CN104726428B - 一对特异识别绵羊il8基因的多肽及其编码基因和应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一对特异识别绵羊IL8基因的多肽及其编码基因和应用，该多肽对由多肽甲和多肽乙组成；所述多肽甲由14个TAL核酸识别单元组成，每个TAL核酸识别单元中具有两个双连氨基酸；所述多肽乙由16个TAL核酸识别单元组成，每个TAL核酸识别单元中具有两个双连氨基酸。本发明可实现在细胞或个体水平上对绵羊IL8基因进行敲除或修饰，以解析绵羊IL8基因的功能、构建绵羊IL8基因突变库或获得相关疾病模型，为绵羊育种及医药研发服务。
Description
技术领域
本发明属于基因工程技术领域，涉及一对特异识别绵羊IL8基因的多肽及其编码基因和应用。
背景技术
白细胞介素-8是趋化因子家族的一种细胞因子，在参与和调节生殖生理和病理过程的作用已得到肯定，其作用机制之一就是与其特异性受体结合而发挥作用。
IL-8主要由单核-巨噬细胞产生；其他如成纤维细胞、上皮细胞、内皮细胞、肝细胞等亦可在适宜的刺激条件下产生IL-8。IL-8的分子量约8KD，主要活性形式为72个氨基酸。IL-8的氨基酸顺序与许多炎症因子有较高的同源性，属于同一个家族；现初步证实IL-8家族(亦称pf4家族)至少有12个成员。IL-8可以分成α和β亚群，IL-8的受体也有两型：一种只能与IL-8结合，而另一种还能结合其它的趋化因子；中性粒细胞和嗜碱性粒细胞表面均表达丰富的IL-8受体。
IL-8的主要生物学活性是吸引和激活中性粒细胞，曾被命名为中性粒细胞激活肽(NAF)、粒细胞趋化肽(GCP)、中性粒细胞激活因子(NAF)等。中性粒细胞与IL-8接触后发生形态变化，定向游走到反应部位并释放一系列活性产物；这些作用可导致机体局部的炎症反应，达到杀菌和细胞损伤的目的。此外IL-8对嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞和淋巴细胞也有一定作用。
基因表达谱芯片研究结果显示，敖汉细毛羊被毛丰富的体侧部皮肤IL8基因的表达量相对于腹股沟部(无被毛)上调7.24倍(Zhao et al.，2012)。由此可见，IL8基因可作为绵羊抗病育种及羊毛经济性状育种的一个重要候选基因。在细胞或个体水平上对绵羊IL8基因进行敲除或修饰，可解析绵羊IL8基因的功能，为绵羊育种及医药研发服务。
转录激活子样效应因子核酸酶(transcription activator-like effectornucleases，TALENs)技术是一个高效的基因打靶新工具。转录因子激活效应物家族中有一种蛋白(TALEs)能够识别、结合DNA。TALE与DNA序列特异性结合主要是由TAL结构内34个恒定氨基酸序列介导。将TALEs与Fokl核酸内切酶的切割域相连接，形成TALENs，从而可以实现对基因组DNA序列的精确修饰。TALENs是一种异源二聚体分子(两单位的TALE DNA结合结构域融合到一单位的催化性结构域)，能够切割两个相隔较近的序列，从而使得特异性增强。
发明内容
本发明的目的是提供一对特异识别绵羊IL8基因的多肽及其编码基因和应用。本发明利用这对多肽构建获得的一对重组的转录激活子样效应因子(TALE)能够特异性地识别绵羊IL8基因。本发明还利用这对转录激活子样效应因子构建获得的一对转录激活子样效应因子核酸酶(TALENs)，能够对绵羊IL8基因进行准确、高效地靶向修饰。
具体地，本发明的目的是这样实现的：
一对特异识别绵羊IL8基因的多肽(命名为特异多肽对)，由多肽甲和多肽乙组成；所述多肽甲由14个TAL核酸识别单元组成，每个TAL核酸识别单元中具有两个双连氨基酸；所述多肽乙由16个TAL核酸识别单元组成，每个TAL核酸识别单元中具有两个双连氨基酸；
