CN102888445A - 一种nat2基因多态性检测特异性引物和液相芯片 - Google Patents
一种nat2基因多态性检测特异性引物和液相芯片 Download PDFInfo
- Publication number
- CN102888445A CN102888445A CN2011102009505A CN201110200950A CN102888445A CN 102888445 A CN102888445 A CN 102888445A CN 2011102009505 A CN2011102009505 A CN 2011102009505A CN 201110200950 A CN201110200950 A CN 201110200950A CN 102888445 A CN102888445 A CN 102888445A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- seq
- sequence
- site
- comprised
- primer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种NAT2基因多态性检测液相芯片和特异性引物，该液相芯片主要包括有：每种由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成的ASPE引物，所述特异性引物序列为：针对G99A位点的SEQ IDNO.15和SEQ ID NO.16；针对C190T位点的SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18；针对T249C位点的SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20；针对C389T位点的SEQ IDNO.21和SEQ ID NO.22；针对G498A位点的SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24；针对A711G位点的SEQ ID NO.25和SEQ ID NO.26；和/或针对G765A位点的SEQID NO.27和SEQ ID NO.28；有anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％，实现多个突变位点的野生型和突变型并行检测。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种NAT2基因多态性检测特异性引物和液相芯片。
背景技术
N2乙酰基转移酶2基因(N2 acetyltransferase 2 gene，NAT2)位于人类第8对染色体短臂2区2带(8p22)，编码区长870bp，主要编码药物II相代谢酶-N2乙酰基转移酶。NAT2基因多态性主要存在7个位点的突变，某些位点突变将直接导致其编码代谢酶活性改变，从而影响其对一些药物代谢以及致癌物质的灭活或活化，因而导致一些药物相关性疾病及癌症的发生。
目前，检测NAT2基因多态性最常用的是聚合酶链反应(polymerase chain reaction，PCR)-限制性片段长度多态法(RFLP)，但其特异性相对直接测序法和实时荧光PCR较低，操作相对也较繁琐；直接测序法特异性、敏感性最高，但检测时宜选用单克隆PCR产物测序，且过程复杂，影响因素多，耗时较长，价格较昂贵，对于筛查或大样本研究经济上难以承受；PCR-单链构象多态法、反向点杂交法也有不少研究运用，但其敏感性、特异性也易受操作条件影响；荧光定量PCR具有操作简便、结果快捷、量化等优点，但是，该技术存在样品易污染，易发生交叉反应，假阳性率高的缺点。此外，以上方法都存在着检测通量的局限性，每次只能检测一种突变类型，不能满足实际应用的需要。本发明目标检测的NAT2基因突变位点，如表所示：
| 序号 | NAT2位点突变的内容 | 简写 |
| 1 | SEQ ID NO.53的第99位核苷酸，发生G→A突变 | G99A |
| 2 | SEQ ID NO.53的第190位核苷酸，发生C→T突变 | C190T |
| 3 | SEQ ID NO.53的第249位核苷酸，发生T→C突变 | T249C |
| 4 | SEQ ID NO.53的第389位核苷酸，发生C→T突变 | C389T |
| 5 | SEQ ID NO.53的第498位核苷酸，发生G→A突变 | G498A |
| 6 | SEQ ID NO.53的第711位核苷酸，发生A→G突变 | A711G |
| 7 | SEQ ID NO.53的第765位核苷酸，发生G→A突变 | G765A |
发明内容
本发明的目的之一是提供NAT2基因多态性检测液相芯片，该液相芯片可用于检测NAT2基因七种常见基因型G99A、C190T、T249C、C389T、G498A、A711G和G765A的野生型和突变型。
实现上述目的的技术方案如下：
一种NAT2基因多态性检测液相芯片，包括有：
(A).针对不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对G99A位点的SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16；针对C190T位点的SEQ ID NO.17和SEQ IDNO.18；针对T249C位点的SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20；针对C389T位点的SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22；针对G498A位点的SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24；针对A711G位点的SEQID NO.25和SEQ ID NO.26；和/或针对G765A位点的SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.28；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.14；
