CN104694573A - 利用CRISPR/Cas9抑制HIV-1感染原代淋巴细胞的方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种利用CRISPR/Cas9抑制HIV-1感染原代淋巴细胞的方法,涉及基因工程和抗病毒感染技术。本发明利用最新的CRISPR/Cas9核酸酶系统,结合高效靶向原代T淋巴细胞的Ad5F35嵌合型腺病毒载体,通过编辑人CD4+ T淋巴细胞的CCR5表达,有效抑制HIV-1病毒感染。本发明利用Ad5F35型腺病毒载体包装CRISPR/Cas9系统,有机地结合了二者各自的优势,提供了一种新型的对抗HIV-1病毒感染的方法,且具有应用于HIV-1基因治疗研究的潜能;同时,携带CRISPR/Cas9系统的Ad5F35型腺病毒载体,可用于靶向编辑原代淋巴细胞内的其它基因,或者用于其它造血系细胞的基因编辑研究。
Description
技术领域
本发明涉及基因工程和抗病毒感染技术,尤其涉及一种利用CRISPR/Cas9抑制HIV-1感染原代淋巴细胞的方法。具体地说,本发明利用表达CRISPR/Cas9核酸酶系统的Ad5F35型重组腺病毒,靶向编辑人原代CD4+T淋巴细胞表面的HIV-1辅助受体CCR5,破坏CCR5表达框或使CCR5丧失受体功能,从而抑制HIV-1病毒感染。
背景技术
自1984年首次报道艾滋病毒(HIV-1)为引起艾滋病(AIDS)的病原以来,全世界大批顶尖的科学家都致力于攻克这一疫病,虽取得了诸多重要进展,如通过宣传教育及联合用药疗法等途径,显著改善了HIV-1感染者的生存质量,以及使新发HIV-1感染人数大幅下降;但目前仍缺乏有效的疫苗和可治愈HIV-1感染的疗法。人们迫切需要新的更高效的替代方法,应对HIV-1疫情。近年来新兴的基因治疗技术,具有对抗HIV-1、乃至清除病毒感染的潜能。
基因治疗(gene therapy)又称为基因疗法,是指采用基因工程技术,在核酸水平纠正患者的致病基因,或者改造疾病发生所必需的编码基因,从而使患者获得抗病能力或治愈疾病的方法[Nat Biotechnol,2007,25(12):1444-54]。通常采用复制缺陷型病毒载体,将编码正常功能的基因或靶向致病基因的干扰RNA投递至患者细胞。在HIV-1基因治疗领域,最具应用潜能的策略之一当属以趋化因子受体CCR5为靶标的基因编辑技术[N Engl J Med,2014,370(10):901-10;Nat Biotechnol,2008,26(7):808-16],因为CCR5是R5嗜性的HIV-1病毒(早期感染阶段多见)入侵必需的辅助受体,阻断该受体即能阻断病毒入侵。而CCR5的缺失,不会影响人的正常生理功能,正常人中有部分群体遗传性缺失CCR5基因中一段32bp碱基(CCR5Δ32)[Cell,1996,86(3):367-77],先天对HIV-1不敏感。
基因编辑技术是基因治疗的主要手段之一,利用被称为“分子剪刀”的核酸酶,对基因组特定位点进行插入、置换或剪切等改造,以实现疾病防治的功能。基因编辑的过程分为三步:首先,特异设计的导向序列(DNA结合元件)与目的DNA序列结合;然后,在导向序列引导下,核酸内切酶(DNA切割元件)对待编辑位点进行切割,在两条DNA链上各形成一个切口;最后,双切口激活胞内固有的修复机制,通常为错误倾向的非同源末端接合机制(NHEJ),修复切口的同时,在切口附近引起缺失、插入,有外源同源片段存在时,还可引发同源重组机制,导致链置换和大片段插入。常见的核酸酶系统主要有锌指核酸酶(ZFN)、类转录激活因子效应物核酸酶(TALEN)和常间断短回文重复序列聚族关联蛋白核酸酶系统(CRISPR/Cas9)[Trends in Biotechnol,2013,31(7):397-405],它们被称为基因编辑技术领域里的三大利器。
CRISPR/Cas9是一种来源于原核生物的新型核酸酶系统,它由导向序列sgRNA和核酸酶Cas9两种元件组成。sgRNA可识别基因组中核甘酸序列为5’-NGG-3’的前间区序列邻近基序(PAM motif),依据碱基互补配对原则与靶向序列结合,Cas9在sgRNA的导向下,特异性切割靶向序列,导致序列变化。与ZFN、TALEN相比,CRISPR/Cas9系统具有操控性强、特异性高、用途广泛等优点。采用针对HIV-1LTR启动子的CRISPR/Cas9系统,可特异性切割LTR,在细胞系水平清除潜伏感染的HIV-1基因组[Proc Natl Acad Sci U S A,2014,111(31):11461-6;Sci Rep,2013,3:2510]。应用RNA导向的Cas9编辑CCR5的研究,也在细胞系水平取得了一些前期结果,编辑效率甚至比TALEN更高[Proc Natl Acad SciU S A,2014,111(26):9591-6]。在体内HIV-1主要感染CD4+T淋巴细胞,由于原代T细胞通常难以被转导,且Cas9蛋白的编码基因较大,常规方法很难将其表达在淋巴细胞中,目前尚没有应用CRISPR/Cas9技术,在原代T淋巴细胞水平开展针对CCR5的基因编辑研究。
