CN104004750A

CN104004750A - 一种与中华绒螯蟹性早熟性状相关的snp标记及其应用

Info

Publication number: CN104004750A
Application number: CN201410119022.XA
Authority: CN
Inventors: 许志强; 李跃华; 赵沐子; 丁淑燕; 潘建林
Original assignee: Freshwater Fisheries Research Institute of Jiangsu Province
Current assignee: Freshwater Fisheries Research Institute of Jiangsu Province
Priority date: 2014-03-27
Filing date: 2014-03-27
Publication date: 2014-08-27
Anticipated expiration: 2034-03-27
Also published as: CN104004750B

Abstract

本发明公开了一种与中华绒螯蟹性早熟性状相关的SNP标记及其应用。该SNP位于蜕皮抑制激素基因MIH（AY310313.1）的3’‐UTR区，具体位置为3088bp处，碱基变异信息为SNP A3088T T>G。性状‐基因型关联性分析结果表明，该SNP变异与河蟹的性早熟性状之间存在着显著的相关性，其中GG基因型河蟹个体表现出性早熟性状的风险性较TT基因型个体高2.175倍。本发明河蟹性早熟相关基因的多态性SNP标记，可用于后续与河蟹性早熟性状相关的遗传育种研究。

Description

一种与中华绒螯蟹性早熟性状相关的SNP标记及其应用

技术领域

本发明属于分子生物学检测技术领域，涉及一种与中华绒螯蟹性早熟性状相关的SNP标记及其应用。

背景技术

中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis）又称河蟹，是我国重要的甲壳类经济动物。长期以来，河蟹养殖过程中普遍存在着一龄蟹种的性早熟问题。性早熟幼蟹在培育过程中性腺当年发育成熟，这些性早熟蟹种不能顺利蜕壳，体重增长缓慢甚至停滞，绝大多数在翌年4～5月期间死亡，不能再继续饲养至2龄成蟹规格。性早熟一龄蟹的大量存在不仅造成饵料的巨大浪费，而且由于其外形与大规格蟹种较为相似，如果在挑选蟹种时不慎将性早熟个体用于后续商品蟹养殖，将给生产带来巨大的损失。目前的研究认为，河蟹性早熟的发生机制非常复杂，可能与内在的遗传因素和多种外部环境因素有关，但是其形成的确切机理还不清楚。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术中的上述不足，提供一种与中华绒螯蟹性早熟性状相关的SNP标记。

本发明的另一目的是提供该SNP标记的应用。

本发明的目的可通过如下技术方案实现：

一种与中华绒螯蟹性早熟性状相关的SNP标记，该SNP位于蜕皮抑制激素基因MIH（Genbank登录号AY310313）的3’‐UTR区，具体位置为3088bp处，碱基变异信息为SNP A3088T T>G。

其中，所述的SNP标记，蜕皮抑制激素基因MIH3088bp处SNP位点GG基因型河蟹个体表现出性早熟性状的风险性显著高于TT基因型个体。

本发明所述的SNP标记在预测中华绒螯蟹性早熟风险中的应用。

一种预测中华绒螯蟹性早熟风险的方法，通过检测所述的SNP标记，预测中华绒螯蟹性早熟风险。

所述的预测中华绒螯蟹性早熟风险的方法，优选通过检测所述的SNP标记，该位点GG基因型河蟹个体表现出性早熟性状的风险性较TT基因型个体显著提高，从而预测中华绒螯蟹性早熟风险。

所述的预测中华绒螯蟹性早熟风险的方法，可进一步优选不同河蟹个体的基因组DNA，采用以PCR为基础的限制性片段长度多态法PCR‐RFLP对不同个体进行基因分型，从而预测中华绒螯蟹性早熟风险。

所述的PCR‐RFLP中使用的PCR上游引物为SEQ ID NO.1，下游引物为SEQ IDNO.2；使用的限制性内切酶为SspI限制性内切酶。

所述的PCR‐RFLP中，酶切后进行电泳，GG基因在359b p处有特异性条带，TT基因型在192bp和167bp处有特异性条带，TG基因型在359bp、192bp以及167bp处有特异性条带。

所述的预测中华绒螯蟹性早熟风险的方法，还可进一步优选提取不同河蟹个体的基因组DNA，PCR扩增含有所述SNP标记的基因片段，通过直接测序获得所述SNP标记的序列，从而预测中华绒螯蟹性早熟风险。