(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.29～SEQ ID NO.42，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；
(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。
优选地，所述扩增引物为：SEQ ID NO.43和SEQ ID NO.44。
优选地，所述ASPE引物为：针对G99A位点的由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.15组成的序列及由SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.16组成的序列；针对C190T位点的由SEQ ID NO.3和SEQ IDNO.17组成的序列及由SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.18组成的序列；针对T249C位点的由SEQ IDNO.5和SEQ ID NO.19组成的序列及由SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.20组成的序列；针对C389T位点的由SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.21组成的序列及由SEQ ID NO.8和SEQ ID NO.22组成的序列；针对G498A位点的由SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.23组成的序列及由SEQ ID NO.10和SEQ ID NO.24组成的序列；针对A711G位点的由SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.25组成的序列及由SEQ ID NO.12和SEQ ID NO.26组成的序列；和/或针对G765A位点的由SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.27组成的序列及由SEQ ID NO.14和SEQ ID NO.28组成的序列。
本发明的另一目的是提供用于NAT2基因多态性检测的特异性引物。
用于NAT2基因多态性检测的特异性引物，所述特异性引物为：针对G99A位点的SEQ IDNO.15和SEQ ID NO.16；针对C190T位点的SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18；针对T249C位点的SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20；针对C389T位点的SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22；针对G498A位点的SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24；针对A711G位点的SEQ ID NO.25和SEQ IDNO.26；和/或针对G765A位点的SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.28。
本发明的主要优点在于：
1.本发明所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％。且检测所需要的时间远远低于常用的测序技术，特别符合实际应用需要。所制备的NAT2基因多态性检测液相芯片具有非常好的信号-噪声比，并且所设计的探针以及anti-tag序列之间基本上不存在交叉反应，tag标签序列、anti-tag标签序列的选取以及tag标签序列与具体ASPE引物的结合，能够避免交叉反应，实现多个SNPs位点的并行检测。
2.本发明通过发明人长期积累的设计经验和大量的实验操作，从众多的特异性引物中选取了最优的组合。本发明设计的ASPE引物特异性引物能够灵敏特异地识别目标检测的突变位点，准确区分各种型别的基因型；在同一个反应体系中，不同的特异性引物之间、特异性引物与非目标检测的PCR扩增产物之间基本上不存在交叉反应，检测特异性好，交叉反应率低于3％；除了能够检测单个位点突变情况，也能够同时并行检测多个突变位点的多态性情况，检测效果一致。
3.本发明的检测方法步骤简单，七种多态性位点位于同一条扩增产物内，通过一步PCR即可完成含有七个SNPs位点的目标序列的扩增，避免了反复多次PCR等复杂操作过程中存在的诸多不确定因素，因而可大大提高检测准确率，体现了精确的同时定性、定量分析特征。
4.本发明不仅克服了传统固相芯片敏感性不高，检测结果的可重复性差的缺陷，同时对现有的液相芯片技术进行改进，使得所制备微球能适用于不同的检测项目，具有很强的拓展性。检测的荧光信号值大大提高，从而使得检测的灵敏度进一步得到提高，信噪比增强，检测结果更加准确可靠。
5.本发明中的NAT2基因多态性检测液相芯片为多个位点多种基因型的并行检测提供了一种不同构思的技术方案，并产生了显著的技术效果。同时，由于高通量高特异性等技术特征，更加符合实际应用的需求。本发明的液相芯片技术将代表着生物靶标检测的技术发展趋势。
具体实施方式
实施例1 NAT2基因多态性检测液相芯片，主要包括有：
一、ASPE引物
针对NAT2基因七种常见基因型G99A、C190T、T249C、C389T、G498A、A711G和G765A的野生型和突变型，分别设计特异性引物序列。ASPE引物由“Tag序列+特异性引物序列”组成。ASPE引物序列如下表所示：
表1 NAT2基因的ASPE引物序列(Tag序列+特异性引物序列)
每条ASPE引物包括两个部分，5’端为针对相应微球上anti-tag序列的特异性tag序列，3’端为突变型或野生型特异的引物片段(如上述表1所示)。所有ASPE引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。合成后的每条引物分别用10mmol/L Tris Buffer配制成100pmol/mL的贮存液。
二、anti-tag序列包被的微球
根据所设计的ASPE特异性引物片段，选择tag序列，最大限度地减少各微球的anti-tag序列之间以及tag与ASPE特异性引物片段可能形成的二级结构，选择的14种微球编号与微球上相应的anti-tag序列如表2所示：
