CN102784391A - Il-23及其受体、相关试剂和方法 - Google Patents
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Abstract
本发明为IL-23及其受体、相关试剂和方法。编码哺乳动物(例如灵长类动物)受体的核酸、纯化的受体蛋白及其片段。还同时提供多克隆抗体和单克隆抗体。描述了使用同时具有诊断和治疗用途的组合物的方法。
Description
本申请是申请日为2004年11月18日,申请号为200480040614.7的、发明名称和本发明相同的发明专利申请的分案申请。
本申请是2003年9月18日提交的序号为10/667,290的一般转让、共同待审申请的部分继续申请,10/667,290号申请是2001年5月10日提交的序号为09/853,180的申请的分案申请,09/853,180号申请要求保护2000年5月10日提交的美国临时专利申请第60/203,426号的权益,这些申请每个都全文在此引入作为参考。
发明领域
本发明涉及影响哺乳动物生理机能(包括免疫系统功能)的组合物和方法。具体地讲,本发明提供了调节发育和/或免疫系统的方法。本发明还公开了这些物质的诊断性和治疗性用途。
发明背景
总体而言,重组DNA技术指这样的技术:将供体源的遗传信息整合入载体中,以供随后进行加工,例如通过导入到宿主中,由此在新环境中拷贝和/或表达转移的遗传信息。通常,遗传信息以互补DNA(cDNA)形式存在,cDNA源自编码所需蛋白产物的信使RNA(mRNA)。载体经常为能够掺入cDNA的质粒,用于以后在宿主中复制,在某些情况下,其实际上控制cDNA表达,由此引导所编码产物在宿主中合成。参见例如Sambrook等,(1989)Molecular Cloning:ALaboratory Manual,(第2版)1-3卷,CSH Press,NY。
一段时间以来,业已知晓哺乳动物免疫应答基于被称为“免疫网络”的一系列复杂的细胞相互作用。近期的研究为该网络的内部工作情况提供了新视点。许多免疫应答实际上确实以淋巴细胞、巨噬细胞、粒细胞和其它细胞的网络样相互作用为中心,尽管这仍很明确,但现在,免疫学家一般认为,被称为淋巴因子、细胞因子或单核因子的可溶性蛋白在控制这些细胞相互作用方面起关键作用。因此,细胞调节因子的分离、表征和作用机制相当令人感兴趣,理解这些方面对众多医学异常现象(如免疫系统障碍)的诊断和治疗将产生显著进步。
淋巴因子明显以各种途径介导细胞活性。参见例如Paul(编辑)(1996)Fundamental Immunology第3版,Raven Press,New York;和Thomson(编辑)(1994)The Cytokine Handbook第2版,Academic Press,San Diego。业已表明,淋巴因子支持多能造血干细胞增殖、生长和/或分化成大量祖细胞,这些祖细胞含有组成复杂免疫系统的不同细胞谱系。细胞组分之间的适当且平衡的相互作用是健康免疫应答所必需的。当淋巴因子连同其它物质一起给予时,不同的细胞谱系经常以不同的方式应答。
对免疫应答特别重要的细胞谱系包括两类淋巴细胞:B细胞,其可生产和分泌免疫球蛋白(能够识别和结合异物以使其去除的蛋白);和各种亚群的T细胞,其分泌淋巴因子,诱导或抑制B细胞和组成免疫网络的各种其它细胞(包括其它T细胞)。这些淋巴细胞与许多其它细胞类型相互作用。
免疫系统细胞一般不能在体外保持,这阻碍了为更好地了解和治疗各种免疫疾病而进行的研究。免疫学家已发现,这些细胞中有许多可通过使用T细胞和其它细胞的上清液(其含各种生长因子,包括多种淋巴因子)实现培养。
存在各种调节形态发生发育的生长因子和调节因子。细胞因子的许多受体是已知的。通常,在功能受体中存在至少两种关键的亚基。参见例如Heinrich等,(1998)Biochem.J.334:297-314;Gonda andD′Andrea(1997)Blood 89:355-369;Presky等,(1996)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93:14002-14007;Drachman和Kaushansky(1995)Curr.Opin.Hematol.2:22-28;Theze(1994)Eur.Cytokine Netw.5:353-368;以及Lemmon和Schlessinger(1994)Trends Biochem.Sci.19:459-463。
根据前述内容,显然,新的可溶性蛋白及其受体(包括类似于淋巴因子的可溶性蛋白及其受体)的发现和开发应当有助于广泛的退行性或异常病症的新疗法,所述病症直接或间接涉及例如免疫系统和/或造血细胞的发育、分化或功能。具体地说,发现和理解增强或加强其它淋巴因子有益活性的淋巴因子样分子的新受体将是非常有利的。本发明提供与细胞因子样组合物具有相似性的新配体受体和相关化合物及其使用方法。
发明概述
本发明涉及与细胞因子受体相关的新受体及其生物活性,所述新受体例如为称为DNAX细胞因子受体亚基(DCRS)的灵长类动物细胞因子样分子结构。具体地说,本发明提供了对一种称为DCRS5(也叫做IL-23R)的亚基的描述。本发明包括多肽编码核酸自身及其制备和使用方法。本发明核酸的部分特征在于其与本文包含的克隆互补DNA(cDNA)序列同源。另外,本发明提供了p40/p19配体与受体亚基DCRS5和IL-12Rβ1的配对,该配对使得可基于其所涉及试剂深入了解激动剂和拮抗剂所应用的适应症。
本发明提供含SEQ ID NO:2胞内部分至少10个连续氨基酸的大致纯或重组的多肽。在某些实施方案中,该多肽:含SEQ ID NO:2胞内部分至少25个连续氨基酸;是含SEQ ID NO:2胞内部分的重组体;进一步含SEQ ID NO:2非胞内部分的至少10个连续氨基酸;含SEQID NO:2胞外部分的至少25个氨基酸;含成熟的SEQ ID NO:2;或是大致纯的天然多肽。在其它实施方案中,所述重组多肽:由SEQ IDNO:2的成熟序列组成;是非糖基化多肽;得自人类;含SEQ ID NO:2的至少40个连续氨基酸;具有至少3个具有SEQ ID NO:2的至少15个连续氨基酸的非重叠区段;是SEQ ID NO:2的天然多态变异体;长度至少约30个氨基酸;具有至少两个灵长类动物DCRS5特异性的非重叠表位;被天然糖基化且分子量至少为30kD;是合成多肽;为无菌形式;处于水性或缓冲溶液中;附着至固体基质;与另一个化学部分缀合;或与IL-12Rβ1多肽物理结合。
本发明的其它实施方案提供:含SEQ ID NO:2胞内部分至少12个连续氨基酸的大致纯或重组的多肽;或含成熟SEQ ID NO:2的大致纯的天然序列多肽。多肽含至少两个不同的非重叠区段,其中非重叠区段具有SEQ ID NO:2胞内部分的至少6个连续氨基酸,这种多肽的具体形式是其中:不同的非重叠区段:包括一个至少12个氨基酸的区段;包括一个至少7个氨基酸的区段和第二个至少9个氨基酸的区段;包括第三个至少6个氨基酸的不同区段;或包含R355-L373、P378-L405、V407-D426、K428-D439、P441-V452、I454-G460、I465-T587或N592-606之一;或该多肽进一步包含至少两个不同的非重叠区段,其中非重叠区段具有SEQ ID NO:2胞外部分的至少6个连续氨基酸。或者,含SEQ ID NO:2胞内部分至少12个连续氨基酸的多肽:其中至少12个连续氨基酸的区段包含R355-L373、P378-L405、V407-D426、K428-D439、P441-V452、I454-G460、I465-T587或N592-606之一;或该多肽进一步包含至少两个不同的非重叠区段,其中非重叠区段具有SEQ ID NO:2胞外部分至少6个连续氨基酸。或者,含成熟SEQ IDNO:2的纯天然序列多肽可进一步含有纯化或检测表位。这样的多肽可:由SEQ ID NO:2的成熟序列组成;为非糖基化多肽;得自人类;含SEQ ID NO:2的至少40个连续氨基酸;具有至少三个非重叠区段,其中非重叠区段具有SEQ ID NO:2的至少15个连续氨基酸;为SEQID NO:2的天然多态变异体;长度至少约30个氨基酸;具有至少两个灵长类动物DCRS5特异性的非重叠表位;被天然糖基化且分子量至少为30kD;是合成多肽;为无菌形式;处于水性或缓冲溶液中;附着至固体基质;与另一个化学部分缀合;或与IL-12Rβ1多肽物理结合。
本发明提供各种其它组合物,其例如包含:与IL-12Rβ1蛋白组合的大致纯的多肽;或在载体中的所述多肽,其中载体为:水性化合物,包括水、盐水和/或缓冲液;和/或配制用于口服、直肠、鼻、局部或胃肠外给药的载体。
本发明提供试剂盒,其包含所述多肽和:含该多肽的隔室(compartment);含IL-12R□1多肽的隔室;含p40、p19或p40/p19多肽的隔室;或试剂盒中试剂的使用或处理说明书。
本发明提供抗体和其它结合化合物,所述抗体或结合化合物例如包含特异性结合DCRS5胞内部分的抗体的抗原结合位点,其中:结合化合物在容器中;多肽得自人类;结合化合物为Fv、Fab或Fab2片段;结合化合物与另一个化学部分缀合;或者所述抗体:针对表1成熟多肽的肽序列产生;针对成熟DCRS5产生;针对纯化的人DCRS5产生;是经免疫选择的;是多克隆抗体;结合变性DCRS5;与抗原的Kd至少为30μm;附着至固体基质,包括珠或塑料膜;于无菌组合物中;或被可检测地标记,包括放射性或荧光标记。本发明还提供试剂盒,其包含结合化合物和:含结合化合物的隔室;含以下多肽的隔室:p40多肽;p19多肽;DCRS5多肽;和/或IL-12Rβ1多肽;含以下多肽编码核酸的隔室:p40多肽;p19多肽;DCRS5多肽;和/或IL-12Rβ1多肽;或试剂盒中试剂的使用或处理说明书。
本发明还提供例如生产抗原:抗体复合物的方法,其包括在合适条件下使灵长类动物DCRS5多肽与抗体接触,由此使复合物形成。这样的方法可为:其中复合物纯化自其它细胞因子受体;复合物纯化自其它抗体;接触是和含干扰素的样品接触;接触允许定量检测抗原;接触是和含抗体的样品接触;或接触允许定量检测抗体。本发明提供其它组合物,例如,组合物包含:无菌结合化合物,或结合化合物和载体,其中载体为:水性化合物,包括水、盐水和/或缓冲液;和/或配制用于口服、直肠、鼻、局部或胃肠外给药的载体。
本发明还提供编码DCRS5多肽的分离或重组核酸,其中DCRS5得自人类;或所述核酸:编码SEQ ID NO:2的抗原肽序列;编码SEQID NO:2的多个抗原肽序列;在至少13个核苷酸中与编码该区段的天然cDNA具有同一性;为表达载体;进一步包含复制起点;得自天然来源;含可检测标记;含合成核苷酸序列;小于6kb,优选小于3kb;得自灵长类动物;含天然全长编码序列;是DCRS5编码基因的杂交探针;或是PCR引物、PCR产物或诱变引物。本发明提供含所述重组核酸的细胞,其中所述细胞为:原核细胞、真核细胞、细菌细胞、酵母细胞、昆虫细胞、哺乳动物细胞、小鼠细胞、灵长类动物细胞或人细胞。
试剂盒实施方案所包括的试剂盒含所述核酸和:含该核酸的隔室;含以下多肽编码核酸的隔室:p40多肽;p19多肽;DCRS5多肽;和/或IL-12Rβ1多肽;含以下多肽的隔室:p40多肽;p19多肽;DCRS5多肽;和/或IL-12Rβ1多肽;含选择性结合以下多肽的抗体的隔室:p40多肽;p19多肽;DCRS5多肽;和/或IL-12Rβ1多肽;或试剂盒中试剂的使用或处理说明书。
其它的核酸实施方案所包含的核酸:在30分钟、30℃、低于2M盐的条件下与SEQ ID NO:1中编码胞内部分的部分杂交;或在至少约30个核苷酸的一段序列中与灵长类动物DCRS5的胞内部分具有同一性。优选地,这样的核酸为:其中洗涤条件为45℃和/或500mM盐;或55℃和/或150mM盐;或该序列段至少为55或75个核苷酸。
治疗用途包括调节细胞的生理机能或发育的方法,其包括使细胞和以下物质接触:p40/p19拮抗剂,其是含灵长类动物DCRS5胞外部分和/或灵长类动物IL-12Rβ1胞外部分的复合物;p40/p19拮抗剂,其为结合含灵长类动物DCRS5和/或灵长类动物IL-12Rβ1的复合物的抗体;p40/p19拮抗剂,其为结合DCRS5的抗体;p40/p19拮抗剂,其为抗IL-12Rβ1抗体;p40/p19拮抗剂,其为DCRS5或IL-12Rβ1的反义核酸;或p40/p19激动剂,其为结合含灵长类动物DCRS5和/或灵长类动物IL-12Rβ1的复合物的抗体。在一类方法中,接触是和拮抗剂接触,并且接触是与IL-12、IL-18、TNF和/或IFNγ的拮抗剂相结合;或细胞所来自的宿主:具有慢性TH1介导疾病的病症或症状;具有多发性硬化、类风湿性关节炎、骨关节炎、炎性肠病、糖尿病、银屑病或败血症的症状和病症;或接受同种异体移植。相反,所述方法可为与激动剂接触,以及:接触是与IL-12、IL-18、TNF或IFNγ相结合;或细胞所来自的宿主:具有慢性TH2应答的病症或症状;有肿瘤、病毒或真菌生长;接受疫苗;或有变态反应。
本发明提供治疗经受生理疾病的人受治疗者的方法,其包括给予有效量的DCRS5(SEQ ID NO:1或2)或p19(SEQ ID NO:5或6)的激动剂或拮抗剂,其中所述疾病包括类风湿性关节炎;哮喘或变态反应;慢性梗阻性肺病(COPD);间质性肺病;炎性肠病(IBD);或炎性皮肤病。本发明还提供以上方法,其中皮肤病为银屑病或特应性皮炎;其中IBD是节段性回肠炎(Crohn病)或溃疡性结肠炎;其中间质性肺病是特发性肺纤维化、嗜酸性细胞肉芽肿或过敏性肺炎。
在另一个实施方案中,本发明提供以上方法,其中拮抗剂含衍生自特异性结合DCRS5(SEQ ID NO:2)或p19(SEQ ID NO:6)的抗体的抗原结合位点的结合组合物;或其中结合组合物含多克隆抗体、单克隆抗体、人源化抗体或Fab、Fv或F(ab′)2片段;或其中激动剂含DCRS5(SEQ ID NO:2)或p19(SEQ ID NO:6);以及提供上述的方法,其中激动剂或拮抗剂包含核酸,或其中拮抗剂包含反义核酸或RNA干扰核酸。
本发明的又一实施方案是诊断生理性疾病的方法,其包括将特异性结合DCRS5(SEQ ID NO:1或2)或p19(SEQ ID NO:5或6)的结合组合物与来自经受类风湿性关节炎、哮喘或变态反应、慢性梗阻性肺病(COPD)、间质性肺病、炎性肠病(IBD)或炎性皮肤病的测试受试者的样品接触。本发明还提供以上方法,其进一步包括使结合组合物与来源于对照受试者的样品或对照样品接触;比较在测试受试者中观测的结合和在对照受试者或对照样品中观测的结合。本发明提供以上方法,其中结合组合物含多克隆抗体;单克隆抗体;人源化抗体;Fab、Fv或F(ab′)2片段;核酸;或可检测标记;以及提供上述方法,其中核酸包含探针或引物;或分子信标。
在另一个实施方案中,本发明提供上述诊断方法,其中样品来源于人细胞、组织或生物流体;其中皮肤病为银屑病或特应性皮炎;其中IBD是节段性回肠炎或溃疡性结肠炎;或其中间质性肺病是特发性肺纤维化、嗜酸性细胞肉芽肿或过敏性肺炎。
优选实施方案的详述
除非正文另有明确说明,否则本文(包括所附权利要求书)使用的单数形式的词语,例如“a”、“an”和“所述(the)”,包括其对应的复数形式。在本文中提到的所有参考文献都引入作为参考,其程度如同各个单独的出版物、专利申请或专利被明确和个别指出引入作为参考。
I.一般描述
