CN102925575B - 一种检测TEL-AML1融合基因mRNA表达量的试剂盒 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种检测TEL-AML1融合基因mRNA表达量的试剂盒，属于生物技术领域。所述试剂盒包括检测用引物、荧光探针、cDNA第一链合成试剂、荧光定量PCR混合液、阴性对照和阳性对照，所述检测用引物、荧光探针包括TEL-AML1融合基因引物、内参基因ABL引物及Taqman荧光探针。TEL的螺旋-环-螺旋区域与AML1的DNA结合和激活区域融合，从而抑制AML1的转录活性，使造血干细胞分化能力减低，白血病细胞增殖增加。采用敏感性及特异性均较高的荧光定量PCR检测TEL-AML1 mRNA水平，其检测结果的特异性和敏感度均显著提高。该试剂盒为临床评估儿童急性淋巴细胞性白血病的预后以及复发周期提供了一种全新的快速简便的基因诊断技术。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术领域的荧光定量PCR技术，特别涉及一种检测TEL-AML1融合基因mRNA表达量的试剂盒。
背景技术
TEL-AML1融合基因是儿童白血病常见的融合基因，由其所致的白血病占儿童急性淋巴细胞白血病（Acute lymphoblastic leukemia，ALL）20%～25%，由t(12;21)(p13;q22)形成，即位于12号染色体上的TEL（Translocation Ets Leukemia）螺旋-环-螺旋区域融合到位于21号染色体上AML1（Acute Myeloid Leukemia1）的DNA结合和激活区域而成。其见于12-28％的B系ALL，但仅见于B前体细胞ALL（BCP-ALL），未见于成熟B-ALL及T-ALL。TEL-AML1融合基因在成人中的检出率只有2%～4%，儿童ALL多发生在1～10岁，其中1～5岁患者占76.2%。
TEL基因易位导致其下游的CD-KNIB基因不能编码周期素依赖激酶抑制蛋白P27，细胞从G1期进入S期，增殖能力增加，白血病细胞过度生长。异常的TEL-AML1融合蛋白也可通过Runt同源结构域与野生型AML1竞争DNA结合位点而与核心增强序列结合，活化组蛋白去乙酰化酶，从而使AML1由转录激活因子转化为转录抑制因子，显著负性抑制野生型AML1功能，抑制转录过程，导致AML1调节靶基因（M-CSF受体、IL-3和GM-CSF受体基因等）的表达受阻，影响造血干细胞的自我更新和分化能力。
检测TEL-AML1融合基因的mRNA表达可以检测白血病细胞的微小残留，TEL-AML1融合基因的mRNA表达快速降低至消失提示无残留白血病细胞，而TEL-AML1融合基因的mRNA表达呈现缓慢下降的趋势预示ALL复发。因此，TEL-AML1融合基因表达的检测对预测儿童急性淋巴细胞性白血病的预后以及危险分层具有指导意义。实时荧光定量PCR（Polymerase Chain Reaction，聚合酶链式反应）技术实现了PCR从定性到真正意义的定量的飞跃，为人类疾病基因的定量检测提供了一个行之有效的检测工具，与普通PCR相比具有特异性增强、灵敏度提高和检测快速、降低了污染等特点，但目前尚未有实时荧光定量PCR方法检测急性淋巴细胞白血病中TEL-AML1融合基因的相关报道。
发明内容
为了解决上述技术空缺的问题，本发明实施例提供了一种检测TEL-AML1融合基因mRNA表达量的试剂盒，所述技术方案如下：
本发明实施例提供了一种检测TEL-AML1融合基因mRNA表达量的试剂盒，包括检测用引物、荧光探针、cDNA第一链合成试剂、荧光定量PCR混合液、阴性对照和阳性对照，所述检测用引物、荧光探针包括TEL-AML1融合基因引物、内参基因ABL引物及Taqman荧光探针，所述试剂盒还包括内部阳性控制序列、内部阳性控制序列的引物和内部阳性控制序列的Taqman荧光探针，其中：
TEL-AML1融合基因上游引物序列如序列表中SEQ ID NO:1所示；
TEL-AML1融合基因下游引物序列如序列表中SEQ ID NO:2所示；
TEL-AML1融合基因Taqman荧光探针如序列表中SEQ ID NO:3所示；
ABL基因上游引物序列如序列表中SEQ ID NO:4所示；
ABL基因下游引物序列如序列表中SEQ ID NO:5所示；
ABL基因Taqman荧光探针如序列表中SEQ ID NO:6所示；
内部阳性控制序列如序列表中SEQ ID NO:7所示；
内部阳性控制序列的上游引物如序列表中SEQ ID NO:8所示；
内部阳性控制序列的下游引物如序列表中SEQ ID NO:9所示；
内部阳性控制序列的Taqman荧光探针如序列表中SEQ ID NO:10所示；
所述cDNA第一链合成试剂含有MgC12、逆转录酶缓冲液、dNTPs、RNA酶抑制剂、Oligo(dT)15、AMV逆转录酶和无RNase去离子水；所述荧光定量PCR混合液含有PCR预混合液、Mg2+、dNTPs、dUTP、Taq酶、UNG酶和无RNase去离子水。
