CN102170946A - 加载结晶装置的方法 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及用于加载结晶装置和用于制造结晶装置的方法,所述结晶装置包括多个具有预定量的至少一种基质形成化合物的容器,所述基质形成化合物能形成膜蛋白结晶基质,所述方法包括以下步骤:a)将所述至少一种基质形成化合物的聚集状态改变成流体状态,从而允许对所述至少一种基质形成化合物进行分配,和b)将确定量的所述至少一种基质形成化合物分配进所述结晶装置的至少一个容器中,所述分配的基质形成化合物在所述容器内固化。从而获得预填充的结晶装置,可用作消费品,尤其是用在自动结晶法中。本发明还提供了采用分别制备的结晶装置进行的蛋白质结晶方法。
Description
发明领域
本发明涉及生物聚合物的结晶,具体涉及膜蛋白,以及涉及用基质形成化合物加载结晶装置的可自动化方法。
技术背景
三维蛋白质结构具有非常高的商业价值,因为由此能合理(基于结构)设计和工程改造结合感兴趣的蛋白质的新颖药物分子。此外,由此能促进工程改造具有所需性质的新颖蛋白质。蛋白质和其他生物聚合物的三维结构通常通过对应晶体的X射线衍射确定。为了通过X射线衍射结晶学对其进行观测,必须得到生物聚合物的高质量晶体。不幸的是,蛋白质晶体生长科学目前无法预测特定蛋白质结晶时的条件。因此,再结合许多其他问题,必须搜寻高度量纲化的参数空间(大量可能的配方/组合)以找到最佳的结晶条件。尽可能多地进行实验的简单筛选经常是最有效的方法。这是非常费力和消耗时间的。因此,制备高质量蛋白质晶体是通过X射线衍射结晶学阐释蛋白质结构的瓶颈。所以,已经作了许多努力来使该过程自动化进行,从而对许多不同的结晶条件进行筛选。
膜蛋白是一大类与包裹所有活细胞的脂质双层(膜)结合或者横穿该脂质双层的蛋白质。膜蛋白通常涉及物质和/或信号穿过细胞膜的受控移动。这样,膜蛋白能在活细胞内部和外部之间进行快速交流。膜蛋白的例子包括离子通道,信号受体,激素受体,光受体和粘附蛋白。这些膜蛋白经常是药物开发的目标,是科学关注的中心,原因在于,它们涉及信号转导过程。膜蛋白的一种定义特性是,其表面上同时存在疏水性和亲水性区域。这样使得膜蛋白能结合进入膜的脂质双层(其构成膜的大部分)形成的疏水性区域中,同时在膜的任一侧与水性材料形成稳定界面。但是,这些特性使得难以通过用于可溶性(非膜约束)蛋白质的结晶方法,例如蒸汽扩散方法来结晶膜蛋白。膜蛋白容易变性,所以其结构在水性溶剂中变松散。因此,结晶膜蛋白是特别具有挑战性的。但是,由于膜蛋白由所有已知基因组中约30%的基因组编码,它们的结构引起了很大的兴趣。
在1996年,Landau和Rosenbusch描述了脂质立方相用于膜蛋白结晶的新颖应用。根据这种方法,将洗涤剂增溶的膜蛋白与结晶基质形成化合物如油酸单甘油酯(或棕榈酸单甘油酯)和水(或缓冲液)混合,然后进行多次离心。通过这种方法,得到粘稠的双连续立方相,一种固化的脂质双层,以三维方向延伸,能被水性通道透过。所以,基质形成化合物油酸单甘油酯能形成膜蛋白的结晶基质,因为其提供适用于膜蛋白的脂质双层结构。膜蛋白能分配到脂质双层中,能以三维方向在其中扩散,从而扩散到许多可能的空间折叠构造中,导致蛋白质在脂质中间相(例如所谓脂质立方相或海绵相)中进行晶体生长。对应的脂质立方相的一个例子如图1中所示。所以对应相是非常合适的膜蛋白结晶基质。
此后,除了油酸单甘油酯以外还鉴定了其他的也能形成合适的膜蛋白结晶基质的基质形成化合物,用于结晶膜蛋白。
膜蛋白和其他聚合物的结晶仍然是很有挑战性的。对于膜蛋白结晶基质(例如中间相、海绵相和立方相),其操作和形成是特别困难的。具体来说,进行实验是非常耗费时间的。仅仅数次结晶实验通常就需要一个实验者耗费一天时间。由于要找到头绪经常需要测试大量的结晶条件,所以这种测试方法是人们所不希望的,因为其涉及过多的操作步骤。此外,还必然造成测试材料的浪费。由于开始的测试材料(例如基质形成脂质和蛋白质)是专用的,所以这种对材料的浪费经常导致无法进行足够数量的测试。
