CN101978061A - 调控植物中的光响应途径 - Google Patents

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Abstract

公开了用于在植物中调控低光和/或阴影耐受性和红光特异性响应的方法和材料。例如，公开了编码低光和/或SD+EODFR耐受性多肽的核酸以及使用所述核酸来转化植物细胞的方法。还公开了具有升高的低光和/或SD+EODFR耐受性的植物。

Description

调控植物中的光响应途径
通过引用收录序列表或表
在此通过提及而将所附序列表中的内容收入本申请中。所附序列表文本文件(名称为2008-12-29 11696-240WO1序列表)在2008年12月29日创建，并且是5.84MB。该文件可以在使用Windows OS的计算机上使用Microsoft Word存取。
发明领域
本文件涉及牵涉植物阴影(plant shade)和/或低光耐受性和红光特异性响应(response)的方法和材料。例如，本文件提供了具有升高的阴影和/或低光耐受性的植物以及用于产生具有升高的阴影和/或低光耐受性的植物的材料和方法。
发明背景
光是能量的来源，其经由光合作用来推进植物生长。光也是发育信号，其调控形态发生，诸如脱黄化和向生殖发育转变。因为植物不能选择它们的环境，它们不得不使它们的生长适应周围光条件，而且已经进化出用于监测环境光的数量和质量的复杂机制。例如，许多种类的植物通过更快且更高地生长来响应在密集冠层下或高密度的生长(Cerdan和Chory(2003)Nature，423：881)。密集种植的作物趋向于将能量放置到茎和叶柄延长中以使叶高高地伸入阳光，而不是将能量放入贮存或生殖结构中。对低光条件和/或阴影条件的响应通过降低可收获产物诸如种子、果实和块茎的量而消极地影响作物产率。另外，高的细长的植物趋向于抗风性较小，而且更容易倒伏，这进一步降低作物产率。
持续需要能在小于最佳的环境条件下茁壮成长的植物。一种用于改善植物耐受亚适环境条件的能力的策略依赖传统的植物育种方法。另一种方法牵涉经由导入赋予想要性状的外源核酸来对植物特征进行基因操作。
发明概述
日光的光谱能量分布受到植被显著改变。自邻近植被反射的光在红(R)波长上被消耗，但仍然富含远红(FR)波长。具有展现出升高的阴影耐受性的植物是想要的。本文中所描述的具有升高的阴影耐受性的植物展现出对阴影条件，特别是短日照加上日末远红(End-of-Day Far-Red，SD+EODFR)条件的耐受性升高。野生型植物通常展现出对SD+EODFR条件的避阴响应(shade avoidance response)，而相对于由非SD+EODFR耐受性植物展示的避光响应水平，本文中所描述的SD+EODFR耐受性植物展示避光响应水平的降低。
光量可以控制植物的最后生物质(biomass)和产率。野生型植物通常展现出低光响应，而相对于由非低光耐受性植物展示的低光响应水平，本文中所描述的低光耐受性植物展示低光响应水平的降低。
提高植物的SD+EODFR和/或低光耐受性可以增加此类植物的作物产率，其可以有益于食物消费者和生产者。本文件提供了涉及具有升高的阴影和/或低光耐受性的植物的方法和材料。例如，本文件提供了具有升高的SD+EODFR和/或低光耐受性的转基因植物、用于产生具有升高的SD+EODFR和/或低光耐受性的转基因植物的核酸、及用于产生具有升高的SD+EODFR和/或低光耐受性的植物的方法。此类植物对于生产可转化成液体燃料或其它化学品的生物质和/或产生具有升高的产率和/或质量的作物可以是有用的。
本文中提供了产生植物的方法。在一个方面，方法包括培养包含外源核酸的植物细胞。所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区。所述多肽的氨基酸序列的隐蔽马尔科夫模型(HMM)比特得分(bit score)大于约20，其使用从图1-24之一中描绘的氨基酸序列产生的HMM得到。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光或SD+EODFR耐受性上具有差异。
在另一个方面，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，所述多肽与选自下组的氨基酸序列具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：3、5、7、9、10、12、14、16、18、20、22、24、25、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、49、51、53、55、57、59、60、61、62、63、65、67、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、89、90、91、93、95、96、97、98、99、100、101、102、103、105、107、109、111、113、115、116、117、118、119、120、121、122、124、126、129、130、131、132、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、188、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、262、264、266、268、270、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、306、308、310、312、314、317、319、321、323、325、327、329、330、331、332、334、337、339、341、343、344、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、357、359、361、362、364、365、366、367、368、370、372、374、376、378、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、456、457、458、459、460、462、464、466、468、470、472、474、475、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、491、493、494、495、496、497、498、499、501、503、505、507、508、509、510、511、512、514、515、516、518、520、521、522、523、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、538、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、567、570、572、574、576、578、579、580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、601、603、606、607、608、609、611、613、615、616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、629、631、634、636、637、638、639、641、644、645、647、649、651、653、655、657、659、661、663、665、667、669、671、673、675、676、678、680、682、684、686、688、690、692、694、695、697、699、701、702、704、706、708、709、711、712、713、714、716、718、720、721、723、725、726、728、730、732、734、736、738、740、741、742、743、744、745、747、749、750、751、753、755、757、759、761、762、763、764、765、767、769、771、773、774、776、778、779、780、782、783、784、786、788、790、792、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、826、827、829、830、831、832、833、834、835、837、838、839、840、841、843、845、847、850、851、853、855、857、859、861、862、863、864、865、866、868、870、872、874、876、877、879、881、883、885、887、889、891、893、895、897、898、900、902、904、907、909、911、913、915、917、919、920、922、923、924、926、928、929、930、931、932、934、936、937、938、939、940、941、943、945、947、948、949、950、953、955、957、959、961、963、965、966、967、969、971、973、975、977、979、981、983、985、987、989、991、993、995、997、999、1001、1003、1005、1007、1009、1011、1013、1014、1015、1016、1018、1024、1025、1027、1029、1030、1032、1033、1035、1037、1039、1040、1042、1043、1044、1047、1049、1051、1053、1055、1057、1059、1061、1063、1065、1067、1068、1069、1071、1072、1073、1074、1075、1077、1078、1080、1081、1083、1085、1087、1089、1091、1093、1095、1097、1098、1099、1100、1101、1103、1105、1107、1109、1111、1113、1115、1117、1119、1121、1123、1125、1127、1129、1131、1133、1134、1135、1136、1137、1138、1139、1141、1143、1145、1147、1149、1151、1153、1155、1157、1159、1160、1161、1162、1164、1166、1168、1170、1172、1174、1176、1178、1180、1182、1184、1186、1188、1190、1192、1194、1196、1198、1199、1200、1201、1202、1203、1204、1206、1208、1209、1211、1213、1214、1215、1216、1217、1219、1221、1223、1225、1227、1229、1230、1232、1234、1236、1238、1240、1242、1244、1246、1248、1250、1252、1254、1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、1264、1266、1268、1270、1272、1274、1277、1279、1281、1283、1285、1287、1289、1291、1293、1294、1295、1297、1298、1299、1301、1303、1305、1307、1309、1311、1313、1315、1317、1319、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1334、1336、1338、1340、1342、1344、1347、1349、1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、1372、1374、1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、1399、1401、1402、1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、1440、1442、1444、1446、1448、1450、1452、1457、1458、1460、1462、1464、1466、1467、1468、1469、1471、1473、1475、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1488、1490、1492、1494、1497、1499、1501、1502、1503、1504、1505、1506、1508、1510、1511、1512、1513、1514、1515、1516、1518、1519、1520、1521、1522、1523、1524、1525、1527、1528、1529、1531、1532、1533、1534、1535、1536、1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、1555、1556、1557、1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、1578、1580、1582、1584、1587、1589、1591、1593、1594、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603、1604、1605、1606、1607、1609、1611、1612、1613、1614、1615、1616、1617、1618、1619、1620、1621、1623、1625、1630、1631、1632、1635、1637、1639、1641、1642、1643、1644、1646、1648、1650、1651、1652、1653、1654、1655、1657、1659、1661、1663、1665、1667、1669、1671、1673、1675、1677、1679、1681、1682、1684、1686、1688、1690、1692、1694、1696、1698、1699、1700、1701、1702、1703、1704、1705、1707、1709、1711、1713、1715、1717、1719、1720、1721、1722、1723、1725、1727、1729、1730、1732、1734、1736、1738、1739、1740、1741、1742、1743、1744、1745、1746、1748、1750、1751、1752、1754、1756、1758、1760、1762、1764、1766、1767、1768、1769、1770、1771、1772、1773、1774、1775、1776、1777、1778、1780、1782、1784、1786、1788、1790、1792、1794、1796、1798、1800、1802、1804、1805、1806、1807、1808、1809、1810、1811、1812、1813、1814、1815、1816、1817、1818、1819、1820、1821、1822、1823、1824、1825、1826、1827、1828、1829、1830、1831、1832、1833、1834、1835、1836、1837、1838、1839、1840、1842、1843、1844、1845、1846、1847、1848、1850、1852、1854、1856、1858、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1869、1870、1871、1873、1875、1877、1879、1881、1883、1885、1887、1889、1891、1893、1895、1897、1899、1901、1903、1905、1907、1909、1911、1913、1915、1917、1919、1921、1923、1925、1927、1929、1931、1933、1935、1937、1939、1941、1943、1945、1947、1949、1951、1953、1955、1957、1959、1961、1963、1965、1967、1969、1971、1973、1975、1977、1979、1981、1983、1985、1987、1989、1991、1993、1995、1997、1999、2001、2003、2005、2007、2009、2011、2013、2015、2017、2019、2021、2023、2025、2027、2029、2030、2031、2032、2033、2034、2035、2036、2037、2038、2039、2040、2041、2042、2043、2044、2045、2046、2047、2048、2049、2050、2051、2052、2053、2054、2055、2056、2057、2058、2059、2060、2061、2062、2063、2064、2065、2066、2067、2069、2070、2072、2074、2076、2078、2080、2081、2083、2084、2085、2087、2089、2091、2093、2095、2097、2099、2101、2103、2105、2107、2109、2111、2113、2114、2115、2116、2117、2118、2119、2120、2121、2123、2125、2127、2129、2131、2133、2135、2136、2137、2138、2139、2140、2141、2142、2143、2144、2146、2148、2150、2152、2154、2156、2158、2160、2162、2164、2166、2168、2170、2172、2174、2176、2178、2180、2182、2183、2184、2185、2186、2187、2188、2189、2190、2191、2192、2193、2194、2195、2196、2197、2198、2199、2200、2201、2202、2203、2204、2205、2206、2207、2208、2209、2210、2211、2212、2213、2214、2215、2216、2217、2218、2219、2220、2221、2222、2223、2224、2225、2226、2227、2228、2229、2230、2231、2232、2233、2234、2235、2236、2237、2238、2239、2240、2241、2242、2243、2244、2245、2246、2247、2248、2249、2250、2251、2252、2253、2254、2255、2256、2257、2258、2259、2260、2261、2262、2263、2264、2266、2268、2269、2270、2271、2272、2273、2274、2275、2276、2277、2278、2280、2282、2284、2286、2288、2290、2292、2294、2296、2298、2300、2302、2304、2306、2308、2310、2312、2314、2316、2318、2320、2322、2323、2324、2325、2326、2327、2328、2329、2330、2331、2332、2333、2334、2335、2336、2337、2338、2339、2340、2341、2342、2343、2344、2345、2346、2347、2348、2350、2352、2354、2356、2358、2360、2362、2364、2366、2368、2370、2372、2374、2375、2376、2377、2378、2379、2380、或2381。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述植物细胞产生的植物在低光或SD+EODFR耐受性上具有差异。
在一个方面，所述多肽进一步包含CDI结构域，所述CDI结构域与SEQ ID NO：70的CDI结构域具有70％或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含AUX/IAA结构域，所述AUX/IAA结构域与SEQ ID NO：129或SEQ ID NO：1347的AUX/IAA结构域具有70％或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含同源框结构域，所述同源框结构域与SEQ ID NO：317的同源框结构域具有70％或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含zf_C3HC4结构域，所述zf_C3HC4结构域与SEQ ID NO：337的zf_C3HC4结构域具有70％或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含B框锌指结构域和CCT基序，所述B框锌指结构域与SEQ ID NO：456的B框锌指结构域具有70％或更大的序列同一性，且所述CCT基序与SEQ ID NO：456的CCT基序具有70％或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含FAD_结合_7结构域和DNA光裂合酶结构域，所述FAD_结合_7结构域与SEQ ID NO：538或SEQ ID NO：1497的FAD_结合_7结构域具有70％或更大的序列同一性，且所述DNA光裂合酶结构域与SEQ ID NO：538或SEQ ID NO：1497的DNA光裂合酶结构域具有70％或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含zf_Dof结构域，所述zf_Dof结构域与SEQ ID NO：606的zf_Dof结构域具有70％或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含AP2结构域，所述AP2结构域与SEQ ID NO：645的AP2结构域具有70％或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含VQ基序，所述VQ基序与SEQ ID NO：850的VQ基序具有70％或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含zf_C2H2结构域，所述zf_C2H2结构域与SEQ ID NO：907的zf_C2H2结构域具有70％或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含TCP结构域，所述TCP结构域与SEQ ID NO：1151的TCP结构域具有70％或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含F框结构域，所述F框结构域与SEQ ID NO：1277的F框结构域具有70％或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含zf_CCCH结构域，所述zf_CCCH结构域与SEQ ID NO：1457的zf_CCCH结构域具有70％或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含POX结构域和同源框结构域，所述POX结构域与SEQ ID NO：1540的POX结构域具有70％或更大的序列同一性，且所述同源框结构域与SEQ ID NO：1540的同源框结构域具有70％或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含HSF型DNA结合域，所述HSF型DNA结合域与SEQ ID NO：1587的HSF型DNA结合域具有70％或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含SAM_1结构域和DRMBL结构域，所述SAM_1结构域与SEQ ID NO：1635的SAM_1结构域具有70％或更大的序列同一性，且所述DRMBL结构域与SEQ ID NO：1635的DRMBL结构域具有70％或更大的序列同一性。
在另一个方面，产生植物的方法包括培养包含外源核酸的植物细胞，其中所述外源核酸包含与核苷酸序列可操作连接的调节区，所述核苷酸序列与下组所列的核苷酸序列或其片段具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：1、2、4、6、8、11、13、15、17、19、21、23、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、50、52、54、56、58、64、66、68、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、92、94、104、106、108、110、112、114、123、125、127、128、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、263、265、267、269、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、305、307、309、311、313、315、316、318、320、322、324、326、328、333、335、336、338、340、342、345、356、358、360、363、369、371、373、375、377、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、517、519、537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、577、581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、627、630、632、633、635、640、642、643、646、648、650、652、654、656、658、660、662、664、666、668、670、672、674、677、679、681、683、685、687、689、691、693、696、698、700、703、705、707、710、715、717、719、722、724、727、729、731、733、735、737、739、746、748、752、754、756、758、760、766、768、770、772、775、777、781、785、787、789、791、793、825、828、836、842、844、846、848、849、852、854、856、858、860、867、869、871、873、875、878、880、882、884、886、888、890、892、894、896、899、901、903、905、906、908、910、912、914、916、918、921、925、927、933、935、942、944、946、951、952、954、956、958、960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、984、986、988、990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1019、1020、1021、1022、1023、1026、1028、1031、1034、1036、1038、1041、1045、1046、1048、1050、1052、1054、1056、1058、1060、1062、1064、1066、1070、1076、1079、1082、1084、1086、1088、1090、1092、1094、1096、1102、1104、1106、1108、1110、1112、1114、1116、1118、1120、1122、1124、1126、1128、1130、1132、1140、1142、1144、1146、1148、1150、1152、1154、1156、1158、1163、1165、1167、1169、1171、1173、1175、1177、1179、1181、1183、1185、1187、1189、1191、1193、1195、1197、1205、1207、1210、1212、1218、1220、1222、1224、1226、1228、1231、1233、1235、1237、1239、1241、1243、1245、1247、1249、1251、1253、1265、1267、1269、1271、1273、1275、1276、1278、1280、1282、1284、1286、1288、1290、1292、1296、1300、1302、1304、1306、1308、1310、1312、1314、1316、1318、1320、1333、1335、1337、1339、1341、1343、1345、1346、1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、1443、1445、1447、1449、1451、1453、1454、1455、1456、1459、1461、1463、1465、1470、1472、1474、1476、1487、1489、1491、1493、1495、1496、1498、1500、1507、1509、1517、1526、1530、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1585、1586、1588、1590、1592、1595、1608、1610、1622、1624、1626、1627、1628、1629、1633、1634、1636、1638、1640、1645、1647、1649、1656、1658、1660、1662、1664、1666、1668、1670、1672、1674、1676、1678、1680、1683、1685、1687、1689、1691、1693、1695、1697、1706、1708、1710、1712、1714、1716、1718、1724、1726、1728、1731、1733、1735、1737、1747、1749、1753、1755、1757、1759、1761、1763、1765、1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、1795、1797、1799、1801、1803、1841、1849、1851、1853、1855、1857、1868、1872、1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、1902、1904、1906、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、1922、1924、1926、1928、1930、1932、1934、1936、1938、1940、1942、1944、1946、1948、1950、1952、1954、1956、1958、1960、1962、1964、1966、1968、1970、1972、1974、1976、1978、1980、1982、1984、1986、1988、1990、1992、1994、1996、1998、2000、2002、2004、2006、2008、2010、2012、2014、2016、2018、2020、2022、2024、2026、2028、2068、2071、2073、2075、2077、2079、2082、2086、2088、2090、2092、2094、2096、2098、2100、2102、2104、2106、2108、2110、2112、2122、2124、2126、2128、2130、2132、2134、2145、2147、2149、2151、2153、2155、2157、2159、2161、2163、2165、2167、2169、2171、2173、2175、2177、2179、2181、2265、2267、2279、2281、2283、2285、2287、2289、2291、2293、2295、2297、2299、2301、2303、2305、2307、2309、2311、2313、2315、2317、2319、2321、2349、2351、2353、2355、2357、2359、2361、2363、2365、2367、2369、2371、或2373。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述植物细胞产生的植物在低光或SD+EODFR耐受性上具有差异。
本文中提供了在植物中调控低光耐受性的方法。在一个方面，方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区。所述多肽的氨基酸序列的HM比特得分大于约20，其使用从图1-24之任一中描绘的氨基酸序列产生的HMM得到。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述植物细胞产生的植物在低光耐受性上具有差异。
在另一个方面，方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，所述多肽与下组所列的氨基酸序列具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：3、5、7、9、10、12、14、16、18、20、22、24、25、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、49、51、53、55、57、59、60、61、62、63、65、67、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、89、90、91、93、95、96、97、98、99、100、101、102、103、105、107、109、111、113、115、116、117、118、119、120、121、122、124、126、129、130、131、132、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、188、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、262、264、266、268、270、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、306、308、310、312、314、317、319、321、323、325、327、329、330、331、332、334、337、339、341、343、344、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、357、359、361、362、364、365、366、367、368、370、372、374、376、378、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、456、457、458、459、460、462、464、466、468、470、472、474、475、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、491、493、494、495、496、497、498、499、501、503、505、507、508、509、510、511、512、514、515、516、518、520、521、522、523、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、538、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、567、570、572、574、576、578、579、580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、601、603、606、607、608、609、611、613、615、616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、629、631、634、636、637、638、639、641、644、645、647、649、651、653、655、657、659、661、663、665、667、669、671、673、675、676、678、680、682、684、686、688、690、692、694、695、697、699、701、702、704、706、708、709、711、712、713、714、716、718、720、721、723、725、726、728、730、732、734、736、738、740、741、742、743、744、745、747、749、750、751、753、755、757、759、761、762、763、764、765、767、769、771、773、774、776、778、779、780、782、783、784、786、788、790、792、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、826、827、829、830、831、832、833、834、835、837、838、839、840、841、843、845、847、850、851、853、855、857、859、861、862、863、864、865、866、868、870、872、874、876、877、879、881、883、885、887、889、891、893、895、897、898、900、902、904、907、909、911、913、915、917、919、920、922、923、924、926、928、929、930、931、932、934、936、937、938、939、940、941、943、945、947、948、949、950、953、955、957、959、961、963、965、966、967、969、971、973、975、977、979、981、983、985、987、989、991、993、995、997、999、1001、1003、1005、1007、1009、1011、1013、1014、1015、1016、1018、1024、1025、1027、1029、1030、1032、1033、1035、1037、1039、1040、1042、1043、1044、1047、1049、1051、1053、1055、1057、1059、1061、1063、1065、1067、1068、1069、1071、1072、1073、1074、1075、1077、1078、1080、1081、1083、1085、1087、1089、1091、1093、1095、1097、1098、1099、1100、1101、1103、1105、1107、1109、1111、1113、1115、1117、1119、1121、1123、1125、1127、1129、1131、1133、1134、1135、1136、1137、1138、1139、1141、1143、1145、1147、1149、1151、1153、1155、1157、1159、1160、1161、1162、1164、1166、1168、1170、1172、1174、1176、1178、1180、1182、1184、1186、1188、1190、1192、1194、1196、1198、1199、1200、1201、1202、1203、1204、