CRISPR/Cas9元件较大,全长4.2kb,加上启动子等组分后超过5kb,利用即有的慢病毒载体,病毒滴度低,难以满足慢分裂或不分裂细胞,如原代细胞转导需要。腺病毒载体是一种复制缺陷型的载体,已被证实可用于基因治疗、疫苗载体及基础生物学研究,它具有包装容量大、滴度高、可感染细胞类型多、免疫原性弱、致癌风险低等特点[Nat Protoc,2007,2(5):1236-47]。但是,常规的Ad5型腺病毒,难以转导包括CD4+T细胞在内的造血系细胞。
为了克服这一挑战,本发明首次利用Ad5F35嵌合型腺病毒载体,表达CRISPR/Cas9系统,这即结合了CRISPR/Cas9系统与腺病毒载体的上述优势,又利用了Ad5F35嵌合型腺病毒对CD4+T细胞的强感染嗜性。本发明在T淋巴细胞基因编辑领域及HIV-1基因治疗领域均具有重要的应用潜能。
发明内容
本发明的目的是提供一种利用CRISPR/Cas9抑制HIV-1感染原代淋巴细胞的方法。
本发明的目的是这样实现的:
采用最新开发出来的CRISPR/Cas9核酸酶系统,筛选得到可高效、特异性地编辑HIV-1入侵所必需的辅助受体CCR5表达的sgRNA,结合使用强淋巴细胞嗜性的Ad5F35嵌合型腺病毒载体,将CRISPR/Cas9系统投递至人原代CD4+T淋巴细胞中,敲除CCR5表达,从而抑制HIV-1病毒入侵和感染。
所述CRISPR/Cas9核酸酶系统是指来源于化脓性链球菌(Streptococcuspyogenes)的一种II型CRISPR/Cas系统,因II型特异地使用Cas9核酸酶,故被称为CRISPR/Cas9系统。2013年,首次报道细菌的II型CRISPR/Cas9系统可应用于哺乳动物细胞的基因组编辑研究[Science,2013,339(6121):819-23;Science,2013,339(6121):823-6]。最初报道认为CRISPR/Cas9在体外发挥作用需四个组分:Cas9核酸酶、III型核糖核酸酶(RNAse III)以及两种crRNA:反式激活crRNA(tracrRNA)和一种crRNA前体(pre-crRNA)。进一步研究发现,RNAse III为非必需组分,而pre-crRNA成熟体可与部分tracrRNA嵌合,构成一个导向序列sgRNA,因而,CRISPR/Cas9系统发挥作用仅需两个必需组分:Cas9核酸酶和sgRNA序列。
所述CCR5是一种趋化因子受体,是R5嗜性(在早期感染中多见)的HIV-1病毒入侵靶细胞(主要为CD4+T淋巴细胞)所必需的辅助受体,敲除该受体的表达,可抑制HIV-1病毒的入侵和感染,CCR5开放阅读框(ORF)的全长核甘酸序列如SEQ ID NO:4所示。因在正常人群中存在该受体的遗传性突变体CCR5Δ32,CCR5是HIV-1药物和基因治疗研究中极具潜能的靶点。
所述Ad5F35嵌合型腺病毒载体是在常规Ad5型腺病毒载体的基础上,改造了受体结合的纤突区的嵌合型载体。腺病毒包括7个种(A-G),57个血清型,常用的腺病毒载体来源于2型和5型腺病毒,其中以5型(Ad5)最常见。Ad5以柯萨奇病毒-腺病毒受体(coxsackievirus and adenovirus receptor,CAR)为入侵受体,通过病毒表达的纤突蛋白与CAR相互作用入侵靶细胞[J Virol,2005,79(19):12125-31]。CAR广泛表达于多种组织和细胞,因此Ad5具有较广谱的嗜性。但是造血干细胞来源的细胞,如作为HIV-1主要靶细胞的T淋巴细胞,很少表达CAR,难以被Ad5感染。而B种腺病毒,不同于其它6种腺病毒,以CD46为受体[Nat Med,2003,9(11):1408-12],CD46分布在包括造血系细胞在内的诸多细胞类型表面。研究表明,含有嵌合F5/F35纤突的Ad5,对造血系细胞的嗜性显著增加。
所述的携带CRISPR/Cas9核酸酶系统的Ad5F35嵌合型腺病毒载体,不限于用于编辑CCR5,还可以用于靶向编辑T淋巴细胞的其它基因,以及其它难以被Ad5型腺病毒转导,但易于被Ad5F35嵌合型腺病毒转导的造血系细胞,如造血干细胞所表达的基因。用于编辑其它基因时,只需使用特异性靶向该基因的sgRNA序列即可。
具体地说,本发明的技术方案是:
一、设计一种表达CRISPR/Cas9系统且可靶向CCR5的Ad5F35型腺病毒载体,该载体:
