CN102792161A - 肾损伤和肾衰竭的诊断及预后的方法及组合物 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及对罹患或疑患有肾损伤的受试者进行监测、诊断、预后和确定治疗方案的方法和组合物。具体地说,本发明涉及采用检测一种或多种生物标记物的测定,所述一种或多种生物标记物选自在肾损伤中作为诊断和预后生物标记物测定的肿瘤坏死因子受体超家族成员10B、钙粘着蛋白-16、胱天蛋白酶-9、细胞死亡的Bcl2拮抗剂、胱天蛋白酶-1、钙粘着蛋白-1、聚[ADP-核糖]聚合酶1、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1、钙粘着蛋白-5、肌红蛋白、载脂蛋白A-II、粘蛋白-16、癌胚抗原相关的细胞粘附分子5和细胞肿瘤抗原p53。

Description

肾损伤和肾衰竭的诊断及预后的方法及组合物
技术领域
本发明要求于2009年8月28日提交的美国临时专利申请61/238,115、2009年8月28日提交的61/238,118、2009年8月28日提交的61/238,120、2009年8月28日提交的61/238,121、2009年8月28日提交的61/238,123、2009年8月28日提交的61/238,125、2009年8月28日提交的61/238,127、2009年8月28日提交的61/238,129、2009年8月28日提交的61/238,134、2009年9月18日提交的61/243,991、2009年9月18日提交的61/243,997、2009年9月18日提交的61/244,002、2009年9月18日提交的61/243,993和2009年8月28日提交的61/238,128的优先权,上述每个申请据此全文并入,包括所有表格、附图及权利要求。
背景技术
本发明的技术背景的以下论述仅用于帮助读者理解本发明且并非认同描述或构成本发明的现有技术。
肾脏负责从体内排泄水和溶解物。它的功能包括维持酸碱平衡、调节电解质浓度、控制血容量和调节血压。因此,肾脏功能因损伤和/或疾病的丧失导致大量的发病及死亡率。肾损伤的详细论述提供在Harrison’s Principles of Internal Medicine,第17版,McGraw Hill,NewYork,第1741-1830页中,该文献全文以引用的方式并入。肾病和/或肾损伤可为急性的或慢性的。急性和慢性肾病描述如下(来自Current Medical Diagnosis & Treatment 2008,第47版,McGraw Hill,New York,第785-815页,该文献全文以引用的方式并入):“急性肾衰竭是肾功能在几小时至几天内恶化,导致含氮废物(如尿素氮)和肌酐滞留在血液中。这些物质的滞留被称为氮质血症。慢性肾衰竭(慢性肾病)因肾功能在几个月至几年内的异常丧失引起。
急性肾衰竭(ARF,也称为急性肾损伤,或AKI)是肾小球过滤急剧(一般在约48小时至1周内检测出)降低。该过滤能力的丧失导致由肾脏正常排泄的含氮(尿素和肌酐)和不含氮废物的滞留、尿量减少,或两者兼而有之。据报道,ARF的恶化导致约5%需入院治疗,4-15%需进行心肺旁路手术,多达30%需进行重症监护治疗。ARF按起因可分为肾前性、肾性或肾后性ARF。肾性疾病可进一步分为肾小球、肾小管、间质和血管异常。ARF的主要原因描述于下表,该表改自Merck Manual,第17版,第222章,其全文以引用的方式并入。
Figure BDA00001516451300041
在缺血性ARF的情况下,病程可分成四个阶段。在持续几小时至几天的起始阶段期间,肾脏灌注降低正发展为损伤。肾小球超滤减少,滤液流量因肾小管内的碎片而减少,并且滤液通过受损的上皮发生回漏。此阶段期间,肾损伤可通过肾脏再灌注而得到介导。起始阶段之后是扩展阶段,该阶段的特征是持续的缺血性损伤和炎症,并且可能涉及内皮损伤和血管充血。在持续1至2周的维持阶段期间,肾细胞出现损伤,并且肾小球过滤和尿排出量达到最小。随后可以是恢复阶段,其中肾上皮细胞得以被修复,GFR逐渐复原。尽管如此,但患有ARF的受试者的存活率可能还是低至约60%。
因放射性造影剂(也称为造影介质)及其它肾脏毒素(如环孢霉素)、抗生素(包括氨基糖苷类)和抗癌药(如顺铂)引起的急性肾损伤在几天至大概一周的时间段内显现出来。造影诱发的肾病(CIN,其是由放射性造影剂引起的AKI)被认为是由肾内血管收缩(导致缺血性损伤)且因产生对肾小管上皮细胞具有直接毒性的活性氧物种而引起的。CIN传统上表现为血尿素氮和血清肌酐的急性(24-48h内发作)但可逆(峰值3-5天,1周内消除)的升高。
通常报导的用于确定和检测AKI的标准是血清肌酐的急剧(一般在约2-7天内或在住院期间内)升高。虽然使用血清肌酐的升高来确定和检测AKI已得到良好的确定,但血清肌酐升高的幅度和确定AKI的测量时间在出版物之间却有很大的差异。传统上,相对大的血清肌酐增长(如100%、200%、至少100%的增长到2mg/dL以上的值及其它定义)用于确定AKI。然而,目前的趋势是使用较小的血清肌酐升高来确定AKI。血清肌酐升高、AKI与相关的健康危险之间的关系的综述见于Praught和Shlipak,Curr Opin Nephrol Hypertens 14:265-270,2005和Chertow等,JAm Soc Nephrol 16:3365-3370,2005中,上述文献与其中所列的参考文献全文以引用的方式并入。如这些出版物中所述,现在已知急性恶化的肾功能(AKI)和增加的死亡危险及其它不利的结果与血清肌酐的极小增长有关。这些增长可确定为相对(百分比)值或标称值(nominal value)。已报道,血清肌酐较损伤前的数值相对增长低至20%就表明了急性恶化的肾功能(AKI)和增大的健康危险,但更常见报道的确定AKI和增大的健康危险的值是至少25%的相对增长。已报道,低至0.3mg/dL、0.2mg/dL或甚至0.1mg/dL的标称增长表明有恶化的肾功能和增大的死亡危险。已经用血清肌酐升至这些阈值的不同时间段来确定AKI,例如2天、3天、7天或定义为患者住院或入住重症监护病房时间的变化时间段。这些研究表明,对于恶化的肾功能或AKI,没有特定的血清肌酐升高阈值(或升高所用的时间段),而是危险性随血清肌酐升高幅度的增加而连续增大。
一项研究(Lassnigg等,J Am Soc Nephrol 15:1597-1605,2004,其全文以引用的方式并入)对血清肌酐的增加和减少进行了研究。心脏手术后具有-0.1至-0.3mg/dL的血清肌酐轻微下降的患者死亡率最低。血清肌酐下降较大(超过或等于-0.4mg/dL)或血清肌酐有任何增长的患者死亡率较高。这些研究结果使作者得出结论,即使肾功能的非常微小的变化(如手术48小时内通过小的肌酐变化所检测到的)也严重影响患者的结果。为了对用于在临床试验和临床实践中利用血清肌酐来确定AKI的统一分类系统达成共识,Bellomo等(Crit Care.8(4):R204-12,2004,全文以引用的方式并入)提出了用于将AKI患者分级的以下分类:
“危险”:血清肌酐较基线增长1.5倍,或6小时尿量<0.5ml/kg体重/hr;
“损伤”:血清肌酐较基线增长2.0倍,或12小时尿量<0.5ml/kg/hr;
“衰竭”:血清肌酐较基线增长3.0倍,或肌酐>355μmol/l(升高>44),或24小时排尿量低于0.3ml/kg/hr,或至少12小时无尿;
并包括两个临床结果:
“丧失”:对肾替代疗法的持续需求超过四周。
“ESRD”:晚期肾病—对透析的需求超过3个月。
将这些标准称作RIFLE标准,这些标准提供了适用于对肾状态进行分类的临床工具。如Kellum,Crit.Care Med.36:S141-45,2008和Ricci等,Kidney Int.73,538-546,2008中所述(上述每个文献全文以引用的方式并入),RIFLE标准提供了已在许多研究中得到确认的AKI的统一定义。
最近,Mehta等,Crit.Care 11:R31(doi:10.1186.cc5713),2007(此文献全文以引用的方式并入)提出了用于将AKI患者分级的以下类似分类,其修改自RIFLE:
“阶段I”:血清肌酐增长超过或等于0.3mg/dL(≥26.4μmol/L),或增至超过或等于基线的150%(1.5倍),或超过6小时的排尿量少于0.5mL/kg每小时;
“阶段II”:血清肌酐增至超过基线的200%(>2倍),或超过12小时的排尿量少于0.5mL/kg每小时;
“阶段III”:血清肌酐增至超过基线的300%(>3倍),或血清肌酐≥354μmol/L,伴有至少44μmol/L的急性增长,或24小时的排尿量少于0.3mL/kg每小时,或12小时无尿。
CIN协调工作组(McCollough等,Rev Cardiovasc Med.2006;7(4):177-197,该文献全文以引用的方式并入)用25%的血清肌酐升高来确定造影剂诱发的肾病(一种类型的AKI)。虽然各组提出的用血清肌酐检测AKI的标准略有不同,但达成共识的是,血清肌酐的小的变化(如0.3mg/dL或25%)足以检测AKI(恶化的肾功能),并且血清肌酐变化幅度是AKI严重程度和死亡危险性的指标。
虽然在若干天内连续测量血清肌酐被接受为检测和诊断AKI的方法,并且被认为是用于评价AKI患者的最重要的工具之一,但一般认为血清肌酐在诊断、评估和监测AKI患者时有一些局限性。根据所用定义的情况,血清肌酐升至被视为AKI诊断值(例如,0.3mg/dL或25%的升高)的时间段可为48小时或更长。由于AKI中的细胞损伤可在数小时内发生,则在48小时或更长时间点所检测到的血清肌酐升高可能是损伤的晚期指标,因此依赖血清肌酐可能延误AKI的诊断。此外,当肾功能快速变化时,血清肌酐并非是准确的肾脏状态及AKI最严重阶段期间的治疗需求的良好指标。一些AKI患者会完全恢复,一些将需要透析(短期或长期),而一些则会有其它不利的结果,包括死亡、严重的不良心脏事件和慢性肾病。因为血清肌酐是过滤速度的指标,所以它并不区分AKI的起因(肾前性、肾性、肾后性梗阻、粥样栓塞性等)或肾性疾病中损伤的类别或位置(例如,起源于肾小管、肾小球或间质)。排尿量受到类似的限制,了解这些对管理和治疗AKI患者而言是至关重要的。
这些限制强调了需要更好的方法来检测和评估AKI,特别是在早期和亚临床阶段,但在后期可能出现肾脏的痊愈和恢复阶段也包括在内。此外,需要更好地识别危险的AKI患者。
发明内容
本发明的目的是提供评价受试者的肾功能的方法和组合物。如本文中所述,对选自以下的一种或多种生物标记物的测量可用于对罹患肾功能损伤、肾功能衰弱和/或急性肾衰竭(也称急性肾损伤)或有罹患上述疾病危险的受试者进行诊断、预后、危险分级、分期、监测、分类以及确定进一步诊断和治疗方案:肿瘤坏死因子受体超家族成员10B、钙粘着蛋白-16、胱天蛋白酶-9、细胞死亡的Bcl2拮抗剂、胱天蛋白酶-1、钙粘着蛋白-1、聚[ADP-核糖]聚合酶1、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1、钙粘着蛋白-5、肌红蛋白、载脂蛋白A-II、粘蛋白-16、癌胚抗原相关的细胞粘附分子5和细胞肿瘤抗原p53(本文中称为“肾损伤标记物”)。
本发明的肾损伤标记物可单独使用,或以包含多种肾损伤标记物的组合形式使用,用于危险分级(即,识别日后有罹患肾功能损伤危险、日后发展为肾功能衰弱、日后发展为ARF、日后肾功能改善等的受试者);用于诊断现有的疾病(即,识别罹患肾功能损伤、已发展为肾功能衰弱、已发展为ARF等的受试者);用于监测肾功能的恶化或改善;以及用于预测日后的医疗结果,如肾功能的改善或恶化、死亡危险的降低或提高、受试者需进行肾替代疗法(即,血液透析、腹膜透析、血液过滤和/或肾移植)的危险性的降低或提高、受试者肾功能损伤痊愈的危险性的降低或提高、受试者ARF痊愈的危险性的降低或提高、受试者发展为晚期肾病的危险性的降低或提高、受试者发展为慢性肾衰竭的危险性的降低或提高、受试者移植肾发生排斥反应的危险性的降低或提高等。
在第一方面,本发明涉及评价受试者肾状态的方法。这些方法包括执行一种测定法,该测定法被设定为检测取自受试者体液样本中的选自以下的一种或多种生物标记物:肿瘤坏死因子受体超家族成员10B、钙粘着蛋白-16、胱天蛋白酶-9、细胞死亡的Bcl2拮抗剂、胱天蛋白酶-1、钙粘着蛋白-1、聚[ADP-核糖]聚合酶1、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1、钙粘着蛋白-5、肌红蛋白、载脂蛋白A-II、粘蛋白-16、癌胚抗原相关的细胞粘附分子5和细胞肿瘤抗原p53。然后将测定结果与受试者的肾状态相关联,所述测定结果例如为选自以下的一种或多种生物标记物的测定浓度:肿瘤坏死因子受体超家族成员10B、钙粘着蛋白-16、胱天蛋白酶-9、细胞死亡的Bcl2拮抗剂、胱天蛋白酶-1、钙粘着蛋白-1、聚[ADP-核糖]聚合酶1、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1、钙粘着蛋白-5、肌红蛋白、载脂蛋白A-II、粘蛋白-16。这种与肾状态相关联可包括将测定结果与本文中所述的受试者的危险分级、诊断、预后、分期、分类和监测中的一种或多种相关联。因此,本发明利用一种或多种本发明的肾损伤标记物来评价肾损伤。
在某些实施方案中,评价本文中所述肾状态的方法是对受试者进行危险分级的方法;即,确定受试者肾状态的一种或多种日后变化的可能性。在这些实施方案中,将测定结果与一种或多种上述的日后变化相关联。以下是优选的危险分级实施方案。
在优选的危险分级实施方案中,这些方法包括确定受试者日后出现肾功能损伤的危险,并且将测定结果与出现这种日后肾功能损伤的可能性相关联。例如,可以将每个测定浓度与阈值相比较。对于“阳向”肾损伤标记物,相对于当测定浓度低于阈值时确定的日后罹患肾功能损伤的可能性来说,当测定浓度高于阈值时,确定受试者日后罹患肾功能损伤的可能性增大。对于“阴向”肾损伤标记物,相对于当测定浓度高于阈值时确定的日后罹患肾功能损伤的可能性来说,当测定浓度低于阈值时,确定受试者日后罹患肾功能损伤的可能性增大。
在其它优选的危险分级实施方案中,这些方法包括确定受试者日后肾功能衰弱的危险,并且将测定结果与这种肾功能衰弱的可能性相关联。例如,可以将每个测定浓度与阈值相比较。对于“阳向”肾损伤标记物,相对于当测定浓度低于阈值时确定的日后罹患肾功能衰弱的可能性来说,当测定浓度高于阈值时,确定受试者日后罹患肾功能衰弱的可能性增大。对于“阴向”肾损伤标记物,相对于当测定浓度高于阈值时确定的日后罹患肾功能衰弱的可能性来说,当测定浓度低于阈值时,确定受试者日后罹患肾功能衰弱的可能性增大。
又在其它优选的危险分级实施方案中,这些方法包括确定受试者日后肾功能改善的可能性,并且将测定结果与这种日后肾功能改善的可能性相关联。例如,可以将每个测定浓度与阈值相比较。对于“阳向”肾损伤标记物,相对于当测定浓度高于阈值时确定的日后肾功能改善的可能性来说,当测定浓度低于阈值时,确定受试者日后肾功能改善的可能性增大。对于“阴向”肾损伤标记物,相对于当测定浓度低于阈值时确定的日后肾功能改善的可能性来说,当测定浓度高于阈值时,确定受试者日后肾功能改善的可能性增大。
还在其它优选的危险分级实施方案中,这些方法包括确定受试者发展成ARF的危险性,并且将结果与这种发展成ARF的可能性相关联。例如,可以将每个测定浓度与阈值相比较。对于“阳向”肾损伤标记,相对于当测定浓度低于阈值时确定的可能性来说,当测定浓度高于阈值时,确定受试者发展成ARF的可能性增大。对于“阴向”肾损伤标记,相对于当测定浓度高于阈值时确定的可能性来说,当测定浓度低于阈值时,确定受试者发展成ARF的可能性增大。
在其它优选的危险分级实施方案中,这些方法包括确定受试者结果的危险性,并且将测定结果与出现同受试者罹患的肾损伤相关的临床结果的可能性相关联。例如,可以将每个测定浓度与阈值相比较。对于“阳向”肾损伤标记,当测定浓度高于阈值时,确定受试者出现以下一种或多种情况的可能性增大:急性肾损伤、发展成AKI的恶化阶段、死亡、需进行肾替代疗法、需移除肾脏毒素、晚期肾病、心力衰竭、中风、心肌梗塞、发展成慢性肾病等,这是相对于当测定浓度低于阈值时确定的可能性来说的。对于“阴向”肾损伤标记,当测定浓度低于阈值时,确定受试者出现以下一种或多种情况的可能性增大:急性肾损伤、发展成AKI的恶化阶段、死亡、需进行肾替代疗法、需移除肾脏毒素、晚期肾病、心力衰竭、中风、心肌梗塞、发展成慢性肾病等,这是相对于当测定浓度高于阈值时确定的可能性来说的。
在上述危险分级实施方案中,优选地,确定的可能性或危险性是指在从获取受试者体液样本之时起差不多180天内可能发生所关注的事件。在特别优选的实施方案中,确定的可能性或危险性涉及在较短的时间段内发生的所关注的事件,所述较短的时间段例如为18个月、120天、90天、60天、45天、30天、21天、14天、7天、5天、96小时、72小时、48小时、36小时、24小时、12小时或更短。自获取受试者体液样本起0小时的危险性相当于目前症状的诊断。
在优选的危险分级实施方案中,根据受试者预先存在的肾前性、肾性或肾后性ARF的一种或多种已知的危险因素来选择进行危险分级的受试者。例如,正在经历或经历过大血管手术、冠状动脉搭桥或其它心脏手术的受试者;具有预先存在的充血性心力衰竭、子痫前期、子痫、糖尿病、高血压、冠状动脉疾病、蛋白尿、肾功能不全、肾小球过滤低于正常范围、肝硬化、血清肌酐高于正常范围或败血症的受试者;或接触NSAID、环孢菌素、他克莫司、氨基糖甙类、膦甲酸、乙二醇、血红蛋白、肌红蛋白、异环磷酰胺、重金属、甲氨蝶呤、不透射线的造影剂或链脲佐菌素的受试者,这些都是优选根据本文中所述的方法监测危险性的受试者。这份清单并不意味着具有限制的意思。在这种情况下的“预先存在”意指在获取受试者体液样本时就存在所述的危险因素。在特别优选的实施方案中,根据肾功能损伤、肾功能衰弱或ARF的现有诊断来选择进行危险分级的受试者。
在其它实施方案中,本文中所述评价肾状态的方法是诊断受试者肾损伤的方法;即,评估受试者是否己罹患肾功能损伤、肾功能衰弱或ARF。在这些实施方案中,将测定结果与是否出现肾状态变化相关联,所述测定结果例如为选自以下的一种或多种生物标记物的测定浓度:肿瘤坏死因子受体超家族成员10B、钙粘着蛋白-16、胱天蛋白酶-9、细胞死亡的Bcl2拮抗剂、胱天蛋白酶-1、钙粘着蛋白-1、聚[ADP-核糖]聚合酶1、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1、钙粘着蛋白-5、肌红蛋白、载脂蛋白A-II、粘蛋白-16。以下是优选的诊断实施方案。
在优选的诊断实施方案中,这些方法包括诊断是否出现肾功能损伤,并将测定结果与是否出现这种损伤相关联。例如,可以将每个测定浓度与阈值相比较。对于阳向标记物,当测定浓度高于阈值时,确定受试者出现肾功能损伤的可能性增大(相对于当测定浓度低于阈值时确定的可能性);或者,当测定浓度低于阈值时,可确定受试者不出现肾功能损伤的可能性增大(相对于当测定浓度高于阈值时确定的可能性)。对于阴向标记物,当测定浓度低于阈值时,确定受试者出现肾功能损伤的可能性增大(相对于当测定浓度高于阈值时确定的可能性);或者,当测定浓度高于阈值时,可确定受试者不出现肾功能损伤的可能性增大(相对于当测定浓度低于阈值时确定的可能性)。
在其它优选的诊断实施方案中,这些方法包括诊断是否出现肾功能衰弱,并将测定结果与是否出现损伤引起的肾功能衰弱相关联。例如,可以将每个测定浓度与阈值相比较。对于阳向标记物,当测定浓度高于阈值时,确定受试者出现损伤引起的肾功能衰弱的可能性增大(相对于当测定浓度低于阈值时确定的可能性);或者,当测定浓度低于阈值时,可确定受试者不出现损伤引起的肾功能衰弱的可能性增大(相对于当测定浓度高于阈值时确定的可能性)。对于阴向标记物,当测定浓度低于阈值时,确定受试者出现损伤引起的肾功能衰弱的可能性增大(相对于当测定浓度高于阈值时确定的可能性);或者,当测定浓度高于阈值时,可确定受试者不出现损伤引起的肾功能衰弱的可能性增大(相对于当测定浓度低于阈值时确定的可能性)。
又在其它优选的诊断实施方案中,这些方法包括诊断是否出现ARF,并将测定结果与是否出现损伤引起的ARF相关联。例如,可以将每个测定浓度与阈值相比较。对于阳向标记物,当测定浓度高于阈值时,确定受试者出现ARF的可能性增大(相对于当测定浓度低于阈值时确定的可能性);或者,当测定浓度低于阈值时,可确定受试者不出现ARF的可能性增大(相对于当测定浓度高于阈值时确定的可能性)。对于阴向标记物,当测定浓度低于阈值时,确定受试者出现ARF的可能性增大(相对于当测定浓度高于阈值时确定的可能性);或者,当测定浓度高于阈值时,可确定受试者不出现ARF的可能性增大(相对于当测定浓度低于阈值时确定的可能性)。
还在其它优选的诊断实施方案中,这些方法包括诊断需进行肾替代疗法的受试者,并将测定结果与对肾替代疗法的需求相关联。例如,可以将每个测定浓度与阈值相比较。对于阳向标记物,当测定浓度高于阈值时,确定受试者出现由损伤引起需求肾替代疗法的可能性增大(相对于当测定浓度低于阈值时确定的可能性);或者,当测定浓度低于阈值时,可确定受试者不出现由损伤引起需求肾替代疗法的可能性增大(相对于当测定浓度高于阈值时确定的可能性)。对于阴向标记物,当测定浓度低于阈值时,确定受试者出现由损伤引起需求肾替代疗法的可能性增大(相对于当测定浓度高于阈值时确定的可能性);或者,当测定浓度高于阈值时,可确定受试者不出现由损伤引起需求肾替代疗法的可能性增大(相对于当测定浓度低于阈值时确定的可能性)。
还在其它优选的诊断实施方案中,这些方法包括诊断需进行肾移植的受试者,并将测定结果与对肾移植的需求相关联。例如,可以将每个测定浓度与阈值相比较。对于阳向标记物,当测定浓度高于阈值时,确定受试者出现由损伤引起需求肾移植的可能性增大(相对于当测定浓度低于阈值时确定的可能性);或者,当测定浓度低于阈值时,可确定受试者不出现由损伤引起需求肾移植的可能性增大(相对于当测定浓度高于阈值时确定的可能性)。对于阴向标记物,当测定浓度低于阈值时,确定受试者出现由损伤引起需求肾移植的可能性增大(相对于当测定浓度高于阈值时确定的可能性);或者,当测定浓度高于阈值时,可确定受试者不出现由损伤引起需求肾移植的可能性增大(相对于当测定浓度低于阈值时确定的可能性)。
还在其它的实施方案中,本文中所述评价肾状态的方法是监测受试者肾损伤的方法;即,评估罹患肾功能损伤、肾功能衰弱或ARF受试者的肾功能是否改善或恶化。在这些实施方案中,将测定结果与是否出现肾状态变化相关联,所述测定结果例如为选自以下的一种或多种生物标记物的测定浓度:肿瘤坏死因子受体超家族成员10B、钙粘着蛋白-16、胱天蛋白酶-9、细胞死亡的Bcl2拮抗剂、胱天蛋白酶-1、钙粘着蛋白-1、聚[ADP-核糖]聚合酶1、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1、钙粘着蛋白-5、肌红蛋白、载脂蛋白A-II、粘蛋白-16。以下是优选的监测实施方案。
在优选的监测实施方案中,这些方法包括监测罹患肾功能损伤的受试者的肾状态,并将测定结果与受试者是否出现肾状态变化相关联。例如,可以将测定浓度与阈值相比较。对于阳向标记物,当测定浓度高于阈值时,可以确定受试者肾功能恶化;或者,当测定浓度低于阈值时,可以确定受试者肾功能改善。对于阴向标记物,当测定浓度低于阈值时,可以确定受试者肾功能恶化;或者,当测定浓度高于阈值时,可以确定受试者肾功能改善。
在其它优选的监测实施方案中,这些方法包括监测罹患肾功能衰弱的受试者的肾状态,并将测定结果与受试者是否出现肾状态变化相关联。例如,可以将测定浓度与阈值相比较。对于阳向标记物,当测定浓度高于阈值时,可以确定受试者肾功能恶化;或者,当测定浓度低于阈值时,可以确定受试者肾功能改善。对于阴向标记物,当测定浓度低于阈值时,可以确定受试者肾功能恶化;或者,当测定浓度高于阈值时,可以确定受试者肾功能改善。
又在其它优选的监测实施方案中,这些方法包括监测罹患急性肾衰竭的受试者的肾状态,并将测定结果与受试者是否出现肾状态变化相关联。例如,可以将测定浓度与阈值相比较。对于阳向标记物,当测定浓度高于阈值时,可以确定受试者肾功能恶化;或者,当测定浓度低于阈值时,可以确定受试者肾功能改善。对于阴向标记物,当测定浓度低于阈值时,可以确定受试者肾功能恶化;或者,当测定浓度高于阈值时,可以确定受试者肾功能改善。
在其它另外优选的监测实施方案中,这些方法包括监测因预先存在肾前性、肾性或肾后性ARF的一种或多种已知危险因素而有肾功能损伤危险的受试者的肾状态,并将测定结果与受试者是否出现肾状态变化相关联。例如,可以将测定浓度与阈值相比较。对于阳向标记物,当测定浓度高于阈值时,可以确定受试者肾功能恶化;或者,当测定浓度低于阈值时,可以确定受试者肾功能改善。对于阴向标记物,当测定浓度低于阈值时,可以确定受试者肾功能恶化;或者,当测定浓度高于阈值时,可以确定受试者肾功能改善。
还在其它的实施方案中,本文中所述评价肾状态的方法是对受试者的肾损伤进行分类的方法;即,确定受试者的肾损伤是肾前性、肾性还是肾后性的;和/或将这些类别进一步细分成子类,如急性肾小管损伤、急性肾小球肾炎、急性肾小管间质肾炎、急性血管性肾病或浸润性疾病;和/或确定受试者发展到特定RIFLE阶段的可能性。在这些实施方案中,将测定结果与具体类别和/或子类相关联,所述测定结果例如为选自以下的一种或多种生物标记物的测定浓度:肿瘤坏死因子受体超家族成员10B、钙粘着蛋白-16、胱天蛋白酶-9、细胞死亡的Bcl2拮抗剂、胱天蛋白酶-1、钙粘着蛋白-1、聚[ADP-核糖]聚合酶1、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1、钙粘着蛋白-5、肌红蛋白、载脂蛋白A-II、粘蛋白-16。以下是优选的分类实施方案。
在优选的分类实施方案中,这些方法包括确定受试者的肾损伤是肾前性、肾性还是肾后性的;和/或将这些类别进一步细分成子类,如急性肾小管损伤、急性肾小球肾炎、急性肾小管间质肾炎、急性血管性肾病或浸润性疾病;和/或确定受试者发展到特定RIFLE阶段的可能性,并将测定结果与受试者的损伤分类相关联。例如,可以将测定浓度与阈值相比较,当测定浓度高于阈值时,确定具体的分类;或者,当测定浓度低于阈值时,可以对受试者确定不同的分类。
技术人员可采用多种方法得出用于这些方法所需的阈值。例如,可以由正常受试者群通过选择代表在这种正常受试者中测得的肾损伤标记物的第75、第85、第90、第95或第99百分位的浓度确定所述阈值。或者,阈值可从“患病”的受试者群中确定,如罹患损伤或易感损伤(例如,发展成ARF或某些其它临床结果,如死亡、透析、肾移植等)的受试者群体,方式是选择代表在这种受试者中测得的肾损伤标记物的第75、第85、第90、第95或第99百分位的浓度。在另一替代方案中,阈值可以由同一受试者先前测量的肾损伤标记物确定;即,可以用受试者肾损伤标记物水平的时间变化确定受试者的危险。
然而,上述讨论并不意味着暗示必须将本发明的肾损伤标记物与相应的单个阈值相比较。组合测定结果的方法可包括采用多变量逻辑回归、对数线性建模、神经网络分析、n-of-m分析、决策树分析、计算标记物比例等。这份清单并不意味着有限制性。在这些方法中,可以处理通过组合单个标记物确定的复合结果,如同其本身为标记物;即,可以如本文中为单个标记物所述的那样为复合结果确定阈值,并将单个患者的复合结果与这一阈值相比较。
利用ROC分析可以使特定的测试能够区分两个群。例如,由“第一”亚群和“第二”亚群建立的ROC曲线可用于计算一ROC曲线,该曲线下方的面积用于衡量测试质量,所述“第一”亚群的日后肾状态易发生一种或多种变化,所述“第二”亚群则不那么易发生。优选地,本文中所述的测试提供的ROC曲线面积大于0.5,优选为至少0.6,更优选为0.7,还更优选为至少0.8,甚至更优选为至少0.9,最优选为至少0.95。
在某些方面,可将一种或多种肾损伤标记物或这种标记物的复合物的测定浓度作为连续变量处理。例如,可将任何具体的浓度转换成受试者日后出现肾功能衰弱、出现损伤、分类等的相应概率。又在另一替代方案中,阈值可提供在将受试者群分为“多个群体(bins)”时可接受的特异性与敏感性水平,如分为“第一”亚群(例如,易于发生日后肾状态的一种或多种变化、发生损伤、分类等的亚群)和不那么易于发生上述情况的“第二”亚群。通过一种或多种以下测试精确度的测量选择阈值,以将第一群与第二群分离:
比值比大于1,优选为至少约2或更大,或约0.5或更小,更优选为至少约3或更大,或约0.33或更小,还更优选为至少约4或更大,或约0.25或更小,甚至更优选为至少约5或更大,或约0.2或更小,最优选为至少约10或更大,或约0.1或更小;
特异性大于0.5,优选为至少约0.6,更优选为至少约0.7,还更优选为至少约0.8,甚至更优选为至少约0.9,最优选为至少约0.95,相应的敏感性大于0.2,优选为大于约0.3,更优选为大于约0.4,还更优选为至少约0.5,甚至更优选为约0.6,又更优选为大于约0.7,还更优选为大于约0.8,更优选为大于约0.9,最优选为大于约0.95;
敏感性大于0.5,优选为至少约0.6,更优选为至少约0.7,还更优选为至少约0.8,甚至更优选为至少约0.9,最优选为至少约0.95,相应的特异性大于0.2,优选为大于约0.3,更优选为大于约0.4,还更优选为至少约0.5,甚至更优选为约0.6,又更优选为大于约0.7,还更优选为大于约0.8,更优选为大于约0.9,最优选为大于约0.95;
至少约75%敏感性与至少约75%特异性的组合;
阳性概率比(计算为敏感性/(1-特异性))大于1,至少约2,更优选为至少约3,还更优选为至少约5,最优选为至少约10;或
阴性概率比(计算为(1-敏感性)/特异性)小于1,小于或等于约0.5,更优选为小于或等于约0.3,最优选为小于或等于约0.1。
在任何上述测量情况下的术语“约”指给定测量值+/-5%。
多阈值也可用于评估受试者的肾状态。例如,可将“第一”亚群(易于发生日后肾状态的一种或多种变化、出现损伤、分类等)与“第二”亚群(不那么易于发生上述情况)合并成单组。然后将这一组细分成三个或更多个等份(称为三分位数、四分位数、五分位数等,取决于细分的次数)。对受试者根据归属的细分组确定比值比。如果考虑三分位,则最低或最高三分位可用作比较其它细分的参考。指定这一参考细分的比值比为1。相对于该第一个三分位来确定第二个三分位的比值比。即,与第一个三分位中的某人相比,第二个三分位中的某人日后罹患肾状态的一或种多种变化的可能性大三倍。还相对于该第一个三分位来确定第三个三分位的比值比。
在某些实施方案中,测定方法是免疫测定法。用于这种测定的抗体特异性地结合所关注的全长肾损伤标记物,并且也可结合一种或多种其“相关”的多肽,该术语将于下文中定义。许多免疫测定形式是本领域技术人员已知的。优选的体液样本选自尿、血液、血清、唾液、眼泪和血浆。
不应将上述方法步骤解释成意指将肾损伤标记物测定结果孤立地用于本文所述的方法中。而是,本文所述的方法中可以包括别的变量或其它临床标识物。例如,危险分级、诊断、分类、监测等方法可将测定结果与对受试者测定的一个或多个变量组合,所述变量选自人口统计信息(例如,体重、性别、年龄、种族)、病史(例如,家族病史、手术类型、预先存在的疾病,如动脉瘤、充血性心力衰竭、子痫前期、子痫、糖尿病、高血压、冠状动脉疾病、蛋白尿、肾功能不全或败血症;毒素接触类型,如接触NSAID、环孢菌素、他克莫司、氨基糖甙类、膦甲酸、乙二醇、血红蛋白、肌红蛋白、异环磷酰胺、重金属、甲氨蝶呤、不透射线的造影剂或链脲佐菌素)、临床变量(例如,血压、体温、呼吸率)、危险评分(APACHE评分、PREDICT评分、UA/NSTEMI的TIMI危险评分、Framingham危险评分)、肾小球滤过率、估计肾小球滤过率、尿产率、血清或血浆肌酐浓度、尿肌酐浓度、钠排泄分数、尿钠浓度、尿肌酐与血清或血浆肌酐之比、尿比重、尿渗透压、尿液尿素氮与血浆尿素氮之比、血浆BUN与肌酐之比、以尿钠/(尿肌酐/血浆肌酐)计算的肾衰竭指数、血清或血浆中性粒细胞明胶酶(NGAL)浓度、尿NGAL浓度、血清或血浆胱抑素C浓度、血清或血浆肌钙蛋白浓度、血清或血浆BNP浓度、血清或血浆NTproBNP浓度和血清或血浆proBNP浓度。可与一种或多种肾损伤标记物测定结果组合的其它肾功能的测量描述于下文和Harrison’s Principles ofInternal Medicine(第17版,McGraw Hill,New York,第1741-1830页)及Current Medical Diagnosis & Treatment 2008(第47版,McGraw Hill,New York,第785-815页)中,上述每个文献据此以引用的方式全文并入。
当测量一种以上标记物时,单个标记物可在同时获得的样本中进行测量,或者可以由不同时间(例如,较早或较晚)获得的样本进行测定。也可以对相同或不同的体液样本测量单个标记物。例如,可以在血清或血浆样本中测量一种肾损伤标记物,并在尿样中测量另一种肾损伤标记物。此外,确定可能性可以将单个肾损伤标记物测定结果与一个或多个别的变量中的时间变化相组合。
在各相关方面中,本发明还涉及进行本文中所述方法的装置和试剂盒。合适的试剂盒包含足以进行所述肾损伤标记物的至少之一的测定的试剂连同进行所述阈值比较的说明书。
在某些实施方案中,进行这种测定的试剂提供在测定装置中,并且这种测定装置可包括在这种试剂盒中。优选的试剂可包括一种或多种固相抗体,固相抗体包括检测与固体载体结合的预期生物标记物靶的抗体。在夹心免疫测定的情况下,这种试剂还可以包括一种或多种以可检测方式标记的抗体,以可检测方式标记的抗体包括检测预期生物标记物靶的抗体,所述预期生物标记物靶与可检测的标记物结合。可作为测定装置的一部分提供的其它可选元件在下文描述。
可检测的标记物可包含自身可检测的分子(例如,荧光部分、电化学标记物、ecl(电化学发光)标记物、金属螯合物、胶体金属颗粒等)以及可通过产生可检测的反应产物(例如,酶,如辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶等)或通过使用自身可被检测的特异性结合分子(例如,与第二抗体结合的标记抗体、生物素、地高辛、麦芽糖、寡聚组氨酸、2,4-二硝基苯、苯基砷酸盐、ssDNA、dsDNA等)而被间接检测的分子。