1206、1208、1209、1211、1213、1214、1215、1216、1217、1219、1221、1223、1225、1227、1229、1230、1232、1234、1236、1238、1240、1242、1244、1246、1248、1250、1252、1254、1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、1264、1266、1268、1270、1272、1274、1277、1279、1281、1283、1285、1287、1289、1291、1293、1294、1295、1297、1298、1299、1301、1303、1305、1307、1309、1311、1313、1315、1317、1319、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1334、1336、1338、1340、1342、1344、1347、1349、1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、1372、1374、1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、1399、1401、1402、1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、1440、1442、1444、1446、1448、1450、1452、1457、1458、1460、1462、1464、1466、1467、1468、1469、1471、1473、1475、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1488、1490、1492、1494、1497、1499、1501、1502、1503、1504、1505、1506、1508、1510、1511、1512、1513、1514、1515、1516、1518、1519、1520、1521、1522、1523、1524、1525、1527、1528、1529、1531、1532、1533、1534、1535、1536、1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、1555、1556、1557、1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、1578、1580、1582、1584、1587、1589、1591、1593、1594、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603、1604、1605、1606、1607、1609、1611、1612、1613、1614、1615、1616、1617、1618、1619、1620、1621、1623、1625、1630、1631、1632、1635、1637、1639、1641、1642、1643、1644、1646、1648、1650、1651、1652、1653、1654、1655、1657、1659、1661、1663、1665、1667、1669、1671、1673、1675、1677、1679、1681、1682、1684、1686、1688、1690、1692、1694、1696、1698、1699、1700、1701、1702、1703、1704、1705、1707、1709、1711、1713、1715、1717、1719、1720、1721、1722、1723、1725、1727、1729、1730、1732、1734、1736、1738、1739、1740、1741、1742、1743、1744、1745、1746、1748、1750、1751、1752、1754、1756、1758、1760、1762、1764、1766、1767、1768、1769、1770、1771、1772、1773、1774、1775、1776、1777、1778、1780、1782、1784、1786、1788、1790、1792、1794、1796、1798、1800、1802、1804、1805、1806、1807、1808、1809、1810、1811、1812、1813、1814、1815、1816、1817、1818、1819、1820、1821、1822、1823、1824、1825、1826、1827、1828、1829、1830、1831、1832、1833、1834、1835、1836、1837、1838、1839、1840、1842、1843、1844、1845、1846、1847、1848、1850、1852、1854、1856、1858、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1869、1870、1871、1873、1875、1877、1879、1881、1883、1885、1887、1889、1891、1893、1895、1897、1899、1901、1903、1905、1907、1909、1911、1913、1915、1917、1919、1921、1923、1925、1927、1929、1931、1933、1935、1937、1939、1941、1943、1945、1947、1949、1951、1953、1955、1957、1959、1961、1963、1965、1967、1969、1971、1973、1975、1977、1979、1981、1983、1985、1987、1989、1991、1993、1995、1997、1999、2001、2003、2005、2007、2009、2011、2013、2015、2017、2019、2021、2023、2025、2027、2029、2030、2031、2032、2033、2034、2035、2036、2037、2038、2039、2040、2041、2042、2043、2044、2045、2046、2047、2048、2049、2050、2051、2052、2053、2054、2055、2056、2057、2058、2059、2060、2061、2062、2063、2064、2065、2066、2067、2069、2070、2072、2074、2076、2078、2080、2081、2083、2084、2085、2087、2089、2091、2093、2095、2097、2099、2101、2103、2105、2107、2109、2111、2113、2114、2115、2116、2117、2118、2119、2120、2121、2123、2125、2127、2129、2131、2133、2135、2136、2137、2138、2139、2140、2141、2142、2143、2144、2146、2148、2150、2152、2154、2156、2158、2160、2162、2164、2166、2168、2170、2172、2174、2176、2178、2180、2182、2183、2184、2185、2186、2187、2188、2189、2190、2191、2192、2193、2194、2195、2196、2197、2198、2199、2200、2201、2202、2203、2204、2205、2206、2207、2208、2209、2210、2211、2212、2213、2214、2215、2216、2217、2218、2219、2220、2221、2222、2223、2224、2225、2226、2227、2228、2229、2230、2231、2232、2233、2234、2235、2236、2237、2238、2239、2240、2241、2242、2243、2244、2245、2246、2247、2248、2249、2250、2251、2252、2253、2254、2255、2256、2257、2258、2259、2260、2261、2262、2263、2264、2266、2268、2269、2270、2271、2272、2273、2274、2275、2276、2277、2278、2280、2282、2284、2286、2288、2290、2292、2294、2296、2298、2300、2302、2304、2306、2308、2310、2312、2314、2316、2318、2320、2322、2323、2324、2325、2326、2327、2328、2329、2330、2331、2332、2333、2334、2335、2336、2337、2338、2339、2340、2341、2342、2343、2344、2345、2346、2347、2348、2350、2352、2354、2356、2358、2360、2362、2364、2366、2368、2370、2372、2374、2375、2376、2377、2378、2379、2380、或2381。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述植物细胞产生的植物在低光耐受性上具有差异。
在另一个方面，方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与核苷酸序列可操作连接的调节区，所述核苷酸序列与下组所列的核苷酸序列或其片段具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：1、2、4、6、8、11、13、15、17、19、21、23、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、50、52、54、56、58、64、66、68、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、92、94、104、106、108、110、112、114、123、125、127、128、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、263、265、267、269、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、305、307、309、311、313、315、316、318、320、322、324、326、328、333、335、336、338、340、342、345、356、358、360、363、369、371、373、375、377、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、517、519、537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、577、581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、627、630、632、633、635、640、642、643、646、648、650、652、654、656、658、660、662、664、666、668、670、672、674、677、679、681、683、685、687、689、691、693、696、698、700、703、705、707、710、715、717、719、722、724、727、729、731、733、735、737、739、746、748、752、754、756、758、760、766、768、770、772、775、777、781、785、787、789、791、793、825、828、836、842、844、846、848、849、852、854、856、858、860、867、869、871、873、875、878、880、882、884、886、888、890、892、894、896、899、901、903、905、906、908、910、912、914、916、918、921、925、927、933、935、942、944、946、951、952、954、956、958、960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、984、986、988、990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1019、1020、1021、1022、1023、1026、1028、1031、1034、1036、1038、1041、1045、1046、1048、1050、1052、1054、1056、1058、1060、1062、1064、1066、1070、1076、1079、1082、1084、1086、1088、1090、1092、1094、1096、1102、1104、1106、1108、1110、1112、1114、1116、1118、1120、1122、1124、1126、1128、1130、1132、1140、1142、1144、1146、1148、1150、1152、1154、1156、1158、1163、1165、1167、1169、1171、1173、1175、1177、1179、1181、1183、1185、1187、1189、1191、1193、1195、1197、1205、1207、1210、1212、1218、1220、1222、1224、1226、1228、1231、1233、1235、1237、1239、1241、1243、1245、1247、1249、1251、1253、1265、1267、1269、1271、1273、1275、1276、1278、1280、1282、1284、1286、1288、1290、1292、1296、1300、1302、1304、1306、1308、1310、1312、1314、1316、1318、1320、1333、1335、1337、1339、1341、1343、1345、1346、1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、1443、1445、1447、1449、1451、1453、1454、1455、1456、1459、1461、1463、1465、1470、1472、1474、1476、1487、1489、1491、1493、1495、1496、1498、1500、1507、1509、1517、1526、1530、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1585、1586、1588、1590、1592、1595、1608、1610、1622、1624、1626、1627、1628、1629、1633、1634、1636、1638、1640、1645、1647、1649、1656、1658、1660、1662、1664、1666、1668、1670、1672、1674、1676、1678、1680、1683、1685、1687、1689、1691、1693、1695、1697、1706、1708、1710、1712、1714、1716、1718、1724、1726、1728、1731、1733、1735、1737、1747、1749、1753、1755、1757、1759、1761、1763、1765、1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、1795、1797、1799、1801、1803、1841、1849、1851、1853、1855、1857、1868、1872、1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、1902、1904、1906、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、1922、1924、1926、1928、1930、1932、1934、1936、1938、1940、1942、1944、1946、1948、1950、1952、1954、1956、1958、1960、1962、1964、1966、1968、1970、1972、1974、1976、1978、1980、1982、1984、1986、1988、1990、1992、1994、1996、1998、2000、2002、2004、2006、2008、2010、2012、2014、2016、2018、2020、2022、2024、2026、2028、2068、2071、2073、2075、2077、2079、2082、2086、2088、2090、2092、2094、2096、2098、2100、2102、2104、2106、2108、2110、2112、2122、2124、2126、2128、2130、2132、2134、2145、2147、2149、2151、2153、2155、2157、2159、2161、2163、2165、2167、2169、2171、2173、2175、2177、2179、2181、2265、2267、2279、2281、2283、2285、2287、2289、2291、2293、2295、2297、2299、2301、2303、2305、2307、2309、2311、2313、2315、2317、2319、2321、2349、2351、2353、2355、2357、2359、2361、2363、2365、2367、2369、2371、或2373。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述植物细胞产生的植物在低光耐受性上具有差异。
本文中提供了在植物中调控SD+EODFR耐受性的方法。在一个方面，方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区。所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约20，其使用从图16或图24-27之任一中描绘的氨基酸序列产生的HMM得到。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述植物细胞产生的植物在SD+EODFR耐受性上具有差异。
在另一个方面，方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，所述多肽与下组所列的氨基酸序列具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：538、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、567、570、572、574、576、578、579、580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、601、603、606、607、608、609、611、613、615、616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、629、631、1347、1349、1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、1372、1374、1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、1399、1401、1402、1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、1440、1442、1444、1446、1448、1450、1452、1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、1555、1556、1557、1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、1578、1580、1582、1584、1679、1681、1682、1748、1750、1751、1752、1850、1852、1854、1856、1858、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1869、1870、1871、1873、1875、1877、1879、1881、1883、1885、1887、1889、1891、1893、1895、1897、1899、1901、1903、1905、1907、2268、2269、2270、2271、2272、2273、2274、2275、2276、2277、或2278。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述植物细胞产生的植物在SD+EODFR耐受性上具有差异。
在另一个方面，所述方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与核苷酸序列可操作连接的调节区，所述核苷酸序列与下组所列的核苷酸序列或其片段具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、577、581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、627、630、1345、1346、1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、1443、1445、1447、1449、1451、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1678、1680、1747、1749、1849、1851、1853、1855、1857、1868、1872、1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、1902、1904、1906、和2267。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述植物细胞产生的植物在SD+EODFR耐受性上具有差异。
本文中提供了包含外源核酸的植物细胞。在一个方面，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区。所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约20，其使用基于图1-24之任一中描绘的氨基酸序列的HMM得到。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光或SD+EODFR耐受性上具有差异。在另一个方面，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，所述多肽与选自下组的氨基酸序列具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：3、5、7、9、10、12、14、16、18、20、22、24、25、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、49、51、53、55、57、59、60、61、62、63、65、67、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、89、90、91、93、95、96、97、98、99、100、101、102、103、105、107、109、111、113、115、116、117、118、119、120、121、122、124、126、129、130、131、132、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、188、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、262、264、266、268、270、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、306、308、310、312、314、317、319、321、323、325、327、329、330、331、332、334、337、339、341、343、344、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、357、359、361、362、364、365、366、367、368、370、372、374、376、378、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、456、457、458、459、460、462、464、466、468、470、472、474、475、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、491、493、494、495、496、497、498、499、501、503、505、507、508、509、510、511、512、514、515、516、518、520、521、522、523、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、538、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、567、570、572、574、576、578、579、580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、601、603、606、607、608、609、611、613、615、616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、629、631、634、636、637、638、639、641、644、645、647、649、651、653、655、657、659、661、663、665、667、669、671、673、675、676、678、680、682、684、686、688、690、692、694、695、697、699、701、702、704、706、708、709、711、712、713、714、716、718、720、721、723、725、726、728、730、732、734、736、738、740、741、742、743、744、745、747、749、750、751、753、755、757、759、761、762、763、764、765、767、769、771、773、774、776、778、779、780、782、783、784、786、788、790、792、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、826、827、829、830、831、832、833、834、835、837、838、839、840、841、843、845、847、850、851、853、855、857、859、861、862、863、864、865、866、868、870、872、874、876、877、879、881、883、885、887、889、891、893、895、897、898、900、902、904、907、909、911、913、915、917、919、920、922、923、924、926、928、929、930、931、932、934、936、937、938、939、940、941、943、945、947、948、949、950、953、955、957、959、961、963、965、966、967、969、971、973、975、977、979、981、983、985、987、989、991、993、995、997、999、1001、1003、1005、1007、1009、1011、1013、1014、1015、1016、1018、1024、1025、1027、1029、1030、1032、1033、1035、1037、1039、1040、1042、1043、1044、1047、1049、1051、1053、1055、1057、1059、1061、1063、1065、1067、1068、1069、1071、1072、1073、1074、1075、1077、1078、1080、1081、1083、1085、1087、1089、1091、1093、1095、1097、1098、1099、1100、1101、1103、1105、1107、1109、1111、1113、1115、1117、1119、1121、1123、1125、1127、1129、1131、1133、1134、1135、1136、1137、1138、1139、1141、1143、1145、1147、1149、1151、1153、1155、1157、1159、1160、1161、1162、1164、1166、1168、1170、1172、1174、1176、1178、1180、1182、1184、1186、1188、1190、1192、1194、1196、1198、1199、1200、1201、1202、1203、1204、1206、1208、1209、1211、1213、1214、1215、1216、1217、1219、1221、1223、1225、1227、1229、1230、1232、1234、1236、1238、1240、1242、1244、1246、1248、1250、1252、1254、1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、1264、1266、1268、1270、1272、1274、1277、1279、1281、1283、1285、1287、1289、1291、1293、1294、1295、1297、1298、1299、1301、1303、1305、1307、1309、1311、1313、1315、1317、1319、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1334、1336、1338、1340、1342、1344、1347、1349、1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、1372、1374、1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、1399、1401、1402、1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、1440、1442、1444、1446、1448、1450、1452、1457、1458、1460、1462、1464、1466、1467、1468、1469、1471、1473、1475、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1488、1490、1492、1494、1497、1499、1501、1502、1503、1504、1505、1506、1508、1510、1511、1512、1513、1514、1515、1516、1518、1519、1520、1521、1522、1523、1524、1525、1527、1528、1529、1531、1532、1533、1534、1535、1536、1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、1555、1556、1557、1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、1578、1580、1582、1584、1587、1589、1591、1593、1594、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603、1604、1605、1606、1607、1609、1611、1612、1613、1614、1615、1616、1617、1618、1619、1620、1621、1623、1625、1630、1631、1632、1635、1637、1639、1641、1642、1643、1644、1646、1648、1650、1651、1652、1653、1654、1655、1657、1659、1661、1663、1665、1667、1669、1671、1673、1675、1677、1679、1681、1682、1684、1686、1688、1690、1692、1694、1696、1698、1699、1700、1701、1702、1703、1704、1705、1707、1709、1711、1713、1715、1717、1719、1720、1721、1722、1723、1725、1727、1729、1730、1732、1734、1736、1738、1739、1740、1741、1742、1743、1744、1745、1746、1748、1750、1751、1752、1754、1756、1758、1760、1762、1764、1766、1767、1768、1769、1770、1771、1772、1773、1774、1775、1776、1777、1778、1780、1782、1784、1786、1788、1790、1792、1794、1796、1798、1800、1802、1804、1805、1806、1807、1808、1809、1810、1811、1812、1813、1814、1815、1816、1817、1818、1819、1820、1821、1822、1823、1824、1825、1826、1827、1828、1829、1830、1831、1832、1833、1834、1835、1836、1837、1838、1839、1840、1842、1843、1844、1845、1846、1847、1848、1850、1852、1854、1856、1858、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1869、1870、1871、1873、1875、1877、1879、1881、1883、1885、1887、1889、1891、1893、1895、1897、1899、1901、1903、1905、1907、1909、1911、1913、1915、1917、1919、1921、1923、1925、1927、1929、1931、1933、1935、1937、1939、1941、1943、1945、1947、1949、1951、1953、1955、1957、1959、1961、1963、1965、1967、1969、1971、1973、1975、1977、1979、1981、1983、1985、1987、1989、1991、1993、1995、1997、1999、2001、2003、2005、2007、2009、2011、2013、2015、2017、2019、2021、2023、2025、2027、2029、2030、2031、2032、2033、2034、2035、2036、2037、2038、2039、2040、2041、2042、2043、2044、2045、2046、2047、2048、2049、2050、2051、2052、2053、2054、2055、2056、2057、2058、2059、2060、2061、2062、2063、2064、2065、2066、2067、2069、2070、2072、2074、2076、2078、2080、2081、2083、2084、2085、2087、2089、2091、2093、2095、2097、2099、2101、2103、2105、2107、2109、2111、2113、2114、2115、2116、2117、2118、2119、2120、2121、2123、2125、2127、2129、2131、2133、2135、2136、2137、2138、2139、2140、2141、2142、2143、2144、2146、2148、2150、2152、2154、2156、2158、2160、2162、2164、2166、2168、2170、2172、2174、2176、2178、2180、2182、2183、2184、2185、2186、2187、2188、2189、2190、2191、2192、2193、2194、2195、2196、2197、2198、2199、2200、2201、2202、2203、2204、2205、2206、2207、2208、2209、2210、2211、2212、2213、2214、2215、2216、2217、2218、2219、2220、2221、2222、2223、2224、2225、2226、2227、2228、2229、2230、2231、2232、2233、2234、2235、2236、2237、2238、2239、2240、2241、2242、2243、2244、2245、2246、2247、2248、2249、2250、2251、2252、2253、2254、2255、2256、2257、2258、2259、2260、2261、2262、2263、2264、2266、2268、2269、2270、2271、2272、2273、2274、2275、2276、2277、2278、2280、2282、2284、2286、2288、2290、2292、2294、2296、2298、2300、2302、2304、2306、2308、2310、2312、2314、2316、2318、2320、2322、2323、2324、2325、2326、2327、2328、2329、2330、2331、2332、2333、2334、2335、2336、2337、2338、2339、2340、2341、2342、2343、2344、2345、2346、2347、2348、2350、2352、2354、2356、2358、2360、2362、2364、2366、2368、2370、2372、2374、2375、2376、2377、2378、2379、2380、和2381。
本文中还提供了鉴定多态性是否与低光或SD+EODFR耐受性变化有关的方法。方法包括下列步骤：测定植物群体中的一种或多种遗传多态性是否与选自下组的多肽的基因座有关：图1-24中所描绘的多肽及其功能同源物；并测量所述群体的植物中的所述低光或SD+EODFR耐受性变化与所述群体的植物中所述遗传多态性的存在之间的关联，由此鉴定所述一种或多种遗传多态性是否与低光或SD+EODFR耐受性变化有关。植物群体可以是柳枝稷(switchgrass)、高粱(sorghum)、甘蔗(sugar cane)、或芒(miscanthus)植物的群体。
本文中还提供了产生植物品系的方法。方法包括下列步骤：测定植物群体中的一种或多种遗传多态性是否与选自下组的多肽的基因座有关：图1-24中所描绘的多肽及其功能同源物；在所述群体中鉴定一株或多株(one or more)植物，其中在所述一种或多种遗传多态性上的至少一种等位基因的存在与低光或SD+EODFR耐受性变化有关；将每株所述鉴定的植物与其自身或不同植物杂交以产生种子；将至少一株自所述种子种植的后代植物与其自身或不同植物杂交；并将杂交步骤再重复0-5代以产生所述植物品系，其中所述等位基因存在于所述植物品系中。植物群体可以是柳枝稷植物的群体。