进一步地，所述TEL-AML1融合基因的Taqman荧光探针和ABL基因的Taqman荧光探针的5’端连接有荧光报告基团FAM，3’端均连接有荧光淬灭基团TAMRA；所述内部阳性控制序列的Taqman荧光探针的5’端连接有荧光报告基团TET，3’端连接有荧光淬灭基团TAMRA。
具体地，所述内参基因ABL的核酸序列如序列表中SEQ ID NO:11所示。
具体地，所述阴性对照为去离子水；所述阳性对照为含有TEL-AML1融合基因的总RNA样品。
具体地，所述的cDNA第一链合成试剂为：25mmol/L MgC12 4μL，10×逆转录酶缓冲液2μL，10mmol/L dNTP2μL，RNA酶抑制剂0.5μL，Oligo(dT)150.5μg，AMV逆转录酶1.5U和无RNase去离子水，总体积11μL。
具体地，所述荧光定量PCR的混合液（以反应体系终浓度表示）为：1×的PCR预混合液（原液为2×PCR Premix）、2.5-4.0mM的Mg2+、0.2-0.4mM的dNTPs、0.3-0.6mM的dUTP、0.2U/μL的Taq酶和0.01-0.05U/μL的UNG酶以及无RNase去离子水。
本发明实施例提供的技术方案带来的有益效果如下：
（1）敏感性高：可重复敏感度为0.01%，即10000个细胞中有一个含TEL-AML1融合基因就可以被检测出。
（2）特异性强：使用特异性探针对定量分子进行识别，准确性高。同时，靶序列由引物和探针双重控制，特异性好、假阳性低。
（3）简便安全：操作简单、安全、自动化程度高而且防止污染。扩增和检测可以在同一管内检测，不需要开盖，不易被污染；同时扩增和检测一步完成，不需要后期处理，无需要担心放射性污染。
（4）全程监控：本发明实施例提供的试剂盒引入了内部阳性控制质量控制体系，对检测过程进行全程质量监控，有效避免假阳性或者假阴性。
（5）快速：速度快、高通量，可在3-4小时完成。
本发明的试剂盒能快速、准确、定量检测TEL-AML1融合基因mRNA水平，有效杜绝了假阳性和假阴性的发生，用于急性淋巴细胞白血病的诊断及治疗过程中微小残留病的监测，为急性淋巴细胞白血病的诊断、制定治疗方案及疗效评价和预后提供了重要的检测手段。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例中的技术方案，下面将对实施例描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1A是本发明实施例2提供的试剂盒的荧光实时定量PCR反应体系扩增1.0x106-1.0x103拷贝的内部阳性控制序列标准品的荧光曲线图；
图1B是由本发明实施例2提供的试剂盒的荧光实时定量PCR反应体系扩增1.0x106-1.0x103拷贝的内部阳性控制序列标准品的荧光曲线图得到的标准曲线图；
图2A是本发明实施例2提供的试剂盒的荧光实时定量PCR反应体系扩增1.0x106-1.0x103拷贝的ABL标准品的荧光曲线图；
图2B是由本发明实施例2提供的试剂盒的荧光实时定量PCR反应体系扩增1.0x106-1.0x103拷贝的ABL标准品荧光曲线图得到的标准曲线图。
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚，下面结合附图对本发明实施方式作进一步地详细描述。
实施例1.本发明试剂盒的制备
1、特异性的引物和荧光探针的设计
根据基因序列（ABL基因序列、AML1基因序列和TEL基因序列来源于美国国家生物技术信息中心核酸数据库，其中ABL基因ID分别为25，参考序列号为NM_005157.4；AML1基因ID分别为861，参考序列号为NM_001001890.2；TEL基因ID分别为2120，参考序列号为NG_011443.1）分别设计对上述各基因序列特异的引物和荧光探针。
2、按照下列试剂盒的组成配制试剂盒的各组分
本发明试剂盒组成如下：
①RNA提取试剂：Trizol试剂（Invitrogen公司，产品货号：15596-026/100ml），每1ml骨髓组织加入1mlTrizol快速提取儿童急性淋巴细胞性白血病患者骨髓组织RNA。
②cDNA第一链合成试剂盒（RT-PCR）（Fermentas公司，产品货号：K1622）：25mmol/LMgC12 4μL，10×逆转录酶缓冲液2μL，10mmol/L dNTP2μL，RNA酶抑制剂（RNasin，一种酸性糖蛋白）0.5μL，Oligo(dT)150.5μg，AMV逆转录酶1.5U和无RNase去离子水。
③引物、探针和标准品：包括融合基因TEL-AML1引物、内参基因ABL引物、内部阳性控制序列引物及与引物对应的Taqman荧光探针，具体如下：
TEL-AML1融合基因上游引物序列为：5’-CCCATTGGGAGAATAGCAGAAT-3’（序列表中序列1）；
TEL-AML1融合基因下游引物序列为：5’-TGGCATCGTGGACGTCTCTA-3’（序列表中序列2）；
