CN102159091A - 治疗与体重过重动物相关的疾病的组合物和方法 - Google Patents
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Abstract
本发明包括治疗与体重过重相关的病症和疾病的组合物和方法。本申请也包括差异地表达于动物中的基因，且特别是与瘦动物比较的差异地表达于过重动物中的基因。
Description
发明领域
本发明包括治疗与肥胖相关的病症和疾病的组合物和方法。本申请也包括差异地表达于动物中的基因，且特别是与瘦动物比较的差异地表达于肥胖动物中的基因。本发明也包括用目标营养物(targeted nutrition)来调节动物脂肪的量的组合物和方法，这些营养物被设计为影响尤其是参与脂肪代谢的主基因。本发明还鉴定生物活性的食物成分，这些食物成分可单独地或共同地影响参与脂肪代谢的主基因的表达和活性。
发明背景
学术界普遍公认，基因表达的调节在一些影响动物的健康和良好状态的疾病或病症的发生中起着关键作用。类似地，基因的差异表达是发生此类疾病或病症的一个因素，且基因表达模型的评价已被认为是对在分子水平上了解此类疾病和病症的发生和控制方面至关重要的。为了推进对基因及其与疾病的关系的了解，已开发许多方法用于研究差异基因表达，如DNA微列阵、表达序列标签(EST)、基因表达的序列分析(SAGE)、mRNA的消减杂交，消减克隆和差异展示(DD)、RNA-随意引物PCR(RAP-PCR)、代表性差异分析(RDA)、二维凝胶电泳、质谱法、反相蛋白质阵列和多个阵列。
与瘦动物比较，过重动物中的基因表达尚未充分地进行研究。因此，存在鉴定与瘦动物比较的差异地表达于过重动物中的基因和蛋白质的需求。这样的基因、蛋白质，及其片段将用于配制预测动物可能发胖的预示剂(prognosis)，开发诊断动物肥胖的诊断剂，筛选物质以确定它们是否有可能用于调节动物脂肪组织的量，以及使用此类物质调节动物脂肪组织的量。
体重过重动物可被定义为具有过多身体脂肪组织的那些动物。一般说来，动物如人、犬科动物和猫科动物的称重超过其理想体重的15％时被称为肥胖。动物发胖的最常见原因是过量消费食物，导致卡路里的过量摄取。然而，存在其它可增加动物发胖的机会的因素，如生活方式、健康、饮食习惯、品种、卵巢摘除术和阉割动物。而且，动物变得过重的发生率一般随着年龄的增加而增加，因为代谢率和体力活动全面减少。调查估计，在美国去兽医诊所的25％的狗发胖达到肥胖的程度。研究已表明，过重动物显著面临发生疾病如关节炎、心脏病、呼吸道疾病、糖尿病、膀胱癌、甲状腺机能减退和胰腺炎的更大风险。
调节动物脂肪组织的量，包括防止动物变得过重或治疗过重动物以减少动物脂肪组织的量或治疗瘦小动物以增加动物脂肪组织的量是困难的。增加动物脂肪组织的量通常涉及增加食物消耗的量。防止动物变得过重或减少动物脂肪的量的最有效和最容易的方法是饮食控制和锻炼。然而，确保对饮食和锻炼计划的顺从性往往是困难的。其它方法包括使用药物如芬特明、芬氟拉明、西布曲明、奥利司他和苯丙醇胺。不辛地，使用这些药物出现副作用。例如，给予芬氟拉明和芬特明用于治疗人的肥胖症可导致人的心瓣膜受损害。西布曲明可增加血压而奥利司他可具有讨厌的胃肠道副作用。
对于目前的处理动物的脂肪组织的方法所带来的问题，发明人已开发用于治疗动物的疾病和病症的方法和组合物和用于配制预测动物很可能发胖的预示剂，开发诊断动物肥胖的诊断剂，筛选物质以确定它们是否有可能用于调节动物脂肪组织的量，以及使用此类物质调节动物脂肪组织的量。
发明简述
本发明包括用于治疗有需要的陪伴动物的病症的组合物和方法。
在一个实施方案中，本发明包括犬科动物宠物食品组合物，其包含有效量的一种或多种组分，所述组分干扰差异地表达于过重动物(与瘦动物比较)中的一种或多种基因的表达，其中干扰一种或多种基因表达的所述一种或多种组分包含基于干物质组成计的26wt.％-35wt.％的粗蛋白质，基于干物质组成计的7.5wt.％-8.5wt.％的粗脂肪，基于干物质组成计的20wt.％-30wt.％的总食物纤维，和基于干物质组成计的10wt.％-20wt.％的粗纤维。
在另一个实施方案中，本发明包括猫科动物宠物食品组合物，其包含有效量的一种或多种组分，所述组分干扰差异地表达于过重动物(与瘦动物比较)中的一种或多种基因的表达，其中干扰一种或多种基因表达的所述一种或多种组分包含：基于干物质组成计的30wt.％-37wt.％的粗蛋白质，基于干物质组成计的7.5wt.％-9wt.％的粗脂肪，基于干物质组成计的30wt.％-35wt.％的总食物纤维和基于干物质组成计的20wt.％-25wt.％的粗纤维。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防胰岛素抵抗的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防胰腺炎的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防甲状腺机能减退的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防骨关节炎的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防异常脂血症的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防高血压的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防眼科病症的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防改变的肾功能的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防呼吸道疾病的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防动脉粥样硬化的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防糖尿病的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防尿道疾病的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防肝脂肪沉积症的方法
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防肝异常脂血症的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防肝脂肪沉积症的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防肿瘤形成的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防口腔/牙齿疾病的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防皮肤病的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防跛行的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防高脂血症的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防葡萄糖代谢紊乱的方法。
另一个实施方案包括用本发明的组合物在有需要的陪伴动物，例如犬科动物或猫科动物中治疗或预防冠心病的方法。
本发明的另一个实施方案包括一种或多种基因或基因片段，其与瘦动物相比差异地表达于过重动物中。
本发明的另一个实施方案包括两种或更多种多核苷酸或多肽的组合，其与瘦动物相比差异地表达于过重动物中。
本发明的另一个实施方案包括适合于检测与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的基因表达的两种或更多种多核苷酸或多肽探针的组合物和装置如包含基片(substrate)阵列的探针。
本发明的另一个实施方案包括用于检测样品中与瘦动物比较的差异地表达于过重动物中的一种或多种基因差异表达的方法和组合物。
本发明的另一个实施方案包括用于测定试验基片对与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因表达概况的作用的方法，作为筛选试验基片以确定是否其有可能用于调节动物脂肪组织的量的方法。
本发明的另一个实施方案包括配制预测动物可能变得过重的预示剂或开发诊断动物肥胖的诊断剂的方法。
本发明的另一个实施方案包括用于调节与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因表达或用于调节动物脂肪组织的量的方法和组合物。
这些实施方案的一个或多个使用表现基因和基因片段的433个多核苷酸探针的新组合而实现，所述基因和基因片段与瘦动物的脂肪组织比较差异地表达于过重动物的脂肪组织中(表1)。此外，这些实施方案的一个或多个使用表现基因和基因片段的1703多核苷酸探针的新组合而实现，所述基因和基因片段与取自瘦动物的淋巴细胞比较差异地表达于取自过重动物的淋巴细胞中(表2)。而且，这些实施方案的一个或多个使用表现基因和基因片段的多核苷酸探针的新组合而实现，所述基因和基因片段差异地表达于过重的和瘦小的狗中并被认为是脂肪酸代谢的主基因(表3)。多核苷酸被用于生产组合物、探针、基于探针的装置，以及用于测定与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的多核苷酸的状况的方法，用于实现上述确定的目标，如预测和诊断与动物脂肪组织相关的病症和用于筛选物质以确定是否它们有可能用于调节动物脂肪组织的量。一旦鉴定了这样的物质，即可用于调节动物脂肪组织的量。也提供包含探针、使用探针的装置和物质的组合的各种试剂盒。
本发明的实施方案也包括通过给予已显示可调节参与脂肪代谢的基因表达的本发明的组合物，在动物体内调节脂肪组织的量的方法。
本发明的实施方案也包括通过给予有需要的动物有效调节生物标记化合物的量的本发明组合物，调节各种犬科动物的与肥胖相关的生物标记化合物。可被调节的与肥胖相关的生物标记化合物的实例包括，但不限于葡萄糖、胰岛素、GLP-I、IGF-I、胆固醇、甘油三酯、LDL、乳糜微粒、碱性磷酸酶、2型软骨合成物、瘦蛋白、生长素释放肽，及其组合。
本发明的其它和进一步的目标、特征和优点对本领域技术人员而言将是显而易见的。
附图简述
图1显示对狗喂给本发明的食物制剂与对照的体重减轻食物制剂比较的体重损失的结果。
图2显示在喂给本发明的食物制剂后，与瘦狗比较的肥胖狗中的基因概况的转移。
发明详述
定义
术语″动物″意指人或其它动物，包括鸟类、牛、犬科动物、马、猫科动物、hicrine、鼠科动物、羊和猪等具有脂肪组织的动物。当该术语在上下文中用于比较过重与瘦动物时，被比较的动物为同种动物并可能是相同的物种或品种。在优选的实施方案中，所述动物是犬科动物或猫科动物，最优选是犬科动物。
术语″抗体″意指结合至特异性抗原的任何免疫球蛋白，包括IgG、IgM、IgA、IgD和IgE抗体。该术语包括多克隆抗体、单克隆抗体、单价抗体、人源化抗体、杂轭合物(heteroconjugate)、具有多抗原特异性(polyepitopic specificity)的抗体组合物、嵌合抗体、双特异性抗体、双抗体、单链抗体和抗体片段如Fab、Fab′、F(ab′)2和Fv，或其它抗原-结合片段。
术语″阵列″意指基片上的至少两个探针的有序排列。至少一个探针是对照或标准的和至少一个探针是诊断探针。在基片上的两种或更多种探针的排列(现在有超过40,000个探针的阵列、芯片(chips)和其它平台(platforms))确保探针和样品多核苷酸或多肽之间形成的各个标记复合物的大小和信号强度分别为可识别的。
术语″肥度评分″(BCS)意指用于基于动物的体重和体型的身体组成分析的方法。几种方法是本领域熟练的技术人员已知的，如公开于US专利号6,691,639和在题目为″Small Animal Clinical Nutrition(小动物临床营养物)″，第四版，13章(ISBN 0-945837-05-4)的参考文献中的方法。
术语″身体质量指数″(BMI)意指动物的体重(以千克计)除以其身高(以米计)的平方。
术语″DEXA″意指身体组成分析双能X-线吸光光度法。
术语″差异表达″或″差异地表达″意指增加或上调基因表达，或者意指减少或下调基因表达，如通过样品中转录信使RNA或转译蛋白的不存在、存在，或至少1.3-倍的量的改变所检测的。