在另一个方面，本文件提供了产生植物的方法。所述方法包括培养包含外源核酸的植物细胞，其中所述外源核酸有效下调所述植物细胞中的内源核酸。所述内源核酸编码多肽。所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约210。所述HMM可以基于图6、图11、和图21之任一中描绘的氨基酸序列。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物可以具有下胚轴长度的增加。
在另一个方面，提供了转基因植物细胞。植物细胞包含外源核酸。所述外源核酸有效下调所述植物细胞中的内源核酸。所述内源核酸可以编码多肽。所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约210。所述HMM基于图6、图11、和图21之任一中描绘的氨基酸序列。
还提供了转基因植物。转基因植物包含包含外源核酸的植物细胞。所述外源核酸有效下调所述植物细胞中的内源核酸。所述内源核酸可以编码多肽。所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约210。所述HMM基于图6、图11、和图21之任一中描绘的氨基酸序列。与不包含所述植物细胞的对照植物相比，所述植物具有下胚轴长度的增加。
除非另有定义，本文中所使用的所有技术和科学术语与本发明所属领域中的普通技术人员的通常理解具有相同的含义。虽然与本文所描述的方法和材料类似或等同的方法和材料可以用于实施本发明，下文描述了合适的方法和材料。通过提及而完整收录本文中所提及的所有出版物、专利申请、专利、和其它参考文献。在矛盾的情况中，以本说明书(包括定义)为准。另外，材料、方法、和例子仅是例示性的，而并不意图为限制性的。
在下文的附图和描述中列出本发明的一个或多个实施方案的详情。从描述和图看，及从权利要求书看，本发明的其它特征、目标、和优点会是显而易见的。
附图简述
图1是At4g37295(Ceres种子系ME05268；SEQ ID NO：3)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No.1844057(SEQ ID NO：7)、Ceres ANNOT ID No.1469148(SEQ ID NO：22)、公共GI ID No.18390998(SEQ ID NO：25)、Ceres克隆ID No.1065656(SEQ ID NO：32)、Ceres克隆ID No.1652677(SEQ ID NO：36)、公共GI ID No.92874556(SEQ ID NO：49)、Ceres克隆ID No.1329161(SEQ ID NO：53)、Ceres克隆ID No.1030378(SEQ ID NO：55)、Ceres克隆ID No.1413787(SEQ ID NO：57)、和公共GI ID No.125543598(SEQ ID NO：60))的比对。在本文中所显示的所有比对图中，比对序列中的短划线代表缺口，即在该位置缺乏氨基酸。比对序列中相同的氨基酸或保守的氨基酸取代通过框来鉴定。使用程序MUSCLE第3.52版来产生图1及本文中提供的其它比对图。
图2是At2g32710(Ceres种子系ME06120；SEQ ID NO：70)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No.1975934(SEQ ID NO：72)、Ceres ANNOT ID No.1529913(SEQ ID NO：80)、Ceres克隆ID No.977794(SEQ ID NO：93)、公共GI ID No.42362378(SEQ ID NO：96)、公共GI ID No.23899378(SEQ ID NO：99)、公共GI ID No.15963346(SEQ ID NO：101)、公共GI ID No.15963344+B816(SEQ ID NO：102)、公共GI ID No.92429657(SEQ ID NO：103)、Ceres克隆ID No.746644(SEQ ID NO：105)、Ceres克隆ID No.623089(SEQ ID NO：109)、Ceres克隆ID No.1913678(SEQ ID NO：115)、和公共GI ID No.115450609(SEQ ID NO：119))的比对。
图3是At2g46990(Ceres种子系ME09503；SEQ ID NO：129)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括公共GI ID No.34550779(SEQ ID NO：133)、Ceres克隆ID No.1932235(SEQ ID NO：137)、Ceres克隆ID No.981738(SEQ ID NO：201)、Ceres克隆ID No.565974(SEQ ID NO：209)、公共GI ID No.1352058(SEQ ID NO：231)、公共GI ID No.11131101(SEQ ID NO：234)、公共GI ID No.4887018(SEQ ID NO：236)、公共GI ID No.4887018(SEQ ID NO：236)、Ceres克隆ID No.644455(SEQ ID NO：247)、Ceres克隆ID No.1731500(SEQ ID NO：270)、公共GI ID No.20269063(SEQ ID NO：300)、公共GI ID No.50404477(SEQ ID NO：302)、和公共GI ID No.62125392(SEQ ID NO：303)的比对。
图4是At4g03250(Ceres种子系ME10007；SEQ ID NO：317)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No.1842125(SEQ ID NO：319)、Ceres ANNOT ID No.1461360(SEQ ID NO：321)、Ceres克隆ID No.480906(SEQ ID NO：327)、公共GI ID No.92889352(SEQ ID NO：330)、和公共GI ID No.56201850(SEQ ID NO：331))的比对。
图5是At2g04240(Ceres种子系ME10852；SEQ ID NO：337)、Ceres克隆IDNo.952050(SEQ ID NO：339)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括公共GI ID No.115477050(SEQ ID NO：349)、公共GI ID No.87162911(SEQ ID NO：355)、Ceres克隆ID No.1790901(SEQ ID NO：357)、Ceres克隆ID No.1460088(SEQ ID NO：370)、Ceres克隆ID No.1734065(SEQ ID NO：393)、Ceres克隆ID No.473509(SEQ ID NO：395)、Ceres克隆ID No.849918(SEQ ID NO：401)、Ceres克隆ID No.633470(SEQ ID NO：409)、Ceres克隆ID No.1808334(SEQ ID NO：417)、和Ceres ANNOT ID No.1525600(SEQ ID NO：437))的比对。
图6是At5g14370(Ceres种子系ME11939；SEQ ID NO：456)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括公共GI ID No.58430585(SEQ ID NO：457)、Ceres克隆ID No.1842825(SEQ ID NO：466)、Ceres ANNOT ID No.1449721(SEQ ID NO：474)、公共GI ID No.41323978(SEQ ID NO：475)、公共GI ID No.2895186(SEQ ID NO：478)、公共GI ID No.22854950(SEQ ID NO：481)、公共GI ID No.116010474(SEQ ID NO：485)、公共GI ID No.4091804(SEQ ID NO：488)、公共GI ID No.60459257(SEQ ID NO：494)、公共GI ID No.45544881(SEQ ID NO：496)、公共GI ID No.36789802(SEQ ID NO：498)、公共GI ID No.92875402(SEQ ID NO：508)、公共GI ID No.118406898(SEQ ID NO：510)、公共GI ID No.107770485(SEQ ID NO：511)、公共GI ID No.21655154(SEQ ID NO：532)、公共GI ID No.90657642(SEQ ID NO：536)、和Ceres克隆ID No.1569555(SEQ ID NO：1842))的比对。
图7是At1g70270(Ceres种子系ME13456；SEQ ID NO：634)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括公共GI ID No.98961985(SEQ ID NO：637))的比对。
图8是At4g25480(Ceres种子系ME15935；SEQ ID NO：644)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括SEQ ID NO：645、Ceres克隆ID No.1849479(SEQ ID NO：767)、公共GI ID No.89275008(SEQ ID NO：796)、公共GI ID No.120400525(SEQ ID NO：797)、公共GI ID No.98980426(SEQ ID NO：804)、公共GI ID No.71983373(SEQ ID NO：808)、公共GI ID No.41351817(SEQ ID NO：809)、公共GI ID No.76446191(SEQ ID NO：811)、公共GI ID No.5616086(SEQ ID NO：813)、Ceres克隆ID No.1052602(SEQ ID NO：826)、公共GI ID No.72068957(SEQ ID NO：830)、公共GI ID No.71534113(SEQ ID NO：831)、公共GI ID No.37147896(SEQ ID NO：832)、公共GI ID No.92918850(SEQ IDNO：834)、公共GI ID No.40647095(SEQ ID NO：835)、Ceres ANNOT ID No.1527711(SEQ ID NO：837)、公共GI ID No.71041116(SEQ ID NO：838)、公共GI ID No.12003384(SEQ ID NO：839)、公共GI ID No.18535580(SEQ ID NO：840)、和公共GI ID No.115353971(SEQ ID NO：1843))的比对。
图9是At2g33780(Ceres种子系ID No.ME16594、SEQ ID NO：850)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No.1833093(SEQ ID NO：853)、Ceres ANNOT ID No.1502190(SEQ ID NO：857)、Ceres克隆ID No.565641(SEQ ID NO：876)、公共GI ID No.87240507(SEQ ID NO：877)、Ceres克隆ID No.1325382(SEQ ID NO：881)、Ceres克隆ID No.1558265(SEQ ID NO：885)、Ceres克隆ID No.1823669(SEQ ID NO：895)、和公共GI ID No.115464921(SEQID NO：898))的比对。
图10是At4g17810(Ceres种子系ID No.ME16597、SEQ ID NO：907)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No.1940797(SEQ ID NO：909)、Ceres ANNOT ID No.1538900(SEQ ID NO：911)、Ceres克隆ID No.1126868(SEQ ID NO：922)、公共GI ID No.89257684(SEQ ID NO：923)、公共GI ID No.124360460(SEQ ID NO：929)、公共GI ID No.62865694(SEQ ID NO：931)、公共GI ID No.62865692(SEQ ID NO：932)、Ceres克隆ID No.260368(SEQ ID NO：936)、Ceres克隆ID No.1873510(SEQ ID NO：947)、公共GI ID No.125541662(SEQ ID NO：948)、公共GI ID No.48716268(SEQ ID NO：950)、和公共GI ID No.62865696(SEQ ID NO：1844))的比对。
图11是At1g13360(Ceres种子系ID No.ME16630、SEQ ID NO：953)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No.1798705(SEQ ID NO：955)、Ceres ANNOT ID No.1458907(SEQ ID NO：963)、Ceres克隆ID No.1090409(SEQ ID NO：971)、Ceres克隆ID No.479817(SEQ ID NO：977)、Ceres克隆ID No.1041793(SEQ ID NO：979)、Ceres克隆ID No.684633(SEQ ID NO：985)、Ceres克隆ID No.371815(SEQ ID NO：991)、Ceres克隆ID No.1686460(SEQ ID NO：993)、Ceres克隆ID No.1448595(SEQ ID NO：995)、Ceres克隆ID No.1734477(SEQ ID NO：999)、Ceres克隆ID No.1605693(SEQ ID NO：1005)、Ceres克隆ID No.1757400(SEQ ID NO：1009)、和公共GI ID No.115434334(SEQ ID NO：1015))的比对。
图12是At1g75860(Ceres种子系ID No.ME17128、SEQ ID NO：1024)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres ANNOT ID No.1452905(SEQ ID NO：1029)、Ceres克隆ID No.956176(SEQ ID NO：1039)、公共GI ID No.92870366(SEQ ID NO：1040)、Ceres克隆ID No.294166(SEQ ID NO：1042)、和公共GI ID No.125543067(SEQ ID NO：1043))的比对。
图13是At4g19700(Ceres种子系ID No.ME17578、SEQ ID NO：1047)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No.1837694(SEQ ID NO：1053)、Ceres ANNOT ID No.1483367(SEQ ID NO：1057)、Ceres克隆ID No.1077781(SEQ ID NO：1083)、Ceres克隆ID No.471026(SEQ ID NO：1085)、公共GI ID No.92888885(SEQ ID NO：1099)、公共GI ID No.45544873(SEQ ID NO：1100)、公共GI ID No.45758663(SEQ ID NO：1101)、Ceres克隆ID No.772927(SEQ ID NO：1105)、Ceres克隆ID No.895080(SEQ ID NO：1111)、Ceres克隆ID No.1806128(SEQ ID NO：1131)、公共GI ID No.115458192(SEQ ID NO：1134)、和公共GI ID No.82470795(SEQ ID NO：1139))的比对。
图14是At1g58100(Ceres种子系ID No.ME18158、SEQ ID NO：1151)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No.1851526(SEQ ID NO：1155)、Ceres ANNOT ID No.1486769(SEQ ID NO：1172)、公共GI ID No.83032232(SEQ ID NO：1209)、Ceres克隆ID No.1620420(SEQ ID NO：1211)、公共GI ID No.92892428(SEQ ID NO：1215)、Ceres克隆ID No.884742(SEQ ID NO：1223)、Ceres克隆ID No.1821559(SEQ ID NO：1246)、公共GI ID No.51535021(SEQ ID NO：1258)、公共GI ID No.113205304(SEQ ID NO：1263)、和公共GI ID No.37719051(SEQ ID NO：1264))的比对。
图15是At5g46170(Ceres种子系ID No.ME18314、SEQ ID NO：1277)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No.1926352(SEQ ID NO：1279)、Ceres ANNOT ID No.1448905(SEQ ID NO：1285)、公共GI ID No.15236865(SEQ ID NO：1294)、Ceres克隆ID No.934771(SEQ ID NO：1301)、Ceres克隆ID No.338386(SEQ ID NO：1303)、Ceres克隆ID No.1780691(SEQ ID NO：1317)、和公共GI ID No.115464819(SEQ ID NO：1326))的比对。
图16是At4g32280(Ceres种子系ID No.ME18408、SEQ ID NO：1347)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No.285028(SEQ ID NO：1419)、Ceres克隆ID No.100969565(SEQ ID NO：1422)、公共GI ID No.1352057(SEQ ID NO：1427)、Ceres ANNOT ID No.1453784(SEQ IDNO：1429)、公共GI ID No.452777(SEQ ID NO：1430)、和公共GI ID No.92873297(SEQ ID NO：1431))的比对。
图17是At3g02830(Ceres种子系ID No.ME19304、SEQ ID NO：1457)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No.1924904(SEQ ID NO：1460)、Ceres ANNOT ID No.1543346(SEQ ID NO：1462)、公共GI ID No.18396338(SEQ ID NO：1467)、Ceres克隆ID No.833872(SEQ ID NO：1471)、Ceres克隆ID No.1579587(SEQ ID NO：1475)、Ceres克隆ID No.1786411(SEQ ID NO：1477)、和公共GI ID No.108864370(SEQ ID NO：1480))的比对。
图18是At4g08920(Ceres种子系ID No.ME19738、SEQ ID NO：1497)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres ANNOT ID No.1443463(SEQ ID NO：1499)、公共GI ID No.13605525(SEQ ID NO：1502)、公共GI ID No.94965681(SEQ ID NO：1506)、和公共GI ID No.28201254(SEQ ID NO：1512))的比对。
图19是At4g11660(Ceres种子系ID No.ME20871、SEQ ID NO：1587)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No.1839577(SEQ ID NO：1589)、Ceres ANNOT ID No.1491567(SEQ ID NO：1591)、Ceres克隆ID No.574505(SEQ ID NO：1596)、公共GI ID No.56117815(SEQ ID NO：1597)、公共GI ID No.92874021(SEQ ID NO：1603)、公共GI ID No.123684(SEQ ID NO：1605)、公共GI ID No.5821136(SEQ ID NO：1606)、Ceres克隆ID No.283366(SEQ ID NO：1609)、公共GI ID No.16118447(SEQ ID NO：1612)、和公共GI ID No.125562434(SEQ ID NO：1614))的比对。
图20是At2g45700(Ceres种子系ID No.ME21508、SEQ ID NO：1635)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres ANNOT ID No.1508307(SEQ ID NO：1637)、公共GI ID No.1495267(SEQ ID NO：1642)、公共GI ID No.87241310(SEQ ID NO：1644)、Ceres克隆ID No.938390(SEQ ID NO：1646)、Ceres克隆ID No.272338(SEQ ID NO：1648)、Ceres克隆ID No.1993510(SEQ ID NO：1650)、公共GI ID No.125563862(SEQ ID NO：1651)、和公共GI ID No.125605833(SEQ ID NO：1653))的比对。
图21是At2g35940(Ceres种子系ID No.ME19971、SEQ ID NO：1540)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No.1943265(SEQ ID NO：1543)、Ceres ANNOT ID No.1454522(SEQ ID NO：1547)、公共GI IDNo.31323447(SEQ ID NO：1556)、Ceres克隆ID No.1583941(SEQ ID NO：1561)、Ceres克隆ID No.1792942(SEQ ID NO：1563)、公共GI ID No.77548772(SEQ ID NO：1565)、和公共GI ID No.84453182(SEQ ID NO：1567))的比对。
图22是At1g04400(Ceres种子系ID No.ME12006、SEQ ID NO：538)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括公共GI ID No.5731739(SEQ ID NO：539)、Ceres ANNOT ID No.1538045(SEQ ID NO：541)、公共GI ID No.29467479(SEQ ID NO：542)、公共GI ID No.133921974(SEQ ID NO：543)、公共GI ID No.113197027(SEQ ID NO：544)、公共GI ID No.92879277(SEQ ID NO：545)、公共GI ID No.45935260(SEQ ID NO：546)、公共GI ID No.8101444(SEQ ID NO：547)、公共GI ID No.78217443(SEQ ID NO：548)、和公共GI ID No.28372347(SEQ ID NO：549))的比对。
图23是At3g45610(Ceres种子系ID No.ME12899、SEQ ID NO：606)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括公共GI ID No.92873064(SEQ ID NO：607)、公共GI ID No.37051125(SEQ ID NO：608)、和公共GI ID No.112363376(SEQ ID NO：609))的比对。
图24是At4g08330(Ceres种子系ID No.ME12596、SEQ ID NO：570)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No.1919714(SEQ ID NO：572)、Ceres ANNOT ID No.1443290(SEQ ID NO：574)、Ceres克隆ID No.1042157(SEQ ID NO：576)、Ceres克隆ID No.1384304(SEQ ID NO：578)、和公共GI ID No.115464375(SEQ ID NO：579))的比对。
发明详述
本文件提供了涉及调控植物对短日照加上日末远红(SD+EODFR)条件或低光照的耐受性的方法和材料。在一些实施方案中，植物可以具有升高的SD+EODFR耐受性和升高的低光耐受性。所述方法可以包括用编码SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的核酸转化植物细胞，其中所述多肽的表达导致SD+EODFR和/或低光耐受性升高。可以培养使用此类方法产生的植物细胞以产生具有升高的SD+EODFR和/或低光耐受性的植物。还可以使用此类植物来在遮阴或低光的区域中，诸如在另一种作物的冠层下产生作物、植物产品、生物质、和/或固氮植物。例如，可以使用本文中所提供的方法和材料来产生豆科植物(豆科(Fabaceae)成员，例如豌豆、菜豆、羽扁豆、小扁豆、鹰嘴豆、野豌豆、大豆、车轴草(peas，beans，lupins，lentils，chick peas，vethes，soybeans，clovers)、苜蓿、和花生)，其具有升高的SD+EODFR和/或低光耐受性，而且能在较高作物(例如玉米、柳枝稷、高粱、甘蔗、或芒)的冠层下种植。在其它实施方案中，较高植物是固氮植物(例如豆科成员，诸如罗望子(tamarind)、含羞草(mimosa)、金合欢(acacia)、和长豆角(carob))，而所述SD+EODFR和/或低光耐受性植物是较短植物，诸如玉米、柳枝稷、高粱、甘蔗、或芒。
I.定义：
“氨基酸”指二十种生物学存在的氨基酸之一和合成的氨基酸，包括D/L旋光异构体。
“细胞类型优先性启动子”或“组织优先性启动子”指分别优先在靶细胞类型或组织中驱动表达，但是也能导致在其它细胞类型或组织中的一些转录的启动子。
“对照植物”指不含感兴趣的转基因植物中存在的外源核酸，但是在其它方面与所述转基因植物具有相同或类似的遗传背景的植物。合适的对照植物可以是非转基因野生型植物、来自转化实验的非转基因分离子、或含有与感兴趣的外源核酸不同的外源核酸的转基因植物。
“结构域”是多肽中可以用于表征蛋白质家族和/或蛋白质的一部分的基本上连续的氨基酸的组。此类结构域具有“指纹”或“标签(signature)”，其可以包含保守的一级序列、二级结构、和/或三维构象。一般而言，结构域与特定的体外和/或体内活性相关联。结构域可以具有10个氨基酸至400个氨基酸，例如10个至50个氨基酸，或25个至100个氨基酸，或35个至65个氨基酸，或35个至55个氨基酸，或45个至60个氨基酸，或200个至300个氨基酸，或300个至400个氨基酸的长度。
“下调”指相对于基本或天然状态，降低表达产物(mRNA和/或多肽)水平的调控。
“外源的”就核酸而言指明核酸是重组核酸构建体的一部分，但是不在其天然环境中。例如，外源核酸可以是从一个物种导入另一个物种中的序列，即异源核酸。通常，经由重组核酸构建体将所述外源核酸导入其它物种中。外源核酸也可以是如下的序列，其对于生物体而言是天然的，而且已经再导入所述生物体的细胞中。包括天然序列的外源核酸常常可以通过与外源核酸连接的非天然序列(例如重组核酸构建体中的天然序列侧翼的非天然调节序列)的存在来与天然存在的序列相区别。另外，稳定转化的外源核酸通常在与找到天然序列的位置不同的位置上整合。要领会的是，已经可以将外源核酸导入祖先中，而不导入考虑中的细胞中。例如，含有外源核酸的转基因植物可以是稳定转化的植物和非转基因植物之间的杂交后代。认为此类后代含有外源核酸。
“表达”指经由转录(其通过酶，即RNA聚合酶催化)将多核苷酸的遗传信息转化成RNA，和通过在核糖体上翻译mRNA而转化成蛋白质的过程。
如本文中所使用的，“异源多肽”指这样的多肽，其不是植物细胞(例如用来自玉蜀黍(Zea mays)植物的氮转运蛋白多肽的编码序列转化并表达该编码序列的转基因柳枝稷植物)中天然存在的多肽。
如本文中所使用的，“分离的核酸”包括天然存在的核酸，只要除去或缺乏其基因组中就在所述核酸侧翼的序列之一或两者。如此，分离的核酸包括(不限于)作为纯化的分子或者掺入载体或病毒中的核酸分子存在的核酸。认为在例如cDNA文库、基因组文库、或含有基因组DNA限制性消化物的凝胶片内的几百至几百万其它核酸中存在的核酸不是分离的核酸。
“调控”对刺激物(例如低光条件或SD+EODFR条件)的耐受性水平指对指定刺激物的耐受性水平变化，这是由于植物细胞中表达外源核酸，或者从外源核酸进行转录而观察到的。相对于对照植物中的相应水平来测量水平变化。
“核酸”和“多核苷酸”在本文中可互换使用，指RNA和DNA两者，包括cDNA、基因组DNA、合成的DNA、和含有核酸类似物的DNA或RNA。多核苷酸可以具有任何三维结构。核酸可以是双链或单链(即有义链或反义链)。多核苷酸的非限制性例子包括基因、基因片段、外显子、内含子、信使RNA(mRNA)、转移RNA、核糖体RNA、siRNA、微小RNA、核酶、cDNA、重组多核苷酸、分支多核苷酸、核酸探针和核酸引物。多核苷酸可以含有非常规的或经修饰的核苷酸。
“可操作连接的”指调节区与要转录的序列在核酸中的如下定位，使得所述调节区对于调节序列的转录或翻译是有效的。例如，为了可操作连接编码序列与调节区，编码序列的翻译阅读框的翻译起始位点通常位于调节区下游1个和约50个核苷酸之间。然而，调节区可以位于翻译起始位点上游多至约5,000个核苷酸，或者转录起始位点上游约2,000个核苷酸。
如本文中所使用的，“多肽”指两个或更多个亚基氨基酸、氨基酸类似物、或其它肽模拟物(peptidomimetic)的化合物，不管翻译后修饰，例如磷酸化或糖基化。亚基可以通过肽键或其它键(诸如例如酯或醚键)连接。此定义涵盖全长多肽、截短的多肽、点突变体、插入突变体、剪接变体、嵌合蛋白、及其片段。
“后代”包括特定植物或植物品系的后代。本植物的后代包括在F1、F2、F3、F4、F5、F6和后续世代植物上形成的种子、或在BC1、BC2、BC3和后续世代植物上形成的种子、或在F1BC1、F1BC2、F1BC3和后续世代植物上形成的种子。名称F1指遗传上独特的两个亲本之间的杂交后代。名称F2、F3、F4、F5和F6指F1植物的自花传粉或近缘授粉后代的后续世代。
“调节区”指具有影响转录或翻译起始和速率、和转录或翻译产物的稳定性和/或可动性的核苷酸序列的核酸。调节区包括(不限于)启动子序列、增强子序列、应答元件、蛋白质识别位点、诱导元件、蛋白质结合序列、5’和3’非翻译区(UTR)、转录起始位点、终止序列、多腺苷酸化序列、内含子、及其组合。调节区通常至少包含核心(基本)启动子。调节区还可以包含至少一个控制元件，诸如增强子序列、上游元件或上游活化区(UAR)。例如，合适的增强子是来自章鱼碱合酶(ocs)基因上游区的顺式调节元件(-212至-154)。Fromm等，The Plant Cell，1：977-984(1989)。
“上调”指相对于基础或天然状态，提高表达产物(mRNA和/或多肽)水平的调节。
“载体”指复制子，诸如质粒、噬菌体、或粘粒，可以向其中插入另一种DNA区段，使得引起所插入的区段复制。一般而言，当与合适的控制元件连接在一起时，载体能够复制。术语“载体”包括克隆和表达载体，以及病毒载体和整合载体。“表达载体”是包括调节区的载体。
II.多肽
本文中所描述的多肽包括SD+EODFR和/或低光耐受性多肽。在植物或植物细胞中表达时，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽能有效提高SD+EODFR和/或低光耐受性。此类多肽通常含有至少一个指明SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的结构域，如本文中更为详细地描述的。对于基于图1-24中所列的比对之一的HMM模型，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽通常具有大于20的HMM比特得分，如本文中更为详细地描述的。在一些实施方案中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽与SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：129、SEQ ID NO：317、SEQ ID NO：337、SEQ ID NO：456、SEQ ID NO：538、SEQ ID NO：570、SEQ ID NO：606、SEQ ID NO：634、SEQ ID NO：644、SEQ ID NO：850、SEQ ID NO：907、SEQ ID NO：953、SEQ ID NO：1024、SEQ ID NO：1047、SEQ ID NO：1151、SEQ ID NO：1277、SEQ ID NO：1347、SEQ ID NO：1457、SEQ ID NO：1497、SEQ ID NO：1540、SEQ ID NO：1587、SEQ ID NO：1630、或SEQ ID NO：1635具有大于40％的同一性，如本文中更为详细地描述的。
本文中所描述的多肽包括红光特异性响应途径多肽。当在植物或植物细胞中过表达时，红光特异性响应途径多肽能有效降低下胚轴长度。此类多肽通常含有至少一个指明红光特异性响应途径多肽的结构域，如本文中更为详细地描述的。对于基于图6、图11、和图24中所列的比对之一的HMM模型，红光特异性响应途径多肽通常具有大于20的HMM比特得分，如本文中更为详细地描述的。在一些实施方案中，红光特异性响应途径多肽与SEQ ID NO：456、SEQ ID NO：953、或SEQ ID NO：1540具有大于40％的同一性，如本文中更为详细地描述的。
A.指明SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的结构域
低光耐受性多肽可以含有细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂(CDI)结构域。细胞周期行进受细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂(CDI)负控制。CDI牵涉在G1期的细胞周期阻滞。基序也存在于SEQ ID NO：70中，其列出了本文中鉴定为At2g32710(SEQ ID NO：69)的拟南芥属(Arabidopsis)克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂4(KIP4)多肽。
低光耐受性多肽可以含有AUX/IAA结构域，预测所述AUX/IAA结构域是Aux/IAA转录阻抑物的特征。AUX/IAA蛋白起生长素诱导性基因表达的阻抑物的作用，其可能经由调控DNA结合生长素响应因子(ARF)的活性来进行。SEQ ID NO：129列出了本文中鉴定为At2g46990(SEQ ID NO：127)的拟南芥属(Arabidopsis)克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码生长素诱导性IAA21多肽。SD+EODFR耐受性和低光耐受性多肽还可以含有AUX/IAA结构域。SEQ ID NO：1347列出了本文中鉴定为At1g32280(SEQ ID NO：1345)的拟南芥属克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有AUX/IAA结构域的生长素响应性IAA29多肽。
低光耐受性多肽可以含有同源框结构域。同源框结构域经由螺旋-转角-螺旋(HTH)结构来结合DNA。HTH基序的特征在于两个α-螺旋，它们使得与DNA密切接触，并通过短的转角连接。第二螺旋经由许多氢键和疏水性相互作用来结合DNA，其在特定的侧链与DNA大沟内暴露的碱基和胸腺嘧啶甲基基团之间发生。第一螺旋帮助稳定该结构。SEQ ID NO：317列出了本文中鉴定为At4g03250(SEQ ID NO：315)的拟南芥属克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有同源框结构域的多肽。
低光耐受性多肽可以含有C3HC4型锌指(zf_C3HC4)结构域。C3HC4型锌指(RING指)是40至60个残基的富含半胱氨酸的结构域，其配位两个锌离子，而且具有共有序列：C-X2-C-X(9-39)-C-X(1-3)-H-X(2-3)-C-X2-C-X(4-48)-C-X2-C，其中X是任何氨基酸。许多含有RING指的蛋白质在泛素化途径中起作用。SEQ ID NO：337列出了本文中鉴定为At2g04240(SEQ ID NO：335)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有zf_C3HC4结构域的多肽。
低光耐受性多肽可以含有B框锌指(zf-B_box)结构域和CCT基序。B框锌指结构域长度为约40个氨基酸。一般地，一或两拷贝的此结构域与环指和卷曲螺旋基序有关。在转录因子、核糖核蛋白和原癌蛋白质中找到B框锌指结构域，但是没有明确指派功能。CCT(CONSTANS、CO样、和TOC1)基序是约43个氨基酸的高度保守的碱性结构域，而且在常常牵涉光信号转导的植物蛋白质的C端附近找到。发现CCT基序与其它结构域，诸如B框锌指结构域、GATA型锌指结构域、ZIM基序、或响应调节结构域有关。CCT基序在第二个一半的CCT基序内含有推断的核定位信号，已经显示了牵涉核定位，而且可能在蛋白质-蛋白质相互作用中具有作用。SEQ ID NO：456列出了本文中鉴定为At5g14370(SEQ ID NO：454)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有B框锌指结构域和CCT基序的多肽。