TEL-AML1融合基因Taqman荧光探针：FAM5’-ATACTTGGAATGAATCCTT-3’TAMRA（序列表中序列3）；
内部阳性控制序列为：5’-CCCAUUGGGAGAAUAGCAGAUAGCAUACUUGGUAAGAAUCCUUCAUGAGACGUCCACGAUGCCA-3’（序列表中序列7）；
内部阳性控制序列上游引物序列为：5’-CCCATTGGGAGAATAGCAGATA-3’（序列表中序列8）；
内部阳性控制序列下游引物序列为：5’-TGGCATCGTGGACGTCTCAT-3’（序列表中序列9）；
内部阳性控制序列Taqman荧光探针：TET5’-ATACTTGGTAAGAATCCTT-3’TAMRA（序列表中序列10）；
ABL基因序列为：5’-CAGGGTCTGAGTGAAGCCGCTCGTTGGAACTCCAAGGAAAACCTTCTCGCTGGACCCAGTGAAAATGACCCCAACCTTTTCGTTGCACTGTATGATTTTGTGGCCAGTGGAGATAACACTCTAAGCATAACTAAAGGTGAAAAGCTCCGGGTCTTAGGCTATAATCACAATGGGGAATGGTGTGAAGCCCAAACCAAAAATGGCCAAGGCTGGGTCCCAAGCAACTACATCACGCCAGTCAACAGTCTGGAGAAACACTCCTGGTACCATGGGCCTGTGTCCCGCAATGCCGCTGAGTATCTGCTGAGCAGCGGGATCAATGGCAGCTTCTTGGTGCGTGAGAGTGAGAGCAGTCCTGGC-3’（序列表中序列11）；
ABL基因上游引物序列为：5’-CCGGGTCTTAGGCTATAATCACA-3’（序列表中序列4）；
ABL基因下游引物序列为：5’-GCCTTGGCCATTTTTGGTT-3’（序列表中序列5）；
ABL基因Taqman荧光探针：FAM5’-TGGTGTGAAGCCC-3’TAMRA（序列表中序列6）；
其中，内部阳性控制序列为人工合成序列，包含一部分已知的TEL-AML1融合基因序列和一部分人工合成序列；内部阳性控制序列和ABL基因序列分别用作标准品。
上述引物序列、控制序列、基因序列、基因序列、探针序列均由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。
④阴性对照和阳性对照：以去离子水为阴性对照，以含有TEL-AML1融合基因的总RNA样品为阳性对照，采用上述实施例1中提供的本发明试剂盒组成①RNA提取试剂：Trizol试剂（Invitrogen公司，产品货号：15596-026/100ml），按每1ml骨髓组织加入1ml Trizol试剂的比例，快速提取已经确诊的含有TEL-AML1融合基因的儿童急性淋巴细胞性白血病患者的骨髓组织RNA，作为阳性对照。
⑤TEL-AML1融合基因荧光定量PCR的反应液：由荧光定量PCR混合液和检测TEL-AML1融合基因的引物、探针组成：1×的PCR预混合液（Qiagen公司，产品货号：210212，2×PCR Premix）、2.5-4.0mM的Mg2+、0.2-0.4mM的dNTPs和0.3-0.6mM的dUTP、0.2U/μL的Taq酶和0.01-0.05U/μL的UNG酶、0.25pmol/μL的TEL-AML1融合基因上游引物（序列表中序列1）、0.25pmol/μL的TEL-AML1融合基因下游引物（序列表中序列2）、0.3pmol/μL的TEL-AML1融合基因Taqman荧光探针（序列表中序列3）、0.25pmol/μL的内部阳性控制序列上游引物（序列表中序列8）、0.25pmol/μL的内部阳性控制序列下游引物（序列表中序列9）、0.3pmol/μL的内部阳性控制序列Taqman荧光探针（序列表中序列10）（以上所有的浓度都是指PCR反应体系的终浓度）。通常取1-2μL的模板（包括被测样品RNA反转录合成的cDNA和内部阳性控制序列RNA反转录合成的cDNA），其余为无RNase去离子水，反应总体积通常为20μL。
⑥ABL内参基因荧光定量PCR反应液：由荧光定量PCR混合液和检测ABL内参基因的引物、探针组成：1×的PCR预混合液（Qiagen公司，产品货号：210212，2×PCR Premix）、2.5-4.0mM的Mg2+、0.2-0.4mM的dNTPs、0.3-0.6mM的dUTP、0.2U/μL的Taq酶和0.01-0.05U/μL的UNG酶、0.25pmol/μL的ABL内参基因上游引物（序列表中序列4）、0.25pmol/μL的ABL内参基因下游引物（序列表中序列5）、0.3pmol/μL的ABL基因Taqman荧光探针（序列表中序列6）（以上所有的浓度都是指PCR反应体系的终浓度）。检测时，加入ABL基因标准品模板2μL，其余为无RNase去离子水，反应总体积通常为20μL。