本发明提供哺乳动物(本文为灵长类动物)细胞因子受体样亚基分子的氨基酸序列和DNA序列,该亚基分子被称为DNAX细胞因子受体亚基5(DCRS5),具有特别限定的结构和生物学特性。编码这些分子的各种cDNA都得自灵长类动物(例如人)cDNA序列文库。其它灵长类动物或其它哺乳动物相应物也合乎要求。
另外,本发明提供p40/p19配体与受体亚基DCRS5和IL-12Rb1的匹配,该配对基于其所涉及试剂为激动剂和拮抗剂所应用的适应症提供了深入了解。
描述或引用了一些可应用的标准方法,参见例如Maniatis等,(1982)Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold SpringHarbor Press;Sambrook等,(1989)Molecular Cloning:A LaboratoryManual,(第2版),13卷,CSH Press,NY;Ausubel等,(1987和定期增刊)Current Protocols in Molecular Biology,Greene/Wiley,New York。
本发明提供灵长类动物(例如人)DCRS5编码区段的核苷酸序列(SEQ ID NO:1)和对应的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)。标出了预测的信号序列,但其可能取决于细胞类型,或者可为任一方向的一些残基。潜在的N糖基化位点位于天冬酰胺残基6、24、58、118、157、209和250(SEQ ID NO:2)。在29位和78位的半胱氨酸之间可能存在二硫键;在110/121/123位存在保守的C_CXW基序。219位的色氨酸和281-285的WxxWS基序值得注意。约1-101的区段是Ig结构域;约102-195的区段是细胞因子结合结构域1;约196-297的区段是细胞因子结合结构域2;约298-330的区段是接头;约329-354的区段是跨膜区段;约356-606的区段是胞内结构域。胞内特征包括在Y374-I377、Y461-Q464和Y588-Q591的推定SH2结合位点;和在406、427、440和453的可能重要的酪氨酸残基。
可读框(ORF)含推定的信号序列,预计其在如上所示的...CHG/GIT...被切割。预测的328个氨基酸的胞外结构域后接推定的跨膜区段,最后是约252个氨基酸的胞质结构域。预计配体结合功能处于胞外结构域。鉴别出的变异位置在核苷酸127和563(SEQ IDNO:1)。含核苷酸127的密码子可编码组氨酸或谷氨酰胺,而含核苷酸563的密码子可编码精氨酸、甘氨酸或色氨酸。
表1.各种细胞因子受体亚基的序列比对。人IL-6受体蛋白gp130是SEQ ID NO:3(GenBank M57230);人IL-12受体β2亚基是SEQ IDNO:4(GenBank U64198)。
最紧密相关的“IL-30R”胞外结构域是IL-6信号转导物gp130和IL-12Rβ2。紧密相关性稍微低一些的是GCSF受体、苗条蛋白受体、白血病抑制因子受体和CNTF受体。因此,“IL-30R”是细胞因子受体超家族I类分支的一员,与IL-6R/IL-12R家族紧密相关。
表1显示了可获得的灵长类动物受体亚基序列和灵长类动物(例如人)DCRS5(IL-30R)的序列对比。DCRS5显示与IL-6受体亚基gp130(例如IL-6R亚基)和IL-12Rβ2亚基具有相似性。DCRS5具有β亚基的结构特征,但真正的蛋白相互作用和信号转导序列仍未确定。
本文使用的术语DCRS5用于描述含SEQ ID NO:2的氨基酸序列的蛋白。在许多情况下,其重要片段是在功能或结构上等同的片段,包括例如另外的胞外区段。本发明还包括已提供序列的各个DCRS5等位基因的蛋白变异体,例如突变蛋白或其它构建物。通常,这样的变异体与靶区域具有少于约10%的序列差异,因此经常具有1-11重的置换,例如2重、3重、5重、7重等。本发明还包括所述蛋白的等位基因变异体和其它变异体,例如天然多态性。通常,其可能以和α受体亚基二聚化的形式与其对应的生物配体高亲和性结合,亲和性例如至少约100nM,通常低于约30nM,优选低于约10nM,更优选低于约3nM。该术语在本文中还用于指相关的天然形式,例如哺乳动物蛋白的等位基因变异体、多态变异体和代谢变异体。优选形式的受体复合物以适于配体-受体相互作用的亲和性和选择性结合合适的配体。
本发明还包括与SEQ ID NO:2和6的氨基酸序列具有显著氨基酸序列同一性的蛋白或肽的组合。其包括具有相对较少置换的序列变异体,例如优选少于约3-5个置换。
可通过用p19的抗原性区段或片段免疫,制备人p19特异性的结合组合物。这些结合组合物包括多克隆抗体、单克隆抗体、人源化抗体、抗体片段(例如Fab、Fv或F(ab′)2片段)、双链抗体(diabody)、单链抗体、双功能抗体和抗体的肽模拟物。任选使用Vector Suite(Informax,Inc.,Bethesda,MD)的软件,按照Parker等,(1986)Biochemistry 25:5425-5432和Welling等,(1985)FEBS Lett.188:215-218的分析,人p19抗原性增加的区域包括例如SEQ ID NO:6的氨基酸16-21、57-69、72-81、136-140、143-146、151-154和135-164。
重要的肽“片段”或“区段”是这样一段氨基酸残基序列,该序列至少约8个氨基酸,一般至少10个氨基酸,更一般至少12个氨基酸,通常至少14个氨基酸,更通常至少16个氨基酸,典型至少18个氨基酸,更典型至少20个氨基酸,经常至少22个氨基酸,更经常至少24个氨基酸,优选至少26个氨基酸,更优选至少28个氨基酸,在特别优选的实施方案中,至少约30个或更多个氨基酸。不同蛋白的区段序列可在合适长度的序列段内互相对比。在许多情况下,片段可具有完整亚基的功能特性,例如跨膜受体的胞外结构域可保留配体结合特征,并可用于制备可溶性受体样复合物。
通过优化残基匹配,测定氨基酸序列同源性或序列同一性。在某些对比中,可根据需要引入空位,参见例如Needleham等,(1970)J.Mol.Biol.48:443-453;Sankoff等,(1983)Time Warps,String Edits,andMacromolecules:The Theory and Practice of Sequence Comparison,第1章,Addison-Wesley,Reading,MA;IntelliGenetics,Mountain View,CA的软件包;和University of Wisconsin Genetics Computer Group(GCG),Madison,WI。当认为保守置换是匹配时,同源性可变化。保守置换通常包括以下组别中的置换:甘氨酸、丙氨酸;缬氨酸、异亮氨酸、亮氨酸;天冬氨酸、谷氨酸;天冬酰胺、谷氨酰胺;丝氨酸、苏氨酸;赖氨酸、精氨酸;以及苯丙氨酸、酪氨酸。在细胞因子序列中,同源氨基酸序列拟包括天然等位基因变异和种间变异。典型的同源蛋白或肽与SEQ ID NO:2的氨基酸序列区段的同源性为50-100%(如果引入空位的话)至60-100%(如果包括保守置换的话)。同源性测量值为至少约70%,一般至少76%,更一般至少81%,通常至少85%,更通常至少88%,典型至少90%,更典型至少92%,经常至少94%,更经常至少95%,优选至少96%,更优选至少97%,在特别优选的实施方案中,至少98%或更高。同源程度随着对比区段的长度而变化。同源蛋白或肽,如等位基因变异体,将具有SEQ ID NO:2(特别是胞内部分)的大部分生物活性。
本文使用的术语“生物活性”无限制性地用于描述细胞因子样配体对信号转导、炎症反应、先天免疫和/或形态发生发育的作用。例如,这些受体应介导磷酸酶或磷酸化酶活性,该活性易于通过标准方法检测。参见例如Hardie等,(编辑)(1995)The Protein Kinase FactBook I和II卷,Academic Press,San Diego,CA;Hanks等,(1991)Meth.Enzymol.200:38-62;Hunter等,(1992)Cell 70:375-388;Lewin(1990)Cell61:743-752;Pines等,(1991)Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.56:449-463;和Parker等,(1993)Nature 363:736-738。受体或其部分可用作磷酸标记酶,以标记一般性或特异性底物。亚基还可为可激发识别抗体的功能性免疫原或能够结合抗体的抗原。
术语例如DCRS5蛋白的配体、激动剂、拮抗剂和类似物以配体-受体相互作用为特征,例如其中受体是天然受体或抗体。通常,细胞应答可能通过受体酪氨酸激酶途径被介导。
另外,配体是起结合所述受体或其类似物的天然配体作用的分子,或是作为天然配体的功能类似物的分子。功能类似物可为具有结构修饰的配体,或者可为具有与合适的配体结合决定蔟相互作用的分子形状的完全不相关分子。配体可起激动剂或拮抗剂作用,参见例如Goodman等,(编辑)(1990)Goodman & Gilman′s:The PharmacologicalBases of Therapeutics,Pergamon Press,New York。
合理的药物设计还可基于受体或抗体和其它效应物或配体的分子形状的结构研究。参见例如Herz等,(1997)J Recept.Signal Transduct.Res.17:671-776;和Chaiken等,(1996)Trends Biotechnol.14:369-375。效应物可以是对在配体结合应答而介导其它功能的其它蛋白,或与受体正常相互作用的其它蛋白。一种测定哪些位点与特定的其它蛋白相互作用的方法是物理结构测定法,例如x-射线晶体学或2维NMR技术。这些技术将提供关于哪些氨基酸残基形成分子接触区的指引。关于蛋白结构测定的详述,参见例如Blundell和Johnson(1976)ProteinCrystallography,Academic Press,New York。
II.活性
细胞因子受体样蛋白将具有多种不同的生物学活性,例如,如经STAT4进行胞内信号转导、调节细胞增殖或在磷酸代谢中加入至特异性底物(通常为蛋白)或由特异性底物中移除。这一般对炎症功能、其它先天免疫应答或形态学作用产生调节。亚基可能以特定的低亲和性结合配体。
DCRS5具有通过JAK途径进行信号转导的受体特征基序。参见例如Ihle等,(1997)Stem Cells 15(增刊1):105-111;Silvennoinen等,(1997)APMIS 105:497-509;Levy(1997)Cytokine Growth Factor Review8:81-90;Winston和Hunter(1996)Current Biol.6:668-671;Barrett(1996)Baillieres Clin.Gastroenterol.10:1-15;和Briscoe等,(1996)Philos.Trans.R.Soc.Lond.B.Biol.Sci.351:167-171。特别令人感兴趣的是上述SH2结合基序。
细胞因子受体亚基的生物活性与磷酸部分加入至底物或由底物移除相关,加入或移除通常为特异性方式,但偶尔为非特异性方式。可通过标准方法鉴别底物或分析酶活性条件,如Hardie等,(编辑)(1995)The Protein Kinase FactBook I和II卷,Academic Press,SanDiego,CA;Hanks等,(1991)Meth.Enzymol 200:38-62;Hunter等,(1992)Cell 70:375-388;Lewin(1990)Cell 61:743-752;Pines等,(1991)ColdSpring Harbor Symp.Quant.Biol.56:449-463;和Parker等,(1993)Nature 363:736-738所述。
受体亚基可组合形成功能复合物,例如其可用于结合配体或制备抗体。这些受体亚基具有重要的诊断用途,包括检测和定量。受体和p40/p19配体的功能性连接为受体可应用的临床适应症提供了重要理解。因此,拮抗剂和激动剂具有预测的功能作用。
在活化的情况下,肥大细胞、T细胞和NK细胞表现出IL-23的p19亚基的表达增加,而活化的树突细胞表现出IL-23的p40亚基的表达增加。这些细胞与各种炎性疾病和病症的病理相关。
肥大细胞在哮喘和变态反应、COPD、类风湿性关节炎、IBD(例如节段性回肠炎或溃疡性结肠炎)和皮肤炎症(例如银屑病或特应性皮炎)的病因学中起作用,参见例如Edwards(2003)Clin.Exp.Allergy33:1164-1165;Grashoff等,(1997)Am.J.Pathol.151:1785-1790;Woolley(2003)New Engl.J.Med.348:1709-1711;Malaviya等,(1995)Am.J Ther.2:787-792;Jiang等,(2001)Int.J.Dermatol.40:699-703。
NK细胞涉及哮喘和变态反应、类风湿性关节炎和皮肤病(例如银屑病或特应性皮炎)的机理,参见例如Korsgren(2002)Curr.Phare.Des.8:1871-1876;Cameron等,(2003)Br.J.Dermatol.149:160-164。
DC与哮喘和变态反应、类风湿性关节炎、炎性肠病(IBD)(例如节段性回肠炎或溃疡性结肠炎)和皮肤病(例如银屑病或特应性皮炎)相关,参见例如Upham(2003)Respirology 8:140-148;Santiago-Schwarz等,(2001)J.Immunol.167:1758-1768;Stagg等,(2003)Gut52:1522-1529;Mrowietz等,(2001)Exp.Dermatol.10:238-245。
IL-23的p19亚基在各种肺病(例如间质性肺病)中表现出表达增加。本发明提供用于治疗或诊断间质性肺病的IL-23的激动剂或拮抗剂,例如p19或DCRS5多肽或核酸的特异性结合组合物。间质性肺病包括特发性肺纤维化、肺部嗜酸性细胞肉芽肿或过敏性肺炎。预后可怕的特发性肺纤维化涉及肺泡上皮细胞活化、纤维形成病灶和胞外基质沉积。出现炎症,但主要特征在于纤维形成病灶(参见例如Kamp(2003)Chest 124:1187-1189;White等,(2003)J.Pathol.201:343-354)。肺部嗜酸性细胞肉芽肿是一种局在性非恶性组织细胞增多病。其可消散,或发展至纤维变性阶段。该病与吸烟有关(参见例如Levine和Nickelleit(1994)New Engl.J.Med.330:347-353;Rajagopol和Mark(2002)New Engl.J.Med.347:1262-1268;Miadoma等,(2000)MonaldiArch Chest Dis.55:3-5)。过敏性肺炎(也叫做外因性变应性肺泡炎)由吸入的变应原引起,与外周气道和周围的间质组织中的炎症有关。单核细胞积聚并成熟为泡沫状巨噬细胞,其发展成肉芽肿。该病还包括细支气管炎、间质淋巴细胞浸润,并可包括“蜂窝肺”纤维化(参见例如Patel等,(2001)J.Allergy Clin.Immunol.108:661-670;Yi(2002)Crit.Rev.Clin.Lab.Sci.39:581-629)。