SD+EODFR耐受性多肽可以含有DNA光裂合酶结构域和FAD_结合_7结构域(DNA光裂合酶的FAD结合域)。DNA光裂合酶是修复DNA中通过暴露于紫外光诱导的错配嘧啶二聚体的酶。含有FAD_结合_7结构域的蛋白质包括拟南芥隐花色素1(CRY1)和2(CRY2)，它们是介导蓝光诱导性基因表达的蓝光光受体。SEQ ID NO：538列出了本文中鉴定为At1g04400(SEQ ID NO：537)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有FAD_结合_7结构域和DNA光裂合酶结构域的隐花色素2脱辅蛋白质多肽。低光耐受性多肽也可以含有FAD_结合_7结构域和DNA光裂合酶结构域。SEQ ID NO：1497列出了本文中鉴定为At4g08920(SEQ ID NO：1496)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码隐花色素1(CRY1)、黄素型蓝光光受体脱辅蛋白质多肽，其含有FAD_结合_7结构域和DNA光裂合酶结构域。
SD+EODFR耐受性多肽可以含有zf_Dof结构域，预测所述zf_Dof结构域是Dof结构域锌指多肽的特征。SEQ ID NO：606列出了本文中鉴定为At3g45610(SEQ ID NO：605)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有zf_Dof结构域的多肽。
低光耐受性多肽可以含有AP2结构域，预测所述AP2结构域是ERF/AP2转录因子的特征。AP2结构域长度通常为约60个氨基酸残基。SEQ ID NO：645列出了本文中鉴定为At4g25480(SEQ ID NO：642)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有AP2结构域的ERF/AP2转录因子家族的DREB亚家族A-1多肽。
低光耐受性多肽可以含有VQ基序。VQ基序是短的保守基序FXhVQChTG(其中X是任何氨基酸，而h是疏水性氨基酸)，它在多种植物蛋白质中找到。SEQ ID NO：850列出了本文中鉴定为At2g33780(SEQ ID NO：848)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有VQ基序的多肽。
低光耐受性多肽可以含有zf_C2H2结构域，预测所述zf_C2H2结构域是C2H2型锌指的特征。C2H2锌指由两个短的β链，接着为α螺旋组成。螺旋的氨基端部分结合DNA的大沟。C2H2锌指结构域的两个保守的半胱氨酸和组氨酸配位一个锌离子。SEQ ID NO：907列出了本文中鉴定为At4g17810(SEQ ID NO：905)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有zf_C2H2结构域的多肽。
低光耐受性多肽可以含有TCP结构域，预测所述TCP结构域是TCP家族转录因子的特征。转录因子的TCP家族是以其第一次表征的成员，即TB1、CYC和PCF1和PCF2命名的。预测TCP结构域形成非规范的碱性螺旋-环-螺旋(bHLP)结构。已经显示了在两种稻DNA结合蛋白，即PCF1和PCF2中找到的TCP结构域牵涉DNA结合和二聚化。SEQ ID NO：1151列出了本文中鉴定为At1g58100(SEQ ID NO：1150)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有TCP结构域的多肽。
低光耐受性多肽可以含有F框结构域。F框结构域在多种背景诸如多泛素化(polyubiquitination)、转录延伸、着丝粒结合和翻译阻抑中在介导蛋白质-蛋白质相互作用中具有作用。通常发现与F框结构域有关的两种基序是富含亮氨酸的重复和WD重复。SEQ ID NO：1277列出了本文中鉴定为At5g46170(SEQ ID NO：1276)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有F框结构域的多肽。
低光耐受性多肽可以含有zf_CCCH结构域，预测所述zf_CCCH结构域是C-x8-C-x5-C-x3-H型锌指多肽的特征。常常发现zf-CCCH结构域与如下的蛋白质有关，所述蛋白质与多种mRNA的3’非翻译区相互作用。SEQ ID NO：1457列出了本文中鉴定为At3g02830(SEQ ID NO：1456)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有zf_CCCH结构域的多肽。
SD+EODFR耐受性和低光耐受性多肽可以含有POX结构域和同源框结构域。常常在具有同源框结构域的植物蛋白质中找到POX结构域，这指明此类蛋白质可能是转录因子。SEQ ID NO：1540列出了本文中鉴定为At2g35940(SEQ ID NO：1537)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有POX结构域和同源框结构域的BEL1样同源结构域1多肽。
低光耐受性多肽可以含有HSF型DNA结合域，预测所述HSF型DNA结合域是热休克因子转录激活剂的特征。常常在热休克过程中发现热休克因子转录激活剂与热休克蛋白启动子有关。SEQ ID NO：1587列出了本文中鉴定为At4g11660(SEQ ID NO：1586)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有HSF型DNA结合域的多肽。
低光耐受性多肽可以含有不育α基序(SAM_1)结构域和DNA修复金属-β-内酰胺酶(DRMBL)结构域，预测所述DNA修复金属-β-内酰胺酶(DRMBL)结构域是DNA修复金属-β-内酰胺酶的特征。SEQ ID NO：1635列出了本文中鉴定为Ceres At2g45700(SEQ ID NO：1634)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有SAM结构域和DRMBL结构域的多肽。
B.指明红光特异性响应途径多肽的结构域
红光特异性响应途径多肽可以含有B框锌指(zf-B_box)结构域和CCT基序。B框锌指结构域长度为约40个氨基酸。一般地，一或两拷贝的此结构域与环指和卷曲螺旋基序有关。在转录因子、核糖核蛋白和原癌蛋白质中找到B框锌指结构域，但是没有明确指派功能。CCT(CONSTANS、CO样、和TOC1)基序是约43个氨基酸的高度保守的碱性结构域，而且在常常牵涉光信号转导的植物蛋白质的C端附近找到。发现CCT基序与其它结构域，诸如B框锌指结构域、GATA型锌指结构域、ZIM基序、或响应调节结构域有关。CCT基序在第二个一半的CCT基序内含有推断的核定位信号，已经显示了牵涉核定位，而且可能在蛋白质-蛋白质相互作用中具有作用。SEQ ID NO：456列出了本文中鉴定为At5g14370(SEQ ID NO：454)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有B框锌指结构域和CCT基序的多肽。
红光特异性响应途径多肽可以含有POX结构域和同源框结构域。常常在具有同源框结构域的植物蛋白质中找到POX结构域，这指明此类蛋白质可能是转录因子。SEQ ID NO：1540列出了本文中鉴定为At2g35940(SEQ ID NO：1537)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有POX结构域和同源框结构域的BEL1样同源结构域1多肽。
C.通过交互BLAST鉴定的功能同系物
在一些实施方案中，通过上文指明的一种或多种pfam描述限定的参照SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的一种或多种功能同系物适合于作为SD+EODFR和/或低光耐受性多肽使用。功能同系物是与参照多肽具有序列相似性，而且执行参照多肽的一种或多种生化或生理学功能的多肽。功能同系物和参照多肽可以是天然存在的多肽，并且序列相似性可能是由于趋同或趋异进化事件。因此，功能同系物有时在文献中称为同系物、或直向同系物、或侧向同系物(paralog)。天然存在的功能同系物的变体诸如由野生型编码序列的突变体编码的多肽可以自身是功能同系物。也可以经由定点诱变SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的编码序列，或者通过组合来自不同天然存在的SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的编码序列的结构域(“结构域交换”)来创建功能同系物。术语“功能同系物”有时适用于编码功能上同源的多肽的核酸。
可以通过分析核苷酸和多肽序列比对来鉴定功能同系物。例如，在核苷酸或多肽序列的数据库上实施询问可以鉴定SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的同系物。序列分析可以牵涉对非冗余数据库的BLAST、交互BLAST、或PSI-BLAST分析，其使用SD+EODFR和/或低光耐受性多肽氨基酸序列作为参照序列来进行。在一些例子中，氨基酸序列是从核苷酸序列推导的。数据库中具有大于40％序列同一性的那些多肽是进一步评估作为SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的合适性的候选物。氨基酸序列相似性容许保守的氨基酸替代，诸如用一种疏水性残基替代另一种或者用一种极性残基替代另一种。若想要的话，可以对此类候选物实施手动检查以限制要进一步评估的候选物的数目。可以通过选择那些表现出具有SD+EODFR和/或低光耐受性多肽中存在的结构域(例如保守的功能域)的候选物来实施手动检查。
可以通过定位SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的一级氨基酸序列内作为重复序列，形成一些二级结构(例如螺旋和β片层)，建立带正电荷或负电荷的结构域，或者代表蛋白质基序或结构域的区域来鉴定保守区。参见例如万维网上于sanger.ac.uk/Software/Pfam/和pfam.janelia.org/的Pfam网站，其描述了多种蛋白质基序和结构域的共有序列。在Pfam数据库上包括的信息的描述记载于Sonnhammer等，Nucl.Acids Res.，26：320-322(1998)；Sonnhammer等，Proteins，28：405-420(1997)；及Bateman等，Nucl.Acids Res.，27：260-262(1999)。也可以通过比对来自紧密相关物种的相同或相关多肽的序列来确定保守区。优选地，紧密相关物种来自同一科。在一些实施方案中，来自两种不同物种的序列比对是足够的。
通常，展现出至少约40％氨基酸序列同一性的多肽可用于鉴定保守区。相关多肽的保守区展现出至少45％的氨基酸序列同一性(例如至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、或至少90％的氨基酸序列同一性)。在一些实施方案中，保守区展现出至少92％、94％、96％、98％、或99％的氨基酸序列同一性。
图1中提供了SEQ ID NO：3中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No.1844057(SEQ ID NO：7)、Ceres ANNOT ID No.1469148(SEQ ID NO：22)、公共GI ID No.18390998(SEQ ID NO：25)、Ceres克隆ID No.1065656(SEQ ID NO：32)、Ceres克隆ID No.1652677(SEQ ID NO：36)、公共GI ID No.92874556(SEQ ID NO：49)、Ceres克隆ID No.1329161(SEQ ID NO：53)、Ceres克隆ID No.1030378(SEQ ID NO：55)、Ceres克隆ID No.1413787(SEQ ID NO：57)、和公共GI ID No.125543598(SEQ ID NO：60)。SEQ ID NO：3的其它功能同系物包括Ceres克隆ID No.1793691(SEQID NO：5)、Ceres克隆ID No.1933784(SEQ ID NO：9)、Ceres克隆ID No.100030408(SEQ ID NO：10)、Ceres克隆ID No.1837059(SEQ ID NO：12)、Ceres克隆ID No.1793801(SEQ ID NO：14)、Ceres克隆ID No.1855480(SEQ ID NO：16)、Ceres克隆ID No.1915644(SEQ ID NO：18)、Ceres克隆ID No.1898104(SEQ ID NO：20)、Ceres ANNOT ID No.1464241(SEQ ID NO：24)、公共GI ID No.18697627(SEQ ID NO：26)、Ceres克隆ID No.9391(SEQ ID NO：28)、Ceres克隆ID No.111154(SEQ ID NO：30)、Ceres克隆ID No.973975(SEQ ID NO：34)、Ceres克隆ID No.676695(SEQ ID NO：38)、Ceres克隆ID No.680331(SEQ ID NO：40)、Ceres克隆ID No.654515(SEQ ID NO：42)、Ceres克隆ID No.626154(SEQ ID NO：44)、Ceres克隆ID No.710603(SEQ ID NO：46)、Ceres克隆ID No.648076(SEQ ID NO：48)、Ceres克隆ID No.749439(SEQ ID NO：51)、Ceres克隆ID No.295936(SEQ ID NO：59)、公共GI ID No.125525139(SEQ ID NO：61)、公共GI ID No.115452643(SEQ ID NO：62)、公共GI ID No.24059889(SEQ ID NO：63)、Ceres ANNOT ID No.6012747(SEQ ID NO：65)、Ceres ANNOT ID No.6027628(SEQ ID NO：67)，和鉴定为图1的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：3的功能同系物具有与SEQ ID NO：3中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图2中提供了SEQ ID NO：70中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No.1975934(SEQ ID NO：72)、Ceres ANNOT ID No.1529913(SEQ ID NO：80)、Ceres克隆ID No.977794(SEQ ID NO：93)、公共GI ID No.42362378(SEQ ID NO：96)、公共GI ID No.23899378(SEQ ID NO：99)、公共GI ID No.15963346(SEQ ID NO：101)、公共GI ID No.15963344+B816(SEQ ID NO：102)、公共GI ID No.92429657(SEQ ID NO：103)、Ceres克隆ID No.746644(SEQ ID NO：105)、Ceres克隆ID No.623089(SEQ ID NO：109)、Ceres克隆ID No.1913678(SEQ ID NO：115)、和公共GI ID No.115450609(SEQ ID NO：119)。SEQ ID NO：70的其它功能同系物包括Ceres克隆ID No.1835084(SEQ ID NO：74)、Ceres克隆ID No.1846153(SEQ ID NO：76)、Ceres克隆ID No.1930884(SEQ ID NO：78)、Ceres ANNOT ID No.1493858(SEQ ID NO：82)、Ceres ANNOT ID No.1498646(SEQ ID NO：84)、Ceres ANNOT ID No.1440974(SEQ ID NO：86)、Ceres克隆ID No.1189183(SEQ ID NO：88)、公共GI ID No.26450253(SEQ ID NO：89)、公共GI ID No.15239719(SEQ ID NO：90)、公共GI ID No.15230194(SEQ ID NO：91)、Ceres克隆ID No.630905(SEQ ID NO：95)、公共GI ID No.42362389(SEQ ID NO：97)、公共GI ID No.70906129(SEQ ID NO：98)、公共GI ID No.23899381(SEQ ID NO：100)、Ceres克隆ID No.298166(SEQ ID NO：107)、Ceres克隆ID No.1448390(SEQ ID NO：111)、Ceres克隆ID No.1734216(SEQ ID NO：113)、公共GI ID No.125542322(SEQ ID NO：116)、公共GI ID No.125532331(SEQ ID NO：117)、公共GI ID No.125541233(SEQ ID NO：118)、公共GI ID No.125584844(SEQ ID NO：120)、公共GI ID No.115482472(SEQ ID NO：121)、公共GI ID No.125575112(SEQ ID NO：122)、Ceres ANNOT ID No.6003994(SEQ ID NO：124)、Ceres ANNOT ID No.6068427(SEQ ID NO：126)、和鉴定为图2的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：70的功能同系物具有与SEQ ID NO：70中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图3中提供了SEQ ID NO：129中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括公共GI ID No.34550779(SEQ ID NO：133)、Ceres克隆ID No.1932235(SEQ ID NO：137)、Ceres克隆ID No.981738(SEQ ID NO：201)、Ceres克隆ID No.565974(SEQ ID NO：209)、公共GI ID No.1352058(SEQ ID NO：231)、公共GI ID No.11131101(SEQ ID NO：234)、公共GI ID No.4887018(SEQ ID NO：236)、公共GI ID No.4887018(SEQ ID NO：236)、Ceres克隆ID No.644455(SEQ ID NO：247)、Ceres克隆ID No.1731500(SEQ ID NO：270)、公共GI ID No.20269063(SEQ ID NO：300)、公共GI ID No.50404477(SEQ ID NO：302)、和公共GI ID No.62125392(SEQ ID NO：303)。SEQ ID NO：129的其它功能同系物包括公共GI ID No.32396293(SEQ ID NO：130)、公共GI ID No.32396299(SEQ ID NO：131)、公共GI ID No.32396295(SEQ ID NO：132)、Ceres克隆ID No.1855369(SEQ ID NO：135)、Ceres克隆ID No.1948456(SEQ ID NO：139)、Ceres克隆ID No.1920182(SEQ ID NO：141)、Ceres克隆ID No.1835797(SEQ ID NO：143)、Ceres克隆ID No.1794204(SEQ ID NO：145)、Ceres克隆ID No.1853542(SEQ ID NO：147)、Ceres克隆ID No.1838776(SEQ IDNO：149)、Ceres克隆ID No.1854675(SEQ ID NO：151)、Ceres克隆ID No.1833078(SEQ ID NO：153)、Ceres克隆ID No.1850667(SEQ ID NO：155)、Ceres克隆ID No.1918745(SEQ ID NO：157)、Ceres克隆ID No.1929487(SEQ ID NO：159)、Ceres ANNOT ID No.1497918(SEQ ID NO：161)、Ceres ANNOT ID No.1459563(SEQ ID NO：163)、Ceres ANNOT ID No.1452610(SEQ ID NO：165)、Ceres ANNOT ID No.1496539(SEQ ID NO：167)、Ceres ANNOT ID No.1498819(SEQ ID NO：169)、Ceres ANNOT ID No.1446583(SEQ ID NO：171)、Ceres ANNOT ID No.1535123(SEQ ID NO：173)、Ceres ANNOT ID No.1463397(SEQ ID NO：175)、Ceres ANNOT ID No.1499563(SEQ ID NO：177)、Ceres ANNOT ID No.1495753(SEQ ID NO：179)、Ceres ANNOT ID No.1488767(SEQ ID NO：181)、Ceres ANNOT ID No.1522920(SEQ ID NO：185)、Ceres ANNOT ID No.1469532(SEQ ID NO：187)、公共GI ID No.15219692(SEQ ID NO：188)、公共GI ID No.18420964(SEQ ID NO：189)、Ceres克隆ID No.1342080(SEQ ID NO：191)、Ceres克隆ID No.123105(SEQ ID NO：193)、Ceres克隆ID No.32727(SEQ ID NO：195)、Ceres克隆ID No.41161(SEQ ID NO：197)、Ceres克隆ID No.37274(SEQ ID NO：199)、Ceres克隆ID No.538020(SEQ ID NO：203)、Ceres克隆ID No.476244(SEQ ID NO：205)、Ceres克隆ID No.1623662(SEQ ID NO：207)、Ceres克隆ID No.626817(SEQ ID NO：211)、Ceres克隆ID No.537469(SEQ ID NO：213)、Ceres克隆ID No.582463(SEQ ID NO：215)、Ceres克隆ID No.1069818(SEQ ID NO：217)、Ceres克隆ID No.511737(SEQ ID NO：219)、Ceres克隆ID No.565422(SEQ ID NO：221)、Ceres克隆ID No.514595(SEQ ID NO：223)、Ceres克隆ID No.566396(SEQ ID NO：225)、Ceres克隆ID No.612705(SEQ ID NO：227)、Ceres克隆ID No.564134(SEQ ID NO：229)、公共GI ID No.92872146(SEQ ID NO：230)、公共GI ID No.11131103(SEQ ID NO：232)、公共GI ID No.416641(SEQ ID NO：233)、公共GI ID No.11131105(SEQ ID NO：235)、公共GI ID No.4887016(SEQ ID NO：237)、公共GI ID No.4887022(SEQ ID NO：238)、公共GI ID No.81074526(SEQ ID NO：239)、Ceres克隆ID No.742023(SEQ ID NO：241)、Ceres克隆ID No.576268(SEQ ID NO：243)、Ceres克隆ID No.615386(SEQ ID NO：245)、Ceres克隆ID No.756966(SEQ ID NO：249)、Ceres克隆ID No.1052710(SEQ ID NO：251)、Ceres克隆ID No.697018(SEQ ID NO：253)、Ceres克隆ID No.618577(SEQ ID NO：255)、Ceres克隆ID No.935194(SEQ ID NO：257)、Ceres克隆ID No.1557429(SEQ ID NO：259)、Ceres克隆ID No.305337(SEQ ID NO：261)、Ceres克隆ID No.100872943(SEQ ID NO：262)、Ceres克隆ID No.305454(SEQ ID NO：264)、Ceres克隆ID No.1534670(SEQ ID NO：266)、Ceres克隆ID No.207963(SEQ ID NO：268)、公共GI ID No.20257219(SEQ ID NO：271)、Ceres克隆ID No.1876818(SEQ ID NO：273)、Ceres克隆ID No.1817533(SEQ ID NO：275)、Ceres克隆ID No.1958631(SEQ ID NO：277)、Ceres克隆ID No.1963215(SEQ ID NO：279)、Ceres克隆ID No.1770022(SEQ ID NO：281)、Ceres克隆ID No.1796223(SEQ ID NO：283)、Ceres克隆ID No.2016695(SEQ ID NO：285)、Ceres克隆ID No.1757085(SEQ ID NO：287)、Ceres克隆ID No.1769256(SEQ ID NO：289)、Ceres克隆ID No.1994871(SEQ ID NO：291)、公共GI ID No.17154533(SEQ ID NO：292)、公共GI ID No.125557426(SEQ ID NO：293)、公共GI ID No.125524736(SEQ ID NO：294)、公共GI ID No.125527656(SEQ ID NO：295)、公共GI ID No.125599342(SEQ ID NO：296)、公共GI ID No.125569626(SEQ ID NO：297)、公共GI ID No.115465401(SEQ ID NO：298)、公共GI ID No.40539038(SEQ ID NO：299)、公共GI ID No.20269059(SEQ ID NO：301)、公共GI ID No.110826446(SEQ ID NO：304)、Ceres ANNOT ID No.6029073(SEQ ID NO：306)、Ceres ANNOT IDNo.6011329(SEQ ID NO：308)、Ceres ANNOT ID No.6034498(SEQ ID NO：310)、Ceres ANNOT ID No.6095057(SEQ ID NO：312)、Ceres ANNOT ID No.6095058(SEQ ID NO：314)，和鉴定为图3的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：129的功能同系物具有与SEQ ID NO：129中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图4中提供了SEQ ID NO：317中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No.1842125(SEQ ID NO：319)、Ceres ANNOT ID No.1461360(SEQ ID NO：321)、Ceres克隆ID No.480906(SEQ ID NO：327)、公共GI ID No.92889352(SEQ ID NO：330)、和公共GI ID No.56201850(SEQ ID NO：330)。SEQ ID NO：317的其它功能同系物包括Ceres ANNOT ID No.1440334(SEQ ID NO：323)、Ceres ANNOT ID No.1493205(SEQ ID NO：325)、Ceres克隆ID No.482270(SEQ ID NO：329)、公共GI ID No.125571531(SEQ ID NO：332)、Ceres ANNOT ID No.6042411(SEQ ID NO：334)、和鉴定为图4的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：317的功能同系物具有与SEQ ID NO：317中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图5中提供了SEQ ID NO：337中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No.952050(SEQ ID NO：339)、公共GI ID No.115477050(SEQ ID NO：349)、公共GI ID No.87162911(SEQ ID NO：355)、Ceres克隆ID No.1790901(SEQ ID NO：357)、Ceres克隆ID No.1460088(SEQ ID NO：370)、Ceres克隆ID No.1734065(SEQ ID NO：393)、Ceres克隆ID No.473509(SEQ ID NO：395)、Ceres克隆ID No.849918(SEQ ID NO：401)、Ceres克隆ID No.633470(SEQ ID NO：409)、Ceres克隆ID No.1808334(SEQ ID NO：417)、和Ceres ANNOT ID No.1525600(SEQ ID NO：437)。SEQ ID NO：337的其它功能同系物包括Ceres克隆ID No.1265097(SEQ ID NO：341)、Ceres克隆ID No.942980(SEQ ID NO：343)、公共GI ID No.37901055(SEQ ID NO：344)、Ceres克隆ID No.1609912(SEQ ID NO：346)、公共GI ID No.76446335(SEQ ID NO：347)、公共GI ID No.125560204(SEQ ID NO：348)、公共GI ID No.125303087(SEQ ID NO：350)、公共GI ID No.115460088(SEQ ID NO：351)、公共GI ID No.125591385(SEQ ID NO：352)、公共GI ID No.115447931(SEQ ID NO：353)、公共GI ID No.92893514(SEQ ID NO：354)、Ceres克隆ID No.2019320(SEQ ID NO：359)、Ceres克隆ID No.1890013(SEQ ID NO：361)、公共GI ID No.20340241(SEQ ID NO：362)、Ceres克隆ID No.25801(SEQ ID NO：364)、公共GI ID No.9743343(SEQ ID NO：365)、公共GI ID No.15238072(SEQ ID NO：366)、公共GI ID No.15222553(SEQ ID NO：367)、公共GI ID No.21554155(SEQ ID NO：368)、Ceres克隆ID No.374439(SEQ ID NO：372)、Ceres克隆ID No.1465572(SEQ ID NO：374)、Ceres克隆ID No.1565524(SEQ ID NO：376)、Ceres克隆ID No.322302(SEQ ID NO：378)、Ceres克隆ID No.101136485(SEQ ID NO：379)、Ceres克隆ID No.1376133(SEQ ID NO：381)、Ceres克隆ID No.1374381(SEQ ID NO：383)、Ceres克隆IDNo.1566473(SEQ ID NO：385)、Ceres克隆ID No.318088(SEQ ID NO：387)、Ceres克隆ID No.1452604(SEQ ID NO：389)、Ceres克隆ID No.337906(SEQ ID NO：391)、Ceres克隆ID No.1662513(SEQ ID NO：397)、Ceres克隆ID No.1662527(SEQ ID NO：399)、Ceres克隆ID No.571184(SEQ ID NO：403)、Ceres克隆ID No.665689(SEQ ID NO：405)、Ceres克隆ID No.1365853(SEQ ID NO：407)、Ceres克隆ID No.1052457(SEQ ID NO：411)、Ceres克隆ID No.579918(SEQ ID NO：413)、Ceres克隆ID No.863299(SEQ ID NO：415)、Ceres克隆ID No.1855611(SEQ ID NO：419)、Ceres克隆ID No.1845975(SEQ ID NO：421)、Ceres克隆ID No.1808298(SEQ ID NO：423)、Ceres克隆ID No.1841236(SEQ ID NO：425)、Ceres克隆ID No.1808269(SEQ ID NO：427)、Ceres克隆ID No.1850628(SEQ ID NO：429)、Ceres克隆ID No.1846911(SEQ ID NO：431)、Ceres克隆ID No.1916014(SEQ ID NO：433)、Ceres克隆ID No.1842594(SEQ ID NO：435)、Ceres ANNOT ID No.1472192(SEQ ID NO：439)、Ceres ANNOT ID No.1447489(SEQ ID NO：441)、Ceres ANNOT ID No.1513000(SEQ ID NO：443)、Ceres ANNOT ID No.1438658(SEQ ID NO：445)、Ceres ANNOT ID No.1497255(SEQ ID NO：447)、Ceres ANNOT ID No.6092104(SEQ ID NO：449)、Ceres ANNOT ID No.6041700(SEQ ID NO：451)、Ceres ANNOT ID No.6007297(SEQ ID NO：453)、和鉴定为图5的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：337的功能同系物具有与SEQ ID NO：337中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图6中提供了SEQ ID NO：456中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括公共GI ID No.58430585(SEQ ID NO：457)、Ceres克隆ID No.1842825(SEQ ID NO：466)、Ceres ANNOT ID No.1449721(SEQ ID NO：474)、公共GI ID No.41323978(SEQ ID NO：475)、公共GI ID No.2895186(SEQ ID NO：478)、公共GI ID No.22854950(SEQ ID NO：481)、公共GI ID No.116010474(SEQ ID NO：485)、公共GI ID No.4091804(SEQ ID NO：488)、公共GI ID No.60459257(SEQ ID NO：494)、公共GI ID No.45544881(SEQ ID NO：496)、公共GI ID No.36789802(SEQ ID NO：498)、公共GI ID No.92875402(SEQ ID NO：508)、公共GI ID No.118406898(SEQ IDNO：510)、公共GI ID No.107770485(SEQ ID NO：511)、公共GI ID No.21655154(SEQ ID NO：532)、公共GI ID No.90657642(SEQ ID NO：536)、和Ceres克隆ID No.1569555(SEQ ID NO：1842)。SEQ ID NO：456的其它同系物包括公共GI ID No.66841018(SEQ ID NO：458)、公共GI ID No.66841020(SEQ ID NO：459)、公共GI ID No.108859343(SEQ ID NO：460)、Ceres克隆ID No.1937613(SEQ ID NO：462)、Ceres克隆ID No.1834027(SEQ ID NO：464)、Ceres ANNOT ID No.1477832(SEQ ID NO：468)、Ceres ANNOT ID No.1482536(SEQ ID NO：470)、Ceres ANNOT ID No.1478227(SEQ ID NO：472)、Ceres克隆ID No.19906(SEQ ID NO：478)、公共GI ID No.2895184(SEQ ID NO：479)、公共GI ID No.2895188(SEQ ID NO：480)、公共GI ID No.11037313(SEQ ID NO：482)、公共GI ID No.22854908(SEQ ID NO：483)、公共GI ID No.40787165(SEQ ID NO：484)、公共GI ID No.116010475(SEQ ID NO：486)、公共GI ID No.3341723(SEQ ID NO：487)、公共GI ID No.4091806(SEQ ID NO：489)、Ceres克隆ID No.523203(SEQ ID NO：491)、Ceres克隆ID No.463157(SEQ ID NO：493)、公共GI ID No.61611678(SEQ ID NO：495)、公共GI ID No.45544887(SEQ ID NO：497)、公共GI ID No.36789793(SEQ ID NO：481)、Ceres克隆ID No.907473(SEQ ID NO：501)、Ceres克隆ID No.1674443(SEQ ID NO：503)、Ceres克隆ID No.1559496(SEQ ID NO：505)、Ceres克隆ID No.530984(SEQ ID NO：507)、公共GI ID No.61611682(SEQ ID NO：509)、公共GI ID No.36789785(SEQ ID NO：512)、Ceres克隆ID No.702632(SEQ ID NO：514)、公共GI ID No.61657299(SEQ ID NO：515)、公共GI ID No.10946337(SEQ ID NO：516)、Ceres克隆ID No.1996408(SEQ ID NO：518)、Ceres克隆ID No.1725313(SEQ ID NO：520)、公共GI ID No.78058606(SEQ ID NO：521)、公共GI ID No.125538317(SEQ ID NO：522)、公共GI ID No.125556324(SEQ ID NO：523)、公共GI ID No.125548890(SEQ ID NO：524)、公共GI ID No.93211100(SEQ ID NO：525)、公共GI ID No.115444217(SEQ ID NO：526)、公共GI ID No.115467558(SEQ ID NO：527)、公共GI ID No.11094209(SEQ ID NO：528)、公共GI ID No.125596830(SEQ ID NO：529)、公共GI ID No.115469296(SEQ ID NO：530)、公共GI ID No.115447239(SEQ ID NO：531)、公共GI ID No.21667485(SEQ ID NO：533)、公共GI ID No.21667475(SEQ ID NO：534)、公共GI ID No.21655158(SEQ ID NO：535)、和鉴定为图6的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：456的功能同系物具有与SEQ ID NO：456中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图7中提供了SEQ ID NO：634中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括公共GI ID No.98961985(SEQ ID NO：637)。