在现有技术中,基本上有两种方法来形成生物聚合物结晶基质,尤其是对膜蛋白而言。根据一种方法,在水溶液中混合膜蛋白和基质形成化合物(例如脂质,如油酸单甘油酯),从而形成脂质立方相,其中在由基质形成化合物如油酸单甘油酯形成的结晶基质(立方相)中重建膜蛋白。然后将所述脂质立方相转移到分配器中。然后将脂质立方相从分配器分配到结晶装置的容器中,例如多孔板。然后向分配的脂质立方相中加入结晶所必需的其他组分,例如沉淀液等,从而引发结晶过程。这种方法见述于例如US 2002/0072703。但是,这种方法需要大量蛋白质以形成蛋白质和基质形成脂质化合物的“主混物”,从而在分配之前形成结晶基质(如立方相),这些是常规情况下无法获得的。这种方法的另一个缺点是,例如无法改变基质形成化合物的性质进而为感兴趣的具体蛋白质找到最佳的基质形成化合物,因为蛋白质预先与基质形成化合物混合。因此,还需要制备蛋白质和脂质立方相的几种“主混物”,这是消耗蛋白质的,否则就无法改变基质形成化合物。此外,必须由使用者手动地混合膜蛋白和脂质基质形成化合物。由于立方相是粘性的,所以难以对形成的对应立方相进行分配,因此该方法是耗费时间的,或者至少容易出错。
另一个问题在于,无法分别控制沉淀液对立方相和蛋白质的影响,因为立方相和蛋白质的混合物与沉淀液发生接触。不同种类的沉淀剂引起立方相的不同变化。在使膜蛋白溶液接触立方相之前进行分析可能是令人感兴趣的。因此,目前首先将基质形成化合物与蛋白质组合的方法限制了对基质形成化合物、膜蛋白和沉淀液的理想组合进行筛选的能力。
另一种方法采用基质形成化合物的手动制备,将非常少量的纯的基质形成混合物称量到结晶装置的容器,例如多孔板中。然后向制备的基质形成化合物中加入蛋白质溶液,以引发结晶基质的形成。在这方面,以确切的比例/浓度将基质形成化合物与膜蛋白混合是很重要的。因此,必须尽可能落实/限定结晶装置的容器中包含的基质形成化合物的量。但是这很困难,因为根据基质形成化合物的脂质性质,其通常为固体化合物。对于经常以片状条件存在的对应的固体化合物如油酸单甘油酯,要进行称量是很困难的,也是非常耗费时间的过程,考虑到要在一次结晶实验中理想地筛选可能几百种或甚至几千种不同条件就能理解这一点。因此,对于中等或高通量的结晶实验,单独称量基质形成化合物的限定量是不合适的。此外,由于对理想和可重复的结晶实验而言,必须提供立方相和膜蛋白的确切比例,所以称量过程也是容易产生误差的。
为了鉴定理想的结晶条件并优化结晶过程,仍然存在许多需要改进的方面,尤其是当只有少量蛋白质的时候。因此,本领域中非常需要可自动化进行的过程,从而能够对结晶条件进行中等和高通量的筛选。
发明概述
根据本发明的第一实施方式,提供了一种加载结晶装置的方法,该结晶装置包括多个具有预定量的至少一种基质形成化合物的容器,所述基质形成化合物能形成膜蛋白结晶基质,所述方法包括以下步骤:
a)将所述至少一种基质形成化合物的聚集状态改变成流体状态,从而允许对所述至少一种基质形成化合物进行分配,和
b)将限定量的所述至少一种基质形成化合物分配到所述结晶装置的至少一个容器中,其中所述分配的基质形成化合物在所述容器中固化。
能形成膜蛋白结晶基质的基质形成化合物(以下也称为“基质形成化合物”)通常在室温下为固体(见以上)。因此,现有技术将单独量的固体化合物称量到容器中。如以上概述的,这是耗费时间、容易产生误差的,因此不适合自动化过程。本发明不同于该方法,本发明使所述基质形成化合物的聚集状态改变成流体状态,从而允许将所述至少一种基质形成化合物分配到结晶装置的容器中。例如,根据所用的分配器,只需改变聚集状态,使得基质形成化合物以粘稠状态(或液体)存在,从而形成可分配的聚集状态,就足以进行本发明。因此,可以将限定量的所述至少一种基质形成化合物分配到结晶装置的容器中。对应的过程也是可自动化进行的,因为流体形式的基质形成化合物能以确切的比例/量进行分配。迄今为止,现有技术中不存在任何方法能为生物聚合物、尤其是为膜蛋白结晶提供多个少量但确切量的基质形成化合物。
分配之后,所述基质形成化合物在所述容器中固化。因此,通过根据本发明的加载方法获得结晶装置,其包括确切量的固体状态的基质形成化合物,能提供给使用者作为可储存的、即用型消费品。使用者只需要向容器中包含的基质形成化合物加入待结晶蛋白质即可,例如以蛋白质溶液的形式加入,包含待结晶的蛋白质/生物聚合物的结晶基质会自发形成(同样有两种可行的步骤过程,其中首先加入水或缓冲剂以形成结晶基质,然后加入蛋白质进行结晶,见下)。随后,可加入沉淀液,以引发结晶过程。通过使用根据本发明方法加载的结晶装置,消费者就不需要自行用可能会出问题的基质形成化合物/结晶基质来加载结晶装置(见以上)。最终使用者只需要加入待结晶蛋白质和结晶所需的其他组分/溶液,如下所述。无论如何,由于对应的组分容易进行分配(例如蛋白质和/或沉淀液),这也使得结晶实验能以中等或高通量的形式进行。将结合结晶方法对此进一步详细说明。