IL-23的p19亚基在蛔虫(Ascaris)处理时也表现出表达增加。蛔虫处理是一种变态反应和哮喘模型。蠕虫处理,例如蛔虫,用于肺病动物模型,例如气管过度反应、哮喘、肺嗜酸粒细胞增多和变态反应。蛔虫处理诱导肺嗜酸粒细胞增多,其是哮喘的特征。蛔虫还诱导肺中性白细胞增多,其是COPD的特征。接触蛔虫与人类哮喘相关(参见例如Billah等,(20Q2)J.Pharmacol.Exp.Therapeutics 302:127-137;Mochizuki等,(2001)Eur.J.Pharmacol.430:123-133;Boucher等,(1979)J.Allergy Clin.Immunol.64:197-201;Padrid等,(1995)Am.J Respir.Crit.Care Med.151:184-193;Sengoku等,(2001)Pharmacol.63:82-89;Abraham等,(1999)Am.J.Respir.Crit.Care Med.159:1205-1214;Jones等,(1998)Can.J.Physiol.Pharmacol.76:210-217;Wright等,(1999)J.Pharmacol.Exp.Therapeutics 289:1007-1014;D’Brot等,(1989)Am.Rev.Respir.Dis.139:915-920;Barnes(2000)New Engl.J.Med.343:269-280;Palmer等,(2002)Am.J.Respir.Crit.Care Med.165:1489-1493;Lynch等,(1997)Am.J.Respir.Crit.Care Med.156:50-54)。
在IBD如节段性回肠炎中,IL-23的p19亚基和IL-23R的表达出现增加。而且,蠕虫、原生动物和寄生虫与肠炎症如IBD的发病率增加有关(参见例如Sacco等,(1998)Am.J.Pathol.153:1717-1722;Takeyama等,(1997)J.Gastroenterol.Hepatol.12:204-206;Bundy(1986)Trans.R.Soc.Trop.Med.Hyg.80:706-718;Tanaka等,(1983)Parasitology 86:291-300;Ustun等,(2003)World J.Gastroenterol.9:1834-1835;Waters等,(1999)J.Parasitol.85:1100-1105;Faussone-Pellegrini等,(2002)Neurogastroenterol.Motil.14:83-95)。
本发明的IL-23R在COPD患者的Clara细胞上的表达增加。Clara细胞是气道的无纤毛呼吸道上皮细胞,在例如哮喘、吸烟和COPD中调节气道病理学。COPD与Clara细胞的生理学变化相关(参见例如Pilette等,(2001)Am.J.Respir.Crit.Care Med.163:185-194;Kaup等,(1990)Equine Vet J.22:349-355;Zhang等,(2001)Zhonghua Jie He HeHu Xi Za Zhi 24:524-526)。Clara细胞产生许多调节免疫应答的分子,例如子宫珠蛋白(也叫做Clara细胞分泌蛋白)。在哮喘和COPD中,Clara细胞减少,粘液细胞增多,其中由此出现的粘液产生增加促成了气道阻塞。Clara细胞似乎是粘液细胞的前体细胞(参见例如Jeffrey(1998)Thorax 553:129-136;Rogers(2002)Clin.Exp.Allergy32:1124-1127;Watson等,(2001)Am.J.Physiol.Lung Cell Mol.Physiol.281:L1523-L1530;Reader等,(2003)Am.J.Physiol.162:2069-2078;Stripp等,(2002)Am.J.Respir.Cell Mol.Biol.27:170-178)。纤维化是哮喘和慢性梗阻性肺病(COPD)的病理特征,参见例如Barnes(2000)NewEngl.J.Med.343:269-280;Barnes(2000)Chest 117:10s-14s;Saetta等,(2001)Eur.Respir.J.Suppl.34:18s-23s;Redington(2000)Monaldi Arch.Chest Dis.55:317-323;Vignola等,(2001)Curr.Allergy Asthma Rep.1:108-115。
细胞因子,例如肿瘤坏死因子(TNF)、IL-4或IL-13,可刺激IL-23、p19或DCRS5(也叫做IL-23R)表达。相反,IL-23可刺激许多细胞因子如IL-6、IL-19、CXCL-1和IL-17表达。TNF促成了许多炎性疾病,例如哮喘、COPD、类风湿性关节炎、炎性肠病(IBD)和银屑病,参见例如Das等,(2002)Pulm.Pharmacol.Ther.15:409-416;Halasz等,(2002)Respir.Med.96:262-267;Barnes(2000)New Engl.J.Med.343:269-280;Tutuncu等,(2002)Clin.Exp.Rheumatol.20(6suppl.28):s146-151。IL-4在哮喘、变态反应和COPD中起作用,而IL-13是哮喘和变态反应、COPD、类风湿性关节炎、IBD(例如节段性回肠炎或溃疡性结肠炎)和皮肤病(例如银屑病或特应性皮炎)机理的一部分,参见例如Steinke等,(2001)Respir.Res.2:66-70;Jeffery(2001)Novartis Found.Symp.234:149-161;van der Pouw Kraan等,(2002)Genes Immunol.3:436-439;Spadero等,(2002)Clin.Exp.Rheumatol.20:213-216;Bouma等,(2003)Nat.Rev.Immunol.3:521-533;Van der Ploeg等,(1997)Clin.Exp.Immunol.109:526-532。
III.核酸
本发明设想了应用分离的核酸或片段,例如编码这些蛋白或紧密相关蛋白或其片段的分离的核酸或片段,来例如编码对应的多肽,优选具有生物活性的多肽。另外,本发明包括编码蛋白或多肽组合的分离或重组DNA,所述蛋白或多肽具有例如DCRS5(SEQ ID NO:2)或人p19(SEQ ID NO:6)的特征序列,DCRS5或人p19是单独的,或者分别与其它物质如IL-12Rβα1或p40组合(参见Showe等,(1996)Ann.N.Y.Acad.Sci.795:413-425;Gately等,(1998)Ann.Rev.Immunol.16:495-521;GenBank U03187,NM_005535)。通常,所述核酸能够在合适的条件下与SEQ ID NO:1或5的核酸序列区段杂交,但优选不与表1所述的其它受体(即hIL-6R gp130或hIL-1Rβ2)的对应区段杂交。所述生物活性蛋白或多肽可为全长蛋白或片段,通常具有与SEQ IDNO:2所示序列高度同源的氨基酸序列区段(例如具有显著同一性的序列段)。而且,本发明包括分离或重组的核酸或其片段的应用,其中所述核酸或片段编码具有与DCRS5蛋白(例如胞内部分)等同之片段的蛋白。分离的核酸在其5′和3′侧可具有单独的调节序列,例如启动子、增强子、聚腺苷酸加入信号和该天然基因的其它调节序列。还提供如所述的组合,例如包含DCRS5和IL-12Rβ1、或包含它们的胞外配体结合部分作为配体拮抗剂的组合。诊断用途明显也是重要的,例如多态变异体或其它变异体的诊断用途。
“分离的”核酸,例如RNA、DNA或混合的聚合物,是大致纯的,例如与天然伴随天然序列的其它组分、如起源物种的核糖体、聚合酶和侧翼基因组序列相分离。该术语包括由其天然环境中取出的核酸序列,包括重组或克隆的DNA分离物,由此可使其可区别于天然组合物和化学合成的类似物或异源系统生物合成的类似物。大致纯的分子包括完全纯或大致纯的分离形式的分子。
分离的核酸一般是分子的均一组合物,但在某些实施方案中,含不均一性,优选不均一性较小。这种不均一性通常存在于聚合物末端或对所需生物活性或功能不关键的部分中。
“重组”核酸分子通常由其生产方法或其结构定义。关于其生产方法,例如方法制备的产物,该方法使用重组核酸技术,例如涉及核苷酸序列中的人为干预的技术。通常,此干预涉及体外操作,尽管在某些环境下其可能涉及更经典的动物育种技术。或者,其可为通过产生含两种片段的融合物的序列而制备的核酸,其中所述片段彼此之间不天然连续,但该术语将天然产物排除在外,例如以其天然状态存在的天然突变异体。因此,例如,包括用具有非天然载体转化细胞而制备的产物,也包括含使用任何合成寡核苷酸方法衍生的序列的核酸。这样的方法经常被实行,以例如某密码子被编码相同或保守氨基酸的冗余密码子所替换,同时通常导入或去除限制酶序列识别位点,或用于某些结构-功能分析。或者,实行该方法,以将所需功能的核酸区段连接在一起,产生含在通常可获得的天然形式中不存在的所需功能组合(例如编码融合蛋白)的单个遗传实体。限制酶识别位点经常是此种人工操作的靶,但其它位点特异性的靶,例如启动子、DNA复制位点、调节序列、控制序列或其它有用特征,可通过设计加入。计划将相似的理念应用于重组体,例如融合蛋白、多肽。其可包括DCRS5和IL-12Rβ1亚基的二聚重复序列或融合体。具体而言,包括合成核酸,其由于遗传密码冗余性而编码与DCRS5片段和各种不同相关分子(例如其它细胞因子家族成员)的序列的融合蛋白等同的多肽。
有关核酸方面的“片段”是至少约17个核苷酸的连续区段,一般至少21个核苷酸,更一般至少25个核苷酸,平常至少30个核苷酸,更平常至少35个核苷酸,经常至少39个核苷酸,更经常至少45个核苷酸,典型至少50个核苷酸,更典型至少55个核苷酸,通常至少60个核苷酸,更通常至少66个核苷酸,优选至少72个核苷酸,更优选至少79个核苷酸,在特别优选的实施方案中,至少85个或更多个核苷酸,包括90、100、120、140、160、180、200个等。通常,不同基因序列的片段可在合适的长度段(特别是例如下文描述的结构域的限定区段)内相互对比。
编码DCRS5或p19的核酸对鉴别编码自身或紧密相关蛋白的基因、mRNA和cDNA物质以及编码多态变异体、等位基因变异体或其它基因变异体(例如来自不同个体或相关物种)的DNA特别有用。用于这种筛选的优选探针是不同多态变异体之间保守或含没有特异性的核苷酸的那些受体区域,优选为全长或接近全长。在其它情况下,多态变异体特异性序列更有用。还可以诊断DCRS5多态变异体和IL-12β1变异体的组合。
在核酸序列对比方面的大致同一性是指在比对时区段或其互补链在具有合适的核苷酸插入或缺失的情况下优化比对时,至少约60%的核苷酸是相同的,一般至少66%,普通至少71%,经常至少76%,更经常至少80%,通常至少84%,更通常至少88%,典型至少91%,更典型至少约93%,优选至少约95%,更优选至少约96-98%或更高的核苷酸,在具体的实施方案中,高至约99%或更高的核苷酸,包括例如编码结构域的区段或所述其它区段是相同的。或者,当在选择性杂交条件下所述区段与某链或其互补链(通常使用来源于SEQ IDNO:1或5的序列)杂交时,存在大致同一性。通常,在至少约14个核苷酸的一段序列中具有至少约55%同源性时发生选择性杂交,更通常至少约65%,优选至少约75%,更优选至少约90%,参见例如Kanehisa(1984)Nucl.Acids Res.12:203-213。如所述,同源对比的长度可处于较长的序列段范围内,在某些实施方案中,在至少约17个核苷酸的序列段范围内,一般至少约20个核苷酸,普通至少约24个核苷酸,通常至少约28个核苷酸,典型至少约32个核苷酸,更典型至少约40个核苷酸,优选至少约50个核苷酸,更优选至少约75-100或更多个核苷酸。这包括例如125、150、175、200、225、250、275、300、325、350等和其它长度。
涉及杂交方面的同源性时,严格条件是通常在杂交条件中所控制的盐、温度、有机溶剂和其它参数的严格组合条件。严格温度条件通常包括超过约30℃的温度,更通常超过约37℃,典型超过约45℃,更典型超过约55℃,优选超过约65℃,更优选超过约70℃。严格盐条件普通低于约500mM,通常低于约400mM,更通常低于约300mM,典型低于约200mM,优选低于约100mM,更优选低于约80mM,甚至低至低于约50或20mM。但是,参数组合远比检测任一单个参数重要,参见例如Wetmur和Davidson(1968)J.Mol.Biol.31:349-370。
分离的DNA可容易地通过核苷酸置换、核苷酸缺失、核苷酸插入和核苷酸序列段倒位修饰。这些修饰产生编码该蛋白或其衍生物的新DNA序列。这些修饰序列可用于产生突变蛋白或增强变异体物质的表达。增强的表达可能涉及基因扩增、转录增加、翻译增加和其它机制。这样的突变DCRS5所具有的氨基酸序列与天然存在的其它细胞因子受体样蛋白的氨基酸序列不同,无论是缺失、置换还是插入。具体地说,“位点特异性突变DCRS5”包括与SEQ ID NO:2的蛋白具有大致序列同一性的蛋白,通常具有本文所公开形式的大部分生物活性或作用。还将鉴定各种天然多态变异体序列。
尽管预先确定了位点特异性突变位点,但突变异体不必是位点特异性的。哺乳动物DCRS5诱变可通过在与表达相关联的基因中产生氨基酸插入或缺失来实现。可产生置换、缺失、插入或许多组合从而获得最终的构建物。插入包括氨基或羧基末端融合。可在靶密码子进行随机诱变,然后可根据所需活性,对所表达的哺乳动物DCRS5突变异体进行筛选,提供某些方面的结构-活性关系。在具有已知序列的DNA中于预先确定的位点产生置换突变的方法在本领域众所周知,例如利用M13引物诱变。另参见Sambrook等,(1989)和Ausubel等,(1987和定期增刊)。特别有用的构建物是与IL-12Rβ1区段结合的DCRS5的胞外部分。
DNA中的突变一般不应将编码序列置于读框外,优选不产生能够杂交而产生二级mRNA结构(例如环或发夹结构)的互补区。
Beaucage和Carruthers(1981)Tetra.Letts.22:1859-1862描述的亚磷酰胺法可产生合适的合成DNA片段。经常通过合成互补链并在合适的条件下将链一起退火,或通过使用合适引物序列和DNA聚合酶加入互补链,获得双链片段。
聚合酶链式反应(PCR)技术通常可用于诱变。或者,诱变引物是常用的在预定位点产生限定突变的方法。参见例如Innis等,(编辑)(1990)PCR Protocols:A Guide to Methods and ApplicationsAcademic Press,San Diego,CA;以及Dieffenbach和Dveksler(编辑)(1995)PCR Primer:A Laboratory Manual Cold Spring Harbor Press,CSH,NY。
本发明的某些实施方案涉及含所述受体序列的联合组合物。在其它实施方案中,序列的功能部分可连接在一起,以编码融合蛋白。在其它形式中,所述序列的变异体可被置换。
IV.蛋白,肽
如上所述,本发明包括灵长类动物DCRS5和p19,例如其序列公开于SEQ ID NO:1-2和5-6的以及上述的DCRS5和p19。还设想了等位基因变异体和其它变异体,包括例如组合了所述序列的部分和其它序列(包括例如IL-12Rβ1、p40、附加表位和功能结构域)的融合蛋白。