可利用本领域中熟知的各种光学、声学和电化学方法来进行由信号发生元件产生信号。检测模式的实例包括荧光、放射化学检测、反射、吸收、电流分析法、电导、阻抗、干涉法、椭圆光度法等。在这些方法的某些中,使固相抗体连接于转换器(例如,衍射光栅、电化学传感器等)以产生信号,而在其它方法中,由在空间上与固相抗体分开的转换器(例如,使用激发光源和光检测器的荧光计)产生信号。这份清单并不意味着是限制性的。也可使用基于抗体的生物传感器来确定分析物的存在或数量,其任选可不再需要标记的分子。
具体实施方式
本发明涉及通过测量一种或多种肾损伤标记物对罹患肾功能损伤、肾功能衰弱和/或急性肾衰竭或具有罹患上述疾病危险的受试者进行诊断、鉴别诊断、危险分级、监测、分类和确定治疗方案的方法及组合物。在各种实施方案中,将一种或多种选自肿瘤坏死因子受体超家族成员10B、钙粘着蛋白-16、胱天蛋白酶-9、细胞死亡的Bcl2拮抗剂、胱天蛋白酶-1、钙粘着蛋白-1、聚[ADP-核糖]聚合酶1、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1、钙粘着蛋白-5、肌红蛋白、载脂蛋白A-II、粘蛋白-16的生物标记物或与其相关的一种或多种标记物的测定浓度与受试者的肾状态相关联。
对于本文件来说,应用以下定义:
如本文中所用,“肾功能损伤”是测量的肾功能的急剧的(14天内,优选7天内,更优选72小时内,还更优选48小时内)可测量的下降。这种损伤可通过例如肾小球滤过率或估计GFR的减小、排尿量的减少、血清肌酐的增加、血清胱抑素C的增加、对肾替代疗法的需求等进行识别。“肾功能的改善”是测量的肾功能的急剧的(14天内,优选7天内,更优选72小时内,还更优选48小时内)可测量的提高。测量和/或估计GFR的优选方法在下文中描述。
如本文中所用,“衰弱的肾功能”是通过大于或等于0.1mg/dL(≥8.8μmol/L)的血清肌酐的绝对增加、大于或等于20%(基线的1.2倍)的血清肌酐的百分比增加或排尿量的减少(文献记载的少尿为每小时不到0.5ml/kg)确认的肾功能的急剧(14天内,优选7天内,更优选72小时内,还更优选48小时内)下降。
如本文中所用,“急性肾衰竭”或“ARF”是通过大于或等于0.3mg/dl(≥26.4μmol/l)的血清肌酐的绝对增加、大于或等于50%(基线的1.5倍)的血清肌酐的百分比增加或排尿量的减少(文献记载的至少6小时的少尿为每小时不到0.5ml/kg)确认的肾功能的急剧(14天内,优选7天内,更优选72小时内,还更优选48小时内)下降。这一术语和“急性肾损伤”或“AKI”同义。
如本文中所用,术语“肿瘤坏死因子受体超家族成员10B”指衍生自肿瘤坏死因子受体超家族成员10B前体的生物样本中存在的一种或多种多肽(Swiss-Prot O14763(SEQ ID NO:1))。
        10         20         30        40          50         60
MEQRGQNAPA ASGARKRHGP GPREARGARP GPRVPKTLVL VVAAVLLLVS AESALITQQD
        70         80         90        100       110         120
LAPQQRAAPQ QKRSSPSEGL CPPGHHISED GRDCISCKYG QDYSTHWNDL LFCLRCTRCD
       130        140        150        160        170        180
SGEVELSPCT TTRNTVCQCE EGTFREEDSP EMCRKCRTGC PRGMVKVGDC TPWSDIECVH
       190        200        210        220        230        240
KESGTKHSGE APAVEETVTS SPGTPASPCS LSGIIIGVTV AAVVLIVAVF VCKSLLWKKV
       250        260        270        280        290        300
LPYLKGICSG GGGDPERVDR SSQRPGAEDN VLNEIVSILQ PTQVPEQEME VQEPAEPTGV
       310        320        330        340        350        360
NMLSPGESEH LLEPAEAERS QRRRLLVPAN EGDPTETLRQ CFDDFADLVP FDSWEPLMRK
       370        380        390        400        410        420
LGLMDNEIKV AKAEAAGHRD TLYTMLIKWV NKTGRDASVH TLLDALETLG ERLAKQKIED
       430       440
HLLSSGKFMY LEGNADSAMS
更优选地,肿瘤坏死因子受体超家族成员10B测定检测肿瘤坏死因子受体超家族成员10B的一种或多种可溶形式。肿瘤坏死因子受体超家族成员10B是具有大胞外域的单通I型膜蛋白,它们大部分或全部是以通过删除全部或部分跨膜域的选择性剪切事件或通过膜结合形式的蛋白水解产生的肿瘤坏死因子受体超家族成员10B的可溶形式存在。在免疫测定的情况下,在此胞外域内结合于表位的一种或多种抗体可用于检测这些可溶形式。在肿瘤坏死因子受体超家族成员10B中已确定了以下域:
Figure BDA00001516451300221
如本文中所用,术语“钙粘着蛋白-16”指衍生自钙粘着蛋白-16前体的生物样本中存在的一种或多种多肽(Swiss-Prot O75309(SEQ IDNO:2))。
        10         20         30         40         50         60
MVPAWLWLLC VSVPQALPKA QPAELSVEVP ENYGGNFPLY LTKLPLPREG AEGQIVLSGD
        70         80         90        100        110        120
SGKATEGPFA MDPDSGFLLV TRALDREEQA EYQLQVTLEM QDGHVLWGPQ PVLVHVKDEN
       130        140        150        160        170        180
DQVPHFSQAI YRARLSRGTR PGIPFLFLEA SDRDEPGTAN SDLRFHILSQ APAQPSPDMF
       190        200        210        220        230        240
QLEPRLGALA LSPKGSTSLD HALERTYQLL VQVKDMGDQA SGHQATATVE VSIIESTWVS
       250        260        270        280        290        300
LEPIHLAENL KVLYPHHMAQ VHWSGGDVHY HLESHPPGPF EVNAEGNLYV TRELDREAQA
       310        320        330        340        350        360
EYLLQVRAQN SHGEDYAAPL ELHVLVMDEN DNVPICPPRD PTVSIPELSP PGTEVTRLSA
       370        380        390        400        410        420
EDADAPGSPN SHVVYQLLSP EPEDGVEGRA FQVDPTSGSV TLGVLPLRAG QNILLLVLAM
       430        440        450        460        470        480
DLAGAEGGFS STCEVEVAVT DINDHAPEFI TSQIGPISLP EDVEPGTLVA MLTAIDADLE
       490        500        510        520        530        540
PAFRLMDFAI ERGDTEGTFG LDWEPDSGHV RLRLCKNLSY EAAPSHEVVV VVQSVAKLVG
       550        560        570        580        590        600
PGPGPGATAT VTVLVERVMP PPKLDQESYE ASVPISAPAG SFLLTIQPSD PISRTLRFSL
       610        620        630        640        650        660
VNDSEGWLCI EKFSGEVHTA QSLQGAQPGD TYTVLVEAQD TDEPRLSASA PLVIHFLKAP
       670        680        690        700        710        720
PAPALTLAPV PSQYLCTPRQ DHGLIVSGPS KDPDLASGHG PYSFTLGPNP TVQRDWRLQT
       730        740        750        760        770        780
LNGSHAYLTL ALHWVEPREH IIPVVVSHNA QMWQLLVRVI VCRCNVEGQC MRKVGRMKGM
       790        800        810       820
PTKLSAVGIL VGTLVAIGIF LILIFTHWTM SRKKDPDQPA DSVPLKATV
更优选地,钙粘着蛋白-16测定检测钙粘着蛋白-16的一种或多种可溶形式。钙粘着蛋白-16是具有大胞外域的单通I型膜蛋白,它们大部分或全部是以通过删除全部或部分跨膜域的选择性剪切事件或通过膜结合形式的蛋白水解产生的钙粘着蛋白-16的可溶形式存在。在免疫测定的情况下,在此胞外域内结合于表位的一种或多种抗体可用于检测这些可溶形式。在钙粘着蛋白-16中已确定了以下域:
Figure BDA00001516451300231
Figure BDA00001516451300241
如本文中所用,术语“胱天蛋白酶-9”指衍生自胱天蛋白酶-9前体的生物样本中存在的一种或多种多肽(Swiss-Prot P55211(SEQ ID NO:3))。
        10         20         30         40         50         60
MDEADRRLLR RCRLRLVEEL QVDQLWDALL SRELFRPHMI EDIQRAGSGS RRDQARQLII
        70         80         90        100        110        120
DLETRGSQAL PLFISCLEDT GQDMLASFLR TNRQAAKLSK PTLENLTPVV LRPEIRKPEV
       130        140        150        160        170        180
LRPETPRPVD IGSGGFGDVG ALESLRGNAD LAYILSMEPC GHCLIINNVN FCRESGLRTR
       190        200        210        220        230        240
TGSNIDCEKL RRRFSSLHFM VEVKGDLTAK KMVLALLELA QQDHGALDCC VVVILSHGCQ
       250        260        270        280        290        300
ASHLQFPGAV YGTDGCPVSV EKIVNIFNGT SCPSLGGKPK LFFIQACGGE QKDHGFEVAS
       310        320        330        340        350        360
TSPEDESPGS NPEPDATPFQ EGLRTFDQLD AISSLPTPSD IFVSYSTFPG FVSWRDPKSG
       370         380         390         400       410
SWYVETLDDI  FEQWAHSEDL  QSLLLRVANA VSVKGIYKQM PGCFNFLRKK  LFFKTS
在胱天蛋白酶-9中已确定了以下域:
Figure BDA00001516451300242
Figure BDA00001516451300251
如本文中所用,术语“细胞死亡的Bcl2拮抗剂”指衍生自细胞死亡的Bcl2拮抗剂前体的生物样本中存在的一种或多种多肽(Swiss-ProtQ92934(SEQ ID NO:4))。
        10         20         30         40         50         60
MFQIPEFEPS EQEDSSSAER GLGPSPAGDG PSGSGKHHRQ APGLLWDASH QQEQPTSSSH
        70         80         90        100        110        120
HGGAGAVEIR SRHSSYPAGT EDDEGMGEEP SPFRGRSRSA PPNLWAAQRY GRELRRMSDE
       130        140        150        160
FVDSFKKGLP RPKSAGTATQ MRQSSSWTRV FQSWWDRNLG RGSSAPSQ
如本文中所用,术语“胱天蛋白酶-1”指衍生自胱天蛋白酶-1前体的生物样本中存在的一种或多种多肽(Swiss-Prot P29466(SEQ ID NO:5))。
        10         20         30         40         50         60
MADKVLKEKR KLFIRSMGEG TINGLLDELL QTRVLNKEEM EKVKRENATV MDKTRALIDS
        70         80         90        100        110        120
VIPKGAQACQ ICITYICEED SYLAGTLGLS ADQTSGNYLN MQDSQGVLSS FPAPQAVQDN
       130        140        150        160        170        180
PAMPTSSGSE GNVKLCSLEE AQRIWKQKSA EIYPIMDKSS RTRLALIICN EEFDSIPRRT
       190        200        210        220        230        240
GAEVDITGMT MLLQNLGYSV DVKKNLTASD MTTELEAFAH RPEHKTSDST FLVFMSHGIR
       250        260        270        280        290        300
EGICGKKHSE QVPDILQLNA IFNMLNTKNC PSLKDKPKVI IIQACRGDSP GVVWFKDSVG
       310        320        330        340        350        360
VSGNLSLPTT EEFEDDAIKK AHIEKDFIAF CSSTPDNVSW RHPTMGSVFI GRLIEHMQEY
       370        380        390        400
ACSCDVEEIF RKVRFSFEQP DGRAQMPTTE RVTLTRCFYL FPGH
在胱天蛋白酶-1中已确定了以下域:
如本文中所用,术语“上皮钙粘着蛋白”或“钙粘着蛋白-1”指衍生自上皮钙粘着蛋白前体的生物样本中存在的一种或多种多肽(Swiss-Prot P12830(SEQ ID NO:6))。
        10         20         30         40         50         60
MGPWSRSLSA LLLLLQVSSW LCQEPEPCHP GFDAESYTFT VPRRHLERGR VLGRVNFEDC
        70         80         90         100       110        120
TGRQRTAYFS LDTRFKVGTD GVITVKRPLR FHNPQIHFLV YAWDSTYRKF STKVTLNTVG
       130        140        150        160        170        180
HHHRPPPHQA SVSGIQAELL TFPNSSPGLR RQKRDWVIPP ISCPENEKGP FPKNLVQIKS
       190        200        210        220        230        240
NKDKEGKVFY SITGQGADTP PVGVFIIERE TGWLKVTEPL DRERIATYTL FSHAVSSNGN
       250        260        270        280        290        300
AVEDPMEILI TVTDQNDNKP EFTQEVFKGS VMEGALPGTS VMEVTATDAD DDVNTYNAAI
       310        320        330        340        350        360
AYTILSQDPE LPDKNMFTIN RNTGVISVVT TGLDRESFPT YTLVVQAADL QGEGLSTTAT
       370        380        390        400        410        420
AVITVTDTND NPPIFNPTTY KGQVPENEAN VVITTLKVTD ADAPNTPAWE AVYTILNDDG
       430        440        450        460        470        480
GQFVVTTNPV NNDGILKTAK GLDFEAKQQY ILHVAVTNVV PFEVSLTTST ATVTVDVLDV
       490        500        510        520        530        540
NEAPIFVPPE KRVEVSEDFG VGQEITSYTA QEPDTFMEQK ITYRIWRDTA NWLEINPDTG
       550        560        570        580        590        600
AISTRAELDR EDFEHVKNST YTALIIATDN GSPVATGTGT LLLILSDVND NAPIPEPRTI
       610        620        630        640        650        660
FFCERNPKPQ VINIIDADLP PNTSPFTAEL THGASANWTI QYNDPTQESI ILKPKMALEV
       670        680        690        700        710        720
GDYKINLKLM DNQNKDQVTT LEVSVCDCEG AAGVCRKAQP VEAGLQIPAI LGILGGILAL
       730        740        750        760        770        780
LILILLLLLF LRRRAVVKEP LLPPEDDTRD NVYYYDEEGG GEEDQDFDLS QLHRGLDARP
       790        800        810        820        830        840
EVTRNDVAPT LMSVPRYLPR PANPDEIGNF IDENLKAADT DPTAPPYDSL LVFDYEGSGS
       850        860        870        880
EAASLSSLNS SESDKDQDYD YLNEWGNRFK KLADMYGGGE DD
最优选地,上皮钙粘着蛋白测定检测上皮钙粘着蛋白的一种或多种可溶形式。上皮钙粘着蛋白是具有大胞外域的单通I型膜蛋白,它们大部分或全部是以通过删除全部或部分跨膜域的选择性剪切事件或通过膜结合形式的蛋白水解产生的上皮钙粘着蛋白的可溶形式存在。在免疫测定的情况下,在此胞外域内结合于表位的一种或多种抗体可用于检测这些可溶形式。在上皮钙粘着蛋白中已确定了以下域:
如本文中所用,术语“聚[ADP-核糖]聚合酶1”指衍生自聚[ADP-核糖]聚合酶1前体的生物样本中存在的一种或多种多肽(Swiss-Prot09874(SEQ ID NO:7))。
        10         20         30         40         50         60
MAESSDKLYR VEYAKSGRAS CKKCSESIPK DSLRMAIMVQ SPMFDGKVPH WYHFSCFWKV
        70         80         90        100        110        120
GHSIRHPDVE VDGFSELRWD DQQKVKKTAE AGGVTGKGQD GIGSKAEKTL GDFAAEYAKS
       130        140        150        160        170        180
NRSTCKGCME KIEKGQVRLS KKMVDPEKPQ LGMIDRWYHP GCFVKNREEL GFRPEYSASQ
       190        200        210        220        230        240
LKGFSLLATE DKEALKKQLP GVKSEGKRKG DEVDGVDEVA KKKSKKEKDK DSKLEKALKA
       250        260        270        280        290        300
QNDLIWNIKD ELKKVCSTND LKELLIFNKQ QVPSGESAIL DRVADGMVFG ALLPCEECSG
       310        320        330        340        350        360
QLVFKSDAYY CTGDVTAWTK CMVKTQTPNR KEWVTPKEFR EISYLKKLKV KKQDRIFPPE
       370        380        390        400        410        420
TSASVAATPP PSTASAPAAV NSSASADKPL SNMKILTLGK LSRNKDEVKA MIEKLGGKLT
       430        440        450        460        470        480
GTANKASLCI STKKEVEKMN KKMEEVKEAN IRVVSEDFLQ DVSASTKSLQ ELFLAHILSP
       490        500        510        520        530        540
WGAEVKAEPV EVVAPRGKSG AALSKKSKGQ VKEEGINKSE KRMKLTLKGG AAVDPDSGLE
       550        560        570        580        590        600
HSAHVLEKGG KVFSATLGLV DIVKGTNSYY KLQLLEDDKE NRYWIFRSWG RVGTVIGSNK
       610        620        630        640        650        660
LEQMPSKEDA IEHFMKLYEE KTGNAWHSKN FTKYPKKFYP LEIDYGQDEE AVKKLTVNPG
       670        680        690        700        710        720
TKSKLPKPVQ DLIKMIFDVE SMKKAMVEYE IDLQKMPLGK LSKRQIQAAY SILSEVQQAV
       730        740        750        760        770        780
SQGSSDSQIL DLSNRFYTLI PHDFGMKKPP LLNNADSVQA KVEMLDNLLD IEVAYSLLRG
      790        800        810        820        830         840
GSDDSSKDPI DVNYEKLKTD IKVVDRDSEE AEIIRKYVKN THATTHNAYD LEVIDIFKIE
       850        860        870        880        890        900
REGECQRYKP FKQLHNRRLL WHGSRTTNFA GILSQGLRIA PPEAPVTGYM FGKGIYFADM
       910        920        930        940        950        960
VSKSANYCHT SQGDPIGLIL LGEVALGNMY ELKHASHISK LPKGKHSVKG LGKTTPDPSA
       970        980        990       1000       1010
NISLDGVDVP LGTGISSGVN DTSLLYNEYI VYDIAQVNLK YLLKLKFNFK TSLW
在聚[ADP-核糖]聚合酶1中已确定了以下域:
残基        长度        域ID
1           1           引发剂蛋氨酸
2-1014      1013        聚[ADP-核糖]聚合酶1
聚[ADP-核糖]聚合酶1可以在体外由许多胱天蛋白酶裂解,并且是体内胱天蛋白酶-3的主要裂解靶之一。裂解发生在Asp(214)和Gly(215)之间,这将PARP’s N-末端DNA结合域(24kDa)与其C-末端催化域(89kDa)分开。合适的测定可以仅识别聚[ADP-核糖]聚合酶1的大片段(89kDa),而不是全长聚[ADP-核糖]聚合酶1,可以仅识别聚[ADP-核糖]聚合酶1的小片段(24kDa),而不是全长聚[ADP-核糖]聚合酶1,可以仅识别全长聚[ADP-核糖]聚合酶1,或可以识别一个片段和全长聚[ADP-核糖]聚合酶1。
如本文中所用,术语“细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1”指衍生自细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1前体的生物样本中存在的一种或多种多肽(Swiss-Prot P38936(SEQ ID NO:8))。
        10         20         30         40         50         60
MSEPAGDVRQ NPCGSKACRR LFGPVDSEQL SRDCDALMAG CIQEARERWN FDFVTETPLE
        70         80         90        100        110        120
GDFAWERVRG LGLPKLYLPT GPRRGRDELG GGRRPGTSPA LLQGTAEEDH VDLSLSCTLV
       130        140        150        160
PRSGEQAEGS PGGPGDSQGR KRRQTSMTDF YHSKRRLIFS KRKP
在细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1中已确定了以下域:
残基       长度        域
1          1         引发剂蛋氨酸
2-164      163       细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1
如本文中所用,术语“钙粘着蛋白-5”指衍生自钙粘着蛋白-5前体的生物样本中存在的一种或多种多肽(Swiss-Prot P33151(SEQ ID NO:9))。
        10         20         30         40         50         60
MQRLMMLLAT SGACLGLLAV AAVAAAGANP AQRDTHSLLP THRRQKRDWI WNQMHIDEEK
        70         80         90        100        110        120
NTSLPHHVGK IKSSVSRKNA KYLLKGEYVG KVFRVDAETG DVFAIERLDR ENISEYHLTA
       130        140        150        160        170        180
VIVDKDTGEN LETPSSFTIK VHDVNDNWPV FTHRLFNASV PESSAVGTSV ISVTAVDADD
       190        200        210        220        230        240
PTVGDHASVM YQILKGKEYF AIDNSGRIIT ITKSLDREKQ ARYEIVVEAR DAQGLRGDSG
       250        260        270        280        290        300
TATVLVTLQD INDNFPFFTQ TKYTFVVPED TRVGTSVGSL FVEDPDEPQN RMTKYSILRG
       310        320        330        340        350        360
DYQDAFTIET NPAHNEGIIK PMKPLDYEYI QQYSFIVEAT DPTIDLRYMS PPAGNRAQVI
       370        380        390        400        410        420
INITDVDEPP IFQQPFYHFQ LKENQKKPLI GTVLAMDPDA ARHSIGYSIR RTSDKGQFFR
       430        440        450        460        470        480
VTKKGDIYNE KELDREVYPW YNLTVEAKEL DSTGTPTGKE SIVQVHIEVL DENDNAPEFA
       490        500        510        520        530        540
KPYQPKVCEN AVHGQLVLQI SAIDKDITPR NVKFKFTLNT ENNFTLTDNH DNTANITVKY
       550        560        570        580        590        600
GQFDREHTKV HFLPVVISDN GMPSRTGTST LTVAVCKCNE QGEFTFCEDM AAQVGVSIQA
       610        620        630        640        650        660
VVAILLCILT ITVITLLIFL RRRLRKQARA HGKSVPEIHE QLVTYDEEGG GEMDTTSYDV
       670        680        690        700        710        720
SVLNSVRRGG AKPPRPALDA RPSLYAQVQK PPRHAPGAHG GPGEMAAMIE VKKDEADHDG
       730        740        750        760        770        780
DGPPYDTLHI YGYEGSESIA ESLSSLGTDS SDSDVDYDFL NDWGPRFKML AELYGSDPRE
ELLY
最优选地,钙粘着蛋白-5测定检测钙粘着蛋白-5的一种或多种可溶形式。钙粘着蛋白-5是具有大胞外域的单通I型膜蛋白,它们大部分或全部是以通过删除全部或部分跨膜域的选择性剪切事件或通过膜结合形式的蛋白水解产生的钙粘着蛋白-5的可溶形式存在。在免疫测定的情况下,在此胞外域内结合于表位的一种或多种抗体可用于检测这些可溶形式。在钙粘着蛋白-5中已确定了以下域:
Figure BDA00001516451300321
如本文中所用,术语“肌红蛋白”指衍生自肌红蛋白前体的生物样本中存在的一种或多种多肽(Swiss-Prot P02144(SEQ ID NO:10))。
        10         20         30         40         50         60
MGLSDGEWQL VLNVWGKVEA DIPGHGQEVL IRLFKGHPET LEKFDKFKHL KSEDEMKASE