①表达Cas9核酸酶;
②表达靶向HIV-1辅助受体CCR5的开放阅读框的sgRNA,其序列为SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示;或者表达非靶向性阴性对照sgRNA,其序列为SEQ ID NO:3所示;
③表达载体骨架为改造而来的Ad5F35嵌合型腺病毒载体;
④特征性图谱如图1所示。
二、携带CRISPR/Cas9的Ad5F35嵌合型腺病毒制备方法
本方法包括下列步骤:
①sgRNA设计与筛选
根据sgRNA的设计原则:5’-N(20)-NGG-3’,在CCR5的全长开放阅读框(ORF)内,搜索所有可能的sgRNA,根据综合评分、脱靶情况,选择sgRNA,构建sgRNA表达克隆,在细胞系水平验证sgRNA编辑CCR5的效率及脱靶效应,选取效率最高、特异性好的两条序列包装腺病毒;
②表达CRISPR/Cas9的Ad5F35腺病毒载体构建
设计与构建表达绿色荧光蛋白(EGFP)标签的CRISPR/Cas9表达载体,随后对腺病毒系统的穿梭载体进行改造,去除多余启动子序列,并将含有标签蛋白的CRISPR/Cas9元件克隆至穿梭载体中;
对Ad5载体的受体结合区进行改造,得到杂合了F5/F35受体结合域的Ad5F35嵌合型载体,采用细菌内同源重组的方法,共转化穿梭质粒与Ad5F35骨架质粒,筛选鉴定得到正确的含有CRISPR/Cas9的重组腺病毒载体;
③Ad5F35腺病毒包装与验证
将表达载体转染至HEK293细胞,直至出现明显细胞病变效应后,收集细胞,冻融释放病毒,在HEK293细胞中连续扩增,获得大量病毒液,并通过两步连续CsCl密度梯度离心,分层纯化病毒液,得到高度浓缩的重组腺病毒;
在细胞系水平检测转导了重组腺病毒后的Cas9表达情况与CCR5基因的编辑情况,验证重组腺病毒的功能。
三、携带CRISPR/Cas9的Ad5F35腺病毒在抑制HIV-1感染中的应用
①CD4+T淋巴细胞的分离与培养
从人新鲜外周血中,分离人外周血淋巴细胞(PBMC),使用磁珠阴性分选法分离人原代CD4+T淋巴细胞,添加植物血凝素激活培养;
②Ad5F35腺病毒转导与CCR5编辑效率检测
加入制备的Ad5F35重组腺病毒,转导激活培养后的CD4+T淋巴细胞,转导后监测GFP表达情况及CCR5的基因编辑效率;
③HIV-1病毒感染编辑后的CD4+T淋巴细胞
采用流式分选技术,分离阳性转导的CD4+T淋巴细胞,加入HIV-1病毒感染,检测病毒复制水平变化。
本发明具有下列优点和积极效果:
①利用了CRISPR/Cas9核酸酶系统的优势,如易于操控、特异性高、用途广泛等;
②Ad5F35型腺病毒具有包装容量大、滴度高、可感染细胞类型多、免疫原性弱、致癌风险低等特点;
③Ad5F35嵌合型腺病毒载体不同于常规Ad5型载体,可较高水平地转导原代CD4+T淋巴细胞——HIV-1在体内感染的最主要靶细胞;
总之,本发明利用Ad5F35型腺病毒载体包装CRISPR/Cas9系统,有机地结合了二者各自的优势,提供了一种新型的对抗HIV-1病毒感染的方法,且具有应用于HIV-1基因治疗研究的潜能;同时,携带CRISPR/Cas9系统的Ad5F35型腺病毒载体,可用于靶向编辑原代淋巴细胞内的其它基因,或者用于其它造血系细胞的基因编辑研究。
附图说明
图1是携带CRISPR/Cas9系统的Ad5F35腺病毒载体图谱;
图2是T7EI酶切法检测不同sgRNA编辑TZM-bl细胞的CCR5基因组位点的切割效率;
图3是流式细胞术检测含有不同sgRNA的CRISPR/Cas9系统编辑TZM-bl细胞的CCR5基因组位点后,细胞表面的CCR5表达水平;
图4是T7EI酶切法检测sgR5-5、sgR5-8的脱靶效应;
图5是携带CRISPR/Cas9的Ad5F35腺病毒转导人原代CD4+T淋巴细胞后,T7EI酶切法检测CCR5基因组位点的编辑效率;
图6是携带CRISPR/Cas9的Ad5F35腺病毒转导人原代CD4+T淋巴细胞后,流式细胞术分离阳性转导细胞,添加HIV-1病毒感染,检测病毒复制水平。
具体实施方式
下面结合附图和实例详细说明:
实例一、携带CRISPR/Cas9的Ad5F35嵌合型腺病毒制备方法
1、sgRNA设计与筛选
1)以CCR5ORF为模板,利用在线工具设计sgRNA序列,选取得分最高的前20条序列,并根据靶向位点,错配碱基数、错配位置等进行优化,得到8条sgRNA序列(sgR5-3至sgR5-10);sgR5-1和sgR5-2是早期已经报道的两条序列,用做阳性对照;同时设计一条非靶向sgRNA(sgNeg)作为阴性对照。
sgRNA序列信息如表1所示:
表1:设计的sgRNA序列
名称 | 得分 | 序列(5’-3’) | 位置 | +/-链 |
