CN104404039A - 一种水稻稻瘟病菌基础抗性检测的snp分子标记及其应用 - Google Patents

Abstract

一种水稻稻瘟病菌基础抗性检测的SNP分子标记及其应用，可用于水稻对稻瘟病菌基础抗性的鉴定。其序列如SEQ ID No.1所示，利用本发明的引物对，以水稻基因组DNA为模板进行PCR扩增，可以得到与水稻对稻瘟病菌基础抗性基因紧密连锁的SNP分子标记，该标记在本发明中命名为SNPprim1。通过PCR扩增分析可以明确该标记的有无可以判断水稻对稻瘟病菌基础抗性的有无，能够用于水稻对稻瘟病菌基础抗性有无的检测。该SNP分子标记带型简单、分布较密等特点具有SSR不可比拟的优势，能快速精确检测亚种内品种间的多态性，具有广阔的应用前景。本发明的分子标记能够克服环境条件的影响，提高鉴定的准确性和效率。

Description

一种水稻稻瘟病菌基础抗性检测的SNP分子标记及其应用

技术领域

本发明涉及生物分子标记领域，特别涉及一种水稻稻瘟病菌基础抗性检测的SNP分子标记及其应用。

背景技术

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)，指由于单个核苷酸碱基的改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中，绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象，即SNP。包括单碱基的转换、颠换、插入及缺失等形式。SNP的特点有密度高、富有代表性、遗传稳定性、易实现分析的自动化等特点。

从分子水平上对单个核苷酸的差异进行检测，SNP标记可帮助区分两个个体遗传物质的差异。检测SNP的最佳方法是DNA芯片技术。SNP被称为第三代DNA分子标记技术，随着DNA芯片技术的发展，其有望成为最重要最有效的分子标记。SNP的检测分析技术可以通过多种技术进行检测分析，其中以芯片技术可以将大量的探针同时固定于支持物上,所以一次可以对大量的DNA分子进行检测分析,从而解决了传统核酸印迹杂交技术复杂、自动化程度低、检测目的分子数量少、效率低的问题。因此基因芯片已广泛用于SNP检测和多态性分析等方面，如人类线粒体基因组多态性分析、人类基因组单、核苷酸多态性鉴定、作图及分型等。尽管基因芯片技术凭其大信息量,自动化和低成本的特点已得到大规模的发展,但SNP分子标记在进行水稻对稻瘟病基础抗性的鉴定上还未见报道。

发明内容

为解决上述现有技术存在的问题，本发明的目的在于提供一种水稻稻瘟病菌基础抗性检测的SNP分子标记及其应用，可用于水稻对稻瘟病菌基础抗性的鉴定。利用本发明的引物对，以水稻基因组DNA为模板进行PCR扩增，可以得到与水稻对稻瘟病菌基础抗性基因紧密连锁的SNP分子标记，该标记在本发明中命名为SNPprim1。通过PCR扩增分析可以明确该标记的有无可以判断水稻对稻瘟病菌基础抗性的有无，能够用于水稻对稻瘟病菌基础抗性有无的检测。该SNP分子标记带型简单、分布较密等特点具有SSR不可比拟的优势，能快速精确检测亚种内品种间的多态性，具有广阔的应用前景。

为达到上述目的，本发明的技术方案为：

一种水稻稻瘟病菌基础抗性的SNP分子标记SNPprim1，该分子标记的核苷酸序列为SEQ ID No.1。

进一步的，扩增所述水稻稻瘟病菌基础抗性基因的SNP分子标记SNPprim1的引物对为：

SNPprim1-F：GCAAGTCGAAAGGGAAGGGA

SNPprim1-R：GGATGCCCGGTCGTGATAAT

进一步的，检测所述水稻稻瘟病菌基础抗性基因的SNP分子标记的方法为：以抗病和感病水稻总DNA为模板，用所述引物进行PCR扩增，PCR扩增条件为95℃预变性3min、94℃变性1min、55℃退火1min、72℃延伸1min，72℃延伸10min。扩增产物经3％琼脂糖凝胶电泳检测，将目的条带的大小与分子标记进行对比，从而根据分子标记的有无判断水稻对稻瘟病菌基础抗性，含有该SNP标记的水稻品种相应的具有对稻瘟病菌基础抗性。