        70         80         90        100        110        120
DLKKHGATVL TALGGILKKK GHHEAEIKPL AQSHATKHKI PVKYLEFISE CIIQVLQSKH
       130        140        150
PGDFGADAQG AMNKALELFR KDMASNYKEL GFQG
在肌红蛋白中已确定了以下域:
残基       长度       域ID
1          1          引发剂蛋氨酸
2-154      153        肌红蛋白
如本文中所用,术语“载脂蛋白A-II”指衍生自载脂蛋白A-II前体的生物样本中存在的一种或多种多肽(Swiss-Prot P02652(SEQ ID NO:11))。
        10         20         30         40         50         60
MKLLAATVLL LTICSLEGAL VRRQAKEPCV ESLVSQYFQT VTDYGKDLME KVKSPELQAE
        70         80         90        100
AKSYFEKSKE QLTPLIKKAG TELVNFLSYF VELGTQPATQ
在载脂蛋白A-II中已确定了以下域:
如本文中所用,术语“粘蛋白-16”指衍生自粘蛋白-16前体的生物样本中存在的一种或多种多肽(Swiss-Prot Q8WXI7(SEQ ID NO:12))。
        10         20         30         40         50         60
MLKPSGLPGS SSPTRSLMTG SRSTKATPEM DSGLTGATLS PKTSTGAIVV TEHTLPFTSP
        70         80         90        100        110        120
DKTLASPTSS VVGRTTQSLG VMSSALPEST SRGMTHSEQR TSPSLSPQVN GTPSRNYPAT
       130        140        150        160        170        180
SMVSGLSSPR TRTSSTEGNF TKEASTYTLT VETTSGPVTE KYTVPTETST TEGDSTETPW
       190        200        210        220        230        240
DTRYIPVKIT SPMKTFADST ASKENAPVSM TPAETTVTDS HTPGRTNPSF GTLYSSFLDL
       250        260        270        280        290        300
SPKGTPNSRG ETSLELILST TGYPFSSPEP GSAGHSRIST SAPLSSSASV LDNKISETSI
       310        320        330        340        350        360
FSGQSLTSPL SPGVPEARAS TMPNSAIPFS MTLSNAETSA ERVRSTISSL GTPSISTKQT
       370        380        390        400        410        420
AETILTFHAF AETMDIPSTH IAKTLASEWL GSPGTLGGTS TSALTTTSPS TTLVSEETNT
       430        440        450        460        470        480
HHSTSGKETE GTLNTSMTPL ETSAPGEESE MTATLVPTLG FTTLDSKIRS PSQVSSSHPT
       490        500        510        520        530        540
RELRTTGSTS GRQSSSTAAH GSSDILRATT SSTSKASSWT SESTAQQFSE PQHTQWVETS
       550        560        570        580        590        600
PSMKTERPPA STSVAAPITT SVPSVVSGFT TLKTSSTKGI WLEETSADTL IGESTAGPTT
       610        620        630        640        650        660
HQFAVPTGIS MTGGSSTRGS QGTTHLLTRA TASSETSADL TLATNGVPVS VSPAVSKTAA
       670        680        690        700        710        720
GSSPPGGTKP SYTMVSSVIP ETSSLQSSAF REGTSLGLTP LNTRHPFSSP EPDSAGHTKI
       730        740        750        760        770        780
STSIPLLSSA SVLEDKVSAT STFSHHKATS SITTGTPEIS TKTKPSSAVL SSMTLSNAAT
       790        800        810        820        830        840
SPERVRNATS PLTHPSPSGE ETAGSVLTLS TSAETTDSPN IHPTGTLTSE SSESPSTLSL
       850        860        870        880        890        900
PSVSGVKTTF SSSTPSTHLF TSGEETEETS NPSVSQPETS VSRVRTTLAS TSVPTPVFPT
       910        920        930        940        950        960
MDTWPTRSAQ FSSSHLVSEL RATSSTSVTN STGSALPKIS HLTGTATMSQ TNRDTFNDSA
      970        980        990       1000       1010        1020
APQSTTWPET SPRFKTGLPS ATTTVSTSAT SLSATVMVSK FTSPATSSME ATSIREPSTT
      1030       1040       1050       1060       1070       1080
ILTTETTNGP GSMAVASTNI PIGKGYITEG RLDTSHLPIG TTASSETSMD FTMAKESVSM
      1090       1100       1110       1120       1130       1140
SVSPSQSMDA AGSSTPGRTS QFVDTFSDDV YHLTSREITI PRDGTSSALT PQMTATHPPS
      1150       1160       1170       1180       1190       1200
PDPGSARSTW LGILSSSPSS PTPKVTMSST FSTQRVTTSM IMDTVETSRW NMPNLPSTTS
      1210       1220       1230       1240       1250       1260
LTPSNIPTSG AIGKSTLVPL DTPSPATSLE ASEGGLPTLS TYPESTNTPS IHLGAHASSE
      1270       1280       1290       1300       1310       1320
SPSTIKLTMA SVVKPGSYTP LTFPSIETHI HVSTARMAYS SGSSPEMTAP GETNTGSTWD
      1330       1340       1350       1360       1370       1380
PTTYITTTDP KDTSSAQVST PHSVRTLRTT ENHPKTESAT PAAYSGSPKI SSSPNLTSPA
      1390       1400       1410       1420       1430       1440
TKAWTITDTT EHSTQLHYTK LAEKSSGFET QSAPGPVSVV IPTSPTIGSS TLELTSDVPG
      1450       1460       1470       1480       149        1500
EPLVLAPSEQ TTITLPMATW LSTSLTEEMA STDLDISSPS SPMSTFAIFP PMSTPSHELS
      1510       1520       1530       1540       1550       1560
KSEADTSAIR NTDSTTLDQH LGIRSLGRTG DLTTVPITPL TTTWTSVIEH STQAQDTLSA
      1570       1580       1590       1600       1610       1620
TMSPTHVTQS LKDQTSIPAS ASPSHLTEVY PELGTQGRSS SEATTFWKPS TDTLSREIET
      1630       1640       1650       1660       1670       1680
GPTNIQSTPP MDNTTTGSSS SGVTLGIAHL PIGTSSPAET STNMALERRS STATVSMAGT
      1690       1700       1710       1720       1730       1740
MGLLVTSAPG RSISQSLGRV SSVLSESTTE GVTDSSKGSS PRLNTQGNTA LSSSLEPSYA
     1750        1760       1770       1780       1790       1800
EGSQMSTSIP LTSSPTTPDV EFIGGSTFWT KEVTTVMTSD ISKSSARTES SSATLMSTAL
     1810        1820       1830       1840       1850       1860
GSTENTGKEK LRTASMDLPS PTPSMEVTPW ISLTLSNAPN TTDSLDLSHG VHTSSAGTLA
      1870       1880       1890       1900       1910       1920
TDRSLNTGVT RASRLENGSD TSSKSLSMGN STHTSMTDTE KSEVSSSIHP RPETSAPGAE
      1930       1940       1950       1960       1970       1980
TTLTSTPGNR AISLTLPFSS IPVEEVISTG ITSGPDINSA PMTHSPITPP TIVWTSTGTI
      1990       2000       2010       2020       2030       2040
EQSTQPLHAV SSEKVSVQTQ STPYVNSVAV SASPTHENSV SSGSSTSSPY SSASLESLDS
      2050       2060       2070       2080       2090       2100
TISRRNAITS WLWDLTTSLP TTTWPSTSLS EALSSGHSGV SNPSSTTTEF PLFSAASTSA
      2110       2120       2130       2140       2150       2160
AKQRNPETET HGPQNTAAST LNTDASSVTG LSETPVGASI SSEVPLPMAI TSRSDVSGLT
      2170       2180       2190       2200       2210       2220
SESTANPSLG TASSAGTKLT RTISLPTSES LVSFRMNKDP WTVSIPLGSH PTTNTETSIP
      2230       2240       2250       2260       2270       2280
VNSAGPPGLS TVASDVIDTP SDGAESIPTV SFSPSPDTEV TTISHFPEKT THSFRTISSL
      2290       2300       2310       2320       2330       2340
THELTSRVTP IPGDWMSSAM STKPTGASPS ITLGERRTIT SAAPTTSPIV LTASFTETST
      2350       2360       2370       2380       2390       2400
VSLDNETTVK TSDILDARKT NELPSDSSSS SDLINTSIAS STMDVTKTAS ISPTSISGMT
      2410       2420       2430       2440       2450       2460
ASSSPSLFSS DRPQVPTSTT ETNTATSPSV SSNTYSLDGG SNVGGTPSTL PPFTITHPVE
      2470       2480       2490       2500       2510       2520
TSSALLAWSR PVRTFSTMVS TDTASGENPT SSNSVVTSVP APGTWASVGS TTDLPAMGFL
      2530       2540       2550       2560       2570       2580
KTSPAGEAHS LLASTIEPAT AFTPHLSAAV VTGSSATSEA SLLTTSESKA IHSSPQTPTT
      2590       2600       2610       2620       2630       2640
PTSGANWETS ATPESLLVVT ETSDTTLTSK ILVTDTILFS TVSTPPSKFP STGTLSGASF
      2650       2660       2670       2680       2690       2700
PTLLPDTPAI PLTATEPTSS LATSFDSTPL VTIASDSLGT VPETTLTMSE TSNGDALVLK
      2710       2720       2730       2740       2750       2760
TVSNPDRSIP GITIQGVTES PLHPSSTSPS KIVAPRNTTY EGSITVALST LPAGTTGSLV
      2770       2780       2790       2800       2810       2820
FSQSSENSET TALVDSSAGL ERASVMPLTT GSQGMASSGG IRSGSTHSTG TKTFSSLPLT
      2830       2840       2850       2860       2870       2880
MNPGEVTAMS EITTNRLTAT QSTAPKGIPV KPTSAESGLL TPVSASSSPS KAFASLTTAP
      2890       2900       2910       2920       2930       2940
PSTWGIPQST LTFEFSEVPS LDTKSASLPT PGQSLNTIPD SDASTASSSL SKSPEKNPRA
      2950       2960       2970       2980       2990       3000
RMMTSTKAIS ASSFQSTGFT ETPEGSASPS MAGHEPRVPT SGTGDPRYAS ESMSYPDPSK
      3010       3020       3030       3040       3050       3060
ASSAMTSTSL ASKLTTLFST GQAARSGSSS SPISLSTEKE TSFLSPTAST SRKTSLFLGP
      3070       3080       3090       3100       3110       3120
SMARQPNILV HLQTSALTLS PTSTLNMSQE EPPELTSSQT IAEEEGTTAE TQTLTFTPSE
      3130       3140       3150      3160        3170       3180
TPTSLLPVSS PTEPTARRKS SPETWASSIS VPAKTSLVET TDGTLVTTIK MSSQAAQGNS
      3190       3200       3210       3220       3230       3240
TWPAPAEETG TSPAGTSPGS PEVSTTLKIM SSKEPSISPE IRSTVRNSPW KTPETTVPME
      3250       3260       3270       3280       3290       3300
TTVEPVTLQS TALGSGSTSI SHLPTGTTSP TKSPTENMLA TERVSLSPSP PEAWTNLYSG
      3310       3320       3330       3340       3350       3360
TPGGTRQSLA TMSSVSLESP TARSITGTGQ QSSPELVSKT TGMEFSMWHG STGGTTGDTH
      3370       3380       3390       3400       3410       3420
VSLSTSSNIL EDPVTSPNSV SSLTDKSKHK TETWVSTTAI PSTVLNNKIM AAEQQTSRSV
      3430       3440       3450       3460       3470       3480
DEAYSSTSSW SDQTSGSDIT LGASPDVTNT LYITSTAQTT SLVSLPSGDQ GITSLTNPSG
      3490       3500       3510       3520       3530       3540
GKTSSASSVT SPSIGLETLR ANVSAVKSDI APTAGHLSQT SSPAEVSILD VTTAPTPGIS
      3550       3560       3570       3580       3590       3600
TTITTMGTNS ISTTTPNPEV GMSTMDSTPA TERRTTSTEH PSTWSSTAAS DSWTVTDMTS
      3610       3620       3630       3640       3650       3660
NLKVARSPGT ISTMHTTSFL ASSTELDSMS TPHGRITVIG TSLVTPSSDA SAVKTETSTS
      3670       3680       3690       3700       3710       3720
ERTLSPSDTT ASTPISTFSR VQRMSISVPD ILSTSWTPSS TEAEDVPVSM VSTDHASTKT
      3730       3740       3750       3760       3770       3780
DPNTPLSTFL FDSLSTLDWD TGRSLSSATA TTSAPQGATT PQELTLETMI SPATSQLPFS
      3790       3800       3810       3820       3830       3840
IGHITSAVTP AAMARSSGVT FSRPDPTSKK AEQTSTQLPT TTSAHPGQVP RSAATTLDVI
      3850       3860       3870       3880       3890       3900
PHTAKTPDAT FQRQGQTALT TEARATSDSW NEKEKSTPSA PWITEMMNSV SEDTIKEVTS
      3910       3920       3930       3940       3950       3960
SSSVLKDPEY AGHKLGIWDD FIPKFGKAAH MRELPLLSPP QDKEAIHPST NTVETTGWVT
      3970       3980       3990       4000       4010       4020
SSEHASHSTI PAHSASSKLT SPVVTTSTRE QAIVSMSTTT WPESTRARTE PNSFLTIELR
      4030       4040       4050       4060       4070       4080
DVSPYMDTSS TTQTSIISSP GSTAITKGPR TEITSSKRIS SSFLAQSMRS SDSPSEAITR
      4090       4100       4110       4120       4130       4140
LSNFPAMTES GGMILAMQTS PPGATSLSAP TLDTSATASW TGTPLATTQR FTYSEKTTLF
      4150       4160       4170       4180       4190       4200
SKGPEDTSQP SPPSVEETSS SSSLVPIHAT TSPSNILLTS QGHSPSSTPP VTSVFLSETS
      4210       4220       4230       4240       4250       4260
GLGKTTDMSR ISLEPGTSLP PNLSSTAGEA LSTYEASRDT KAIHHSADTA VTNMEATSSE
      4270       4280       4290       4300       4310       4320
YSPIPGHTKP SKATSPLVTS HIMGDITSST SVFGSSETTE IETVSSVNQG LQERSTSQVA
      4330       4340       4350       4360       4370       4380
SSATETSTVI THVSSGDATT HVTKTQATFS SGTSISSPHQ FITSTNTFTD VSTNPSTSLI
      4390       4400       4410       4420       4430       4440
MTESSGVTIT TQTGPTGAAT QGPYLLDTST MPYLTETPLA VTPDFMQSEK TTLISKGPKD
      4450       4460       4470       4480       4490       4500
VTWTSPPSVA ETSYPSSLTP FLVTTIPPAT STLQGQHTSS PVSATSVLTS GLVKTTDMLN
      4510       4520       4530       4540       4550       4560
TSMEPVTNSP QNLNNPSNEI LATLAATTDI ETIHPSINKA VTNMGTASSA HVLHSTLPVS
      4570       4580       4590       4600       4610       4620
SEPSTATSPM VPASSMGDAL ASISIPGSET TDIEGEPTSS LTAGRKENST LQEMNSTTES
      4630       4640       4650       4660       4670       4680
NIILSNVSVG AITEATKMEV PSFDATFIPT PAQSTKFPDI FSVASSRLSN SPPMTISTHM
      4690       4700       4710       4720       4730       4740
TTTQTGSSGA TSKIPLALDT STLETSAGTP SVVTEGFAHS KITTAMNNDV KDVSQTNPPF
      4750       4760       4770       4780       4790       4800
QDEASSPSSQ APVLVTTLPS SVAFTPQWHS TSSPVSMSSV LTSSLVKTAG KVDTSLETVT
      4810       4820       4830       4840       4850       4860
SSPQSMSNTL DDISVTSAAT TDIETTHPSI NTVVTNVGTT GSAFESHSTV SAYPEPSKVT
      4870       4880       4890       4900       4910       4920
SPNVTTSTME DTTISRSIPK SSKTTRTETE TTSSLTPKLR ETSISQEITS STETSTVPYK
      4930       4940       4950       4960       4970       4980
ELTGATTEVS RTDVTSSSST SFPGPDQSTV SLDISTETNT RLSTSPIMTE SAEITITTQT
      4990       5000       5010       5020       5030       5040
GPHGATSQDT FTMDPSNTTP QAGIHSAMTH GFSQLDVTTL MSRIPQDVSW TSPPSVDKTS
      5050       5060       5070       5080       5090       5100
SPSSFLSSPA MTTPSLISST LPEDKLSSPM TSLLTSGLVK ITDILRTRLE PVTSSLPNFS
      5110       5120       5130       5140       5150       5160
STSDKILATS KDSKDTKEIF PSINTEETNV KANNSGHESH SPALADSETP KATTQMVITT
      5170       5180       5190       5200       5210       5220
TVGDPAPSTS MPVHGSSETT NIKREPTYFL TPRLRETSTS QESSFPTDTS FLLSKVPTGT
      5230       5240       5250       5260       5270       5280
ITEVSSTGVN SSSKISTPDH DKSTVPPDTF TGEIPRVFTS SIKTKSAEMT ITTQASPPES
      5290       5300       5310       5320       5330       5340
ASHSTLPLDT STTLSQGGTH STVTQGFPYS EVTTLMGMGP GNVSWMTTPP VEETSSVSSL
      5350       5360       5370       5380       5390       5400
MSSPAMTSPS PVSSTSPQSI PSSPLPVTAL PTSVLVTTTD VLGTTSPESV TSSPPNLSSI
      5410       5420       5430       5440       5450       5460
THERPATYKD TAHTEAAMHH STNTAVTNVG TSGSGHKSQS SVLADSETSK ATPLMSTTST
      5470       5480       5490       5500       5510       5520
LGDTSVSTST PNISQTNQIQ TEPTASLSPR LRESSTSEKT SSTTETNTAF SYVPTGAITQ
      5530       5540       5550       5560       5570       5580
ASRTEISSSR TSISDLDRPT IAPDISTGMI TRLFTSPIMT KSAEMTVTTQ TTTPGATSQG
      5590       5600       5610       5620       5630       5640
ILPWDTSTTL FQGGTHSTVS QGFPHSEITT LRSRTPGDVS WMTTPPVEET SSGFSLMSPS
      5650       5660       5670       5680       5690       5700
MTSPSPVSST SPESIPSSPL PVTALLTSVL VTTTNVLGTT SPETVTSSPP NLSSPTQERL
      5710       5720       5730       5740       5750       5760
TTYKDTAHTE AMHASMHTNT AVANVGTSIS GHESQSSVPA DSHTSKATSP MGITFAMGDT
      5770       5780       5790       5800       5810       5820
SVSTSTPAFF ETRIQTESTS SLIPGLRDTR TSEEINTVTE TSTVLSEVPT TTTTEVSRTE
      5830       5840       5850       5860       5870       5880
VITSSRTTIS GPDHSKMSPY ISTETITRLS TFPFVTGSTE MAITNQTGPI GTISQATLTL
      5890       5900       5910       5920       5930       5940
DTSSTASWEG THSPVTQRFP HSEETTTMSR STKGVSWQSP PSVEETSSPS SPVPLPAITS
      5950       5960       5970       5980       5990       6000
HSSLYSAVSG SSPTSALPVT SLLTSGRRKT IDMLDTHSEL VTSSLPSASS FSGEILTSEA
      6010       6020       6030       6040       6050       6060
STNTETIHFS ENTAETNMGT TNSMHKLHSS VSIHSQPSGH TPPKVTGSMM EDAIVSTSTP
      6070       6080       6090       6100       6110       6120
GSPETKNVDR DSTSPLTPEL KEDSTALVMN STTESNTVFS SVSLDAATEV SRAEVTYYDP
      6130       6140       6150       6160       6170       6180
TFMPASAQST KSPDISPEAS SSHSNSPPLT ISTHKTIATQ TGPSGVTSLG QLTLDTSTIA
      6190       6200       6210       6220       6230       6240
TSAGTPSART QDFVDSETTS VMNNDLNDVL KTSPFSAEEA NSLSSQAPLL VTTSPSPVTS
      6250       6260       6270       6280       6290       6300
TLQEHSTSSL VSVTSVPTPT LAKITDMDTN LEPVTRSPQN LRNTLATSEA TTDTHTMHPS
      6310       6320       6330       6340       6350       6360
INTAMANVGT TSSPNEFYFT VSPDSDPYKA TSAVVITSTS GDSIVSTSMP RSSAMKKIES
      6370       6380       6390       6400       6410       6420
ETTFSLIFRL RETSTSQKIG SSSDTSTVFD KAFTAATTEV SRTELTSSSR TSIQGTEKPT
     6430        6440       6450       6460       6470       6480