sgR5-1 | 69 | GCTGCCGCCCAGTGGGACTTTGG | 268-287 | + |
sgR5-2 | 56 | GGCAGCATAGTGAGCCCAGAAGG | 254-273 | - |
sgR5-3 | 95 | TCAGTTTACACCCGATCCACTGG | 1009-1028 | + |
sgR5-4 | 89 | GTAAACTGAGCTTGCTCGCTCGG | 998-1017 | - |
sgR5-5 | 87 | TCACTATGCTGCCGCCCAGTGGG | 261-280 | + |
sgR5-6 | 86 | TCTGAACTTCTCCCCGACAAAGG | 896-915 | - |
sgR5-7 | 87 | TCATCCTCCTGACAATCGATAGG | 356-375 | + |
sgR5-8 | 75 | CAATGTGTCAACTCTTGACAGGG | 296-315 | + |
sgR5-9 | 81 | CATCATCTATGCCTTTGTCGGGG | 882-901 | + |
sgR5-10 | 77 | ATAATTGCAGTAGCTCTAACAGG | 800-819 | + |
sgNeg | None | ATCGTTTCCGCTTAACGGCG | None | None |
2)合成sgRNA序列,并连接构建至pLentiCRISPR.v2(Addgene),测序验证,将pLentiCRISPR.v2与包装质粒共转染HEK293T细胞,48小时(h)后收集转染后上清,包装慢病毒,在HEK293T细胞水平检测病毒滴度。
3)铺板TZM-bl(NIH AIDS Research&Reference Reagent Program,Divisionof AIDS,NIH),在Polybrene存在下,加入LentiCRISPR.v2慢病毒(MOI=0.3)感染,感染后24h,加入Puromycin 2-3天,去除未转导细胞,继续培养至感染后7天。
4)收集各组细胞,提取基因组DNA(Qiagen),扩增含CCR5ORF的片段,引物:
CCR5-F(SEQ ID NO:5):5’-ATGCACAGGGTGGAACAAGATGG-3’
CCR5-R(SEQ ID NO:6):5’-TGCCAAATAAATGGATGAATCTTAGACC-3’
回收PCR产物,T7EI酶切法检测编辑效率,结果如图2。
同时采用流式细胞术检测细胞表面CCR5表达,结果见图3。
图2结果显示效率最高的2条导向序列分别为:sgR5-5和sgR5-8,均可在TZM-bl细胞的CCR5基因座位置引入60%以上的插入和删除(Indels),下游实验选择这两条序列开展。阴性对照sgNeg不产生Indels。图3与图2结果基本对应。
5)设计引物,扩增sgR5-5和sgR5-8各自在人全基因组水平得分最高的15个脱靶位点(表2),T7EI酶切法检测脱靶情况,结果如图4所示,表明在检测的这些位点中,均未出现显著的脱靶编辑,说明sgR5-5和sgR5-8特异性良好。
表2:sgR5-5和sgR5-8在人全基因组中得分最高的15个潜在脱靶位点
名称 | 序列(5’-3’) | 得分 | 不匹配数 | 基因座 |
On target | TCACTATGCTGCCGCCCAGTGGG | 87 | 0MMs | chr3:+46373163 |
OTE-55-1 | GCAAGTTGCTGCCGCCCAGTGGG | 0.8 | 4MMs[1:4:5:6] | chr20:+37102051 |
OTE-55-2 | CCACTATACACCCGCCCAGTCAG | 0.7 | 4MMs[1:8:10:11] | chr16:+17377802 |
OTE-55-3 | TGAATATCCTGTCGCCCAGTCAG | 0.7 | 4MMs[2:4:8:12] | chr2:+65541461 |
OTE-55-4 | CCAGGATGCTGCAGCCCAGTGGG | 0.6 | 4MMs[1:4:5:13] | chr3:-53110167 |
OTE-55-5 | CCCCAATGCTGCAGCCCAGTGAG | 0.6 | 4MMs[1:3:5:13] | chr8:-142638674 |
OTE-55-6 | TCTGTATTCTGCAGCCCAGTGGG | 0.6 | 4MMs[3:4:8:13] | chr10:-129722977 |
OTE-55-7 | TCACCAGGCTGCCGGCCAGTTGG | 0.5 | 3MMs[5:7:15] | chrX:-106847184 |