此外,根据本发明的方法允许用不同的基质形成化合物或者基质形成化合物的混合物对结晶装置的容器进行加载,从而提供比现有技术的方法更大的灵活性,例如将基质形成化合物与蛋白质预混合,从而在分配过程之前形成立方相。此外,根据现有技术的方法,立方相的分配需手动进行,这是很困难的,对于使用者很不方便。根据本发明的用于加载结晶装置的方法可以自动进行,从而适合于制备用于高通量筛选的预填充结晶装置。可储存的预填充结晶装置还可与分配其他组分(例如蛋白质和沉淀液)的机器人系统结合使用,以进行中等或高通量筛选。
因此本发明提供了优于常规加载方法的重要优点,本发明提供了可储存的即用型预填充结晶装置,为使用者提供了最高的灵活性和便利性。
根据本发明的方法不同于现有技术的方法,区别在于,结晶基质并非在分配步骤之前形成。具体来说,在分配步骤之前,并未将基质形成化合物与待结晶生物聚合物混合。因此,可以对包含固化的限定量的基质形成化合物的结晶装置进行储存,从而提供给使用者即用型消费品。在一些方法中,对结晶基质进行分配并由此进行预填充,例如作为立方相或海绵相,这样的结晶基质只能短时间储存(可能不超过几个月),因为所述结晶基质是脆弱和容易被破坏的,例如由于脱水而被破坏。对于根据本发明的方法加载的结晶装置,不会出现这些问题,因为固化的基质形成化合物更稳固,因此在合适的储存条件下能储存甚至几年。
结晶装置可以例如是蛋白质结晶板。对应的板通常以多孔形式提供,例如包括3×2N个孔,N是自然数,如24、96,可以是384孔。现有技术中已知一些结晶装置设计,可以根据本发明进行使用。
本发明的方法还可以作为机器人站的集成组件/步骤加以结合/进行,不仅对结晶装置加载所述至少一种基质形成化合物,还加入例如蛋白质溶液和结晶过程所需的其他溶液/成分(例如沉淀液)。
结晶装置可以是例如蛋白质结晶板,允许通过直立式或悬吊式蒸汽扩散方法对生物聚合物、尤其是膜蛋白进行结晶。对于这个目的,根据一种实施方式,蛋白质结晶板可包括至少一个容器,该容器用于接受能形成膜蛋白结晶基质的至少一种基质形成化合物,蛋白质结晶板还包括至少一个储器,该储器与所述至少一个容器连通。所述连通可以是例如气体连通,例如在蒸汽扩散方法中。但是采用半透性膜的微量渗析方法也是可行的。例如所述储器可以填充有沉淀液,从而促进结晶过程,对应地允许筛选更多的结晶条件。还可以使几个用于基质形成化合物的容器与至少一个储器保持气体连通(参见例如WO 00/14311)。如果与所述至少一个储器保持气体连通的容器加载/预填充有不同的基质形成化合物或者基质形成化合物的混合物,则对应的实施方式是有利的,因为由此可增加筛选实验的变化性。
根据一种实施方式,在分配步骤之前或该步骤过程中,通过改变所述至少一种基质形成化合物的温度使其达到允许分配该基质形成化合物的流体状态,从而改变其聚集状态。例如,大多数基质形成化合物是在室温下为固体的脂质化合物。但是,通过加热对应的基质形成化合物,其达到流体状态,该化合物是例如液体或至少是粘稠的,允许将限定量分配到结晶装置的容器中。为了进行分配必须对应维持的温度取决于所用的基质形成化合物或者基质形成化合物的组合物,通过测试到达流体状态时的温度可以简单地予以确定,从而允许将所述至少一种基质形成化合物或组合物分配到结晶装置的容器中。对于脂质的基质形成化合物如油酸单甘油酯,温度大于30℃、优选大于40℃(例如约42℃)通常足以达到流体状态,从而允许将所述化合物分配到结晶装置的容器中。但是,也可使用更高的温度。根据一种实施方式,分配约100-1000纳升、或者小于500纳升的基质形成化合物。但是,也可分配更大的体积,取决于预期的应用和结晶板的设计。
优选所述加载方法通过使用机器人系统自动进行,该机器人系统包括至少一个分配单元,用于分配所述至少一种基质形成化合物。在通过加热基质形成化合物改变其聚集状态的情况中,可以使用分配器的尖端或任何其他部件将基质形成化合物设定为允许分配限定量的所述材料的温度。还可以例如通过外部加热工艺(例如通过鼓吹热空气)使分配器内的基质形成化合物变温热,从而达到允许将所述至少一种基质形成化合物分配到结晶装置的容器中所需的温度。因此,根据一种实施方式,在分配单元(例如机器人系统)中加热所述至少一种基质形成化合物。本文使用术语“分配器”或“分配单元”表示允许分配限定量的流体、例如液体或粘稠物质的装置。如果要分配小体积,则分配器应当适合于分配非常少量但是确切限定量的液体和/或粘稠物质,尤其是在微升或纳升体积范围中。