表2 微球编号与微球上相应的anti-tag序列
选择的14种微球购自美国Luminex公司，将anti-tag序列包被于微球上。anti-tag序列与微球之间连接有5-10个T的间隔臂序列，即在每个anti-tag序列前加上一段5-10个T的间隔臂序列，anti-tag序列由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。将合成的anti-tag序列用灭菌ddH2O配成100nmol/ml的贮存液。所述间隔臂为用于将anti-tag与微球表面间隔开来或是将anti-tag置于亲水性环境中的序列。通过在anti-tag序列与微球之间设置适当长度的间隔臂序列，可减少空间位阻，提高杂交反应的效率以及杂交反应的特异性。常见的间隔臂序列包括多聚dT，即poly(dT)，寡聚四聚乙二醇以及(CH2)n间隔臂(n≥3)，如(CH2)12、(CH2)18等。另外，如果存在poly(dA)干扰，还可以用poly(TTG)作为间隔臂。本发明间隔臂优选为5-10个T，微球包被的过程如下：
分别取5×106个上述编号的羧基化的微球(购自Luminex公司)悬浮于50ul 0.1mol/L的MES溶液中(pH4.5)，加入10ul合成的anti-tag分子(100nmol/ml)。配制10ng/ml的EDC(N-(3-Dimethylaminopropyl-N-ethylcarbodiimide)(购自Pierce Chemical公司)工作液。往微球悬液中加入2.5ul的EDC工作液，恒温孵育30分钟，再加入2.5ul的EDC工作液，再恒温孵育30分钟。反应结束后，用0.02％的Tween-20洗涤一次，再用0.1％的SDS液洗涤一次。将洗涤后的包被有anti-tag序列的微球重悬于100ul的Tris-EDTA溶液[10mmol/L Tris(pH8.0)]，1mmol/LEDTA中，2-8℃避光保存。
三、扩增出含有突变位点的目标序列的引物
针对NAT2基因七种常见基因型G99A、C190T、T249C、C389T、G498A、A711G和G765A，设计1对扩增引物(见表3)，扩增出1条含有7个多态性位点的目标序列。
表3扩增出具有多态性位点的目标序列的引物
| SEQ NO. | 类型 | 扩增引物(5′-3′) |
| 43 | Forward | GATCCGGGCTGTTCCCTTTG |
| 44 | Reverse | CAAAATAACGTGAGGGTAGAGAGGA |
所有引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。合成后的每条引物分别用10mmol/L Tris Buffer配制成100pmol/mL的贮存液。
实施例2 运用实施例1所述的NAT2基因多态性检测液相芯片对样本的检测
所述各种溶液的配方如下：
50mM的MES缓冲液(pH5.0)配方(250ml)：
2×Tm杂交缓冲液
| 试剂 | 来源 | 终浓度 | 每250ml的用量 |
| 1MTris-HCl，pH8.0 | Sigma T3038 | 0.2M | 50ml |
| 5MNaCl | Sigma S5150 | 0.4M | 20ml |
| Triton X-100 | Sigma T8787 | 0.16％ | 0.4ml |
过滤后贮存于4℃。
ExoSAP-IT试剂盒购自美国USB公司。
生物素标记的dCTP购自上海生工生物工程技术服务有限公司。
一、样本的DNA提取：
参照《分子克隆》关于DNA提取的相关方法，得到待检测的DNA。
二、待测样品的PCR扩增
设计1对引物，PCR一步扩增出含有NAT2基因七种常见基因型G99A、C190T、T249C、C389T、G498A、A711G和G765A的目标序列。产物大小为879bp，引物序列(SEQ IDNO.43-44)见上述表3所示。
首先配制多重PCR引物工作液：分别各取SEQ ID NO.43-44的引物贮存液100ul于1.5ml微量离心管中，混合均匀即为多重PCR引物工作液。多重PCR反应体系如下：
PCR扩增程序为：95℃3min；94℃30s，56℃30s，72℃40s，30个循环；72℃10min；4℃保存备用。
三、PCR产物的酶切处理
1.取7.5ul PCR反应后的产物，加入1ul 10×SAP缓冲液、1ul SAP酶和0.5ul Exo-I酶；
2.37℃孵育15min，80℃孵育15min，灭活多余的酶。酶切处理后的产物直接用于后续的ASPE引物延伸反应。
四、位点特异的引物延伸反应(ASPE)
利用上述设计的ASPE引物进行引物延伸反应，在反应过程中掺入生物素标记的dCTP，从而使反应后的产物带上多个的生物素标记。
首先配制混合的ASPE引物工作液：分别取待检测基因相应的野生型和突变型ASPE引物贮存液10ul于1.5ml微量离心管中，加入10mmol/L Tris Buffer补至200ul，混合均匀即为ASPE混合引物工作液。ASPE反应的体系如下：
反应程序为：96℃2min；94℃30s，54℃1min，72℃2min，30个循环；4℃保存备用。
五、杂交反应
1.根据设计的ASPE引物，每组选择相应的14种微球(如实施例1所述)每种微球浓度均为2.5×105个/ml；
2.分别取1ul每种编号的微球于1.5ml的微量离心管中；
3.微球于≥10000g离心1-2min；
4.弃去上清，微球重悬于100ul的2×Tm杂交缓冲液中，涡旋混匀；
5.取25ul上述微球悬液于96孔滤板相应的孔中，对照孔加25ul的ddH2O；
6.取5-25ul的ASPE反应液于相应的孔中，用ddH2O补足至50ul；
7.用锡箔纸包住96孔板以避光，95℃60s，37℃15min孵育杂交；
8.杂交后的微球于≥3000g离心2-5min；
9.去上清，将微球重悬于75ul的1×Tm杂交缓冲液中；
10.微球于≥3000g离心2-5min；
11.将微球重悬于75ul的1×Tm杂交缓冲液中，加入15ul浓度为10ug/ml的链霉亲和素-藻红蛋白(SA-PE)；
12.37℃孵育15min，于Luminex仪器上检测。
六、结果检测与数据分析
反应后产物通过Luminex系列分析仪器检测。检测结果如表4、表5和表6所示。
