CN105316318A - 一种用于pcr扩增的丝状真菌dna的提取方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法,包括吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml,生理盐水中,8000r/min离心5min;弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液混合均匀,再加入玻璃珠,于振荡器上震荡10min;65℃下水浴30min-40min;加等体积的氯仿/异戊醇混合液充分摇匀,常温下10000r离心5min;移取上清液至Eppendorf管中,加等体积的氯仿/异戊醇混合液充分摇匀,常温下10000r离心5min。本发明具有提取方法操作简单,成本低,具有广阔的市场应用前景。
Description
技术领域
本发明属于生物工程技术领域,尤其涉及一种用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法。
背景技术
土壤丝状真菌广泛存在于自然界中,在工业、农业、医药以及基础生物学研究中具有重要作用,多年来一直被广泛的研究。由于真菌细胞壁成分复杂,难以得到充分裂解,真菌中富含的多糖、色素、核酸酶等物质使得核酸的分离更加困难,因此真菌破壁效率和效果直接影响到真菌DNA提取的效率和效果。已报道的真菌破壁方法有:液氮冷融(ManianS,SreenivasaprasadS,MillsPR.DNAextractionmethodforPCRinmycorrhizalfungi[J].LettApplMierobiol,2001,33(4):307-310.)、-70℃冻融(GriffinDW,KeloggCA,PealKK,eta1.ArapidandeficientassayforextractionDNAfromfungi[J].LettApplMicmbiol,2002,34(3):210-214.)、酶消解(WilliamsonEC,LeemingJP,PalmerHM,etal.Diagnosisofinvasiveaspergillosisinbonemarrowtransplantrecipientbypolymerasechainreaction[J].BrJHaematol,2000,108(1):132—139)、超生破碎(HauglandRA,HeckmanJL,WymerLJ.EvaluationofdifferentmethodsfortheextractionofDNAfromfungalconidiabyquantitativecompetitivePCRanalysis[J].JMierebiolMethods,1999,37(2):165—176.)、高盐溶液(DanilevichVN,GrishinEV.AnewapproachtotheisolationofgenomicDNAfromyeastandfungi:preparationofDNA-containingcellenvelopesandtheiruseinPCR[J].BicorKhim,2002,28(2):156-167.)、尿素缓冲液处理(SansinforianoME,PadillaJA,HermosodeMendozaJ,atal.RapidandeasymethodtoextractandpreserveDNAfromCryptococeusneoformansAndotherpathogenicyeasts[J].Mycoses,1998,41(5-6):195-198)。
现有的方法步骤较为繁杂,所需试剂较多,需要较高的时间成本和经济成本,不能满足高通量的要求,因此,需要简化操作步骤,以便提高工作效率。
发明内容
本发明的目的在于提供一种用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法,旨在解决现有的方法步骤较为繁杂,所需试剂较多,需要较高的时间成本和经济成本,不能满足高通量的要求的问题。
本发明是这样实现的,一种用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法,所述用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法包括:
菌种培养,将所筛选的菌种接种在PDA液体培养基中,28℃震荡培养48h;
吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;
弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml生理盐水中8000r/min离心5min;
弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液混合,再加入1g玻璃珠,于振荡器上震荡10min;
65℃下水浴30min-40min;
加6000μL的氯仿/异戊醇混合液摇匀,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
移取上清液至Eppendorf管中,加等体积的氯仿/异戊醇混合液,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
取上清液,加入6000μL冰冻乙醇,静置30min;
常温下10000r/min离心10min;
弃上清液,用70%的乙醇洗2-3次,晾干,加6000μLTE缓冲液充分溶解后在-20℃下保存备用。
进一步,所述2×CTAB提取缓冲液含0.7mol/LNaCL,100mmol/LTris-HCLpH8.0,20mmol/LEDTA,20g/LCTAB。
进一步,所述TE缓冲液含10mmol/LTris-HC11mmol/LEDTApH8.0。
