CN104131114A - 京海黄鸡产蛋数的分子遗传标记及应用 - Google Patents

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顾玉萍
王金玉
陈建平
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Abstract

本发明涉及家禽育种领域，具体涉及一种京海黄鸡产蛋数的分子遗传标记及应用。本发明公开了脂联素基因作为京海黄鸡产蛋数的分子遗传标记的应用。具体应用方法是：提取待测样本的鸡基因组DNA，经序列如SEQ ID NO：1-2的特异性引物扩增得到307bp的目的片段，目的片段直接测序，选择具有1993GG/2013GG基因型个体。本发明方法利用Apn基因的2个SNP组合基因型对鸡的产蛋数进行标记辅助选择，不受环境影响。

Description

京海黄鸡产蛋数的分子遗传标记及应用
技术领域
本发明涉及家禽育种领域，具体涉及一种利用纯合基因型提高鸡产蛋数的方法。
背景技术
在种禽生产中,产蛋数作为种禽生产性能的一项重要指标,与养殖场的效益戚戚相关,已越来越受到了国内外饲养者的重视。常规育种方法在家禽遗传改良中取得一定进展，国外的育种公司已用综合指数选择法来增加鸡产蛋数，但它对数量性状的选择要在个体生长发育到一定时期，育种周期长，费用高。产蛋数属于数量性状，是由多基因控制的。随着现代分子生物学技术的飞速发展，遗传学家和育种学家认识到控制数量性状的基因并非在基因组中随机分布，且存在影响数量性状的主效基因。目前，在育种中对鸡产蛋数的筛选方法主要是通过数量遗传学方法，而数量遗传学方法进展缓慢，寻找到合适的DNA标记用于辅助选择能增强选择的准确性、缩短世代间隔，加快遗传进展。
脂联素(Adiponectin,Apn)是一种脂肪细胞特异表达的细胞因子，广泛参与调节葡萄糖、脂肪酸代谢及抵抗炎症反应等生命活动。刘大林(2009)曾经对脂联素基因的部分5′侧翼区和编码区进行了分子遗传学研究，发现C1251G，C1608T，G1773A，A1782G，T1902C对鸡的重要经济形状有一定的影响，但是样本含量仅为91，未研究G1993C和G2013A对鸡重要经济性状的影响。
发明内容
本发明要解决的技术问题是提供一种利用纯合复合基因型使鸡产蛋数提高的方法，该方法利用Apn基因的2个SNP组合基因型对鸡的产蛋数进行标记辅助选择，不受环境影响。
本发明的原理是：针对Apn基因设计1对引物，引物的扩增产物直接测序表明G1993C和G2013A。2个碱基突变单倍型与京海黄鸡产蛋数的相关分析表明，1993GG/2013GG基因型的产蛋数最多，显著的高于1993GG/2013AA,1993GG/2013GA,1993GC/2013GA,1993GC/2013GG,1993CC/2013GG(P<0.05)。该纯合基因型能稳定遗传，选择的检测方法简单快捷，且不受外界环境的影响，可以用于京海黄鸡产蛋数的分子遗传标记。
本发明公开了脂联素基因作为京海黄鸡产蛋数的分子遗传标记的应用。
本发明所说的应用方法具体是：提取待测样本的鸡基因组DNA，经序列如SEQ ID NO：1-2的特异性引物扩增得到307bp的目的片段，目的片段经直接测序，根据测序结果选择具有特定碱基组合的个体对待测样本产蛋数多少进行判断(即选择1993G/2013G单倍型的个体，也就是在1993和2013bp处均为G碱基的纯合个体)
附图说明
图1是引物的PCR扩增产物(307bp)电泳检测结果。图中1,2,3,4,5为307bp产物，6为Marker。
图2是1993GG/2013GG纯合基因型测序图。
图3是1993CC/2013GG纯合基因型测序图。
图4是1993GG/2013AA纯合基因型测序图。
图5是1993CC/2013AA纯合基因型测序图。
具体实施方式
实施例1
1.试验材料
524只京海黄鸡血样采自江苏京海禽业集团有限公司，翅静脉采集血样1.5mL，肝素钠抗凝，-20℃保存。用酚氯仿抽提法提取基因组DNA，溶于TE，对基因组DNA进行浓度测定后备用。
2.引物设计和PCR扩增
2.1PCR扩增引物的设计
分别根据GenBank中已发表鸡的Apn外显子序列(登录号：AY786316)设计1对引物。扩增产物大小分为307bp。引物序列如下：
F:5’-CGAGCAGAACCACTACGACA-3’(SEQ ID NO：1)
R:5’-GTACAGGAGGAAGCCCATGA-3’(SEQ ID NO：2)
2.2PCR扩增
PCR扩增反应体系为20μL：10×buffer(25mmol/L)2μL；Mg2+(10pmol/μL)2.2μL；dNTPs(2.5mmol/L)0.8μL，DNA模板1μL，引物(均为10pmol/L)各1μL，TaqDNA聚合酶(5U/μL)0.2μL，双蒸水11.8μL。扩增程序：94℃预变性5min；94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸30s，30个循环；最后72℃延伸10min，10℃保存。用丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR产物(图1)。
2.3测序检测
PCR扩增产物测序表明，1993bp处发生了G＞C和2013bp处发生了G＞A，但编码氨基酸不改变，属于同义突变(图2，图3，图4，图5)。
2.4Apn基因不同基因型对京海黄鸡产蛋数的效应分析
配合下列模型分析Apn基因型对京海黄鸡产蛋数的影响：Y＝μ+Apn基因的基因型效应+残差效应。京海黄鸡1993GG/2013GG基因纯合基因型与其他基因型产蛋数的比较见表1。
表1京海黄鸡1993GG/2013GG纯合基因型与其他基因型产蛋数的比较
基因型 300日龄产蛋数(枚) 462日龄产蛋数(枚)
1993GG/2013GG 118.28±11.66a 202.29±15.16a
1993GG/2013AA 111.57±11.87b 192.57±18.73b
1993GG/2013GA 107.94±10.34b 191.52±18.84b
1993GC/2013GA 110.25±12.07b 192.47±19.13b
1993GC/2013GG 108.62±13.02b 192.93±18.72b
1993CC/2013GG 106.78±10.34b 191.46±19.69b
1993CC/2013AA 107.52±11.21b 192.11±19.87b
注:同列数据肩标不同小写字母表示差异显著(P<0.05)。
由表可见，1993GG/2013GG纯合基因型的产蛋数最多，比1993CC/2013GG基因型300日龄和462日龄分别多产蛋11.51枚和10.83(P<0.05)，比1993GG/2013GA基因型300日龄和462日龄分别多产蛋10.34枚和10.77枚(P<0.05)，比6种基因型平均300日龄和462日龄产蛋数110.43枚和193.07枚分别高了7.85枚和9.22枚。1993GG/2013GG基因型在群体中容易固定，使京海黄鸡产蛋数增加，所以根据Apn基因的扩增片段测序筛选1993GG/2013GG纯合基因型可作为使京海黄鸡产蛋数的方法，其法并可推广到其他品种。

Claims (2)

1.脂联素基因作为京海黄鸡产蛋数的分子遗传标记的应用。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：提取待测样本的鸡基因组DNA，经序列如SEQ ID NO：1-2的特异性引物扩增得到307bp的目的片段，目的片段直接测序，选择具有1993GG/2013GG基因型个体。
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