SEQ ID NO：634的其它功能同系物包括Ceres克隆ID No.1916112(SEQ ID NO：636)、公共GI ID No.9369405(SEQ ID NO：638)、公共GI ID No.9369406(SEQ ID NO：639)、Ceres克隆ID No.1238706(SEQ ID NO：641)、和鉴定为图7的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：634的功能同系物具有与SEQ ID NO：634中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图8中提供了SEQ ID NO：644中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括SEQ ID NO：645、Ceres克隆ID No.1849479(SEQ ID NO：767)、公共GI ID No.89275008(SEQ ID NO：796)、公共GI ID No.120400525(SEQ ID NO：797)、公共GI ID No.98980426(SEQ ID NO：804)、公共GI ID No.71983373(SEQ ID NO：808)、公共GI ID No.41351817(SEQ ID NO：809)、公共GI ID No.76446191(SEQ ID NO：811)、公共GI ID No.5616086(SEQ ID NO：813)、Ceres克隆ID No.1052602(SEQ ID NO：826)、公共GI ID No.72068957(SEQ ID NO：830)、公共GI ID No.71534113(SEQ ID NO：831)、公共GI ID No.37147896(SEQ ID NO：832)、公共GI ID No.92918850(SEQ ID NO：834)、公共GI ID No.40647095(SEQ ID NO：835)、Ceres ANNOT ID No.1527711(SEQ ID NO：837)、公共GI ID No.71041116(SEQ ID NO：838)、公共GI ID No.12003384(SEQ ID NO：839)、公共GI ID No.18535580(SEQ ID NO：840)、和公共GI ID No.115353971(SEQ ID NO：1843)。SEQ ID NO：644的其它功能同系物包括Ceres克隆ID No.991178(SEQ ID NO：647)、Ceres克隆ID No.1626038(SEQ ID NO：649)、Ceres克隆ID No.341615(SEQ ID NO：651)、Ceres克隆ID No.1832518(SEQ ID NO：653)、Ceres克隆ID No.1832588(SEQ ID NO：655)、Ceres克隆ID No.1936806(SEQ ID NO：657)、Ceres克隆ID No.973892(SEQ ID NO：659)、Ceres克隆ID No.565251(SEQ ID NO：661)、Ceres克隆ID No.681088(SEQ ID NO：663)、Ceres克隆ID No.707775(SEQ ID NO：665)、Ceres克隆ID No.453357(SEQ ID NO：667)、Ceres克隆ID No.1916958(SEQ ID NO：669)、Ceres克隆ID No.1940632(SEQ ID NO：671)、Ceres克隆ID No.476784(SEQ ID NO：673)、Ceres克隆ID No.1869284(SEQ ID NO：675)、公共GI ID No.125540662(SEQ ID NO：676)、Ceres克隆ID No.1648272(SEQ ID NO：678)、Ceres克隆ID No.1987804(SEQ ID NO：680)、Ceres克隆ID No.1675695(SEQ ID NO：682)、Ceres克隆ID No.1169111(SEQ ID NO：684)、Ceres克隆ID No.572121(SEQ ID NO：686)、Ceres克隆ID No.1674836(SEQ ID NO：688)、Ceres ANNOT ID No.1486207(SEQ ID NO：690)、Ceres克隆ID No.2023610(SEQ ID NO：692)、Ceres ANNOT ID No.1496976(SEQ ID NO：694)、公共GI ID No.116310031(SEQ ID NO：695)、Ceres克隆ID No.1626363(SEQ ID NO：697)、Ceres ANNOT ID No.1483747(SEQ ID NO：699)、Ceres ANNOT ID No.1471330(SEQ ID NO：701)、Ceres克隆ID No.101144964(SEQ ID NO：702)、Ceres ANNOT ID No.1439439(SEQ ID NO：704)、Ceres克隆ID No.1446565(SEQ ID NO：706)、Ceres克隆ID No.1951962(SEQ ID NO：708)、Ceres克隆ID No.100960656(SEQ ID NO：709)、Ceres克隆ID No.285154(SEQ ID NO：711)、公共GI ID No.61968916(SEQ ID NO：712)、公共GI ID No.118026854(SEQ ID NO：713)、公共GI ID No.63098612(SEQ ID NO：714)、Ceres ANNOT ID No.1522310(SEQ ID NO：716)、Ceres克隆ID No.1854375(SEQ ID NO：718)、Ceres克隆ID No.709819(SEQ ID NO：720)、公共GI ID No.115447695(SEQ ID NO：721)、Ceres克隆ID No.1726356(SEQ ID NO：723)、Ceres克隆ID No.1762419(SEQ ID NO：725)、公共GI ID No.63098606(SEQ ID NO：726)、Ceres克隆ID No.1766572(SEQ ID NO：728)、Ceres克隆ID No.281871(SEQ ID NO：730)、Ceres克隆ID No.1560970(SEQ ID NO：732)、Ceres克隆ID No.1760747(SEQ ID NO：734)、Ceres ANNOT ID No.1438772(SEQ ID NO：736)、Ceres ANNOT ID No.1447378(SEQ ID NO：738)、Ceres ANNOT ID No.1453360(SEQ ID NO：740)、公共GI ID No.33637698(SEQ ID NO：741)、公共GI ID No.118026860(SEQ ID NO：742)、公共GI ID No.60116232(SEQ ID NO：743)、公共GI ID No.115477639(SEQ ID NO：744)、公共GI ID No.126567023(SEQ IDNO：745)、Ceres克隆ID No.988971(SEQ ID NO：747)、Ceres克隆ID No.1464521(SEQ ID NO：749)、公共GI ID No.63098610(SEQ ID NO：750)、公共GI ID No.126566972(SEQ ID NO：751)、Ceres克隆ID No.1556129(SEQ ID NO：753)、Ceres克隆ID No.1761385(SEQ ID NO：755)、Ceres ANNOT ID No.1488325(SEQ ID NO：757)、Ceres ANNOT ID No.1460483(SEQ ID NO：759)、Ceres克隆ID No.1837825(SEQ ID NO：761)、公共GI ID No.27228310(SEQ ID NO：762)、公共GI ID No.117653881(SEQ ID NO：763)、公共GI ID No.115480233(SEQ ID NO：764)、公共GI ID No.37694048(SEQ ID NO：765)、Ceres克隆ID No.1934653(SEQ ID NO：769)、Ceres克隆ID No.1608106(SEQ ID NO：771)、Ceres克隆ID No.1604576(SEQ ID NO：773)、公共GI ID No.55824656(SEQ ID NO：774)、Ceres克隆ID No.1620272(SEQ ID NO：776)、Ceres克隆ID No.1853170(SEQ ID NO：778)、公共GI ID No.79013962(SEQ ID NO：779)、公共GI ID No.98975385(SEQ ID NO：780)、Ceres ANNOT ID No.1438775(SEQ ID NO：782)、公共GI ID No.23495460(SEQ ID NO：783)、公共GI ID No.98975377(SEQ ID NO：784)、Ceres ANNOT ID No.1438776(SEQ ID NO：786)、Ceres克隆ID No.1853601(SEQ ID NO：788)、Ceres克隆ID No.1609048(SEQ ID NO：790)、Ceres克隆ID No.322305(SEQ ID NO：792)、Ceres克隆ID No.1823713(SEQ ID NO：794)、公共GI ID No.3660548(SEQ ID NO：795)、公共GI ID No.56154991(SEQ ID NO：798)、公共GI ID No.2980802(SEQ ID NO：799)、公共GI ID No.7269398(SEQ ID NO：800)、公共GI ID No.18416557(SEQ ID NO：801)、公共GI ID No.56154992(SEQ ID NO：802)、公共GI ID No.4091984(SEQ ID NO：803)、公共GI ID No.1899058(SEQ ID NO：805)、公共GI ID No.56154990(SEQ ID NO：806)、公共GI ID No.18416562(SEQ ID NO：807)、公共GI ID No.38683266(SEQ ID NO：810)、公共GI ID No.39983638(SEQ ID NO：812)、公共GI ID No.38426954(SEQ ID NO：814)、公共GI ID No.38426948(SEQ ID NO：815)、公共GI ID No.38146944(SEQ ID NO：816)、公共GI ID No.38426952(SEQ ID NO：817)、公共GI ID No.20303011(SEQ ID NO：818)、公共GI ID No.66269982(SEQ ID NO：819)、公共GI ID No.89212816(SEQ ID NO：820)、公共GI ID No.20303015(SEQ ID NO：821)、公共GI ID No.38426950(SEQ ID NO：822)、公共GI ID No.15242244(SEQ ID NO：823)、公共GI ID No.116831599(SEQ ID NO：824)、公共GI ID No.66269671(SEQ ID NO：827)、Ceres ANNOT ID No.1468919(SEQ ID NO：829)、公共GI ID No.57903606(SEQ ID NO：833)、公共GI ID No.45826358(SEQ ID NO：841)、Ceres ANNOT ID No.6085912(SEQ ID NO：843)、Ceres ANNOT ID No.6026171(SEQ ID NO：845)、Ceres ANNOT ID No.6031706(SEQ ID NO：847)、和鉴定为图8的序列的功能同系物的序列表，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：644的功能同系物具有与SEQ ID NO：644中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图9中提供了SEQ ID NO：850中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No.1833093(SEQ ID NO：853)、Ceres ANNOT ID No.1502190(SEQ ID NO：857)、Ceres克隆ID No.565641(SEQ ID NO：876)、公共GI ID No.87240507(SEQ ID NO：877)、Ceres克隆ID No.1325382(SEQ ID NO：881)、Ceres克隆ID No.1558265(SEQ ID NO：885)、Ceres克隆ID No.1823669(SEQ ID NO：895)、和公共GI ID No.115464921(SEQ ID NO：898)。SEQ ID NO：850的其它功能同系物包括Ceres克隆ID No.100040598(SEQ ID NO：851)、Ceres克隆ID No.1847967(SEQ ID NO：855)、Ceres ANNOT ID No.1449186(SEQ ID NO：859)、Ceres ANNOT ID No.1466723(SEQ ID NO：861)、公共GI ID No.21805688(SEQ ID NO：862)、公共GI ID No.9795609(SEQ ID NO：863)、公共GI ID No.13877535(SEQ ID NO：864)、公共GI ID No.15232547(SEQ ID NO：865)、公共GI ID No.15238851(SEQ ID NO：866)、Ceres克隆ID No.123863(SEQ ID NO：868)、Ceres克隆ID No.652496(SEQ ID NO：870)、Ceres克隆ID No.1656707(SEQ ID NO：872)、Ceres克隆ID No.1660346(SEQ ID NO：874)、Ceres克隆ID No.678878(SEQ ID NO：879)、Ceres克隆ID No.340102(SEQ ID NO：883)、Ceres克隆ID No.330491(SEQ ID NO：887)、Ceres克隆ID No.992304(SEQ ID NO：889)、Ceres克隆ID No.1509925(SEQ ID NO：891)、Ceres克隆ID No.1543852(SEQ ID NO：893)、Ceres克隆ID No.1785736(SEQ ID NO：897)、Ceres ANNOT ID No.6079909(SEQ ID NO：900)、Ceres ANNOT ID No.6040353(SEQ ID NO：902)、Ceres ANNOT ID No.6100173(SEQ ID NO：904)、和鉴定为图9的序列的功能同系物的序列表，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：850的功能同系物具有与SEQID NO：850中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图10中提供了SEQ ID NO：907中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No.1940797(SEQ ID NO：909)、Ceres ANNOT ID No.1538900(SEQ ID NO：911)、Ceres克隆ID No.1126868(SEQ ID NO：922)、公共GI ID No.89257684(SEQ ID NO：923)、公共GI ID No.124360460(SEQ ID NO：929)、公共GI ID No.62865694(SEQ ID NO：931)、公共GI ID No.62865692(SEQ ID NO：932)、Ceres克隆ID No.260368(SEQ ID NO：936)、Ceres克隆ID No.1873510(SEQ ID NO：947)、公共GI ID No.125541662(SEQ ID NO：948)、公共GI ID No.48716268(SEQ ID NO：950)、和公共GI ID No.62865696(SEQ ID NO：1844)。SEQ ID NO：907的其它功能同系物包括Ceres ANNOT ID No.1529131(SEQ ID NO：913)、Ceres ANNOT ID No.1454060(SEQ ID NO：915)、Ceres ANNOT ID No.1442787(SEQ ID NO：917)、Ceres ANNOT ID No.1452648(SEQ ID NO：919)、公共GI ID No.2245140(SEQ ID NO：920)、公共GI ID No.89274212(SEQ ID NO：924)、Ceres克隆ID No.1104523(SEQ ID NO：926)、Ceres克隆ID No.654265(SEQ ID NO：928)、公共GI ID No.42627704(SEQ ID NO：930)、Ceres克隆ID No.887222(SEQ ID NO：934)、公共GI ID No.62865690(SEQ ID NO：937)、公共GI ID No.64175600(SEQ ID NO：938)、公共GI ID No.64175634(SEQ ID NO：939)、公共GI ID No.64175606(SEQ ID NO：940)、公共GI ID No.64175648(SEQ ID NO：941)、Ceres克隆ID No.312184(SEQ ID NO：943)、Ceres克隆ID No.380740(SEQ ID NO：945)、公共GI ID No.125531536(SEQ ID NO：949)、和鉴定为图10的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：907的功能同系物具有与SEQ ID NO：907中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图11中提供了SEQ ID NO：953中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No.1798705(SEQ ID NO：955)、Ceres ANNOT ID No.1458907(SEQ ID NO：963)、Ceres克隆ID No.1090409(SEQ ID NO：971)、Ceres克隆ID No.479817(SEQ ID NO：977)、Ceres克隆ID No.1041793(SEQ ID NO：979)、Ceres克隆ID No.684633(SEQ ID NO：985)、Ceres克隆ID No.371815(SEQ ID NO：991)、Ceres克隆ID No.1686460(SEQ ID NO：993)、Ceres克隆ID No.1448595(SEQ ID NO：995)、Ceres克隆ID No.1734477(SEQ ID NO：999)、Ceres克隆ID No.1605693(SEQ ID NO：1005)、Ceres克隆ID No.1757400(SEQ ID NO：1009)、和公共GI ID No.115434334(SEQ ID NO：1015)。SEQ ID NO：953的其它功能同系物包括Ceres克隆ID No.1793754(SEQ ID NO：957)、Ceres克隆ID No.1938045(SEQ ID NO：959)、Ceres克隆ID No.1850004(SEQ ID NO：961)、Ceres ANNOT ID No.1489548(SEQ ID NO：965)、公共GI ID No.22329538(SEQ ID NO：966)、公共GI ID No.18404714(SEQ ID NO：967)、Ceres克隆ID No.1110032(SEQ ID NO：969)、Ceres克隆ID No.1095353(SEQ ID NO：973)、Ceres克隆ID No.872121(SEQ ID NO：975)、Ceres克隆ID No.562208(SEQ ID NO：981)、Ceres克隆ID No.1042364(SEQ ID NO：983)、Ceres克隆ID No.1031873(SEQ ID NO：987)、Ceres克隆ID No.1377698(SEQ ID NO：989)、Ceres克隆ID No.1742945(SEQ ID NO：997)、Ceres克隆ID No.1742053(SEQ ID NO：1001)、Ceres克隆ID No.1728365(SEQ ID NO：1003)、Ceres克隆ID No.1609807(SEQ ID NO：1007)、Ceres克隆ID No.1778566(SEQ ID NO：1011)、Ceres克隆ID No.2020580(SEQ ID NO：1013)、公共GI ID No.125524285(SEQ ID NO：1014)、公共GI ID No.125568898(SEQ ID NO：1016)、Ceres ANNOT ID No.6055303(SEQ ID NO：1018)、和鉴定为图11的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：953的功能同系物具有与SEQ ID NO：953中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图12中提供了SEQ ID NO：1024中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres ANNOT ID No.1452905(SEQ ID NO：1029)、Ceres克隆ID No.956176(SEQ ID NO：1039)、公共GI ID No.92870366(SEQ ID NO：1040)、Ceres克隆ID No.294166(SEQ ID NO：1042)、和公共GI ID No.125543067(SEQ ID NO：1043)。SEQ ID NO：1024的其它功能同系物包括SEQ ID NO：1025、Ceres ANNOT ID No.1442522(SEQ ID NO：1027)、公共GI ID No.8778818(SEQ ID NO：1030)、Ceres克隆ID No.108095(SEQ ID NO：1032)、公共GI ID No.18394821(SEQ ID NO：1033)、Ceres克隆ID No.6332(SEQ ID NO：1035)、Ceres克隆ID No.1069047(SEQ ID NO：1037)、公共GI ID No.115480956(SEQ ID NO：1044)、和鉴定为图12的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：1024的功能同系物具有与SEQ ID NO：1024中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图13中提供了SEQ ID NO：1047中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No.1837694(SEQ ID NO：1053)、Ceres ANNOT ID No.1483367(SEQ ID NO：1057)、Ceres克隆ID No.1077781(SEQ ID NO：1083)、Ceres克隆ID No.471026(SEQ ID NO：1085)、公共GI ID No.92888885(SEQ ID NO：1099)、公共GI ID No.45544873(SEQ ID NO：1100)、公共GI ID No.45758663(SEQ ID NO：1101)、Ceres克隆ID No.772927(SEQ ID NO：1105)、Ceres克隆ID No.895080(SEQ ID NO：1111)、Ceres克隆ID No.1806128(SEQ ID NO：1131)、公共GI ID No.115458192(SEQ ID NO：1134)、和公共GI ID No.82470795(SEQ ID NO：1139)。SEQ ID NO：1047的其它功能同系物包括Ceres克隆ID No.1837746(SEQ ID NO：1049)、Ceres克隆ID No.1834764(SEQ ID NO：1051)、Ceres克隆ID No.1853547(SEQ ID NO：1055)、Ceres ANNOT ID No.1474088(SEQ ID NO：1059)、Ceres ANNOT ID No.1536919(SEQ ID NO：1061)、Ceres ANNOT ID No.1467033(SEQ ID NO：1063)、Ceres ANNOT ID No.1485401(SEQ ID NO：1065)、Ceres ANNOT ID No.1486505(SEQ ID NO：1067)、公共GI ID No.17065054(SEQ ID NO：1068)、公共GI ID No.30694690(SEQ ID NO：1069)、Ceres克隆ID No.12997(SEQ ID NO：1071)、公共GI ID No.30694694(SEQ ID NO：1072)、公共GI ID No.42572167(SEQ ID NO：1073)、公共GI ID No.110739742(SEQ ID NO：1074)、公共GI ID No.18412263(SEQ ID NO：1075)、Ceres克隆ID No.36412(SEQ ID NO：1077)、公共GI ID No.18399792(SEQ ID NO：1078)、Ceres克隆ID No.924(SEQ ID NO：1080)、公共GI ID No.15238000(SEQ ID NO：1081)、Ceres克隆ID No.1626330(SEQ ID NO：1087)、Ceres克隆ID No.1650419(SEQ ID NO：1089)、Ceres克隆ID No.1641329(SEQ ID NO：1091)、Ceres克隆ID No.1620406(SEQ ID NO：1093)、Ceres克隆ID No.546832(SEQ ID NO：1095)、Ceres克隆ID No.1243138(SEQ ID NO：1097)、公共GI ID No.92887260(SEQID NO：1098)、Ceres克隆ID No.885628(SEQ ID NO：1103)、Ceres克隆ID No.1376391(SEQ ID NO：1107)、Ceres克隆ID No.465893(SEQ ID NO：1109)、Ceres克隆ID No.218243(SEQ ID NO：1113)、Ceres克隆ID No.1558456(SEQ ID NO：1115)、Ceres克隆ID No.343008(SEQ ID NO：1117)、Ceres克隆ID No.218463(SEQ ID NO：1119)、Ceres克隆ID No.1565409(SEQ ID NO：1121)、Ceres克隆ID No.1060968(SEQ ID NO：1123)、Ceres克隆ID No.236111(SEQ ID NO：1125)、Ceres克隆ID No.285598(SEQ ID NO：1127)、Ceres克隆ID No.225881(SEQ ID NO：1129)、Ceres克隆ID No.1811383(SEQ ID NO：1133)、公共GI ID No.49388268(SEQ ID NO：1135)、公共GI ID No.125590268(SEQ ID NO：1136)、公共GI ID No.115444009(SEQ ID NO：1137)、公共GI ID No.115447993(SEQ ID NO：1138)、Ceres ANNOT ID No.6033842(SEQ ID NO：1141)、Ceres ANNOT ID No.6029952(SEQ ID NO：1143)、Ceres ANNOT ID No.6035837(SEQ ID NO：1145)、Ceres ANNOT ID No.6035830(SEQ ID NO：1147)、Ceres ANNOT ID No.6029981(SEQ ID NO：1149)、和鉴定为图13的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：1047的功能同系物具有与SEQ ID NO：1047中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图14中提供了SEQ ID NO：1151中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No.1851526(SEQ ID NO：1155)、Ceres ANNOT ID No.1486769(SEQ ID NO：1172)、公共GI ID No.83032232(SEQ ID NO：1209)、Ceres克隆ID No.1620420(SEQ ID NO：1211)、公共GI ID No.92892428(SEQ ID NO：1215)、Ceres克隆ID No.884742(SEQ ID NO：1223)、Ceres克隆ID No.1821559(SEQ ID NO：1246)、公共GI ID No.51535021(SEQ ID NO：1258)、公共GI ID No.113205304(SEQ ID NO：1263)、和公共GI ID No.37719051(SEQ ID NO：1264)。SEQ ID NO：1151的其它功能同系物包括Ceres克隆ID No.1918070(SEQ ID NO：1153)、Ceres克隆ID No.1948426(SEQ ID NO：1157)、Ceres克隆ID No.1937875(SEQ ID NO：1159)、Ceres克隆ID No.100056542(SEQ ID NO：1160)、公共GI ID No.5731257(SEQ ID NO：1161)、Ceres克隆ID No.100058043(SEQ ID NO：1162)、Ceres克隆ID No.1838288(SEQ ID NO：1164)、Ceres克隆ID No.1793597(SEQ ID NO：1166)、CeresANNOT ID No.1543031(SEQ ID NO：1168)、Ceres ANNOT ID No.1489643(SEQ ID NO：1170)、Ceres ANNOT ID No.1479721(SEQ ID NO：1174)、Ceres ANNOT ID No.1449170(SEQ ID NO：1176)、Ceres ANNOT ID No.1493696(SEQ ID NO：1178)、Ceres ANNOT ID No.1543534(SEQ ID NO：1180)、Ceres ANNOT ID No.1440815(SEQ ID NO：1182)、Ceres ANNOT ID No.1490137(SEQ ID NO：1184)、Ceres ANNOT ID No.1451054(SEQ ID NO：1186)、Ceres ANNOT ID No.1456669(SEQ ID NO：1188)、Ceres ANNOT ID No.1509865(SEQ ID NO：1190)、Ceres ANNOT ID No.1447910(SEQ ID NO：1192)、Ceres ANNOT ID No.1471068(SEQ ID NO：1194)、Ceres ANNOT ID No.1504118(SEQ ID NO：1196)、Ceres克隆ID No.1343621(SEQ ID NO：1198)、公共GI ID No.15218305(SEQ ID NO：1199)、公共GI ID No.15219640(SEQ ID NO：1200)、公共GI ID No.18409345(SEQ ID NO：1201)、公共GI ID No.6522545(SEQ ID NO：1202)、公共GI ID No.15237274(SEQ ID NO：1203)、公共GI ID No.26452377(SEQ ID NO：1204)、Ceres克隆ID No.33629(SEQ ID NO：1206)、Ceres克隆ID No.1064407(SEQ ID NO：1208)、Ceres克隆ID No.1656310(SEQ ID NO：1213)、公共GI ID No.92885257(SEQ ID NO：1214)、公共GI ID No.92868571(SEQ ID NO：1216)、公共GI ID No.53689778(SEQ ID NO：1217)、Ceres克隆ID No.835598(SEQ ID NO：1219)、Ceres克隆ID No.575649(SEQ ID NO：1221)、Ceres克隆ID No.376567(SEQ ID NO：1225)、Ceres克隆ID No.1284191(SEQ ID NO：1227)、Ceres克隆ID No.367175(SEQ ID NO：1229)、Ceres克隆ID No.100748296(SEQ ID NO：1230)、Ceres克隆ID No.1597176(SEQ ID NO：1232)、Ceres克隆ID No.375636(SEQ ID NO：1234)、Ceres克隆ID No.288123(SEQ ID NO：1236)、Ceres克隆ID No.303582(SEQ ID NO：1238)、Ceres克隆ID No.1604759(SEQ ID NO：1240)、Ceres克隆ID No.1955192(SEQ ID NO：1242)、Ceres克隆ID No.2008687(SEQ ID NO：1244)、Ceres克隆ID No.1995843(SEQ ID NO：1248)、Ceres克隆ID No.2008591(SEQ ID NO：1250)、Ceres克隆ID No.2046826(SEQ ID NO：1252)、Ceres克隆ID No.1985573(SEQ ID NO：1254)、公共GI ID No.125541129(SEQ ID NO：1255)、公共GI ID No.125528922(SEQ ID NO：1256)、公共GI ID No.115487590(SEQ ID NO：1257)、公共GI ID No.115448671(SEQ ID NO：1259)、公共GI ID No.125596564(SEQ ID NO：1260)、公共GI ID No.125573161(SEQ IDNO：1261)、公共GI ID No.48716463(SEQ ID NO：1262)、Ceres ANNOT ID No.6054246(SEQ ID NO：1266)、Ceres ANNOT ID No.6086570(SEQ ID NO：1268)、Ceres ANNOT ID No.6024957(SEQ ID NO：1270)、Ceres ANNOT ID No.6016867(SEQ ID NO：1272)、Ceres ANNOT ID No.6091369(SEQ ID NO：1274)、和鉴定为图14的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：1151的功能同系物具有与SEQ ID NO：1151中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图15中提供了SEQ ID NO：1277中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No.1926352(SEQ ID NO：1279)、Ceres ANNOT ID No.1448905(SEQ ID NO：1285)、公共GI ID No.15236865(SEQ ID NO：1294)、Ceres克隆ID No.934771(SEQ ID NO：1301)、Ceres克隆ID No.338386(SEQ ID NO：1303)、Ceres克隆ID No.1780691(SEQ ID NO：1317)、和公共GI ID No.115464819(SEQ ID NO：1326)。