本发明的另一目的在于提供一种使用所述用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法的紫薇内生真菌DNA的提取方法,所述紫薇内生真菌DNA的提取方法包括:
菌种培养:将所筛选的紫薇内生真菌接种在PDA液体培养基中,28℃震荡培养48h;
吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;
弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml生理盐水中8000r/min离心5min;
弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液混合,再加入1g玻璃珠,于振荡器上震荡10min;
65℃下水浴30min-40min;
加6000μL氯仿/异戊醇混合液摇匀,常温下10000r离心5min;氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
移取上清液至Eppendorf管中,加等体积的氯仿/异戊醇混合液摇匀,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
取上清液,加入6000μL冰冻乙醇,静置30min;
常温下10000r/min离心10min;
弃上清液,用70%的乙醇洗2-3次,晾干,加6000μLTE缓冲液溶解后在-20℃下保存备用。
本发明的另一目的在于提供一种使用所述用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法的白酒丝状真菌DNA的提取方法,所述白酒丝状真菌DNA的提取方法包括:
菌种培养:将所筛选的白酒丝状真菌接种在PDA液体培养基中,28℃震荡培养48h;
吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;
弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml生理盐水中8000r/min离心5min;
弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液混合,再加入1g玻璃珠,于振荡器上震荡10min;
65℃下水浴30min-40min;
加6000μL氯仿/异戊醇混合液摇匀,常温下10000r离心5min;氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
移取上清液至Eppendorf管中,加等体积的的氯仿/异戊醇混合液摇匀,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
取上清液,加入6000μL冰冻乙醇,静置30min;
常温下10000r/min离心10min;
弃上清液,用70%的乙醇洗2-3次,晾干,加6000μLTE缓冲液溶解后在-20℃下保存备用。
本发明的另一目的在于提供一种使用所述用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法的泡菜丝状真菌DNA的提取方法,所述泡菜丝状真菌DNA的提取方法包括:
菌种培养:将所筛选的泡菜丝状真菌接种在PDA液体培养基中,28℃震荡培养48h;
吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;
弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml生理盐水中8000r/min离心5min;
弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液混合,再加入1g玻璃珠,于振荡器上震荡10min;
65℃下水浴30min-40min;
加6000μL氯仿/异戊醇混合液摇匀,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
移取上清液至Eppendorf管中,加等体积的的氯仿/异戊醇混合液摇匀,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
取上清液,加入6000μL冰冻乙醇,静置30min;
常温下10000r/min离心10min;
弃上清液,用70%的乙醇洗2-3次,晾干,加6000μLTE缓冲液溶解后在-20℃下保存备用。
本发明的另一目的在于提供一种使用所述用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法的土壤丝状真菌DNA的提取方法,所述土壤丝状真菌DNA的提取方法包括:
菌种培养:将所筛选的土壤丝状真菌接种在PDA液体培养基中,28℃震荡培养48h;
吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;
弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml,生理盐水中,8000r/min离心5min;
弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液混合,再加入1g玻璃珠,于振荡器上震荡10min;
65℃下水浴30min-40min;
加6000μL氯仿/异戊醇混合液摇匀,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
移取上清液至Eppendorf管中,加等体积的的氯仿/异戊醇混合液摇匀,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
取上清液,加入6000μL冰冻乙醇,静置30min;
常温下10000r/min离心10min;