优选所述基质形成化合物具有至少一种以下特性。
如简述中概括指出的,对应的基质形成化合物适合于例如在水化时形成膜蛋白结晶基质。为了能够形成膜蛋白结晶基质,使基质形成化合物形成模拟生物膜的脂质双层的结构是很重要的,从而允许将膜蛋白结合到所述模拟生物膜的脂质双层的结构中。适合于该目的的化合物具体是脂质化合物,优选是两性分子化合物,尤其是脂肪酸的醇衍生物。对应的化合物通常包含饱和或不饱和的脂肪酸链作为脂质组分。链长可以为14-25个碳,更优选为16-20或16-18个碳,这时非常接近天然脂质。
现有技术中已知的合适的结晶基质是例如中间相、立方相和/或海绵相。对应的相/结晶基质之间的边界并非十分明确。例如,术语“中间相”经常用作涵盖立方相和海绵相的一般术语(具体参见例如Caffrey等,Journal of Structural Biology 142(2003)108-132,Cherezov等,Biophysical Journal第83卷2002年12月3393-3407,Cherezov等,J.Mol.Biol.(2006)357,1605-1618,所有这些文献都通过参考全部结合于此)。如这些文献中概述的,单独的相之间的转变(包括立方相和海绵相)是流畅的,对于特定的基质形成化合物可能是均匀变化的,例如取决于温度、添加剂和/或水含量。例如通过使用较高比例的水和/或添加剂使立方相溶胀,导致立方相自身的有序结构变松散,同时保持双连续特性,转化成所谓海绵相(同样参见图1)。如果需要结晶较大的蛋白质,则对应的溶胀可能是有利的,因为结晶基质的晶格参数增大。
如以上概述的,所述基质形成化合物可单独使用,或者与其他也能形成膜蛋白结晶基质的基质形成化合物组合使用。对应的混合物允许为不同蛋白质测试不同的结晶基质,允许针对待结晶生物聚合物对结晶条件进行优化和精细调节。理解以下内容是很重要的,根据生物聚合物、尤其是膜蛋白的结构和尺寸,不同的基质形成化合物会导致不同的结晶结果。因此,用不同的基质形成化合物或者基质形成化合物的混合物加载容器从而改变和优化这些参数也是有利的。这种灵活性是很重要的优点。
另外或附加地,将基质形成化合物与其他添加剂混合也是有利的,从而进一步改变/调适用于待结晶生物聚合物的结晶基质。对应的添加剂能支持晶体形成,因为所述添加剂使得待结晶生物聚合物能找到更好的条件/环境,优选是出于添加对应的脂质添加剂的原因。基质形成化合物和添加剂的混合物形成添加剂组合物,仍然能够形成膜蛋白结晶基质。对应的添加剂可以是能够稳定结晶基质中的膜蛋白的脂质的长链醇或者天然或合成的组分。在加入组分用于形成结晶基质的时候,使用者可以向基质形成化合物中加入对应的添加剂(例如,加入蛋白质溶液或包含任选添加剂的溶液用于改变结晶基质)。
所述基质形成化合物或所述添加剂组合物包含至少一种选自下组的化合物或由其组成:
a)脂肪酸,脂肪酸的醇衍生物,单甘油酯,甘油二酯,脂质及其衍生物,优选酸基团被羟基或硫醇或醚或硫醚基团、或者ω-羟基烯或其醚或硫醇或硫醚类似物取代的相应化合物;单酰基甘油,优选是顺式的单不饱和的单酰基甘油,更优选是油酸单甘油酯(C18:c9),棕榈酸单甘油酯(C16:c9)和单维宁(monovacennin)(C18:c7);中等链长的烷基糖苷;聚亚烷基二醇,聚乙二醇,二酰基甘油磷脂,单酰基甘油磷脂及能形成生物聚合物结晶基质的它们的衍生物;和/或
b)聚酮,糖脂,异戊烯醇脂,固醇脂,鞘脂,甘油磷脂和甘油脂和/或脂质衍生物,尤其是磷脂酰胆碱(PC),具体是1,2-二油基-sn-甘油-3-磷酸胆碱(DOPC),磷脂酰乙醇胺,具体是1,2-二油基-sn-甘油-3-磷酸乙醇胺(DOPE),磷脂酰丝氨酸,具体是1,2-二油基-sn-甘油-3-磷酸丝氨酸(DOPS),心磷脂,溶血卵磷脂,2-油酸单甘油酯,油酰胺,胆固醇,细胞膜组分,和天然或合成的能稳定结晶基质中的膜蛋白的化合物。
所以,可以结合本发明单独地使用多种合适的基质形成化合物,或者作为混合物和/或与所列出的添加剂组合使用。
本发明还提供了通过使用根据本发明的方法制造对应的预填充结晶装置的方法。
本发明还提供了一种结晶装置,该结晶装置包括多个容器,其中至少一些所述容器包含确定均相量的至少一种固体的基质形成化合物,该化合物能形成膜蛋白结晶基质。这个方面中的“均相”表示基质形成化合物并非处于片状状态,而是在容器中形成均相的液滴/结构。例如,如果使用根据本发明的方法将所述至少一种基质形成化合物以流体的聚集状态分配到所述容器中并且在所述容器中固化,则可以实现对应的均相结构。
