CN104237354A - Ndm-1 dna探针修饰的电极及其制备方法和应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了NDM-1 DNA探针修饰的电极及其制备方法和应用,NDM-1 DNA探针修饰的电极是在金电极表面固定NDM-1 DNA探针,再封闭非特异性吸附位点而得,并且电极的制备方法简单、特异性好、灵敏度高;以该电极为工作电极、铂电极为对电极、饱和甘汞电极为参比电极、pH 7.4含2mmol/L K3Fe(CN)6-K4Fe(CN)6和5mmol/L KCl的磷酸盐缓冲液(PBS)为实验电解液组建电化学生物传感器,可以快速、特异、灵敏地检测NDM-1基因,为临床药物和食品中潜在耐药细菌的检测提供简单、快速、灵敏、特异、高通量的工具,具有较好的市场价值。

Description

NDM-1 DNA探针修饰的电极及其制备方法和应用
技术领域
本发明属于检测领域,特别涉及NDM-1 DNA探针修饰的电极,还涉及该电极的制备方法和应用。
背景技术
NDM-1多重耐药菌是指携带NDM-1耐药基因的细菌,属于革兰阴性耐药菌。NDM-1的全称是“新德里金属-β-内酰胺酶”,是1种高效耐药酶。研究显示,目前多重耐药菌正在全球快速传播,其感染病例在全球均有分布,带来的风险越来越大,并且已经在人类重要的致病菌志贺氏菌中发现了NDM-1,预示了全球NDM-1多重耐药菌防控形势极为严峻。该病菌可通过饮水等途径传染,表现症状为肠道感染,携带NDM-1耐药基因的细菌几乎对目前临床上使用的大多数抗生素都具有抗药性,其感染后死亡率很高。抗生素滥用是NDM-1耐药基因出现的首要原因,并且NDM-1基因可以在细菌之间传播,从而使对抗生素敏感的细菌获得耐药性。因此,研发NDM-1直接快速特异的检测方法,对NDM-1在临床早诊早治具有非常重要的意义。
目前,NDM-1多重耐药菌的诊断主要包括表型筛查、表型确认和基因确证等3个步骤。表型筛查是在细菌药物敏感性测定中,以美洛培南或亚胺培南纸片法(K-B法)或最低抑菌浓度(MIC)测定法对肠杆菌科细菌产酶情况进行初步筛查;表型确认是采用双纸片协同实验或亚胺培南(美洛培南)/EDTA复合纸片,进行K-B法药敏试验来判定产金属酶;基因确证是采用NDM-1的基因特异引物进行PCR扩增及产物测序,确定菌株是否携带NDM-1基因。但这些诊断方法存在着费时烦琐、敏感性和特异性较低及检测成本高等缺陷。
在众多的检测技术中,传感器技术是最具发展前景的检测手段之一。生物传感器主要是由生物膜与物理化学的换能器有机结合的一门交叉型学科,是一种先进的生物技术检测方法,也是分子水平的微量、快速的分析方法,目前已经在生物工程和医疗等多个领域得到迅速的发展。电化学DNA生物传感器是近年发展起来的一种新型生物传感器,主要是利用单链DNA作为敏感元件通过共价键合或化学吸附固定在固体电极表面,通过测定识别杂交信息的电活性物质从而达到检测靶序列的目的。相对于其他类型传感器而言,电化学DNA生物传感器具有分析时间短、设备微型化、特异性强、灵敏度高、检测限低、操作简捷、成本低廉及无特殊场地要求等优点,目前电化学传感器已有应用于一些病原菌的检测,但尚未见用电化学DNA生物传感器检测病原菌耐药基因的报道。
发明内容
有鉴于此,本发明的目的之一在于提供NDM-1 DNA探针修饰的电极;本发明的目的之二在于提供NDM-1 DNA探针修饰的电极的制备方法;本发明的目的之三在于提供检测NDM-1的电化学生物传感器;本发明的目的之四在于上述电极或电化学生物传感器的应用;本发明的目的之五在于提供利用检测NDM-1的电化学生物传感器检测NDM-1基因的方法。
为实现上述发明目的,本发明提供如下技术方案:
1、NDM-1 DNA探针修饰的电极,所述电极是在金电极表面固定NDM-1 DNA探针,再封闭非特异性吸附位点而得。
优选的,所述NDM-1 DNA探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