对荧光值(MFI)和数据处理有以下要求：
1.每个位点需至少有一个等位基因MFI大于300而且大于10×PCR阴性对照MFI；
2.NET MFI＝样品MFI-PCR阴性对照MFI(NET MFI小于0的以0表示)；
3.满足以上两个条件的数据，按下列公式计算突变比值：
突变比值＝突变型NET MFI÷(突变型NETMFI+野生型NET MFI)
4.根据经验对每个检测位点的突变比值确定阈值(cut-off值)，以划分野生型纯合子、杂合子和突变型纯合子。
使用本方法检测20份样本的NAT2基因多态性位点，实验数据符合上述要求，因此可计算得它们的突变比值。阈值(cut-off值)的设置如下：突变比值范围在0％-20％视为野生型纯合子；30％-70％视为杂合子；80％-100％视为变异型纯合子。以测序法检测与液相芯片结果作对照，计算本发明所提供的分型方法检测结果的吻合率。本方法检测20份样本的NAT2基因型检测结果与测序结果吻合率达到100％。可见本发明所提供的NAT2基因多态性检测液相芯片能够准确地检测出NAT2基因多态性位点类型，且结果稳定可靠。
表4 样本检测结果(MFI)之一
表5 样本检测结果(MFI)
表6 样本NAT2基因突变比值(％)
表7 样本NAT2基因突变类型分析结果
| 样本号 | 液相芯片检测结果 | 测序结果 |
| 1 | 野生型 | 野生型 |
| 2 | 野生型 | 野生型 |
| 3 | 野生型 | 野生型 |
| 4 | 野生型 | 野生型 |
| 5 | 99AA | 99AA |
| 6 | 野生型 | 野生型 |
| 7 | 野生型 | 野生型 |
| 8 | 711GG | 711GG |
| 9 | 野生型 | 野生型 |
| 10 | 野生型 | 野生型 |
| 11 | 野生型 | 野生型 |
| 12 | 野生型 | 野生型 |
| 13 | 野生型 | 野生型 |
| 14 | 249CC | 249CC |
| 15 | 野生型 | 野生型 |
| 16 | 野生型 | 野生型 |
| 17 | 野生型 | 野生型 |
| 18 | 野生型 | 野生型 |
| 19 | 野生型 | 野生型 |
| 20 | 野生型 | 野生型 |
实施例3 不同的ASPE引物的液相芯片对NAT2基因多态性位点的检测
一、液相芯片制备的设计(Tag序列及Anti-Tag序列的选择)
以NAT2基因C190T和C389T位点突变检测液相芯片为例，分别针对C190T和C389T的野生型和突变型设计ASPE引物3’端的特异性引物序列，而ASPE引物5’端的Tag序列则选自SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.14，相应的，包被于微球上的与对应tag序列互补配对的anti-tag序列选自SEQ ID NO.29-SEQ ID NO.42。具体设计如下表(表8)所示。ASPE引物的合成、anti-tag序列包被微球、扩增引物、检测方法等如实施例1和实施例2所述。
表8液相芯片制备的设计
二、样品检测
采用上述设计制备的液相芯片，按实施例2所述检测过程和方法对样品21-40进行检测，检测结果如下：
表9 样本检测结果与基因多态性分析
表10 样本检测结果与基因多态性分析
其它针对不同的突变位点的液相芯片，ASPE引物运用不同的tag序列，其结果依然稳定可靠，具体数据省略。而ASPE引物选用实施例1中tag序列与特异性引物序列搭配时，效果更佳(信噪比更好)，参见本实施例试验组2和试验组5。其它不同tag序列与特异性引物序列搭配，与实施例2和本实施例的结果相同，具体数据省略。
实施例4 NAT2基因多态性检测特异性引物序列的选择
一、液相芯片制备的设计(野生型和突变型特异性引物序列的选择)
以NAT2基因T249C和A711G位点突变检测液相芯片为例，以突变位点所在目标序列的正向或反向互补序列为模板，分别针对T249C和A711G的野生型和突变型设计ASPE引物3’端的特异性引物序列，包括本发明实施例1中优选的特异性引物序列和2条备选的特异性引物序列，如表11所示。其中，
内碱基为多态性位点。
表11特异性引物序列
分别以NAT2基因T249C和A711G位点突变检测液相芯片为例，针对T249C和A711G选用不同的特异性引物序列，而ASPE引物5’端的tag序列则固定为实施例1中的对应的最佳效果的序列，并选用与之相对应的anti-tag序列，具体设计如下表(表12)所示。ASPE引物的合成、anti-tag序列包被微球、扩增引物、检测方法等如实施例1和实施例2所述。
表12 液相芯片制备的设计之二
二、样品检测
采用上述设计制备的液相芯片，按实施例2所述检测过程和方法对样品41-60进行检测，检测结果如下：
表13 样本检测结果与基因多态性分析
表14 样本检测结果与基因多态性分析
从本实施例可以看出，ASPE引物选用实施例1中特异性引物序列与tag序列搭配时，效果更佳(信噪比更好)，参见本实施例试验组7和试验组10。其它来源于目标检测位点所在序列的正向或反向互补序列的不同特异性引物序列与tag序列搭配，依然是实施例1中特异性引物序列与tag序列搭配效果更佳。其它针对不同的突变位点的特异性引物序列与tag序列搭配，与实施例2和本实施例的结果相同，即实施例1所选择的特异性引物，具有更好的信噪比，检测效果也更好，具体数据省略。
以上是针对本发明的可行实施例的具体说明，但该实施例并非用以限制本发明的专利范围，凡未脱离本发明技艺精神所为的等效实施或变更，均应包含于本发明的专利范围中。
Claims (6)
1.一种NAT2基因多态性检测液相芯片，其特征是，包括有：
(A).针对不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对G99A位点的SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16；针对C190T位点的SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18；针对T249C位点的SEQ IDNO.19和SEQ ID NO.20；针对C389T位点的SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22；针对G498A位点的SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24；针对A711G位点的SEQ IDNO.25和SEQ ID NO.26；和/或针对G765A位点的SEQ ID NO.27和SEQ IDNO.28；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.14；