术语″肥胖的″应用于动物时，意指经测定具有过量身体脂肪组织的任何动物或使用卫生保健提供者和其它熟练的专业技术人员已知的技术和方法易于产生过量身体脂肪组织的动物。如果在与总的群体动物的平均体重比较时，所述动物具有产生过量脂肪组织的倾向或较高的可能性，则动物易于变得过重。一般说来，不限于该定义，如果(1)动物具有25或以上的BMI(在表征动物状况的某些方法中被认为包括″体重过重″和″肥胖″的数字)，(2)动物′的体重超出如由卫生保健专业人员或有关的熟练技术人员定义的其″理想″体重的15％或以上，(3)如经DEXA测定，动物的身体脂肪百分比为27％或以上，或(4)如由熟练的专业技术人员使用在″Small Animal Clinical Nutrition″(小动物临床营养物)″，第四版，13章(ISBN 0-945837-05-4)中公开的方法或使用其它BCS方法的等同方法所测定的，动物的肥度评分超过3，则动物被认为是过重的。
术语″肥胖相关基因″意指表1和2中鉴定的所有基因或基因亚群，特别是差异地表达于取自过重动物的脂肪组织和取自瘦动物的脂肪组织之间的由433个探针序列表示的基因，以及差异地表达于取自过重动物的淋巴细胞和取自瘦动物的淋巴细胞之间的由1703个探针序列表示的基因。
术语″主基因″意指表3中鉴定的所有基因或基因亚群。
术语″倍″在用作差异基因表达的量度时，意指动物中的基因表达的量，该量是与对比动物(如过重动物对比瘦动物)中的基因表达的量比较的基因表达的倍数和分数。例如，在所述动物中表达的为对比动物的3倍的基因具有3倍差异基因表达并且所述基因被认为是上调的。在另一方面，在所述动物中表达的为对比动物的三分之一的基因也具有3倍差异基因表达并且所述基因被认为是下调的。
术语″片段″意指(1)为全序列的一部分和对于特别用作多核苷酸全序列的具有相同或相似活性的寡核苷酸或多核苷酸序列或(2)为全序列的一部分和对于特别用作多肽全序列的具有相同或相似活性的肽或多肽序列。这样的片段可包含被视为适合特定用途的任何数量的核苷酸或氨基酸。一般说来，寡核苷酸或多核苷酸片段含有至少10、50、100或1000个核苷酸，而多肽片段含有来自全序列的至少4、10、20或50个连续的氨基酸。该术语包括片段的多核苷酸和多肽变异体(variants)。
术语″基因″或″多个基因″意指参与产生多肽，包括编码区之前和之后的区域(前导区和非转录尾区)和各编码区段(外显子)之间的间插序列(内含子)的完全DNA区段或部分DNA区段。该术语包括杂交至互补基因编码序列的任何DNA序列。
术语″差异地表达于过重动物中的基因″意指与瘦动物比较，从过重动物组织的mRNA表达量或从mRNA转译的基因产物的量的基因可检测地不同，无论是多于或少于瘦动物。
术语″同系物″意指(1)多核苷酸，包括来自相同或不同的动物品种的多核苷酸，具有与表1、2、3和5中鉴定的多核苷酸大于30％、50％、70％或90％的序列相似性，以及具有与全多核苷酸相同或基本相同的特性并执行相同或基本相同的功能，或具有在严格条件下特异性地杂交至表1、2、3和5中鉴定的多核苷酸的能力或(2)多肽，包括来自相同或不同的动物品种的多肽，具有与表1、2、3和5中鉴定的多核苷酸的表达鉴定的多肽大于30％、50％、70％或90％的序列相似性，以及具有与完全多肽相同或基本相同的特性并执行相同或基本相同的功能，或具有特异地结合至表1、2、3和5中鉴定的多核苷酸的表达鉴定的多肽的能力。两种多肽序列或两种多核苷酸序列的序列相似性采用熟练的专业技术人员已知的方法测定，如Karlin和Altschul算法(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87：2264-2268(1990))。这样的算法结合到Altschul等(J.MoI.Biol.215：403-410(1990))的NBLAST和XBLAST程序中。为了获得用于比较目的的序列空位排列比较(gapped alignments)，Gapped Blast可如Altschul等(Nucl.Acids Res.25：3389-3402(1997))所述使用。当使用BLAST和Gapped BLAST程序时，使用各程序(如，XBLAST和NBLAST)的缺省参数(default parameters)。见http://ww.ncbi.nlm.nih.gov。
术语″杂交复合物″意指当一个多核苷酸的嘌呤经氢键与互补多核苷酸的嘧啶结合，如5′-A-G-T-C-3′碱基对与3′-T-C-A-G-5′结合时，样品多核苷酸之间形成的复合物。互补性的程度和核苷酸类似物的使用影响杂交反应的效率和严格性。
术语″联合″意指药物、食物或其它物质(1)以组合物，特别是食物组合物的形式一起给予动物，或(2)以相同或不同的频率，使用相同或不同的给予途径，在相同的时间或周期性地分开给予动物。″周期性地″意指对特定物质以可接受的剂量方案给予该物质，″相同的时间″一般意指所述物质(食物或药物)在相同的时间给予或彼此在72小时内给予。″联合″尤其包括给予方案，其中物质如药物给予规定时期和本发明的组合物无限期地给予。
术语″瘦的″应用于动物时，意指采用卫生保健提供者和其它熟练的专业技术人员已知的技术和方法测定的体重不超重的任何动物。一般说来(但不限于)，如果(1)动物具有少于25的BMl或(2)动物的体重由卫生保健专业人员或有关的熟练专业技术人员确定超过其″理想″体重不足15％，(3)经DEXA测定动物的身体脂肪百分比少于27％，或(4)经熟练的专业技术人员使用″Small Animal Clinical Nutrition(小动物临床营养物)″，第四版，13章(ISBN 0-945837-05-4)中公开的方法或使用其它BCS方法的等同方法所测定的，动物具有肥度评分为3或以下，则认为动物是瘦的。
术语″调节动物脂肪组织的量″意指引起动物失去脂肪组织，引起动物获得脂肪组织，或引起动物维持动物脂肪组织的量，如果动物易于获得或失去脂肪组织的话。因此，调节动物的脂肪组织的量包括防止瘦动物变得体重过重和治疗过重动物以减少动物脂肪组织的量，以及治疗瘦动物以增加脂肪组织(在合适的情况下)，如当治疗被熟练的专业技术人员确定为体重不足的瘦动物时，则增加脂肪组织是合乎需要的。可使用常规方法评价动物脂肪组织的量，以及确定动物的瘦肌肉质量和/或骨矿物质含量，可与这样的评价具有关联性的信息。
术语″多核苷酸″或″寡核苷酸″意指核苷酸的聚合物。该术语包括DNA和RNA(包括cDNA和mRNA)分子，或者单链的或者双链的，并且如果是单链的，其互补序列或者是线性的，或者呈环状形式。该术语也包括片段、变异体、同系物和等位基因，如在合适时具有与原始序列相同或基本相同的特性和执行相同或基本相同的功能的序列。当比对或可具有至多30％序列错配时，所述序列可以是完全互补(无错配)的，优选地，对于多核苷酸，所述链含有50-10,000个核苷酸，更优选从150至3,500个核苷酸，优选地，对于寡核苷酸，所述链含有2-100个核苷酸，更优选6-30个核苷酸。多核苷酸或寡核苷酸的精确大小将取决于各种因素并取决于特殊应用和多核苷酸或寡核苷酸的用途。该术语包括合成的和从天然来源分离和纯化的核苷酸聚合物。术语″多核苷酸″包括″寡核苷酸″在内。
术语″多肽″、″肽″或″蛋白质″意指氨基酸的聚合物。该术语包括天然存在的和非-天然存在的(合成的)聚合物和其中人工化学模拟物取代一种或多种氨基酸的聚合物。该术语也包括片段、变异体和同系物，它们具有与原始序列相同或基本相同的特性并执行相同或基本相同的功能。该术语包括任意长度的聚合物，优选聚合物含有2-1000个氨基酸，更优选5-500个氨基酸。该术语包括合成的和从天然来源分离和纯化的氨基酸聚合物。
术语″探针″意指(1)寡核苷酸或多核苷酸，无论是RNA或者是DNA，不管是作为纯化的限制性内切酶消化而天然存在或合成产生的，其能够用与探针互补的序列复性或特异性地与带有与探针互补的序列的多核苷酸杂交，或(2)能够特异性地结合特殊蛋白质或蛋白质片段以基本排除其它蛋白质或蛋白质片段的肽或多肽。寡核苷酸或多核苷酸探针可以是或者单链的或者双链的。探针的精确长度将取决于许多因素，包括温度、来源和用途。例如，对于取决于目标序列的复杂性的诊断应用，寡核苷酸探针通常含有10-100，15-50，或15-25个核苷酸。在某些诊断应用中，多核苷酸探针含有100-1000，300-600个核苷酸，优选300个核苷酸。选择″基本上″与不同链的特定目标序列互补的本文所述的探针。这是指探针在一组预定条件下必须充分地互补，以与它们各自的目标序列特异性地杂交或用它们各自的目标序列复性。因此，探针序列不须反映目标的精确的互补序列。例如，非互补核苷酸片段可连接至探针的5′或3′末端，探针序列的剩余部分与目标序列互补。作为选择，非互补碱基或较长序列可散布在探针中，前提是探针序列与目标多核苷酸的序列具有充分的互补性，以特异性地复性到目标多核苷酸。肽或多肽探针可以是蛋白质或肽特异性结合的任何分子，包括DNA(对于DNA结合蛋白质)、抗体、细胞膜受体、肽、辅因子、凝集素、糖、多糖、细胞、细胞膜、细胞器和细胞器膜(organellar membranes)。
术语″样品″意指含有例如多核苷酸、多肽、抗体、代谢物等的任何动物组织或液体，包括细胞和含有DNA和RNA的其它组织。实例包括脂肪、血液、软骨、结缔组织、上皮、淋巴结、肌肉、神经、痰等。样品可以是固体或液体并可以是DNA、RNA、cDNA、体液如血液或尿、细胞、细胞制备物或可溶性部分或其介质等分试样、染色体、细胞器等。
术语″单一包装″意指试剂盒的成分与或和一种或多种容器物理地联系在一起并被认为是制备、分配、销售或使用的单位。容器包括，但不限于袋、盒、瓶、热塑塑料包装、装订组件(stapled)或粘贴组件(affixed components)，或其组合。单一包装可以是各食物组分物理地联合在一起的多个容器，以致它们被认为是制备、分配、销售或使用的单位。
术语″有用的变体(variations)″意指(1)对于多核苷酸，多核苷酸的补体；多核苷酸及其补体的同系物；多核苷酸、其补体，及其同系物的变异体；和多核苷酸、其补体、其同系物，及其变异体的片段和(2)对于多肽，多肽的同系物；多肽及其同系物的变异体；和多核苷酸、其同系物及其变异体的片段。
术语″虚拟包装(virtual package)″意指试剂盒的成分与一种或多种实际的或虚拟的试剂盒组件上的使用说明书结合，指示用户如何获得其它成分，如在含有一种成分的袋中并指示用户去网站的指南，接触已记录的信息，观察视感信息，或接触保健工作者或指导者以获得如何使用试剂盒的说明书。
术语″标准品″意指(1)含有来自瘦动物的组织(如果测试过重动物)或来自过重动物的组织(如果测试瘦动物)的对照样品，或者(2)含有来自瘦动物或过重试验动物的组织(其在相应的瘦动物或过重动物中未暴露于待检测的试验基片)的对照样品，以确定试验基片是否引起差异基因表达，如在关于其用途的文字中说明的。
术语″严格的条件″意指(1)杂交于42℃在含0.1％牛血清白蛋白、0.1％Ficoll(菲科尔)、0.1％聚乙烯吡咯烷酮、50mM磷酸钠缓冲液(pH6.5)、750mM NaCl、75mM柠檬酸钠的50％(vol/vol)甲酰胺中进行，(2)杂交于42℃在50％甲酰胺、5x SSC(0.75M NaCl、0.075M柠檬酸钠)、50mM磷酸钠(pH 6.8)、0.1％焦磷酸钠、5x Denhardt′s溶液、超声处理的蛙鱼精(salmon sperm)DNA(50μg/ml)、0.1％SDS和10％硫酸葡聚糖中进行；于42℃以0.2x SSC和0.1％SDS洗涤，或于50℃用0.015MNaCl、0.0015M柠檬酸钠、0.1％Na2SO4或类似的方法，采用类似的低离子强度和高温洗涤剂和类似的变性剂洗涤。
术语″物质″意指可有效用于诊断、预测或调节动物脂肪组织的量的元素、化合物，分子，或其混合物或任何其它材料，包括任何药物、化学实体，或生物学实体。
术语″siRNA″意指形成双链RNA的多核苷酸，当siRNA在与基因相同的细胞中表达时，其减少或抑制基因表达。该术语包括由互补链形成的双链RNA。杂交形成双链分子的siRNA互补部分典型地具有基本的或完全的同一性。典型地，siRNA含有至少15-50个核苷酸且双链siRNA含有15-50碱基对，优选地20-30个核苷酸和碱基对。
术语″特异性结合″意指两个分子之间的特异性的和精确的相互作用，这取决于它们的结构，特别是它们的分子侧基。例如，调节蛋白插入DNA分子的大沟，沿着两个单链核酸之间的主链进行氢键结合，或在蛋白的表位和激动剂、拮抗剂，或抗体之间结合。
术语″特异性地杂交″意指充分互补序列的两个单链多核苷酸之间的缀合使得此类杂交在本领域通常使用的预定条件下进行(有时称为″基本互补″)。例如，依据本发明的一个方面，该术语可以指多核苷酸探针与包含在单链DNA或RNA分子中的基本互补序列的杂交，指多核苷酸探针与非互补序列的单链多核苷酸杂交的基本排斥。