⑦内部阳性控制序列荧光定量PCR反应液：由荧光定量PCR混合液和检测内部阳性控制序列的引物、探针组成：1×的PCR预混合液（Qiagen公司，产品货号：210212，2×PCRPremix）、2.5-4.0mM的Mg2+、0.2-0.4mM的dNTPs和0.3-0.6mM的dUTP、0.2U/μL的Taq酶和0.01-0.05U/μL的UNG酶、0.25pmol/μL的内部阳性控制序列上游引物（序列表中序列8）、0.25pmol/μL的内部阳性控制序列下游引物（序列表中序列9）、0.3pmol/μL的内部阳性控制序列Taqman荧光探针（序列表中序列10）（以上所有的浓度都是指PCR反应体系的终浓度）。检测时，通常取1-2μL的模板（内部阳性控制序列RNA反转录合成的cDNA），其余为无RNase去离子水，反应总体积通常为20μL。
3、PCR扩增程序的设定：在lightcycler仪器上先经过50℃10s，95℃10min，然后再经过95℃15s，60℃1min，共40个循环。
实施例2.用实施例1制备的试剂盒检测TEL-AML1融合基因mRNA的表达量
以检测30例儿童急性淋巴细胞性白血病骨髓组织标本结果为例。
用实施例1提供的本发明的试剂盒检测TEL-AML1融合基因mRNA表达量的检测流程为：首先根据基因序列设计特异性的引物和荧光探针。其次获取临床儿童急性淋巴细胞白血病患者骨髓组织样本，快速提取组织RNA，进行逆转录PCR合成cDNA第一链；先配制ABL内参基因和内部阳性控制序列的荧光定量PCR反应液，将内部阳性控制序列标准品和ABL标准品分别稀释至拷贝数/mL为1.0x103、1.0x104、1.0x105和1.0x106，分别制作内部阳性控制序列标准品标准曲线（如图1A和图1B所示）和ABL标准品标准曲线（如图2A和图2B所示），然后再配制TEL-AML1融合基因荧光定量PCR反应液，进行荧光定量PCR检测样品，在荧光定量PCR仪数据分析系统中读出CT值结果。PCR扩增结束后，首先分析内部阳性控制序列扩增结果，如果其Ct值小于33，提示整个检测过程有效，如果其Ct值大于35，提示检测失败，则需要重新进行检测，如果其Ct值位于33～35之间，需要重复检测。当内部阳性控制序列Ct值小于33时，将实时荧光定量PCR所得数据进行计算，分别计算TEL-AML1融合基因及ABL基因的Ct值，两者之差即为ΔCt值。最后，荧光定量PCR结果采用软件分析，并标化计算样本数据。
具体步骤如下：
①儿童急性淋巴细胞性白血病骨髓组织总RNA的抽提：按RNA抽提纯化的方法抽提儿童急性淋巴细胞性白血病骨髓组织样品的总RNA。提取的RNA经琼脂糖凝胶电泳鉴定其完整性，通过紫外分光光度计测定260nm与280nm光密度值计算RNA的纯度与浓度，用0.1％DEPC处理的水调节抽提的各样品RNA至相同浓度。
②反转录合成cDNA：取2μL上述RNA提取液，在70℃保温10min，随后加入实施例1提供的本发明试剂盒组成②cDNA第一链合成试剂盒，即：25mmol/L MgC12 4μL，10×逆转录酶缓冲液2μL，10mmol/L dNTPs2μL，RNA酶抑制剂0.5μL，Oligo(dT)15 0.5μg和AMV逆转录酶1.5U，补加无RNase去离子水至总体积20μL，于42℃保温15min，进行逆转录反应，合成cDNA第一链。反应结束后，加热至99℃，5min以灭活逆转录酶，加20μL无菌水混匀置冰箱-20℃保存。
取1μL浓度为2μg/ml内部阳性控制序列RNA(序列表中序列7)，在70℃保温10min，随后加入实施例1提供的本发明试剂盒组成②cDNA第一链合成试剂盒，即：25mmol/L MgC124μL，10×逆转录酶缓冲液2μL，10mmol/L dNTPs2μL，RNA酶抑制剂0.5μL，Oligo(dT)15 0.5μg和AMV逆转录酶1.5U，补加无RNase去离子水至总体积20μL，于42℃保温15min，进行逆转录反应，合成cDNA。反应结束后，加热至99℃，5min以灭活逆转录酶，加20μL无菌水混匀置冰箱-20℃保存。
取1μL浓度为2μg/ml的阳性对照RNA，在70℃保温10min，随后加入实施例1提供的本发明试剂盒组成②cDNA第一链合成试剂盒，即：25mmol/L MgC12 4μL，10×逆转录酶缓冲液2μL，10mmol/L dNTPs2μL，RNA酶抑制剂0.5μL，Oligo(dT)15 0.5μg和AMV逆转录酶1.5U，补加无RNase去离子水至总体积20μL，于42℃保温15min，进行逆转录反应，合成cDNA。反应结束后，加热至99℃，5min以灭活逆转录酶，加20μL无菌水混匀置冰箱-20℃保存。
③将内部阳性控制基因序列标准品和ABL标准品分别稀释至拷贝数/mL为1.0x103、1.0x104、1.0x105和1.0x106，用实施例1提供的内部阳性控制序列和ABL内参基因的荧光定量PCR反应液，分别制作内部阳性控制序列标准品标准曲线（如图1A和图1B所示）和ABL标准品标准曲线（如图2A和图2B所示）。