SEQ ID NO：1277的其它功能同系物包括Ceres克隆ID No.1848576(SEQ ID NO：1281)、Ceres克隆ID No.1981528(SEQ ID NO：1283)、Ceres ANNOT ID No.1465978(SEQ ID NO：1287)、Ceres ANNOT ID No.1504997(SEQ ID NO：1289)、Ceres ANNOT ID No.1451909(SEQ ID NO：1291)、Ceres ANNOT ID No.1461635(SEQ ID NO：1293)、公共GI ID No.18397400(SEQ ID NO：1295)、Ceres克隆ID No.16226(SEQ ID NO：1297)、公共GI ID No.18411823(SEQ ID NO：1298)、公共GI ID No.15219845(SEQ ID NO：1299)、Ceres克隆ID No.1276710(SEQ ID NO：1305)、Ceres克隆ID No.1479310(SEQ ID NO：1307)、Ceres克隆ID No.376230(SEQ ID NO：1309)、Ceres克隆ID No.1290713(SEQ ID NO：1311)、Ceres克隆ID No.321681(SEQ ID NO：1313)、Ceres克隆ID No.1869072(SEQ ID NO：1315)、Ceres克隆ID No.1818502(SEQ ID NO：1319)、Ceres克隆ID No.1750477(SEQ ID NO：1321)、公共GI ID No.125552947(SEQ ID NO：1322)、公共GI ID No.125527862(SEQ ID NO：1323)、公共GI ID No.125543660(SEQ ID NO：1324)、公共GI ID No.125528123(SEQ ID NO：1325)、公共GI ID No.115440195(SEQ ID NO：1327)、公共GI ID No.115452717(SEQ ID NO：1328)、公共GI ID No.115440629(SEQ ID NO：1329)、公共GI ID No.115464599(SEQ ID NO：1330)、公共GI ID No.20161462(SEQ ID NO：1331)、公共GI ID No.125586076(SEQ ID NO：1332)、Ceres克隆ID No.1823216(SEQ ID NO：1334)、Ceres ANNOT ID No.6040230(SEQ ID NO：1336)、Ceres ANNOT ID No.6015489(SEQ ID NO：1338)、Ceres ANNOT ID No.6042890(SEQ ID NO：1340)、Ceres ANNOT ID No.6040033(SEQ ID NO：1342)、Ceres ANNOT ID No.6018414(SEQ ID NO：1344)、和鉴定为图15的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：1277的功能同系物具有与SEQ ID NO：1277中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图16中提供了SEQ ID NO：1347中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No.285028(SEQ ID NO：1419)、Ceres克隆ID No.100969565(SEQ ID NO：1422)、公共GI ID No.1352057(SEQ ID NO：1427)、Ceres ANNOT ID No.1453784(SEQ ID NO：1429)、公共GI ID No.452777(SEQ ID NO：1430)、和公共GI ID No.92873297(SEQ ID NO：1431)。SEQ ID NO：1347的其它功能同系物包括Ceres ANNOT ID No.1452612(SEQ ID NO：1349)、Ceres克隆ID No.520455(SEQ ID NO：1351)、公共GI ID No.75271810(SEQ ID NO：1352)、公共GI ID No.115489446(SEQ ID NO：1353)、Ceres克隆ID No.499878(SEQ ID NO：1355)、Ceres ANNOT ID No.1491840(SEQ ID NO：1357)、公共GI ID No.125587204(SEQ ID NO：1358)、Ceres克隆ID No.320997(SEQ ID NO：1360)、Ceres ANNOT ID No.1455585(SEQ ID NO：1362)、Ceres ANNOT ID No.1499460(SEQ ID NO：1364)、Ceres克隆ID No.334484(SEQ ID NO：1366)、Ceres克隆ID No.100819481(SEQ ID NO：1367)、公共GI ID No.115462401(SEQ ID NO：1368)、Ceres克隆ID No.1448136(SEQ ID NO：1370)、Ceres克隆ID No.277751(SEQ ID NO：1372)、Ceres ANNOT ID No.1491839(SEQ ID NO：1374)、Ceres克隆ID No.100913241(SEQ ID NO：1375)、Ceres克隆ID No.1053224(SEQ ID NO：1377)、Ceres克隆ID No.425766(SEQ ID NO：1379)、Ceres克隆ID No.485480(SEQ ID NO：1381)、Ceres克隆ID No.474845(SEQ ID NO：1383)、Ceres克隆ID No.354561(SEQ ID NO：1385)、Ceres克隆ID No.540858(SEQ ID NO：1387)、Ceres克隆ID No.2032994(SEQ ID NO：1389)、Ceres克隆ID No.2015315(SEQID NO：1391)、Ceres克隆ID No.2016149(SEQ ID NO：1393)、Ceres克隆ID No.1922843(SEQ ID NO：1395)、Ceres克隆ID No.2000263(SEQ ID NO：1397)、Ceres克隆ID No.1943510(SEQ ID NO：1399)、Ceres克隆ID No.1835498(SEQ ID NO：1401)、Ceres克隆ID No.101116694(SEQ ID NO：1402)、Ceres克隆ID No.1930596(SEQ ID NO：1404)、Ceres克隆ID No.846036(SEQ ID NO：1406)、Ceres克隆ID No.941614(SEQ ID NO：1408)、Ceres克隆ID No.238788(SEQ ID NO：1410)、公共GI ID No.125554220(SEQ ID NO：1411)、公共GI ID No.125559895(SEQ ID NO：1412)、公共GI ID No.75252070(SEQ ID NO：1413)、公共GI ID No.115466632(SEQ ID NO：1414)、公共GI ID No.125541525(SEQ ID NO：1415)、Ceres克隆ID No.1805110(SEQ ID NO：1417)、Ceres克隆ID No.1725309(SEQ ID NO：1421)、Ceres克隆ID No.100861679(SEQ ID NO：1423)、公共GI ID No.75226278(SEQ ID NO：1424)、公共GI ID No.125525030(SEQ ID NO：1425)、公共GI ID No.115435474(SEQ ID NO：1426)、Ceres克隆ID No.1728516(SEQ ID NO：1433)、公共GI ID No.115467910(SEQ ID NO：1434)、公共GI ID No.15239950(SEQ ID NO：1435)、公共GI ID No.4887012(SEQ ID NO：1436)、Ceres ANNOT ID No.1478544(SEQ ID NO：1438)、公共GI ID No.90811713(SEQ ID NO：1439)、公共GI ID No.25989504(SEQ ID NO：1440)、Ceres克隆ID No.1113354(SEQ ID NO：1442)、Ceres克隆ID No.1113630(SEQ ID NO：1444)、Ceres ANNOT ID No.6072030(SEQ ID NO：1446)、Ceres ANNOT ID No.6025654(SEQ ID NO：1448)、Ceres ANNOT ID No.6091150(SEQ ID NO：1450)、Ceres ANNOT ID No.6100390(SEQ ID NO：1452)、和鉴定为图16的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：1347的功能同系物具有与SEQ ID NO：1347中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图17中提供了SEQ ID NO：1457中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No.1924904(SEQ ID NO：1460)、Ceres ANNOT ID No.1543346(SEQ ID NO：1462)、公共GI ID No.18396338(SEQ ID NO：1467)、Ceres克隆ID No.833872(SEQ ID NO：1471)、Ceres克隆ID No.1579587(SEQ ID NO：1475)、Ceres克隆ID No.1786411(SEQ ID NO：1477)、和公共GI ID No.108864370(SEQ ID NO：1480)。SEQ ID NO：1457的其它功能同系物包括SEQ ID NO：1458、Ceres ANNOT ID No.1532932(SEQ ID NO：1464)、Ceres ANNOT ID No.1489955(SEQ ID NO：1466)、公共GI ID No.4928917(SEQ ID NO：1468)、公共GI ID No.6728979(SEQ ID NO：1469)、Ceres克隆ID No.285780(SEQ ID NO：1473)、公共GI ID No.125528863(SEQ ID NO：1478)、公共GI ID No.125536365(SEQ ID NO：1479)、公共GI ID No.108864369(SEQ ID NO：1481)、公共GI ID No.115488274(SEQ ID NO：1482)、公共GI ID No.125577099(SEQ ID NO：1483)、公共GI ID No.125573110(SEQ ID NO：1484)、公共GI ID No.124359159(SEQ ID NO：1485)、公共GI ID No.62901479(SEQ ID NO：1486)、Ceres ANNOT ID No.6016783(SEQ ID NO：1488)、Ceres ANNOT ID No.6020759(SEQ ID NO：1490)、Ceres ANNOT ID No.6028676(SEQ ID NO：1492)、Ceres ANNOT ID No.6028677(SEQ ID NO：1494)、和鉴定为图17的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：1457的功能同系物具有与SEQ ID NO：1457中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图18中提供了SEQ ID NO：1497中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres ANNOT ID No.1443463(SEQ ID NO：1499)、公共GI ID No.13605525(SEQ ID NO：1502)、公共GI ID No.94965681(SEQ ID NO：1506)、和公共GI ID No.28201254(SEQ ID NO：1512)。SEQ ID NO：1497的其它功能同系物包括Ceres ANNOT ID No.1504954(SEQ ID NO：1501)、公共GI ID No.2499553(SEQ ID NO：1503)、公共GI ID No.738308(SEQ ID NO：1504)、公共GI ID No.4325368(SEQ ID NO：1505)、Ceres克隆ID No.919923(SEQ ID NO：1508)、Ceres克隆ID No.1659764(SEQ ID NO：1510)、公共GI ID No.125539984(SEQ ID NO：1511)、公共GI ID No.21740729(SEQ ID NO：1513)、公共GI ID No.115458700(SEQ ID NO：1514)、公共GI ID No.125590574(SEQ ID NO：1515)、公共GI ID No.16444957(SEQ ID NO：1516)、Ceres克隆ID No.1784494(SEQ ID NO：1518)、公共GI ID No.77963980(SEQ ID NO：1519)、公共GI ID No.124361190(SEQ ID NO：1520)、公共GI ID No.37725007(SEQ ID NO：1521)、公共GI ID No.45935258(SEQ ID NO：1522)、公共GI ID No.15559008(SEQ ID NO：1523)、公共GI ID No.38037416(SEQ ID NO：1524)、公共GI ID No.77963974(SEQ ID NO：1525)、Ceres ANNOT ID No.6112581(SEQ ID NO：1527)、公共GI ID No.56553448(SEQ ID NO：1528)、公共GI ID No.23506659(SEQ ID NO：1529)、Ceres ANNOT ID No.6118060(SEQ ID NO：1531)、公共GI ID No.46446306(SEQ ID NO：1532)、公共GI ID No.114321405(SEQ ID NO：1533)、公共GI ID No.83858274(SEQ ID NO：1534)、公共GI ID No.154250969(SEQ ID NO：1535)、公共GI ID No.83594235(SEQ ID NO：1536)、和鉴定为图18的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：1497的功能同系物具有与SEQ ID NO：1497中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图19中提供了SEQ ID NO：1587中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No.1839577(SEQ ID NO：1589)、Ceres ANNOT ID No.1491567(SEQ ID NO：1591)、Ceres克隆ID No.574505(SEQ ID NO：1596)、公共GI ID No.56117815(SEQ ID NO：1597)、公共GI ID No.92874021(SEQ ID NO：1603)、公共GI ID No.123684(SEQ ID NO：1605)、公共GI ID No.5821136(SEQ ID NO：1606)、Ceres克隆ID No.283366(SEQ ID NO：1609)、公共GI ID No.16118447(SEQ ID NO：1612)、和公共GI ID No.125562434(SEQ ID NO：1614)。SEQ ID NO：1587的其它功能同系物包括Ceres ANNOT ID No.1438739(SEQ ID NO：1593)、公共GI ID No.89274218(SEQ ID NO：1594)、公共GI ID No.115521211(SEQ ID NO：1598)、公共GI ID No.115521213(SEQ ID NO：1599)、公共GI ID No.115521217(SEQ ID NO：1600)、公共GI ID No.115521209(SEQ ID NO：1601)、公共GI ID No.115521215(SEQ ID NO：1602)、公共GI ID No.11386827(SEQ ID NO：1604)、公共GI ID No.25052685(SEQ ID NO：1607)、Ceres克隆ID No.1440437(SEQ ID NO：1611)、公共GI ID No.125564440(SEQ ID NO：1613)、公共GI ID No.116309817(SEQ ID NO：1615)、公共GI ID No.125549382(SEQ ID NO：1616)、公共GI ID No.52077317(SEQ ID NO：1617)、公共GI ID No.115477655(SEQ ID NO：1618)、公共GI ID No.42408097(SEQ ID NO：1619)、公共GI ID No.115459982(SEQ ID NO：1620)、公共GI IDNo.33591096(SEQ ID NO：1621)、Ceres克隆ID No.484753(SEQ ID NO：1623)、Ceres ANNOT ID No.6035291(SEQ ID NO：1625)、和鉴定为图19的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：1587的功能同系物具有与SEQ ID NO：1587中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图20中提供了SEQ ID NO：1635中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres ANNOT ID No.1508307(SEQ ID NO：1637)、公共GI ID No.1495267(SEQ ID NO：1642)、公共GI ID No.87241310(SEQ ID NO：1644)、Ceres克隆ID No.938390(SEQ ID NO：1646)、Ceres克隆ID No.272338(SEQ ID NO：1648)、Ceres克隆ID No.1993510(SEQ ID NO：1650)、公共GI ID No.125563862(SEQ ID NO：1651)、和公共GI ID No.125605833(SEQ ID NO：1653)。SEQ ID NO：1635的其它功能同系物包括公共GI ID No.6899919(SEQ ID NO：1632)、Ceres ANNOT ID No.1455110(SEQ ID NO：1639)、Ceres ANNOT ID No.1525218(SEQ ID NO：1641)、公共GI ID No.15231597(SEQ ID NO：1643)、公共GI ID No.125548147(SEQ ID NO：1652)、公共GI ID No.51091343(SEQ ID NO：1654)、公共GI ID No.115479355(SEQ ID NO：1655)、Ceres ANNOT ID No.6042086(SEQ ID NO：1657)、Ceres ANNOT ID No.6029903(SEQ ID NO：1659)、和鉴定为图20的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：1635的功能同系物具有与SEQ ID NO：1635中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图21中提供了SEQ ID NO：1540中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No.1943265(SEQ ID NO：1543)、Ceres ANNOT ID No.1454522(SEQ ID NO：1547)、公共GI ID No.31323447(SEQ ID NO：1556)、Ceres克隆ID No.1583941(SEQ ID NO：1561)、Ceres克隆ID No.1792942(SEQ ID NO：1563)、公共GI ID No.77548772(SEQ ID NO：1565)、和公共GI ID No.84453182(SEQ ID NO：1567)。SEQ ID NO：1540的其它功能同系物包括公共GI ID No.31746344(SEQ ID NO：1541)、Ceres克隆ID No.1926640(SEQ ID NO：1545)、Ceres ANNOT ID No.1475125(SEQ IDNO：1549)、Ceres ANNOT ID No.1439653(SEQ ID NO：1551)、Ceres ANNOT ID No.1461995(SEQ ID NO：1553)、公共GI ID No.13877517(SEQ ID NO：1554)、公共GI ID No.7239157(SEQ ID NO：1555)、公共GI ID No.22652125(SEQ ID NO：1557)、公共GI ID No.22652115(SEQ ID NO：1558)、公共GI ID No.22652117(SEQ ID NO：1559)、公共GI ID No.125535858(SEQ ID NO：1564)、公共GI ID No.125578581(SEQ ID NO：1566)、公共GI ID No.13752407(SEQ ID NO：1568)、Ceres ANNOT ID No.6098817(SEQ ID NO：1570)、Ceres ANNOT ID No.6039430(SEQ ID NO：1572)、Ceres ANNOT ID No.6068141(SEQ ID NO：1574)、Ceres ANNOT ID No.6033916(SEQ ID NO：1576)、Ceres ANNOT ID No.6034399(SEQ ID NO：1578)、Ceres ANNOT ID No.6068617(SEQ ID NO：1580)、Ceres ANNOT ID No.6026318(SEQ ID NO：1582)、Ceres ANNOT ID No.6107650(SEQ ID NO：1584)、和鉴定为图21的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：1540的功能同系物具有与SEQ ID NO：1540中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图22中提供了SEQ ID NO：538中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括公共GI ID No.5731739(SEQ ID NO：539)、Ceres ANNOT ID No.1538045(SEQ ID NO：541)、公共GI ID No.29467479(SEQ ID NO：542)、公共GI ID No.133921974(SEQ ID NO：543)、公共GI ID No.113197027(SEQ ID NO：544)、公共GI ID No.92879277(SEQ ID NO：545)、公共GI ID No.45935260(SEQ ID NO：546)、公共GI ID No.8101444(SEQ ID NO：547)、公共GI ID No.78217443(SEQ ID NO：548)、和公共GI ID No.28372347(SEQ ID NO：549)。SEQ ID NO：538的其它功能同系物包括公共GI ID No.16416405(SEQ ID NO：550)、Ceres ANNOT ID No.1484634(SEQ ID NO：552)、Ceres ANNOT ID No.1451869(SEQ ID NO：554)、公共GI ID No.25407462(SEQ ID NO：555)、公共GI ID No.29467481(SEQ ID NO：556)、公共GI ID No.29467477(SEQ ID NO：557)、公共GI ID No.45935264(SEQ ID NO：558)、公共GI ID No.5524201(SEQ ID NO：559)、公共GI ID No.78217441(SEQ ID NO：560)、公共GI ID No.3551221(SEQ ID NO：561)、公共GI ID No.3551219(SEQ ID NO：562)、公共GI ID No.23954324(SEQ ID NO：563)、公共GI ID No.125582937(SEQ ID NO：564)、公共GI ID No.83764373(SEQ ID NO：565)、Ceres ANNOT ID No.6045327(SEQ ID NO：567)、和鉴定为图22的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：538的功能同系物具有与SEQ ID NO：538中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图23中提供了SEQ ID NO：606中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括公共GI ID No.92873064(SEQ ID NO：607)、公共GI ID No.37051125(SEQ ID NO：608)、和公共GI ID No.112363376(SEQ ID NO：609)。SEQ ID NO：606的其它功能同系物包括Ceres克隆ID No.1938524(SEQ ID NO：611)、Ceres ANNOT ID No.1473601(SEQ ID NO：613)、Ceres ANNOT ID No.1468397(SEQ ID NO：615)、公共GI ID No.21554185(SEQ ID NO：616)、公共GI ID No.18424330(SEQ ID NO：617)、公共GI ID No.8885571(SEQ ID NO：618)、Ceres克隆ID No.20852(SEQ ID NO：620)、公共GI ID No.21553763(SEQ ID NO：621)、公共GI ID No.18401763(SEQ ID NO：622)、Ceres克隆ID No.16423(SEQ ID NO：624)、公共GI ID No.112363380(SEQ ID NO：625)、公共GI ID No.6092016(SEQ ID NO：626)、Ceres克隆ID No.770468(SEQ ID NO：628)、公共GI ID No.113205234(SEQ ID NO：629)、Ceres ANNOT ID No.6094775(SEQ ID NO：631)、和鉴定为图23的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO：606的功能同系物具有与SEO ID NO：606中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
图24中提供了SEQ ID NO：570中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No.1919714(SEQ ID NO：572)、Ceres ANNOT ID No.1443290(SEQ ID NO：574)、Ceres克隆ID No.1042157(SEQ ID NO：576)、Ceres克隆ID No.1384304(SEQ ID NO：578)、和公共GI ID No.115464375(SEQ ID NO：579)。SEQ ID NO：570的其它功能同系物包括Ceres克隆ID No.100028078(SEQ ID NO：580)、Ceres ANNOT ID No.1452096(SEQ ID NO：582)、Ceres ANNOT ID No.1503869(SEQ ID NO：584)、Ceres ANNOT ID No.1525651(SEQ ID NO：586)、Ceres克隆ID No.1645639(SEQ IDNO：588)、Ceres克隆ID No.603237(SEQ ID NO：590)、Ceres克隆ID No.340925(SEQ ID NO：592)、Ceres克隆ID No.293238(SEQ ID NO：594)、Ceres克隆ID No.483742(SEQ ID NO：596)、Ceres克隆ID No.1460255(SEQ ID NO：598)、Ceres克隆ID No.1400107(SEQ ID NO：600)、公共GI ID No.115440865(SEQ ID NO：601)、Ceres ANNOT ID No.6016008(SEQ ID NO：603)、和鉴定为图24的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ IDNO：570的功能同系物具有与SEQ ID NO：570中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性多肽中保守区的鉴定便于生成SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的变体。SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的变体在一级氨基酸序列内通常具有10处或更少的保守氨基酸替代，例如7处或更少的保守氨基酸替代，5处或更少的保守氨基酸替代，或者1处和5处之间的保守替代。可以基于图1-24中所列的比对之一来构建有用的变体多肽。此类多肽包括保守区，它们以图中所描绘的次序从氨基端末端向羧基端末端安排。此类多肽在以短划线标记的位置中也可以包括0个、1个、或超过1个氨基酸。当以短划线标记的位置处不存在氨基酸时，此类多肽的长度是所有保守区中氨基酸残基的总和。当以短划线标记的所有位置处存在氨基酸时，此类多肽具有的长度是所有保守区和所有短划线中的氨基酸残基的总和。
D.通过HMMER鉴定的功能同系物
在一些实施方案中，有用的SD+EODFR和/或低光耐受性多肽包括那些拟合基于图1-24之任一中所列的多肽的隐蔽马尔科夫模型的。隐蔽马尔科夫模型(HMM)是一组功能同系物的共有序列的统计学模型。参见Durbin等，Biological Sequence Analysis：Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids，Cambridge University Press，Cambridge，UK(1998)。通过具有缺省程序参数的程序HMMER 2.3.2，使用一组功能同系物的序列作为输入来产生HMM。通过ProbCons(Do等，Genome Res.，15(2)：330-40(2005))第1.11版来产生多序列比对，其使用一套缺省参数：-c，--一致性REPS为2；-ir，--迭代细化REPS为100；-pre，--预练习REPS为0来进行。ProbCons是由斯坦福大学提供的公共结构域软件程序。
用于构筑HMM的缺省参数(hmmbuild)如下：MAP结构构建所使用的缺省“结构优先”(“architecture prior”，archpri)是0.85，而用于测定有效序列数目的缺省截留阈值(idlevel)是0.62。HMMER 2.3.2于2003年10月3日在GNU通用公共许可下发行，而且可获自万维网上的各种资源诸如hmmer.janelia.org；hmmer.wustl.edu；和fr.com/hmmer232/。Hmmbuild以文本文件输出模型。
可以使用一组功能同系物的HMM来测定候选SD+EODFR和/或低光耐受性多肽序列比拟合使用结构或功能上无关的一组序列产生的空HMM更好地拟合所述特定HMM的可能性。通过HMM比特得分(即当使用HMMERhmmsearch程序将候选序列拟合至HMM概况(profile)时产生的数目)指明候选多肽序列比拟合空HMM更好地拟合HMM的可能性。在运行hmmsearch时使用下列缺省参数：缺省E值截留(E)是10.0，缺省比特得分截留(T)是负无穷大，数据库中序列的缺省数目(Z)是数据库中序列的实数，每域分级命中列表的缺省E值截留(domE)是无穷大，而每域分级命中列表的缺省比特得分截留(domT)是负无穷大。高的HMM比特得分指明候选序列实施用于产生HMM的多肽的一项或多项生化或生理学功能的可能性较大。高的HMM比特得分是至少20，而且常常更高。特定序列的HMM比特得分的略微变化可以由于各因素诸如通过多序列比对算法诸如ProbCons程序进行比对的序列的次序而发生。然而，所述HMM比特得分变化是次要的。
下文所讨论的SD+EODFR和/或低光耐受性多肽拟合指明的HMM，HMM比特得分大于20(例如大于30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、或500)。在一些实施方案中，下文所讨论的SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的HMM比特得分是序列表中提供的功能同系物的HMM比特得分的约50％、60％、70％、80％、90％、或95％。在一些实施方案中，下文所讨论的SD+EODFR和/或低光耐受性多肽拟合指明的HMM，HMM比特得分大于20，而且具有指明SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的结构域。在一些实施方案中，下文所讨论的SD+EODFR和/或低光耐受性多肽拟合指明的HMM，HMM比特得分大于20，而且与图1-24之任一中显示的氨基酸序列具有70％或更大的序列同一性(例如75％、80％、85％、90％、95％、或100％序列同一性)。