2、所述NDM-1 DNA探针修饰电极的制备方法,包括如下步骤:
a.将金电极打磨,抛光,清洁,干燥,得清洁的金电极,备用;
b.向步骤a所得清洁的金电极表面滴加含NDM-1 DNA探针的溶液,固定后用巯基己醇溶液封闭,清洗得NDM-1 DNA探针修饰的电极。
优选的,步骤a是将金电极分别用0.3μm、0.05μm的Al2O3粉末打磨抛光,每次打磨后用水洗净,再分别于硝酸、丙酮和水中各超声洗涤,干燥,备用。
优选的,步骤b是向步骤a所得清洁的金电极表面滴加NDM-1 DNA探针浓度为0.5~2.5μM的溶液,固定后用浓度为1mmol/L的巯基己醇溶液封闭,清洗得NDM-1 DNA探针修饰的电极。
优选的,溶液中NDM-1 DNA探针浓度为1.5μM。
优选的,所述固定的条件为37℃下恒温1小时。
3、检测NDM-1的电化学生物传感器,包括工作电极、对电极、参比电极和实验电解液;所述工作电极为所述NDM-1 DNA探针修饰的电极,所述对电极为铂电极,所述参比电极为饱和甘汞电极,所述实验电解液为pH 7.4的含2mmol/L K3Fe(CN)6-K4Fe(CN)6和5mmol/L KCl的磷酸盐缓冲液(PBS)。
4、所述NDM-1 DNA探针修饰的电极或所述检测NDM-1的电化学生物传感器在检测NDM-1基因中的应用。
5、利用所述检测NDM-1的电化学生物传感器检测NDM-1基因的方法,包括如下步骤:将NDM-1 DNA探针修饰的电极与样品溶液杂交反应,然后以NDM-1 DNA探针修饰的电极为工作电极,铂电极为对电极,饱和甘汞电极为参比电极,pH 7.4的含2mmol/LK3Fe(CN)6-K4Fe(CN)6和5mmol/L KCl的PBS为实验电解液构建电化学生物传感器,采用循环伏安法进行扫描测定,电位扫描范围为-0.3V~0.7V,电位扫描速率为50mv/s,根据杂交前后峰电流变化检测NDM-1基因浓度。
本发明的有益效果在于:本研究利用探针的高特异性,针对NDM-1基因组序列,设计NDM-1基因的特异性探针,将NDM-1基因的特异性探针修饰金电极后获得NDM-1 DNA探针修饰的电极,然后与电化学技术相融合获得检测NDM-1基因的电化学生物传感器,从而构建检测NDM-1基因的平台,为多重耐药菌的检测提供简单、快速、灵敏、特异的工具。同时本发明通过将电化学领域的检测手段引入到生物医学的领域,并探索了NDM-1电化学生物传感器在液相中的响应机理,为检测NDM-1基因的电化学生物传感器在生物医学检测中的应用奠定了坚实的理论基础。
附图说明
为了使本发明的目的、技术方案和有益效果更加清楚,本发明提供如下附图:
图1为不同修饰电极的循环伏安图。a:裸电极在pH7.4含2mmol/LK3[Fe(CN)6]/K4[Fe(CN)6]和5mmol/l KCl的PBS中的循环伏安曲线;b:电极表面修饰探针在pH7.4含2mmol/L K3[Fe(CN)6]/K4[Fe(CN)6]和5mmol/l KCl的PBS中的循环伏安曲线;c:巯基己醇封闭电极在pH7.4含2mmol/L K3[Fe(CN)6]/K4[Fe(CN)6]和5mmol/l KCl的PBS中的循环伏安曲线;d:检测液是大肠杆菌/金黄色葡萄杆菌溶液在pH7.4含2mmol/LK3[Fe(CN)6]/K4[Fe(CN)6]和5mmol/l KCl的PBS中的循环伏安曲线;e:检测液中加入NDM-1靶序列后,电极在pH7.4含2mmol/L K3[Fe(CN)6]/K4[Fe(CN)6]和5mmol/l KCl的PBS中的循环伏安曲线;f:裸电极在pH7.4不含2mmol/L K3[Fe(CN)6]/K4[Fe(CN)6]和5mmol/l KCl的PBS中的循环伏安曲线。
图2为不同浓度探针修饰电极的循环伏安图。
图3为不同检测物质对传感器响应电流的影响。
图4为电化学生物传感器定量检测NDM-1线性回归(C:NDM-1靶序列浓度(μg/L),LgC:NDM-1靶序列浓度的对数)。