本发明还提供重组蛋白,例如使用这些灵长类动物或啮齿类动物蛋白区段的异源融合蛋白。异源融合蛋白是一般天然不以同样方式融合的蛋白或区段的融合体。因此,DCRS5和另一种细胞因子受体的融合产物是一种连续蛋白分子,其序列以典型的肽键融合,通常制成单个翻译产物,并具有来自每个来源肽的特性,例如序列或抗原性。相似的概念适用于异源核酸序列。还提供成为复合物的各种指定蛋白的组合。
另外,可组合其它相关蛋白(例如细胞因子受体或Toll样受体,包括种变异体)的相似功能域或结构域而制备新构建物。例如,不同新融合多肽或片段之间的配体结合区段或其它区段可为“可交换的”,参见例如Cunningham等,(1989)Science 243:1330-1336;O′Dowd等,(1988)J Biol.Chem.263:15985-15992。因此,具有新的特异性组合的新嵌合多肽将产生自受体结合特异性的功能性连接。例如,可加入其它相关受体分子的配体结合结构域,或用其置换该蛋白或相关蛋白的其它结构域。所得蛋白通常具有杂合的功能和特性。例如,融合蛋白可包括靶向结构域,该结构域可用于使融合蛋白汇集至特定的亚细胞器。
候选的融合配偶体和序列可选自各种序列数据库,例如GenBank,c/o IntelliGenetics,Mountain View,CA;和GCG,University ofWisconsin Biotechnology Computing Group,Madison,WI。具体地说,特别优选SEQ ID NO:2-4中提供的多肽序列的组合。可以所述组合中蛋白的变异体形式可被置换。
本发明特别提供结合细胞因子样配体和/或影响信号转导的突变蛋白。人DCRS5和细胞因子受体家族其它成员的结构比对显示了保守的特征/残基(表1)。人DCRS5序列和细胞因子受体家族其它成员的比对表明了各种共有的结构和功能特征。另参见Bazan等,(1996)Nature 379:591;Lodi等,(1994)Science 263:1762-1766;Sayle和Milner-White(1995)TIBS 20:374-376;和Gronenberg等,(1991)ProteinEngineering 4:263-269。
特别优选用小鼠序列或人序列置换。相反,远离配体结合互作区的保守取代有可能保留大部分信号转导活性;远离胞内结构域的保守取代有可能保留大部分配体结合特性。
灵长类动物DCRS5的“衍生物”包括氨基酸序列突变异体、糖基化变异体、代谢衍生物和与其它化学部分的共价或聚集缀合物。共价衍生物可通过例如本领域众所周知的方法,将官能团连接至存在于DCRS5氨基酸侧链或N-末端的基团来制备。这些衍生物可包括但不限于羧基端的脂肪族酯或酰胺,或含羧基侧链的残基的脂肪族酯或酰胺,含羟基残基的O-酰基衍生物,和含氨基末端氨基酸或含氨基残基(例如赖氨酸或精氨酸)的N-酰化衍生物。酰基选自烷基部分,包括C3至C18正烷基的基团,由此形成烷酰基芳酰基物质。
具体地说,包括糖基化改变,例如在其合成和加工过程中或在进一步的加工步骤中通过改变多肽的糖基化模式而产生的糖基化改变。用于实现糖基化改变的特别优选的方法是使多肽接触来源于一般提供这种加工的细胞的糖基化酶,例如哺乳动物糖基化酶。还设想了去糖基化酶。还包括具有其它微小修饰的相同一级氨基酸序列形式,所述修饰包括磷酸化氨基酸残基,例如磷酸酪氨酸、磷酸丝氨酸或磷酸苏氨酸。
主要类别的衍生物是受体或其片段和其它多肽蛋白的共价缀合物。这些衍生物可在重组培养基中合成,如N端融合蛋白,或使用本领域已知的在通过反应性侧基交联蛋白方面有用的物质来合成。优选的与交联剂衍化的位点为游离氨基、碳水化合物部分和半胱氨酸残基。
还提供受体和其它同源或异源蛋白间的融合多肽。同源多肽可为不同受体之间的融合体,产生例如具有多种不同细胞因子配体结合特异性的杂合蛋白,或可放宽或弱化底物作用特异性的受体。同样,可构建具有衍生蛋白的特性或活性组合的异源融合体。典型实例是报告多肽(如荧光素酶)和受体区段或结构域(如配体结合区段)的融合体,以使所需配体的存在和定位易于测定,参见例如授予Dull等的美国专利第4,859,609号。其它基因融合配偶体包括谷胱甘肽-S-转移酶(GST)、细菌β-半乳糖苷酶、trpE、A蛋白、β-内酰胺酶、α淀粉酶、乙醇脱氢酶和酵母α交配因子,参见例如Godowski等,(1988)Science241:812-816。所述蛋白组合中的标记蛋白经常被置换。
Beaucage和Carruthers(1981)Tetra.Letts.22:1859-1862的亚磷酰胺法可产生合适的合成DNA片段。通常通过合成互补链并在合适的条件下将链退火在一起,或通过使用合适引物序列和DNA聚合酶加入互补链,获得双链片段。
这种多肽还可以具有这样的氨基酸残基,所述氨基酸残基已通过磷酸化、磺化、生物素化、或者添加或去除其它部分(特别是具有类似于磷酸基团的分子形状的那些部分)而加以化学修饰。在某些实施方案中,修饰是有用的标记试剂,或用作纯化靶,例如亲和配体。
融合蛋白通常利用重组核酸方法或合成肽方法制备。核酸操作和表达的技术一般述于例如Sambrook等,(1989)Molecular Cloning:ALaboratory Manual(第2版),13卷,Cold Spring Harbor Laboratory,和Ausubel等,(编辑)(1987和定期增刊)Current Protocols in MolecularBiology,Greene/Wiley,New York。合成肽技术的描述参见例如Merrifield(1963)J Amer.Chem.Soc.85:2149-2156;Merrifield(1986)Science 232:341-347;Atherton等,(1989)Solid Phase Peptide Synthesis:A Practical Approach,IRL Press,Oxford。关于较大多肽制备方法另参见Dawson等,(1994)Science 266:776-779。
本发明还设想了氨基酸序列或糖基化变化以外的DCRS5衍生物的应用。这样的衍生物可涉及与化学部分的共价或聚集结合。这些衍生物一般分为三类:(1)盐;(2)侧链和末端残基共价修饰;和(3)吸附复合物,例如和细胞膜吸附的复合物。这样的共价或聚集衍生物可用作免疫原,在免疫测定中用作试剂,或用于纯化方法,例如亲和纯化受体或其它结合分子,例如抗体。例如,可利用本领域众所周知的方法,通过共价结合至固体支持体,例如溴化氰活化的或用或不用戊二醛交联使其吸附至聚烯烃表面上,固定细胞因子配体,用于细胞因子受体、抗体或其它相似分子的测定或纯化。还可用可检测基团标记配体,例如用氯胺T方法放射性碘标记配体,配体还可共价结合至稀土金属螯合物或缀合至用于诊断测定的另一种荧光部分。
本发明的组合(例如包括DCRS5)可用作免疫原,用以生产所述组合特异性的抗血清或抗体,例如能够分辨其它细胞因子受体家族成员的抗血清或抗体。复合物可用于筛选通过用各种形式的含该蛋白的不纯制品免疫制备的单克隆抗体或抗原结合片段。具体地说,术语“抗体”还包括天然抗体的抗原结合片段,例如Fab、Fab2、Fv等。纯化的DCRS5还可以用作试剂,来检测对表达水平出现升高应答而产生的抗体,或检测导致产生内源受体的抗体的免疫疾病。另外,DCRS5片段可用作免疫原,以按照下文紧接着的描述生产本发明抗体。例如,本发明设想了与SEQ ID NO:2、其片段或各种同源肽具有结合亲和性的抗体或针对其产生的抗体。具体地说,本发明设想了与特定片段具有结合亲和性或针对其产生的抗体,其中所述特定片段预计或实际上暴露于天然DCRS5的蛋白外表面。蛋白组合复合物也是有用的,可制备其抗体制品。
在某些其它实施方案中,可溶性构建物,例如DCRS5和IL-12Rβ1的胞外配体结合区段的可溶性构建物,可为配体的结合组合物,并可用作配体拮抗剂,或用作阻断配体介导的信号转导的抗原。这样的可溶性构建物或者在诊断上有用,例如用于配体的组织学标记,或者在治疗上有用,例如用作配体拮抗剂。
阻断对受体配体的生理反应可能是抑制(有可能通过竞争抑制)配体与受体结合的结果。因此,本发明的体外测定通常使用抗体或这些抗体的抗原结合区段、可溶性受体构建物或连接至固相基质的片段。这些测定还允许诊断性测定配体结合区突变和修饰或者其它突变和修饰(例如影响信号转导或酶功能的其它突变和修饰)的作用。
本发明还设想了竞争性药物筛选测定的应用,例如在该测定中,抗受体复合物或片段的中和抗体与受试化合物竞争结合配体或其它抗体。以此方式,中和抗体或片段可用于检测是否存在具有一个或多个受体结合位点的多肽,还可用于占据受体上可能另外结合某种配体的结合位点。组合了DCRS5或IL-12Rβ1之胞外结构域或配体结合结构域的可溶性受体构建物,可能是竞争结合p40/p19配体的有用的拮抗剂。
V.制备核酸和蛋白
编码该蛋白或其片段的DNA可通过化学合成、筛选cDNA文库或筛选由各种各样的细胞系或组织样品制备的基因组文库获得。可使用标准方法和本文提供的序列,例如SEQ ID NO:2,分离天然序列。可通过杂交技术或各种PCR技术,结合序列数据库(例如GenBank)或通过在序列数据库中检索,鉴别其它物种的对应物。
该DNA可在各种各样的宿主细胞中表达,用于合成全长受体或片段,受体或片段又可例如用于产生多克隆或单克隆抗体;用于结合研究;用于构建和表达经修饰的配体结合结构域或激酶/磷酸酶结构域;以及用于结构/功能研究。变异体或片段可在用合适表达载体转化或转染的宿主细胞中表达。除了来源于重组宿主的蛋白或细胞杂质外,这些分子可大致没有蛋白或细胞杂质,因此在与药学可接受的载体和/或稀释剂组合的药用组合物中特别有用。蛋白或其部分可以与其它蛋白融合的融合蛋白表达。所述蛋白或其编码核酸的组合特别令人感兴趣。
表达载体通常是自我复制的DNA或RNA构建物,其包含所需受体基因、其片段或组合基因,所述基因或片段通常与在合适的宿主细胞中可被识别的合适遗传控制元件有效连接。这些控制元件能够影响合适宿主中的表达。多个基因可协同表达,并可处于多顺反子信息上。实施表达所必需的控制元件的具体类型取决于最终使用的宿主细胞。一般来说,遗传控制元件可包括原核启动子系统或真核启动子表达控制系统,通常包含转录启动子、任选的控制转录开始的操纵基因、提升mRNA表达水平的转录增强子、编码合适的核糖体结合位点的序列和终止转录和翻译的序列。表达载体通常还包含允许载体在宿主细胞中独立复制的复制起点。
本发明的载体包括含编码所述蛋白组合或生物活性等同的多肽的DNA。该DNA可处于病毒启动子控制之下,可编码选择标记。本发明进一步设想了能够使编码所述蛋白的真核cDNA在原核或真核宿主中表达的这种表达载体的应用,其中载体与宿主相匹配,并且其中真核cDNA插入到载体中,使得含载体的宿主的生长表达所述cDNA。通常,表达载体用于在其宿主细胞中稳定复制,或用于扩增,以大幅增加每个细胞的所需基因的总拷贝数。不一定总是需要表达载体在宿主细胞中复制,例如使用不包含宿主细胞所识别的复制起点的载体,有可能实现蛋白或其片段在各种宿主中瞬时表达。也有可能使用通过重组使蛋白编码部分整合入宿主DNA的载体。
本文使用的载体包括质粒、病毒、噬菌体、整合型DNA片段和其它能够将DNA片段整合入宿主基因组中的载体。表达载体是含影响有效连接基因表达的遗传控制元件的特化载体。质粒是最常用的载体形式,但起相同功能的本领域已知或将会知晓的所有其它形式的载体都适用,参见例如Pouwels等,(1985和增刊)Cloning Vectors:ALaboratory Manual,Elsevier,N.Y.,和Rodriguez等,(编辑)(1988)Vectors:A Survey ofmolecular Cloning Vectors and their Uses,Buttersworth,Boston。
转化细胞是已用使用重组DNA技术构建的载体转化或转染的细胞,优选哺乳动物细胞。转化的宿主细胞通常表达所需蛋白,但对于克隆、扩增和操作其DNA的目的,并不需要表达目标蛋白。本发明进一步设想在营养培养基中培养转化的细胞,因此使蛋白累积。蛋白可由培养物中或在某些情况下由培养基中回收。
对于本发明,当核酸序列在功能上彼此相关时,其有效连接。例如,如果前序列或分泌前导序列的DNA表达为前蛋白或参与引导多肽至细胞膜或参与分泌多肽,则其有效连接至多肽。如果启动子控制多肽转录,则其有效连接至编码序列;如果核糖体结合位点定位使得允许翻译,则其有效连接至编码序列。通常,有效连接是指连续并符合读框,但是,某些遗传元件如阻抑基因不连续连接,但其仍结合操纵基因序列,操纵基因序列再控制表达。
合适的宿主细胞包括原核生物、低等真核生物和高等真核生物。原核生物包括革兰氏阴性和革兰氏阳性生物,例如大肠杆菌和枯草芽孢杆菌(B.subtilis)。低等真核生物包括酵母,例如酿酒酵母(S.cerevisiae)和毕赤酵母属(Pichia),以及网柄菌属(Dictyostelium)物种。高等真核生物包括由动物细胞建立的组织培养细胞系,其既可以是非哺乳动物来源,例如昆虫细胞和鸟类,也可以是哺乳动物来源,例如人、灵长类动物和啮齿类动物。
原核宿主载体系统包括许多不同物种用的各种各样的载体。本文使用的大肠杆菌及其载体从属类上说用于包括在其它原核生物中使用的等同载体。用于扩增DNA的代表性载体是pBR322或其众多衍生物。可用于表达受体或其片段的载体包括但不限于含lac启动子(pUC系列)、trp启动子(pBR322trp)、Ipp启动子(pIN系列)、λpP或λpR启动子(pOTS)或杂合启动子如ptac(pDR540)的载体,参见例如Brosius等,(1988)“Expression Vectors Employing Lambda,and Ipp derivedPromoters”,载于Vectors:A Survey of molecular Cloning Vectors andTheir Uses,(Rodriguez和Denhardt编辑),Buttersworth,Boston,第10章,205236页。
低等真核生物,例如酵母和网柄菌属,可用含DCRS5序列的载体转化。对于本发明,最常用的低等真核生物宿主是面包酵母,即酿酒酵母。从从属类上说其用于代表低等真核生物,尽管还可利用许多其它菌株和物种。酵母载体通常包括复制起点(除整合型以外)、选择基因、启动子、编码受体或其片段的DNA,以及翻译终止序列、聚腺苷酸化序列和转录终止序列。酵母用的合适表达载体包括例如3-磷酸甘油酸激酶和各种其它糖酵解酶基因启动子的组成型启动子或例如乙醇脱氢酶2启动子或金属硫蛋白启动子的诱导型启动子。合适的载体包括以下类型的衍生物:自我复制的低拷贝数(例如YRp系列)、自我复制的高拷贝数(例如YEp系列)、整合型(例如YIp系列)或微型染色体(例如YCp系列)。
高等真核组织培养细胞一般是表达功能活性白介素或受体蛋白的优选宿主细胞。原则上,许多高等真核组织培养细胞系是可使用的,例如昆虫杆状病毒表达系统,无论是来自无脊椎动物源还是来自脊椎动物源。但是,优选哺乳动物细胞。所述细胞的转化或转染或增殖已成为常规程序。有用细胞系的实例包括HeLa细胞、中国仓鼠卵巢(CHO)细胞系、幼鼠肾(BRK)细胞系、昆虫细胞系、鸟细胞系和猴(COS)细胞系。所述细胞系的表达载体通常包括复制起点、启动子、翻译起始位点、RNA剪接位点(如果使用基因组DNA的话)、聚腺苷酸化位点和转录终止位点。这些载体通常还包含选择基因或扩增基因。合适的表达载体可为携带启动子的质粒、病毒或逆转录病毒,其中所述启动子来自例如以下来源:腺病毒、SV40、细小病毒、痘苗病毒或巨细胞病毒。合适表达载体的代表性实例包括pCDNA1、pCD,参见Okayama等,(1985)Mol.Cell Biol.5:1136 1142;pMC1neo PolyA,参见Thomas等,(1987)Cell 51:503 512;和杆状病毒载体,例如pAC 373或pAC610。