OTE-55-8 | ACACAGTGCTGACGCCCAGTAGG | 0.4 | 4MMs[1:5:6:12] | chr8:-1379557 |
OTE-55-9 | CCATTGTGCTGCCGCCCAGCCAG | 0.4 | 4MMs[1:4:6:20] | chr16:+34381272 |
OTE-55-10 | TCACTCTTCCCCCGCCCAGTGAG | 0.4 | 4MMs[6:8:10:11] | chr16:-30832681 |
OTE-55-11 | CCAGTATGCTTCCGCCCAGATAG | 0.4 | 4MMs[1:4:11:20] | chr11:-17577563 |
OTE-55-12 | TCTCTGTGCAGCCGCCCAGCCAG | 0.4 | 4MMs[3:6:10:20] | chr16:+56385941 |
OTE-55-13 | CCACCCTGCTGCTGCCCAGTGGG | 0.4 | 4MMs[1:5:6:13] | chr17:+29798753 |
OTE-55-14 | TCGCTATTTTGCAGCCCAGTAGG | 0.3 | 4MMs[3:8:9:13] | chr19:+10569898 |
OTE-55-15 | TCACTATGGTGCAGCCCAGGGAG | 0.3 | 3MMs[9:13:20] | chr1:-7721531 |
On target | CAATGTGTCAACTCTTGACAGGG | 75 | 0MMs | chr3:+46373198 |
OTE-58-1 | TAAAGTGGCTACTCTTGACATAG | 1.3 | 4MMs[1:4:8:10] | chr8:-113389299 |
OTE-58-2 | AAATGTGTGAACTCTTGACCTAG | 0.9 | 3MMs[1:9:20] | chr3:+28183981 |
OTE-58-3 | CCATGTTGCCACTCTTGACAAAG | 0.9 | 4MMs[2:7:8:10] | chr9:+116710242 |
OTE-58-4 | CACAGTATCTACTCTTGACATGG | 0.9 | 4MMs[3:4:7:10] | chr5:-149400725 |
OTE-58-5 | CAGAGTGTCAACTCCTGACAGAG | 0.8 | 3MMs[3:4:15] | chr4:-30918664 |
OTE-58-6 | AAATGTGGCCTCTCTTGACAAAG | 0.7 | 4MMs[1:8:10:11] | chr3:+28907164 |
OTE-58-7 | TAATTTGCCAAGTCTTGACATGG | 0.7 | 4MMs[1:5:8:12] | chr1:-118255933 |
OTE-58-8 | CAATCTGCCTTCTCTTGACACAG | 0.7 | 4MMs[5:8:10:11] | chr2:+1924183 |
OTE-58-9 | CTACTTGTCAACTCTTGACTCAG | 0.7 | 4MMs[2:4:5:20] | chr5:-42465271 |
OTE-58-10 | CAAATTGCCAAGTCTTGACACAG | 0.7 | 4MMs[4:5:8:12] | chr2:-115905509 |
OTE-58-11 | CCAAGTGCCAACTCTTCACATAG | 0.6 | 4MMs[2:4:8:17] | chr3:-82206064 |
OTE-58-12 | TAATGTCAAAACTCTTGACACGG | 0.6 | 4MMs[1:7:8:9] | chr3:+175729801 |
OTE-58-13 | CTATGTTTCAACTCCTGACAAGG | 0.6 | 3MMs[2:7:15] | chr5:-12801231 |
OTE-58-14 | GAATGTTTATACTCTTGACAAAG | 0.5 | 4MMs[1:7:9:10] | chr4:+87759227 |
OTE-58-15 | CACTATATCATCTCTTGACACAG | 0.5 | 4MMs[3:5:7:11] | chr2:-211679347 |
2、表达CRISPR/Cas9的Ad5F35腺病毒载体构建
1)用引物V2_GFP_F1与V2_GFP_R1从pLentiCRISPR.v2扩增片段1,用引物V2_GFP_F2与V2_GFP_R2从pLL3.7扩增片段2,使用重叠延伸PCR连接片段1和2,回收后连回pLentiCRISPR.v2得到pLentiCRISPR.EGFP,用该载体构建sgR5-5、sgR5-8和sgNeg表达克隆。