MSPDTSTRSV TMLSTFAGLT KSEERTIATQ TGPHRATSQG TLTWDTSITT SQAGTHSAMT
     6490        6500       6510       6520       6530       6540
HGFSQLDLST LTSRVPEYIS GTSPPSVEKT SSSSSLLSLP AITSPSPVPT TLPESRPSSP
     6550        6560       6570       6580       6590       6600
VHLTSLPTSG LVKTTDMLAS VASLPPNLGS TSHKIPTTSE DIKDTEKMYP STNIAVTNVG
      6610       6620       6630       6640       6650       6660
TTTSEKESYS SVPAYSEPPK VTSPMVTSFN IRDTIVSTSM PGSSEITRIE MESTFSVAHG
      6670       6680       6690       6700       6710       6720
LKGTSTSQDP IVSTEKSAVL HKLTTGATET SRTEVASSRR TSIPGPDHST ESPDISTEVI
      6730       6740       6750       6760       6770       6780
PSLPISLGIT ESSNMTIITR TGPPLGSTSQ GTFTLDTPTT SSRAGTHSMA TQEFPHSEMT
      6790       6800       6810       6820       6830       6840
TVMNKDPEIL SWTIPPSIEK TSFSSSLMPS PAMTSPPVSS TLPKTIHTTP SPMTSLLTPS
      6850       6860       6870       6880       6890       6900
LVMTTDTLGT SPEPTTSSPP NLSSTSHVIL TTDEDTTAIE AMHPSTSTAA TNVETTCSGH
      6910       6920       6930       6940       6950       6960
GSQSSVLTDS EKTKATAPMD TTSTMGHTTV STSMSVSSET TKIKRESTYS LTPGLRETSI
      6970       6980       6990       7000       7010       7020
SQNASFSTDT SIVLSEVPTG TTAEVSRTEV TSSGRTSIPG PSQSTVLPEI STRTMTRLFA
      7030       7040       7050       7060       7070       7080
SPTMTESAEM TIPTQTGPSG STSQDTLTLD TSTTKSQAKT HSTLTQRFPH SEMTTLMSRG
      7090       7100       7110       7120       7130       7140
PGDMSWQSSP SLENPSSLPS LLSLPATTSP PPISSTLPVT ISSSPLPVTS LLTSSPVTTT
      7150       7160       7170       7180       7190       7200
DMLHTSPELV TSSPPKLSHT SDERLTTGKD TTNTEAVHPS TNTAASNVEI PSFGHESPSS
      7210       7220       7230       7240       7250       7260
ALADSETSKA TSPMFITSTQ EDTTVAISTP HFLETSRIQK ESISSLSPKL RETGSSVETS
      7270       7280       7290       7300       7310       7320
SAIETSAVLS EVSIGATTEI SRTEVTSSSR TSISGSAEST MLPEISTTRK IIKFPTSPIL
      7330       7340       7350       7360       7370       7380
AESSEMTIKT QTSPPGSTSE STFTLDTSTT PSLVITHSTM TQRLPHSEIT TLVSRGAGDV
      7390       7400       7410       7420       7430       7440
PRPSSLPVEE TSPPSSQLSL SAMISPSPVS STLPASSHSS SASVTSPLTP GQVKTTEVLD
      7450       7460       7470       7480       7490       7500
ASAEPETSSP PSLSSTSVEI LATSEVTTDT EKIHPFPNTA VTKVGTSSSG HESPSSVLPD
      7510       7520       7530       7540       7550       7560
SETTKATSAM GTISIMGDTS VSTLTPALSN TRKIQSEPAS SLTTRLRETS TSEETSLATE
      7570       7580       7590       7600       7610       7620
ANTVLSKVST GATTEVSRTE AISFSRTSMS GPEQSTMSQD ISIGTIPRIS ASSVLTESAK
      7630       7640       7650       7660       7670       7680
MTITTQTGPS ESTLESTLNL NTATTPSWVE THSTVIQGFP HPEMTTSMGR GPGGVSWPSP
      7690       7700       7710       7720       7730       7740
PFVKETSPPS SPLSLPAVTS PHPVSTTFLA HIPPSPLPVT SLLTSGPATT TDILGTSTEP
      7750       7760       7770       7780       7790       7800
GTSSSSSLST TSHERLTTYK DTAHTEAVHP STNTGGTNVA TTSSGYKSQS SVLADSSPMC
      7810       7820       7830       7840       7850       7860
TTSTMGDTSV LTSTPAFLET RRIQTELASS LTPGLRESSG SEGTSSGTKM STVLSKVPTG
      7870       7880       7890       7900       7910       7920
ATTEISKEDV TSIPGPAQST ISPDISTRTV SWFSTSPVMT ESAEITMNTH TSPLGATTQG
      7930       7940       7950       7960       7970       7980
TSTLATSSTT SLTMTHSTIS QGFSHSQMST LMRRGPEDVS WMSPPLLEKT RPSFSLMSSP
      7990       8000       8010       8020       8030       8040
ATTSPSPVSS TLPESISSSP LPVTSLLTSG LAKTTDMLHK SSEPVTNSPA NLSSTSVEIL
      8050       8060       8070       8080       8090       8100
ATSEVTTDTE KTHPSSNRTV TDVGTSSSGH ESTSFVLADS QTSKVTSPMV ITSTMEDTSV
      8110       8120       8130       8140       8150       8160
STSTPGFFET SRIQTEPTSS LTLGLRKTSS SEGTSLATEM STVLSGVPTG ATAEVSRTEV
      8170       8180       8190       8200       8210       8220
TSSSRTSISG FAQLTVSPET STETITRLPT SSIMTESAEM MIKTQTDPPG STPESTHTVD
      8230       8240       8250       8260       8270       8280
ISTTPNWVET HSTVTQRFSH SEMTTLVSRS PGDMLWPSQS SVEETSSASS LLSLPATTSP
      8290       8300       8310       8320       8330       8340
SPVSSTLVED FPSASLPVTS LLTPGLVITT DRMGISREPG TSSTSNLSST SHERLTTLED
      8350       8360       8370       8380       8390       8400
TVDTEDMQPS THTAVTNVRT SISGHESQSS VLSDSETPKA TSPMGTTYTM GETSVSISTS
      8410       8420       8430       8440       8450       8460
DFFETSRIQI EPTSSLTSGL RETSSSERIS SATEGSTVLS EVPSGATTEV SRTEVISSRG
      8470       8480       8490       8500       8510       8520
TSMSGPDQFT ISPDISTEAI TRLSTSPIMT ESAESAITIE TGSPGATSEG TLTLDTSTTT
      8530       8540       8550       8560       8570       8580
FWSGTHSTAS PGFSHSEMTT LMSRTPGDVP WPSLPSVEEA SSVSSSLSSP AMTSTSFFSA
      8590       8600       8610       8620       8630       8640
LPESISSSPH PVTALLTLGP VKTTDMLRTS SEPETSSPPN LSSTSAEILA TSEVTKDREK
      8650       8660       8670       8680       8690       8700
IHPSSNTPVVNVGTVIYKHL  SPSSVLADLV TTKPTSPMAT TSTLGNTSVS TSTPAFPETM
      8710       8720       8730       8740       8750       8760
MTQPTSSLTS GLREISTSQE TSSATERSAS LSGMPTGATT KVSRTEALSL GRTSTPGPAQ
      8770       8780       8790       8800       8810       8820
STISPEISTE TITRISTPLT TTGSAEMTIT PKTGHSGASS QGTFTLDTSS RASWPGTHSA
      8830       8840       8850       8860       8870       8880
ATHRSPHSGM TTPMSRGPED VSWPSRPSVE KTSPPSSLVS LSAVTSPSPL YSTPSESSHS
      8890       8900       8910       8920       8930       8940
SPLRVTSLFT PVMMKTTDML DTSLEPVTTS PPSMNITSDE SLATSKATME TEAIQLSENT
      8950       8960       8970       8980       8990       9000
AVTQMGTISA RQEFYSSYPG LPEPSKVTSP VVTSSTIKDI VSTTIPASSE ITRIEMESTS
      9010       9020       9030       9040       9050       9060
TLTPTPRETS TSQEIHSATK PSTVPYKALT SATIEDSMTQ VMSSSRGPSP DQSTMSQDIS
      9070       9080       9090       9100       9110       9120
SEVITRLSTS PIKAESTEMT ITTQTGSPGA TSRGTLTLDT STTFMSGTHS TASQGFSHSQ
      9130       9140       9150       9160       9170       9180
MTALMSRTPG DVPWLSHPSV EEASSASFSL SSPVMTSSSP VSSTLPDSIH SSSLPVTSLL
      9190       9200       9210       9220       9230       9240
TSGLVKTTEL LGTSSEPETS SPPNLSSTSA EILATTEVTT DTEKLEMTNV VTSGYTHESP
      9250       9260       9270       9280       9290       9300
SSVLADSVTT KATSSMGITY PTGDTNVLTS TPAFSDTSRI QTKSKLSLTP GLMETSISEE
      9310       9320       9330       9340       9350       9360
TSSATEKSTV LSSVPTGATT EVSRTEAISS SRTSIPGPAQ STMSSDTSME TITRISTPLT
      9370       9380       9390       9400       9410       9420
RKESTDMAIT PKTGPSGATS QGTFTLDSSS TASWPGTHSA TTQRFPQSVV TTPMSRGPED
      9430       9440       9450       9460       9470       9480
VSWPSPLSVE KNSPPSSLVS SSSVTSPSPL YSTPSGSSHS SPVPVTSLFT SIMMKATDML
      9490       9500       9510       9520       9530       9540
DASLEPETTS APNMNITSDE SLATSKATTE TEAIHVFENT AASHVETTSA TEELYSSSPG
      9550       9560       9570       9580       9590       9600
FSEPTKVISP VVTSSSIRDN MVSTTMPGSS GITRIEIESM SSLTPGLRET RTSQDITSST
      9610       9620       9630       9640       9650       9660
ETSTVLYKMS SGATPEVSRT EVMPSSRTSI PGPAQSTMSL DISDEVVTRL STSPIMTESA
      9670       9680       9690       9700       9710       9720
EITITTQTGY SLATSQVTLP LGTSMTFLSG THSTMSQGLS HSEMTNLMSR GPESLSWTSP
      9730       9740       9750       9760       9770       9780
RFVETTRSSS SLTSLPLTTS LSPVSSTLLD SSPSSPLPVT SLILPGLVKT TEVLDTSSEP
      9790       9800       9810       9820       9830       9840
KTSSSPNLSS TSVEIPATSE IMTDTEKIHP SSNTAVAKVR TSSSVHESHS SVLADSETTI
      9850       9860       9870       9880       9890       9900
TIPSMGITSA VDDTTVFTSN PAFSETRRIP TEPTFSLTPG FRETSTSEET TSITETSAVL
      9910       9920       9930       9940       9950       9960
YGVPTSATTE VSMTEIMSSN RTHIPDSDQS TMSPDIITEV ITRLSSSSMM SESTQMTITT
      9970       9980       9990      10000      10010      10020
QKSSPGATAQ STLTLATTTA PLARTHSTVP PRFLHSEMTT LMSRSPENPS WKSSPFVEKT
     10030      10040      10050      10060      10070      10080
SSSSSLLSLP VTTSPSVSST LPQSIPSSSF SVTSLLTPGM VKTTDTSTEP GTSLSPNLSG
     10090      10100      10110      10120      10130      10140
TSVEILAASE VTTDTEKIHP SSSMAVTNVG TTSSGHELYS SVSIHSEPSK ATYPVGTPSS
     10150      10160      10170      10180      10190      10200
MAETSISTSM PANFETTGFE AEPFSHLTSG FRKTNMSLDT SSVTPTNTPS SPGSTHLLQS
     10210      10220      10230      10240      10250      10260
SKTDFTSSAK TSSPDWPPAS QYTEIPVDII TPFNASPSIT ESTGITSFPE SRFTMSVTES
     10270      10280      10290      10300      10310      10320
THHLSTDLLP SAETISTGTV MPSLSEAMTS FATTGVPRAI SGSGSPFSRT ESGPGDATLS
     10330      10340      10350      10360      10370      10380
TIAESLPSST PVPFSSSTFT TTDSSTIPAL HEITSSSATP YRVDTSLGTE SSTTEGRLVM
     10390      10400      10410      10420      10430      10440
VSTLDTSSQP GRTSSTPILD TRMTESVELG TVTSAYQVPS LSTRLTRTDG IMEHITKIPN
     10450      10460      10470      10480      10490      10500
EAAHRGTIRP VKGPQTSTSP ASPKGLHTGG TKRMETTTTA LKTTTTALKT TSRATLTTSV
     10510      10520      10530      10540      10550      10560
YTPTLGTLTP LNASRQMAST ILTEMMITTP YVFPDVPETT SSLATSLGAE TSTALPRTTP
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SVLNRESETT ASLVSRSGAE RSPVIQTLDV SSSEPDTTAS WVIHPAETIP TVSKTTPNFF
     10630      10640      10650      10660      10670      10680
HSELDTVSST ATSHGADVSS AIPTNISPSE LDALTPLVTI SGTDTSTTFP TLTKSPHETE
     10690      10700      10710      10720      10730      10740
TRTTWLTHPA ETSSTIPRTI PNFSHHESDA TPSIATSPGA ETSSAIPIMT VSPGAEDLVT
     10750      10760      10770      10780      10790      10800
SQVTSSGTDR NMTIPTLTLS PGEPKTIASL VTHPEAQTSS AIPTSTISPA VSRLVTSMVT
     10810      10820      10830      10840      10850      10860
SLAAKTSTTN RALTNSPGEP ATTVSLVTHP AQTSPTVPWT TSIFFHSKSD TTPSMTTSHG
     10870      10880      10890      10900      10910      10920
AESSSAVPTP TVSTEVPGVV TPLVTSSRAV ISTTIPILTL SPGEPETTPS MATSHGEEAS
     10930      10940      10950      10960      10970      10980
SAIPTPTVSP GVPGVVTSLV TSSRAVTSTT IPILTFSLGE PETTPSMATS HGTEAGSAVP
     10990      11000      11010      11020      11030      11040
TVLPEVPGMV TSLVASSRAV TSTTLPTLTL SPGEPETTPS MATSHGAEAS STVPTVSPEV
     11050      11060      11070      11080      11090      11100
PGVVTSLVTS SSGVNSTSIP TLILSPGELE TTPSMATSHG AEASSAVPTP TVSPGVSGVV
     11110      11120      11130      11140      11150      11160
TPLVTSSRAV TSTTIPILTL SSSEPETTPS MATSHGVEAS SAVLTVSPEV PGMVTSLVTS
     11170      11180      11190      11200      11210      11220
SRAVTSTTIP TLTISSDEPE TTTSLVTHSE AKMISAIPTL AVSPTVQGLV TSLVTSSGSE
     11230      11240      11250      11260      11270      11280
TSAFSNLTVA SSQPETIDSW VAHPGTEASS VVPTLTVSTG EPFTNISLVT HPAESSSTLP
     11290      11300      11310      11320      11330      11340
RTTSRFSHSE LDTMPSTVTS PEAESSSAIS TTISPGIPGV LTSLVTSSGR DISATFPTVP
     11350      11360      11370      11380      11390      11400
ESPHESEATA SWVTHPAVTS TTVPRTTPNY SHSEPDTTPS IATSPGAEAT SDFPTITVSP
     11410      11420      11430      11440      11450      11460
DVPDMVTSQV TSSGTDTSIT IPTLTLSSGE PETTTSFITY SETHTSSAIP TLPVSPGASK
     11470      11480      11490      11500      11510      11520
MLTSLVISSG TDSTTTFPTL TETPYEPETT AIQLIHPAET NTMVPKTTPK FSHSKSDTTL
     11530      11540      11550      11560      11570      11580
PVAITSPGPE ASSAVSTTTI SPDMSDLVTS LVPSSGTDTS TTFPTLSETP YEPETTVTWL
     11590      11600      11610      11620      11630      11640
THPAETSTTV SGTIPNFSHR GSDTAPSMVT SPGVDTRSGV PTTTIPPSIP GVVTSQVTSS
     11650      11660      11670      11680      11690      11700
ATDTSTAIPT LTPSPGEPET TASSATHPGT QTGFTVPIRT VPSSEPDTMA SWVTHPPQTS
     11710      11720      11730      11740      11750      11760
TPVSRTTSSF SHSSPDATPV MATSPRTEAS SAVLTTISPG APEMVTSQIT SSGAATSTTV
     11770      11780      11790      11800      11810      11820
PTLTHSPGMP ETTALLSTHP RTGTSKTFPA STVFPQVSET TASLTIRPGA ETSTALPTQT
     11830      11840      11850      11860      11870      11880
TSSLFTLLVT GTSRVDLSPT ASPGVSAKTA PLSTHPGTET STMIPTSTLS LGLLETTGLL
     11890      11900      11910      11920      11930      11940
ATSSSAETST STLTLTVSPA VSGLSSASIT TDKPQTVTSW NTETSPSVTS VGPPEFSRTV
     11950      11960      11970      11980      11990      12000
TGTTMTLIPS EMPTPPKTSH GEGVSPTTIL RTTMVEATNL ATTGSSPTVA KTTTTFNTLA
     12010      12020      12030      12040      12050      12060
GSLFTPLTTP GMSTLASESV TSRTSYNHRS WISTTSSYNR RYWTPATSTP VTSTFSPGIS
     12070      12080      12090      12100      12110      12120
TSSIPSSTAA TVPFMVPFTL NFTITNLQYE EDMRHPGSRK FNATERELQG LLKPLFRNSS
     12130      12140      12150      12160      12170      12180
LEYLYSGCRL ASLRPEKDSS AMAVDAICTH RPDPEDLGLD RERLYWELSN LTNGIQELGP
     12190      12200      12210      12220      12230      12240
YTLDRNSLYV NGFTHRSSMP TTSTPGTSTV DVGTSGTPSS SPSPTAAGPL LMPFTLNFTI
     12250      12260      12270      12280      12290      12300
TNLQYEEDMR RTGSRKFNTM ESVLQGLLKP LFKNTSVGPL YSGCRLTLLR PEKDGAATGV
     12310      12320      12330      12340      12350      12360
DAICTHRLDP KSPGLNREQL YWELSKLTND IEELGPYTLD RNSLYVNGFT HQSSVSTTST
     12370      12380      12390      12400      12410      12420
PGTSTVDLRT SGTPSSLSSP TIMAAGPLLV PFTLNFTITN LQYGEDMGHP GSRKFNTTER
     12430      12440      12450      12460      12470      12480
VLQGLLGPIF KNTSVGPLYS GCRLTSLRSE KDGAATGVDA ICIHHLDPKS PGLNRERLYW
     12490      12500      12510      12520      12530      12540
ELSQLTNGIK ELGPYTLDRN SLYVNGFTHR TSVPTTSTPG TSTVDLGTSG TPFSLPSPAT
     12550      12560      12570      12580      12590      12600
AGPLLVLFTL NFTITNLKYE EDMHRPGSRK FNTTERVLQT LLGPMFKNTS VGLLYSGCRL
     12610      12620      12630      12640      12650      12660
TLLRSEKDGA ATGVDAICTH RLDPKSPGLD REQLYWELSQ LTNGIKELGP YTLDRNSLYV
     12670      12680      12690      12700      12710      12720
NGFTHWIPVP TSSTPGTSTV DLGSGTPSSL PSPTAAGPLL VPFTLNFTIT NLQYEEDMHH
     12730      12740      12750      12760      12770      12780
PGSRKFNTTE RVLQGLLGPM FKNTSVGLLY SGCRLTLLRS EKDGAATGVD AICTHRLDPK
     12790      12800      12810      12820      12830      12840
SPGVDREQLY WELSQLTNGI KELGPYTLDR NSLYVNGFTH QTSAPNTSTP GTSTVDLGTS
     12850      12860      12870      12880      12890      12900
GTPSSLPSPT SAGPLLVPFT LNFTITNLQY EEDMRHPGSR KFNTTERVLQ GLLKPLFKST
     12910      12920      12930      12940      12950      12960
SVGPLYSGCR LTLLRSEKDG AATGVDAICT HRLDPKSPGV DREQLYWELS QLTNGIKELG
     12970      12980      12990      13000      13010      13020
PYTLDRNSLY VNGFTHQTSA PNTSTPGTST VDLGTSGTPS SLPSPTSAGP LLVPFTLNFT
     13030      13040      13050      13060      13070      13080
ITNLQYEEDM HHPGSRKFNT TERVLQGLLG PMFKNTSVGL LYSGCRLTLL RPEKNGAATG
     13090      13100      13110      13120      13130      13140
MDAICSHRLD PKSPGLNREQ LYWELSQLTH GIKELGPYTL DRNSLYVNGF THRSSVAPTS
     13150      13160      13170      13180      13190      13200
TPGTSTVDLG TSGTPSSLPS PTTAVPLLVP FTLNFTITNL QYGEDMRHPG SRKFNTTERV