术语″变异体″意指(1)含有一种或多种核苷酸的任何取代、变化、修饰、替换、从多核苷酸序列缺失一种或多种核苷酸，或向该多核苷酸序列添加一种或多种核苷酸并与原始序列具有相同或基本相同的特性和执行相同或基本相同的功能的多核苷酸序列，以及(2)含有一种或多种氨基酸的任何取代、变化、修饰、替换、从多肽序列缺失一种或多种氨基酸，或向该多肽序列添加一种或多种氨基酸并与原始序列具有相同或基本相同的特性和执行相同或基本相同的功能的多肽序列。因此，该术语包括单一的核苷酸多态性(SNPs)和等位变异体并包括在多肽中的保守和非-保守氨基酸取代。该术语也包括在自然界不会出现的多核苷酸或多肽的化学衍化和在合适时用核苷酸或氨基酸取代核苷酸或氨基酸。
本发明不限于本文描述的具体方法、方案和试剂，因为它们可以变化。此外，本文所用的术语只用于描述具体实施方案的目的并不意欲限制本发明的范围。如在此和在所附权利要求书中所用的，单数形式″一″、″一个″和″该″包括复数形式，除非在文中其它地方另有明确规定，如提及″一个变异体″时包括多个变异体。此外，定义的术语包括在正确的语法文句中所用术语的变化，如术语″特异性地结合″包括″特异性结合″和该术语的其它形式。类似地，单词″包含″、″包括″和″含有″应解释为包含在内，而不是排除在外。
除非在其它地方另有限定，本文所用的所有科技术语和任何缩写具有本发明领域普通技术人员通常理解的相同意义。虽然在本发明的实践中可使用任何组合物、方法、制备的物品，或与本文描述的那些类似的或等价的其它方式或材料，优选的组合物、方法、制备的物品，或其它方式或材料在本文中描述。
本文引用或参考的所有专利、专利申请、出版物和其它参考文献在法律允许的程度下通过引用结合到本文中。这些参考文献的讨论仅仅意欲概括本文作出的论断。并不认可任何此类专利、专利申请、出版物或参考文献，或其任何部分，是本发明相关的现有技术并明确地保留对此类专利、专利申请、出版物和其它参考文献准确性和相关性进行挑战的权利。
基因蛋白表达的调节
在一个实施方案中，本发明包括一种或多种基因或基因片段(″基因″如本文所定义)，其与瘦动物的脂肪组织和/或淋巴细胞相比，差异地表达于过重动物的脂肪组织和/或淋巴细胞中。本发明基于这样的发现，即差异性表达的基因由过重动物的脂肪组织中的445种多核苷酸表示(与瘦动物的脂肪组织相比)和由取自过重动物淋巴细胞的1767种多核苷酸表示(与取自瘦动物的淋巴细胞相比)。本发明还基于参与脂肪酸代谢的7种主基因的鉴定，这些基因在体重过重和瘦动物之间差异地表达并列于表3中。这些主基因代表丙酮酸脱氢酶激酶家族、内毒碱棕榈酰转移酶家族和溶质载体家族27(脂肪酸转运蛋白)的成员和与长链脂肪酸的延长有关的基因、与丙酮酸脱氢酶(dehedrogenase)激酶家族和内毒碱棕榈酰转移酶家族有关的基因是最重要的并在某些情况下与限速酶速率有关。通过使用Affymetrix GeneChip
技术，比较取自诊断为过重动物的脂肪组织和淋巴细胞的基因表达与取自诊断为瘦动物的脂肪组织和淋巴细胞的基因表达，鉴定所述基因。多核苷酸示于表1、2和3中。这些表含有Affymetrix Probe Identification Number(Affymetrix探针标识号码)(此处为″APIN″)、p-值、q-值、倍数表达(肥胖的/瘦的)、所述探针的top BLAST注释、最高BLAST Hit的检索号(Accession Number of Highest BLAST Hit)、基因符号的信息，而最终的基因描述在最后一栏中给出。在某些情况下，假设的或实际的基因描述可使用熟练的专业技术人员已知的方法，从BLAST数据库获得。一般说来，假设的或实际的基因功能通过(1)鉴定各基因与瘦动物比较的具有表达于过重动物中的1.3倍或以上基因的APlN，(2)通过将APlN输入公众可获得的Affymetrix数据库确定每一个这样基因的核苷酸序列，该数据库将AIPN号码与序列联系起来，和(3)将核苷酸序列输入国立卫生研究所(National Institutes of Health)提供的BLAST数据库并由与数据库的同源序列配对所生成的序列测定假设的或实际的基因功能来测定。
多核苷酸和基因通过测定取自诊断为过重犬科动物的脂肪组织和淋巴细胞的基因表达与取自诊断为瘦犬科动物的脂肪组织和淋巴细胞的基因表达的差异来鉴定。基因表达的变化可通过熟练的专业技术人员已知的任何方法确定。一般说来，基因表达的变化通过测定转录(测定由基因产生的mRNA的量)或测量转译(测定由基因产生的蛋白质的量)来测定。由基因产生的RNA或蛋白质的量可使用熟练的专业技术人员已知的用于定量多核苷酸和蛋白质的任何方法测定。一般说来，RNA表达使用方法，包括但不限于聚合酶链反应(PCR)(包括，但不限于逆转录-PCR(RT-PCR)和定量实时(real-time)PCR(qPCR))、RNase保护、RNA印迹法和其它杂交方法测定。测量的RNA典型地为mRNA或逆转录mRNA或互补DNA(cDNA)的形式。蛋白质或多肽表达使用各种比色法、荧光和光谱检定法和包括但不限于蛋白质印迹法、ELISA、Multiple Reaction Monitoring (多重反应监测)、反相和抗体阵列在内的方法测定。在优选的方法中，基因表达的变化使用购自Affymetrix，Inc.的Affymetrix Canine-1和Caninc-2GeneChip
(犬科动物-1和犬科动物-2基因芯片)和指示使用此类芯片测定基因表达的使用说明书测定。
一般说来，与瘦动物比较的于过重动物中的差异基因表达通过测定至少一种基因的表达来确定，优选地，测定两种或更多种差异地表达基因的表达以提供基因表达谱或基因表达概况，更优选地，测定多种差异地表达基因的表达。
多核苷酸、基因、由多核苷酸和基因编码的蛋白质，以及补体、同系物、变异体，或基于序列的片段用于与动物脂肪组织的量有关的各种预测和诊断化验和用于筛选试验物质，以确定是否该物质可用于调节动物脂肪组织的量。其它的用途将从包括于本文中的本发明的描述而变得显而易见。
在另一个方面，本发明提供包含两种或更多种多核苷酸的组合，与瘦动物相比，所述多核苷酸差异地表达于过重动物中，或者两种或更多种多核苷酸的表达所产生的两种或更多种蛋白质，与瘦动物相比其差异地表达于过重动物中。在一个实施方案中，所述组合包含两种或更多种多核苷酸或由选自表1和2并优选选自表3的多核苷酸表达的蛋白质，优选地，所述组合包含多种多核苷酸或由表1和2和优选自表3鉴定的多核苷酸表达的蛋白质，一般来说，对于特殊的组和用途，10、20、50、100、200或更多种多核苷酸或蛋白质是合适的。当所述组合包含一或多个片段时，所述片段可以具有保留原始多核苷酸或蛋白质的特性和功能的任何大小，优选地保留原始多核苷酸或蛋白质的30％、60％或90％。多核苷酸和蛋白质可来自任何动物，优选犬科动物和猫科动物，最优选犬科动物。
在另一个方面，本发明提供包含两种或更多种寡核苷酸或多核苷酸探针的组合物，其适合于检测与瘦动物相比的差异地表达于过重动物中的基因表达。在一个实施方案中，所述探针包含选自表1和2和优选地选自表3的多核苷酸。在另一实施方案中，所述探针包含这样的多核苷酸的有用的变体。所述探针含有足够数目的核苷酸以特异性地(基本排他性地)与合适的互补多核苷酸杂交。在某些实施方案中，所述探针包含至少10、15、20、25或30种核苷酸。在一些实施方案中，所述探针含有更多种核苷酸并包含至少30、50、70、90或100种核苷酸，或更多。所述探针可包含本发明的全长功能基因，优选地，所述组合物包含适合于检测与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的基因的多种多核苷酸探针，一般为10、50、200、500、1000或2000，甚或更多种探针。多核苷酸探针使用熟练的专业技术人员已知的方法制得或获得，如由天然来源分离和纯化的核苷酸在体外合成，或酶促裂解本发明的基因。
在另一个方面，本发明提供适合于检测与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的多种基因的表达的装置。所述装置包含具有本发明的附接于基片已知位置的多种寡核苷酸或多核苷酸探针的基片。所述装置基本为本文描述的寡核苷酸或多核苷酸探针的固定化译本(immobilized version)。所述装置可用于快速和特异性地检测基因和多核苷酸及其表达模型和概况。典型地，此类探针与基片或类似的固体载体连接。并使含有一种或多种多核苷酸(如，基因、PCR产物、连接酶链反应(LCR)产物、已使用扩增技术合成的DNA序列，或其混合物)的样品与探针接触，以使样品多核苷酸可与探针杂交。无论是探针，样品多核苷酸，或者两者，通常用荧光或其它标记物如抗生物素蛋白链菌素标记，并使用熟练的专业技术人员已知的方法检测。如果样品多核苷酸被标记，可通过检测结合的荧光检测杂交。如果探针被标记，通常通过标记技术检测杂交。如果探针和样品多核苷酸两者均被标记，通常通过监测两个结合的标记物的接近性(proximity)产生的色移检测杂交。各种标记策略和标记物是熟练的专业技术人员已知的，特别是对于荧光标记物，优选地，所述探针固定于与本领域已知的那些基片比较而适合于形成阵列(已知有几个名称包括DNA微阵列、基因芯片、生物芯片、DNA芯片和基因阵列)的基片上。
在另一个方面，本发明提供包含适合于检测与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的基因表达的两种或更多种肽或多肽探针的组合物。在一个实施方案中，探针包含特异性结合于由一种或多种多核苷酸的表达所产生的蛋白质的肽或多肽，所述多核苷酸包含选自表1和2的序列。在另一方面，探针包含特异性结合于由一种或多种多核苷酸的表达产生的蛋白质的肽或多肽，所述多核苷酸包含选自表3的序列。在另一方面，探针包含特异性结合于此类多肽的一种或多种有用变体的表达所产生的蛋白质的肽或多肽。探针含有特异性结合于合适多肽的足够数量的氨基酸，优选地，探针包含至少4、10、20、40或80种氨基酸。在一些实施方案中，探针含有更多的氨基酸并包含至少100种或以上的氨基酸。探针可包含衍生自由本发明鉴定的全长功能基因表达的全长功能蛋白质，优选地，本发明提供适合于检测与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的基因的多种多肽探针，更优选10、50、100、500或1000种或以上的此类探针的集合。在一个实施方案中，探针为抗体，优选为单克隆抗体。
多肽探针可依据常规方法制得，如使用由本发明的多核苷酸和本领域已知的方法提供的核苷酸序列数据。这样的方法包括，但不限于从细胞中直接分离多肽，分离或合成的DNA或RNA编码多肽和使用DNA或RNA以产生重组产物，从各氨基酸化学合成多肽，以及通过化学裂解现有的多肽产生多肽片段。
在另一个方面，本发明提供适合于检测与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的多种基因的表达的装置。所述装置包含具有附接于基片已知位置上的本发明的多个肽或多肽探针的基片。装置基本为本文描述的肽或多肽探针的固定译本。装置可用于蛋白质及其-表达模型的快速和特异性检测。典型地，此类探针与基片连接而含有一种或多种蛋白质的样品暴露于探针，以使样品蛋白质可与探针杂交。在某些实施方案中，所述探针、样品蛋白质，或这两者，通常用熟练的专业技术人员已知的荧光或其它试剂标记和检测。一般说来，用于读出多核苷酸微阵列的相同方法和装置可应用于蛋白质阵列，优选地，所述探针固定于适合形成阵列的基片上。
测定样品中的蛋白质的量或浓度的方法是熟练的专业技术人员已知的。这样的方法包括放射免疫测定法、竞争性-结合测定法、蛋白质印迹分析和ELlSA测定法。使用抗体、多克隆和单克隆抗体的方法是合适的。这样的抗体对于蛋白质、蛋白质抗原决定部位或蛋白质片段可以是免疫学上特异性的。
本发明的某些实施方案使用抗体以检测和定量本发明的多核苷酸表达产生的蛋白质。虽然蛋白质可通过免疫沉淀反应、亲和力分离、蛋白质印迹分析、蛋白质阵列等检测，优选的方法是采用ELISA技术，其中抗体被固定于固体载体上，而目标序列蛋白质或肽暴露于固定化抗体。或者探针，或者目标序列，或者两者可使用已知的方法标记。
在某些实施方案中，与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的多种基因的表达模式或概况采用检测多核苷酸或多肽的探针阵列观察。在某些实施方案中，可利用寡核苷酸或多核苷酸探针的阵列。而另一个实施方案可利用特异性结合于本发明的差异地表达的基因产品的抗体或其它蛋白质的阵列。这样的阵列可以是商业上可获得的或者它们可使用熟练的专业技术人员已知的方法定制，如在固体载体上原位(in-situ)合成或者通过微印刷技术将预合成的探针附接于固体载体上。在各种实施方案中，多核苷酸或多肽探针的阵列被定制以特异性地检测由本发明的差异地表达基因产生的转录物或蛋白质。