弃上清液,用70%的乙醇洗2-3次,晾干,加6000μLTE缓冲液溶解后在-20℃下保存备用。
本发明提供的用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法,采用在CTAB方法上进行破壁改进,采用玻璃珠振荡法,对丝状真菌细胞进行破壁处理,可快速、有效的对丝状真菌DNA进行提取;且提取得到DNA完全满足PCR实验的要求,它具有提取方法操作简单,成本低,具有广阔的市场应用前景等优点。
附图说明
图1是本发明实施例提供的用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法流程图。
图2是本发明实施例提供的DNA扩增的真菌ITS片段示意图;
图中:1、紫薇内生真菌;2、白酒真菌;3、泡菜真菌;4、土壤真菌;M、marker。
具体实施方式
为了使本发明的目的、技术方案及优点更加清楚明白,以下结合实施例,对本发明进行进一步详细说明。应当理解,此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本发明,并不用于限定本发明。
下面结合附图对本发明的应用原理作详细的描述。
如图1所示,本发明实施例的用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法包括以下步骤:
S101:菌种培养,将所筛选的菌种接种在PDA液体培养基中,28℃震荡培养48h;
S102:吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;
S103:弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml生理盐水中8000r/min离心5min;
S104:弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液(含0.7mol/LNaCL,100mmol/LTris-HCLpH8.0,20mmol/LEDTA,20g/LCTAB)混合均匀,再加入1g玻璃珠,于振荡器上震荡10min;
S105:65℃下水浴30min-40min;
S106:加6000μL氯仿/异戊醇混合液(24:1)充分摇匀,常温下10000r离心5min;
S107:移取上清液至一新的Eppendorf管中,加等体积的的氯仿/异戊醇混合液(24:1)充分摇匀,常温下10000r离心5min;
S108:取上清液,加入6000μL冰冻乙醇,静置30min;
S109:常温下10000r/min离心10min;
S110:弃上清液,用70%的乙醇洗2-3次,晾干,加6000μLTE(含10mmol/LTris-HC11mmol/LEDTApH8.0)缓冲液充分溶解后在-20℃下保存备用。
下面结合具体实施例对本发明的应用原理作进一步的说明。
实例1:紫薇内生真菌DNA的提取
(1)菌种培养:将所筛选的紫薇内生真菌接种在PDA液体培养基中,28℃震荡培养48h;
(2)吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;
(3)弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml生理盐水中8000r/min离心5min;
(4)弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液(含0.7mol/LNaCL,100mmol/LTris-HCLpH8.0,20mmol/LEDTA,20g/LCTAB)混合均匀,再加入1g玻璃珠,于振荡器上震荡10min;
(5)65℃下水浴30min-40min;
(6)加6000μL氯仿/异戊醇混合液(24:1)充分摇匀,常温下10000r离心5min;
(7)移取上清液至一新的Eppendorf管中,加等体积的的氯仿/异戊醇混合液(24:1)充分摇匀,常温下10000r离心5min;
(8)取上清液,加入6000μL冰冻乙醇,静置30min;
(9)常温下10000r/min离心10min;
(10)弃上清液,用70%的乙醇洗2-3次,晾干,加6000μLTE(含10mmol/LTris-HC11mmol/LEDTApH8.0)缓冲液充分溶解后在-20℃下保存备用。
实例2:白酒丝状真菌DNA的提取
(1)菌种培养:将所筛选的白酒丝状真菌接种在PDA液体培养基中,28℃震荡培养48h;
(2)吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;
(3)弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml生理盐水中8000r/min离心5min;
(4)弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液(含0.7mol/LNaCL,100mmol/LTris-HCLpH8.0,20mmol/LEDTA,20g/LCTAB)混合均匀,再加入1g玻璃珠,于振荡器上震荡10min;
(5)65℃下水浴30min-40min;
(6)加6000μL氯仿/异戊醇混合液(24:1)充分摇匀,常温下10000r离心5min;
(7)移取上清液至一新的Eppendorf管中,加等体积的的氯仿/异戊醇混合液(24:1)充分摇匀,常温下10000r离心5min;
(8)取上清液,加入6000μL冰冻乙醇,静置30min;
(9)常温下10000r/min离心10min;
(10)弃上清液,用70%的乙醇洗2-3次,晾干,加6000μLTE(含10mmol/LTris-HC11mmol/LEDTApH8.0)缓冲液充分溶解后在-20℃下保存备用。
实例3:泡菜丝状真菌DNA的提取
(1)菌种培养:将所筛选的泡菜丝状真菌接种在PDA液体培养基中,28℃震荡培养48h;