所述多肽甲中的14个双连氨基酸依次如下：序列表的序列2自N末端第12-13位氨基酸残基、第46-47位氨基酸残基、第80-81位氨基酸残基、第114-115位氨基酸残基、第148-149位氨基酸残基、第182-183位氨基酸残基、第216-217位氨基酸残基、第250-251位氨基酸残基、第284-285位氨基酸残基、第318-319位氨基酸残基、第352-353位氨基酸残基、第386-387位氨基酸残基、第420-421位氨基酸残基和第454-455位氨基酸残基。
所述多肽乙中的16个双连氨基酸依次如下：序列表的序列4自N末端第12-13位氨基酸残基、第46-47位氨基酸残基、第80-81位氨基酸残基、第114-115位氨基酸残基、第148-149位氨基酸残基、第182-183位氨基酸残基、第216-217位氨基酸残基、第250-251位氨基酸残基、第284-285位氨基酸残基、第318-319位氨基酸残基、第352-353位氨基酸残基、第386-387位氨基酸残基、第420-421位氨基酸残基、第454-455位氨基酸残基、第488-489位氨基酸残基和第522-523位氨基酸残基。
所述多肽甲具体可如序列表的序列2所示。
所述多肽乙具体可如序列表的序列4所示。
本发明还保护一对DNA分子(命名为特异DNA分子对)，由编码所述多肽甲的DNA分子甲和编码所述多肽乙的DNA分子乙组成。
所述DNA分子甲中，编码所述多肽甲的14个双连氨基酸的核苷酸依次如下：序列表的序列1自5’末端第34-39位核苷酸、第136-141位核苷酸、第238-243位核苷酸、第340-345位核苷酸、第442-447位核苷酸、第544-549位核苷酸、第646-651位核苷酸、第748-753位核苷酸、第850-855位核苷酸、第952-957位核苷酸、第1054-1059位核苷酸、第1156-1161位核苷酸、第1258-1263位核苷酸和第1360-1365位核苷酸。
所述DNA分子乙中，编码所述多肽乙的16个双连氨基酸的核苷酸依次如下：序列表的序列3自5’末端第34-39位核苷酸、第136-141位核苷酸、第238-243位核苷酸、第340-345位核苷酸、第442-447位核苷酸、第544-549位核苷酸、第646-651位核苷酸、第748-753位核苷酸、第850-855位核苷酸、第952-957位核苷酸、第1054-1059位核苷酸、第1156-1161位核苷酸、第1258-1263位核苷酸、第1360-1365位核苷酸、第1462-1467位核苷酸和第1564-1569位核苷酸。
所述DNA分子甲具体可如序列表的序列1所示。
所述DNA分子乙具体可如序列表的序列3所示。
本发明还保护所述特异多肽对在特异识别和靶向修饰绵羊IL8基因中的应用。所述绵羊IL8基因，其NCBI登录号为NM_001009401。
本发明还保护所述特异多肽对在构建绵羊IL8基因突变库中的应用。所述绵羊IL8基因，其NCBI登录号为NM_001009401。
与现有技术相比，本发明提供了特异识别绵羊IL8基因的多肽对，并提供了该多肽对的编码基因。本发明可实现在细胞或个体水平上对绵羊IL8基因进行敲除或修饰，以解析绵羊IL8基因的功能、构建绵羊IL8基因突变库或获得相关疾病模型，为绵羊育种及医药研发服务。
附图说明
图1为TALENs靶点设计结果示意图。
图2为TALEN质粒对(左臂TALEN和右臂TALEN)转染绵羊SEF细胞48小时后提取DNA进行PCR扩增，将PCR产物克隆后的部分测序结果(突变序列)。