以上结合加载方法详细讨论了将聚集状态改变成流体状态从而允许分配所述至少一种基质形成化合物的优点。所以参考以上揭示内容。优选通过加热基质形成化合物来改变聚集状态。在将基质形成化合物分配到所述容器中的时候,当所述化合物至少冷却到室温的时候,该化合物在所述容器内再次固化。也可以通过冷却或冷冻加载的结晶装置来促进该过程。
根据本发明内容制备的结晶装置不同于其中部分固体基质形成化合物以固体状态称量到容器中的装置,也不同于因为结晶基质的均相结构的原因包含水化结晶基质的装置。例如,如果根据本发明以流体的状态分配基质形成化合物并在容器内固化,则所述基质形成化合物在所述容器内均匀分布,可以长时间储存。
例如可以将结晶装置密封,从而保护基质形成化合物以免水化,因此可供储存,直到使结晶装置水化和/或接触蛋白质溶液和任选的其他用于结晶实验的组分。一种有利的特性在于,只在结晶装置的容器内预加载基质形成化合物和任选的能形成结晶基质的添加剂,因为固体的基质形成化合物能长时间储存(见以上)。对于预混合或预形成的结晶基质例如立方相或海绵相而言,这是不可能实现的,所述预混合或预形成的结晶基质不具备固体结构,容易脱水,因此在储存过程中容易被破坏。现有技术的方法是对预形成的结晶基质(例如立方相或海绵相)进行分配,因此不适合长期储存,由于易受影响,更难以操作/储存。此外,根据待结晶的生物聚合物,使用者对于改变基质形成化合物进行水化所用的液体也很有兴趣,因此对于改变形成结晶基质所用的液体也很有兴趣,从而进一步增大组合灵活性,并增加找到理想的结晶条件的机会。
因此,根据本发明的结晶装置与现有技术装置相比具有重要的优点,本发明的结晶装置提供可储存的即用型消费品,能高度灵活地用于高通量的筛选实验。此外,如以上概述的,本发明的结晶装置还能与机器人系统联合,进行或建立整个结晶实验,从用根据本发明的至少一种基质形成化合物加载结晶装置,到添加蛋白质溶液和沉淀液,以及对为了进行结晶而准备的结晶装置进行密封和储存。
因此,本发明的结晶装置的一个有利特性在于,以流体状态分配并在对应容器内固化的所述至少一种基质形成化合物并未在分配步骤之前与待结晶的生物聚合物预混合,以及/或者该基质形成化合物并非作为结晶基质例如立方相或海绵相分配,因为对应的结晶基质的稳定性小于尚未形成结晶基质的基质形成化合物或者任选地与上述添加剂混合的其混合物/组合物的稳定性。然后在使用者添加必需组分如水和/或蛋白质溶液时,形成对应的结晶基质。
根据一种实施方式,结晶装置是一种蛋白质结晶板。优选该板为多孔形式。以上详细描述了合适的结晶装置及其合适的实施方式;参考以上内容。
根据一种实施方式,所述能形成膜蛋白结晶基质的基质形成化合物具有至少一种以下特性:
a)能形成中间相;和/或
b)能形成立方相;和/或
c)能形成海绵相;和/或
d)是脂质;和/或
e)是两性分子;和/或
f)包含饱和或不饱和的脂肪酸链;和/或
g)是脂肪酸的醇类衍生物。
以上结合加载方法详细讨论了关于这些化合物、包含添加剂的合适混合物和组合物的其他细节,同样适用于根据本发明的结晶装置中包含的基质形成化合物或基质形成组合物。参考以上内容。
根据另一种实施方式,所述能形成膜蛋白结晶基质的基质形成化合物与另一种能形成膜蛋白结晶基质的基质形成化合物组合使用,以及/或者与至少一种添加剂混合,从而形成添加剂组合物。以上详细描述了关于对应的组合物的具体情况,同样适合于根据本发明的结晶装置。
根据一种实施方式,所述基质形成化合物或所述添加剂组合物至少一种选自下组的化合物或由其组成:
a)脂肪酸,脂肪酸的醇衍生物,单甘油酯,甘油二酯,脂质及其衍生物,优选酸基团被羟基或硫醇或醚或硫醚基团、或者ω-羟基烯或其醚或硫醇或硫醚类似物取代的相应化合物;单酰基甘油,优选是顺式的单不饱和的单酰基甘油,更优选是油酸单甘油酯(C18:c9),棕榈酸单甘油酯(C16:c9)和单维宁(C18:c7);中等链长的烷基糖苷;聚亚烷基二醇,聚乙二醇,二酰基甘油磷脂,单酰基甘油磷脂及能形成生物聚合物结晶基质的它们的衍生物;和/或
b)聚酮,糖脂,异戊烯醇脂,固醇脂,鞘脂,甘油磷脂和甘油脂和/或脂质衍生物,尤其是磷脂酰胆碱(PC),具体是DOPC,磷脂酰乙醇胺,具体是DOPE,磷脂酰丝氨酸,具体是DOPS,心磷脂,溶血卵磷脂,2-油酸单甘油酯,油酰胺,胆固醇,细胞膜组分,和天然或合成的能稳定结晶基质中的膜蛋白的化合物。