④TEL-AML1融合基因荧光定量PCR扩增：PCR反应体系为20μL：含1×PCR预混合液（Qiagen公司，产品货号：210212，2×PCR Premix）10.0μL，2.5-4.0mM的Mg2+、0.2-0.4mM的dNTPs和0.3-0.6mM的dUTP、0.2U/μL的Taq酶和0.01-0.05U/μL的UNG酶，TEL-AML1融合基因上游引物终浓度0.2mol/L，TEL-AML1融合基因下游引物终浓度0.2μmol/L，TEL-AML1融合基因Taqman荧光探针终浓度0.3μmol/L，被测样品RNA反转录合成的cDNA1.0μL，同时加入内部阳性控制序列的上、下游引物终浓度为均为0.2μmol/L，内部阳性控制序列的Taqman荧光探针终浓度0.3μmol/L，终浓度为0.2μmol/L的内部阳性控制序列RNA反转录合成的cDNA（②中反转录合成的cDNA），加入超纯水至总体积20μL。在lightcycler荧光定量PCR仪上反应：扩增条件为95℃10min预变性，然后95℃15s，60℃1min扩增40个循环，扩增过程中仪器自动收集荧光信号。
⑤ABL内参基因荧光定量PCR扩增：PCR反应体系为20μL：含2×PCR混合液（Qiagen公司，产品货号：210212，2×PCR Premix）10.0μL，2.5-4.0mM的Mg2+、0.2-0.4mM的dNTPs和0.3-0.6mM的dUTP、0.2U/μL的Taq酶和0.01-0.05U/μL的UNG酶，ABL基因上、下游引物终浓度均为0.2μmol/L，ABL基因的Taqman荧光探针终浓度0.2μmol/L，ABL基因cDNA1.0μL，加入无RNase去离子水补至总体积20μL。在lightcycler荧光定量PCR仪上反应：扩增条件为95℃10min预变性，然后95℃15s，60℃1min扩增40个循环，扩增过程中仪器自动收集荧光信号。
⑥阳性对照、阴性对照荧光定量PCR扩增：PCR反应体系为20μL：含2×PCR混合液（Qiagen公司，产品货号：210212，2×PCR Premix）10.0μL，2.5-4.0mM的Mg2+、0.2-0.4mM的dNTPs和0.3-0.6mM的dUTP、0.2U/μL的Taq酶和0.01-0.05U/μL的UNG酶，TEL-AML1融合基因上、下游引物终浓度均为0.2μmol/L，TEL-AML1融合基因Taqman荧光探针终浓度0.3μmol/L，阳性对照RNA反转录合成的cDNA1.0μL或者阴性对照去离子水1.0μL，加入无RNase去离子水补至总体积20μL。在lightcycler荧光定量PCR仪上反应：扩增条件为95℃10min预变性，然后95℃15s，60℃1min扩增40个循环，扩增过程中仪器自动收集荧光信号。
⑦数据收集处理和分析：PCR扩增结束后，首先分析内部阳性控制序列扩增结果，如果其Ct值小于33，提示整个检测过程有效，如果其Ct值大于35，则需要重新进行检测。当内部阳性控制序列Ct值小于33时，将实时荧光定量PCR所得数据进行计算，得出TEL-AML1融合基因相对于ABL内参基因的相对表达量后再进行统计分析，以比值大于或等于0.0001为阳性表达，小于0.0001为阴性表达（具体参见表1）：
表1为荧光定量PCR分析TEL-AML1融合基因在儿童急性淋巴细胞性白血病的表达
| 样品 | TEL-AML1模板 | ABL模板 | TEL-AML1/ABL |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 7789900 | 200876539 | 0.03878 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 76552 | 307786543 | 0.00025 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 27997 | 367754890 | 0.00008 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 76551 | 209989001 | 0.00036 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 65488 | 297790776 | 0.00022 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 976622 | 347755828 | 0.00281 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 861122 | 339075566 | 0.00254 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 