图3为TALEN质粒对的工作原理示意图。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。以下实施例中，如无特殊说明，均采用低糖DMEM培养基培养细胞。
FastTALETM TALEN快速构建试剂盒：上海斯丹赛生物技术有限公司，Cat No.1802-030。该试剂盒包含两个模块板：模块板1包含96个模块，每个模块识别连续的两个碱基；模块板2包含76个模块，其中48个模块识别连续的两个碱基，28个模块识别单个碱基。另外，该试剂盒还包括其他组分：溶液1、溶液2、溶液3、溶液4、溶液5、感受态细胞、SOC培养基、ddH2O；TALEN骨架载体，包括左臂骨架和右臂骨架。
实施例1、TALENs质粒对的构建
1、TALENs靶点设计
采用在线软件(https://tale-nt.cac.cornell.edu)设计。将绵羊IL8基因序列(NCBI登录号为NM_001009401)输入软件中，在38-388bp区域找到靶序列，具体示意图如图1所示。TALENs左臂识别序列是5’-GCATAAAAACACAT-3’，右臂识别序列是5’-CTCAATAACTCTCAGT-3’。
2、TALENs模块组装
依照FastTALETM TALEN快速构建试剂盒(以下简称“试剂盒”)说明书进行。具体步骤如下：
1)将左右臂识别序列分别拆分为9个模块，以一个或两个碱基组合为一个模块，依次进行标记，如首个标记为1，最后一个标记为9，如下所示：
左臂L：G1 CA2 T3 AA4 AA5 A6 C7 AC8 AT9(使用骨架载体L15)
右臂R：C1 T2 CA3 AT4 AA5 CT6 CT7 CA8 GT9(使用骨架载体R11)
2)从试剂盒中取出相应编号的9个模块，每个模块取1.5微升，并将其加入同一个PCR管中。
3)将溶液1、溶液2从-20℃冰箱取出置于冰上，溶液3放置于37℃水浴锅中溶解。
4)按如下体系加样，先加入相应的TALEN骨架载体(L15或R11)，然后将溶液3、溶液1、溶液2依次加入步骤2的PCR管中，最后加水补至20微升，短暂离心混匀。
连接体系：
5)将上述PCR管放入PCR仪中进行连接反应(关掉PCR仪热盖温度)。
连接程序如下：
6)取出PCR管，将溶液4(1微升)、溶液5(0.5微升)依次加入该管中，混匀，在PCR仪中37℃孵育一小时。
7)将步骤6的最终产物(20微升)加入含感受态细胞(试剂盒组分)的EP管中，混匀，在冰上放置25分钟，然后放入43℃水浴锅中热激90秒，在迅速放置于冰上2分钟。
8)在超净工作台中向上一步的EP管中加入400微升SOC溶液(试剂盒组分)，置于37℃、200rpm的摇床中培养45分钟。
9)将上一步的EP管取出，3000rpm离心6分钟。
10)在超净工作台中弃去EP管中的大部分上清，留下约100微升，并将沉淀轻轻吹打均匀，均匀涂布于卡那霉素抗性的平板中，置于32℃培养箱中培养12-18小时。
11)次日挑取10个单克隆，将单克隆接种于装有10毫升LB培养液(含卡那霉素)的50毫升离心管中，在30℃、180rpm的摇床中培养16-20小时。
12)将上一步所得单克隆菌液送北京六合华大基因科技股份有限公司测序。测序正向引物为5’-CTCCCCTTCAGCTGGACAC-3’，测序反向引物为5’-AGCTGGGCCACGATTGAC-3’。所得一对质粒命名为左臂TALEN和右臂TALEN。
实施例2、通过测序验证实施例1构建的TALENs对的活性
绵羊胎儿成纤维细胞(SEF)：分离培养方法参见文献：孟凡华，肖红梅，张东，周欢敏.蒙古绵羊胎儿皮肤成纤维细胞分离培养与特性分析.《中国畜牧兽医》2012年第3期，136-140.