本发明还涉及如上所述的结晶装置或根据上述加载方法生产的结晶装置在结晶生物聚合物,尤其是结晶膜蛋白的方法中的应用。以上详细描述了能自动进行和测试不同筛选条件的灵活性的优点。参考以上内容。
本发明还涉及一种结晶生物聚合物的方法,其中使限定量的至少一种基质形成化合物与液体接触以形成结晶基质,例如中间相、立方相或海绵相,所述基质形成化合物能为上述结晶装置或根据上述方法制造/加载的结晶装置的至少一个容器中包含的膜蛋白形成结晶基质。
如以上概述的,能与本发明联合使用的基质形成化合物(具体是脂质的基质形成化合物(见以上))在与液体、尤其是水性液体接触时,能自发形成类似于生物膜脂质双层的结晶基质。所述结晶基质优选选自中间相,立方相和海绵相,这是本领域中众所周知的。以上描述了几种不同的合适的结晶基质,也是本领域中已知的(参见例如M.Caffrey,Journal of Structural Biology 142(2003)108-132;V.Cherezov“运动空间:溶胀的脂质中间相中的膜蛋白结晶(Room to Move:Crystallization Membrane Proteins in Swollen Lipidic Mesophases)”J.Mol.Biol.(2006)357,1605-1618)。
我们吃惊地发现,有其他途径来从基质形成化合物形成结晶基质。例如,基质形成化合物与液体的比例对于形成的结晶基质的种类是决定性的。例如,若液体比例较高,则形成海绵相而非立方相。所以,不仅可以通过例如选择不同的基质形成化合物或其混合物,还可以通过选择不同的水化条件从而从基质形成化合物形成结晶基质,来改变结晶基质的性质。结晶基质形成过程通常耗时至少0.5-3小时。但是,这取决于所用的基质形成化合物和水化液的组成。
根据一种实施方式,向结晶装置的容器内包含的基质形成化合物/组合物添加通常包含洗涤剂的蛋白质溶液。如果蛋白质溶液是水性的,则结晶基质将在对蛋白质溶液和基质形成化合物一起进行培育的时候自发形成。这种过程的优点在于,结晶基质如立方相或海绵相在蛋白质存在下形成。所以,待结晶的生物聚合物(通常是膜蛋白)直接重建,并结合到结晶基质结构中,所述结晶基质结构通常类似于生物膜的结构(见以上)。蛋白质溶液可包含如上所述的添加剂。
根据另一种实施方式,使根据本发明的结晶装置的容器中存在的基质形成化合物与水性液体接触,该水性液体不含待结晶的生物聚合物。发现在加入可能包含添加剂如脂质添加剂的水性液体(例如水和/或缓冲液)之后,非常迅速地形成结晶基质,通常在小于1小时或甚至0.5小时以内(也参见图2)。然后使对应的预溶胀的结晶基质与蛋白质溶液接触,从而形成掺入蛋白质的结晶基质。通过扩散接触之后,生物聚合物整合成类似于生物膜的结晶结构。
用于形成结晶基质的水性溶液中可包含的合适添加剂可选自下组:聚酮,糖脂,异戊烯醇脂,固醇脂,鞘脂,甘油磷脂和甘油脂和/或脂质衍生物,尤其是磷脂酰胆碱(PC),具体是DOPC,磷脂酰乙醇胺,具体是DOPE,磷脂酰丝氨酸,具体是DOPS,心磷脂,溶血卵磷脂,2-油酸单甘油酯,油酰胺,胆固醇,细胞膜组分,和天然或合成的能稳定结晶基质中的膜蛋白的化合物。
可以使结晶基质与沉淀液接触,从而引发结晶过程。例如,在加入合适组成的沉淀剂之后,在结晶基质和/或蛋白质中发生变化,促进蛋白质-蛋白质接触和稳定成核,从而引发晶体形成。所以,在将蛋白质掺入结晶基质中的时候,优选加入沉淀液。优选所述结晶基质被沉淀液覆盖,所述沉淀液可以是稀释的。从而形成海绵相,该海绵相也作为结晶基质,也能促进掺入蛋白质的结晶。合适的沉淀液是现有技术中已知的,可以例如包含盐、聚亚烷基二醇(具体是聚乙二醇)、有机化合物、醇及其组合作为沉淀剂。
所用的结晶装置可包括至少一个容器,用于接受能形成膜蛋白结晶基质的至少一种基质形成化合物,所述结晶装置还包括至少一个储器,该储器与所述至少一个容器连通。以上描述了对应的设计的具体情况,此处同样适用。所述储器中可填充有沉淀液,该沉淀液的沉淀剂浓度优选大于用于覆盖结晶基质的沉淀液的浓度(见以上)。
根据另一种实施方式,储器中的沉淀液被覆盖物(例如膜)覆盖以防止蒸发。合适的化合物是不溶于水且密度小于水的非挥发性化合物。合适的材料是例如具有低密度的油和化合物。从而非常温和地促进结晶过程。