(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.29～SEQID NO.42，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；
(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。
2.根据权利要求1所述的NAT2基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物为SEQ ID NO.43和SEQ ID NO.44。
3.根据权利要求1所述的NAT2基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述ASPE引物为：针对G99A位点的由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.15组成的序列及由SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.16组成的序列；针对C190T位点的由SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.17组成的序列及由SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.18组成的序列；针对T249C位点的由SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.19组成的序列及由SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.20组成的序列；针对C389T位点的由SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.21组成的序列及由SEQ ID NO.8和SEQ ID NO.22组成的序列；针对G498A位点的由SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.23组成的序列及由SEQ ID NO.10和SEQ ID NO.24组成的序列；针对A711G位点的由SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.25组成的序列及由SEQ ID NO.12和SEQ ID NO.26组成的序列；和/或针对G765A位点的由SEQ IDNO.13和SEQ ID NO.27组成的序列及由SEQ ID NO.14和SEQ ID NO.28组成的序列。
4.根据权利要求1所述的NAT2基因多态性检测液相芯片，其特征是，
(A).所述ASPE引物为：针对G99A位点的由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.15组成的序列及由SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.16组成的序列；针对C190T位点的由SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.17组成的序列及由SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.18组成的序列；针对T249C位点的由SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.19组成的序列及由SEQID NO.6和SEQ ID NO.20组成的序列；针对C389T位点的由SEQ ID NO.7和SEQID NO.21组成的序列及由SEQ ID NO.8和SEQ ID NO.22组成的序列；针对G498A位点的由SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.23组成的序列及由SEQ ID NO.10和SEQ ID NO.24组成的序列；针对A711G位点的由SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.25组成的序列及由SEQ ID NO.12和SEQ ID NO.26组成的序列；和针对G765A位点的由SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.27组成的序列及由SEQ ID NO.14和SEQ IDNO.28组成的序列；
(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.29～SEQID NO.42，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；
(C).所述扩增引物为SEQ ID NO.43和SEQ ID NO.44。
5.根据权利要求1-4任一项所述的NAT2基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述间隔臂为5-10个T。