(2)吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;
(3)弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml生理盐水中8000r/min离心5min;
(4)弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液(含0.7mol/LNaCL,100mmol/LTris-HCLpH8.0,20mmol/LEDTA,20g/LCTAB)混合均匀,再加入1g玻璃珠,于振荡器上震荡10min;
(5)65℃下水浴30min-40min;
(6)加6000μL氯仿/异戊醇混合液(24:1)充分摇匀,常温下10000r离心5min;
(7)移取上清液至一新的Eppendorf管中,加等体积的的氯仿/异戊醇混合液(24:1)充分摇匀,常温下10000r离心5min;
(8)取上清液,加入6000μL冰冻乙醇,静置30min;
(9)常温下10000r/min离心10min;
(10)弃上清液,用70%的乙醇洗2-3次,晾干,加6000μLTE(含10mmol/LTris-HC11mmol/LEDTApH8.0)缓冲液充分溶解后在-20℃下保存备用。
实例4:土壤丝状真菌DNA的提取
(1)菌种培养:将所筛选的土壤丝状真菌接种在PDA液体培养基中,28℃震荡培养48h;
(2)吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;
(3)弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml,生理盐水中,8000r/min离心5min;
(4)弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液(含0.7mol/LNaCL,100mmol/LTris-HCLpH8.0,20mmol/LEDTA,20g/LCTAB)混合均匀,再加入1g玻璃珠,于振荡器上震荡10min;
(5)65℃下水浴30min-40min;
(6)加6000μL氯仿/异戊醇混合液(24:1)充分摇匀,常温下10000r离心5min;
(7)移取上清液至一新的Eppendorf管中,加等体积的的氯仿/异戊醇混合液(24:1)充分摇匀,常温下10000r离心5min;
(8)取上清液,加入6000μL冰冻乙醇,静置30min;
(9)常温下10000r/min离心10min;
(10)弃上清液,用70%的乙醇洗2-3次,晾干,加6000μLTE(含10mmol/LTris-HC11mmol/LEDTApH8.0)缓冲液充分溶解后在-20℃下保存备用。
图2是DNA扩增的真菌ITS片段示意图;图中:1、紫薇内生真菌;2、白酒真菌;3、泡菜真菌;4、土壤真菌;M、marker。
以上所述仅为本发明的较佳实施例而已,并不用以限制本发明,凡在本发明的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换和改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (7)
1.一种用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法,其特征在于,所述用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法包括:
菌种培养,将所筛选的菌种接种在PDA液体培养基中,28℃震荡培养48h;
吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;
弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml生理盐水中8000r/min离心5min;
弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液混合,再加入1g玻璃珠,于振荡器上震荡10min;
65℃下水浴30min-40min;
加6000μL的氯仿/异戊醇混合液摇匀,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
移取上清液至Eppendorf管中,加等体积的氯仿/异戊醇混合液,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
取上清液,加入6000μL冰冻乙醇,静置30min;
常温下10000r/min离心10min;
弃上清液,用70%的乙醇洗2-3次,晾干,加6000μLTE缓冲液充分溶解后在-20℃下保存备用。
2.如权利要求1所述的用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法,其特征在于,所述2×CTAB提取缓冲液含0.7mol/LNaCL,100mmol/LTris-HCLpH8.0,20mmol/LEDTA,20g/LCTAB。
3.如权利要求1所述的用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法,其特征在于,所述TE缓冲液含10mmol/LTris-HC11mmol/LEDTApH8.0。
4.一种使用权利要求1-3任意一项所述用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法的紫薇内生真菌DNA的提取方法,其特征在于,所述紫薇内生真菌DNA的提取方法包括:
菌种培养:将所筛选的紫薇内生真菌接种在PDA液体培养基中,28℃震荡培养48h;
吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;
弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml生理盐水中8000r/min离心5min;
弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液混合,再加入1g玻璃珠,于振荡器上震荡10min;
65℃下水浴30min-40min;
加6000μL的氯仿/异戊醇混合液摇匀,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
移取上清液至Eppendorf管中,加等体积的氯仿/异戊醇混合液,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
取上清液,加入6000μL冰冻乙醇,静置30min;
常温下10000r/min离心10min;
弃上清液,用70%的乙醇洗2-3次,晾干,加6000μLTE缓冲液充分溶解后在-20℃下保存备用。
5.一种使用权利要求1-3任意一项所述用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法的白酒丝状真菌DNA的提取方法,其特征在于,所述白酒丝状真菌DNA的提取方法包括:
菌种培养:将所筛选的白酒丝状真菌接种在PDA液体培养基中,28℃震荡培养48h;
吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;
弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml生理盐水中8000r/min离心5min;
弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液混合,再加入1g玻璃珠,于振荡器上震荡10min;
65℃下水浴30min-40min;
加6000μL的氯仿/异戊醇混合液摇匀,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
移取上清液至Eppendorf管中,加等体积的氯仿/异戊醇混合液,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
取上清液,加入6000μL冰冻乙醇,静置30min;
常温下10000r/min离心10min;
弃上清液,用70%的乙醇洗2-3次,晾干,加6000μLTE缓冲液充分溶解后在-20℃下保存备用。
6.一种使用权利要求1-3任意一项所述用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法的泡菜丝状真菌DNA的提取方法,其特征在于,所述泡菜丝状真菌DNA的提取方法包括:
菌种培养:将所筛选的泡菜丝状真菌接种在PDA液体培养基中,28℃震荡培养48h;
吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;
弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml生理盐水中8000r/min离心5min;
弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液混合,再加入1g玻璃珠,于振荡器上震荡10min;
65℃下水浴30min-40min;
加6000μL的氯仿/异戊醇混合液摇匀,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
移取上清液至Eppendorf管中,加等体积的氯仿/异戊醇混合液,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
取上清液,加入6000μL冰冻乙醇,静置30min;
常温下10000r/min离心10min;
弃上清液,用70%的乙醇洗2-3次,晾干,加6000μLTE缓冲液充分溶解后在-20℃下保存备用。
7.一种使用权利要求1-3任意一项所述用于PCR扩增的丝状真菌DNA的提取方法的土壤丝状真菌DNA的提取方法,其特征在于,所述土壤丝状真菌DNA的提取方法包括:
菌种培养:将所筛选的土壤丝状真菌接种在PDA液体培养基中,28℃震荡培养48h;
吸取1ml菌液到无菌EP管中,常温下10000r/min离心5min;
弃去上清液,将沉淀重悬于0.8ml生理盐水中8000r/min离心5min;
弃去上清液,向EP管内加入6000μL2×CTAB提取缓冲液混合,再加入1g玻璃珠,于振荡器上震荡10min;
65℃下水浴30min-40min;
加6000μL的氯仿/异戊醇混合液摇匀,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
移取上清液至Eppendorf管中,加等体积的氯仿/异戊醇混合液,常温下10000r离心5min,氯仿/异戊醇混合液体积比为24:1;
取上清液,加入6000μL冰冻乙醇,静置30min;
常温下10000r/min离心10min;
弃上清液,用70%的乙醇洗2-3次,晾干,加6000μLTE缓冲液充分溶解后在-20℃下保存备用。
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CN102102098A (zh) * | 2009-12-16 | 2011-06-22 | 西南民族大学 | 一种改良的酚-氯仿法提取真菌dna |
CN104946628A (zh) * | 2015-06-29 | 2015-09-30 | 河北科技大学 | 丝状真菌基因组的提取方法 |
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韩利刚等: "丝状真菌组织DNA的提取", 《生物技术》 * |
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