在某些实施方案中，多核苷酸或多肽探针被定制以特异性地检测由表2中鉴定的两种或更多种多核苷酸或基因产生的转录物或蛋白质。这些探针被设计以检测与动物的脂质和葡萄糖代谢途径有关的基因。在另一个实施方案中，多核苷酸或多肽探针的转录被定制以特异性地检测由表3中鉴定的两种或更多种多核苷酸或基因产生的转录物或蛋白质。这些探针被设计以检测特别是与瘦动物比较而与过重动物相关的基因。
在进一步的方面，本发明提供检测样品中与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因的差异表达的方法。方法包括(a)使包含与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的多种多核苷酸探针的组合与样品中的多核苷酸杂交，形成一种或多种杂交复合物；(b)任选地，使包含与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的多种多核苷酸探针的组合与标准品中的多核苷酸杂交，形成一种或多种杂交复合物；(c)检测来自样品的杂交复合物并任选地检测得自步骤(b)的标准品；和(d)比较来自样品的杂交复合物与来自标准品中的杂交复合物，其中标准品和样品之间杂交复合物的量之差指示样品中与瘦动物相比，差异地表达于过重动物中基因的差异表达。在各种实施方案中，多种多核苷酸探针选自表1和2并优选选自表3。这些多核苷酸被用于制备与样品多核苷酸杂交以形成杂交复合物的探针，检测所述杂交复合物检测并与标准品的杂交复合物比较。在一些实施方案中，样品多核苷酸在杂交前被扩增。在一些实施方案中，探针结合于基片，优选固定在阵列中。
步骤(b)和部分步骤(c)是任选的并可使用，如果相对同时地进行两种或更多种测试系统的比较的话。然而，在优选的实施方案中，用于比较的标准品基于先前使用所述方法获得的数据。
这些探针暴露于样品以形成杂交复合物，其被检测并与标准品的杂交复合物比较。得自样品和标准品的杂交复合物之间的差表示样品中多核苷酸的差异表达，因而表示与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的基因的差异表达。在优选的实施方案，制备探针以特异性地检测由本发明鉴定的一种或多种基因或基因片段产生的多核苷酸或其片段。检测杂交复合物的方法是熟练的专业技术人员已知的。
在一个实施方案中，所述方法还包括在杂交前使动物或样品暴露于试验基片。然后，比较为是否试验基片改变样品中与瘦动物相比，差异地表达于过重动物中的基因表达的指征，特别是与肥胖有关的基因。
在另一个方面，本发明提供检测与瘦动物相比差异地表达于过重动物样品中的基因的差异表达的方法。方法包括(a)使包含多种多肽探针的组合与样品中的蛋白质在允许探针和所述蛋白质之间发生特异性结合的条件下反应，其中的被探针结合的蛋白质与瘦动物相比差异地表达于过重动物中；(b)任选地，使包含多种多肽探针的组合与标准品中的蛋白质在允许探针和所述蛋白质之间发生特异性结合的条件下反应，其中的被探针结合的蛋白质与瘦动物相比差异地表达于过重动物中；(c)检测样品中的特异性结合并任选地检测得自步骤(b)的标准品的特异性结合；和(d)比较样品中的特异性结合与标准品中的特异性结合，其中标准品中的特异性结合与样品中的特异性结合之间的差表示与瘦动物相比差异地表达于过重动物样品中的基因的差异表达。
在各种实施方案中，所述多种多肽探针为特异性结合于由选自表1和2并优选选自表3的一种或多种多核苷酸和此类多核苷酸的有用变体的表达产生的蛋白质的探针。这些多核苷酸被用于制备特异性结合于蛋白质的探针，所述蛋白质被检测并与标准品的蛋白质比较。在一些实施方案中，所述探针结合于基片，优选地结合于阵列中。在一个实施方案中，所述探针为抗体。
步骤(b)和部分步骤(c)是任选的并可使用，如果相对同时地进行两种或更多种测试系统的比较的话。然而，在优选的实施方案中，用于比较的标准品基于先前使用所述方法获得的数据。
这些探针暴露于样品以形成特异性结合，其被检测并与标准品的特异性结合比较。得自样品和标准品的特异性结合之间的差表示蛋白质的差异表达，因而表示样品中与瘦动物相比，差异地表达于过重动物中的基因(特别是样品中的肥胖相关基因)的差异表达。在优选的实施方案中，制备探针以特异性地检测由本发明鉴定的一种或多种基因或基因片段产生的蛋白质或其片段。
在一个实施方案中，所述方法还包括在多肽与蛋白质反应前，使动物或样品暴露于试验基片。然后，比较为是否试验基片改变与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的基因表达的指征，特别是样品中与肥胖有关的基因。
在另一个方面，当试图调节响应于脂肪组织调节方案的动物脂肪组织的量时，检测样品中与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的基因表达的方法被用于监测动物的进展。该方法在调节方案期间的间隔时进行，优选通过比较在调节方案期间两个或更多个点时该方法的结果监测的调节方案和动物′的进展期间设定的间隔时进行。与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因的表达，特别是肥胖相关基因，或基因表达谱中的变化，或由比较导致的任何变化的缺乏表明调节方案的有效性。例如，被设计以减少动物脂肪组织的量的脂肪组织调节方案可以被监测并且表明是有效的，如果与瘦动物相比差异地表达于过重动物中基因，特别是肥胖相关基因的基因表达的量响应于所述方案的刺激而随时间的推移下降的话。类似地，增加瘦动物或过瘦动物的脂肪组织的方案应增加此类基因的表达概况。调节方案可以是调节动物脂肪组织的量的任何计划，如食谱、锻炼、药物，或其它类似的方案。
在进一步的方面，本发明提供用于测定试验基片对与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因的表达概况的作用的方法和用于筛选试验基片以确定是否其很可能有用于调节动物脂肪组织的量的方法。方法包括(a)通过在试验系统中，在试验基片的不存在下，测定选自表1和2和优选选自表3的两种或更多种多核苷酸或其有用的变体的转录或转译产物，来测定第一表达概况；(b)通过在试验系统中，在试验基片的存在下，测定选自表1和2和优选选自表3的两种或更多种多核苷酸或其有用的变体的转录或转译产物，来测定第二表达概况；和(c)比较第一表达概况与第二表达概况。
第二表达概况与第一表达概况比较的1.3倍或以上的变化表明与瘦动物相比，试验基片影响在过重动物中差异地表达的基因表达并表明试验基片很可能有益于调节动物脂肪组织的量。在优选的实施方案中，与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的基因为与脂肪酸代谢有关的主基因和变化是第一表达概况与第二表达概况之间的至少两个基因的表达的1.3倍或以上变化。本发明也提供使用所述方法鉴定的物质。
在一个实施方案中，所述多核苷酸选自表3或其有用的变体且所述变化为1.3倍或更高。
在一个实施方案中，试验系统是体外试验系统如组织培养物、细胞提取物，或细胞系。在另一方面，试验系统是体内试验系统，即动物如犬科动物。在其它实施方案中，试验系统是离体组织系统或硅上系统(in silico system)。
试验物质可以是可具有对与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的多核苷酸或基因(特别是肥胖相关基因)的作用的任何物质。试验物质包括，但不限于氨基酸；蛋白质、肽、多肽、核酸、寡核苷酸、多核苷酸、小分子、大分子、维生素、矿物质。单糖；复糖；多糖；碳水化合物；中-链甘油三酯(MCTs)；三酰基甘油酯(TAGs)；n-3(ω-3)脂肪酸包括DHA、EPA、ALA；n-6(ω-6)脂肪酸包括LA、γ-亚麻酸(GLA)和ARA；SA、MA、共轭亚油酸(CLA)；胆碱来源如卵磷脂；脂肪-可溶性维生素包括维生素A及其前体如类胡萝卜素(如，β-胡萝卜素)、维生素D来源如维生素D2(麦角钙化甾醇)和维生素D3(胆钙化甾醇)、维生素E来源如生育酚(如，α-生育酚)和生育三烯酚类和维生素K来源如维生素K1(叶绿醌)和维生素K2(甲萘醌)；水-可溶性维生素包括B维生素如核黄素、烟酸(包括烟酰胺和尼克酸)、吡哆醇、泛酸、叶酸、生物素和钴维生素；和维生素C(抗坏血酸)；抗氧化剂，包括上文列出的一些维生素，特别是维生素E和C；也包括生物黄酮类如儿茶素、五羟黄酮和茶黄素；醌类如泛醌；类胡萝卜素如番茄红素和番茄黄素；白藜芦醇；和α-硫辛酸；L-内毒碱；D-苎烯；葡糖胺；S-腺苷甲硫氨酸；和壳聚糖。在优选的实施方案中，试验物质为可加入到食物或作为补充剂消费的营养素。实例包括，但不限于脂肪酸如ω-3脂肪酸(如，DHA和EPA)和ω-6脂肪酸(如，ARA)、内毒碱、甲硫氨酸、维生素C、维生素E和维生素D。
在优选的实施方案中，影响与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的基因表达，特别是肥胖相关基因表达的有用物质可使用在同时待审的US临时专利申请号60/657980(2005年3月2日提交)和任何随后的要求其优先权的US或外国专利申请中公开的方法鉴定。
在进一步的实施方案中，本发明包括用于配制预测动物有可能变得过重的预示剂或开发诊断动物发胖的诊断剂的方法。方法包括确定选自表1和2的一种或多种多核苷酸或其有用的变体或由选自表1，2的一种或多种多核苷酸或其有用变体的表达产生的特异性结合于蛋白质的一种或多种多肽是否差异地表达于所述动物中(与一种或多种瘦动物比较)。如果这种比较表明多核苷酸差异地表达于所述动物(与瘦动物比较达1.3倍或以上)时，则确定动物有可能变得过重或确定动物过重。
在各种实施方案中，预测或诊断均基于选自表3的多核苷酸，或此类多肽的有用的变体。
用于比较的瘦动物的表达概况可从与待测动物的表达概况同时发生的一种或多种瘦动物或从瘦动物表达概况的数据库获得，优选地，可获得随时间推移积累的瘦动物表达概况的数据库以用作参考。
确定多核苷酸或多肽是否差异地表达可通过使用熟练的专业技术人员已知的方法(其中一些方法已在本文中描述)检测多核苷酸或多肽完成。
在另一个方面，本发明提供用于处理动物的基因组或基因组的表达的方法，特别是非-人动物。方法包括干扰与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因的表达，优选地使用利用选自表1和2和优选选自表3的多核苷酸或其有用的变体构建的寡核苷酸或多核苷酸。
处理基因组的方法是本领域技术人员已知的。这样的方法包括转基因和敲除动物的生产和转录或转译的破坏。在一个实施方案中，使用选自表1和2的一种或多种多核苷酸或其有用的变体，以制备用于干扰或″敲除″动物的相应的内源性基因的构件。这种方法生产具有对基因座位的无效突变的动物。在其它实施方案中，所述动物显示与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因表达的减少或完全消除，特别是肥胖相关基因。本发明也提供使用该方法产生的动物。在各种实施方案中，基因组使用选自表3的一种或多种多核苷酸，或此类序列的有用的变体处理。转基因动物优选地为哺乳动物，如啮齿动物如小鼠和大鼠，但可以是其它哺乳动物如猫科动物和犬科动物。
处理基因组的表达的方法是本领域技术人员已知的。这样的方法包括使用反义或siRNA分子和使用此类分子以干扰基因组的转译或转录。在一个实施方案中，选自表1和2和优选选自表3的一种或多种多核苷酸或其有用的变体被用于制备反义和类似的DNA结合分子，所述分子用于干扰转录或制备用于功能性破坏转译的短(小)干扰RNAs(siRNA)。简言之，基因表达受到经通过结合于DNA并预防转录的反义分子和通过RNA干扰(RNAi)或后-转录基因沉默(PTGS)的siRNA的抑制。siRNA分子通过在siRNA分子跨度的区域内裂解mRNA分子靶向用于破坏的同源mRNA分子。因此，能够靶向和裂解由肥胖相关基因转录的mRNA的siRNAs被用于减少或消除一种或多种此类基因的表达。在其它实施方案中，能够结合于DNA的反义分子和能够靶向和裂解mRNA的siRNAs由选自表1和2和优选选自表3的一种或多种多核苷酸或基因或其有用的变体转录。
在另一个方面，本发明提供适合于处理动物基因组的组合物。组合物包含一种或多种干扰与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因(特别是肥胖相关基因)的表达的物质，优选地，所述物质包含结合于一种或多种基因或它们的转录产物并干扰它们的复制、转录或转译的寡核苷酸或多核苷酸，最优选地使用选自表1和2和优选选自表3的多核苷酸或其有用的变体构建的寡核苷酸或多核苷酸。在各种实施方案中，所述物质包含反义分子或siRNAs。