对于分泌性蛋白或某些膜蛋白,可读框通常编码的多肽由在其N端共价连接信号肽的成熟或分泌性产物组成。信号肽在分泌成熟的或活性多肽之前被切割。根据经验法则,例如von-Heijne(1986)NucleicAcids Research 14:4683-4690和Nielsen等,(1997)Protein Eng.10:1-12,可高度精确地预测切割位点,信号肽的准确氨基酸组成似乎经常对其功能并不重要,例如Randall等(1989)Science 243:1156-1159;Kaiser等,(1987)Science 235:312-317。本发明的成熟蛋白可易于使用标准方法测定。
经常需要在提供特定或限定糖基化模式的系统中表达这些多肽。在此情况下,通常的模式是由表达系统天然提供的模式。但是,通过使多肽(例如未糖基化形式的多肽)接触合适的导入异源表达系统中的糖基化蛋白,可修改模式。例如,可将受体基因和一个或多个编码哺乳动物或其它糖基化酶的基因共转化。使用此方法,将在原核生物或其它细胞中可实现某些哺乳动物糖基化模式。在原核细胞中的表达通常形成未糖基化形式的蛋白。
DCRS5来源可为例如上述的表达重组DCRS5的真核或原核宿主。来源也可以是细胞系,但本发明还设想了其它哺乳动物细胞系,优选来自人类物种的细胞系。
灵长类动物DCRS5、其片段或衍生物,可通过常规的肽合成法制备。这些方法包括例如描述于Stewart和Young(1984)Solid PhasePeptide Synthesis,Pierce Chemical Co.,Rockford,IL;Bodanszky和Bodanszky(1984)The Practice of Peptide Synthesis,Springer Verlag,New York;Bodanszky(1984)The Principles of Peptide Synthesis,Springer Verlag,New York的方法。例如,可使用叠氮化物法、酰氯法、酸酐法、混合酸酐法、活性酯法(例如对硝基苯酯、N羟基琥珀酸亚胺酯或氰甲基酯)、碳二咪唑法、氧化还原法或二环己基碳二亚胺(DCCD)加成法。固相和液相合成都适用于前述方法。相似的技术可用于部分DCRS5序列。
DCRS5蛋白、片段或衍生物可适当按照以上通常用于肽合成的方法制备,一般通过所谓的分步法制备,其包括将氨基酸一个接一个按照顺序缩合至末端氨基酸,或者将肽片段偶联至末端氨基酸。不用于偶联反应的氨基通常必须要保护,以防止在不正确的位置偶联。
如果采用固相合成,则C端氨基酸通过其羧基结合至不溶性载体或支持体。对于不溶性载体没有特别限制,只要其具有和活性羧基结合的能力。这种不溶性载体的实例包括卤甲基树脂,例如氯甲基树脂或溴甲基树脂、羟甲基树脂、苯酚树脂、叔烷氧基羰基酰肼化树脂等。
通过缩合氨基受保护的氨基酸之活性羧基和先前已形成的肽或链的活性氨基,按顺序使所述氨基酸结合,以逐步合成肽。在合成整个序列后,将肽与不溶性载体分离,以产生肽,参见例如Merrifield等,(1963)J.Am.Chem.Soc.85:21492156。
可利用例如提取、沉淀、电泳、各种形式的层析、免疫亲和等进行肽分离,由此由反应混合物中分离和纯化所制备的蛋白及其片段。根据所需用途,可获得不同纯度的本发明受体。利用本文公开的蛋白纯化技术或使用在免疫吸附亲和层析方法中描述的抗体,可实现纯化。首先将抗体连接至固体支持体,然后使连接的抗体与合适细胞的经溶解的裂解物、表达该受体的其它细胞的裂解物或由DNA技术制备的生产蛋白的细胞的裂解物或上清液接触,进行此免疫吸附亲和层析。
一般来说,纯化的蛋白至少约40%纯,普通至少约50%纯,通常至少约60%纯,典型至少约70%纯,更典型至少约80%纯,优选至少约90%纯,更优选至少约95%纯,在具体的实施方案中,为97%-99%或更高。纯度通常以重量为基准,但也可以摩尔为基准。合适的情况下可应用于不同测定。可纯化各个蛋白,然后组合。
VI.抗体
可产生抗各种哺乳动物(例如灵长类动物)DCRS5蛋白及其片段的抗体,抗体既可以是天然形式,也可以是其重组形式,不同之处在于抗活性受体抗体更有可能识别仅在天然构型中存在的表位。还设想了识别例如功能性组合DCRS5和IL-12Rβ1所提供表位的抗体。变性抗原检测也可用于例如蛋白质印迹分析。还设想了抗独特型抗体,其应可用作天然受体或抗体的激动剂或拮抗剂。
可通过用预先确定的蛋白片段和免疫原性蛋白的缀合物免疫动物,产生抗该片段的抗体,包括结合片段和单链形式。由分泌所需抗体的细胞制备单克隆抗体。可根据结合正常或缺陷蛋白的情况,或根据激动活性或拮抗活性,对这些抗体进行筛选。这些单克隆抗体通常以至少约1mM的KD结合,更通常至少约300μM,典型至少约100μM,更典型至少约30μM,优选至少约10μM,更优选至少约3μM或更佳。
本发明的抗体,包括抗原结合片段,可具有显著的诊断或治疗价值。其可为结合所述受体、抑制与配体结合或抑制受体激发生物反应(例如作用于其底物)的能力的有效拮抗剂。其还可用作非中和抗体,可偶联毒素或放射性核素,以结合生产细胞或被定位为白介素源的细胞。此外,这些抗体可直接或利用接头间接缀合至药物或其它治疗剂。
本发明的抗体还可用于诊断用途。作为捕获抗体或非中和抗体,其可结合受体,而不抑制配体或底物结合。作为中和抗体,其可用于竞争性结合测定。其还可用于检测或定量测量配体。其可用作各个蛋白的蛋白质印迹分析、免疫沉淀或免疫纯化的试剂。同样,核酸和蛋白可固定至固体基质,用于亲和纯化或检测方法。所述基质可为例如固体树脂珠或塑料板。
蛋白片段可连接至其它物质,特别是多肽,作为融合或共价结合的多肽,以用作免疫原。哺乳动物细胞因子受体和片段可融合或共价连接至各种免疫原,例如匙孔血蓝蛋白、牛血清白蛋白、破伤风类毒素等。制备多克隆抗血清的方法已有描述,参见例如Microbiology(1969)Hoeber Medical Division,Harper和Row;Landsteiner(1962)Specificity of Serological Reactions,Dover Publications,New York;Williams等,(1967)Methods in Immunology and Immunochemistry,第1卷,Academic Press,New York。典型方法包括用抗原超免疫动物。然后在重复免疫后不久收集动物血,并分离γ球蛋白。
在某些情况下,理想的是制备各种哺乳动物宿主(例如小鼠、啮齿类动物、灵长类动物、人等)的单克隆抗体。关于所述单克隆抗体制备技术的描述可见于例如Stites等,(编辑)Basic and ClinicalImmunology(第4版),Lange Medical Publications,Los Altos,CA和其中引用的参考文献;Harlow和Lane(1988)Antibodies:A LaboratoryManual,Cold Spring Harbor Press,Cold Spring Harbor,NY;Goding(1986)Monoclonal Antibodies:Principles and Practice(第2版)Academic Press,New York;特别是Kohler和Milstein(1975)Nature256:495 497,其论述了一种生产单克隆抗体的方法。该方法包括用免疫原注射动物。然后处死动物,从其脾中取出细胞,然后将其与骨髓瘤细胞融合。结果是能够在体外再生的杂种细胞或“杂交瘤”。然后筛选杂交瘤群,以分离单个克隆,其中每个克隆都分泌抗免疫原的单一抗体物质。以此方式获得的单一抗体物质是响应于免疫原性物质上被识别的特定位点而产生的免疫动物无限增殖化和克隆的单一B细胞的产物。
其它合适的技术包括淋巴细胞体外接触抗原性多肽或在噬菌体或相似载体中选择抗体文库。参见Huse等,(1989)Science246:1275-1281;和Ward等,(1989)Nature 341:544-546。可使用有或没有修饰的本发明多肽和抗体,包括嵌合抗体或人源化抗体。常常通过共价或非共价连接提供可检测信号的物质来标记多肽和抗体。合适的标记包括放射性核素、酶、底物、辅因子、抑制剂、荧光部分、化学发光部分、磁性颗粒等。讲述所述标记应用的专利包括美国专利第3,817,837、3,850,752、3,939,350、3,996,345、4,277,437、4,275,149和4,366,241号。另外,可生产重组或嵌合免疫球蛋白,参见Cabilly,美国专利第4,816,567号,或在转基因小鼠中制备,参见Mendez等,(1997)Nature Genetics 15:146-156。
本发明的抗体还可用于分离DCRS5蛋白或肽的亲和层析。可制备其中抗体连接至固体支持体(例如颗粒,如琼脂糖、等)的柱,其中细胞裂解物可流过柱,洗涤柱,接着增加温和变性剂的浓度,由此释放纯化的蛋白。或者,该蛋白可用于纯化抗体。可应用合适的交叉吸收或消除。
所述抗体还可用于筛选特定表达产物的表达文库。通常用允许通过抗体结合容易地检测抗原存在的部分来标记在此方法中使用的抗体。
还可使用针对细胞因子受体产生的抗体,产生抗独特型抗体。这些抗独特型抗体可用于检测或诊断与该蛋白表达或表达该蛋白的细胞相关的各种免疫病症。其还可用作配体的激动剂或拮抗剂,其可为天然配体的竞争性受体抑制剂或替代品。某些抗受体亚基或组合的抗体可起活化抗体的作用,这可实现信号转导,由此起例如作为配体激动剂的作用。
特异性结合针对限定免疫原(例如由SEQ ID NO:2的氨基酸序列构成的免疫原)产生的抗体或与其特异性免疫反应的细胞因子受体蛋白,通常以免疫测定测定。免疫测定通常使用例如针对SEQ ID NO:2的蛋白产生的多克隆抗血清。选择对其它细胞因子受体家族成员(例如IL-12Rβ受体亚基或IL-6受体亚基gp130,优选来自相同物种)具有低交叉反应性的该抗血清,任何所述交叉反应性在用于免疫测定前都通过免疫沉淀去除。
为了生产用于免疫测定的抗血清,如本文所述分离例如SEQ IDNO:2的蛋白。例如,可以哺乳动物细胞系生产重组蛋白。通常使用标准佐剂,如弗氏佐剂,以及标准小鼠免疫方案(参见Harlow和Lane,出处同上),用选定蛋白免疫合适宿主,例如小鼠近交系,如Balb/c。或者,来源于本文公开序列并缀合至载体蛋白的合成肽可用作免疫原。收集多克隆血清,并以免疫测定(例如用固定在固体支持体上的免疫原的固相免疫测定)测定多克隆血清抗免疫原蛋白的效价。选择效价为104或更高的多克隆抗血清,并使用竞争性结合免疫测定,如在Harlow和Lane(出处同上)的第570-573页中描述的方法,测试其对其它细胞因子受体家族成员如gp130或IL-12Rβ1的交叉反应性。优选在该测定中使用至少两种细胞因子受体家族成员。可生产作为重组蛋白的这些细胞因子受体家族成员,并使用标准分子生物学和本文所述的蛋白化学技术进行分离。
竞争性结合形式的免疫测定可用于交叉反应性测定。例如,可将SEQ ID NO:2的蛋白固定在固体支持体上。该测定中所加入的蛋白与抗血清竞争结合固定化抗原。将以上蛋白与抗血清竞争结合固定化蛋白的能力与例如gp130或IL-12Rβ2蛋白相比较。计算以上蛋白的交叉反应性百分率。选择并合并那些与以上列出的每种蛋白的交叉反应性低于10%的抗血清。然后通过用以上列出蛋白进行免疫吸附,去除合并的抗血清中的交叉反应性抗体。
然后将经免疫吸附并合并的抗血清用于如上所述的竞争结合免疫测定,以比较第二种蛋白和免疫原蛋白(例如SEQ ID NO:2的DCRS5样蛋白)。为了进行该对比,以广泛的浓度范围分析两种蛋白的每一种,并测定抑制50%的抗血清与固定化蛋白结合所需的每种蛋白的量。如果第二种蛋白的需要量低于所选择的一种或多种蛋白的需要量的两倍,则认为第二种蛋白特异性结合针对免疫原产生的抗体。
当然,这些细胞因子受体蛋白是含许多已鉴定基因的同源蛋白家族的成员。对于特定基因产物,例如DCRS5,该术语不仅指本文公开的氨基酸序列,而且指作为等位基因变异体、非等位基因变异体或种变异体的其它蛋白。还要理解的是,该术语包括通过使用常规重组技术(如单一位点突变)的蓄意突变或通过切除编码各蛋白的DNA的短部分或置换新氨基酸或加入新氨基酸而导入的非天然突变。这样的微小改变通常基本上保持了起源分子的免疫同一性和/或其生物活性。因此,这些改变包括与指定的天然DCRS5蛋白特异性免疫反应的蛋白。已改变蛋白的生物特性可通过在合适的细胞系中表达该蛋白并测量例如对转染的淋巴细胞的合适作用来测定。被认为是微小的特定蛋白修饰应包括如上所述对整个细胞因子家族而言具有相似化学特性的氨基酸的置换。通过将蛋白与细胞因子受体蛋白进行最佳比对,并使用本文描述的测定免疫同一性的常规免疫测定,人们可确定本发明的蛋白组合物。
而且,抗受体亚基的抗体可在空间上起封闭配体与功能受体结合的作用。可产生抗单独的亚基,或者抗DCRS5与IL-12Rβ1的组合的此种抗体。应得到抗体拮抗剂。
VII.试剂盒、诊断学和定量测定
天然和重组形式的本发明细胞因子受体样分子都可用于试剂盒和测定方法。例如,这些方法还可用于筛选结合活性,例如这些蛋白的配体。近些年已开发了若干自动化测定方法,以便可每年筛选数万种化合物,参见例如BIOMEK automated workstation,BeckmanInstruments,Palo Alto,California,Fodor等,(1991)Science 251:767-773。后者描述了利用多种在固体基质上合成的指定聚合物测试结合的方法。大量纯化的活化状态的可溶性细胞因子受体(例如本发明提供的受体)的可得性,可极大地促进适于筛选配体或激动剂/拮抗剂同源蛋白的测定的开发。
可直接将纯化的DCRS5包被在用于前述配体筛选技术的平板上。但是,这些蛋白的非中和抗体可用作例如用于诊断用途的捕获抗体,以将各自的受体固定在固相上。
本发明还设想了DCRS5和/或p19、其片段、肽及其融合产物在各种诊断试剂盒和检测蛋白或其配体是否存在的方法中的用途。或者或另外,抗所述分子的抗体可加入到试剂盒或方法中。通常,所述试剂盒具有含DCRS5和/或p19肽或基因区段或识别一种或另一种的试剂的隔室。通常,对于肽,识别试剂应是受体或抗体,对于基因区段,识别试剂通常应是杂交探针。其它试剂盒组分可包括与配体/受体配对的p40、p19(也叫做IL-B30)或IL-12Rβ1多肽相关的其它蛋白或试剂。
测定样品中DCRS5浓度的优选试剂盒通常包含:具有已知的DCRS5结合亲和性的标记化合物,例如配体或抗体;作为阳性对照的天然或重组DCRS5源;以及分离结合标记化合物和游离标记化合物的工具,例如用于固定受试样品中的DCRS5的固相。一般提供含试剂的隔室和说明书。还提供含合适的核酸或蛋白的试剂盒。
哺乳动物DCRS5或肽片段或受体片段特异性的抗体,包括抗原结合片段,可用于诊断用途,以检测配体和/或其片段的水平是否存在提高。诊断测定可为均相的(在游离试剂和抗体-抗原复合物之间没有分离步骤)或异相的(有分离步骤)。存在各种商业性测定,例如放免测定(RIA)、酶联免疫吸附测定(ELISA)、酶免疫测定(EIA)、酶多免疫检测技术(EMIT)、底物标记荧光免疫测定(SLFIA)等。例如,可通过使用被标记并识别抗细胞因子受体或其特定片段抗体的二抗,使用未标记抗体,参见例如Harlow和Lane,出处同上;和Coligan(编辑,1991和定期增刊)Current Protocols In Immunology Greene/Wiley,NewYork。