     13210      13220      13230      13240      13250      13260
LQGLLGPLFK NSSVGPLYSG CRLISLRSEK DGAATGVDAI CTHHLNPQSP GLDREQLYWQ
     13270      13280      13290      13300      13310      13320
LSQMTNGIKE LGPYTLDRNS LYVNGFTHRS SGLTTSTPWT STVDLGTSGT PSPVPSPTTA
     13330      13340      13350      13360      13370      13380
GPLLVPFTLN FTITNLQYEE DMHRPGSRKF NTTERVLQGL LSPIFKNSSV GPLYSGCRLT
     13390      13400      13410      13420      13430      13440
SLRPEKDGAA TGMDAVCLYH PNPKRPGLDR EQLYWELSQL THNITELGPY SLDRDSLYVN
     13450      13460      13470      13480      13490      13500
GFTHQNSVPT TSTPGTSTVY WATTGTPSSF PGHTEPGPLL IPFTFNFTIT NLHYEENMQH
     13510      13520      13530      13540      13550      13560
PGSRKFNTTE RVLQGLLKPL FKNTSVGPLY SGCRLTSLRP EKDGAATGMD AVCLYHPNPK
     13570      13580      13590      13600      13610      13620
RPGLDREQLY WELSQLTHNI TELGPYSLDR DSLYVNGFTH QNSVPTTSTP GTSTVYWATT
     13630      13640      13650      13660      13670      13680
GTPSSFPGHT EPGPLLIPFT FNFTITNLHY EENMQHPGSR KFNTTERVLQ GLLKPLFKNT
     13690      13700      13710      13720      13730      13740
SVGPLYSGCR LTLLRPEKHE AATGVDTICT HRVDPIGPGL DRERLYWELS QLTNSITELG
     13750      13760      13770      13780      13790      13800
PYTLDRDSLY VNGFNPRSSV PTTSTPGTST VHLATSGTPS SLPGHTAPVP LLIPFTLNFT
     13810      13820      13830      13840      13850      13860
ITNLHYEENM QHPGSRKFNT TERVLQGLLK PLFKNTSVGP LYSGCRLTLL RPEKHEAATG
     13870      13880      13890      13900      13910      13920
VDTICTHRVD PIGPGLXXEX LYWELSXLTX XIXELGPYTL DRXSLYVNGF THXXSXPTTS
     13930      13940      13950      13960      13970      13980
TPGTSTVXXG TSGTPSSXPX XTSAGPLLVP FTLNFTITNL QYEEDMHHPG SRKFNTTERV
     13990      14000      14010      14020      14030      14040
LQGLLGPMFK NTSVGLLYSG CRLTLLRPEK NGAATGMDAI CSHRLDPKSP GLDREQLYWE
     14050      14060      14070      14080      14090      14100
LSQLTHGIKE LGPYTLDRNS LYVNGFTHRS SVAPTSTPGT STVDLGTSGT PSSLPSPTTA
     14110      14120      14130      14140      14150      14160
VPLLVPFTLN FTITNLQYGE DMRHPGSRKF NTTERVLQGL LGPLFKNSSV GPLYSGCRLI
     14170      14180      14190      14200      14210      14220
SLRSEKDGAA TGVDAICTHH LNPQSPGLDR EQLYWQLSQM TNGIKELGPY TLDRNSLYVN
     14230      14240      14250      14260      14270      14280
GFTHRSSGLT TSTPWTSTVD LGTSGTPSPV PSPTTAGPLL VPFTLNFTIT NLQYEEDMHR
     14290      14300      14310      14320      14330      14340
PGSRKFNATE RVLQGLLSPI FKNSSVGPLY SGCRLTSLRP EKDGAATGMD AVCLYHPNPK
     14350      14360      14370      14380      14390      14400
RPGLDREQLY WELSQLTHNI TELGPYSLDR DSLYVNGFTH QSSMTTTRTP DTSTMHLATS
     14410      14420      14430      14440      14450      14460
RTPASLSGPT TASPLLVLFT INCTITNLQY EEDMRRTGSR KFNTMESVLQ GLLKPLFKNT
     14470      14480      14490      14500      14510      14520
SVGPLYSGCR LTLLRPKKDG AATGVDAICT HRLDPKSPGL NREQLYWELS KLTNDIEELG
     14530      14540      14550      14560      14570      14580
PYTLDRNSLY VNGFTHQSSV STTSTPGTST VDLRTSGTPS SLSSPTIMXX XPLLXPFTXN
     14590      14600      14610      14620      14630      14640
XTITNLXXXX XMXXPGSRKF NTTERVLQGL LRPLFKNTSV SSLYSGCRLT LLRPEKDGAA
     14650      14660      14670      14680      14690      14700
TRVDAACTYR PDPKSPGLDR EQLYWELSQL THSITELGPY TLDRVSLYVN GFNPRSSVPT
     14710      14720      14730      14740      14750      14760
TSTPGTSTVH LATSGTPSSL PGHTXXXPLL XPFTXNXTIT NLXXXXXMXX PGSRKFNTTE
     14770      14780      14790      14800      14810      14820
RVLQGLLKPL FRNSSLEYLY SGCRLASLRP EKDSSAMAVD AICTHRPDPE DLGLDRERLY
     14830      14840      14850      14860      14870      14880
WELSNLTNGI QELGPYTLDR NSLYVNGFTH RSSGLTTSTP WTSTVDLGTS GTPSPVPSPT
     14890      14900      14910      14920      14930      14940
TAGPLLVPFT LNFTITNLQY EEDMHRPGSR RFNTTERVLQ GLLTPLFKNT SVGPLYSGCR
     14950      14960      14970      14980      14990      15000
LTLLRPEKQE AATGVDTICT HRVDPIGPGL DRERLYWELS QLTNSITELG PYTLDRDSLY
     15010      15020      15030      15040      15050      15060
VNGFNPWSSV PTTSTPGTST VHLATSGTPS SLPGHTAPVP LLIPFTLNFT ITDLHYEENM
     15070      15080      15090      15100      15110      15120
QHPGSRKFNT TERVLQGLLK PLFKSTSVGP LYSGCRLTLL RPEKHGAATG VDAICTLRLD
     15130      15140      15150      15160      15170      15180
PTGPGLDRER LYWELSQLTN SVTELGPYTL DRDSLYVNGF THRSSVPTTS IPGTSAVHLE
     15190      15200      15210      15220      15230      15240
TSGTPASLPG HTAPGPLLVP FTLNFTITNL QYEEDMRHPG SRKFSTTERV LQGLLKPLFK
     15250      15260      15270      15280      15290      15300
NTSVSSLYSG CRLTLLRPEK DGAATRVDAV CTHRPDPKSP GLDRERLYWK LSQLTHGITE
     15310      15320      15330      15340      15350      15360
LGPYTLDRHS LYVNGFTHQS SMTTTRTPDT STMHLATSRT PASLSGPTTA SPLLVLFTIN
     15370      15380      15390      15400      15410      15420
FTITNLRYEE NMHHPGSRKF NTTERVLQGL LRPVFKNTSV GPLYSGCRLT TLRPKKDGAA
     15430      15440      15450      15460      15470      15480
TKVDAICTYR PDPKSPGLDR EQLYWELSQL THSITELGPY TQDRDSLYVN GFTHRSSVPT
     15490      15500      15510      15520      15530      15540
TSIPGTSAVH LETSGTPASL PGHTAPGPLL VPFTLNFTIT NLQYEEDMRH PGSRKFNTTE
     15550      15560      15570      15580      15590      15600
RVLQGLLKPL FKSTSVGPLY SGCRLTLLRP EKRGAATGVD TICTHRLDPL NPGLDREQLY
     15610      15620      15630      15640      15650      15660
WELSKLTRGI IELGPYLLDR GSLYVNGFTH RTSVPTTSTP GTSTVDLGTS GTPFSLPSPA
     15670      15680      15690      15700      15710      15720
XXXPLLXPFT XNXTITNLXX XXXMXXPGSR KFNTTERVLQ TLLGPMFKNT SVGLLYSGCR
     15730      15740      15750      15760      15770      15780
LTLLRSEKDG AATGVDAICT HRLDPKSPGV DREQLYWELS QLTNGIKELG PYTLDRNSLY
     15790      15800      15810      15820      15830      15840
VNGFTHWIPV PTSSTPGTST VDLGSGTPSS LPSPTTAGPL LVPFTLNFTI TNLKYEEDMH
     15850      15860      15870      15880      15890      15900
CPGSRKFNTT ERVLQSLLGP MFKNTSVGPL YSGCRLTLLR SEKDGAATGV DAICTHRLDP
     15910      15920      15930      15940      15950      15960
KSPGVDREQL YWELSQLTNG IKELGPYTLD RNSLYVNGFT HQTSAPNTST PGTSTVDLGT
     15970      15980      15990      16000      16010      16020
SGTPSSLPSP TXXXPLLXPF TXNXTITNLX XXXXMXXPGS RKFNTTEXVL QGLLXPXFKN
     16030      16040      16050      16060      16070      16080
XSVGXLYSGC RLTXLRXEKX GAATGXDAIC XHXXXPKXPG LXXEXLYWEL SXLTXXIXEL
     16090      16100      16110      16120      16130      16140
GPYTLDRXSL YVNGFTHWIP VPTSSTPGTS TVDLGSGTPS SLPSPTTAGP LLVPFTLNFT
     16150      16160      16170      16180      16190      16200
ITNLKYEEDM HCPGSRKFNT TERVLQSLLG PMFKNTSVGP LYSGCRLTSL RSEKDGAATG
     16210      16220      16230      16240      16250      16260
VDAICTHRVD PKSPGVDREQ LYWELSQLTN GIKELGPYTL DRNSLYVNGF THQTSAPNTS
     16270      16280      16290      16300      16310      16320
TPGTSTVXXG TSGTPSSXPX XTSAGPLLVP FTLNFTITNL QYEEDMHHPG SRKFNTTERV
     16330      16340      16350      16360      16370      16380
LQGLLGPMFK NTSVGLLYSG CRLTLLRPEK NGATTGMDAI CTHRLDPKSP GLXXEXLYWE
     16390      16400      16410      16420      16430      16440
LSXLTXXIXE LGPYTLDRXS LYVNGFTHXX SXPTTSTPGT STVXXGTSGT PSSXPXXTXX
     16450      16460      16470      16480      16490      16500
XPLLXPFTXN XTITNLXXXX XMXXPGSRKF NTTERVLQGL LKPLFRNSSL EYLYSGCRLA
     16510      16520      16530      16540      16550      16560
SLRPEKDSSA MAVDAICTHR PDPEDLGLDR ERLYWELSNL TNGIQELGPY TLDRNSLYVN
     16570      16580      16590      16600      16610      16620
GFTHRSSMPT TSTPGTSTVD VGTSGTPSSS PSPTTAGPLL IPFTLNFTIT NLQYGEDMGH
     16630      16640      16650      16660      16670      16680
PGSRKFNTTE RVLQGLLGPI FKNTSVGPLY SGCRLTSLRS EKDGAATGVD AICIHHLDPK
     16690      16700      16710      16720      16730      16740
SPGLNRERLY WELSQLTNGI KELGPYTLDR NSLYVNGFTH RTSVPTTSTP GTSTVDLGTS
     16750      16760      16770      16780      16790      16800
GTPFSLPSPA TAGPLLVLFT LNFTITNLKY EEDMHRPGSR KFNTTERVLQ TLLGPMFKNT
     16810      16820      16830      16840      16850      16860
SVGLLYSGCR LTLLRSEKDG AATGVDAICT HRLDPKSPGL XXEXLYWELS XLTXXIXELG
     16870      16880      16890      16900      16910      16920
PYTLDRXSLY VNGFTHXXSX PTTSTPGTST VXXGTSGTPS SXPXXTXXXP LLXPFTXNXT
     16930      16940      16950      16960      16970      16980
ITNLXXXXXM XXPGSRKFNT TERVLQGLLR PVFKNTSVGP LYSGCRLTLL RPKKDGAATK
     16990      17000      17010      17020      17030      17040
VDAICTYRPD PKSPGLDREQ LYWELSQLTH SITELGPYTQ DRDSLYVNGF THRSSVPTTS
     17050      17060      17070      17080      17090      17100
IPGTSAVHLE TTGTPSSFPG HTEPGPLLIP FTFNFTITNL RYEENMQHPG SRKFNTTERV
     17110      17120      17130      17140      17150      17160
LQGLLTPLFK NTSVGPLYSG CRLTLLRPEK QEAATGVDTI CTHRVDPIGP GLDRERLYWE
     17170      17180      17190      17200      17210      17220
LSQLTNSITE LGPYTLDRDS LYVDGFNPWS SVPTTSTPGT STVHLATSGT PSPLPGHTAP
     17230      17240      17250      17260      17270      17280
VPLLIPFTLN FTITDLHYEE NMQHPGSRKF NTTERVLQGL LKPLFKSTSV GPLYSGCRLT
     17290      17300      17310      17320      17330      17340
LLRPEKHGAA TGVDAICTLR LDPTGPGLDR ERLYWELSQL TNSITELGPY TLDRDSLYVN
     17350      17360      17370      17380      17390      17400
GFNPWSSVPT TSTPGTSTVH LATSGTPSSL PGHTTAGPLL VPFTLNFTIT NLKYEEDMHC
     17410      17420      17430      17440      17450      17460
PGSRKFNTTE RVLQSLHGPM FKNTSVGPLY SGCRLTLLRS EKDGAATGVD AICTHRLDPK
     17470      17480      17490      17500      17510      17520
SPGLXXEXLY WELSXLTXXI XELGPYTLDR XSLYVNGFTH XXSXPTTSTP GTSTVXXGTS
     17530      17540      17550      17560      17570      17580
GTPSSXPXXT XXXPLLXPFT XNXTITNLXX XXXMXXPGSR KFNTTEXVLQ GLLXPXFKNX
     17590      17600      17610      17620      17630      17640
SVGXLYSGCR LTXLRXEKXG AATGXDAICX HXXXPKXPGL XXEXLYWELS XLTNSITELG
     17650      17660      17670      17680      17690      17700
PYTLDRDSLY VNGFTHRSSM PTTSIPGTSA VHLETSGTPA SLPGHTAPGP LLVPFTLNFT
     17710      17720      17730      17740      17750      17760
ITNLQYEEDM RHPGSRKFNT TERVLQGLLK PLFKSTSVGP LYSGCRLTLL RPEKRGAATG
     17770      17780      17790      17800      17810      17820
VDTICTHRLD PLNPGLXXEX LYWELSXLTX XIXELGPYTL DRXSLYVNGF THXXSXPTTS
     17830      17840      17850      17860      17870      17880
TPGTSTVXXG TSGTPSSXPX XTXXXPLLXP FTXNXTITNL XXXXXMXXPG SRKFNTTEXV
     17890      17900      17910      17920      17930      17940
LQGLLXPXFK NXSVGXLYSG CRLTXLRXEK XGAATGXDAI CXHXXXPKXP GLXXEXLYWE
     17950      17960      17970      17980      17990      18000
LSXLTXXIXE LGPYTLDRXS LYVNGFHPRS SVPTTSTPGT STVHLATSGT PSSLPGHTAP
     18010      18020      18030      18040      18050      18060
VPLLIPFTLN FTITNLHYEE NMQHPGSRKF NTTERVLQGL LGPMFKNTSV GLLYSGCRLT
     18070      18080      18090      18100      18110      18120
LLRPEKNGAA TGMDAICSHR LDPKSPGLXX EXLYWELSXL TXXIXELGPY TLDRXSLYVN
     18130      18140      18150      18160      18170      18180
GFTHXXSXPT TSTPGTSTVX XGTSGTPSSX PXXTXXXPLL XPFTXNXTIT NLXXXXXMXX
     18190      18200      18210      18220      18230      18240
PGSRKFNTTE XVLQGLLXPX FKNXSVGXLY SGCRLTXLRX EKXGAATGXD AICXHXXXPK
     18250      18260      18270      18280      18290      18300
XPGLXXEXLY WELSXLTXXI XELGPYTLDR XSLYVNGFTH QNSVPTTSTP GTSTVYWATT
     18310      18320      18330      18340      18350      18360
GTPSSFPGHT EPGPLLIPFT FNFTITNLHY EENMQHPGSR KFNTTERVLQ GLLTPLFKNT
     18370      18380      18390      18400      18410      18420
SVGPLYSGCR LTLLRPEKQE AATGVDTICT HRVDPIGPGL XXEXLYWELS XLTXXIXELG
     18430      18440      18450      18460      18470      18480
PYTLDRXSLY VNGFTHXXSX PTTSTPGTST VXXGTSGTPS SXPXXTXXXP LLXPFTXNXT
     18490      18500      18510      18520      18530      18540
ITNLXXXXXM XXPGSRKFNT TEXVLQGLLX PXFKNXSVGX LYSGCRLTXL RXEKXGAATG
     18550      18560      18570      18580      18590      18600
XDAICXHXXX PKXPGLXXEX LYWELSXLTX XIXELGPYTL DRXSLYVNGF THRSSVPTTS
     18610      18620      18630      18640      18650      18660
SPGTSTVHLA TSGTPSSLPG HTAPVPLLIP FTLNFTITNL HYEENMQHPG SRKFNTTERV
     18670      18680      18690      18700      18710      18720
LQGLLKPLFK STSVGPLYSG CRLTLLRPEK HGAATGVDAI CTLRLDPTGP GLXXEXLYWE
     18730      18740      18750      18760      18770      18780
LSXLTXXIXE LGPYTLDRXS LYVNGFTHXX SXPTTSTPGT STVXXGTSGT PSSXPXXTXX
     18790      18800      18810      18820      18830      18840
XPLLXPFTXN XTITNLXXXX XMXXPGSRKF NTTEXVLQGL LXPXFKNXSV GXLYSGCRLT
     18850      18860      18870      18880      18890      18900
XLRXEKXGAA TGXDAICXHX XXPKXPGLXX EXLYWELSXL TXXIXELGPY TLDRXSLYVN
     18910      18920      18930      18940      18950      18960
GFTHRTSVPT TSTPGTSTVH LATSGTPSSL PGHTAPVPLL IPFTLNFTIT NLQYEEDMHR
     18970      18980      18990      19000      19010      19020
PGSRKFNTTE RVLQGLLSPI FKNSSVGPLY SGCRLTSLRP EKDGAATGMD AVCLYHPNPK
     19030      19040      19050      19060      19070      19080
RPGLDREQLY CELSQLTHNI TELGPYSLDR DSLYVNGFTH QNSVPTTSTP GTSTVYWATT
     19090      19100      19110      19120      19130      19140
GTPSSFPGHT XXXPLLXPFT XNXTITNLXX XXXMXXPGSR KFNTTEXVLQ GLLXPXFKNX
     19150      19160      19170      19180      19190      19200
SVGXLYSGCR LTXLRXEKXG AATGXDAICX HXXXPKXPGL XXEXLYWELS XLTXXIXELG
     19210      19220      19230      19240      19250      19260
PYTLDRXSLY VNGFTHWSSG LTTSTPWTST VDLGTSGTPS PVPSPTTAGP LLVPFTLNFT
     19270      19280      19290      19300      19310      19320
ITNLQYEEDM HRPGSRKFNA TERVLQGLLS PIFKNTSVGP LYSGCRLTLL RPEKQEAATG
     19330      19340      19350      19360      19370      19380
VDTICTHRVD PIGPGLXXEX LYWELSXLTX XIXELGPYTL DRXSLYVNGF THXXSXPTTS
     19390      19400      19410      19420      19430      19440
TPGTSTVXXG TSGTPSSXPX XTXXXPLLXP FTXNXTITNL XXXXXMXXPG SRKFNTTEXV
     19450      19460      19470      19480      19490      19500
LQGLLXPXFK NXSVGXLYSG CRLTXLRXEK XGAATGXDAI CXHXXXPKXP GLXXEXLYWE
     19510      19520      19530      19540      19550      19560
LSXLTXXIXE LGPYTLDRXS LYVNGFTHRS FGLTTSTPWT STVDLGTSGT PSPVPSPTTA
     19570      19580      19590      19600      19610      19620
GPLLVPFTLN FTITNLQYEE DMHRPGSRKF NTTERVLQGL LTPLFRNTSV SSLYSGCRLT
     19630      19640      19650      19660      19670      19680
LLRPEKDGAA TRVDAVCTHR PDPKSPGLXX EXLYWELSXL TXXIXELGPY TLDRXSLYVN
     19690      19700      19710      19720      19730      19740
GFTHXXSXPT TSTPGTSTVX XGTSGTPSSX PXXTXXXPLL XPFTXNXTIT NLXXXXXMXX
     19750      19760      19770      19780      19790      19800
PGSRKFNTTE XVLQGLLXPX FKNXSVGXLY SGCRLTXLRX EKXGAATGXD AICXHXXXPK
     19810      19820      19830      19840      19850      19860
XPGLXXEXLY WELSXLTXXI XELGPYTLDR XSLYVNGFTH WIPVPTSSTP GTSTVDLGSG
     19870      19880      19890      19900      19910      19920
TPSSLPSPTT AGPLLVPFTL NFTITNLQYG EDMGHPGSRK FNTTERVLQG LLGPIFKNTS
     19930      19940      19950      19960      19970      19980