1、将重组质粒左臂TALEN和右臂TALEN各4μg通过电转化的方式共转染1×106SEF细胞，得到重组细胞。
2、将步骤1得到的重组细胞32℃培养48小时，然后收集细胞。
3、提取步骤2收集的细胞的基因组DNA并作为模板，用PCRF与PCRR组成的引物对进行PCR扩增，回收242bp的PCR扩增产物。
PCRF：5’-AGTCAAGCTGTGCTTACGGAT-3’；
PCRR：5’-TCCATGTCTCAATTCTAGGCTGA-3’。
4、将步骤3得到的PCR扩增产物与pMD18-T载体(宝生物，货号：D101A)连接，得到连接产物。
5、将步骤4得到的连接产物转化大肠杆菌DH5α感受态细胞(宝生物，D9057S)，然后涂布于氨苄青霉素抗性的LB固体培养基平板上进行培养，随机挑取100个克隆并进行测序，计算突变的克隆占总体克隆数的比例，从而估算出该对TALEN质粒的效率。结果发现7个克隆在预期切割位点附近出现突变(详见图2)，即重组质粒左臂TALEN和右臂TALEN组成的TALEN质粒对在SEF细胞基因组中的切割效率达7％。
重组质粒左臂TALEN和右臂TALEN的工作原理见图3，两种带有Fok I功能域的靶向TALE核酸酶分别在CMV启动子控制下高效表达，并进入细胞核内，与相应的靶点DNA发生特异性结合，使得Fok I核酸内切酶形成二聚体行使DNA切割活性，切断目标基因DNA双链。
Claims (5)
1.一对特异识别绵羊IL8基因的多肽，由多肽甲和多肽乙组成；所述多肽甲由14个TAL核酸识别单元组成，每个TAL核酸识别单元中具有两个双连氨基酸；所述多肽乙由16个TAL核酸识别单元组成，每个TAL核酸识别单元中具有两个双连氨基酸；
所述多肽甲中的14个双连氨基酸依次如下：序列表的序列2自N末端第12-13位氨基酸残基、第46-47位氨基酸残基、第80-81位氨基酸残基、第114-115位氨基酸残基、第148-149位氨基酸残基、第182-183位氨基酸残基、第216-217位氨基酸残基、第250-251位氨基酸残基、第284-285位氨基酸残基、第318-319位氨基酸残基、第352-353位氨基酸残基、第386-387位氨基酸残基、第420-421位氨基酸残基和第454-455位氨基酸残基；
所述多肽乙中的16个双连氨基酸依次如下：序列表的序列4自N末端第12-13位氨基酸残基、第46-47位氨基酸残基、第80-81位氨基酸残基、第114-115位氨基酸残基、第148-149位氨基酸残基、第182-183位氨基酸残基、第216-217位氨基酸残基、第250-251位氨基酸残基、第284-285位氨基酸残基、第318-319位氨基酸残基、第352-353位氨基酸残基、第386-387位氨基酸残基、第420-421位氨基酸残基、第454-455位氨基酸残基、第488-489位氨基酸残基和第522-523位氨基酸残基；
所述的多肽甲的氨基酸序列如序列表的序列2所示，所述多肽乙的氨基酸序列如序列表的序列4所示。
2.一对DNA分子，由编码权利要求1中的所述多肽甲的DNA分子甲和编码权利要求1中的所述多肽乙的DNA分子乙组成。
3.如权利要求2所述的一对DNA分子，其特征在于：
所述DNA分子甲中，编码所述多肽甲的14个双连氨基酸的核苷酸依次如下：序列表的序列1自5’末端第34-39位核苷酸、第136-141位核苷酸、第238-243位核苷酸、第340-345位核苷酸、第442-447位核苷酸、第544-549位核苷酸、第646-651位核苷酸、第748-753位核苷酸、第850-855位核苷酸、第952-957位核苷酸、第1054-1059位核苷酸、第1156-1161位核苷酸、第1258-1263位核苷酸和第1360-1365位核苷酸；
所述DNA分子乙中，编码所述多肽乙的16个双连氨基酸的核苷酸依次如下：序列表的序列3自5’末端第34-39位核苷酸、第136-141位核苷酸、第238-243位核苷酸、第340-345位核苷酸、第442-447位核苷酸、第544-549位核苷酸、第646-651位核苷酸、第748-753位核苷酸、第850-855位核苷酸、第952-957位核苷酸、第1054-1059位核苷酸、第1156-1161位核苷酸、第1258-1263位核苷酸、第1360-1365位核苷酸、第1462-1467位核苷酸和第1564-1569位核苷酸；
所述DNA分子甲的核苷酸序列如序列表中的序列1所示，所述DNA分子乙的核苷酸序列如序列表中的序列3所示。
4.权利要求1所述的一对多肽在特异识别和靶向修饰绵羊IL8基因中的应用。
5.权利要求1所述的一对多肽在构建绵羊IL8基因突变库中的应用。
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