在另一个实施方案中，本发明包括用于调节与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因(特别是肥胖相关基因)表达的方法，或调节动物脂肪组织的量的方法，该方法包含给予所述动物基因表达或组织调节量的组合物，所述组合物包含DHA、EPA、EPA和DHA、ALA、LA、ARA、SA和MA中的一种或多种。在优选的实施方案中，组合物包含以毫克/每千克体重每日(mg/kg/天)的量计的1-30，优选3-15mg/kg/天的量的DHA；1-30，优选3-15mg/kg/天的量的EPA；4/2-30/45，优选9/6-18/12mg/kg/天的量的EPA/DHA二元组合物(Combo)(1.5∶1比例)；10-100，优选30-60mg/kg/天的量的ALA；30-600，优选60-300mg/kg/天的量的LA；5-50，优选15-30mg/kg/天的量的ARA；3-60，优选6-30mg/kg/天的量的SA；3-60，优选6-30mg/kg/天的量的MA；和6-120，优选地12-60mg/kg/天的量的CLA(作为对照)。所述组合物可以适合于组合物的任何方式或形式给予动物，优选地，组合物以食物组合物或补充剂的形式经口服给予动物。食物组合物可以为用于动物，特别是伴侣动物如猫科动物和犬科动物的任何形式，如本领域已知的营养平衡食物组合物如干食物、半湿润食物和湿食物。补充剂包括诸如片剂、胶囊剂和类似形式的剂型。在进一步的方面，组合物与调节动物脂肪组织的量的一种或多种药物或其它物质联合给予。药物或物质包括，但不限于抑制食欲、增加代谢，或干扰特别是来自食物的特殊营养素的吸收的物质。实例包括，但不限于奥利司他(阻断脂肪分解和吸收)、减食欲药如右旋苯丙胺硫酸盐(Dexedrine)(抑制食欲)、减食欲剂如芬氟拉明和苯丁胺(phentermine)，和西布曲明及苯丙醇胺。
在另一个方面，本发明提供适合于调节与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因，特别是肥胖相关基因的表达，或调节动物脂肪组织的量的组合物。组合物包含基因表达或组织调节的量的DHA、EPA、EPA和DHA、ALA、LA、ARA、SA、MA中的一种或多种。在各种实施方案中，组合物包含以mg/kg/天计的足以给予动物的1-30mg/kg/天的量的DHA；足以给予动物的1-30mg/kg/天的量的EPA；足以给予动物的4/2-30/45mg/kg/天的量的EPA/DHA二元组合物(Combo)(1.5∶1比例)；足以给予动物的10-100mg/kg/天的量的ALA；足以给予动物的30-600mg/kg/天的量的LA；足以给予动物的5-50mg/kg/天的量的ARA；足以给予动物的3-60mg/kg/天的量的SA；足以给予动物的3-60mg/kg/天的量的MA和足以给予动物的6-120mg/kg/天的量的CLA(作为对照)。这样的物质用于调节动物脂肪组织的量。优选地，所述物质影响多种此类基因的表达。在一个实施方案中，组合物还包含一种或多种药物或调节动物脂肪组织的量的其它物质。
在另一个实施方案中，本发明包括选择包含在一或多个组或亚组中的动物的方法。方法包括测定动物(a)选自表1和2和优选选自表3的多核苷酸或其有用的变体或(b)其各自特异性结合于由选自表1和2和优选选自表3的一种或多种多核苷酸或其有用变体的表达所产生蛋白质的多肽的表达概况并基于表达概况将动物指定为某个组。所述组可以是任何有用的组，优选参与研究实验、试验、临床试验，或其它类似种类的组。例如，所述组可以是参与研究实验或临床试验的组，所述研究实验或临床试验需要一或多个对照组和一或多个治疗组。在一个实施方案中，对照组包含瘦动物和治疗组包含过重动物，或在另外的组中反之亦然。可测定多种动物的表达概况并基于概况的结果将这些动物指派到对照组或治疗组，即与标准品比较具有差异表达1.3倍或以上的动物被指定为过重组，而与标准品比较差异表达为1.3倍或以下的动物被指定为瘦动物组。当测试潜在药物或其它物质减少动物脂肪组织的量的能力时，该方法对分派动物至临床试验是特别有用的。
在另一个方面，本发明提供适合于处理与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因(特别是肥胖相关基因)相关数据的计算机系统。系统包含含有在瘦动物和/或过重动物中鉴定选自表1和2和优选选自表3的一种或多种多核苷酸或其有用的变体和/或特异性结合于由选自表1和2和优选选自表3的一种或多种多核苷酸或其有用变体表达所产生蛋白质的多肽表达水平的信息的数据库和与数据库相互作用的用户界面，特别是输入、处理和检查不同动物或动物分类，如瘦动物或过重动物的信息。在一个实施方案中，数据库还包含鉴定由选自表1和2和优选选自表3的一种或多种多核苷酸或其有用的变体编码的一种或多种多肽的活性水平的信息。在另一方面，数据库还包含选自表1和2和优选选自表3的一种或多种多核苷酸或其有用的变体的序列信息。在其它实施方案中，数据库含有描述一种或多种动物品种中的基因的假设描述的额外信息。计算机系统为能包含和处理数据并与用户相互作用的任何电子装置，如被设计成易于使用本发明并输出动物状况有关的结果的典型的计算机或分析仪器。
在另一个方面，本发明提供使用计算机系统或本发明以呈现鉴定与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因，特别是肥胖相关基因的表达概况的信息的方法。方法包括比较由选自表1和2和优选选自表3的多核苷酸表达的两种或更多种多核苷酸或蛋白质的表达水平，形成在计算机系统中的多核苷酸或蛋白质的表达概况。
在进一步的方面，本发明提供适合于在试验系统中测定与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因，特别是肥胖相关基因的差异表达的试剂盒。所述试剂盒包含单一包装中的分开的容器或在虚拟包装中的分开的容器(以方便使用)和试剂盒组分，两种或更多种适合于检测与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的基因表达的探针，所述探针包含(a)选自表1和2和优选选自表3的多核苷酸或其有用的变体或(b)特异性结合于选自表1和2和优选选自表3的一种或多种多核苷酸或其有用的变体表达所产生的蛋白质的多肽和以下方面的至少之一：(1)如何使用本发明的探针的使用说明书；(2)使用探针所必需的试剂和设备；(3)适合于调节与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因表达的组合物；(4)适合于干扰与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因表达的组合物；(5)适合于调节动物脂肪组织的量的食物组合物；和(6)一种或多种药物或其它调节动物脂肪组织的量的物质。在优选的实施方案中，探针固定于基片上，优选固定在阵列中。
本发明的组合物
本发明包括犬科动物食物组合物，其包含基于干物质组成计的26wt.％-35wt.％的粗蛋白质、基于干物质组成计的7.5wt.％-8.5wt.％的粗脂肪、基于干物质组成计的20wt.％-30wt.％的总食物纤维和基于干物质组成计的10wt.％-20wt.％的粗纤维。
本发明也包括猫科动物食物组合物，其包括基于干物质组成计的30wt.％-37wt.％的粗蛋白质、基于干物质组成计的7.5wt.％-9wt.％的粗脂肪、基于干物质组成计的30wt.％-35wt.％的总食物纤维和基于干物质组成计的20wt.％-25wt.％的粗纤维。
在某些实施方案中，本发明的组合物可包含基于干物质组成计的至少0.02％(或0.05％-10％，或0.1％-6％)重量的ω-3多不饱和脂肪酸含量。在一些实施方案中，ω-3多不饱和脂肪酸为DHA。在其它实施方案中，ω-3多不饱和脂肪酸为EPA。在另外的其它实施方案中，ω-3多不饱和脂肪酸包含DHA和EPA的混合物。
在其它实施方案中，包括ω-3多不饱和脂肪酸的组合物是食物。虽然提供液体和固体食物两者，但固体食物是特别有利的。食物包括干食物和湿食物两者。某些食物的非-多不饱和脂肪酸成分和有用的比例包括在下表列出的那些。
犬科动物食物组合物
猫科动物食物组合物
在一个实施方案中，本发明的犬科动物食物组合物包含有效促进动物生活质量的量的各组分。这样的组合物通常包含：
(a)基于干物质组成计的26wt.％-35wt.％的粗蛋白质，
(b)基于干物质组成计的7.5wt.％-8.5wt.％的粗脂肪，
(c)基于干物质组成计的20wt.％-30wt.％的总食物纤维，和
(d)基于干物质组成计的10wt.％-20wt.％的粗纤维。
在另一个实施方案中，本发明包括猫科动物食物组合物，其通常包含：
(a)基于干物质组成计的30wt.％-37wt.％的粗蛋白质，
(b)基于干物质组成计的7.5wt.％-9wt.％的粗脂肪，
(c)基于干物质组成计的30wt.％-35wt.％的总食物纤维，和
(d)基于干物质组成计的20wt.％-25wt.％的粗纤维。
在另一个实施方案中，组合物通常包含：
(a)至少一种以下组分：
(i)至少0.05％(或0.05％-0.30％，或0.1％-0.30％，或0.1％-0.2％)的DHA，和
(ii)至少0.1％(或0.1％-0.5％，或0.2％-0.5％，或0.2％-0.3％)的EPA，
(b)至少15％(或15％-55％，或30％-55％，或33％-36％)的蛋白质，
(c)至少9％(或9％-35％，或18％-35％，或18％-24％)的脂肪，和
(d)至少一种以下组分：
(i)至少250IU/kg(或250IU/kg-1500IU/kg，或500IU/kg-1500IU/kg，或500IU/kg-1100IU/kg)的维生素E，
(xii)至少50ppm(或50ppm-300ppm，或100ppm-300ppm，或100ppm-200ppm)的维生素C，
(xiii)至少1100ppm(或1100ppm-3500ppm，或2300ppm-3500ppm，或2300ppm-2350ppm)的牛磺酸，和
(xiv)至少200ppm(或200-750ppm，或400ppm-750ppm，或400-525ppm)的内毒碱，和
(xv)至少0.05％(或0.05％-0.6％，或0.1％-0.6％，或0.1％-0.4％)胱氨酸。
在另一个实施方案中，组合物通常包含：
(a)0.02％(或0.05％-10％，或0.1％-6％)的至少一种ω-3多不饱和脂肪酸，和
(b)至少一种以下组分：
(xvi)10％-55％(或18％-30％，或33％-55％或18％-20％或33％-36％)蛋白质，
(xvii)7％-35％(或18％-35％，或7％-24％，或14％-24％，或14％-16％或18％-24％)的脂肪。
(xviii)至少.05(或0.05ppm-7500ppm，或250-3600，或250ppm-1650ppm，或5ppm-225ppm，或0.05ppm-2.4ppm)抗氧剂，和
(xix)至少1000ppm(或1000ppm-5000ppm，3300ppm-5000ppm，或2000ppm-3000ppm，或3000ppm-4000ppm)胆碱。
在另一个实施方案中，组合物通常包含：
(a)至少一种以下组分：
(i)至少0.02％(或0.02％-0.3％，或0.05％-0.3％，或0.05％-0.2％)DHA，和(ii)至少0.1％(或0.1％-0.5％，或0.2％-0.5％，或0.2％-0.3％)的EPA，
(b)至少9％(或9％-30％，或18％-30％，或18％-20％)蛋白质，
(c)至少7％(或7％-24％，或14％-24％，或14％-16％)的脂肪，
(d)至少一种以下组分：
(i)至少250IU/kg(或250IU/kg-1500IU/kg，或500IU/kg-1500IU/kg，或500IU/kg-1000IU/kg)的维生素E，
(xx)至少50ppm(或50ppm-500ppm，或100ppm-500ppm，或100ppm-301ppm)的维生素C，
(xxi)至少600ppm(或600ppm-2400ppm，或1260ppm-2400ppm，或1260ppm-1545ppm)牛磺酸，和
(xxii)至少50ppm(或50ppm-200ppm，或100-160，或100-155)的硫辛酸，和
(xxiii)至少50ppm(或50ppm-500ppm，或200ppm-500ppm，或200ppm-350ppm)的内毒碱，
(e)至少1000ppm(或1000ppm-3200ppm，或2000ppm-3200ppm，或2000ppm-2500ppm)胆碱，
(f)至少50ppm(或50ppm-150ppm，或100ppm-150ppm，或100ppm-110ppm)锰，和