V2_GFP_F1(SEQ ID NO:7):5’-TGACGATAAGGGATCCGGCGCAACAAACTTCTCTCTGCTGAAACAAGCCGGAGATGTCGAAGAGAATCCTGGACCGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTG-3’
V2_GFP_R1(SEQ ID NO:8):5’-TTAACGCGTCTACTTGTACAGCTCGTCCATGC-3’
V2_GFP_F2(SEQ ID NO:9):5’-AAGTAGACGCGTTAAGTCGACAATCAACCTCTGG-3’
V2_GFP_R2(SEQ ID NO:10):5’-CTGATCAGCGGGTTTAAACGGGCCCTGCTAG-3’
2)以pShuttle-CMV为模板,用引物Shuttle_CMV_F与Shuttle_CMV_R做PCR,回收产物连回pShuttle-CMV,构建pShuttle-MCS。
Shuttle_CMV_F(SEQ ID NO:11):
5’-TTATTGATGATGTTAATTAACATGCATGGATCCATATG-3’
Shuttle_CMV_R(SEQ ID NO:12):
5’-GCGGCCGCGTCGACGGTACCCAGTATTACGCGCTATGAG-3’
3)以pLentiCRISPR.v2.EGFP.sgRNA为模板,用引物CRISPR_pShu_F与CRISPR_pShu_R做PCR,产物连接至pShuttle-MCS多克隆位点,得到pShuttle.gCas9;
CRISPR_pShu_F(SEQ ID NO:13):
5’-AGCGCGTAATACTGGGTACCGAGAGGGCCTATTTCCCATG-3’
CRISPR_pShu_R(SEQ ID NO:14):
5’-TCCGGTGGATCGGATCTACTTGTACAGCTCGTCCATGCCG-3’
4)以pLentiCRISPR.v2.EGFP为模板,用引物GFP_pShu_F1与GFP_pShu_R1扩增片段3;用引物GFP_pShu_F2与GFP_pShu_R1扩增片段4;使用重叠延伸PCR连接片段3与片段4,回收后将产物连接至pShuttle-MCS多克隆位点,得到pShuttle.EGFP;
GFP_pShu_F1(SEQ ID NO:15):
5’-AGCGCGTAATACTGGGTACCTCGAGTGGCTCCGGTGCCCGTCAG-3’
GFP_pShu_R1(SEQ ID NO:16):
5’-CCTTGCTCACCATGGTGGCGGATCCCGCGTCAC-3’
GFP_pShu_F2(SEQ ID NO:17):5’-CCATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTG-3’
GFP_pShu_R2(SEQ ID NO:18):
5’-TCCGGTGGATCGGATCTACTTGTACAGCTCGTCCATGC-3’
5)用引物Ad5F35_F1与Ad5F35_R1从pAdeasy-1(Addgene)扩增片段5;用引物Ad5F35_F2与Ad5F35_R2从pWE15E3GFPF35扩增片段6;用引物Ad5F35_F3与Ad5F35_R3从pAdeasy-1扩增片段7;使用重叠延伸PCR连接片段5、片段6与片段7,连回pAdeasy-1得到pAd5F35。
Ad5F35_F1(SEQ ID NO:19):5’-ACTCTTAAGGACTAGTTTCGCGCC-3’
Ad5F35_R1(SEQ ID NO:20):
5’-GTAAGAACTCCAGGGGGACTCTCTTGAAACCCATT-3’
Ad5F35_F2(SEQ ID NO:21):5’-AATGGGTTTCAAGAGAGTCCCCCTGGAGTTCTTACTT
TAAAATGTTTAACCCCA-3’
Ad5F35_R2(SEQ ID NO:22):5’-CATAACACAAACGATTCTTTATTCTTGGGCATTTTAG
TTGTCGTCTTCTGTAATGTAAG-3’
Ad5F35_F3(SEQ ID NO:23):5’-GCCCAAGAATAAAGAATCGTTTGTGTTATG-3’
Ad5F35_R3(SEQ ID NO:24):
5’-GATCCATGCATGTTAATTAACATCATCAATAATATACC-3’
6)使用穿梭质粒和骨架质粒电转染BJ5183,挑单克隆,Pac I酶切鉴定,得到重组腺病毒载体pAd5F35.EGFP及pAd5F35.g5/8/NCas9。