序列表中显示了当拟合至从图1中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于170的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4g37295(SEQ ID NO：3)、Ceres克隆ID No.1844057(SEQ ID NO：7)、Ceres ANNOT ID No.1469148(SEQ ID NO：22)、公共GI ID No.18390998(SEQ ID NO：25)、Ceres克隆ID No.1065656(SEQ ID NO：32)、Ceres克隆ID No.1652677(SEQ ID NO：36)、公共GI ID No.92874556(SEQ ID NO：49)、Ceres克隆ID No.1329161(SEQ ID NO：53)、Ceres克隆ID No.1030378(SEQ ID NO：55)、Ceres克隆ID No.1413787(SEQ ID NO：57)、公共GI ID No.125543598(SEQ ID NO：60)、Ceres克隆ID No.1793691(SEQ ID NO：5)、Ceres克隆ID No.1933784(SEQ ID NO：9)、Ceres克隆ID No.100030408(SEQ ID NO：10)、Ceres克隆ID No.1837059(SEQ ID NO：12)、Ceres克隆ID No.1793801(SEQ ID NO：14)、Ceres克隆ID No.1855480(SEQ ID NO：16)、Ceres克隆ID No.1915644(SEQ ID NO：18)、Ceres克隆ID No.1898104(SEQ ID NO：20)、Ceres ANNOT ID No.1464241(SEQ ID NO：24)、公共GI ID No.18697627(SEQ ID NO：26)、Ceres克隆ID No.9391(SEQ ID NO：28)、Ceres克隆ID No.111154(SEQ ID NO：30)、Ceres克隆ID No.973975(SEQ ID NO：34)、Ceres克隆ID No.676695(SEQ ID NO：38)、Ceres克隆ID No.680331(SEQ ID NO：40)、Ceres克隆ID No.654515(SEQ ID NO：42)、Ceres克隆ID No.626154(SEQ ID NO：44)、Ceres克隆ID No.710603(SEQ ID NO：46)、Ceres克隆ID No.648076(SEQ ID NO：48)、Ceres克隆ID No.749439(SEQ ID NO：51)、Ceres克隆ID No.295936(SEQ ID NO：59)、公共GI ID No.125525139(SEQ ID NO：61)、公共GI ID No.115452643(SEQ ID NO：62)、公共GI ID No.24059889(SEQ ID NO：63)、Ceres ANNOT ID No.6012747(SEQ ID NO：65)、Ceres ANNOT ID No.6027628(SEQ ID NO：67)、和鉴定为图1的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图2中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于80的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At2g32710(SEQ ID NO：70)、Ceres克隆ID No.1975934(SEQ ID NO：72)、Ceres ANNOT ID No.1529913(SEQ ID NO：80)、Ceres克隆ID No.977794(SEQ ID NO：93)、公共GI ID No.42362378(SEQ ID NO：96)、公共GI ID No.23899378(SEQ ID NO：99)、公共GI ID No.15963346(SEQ ID NO：101)、公共GI ID No.15963344+B816(SEQ ID NO：102)、公共GI ID No.92429657(SEQ ID NO：103)、Ceres克隆ID No.746644(SEQ ID NO：105)、Ceres克隆ID No.623089(SEQ ID NO：109)、Ceres克隆ID No.1913678(SEQ ID NO：115)、公共GI ID No.115450609(SEQ ID NO：119)、Ceres克隆ID No.1835084(SEQ ID NO：74)、Ceres克隆ID No.1846153(SEQ ID NO：76)、Ceres克隆ID No.1930884(SEQ ID NO：78)、Ceres ANNOT ID No.1493858(SEQ ID NO：82)、Ceres ANNOT ID No.1498646(SEQ ID NO：84)、Ceres ANNOT ID No.1440974(SEQ ID NO：86)、Ceres克隆ID No.1189183(SEQ ID NO：88)、公共GI ID No.26450253(SEQ ID NO：89)、公共GI ID No.15239719(SEQ ID NO：90)、公共GI ID No.15230194(SEQ ID NO：91)、Ceres克隆ID No.630905(SEQ ID NO：95)、公共GI ID No.42362389(SEQ ID NO：97)、公共GI ID No.70906129(SEQ ID NO：98)、公共GI ID No.23899381(SEQ ID NO：100)、Ceres克隆ID No.298166(SEQ ID NO：107)、Ceres克隆ID No.1448390(SEQ ID NO：111)、Ceres克隆ID No.1734216(SEQ ID NO：113)、公共GI ID No.125542322(SEQ ID NO：116)、公共GI ID No.125532331(SEQ ID NO：117)、公共GI ID No.125541233(SEQ ID NO：118)、公共GI ID No.125584844(SEQ ID NO：120)、公共GI ID No.115482472(SEQ ID NO：121)、公共GI ID No.125575112(SEQ ID NO：122)、Ceres ANNOT ID No.6003994(SEQ ID NO：124)、Ceres ANNOT ID No.6068427(SEQ ID NO：126)、和鉴定为图2的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图3中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于80的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括公共GI ID No.34550779(SEQ ID NO：133)、Ceres克隆ID No.1932235(SEQ ID NO：137)、Ceres克隆ID No.981738(SEQ ID NO：201)、Ceres克隆ID No.565974(SEQ ID NO：209)、公共GI ID No.1352058(SEQ ID NO：231)、公共GI ID No.11131101(SEQ ID NO：234)、公共GI ID No.4887018(SEQ ID NO：236)、公共GI ID No.4887018(SEQ ID NO：236)、Ceres克隆ID No.644455(SEQ ID NO：247)、Ceres克隆ID No.1731500(SEQ ID NO：270)、公共GI ID No.20269063(SEQ ID NO：300)、公共GI ID No.50404477(SEQ ID NO：302)、公共GI ID No.62125392(SEQ ID NO：303)、公共GI ID No.32396293(SEQ ID NO：130)、公共GI ID No.32396299(SEQ ID NO：131)、公共GI ID No.32396295(SEQ ID NO：132)、Ceres克隆ID No.1855369(SEQ ID NO：135)、Ceres克隆ID No.1948456(SEQ ID NO：139)、Ceres克隆ID No.1920182(SEQ ID NO：141)、Ceres克隆ID No.1835797(SEQ ID NO：143)、Ceres克隆ID No.1794204(SEQ ID NO：145)、Ceres克隆ID No.1853542(SEQ ID NO：147)、Ceres克隆ID No.1838776(SEQ ID NO：149)、Ceres克隆ID No.1854675(SEQ ID NO：151)、Ceres克隆ID No.1833078(SEQ ID NO：153)、Ceres克隆ID No.1850667(SEQ ID NO：155)、Ceres克隆ID No.1918745(SEQ ID NO：157)、Ceres克隆ID No.1929487(SEQ ID NO：159)、Ceres ANNOT ID No.1497918(SEQ ID NO：161)、Ceres ANNOT ID No.1459563(SEQ ID NO：163)、Ceres ANNOT ID No.1452610(SEQ ID NO：165)、Ceres ANNOT ID No.1496539(SEQ ID NO：167)、Ceres ANNOT ID No.1498819(SEQ ID NO：169)、Ceres ANNOT ID No.1446583(SEQ ID NO：171)、Ceres ANNOT ID No.1535123(SEQ ID NO：173)、Ceres ANNOT ID No.1463397(SEQ ID NO：175)、Ceres ANNOT ID No.1499563(SEQ ID NO：177)、Ceres ANNOT ID No.1495753(SEQ ID NO：179)、Ceres ANNOT ID No.1488767(SEQ ID NO：181)、Ceres ANNOT ID No.1522920(SEQ ID NO：185)、Ceres ANNOT ID No.1469532(SEQ ID NO：187)、公共GI ID No.15219692(SEQ ID NO：188)、公共GI ID No.18420964(SEQ ID NO：189)、Ceres克隆ID No.1342080(SEQ ID NO：191)、Ceres克隆ID No.123105(SEQ ID NO：193)、Ceres克隆ID No.32727(SEQ ID NO：195)、Ceres克隆ID No.41161(SEQ ID NO：197)、Ceres克隆ID No.37274(SEQ ID NO：199)、Ceres克隆ID No.538020(SEQ ID NO：203)、Ceres克隆ID No.476244(SEQ ID NO：205)、Ceres克隆ID No.1623662(SEQ ID NO：207)、Ceres克隆ID No.626817(SEQ ID NO：211)、Ceres克隆ID No.537469(SEQ ID NO：213)、Ceres克隆ID No.582463(SEQ ID NO：215)、Ceres克隆ID No.1069818(SEQ ID NO：217)、Ceres克隆ID No.511737(SEQ ID NO：219)、Ceres克隆ID No.565422(SEQ ID NO：221)、Ceres克隆ID No.514595(SEQ ID NO：223)、Ceres克隆ID No.566396(SEQ ID NO：225)、Ceres克隆ID No.612705(SEQ ID NO：227)、Ceres克隆ID No.564134(SEQ ID NO：229)、公共GI ID No.92872146(SEQ ID NO：230)、公共GI ID No.11131103(SEQ ID NO：232)、公共GI ID No.416641(SEQ ID NO：233)、公共GI ID No.11131105(SEQ ID NO：235)、公共GI ID No.4887016(SEQ ID NO：237)、公共GI ID No.4887022(SEQ ID NO：238)、公共GI ID No.81074526(SEQ ID NO：239)、Ceres克隆ID No.742023(SEQ ID NO：241)、Ceres克隆ID No.576268(SEQ ID NO：243)、Ceres克隆ID No.615386(SEQ ID NO：245)、Ceres克隆ID No.756966(SEQ ID NO：249)、Ceres克隆ID No.1052710(SEQ ID NO：251)、Ceres克隆ID No.697018(SEQ ID NO：253)、Ceres克隆ID No.618577(SEQ ID NO：255)、Ceres克隆ID No.935194(SEQ ID NO：257)、Ceres克隆ID No.1557429(SEQ ID NO：259)、Ceres克隆ID No.305337(SEQ ID NO：261)、Ceres克隆ID No.100872943(SEQ ID NO：262)、Ceres克隆ID No.305454(SEQ ID NO：264)、Ceres克隆ID No.1534670(SEQ ID NO：266)、Ceres克隆ID No.207963(SEQ ID NO：268)、公共GI ID No.20257219(SEQ ID NO：271)、Ceres克隆ID No.1876818(SEQ ID NO：273)、Ceres克隆ID No.1817533(SEQ ID NO：275)、Ceres克隆ID No.1958631(SEQ ID NO：277)、Ceres克隆ID No.1963215(SEQ ID NO：279)、Ceres克隆ID No.1770022(SEQ ID NO：281)、Ceres克隆ID No.1796223(SEQ ID NO：283)、Ceres克隆ID No.2016695(SEQ ID NO：285)、Ceres克隆ID No.1757085(SEQ ID NO：287)、Ceres克隆ID No.1769256(SEQ ID NO：289)、Ceres克隆ID No.1994871(SEQ ID NO：291)、公共GI ID No.17154533(SEQ ID NO：292)、公共GI ID No.125557426(SEQ ID NO：293)、公共GI ID No.125524736(SEQ ID NO：294)、公共GI ID No.125527656(SEQ ID NO：295)、公共GI ID No.125599342(SEQ ID NO：296)、公共GI ID No.125569626(SEQ ID NO：297)、公共GI ID No.115465401(SEQ ID NO：298)、公共GI ID No.40539038(SEQ ID NO：299)、公共GI ID No.20269059(SEQ ID NO：301)、公共GI ID No.110826446(SEQ ID NO：304)、Ceres ANNOT ID No.6029073(SEQ ID NO：306)、Ceres ANNOT ID No.6011329(SEQ ID NO：308)、Ceres ANNOT ID No.6034498(SEQ ID NO：310)、Ceres ANNOT ID No.6095057(SEQ ID NO：312)、Ceres ANNOT ID No.6095058(SEQ ID NO：314)、和鉴定为图3的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图4中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于200的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4g03250(Ceres种子系ME10007；SEQ ID NO：317)、Ceres克隆ID No.1842125(SEQ ID NO：319)、Ceres ANNOT ID No.1461360(SEQ ID NO：321)、Ceres克隆ID No.480906(SEQ ID NO：327)、公共GI ID No.92889352(SEQ ID NO：330)、公共GI ID No.56201850(SEQ ID NO：330)、Ceres ANNOT ID No.1440334(SEQ ID NO：323)、Ceres ANNOT ID No.1493205(SEQ ID NO：325)、Ceres克隆ID No.482270(SEQ ID NO：329)、公共GI ID No.125571531(SEQ ID NO：332)、Ceres ANNOT ID No.6042411(SEQ ID NO：334)、和鉴定为图4的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图5中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于80的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At2g04240(SEQ ID NO：337)、Ceres克隆ID No.952050(SEQ ID NO：339)、公共GI ID No.115477050(SEQ ID NO：349)、公共GI ID No.87162911(SEQ ID NO：355)、Ceres克隆ID No.1790901(SEQ ID NO：357)、Ceres克隆ID No.1460088(SEQ ID NO：370)、Ceres克隆ID No.1734065(SEQ ID NO：393)、Ceres克隆ID No.473509(SEQ ID NO：395)、Ceres克隆ID No.849918(SEQ ID NO：401)、Ceres克隆ID No.633470(SEQ ID NO：409)、Ceres克隆ID No.1808334(SEQ ID NO：417)、Ceres ANNOT ID No.1525600(SEQ ID NO：437)、Ceres克隆ID No.1265097(SEQ ID NO：341)、Ceres克隆ID No.942980(SEQ ID NO：343)、公共GI ID No.37901055(SEQ ID NO：344)、Ceres克隆ID No.1609912(SEQ ID NO：346)、公共GI ID No.76446335(SEQ ID NO：347)、公共GI ID No.125560204(SEQ ID NO：348)、公共GI ID No.125303087(SEQ ID NO：350)、公共GI ID No.115460088(SEQ ID NO：351)、公共GI ID No.125591385(SEQ ID NO：352)、公共GI ID No.115447931(SEQ ID NO：353)、公共GI ID No.92893514(SEQ ID NO：354)、Ceres克隆ID No.2019320(SEQ ID NO：359)、Ceres克隆ID No.1890013(SEQ ID NO：361)、公共GI ID No.20340241(SEQ ID NO：362)、Ceres克隆ID No.25801(SEQ ID NO：364)、公共GI ID No.9743343(SEQ ID NO：365)、公共GI ID No.15238072(SEQ ID NO：366)、公共GI ID No.15222553(SEQ ID NO：367)、公共GI ID No.21554155(SEQ ID NO：368)、Ceres克隆ID No.374439(SEQ ID NO：372)、Ceres克隆ID No.1465572(SEQ ID NO：374)、Ceres克隆ID No.1565524(SEQ ID NO：376)、Ceres克隆ID No.322302(SEQ ID NO：378)、Ceres克隆ID No.101136485(SEQ ID NO：379)、Ceres克隆ID No.1376133(SEQ ID NO：381)、Ceres克隆ID No.1374381(SEQ ID NO：383)、Ceres克隆ID No.1566473(SEQ ID NO：385)、Ceres克隆ID No.318088(SEQ ID NO：387)、Ceres克隆ID No.1452604(SEQ ID NO：389)、Ceres克隆ID No.337906(SEQ ID NO：391)、Ceres克隆ID No.1662513(SEQ ID NO：397)、Ceres克隆ID No.1662527(SEQ ID NO：399)、Ceres克隆ID No.571184(SEQ ID NO：403)、Ceres克隆ID No.665689(SEQ ID NO：405)、Ceres克隆ID No.1365853(SEQ ID NO：407)、Ceres克隆ID No.1052457(SEQ ID NO：411)、Ceres克隆ID No.579918(SEQ ID NO：413)、Ceres克隆ID No.863299(SEQ ID NO：415)、Ceres克隆ID No.1855611(SEQ ID NO：419)、Ceres克隆ID No.1845975(SEQ ID NO：421)、Ceres克隆ID No.1808298(SEQ ID NO：423)、Ceres克隆ID No.1841236(SEQ ID NO：425)、Ceres克隆ID No.1808269(SEQ ID NO：427)、Ceres克隆ID No.1850628(SEQ ID NO：429)、Ceres克隆ID No.1846911(SEQ ID NO：431)、Ceres克隆ID No.1916014(SEQ ID NO：433)、Ceres克隆ID No.1842594(SEQ ID NO：435)、Ceres ANNOT ID No.1472192(SEQ ID NO：439)、Ceres ANNOT ID No.1447489(SEQ ID NO：441)、Ceres ANNOT ID No.1513000(SEQ ID NO：443)、Ceres ANNOT ID No.1438658(SEQ ID NO：445)、Ceres ANNOT ID No.1497255(SEQ ID NO：447)、Ceres ANNOT ID No.6092104(SEQ ID NO：449)、Ceres ANNOT ID No.6041700(SEQ ID NO：451)、Ceres ANNOT ID No.6007297(SEQ ID NO：453)、和鉴定为图5的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图6中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于60的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At5g14370(SEQ ID NO：456)、公共GI ID No.58430585(SEQ ID NO：457)、Ceres克隆ID No.1842825(SEQ ID NO：466)、Ceres ANNOT ID No.1449721(SEQ ID NO：474)、公共GI ID No.41323978(SEQ ID NO：475)、公共GI ID No.2895186(SEQ ID NO：478)、公共GI ID No.22854950(SEQ ID NO：481)、公共GI ID No.116010474(SEQ ID NO：485)、公共GI ID No.4091804(SEQ ID NO：488)、公共GI ID No.60459257(SEQ ID NO：494)、公共GI ID No.45544881(SEQ ID NO：496)、公共GI ID No.36789802(SEQ ID NO：498)、公共GI ID No.92875402(SEQ ID NO：508)、公共GI ID No.118406898(SEQ ID NO：510)、公共GI ID No.107770485(SEQ ID NO：511)、公共GI ID No.90657642(SEQ ID NO：536)、Ceres克隆ID No.1569555(SEQ ID NO：1842)公共GI ID No.66841018(SEQ ID NO：458)、公共GI ID No.66841020(SEQ ID NO：459)、公共GI ID No.108859343(SEQ ID NO：460)、Ceres克隆ID No.1937613(SEQ ID NO：462)、Ceres克隆ID No.1834027(SEQ ID NO：464)、Ceres ANNOT ID No.1477832(SEQ ID NO：468)、Ceres ANNOT ID No.1482536(SEQ ID NO：470)、Ceres ANNOT ID No.1478227(SEQ ID NO：472)、Ceres克隆ID No.19906(SEQ ID NO：478)、公共GI ID No.2895184(SEQ ID NO：479)、公共GI ID No.2895188(SEQ ID NO：480)、公共GI ID No.11037313(SEQ ID NO：482)、公共GI ID No.22854908(SEQ ID NO：483)、公共GI ID No.40787165(SEQ ID NO：484)、公共GI ID No.116010475(SEQ ID NO：486)、公共GI ID No.3341723(SEQ ID NO：487)、公共GI ID No.4091806(SEQ ID NO：489)、Ceres克隆ID No.523203(SEQ ID NO：491)、Ceres克隆ID No.463157(SEQ ID NO：493)、公共GI ID No.61611678(SEQ ID NO：495)、公共GI ID No.45544887(SEQ ID NO：497)、公共GI ID No.36789793(SEQ ID NO：481)、Ceres克隆ID No.907473(SEQ ID NO：501)、Ceres克隆ID No.1674443(SEQ ID NO：503)、Ceres克隆ID No.1559496(SEQ ID NO：505)、Ceres克隆ID No.530984(SEQ ID NO：507)、公共GI ID No.61611682(SEQ ID NO：509)、公共GI ID No.36789785(SEQ ID NO：512)、Ceres克隆ID No.702632(SEQ ID NO：514)、公共GI ID No.61657299(SEQ ID NO：515)、公共GI ID No.10946337(SEQ ID NO：516)、Ceres克隆ID No.1996408(SEQ ID NO：518)、Ceres克隆ID No.1725313(SEQ ID NO：520)、公共GI ID No.78058606(SEQ ID NO：521)、公共GI ID No.125538317(SEQ ID NO：522)、公共GI ID No.125556324(SEQ ID NO：523)、公共GI ID No.125548890(SEQ ID NO：524)、公共GI ID No.93211100(SEQ ID NO：525)、公共GI ID No.115444217(SEQ ID NO：526)、公共GI ID No.115467558(SEQ ID NO：527)、公共GI ID No.11094209(SEQ ID NO：528)、公共GI ID No.125596830(SEQ ID NO：529)、公共GI ID No.115469296(SEQ ID NO：530)、公共GI ID No.115447239(SEQ ID NO：531)、公共GI ID No.21655154(SEQ ID NO：532)、公共GI ID No.21667485(SEQ ID NO：533)、公共GI ID No.21667475(SEQ ID NO：534)、公共GI ID No.21655158(SEQ ID NO：535)、和鉴定为图6的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图7中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于20的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At1g70270(SEQ ID NO：634)、公共GI ID No.98961985(SEQ ID NO：637)、Ceres克隆ID No.1916112(SEQ ID NO：636)、公共GI ID No.9369405(SEQ ID NO：638)、公共GI ID No.9369406(SEQ ID NO：639)、Ceres克隆ID No.1238706(SEQ ID NO：641)、和鉴定为图7的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图8中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于80的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4g25480(SEQ IDNO：644)、SEQ ID NO：645、Ceres克隆ID No.1849479(SEQ ID NO：767)、公共GI ID No.89275008(SEQ ID NO：796)、公共GI ID No.120400525(SEQ ID NO：797)、公共GI ID No.98980426(SEQ ID NO：804)、公共GI ID No.71983373(SEQ ID NO：808)、公共GI ID No.41351817(SEQ ID NO：809)、公共GI ID No.76446191(SEQ ID NO：811)、公共GI ID No.5616086(SEQ ID NO：813)、Ceres克隆ID No.1052602(SEQ ID NO：826)、公共GI ID No.72068957(SEQ ID NO：830)、公共GI ID No.71534113(SEQ ID NO：831)、公共GI ID No.37147896(SEQ ID NO：832)、公共GI ID No.92918850(SEQ ID NO：834)、公共GI ID No.40647095(SEQ ID NO：835)、Ceres ANNOT ID No.1527711(SEQ ID NO：837)、公共GI ID No.71041116(SEQ ID NO：838)、公共GI ID No.12003384(SEQ ID NO：839)、公共GI ID No.18535580(SEQ ID NO：840)、Ceres克隆ID No.991178(SEQ ID NO：647)、Ceres克隆ID No.1626038(SEQ ID NO：649)、Ceres克隆ID No.341615(SEQ ID NO：651)、Ceres克隆ID No.1832518(SEQ ID NO：653)、Ceres克隆ID No.1832588(SEQ ID NO：655)、Ceres克隆ID No.1936806(SEQ ID NO：657)、Ceres克隆ID No.973892(SEQ ID NO：659)、Ceres克隆ID No.565251(SEQ ID NO：661)、Ceres克隆ID No.681088(SEQ ID NO：663)、Ceres克隆ID No.707775(SEQ ID NO：665)、Ceres克隆ID No.453357(SEQ ID NO：667)、Ceres克隆ID No.1916958(SEQ ID NO：669)、Ceres克隆ID No.1940632(SEQ ID NO：671)、Ceres克隆ID No.476784(SEQ ID NO：673)、Ceres克隆ID No.1869284(SEQ ID NO：675)、公共GI ID No.125540662(SEQ ID NO：676)、Ceres克隆ID No.1648272(SEQ ID NO：678)、Ceres克隆ID No.1987804(SEQ ID NO：680)、Ceres克隆ID No.1675695(SEQ ID NO：682)、Ceres克隆ID No.1169111(SEQ ID NO：684)、Ceres克隆ID No.572121(SEQ ID NO：686)、Ceres克隆ID No.1674836(SEQ ID NO：688)、Ceres ANNOT ID No.1486207(SEQ ID NO：690)、Ceres克隆ID No.2023610(SEQ ID NO：692)、Ceres ANNOT ID No.1496976(SEQ ID NO：694)、公共GI ID No.116310031(SEQ ID NO：695)、Ceres克隆ID No.1626363(SEQ ID NO：697)、Ceres ANNOT ID No.1483747(SEQ ID NO：699)、Ceres ANNOT ID No.1471330(SEQ ID NO：701)、Ceres克隆ID No.101144964(SEQ ID NO：702)、Ceres ANNOT ID No.1439439(SEQ ID NO：704)、Ceres克隆ID No.1446565(SEQ ID NO：706)、Ceres克隆ID No.1951962(SEQ ID NO：708)、Ceres克隆ID No.100960656(SEQ ID NO：709)、Ceres克隆ID No.285154(SEQ ID NO：711)、公共GI ID No.61968916(SEQ ID NO：712)、公共GI ID No.118026854(SEQ ID NO：713)、公共GI ID No.63098612(SEQ ID NO：714)、Ceres ANNOT ID No.1522310(SEQ ID NO：716)、Ceres克隆ID No.1854375(SEQ ID NO：718)、Ceres克隆ID No.709819(SEQ ID NO：720)、公共GI ID No.115447695(SEQ ID NO：721)、Ceres克隆ID No.1726356(SEQ ID NO：723)、Ceres克隆ID No.1762419(SEQ ID NO：725)、公共GI ID No.63098606(SEQ ID NO：726)、Ceres克隆ID No.1766572(SEQ ID NO：728)、Ceres克隆ID No.281871(SEQ ID NO：730)、Ceres克隆ID No.1560970(SEQ ID NO：732)、Ceres克隆ID No.1760747(SEQ ID NO：734)、Ceres ANNOT ID No.1438772(SEQ ID NO：736)、Ceres ANNOT ID No.1447378(SEQ ID NO：738)、Ceres ANNOT ID No.1453360(SEQ ID NO：740)、公共GI ID No.33637698(SEQ ID NO：741)、公共GI ID No.118026860(SEQ ID NO：742)、公共GI ID No.60116232(SEQ ID NO：743)、公共GI ID No.115477639(SEQ ID NO：744)、公共GI ID No.126567023(SEQ ID NO：745)、Ceres克隆ID No.988971(SEQ ID NO：747)、Ceres克隆ID No.1464521(SEQ ID NO：749)、公共GI ID No.63098610(SEQ ID NO：750)、公共GI ID No.126566972(SEQ ID NO：751)、Ceres克隆ID No.1556129(SEQ ID NO：753)、Ceres克隆ID No.1761385(SEQ ID NO：755)、Ceres ANNOT ID No.1488325(SEQ ID NO：757)、Ceres ANNOT ID No.1460483(SEQ ID NO：759)、Ceres克隆ID No.1837825(SEQ ID NO：761)、公共GI ID No.27228310(SEQ ID NO：762)、公共GI ID No.117653881(SEQ ID NO：763)、公共GI ID No.115480233(SEQ ID NO：764)、公共GI ID No.37694048(SEQ ID NO：765)、Ceres克隆ID No.1934653(SEQ ID NO：769)、Ceres克隆ID No.1608106(SEQ ID NO：771)、Ceres克隆ID No.1604576(SEQ ID NO：773)、公共GI ID No.55824656(SEQ ID NO：774)、Ceres克隆ID No.1620272(SEQ ID NO：776)、Ceres克隆ID No.1853170(SEQ ID NO：778)、公共GI ID No.79013962(SEQ ID NO：779)、公共GI ID No.98975385(SEQ ID NO：780)、Ceres ANNOT ID No.1438775(SEQ ID NO：782)、公共GI ID No.23495460(SEQ ID NO：783)、公共GI ID No.98975377(SEQ ID NO：784)、Ceres ANNOT ID No.1438776(SEQ ID NO：786)、Ceres克隆ID No.1853601(SEQ ID NO：788)、Ceres克隆IDNo.1609048(SEQ ID NO：790)、Ceres克隆ID No.322305(SEQ ID NO：792)、Ceres克隆ID No.1823713(SEQ ID NO：794)、公共GI ID No.3660548(SEQ ID NO：795)、公共GI ID No.56154991(SEQ ID NO：798)、公共GI ID No.2980802(SEQ ID NO：799)、公共GI ID No.7269398(SEQ ID NO：800)、公共GI ID No.18416557(SEQ ID NO：801)、公共GI ID No.56154992(SEQ ID NO：802)、公共GI ID No.4091984(SEQ ID NO：803)、公共GI ID No.1899058(SEQ ID NO：805)、公共GI ID No.56154990(SEQ ID NO：806)、公共GI ID No.18416562(SEQ ID NO：807)、公共GI ID No.38683266(SEQ ID NO：810)、公共GI ID No.39983638(SEQ ID NO：812)、公共GI ID No.38426954(SEQ ID NO：814)、公共GI ID No.38426948(SEQ ID NO：815)、公共GI ID No.38146944(SEQ ID NO：816)、公共GI ID No.38426952(SEQ ID NO：817)、公共GI ID No.20303011(SEQ ID NO：818)、公共GI ID No.66269982(SEQ ID NO：819)、公共GI ID No.89212816(SEQ ID NO：820)、公共GI ID No.20303015(SEQ ID NO：821)、公共GI ID No.38426950(SEQ ID NO：822)、公共GI ID No.15242244(SEQ ID NO：823)、公共GI ID No.116831599(SEQ ID NO：824)、公共GI ID No.66269671(SEQ ID NO：827)、Ceres ANNOT ID No.1468919(SEQ ID NO：829)、公共GI ID No.57903606(SEQ ID NO：833)、公共GI ID No.45826358(SEQ ID NO：841)、Ceres ANNOT ID No.6085912(SEQ ID NO：843)、Ceres ANNOT ID No.6026171(SEQ ID NO：845)、Ceres ANNOT ID No.6031706(SEQ ID NO：847)、公共GI ID No.115353971(SEQ ID NO：1843)、和鉴定为图8的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图9中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于170的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括A2g33780(SEQ ID NO：850)、Ceres克隆ID No.1833093(SEQ ID NO：853)、Ceres ANNOT ID No.1502190(SEQ ID NO：857)、Ceres克隆ID No.565641(SEQ ID NO：876)、公共GI ID No.87240507(SEQ ID NO：877)、Ceres克隆ID No.1325382(SEQ ID NO：881)、Ceres克隆ID No.1558265(SEQ ID NO：885)、Ceres克隆ID No.1823669(SEQ ID NO：895)、公共GI ID No.115464921(SEQ ID NO：898)、Ceres克隆ID No.100040598(SEQ ID NO：851)、Ceres克隆ID No.1847967(SEQ ID NO：855)、Ceres ANNOT ID No.1449186(SEQ ID NO：859)、Ceres ANNOT ID No.1466723(SEQ ID NO：861)、公共GI ID No.21805688(SEQ ID NO：862)、公共GI ID No.9795609(SEQ ID NO：863)、公共GI ID No.13877535(SEQ ID NO：864)、公共GI ID No.15232547(SEQ ID NO：865)、公共GI ID No.15238851(SEQ ID NO：866)、Ceres克隆ID No.123863(SEQ ID NO：868)、Ceres克隆ID No.652496(SEQ ID NO：870)、Ceres克隆ID No.1656707(SEQ ID NO：872)、Ceres克隆ID No.1660346(SEQ ID