VGPLYSGCRL TSLRSEKDGA ATGVDAICIH HLDPKSPGLX XEXLYWELSX LTXXIXELGP
     19990      20000      20010      20020      20030      20040
YTLDRXSLYV NGFTHXXSXP TTSTPGTSTV XXGTSGTPSS XPXXTXXXPL LXPFTXNXTI
     20050      20060      20070      20080      20090      20100
TNLXXXXXMX XPGSRKFNTT EXVLQGLLXP XFKNXSVGXL YSGCRLTXLR XEKXGAATGX
     20110      20120      20130      20140      20150      20160
DAICXHXXXP KXPGLXXEXL YWELSXLTXX IXELGPYTLD RXSLYVNGFT HQTFAPNTST
     20170      20180      20190      20200      20210      20220
PGTSTVDLGT SGTPSSLPSP TSAGPLLVPF TLNFTITNLQ YEEDMHHPGS RKFNTTERVL
     20230      20240      20250      20260      20270      20280
QGLLGPMFKN TSVGLLYSGC RLTLLRPEKN GAATRVDAVC THRPDPKSPG LXXEXLYWEL
     20290      20300      20310      20320      20330      20340
SXLTXXIXEL GPYTLDRXSL YVNGFTHXXS XPTTSTPGTS TVXXGTSGTP SSXPXXTAPV
     20350      20360      20370      20380      20390      20400
PLLIPFTLNF TITNLHYEEN MQHPGSRKFN TTERVLQGLL KPLFKSTSVG PLYSGCRLTL
     20410      20420      20430      20440      20450      20460
LRPEKHGAAT GVDAICTLRL DPTGPGLDRE RLYWELSQLT NSVTELGPYT LDRDSLYVNG
     20470      20480      20490      20500      20510      20520
FTQRSSVPTT SIPGTSAVHL ETSGTPASLP GHTAPGPLLV PFTLNFTITN LQYEVDMRHP
     20530      20540      20550      20560      20570      20580
GSRKFNTTER VLQGLLKPLF KSTSVGPLYS GCRLTLLRPE KRGAATGVDT ICTHRLDPLN
     20590      20600      20610      20620      20630      20640
PGLDREQLYW ELSKLTRGII ELGPYLLDRG SLYVNGFTHR NFVPITSTPG TSTVHLGTSE
     20650      20660      20670      20680      20690      20700
TPSSLPRPIV PGPLLVPFTL NFTITNLQYE EAMRHPGSRK FNTTERVLQG LLRPLFKNTS
     20710      20720      20730      20740      20750      20760
IGPLYSSCRL TLLRPEKDKA ATRVDAICTH HPDPQSPGLN REQLYWELSQ LTHGITELGP
     20770      20780      20790      20800      20810      20820
YTLDRDSLYV DGFTHWSPIP TTSTPGTSIV NLGTSGIPPS LPETTXXXPL LXPFTXNXTI
     20830      20840      20850      20860      20870      20880
TNLXXXXXMX XPGSRKFNTT ERVLQGLLKP LFKSTSVGPL YSGCRLTLLR PEKDGVATRV
     20890      20900      20910      20920      20930      20940
DAICTHRPDP KIPGLDRQQL YWELSQLTHS ITELGPYTLD RDSLYVNGFT QRSSVPTTST
     20950      20960      20970      20980      20990      21000
PGTFTVQPET SETPSSLPGP TATGPVLLPF TLNFTITNLQ YEEDMHRPGS RKFNTTERVL
     21010      21020      21030      21040      21050      21060
QGLLMPLFKN TSVSSLYSGC RLTLLRPEKD GAATRVDAVC THRPDPKSPG LDRERLYWKL
     21070      21080      21090      21100      21110      21120
SQLTHGITEL GPYTLDRHSL YVNGFTHQSS MTTTRTPDTS TMHLATSRTP ASLSGPTTAS
     21130      21140      21150      21160      21170      21180
PLLVLFTINF TITNLRYEEN MHHPGSRKFN TTERVLQGLL RPVFKNTSVG PLYSGCRLTL
     21190      21200      21210      21220      21230      21240
LRPKKDGAAT KVDAICTYRP DPKSPGLDRE QLYWELSQLT HSITELGPYT LDRDSLYVNG
     21250      21260      21270      21280      21290      21300
FTQRSSVPTT SIPGTPTVDL GTSGTPVSKP GPSAASPLLV LFTLNFTITN LRYEENMQHP
     21310      21320      21330      21340     21350       21360
GSRKFNTTER VLQGLLRSLF KSTSVGPLYS GCRLTLLRPE KDGTATGVDA ICTHHPDPKS
     21370      21380      21390      21400      21410      21420
PRLDREQLYW ELSQLTHNIT ELGHYALDND SLFVNGFTHR SSVSTTSTPG TPTVYLGASK
    21430      21440      21450      21460      21470       21480
TPASIFGPSA ASHLLILFTL NFTITNLRYE ENMWPGSRKF NTTERVLQGL LRPLFKNTSV
     21490      21500      21510      21520      21530      21540
GPLYSGSRLT LLRPEKDGEA TGVDAICTHR PDPTGPGLDR EQLYLELSQL THSITELGPY
     21550      21560      21570     21580       21590      21600
TLDRDSLYVN GFTHRSSVPT TSTGVVSEEP FTLNFTINNL RYMADMGQPG SLKFNITDNV
     21610      21620      21630      21640      21650      21660
MKHLLSPLFQ RSSLGARYTG CRVIALRSVK NGAETRVDLL CTYLQPLSGP GLPIKQVFHE
     21670      21680      21690      21700      21710      21720
LSQQTHGITR LGPYSLDKDS LYLNGYNEPG LDEPPTTPKP ATTFLPPLSE ATTAMGYHLK
     21730      21740      21750      21760      2177 0     21780
TLTLNFTISN LQYSPDMGKG SATFNSTEGV LQHLLRPLFQ KSSMGPFYLG CQLISLRPEK
     21790      21800      21810      21820      21830      21840
DGAATGVDTT CTYHPDPVGP GLDIQQLYWE LSQLTHGVTQ LGFYVLDRDS LFINGYAPQN
     21850      21860      21870      21880      21890      21900
LSIRGEYQIN FHIVNWNLSN PDPTSSEYIT LLRDIQDKVT TLYKGSQLHD TFRFCLVTNL
     21910      21920      21930      21940      21950      21960
TMDSVLVTVK ALFSSNLDPS LVEQVFLDKT LNASFHWLGS TYQLVDIHVT EMESSVYQPT
     21970      21980      21990      22000      22010      22020
SSSSTQHFYL NFTITNLPYS QDKAQPGTTN YQRNKRNIED ALNQLFRNSS IKSYFSDCQV
     22030      22040      22050      22060      22070      22080
STFRSVPNRH HTGVDSLCNF SPLARRVDRV AIYEEFLRMT RNGTQLQNFT LDRSSVLVDG
     22090      22100      22110      22120      22130      22140
YSPNRNEPLT GNSDLPFWAV ILIGLAGLLG LITCLICGVL VTTRRRKKEG EYNVQQQCPG
     22150
YYQSHLDLED LQ
最优选地,粘蛋白-16测定检测粘蛋白-16的一种或多种可溶形式。粘蛋白-16是具有大胞外域的单通I型膜蛋白,它们大部分或全部是以通过删除全部或部分跨膜域的选择性剪切事件或通过膜结合形式的蛋白水解产生的粘蛋白-16的可溶形式存在。在免疫测定的情况下,在此胞外域内结合于表位的一种或多种抗体可用于检测这些可溶形式。在粘蛋白-16中已确定了以下域:
Figure BDA00001516451300601
如本文中所用,术语“癌胚抗原相关的细胞粘附分子5”指衍生自癌胚抗原相关的细胞粘附分子5前体的生物样本中存在的一种或多种多肽(Swiss-Prot P06731(SEQ ID NO:13))。
        10         20         30         40         50         60
MESPSAPPHR WCIPWQRLLL TASLLTFWNP PTTAKLTIES TPFNVAEGKE VLLLVHNLPQ
        70         80         90        100        110        120
HLFGYSWYKG ERVDGNRQII GYVIGTQQAT PGPAYSGREI IYPNASLLIQ NIIQNDTGFY
       130        140        150        160        170        180
TLHVIKSDLV NEEATGQFRV YPELPKPSIS SNNSKPVEDK DAVAFTCEPE TQDATYLWWV
       190        200        210        220        230        240
NNQSLPVSPR LQLSNGNRTL TLFNVTRNDT ASYKCETQNP VSARRSDSVI LNVLYGPDAP
       250        260        270        280        290        300
TISPLNTSYR SGENLNLSCH AASNPPAQYS WFVNGTFQQS TQELFIPNIT VNNSGSYTCQ
       310        320        330        340        350        360
AHNSDTGLNR TTVTTITVYA EPPKPFITSN NSNPVEDEDA VALTCEPEIQ NTTYLWWVNN
       370        380        390        400        410        420
QSLPVSPRLQ LSNDNRTLTL LSVTRNDVGP YECGIQNELS VDHSDPVILN VLYGPDDPTI
       430        440        450        460        470        480
SPSYTYYRPG VNLSLSCHAA SNPPAQYSWL IDGNIQQHTQ ELFISNITEK NSGLYTCQAN
       490        500        510        520        530        540
NSASGHSRTT VKTITVSAEL PKPSISSNNS KPVEDKDAVA FTCEPEAQNT TYLWWVNGQS
       550        560        570        580        590        600
LPVSPRLQLS NGNRTLTLFN VTRNDARAYV CGIQNSVSAN RSDPVTLDVL YGPDTPIISP
       610        620        630        640        650        660
PDSSYLSGAN LNLSCHSASN PSPQYSWRIN GIPQQHTQVL FIAKITPNNN GTYACFVSNL
       670        680        690        700
ATGRNNSIVK SITVSASGTS PGLSAGATVG IMIGVLVGVA LI
在癌胚抗原相关的细胞粘附分子5中已确定了以下域:
Figure BDA00001516451300621
如本文中所用,术语“细胞肿瘤抗原p53”指衍生自细胞肿瘤抗原p53前体的生物样本中存在的一种或多种多肽(Swiss-Prot P04637(SEQ ID NO:14))。
        10         20         30         40         50         60
MEEPQSDPSV EPPLSQETFS DLWKLLPENN VLSPLPSQAM DDLMLSPDDI EQWFTEDPGP
        70         80         90        100        110        120
DEAPRMPEAA PRVAPAPAAP TPAAPAPAPS WPLSSSVPSQ KTYQGSYGFR LGFLHSGTAK
       130        140        150        160        170        180
SVTCTYSPAL NKMFCQLAKT CPVQLWVDST PPPGTRVRAM AIYKQSQHMT EVVRRCPHHE
       190        200        210        220        230        240
RCSDSDGLAP PQHLIRVEGN LRVEYLDDRN TFRHSVVVPY EPPEVGSDCT TIHYNYMCNS
       250        260        270        280        290        300
SCMGGMNRRP ILTIITLEDS SGNLLGRNSF EVRVCACPGR DRRTEEENLR KKGEPHHELP
       310        320        330        340        350        360
PGSTKRALPN NTSSSPQPKK KPLDGEYFTL QIRGRERFEM FRELNEALEL KDAQAGKEPG
       370        380        390
GSRAHSSHLK SKKGQSTSRH KKLMFKTEGP DSD
细胞肿瘤抗原p53的亚型2与该亚型1序列相比具有以下变化:
332-341:IRGRERFEMF(SEQ ID NO:15)→DGTSFQKENC(SEQ ID NO:16)
342-393:缺失
如本文中所用,术语“将信号与分析物的存在或数量相关联”反映的是这种理解。一般通过使用由已知浓度的所关注的分析物计算的标准曲线将测定信号与分析物的存在或数量相关联。当术语如本文中所用,如果测定可产生指示生理相关浓度的分析物的存在或数量的可检测信号,则将测定“设定成检测”分析物。因为抗体表位有大约8个氨基酸,所以设定成检测所关注的标记物的免疫测定也检测与标记物序列相关的多肽,只要这些多肽含有与测定所用的抗体结合所必需的表位。本文中关于生物标记物所用的术语“相关标记物”(如本文中所述的肾损伤标记物之一)指特定标记物或其生物合成母体的一种或多种片段、变体等,其可作为标记物本身的替代物或单独的生物标记物进行检测。该术语也指衍生自生物标记物前体与别的物质(如结合蛋白、受体、肝素、脂质、糖等)复合的生物样本中存在的一种或多种多肽。
关于这一点,技术人员可以理解的是,由免疫测定获得的信号是在一种或多种抗体与靶生物分子(即分析物)和含与抗体结合的必要表位的多肽间形成复合物的直接结果。虽然这种测定可检测全长生物标记物,并且测定结果可表示成所关注生物标记物的浓度,但源自测定的信号实际上是样本中存在的所有这种“免疫反应性”多肽的结果。也可通过免疫测定之外的方法来确定生物标记物的表达,包括蛋白质测量(例如,斑点印迹法、蛋白质印迹法(western blots)、色谱法、质谱法等)和核酸测量(mRNA量化)。这份清单并不意味着限制性。
如本文中所用的术语“阳向”标记物指相对于未罹患疾病或病症的受试者来说,在罹患该疾病或病症的受试者中确定升高的标记物。如本文中所用的术语“阴向”标记物指相对于未罹患疾病或病症的受试者来说,在罹患该疾病或病症的受试者中确定降低的标记物。
如本文中所用的术语“受试者”指人或非人类生物体。因此,本文中所述的方法和组合物适用于人和动物的疾病。此外,虽然受试者优选为活生物体,但本文中所述的发明也可用于死后分析。优选的受试者是人,最优选的是“患者”,本文中所用的“患者”是指接受疾病或病症的医疗护理的活人。这包括未患所确定的疾病而正进行病理体征研究的人。
优选地,测量样本中的分析物。这种样本可得自受试者,或可得自旨在提供给受试者的生物材料。例如,样本可得自对可能移植到受试者当中而进行评价的肾,分析物测量用于评价肾预先存在的损害。优选的样本是体液样本。
如本文中所用的术语“体液样本”指出于诊断、预后、分类或评价所关注的受试者(如患者或移植捐赠者)的目的而获得的体液样本。在某些实施方案中,可出于确定进行中的病症的结果或治疗方案对病症的影响的目的而获得这种样本。优选的体液样本包括血液、血清、血浆、脑脊液、尿液、唾液、痰和胸腔积液。此外,本领域技术人员将意识到,某些体液样本在分馏或纯化步骤后(例如,将全血分离成血清或血浆组分)更易于分析。
如本文中所用术语“诊断”指技术人员可估计和/或确定患者是否罹患给定疾病或病症的机率(“可能性”)的方法。在本发明的情况下,“诊断”包括使用对本发明的肾损伤标记物的测定的结果,最优选为免疫测定的结果,任选连同其它临床特征一起,以实现对获得并测定了样本的受试者的急性肾损伤或ARF的诊断(即,是否出现)。诊断得以“确定”并不意味着诊断是100%准确的。许多生物标记物可指示多种病症。熟练的临床医生不使用信息缺乏的生物标记物结果,而是将测试结果与其它临床标识物一起使用来得出诊断。因此,在预定诊断阈值一侧上的测定生物标记物水平相对于在预定诊断阈值另一侧上的测定水平表示受试者出现疾病的可能性更大。
类似地,预后危险表示出现给定过程或结果的概率(“可能性”)。
预后指标水平或预后指标水平的变化(其又与发病概率的增加有关,例如肾功能恶化、日后ARF或死亡)被认为是“表示”患者出现不利结果的“可能性增加”。
标记物测定
通常,免疫测定涉及使含有或怀疑含有所关注的生物标记物的样本与至少一种特异性结合生物标记物的抗体接触。然后产生表示通过样本中的多肽与抗体或其它结合物质结合所形成的复合物的存在或数量的信号。然后将信号与样本中生物标记物的存在或数量相关联。检测和分析生物标记物的多种方法和装置是技术人员熟知的。参见例如美国专利6,143,576、6,113,855、6,019,944、5,985,579、5,947,124、5,939,272、5,922,615、5,885,527、5,851,776、5,824,799、5,679,526、5,525,524与5,480,792,和The Immunoassay Handbook,David Wild,ed.Stockton Press,New York,1994,上述每个文献据此以引用的方式全文并入,包括所有的表格、附图和权利要求。
本领域中已知的测定装置和方法可在各种夹心、竞争或非竞争性测定形式中利用标记的分子以产生与所关注的生物标记物的存在或数量相关的信号。合适的测定形式还包括色谱法、质谱法和蛋白质“印迹”法。另外,可使用某些方法和装置(如生物传感器和光学免疫测定)来确定分析物的存在或数量,无需标记的分子。参见例如美国专利5,631,171和5,955,377,上述每个专利文献据此以引用的方式全文并入,包括所有表格、附图和权利要求。本领域技术人员也会认识到,自动仪表装置(包括但不限于Beckman
Figure BDA00001516451300651
Abbott
Figure BDA00001516451300652
RocheDade Behring
Figure BDA00001516451300654
系统)属于能够进行免疫测定的免疫测定分析仪。但可利用任意合适的免疫测定,例如酶联免疫测定(ELISA)、放射免疫测定(RIA)、竞争结合测定等。
可将抗体或其它多肽固定在多种固体载体上以用于测定。可用于固定特异性结合成员的固相包括在固相结合测定中开发和/或用作固相的那些。合适固相的实例包括膜过滤器、基于纤维素的纸、珠(包括聚合、乳胶和顺磁性颗粒)、玻璃、硅片、微粒、纳米粒子、TentaGel、AgroGel、PEGA凝胶、SPOCC凝胶和多孔板。可以通过将抗体或多种抗体以阵列的形式涂覆在固体载体上制备测定条。然后将该测定条浸入测试样本中,然后通过洗涤和检测步骤快速处理,以产生可测量的信号,如染色斑点。抗体或其它多肽可通过直接配合至测定装置表面或通过间接结合而结合至测定装置的特定区域。在后一种情况的一个实施例中,可将抗体或其它多肽固定在颗粒或其它固体载体上,并且该固体载体固定至装置表面。
生物测定需要检测方法,量化结果的最常用的方法之一是将可检测的标记物配合至对所研究的生物系统中的组分之一具有亲和力的蛋白质或核酸。可检测的标记物可包括自身可检测的分子(例如,荧光部分、电化学标记物、金属螯合物等)以及可通过产生可检测的反应产物(例如,酶,如辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶等)或通过自身可检测的特异性结合分子(例如,生物素、地高辛、麦芽糖、寡聚组氨酸、2,4-二硝基苯、苯基砷酸盐、ssDNA、dsDNA等)而被间接检测的分子。
制备固相和可检测的标记物配合物通常包括使用化学交联剂。交联试剂含有至少两个反应性基团,且通常分为同官能交联剂(含相同的反应性基团)和异官能交联剂(含不相同的反应性基团)。通过胺、巯基偶合或非特异性反应的同双官能交联剂可购自多个商业来源。马来酰亚胺、烷基和芳基卤化物、α-卤代酰基和吡啶基二硫化物是硫醇反应性基团。马来酰亚胺、烷基和芳基卤化物和α-卤代酰基与巯基反应形成硫醚键,而吡啶基二硫化物与巯基反应产生混合二硫化物。吡啶基二硫化物产物是可裂解的。亚氨酸酯也非常适用于蛋白质-蛋白质交联。多种异双官能交联剂(各结合了用于成功配合的不同属性)是市售的。
在某些方面,本发明提供用于分析所述肾损伤标记物的试剂盒。该试剂盒包含用于分析至少一个测试样本的试剂,该测试样本包含至少一种抗体肾损伤标记物。该试剂盒还可包括进行本文中所述的一种或多种诊断和/或预后关联的装置和说明书。优选的试剂盒包含用于对分析物进行夹心测定的抗体对或对分析物进行竞争性测定的标记的物质。优选地,抗体对包含与固相配合的第一抗体和与可检测的标记物配合的第二抗体,其中第一和第二抗体各自结合肾损伤标记物。最优选地,各抗体是单克隆抗体。关于使用试剂盒和进行关联的说明书的形式可以是标签,其是指在制造、运输、销售或使用期间的任一时刻附属于或另随附于试剂盒的任何书面或记录材料。例如,术语标签包括了广告传单和小册子、包装材料、说明书、录音带或录像带、计算机磁盘和直接印在试剂盒上的字迹。
抗体
如本文中所用,术语“抗体”是指衍生自、仿效或基本上由免疫球蛋白基因或多种免疫球蛋白基因或其片段编码的能够特异性结合抗原或表位的肽或多肽。参见例如Fundamental Immunology,第三版,W.E.Paul编著,Raven Press,N.Y.(1993);Wilson(1994;J.Immunol.Methods 175:267-273;Yarmush(1992)J.Biochem.Biophys.Methods25:85-97。术语抗体包括抗原结合部分,即保留结合抗原能力的“抗原结合位点”(例如,片段、子序列、互补决定区(CDR)),包括(i)Fab片段,由VL、VH、CL和CHl域组成的单价片段;(ii)F(ab')2片段,包含在铰链区由二硫桥连接的两个Fab片段的二价片段;(iii)由VH和CHl域组成的Fd片段;(iv)由单臂抗体的VL和VH域组成的Fv片段;(v)dAb片段(Ward等,Nature 341:544-546(1989)),由VH域组成;和(vi)孤立的互补决定区(CDR)。单链抗体也以引用的方式包括在术语“抗体”中。
本文中所述的免疫测定中所用的抗体优先地与本发明的肾损伤标记物特异性结合。术语“特异性结合”并非旨在表明抗体专门与其预期的靶标结合,因为如上所述,抗体与显示抗体结合表位的任何多肽结合。而是,如果抗体对其预期的靶标的亲和力比其对不显示适当表位的非靶标分子的亲和力大约5倍,则抗体“特异性结合”。优选地,抗体对靶标分子的亲和力是其对非靶标分子亲和力的至少约5倍,优选为10倍,更优选为25倍,甚至更优选为50倍,最优选为100倍或更多。在优选的实施方案中,优选的抗体的结合亲和力为至少约107M-1,优选为约108M-1至约109M-1、约109M-1至约1010M-1或约1010M-1至约1012M-1
按Kd=koff/kon计算亲和力(koff是解离速率常数,Kon是缔合速率常数,Kd是平衡常数)。可通过在平衡时测量不同浓度(c)下标记的配体的结合分数(r)来确定亲和力。利用Scatchard等式:r/c=K(n-r)对数据进行作图:其中r=平衡时每摩尔受体的结合配体的摩尔数;c=平衡时游离配体浓度;K=平衡缔合常数;n=配体结合位点数/受体分子。通过作图分析,将r/c绘于Y-轴,将r绘于X-轴上,由此制得Scatchard图。通过Scatchard分析测定抗体亲和力是本领域中熟知的。参见例如van Erp等,J.Immunoassay 12:425-43,1991;Nelson and Griswold,Comput.Methods Programs Biomed.27:65-8,1988。
术语“表位”是指能够与抗体特异性结合的抗原决定簇。表位通常由分子的化学活性表面基团组成,如氨基酸或糖侧链,并且通常具有特定的三维结构特征以及特定的电荷特征。构象和非构象表位的区别在于在变性溶剂存在的情况下与前者而非后者的结合消失。
许多出版物中讨论了利用噬菌体展示技术来产生和筛选用于与选定分析物结合的多肽库。参见例如Cwirla等,Proc.Natl.Acad. Sci.USA 87,6378-82,1990;Devlin等,Science 249,404-6,1990,Scott和Smith,Science 249,386-88,1990;和Ladner等,美国专利No.5,571,698。噬菌体展示法的基本概念是建立编码待筛选多肽的DNA与多肽之间的物理缔合。这种物理缔合由噬菌体颗粒提供,该噬菌体颗粒将多肽显示为包围编码多肽的噬菌体基因组的衣壳的一部分。多肽与其基因物质间的物理缔合的建立允许同时群集筛选非常大量的带有不同多肽的噬菌体。展示对靶标具有亲和力的多肽的噬菌体结合至靶标,并且这些噬菌体通过对靶标的亲和力的筛选得到富集。由这些噬菌体展示的多肽的种类可由其各自的基因组来确定。采用这些方法,于是可通过常规的手段大量合成确认对所需靶标具有结合亲和力的多肽。参见例如美国专利No.6,057,098,该专利据此以引用的方式全文并入,包括所有表格、附图和权利要求。
然后可以对由这些方法产生的抗体进行选择,方式是首先通过与所关注的纯化多肽的亲和力和特异性进行筛选,如有需要,将结果与抗体同期望排除结合的多肽的亲和力和特异性相比较。筛选步骤可涉及将纯化的多肽固定在微量滴定板的单独孔中。然后将含潜在抗体或抗体组的溶液置入各自的微量滴定孔中并温育约30分钟至2小时。然后清洗微量滴定孔并将标记的二级抗体(例如,如果培养的抗体是小鼠抗体,则为与碱性磷酸酶配合的抗小鼠抗体)添加至孔中并温育约30分钟,然后清洗。将底物加入孔中,在对固定多肽的抗体存在之处出现颜色反应。
然后,在选定的测定设计中可以对如此确定的抗体进一步分析亲和力和特异性。在靶蛋白质免疫测定的开发中,纯化的靶蛋白质用作标准物,用其判断使用已选定抗体的免疫测定的敏感性和特异性。因为各种抗体的结合亲和力可能会有所不同;某些抗体对(例如,在夹心测定中)可能会在空间上彼此干扰等,所以抗体的测定性能是比抗体的绝对亲和力和特异性更重要的量度。
虽然本申请详细地描述了基于抗体的结合测定,但作为测定中的结合物质的抗体的替代物是本领域中熟知的。这些包括特定靶、适配体等的受体。适配体是结合特异性靶分子的寡核酸或肽分子。适配体通常通过从大型随机序列池中选择它们来产生,但也存在天然适配体。包含修饰核苷酸的高亲和力适配体对配体给予改进的特征,例如改进的体内稳定性或改进的递送特征。这样的修饰的实例包括在核糖和/或磷酸盐和/或碱基位置处的化学取代,且可包括氨基酸侧链官能度。
测定关联
本文中关于生物标记物使用所用的术语“相关联”是指将患者的生物标记物的存在或数量与已知罹患或已知有罹患给定病症危险的人或已知不患有给定病症的人的生物标记物的存在或数量进行比较。通常,采取的形式是将生物标记物浓度形式的测定结果与选择表示疾病是否发生或一些日后结果的可能性的预定阈值进行比较。
选择诊断阈值涉及(除别的以外)考虑疾病的概率、不同测试阈值下真假诊断的分布和基于诊断对治疗(或治疗失败)后果的估计。例如,当考虑施用高度有效且危险水平低的特定疗法时,需要进行的测试很少,因为临床医师可接受相当的诊断不确定性。另一方面,在治疗选项有效性不高和危险性较大的情况下,临床医师往往需要更高程度的诊断确定性。因此,选择诊断阈值时涉及成本/效益分析。
可以多种方式确定合适的阈值。例如,利用心肌钙蛋白诊断急性心肌梗塞的一个建议诊断阈值是见于正常群体中的浓度的第97.5百分位。另一方法是查看同一患者的系列样本,其中先前的“基线”结果用于监测生物标记物水平的时间变化。
也可采用群体研究来选择判定阈值。源自二战期间开发用于雷达图像分析和ROC分析的信号检测理论领域的接收器操作特征(“ROC”)常用于选择能最好地区分“患病”亚群与“未患病”亚群的阈值。当人测试为阳性但实际上未患病时,这种情况下出现的是假阳性。另一方面,当人测试为阴性时,表明其是健康的,而实际上却是患病的,出现的是假阴性。为绘制ROC曲线,随着判定阈值的连续变化,确定真阳性率(TPR)和假阳性率(FPR)。因为TPR相当于敏感性,FPR等于1-特异性,所以有时称ROC图为敏感性与(1-特异性)的关系图。理想的测试在ROC曲线下的面积为1.0;随机测试的面积为0.5。选择阈值以提供可接受的特异性和敏感性水平。
在这种情况下,“患病”意指具有一种特征的群体(存在疾病或病症或出现一些结果),“未患病”意指没有该特征的群体。虽然单个判定阈值是这种方法的最简单应用,但可使用多个判定阈值。例如,低于第一阈值,可以相对高的置信度确定疾病的不存在,高于第二阈值,也可以相对高的置信度确定疾病的存在。介于两阈值之间可视为不确定。这实质上仅是示例性的。
除比较阈值外,将测定结果与患者分类(是否出现疾病、结果的可能性等)相关联的其它方法包括决策树、规则集、贝叶斯(Bayesian)方法和神经网络方法。这些方法可产生代表受试者归属多个分类中的一个分类的程度的概率值。
测试精度的量度可按Fischer等,Intensive Care Med.29:1043-51,2003中所述获得,并用于确定给定生物标记物的有效性。这些量度包括敏感性和特异性、预测值、概率比、诊断比值比和ROC曲线面积。ROC图的曲线下面积(“AUC”)等于分级器分级到随机选择的阳性例高于随机选择的阴性例的概率。ROC曲线下的面积可认为等同于Mann-Whitney U测试(该测试所测试的是在所考虑的两组中所得到的分数之间的中值差,如果所述组是连续数据组的话)或等同于Wilcoxon分级测试。