7)大提质粒,进一步做酶切图谱分析,-20℃保存待用。
3、Ad5F35腺病毒包装与验证
1)转染前16-24h,铺HEK293细胞于6孔板中,使转染时细胞密度为50-70%。每孔转染3μg Pac I线性化处理后的重组腺病毒载体,使用6μL Lipofectamine2000。转染后6h换成新鲜完全培养基。
2)37℃培养10-18天,直到形成明显空斑(CPE),收集空斑,冻融4次,离心去除细胞沉淀,得第1代病毒,-80℃保存。
3)感染前24h,铺HEK293细胞,使感染时细胞密度为50-70%。加入第1代病毒,直至出现明显CPE,收集细胞,PBS重悬,冻融4次,离心去除细胞沉淀,得第二代病毒。重复扩增3-5轮,逐渐增加扩增规模,直至得到大量高浓度病毒。7000×g、10℃离心10min,进一步去除细胞碎片。
4)往14mL UltraClear无菌离心管中依次加入2.5mL 1.4g/cm3的CsCl溶液、2.5mL 1.25g/cm3的CsCl溶液、8.5mL病毒液、0.5mL矿物油,26,000rpm、10℃离心2h,穿刺离心管收集位于两种密度的CsCl溶液之间的条带。
5)在1.33g/cm3的单一CsCl溶液中,46,000rpm、4℃离心18h,采用相同方法,收集病毒条带,加入等体积2×腺病毒保存液,-80℃保存,或者通过PD-10脱盐柱,去除CsCl,分装后-80℃保存。
6)感染前24h,铺HEK293细胞,使感染时细胞密度为50-70%。梯度稀释浓缩的腺病毒,取适当稀释度感染细胞。48h后,根据GFP阳性细胞的数量,计算病毒滴度,Ad5F35.g5/8/NCas9滴度平均约1010MOI/mL。
7)感染前24小时,铺HEK293细胞于6孔板,使感染时细胞密度为30-50%。感染时,分别加入各组Ad5F35重组腺病毒(MOI=30),感染2-3h,换新鲜培养基,继续培养2-3天,收集细胞,Western Blotting检测Cas9蛋白表达,转导Ad5F35.gCas9的细胞,可检测到显著Cas9蛋白表达;而未转导细胞或转导Ad5F35.EGFP的细胞,未检测到Cas9蛋白表达,验证包装的Ad5F35.gCas9携带Cas9蛋白。
8)感染前24小时,铺TZM-bl细胞于6孔板,使感染时细胞密度为30-50%。感染时,分别加入各组Ad5F35重组腺病毒(MOI=30),感染2-3h,换新鲜培养基,继续培养7天,收集细胞,提取基因组DNA,如实施例一中1、4)所述检测CCR5编辑情况,结果显示,Ad5F35.g5Cas9和Ad5F35.g8Cas9在CCR5的基因组所在位点均产生了超过40%的Indels,而Ad5F35.EGFP和Ad5F35.gNCas9不产生显著Indels,证实重组腺病毒具有目的功能。
实例二、携带CRISPR/Cas9的Ad5F35腺病毒在抑制HIV-1感染中的应用
1、CD4+T淋巴细胞的分离与培养
1)静脉穿刺法采集健康志愿者外周血,添加抗凝剂,暂存于4℃,保存时间不超过8h。
2)往抗凝血中加入等体积PBS,混匀。往离心管中先后加入淋巴细胞分离液(平衡至室温),约2倍体积的稀释后的抗凝血,800×g,22℃无刹车离心30min。
3)吸取第二层灰白色的淋巴细胞层,加入至少3倍体积的D-Hanks缓冲液(配方如下),300×g、10℃离心10min。D-Hanks重复洗3~5次,得到PBMC。
D-Hanks缓冲液配方:
加入1L双蒸水溶解,高温灭菌,加入2mL 0.5g/mL D-葡萄糖溶液(0.2μm滤器过滤除菌)4℃保存待用。
4)使用磁珠阴性分选试剂盒(Miltenyi),按操作说明书分离CD4+T淋巴细胞,用RMPI 1640完全培养基(含10%FBS、100mg/mL penicillin和100mg/mLstreptomycin)重悬细胞,浓度调整为5×106个/mL,添加5μg/mL植物血凝素(Sigma),100U/mL白介素2(IL-2,Peprotech)激活培养1天。
2、Ad5F35腺病毒转导与CCR5编辑效率检测
1)计数刺激培养后的CD4+T细胞,调整细胞浓度为5×106个/mL,在24孔板中,每孔加入100μL细胞悬液,30或100MOI重组腺病毒,补足培养基至200μL,于37℃培养箱中感染2h后,补加300μL培养基,继续感染4h。
2)离心去除未感染病毒,加入1mL PBS重悬细胞,离心,进一步去除残留的未感染病毒。随后加入500μL RMPI 1640完全培养基重悬细胞,补加20U/mLIL-2,在37℃、含5%CO2的培养箱中继续培养8-10天。