本发明还提供了一种筛选系统,用于通过制备和使用根据本发明的结晶装置来鉴定结晶参数,尤其是用于鉴定最佳的基质形成化合物、其混合物以及与添加剂的混合物。可以利用这种筛选系统,系统性地测试生物聚合物、尤其是膜蛋白的结晶反应。由于基质形成化合物是预分配的,也能如上所述进行改变以测试不同的结晶基质,所以使用者只需要对所需的蛋白质和沉淀液进行分配,这两种物质都是容易分配的。因此,该筛选系统可用于完全自动化的系统的,允许进行高通量试验,对理想的结晶条件进行快速筛选。
以下通过非限制性实施例的方式说明本发明。
附图/实施例
图1a)是结晶基质的一个例子的示例模型,是由油酸单甘油酯、水和膜蛋白构成的双连续立方相。基质由两部分组成,是一种具有无限三维周期性最小表面的膜系统(显示为圆形脂质双层),通过连续水性通道的系统相互贯通。膜蛋白在脂质双层中重建(也参见图1b)。海绵相具有与立方相类似的结构,但是由于海绵相的水/液体含量较高,其结构更为开放/松散。
图1b)是现有技术的立方相中的结晶过程的示意图(Martin Caffrey,Journal of Structural Biology,142(2003)108-132,参见图13)。结晶膜蛋白的一般过程是膜蛋白在水性介质中在洗涤剂中溶解的过程。洗涤剂形成胶束,也使蛋白质在水性介质中溶解。当水性介质中溶解的蛋白质与基质形成化合物(如脂质,例如油酸单甘油酯)接触的时候,油酸单甘油酯的水化形成邻接的L-α和立方相(关于相的描述也参见Cherezov等,J.Mol.Biol.(2006)357,1605-1618,图1)。基质形成化合物形成膜样结构,该膜样结构重建并相应地结合待结晶的蛋白质。在结晶基质,例如所示的立方相的形成过程中,蛋白质得以重建并分配在结晶基质中。因此,蛋白质得以重建并结合在结晶基质的双层中,此处是立方相。加入沉淀剂(如盐),通过移出水和电荷筛选效应引发结晶,诱导结晶过程。立方相中的双层曲率随着水含量降低而增大。图1c)显示蛋白质(和脂质,在共结晶情况中)从立方相到薄层型结构的可逆结晶过程。对应的结晶经常通过所谓海绵相进行,这时立方相的有序结构变松散,然后形成薄层型结构。
一般来说,尚未完全理解/阐明蛋白质在对应的结晶基质(如立方相、中间相和海绵相)中的结晶过程。因此,图1c)只代表一种模型系统。
图2显示一种基质形成化合物,也是油酸单甘油酯,其根据本发明以流体状态分配。由图可知,固化的油酸单甘油酯作为相当均一的块体掺入结晶装置的容器中。在与液体(此处是水)接触之后,油酸单甘油酯快速溶胀,形成结晶基质。
图3显示一种实用的应用流程,将根据本发明的预填充结晶装置用于结晶实验中。在左侧,将蛋白质溶液直接加入基质形成化合物如油酸单甘油酯中,基质形成化合物在约2-3小时的培育步骤中发生溶胀,形成结晶基质(立方相),其包含重建的蛋白质。在右侧,显示了一种不同的选择,向基质形成化合物中加入不含待结晶的生物聚合物的液体,例如任选地与脂质或其他添加剂混合的水。基质形成化合物在约30分钟的培育步骤中发生溶胀,形成结晶基质(立方相),其中尚不包含待结晶的蛋白质。这段较短的时间通常足以使基质形成化合物溶胀形成结晶基质,此处是立方相。然后向预溶胀的结晶基质(如立方相)中加入蛋白质溶液。通过扩散使蛋白质被动地进入立方相中。
图4显示利用蒸汽扩散进行的膜蛋白结晶实验的一种结构。立方相(在中间显示)覆盖有1M的盐溶液,其为稀释的沉淀液。在与所述容器保持气体连通的条件下,在结晶装置中提供储器,储器中包含2M的盐溶液,根据所显示的实施方式,储器中的盐溶液代表未稀释的沉淀液。通过蒸汽扩散进行结晶。1M的盐溶液从立方相移出水,而储器中2M的盐溶液从1M的盐溶液移出水。因此,非常温和且缓慢地移出水,为蛋白质(细菌紫膜质-BR)结晶提供理想条件。根据一种实施方式,储器中存在的液体被保护膜覆盖,防止储器内的沉淀液蒸发。
Claims (15)
1.一种用预定量的至少一种能形成膜蛋白结晶基质的基质形成化合物加载包括多个容器的结晶装置的方法,该方法包括以下步骤:
a)将所述至少一种基质形成化合物的聚集状态改变成流体状态,允许对所述至少一种基质形成化合物进行分配,和
b)将确定量的所述至少一种基质形成化合物分配到所述结晶装置的至少一个容器中,其中所述分配的基质形成化合物在所述容器内固化。
2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,通过改变温度,优选通过加热,改变所述至少一种基质形成化合物的聚集状态。
3.如权利要求1或2所述的方法,其特征在于,所述过程通过使用包括分配单元的机器人系统自动进行。