抗独特型抗体可具有相似的用途,起细胞因子受体激动剂或拮抗剂的作用。在合适的环境下,这些抗独特型抗体应可用作治疗剂。
试剂盒中经常提供用于诊断测定的试剂,以便使测定的敏感性最优化。对于本发明,根据测定的性质,提供方法和标记物、标记或未标记的抗体或标记配体。这通常与其它添加物联合,例如缓冲液、稳定剂、信号产生所必需的物质(例如酶底物)等。优选地,试剂盒还包含正确使用和使用后内容物处理的说明书。通常,试剂盒具有每种有用试剂的隔室,并包含试剂正确使用和处理的说明书。理想地,试剂以冻干粉末提供,其中试剂可用具有适于进行实验的浓度的水性介质重建。
可不加修饰地使用所述诊断测定的前述成分,或者可以各种方式对其进行修饰。例如,可通过共价或非共价连接直接或间接提供可检测信号的部分而实现标记。在许多这样的测定中,可直接或间接标记受试化合物、细胞因子受体或其抗体。可能直接标记的物质包括以下标记组:放射性标记,例如125I;酶(美国专利第3,645,090号),例如过氧化物酶和碱性磷酸酶;以及能够监测荧光强度变化、波长迁移或荧光极化的荧光标记(美国专利第3,940,475号)。可能的间接标记包括生物素化一种成分,接着与偶联于以上标记组中一种标记的抗生物素蛋白结合。
还有众多的分离结合配体和游离配体或分离受试化合物和游离受试化合物的方法。细胞因子受体可固定在各种基质上,接着进行洗涤。合适的基质包括塑料,如ELISA板、滤膜和珠。将受体固定在基质上的方法包括但不限于直接附着至塑料、使用捕获抗体、化学偶联和生物素抗生物素蛋白。该方法的最后一步包括用几种方法中的任一种,包括利用例如有机溶剂(如聚乙二醇)或盐(如硫酸铵)的方法,来沉淀抗体/抗原复合物。其它合适的分离技术包括但不限于描述于Rattle等,(1984)Clin.Chem.30(9):1457 1461的荧光素抗体可磁化颗粒法,以及描述于美国专利第4,659,678号的双抗体磁性颗粒分离法。
将蛋白或片段连接至各种标记的方法可包括通过使用碳二亚胺或活性酯形成肽键而活化的羧基;通过使巯基反应而形成硫酯;和活化卤素(如氯乙酰)或活化烯烃(如马来酰亚胺),以用于连接等等。融合蛋白也可用于这些用途。
本发明的另一诊断方面涉及使用取自细胞因子受体序列的寡核苷酸或多核苷酸序列。这些序列可用作检测免疫疾病疑似患者的各种细胞因子受体水平的探针。RNA和DNA二者核苷酸序列的制备、序列标记和序列的优选大小在本领域众所周知。寡核苷酸探针一般应当具有至少约14个核苷酸,通常至少约18个核苷酸,多核苷酸探针可达数千个碱基。可使用各种标记,最常见的是放射性核素,特别是32P。但是,还可以使用其它技术,例如使用供导入到多核苷酸用的生物素修饰的核苷酸。然后生物素起结合抗生物素蛋白或抗体的位点的作用,其可用各种各样的标记物标记,例如放射性核素、荧光剂、酶等。或者,可使用可识别特定双链体的抗体,所述双链体包括DNA双链体、RNA双链体、DNA RNA杂合双链体或DNA蛋白双链体。抗体又可被标记,并进行其中双链体结合至表面的测定,以便在表面上形成双链体时,可检测是否存在结合至双链体的抗体。可在常规技术中使用针对新反义RNA的探针,所述常规技术例如为核酸杂交、加减筛选、重组探测、杂交分子释放翻译(HRT)和杂交分子中止翻译(HART)。其还包括扩增技术,例如聚合酶链式反应(PCR)。
还设想了也可定性或定量测试其它标记存在的诊断试剂盒。诊断或预后可随用作标记的多种指标的组合而变。因此,试剂盒可测试标记的组合,参见例如Viallet等,(1989)Progress in Growth Factor Res.1:89-97。对可反映功能受体信号转导差异的多态变异的检测,可用于决定治疗策略。反映出对配体反应更大或更小的变异,使得可鉴定反应/无反应患者亚群。
本发明的诊断方法提供来自测试受试者(例如患免疫疾病的患者)的样品,用于测量DCRS5或p19的表达或活性。非复合和复合形式的DCRS5,例如与IL-12β1复合的DCRS5,皆可检测。非复合和复合形式的p19,例如与p40复合的p19,皆可检测。表达或活性可与对照受试者或对照样品的表达或活性对比。对照样品可为例如患免疫疾病的患者中的未受影响或未发炎组织的样品。可提供对照受试者或对照样品的表达或活性作为预定值,例如由统计上适合的对照受试者组获得。
VIII.治疗应用
本发明提供具有显著治疗价值的试剂,参见例如Levitzki(1996)Curr.Opin.Cell Biol.8:239-244。天然或重组细胞因子受体、其片段、突变蛋白受体和抗体,以及被鉴别为对所述受体或抗体具有结合亲和性的化合物,应当可用于治疗表现出受体或其配体异常表达的病症。这样的异常通常出现于免疫疾病,参见例如WO 01/18051。另外,本发明应在与配体异常表达或异常触发针对配体的反应相关的疾病或障碍中提供治疗价值。例如,已提示,p40/IL B30配体参与细胞介导免疫性的发展,例如抗肿瘤活性、建立体液和细胞免疫以及抗病毒作用。具体地说,该配体似乎活化NK和T细胞。治疗可与IL-18、IL-12、TNF、IFNγ、放疗/化疗、佐剂、抗肿瘤化合物、抗病毒化合物或抗真菌化合物联合。
相反,可与TNF、IFNγ、IL-18或IL-12拮抗剂或与IL-10或类固醇联用的拮抗剂,可适用于慢性Th1介导的疾病、自身免疫病或移植和/或排斥情况、多发性硬化、银屑病、慢性炎病、类风湿性关节炎、骨关节炎或炎性肠病。拮抗剂可采用抗受体亚基的抗体、可溶性受体构建物、一种或多种受体亚基的反义核酸或RNA干扰核酸的形式。p40/p19配体与受体亚基DCRS5和IL-12R的配对,为使用激动剂或拮抗剂所应用的适应症提供了深入理解。
在治疗上,根据所述的p40/p19活性,所述细胞因子的拮抗剂可由例如可溶性DCRS5加上或不加可溶性IL-12Rβ1、或任一种受体亚基的抗体来实现。拮抗剂可作为不需要的免疫反应或炎症反应的抑制剂用于靶向记忆T细胞,或与IL-12/IL-12R拮抗剂或其它抗炎或免疫抑制剂联用。临床适应症可为慢性炎症或移植情况。各种多态性可增强或降低受体功能,如果显著的话,可用作治疗剂。所述变异体的鉴别使得可鉴定反应或无反应患者亚群。试剂可用作记忆T细胞和/或NK细胞的检测或标记试剂或消除试剂。
本发明设想了使用人p19(SEQ ID NO:5)或人DCRS5(SEQ IDNO:1)的反义核酸或RNA干扰核酸的治疗方法,参见例如Arenz和Schepers(2003)Naturwissenschaften90:345-359;Sazani和Kole(2003)J.Clin.Invest.112:481-486;Pirollo等,(2003)Pharmacol.Therapeutics99:55-77;Wang等,(2003)Antisense Nucl Acid Drug Devel 13:169-189;Haraoui等,(2000)Curr.Pharm.Biotechnol.1:217-233;Alvarez等,(2001)Curer.Pharm.Des.7:1059-1081;Sandborn和Targan(2002)Gastroenterol.122:1592-1608。
基因疗法可使所需细胞群响应例如作为肿瘤免疫治疗的佐剂的p40/p19配体,以利于肿瘤浸润淋巴细胞、T细胞或NK细胞的活化。反义或RNA干扰策略可应用于例如防止受体反应性。
根据RNA印迹分析知晓,各种异常病症出现在显示同时产生IL-12p40和/或p19mRNA的细胞类型中。参见Berkow(编辑)TheMerck Manual of Diagnosis and Therapy,Merck & Co.,Rahway,N.J.;Thorn等,Harrison′s Principles of Internal Medicine,McGraw-Hill,N.Y.;和Weatherall等,(编辑)Oxford Textbook of Medicine,OxfordUniversity Press,Oxford。许多其它医学病症和疾病对本文提供的激动剂或拮抗剂治疗会有反应。参见例如Stites和Terr(编辑)(1991)Basicand Clinical Immunology Appleton and Lange,Norwalk,Connecticut;和Samter等,(编辑)Immunological Diseases Little,Brown and Co。其它可能治疗的适应症包括骨重建、性机能障碍、防止神经退化病、痴呆、紧张等。这些问题应对使用本文提供的组合物的预防或治疗敏感。
可纯化重组细胞因子受体、突变蛋白、其激动剂或拮抗剂抗体或抗体,然后给予患者。这些试剂可与其它活性成分(例如于常规药学可接受的载体或稀释剂中)以及生理学上无害的稳定剂和赋形剂组合,用于治疗用途。这些组合可以是无菌的,例如除菌过滤,并以冻干剂型放置入剂量瓶中或储存在稳定化的水性制剂中。本发明还设想了使用非补体结合的抗体或其结合片段的应用。
可使用细胞因子受体或其片段进行配体筛选,以鉴别对该受体具有结合亲和性的分子。然后,后续的生物测定可用于测定推定的配体是否可提供可阻断内在刺激活性的竞争结合。受体片段可用作阻滞剂或拮抗剂,因为其可阻断配体活性。同样,具有内在刺激活性的化合物可活化受体,因此是激动剂,因为其刺激配体活性,例如诱导信号转导。本发明进一步设想了抗细胞因子受体的抗体作为拮抗剂的治疗应用。
有效治疗所需的试剂量取决于许多不同因素,包括给药方法,靶部位、试剂生理周期、药理学周期、患者的生理状态和给予的其它药物。因此,应滴定分析治疗剂量,以优化安全性和功效。通常,体外使用的剂量可为这些试剂原位给药的使用量提供有用的指引。特定疾病的治疗有效剂量的动物实验进一步提供人用剂量的推测指示,参见例如Gilman等,(编辑)(1990)Goodman and Gilman′s:ThePharmacological Bases of Therapeutics,第8版,Pergamon Press;和Remiragton′s Pharmaceutical Sciences,第17版(1990),MackPublishing Co.,Easton,Penn。这些文献和下文讨论了给药方法,例如用于口服、静脉内、腹膜内或肌内给药、经皮扩散等的给药方法。药学可接受的载体包括水、盐水、缓冲液和其它描述于Merck Index,Merck & Co.,Rahway,New Jersey的化合物。因为推定的配体及其受体之间可能有高亲和结合或转换数,所以最初预期低剂量的这些试剂应是有效的。再者,信号转导途径提示极低的配体量可能具有作用。因此,在有合适载体的情况下,一般预期剂量范围为低于1mM浓度的量,典型低于约10μM浓度,经常低于约100nM,优选低于约10pM(皮摩尔浓度),最优选低于约1fM(费摩尔浓度)。经常使用缓释制剂或缓释装置来持续给药。
细胞因子受体、其片段以及抗体或其片段、拮抗剂和激动剂,可直接给予要治疗的宿主,或者根据化合物的大小,可能需要将其与载体蛋白(如卵清蛋白或血清白蛋白)缀合,然后给予。可以许多常规剂型制剂给予治疗性制剂。尽管活性成分有可能单独给予,但优选以药用制剂提供。制剂包含至少一种如上定义的活性成分,以及一种或多种可接受的其载体。就其与其它成分相配伍和对患者无害而言,每种载体都必须是药学和生理学二者接受的。制剂包括适于口服、直肠、鼻内或胃肠外(包括皮下、肌内、静脉内和皮内)给药的制剂。制剂可方便地以单位剂型提供,并可利用药学领域众所周知的方法制备。参见例如Gilman等,(编辑)(1990)Goodman and Gilman′s:ThePharmacological Bases of Therapeutics,第8版,Pergamon Press;和Remington′s Pharmaceutical Sciences,第17版(1990),Mack PublishingCo.,Easton,Penn.;Avis等,(编辑)(1993)Pharmaceutical Dosage Forms:Parenteral Medications Dekker,NY;Lieberman等,(编辑)(1990)Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets Dekker,NY;和Lieberman等,(编辑)(1990)Pharmaceutical Dosage Forms:Disperse Systems Dekker,NY。本发明的疗法可与其它治疗剂组合,或与其联合使用,所述治疗剂具体地说是其它细胞因子受体家族成员的激动剂或拮抗剂。
本发明提供用于治疗和诊断哮喘或变态反应的试剂和方法。这些疾病与IL-6、IL-19、CXCL1(也叫做GROα)、IL-17和GM-CSF的表达或活性增加相关,参见例如Cembrzynska-Nowak等,(1998)Arch.Immunol.Ther.Exp.(Warsz)46:381-386;Hsieh等,(1996)J.Allergy Clin.Immunol.98:580-587;Prause等,(2003)Eur.J.Pharmacol.462:193-198;Molet等,(2001)J.Allergy Clin.Immunol.108:430-438;Linden(2001)Int.Arch.Allergy Immunol.126:179-184;Cates等,(2003)J.Allergy ClinImmunol.111:1076-1086;Yamashita等,(2002)Cell Immunol.219:92-97。本发明还提供用于COPD的试剂和方法,COPD是一种与IL-6、CXCL1和GM-CSF的表达或活性增加有联系的疾病,参见例如Chung等,(2001)Eur.Respir.J.Suppl.34:50s-59s;Traves等,(2002)Thorax 57:590-595;Profita等,(2003)Thorax 58:573-579。
本发明还提供用于类风湿性关节炎的试剂和方法,类风湿性关节炎是一种涉及IL-6、CXCL1、IL-17和GM-CSF的表达或活性增加的疾病,参见例如Gentiletti和Fava(2003)Arthritis Rheum.48:1471-1474;Nakahara等,(2003)Arthritis Rheum.48:1521-1529;Konig等,(2000)Virchows Arch.436:449-458;Koch等,(1995)J.Immunol.155:3660-3666;Borzi等,(1999)FEBS Lett.455:238-242;Boiardi等,(1999)Clin.Exp.Rheumatol.17:419-425;Hogan等,(1994)Cytokine6:61-69;Kehlen等,(2002)Clin.Exp.Immunol.127:539-546;Cook等,(2001)Arthritis Res.3:293-298。