3)采用流式细胞术检测转导效率,MOI=30时,24.6%(n=9)的细胞被阳性转导;当MOI=100时,30.3%(n=3)的细胞被阳性转导。以GFP表达设门,阳性转导的细胞,流式分选表达GFP的细胞(GFP+),提取基因组,如实施例一中1、4)所述检测CCR5编辑情况,结果如图5所示,Ad5F35.g5Cas9和Ad5F35.g8Cas9在CCR5的基因组位点均产生了超过30%的Indels,而Ad5F35.EGFP和Ad5F35.gNCas9不产生显著Indels。进一步的流式细胞术结果显示,Ad5F35.g5Cas9和Ad5F35.g8Cas9有效敲除了细胞表面的CCR5表达。
3、HIV-1病毒感染编辑后的CD4+T淋巴细胞
1)HIV-1包装与滴度测定:转染前16-20h,铺HEK293T于6孔板中,使转染时细胞密度为80-90%。每孔转染2μg pNL4-3BaL+(NIH AIDS Research&Reference Reagent Program,Division of AIDS,NIH),使用4μL Lipofectamine2000。转染后4-6h换成新鲜完全培养基,转染后48h收集培养基上清,额外添加10%FBS(终浓度20%),分装,-80℃保存。按p24ELISA(Beckman Coulter)操作说明书测定病毒滴度。
2)采用流式细胞术,分离GFP+阳性转导的CD4+T淋巴细胞,在96孔板中,每孔加入2×105个细胞及对应量的HIV-1BaL病毒(2ng或10ng p24),培养基终体积为50μL,37℃孵育。感染2-3h后,用PBS洗4-5遍,去除未结合病毒,随后用200μL RPMI 1640完全培养基重悬(含有20U/mL IL-2)。
3)感染后1、4、7、11天,分别收集1/2体积的培养基上清,并补充等体积的新鲜培养基。收集的上清样品,添加1/10体积的10%Triton X-100,裂解后-80℃保存。收完所样品后,p24ELISA检测p24蛋白含量。使用2ng p24的病毒量的实验结果如图6所示,Ad5F35.g5Cas9和Ad5F35.g8Cas9编辑CCR5表达后,HIV-1BaL复制水平大幅下降。
Claims (3)
1.一种表达CRISPR/Cas9系统且可靶向CCR5的Ad5F35型腺病毒载体,其特征在于:
①表达Cas9核酸酶;
②表达靶向HIV-1辅助受体CCR5的开放阅读框的sgRNA,其序列为SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示;或者表达非靶向性阴性对照sgRNA,其序列为SEQ ID NO:3所示;
③表达载体骨架为改造而来的Ad5F35嵌合型腺病毒载体;
④表达载体特征性图谱如图1所示。
2.权利要求1所述的Ad5F35型腺病毒载体的制备方法,其特征在于:
①sgRNA设计与筛选
根据sgRNA的设计原则:5’-N(20)-NGG-3’,在CCR5的全长开放阅读框内,搜索所有可能的sgRNA,根据综合评分、脱靶情况,选择sgRNA,构建sgRNA表达克隆,在细胞系水平验证sgRNA编辑CCR5的效率及脱靶效应,选取效率最高、特异性好的两条序列包装腺病毒;
②表达CRISPR/Cas9的Ad5F35腺病毒载体构建
设计与构建表达绿色荧光蛋白标签的CRISPR/Cas9表达载体,随后对腺病毒系统的穿梭载体进行改造,去除多余启动子序列,并将含有标签蛋白的CRISPR/Cas9元件克隆至穿梭载体中;
对Ad5载体的受体结合区进行改造,得到杂合了F5/F35受体结合域的Ad5F35嵌合型载体,采用细菌内同源重组的方法,共转化穿梭质粒与Ad5F35骨架质粒,筛选鉴定得到正确的含有CRISPR/Cas9的重组腺病毒载体;
③Ad5F35腺病毒包装与验证
将表达载体转染至HEK293细胞,直至出现明显细胞病变效应后,收集细胞,冻融释放病毒,在HEK293细胞中连续扩增,获得大量病毒液,并通过两步连续CsCl密度梯度离心,分层纯化病毒液,得到高度浓缩的重组腺病毒;
在细胞系水平检测转导了重组腺病毒后的Cas9表达情况与CCR5基因的编辑情况,验证重组腺病毒的功能。
3.权利要求2所述方法的应用,其特征在于:
①CD4+ T淋巴细胞的分离与培养
从人新鲜外周血中,分离人外周血淋巴细胞,使用磁珠阴性分选法分离人原代CD4+ T淋巴细胞,添加植物血凝素激活培养;
②Ad5F35腺病毒转导与CCR5编辑效率检测
加入制备的Ad5F35重组腺病毒,转导激活培养后的CD4+ T淋巴细胞,转导后监测GFP表达情况及CCR5的基因编辑效率;
③HIV-1病毒感染编辑后的CD4+ T淋巴细胞
采用流式分选技术,分离阳性转导的CD4+ T淋巴细胞,加入HIV-1病毒感染,检测病毒复制水平变化。
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