(g)至少0.4％(或0.4％-2％，或0.9％-2％，或0.9％-1.2％)赖氨酸，和
(h)至少0.4％-1.5％的甲硫氨酸.
在另一个实施方案中，组合物通常包含：
(a)至少一种以下组分：
(i)至少0.02％(或0.02％-0.3％，或0.05％-0.3％，或0.05％-0.2％)的DHA，和
(ii)至少0.1％(或0.1％-0.5％，或0.2％-0.5％，或0.2％-0.3％)的EPA，
(b)至少9％(或9％-30％，或18％-30％，或18％-20％)蛋白质，
(c)至少7％(或7％-24％，或14％-24％，或14％-16％)脂肪，
(d)至少一种以下组分：
(i)至少250IU/kg(或250IU/kg-1500IU/kg，或500lU/kg-1500IU/kg，或500IU/kg-1000IU/kg)的维生素E，
(xxiv)至少50ppm(或50ppm-500ppm，或100ppm-500ppm，或100ppm-301ppm)的维生素C，
(xxv)至少600ppm(或600ppm-2400ppm，或1260ppm-2400ppm，或1260ppm-1575ppm)牛磺酸，和
(xxvi)至少50ppm(或50ppm-200ppm，或100-160，或100-155)硫辛酸，和
(xxvii)至少50ppm(或50ppm-500ppm，或200ppm-500ppm，或200ppm-350ppm)内毒碱，
(e)至少1000ppm(或1000ppm-3200ppm，或2000ppm-3200ppm，或2000ppm-2500ppm)胆碱，
(f)至少50ppm(或50ppm-150ppm，或100ppm-150ppm，或100ppm-110ppm)锰，和
(g)至少0.4％(或0.4％-2％，或0.9％-2％，或0.9％-1.2％)赖氨酸，和
(h)至少0.4％-1.5％的甲硫氨酸。
在另一个实施方案中，组合物通常包含：
(a)至少一种以下组分：
(i)至少0.05％(或0.05％-0.30％，或0.1％-0.30％，或0.1％-0.2％)DHA，和
(ii)至少0.1％(或0.1％-0.5％，或0.2％-0.5％，或0.2％-0.3％)的EPA，
(b)至少15％(或15％-55％，或30％-55％，或33％-36％)蛋白质，
(c)至少9％(或9％-35％，或18％-35％，或18％-24％)脂肪，
(d)至少一种以下组分：
(i)至少250IU/kg(或250IU/kg-1500IU/kg，或500IU/kg-1500IU/kg，或500IU/kg-1100IU/kg)的维生素E，
(xxviii)至少50ppm(或50ppm-300ppm，或100ppm-300ppm，或100ppm-200ppm)的维生素C，
(xxix)至少1100ppm(或1100PPm-3500PPm，或2300ppm-3500ppm，或2300ppm-2350ppm)牛磺酸，和
(xxx)至少200ppm(或200-750ppm，或400ppm-750ppm，或400-525ppm)内毒碱，和
(xxxi)至少0.05％(或0.05％-0.6％，或0.1％-0.6％，或0.1％-0.4％)胱氨酸，
(e)至少1600ppm(或1600ppm-5000ppm，或3300ppm-5000ppm，或3300ppm-3400ppm)胆碱，
(f)至少50ppm(或50ppm-150ppm，或100ppm-150ppm，或100ppm-110ppm)锰，和
(g)至少0.7％(或0.7％-3％，或1.4％-3％，或1.4％-1.7％)赖氨酸，和
(h)至少0.4％-1.5％的甲硫氨酸。
治疗或预防疾病和紊乱的方法
本发明包括用于治疗或预防疾病和病症的方法，其包括在动物体外和体内给予有效调节与肥胖有关的蛋白质的表达和/或活性的本发明组合物。本发明人已经令人吃惊地发现本发明的组合物在动物中有效调节与肥胖有关的蛋白质。不受理论的限制，相信在动物中调节与肥胖有关的蛋白质表达和/或活性有用于治疗或预防与异常血液葡萄糖水平、体重增加，或脂肪贮存水平有关的紊乱。本发明还包括有用于调节过重和/或肥胖动物的蛋白质活性的组合物和制剂。本发明也包括调节蛋白质或基因活性的方法，其包括给予受试者，优选地给予需要所述治疗或预防的陪伴哺乳动物治疗或预防有效量的组合物，以调节受试者的与肥胖有关的蛋白质或基因的活性。在示例性实施方案中，调节lyn激酶活性的药物是本发明的化合物。
在一个实施方案中，将本发明的组合物给予哺乳动物，优选地患有以下疾病的陪伴动物：心血管疾病、异常脂血症、异常脂蛋白血症、葡萄糖代谢紊乱、代谢综合征(即，X综合征)、PPAR-相关紊乱、败血症、血栓形成障碍、II型糖尿病、肥胖症、胰腺炎、高血压、肾病或炎症。
在一个实施方案中，″治疗″或″处理″指疾病或紊乱，或其至少一种可鉴别的症状的改善，优选与肥胖相关的症状的改善。在另一个实施方案中，″治疗″或″处理″指至少一种可测量的(不必是动物可辨别的)物理的参数的改善。在还一个实施方案中，″治疗″或″处理″指抑制疾病或紊乱的进展，或者是物理上的，如可辨别的症状的稳定，或者是生理上的，如物理参数的稳定，或两者兼而有之。在又一个实施方案中，″治疗″或″测量″指延迟疾病或紊乱的发作。
在某些实施方案中，将本发明的组合物作为对抗此类疾病的预防措施给予患者，优选陪伴动物。如本文所用的，″防止″或″预防″指减少获得给定疾病或紊乱的风险。在实施方案的优选模式中，将本发明的组合物作为预防措施给予患者，优选给予对以下疾病具有遗传倾向性的陪伴动物：心血管疾病、异常脂血症、异常脂蛋白血症、葡萄糖代谢紊乱、代谢综合征(即，综合征X)、PPAR-相关紊乱、败血症、血栓形成障碍、II型糖尿病、肥胖症、胰腺炎、高血压、肾病或炎症。
在实施方案的其它示例性模式中，将本发明的组合物作为预防措施给予具有易患以下疾病的倾向的陪伴动物：心血管疾病、异常脂血症、异常脂蛋白血症、葡萄糖代谢紊乱、代谢综合征(即，综合征X)、PPAR-相关紊乱、败血症、血栓形成障碍、II型糖尿病、肥胖症、胰腺炎、高血压、肾病或炎症。因此，本发明的组合物可用于预防一种疾病或紊乱并同时治疗另一种疾病(如，预防肥胖症同时治疗糖尿病；预防炎症同时治疗心血管疾病)。
治疗或预防心血管疾病
本发明提供用于治疗或预防心血管疾病的方法，其包括给予陪伴动物治疗有效量的本发明的组合物和药学上可接受的媒介物。在一些实施方案中，心血管疾病与异常/改变的蛋白质表达有关。如本文所用的，术语″心血管疾病″指心和循环系统疾病。这些疾病通常与异常脂蛋白血症和/或异常脂血症有关。本发明的组合物可用于预防或治疗的心血管疾病包括，但不限于动脉硬化症；动脉粥样硬化；中风；局部缺血；内皮功能障碍，特别是影响血管弹性的那些功能障碍；周围性血管疾病；冠心病；心肌梗塞；脑梗塞和再狭窄。
治疗或预防异常脂血症
本发明提供用于治疗或预防异常脂血症的方法，其包括给予陪伴动物治疗有效量的本发明的组合物和药学上可接受的媒介物。在一些实施方案中，异常脂血症与异常/改变的lyn激酶活性和/或表达有关。如本文所用的，术语″异常脂血症″指导致或表现为异常的循环脂质水平的病症。在血液中的脂质水平太高时，将本发明的组合物给予陪伴动物以恢复正常水平。脂质的正常水平在本领域技术人员已知的医学条文中有报告。例如，推荐的血液LDL、HDL、游离甘油三酯水平和与脂质代谢有关的其它参数可在美国卫生协会(American Heart Association)的网站和国家心、肺、血液研究所的国立胆固醇教育方案(National Cholesterol Education Program of the National Heart，Lung and Blood Institute)的网站中发现。目前，血液中的HDL胆固醇的推荐水平为约35mg/dL；血液中的LDL胆固醇的推荐水平在130mg/dL以下；血液中的LDL∶HDL胆固醇推荐的比例低于5∶1，理想地为3.5∶1；和血液中的游离甘油三酯的推荐水平低于200mg/dL。
本发明的组合物可用于预防或治疗的异常脂血症包括但不限于高脂血症和高密度脂蛋白(HDL)胆固醇的低血液水平。在某些实施方案中，由本发明的化合物预防或治疗的高脂血症为家族性高胆固醇血症；家族性混合高脂血症；脂蛋白脂酶水平或活性减少或缺乏，包括脂蛋白脂酶突变导致的减少或缺乏；高甘油三酯血症；高胆固醇血症；酮体(如，β-OH丁酸)的高血液水平；Lp(a)胆固醇的高血液水平；低密度脂蛋白(LDL)胆固醇的高血液水平；极低密度脂蛋白(VLDL)胆固醇的高血液水平和非酯化脂肪酸的高血液水平。
本发明还提供用于改变患者的脂质代谢的方法，例如，减少陪伴动物血液中的LDL，减少患者血液中的游离甘油三酯，增加患者血液中的HDL∶LDL比例，和抑制皂化的和/或非皂化的脂肪酸合成，所述方法包括给予所述患者包含有效改变脂质代谢的量的本发明化合物的组合物。
治疗或预防异常脂蛋白血症
本发明提供用于治疗或预防异常脂蛋白血症的方法，其包括给予陪伴动物治疗有效量的本发明的组合物和药学上可接受的媒介物。如本文所用的，术语″异常脂蛋白血症″指导致或表现为异常的循环脂蛋白水平的病症。在血液中的脂蛋白水平达到太高的程度时，将本发明的组合物给予患者以恢复正常水平。相反，在血液中的脂质水平达到太低的程度时，将本发明的组合物给予患者以恢复正常水平。脂蛋白的正常水平在本领域技术人员已知的医学条文中有报告。
本发明的组合物用于预防或治疗的异常脂蛋白血症包括，但不限于LDL的高血液水平；脱脂载脂蛋白B(apo B)的高血液水平；Lp(a)的高血液水平；apo(a)的高血液水平；VLDL的高血液水平；HDL的低血液水平；脂蛋白脂酶水平或活性的减少或缺乏，包括由脂蛋白脂酶突变导致的减少或缺乏；低α脂蛋白血症；与糖尿病相关的脂蛋白异常；与II型糖尿病、肥胖相关的脂蛋白异常；与阿尔茨海默氏病相关的脂蛋白异常；和家族性混合异常脂血症。
治疗或预防葡萄糖代谢紊乱。
本发明提供用于治疗或预防葡萄糖代谢紊乱的方法，其包括给予陪伴动物治疗有效量的本发明的组合物和药学上可接受的媒介物。如本文所用的，术语″葡萄糖代谢紊乱″指导致或表现为异常葡萄糖贮存和/或利用的病症。在葡萄糖代谢(即，血液胰岛素、血液葡萄糖)的指标太高时，将本发明的组合物给予患者以恢复正常水平。相反，在葡萄糖代谢的指标太低时，将本发明的组合物给予患者以恢复正常水平。葡萄糖代谢的正常指标在本领域技术人员已知的医学条文中有报告。在一些实施方案中，葡萄糖代谢紊乱与异常/改变的lyn激酶活性和/或表达有关。
本发明的组合物用于预防或治疗的葡萄糖代谢紊乱包括但不限于葡萄糖耐量减弱；胰岛素抵抗；胰岛素抵抗相关的乳腺癌、结肠癌或前列腺癌；糖尿病，包括但不限于非-胰岛素依赖型糖尿病(NIDDM)、胰岛素依赖型糖尿病(IDDM)、妊娠糖尿病(GDM)，和青年人发病的成年型糖尿病(MODY)；胰腺炎；高血压；多囊卵巢病；和高水平的血液胰岛素和/或葡萄糖。
本发明还提供改变患者的葡萄糖代谢，例如增加陪伴动物对胰岛素敏感性和/或氧耗的方法，所述方法包括给予陪伴动物包含有效改变葡萄糖代谢的量的本发明化合物的组合物。
治疗或预防代谢综合征
如本文所用的，″治疗或预防X综合征或代谢综合征″包括治疗或预防与代谢综合征有关的症状，包括，但不限于葡萄糖耐量减弱、高血压和异常脂血症和/或异常蛋白血症。在一些实施方案中，代谢综合征与异常/改变的lyn激酶活性和/或表达有关。
代谢综合征以人中的一组代谢风险因素为特征。与代谢综合征有关的风险因素可通过给予包含本发明化合物的组合物得到治疗或预防，包括，但不限于向心型肥胖(即，过多的脂肪组织在腹部和腹部周围)；导致动脉粥样化的异常脂血症(血脂紊乱-主要是高甘油三酯和低HDL胆固醇-其促进粥样斑在动脉壁中聚集)；升高的血压(130/85mmHg或更高)；胰岛素抵抗或葡萄糖耐量(身体不能正确地利用胰岛素或血糖)；前血栓形成状态(prothrombotic state)(如，高血纤蛋白原或纤维蛋白溶酶原活化因子抑制剂[-1]在血液中)；和前炎症状态(proinflammatory state)(如，升高的高度敏感性C-反应性蛋白质在血液中)。
这种综合征的根部原因为体重过重/肥胖症、缺乏体格锻炼和遗传因素，患有代谢综合征的陪伴动物处于发生冠心病、与粥样斑在动脉壁中聚集有关的其它疾病(如，中风和周围性血管疾病)和2型糖尿病的增加的风险中。
代谢综合征与称作胰岛素抵抗的全身性代谢紊乱密切相关，其中身体不能有效地利用胰岛素。这是为什么代谢综合征也称为胰岛素抵抗综合征的原因。
某些陪伴动物在遗传学上易产生胰岛素抵抗。后天因素，如过度身体肥胖和缺乏体格锻炼可在这些人群中引起胰岛素抵抗和代谢综合征。大多数患有胰岛素抵抗的陪伴动物具有向心型肥胖。胰岛素抵抗和代谢风险因素之间的分子水平的生物学机理不能充分地理解，因而似乎是复杂的。
因此，本发明的组合物用于治疗或预防代谢综合征和病症以及与代谢综合征有关的风险因素.