如上所述,合适的测试可显示这些不同测量的一种或多种以下结果:特异性大于0.5,优选为至少0.6,更优选为至少0.7,还更优选为至少0.8,甚至更优选为至少0.9,最优选为至少0.95,相应的敏感性大于0.2,优选为大于0.3,更优选为大于0.4,还更优选为至少0.5,甚至更优选为0.6,再更优选为大于0.7,还更优选为大于0.8,更优选为大于0.9,最优选为大于0.95;敏感性大于0.5,优选为至少0.6,更优选为至少0.7,还更优选为至少0.8,甚至更优选为至少0.9,最优选为至少0.95,相应的特异性大于0.2,优选为大于0.3,更优选为大于0.4,还更优选为至少0.5,甚至更优选为0.6,再更优选为大于0.7,还更优选为大于0.8,更优选为大于0.9,最优选为大于0.95;至少75%敏感性与至少75%特异性组合;ROC曲线面积大于0.5,优选为至少0.6,更优选为0.7,还更优选为至少0.8,甚至更优选为至少0.9,最优选为至少0.95;比值比不同于1,优选为至少约2或更大或约0.5或更小,更优选为至少约3或更大或约0.33或更小,还更优选为至少约4或更大或约0.25或更小,甚至更优选为至少约5或更大或约0.2或更小,最优选为至少约10或更大或约0.1或更小;阳性概率比(计算为敏感性/(1-特异性))大于1,至少为2,更优选为至少3,还更优选为至少5,最优选为至少10;和或阴性概率比(计算为(1-敏感性)/特异性)小于1,小于或等于0.5,更优选为小于或等于0.3,最优选为小于或等于0.1。
别的临床标志物可与本发明的肾损伤标记物测定结果相组合。这些包括与肾状态相关的其它生物标记物。实例包括以下(列举的是常见生物标记物名称,接着是该生物标记物或其母体的Swiss-Prot登录号):肌动蛋白(P68133);腺苷脱氨酶结合蛋白(DPP4,P27487);α-1-酸糖蛋白1(P02763);α-1-微球蛋白(P02760);白蛋白(P02768);血管紧张素原酶(肾素,P00797);膜联蛋白A2(P07355);β-葡萄糖醛酸酶(P08236);B-2-微球蛋白(P61679);β-半乳糖苷酶(P16278);BMP-7(P18075);脑利钠肽(proBNP、BNP-32、NTproBNP;P16860);钙结合蛋白β(S100-β,P04271);碳酸酐酶(Q16790);酪蛋白激酶2(P68400);铜蓝蛋白(P00450);簇蛋白(P10909);补体C3(P01024);富含半胱氨酸的蛋白(CYR61,O00622);细胞色素C(P99999);表皮生长因子(EGF,P01133);内皮素-1(P05305);核外体胎球蛋白-A(P02765);脂肪酸结合蛋白,心脏(FABP3,P05413);脂肪酸结合蛋白,肝脏(P07148);铁蛋白(轻链,P02793;重链P02794);果糖-1,6-二磷酸酶(P09467);GRO-α(CXCL1,P09341);生长激素(P01241);肝细胞生长因子(P14210);胰岛素样生长因子I(P01343);免疫球蛋白G;免疫球蛋白轻链(Kappa和Lambda);干扰素γ(P01308);溶菌酶(P61626);白介素-1α(P01583);白介素-2(P60568);白介素-4(P60568);白介素-9(P15248);白介素-12p40(P29460);白介素-13(P35225);白介素-16(Q14005);L1细胞粘附分子(P32004);乳酸脱氢酶(P00338);亮氨酸氨基肽酶(P28838);安眠蛋白A-α亚基(Q16819);安眠蛋白A-β亚基(Q16820);中期因子(P21741);MIP2-α(CXCL2,P19875);MMP-2(P0825);MMP-9(P14780);神经生长因子-1(O95631);中性内肽酶(P08473);骨桥蛋白(P10451);肾乳头抗原1(RPA1);肾乳头抗原2(RPA2);视黄醇结合蛋白(P09455);核糖核酸酶;S100钙结合蛋白A6(P06703);血清淀粉样P成分(P02743);钠/氢交换子亚型(NHE3,P48764);精脒/精胺N1-乙酰转移酶(P21673);TGF-β1(P01137);转铁蛋白(P02787);三叶因子3(TFF3,Q07654);Toll样蛋白4(O00206);总蛋白;肾小管间质肾炎抗原(Q9UJW);尿调蛋白(Tamm-Horsfall蛋白,P07911)。
出于危险分级的目的,脂联素(Q15848);碱性磷酸酶(P05186);氨基肽酶N(P15144);钙结合蛋白D28k(P05937);胱抑素C(P01034);F1FO ATP酶的8亚基(P03928);γ-谷氨酰转移酶(P19440);GSTa(α-谷胱甘肽-S-转移酶,P08263);GSTpi(谷胱甘肽-S-转移酶P;GST class-pi;P09211);IGFBP-1(P08833);IGFBP-2(P18065);IGFBP-6(P24592);整合膜蛋白1(Itm1,P46977);白介素-6(P05231);白介素-8(P10145);白介素-18(Q14116);IP-10(10kDa干扰素-γ-诱导蛋白,P02778);IRPR(IFRD1,O00458);异戊酰基-CoA脱氢酶(IVD,P26440);I-TAC/CXCL11(O14625);角蛋白19(P08727);Kim-1(A型肝炎病毒细胞受体1,O43656);L-精氨酸:甘氨酸脒基转移酶(P50440);Leptin(P41159);Lipocalin2(NGAL,P80188);MCP-1(P13500);MIG(γ-干扰素-诱导单核因子Q07325);MIP-1a(P10147);MIP-3a(P78556);MIP-1β(P13236);MIP-1d(Q16663);NAG(N-乙酰基-β-D-氨基葡糖苷酶,P54802);有机离子转运蛋白(OCT2,O15244);保骨素(O14788);P8蛋白(O60356);纤溶酶原激活物抑制剂1(PAI-1,P05121);前ANP(1-98)(P01160);蛋白磷酸酶1-β(PPI-β,P62140);Rab GDI-β(P50395);肾激肽(Q86U61);整合膜蛋白的RT1.B-1(α)链(Q5Y7A8);可溶性肿瘤坏死因子受体超家族成员1A(sTNFR-I,P19438);可溶性肿瘤坏死因子受体超家族成员1B(sTNFR-II,P20333);金属蛋白酶组织抑制剂3(TIMP-3,P35625);uPAR(Q03405)可与本发明的肾损伤标记物测定结果组合。
可与本发明的肾损伤标记物测定结果组合的其它临床标志物包括人口统计信息(例如,体重、性别、年龄、种族)、病史(例如,家族病史、手术类型、预先存在的疾病,如动脉瘤、充血性心力衰竭、子痫前期、子痫、糖尿病、高血压、冠状动脉疾病、蛋白尿、肾功能不全、或败血症)、毒素接触类型(如NSAID、环孢菌素、他克莫司、氨基糖甙类、膦甲酸、乙二醇、血红蛋白、肌红蛋白、异环磷酰胺、重金属、甲氨蝶呤、不透射线的造影剂或链脲佐菌素)、临床变量(例如,血压、温度、呼吸率)、危险评分(APACHE评分、PREDICT评分、UA/NSTEMI的TIMI危险评分、Framingham危险评分)、尿总蛋白测量值、肾小球滤过率、估计肾小球滤过率、尿产率、血清或血浆肌酐浓度、肾乳头抗原1(RPA1)测量值、肾乳头抗原2(RPA2)测量值、尿肌酐浓度、钠排泄分数、尿钠浓度、尿肌酐与血清或血浆肌酐比、尿比重、尿渗透压、尿液尿素氮与血浆尿素氮比、血浆BUN与肌酐比和/或按尿钠/(尿肌酐/血浆肌酐)计算的肾衰竭指数。可与肾损伤标记物测定结果组合的其它测量的肾功能在下文和Harrison’s Principles ofInternal Medicine,第17版,McGraw Hill,New York,第1741-1830页及Current Medical Diagnosis&Treatment 2008,第47版,McGraw Hill,New York,第785-815页中描述,上述每个参考文献据此以引用的方式全文并入。
以这种方式组合测定结果/临床标志物可包括采用多变量逻辑回归、对数线性建模、神经网络分析、n-of-m分析、决策树分析等。这份清单并不意味着限制性。
急性肾衰竭的诊断
如上所述,本文中所用的术语“急性肾(或肾脏)损伤”与“急性肾(或肾脏)衰竭”部分是按血清肌酐较基线值的变化定义的。大多数ARF定义具有共同的要素,包括使用血清肌酐以及通常的排尿量。患者可表现为肾功能障碍,而没有可供使用的肾功能的基线量度用于这种比较。在这种情况下,可通过假设患者最初具有正常的GFR来估计血清肌酐基线值。肾小球滤过率(GFR)是每单位时间自肾(肾脏)小球毛细血管过滤进入波曼(Bowman's)囊的流体体积。肾小球滤过率(GFR)可通过测量在血液中具有稳定水平且被自由过滤但不被肾脏再吸收或分泌的任意化学物进行计算。GFR单位一般是ml/min:
GFR=(尿浓度×尿流量)/血浆浓度
通过GFR对体表面积的标准化,可假设每1.73m2大约75–100ml/min的GFR。因此,所测得的比率是自可计算的血液量得到的尿中物质的量。
可采用多种不同的技术来计算或估计肾小球滤过率(GFR或eGFR)。但是,在临床实践中,使用肌酐清除率来计算GFR。肌酐是由身体自然产生的(肌酐是可见于肌肉中的肌酸的代谢物)。其可通过肾小球自由过滤,但极少量也由肾小管主动分泌,使得肌酐清除率比实际GFR高估10-20%。考虑到测量肌酐清除率的容易性,这种误差幅度是可接受的。
如果肌酐的尿浓度(UCr)、尿流率(V)和肌酐的血浆浓度(PCr)值是已知的,则可计算肌酐清除率(CCr)。因尿浓度和尿流率的乘积为肌酐的排泄率,所以也可认为肌酐清除率是其排泄率(UCr×V)除以其血浆浓度。这在数学上通常表示为:
C Cr = U Cr &times; V P Cr
通常收集24小时的尿液,从早上的空膀胱到第二天早上的膀胱含量,然后进行对比血液测试:
Figure BDA00001516451300752
为比较身材不同的人之间的结果,CCr通常进行体表面积(BSA)校正,并相比于平均身材的人表示成ml/min/1.73m2。虽然大多数成年人的BSA接近1.7(1.6-1.9),但极胖或极瘦患者应将其CCr按其实际的BSA进行校正:
Figure BDA00001516451300753
因为随着肾小球滤过率(GFR)的下降,肌酐分泌增加,从而导致血清肌酐升高变少,所以肌酐清除率测量的精度有限(即使收集完全时)。因此,肌酐排泄比滤过负荷大得多,导致可能过高地估计GFR(多达两倍差异)。但是,对于临床目的,重要的是确定肾功能是否稳定或变坏或变好。这通常是通过单独监测血清肌酐确定的。与肌酐清除率类似,在ARF的非稳定态条件下,血清肌酐并不准确地反映GFR。然而,血清肌酐较基线的变化程度将反映GFR的变化。血清肌酐的测量容易且方便,并且对肾功能是特异性的。
为了确定按mL/kg/hr计的排尿量,按小时收集尿液并测量就足够了。在例如仅得到累积24小时的排尿而未提供患者体重的情况下,已描述了对RIFLE排尿量标准进行微小修改。例如,Bagshaw等,Nephrol.Dial.Transplant.23:1203–1210,2008假设患者平均体重70kg,根据以下确定患者的RIFLE分类:<35mL/h(危险)、<21mL/h(损伤)或<4mL/h(衰竭)。
选择治疗方案
一旦获得诊断结果,临床医师可轻易地选择与诊断相适合的治疗方案,例如开始肾替代疗法、取消递送已知伤肾的化合物、肾移植、延迟或避免已知伤肾的步骤、改变利尿剂的施用、开始目标指导性治疗等。技术人员可意识到与本文中所述的诊断方法相关讨论的多种疾病的合适治疗。参见例如,Merck Manual of Diagnosis and Therapy,第17版.Merck Research Laboratories,Whitehouse Station,NJ,1999。此外,由于本文中所述的方法和组合物提供了预后信息,所以本发明的标记物可用于监测治疗过程。例如,预后状态的改善或恶化可表明特定疗法的有效或无效。
技术人员很容易理解,本发明非常适合实现所提到的目标和得到所提到的结果和优点以及其中所固有的优点。本文中所提供的实施例代表优选的实施方案,它们是示例性的,并不旨在限制本发明的范围。
实施例1:造影剂诱发肾病的样本收集
此样本收集研究的目的是在接受血管内造影介质之前和之后收集患者的血浆样本和尿样及临床数据。招募大约250名经受放射照影/血管造影程序(涉及血管内施用碘化造影介质)的成人。为了进入到该项研究中,每个患者必须满足以下所有的纳入标准,并且不满足以下所有的排除标准:
纳入标准
18岁或以上的男性和女性;
经受涉及血管内施用造影介质的放射造影/血管造影程序(如CT扫描或冠状动脉介入治疗);
预期在造影剂施用后住院至少48小时。
能够并愿意提供参与研究的书面同意书并遵守所有的研究程序。
排除标准
接受肾移植者;
在造影程序前肾功能急性恶化;
已接受透析(急性或慢性)或在招募时急需透析;
预期经历大手术(如涉及心肺旁路)或在施用造影剂后48小时内经历造影介质对肾有进一步伤害的重大危险的别的成像程序;
在先前30天内参与了实验疗法的介入性临床研究;
已知感染人类免疫缺陷病毒(HIV)或肝炎病毒。
在临第一次施用造影剂前(且在任何前置程序水合后),收集每个患者的EDTA抗凝血样(10mL)和尿样(10mL)。然后在指数对比程序期间最后一次施用造影介质后,在4(±0.5)、8(±1)、24(±2)、48(±2)和72(±2)小时收集血样和尿样。通过直接静脉穿刺或通过其它可用的静脉通路(如现有的股鞘、中央静脉管、外周静脉管或喉癌锁(hep-lock))收集血液。将这些研究血样在临床地点处理成血浆,冷冻并运送到Astute Medical,Inc.,San Diego,CA。将研究尿样冷冻并运送到Astute Medical,Inc。
在临第一次施用造影剂前(任何前置程序水合后)和最后一次施用造影剂后的4(±0.5)、8(±1)、24(±2)和48(±2)及72(±2)小时评估血清肌酐(理想地,在获得研究样本的同时)。此外,就其它的血清和尿肌酐测量、对透析的需求、住院状态和不利的临床结果(包括死亡)的情况来评价每个患者通过第30天的状态。
在施用造影剂前,根据以下评估来确定每个患者的危险性:收缩压<80mm Hg=5个点;动脉内气囊泵=5个点;充血性心力衰竭(III-IV级或肺水肿史)=5个点;年龄>75岁=4个点;血细胞比容水平<39%(男),<35%(女)=3个点;糖尿病=3个点;造影剂体积=1个点每100mL;血清肌酐水平>1.5g/dL=4个点或估计GFR 40–60mL/min/1.73 m2=2个点,20–40mL/min/1.73 m2=4个点,<20mL/min/1.73m2=6个点。确定的危险性如下:CIN和透析危险:总共5个点或更少=CIN危险-7.5%,透析危险-0.04%;总共6-10个点=CIN危险-14%,透析危险-0.12%;总共11-16个点=CIN危险-26.1%,透析危险-1.09%;总共>16个点=CIN危险-57.3%,透析危险-12.8%。
实施例2:心脏手术的样本收集
此样本收集研究的目的是在经受心血管手术(已知对肾功能具有潜在危害性的程序)之前和之后收集患者血浆样和尿样及临床数据。招募大约900名经受这种手术的成人。为进入该项研究中,每个患者需满足以下所有的纳入标准,且不满足以下所有的排除标准:
纳入标准
18岁或以上的男性和女性;
经受心血管手术;
肾替代危险分数的Toronto/Ottawa预测危险指数是至少2(Wijeysundera等,JAMA 297:1801-9,2007);和
能够并愿意提供参与研究的书面同意书并遵守所有研究程序。
排除标准
已知怀孕;
先前肾移植;
招募前肾功能急性恶化(例如,任何类别的RIFLE标准);
已接受透析(急性或慢性)或招募时急需透析;
目前被招募到另一临床研究中或预期在7天的心脏手术(涉及AKI的药物输注或治疗干预)内将招募到另一临床研究中;
已知感染人类免疫缺陷病毒(HIV)或肝炎病毒。在第一次切割前3小时内(且在任何前置程序水合后),收集每个患者的EDTA抗凝血样(10mL)、全血(3mL)和尿样(35mL)。然后在该程序后的3(±0.5)、6(±0.5)、12(±1)、24(±2)和48(±2)小时收集血样和尿样,若患者仍住院,则然后在第3到7天每天收集。通过直接静脉穿刺或通过其它可利用的静脉通路(如现有的股鞘、中央静脉管、外周静脉管或喉癌锁)收集血液。将这些研究血样冷冻并运送到Astute Medical,Inc.,SanDiego,CA。将研究尿样冷冻并运送到Astute Medical,Inc。
实施例3:急性患病患者的样本收集
此项研究的目的是收集急性患病患者的样本。将招募大约900名预期在ICU中至少48小时的成人。为进入该项研究中,每个患者需满足以下所有的纳入标准,且不满足以下所有的排除标准:
纳入标准
18岁或以上的男性和女性;
研究群体1:具有以下至少一种的大约300名患者:
休克(SBP<90mmHg和/或需血管加压支持以维持MAP>60mmHg和/或文献记载的SBP下降至少40mmHg);和
败血病;
研究群体2:具有以下至少一种的大约300名患者:
在招募的24小时内,按计算机化医嘱录入(CPOE)服用IV抗生素;
在招募的24小时内接触造影剂;
腹内压增加,伴急性失偿性心力衰竭;和
严重创伤是ICU住院的主要原因且可能在招募后入住ICU 48小时;
研究群体3:大约300名患者
预期住院期间配备急性护理设备(ICU或ED),具有已知的急性肾损伤的危险因素(例如,败血症、低血压/休克(休克=收缩BP<90mmHg和/或需血管加压支持以维持MAP>60mmHg和/或文献记载的SBP下降>40mmHg)、大创伤、出血或大手术);和/或预期招募后入住到ICU至少24小时。
排除标准
已知怀孕;
入收容院的个体;
先前肾移植;
招募前已知肾功能急性恶化(例如,任何类别的RIFLE标准);
招募前5天内接受透析(急性或慢性)或招募时急需透析;
已知感染人类免疫缺陷病毒(HIV)或肝炎病毒;
仅满足上述的SBP<90mmHg纳入标准,按主治医师或首席研究者的意见不具有休克。
提供同意书后,收集每个患者的EDTA抗凝血样(10mL)和尿样(25-30mL)。然后在施用造影剂(如适用)后4(±0.5)和8(±1)小时;在招募后12(±1)、24(±2)和48(±2)小时收集血样和尿样,此后在患者住院期间,每天进行收集,收集到第7天至第14天。通过直接静脉穿刺或通过其它可利用的静脉通路(例如现有的股鞘、中央静脉管、外周静脉管或喉癌锁(hep-lock))收集血液。将这些研究血样在临床地点加工成血浆、冷冻并运送到Astute Medical,Inc.,San Diego,CA。将研究尿样冷冻并运送到Astute Medical,Inc。
实施例4:免疫测定形式
利用标准夹心酶免疫测定技术来测量分析物。将结合分析物的第一抗体固定在96孔聚苯乙烯微孔板的孔中。将分析物标准物和测试样本移液至合适的孔中,且通过固定的抗体结合存在的任何分析物。洗掉任何未结合物质后,将结合分析物的辣根过氧化物酶配合的第二抗体添加到孔中,从而与分析物(如果存在)和第一抗体形成夹心复合物。在洗涤以移除任何未结合的抗体-酶试剂后,将包含四甲基联苯胺和过氧化氢的底物溶液添加到孔中。按与样本中所存在的分析物的量成比例地产生颜色。停止发色并在540nm或570nm下测量颜色强度。通过与由分析物标准物确定的标准曲线进行比较来确定测试样本的分析物浓度。
实施例5表面上健康的捐赠者和慢性疾病患者的样本
不患有已知的慢性或急性疾病的捐赠者(“表面上健康的捐赠者”)的人尿样购自两个供应商(Golden West Biologicals,Inc.,27625Commerce Center Dr.,Temecula,CA 92590和Virginia MedicalResearch,Inc.,915First Colonial Rd.,Virginia Beach,VA 23454)。在低于-20℃下运送尿样并冷冻储藏。供应商提供每个捐赠者的个人资料,包括性别、种族(黑人/白人)、吸烟状况和年龄。
患有多种慢性疾病的捐赠者(“慢性疾病患者”)的人尿样购自Virginia Medical Research,Inc.,915First Colonial Rd.,Virginia Beach,VA 23454,慢性疾病包括充血性心力衰竭、冠状动脉疾病、慢性肾病、慢性阻塞性肺疾病、糖尿病和高血压。在低于-20℃下运送尿样并冷冻储藏。供应商提供每个个体捐赠者的病例报告,包括年龄、性别、种族(黑人/白人)、吸烟状况和酒精饮用、身高、体重、慢性疾病诊断、目前药物治疗和先前的手术。
实施例6用于评价患者的肾状态的肾损伤标记物的用途
在以下研究中招募重症监护病房(ICU)患者。根据招募7天内达到按RIFLE标准确定的最大阶段,将每个患者按肾状态分为无损伤(0)、有损伤危险(R)、损伤(I)和衰竭(F)。在以下时间收集每个患者的EDTA抗凝血样(10mL)和尿样(25-30mL),在招募时、在施用造影剂(如适用)后4(±0.5)和8(±1)小时;在招募后12(±1)、24(±2)和48(±2)小时,此后在患者住院期间,每天进行收集,收集到第7天至第14天。在所收集的尿样和血样的血浆组分中使用市售的测定试剂通过标准的免疫测定法来各自测量肿瘤坏死因子受体超家族成员10B、钙粘着蛋白-16、胱天蛋白酶-9、细胞死亡的Bcl2拮抗剂、胱天蛋白酶-1、钙粘着蛋白-1、聚[ADP-核糖]聚合酶1、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1、钙粘着蛋白-5、肌红蛋白、载脂蛋白A-II、粘蛋白-16、癌胚抗原相关的细胞粘附分子5和细胞肿瘤抗原p53。浓度报告如下:肿瘤坏死因子受体超家族成员10B-ng/ml、钙粘着蛋白-16-ng/ml、胱天蛋白酶-9-ng/ml、细胞死亡的Bcl2拮抗剂-吸光度单位、胱天蛋白酶-1-pg/ml、钙粘着蛋白-1-pg/ml、聚[ADP-核糖]聚合酶1-ng/ml、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1-pg/ml、钙粘着蛋白-5-ng/ml、肌红蛋白-ng/ml、载脂蛋白A-II-ng/ml、粘蛋白-16、癌胚抗原相关的细胞粘附分子5和细胞肿瘤抗原p53-U/ml、癌胚抗原相关的细胞粘附分子5-ng/ml以及细胞肿瘤抗原p53-ng/ml。
确定两队列,如以下表中的每一个的说明所描述的。在下表中,时间“最大阶段前”表示收集样本的时间(相对于特定患者达到按该组所定义的最低疾病阶段的时间),分成+/-12小时的三个组。例如,作为两队列使用0对R、I、F的“之前24小时”意指达到阶段R(或I,如果无样本处于R,或F,如果无样本处于R或I)前24小时(+/-12小时)。
产生所测量的每种生物标记物的接受者操作特征(ROC)曲线,并确定每个ROC曲线下的面积(AUC)。队列2中的患者还根据定为队列2的原因而分开,如根据血清肌酐测量值(sCr)、根据排尿量(UO)或根据血清肌酐测量值或排尿量。使用上述讨论的相同实例(0对R、I、F),对于仅根据血清肌酐测量值定为阶段R、I或F的那些患者,阶段0队列可包括根据排尿量定为阶段R、I或F的患者;对于仅根据排尿量定为阶段R、I或F的那些患者,阶段0队列可包括根据血清肌酐测量值定为阶段R、I或F的患者;对于根据血清肌酐测量值或排尿量定为阶段R、I或F的那些患者,阶段0队列仅含有血清肌酐测量值和排尿量为阶段0的患者。此外,对于根据血清肌酐测量值或排尿量判定的患者的数据中,采用产生最严重RIFLE阶段的判定方法。
利用ROC分析来确定区别队列1与队列2的能力。SE是AUC的标准误差,n是样本或个体患者的数量(示出为“pts”)。标准误差计算如Hanley,J.A.,和McNeil,B.J.,The meaning and use of the area under areceiver operating characteristic(ROC)curve.Radiology(1982)143:29-36中所述;p值是利用双尾Z测试计算的,并且报道为表1-6中p<0.05和表7-14中p<0.10。AUC<0.5表示用于比较的阴向标记物,AUC>0.5表示用于比较的阳向标记物。
选择各种阈值(或“截止值”)浓度,并确定用于区别队列1与队列2的相关敏感性和特异性。OR是对特定截止值浓度计算的比值比,95%CI是比值比的置信区间。
表1:比较在由队列1(发展未超越RIFLE阶段0的患者)收集的尿样中和在由队列2中达到阶段R、I或F之前0、24小时及48小时所收集的受试者尿样中的标记物水平。
载脂蛋白A-II
Figure BDA00001516451300842
Figure BDA00001516451300844
Figure BDA00001516451300851
细胞死亡的Bcl2拮抗剂
Figure BDA00001516451300852
Figure BDA00001516451300861
Figure BDA00001516451300862
Figure BDA00001516451300863
Figure BDA00001516451300871
胱天蛋白酶-9
Figure BDA00001516451300872
Figure BDA00001516451300873
Figure BDA00001516451300874
Figure BDA00001516451300875
Figure BDA00001516451300881
钙粘着蛋白-1
Figure BDA00001516451300891
Figure BDA00001516451300892
Figure BDA00001516451300893
钙粘着蛋白-5
Figure BDA00001516451300902
Figure BDA00001516451300903
Figure BDA00001516451300904
Figure BDA00001516451300911
细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1
Figure BDA00001516451300912
Figure BDA00001516451300913
Figure BDA00001516451300921
Figure BDA00001516451300922
Figure BDA00001516451300923
Figure BDA00001516451300931
癌胚抗原相关的细胞粘附分子5
Figure BDA00001516451300932
Figure BDA00001516451300933
Figure BDA00001516451300934
Figure BDA00001516451300935
Figure BDA00001516451300941
肌红蛋白
Figure BDA00001516451300942
Figure BDA00001516451300952
Figure BDA00001516451300953
Figure BDA00001516451300954
粘蛋白-16
Figure BDA00001516451300962
Figure BDA00001516451300963
Figure BDA00001516451300964
Figure BDA00001516451300971
聚[ADP-核糖]聚合酶1(裂解的)
Figure BDA00001516451300972
Figure BDA00001516451300982
Figure BDA00001516451300983
Figure BDA00001516451300984
Figure BDA00001516451300991
KSP-钙粘着蛋白
Figure BDA00001516451300992
Figure BDA00001516451300993
Figure BDA00001516451300994
Figure BDA00001516451301001
Figure BDA00001516451301002
肿瘤坏死因子受体超家族成员10B
Figure BDA00001516451301011
Figure BDA00001516451301012
Figure BDA00001516451301013
Figure BDA00001516451301021
表2:比较在由队列1(发展未超越RIFLE阶段0或R的患者)收集的尿样中和在由队列2中达到阶段I或F之前0、24小时及48小时所收集的受试者尿样中的标记物水平。
载脂蛋白A-II
Figure BDA00001516451301022
Figure BDA00001516451301023
Figure BDA00001516451301024
Figure BDA00001516451301031
Figure BDA00001516451301032
胱天蛋白酶-1
Figure BDA00001516451301041
Figure BDA00001516451301043
Figure BDA00001516451301051
胱天蛋白酶-9
Figure BDA00001516451301052
Figure BDA00001516451301053
Figure BDA00001516451301054
Figure BDA00001516451301061
钙粘着蛋白-1
Figure BDA00001516451301071
Figure BDA00001516451301072
Figure BDA00001516451301081
细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1
Figure BDA00001516451301092
Figure BDA00001516451301093
Figure BDA00001516451301094
癌胚抗原相关的细胞粘附分子5
Figure BDA00001516451301102
Figure BDA00001516451301103
Figure BDA00001516451301111
Figure BDA00001516451301112
Figure BDA00001516451301121
肌红蛋白
Figure BDA00001516451301131
Figure BDA00001516451301132
Figure BDA00001516451301134
Figure BDA00001516451301141
粘蛋白-16
Figure BDA00001516451301142
Figure BDA00001516451301143
Figure BDA00001516451301144
Figure BDA00001516451301151
肿瘤坏死因子受体超家族成员10B
Figure BDA00001516451301161
Figure BDA00001516451301162
Figure BDA00001516451301163
Figure BDA00001516451301171
细胞肿瘤抗原p53
Figure BDA00001516451301172
Figure BDA00001516451301174
Figure BDA00001516451301181
表3:比较在由队列1(达到但发展未超越RIFLE阶段R的患者)达到阶段R 12小时内收集的尿样中和在由队列2(达到RIFLE阶段I或F的患者)收集的尿样中的标记物水平。
载脂蛋白A-II
Figure BDA00001516451301182
Figure BDA00001516451301191
肌红蛋白
Figure BDA00001516451301192
Figure BDA00001516451301193
Figure BDA00001516451301201
KSP-钙粘着蛋白
Figure BDA00001516451301202
Figure BDA00001516451301203
Figure BDA00001516451301211
表4:比较在由队列1(发展未超越RIFLE阶段0的患者)收集的尿样中的最大标记物水平和在由队列2在招募与达到阶段F前0、24小时和48小时之间收集的受试者尿样中的最大值。
载脂蛋白A-II
Figure BDA00001516451301221
Figure BDA00001516451301222
Figure BDA00001516451301223
胱天蛋白酶-1
Figure BDA00001516451301232
Figure BDA00001516451301233
Figure BDA00001516451301241
胱天蛋白酶-9
Figure BDA00001516451301242
Figure BDA00001516451301243
Figure BDA00001516451301251
钙粘着蛋白-1
Figure BDA00001516451301252
Figure BDA00001516451301253
Figure BDA00001516451301261
细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1
Figure BDA00001516451301262
Figure BDA00001516451301271
Figure BDA00001516451301272
Figure BDA00001516451301273
Figure BDA00001516451301274
癌胚抗原相关的细胞粘附分子5
Figure BDA00001516451301282
Figure BDA00001516451301283
Figure BDA00001516451301284
Figure BDA00001516451301291
Figure BDA00001516451301292
肌红蛋白
Figure BDA00001516451301302