本发明还提供治疗和诊断炎性肠病(IBD)的试剂和方法,炎性肠病(IBD)是一种特征为IL-6、CXCL-1、IL-17和GM-CSF的表达或活性增加的疾病,参见例如Rahbar等,(2003)Inflamm.Bowel Dis.9:154-161;Isaacs等,(1992)Gastroenterol.103:1587-1595;Imada等,(2001)Scand.J.Gastroenterol.36:854-864;Brandt等,(1998)Eur.Cytokine Netw.9:647-653;Fujino等,(2003)Gut 52:65-70;Nielsen等,(2003)Scand.J Gastroenterol.38:180-185;Carlson等,(2002)Gut 50:501-506。另外,本发明包括诊断和治疗皮肤炎性疾病如银屑病的试剂和方法,皮肤炎性疾病是一类与IL-6、CXCL1、IL-17和GM-CSF的表达或活性增加相关的疾病,参见例如Ishihara和Hirano(2002)Cytokine Growth Factor Rev.13:357-368;Gillitzer等,(1996)J.Invest.Dermatol.107:778-782;Steude等,(2002)j.Invest.Dermatol.119:1254-1260;Albanesi等,(2000)J.Invest.Dermatol.115:81-87;Schon等,(2000)J.Invest.Dermatol.114:976-983。
IX.筛选
可使用DCRS5或其片段进行药物筛选,以鉴别对受体亚基具有结合亲和性的化合物,包括分离相关组分。然后,后续的生物测定可用于测定化合物是否具有内在刺激活性,该化合物因此是阻滞剂或拮抗剂,因为其可阻断配体活性。
此外,p40/p19配体和DCRS3与IL-12Rβ1的功能受体的配对,使得可以用阳性信号转导对照筛选拮抗剂和激动剂。可进行小分子或抗体筛选。
一种药物筛选方法使用真核或原核宿主细胞,该细胞用表达DCRS5的重组DNA分子与另一种细胞因子受体亚基例如IL-12Rβ1的组合稳定转染。据信信号转导使用STAT4。可分离表达与其它功能受体分离的受体的细胞。这样的细胞或者为活体形式,或者为固化形式,可用于标准的抗体/抗原或配体/受体结合测定,参见例如Parce等,(1989)Science 246:243-247,和Owicki等,(1990)Proc.Natl.Acad Sci.USA 87:4007-4011,其描述了检测细胞反应的灵敏方法。竞争测定特别有用,其中细胞与对配体具有已知结合亲和性的标记受体或抗体(例如125I抗体)和待对结合组合物结合亲和性的检测受试样品接触并温育。然后,将结合和游离的标记结合组合物分离,以评价配体结合程度。结合的受试化合物的量与结合已知来源的标记受体的量成反比。许多技术可用于分离结合配体和游离配体,以评价配体结合程度。该分离步骤通常可包括例如以下的方法:粘附至滤膜,接着洗涤;粘附至塑料,接着洗涤;或离心细胞膜。活体细胞也可用于根据药物对细胞因子介导功能(例如STAT4信号转导等)的作用来进行筛选。某些检测方法允许去除分离步骤,例如邻近敏感(proximity sensitive)检测系统。
参照以下实施例可最好地理解广义范围的本发明,以下的实施例无意将本发明限于具体的实施方案。
实施例
I.一般方法
在例如Maniatis等,(1982)Molecular Cloning,A LaboratoryManual,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor Press;Sambrook,等,(1989)Molecular Cloning:A LaboratoryManual,(第2版),1-3卷,CSH Press,NY;或Ausubel等,(1987和增刊)Current Protocolsin Molecular Biology,Greene/Wiley,New York中描述或引用了一些标准方法。蛋白纯化方法包括例如硫酸铵沉淀、柱层析、电泳、离心、结晶等的方法。参见例如Ausubel等,(1987和定期增刊);Coligan等,(编辑)(1996和定期增刊)Current Protocols In Protein ScienceGreene/Wiley,New York;Deutscher(1990)“Guide to ProteinPurification”,载于Methods in Enzymology,182卷和该系列中的其它卷;以及关于蛋白纯化产物使用的生产商文献,例如Pharmacia,Piscataway,N.J.,或Bio-Rad,Richmond,CA。与重组技术组合使得可以融合至合适的区段,例如融合至FLAG序列或可经蛋白酶可去除序列融合的等同物。参见例如Hochuli(1990)“Purification of RecombinantProteins with Metal Chelate Absorbent”,载于Setlow(编辑)GeneticEngineering,Principle and Methods 12:87-98,Plenum Press,N.Y.;和Crowe等,(1992)QIAexpess:The High Leve,Expression & ProteinPurification System QIAGEN,Inc.,Chatsworth,CA。
使用可获得的软件程序进行计算机序列分析,包括得自GCG(U.Wisconsin)和GenBank来源的程序。还可以使用公共序列数据库,例如GenBank等的数据库。
许多可应用于IL-10受体的技术都可应用于DCRS5,如USSN08/110,683(IL-10受体)所述。
II.功能性克隆
人们观察到抗-hIL-12Rβ1抗体阻断人T细胞对p40/p19的应答和p40/p19与IL-12Rβ1的结合。这提示IL-12Rβ1是p40/p19受体复合物的一个亚基。
鉴别出对p40/p19有反应但对IL-12无反应的小鼠T细胞群,以及对IL-12有反应但对p40/p19无反应的另一个细胞群。另外,观察到表达重组mIL-12Rβ1和mIL-12Rβ2的Ba/F3细胞对IL-12有反应,但对p40/p19无反应。这些结果共同表明,p40/p19受体复合物包含IL-12Rβ1和至少一种其它亚基,该亚基不是IL-12Rβ2。因此,设计了表达克隆策略以分离此第二种受体组分。
由分离自Kit225细胞的mRNA制备cDNA文库,Kit225细胞是一种对IL-12和p40/p19都有反应的IL-2依赖性人T细胞系。使用逆转录表达载体pMX制备cDNA文库。用此cDNA文库感染表达重组hIL-12Rβ1的Ba/F3细胞,让其在IL-3中恢复3-4天,然后洗涤并以约15,000细胞/孔接种在96孔板中的含50ng/ml hyper-hp40/hp19的培养基中。参见WO 01/18051。约每5天用另外的hyper-hp40/hp19补充培养物。约2周后,5-10%的孔表现出细胞生长。收集每个孔的细胞,在较大的hyper-hp40/hp19培养中单独扩增,并测试对hyper-hp40/hp19的生长依赖性。
通过PCR扩增逆转录cDNA插入物,分析生长依赖于p40/p19的细胞。分析了超过40个分离物,除掉一个以外所有的分离物都包含编码新受体DCRS5的cDNA。将该候选人cDNA克隆在表达载体中,并转染至表达hIL-12Rβ1的Ba/F3细胞中。这些细胞成为p40/p19响应性细胞;因此,我们推断,新的cDNA编码所需的DCRS5,其在功能上是p19受体亚基。
III.全长DCRS5的特征;染色体定位
DCRS5的胞质结构域总的来说与在该分子家族中常见的其它细胞因子受体胞质结构域并不紧密相关。该胞质结构域包含7个tyr残基,其中至少3个是可识别的SH2结合基序(YEDI、YKPQ和YFPQ)的一部分。YEDI基序类似于已鉴别出的酪氨酸磷酸酶shp2的结合位点。后两种基序非常类似于已知分别结合Stat1/Stat3或Stat3的序列。YKPQ基序连同附近的侧翼序列一起,在一定程度上也类似于已知结合Stat1-3的Stat4和IL-12Rβ2中的基序。这与初始数据一致,提示p40/p19和IL-12一样活化Stat4。
使用来源于所述DCRS5序列的PCR引物探测人cDNA文库。序列可来自例如SEQ ID NO:1,优选那些邻接序列末端的序列。例如通过DNA杂交筛选λgt10噬菌体,克隆灵长类动物、啮齿类动物或其它物种DCRS5的全长cDNA。在合适的条件下,使用水生栖热菌(T.aquaticus)DNA聚合酶(Stratagene,La Jolla,CA)进行PCR反应。
制备染色体涂片。对由培养72小时的经植物血凝集素刺激的人淋巴细胞制备物获得的染色体制备物进行原位杂交。在培养的最后7小时加入5-溴脱氧尿苷(60μg/ml培养基),以确保良好品质的杂交后染色体显带。
将在引物辅助下扩增的PCR引物克隆入合适的载体中。载体用3H通过缺口平移标记。以终浓度200ng/ml的杂交溶液使放射性标记探针与分裂中期涂片杂交(Mattei等,(1985)Hum.Genet.69:327-331)。
在用核乳胶(KODAK NTB2)包被后,使涂片曝光。为避免显带过程中银粒的任何滑动,首先用缓冲Giemsa溶液染色染色体涂片,并在分裂中期照相。然后通过荧光染料-光解-Giemsa(FPG)法,进行R-显带,分析前分裂中期再照相。
对其它物种使用相似的合适方法。
IV.DCRS5mRNA定位
每泳道含约2μg polyA+RNA的人多组织(目录号1、2)和癌细胞系印迹(目录号7757-1)来自Clontech(Palo Alto,CA)。探针用[α-32P]dATP放射性标记,例如使用Amersham随机引物标记试剂盒(RPN 1633)。预杂交和杂交例如在0.5M Na2HPO4、7%SDS、0.5M EDTA(pH 8.0)中于65℃进行。例如,高严格性洗涤例如按照以下说明进行:以2x SSC、0.1%SDS于65℃进行40分钟的两次初始洗涤,接着以0.1x SSC、0.1%SDS进行20分钟的随后洗涤。然后在增感屏存在下,将膜于-70℃对X射线感光胶片(Kodak)曝光。用选定的合适人DCRS5克隆通过cDNA文库DNA印迹进行更详细的研究,以检测其在造血细胞或其它细胞亚群中的表达。
或者,由SEQ ID NO:1选择两种合适的引物。选择存在产生cDNA的信息的合适mRNA样品,例如表达该基因的样品,对其应用RT-PCR。
可通过由PCR信号预先选择的合适组织的cDNA文库杂交来分离全长克隆。可进行RNA印迹。
通过合适的技术,例如PCR、免疫测定、杂交等,分析DCRS5编码基因的信息。组织和器官cDNA制备物例如可得自Clontech,Mountain View,CA。如所述鉴别天然表达源是有用的。再者,鉴别功能受体亚基配对,使得可以预测哪种细胞表达对每种细胞因子配体都产生生理反应的受体亚基组合。
对于小鼠分布,例如可进行DNA印迹分析:用合适的限制酶消化原初扩增的cDNA文库的DNA(5μg),以释放插入片段,在1%琼脂糖凝胶上电泳,并转移至尼龙膜(Schleicher and Schuell,Keene,NY)。
用于小鼠mRNA分离的样品包括:静息小鼠成纤维L细胞系(C200);Braf:ER(Braf融合至雌激素受体)转染细胞,对照(C201);T细胞,TH1极化(脾脏Mel14 bright,CD4+细胞,用IFNγ和抗IL-4极化7天;T200);T细胞,TH2极化(脾脏Mel14 bright,CD4+细胞,用IL-4和抗IFN-γ极化7天,T201);高度Th1极化的T细胞(参见Openshaw等,(1995)J.Exp.Med.182:1357-1367;用抗CD3活化2、6、16小时的合并物;T202);高度Th2极化的T细胞(参见Openshaw等,出处同上;用抗CD3活化2、6、16小时的合并物;T203);CD44- CD25+前T细胞,由胸腺分拣(T204);TH1 T细胞克隆D1.1,在用抗原最后刺激后静息3周(T205);TH1 T细胞克隆D1.1,10μg/ml ConA刺激15小时(T206);TH2 T细胞克隆CDC35,在用抗原最后刺激后静息3周(T207);TH2 T细胞克隆CDC35,10μg/ml ConA刺激15小时(T208);脾脏Mel14+原初T细胞,静息(T209);Mel14+T细胞,用IFN-γ/IL-12/抗IL-4进行Th1极化6、12、24小时的合并物(T210);Mel14+T细胞,用IL-4/抗IFN-γ进行Th2极化6、13、24小时的合并物(T211);未经刺激的成熟B细胞白血病细胞系A20(B200);未经刺激的B细胞系CH12(B201);未经刺激的脾脏大B细胞(B202);总脾B细胞,LPS活化(B203);经三碘苯甲酰氨基葡糖富集的脾脏树突细胞,静息(D200);骨髓树突细胞,静息(D201);用LPS活化4小时的单核细胞系RAW 264.7(M200);用GM和M-CSF衍化的骨髓巨噬细胞(M201);巨噬细胞系J774,静息(M202);于0.5、1、3、6、12小时合并的巨噬细胞系J774+LPS+抗IL-10(M203);于0.5、1、3、5、12小时合并的巨噬细胞系J774+LPS+抗IL-10(M204);气溶胶攻击的小鼠肺组织,Th2引发剂(primer),气溶胶OVA攻击7、14、23小时的合并物(参见Garlisi等,(1995)Clinical Immunology and Immunopathology75:75-83;X206);Nippostrongulus感染的肺组织(参见Coffinan等,(1989)Science 245:308-310;X200);成人全肺,正常(O200);全肺,rag-1(参见Schwarz等,(1993)Immunodeficiency 4:249-252;O205);IL-10敲除(K.O.)的脾脏(参见Kuhn等,(1991)Cell 75:263-274;X201);成人全脾,正常(O201);全脾,rag-1(O207);IL-10敲除的淋巴集结(O202);全淋巴集结,正常(O210);IL-10敲除的肠系膜淋巴结(X203);全肠系膜淋巴结,正常(O211);IL-10敲除的结肠(X203);全结肠,正常(O212);NOD小鼠胰腺(参见Makino等,(1980)Jikken Dobutsu 29:1-13;X205);全胸腺,rag-1(O208);全肾脏,rag-1(O209);全心脏,rag-1(O202);全脑,rag-1(O203);全睾丸,rag-1(O204);全肝脏,rag-1(O206);大鼠正常关节组织(O300);和大鼠关节炎性关节组织(X300)。