27865412 | 239976577 | 0.11612 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 7865555 | 257678865 | 0.03052 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 90886657 | 322071433 | 0.28219 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 576552 | 338076622 | 0.00171 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 75002 | 230876691 | 0.00032 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 26543 | 208765555 | 0.00013 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 25441 | 309766886 | 0.00008 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 876545 | 209876575 | 0.00418 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 4679081 | 179765432 | 0.02603 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 32876 | 320997651 | 0.00010 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 3765871 | 258766965 | 0.01455 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 49076556 | 210865222 | 0.23274 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 9765522 | 330976513 | 0.02951 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 55124 | 198765546 | 0.00028 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 18143 | 198655534 | 0.00009 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 86551 | 310088700 | 0.00028 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 8865122 | 200086555 | 0.04431 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 65433 | 339075442 | 0.00019 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 4997654 | 309970010 | 0.01612 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 4220011 | 220009913 | 0.01918 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 51788880 | 198033312 | 0.26152 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 96543333 | 309654134 | 0.31178 |
| 儿童急性淋巴细胞性白血病 | 898765 | 199993422 | 0.00449 |
上述表中TEL-AML1模板和ABL模板中的数值均表示荧光累计值。
试剂盒检测能力评价：
以定性PCR法作为比较的检测方法，同时对上述30例儿童急性淋巴细胞白血病患者骨髓组织标本进行检测，比较结果显示，采用本发明本试剂盒进行检测其敏感性、特异性及灵敏度较免疫组化法更为精确，完全符合目前临床诊疗实用要求（具体参见表2）：
表2为两种不同方法检测儿童急性淋巴细胞性白血病中TEL-AML1融合基因表达的比较
由上表可知，通过定性PCR法检验荧光定量法，定性PCR法作为参照，荧光定量法和定性PCR法同时检测到18例阳性，而定性PCR法检测到了1例阴性，由此得出，荧光定量法的阳性预测值为94.7%；荧光定量法和定性PCR法同时检测到11例阴性，均未检测检测出阳性，由此得出，荧光定量法的阴性预测值为100%。