具体实施方式
下面将结合附图,对本发明的优选实施例进行详细的描述。实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件或按照制造厂商所建议的条件。
本发明在长期压电传感器和漏声表面波传感器研究的基础上,将电化学分析方法与生物检测技术相结合,自主创建了能够快速、特异、灵敏地检测NDM-1基因的电化学生物传感器。
实施例1、NDM-1 DNA探针合成及修饰电极
本发明针对NDM-1全基因组,设计NDM-1 DNA探针,探针的具体序列为:5'-gcttttggtggctgcctgat-3'(SEQ ID NO.1)。
NDM-1 DNA探针修饰的电极,具体步骤如下:
a.金电极的清洗:取直径为3mm的金电极,分别用0.3μm、0.05μm的Al2O3粉末打磨抛光成镜面,每次打磨后均用超纯水冲洗,再分别于硝酸、丙酮及超纯水中各超声洗涤5min,干燥,得清洗的金电极,备用。
b.NDM-1 DNA探针的固定:取20μL NDM-1 DNA探针浓度为1.5μmol/L的溶液滴加于已清洗的金电极表面,然后于37℃下恒温箱中恒温1小时,再将电极浸入浓度为1mmol/L的巯基己醇溶液中封闭非特异性吸附位点1小时,封闭后用水清洗电极,即得NDM-1 DNA探针修饰的电极,4℃避光保存备用。
实施例2、组建检测NDM-1的电化学生物传感器
以NDM-1 DNA探针修饰的电极作为工作电极,饱和甘汞电极为参比电极,铂电极作为对电极组建检测NDM-1的电化学生物传感器。将制备好的电化学传感器联入电化学工作站,以pH 7.4的含2mmol/L K3Fe(CN)6-K4Fe(CN)6和5mmol/L KCl的PBS为实验电解液,然后在室温下利用循环伏安法进行扫描测定,工作电位为-0.3V~0.7V,扫描速度为50mV/s。NDM-1的电化学生物传感器的检测原理为:利用NDM-1 DNA探针修饰的电极表面发生核酸杂交反应后,生成的杂交复合物阻碍了电极表面的电子传递,使传感器响应电流变化值增大。该信号变化的大小ΔI与电极表面核酸杂交反应的程度成正相关,ΔI值越大,表明电极表面修饰的NDM-1 DNA探针与待测物结合的量越多。制备好的NDM-1 DNA探针修饰的电极测定的初始还原峰电流记为I0;核酸杂交反应结束后,测定的还原峰电流并记为I;则峰电流在核酸杂交反应前后变化ΔI=I-I0。以下以此原理为依据对NDM-1进行定量检测。
实施例3、检测NDM-1固定不同修饰金电极的电化学特性
利用循环伏安法表征电极在修饰及检测过程中的电化学特性,具体检测方法为:将不同修饰的电极按实施例2的方法组建电化学生物传感器后,分别将电极浸泡在150μL NDM-1靶序列终浓度为100μg/L的溶液(pH7.40.1mol/LPBS)中,在38℃恒温箱中杂交45分钟后取出,利用循环伏安法表征电化学生物传感器检测固定不同修饰物金电极的电化学特性。杂交过程中传感器采用三电极体系测量传感器电流,获得的循环伏安曲线(CV)如图1所示。其中,曲线a为裸金电极在pH7.4含有2mmol/L K3[Fe(CN)6]/K4[Fe(CN)6]和5mmol/l KCl的PBS溶液中的循环伏安曲线,由于PBS溶液中加入了氧化还原探针K3[Fe(CN)6]/K4[Fe(CN)6],因此出现了一对准可逆的氧化还原峰;曲线b为NDM-1 DNA探针修饰电极在pH7.4含2mmol/LK3[Fe(CN)6]/K4[Fe(CN)6]和5mmol/l KCl的PBS溶液中的循环伏安曲线,由于NDM-1 DNA探针是非导电性物质,在一定程度上阻碍了电子传递,所以氧化还原峰的峰电流有所降低;曲线c为巯基己醇封闭后的循环伏安曲线,可见巯基己醇在封闭非特异性吸附位点的同时也阻碍了电子传递,因此峰电流值进一步减小;曲线d为NDM-1 DNA探针修饰电极与含有干扰物质(大肠杆菌、金黄色葡萄球菌)的溶液反应后的循环伏安曲线,与曲线c相比,电极在孵育前后响应电流基本保持不变;曲线e为NDM-1 DNA探针修饰电极在含有100μg/LNDM-1的溶液中孵育后的循环伏安曲线,由于电极表面的核酸杂交复合物是没有电活性的生物大分子,进一步阻碍了电极表面的电子传输,因此氧化还原峰的峰电流较曲线d明显降低。