对照质控探针(PC)的核苷酸序列为SEQIDNO:90；
杂交阴性对照质控探针(NC)的核苷酸序列为SEQIDNO:91；
表面化学质控探针(CK)的核苷酸序列为SEQIDNO:92，是一条用HEX染料标记的40个T的寡核苷酸序列。这些荧光探针点的位置可作为芯片上DNA微阵列坐标，在芯片检测过程中起到定位探针位置的作用。
本发明芯片所使用的探针可以快速、高通量地对海水中的γ-变形菌群落进行检测，最大可以检测31个科的γ-变形菌信息，从而为海洋环境细菌群落的监测提供了有力的技术支持，为建立、健全近岸海域海洋环境质量综合评价体系奠定了坚实的基础。
附图说明
图1：本发明基因芯片的探针布局示意图。
图2：γ-变形菌门群落基因芯片的特异性检测图(Francisellaceae科检测结果)。
图3：本发明基因芯片的应用图。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明进行详细的描述，下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常可按常规条件，如J.萨姆布鲁克(Sambrook)等编写的《分子克隆实验指南》中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件运行。
实施例1：γ-变形菌群落检测基因芯片的探针设计
采用高通量测序技术和克隆文库技术获得东海海水中γ-变形菌群落信息。根据γ-变形菌群落16SrRNA基因序列信息，利用ARB软件对东海海水中31个主要的γ-变形菌科(Aeromonadaceae、Alcanivoracaceae、Alteromonadaceae、Chromatiaceae、Colwelliaceae、Coxiellaceae、Ectothiorhodospiracea、Enterobacteriaceae、Thiotrichaceae、Xanthomonadaceae、Hahellaceae、Halomonadaceae、Idiomarinaceae、Legionellaceae、Litoricolaceae、Oceanospirillaceae、Zooshikella、Vibrionaceae、Moraxellaceae、Thiotrichales_incertae_sedis、Pasteurellaceae、Piscirickettsiaceae、Pseudoalteromonadaceae、Pseudomonadaceae、Psychromonadaceae、Salinisphaeraceae、Shewanellaceae、Sinobacteraceae、Ferrimonadaceae、Francisellaceae、Methylococcaceae)进行探针设计，并在BLAST中进行验证，获得用来制备基因芯片的探针序列。
申请人从检测特异性的角度出发，对上述可能作为探针的序列进行筛选，最终确定了如下的探针序列：
其中用于检测Aeromonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:1-3中的任一种或几种；
其中用于检测Alcanivoracaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:4-6中的任一种或几种；
其中用于检测Alteromonadaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:7-9中的任一种或几种；
其中用于检测Chromatiaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:10-12中的任一种或几种；
其中用于检测Colwelliaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:13-15中的任一种或几种；
其中用于检测Coxiellaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:16-18中的任一种或几种；
其中用于检测Ectothiorhodospiraceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:19-21中的任一种或几种；
其中用于检测Enterobacteriaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:22-24中的任一种或几种；
其中用于检测Thiotrichaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:25-27中的任一种或几种；
其中用于检测Xanthomonadaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:28-30中的任一种或几种；
其中用于检测Hahellaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:31-33中的任一种或几种；
其中用于检测Halomonadaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:34-36中的任一种或几种；
其中用于检测Idiomarinaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:37-38中的任一种或几种；
其中用于检测Legionellaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:39-41中的任一种或几种；
其中用于检测Litoricolaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:42-44中的任一种或几种；
其中用于检测Oceanospirillaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:45-47中的任一种或几种；
其中用于检测Zooshikella微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:48-50中的任一种或几种；
其中用于检测Vibrionaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:51中的一种；
其中用于检测Moraxellaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:52-54中的任一种或几种；
其中用于检测Thiotrichales_incertae_sedis微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:55-57中的任一种或几种；
其中用于检测Pasteurellaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:58-60中的任一种或几种；
其中用于检测Piscirickettsiaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:61-63中的任一种或几种；
其中用于检测Pseudoalteromonadaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:64-66中的任一种或几种；
其中用于检测Pseudomonadaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:67-69中的任一种或几种；
其中用于检测Psychromonadaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:70-72中的任一种或几种；
其中用于检测Salinisphaeraceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:73-75中的任一种或几种；