其中：
①特异性：91.7%；
②灵敏度：100%；
③阳性预测值：阳性预测值达到94.7%；
④阴性预测值：阴性预测值达到100%；
⑤重复性：多次重复实验结果一致；
⑥耗时：一份临床标本的检测时间约为4h，耗时短，而免疫组化法耗时约72h。
上述实验可以说明，采用敏感性及特异性均较高的荧光定量PCR检测TEL-AML1融合基因mRNA水平，其检测结果的特异性和敏感度均显著提高，采用内部阳性控制序列监控整个检测过程，有效地保证了每次检测的质量。
本发明提供了一种能够监测整个检测过程的急性淋巴细胞白血病融合基因TEL-AML1实时荧光定量PCR检测试剂盒，采用人工设计与合成的内部阳性控制序列，监测急性淋巴细胞白血病TEL-AML1融合基因实时荧光定量PCR检测的整个过程，能有效地解决目前急性淋巴细胞白血病TEL-AML1融合基因实时荧光定量PCR检测过程中的假阳性和假阴性问题，使得检测结果更可靠，该试剂盒为急性淋巴细胞白血病的基因分型及化疗和预后提供了一种全新的快速简便的基因诊断技术。
以上所述仅为本发明的较佳实施例，并不用以限制本发明，凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (6)
1.一种检测TEL-AML1融合基因mRNA表达量的试剂盒，包括检测用引物、荧光探针、cDNA第一链合成试剂、荧光定量PCR混合液、阴性对照和阳性对照，其特征在于，所述检测用引物、荧光探针包括TEL-AML1融合基因引物、内参基因ABL引物及Taqman荧光探针，所述试剂盒还包括内部阳性控制序列、内部阳性控制序列的引物和内部阳性控制序列的Taqman荧光探针，其中：
TEL-AML1融合基因上游引物序列如序列表中SEQ ID NO:1所示；
TEL-AML1融合基因下游引物序列如序列表中SEQ ID NO:2所示；
TEL-AML1融合基因Taqman荧光探针如序列表中SEQ ID NO:3所示；
ABL基因上游引物序列如序列表中SEQ ID NO:4所示；
ABL基因下游引物序列如序列表中SEQ ID NO:5所示；
ABL基因Taqman荧光探针如序列表中SEQ ID NO:6；
内部阳性控制序列如序列表中SEQ ID NO:7所示；
内部阳性控制序列的上游引物如序列表中SEQ ID NO:8所示；
内部阳性控制序列的下游引物如序列表中SEQ ID NO:9所示；
内部阳性控制序列的Taqman荧光探针如序列表中SEQ ID NO:10所示；
所述cDNA第一链合成试剂含有MgC12、逆转录酶缓冲液、dNTPs、RNA酶抑制剂、Oligo(dT)15、AMV逆转录酶和无RNase去离子水；所述荧光定量PCR混合液含有PCR预混合液、Mg2+、dNTPs、dUTP、Taq酶、UNG酶和无RNase去离子水。
2.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述TEL-AML1融合基因的Taqman荧光探针和ABL基因的Taqman荧光探针的5’端连接有荧光报告基团FAM，3’端均连接有荧光淬灭基团TAMRA；所述内部阳性控制序列的Taqman荧光探针的5’端连接有荧光报告基团TET，3’端连接有荧光淬灭基团TAMRA。
3.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述内参基因ABL的核酸序列如序列表中SEQ ID NO:11所示。
4.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述阴性对照为去离子水；所述阳性对照为含有TEL-AML1融合基因的总RNA样品。
5.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述cDNA第一链合成试剂为：25mmol/LMgC12 4μL，10×逆转录酶缓冲液2μL，10mmol/L dNTP2μL，RNA酶抑制剂0.5μL，Oligo(dT)150.5μg，AMV逆转录酶1.5U和无RNase去离子水，总体积11μL。
6.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述荧光定量PCR的混合液为：1×的PCR预混合液、2.5-4.0mM的Mg2+、0.2-0.4mM的dNTPs、0.3-0.6mM的dUTP、0.2U/μL的Taq酶、0.01-0.05U/μL的UNG酶和无RNase去离子水。
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| CN102925575A (zh) | 2013-02-13 |
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