曲线f为NDM-1 DNA探针修饰电极在pH7.4不含2mmol/L K3[Fe(CN)6]/K4[Fe(CN)6]和5mmol/l KCl的PBS溶液中的循环伏安曲线,由于体系中缺少氧化还原活性物质,在-0.3V~0.7V扫描范围内,NDM-1 DNA探针修饰电极在PBS溶液中未出现氧化还原峰。以上实验结果表明,NDM-1 DNA探针修饰电极能够检测NDM-1靶序列,以其为工作电极组建的NDM-1电化学生物传感器可检测NDM-1靶序列。
实施例4、NDM-1 DNA探针最佳浓度的优化
为了确定NDM-1 DNA探针的最佳浓度,本实施例对NDM-1 DNA探针的浓度进行了优化实验。首先将NDM-1 DNA探针溶液配制成浓度分别为0.5μM、1.0μM、1.5μM、2.0μM、2.5μM的溶液,然后分别将它们修饰于金电极表面,制备成不同浓度NDM-1 DNA探针修饰的电极,并测定其循环伏安响应电流,实验结果见图2。结果显示,修饰NDM-1 DNA探针前后NDM-1 DNA探针修饰的电极的循环伏安曲线有明显的差别,说明探针已成功固定于电极上。从图2还可以看出,NDM-1 DNA探针修饰电极的电流响应变化值随NDM-1 DNA探针浓度的增大呈先增大后下降的趋势,当NDM-1 DNA探针浓度由0.5μM依次增至1.5μM时,响应电流变化值呈上升的趋势;而当NDM-1 DNA探针浓度从1.5μM递增至2.5μM时,响应电流变化值则呈递减趋势;其中,当NDM-1 DNA探针浓度为1.5μM时,传感器的响应电流变化值最大。因此,NDM-1 DNA探针的最佳浓度为1.5μM。
实施例5、NDM-1电化学生物传感器的特异性和灵敏度试验
(1)特异性试验
将NDM-1 DNA探针修饰电极分别与以下溶液共孵育30分钟:溶液①含有100μg/LNDM-1靶序列;溶液②含有100μg/L NDM-1靶序列及干扰物质(大肠杆菌、金黄色葡萄球菌浓度分别为1mg/L);③只含有干扰物质(大肠杆菌、金黄色葡萄球菌浓度分别为1mg/L);溶液④PBS溶液。孵育完成后,将NDM-1 DNA探针修饰电极与铂电极、饱和参比电极按实施例2的方法构建成电化学生物传感器,以pH7.4含有2mmol/L K3[Fe(CN)6]/K4[Fe(CN)6]和5mmol/l KCl的PBS为实验电解液,在室温下采用循环伏安法进行扫描测定,电位扫描范围为-0.3V~0.7V,电位扫描速率为50mv/s。分别记录响应电流值,并将所得峰电流值进行比较,评价电化学生物传感器的特异性,结果如图3所示。结果显示,在溶液①及溶液②中孵育的电极在孵育前后响应电流变化值(ΔI)分别为7.9μA和7.3μA,而在仅含有干扰物质的溶液③和空白溶液④中孵育的电极在孵育前后响应电流基本保持不变。以上实验结果表明,本发明构建的NDM-1电化学生物传感器抗干扰能力强,对NDM-1具有良好的选择性,并能对NDM-1进行精确检测。
(2)灵敏度(Sensitivity)实验
利用检测NDM-1靶序列后的NDM-1 DNA探针修饰电极再进行检测NDM-1靶序列终浓度分别为10-5μg/L,10-4μg/L,10-3μg/L,10-2μg/L,10-1μg/L,1.0μg/L,101μg/L,102μg/L溶液,操作步骤相同与上述相同,然后检测反应前后响应电流的变化,检测进行杂交反应所引起的电流响应差值△I及反应所需时间,并对响应电流变化差值△I与NDM-1浓度做线性回归,实验重复3次取平均值,结果如图4所示。结果显示,在杂交反应初始阶段,由于大分子核酸杂交复合物部分阻塞了电极表面的电子传输通道,与空白对照相比,其氧化还原峰电流值明显降低。