6.一种用于NAT2基因多态性检测的特异性引物，其特征是，所述特异性引物序列为：针对G99A位点的SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16；针对C190T位点的SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18；针对T249C位点的SEQ ID NO.19和SEQ IDNO.20；针对C389T位点的SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22；针对G498A位点的SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24；针对A711G位点的SEQ ID NO.25和SEQ IDNO.26；和/或针对G765A位点的SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.28。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201110200950.5A CN102888445B (zh) | 2011-07-18 | 2011-07-18 | 一种nat2基因多态性检测特异性引物和液相芯片 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201110200950.5A CN102888445B (zh) | 2011-07-18 | 2011-07-18 | 一种nat2基因多态性检测特异性引物和液相芯片 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN102888445A true CN102888445A (zh) | 2013-01-23 |
| CN102888445B CN102888445B (zh) | 2015-11-18 |
Family
ID=47532127
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201110200950.5A Active CN102888445B (zh) | 2011-07-18 | 2011-07-18 | 一种nat2基因多态性检测特异性引物和液相芯片 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN102888445B (zh) |
Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN101180408A (zh) * | 2005-05-19 | 2008-05-14 | 西尼尔根茨生物科学有限公司 | 用遗传多态性分析评估发生肺癌的风险的方法 |
| CN101250593A (zh) * | 2008-02-03 | 2008-08-27 | 广州益善生物技术有限公司 | 乳头瘤病毒检测与分型方法及其液相芯片 |
| CN101333558A (zh) * | 2007-06-29 | 2008-12-31 | 上海裕隆生物科技有限公司 | 5氟尿嘧啶药物敏感基因芯片检测试剂盒 |
| CN101633963A (zh) * | 2009-08-11 | 2010-01-27 | 广州益善生物技术有限公司 | 乙型肝炎病毒ymdd基序突变检测特异性引物、液相芯片及方法 |
| CN101812511A (zh) * | 2009-12-29 | 2010-08-25 | 广州益善生物技术有限公司 | 一种cyp3a4基因snp检测特异性引物、液相芯片及方法 |
-
2011
- 2011-07-18 CN CN201110200950.5A patent/CN102888445B/zh active Active
Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN101180408A (zh) * | 2005-05-19 | 2008-05-14 | 西尼尔根茨生物科学有限公司 | 用遗传多态性分析评估发生肺癌的风险的方法 |
| CN101333558A (zh) * | 2007-06-29 | 2008-12-31 | 上海裕隆生物科技有限公司 | 5氟尿嘧啶药物敏感基因芯片检测试剂盒 |
| CN101250593A (zh) * | 2008-02-03 | 2008-08-27 | 广州益善生物技术有限公司 | 乳头瘤病毒检测与分型方法及其液相芯片 |
| CN101633963A (zh) * | 2009-08-11 | 2010-01-27 | 广州益善生物技术有限公司 | 乙型肝炎病毒ymdd基序突变检测特异性引物、液相芯片及方法 |
| CN101812511A (zh) * | 2009-12-29 | 2010-08-25 | 广州益善生物技术有限公司 | 一种cyp3a4基因snp检测特异性引物、液相芯片及方法 |
Non-Patent Citations (3)
| Title |
|---|
| JOE XI HUANG, ET AL: "High-Throughput Genomic and Proteomic Analysis Using Microarray Technology", 《CLINICAL CHEMISTRY》, vol. 47, no. 10, 31 December 2001 (2001-12-31), pages 1912 - 1916, XP002284875 * |
| WEI-CHAO GUO,ET AL: "N-Acetyltransferase 2 gene polymorphism in a group of senile dementia patients in Shanghai suburb", 《ACTA PHARMACOL SIN》, vol. 25, no. 9, 30 September 2004 (2004-09-30), pages 1112 - 1117 * |