Figure BDA00001516451301311
粘蛋白-16
Figure BDA00001516451301312
Figure BDA00001516451301321
Figure BDA00001516451301322
聚[ADP-核糖]聚合酶1(裂解的)
Figure BDA00001516451301331
Figure BDA00001516451301333
Figure BDA00001516451301334
Figure BDA00001516451301341
KSP-钙粘着蛋白
Figure BDA00001516451301342
Figure BDA00001516451301343
肿瘤坏死因子受体超家族成员10B
Figure BDA00001516451301352
Figure BDA00001516451301361
Figure BDA00001516451301362
表5:比较由队列1(发展未超越RIFLE阶段0的患者)收集的EDTA样本中和在由队列2中达到阶段R、I或F前0、24小时和48小时所收集的受试者的EDTA样本中的标记物水平。
载脂蛋白A-II
Figure BDA00001516451301374
细胞死亡的Bcl2拮抗剂
Figure BDA00001516451301382
Figure BDA00001516451301383
Figure BDA00001516451301391
Figure BDA00001516451301392
胱天蛋白酶-9
Figure BDA00001516451301401
Figure BDA00001516451301402
Figure BDA00001516451301403
Figure BDA00001516451301411
钙粘着蛋白-1
Figure BDA00001516451301412
Figure BDA00001516451301421
Figure BDA00001516451301422
Figure BDA00001516451301423
Figure BDA00001516451301431
钙粘着蛋白-5
Figure BDA00001516451301432
Figure BDA00001516451301433
Figure BDA00001516451301434
Figure BDA00001516451301441
细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1
Figure BDA00001516451301442
Figure BDA00001516451301443
Figure BDA00001516451301451
Figure BDA00001516451301452
癌胚抗原相关的细胞粘附分子5
Figure BDA00001516451301462
Figure BDA00001516451301463
Figure BDA00001516451301464
Figure BDA00001516451301471
肌红蛋白
Figure BDA00001516451301481
Figure BDA00001516451301482
Figure BDA00001516451301483
Figure BDA00001516451301484
Figure BDA00001516451301491
粘蛋白-16
Figure BDA00001516451301492
Figure BDA00001516451301493
Figure BDA00001516451301494
Figure BDA00001516451301501
Figure BDA00001516451301502
肿瘤坏死因子受体超家族成员10B
Figure BDA00001516451301511
Figure BDA00001516451301513
Figure BDA00001516451301514
Figure BDA00001516451301521
表6:比较在由队列1(发展未超越RIFLE阶段0或R的患者)收集的EDTA样本中和在由队列2中达到阶段I或F前0、24小时及48小时所收集的受试者的EDTA样本中的标记物水平。
载脂蛋白A-II
Figure BDA00001516451301522
Figure BDA00001516451301523
Figure BDA00001516451301531
Figure BDA00001516451301532
胱天蛋白酶-1
Figure BDA00001516451301541
Figure BDA00001516451301542
Figure BDA00001516451301543
Figure BDA00001516451301551
胱天蛋白酶-9
Figure BDA00001516451301552
Figure BDA00001516451301553
Figure BDA00001516451301554
Figure BDA00001516451301561
钙粘着蛋白-1
Figure BDA00001516451301562
Figure BDA00001516451301563
Figure BDA00001516451301571
Figure BDA00001516451301572
细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1
Figure BDA00001516451301581
Figure BDA00001516451301582
Figure BDA00001516451301591
癌胚抗原相关的细胞粘附分子5
Figure BDA00001516451301593
Figure BDA00001516451301594
Figure BDA00001516451301601
Figure BDA00001516451301602
肌红蛋白
Figure BDA00001516451301611
Figure BDA00001516451301612
Figure BDA00001516451301613
粘蛋白-16
Figure BDA00001516451301622
Figure BDA00001516451301623
Figure BDA00001516451301631
肿瘤坏死因子受体超家族成员10B
Figure BDA00001516451301632
Figure BDA00001516451301642
Figure BDA00001516451301643
Figure BDA00001516451301651
细胞肿瘤抗原p53
Figure BDA00001516451301653
Figure BDA00001516451301654
表7:比较在由队列1(达到但发展未超越RIFLE阶段R的患者)达到阶段R 12小时内收集的EDTA样本中和在由队列2(达到RIFLE阶段I或F的患者)收集的EDTA样本中的标记物水平。
载脂蛋白A-II
Figure BDA00001516451301662
Figure BDA00001516451301663
Figure BDA00001516451301671
肌红蛋白
Figure BDA00001516451301672
Figure BDA00001516451301681
表8:比较在由队列1(发展未超越RIFLE阶段0的患者)收集的EDTA样本中的最大标记物水平和在由队列2中在招募与达到阶段F前0、24小时及48小时之间所收集的受试者EDTA样本中的最大值。
载脂蛋白A-II
Figure BDA00001516451301682
Figure BDA00001516451301691
Figure BDA00001516451301692
Figure BDA00001516451301693
Figure BDA00001516451301701
胱天蛋白酶-1
Figure BDA00001516451301702
Figure BDA00001516451301703
Figure BDA00001516451301711
胱天蛋白酶-9
Figure BDA00001516451301713
Figure BDA00001516451301721
钙粘着蛋白-1
Figure BDA00001516451301722
Figure BDA00001516451301723
Figure BDA00001516451301724
Figure BDA00001516451301731
细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1
Figure BDA00001516451301741
Figure BDA00001516451301742
癌胚抗原相关的细胞粘附分子5
Figure BDA00001516451301752
Figure BDA00001516451301753
Figure BDA00001516451301754
Figure BDA00001516451301761
肌红蛋白
Figure BDA00001516451301762
Figure BDA00001516451301763
Figure BDA00001516451301772
Figure BDA00001516451301773
Figure BDA00001516451301781
粘蛋白-16
Figure BDA00001516451301782
Figure BDA00001516451301783
Figure BDA00001516451301784
Figure BDA00001516451301791
肿瘤坏死因子受体超家族成员10B
Figure BDA00001516451301792
Figure BDA00001516451301793
Figure BDA00001516451301801
对于本领域技术人员而言,虽然本发明足够详细地描述和示例了其制备和使用,但在不脱离本发明的精神和范围的情况下,多种替代、修改和改进是显而易见的。本文中提供的实施例代表优选的实施方案,是示例性的,不旨在限制本发明的范围。本领域技术人员可想到其中的修改和其它用途。这些修改包括在本发明的精神内,并由权利要求的范围界定。
对于本领域技术人员显而易见的是,在不脱离本发明范围和精神的情况下,可对本文中公开的本发明进行各种替代和修改。
本说明书内所提到的所有专利和出版物表示本发明所属领域的普通技术人员的水平。所有专利和出版物以引用的方式并入本文,引用程度如同每个单独出版物以引用的方式具体且单独地并入一般。
本文中以适当说明性的方式描述的本发明可在本文中未具体公开的任何要素或多个要素、任何限制或多种限制不存在的情况下实施。因此,例如,在本文中各实施例中,术语“包括”、“基本上由…组成”和“由…组成”中任一者可由其它两个术语中的任一者替代。已使用的术语和表述用作描述而非限制的术语,且在这种术语和表述的使用中无意排除所示和所述特征的任何等效表述或其部分,但应了解,可在所要求的本发明范围内进行多种修改。因此,应了解,虽然本发明已具体通过优选的实施方案和可选的特征进行公开,但本文中所公开的概念的修改和变化可被本领域技术人员采用,并且这些修改和变化可认为在所附权利要求所界定的本发明范围内。
其它实施方案在所附权利要求中给出。

Claims (42)

1.一种评价受试者肾状态的方法,包括:
进行一种或多种测定,所述测定设定成检测取自受试者的体液样本上的选自肿瘤坏死因子受体超家族成员10B、钙粘着蛋白-16、胱天蛋白酶-9、细胞死亡的Bcl2拮抗剂、胱天蛋白酶-1、钙粘着蛋白-1、聚[ADP-核糖]聚合酶1、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1、钙粘着蛋白-5、肌红蛋白、载脂蛋白A-II、粘蛋白-16、癌胚抗原相关的细胞粘附分子5和细胞肿瘤抗原p53的一种或多种生物标记物,从而提供测定结果;以及
将所述测定结果与所述受试者的所述肾状态相关联。
2.根据权利要求1所述的方法,其中所述相关联步骤包括将所述测定结果与所述受试者的所述肾状态的危险分级、诊断、分期、分类和监测中的一种或多种相关联。
3.根据权利要求1所述的方法,其中所述相关联步骤包括根据所述测定的结果确定所述受试者日后肾状态的一种或多种变化的可能性。
4.根据权利要求1所述的方法,其中所述日后肾状态的一种或多种变化包括日后肾功能损伤、日后肾功能衰弱、日后肾功能改善和日后急性肾衰竭(ARF)中的一种或多种。
5.根据权利要求1所述的方法,其中所述受试者没有罹患急性肾衰竭。
6.根据权利要求1所述的方法,其中所述受试者还没有经历血清肌酐比在获得所述体液样本的时间之前测定的基线值提高1.5倍或更多倍。
7.根据权利要求1所述的方法,其中在获得所述体液样本的时间之前所述受试者具有至少0.5ml/kg/hr的12小时排尿量。
8.根据权利要求1所述的方法,其中所述受试者还没有经历血清肌酐比在获得所述体液样本的时间之前测定的基线值提高0.3mg/dL或更多。
9.根据权利要求1所述的方法,其中所述受试者(i)还没有经历血清肌酐比在获得所述体液样本的时间之前测定的基线值提高1.5倍或更多倍,(ii)在获得所述体液样本的时间之前具有至少0.5ml/kg/hr的12小时排尿量,以及(iii)还没有经历血清肌酐比在获得所述体液样本的时间之前测定的基线值提高0.3mg/dL或更多。
10.根据权利要求1所述的方法,其中所述受试者处于RIFLE阶段0或R。
11.根据权利要求10所述的方法,其中所述受试者处于RIFLE阶段0,并且所述相关联步骤包括确定所述受试者将在72小时内达到RIFLE阶段R、I或F的可能性。
12.根据权利要求10所述的方法,其中所述受试者处于RIFLE阶段0或R,并且所述相关联步骤包括确定所述受试者将在72小时内达到RIFLE阶段I或F的可能性。
13.根据权利要求12所述的方法,其中所述受试者处于RIFLE阶段0,并且所述相关联步骤包括确定所述受试者将在72小时内达到RIFLE阶段F的可能性。
14.根据权利要求12所述的方法,其中所述受试者处于RIFLE阶段R,并且所述相关联步骤包括确定所述受试者将在72小时内达到RIFLE阶段I或F的可能性。
15.根据权利要求1所述的方法,其中所述受试者处于RIFLE阶段0、R或I,并且所述相关联步骤包括确定所述受试者将在72小时内达到RIFLE阶段F的可能性。
16.根据权利要求15所述的方法,其中所述受试者处于RIFLE阶段I,并且所述相关联步骤包括确定所述受试者将在72小时内达到RIFLE阶段F的可能性。
17.根据权利要求11所述的方法,其中所述相关联步骤包括确定所述受试者将在48小时内达到RIFLE阶段R、I或F的可能性。
18.根据权利要求12所述的方法,其中所述相关联步骤包括确定所述受试者将在48小时内达到RIFLE阶段I或F的可能性。
19.根据权利要求13所述的方法,其中所述相关联步骤包括确定所述受试者将在48小时内达到RIFLE阶段I或F的可能性。
20.根据权利要求17所述的方法,其中所述相关联步骤包括确定所述受试者将在48小时内达到RIFLE阶段F的可能性。
21.根据权利要求18所述的方法,其中所述相关联步骤包括确定所述受试者将在48小时内达到RIFLE阶段F的可能性。
22.根据权利要求19所述的方法,其中所述相关联步骤包括确定所述受试者将在48小时内达到RIFLE阶段F的可能性。
23.根据权利要求17所述的方法,其中所述相关联步骤包括确定所述受试者将在24小时内达到RIFLE阶段R、I或F的可能性。
24.根据权利要求18所述的方法,其中所述相关联步骤包括确定所述受试者将在24小时内达到RIFLE阶段I或F的可能性。
25.根据权利要求19所述的方法,其中所述相关联步骤包括确定所述受试者将在24小时内达到RIFLE阶段I或F的可能性。
26.根据权利要求20所述的方法,其中所述相关联步骤包括确定所述受试者将在24小时内达到RIFLE阶段F的可能性。
27.根据权利要求21所述的方法,其中所述相关联步骤包括确定所述受试者将在24小时内达到RIFLE阶段F的可能性。
28.根据权利要求22所述的方法,其中所述相关联步骤包括确定所述受试者将在24小时内达到RIFLE阶段F的可能性。。
29.根据权利要求1所述的方法,其中所述测定结果包括以下中的一种或多种:
测定的肿瘤坏死因子受体超家族成员10B的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-9的尿或血浆浓度;
测定的细胞死亡的Bcl2拮抗剂的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-1的尿或血浆浓度;
测定的聚[ADP-核糖]聚合酶1的尿或血浆浓度;
测定的细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-5的尿或血浆浓度;
测定的肌红蛋白的尿或血浆浓度;
测定的载脂蛋白A-II的尿或血浆浓度;
测定的粘蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的癌胚抗原相关的细胞粘附分子5的尿或血浆浓度;或
测定的细胞肿瘤抗原p53的尿或血浆浓度,
且所述相关联步骤包括将每一测定的浓度与相应的阈值浓度相比较;且
对于阳向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,相对于所述受试者的当前RIFLE阶段而言,确定所述受试者发展为恶化RIFLE阶段的可能性增大,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,相对于所述受试者的当前RIFLE阶段而言,确定所述受试者发展为恶化RIFLE阶段的可能性减小,或者,
对于阴向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,相对于所述受试者的当前RIFLE阶段而言,确定所述受试者发展为恶化RIFLE阶段的可能性减小,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,相对于所述受试者的当前RIFLE阶段而言,确定所述受试者发展为恶化RIFLE阶段的可能性增大。
30.根据权利要求1所述的方法,其中所述测定结果包括以下中的一种或多种:
测定的肿瘤坏死因子受体超家族成员10B的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-9的尿或血浆浓度;
测定的细胞死亡的Bcl2拮抗剂的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-1的尿或血浆浓度;
测定的聚[ADP-核糖]聚合酶1的尿或血浆浓度;
测定的细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-5的尿或血浆浓度;
测定的肌红蛋白的尿或血浆浓度;
测定的载脂蛋白A-II的尿或血浆浓度;
测定的粘蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的癌胚抗原相关的细胞粘附分子5的尿或血浆浓度;或
测定的细胞肿瘤抗原p53的尿或血浆浓度,
且所述相关联步骤包括将每一测定的浓度与相应的阈值浓度相比较;且
对于阳向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定所述受试者发展为需要肾替代疗法的可能性增大,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定发展为需要肾替代疗法的可能性减小,或者,
对于阴向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定所述受试者发展为需要肾替代疗法的可能性减小,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定发展为需要肾替代疗法的可能性增大。
31.根据权利要求5所述的方法,其中所述测定结果包括以下中的一种或多种:
测定的肿瘤坏死因子受体超家族成员10B的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-9的尿或血浆浓度;
测定的细胞死亡的Bcl2拮抗剂的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-1的尿或血浆浓度;
测定的聚[ADP-核糖]聚合酶1的尿或血浆浓度;
测定的细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-5的尿或血浆浓度;
测定的肌红蛋白的尿或血浆浓度;
测定的载脂蛋白A-II的尿或血浆浓度;
测定的粘蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的癌胚抗原相关的细胞粘附分子5的尿或血浆浓度;或
测定的细胞肿瘤抗原p53的尿或血浆浓度,
且所述相关联步骤包括将每一测定的浓度与相应的阈值浓度相比较;且
对于阳向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定发展为急性肾衰竭的可能性增大,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定所述受试者发展为急性肾衰竭的可能性减小,或者,
对于阴向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定发展为急性肾衰竭的可能性减小,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定所述受试者发展为急性肾衰竭的可能性增大。
32.根据权利要求11所述的方法,其中所述测定结果包括以下中的一种或多种:
测定的肿瘤坏死因子受体超家族成员10B的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-9的尿或血浆浓度;
测定的细胞死亡的Bcl2拮抗剂的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-1的尿或血浆浓度;
测定的聚[ADP-核糖]聚合酶1的尿或血浆浓度;
测定的细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-5的尿或血浆浓度;
测定的肌红蛋白的尿或血浆浓度;
测定的载脂蛋白A-II的尿或血浆浓度;
测定的粘蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的癌胚抗原相关的细胞粘附分子5的尿或血浆浓度;或
测定的细胞肿瘤抗原p53的尿或血浆浓度,
且所述相关联步骤包括将每一测定的浓度与相应的阈值浓度相比较;且
对于阳向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段R、I或F的可能性增大,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段R、I或F的可能性减小,或者,
对于阴向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段R、I或F的可能性减小,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段R、I或F的可能性增大。
33.根据权利要求12所述的方法,其中所述测定结果包括以下中的一种或多种:
测定的肿瘤坏死因子受体超家族成员10B的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-9的尿或血浆浓度;
测定的细胞死亡的Bcl2拮抗剂的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-1的尿或血浆浓度;
测定的聚[ADP-核糖]聚合酶1的尿或血浆浓度;
测定的细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-5的尿或血浆浓度;
测定的肌红蛋白的尿或血浆浓度;
测定的载脂蛋白A-II的尿或血浆浓度;
测定的粘蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的癌胚抗原相关的细胞粘附分子5的尿或血浆浓度;或
测定的细胞肿瘤抗原p53的尿或血浆浓度,
且所述相关联步骤包括将每一测定的浓度与相应的阈值浓度相比较;且
对于阳向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段I或F的可能性增大,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段I或F的可能性减小,或者,
对于阴向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段I或F的可能性减小,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段I或F的可能性增大。
34.根据权利要求13所述的方法,其中所述测定结果包括以下中的一种或多种:
测定的肿瘤坏死因子受体超家族成员10B的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-9的尿或血浆浓度;
测定的细胞死亡的Bcl2拮抗剂的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-1的尿或血浆浓度;
测定的聚[ADP-核糖]聚合酶1的尿或血浆浓度;
测定的细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-5的尿或血浆浓度;
测定的肌红蛋白的尿或血浆浓度;
测定的载脂蛋白A-II的尿或血浆浓度;
测定的粘蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的癌胚抗原相关的细胞粘附分子5的尿或血浆浓度;或
测定的细胞肿瘤抗原p53的尿或血浆浓度,
且所述相关联步骤包括将每一测定的浓度与相应的阈值浓度相比较;且
对于阳向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段F的可能性增大,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段I或F的可能性减小,或者,
对于阴向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段F的可能性减小,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段I或F的可能性增大。
35.根据权利要求14所述的方法,其中所述测定结果包括以下中的一种或多种:
测定的肿瘤坏死因子受体超家族成员10B的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-9的尿或血浆浓度;
测定的细胞死亡的Bcl2拮抗剂的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-1的尿或血浆浓度;
测定的聚[ADP-核糖]聚合酶1的尿或血浆浓度;
测定的细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-5的尿或血浆浓度;
测定的肌红蛋白的尿或血浆浓度;
测定的载脂蛋白A-II的尿或血浆浓度;
测定的粘蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的癌胚抗原相关的细胞粘附分子5的尿或血浆浓度;或
测定的细胞肿瘤抗原p53的尿或血浆浓度,
且所述相关联步骤包括将每一测定的浓度与相应的阈值浓度相比较;且
对于阳向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段F的可能性增大,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段I或F的可能性减小,或者,
对于阴向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段F的可能性减小,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段I或F的可能性增大。
36.根据权利要求15所述的方法,其中所述测定结果包括以下中的一种或多种:
测定的肿瘤坏死因子受体超家族成员10B的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-9的尿或血浆浓度;
测定的细胞死亡的Bcl2拮抗剂的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-1的尿或血浆浓度;
测定的聚[ADP-核糖]聚合酶1的尿或血浆浓度;
测定的细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-5的尿或血浆浓度;
测定的肌红蛋白的尿或血浆浓度;
测定的载脂蛋白A-II的尿或血浆浓度;
测定的粘蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的癌胚抗原相关的细胞粘附分子5的尿或血浆浓度;或
测定的细胞肿瘤抗原p53的尿或血浆浓度,
且所述相关联步骤包括将每一测定的浓度与相应的阈值浓度相比较;且
对于阳向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段F的可能性增大,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段F的可能性减小,或者,
对于阴向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段F的可能性减小,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段F的可能性增大。
37.根据权利要求16所述的方法,其中所述测定结果包括以下中的一种或多种:
测定的肿瘤坏死因子受体超家族成员10B的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-9的尿或血浆浓度;
测定的细胞死亡的Bcl2拮抗剂的尿或血浆浓度;
测定的胱天蛋白酶-1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-1的尿或血浆浓度;
测定的聚[ADP-核糖]聚合酶1的尿或血浆浓度;
测定的细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1的尿或血浆浓度;
测定的钙粘着蛋白-5的尿或血浆浓度;
测定的肌红蛋白的尿或血浆浓度;
测定的载脂蛋白A-II的尿或血浆浓度;
测定的粘蛋白-16的尿或血浆浓度;
测定的癌胚抗原相关的细胞粘附分子5的尿或血浆浓度;或
测定的细胞肿瘤抗原p53的尿或血浆浓度,
且所述相关联步骤包括将每一测定的浓度与相应的阈值浓度相比较;且
对于阳向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段F的可能性增大,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段F的可能性减小,或者,
对于阴向标记物,当所述测定的浓度高于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段F的可能性减小,或当所述测定的浓度低于所述阈值时,确定所述受试者发展为RIFLE阶段F的可能性增大。
38.根据权利要求1所述的方法,其中根据所述受试者预先存在的肾前性、肾性或肾后性ARF的一种或多种已知危险因素选择受试者以进行肾状态评价。
39.根据权利要求1所述的方法,其中根据以下情况中的一种或多种的现有诊断:充血性心力衰竭、子痫前期、子痫、糖尿病、高血压、冠状动脉疾病、蛋白尿、肾功能不全、肾小球过滤低于正常范围、肝硬化、血清肌酐高于正常范围、败血症、肾功能损伤、肾功能衰弱或ARF;或根据正在经历或经历过大血管手术、冠状动脉搭桥或其它心脏手术;或根据接触NSAID、环孢菌素、他克莫司、氨基糖甙类、膦甲酸、乙二醇、血红蛋白、肌红蛋白、异环磷酰胺、重金属、甲氨蝶呤、不透射线的造影剂或链脲佐菌素,来选择受试者以进行肾状态评价。
40.IGFBP7的测定,其用于对没有接受肾替代疗法的受试者的肾状态进行诊断、危险分级、预后、分类和监测。
41.一种或多种生物标记物的测定,所述一种或多种生物标记物选自肿瘤坏死因子受体超家族成员10B、钙粘着蛋白-16、胱天蛋白酶-9、细胞死亡的Bcl2拮抗剂、胱天蛋白酶-1、钙粘着蛋白-1、聚[ADP-核糖]聚合酶1、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1、钙粘着蛋白-5、肌红蛋白、载脂蛋白A-II、粘蛋白-16、癌胚抗原相关的细胞粘附分子5和细胞肿瘤抗原p53,所述测定用于对没有罹患急性肾衰竭的受试者的肾状态进行诊断、危险分级、预后、分类和监测。
42.一种或多种生物标记物的测定,所述一种或多种生物标记物选自肿瘤坏死因子受体超家族成员10B、钙粘着蛋白-16、胱天蛋白酶-9、细胞死亡的Bcl2拮抗剂、胱天蛋白酶-1、钙粘着蛋白-1、聚[ADP-核糖]聚合酶1、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1、钙粘着蛋白-5、肌红蛋白、载脂蛋白A-II、粘蛋白-16、癌胚抗原相关的细胞粘附分子5和细胞肿瘤抗原p53,所述测定用于相对于受试者的当前RIFLE阶段而言确定所述受试者发展为恶化RIFLE阶段的可能性增大。
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