进一步的，所述SNP分子标记在检测，鉴定水稻稻瘟病菌基础抗性方面的应用。

相对于现有技术，本发明的有益效果为：

本发明以水稻对稻瘟病菌基础抗性的SNP分子标记可用于水稻基础抗性进行鉴定。

根据水稻对稻瘟病菌基础抗性侯选基因序列的特点，可以开发大量的SNP分子标记。水稻对稻瘟病菌基础抗性的SNP分子标记解决了传统方法鉴定水稻基础抗性的方法，避免了传统方法鉴定水稻基础抗性时受环境条件以及接种时人为因素的影响而使鉴定结果不准确，本发明的分子标记具有快速、准确、不受环境和人为因素的干扰，能快速了解所鉴定的水稻品种是否具有基础抗性。本发明以水稻对稻瘟病菌基础抗性的SNP分子标记可用于植物抗病基因或病原菌致病基因的发掘等方面。通过本发明的分子标记，可充分挖掘水稻基础抗性资源，为解决水稻抗瘟性育种资源匮乏提供重要的信息。本领域技术人员可以理解，在水稻抗瘟性鉴定中，除了通过上述PCR扩增的方法获得本发明的分子标记外，也可以通过传统的水稻人工接种水稻品种的抗瘟性鉴定方法得到本发明的分子标记。传统水稻抗瘟性鉴定方法容易受环境条件特别是温度、湿度和人为因素的影响，而本发明的分子标记能够克服环境条件的影响，提高鉴定的准确性和效率。

附图说明

图1是SNP分子标记检测水稻品种liyub和丽江新团黑谷水稻品种电泳图。

M为Marker，泳道1为水稻品种Liyub，泳道2为水稻品种丽江新团黑谷，泳道3为阴性对照。

具体实施方式

下面结合附图及具体实施方式对本发明方案做进一步详细描述：

本发明所用的水稻品种为云南传统地方品种月亮谷，该品种是一个中抗水稻品种，通过稻瘟病菌强致病菌株接种该水稻品种后提取水稻总RNA，获得稻瘟病菌侵染月亮谷转录组芯片，通过大量分析，发现月亮谷在受到稻瘟病菌侵染12h时，基因的表达量极大地上调。通过芯片数据分析表明该基因存在大量的SNP，在此基础上，设计了本发明所用的SNP分子标记SNPprim1，用于扩增水稻基因Os08g0487700。具体步骤如下：

(1)分别提取一个抗病水稻品种月亮谷的基因组DNA和一个感病水稻品种绵2优838的基因组DNA

(2)采用SNP分子标记SNPprim1引物对分别对抗病水稻品种基因组DNA和感病水稻品种基因组DNA进行PCR扩增。PCR扩增条件为95℃预变性3min、94℃变性1min、55℃退火1min、72℃延伸1min，72℃延伸10min。

(3)用3％琼脂糖凝胶分离检测PCR产物，

(4)将PCR扩增产物进行测序，所得序列进行比对，分析所检测抗病水稻品种DNA扩增产物基因型和感病水稻品种DNA扩增序列是否有无本发明所涉及的SNP，以判断水稻对稻瘟病菌基础抗性的有无。

如图1为本发明SNP分子标记检测水稻品种liyub和丽江新团黑谷水稻品种电泳图。

其中，M为Marker，泳道1为水稻品种Liyub，泳道2为水稻品种丽江新团黑谷，泳道3为阴性对照。

以上所述，仅为本发明的具体实施方式，但本发明的保护范围并不局限于此，任何不经过创造性劳动想到的变化或替换，都应涵盖在本发明的保护范围之内。因此，本发明的保护范围应该以权利要求书所限定的保护范围为准。

Claims (4)

1.一种水稻稻瘟病菌基础抗性检测的SNP分子标记，其特征在于，该分子标记的核苷酸序列为SEQ ID No.1。

2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，扩增所述水稻稻瘟病菌基础抗性基因的SNP分子标记的引物对为：

SNPprim1-F：GCAAGTCGAAAGGGAAGGGA

SNPprim1-R：GGATGCCCGGTCGTGATAAT。

3.根据权利要求2所述的SNP分子标记，其特征在于，检测所述水稻稻瘟病菌基础抗性基因的SNP分子标记的方法为：以抗病和感病水稻总DNA为模板，用所述引物进行PCR扩增，PCR扩增条件为95℃预变性3min、94℃变性1min、55℃退火1min、72℃延伸1min，72℃延伸10min；扩增产物经3％琼脂糖凝胶电泳检测，将目的条带的大小与分子标记进行对比，从而根据分子标记的有无判断水稻对稻瘟病菌基础抗性，含有该SNP标记的水稻品种相应的具有对稻瘟病菌基础抗性。

4.权利要求1-3任一所述SNP分子标记在检测，鉴定水稻稻瘟病菌基础抗性方面的应用。