随着NDM-1浓度从10-5μg/L增加到102μg/L,杂交反应引起的相位变化值呈先上升后趋于饱和的曲线方式,且以102μg/L NDM-1浓度为饱和点。从图4还可以看出,NDM-1浓度在10-5μg/L~102μg/L的范围内时,其浓度的对数值与峰电流呈良好的线性关系。其中线性回归方程为:y=1.1452x+7.8954,相关系数为0.9934。产生上述结果原因是在NDM-1浓度逐渐升高的过程中,电极表面固定的特异性探针也逐渐结合上更多的NDM-1,从而引起更大的响应电流变化值,当NDM-1浓度升高至102μg/L时,电极表面固定的特异性探针与NDM-1的结合已全部饱和,因此当继续增加NDM-1浓度时,已经无法引起更大的响应电流变化值。同样,当NDM-1浓度低于10-5μg/L时,由于电极表面固定的特异性探针无法结合到足够数量的NDM-1而无法进行精确检测。上述结果表明我们自主构建的电化学DNA生物传感器具有较宽的线性范围和较低的检测限。
最后说明的是,以上优选实施例仅用以说明本发明的技术方案而非限制,尽管通过上述优选实施例已经对本发明进行了详细的描述,但本领域技术人员应当理解,可以在形式上和细节上对其作出各种各样的改变,而不偏离本发明权利要求书所限定的范围。

Claims (10)

1.NDM-1DNA探针修饰的电极,其特征在于,所述电极是在金电极表面固定NDM-1DNA探针,再封闭非特异性吸附位点而得。
2.根据权利要求1所述NDM-1DNA探针修饰的电极,其特征在于:所述NDM-1DNA探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
3.权利要求1或2所述NDM-1DNA探针修饰电极的制备方法,其特征在于:包括如下步骤:
a.将金电极打磨,抛光,清洁,干燥,得清洁的金电极,备用;
b.向步骤a所得清洁的金电极表面滴加含NDM-1DNA探针的溶液,固定后用巯基己醇溶液封闭,清洗得NDM-1DNA探针修饰的电极。
4.根据权利要求3所述的制备方法,其特征在于:步骤a是将金电极分别用0.3μm、0.05μm的Al2O3粉末打磨抛光,每次打磨后用水洗净,再分别于硝酸、丙酮和水中各超声洗涤,干燥,备用。
5.根据权利要求3所述的制备方法,其特征在于:步骤b是向步骤a所得清洁的金电极表面滴加NDM-1DNA探针浓度为0.5~2.5μM的溶液,固定后用浓度为1mmol/L的巯基己醇溶液封闭,清洗得NDM-1DNA探针修饰的电极。
6.根据权利要求5所述的制备方法,其特征在于:溶液中NDM-1DNA探针浓度为1.5μM。
7.根据权利要求5所述的制备方法,其特征在于:所述固定的条件为37℃下恒温1小时。
8.检测NDM-1DNA的电化学生物传感器,其特征在于:包括工作电极、对电极、参比电极和实验电解液;所述工作电极为权利要求1或2所述NDM-1DNA探针修饰的电极,所述对电极为铂电极,所述参比电极为饱和甘汞电极,所述实验电解液为pH 7.4的含2mmol/LK3Fe(CN)6-K4Fe(CN)6和5mmol/L KCl的磷酸盐缓冲液。
9.权利要求1~2任一项所述NDM-1DNA探针修饰的电极或权利要求8所述检测NDM-1的电化学生物传感器在检测NDM-1基因中的应用。
10.利用权利要求8所述检测NDM-1的电化学生物传感器检测NDM-1基因的方法,其特征在于,包括如下步骤:将NDM-1DNA探针修饰的电极与样品溶液杂交后,然后NDM-1DNA探针修饰的电极为工作电极,铂电极为对电极,饱和甘汞电极为参比电极,pH 7.4的含2mmol/L K3Fe(CN)6-K4Fe(CN)6和5mmol/L KCl的磷酸盐缓冲液为实验电解液构建电化学生物传感器,采用循环伏安法进行扫描测定,电位扫描范围为-0.3V~0.7V,电位扫描速率为50mv/s,根据杂交前后峰电流变化检测NDM-1基因浓度。
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