其中用于检测Shewanellaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:76-78中的任一种或几种；
其中用于检测Sinobacteraceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:79-81中的任一种或几种；
其中用于检测Ferrimonadaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:82-84中的任一种或几种；
其中用于检测Francisellaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:85-87中的任一种或几种；
其中用于检测Methylococcaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:88-89中的任一种或几种；
还有点制在芯片上的：
杂交阳性对照质控探针(PC)，采用的是细菌16SrRNA基因的保守性片段。其主要功能是与PCR扩增过程中扩增出来的基于16SrRNA基因的标记物杂交，从而对扩增、标记和杂交等检测过程的正确性进行有效控制，其核苷酸序列为SEQIDNO:90；
杂交阴性对照质控探针(NC)，采用的是一段40个T的寡核苷酸序列。该探针不会与任何的扩增和标记产物结合，因此该探针可从反面监控杂交过程的可靠性，其核苷酸序列为SEQIDNO:91；
表面化学质控探针(CK)是一条用HEX染料标记的40个T的寡核苷酸序列，可监测点样过程的可靠性，另外荧光探针点的位置可作为芯片上DNA微阵列坐标，在芯片检测过程中起到定位探针位置的作用，其核苷酸序列为SEQIDNO:92(图1)。
实施例2：本发明的γ-变形菌群落检测基因芯片的特异性检测
选择γ-变形菌中的海水优势科Francisellaceae的代表性克隆Francisellaphilomiragia1-5对γ-变形菌群落检测基因芯片的特异性进行检测。
①DNA的提取：用质粒提取试剂盒提取质粒DNA。
②16SrRNA基因的扩增：利用克隆载体pEASY-T1通用引物M13F(GTAAAACGACGGCCAGT)和M13R(GTCCTTTGTCGATACTG)对16SrRNA基因进行线性扩增。扩增程序为94℃5min，25个循环(94℃30s，55℃30s，72℃1min30s)，72℃10min。
③荧光标记：利用荧光标记的随机引物(Cy3-NNNNNNNNN)和Klenow酶对16SrRNA基因扩增产物进行标记。37℃1.5h，70℃10min。
④杂交：将15μL荧光标记产物和5μL杂交液混合与α变形菌群落基因芯片50℃杂交12h。芯片清洗，干燥后用扫描仪检测结果。
结果显示(图2)，克隆Francisellaphilomiragia1-5与本发明的基因芯片上对应的Francisellaceae科的探针具有明显的杂交信号，与其他科的探针无杂交信号，说明本发明的海洋γ‐变形菌群落检测基因芯片具有较好的特异性。
实施例3：利用芯片检测海水样品中的γ-变形菌种类
将海水样品22A与本发明的海洋γ-变形菌群落检测基因芯片进行杂交，具体方法如实施例2。并与高通量测序的结果进行比较。结果如表1所示。
表1海水样品22A中γ-变形菌种类检测结果
注：+表示检出，-表示未检出。
基因芯片检测结果表明海水样品22A中含有zooshikella、Xanthomonadaceae、Vibrionaceae、Thiotrichales_incertae_sedis、Thiotrichaceae、Sinobacteraceae、Shewanellaceae、Psychromonadaceae、Pseudomonadaceae、Pseudoalteromonadaceae、Piscirickettsiaceae、Pasteurellaceae、Oceanospirillaceae、Moraxellaceae、Methylococcaceae、Litoricolaceae、Legionellaceae、Idiomarinaceae、Halomonadaceae、Hahellaceae、Francisellaceae、Enterobacteriaceae、Ectothiorhodospiraceae、Coxiellaceae、Colwelliaceae、Chromatiaceae、Alteromonadaceae、Aeromonadaceae。高通量测序结果表明海水样品22A中含有Vibrionaceae、Thiotrichales_incertae_sedis、Thiotrichaceae、Sinobacteraceae、Shewanellaceae、Psychromonadaceae、Pseudomonadaceae、Pseudoalteromonadaceae、Piscirickettsiaceae、Pasteurellaceae、Oceanospirillaceae、Moraxellaceae、Methylococcaceae、Litoricolaceae、Legionellaceae、Idiomarinaceae、Halomonadaceae、Hahellaceae、Francisellaceae、Enterobacteriaceae、Ectothiorhodospiraceae、Coxiellaceae、Colwelliaceae、Chromatiaceae、Alteromonadaceae、Aeromonadaceae、Alcanivoracaceae、Thiohalorhabdaceae、Succinivibrionaceae、Shewanellaceae、Marinicellaceae、Idiomarinaceae。本发明的基因芯片的检测结果与高通量测序结果大体一致，说明该基因芯片可以较准确地鉴定出海洋环境γ-变形菌的种类。
实施例4：利用芯片检测海水样品中的γ-变形菌群落结构
将海水样品22A、151A、YIMB601、Y1P404、PE104、HSP104、P203、P602与本发明的海洋γ-变形菌群落检测基因芯片进行杂交，具体方法如实施例2。其中，22A与151A来自2013年东海海水样；P203与P602来自2012虾塘水样；其余四个来自2014虾塘水样。将芯片检测出的各个γ-变形菌的种类和丰度进行PCoA分析，并与高通量测序结果的PCoA分析进行比较。结果如图3所示。
芯片检测结果表明海水样品22A与151A的γ-变形菌群落结构相似性较高，聚在一起；P203与P602的γ-变形菌群落结构相似性较高，聚在一起；YIMB601、Y1P404、PE104、HSP104的γ-变形菌群落结构相似性较高，聚在一起。高通量测序结果同样表明海水样品22A与151A聚在一起，P203与P602聚在一起，其余四个环境样品聚在一起。这说明本发明的基因芯片可以准确、快速的对海水γ-变形菌群落进行鉴定，且大大缩短了检测时间。因此，为海洋环境细菌群落的监测提供了有力的技术支持，为建立、健全近岸海域海洋环境质量综合评价体系奠定了坚实的基础。
Claims (9)
1.一种检测海洋环境γ-变形菌群落的基因芯片，其特征在于，所述的基因芯片包含有芯片载体，以及固定在芯片载体上，用于检测海水中的Aeromonadaceae菌、Alcanivoracaceae菌、Alteromonadaceae菌、Chromatiaceae菌、Colwelliaceae菌、Coxiellaceae菌、Ectothiorhodospiraceae菌、Enterobacteriaceae菌、Thiotrichaceae菌、Xanthomonadaceae菌、Hahellaceae菌、Halomonadaceae菌、Idiomarinaceae菌、Legionellaceae菌、Litoricolaceae菌、Oceanospirillaceae菌、Zooshikella菌、Vibrionaceae菌、Moraxellaceae菌、Thiotrichales_incertae_sedis菌、Pasteurellaceae菌、Piscirickettsiaceae菌、Pseudoalteromonadaceae菌、Pseudomonadaceae菌、Psychromonadaceae菌、Salinisphaeraceae菌、Shewanellaceae菌、Sinobacteraceae菌、Ferrimonadaceae菌、Francisellaceae菌、Methylococcaceae菌的探针；