| 聂萌: "通用芯片技术检测和鉴定食源致病菌方法的研究", 《中国优秀硕士学位论文全文数据库》, 15 September 2006 (2006-09-15), pages 055 - 8 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN102888445B (zh) | 2015-11-18 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN102134605B (zh) | 一种cyp2c19基因snp检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102912002B (zh) | 一种abcc2基因多态性检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102191337B (zh) | 一种cdkal1基因多态性检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102994621A (zh) | 一种ptpn11基因突变检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102181573B (zh) | 一种kitlg基因检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN103374607B (zh) | Abcc1基因突变检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102304567B (zh) | 一种染色体8q24区段多态性检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102952866B (zh) | 一种dpyd基因多态性检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN103451272A (zh) | Bat3基因突变检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102912005B (zh) | 一种cyp2c8基因多态性检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102191336B (zh) | 一种myc基因snp检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102888445B (zh) | 一种nat2基因多态性检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102888444B (zh) | 一种Factor II和Factor V基因多态性检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102952867B (zh) | 一种slc22a6基因多态性检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102952870B (zh) | 一种slc22a2基因多态性检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102952874B (zh) | 一种slc22a1基因多态性检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102191335B (zh) | 一种pigu基因snp检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102304564B (zh) | 一种染色体15q25区段SNP检测的特异性引物和液相芯片 | |
| CN102952872B (zh) | 一种slco1b3基因多态性检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN103374608B (zh) | Mtrr基因突变检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102952868B (zh) | 一种slc15a2基因多态性检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102304566B (zh) | 一种hhip基因多态性检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102226219B (zh) | 一种染色体6q23区段多态性检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102010908B (zh) | rpsL和rrs基因SNP检测特异性引物和液相芯片 | |
| CN102304568B (zh) | 一种fgfr2基因多态性检测特异性引物和液相芯片 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| C06 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| C53 | Correction of patent of invention or patent application | ||
| CB02 | Change of applicant information |
Address after: Five 510663 Guangdong city of Guangzhou province Guangzhou Science City Moon Road No. 80, Guangzhou technology innovation base B, C Applicant after: Surexam Biological Technology Co., Ltd. Address before: Five 510663 Guangdong city of Guangzhou province Guangzhou Science City Moon Road No. 80, Guangzhou technology innovation base B, C Applicant before: Guangzhou Yishan Biotechnology Co., Ltd. |
|
| COR | Change of bibliographic data |
Free format text: CORRECT: APPLICANT; FROM: GUANGZHOU YISHAN BIOTECHNOLOGY CO., LTD. TO: SUREXAM BIOTECHNOLOGY CO., LTD. |
|
| C14 | Grant of patent or utility model | ||
| GR01 | Patent grant |