治疗或预防II型糖尿病
如本文所用的，″II型糖尿病的治疗或预防″包括治疗或预防与II型糖尿病有关的并发症包括，但不限于，视网膜病(即，失明)；导致足溃疡、坏疽和截肢的神经病(即，神经损伤)；肾脏损伤，其导致透析；和心血管疾病。在一些实施方案中，II型糖尿病与异常/改变的lyn激酶活性和/或表达有关。
II型糖尿病与肥胖和衰老相关。该病是生活方式-依赖型疾病，并具有强烈的遗传成分(在双胞胎中的一致性(concordance in twins)达80-90％)。问题似乎是胰岛素产生不足，但当胰岛素到达其目标细胞时，它却不能正常地工作。大多数II型糖尿病患者最初具有高胰岛素水平并伴有高血糖。然而，由于糖传递信号给胰腺以释放胰岛素，II型糖尿病最终变得对该信号产生抵抗，因而内分泌-胰腺不久就不能产生足够的胰岛素。这些陪伴动物终止用胰岛素处理该疾病，由于它们对胰岛素抵抗，它们需要更高得多的剂量。
当陪伴动物摄入高载量的糖时，糖刺激胰腺以释放胰岛素。胰岛素的目标是肌肉、脂肪和肝细胞。这些细胞在细胞膜外侧具有胰岛素受体部位，对于大多数陪伴动物，当胰岛素与受体结合时，一连串事件发生，其导致糖从血液被转运进入细胞内。在II型糖尿病中，即使当胰岛素存在于细胞膜时，该过程也不起作用。葡萄糖不被吸收到细胞内而保留在血流中。
肝对葡萄糖产生负责，而胰岛素为产生的调节剂。高血糖含量引起胰腺释放胰岛素，而胰岛素应传递信号至肝以停止制造糖，但是在糖尿病中，对这种信号产生抵抗，而肝保持产生葡萄糖。高血糖症导致葡萄糖毒性。
糖尿病的疾病过程不是高血糖，而是高血糖引起的并发症。医师面临主要问题是某些具有高血糖的人群感觉良好；治疗无症状的疾病是困难的，因为大多数人群不愿服药，由于他们并没有感到不适的事件。因此，包含本发明化合物的组合物用于治疗或预防II型糖尿病或由II型糖尿病和病症和与代谢综合征有关的风险因素引起的并发症。糖尿病的并发症包括，但不限于糖尿病性神经病、糖尿病性视网膜病、勃起功能障碍和肾病，并且本发明的化合物用于治疗或预防这些并发症。
肥胖症的治疗或预防
如本文所用的，″肥胖症的治疗或预防″包括治疗或预防与肥胖相关的并发症。肥胖症的并发症包括，但不限于高胆固醇血症、高血压、异常脂血症(例如高总胆固醇或高水平的甘油三酯)、2型糖尿病、冠心病、中风、胆囊疾病、骨关节炎、睡眠呼吸暂停和呼吸道问题，以及某些癌症(子宫内膜癌、乳腺癌和结肠癌)。在一些实施方案中，肥胖症与异常/改变的lyn激酶活性和/或表达相关。
治疗或预防其它疾病
本发明提供用于治疗或预防败血症、血栓形成病症、胰腺炎、高血压、炎症和阳痿的方法，其包括给予患者治疗有效量的包含本发明化合物和药学上可接受的媒介物的组合物。在一些实施方案中，这些病症与异常/改变的lyn激酶活性和/或表达相关。
如本文所用的，″败血症的治疗或预防″包括治疗或预防败血症性休克。
如本文所用的，″血栓形成病症的治疗或预防″包括治疗或预防高血液水平的血纤蛋白原和促进纤维蛋白溶解。
除了治疗或预防肥胖症外，本发明的组合物可给予个体以促进个体的体重减轻。
本发明的试剂盒
当试剂盒包含虚拟包装时，试剂盒限于在虚拟环境中与一种或多种物理的试剂盒组分组合的使用说明书。在一个实施方案中，试剂盒含有探针和/或其它物理组分，而使用探针和其它组分的使用说明书可通过互联网获得。试剂盒可含有增列项目如用于混合样品探针和试剂的装置和使用试剂盒的装置，如试验试管或混合器皿。
在另一个方面，本发明提供用于以下一种或多种用途的沟通信息或指示的工具：(1)使用本发明的多核苷酸以检测样品中与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的基因表达，(2)使用本发明的多核苷酸用于测定试验基片对与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因表达的影响，(3)使用本发明的多核苷酸筛选试验基片，以确定其是否有可能用于调节动物脂肪组织的量，(4)使用本发明的多核苷酸以配制预示剂，预测动物是否可能变得过重或开发诊断剂以诊断动物的肥胖，(5)使用本发明的多核苷酸以处理非人动物的基因组或动物基因组的表达，(6)使用本发明的多核苷酸以调节与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的一种或多种基因的表达，特别是肥胖相关基因的表达，或调节动物脂肪组织的量，(7)使用本发明的多核苷酸以选择包含在一组或多组中的动物，(8)使用本发明的多核苷酸以使用计算机系统处理与瘦动物相比差异地表达于过重动物中的基因有关的数据，特别是肥胖相关基因的数据，(9)将本发明的物质单独或与本发明的其它元素给予动物，(10)使用本发明的物质以调节动物脂肪组织的量，(11)使用本发明的计算机系统，(12)使用本发明的试剂盒，和(13)本发明与一种或多种药物或调节动物脂肪组织的量的其它物质联合使用的方法和组合物的使用说明书。所述工具包括文件、数字存储介质、光存储介质、包含信息或指示的声频显示器(audio presentation)或视频显示器。在某些实施方案，通信工具由含有此类信息或指示的网站、视频显示器、信息站(kiosk)、小册子、产品标签、包装插页、广告、免费分发的印刷品、布告、录音磁带、录像磁带、DVD、CD-ROM、计算机可读芯片、计算机可读卡片、计算机可读磁盘、计算机存储器或其组合显示。有用的信息包括一种或多种of(1)促进动物的健康和福利的方法和(2)动物的保健护理者(caregivers)与用户的接触信息，如果他们具有本发明的问题及其用途。有用的指示包括使用探针的技术、进行基因表达测定的指示，和该物质的给予量和频率。通信方式对于指出使用本发明的益处是有用的。
本文公开了典型的示例性本发明实施方案，并且尽管使用了特定术语，它们仅仅用于上位概念和描述性意义，且无限制的目的，因为本发明的许多修饰和变化根据本文包含的讲述应是可能的。本发明可通过以下实施例被进一步地说明，尽管应该理解，包括的这些实施例仅仅是用于举例说明的目的并不打算限制本发明的范围，除非另外特别说明。
实施例
材料和方法
从组织分离核糖核酸(RNA)
将已经收集、在液氮中冷冻并解冻的组织样品匀化并使用TRlzol
RNA提取方法进行加工，以产生优质RNA，然后将其经历进一步的基因组分析。
材料：冰、液氮、冷冻的犬科动物或猫科动物组织，TRlzol溶胞试剂、氯仿最少量99％、异丙醇、70％乙醇(用无水乙醇，绝对的和去离子的，RNase-游离水制备)、RNase Zap
去离子水、得自Ambion的RNA贮存溶液
设备：Ultra-Turrax T25Power Homogenizcr(匀化器)、Bcckman Coulter Allegra 25R Centrifuge(离心机)、Eppendorf Centrifuge(离心机)、钳子(forceps)、解剖刀、硬质切削表面，即纤维切板(cutting board)、1.5mL无DNase和RNase/无菌微量离心管、50mL无DNase和RNase/无菌一次性聚丙烯管、P1000、P200、P20、P10和P2Rainin Pipetman pipettes(移液管)、用于P1000、P200、P20、P10和P2移液管的过滤器移液管尖头(filter pipette tips)、DNase和RNase游离/无菌，和无棉擦布。
制备：制备装有4mL TRIzol
(选择用于RNA分离的每种组织各一管)的50mL聚丙烯管。
组织匀浆化：用3-4勺液氮填充能够容纳液氮的容器。将一片冷冻组织立即放入上述容器中(所述组织应为豌豆大小)并将该组织放入适当标记的50mL聚丙烯管中(管内已含有4mL TRIzol
)。立即使用Ultra-Turrax T25Power Homogenizer(匀化器)开始匀化。在最高设置上(6)匀化10-15秒钟。在冰上冷却样品另外10-15秒，然后重复该过程。继续至组织完全匀化且溶液为混浊的。完全匀化后，盖住50mL试管并返回到冰上。将匀化的组织于室温下温育5分钟，然后进行分离程序。
RNA分离：填充按照由TRIzol
试剂供应的Invitrogen使用说明书给出的程序进行。在四个1.5mL微量离心试管中，将匀化样品分成四份1mL等分试样。向每份ImL等分试样加入200uL氯仿。盖住试管，涡流15秒，然后上下震摇。结果应为粉红色乳状液体。将该试管于室温下温育2-3分钟。将该试管以14,000rpm和4℃下离心15分钟。将液相(上层)转移至无菌1.5mL微量离心试管。应被转移至新试管的液相的通常体积为500uL。须确保不转移任何中间成或低相。通过加入500uL异丙醇至含有水层的每一微量离心试管，使RNA从溶液中沉淀。上下震摇试管至少20秒钟。将样品于室温下温育10分钟。于4℃，将样品以14,000rpm离心10分钟。通过抽吸液体小心地除去上清液，以确保不损失沉淀颗粒。加入1mL 70％乙醇以洗涤沉淀颗粒。通过轻弹试管(或在工作台面上轻叩试管)移出沉淀颗粒并震摇至混合。于4℃，以8,200rpm离心5分钟。通过抽吸液体小心地除去上清液，以确保不损失沉淀颗粒。使用无棉擦布小心地吸收过量的乙醇，以确保沉淀颗粒干燥。将各沉淀颗粒再悬浮于30uL RNA贮存溶液中。通过移液操作温和地混合直至RNA返回溶液状态，然后于-80℃贮存。可能需要以低速涡流样品几秒钟以促使RNA再悬浮。如果这种操作是必要的，在冷冻前使用微量离心机倒转自旋样品。
RNA净化：按照RNeasy
Mini Handbook(RNeasy
小册子)给出的程序进行。
使用RNeasy Mini Kit(微量试剂盒)，从在OptiCell Chambers(优化细胞培养室)培养的细胞中分离RNA。
使用从哺乳动物细胞系培养的细胞以分离高品质的RNA，然后将其用于进一步的下游染色体组分析。所有与细胞培养有关的工作在严格的无菌条件下进行。
试剂：10XPBS、去离子化H2O、绝对乙醇、RNA储备液、β-巯基乙醇、RNase ZapBuffer RLT(缓冲液RLT)，和Buffer Rwl(缓冲液RWl)和Buffer RPE(缓冲液RPE)(以RNeasy Mini Kit(微量试剂盒)提供)
设备/材料：RNeasy Mini Kit(微量试剂盒)，QIAshredder自旋柱、OptiCell刀、20mL无菌注射器、OptiCell tips(尖端)、Cell scraper(细胞刮刀)、P1000Pipetman移液管，Rainin、P200Pipetman移液管，Rainin、100-100uL过滤移液管尖、1-200uL过滤移液管尖、无菌转移移液管、55mL无菌溶液水槽、1.5mL无菌微量离心试管和Eppcndorf Microcentrifuge(微量离心器)。
溶液：Buffer RLT在RNeasy Mini Kit(微量试剂盒)中提供的贮备液)；-加入100uL的β-巯基乙醇/每10mL Buffer RLT(缓冲液RLT)，然后开始该方案。70％乙醇：通过加入35mL绝对乙醇至15mL去离子的无RNase的水中，制备50mL 70％的乙醇。IX PBS：无RNase的水。使用22um滤器过滤该溶液。
程序：从OptiCell Chamber(每次处理一个OptiCell)除去细胞。在显微镜下检查细胞以确保细胞是活的，然后分离RNA。除去和弃去细胞培养基。使用OptiCell刀切开上层膜以暴露较下层膜上的细胞。用IX PBS洗涤附着有细胞的膜3次。将600uL Buffer RLT(缓冲液RLT)溶液(含β-巯基乙醇)移液至附着有细胞的膜的中央。使用细胞刮刀，轻轻地将Buffer RLT(缓冲液RLT)分布至膜的整个外表面，然后在一个角落收集液体。移出全部体积的Buffer RLT(缓冲液RLT)并置于QIAshrcdder自旋柱中。
RNA分离：将QIAshredder自旋柱以14,000rpm离心2分钟。弃去自旋柱，但保留收集试管及其内容物。加入600uL 70％乙醇至收集试管并通过移液操作充分混合(现在总体积＝1.2mL)。将600uL细胞溶胞产物转移至RNeasy微型柱中并以14,000rpm离心15秒。弃去流过的液体，但保留收集试管和自旋柱。将剩余体积的细胞溶胞产物(～600uL)转移至自旋柱并重复离心。弃去流过的液体，但保留收集试管和自旋柱。加入700uL Buffer RWl(缓冲液RWl)至自旋柱。以14,000rpm离心15秒以洗涤柱。弃去流过的液体和收集试管。将自旋柱转移至新的2mL收集试管中并加入500uL Buffer RPE(缓冲液RPE)至柱中。以14,000rpm离心15秒。弃去流过的液体，但保留收集试管/柱。加入额外500uL Buffer RPE(缓冲液RPE)至柱中。以14,000rpm离心2分钟。将自旋柱转移至1.5mL收集试管中。将30uL RNA贮存溶液直接加入到硅胶膜上并以14,000rpm离心1分钟以洗脱RNA。于-70℃贮存最终的RNA。
RNA 6000Nano Assay(纳米测定法)
使用Agilent 2100 Bioanalyzer(生物分析仪)和RNA 6000Nano Assay(纳米测定)，分析从培养的哺乳动物细胞、淋巴细胞或组织分离的RNA用于足性。
试剂：RNA 6000Nano(纳米)凝胶基质，RNA 6000Nano(纳米)染料浓缩物，RNA 6000Nano Marker(纳米标记物)，(所有以上试剂均包含在RNA 6000Nano Assay kit(纳米测定试剂盒)中，Agilent)，RNA6000ladder (梯度液)，RNase Zap，和无RNase水，得自Ambion。
设备/其它材料：Agilent Chip Priming Station，Agilent，RNA 6000芯片、Agilent，电极洗涤器(cleaners)，P2、P10、P200和P1000Rainin Pipetman移液管，无菌，无DNase/RNase过滤移液管尖，1.5mL微量离心试管，无菌，涡流，IKA涡流混合器，微量离心机，和加热块。
程序：程序在试剂盒指南(Reagent Kit Guide)中给出，RNA 6000Nano Assay(纳米测定法)，2003年11月版本，由Agilent Technologies出版。程序按照指南给出的指示进行，伴有以下修饰：制备Gel，pg.17-不是分离过滤的凝胶至各65uL的等分试样，而是将贮液过滤凝胶保存在原始微量离心试管中并在需要时等分为65uL。载荷RNA 6000Nano Marker(纳米标记物)，pg.22-加入1uL无RNase-水(替代RNA6000Nano Marker(纳米标记物))至各样品孔中，所述孔将不含有样品。这样不仅将保存一定量的所用标记物(Marker)，而且还可用作阴性对照以务必使所有的试剂不被污染，包括无RNase-水。装载梯度液(Ladder)和样品，pg.23-于71℃加热变性样品和RNA 6000Ladder(梯度液)另外30秒钟(总共2.5分钟)。开始Chip Run(芯片运行)，pg.26-从测定菜单选择″真核生物总RNA Nano″选项。
Affymetrix Genechip(基因芯片)表达分析。
基因表达使用Affymetrix Canine 1(犬科动物1)和Canine 2(犬科动物2)GeneChip
阵列分析，所述阵列可经商业购自Affymetrix，Inc.，Santa Clara，CA 95051。总RNA被逆转录至cDNA。cDNA被用于生成cRNA，其被打断成片段并用作GeneChip杂交的探针。洗涤基因芯片并用Affymetrix激光扫描器测定杂交信号。然后对杂交数据进行验证和归一化以用于进一步的分析。
材料：Affymetrix提供大多数试剂和试剂盒。列于Affymetrix手册中但不在试剂盒中提供的其它试剂可另外获得(详细情况参见基因芯片表达分析技术手册(GeneChip Expression Analysis Technical Manual)(701021Rev.4))，RNase Zap
和去离子水。
设备：Eppcndorf微量离心机，1.5mL无DNase和RNase/无菌微量离心试管，50mL无DNase和RNase/无菌一次性聚丙烯试管，P1000，P200、P20、P10和P2Rainin Pipetman移液管，用于P1000，P200，P20，P10和P2移液管的滤器移液管尖，无DNase和RNase/无菌，和Peltier Thermal Cycler PTC-200(Peltie热循环控制装置PTC-200)。
程序：完全按照在基因芯片表达分析技术手册(GeneChip Expression Analysis Technical Manual)(Affymetrix版权1999-2003)中描述的所有程序。使用5微克总RNA进行第一链cDNA分析。使用或者Peltier Thermal Cycler PTC-200(Peltie热循环控制装置PTC-200)或者加热块对反应和探针变性进行温度控制。质量控制使用带有BioAnalycr 2100(生物分析仪2100)的RNA NanoDrop芯片进行。使用用于犬科动物基因芯片的100Format(格式板)(Midi Array)。