4.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述基质形成化合物具有至少一种以下特性:
a)能形成中间相;和/或
b)能形成立方相;和/或
c)能形成海绵相;和/或
d)是脂质化合物;和/或
e)是两性分子;和/或
f)包含饱和或不饱和的脂肪酸链;
g)是脂肪酸的醇衍生物。
5.如权利要求1-4中任一项所述的方法,其特征在于,所述能形成膜蛋白结晶基质的基质形成化合物具有至少一种以下特性:
a)其与添加剂混合从而形成添加剂组合物;
b)所述基质形成化合物或所述添加剂组合物包含至少一种选自下组的化合物或由其组成:
i)脂肪酸,来自脂肪酸的醇衍生物,单甘油酯,甘油二酯,脂质及其衍生物,优选酸基团被羟基或硫醇或醚或硫醚基团、或者ω-羟基烯或其醚或硫醇或硫醚类似物取代的相应化合物;单酰基甘油,优选是顺式的单不饱和单酰基甘油,更优选是油酸单甘油酯(C18:c9),棕榈酸单甘油酯(C16:c9)和单维宁(C18:c7);中等链长的烷基糖苷;聚亚烷基二醇,聚乙二醇,二酰基甘油磷脂,单酰基甘油磷脂及能形成生物聚合物结晶基质的它们的衍生物;和/或
ii)聚酮,糖脂,异戊烯醇脂,固醇脂,鞘脂,甘油磷脂和甘油脂和/或脂质衍生物,尤其是磷脂酰胆碱(PC),具体是DOPC,磷脂酰乙醇胺,具体是DOPE,磷脂酰丝氨酸,具体是DOPS,心磷脂,溶血卵磷脂,2-油酸单甘油酯,油酰胺,胆固醇,细胞膜组分,和天然或合成的能稳定结晶基质中的膜蛋白的化合物。
6.一种制造结晶装置的方法,该结晶装置包括多个具有预定量的至少一种能形成膜蛋白结晶基质的基质形成化合物的容器,其中该方法根据权利要求1-5中任一项所述的方法进行。
7.一种包括多个容器的结晶装置,其中至少一些所述容器包含确定均相量的至少一种能形成膜蛋白结晶基质的固体基质形成化合物。
8.如权利要求7所述的结晶装置,其特征在于,所述基质形成化合物尚未形成结晶基质。
9.如权利要求7或8所述的结晶装置,其特征在于,所述能形成膜蛋白结晶基质的基质形成化合物具有至少一种以下特性:
a)其与添加剂混合从而形成添加剂组合物;
b)所述基质形成化合物或所述添加剂组合物包含至少一种选自下组的化合物或由其组成:
i)脂肪酸,脂肪酸的醇衍生物,单甘油酯,甘油二酯,脂质及其衍生物,优选酸基团被羟基或硫醇或醚或硫醚基团、或ω-羟基烯或其醚或硫醇或硫醚类似物取代的相应化合物;单酰基甘油,优选是顺式单不饱和单酰基甘油,更优选是油酸单甘油酯(C18:c9),棕榈酸单甘油酯(C16:c9)和单维宁(C18:c7);中等链长的烷基糖苷;聚亚烷基二醇,聚乙二醇,二酰基甘油磷脂,单酰基甘油磷脂及能形成生物聚合物结晶基质的它们的衍生物;和/或
ii)聚酮,糖脂,异戊烯醇脂,固醇脂,鞘脂,甘油磷脂和甘油脂和/或脂质衍生物,尤其是磷脂酰胆碱(PC),具体是DOPC,磷脂酰乙醇胺,具体是DOPE,磷脂酰丝氨酸,具体是DOPS,心磷脂,溶血卵磷脂,2-油酸单甘油酯,油酰胺,胆固醇,细胞膜组分,和天然或合成的能稳定结晶基质中的膜蛋白的化合物。
10.如权利要求7-9中任一项所述的结晶装置或者根据如权利要求1-6中任一项所述方法生产的结晶装置在结晶生物聚合物、尤其是膜蛋白的方法中的应用。
11.一种结晶生物聚合物的方法,其中使如权利要求7-9中任一项所述的结晶装置或者根据如权利要求1-6中任一项所述方法生产的结晶装置的至少一个容器中包含的确定量的至少一种基质形成化合物与液体接触从而形成结晶基质,所述基质形成化合物能形成膜蛋白结晶基质。
12.如权利要求11所述的方法,其特征在于,所述液体包含水、一种或多种添加剂和/或待结晶的生物聚合物。
13.如权利要求11或12所述的方法,其特征在于,使所述结晶基质与沉淀液接触。
14.如权利要求10-13中任一项所述的方法,其特征在于,所述结晶装置包括至少一个用于接受所述至少一种能形成膜蛋白结晶基质的基质形成化合物的容器,以及至少一个与所述至少一个容器连通的储器,其中优选将沉淀液分配在所述储器中。
15.如权利要求14所述的方法,其特征在于,所述储器中的沉淀液被覆盖物覆盖,优选被膜覆盖,以防止蒸发。
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Legal Events
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