用于人mRNA分离的样品可包括:外周血单核细胞(单核细胞、T细胞、NK细胞、粒细胞、B细胞),静息(T100);外周血单核细胞,用抗CD3活化2、6、12小时的合并物(T101);T细胞,TH0克隆Mot72,静息(T102);T细胞,TH0克隆Mot 72,用抗CD28和抗CD3活化3、6、12小时的合并物(T103);T细胞,TH0克隆Mot 72,用特异性肽无反应性处理2、7、12小时的合并物(T104);T细胞,TH1克隆HY06,静息(T107);T细胞,TH1克隆HY06,用抗CD28和抗CD3活化3、6、12小时的合并物(T108);T细胞,TH1克隆HY06,用特异性肽无反应性处理2、6、12小时的合并物(T109);T细胞,TH2克隆HY935,静息(T110);T细胞,TH2克隆HY935,用抗CD28和抗CD3活化2、7、12小时的合并物(T111);T细胞CD4+CD45RO-T细胞,用抗CD28、IL-4和抗IFN-γ极化27天,TH2极化,用抗CD3和抗CD28活化4小时(T116);T细胞肿瘤细胞系Jurkat和Hut78,静息(T117);T细胞克隆,合并AD130.2、Tc783.12、Tc783.13、Tc783.58、Tc782.69,静息(T118);T细胞随机γδT细胞克隆,静息(T119);脾细胞,静息(B100);脾细胞,用抗CD40和IL-4活化(B101);B细胞EBV系,合并WT49、RSB、JY、CVIR、721.221、RM3、HSY,静息(B102);B细胞系JY,用PMA和离子霉素活化1、6小时的合并物(B103);合并的NK 20克隆,静息(K100);合并的NK 20克隆,用PMA和离子霉素活化6小时(K101);NKL克隆,得自LGL白血病患者的外周血,IL-2处理(K106);NK细胞毒性克隆640-A30-1,静息(K107);造血前体细胞系TF1,用PMA和离子霉素活化1、6小时的合并物(C100);U937前单核细胞系,静息(M100);U937前单核细胞系,用PMA和离子霉素活化1、6小时的合并物(M101);淘洗的单核细胞,用LPS、IFNγ、抗IL-10活化1、2、6、12、24小时的合并物(M102);淘洗的单核细胞,用LPS、IFNγ、IL-10活化1、2、6、12、24小时的合并物(M103);淘洗的单核细胞,用LPS、IFNγ、抗IL-10活化4、16小时的合并物(M106);淘洗的单核细胞,用LPS、IFNγ、IL-10活化4、16小时的合并物(M107);淘洗的单核细胞,LPS活化1小时(M108);淘洗的单核细胞,LPS活化6小时(M109);DC 70%CD1a+,得自12天的CD34+GM-CSF,TNFα,静息(D101);DC 70%CD1a+,得自12天的CD34+GM-CSF,TNFα,用PMA和离子霉素活化1小时(D102);DC 70%CD1a+,得自12天的CD34+GM-CSF,TNFα,用PMA和离子霉素活化6小时(D103);DC 95%CD1a+,得自12天FACS分拣的CD34+GM-CSF,TNFα,用PMA和离子霉素活化1、6小时的合并物(D104);DC 95%CD14+,不包括(ex)12天FACS分拣的CD34+GM-CSF,TNFα,用PMA和离子霉素活化1、6小时的合并物(D105);DC CD1a+CD86+,得自12天分拣的CD34+GM-CSF,TNFα,用PMA和离子霉素活化1、6小时的合并物(K106);得自5天的单核细胞GM-CSF、IL-4的DC,静息(D107);得自5天的单核细胞GM-CSF、IL-4的DC,静息(D108);得自5天的单核细胞GM-CSF、IL-4的DC,LPS活化4、16小时的合并物(D109);得自5天的单核细胞GM-CSF、IL-4的DC,活化的TNFα,单核细胞supe 4、16小时的合并物(D110);平滑肌瘤L11良性瘤(X101);正常子宫肌层M5(O115);恶性平滑肌肉瘤GS1(X103);肺成纤维细胞肉瘤系MRC5,用PMA和离子霉素活化1、6小时的合并物(C101);肾上皮癌细胞系CHA,用PMA和离子霉素活化1、6小时的合并物(C102);胎肾,28周,雄性(O100);胎肺,28周,雄性(O101);胎肝,28周,雄性(O102);胎心,28周,雄性(O103);胎脑,28周,雄性(O104);胎胆囊,28周,雄性(O106);胎小肠,28周,雄性(O107);胎脂肪组织,28周,雄性(O108);胎卵巢,25周,雌性(O109);胎子宫,25周,雌性(O110);胎睾丸,28周,雄性(O111);胎脾,28周,雄性(O112);成熟胎盘,28周(O113);和发炎的扁桃体,来自12岁个体(X100)。
可在要评价的其它物种中分离相似的样品。
V.克隆DCRS5的种相应物
使用各种策略获得所述DCRS5的种相对应物,优选由其它灵长类动物或啮齿类动物获得。一个方法是利用交叉杂交,使用紧密相关的种DNA探针。其可作为中间步骤用于研究进化相似的种。另一个方法是使用特异性PCR引物,其基于对基因间的相似性或差异性区段(例如高度保守或非保守的多肽或核苷酸序列的区域)的鉴别。
数据库搜索可鉴别相似的序列,并可产生合适的探针。
VI.生产哺乳动物DCRS5蛋白
工程化一种合适的(例如谷胱甘肽S转移酶(GST))融合构建物,以例如在大肠杆菌中表达。例如,构建小鼠IGIF质粒,并转化入大肠杆菌中。将新鲜转化的细胞在例如含50μg/ml氨苄青霉素的LB培养基中培养,并用IPTG(Sigma,St.Louis,MO)诱导。在过夜诱导后,收获细菌,分离含DCRS5蛋白的沉淀。例如以2L TE缓冲液(50mM Tris-base pH 8.0,10mM EDTA和2mM)匀浆沉淀。将该物质三次通过Microfluidizer(Microfluidics,Newton,MA)。流化的上清液在Sorvall GS-3转子中以13,000rpm旋转1小时。过滤所获得的含细胞因子受体蛋白的上清液,并通过以50mM Tris-base pH 8.0平衡的谷胱甘肽-柱。合并含DCRS5-GST融合蛋白的级分,并例如用凝血酶(Enzyme Research Laboratories,Inc.,South Bend,IN)切割。然后将经切割的合并液通过以50mM Tris-base平衡的柱。合并含DCRS5的级分,以冷蒸馏水稀释,以降低电导率,并再通过新的柱,该柱或者是单独的,或者与免疫亲和抗体柱相连。合并含DCRS5蛋白的级分,等分,并储存在-70℃冰箱中。
与细胞因子受体蛋白的圆二色性谱对比可提示,蛋白正确折叠,参见例如Hazuda等,(1969)J Biol.Chem.264:1689-1693。
VII.制备DCRS5特异性抗体
用重组形式的蛋白,例如纯化的DCRS5或稳定转染的NIH-3T3细胞,腹膜内免疫Balb/c近交小鼠。在有或无附加佐剂的情况下,用蛋白于适合的时间点加强免疫小鼠,以进一步刺激抗体产生。收集血清,或用收集的脾脏生产杂交瘤。
或者,用所述基因或其片段转化的内源或外源细胞或利用抗原表达富集的分离膜来免疫Balb/c小鼠。在合适的时间收集血清,通常在众多的进一步给予之后。各种基因治疗技术可用于例如原位生产蛋白,以产生免疫应答。可对血清或抗体制品进行交叉吸收或免疫选择,以制备限定特异性和高亲和性的基本纯化的抗体。
可制备单克隆抗体。例如,将脾细胞与合适的融合配偶体融合,通过标准方法在生长培养基中选择杂交瘤。根据存在结合DCRS5的抗体的情况,例如通过ELISA或其它测定,筛选杂交瘤上清液。还可以选择或制备特异性识别特定的DCRS5实施方案的抗体。
在另一种方法中,将合成肽或纯化蛋白提呈给免疫系统,以生产单克隆或多克隆抗体。参见例如Coligan(编辑)(1991)Current Protocolsin Immunology Wiley/Greene;和Harlow和Lane,出处同上。在合适的情况下,结合试剂或者如上所述以例如荧光等标记,或者固定至用于淘洗法的基质。还可将核酸导入到动物体内的细胞中,以生产起激发免疫应答作用的抗原。参见例如Wang等,(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:4156-4160;Barry等,(1994)BioTechniques 16:616-619;和Xiang等,(1995)Immunity 2:129-135。
VIII.用DCRS5生产融合蛋白
用DCRS5制备各种融合构建物,包括组合DCRS5与IL-12Rβ1序列的实施方案。将合适基因的一部分融合至附加表位(如FLAG标志)或双杂交系统构建物,参见例如Fields和Song(1989)Nature340:245-246。附加表位可用于表达克隆方法,该方法采用抗FLAG抗体检测结合配偶体,例如各个细胞因子受体的配体。双杂交系统还可用于分离特异性结合DCRS5的蛋白。
IX结构活性关系
使用标准方法和分析测定有关特定残基关键性(criticality)的信息。例如通过在确定的位置(例如在以上鉴别的位置)产生许多不同的变异体,并评价变异体的生物活性,进行标准诱变分析。其可进行至确定修饰活性的位置的程度,或集中在特定位置,以确定可被置换以保留、阻断或调节生物活性的残基。
或者,天然变异体分析可表明哪些位置耐受天然突变。这可由个体间变异或跨菌株或物种间变异的群分析产生。分析所选个体的样品,例如通过PCR分析和测序。这可评价群多态性。
X.DCRS5和IL-12Rβ1的共表达
可将一种或多种编码各个基因的载体转染入细胞中。优选地,这种载体可具有选择标记,以鉴别哪种细胞已成功被转化。这两种基因的共表达使得该基因产物正确地结合,形成活性受体复合物。或者,可使用引起功能性二聚体结合的方法,参见例如O′Shea等,(1989)Science 245:646-648;Kostelny等,(1992)J.Immunol.148:1547-1553;Patel等,(1996)J Biol.Chem.271:30386-30391。胞外结构域的表达和物理结合(例如由Fos/Jun亮氨酸拉链亲和性形成的物理结合)产生配体结合构建物,其应起用于诊断或治疗用途的结合化合物的作用。
XI.p19(也叫做IL-B30)、p40和DCRS5(也叫做IL-23R)的分布
根据实时PCR测定(PE Applied Biosystems,Foster City,CA)确定,p19、p40和DCRS5由各种细胞和组织表达,其中结果相对于泛蛋白表达表示(表2)。泛蛋白表达定为1。结果发现,p19和p40的表达在炎性皮肤病(例如银屑病和特应性皮炎)中均提升,对蛔虫攻击有反应(表2)。在过敏性肺炎、特发性肺纤维化、炎性肠病(IBD)如节段性回肠炎中,p19的表达升高(表2)。例如在银屑病和类风湿性关节炎中,发现IL-23R(也叫做DCRS5)表达增加(表2)。
XII.IL-23受体(IL-23R)的组织学
使用抗IL-23R抗体(24F9)和同种型对照抗体(31F11)对人组织进行组织学分析(表3)。淋巴细胞、巨噬细胞和罕见浆细胞亚群经抗IL-23R抗体染色显示为阳性。阳性染色的淋巴细胞位于淋巴结中的滤泡间区域,而不是淋巴结中的生发中心。
类风湿性关节炎(RA)的滑膜样品表明,炎性细胞(特别是浆细胞)的染色比正常对照样品更强,且炎性细胞更广泛。正常滑膜样品不含炎性细胞浸润物。
来自患炎性肠病(IBD)(即节段性回肠炎和溃疡性结肠炎)的结肠和小肠的样品揭示,测试阳性的淋巴细胞和浆细胞比正常对照更普遍。普遍性的增加与组织中的炎性细胞总数的增加成比例。慢性梗塞性肺病(COPD)的肺样品显示出Clara细胞测试阳性,而正常患者样品的Clara细胞是阴性。一名正常62岁男性的皮肤样品显示的淋巴细胞染色值为0,而一名54岁银屑病患者的皮肤样品显示的淋巴细胞值为2(罕见)。
表3.人组织的组织学。用抗IL-23R抗体(24F9)相对于同种型对照抗体的染色。数值反映染色强度。(--)表示未测定。
XIII.给予小鼠IL-23hyperkine和基因表达
用鼠IL-23hyperkine或盐水治疗C57BI6/NT小鼠,接着通过实时PCR分析,测定157种基因的表达。每只小鼠都在背部皮下注射盐水或10μg IL-23hyperkine。在注射后的1、3或7天取出并提取组织样品,其中合并这三天的样品,然后用于分析。显示了有和无IL-23hyperkine治疗时的基因表达比率(表4)。在测试的157种基因中,IL-23hyperkine激发15种基因的表达增加1倍或以上(表4)。用IL-23治疗增加的IL-6、CXCL-1、IL-17和GM-CSF,是在哮喘或变态反应、COPD、类风湿性关节炎、IBD和银屑病中表现出表达或活性增加的细胞因子(表4)。
表4.[用IL-23治疗的基因表达]/[用盐水治疗的基因表达]的比率
IL-6 | 33 |
IL-19 | 32 |
CXCL-1(GRO-α) | 11 |
IL-17 | 9 |
mMUC-5ac.fcgi | 8 |
分泌性白细胞蛋白酶抑制剂(SLPI) | 5 |
粒细胞巨噬细胞-集落刺激因子(GM-CSF) | 5 |
TNFSF5(CD40L) | 3 |
MAdCAM-1 | 3 |
干扰素-γ(IFN-γ) | 3 |
IL-9 | 3 |
12-脂氧合酶 | 2 |
金属蛋白酶-1组织抑制剂(TIMP-1) | 2 |
IL-1α | 2 |
IL-17RC | 2 |
XIV.IL-23调节胶原蛋白诱发的关节炎(CIA)
制备p19敲除(p19KO)小鼠(Cua等,(2003)Nature 421:744-748)。p19KO小鼠为IL-23缺陷型,IL-23是一种含p19亚基和p40亚基的异源二聚细胞因子,业已发现p19KO小鼠抗胶原蛋白诱发的关节炎(CIA),CIA是类风湿性关节炎小鼠模型(表5)(参见例如Holmdahl等,(2002)Ageing Res.Rev.1:135-147;Luross和Williams(2001)Immunology 103:407-416;Durie等,(1994)Clin.Immunol.Immunopathol.73:11-18)。相比之下,和野生型对照相比,p35敲除小鼠表现出CIA恶化(表5),p35敲除小鼠为IL-12缺陷型,IL-12是含p35亚基和p40亚基的异源二聚细胞因子。由小鼠C57BL/6品系制备p35KO、p40KO和p19KO小鼠。
表5.在野生型、p19、p35和p40敲除小鼠中的胶原蛋白诱发的关节炎(CIA)。NA表示不适用。
基因型 | 发病率(患病数/总数) | 临床记分 | 发病天数(平均) |
C57BL/6(对照) | 10/18 | 2.4 | 29.8 |
B6x129F2(对照) | 8/17 | 2.4 | 27.3 |
p35敲除 | 12/15 | 4.6 | 27.0 |
p40敲除 | 0/9 | 0.0 | NA |
p19敲除 | 0/20 | 0.0 | NA |
在不偏离本发明精神和范围的情况下,可对本发明进行多种修饰和改变,这对本领域技术人员而言是显而易见的。提供本文描述的具体实施方案仅作为实例,本发明受所附权利要求书的术语以及该权利要求书所赋予的等同方案的完整范围的限定;本发明不受本文作为实例提供的具体实施方案的限制。
Claims (4)
1.有效量的p19的拮抗剂在制备治疗患类风湿性关节炎的受试者的药物中的用途,其中所述的p19的核酸序列和氨基酸序列如SEQID NOs:5和6所示,其中所述拮抗剂包含:
来自抗体的抗原结合位点的结合组合物,该抗体特异性结合SEQ ID NO:6所示的氨基酸序列。
2.权利要求1的用途,其中所述的拮抗剂是结合组合物,其包含:
a)多克隆抗体;
b)单克隆抗体;
c)人源化抗体;或
d)Fab、Fv或F(ab′)2片段。
3.一种用于治疗患有类风湿性关节炎的受试者的药用组合物,其中含有有效量的p19的拮抗剂,其中所述的p19的核酸序列和氨基酸序列如SEQ ID NOs:5和6所示,其中所述拮抗剂包含:
来自抗体的抗原结合位点的结合组合物,该抗体特异性结合SEQID NO:6所示的氨基酸序列。
4.权利要求3的药用组合物,其中所述的拮抗剂是结合组合物,其包含:
a)多克隆抗体;
b)单克隆抗体;
c)人源化抗体;或
d)Fab、Fv或F(ab′)2片段。
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