其中用于检测Aeromonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:1-3中的任一种或几种；
用于检测Alcanivoracaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:4-6中的任一种或几种；
用于检测Alteromonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:7-9中的任一种或几种；
用于检测Chromatiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:10-12中的任一种或几种；
用于检测Colwelliaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:13-15中的任一种或几种；
用于检测Coxiellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:16-18中的任一种或几种；
用于检测Ectothiorhodospiraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:19-21中的任一种或几种；
用于检测Enterobacteriaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:22-24中的任一种或几种；
用于检测Thiotrichaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:25-27中的任一种或几种；
用于检测Xanthomonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:28-30中的任一种或几种；
用于检测Hahellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:31-33中的任一种或几种；
用于检测Halomonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:34-36中的任一种或几种；
用于检测Idiomarinaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:37-38中的任一种或几种；
用于检测Legionellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:39-41中的任一种或几种；
用于检测Litoricolaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:42-44中的任一种或几种；
检测Oceanospirillaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:45-47中的任一种或几种；
用于检测Zooshikella菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:48-50中的任一种或几种；
用于检测Vibrionaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:51；
用于检测Moraxellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:52-54中的任一种或几种；
用于检测Thiotrichales_incertae_sedis菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:55-57中的任一种或几种；
用于检测Pasteurellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:58-60中的任一种或几种；
用于检测Piscirickettsiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:61-63中的任一种或几种；
用于检测Pseudoalteromonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:64-66中的任一种或几种；
用于检测Pseudomonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:67-69中的任一种或几种；
用于检测Psychromonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:70-72中的任一种或几种；
用于检测Salinisphaeraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:73-75中的任一种或几种；
用于检测Shewanellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:76-78中的任一种或几种；
用于检测Sinobacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:79-81中的任一种或几种；
用于检测Ferrimonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:82-84中的任一种或几种；
用于检测Francisellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:85-87中的任一种或几种；
用于检测Methylococcaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:88-89中的任一种或几种。
2.如权利要求1所述的基因芯片，其特征在于，所述的芯片载体中还固定有杂交阳性对照质控探针、杂交阴性对照质控探针、表面化学质控探针中的任一种或几种。
3.如权利要求2所述的基因芯片，其特征在于，所述的杂交阳性对照质控探针的核苷酸序列为SEQIDNO:90。
4.如权利要求2所述的基因芯片，其特征在于，所述的杂交阴性对照质控探针的核苷酸序列为SEQIDNO:91。
5.如权利要求2所述的基因芯片，其特征在于，所述的表面化学质控探针的核苷酸序列为SEQIDNO:92。
6.如权利要求5所述的基因芯片，其特征在于，所述的表面化学质控探针用HEX染料进行标记。
7.权利要求1-6任一项所述的基因芯片在制备检测海水中的γ-变形菌群落的制品中的应用。
8.权利要求1-6任一项所述的基因芯片在检测海水中的γ-变形菌群落中的应用。
9.一种利用权利要求1-6任一项所述的基因芯片检测海水中的γ-变形菌群落的方法，其特征在于，所述的方法包括如下的步骤：
1)DNA的提取：用质粒提取试剂盒提取质粒DNA；
2)16SrRNA基因的扩增：利用克隆载体pEASY-T1通用引物M13F和M13R对16SrRNA基因进行线性扩增；
3)荧光标记：利用荧光标记的随机引物和Klenow酶对16SrRNA基因扩增产物进行标记；
4)杂交：将15μL荧光标记产物和5μL杂交液混合与α变形菌群落基因芯片50℃杂交12h；芯片清洗，干燥后用扫描仪检测结果。
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Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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