用于鉴定本发明所述的SNP标记的PCR引物，上游引物为SEQ ID NO.1，下游引物为SEQ ID NO.2。

有益效果：

本发明提供了一种与河蟹性早熟性状密切相关的SNP标记及其应用，其位于编码河蟹MIH基因序列的3’‐UTR区（T>G；3088bp处）。性状‐基因型关联性分析结果表明，该SNP变异与河蟹的性早熟性状之间存在着显著的相关性，其中GG基因型河蟹个体表现出性早熟性状的风险性较TT基因型个体高2.175倍。本发明河蟹性早熟相关基因的多态性SNP标记，可用于后续与河蟹性早熟性状相关的遗传育种研究。

附图说明

图1中华绒螯蟹SNP A3088T位点基因分型情况。

图1A.酶切后电泳图谱及测序结果，其中泳道1为marker；泳道2为GG基因

型（359bp）；泳道3和5为TT基因型（192bp；167bp）；泳道4为TG基因型（359bp；

192bp以及167bp）。图1B.为三种基因型个体MIH基因PCR扩增产物经直接测序所得到的测序图谱。

具体实施方式

实施例1

（1）检测方法：采用常规的酚氯仿法提取不同河蟹个体的基因组DNA，采用以PCR为基础的限制性片段长度多态法（PCR‐RFLP）对不同个体进行基因分型；

PCR反应条件：

PCR产物长度为359bp，PCR扩增引物为：F:CGTTCACCTCGTTTACCCAC（SEQID NO.1）；R:CCCTCAAACAGCTTTAGAGTT（SEQ ID NO.2）。PCR反应体系为20μL，其中包括：10×PCR Buffer2.5μL，Mg²⁺（2.5mmol/L）2.5μL，dNTP（2.5mmol/L）1.7μL，正反向引物各0.75μL（10nmol/L），Taq酶0.2U，DNA模板1μL（50ng/μL），去离子双蒸水补足体积。PCR反应共计30个循环，循环前95℃预变性5min，每个循环包括94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸60s；循环结束后于72℃延伸5min。扩增产物用1％的琼脂糖凝胶进行电泳检测合格后用于酶切。

酶切条件：

采用SspI限制性内切酶对上述PCR产物进行酶切，酶切体系为10μL，其中包括10×NEB缓冲液1μL，PCR产物5μL，SspI0.25μL，去离子双蒸水补足体积。37℃酶切过夜后用3%的琼脂糖凝胶电泳对酶切产物进行分离，确定个体的不同基因型。

基因分型结果如图1所示。

（2）不同基因型个体与性早熟性状的相关性

表1SNP A3088T与河蟹性早熟性状相关性的两阶段相关研究

^a野生纯合子/杂合子/突变纯合子河蟹个体数；

^b最小等位基因频率

结果表明，MIH基因SNP A3088T与河蟹性早熟之间存在着显著的相关性（OR=1.469(95%CI1.169‐1.844)，P=0.001）。因此，可通过检测该SNP位点预测河蟹性早熟的风险。

Claims

1.一种与中华绒螯蟹性早熟性状相关的SNP标记，其特征在于该SNP位于蜕皮抑制激素基因MIH的3’‐UTR区，具体位置为3088bp处，碱基变异信息为SNPA3088T T>G。

2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于蜕皮抑制激素基因MIH3088bp处SNP位点GG基因型河蟹个体表现出性早熟性状的风险性显著高于TT基因型个体。

3.权利要求1或2所述的SNP标记在预测中华绒螯蟹性早熟风险中的应用。

4.一种预测中华绒螯蟹性早熟风险的方法，其特征在于通过检测权利要求1所述的SNP标记，预测中华绒螯蟹性早熟风险。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于通过检测权利要求1所述的SNP标记，该位点GG基因型河蟹个体表现出性早熟性状的风险性较TT基因型个体显著提高，从而预测中华绒螯蟹性早熟风险。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于提取不同河蟹个体的基因组DNA，采用以PCR为基础的限制性片段长度多态法PCR‐RFLP对不同个体进行基因分型，从而预测中华绒螯蟹性早熟风险。

7.根据权利要求5所述的方法，其特征在于所述的PCR‐RFLP中使用的PCR上游引物为SEQ ID NO.1，下游引物为SEQ ID NO.2；使用的限制性内切酶为SspI限制性内切酶。

8.根据权利要求5所述的方法，其特征在于提取不同河蟹个体的基因组DNA，PCR扩增含有所述SNP标记的基因片段，通过直接测序获得所述SNP标记的序列，从而预测中华绒螯蟹性早熟风险。

9.用于鉴定权利要求1所述的SNP标记的PCR引物，其特征在于上游引物为SEQID NO.1，下游引物为SEQ ID NO.2。