实施例1
测定取自体重过重和瘦动物的脂肪组织样品之间的差异基因表达
脂肪组织样品得自18只(3只瘦的和15只肥胖的)或淋巴细胞得自44只(12只瘦的和32只肥胖的)使用常规方法诊断为″肥胖的″或者″瘦的″犬科动物。″肥胖″或″瘦″的动物使用常规方法，基于DEXA的测量法或基于5分肥度(body condition)评分系统测定。例如，如果动物具有肥度评分2或2.5和/或DEXA总身体脂肪百分率27％或以下，则认为该动物是瘦的。如果动物具有肥度评分4或更高和总身体脂肪百分率30％或更高，则认为该动物是过重的。所有的固体组织样品在从动物取出后立即在液氮中速冻(snap frozen)。淋巴细胞使用BDVacutainer
CPTTM Cell Preparation Tube(细胞制备试管)，依据制造商的指示分离并同样进行速冻直至需要时。样品均使用Affymetrix犬科动物-2GeneChips*，依据制备商的建议进行分析，以确定那种基因与瘦动物相比差异地表达于过重动物中。
数据使用Partck
GS(Partek Inc.，St.Charles，MO)的基因表达数据软件(Gene Expression Data software)(Partek Incorporated，12747Olive Blvd.，Suite 205，St.Louis，Missouri 63141，U.S.A.http://www.partek.com/partekgs geneexpression)分析。稳健多片均数(Robust Multichip Average)(RMA)算法(Rafael.A.Irizarry，Benjamin M.Bolstad，Francois Collin，Leslie M.Cope，Bridget Hobbs和Terence P.Speed(2003)，Affymetrix GeneChip(基因芯片)探针水平数据概况，nucleic Acids Research(核酸研究)31(4)：e15)被用于本底调节、归一化，和GeneChip
样品的探针-水平概括。进行ANOVA分析，发现任何两组之间在各个方向上具有最小FDR对照0.1(或0.1或0.05的p-值，如果幂(power)不足以应用FDR)和1.3倍改变的显著差异地表达的基因。发明人的实验研究已经揭示，犬科动物-2GeneChips*具有相关的背景噪音水平1.3倍。因此，在这一报告中提出的所有的分析采用+/-1.3倍截止值(cut-off)。然而，选择虚假的发现率阈值0.1(意指10％的观察值归因于偶然性)作为可接受的统计学显著性的最低水平，用于包括每组最少12只动物的研究。具有较少数量动物的研究不具有足够的幂供FDR的正确的应用。结果提供于下表中。
表1与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物脂肪组织中的基因
表1与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物脂肪组织中的基因
表1与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物脂肪组织中的基因
表1与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物脂肪组织中的基因
表1与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物脂肪组织中的基因
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表1与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物脂肪组织中的基因
表1与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物脂肪组织中的基因
表1与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物脂肪组织中的基因
表1与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物脂肪组织中的基因
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表1与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物脂肪组织中的基因
表1与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物脂肪组织中的基因
表1与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物脂肪组织中的基因
表2：与瘦动物相比，在肥胖动物淋巴细胞中差异地表达的基因(allgenelist)FC截止值：1.3；P-值截止值为上调的
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
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表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
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表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
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表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
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表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
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表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表2：与瘦动物比较，差异地表达于肥胖动物淋巴细胞中的基因
表3：与瘦动物比较，与肥胖动物脂肪酸代谢相关的关键基因
表3：与瘦动物比较，与肥胖动物脂肪酸代谢相关的关键基因
实施例2
测定各种物质或组分对犬细胞系基因表达的影响
采用Affymetrix犬GeneChips
Canine-1和Canine-2(Canine-2替代Canine-1)测定以下各种受试物质或组分对在4种犬细胞系和适当对照物中表达的基因的影响：例如MCTs、TAGs、ALA、EPA、DHA、亚油酸(LA)、花生四烯酸(ARA)、硬脂酸(SA)、豆蔻酸(MA)、共轭亚油酸(CLA)、GLA、花生四烯酸、卵磷脂、维生素A、维生素D、维生素E、维生素K、核黄素、烟酸、吡哆醇、泛酸、叶酸、生物素、维生素C、儿茶素、槲皮素、茶黄素、泛醌、番茄红素番茄黄素、白藜芦醇、α-硫辛酸、L-肉碱、D-柠檬油精、葡糖胺、S-腺苷甲硫氨酸、壳聚糖、包含一种或多种这些化合物的各种材料及其各种组合。每一种组分如同对表6中显示的所选择样品组分阐明的那样以两种浓度进行实验。采用以两种浓度中较高者存在的溶剂作为对照组。采用4种犬细胞系中：CCL34(肾)、CRL1430(胸腺)、CCL183(骨)(得自美国组织培养物保藏中心(American Tissue Culture Collection))和CTAC(甲状腺)(参见由犬科动物外周淋巴细胞纯化的效应器细胞的NK活性的测量(Measurement of NK Activity in Effector Cells Purified from Canine Peripheral Lymphocytes)，兽医免疫学和免疫病理学(Veterinary Immunology and Immunopathology)，35(1993)239-251)。以特定浓度的组分进行处理的细胞系被称为“处理组”，而未处理的样品称为“对照组”。词语“基因”和“探针”在该方法中得到同义使用。对于处理细胞系和对照组采用Affymetrix芯片提供的指南测量基因表达。
自这些实验所得到的数据样本显示在表5中。表5显示了探针id、p-值、倍数变化、top BLAST hit(顶级BLAST标的)的注释、top BLASThit(顶级BLAST标的)索取号、基因符号并且最终在最后一栏给出了基因描述。
基于犬科动物的生理状况(诊断为胖的)和来自表1、2、3和5的信息比较，即注意与瘦犬相比较，在超重的犬科动物受到受试物质或组分影响并且还有差异地表达的基因，用于选择和制备用于超重犬科动物的食物组合物的营养配方将确信包含一种或多种以以下量存在的以下组分(以毫克/千克体重/每天(mg/kg/天)存在的体内量基于自体外采用的量外推)，例如：DHA-自1-30；EPA-自1-30；EPA/DHA Combo(1.5∶1比例)-自4/2-30/45；ALA-自10-100；LA-自30-600；ARA-自5-50；SA-自3-60和MA-自3-60。基于这些数据，可制备包含一种或多种这些组分的食物组合物及相关饮食并用于调节与瘦动物相比较，在超重动物有差异地表达的基因。这样的调节将引起动物脂肪组织量的调节，并且因此在一个实施方案中促进转变为合乎需要或正常(更瘦)的状况和促使得到更加健康和良好感觉的动物。
表4：用犬细胞系测试的组分
表5：在所列出组分存在下自犬科动物细胞系的表达结果概况
表5：在所列出组分存在下自犬科动物细胞系的表达结果概况
表5：在所列出组分存在下自犬科动物细胞系的表达结果概况
表5：在所列出组分存在下自犬科动物细胞系的表达结果概况
表6：差异地表达于喂饲高蛋白饮食或者含有所加入鱼油的相同饮食的肥胖动物淋巴细胞中的基因
包含较高量长链脂肪酸的饮食促进重量减轻并可用于再次规划动物的基因表达，以便反映变瘦和有效地维持精瘦的倾向。
自以上所讨论的体外组分筛选得到的数据表明，在长链脂肪酸中含量高的一些组分(参见表5)可具有影响与脂肪代谢有关的基因表达的潜力，这样的影响是以促进动物整体变瘦的方式进行的。这通过分析自脂肪组织和自以上讨论的组分试验得到的数据，采用常规计算机运算分析来确定。用于这方面的运算代码是本领域技术人员熟悉的并可得到发展而无需过度的实验。这样代码的一个实例在以下得到提供：
[00262]SELECT A.PROBE，TO_CHAR(AVG(DECODE(A.EXPTDAY，′D0′，
GENE_NORM_INT，null))/AVG(DECODE(A.EXPTDAY，′D 14′，
GENE_NORM_INT，null))，′99999.99999′)FATLEAN_FC，
STATS_T_TEST_INDEPU(A.EXPTDAY，GENE_NORM_INT)P_VALUE，
B.TOP_HIT_DEF，
[00263]COUNT(DISTINCT C.INGREDIENT)，COUNT(DISTINCT
D.INGREDIENT)
[00264]FROM GERIATRICS_RNRM2A，TOP_PROBE_ANNOT_2_3B，
FILT_INDIV_CELLS_2C，FILT_ACROSS_4_CELLS_2D WHERE
A.PROBE＝B.PROBE AND A.PROBE＝C.PROBE(+)AND A.PROBE＝D.PROBE
(+)AND UPPER(A.PROBE)NOT LIKE′AFFX％′GROUP BY A.PROBE，
B.TOP_HIT_DEF HAVING STATS_T_TEST_INDEPU(A.EXPTDAY，
GENE_NORM_INT)＜＝.01 AND AVG(DECODE(A.EXPTDAY，′D0′，
GENE_NORM_INT，null))/AVG(DECODE(A.EXPTDAY，′D14′，
GENE_NORM_INT，null))＞＝5AND SUM(DECODE(PAMCALL，′P′，1，0))＝
40ORDER BY PROBE
为证实在以上表5中概述的结果，即一些生物活性的食物组分例如如存在于鱼油中的EPA/DHA(1.5∶1)通过作用于与脂肪酸代谢有关的关键基因(如在表3中所示)在造成狗体重减轻方面比其他生物活性的食物组分更加有效，包括未加入长链脂肪酸的(膳食A)或被加入亚麻酸(基于100％干物质组成计的约1％，膳食B)，或EPA/DHA(1.5∶1，约0.30％∶0.20％)(膳食C)的三种高蛋白膳食被开发用于比较已知引起狗体重减轻的高纤维膳食。在该项研究中，在试验开始之前，45只在临床上超重的狗全部首先喂养营养完全控制的膳食30天。在初始30天之后，狗被随机分为4组。4组中的3组接受其中一种受试膳食并且一组被作为对照组而给予高纤维膳食持续一设定的时间段，例如4个月。结果表明3种试验的食物(膳食A、B和C)比高纤维食物具有明显更高的可消化性。结果也表明消耗包含EPA/DHA的食物的约38％的狗在90天时达到其体重减轻的目标。有趣的是，消耗EPA/DHA食物的狗也保持瘦肌肉质量和骨矿物质含量。结果也表明，至少在临床水平上，包含EPA/DHA的膳食在影响体重减轻方面与高纤维饮食一样有效。
实施例5
可能的体重减轻保持实验
基于以上讨论的体重减轻实验结果，假定喂饲包含EPA/DHA膳食的动物将不仅仅体重减轻，而且将比喂饲其它受试膳食和对照的高纤维膳食的动物保持体重减轻更长的时间期。
为了确定膳食A、B和C及高纤维饮食对保持体重减轻的作用，人们可实施例如以下类型的实验：
可给超重动物喂饲4种不同膳食(如在实施例中描述)直到它们达到最佳“瘦”水平。然后可将它们随机化分为几个亚组，继续给它们喂饲其先前喂饲过的相同受试膳食或者转换为营养平衡但是没有设计引起或保持体重减轻并且不包含例如合适量的亚麻酸或EPA/DHA的维持膳食。
然后可观察动物一设定的时间段，例如至多3个月，每天记录它们的体重，每周确定其肥度评分并且以每月为基准采用常规的DEXA技术测定其身体脂肪百分率。
Claims (18)
1.一种犬科动物食品组合物，其包含：
(a)基于干物质组成计的26wt.％-35wt.％的粗蛋白质；
(b)基于干物质组成计的7.5wt.％-8.5wt.％的粗脂肪；
(c)基于干物质组成计的20wt.％-30wt.％的总食物纤维；和
(d)基于干物质组成计的10wt.％-20wt.％的粗纤维。
2.权利要求1的组合物，其中所述蛋白质以28wt.％-33wt.％的量存在。
3.权利要求1的组合物，其中所述蛋白质以30wt.％-31wt.％的量存在。
4.权利要求1的组合物，其中所述粗脂肪以7.6wt.％，8.0wt.％的量存在。
5.权利要求1的组合物，其中所述总食物纤维以22wt.％-28wt.％的量存在。
6.权利要求1的组合物，其中所述总食物纤维以24wt.％-26％的量存在。
7.权利要求1的组合物，其中所述粗纤维以12wt.％-18wt.％的量存在。
8.权利要求1的组合物，其中所述粗纤维以14wt.％-16％的量存在。
9.一种猫科动物食品组合物，其包含：
(a)基于干物质组成计的30wt.％-37wt.％的粗蛋白质；
(b)基于干物质组成计的7.5wt.％-9wt.％的粗脂肪；
(c)基于干物质组成计的30wt.％-35wt.％的总食物纤维；和
(d)基于干物质组成计的20wt.％-25wt.％的粗纤维。
10.权利要求9的组合物，其中所述蛋白质以31wt.％-36wt.％的量存在。
11.权利要求9的组合物，其中所述蛋白质以33％-35％的量存在。
12.权利要求9的组合物，其中所述粗脂肪以8.0wt.％，8.5wt.％的量存在。
13.权利要求1的组合物，其中所述总食物纤维以31wt.％-34wt.％的量存在。
14.权利要求1的组合物，其中所述粗纤维以21wt.％-24wt.％的量存在。
15.一种治疗疾病或紊乱的方法，该方法包括给予有需要的犬科动物权利要求1的组合物。
16.权利要求15的方法，其中所述疾病或紊乱为肥胖症。
17.一种治疗疾病或紊乱的方法，该方法包括给予有需要的猫科动物权利要求9的组合物。
18.权利要求15的方法，其中所述疾病或紊乱为肥胖症。
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