NO：874)、Ceres克隆ID No.678878(SEQ ID NO：879)、Ceres克隆ID No.340102(SEQ ID NO：883)、Ceres克隆ID No.330491(SEQ ID NO：887)、Ceres克隆ID No.992304(SEQ ID NO：889)、Ceres克隆ID No.1509925(SEQ ID NO：891)、Ceres克隆ID No.1543852(SEQ ID NO：893)、Ceres克隆ID No.1785736(SEQ ID NO：897)、Ceres ANNOT ID No.6079909(SEQ ID NO：900)、Ceres ANNOT ID No.6040353(SEQ ID NO：902)、Ceres ANNOT ID No.6100173(SEQ ID NO：904)、和鉴定为图9的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图10中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于80的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4g17810(SEQ ID NO：907)、Ceres克隆ID No.1940797(SEQ ID NO：909)、Ceres ANNOT ID No.1538900(SEQ ID NO：911)、Ceres克隆ID No.1126868(SEQ ID NO：922)、公共GI ID No.89257684(SEQ ID NO：923)、公共GI ID No.124360460(SEQ ID NO：929)、公共GI ID No.62865694(SEQ ID NO：931)、公共GI ID No.62865692(SEQ ID NO：932)、Ceres克隆ID No.260368(SEQ ID NO：936)、Ceres克隆ID No.1873510(SEQ ID NO：947)、公共GI ID No.125541662(SEQ ID NO：948)、公共GI ID No.48716268(SEQ ID NO：950)、Ceres ANNOT ID No.1529131(SEQ ID NO：913)、Ceres ANNOT ID No.1454060(SEQ ID NO：915)、Ceres ANNOT ID No.1442787(SEQ ID NO：917)、Ceres ANNOT ID No.1452648(SEQ ID NO：919)、公共GI ID No.2245140(SEQ ID NO：920)、公共GI ID No.89274212(SEQ ID NO：924)、Ceres克隆ID No.1104523(SEQ ID NO：926)、Ceres克隆ID No.654265(SEQ ID NO：928)、公共GI ID No.42627704(SEQ ID NO：930)、Ceres克隆ID No.887222(SEQ ID NO：934)、公共GI ID No.62865690(SEQ ID NO：937)、公共GI ID No.64175600(SEQ ID NO：938)、公共GI ID No.64175634(SEQ ID NO：939)、公共GI ID No.64175606(SEQ ID NO：940)、公共GI ID No.64175648(SEQ ID NO：941)、Ceres克隆ID No.312184(SEQ ID NO：943)、Ceres克隆ID No.380740(SEQ ID NO：945)、公共GI ID No.125531536(SEQ ID NO：949)、公共GI ID No.62865696(SEQ ID NO：1844)、和鉴定为图10的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图11中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于60的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At1g13360(SEQ ID NO：951)、Ceres克隆ID No.1798705(SEQ ID NO：955)、Ceres ANNOT ID No.1458907(SEQ ID NO：963)、Ceres克隆ID No.1090409(SEQ ID NO：971)、Ceres克隆ID No.479817(SEQ ID NO：977)、Ceres克隆ID No.1041793(SEQ ID NO：979)、Ceres克隆ID No.684633(SEQ ID NO：985)、Ceres克隆ID No.371815(SEQ ID NO：991)、Ceres克隆ID No.1686460(SEQ ID NO：993)、Ceres克隆ID No.1448595(SEQ ID NO：995)、Ceres克隆ID No.1734477(SEQ ID NO：999)、Ceres克隆ID No.1605693(SEQ ID NO：1005)、Ceres克隆ID No.1757400(SEQ ID NO：1009)、公共GI ID No.115434334(SEQ ID NO：1015)、Ceres克隆ID No.1793754(SEQ ID NO：957)、Ceres克隆ID No.1938045(SEQ ID NO：959)、Ceres克隆ID No.1850004(SEQ ID NO：961)、Ceres ANNOT ID No.1489548(SEQ ID NO：965)、公共GI ID No.22329538(SEQ ID NO：966)、公共GI ID No.18404714(SEQ ID NO：967)、Ceres克隆ID No.1110032(SEQ ID NO：969)、Ceres克隆ID No.1095353(SEQ ID NO：973)、Ceres克隆ID No.872121(SEQ ID NO：975)、Ceres克隆ID No.562208(SEQ ID NO：981)、Ceres克隆ID No.1042364(SEQ ID NO：983)、Ceres克隆ID No.1031873(SEQ ID NO：987)、Ceres克隆ID No.1377698(SEQ ID NO：989)、Ceres克隆ID No.1742945(SEQ ID NO：997)、Ceres克隆ID No.1742053(SEQ ID NO：1001)、Ceres克隆ID No.1728365(SEQ ID NO：1003)、Ceres克隆ID No.1609807(SEQ ID NO：1007)、Ceres克隆ID No.1778566(SEQ ID NO：1011)、Ceres克隆ID No.2020580(SEQ ID NO：1013)、公共GI ID No.125524285(SEQ ID NO：1014)、公共GI ID No.125568898(SEQ ID NO：1016)、Ceres ANNOT ID No.6055303(SEQ ID NO：1018)、和鉴定为图11的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图12中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于140的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At1g75860(SEQ ID NO：1024)、Ceres ANNOT ID No.1452905(SEQ ID NO：1029)、Ceres克隆ID No.956176(SEQ ID NO：1039)、公共GI ID No.92870366(SEQ ID NO：1040)、Ceres克隆ID No.294166(SEQ ID NO：1042)、公共GI ID No.125543067(SEQID NO：1043)、SEQ ID NO：1025、Ceres ANNOT ID No.1442522(SEQ ID NO：1027)、公共GI ID No.8778818(SEQ ID NO：1030)、Ceres克隆ID No.108095(SEQ ID NO：1032)、公共GI ID No.18394821(SEQ ID NO：1033)、Ceres克隆ID No.6332(SEQ ID NO：1035)、Ceres克隆ID No.1069047(SEQ ID NO：1037)、公共GI ID No.115480956(SEQ ID NO：1044)、和鉴定为图12的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图13中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于80的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4g19700(SEQ ID NO：1047)、Ceres克隆ID No.1837694(SEQ ID NO：1053)、Ceres ANNOT ID No.1483367(SEQ ID NO：1057)、Ceres克隆ID No.1077781(SEQ ID NO：1083)、Ceres克隆ID No.471026(SEQ ID NO：1085)、公共GI ID No.92888885(SEQ ID NO：1099)、公共GI ID No.45544873(SEQ ID NO：1100)、公共GI ID No.45758663(SEQ ID NO：1101)、Ceres克隆ID No.772927(SEQ ID NO：1105)、Ceres克隆ID No.895080(SEQ ID NO：1111)、Ceres克隆ID No.1806128(SEQ ID NO：1131)、公共GI ID No.115458192(SEQ ID NO：1134)、公共GI ID No.82470795(SEQ ID NO：1139)、Ceres克隆ID No.1837746(SEQ ID NO：1049)、Ceres克隆ID No.1834764(SEQ ID NO：1051)、Ceres克隆ID No.1853547(SEQ ID NO：1055)、Ceres ANNOT ID No.1474088(SEQ ID NO：1059)、Ceres ANNOT ID No.1536919(SEQ ID NO：1061)、Ceres ANNOT ID No.1467033(SEQ ID NO：1063)、Ceres ANNOT ID No.1485401(SEQ ID NO：1065)、Ceres ANNOT ID No.1486505(SEQ ID NO：1067)、公共GI ID No.17065054(SEQ ID NO：1068)、公共GI ID No.30694690(SEQ ID NO：1069)、Ceres克隆ID No.12997(SEQ ID NO：1071)、公共GI ID No.30694694(SEQ ID NO：1072)、公共GI ID No.42572167(SEQ ID NO：1073)、公共GI ID No.110739742(SEQ ID NO：1074)、公共GI ID No.18412263(SEQ ID NO：1075)、Ceres克隆ID No.36412(SEQ ID NO：1077)、公共GI ID No.18399792(SEQ ID NO：1078)、Ceres克隆ID No.924(SEQ ID NO：1080)、公共GI ID No.15238000(SEQ ID NO：1081)、Ceres克隆ID No.1626330(SEQ ID NO：1087)、Ceres克隆ID No.1650419(SEQ ID NO：1089)、Ceres克隆ID No.1641329(SEQ ID NO：1091)、Ceres克隆ID No.1620406(SEQ ID NO：1093)、Ceres克隆ID No.546832(SEQ ID NO：1095)、Ceres克隆ID No.1243138(SEQID NO：1097)、公共GI ID No.92887260(SEQ ID NO：1098)、Ceres克隆ID No.885628(SEQ ID NO：1103)、Ceres克隆ID No.1376391(SEQ ID NO：1107)、Ceres克隆ID No.465893(SEQ ID NO：1109)、Ceres克隆ID No.218243(SEQ ID NO：1113)、Ceres克隆ID No.1558456(SEQ ID NO：1115)、Ceres克隆ID No.343008(SEQ ID NO：1117)、Ceres克隆ID No.218463(SEQ ID NO：1119)、Ceres克隆ID No.1565409(SEQ ID NO：1121)、Ceres克隆ID No.1060968(SEQ ID NO：1123)、Ceres克隆ID No.236111(SEQ ID NO：1125)、Ceres克隆ID No.285598(SEQ ID NO：1127)、Ceres克隆ID No.225881(SEQ ID NO：1129)、Ceres克隆ID No.1811383(SEQ ID NO：1133)、公共GI ID No.49388268(SEQ ID NO：1135)、公共GI ID No.125590268(SEQ ID NO：1136)、公共GI ID No.115444009(SEQ ID NO：1137)、公共GI ID No.115447993(SEQ ID NO：1138)、Ceres ANNOT ID No.6033842(SEQ ID NO：1141)、Ceres ANNOT ID No.6029952(SEQ ID NO：1143)、Ceres ANNOT ID No.6035837(SEQ ID NO：1145)、Ceres ANNOT ID No.6035830(SEQ ID NO：1147)、Ceres ANNOT ID No.6029981(SEQ ID NO：1149)、和鉴定为图13的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图14中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于80的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At1g58100(SEQ ID NO：1151)、Ceres克隆ID No.1851526(SEQ ID NO：1155)、Ceres ANNOT ID No.1486769(SEQ ID NO：1172)、公共GI ID No.83032232(SEQ ID NO：1209)、Ceres克隆ID No.1620420(SEQ ID NO：1211)、公共GI ID No.92892428(SEQ ID NO：1215)、Ceres克隆ID No.884742(SEQ ID NO：1223)、Ceres克隆ID No.1821559(SEQ ID NO：1246)、公共GI ID No.51535021(SEQ ID NO：1258)、公共GI ID No.113205304(SEQ ID NO：1263)、公共GI ID No.37719051(SEQ ID NO：1264)、Ceres克隆ID No.1918070(SEQ ID NO：1153)、Ceres克隆ID No.1948426(SEQ ID NO：1157)、Ceres克隆ID No.1937875(SEQ ID NO：1159)、Ceres克隆ID No.100056542(SEQ ID NO：1160)、公共GI ID No.5731257(SEQ ID NO：1161)、Ceres克隆ID No.100058043(SEQ ID NO：1162)、Ceres克隆ID No.1838288(SEQ ID NO：1164)、Ceres克隆ID No.1793597(SEQ ID NO：1166)、Ceres ANNOT ID No.1543031(SEQ ID NO：1168)、Ceres ANNOT ID No.1489643(SEQ ID NO：1170)、Ceres ANNOT ID No.1479721(SEQ IDNO：1174)、Ceres ANNOT ID No.1449170(SEQ ID NO：1176)、Ceres ANNOT ID No.1493696(SEQ ID NO：1178)、Ceres ANNOT ID No.1543534(SEQ ID NO：1180)、Ceres ANNOT ID No.1440815(SEQ ID NO：1182)、Ceres ANNOT ID No.1490137(SEQ ID NO：1184)、Ceres ANNOT ID No.1451054(SEQ ID NO：1186)、Ceres ANNOT ID No.1456669(SEQ ID NO：1188)、Ceres ANNOT ID No.1509865(SEQ ID NO：1190)、Ceres ANNOT ID No.1447910(SEQ ID NO：1192)、Ceres ANNOT ID No.1471068(SEQ ID NO：1194)、Ceres ANNOT ID No.1504118(SEQ ID NO：1196)、Ceres克隆ID No.1343621(SEQ ID NO：1198)、公共GI ID No.15218305(SEQ ID NO：1199)、公共GI ID No.15219640(SEQ ID NO：1200)、公共GI ID No.18409345(SEQ ID NO：1201)、公共GI ID No.6522545(SEQ ID NO：1202)、公共GI ID No.15237274(SEQ ID NO：1203)、公共GI ID No.26452377(SEQ ID NO：1204)、Ceres克隆ID No.33629(SEQ ID NO：1206)、Ceres克隆ID No.1064407(SEQ ID NO：1208)、Ceres克隆ID No.1656310(SEQ ID NO：1213)、公共GI ID No.92885257(SEQ ID NO：1214)、公共GI ID No.92868571(SEQ ID NO：1216)、公共GI ID No.53689778(SEQ ID NO：1217)、Ceres克隆ID No.835598(SEQ ID NO：1219)、Ceres克隆ID No.575649(SEQ ID NO：1221)、Ceres克隆ID No.376567(SEQ ID NO：1225)、Ceres克隆ID No.1284191(SEQ ID NO：1227)、Ceres克隆ID No.367175(SEQ ID NO：1229)、Ceres克隆ID No.100748296(SEQ ID NO：1230)、Ceres克隆ID No.1597176(SEQ ID NO：1232)、Ceres克隆ID No.375636(SEQ ID NO：1234)、Ceres克隆ID No.288123(SEQ ID NO：1236)、Ceres克隆ID No.303582(SEQ ID NO：1238)、Ceres克隆ID No.1604759(SEQ ID NO：1240)、Ceres克隆ID No.1955192(SEQ ID NO：1242)、Ceres克隆ID No.2008687(SEQ ID NO：1244)、Ceres克隆ID No.1995843(SEQ ID NO：1248)、Ceres克隆ID No.2008591(SEQ ID NO：1250)、Ceres克隆ID No.2046826(SEQ ID NO：1252)、Ceres克隆ID No.1985573(SEQ ID NO：1254)、公共GI ID No.125541129(SEQ ID NO：1255)、公共GI ID No.125528922(SEQ ID NO：1256)、公共GI ID No.115487590(SEQ ID NO：1257)、公共GI ID No.115448671(SEQ ID NO：1259)、公共GI ID No.125596564(SEQ ID NO：1260)、公共GI ID No.125573161(SEQ ID NO：1261)、公共GI ID No.48716463(SEQ ID NO：1262)、Ceres ANNOT ID No.6054246(SEQ IDNO：1266)、Ceres ANNOT ID No.6086570(SEQ ID NO：1268)、Ceres ANNOT ID No.6024957(SEQ ID NO：1270)、Ceres ANNOT ID No.6016867(SEQ ID NO：1272)、Ceres ANNOT ID No.6091369(SEQ ID NO：1274)、和鉴定为图14的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图15中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于180的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At5g46170(SEQ ID NO：1277)、Ceres克隆ID No.1926352(SEQ ID NO：1279)、Ceres ANNOT ID No.1448905(SEQ ID NO：1285)、公共GI ID No.15236865(SEQ ID NO：1294)、Ceres克隆ID No.934771(SEQ ID NO：1301)、Ceres克隆ID No.338386(SEQ ID NO：1303)、Ceres克隆ID No.1780691(SEQ ID NO：1317)、公共GI ID No.115464819(SEQ ID NO：1326)、Ceres克隆ID No.1848576(SEQ ID NO：1281)、Ceres克隆ID No.1981528(SEQ ID NO：1283)、Ceres ANNOT ID No.1465978(SEQ ID NO：1287)、Ceres ANNOT ID No.1504997(SEQ ID NO：1289)、Ceres ANNOT ID No.1451909(SEQ ID NO：1291)、Ceres ANNOT ID No.1461635(SEQ ID NO：1293)、公共GI ID No.18397400(SEQ ID NO：1295)、Ceres克隆ID No.16226(SEQ ID NO：1297)、公共GI ID No.18411823(SEQ ID NO：1298)、公共GI ID No.15219845(SEQ ID NO：1299)、Ceres克隆ID No.1276710(SEQ ID NO：1305)、Ceres克隆ID No.1479310(SEQ ID NO：1307)、Ceres克隆ID No.376230(SEQ ID NO：1309)、Ceres克隆ID No.1290713(SEQ ID NO：1311)、Ceres克隆ID No.321681(SEQ ID NO：1313)、Ceres克隆ID No.1869072(SEQ ID NO：1315)、Ceres克隆ID No.1818502(SEQ ID NO：1319)、Ceres克隆ID No.1750477(SEQ ID NO：1321)、公共GI ID No.125552947(SEQ ID NO：1322)、公共GI ID No.125527862(SEQ ID NO：1323)、公共GI ID No.125543660(SEQ ID NO：1324)、公共GI ID No.125528123(SEQ ID NO：1325)、公共GI ID No.115440195(SEQ ID NO：1327)、公共GI ID No.115452717(SEQ ID NO：1328)、公共GI ID No.115440629(SEQ ID NO：1329)、公共GI ID No.115464599(SEQ ID NO：1330)、公共GI ID No.20161462(SEQ ID NO：1331)、公共GI ID No.125586076(SEQ ID NO：1332)、Ceres克隆ID No.1823216(SEQ ID NO：1334)、Ceres ANNOT ID No.6040230(SEQ ID NO：1336)、Ceres ANNOT ID No.6015489(SEQ ID NO：1338)、Ceres ANNOT ID No.6042890(SEQ ID NO：1340)、Ceres ANNOTID No.6040033(SEQ ID NO：1342)、Ceres ANNOT ID No.6018414(SEQ ID NO：1344)、和鉴定为图15的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图16中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于60的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4g32280(SEQ ID NO：1347)、Ceres克隆ID No.285028(SEQ ID NO：1419)、Ceres克隆ID No.100969565(SEQ ID NO：1422)、公共GI ID No.1352057(SEQ ID NO：1427)、Ceres ANNOT ID No.1453784(SEQ ID NO：1429)、公共GI ID No.452777(SEQ ID NO：1430)、公共GI ID No.92873297(SEQ ID NO：1431)、Ceres ANNOT ID No.1452612(SEQ ID NO：1349)、Ceres克隆ID No.520455(SEQ ID NO：1351)、公共GI ID No.75271810(SEQ ID NO：1352)、公共GI ID No.115489446(SEQ ID NO：1353)、Ceres克隆ID No.499878(SEQ ID NO：1355)、Ceres ANNOT ID No.1491840(SEQ ID NO：1357)、公共GI ID No.125587204(SEQ ID NO：1358)、Ceres克隆ID No.320997(SEQ ID NO：1360)、Ceres ANNOT ID No.1455585(SEQ ID NO：1362)、Ceres ANNOT ID No.1499460(SEQ ID NO：1364)、Ceres克隆ID No.334484(SEQ ID NO：1366)、Ceres克隆ID No.100819481(SEQ ID NO：1367)、公共GI ID No.115462401(SEQ ID NO：1368)、Ceres克隆ID No.1448136(SEQ ID NO：1370)、Ceres克隆ID No.277751(SEQ ID NO：1372)、Ceres ANNOT ID No.1491839(SEQ ID NO：1374)、Ceres克隆ID No.100913241(SEQ ID NO：1375)、Ceres克隆ID No.1053224(SEQ ID NO：1377)、Ceres克隆ID No.425766(SEQ ID NO：1379)、Ceres克隆ID No.485480(SEQ ID NO：1381)、Ceres克隆ID No.474845(SEQ ID NO：1383)、Ceres克隆ID No.354561(SEQ ID NO：1385)、Ceres克隆ID No.540858(SEQ ID NO：1387)、Ceres克隆ID No.2032994(SEQ ID NO：1389)、Ceres克隆ID No.2015315(SEQ ID NO：1391)、Ceres克隆ID No.2016149(SEQ ID NO：1393)、Ceres克隆ID No.1922843(SEQ ID NO：1395)、Ceres克隆ID No.2000263(SEQ ID NO：1397)、Ceres克隆ID No.1943510(SEQ ID NO：1399)、Ceres克隆ID No.1835498(SEQ ID NO：1401)、Ceres克隆ID No.101116694(SEQ ID NO：1402)、Ceres克隆ID No.1930596(SEQ ID NO：1404)、Ceres克隆ID No.846036(SEQ ID NO：1406)、Ceres克隆ID No.941614(SEQ ID NO：1408)、Ceres克隆ID No.238788(SEQ ID NO：1410)、公共GI ID No.125554220(SEQ ID NO：1411)、公共GI ID No.125559895(SEQ ID NO：1412)、公共GI ID No.75252070(SEQ IDNO：1413)、公共GI ID No.115466632(SEQ ID NO：1414)、公共GI ID No.125541525(SEQ ID NO：1415)、Ceres克隆ID No.1805110(SEQ ID NO：1417)、Ceres克隆ID No.1725309(SEQ ID NO：1421)、Ceres克隆ID No.100861679(SEQ ID NO：1423)、公共GI ID No.75226278(SEQ ID NO：1424)、公共GI ID No.125525030(SEQ ID NO：1425)、公共GI ID No.115435474(SEQ ID NO：1426)、Ceres克隆ID No.1728516(SEQ ID NO：1433)、公共GI ID No.115467910(SEQ ID NO：1434)、公共GI ID No.15239950(SEQ ID NO：1435)、公共GI ID No.4887012(SEQ ID NO：1436)、Ceres ANNOT ID No.1478544(SEQ ID NO：1438)、公共GI ID No.90811713(SEQ ID NO：1439)、公共GI ID No.25989504(SEQ ID NO：1440)、Ceres克隆IDNo.1113354(SEQ ID NO：1442)、Ceres克隆ID No.1113630(SEQ ID NO：1444)、Ceres ANNOT ID No.6072030(SEQ ID NO：1446)、Ceres ANNOT ID No.6025654(SEQ ID NO：1448)、Ceres ANNOT ID No.6091150(SEQ ID NO：1450)、Ceres ANNOT ID No.6100390(SEQ ID NO：1452)、和鉴定为图16的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图17中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于270的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At3g02830(SEQ ID NO：1457)、Ceres克隆ID No.1924904(SEQ ID NO：1460)、Ceres ANNOT ID No.1543346(SEQ ID NO：1462)、公共GI ID No.18396338(SEQ ID NO：1467)、Ceres克隆ID No.833872(SEQ ID NO：1471)、Ceres克隆ID No.1579587(SEQ ID NO：1475)、Ceres克隆ID No.1786411(SEQ ID NO：1477)、公共GI ID No.108864370(SEQ ID NO：1480)、SEQ ID NO：1458、Ceres ANNOT ID No.1532932(SEQ ID NO：1464)、Ceres ANNOT ID No.1489955(SEQ ID NO：1466)、公共GI ID No.4928917(SEQ ID NO：1468)、公共GI ID No.6728979(SEQ ID NO：1469)、Ceres克隆ID No.285780(SEQ ID NO：1473)、公共GI ID No.125528863(SEQ ID NO：1478)、公共GI ID No.125536365(SEQ ID NO：1479)、公共GI ID No.108864369(SEQ ID NO：1481)、公共GI ID No.115488274(SEQ ID NO：1482)、公共GI ID No.125577099(SEQ ID NO：1483)、公共GI ID No.125573110(SEQ ID NO：1484)、公共GI ID No.124359159(SEQ ID NO：1485)、公共GI ID No.62901479(SEQ ID NO：1486)、Ceres ANNOT ID No.6016783(SEQ ID NO：1488)、Ceres ANNOTID No.6020759(SEQ ID NO：1490)、Ceres ANNOT ID No.6028676(SEQ ID NO：1492)、Ceres ANNOT ID No.6028677(SEQ ID NO：1494)、和鉴定为图17的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图18中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于70的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4g08920(SEQ ID NO：1497)、Ceres ANNOT ID No.1443463(SEQ ID NO：1499)、公共GI ID No.13605525(SEQ ID NO：1502)、公共GI ID No.94965681(SEQ ID NO：1506)、公共GI ID No.28201254(SEQ ID NO：1512)、Ceres ANNOT ID No.1504954(SEQ ID NO：1501)、公共GI ID No.2499553(SEQ ID NO：1503)、公共GI ID No.738308(SEQ ID NO：1504)、公共GI ID No.4325368(SEQ ID NO：1505)、Ceres克隆ID No.919923(SEQ ID NO：1508)、Ceres克隆ID No.1659764(SEQ ID NO：1510)、公共GI ID No.125539984(SEQ ID NO：1511)、公共GI ID No.21740729(SEQ ID NO：1513)、公共GI ID No.115458700(SEQ ID NO：1514)、公共GI ID No.125590574(SEQ ID NO：1515)、公共GI ID No.16444957(SEQ ID NO：1516)、Ceres克隆ID No.1784494(SEQ ID NO：1518)、公共GI ID No.77963980(SEQ ID NO：1519)、公共GI ID No.124361190(SEQ ID NO：1520)、公共GI ID No.37725007(SEQ ID NO：1521)、公共GI ID No.45935258(SEQ ID NO：1522)、公共GI ID No.15559008(SEQ ID NO：1523)、公共GI ID No.38037416(SEQ ID NO：1524)、公共GI ID No.77963974(SEQ ID NO：1525)、Ceres ANNOT ID No.6112581(SEQ ID NO：1527)、公共GI ID No.56553448(SEQ ID NO：1528)、公共GI ID No.23506659(SEQ ID NO：1529)、Ceres ANNOT ID No.6118060(SEQ ID NO：1531)、公共GI ID No.46446306(SEQ ID NO：1532)、公共GI ID No.114321405(SEQ ID NO：1533)、公共GI ID No.83858274(SEQ ID NO：1534)、公共GI ID No.154250969(SEQ ID NO：1535)、公共GI ID No.83594235(SEQ ID NO：1536)、和鉴定为图18的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图19中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于130的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4g11660(SEQ ID NO：1587)、Ceres克隆ID No.1839577(SEQ ID NO：1589)、Ceres ANNOT ID No.1491567(SEQ ID NO：1591)、Ceres克隆ID No.574505(SEQ ID NO：1596)、公共GI ID No.56117815(SEQ ID NO：1597)、公共GI ID No.92874021(SEQ ID NO：1603)、公共GI ID No.123684(SEQ ID NO：1605)、公共GI ID No.5821136(SEQ ID NO：1606)、Ceres克隆ID No.283366(SEQ ID NO：1609)、公共GI ID No.16118447(SEQ ID NO：1612)、公共GI ID No.125562434(SEQ ID NO：1614)、Ceres ANNOT ID No.1438739(SEQ ID NO：1593)、公共GI ID No.89274218(SEQ ID NO：1594)、公共GI ID No.115521211(SEQ ID NO：1598)、公共GI ID No.115521213(SEQ ID NO：1599)、公共GI ID No.115521217(SEQ ID NO：1600)、公共GI ID No.115521209(SEQ ID NO：1601)、公共GI ID No.115521215(SEQ ID NO：1602)、公共GI ID No.11386827(SEQ ID NO：1604)、公共GI ID No.25052685(SEQ ID NO：1607)、Ceres克隆ID No.1440437(SEQ ID NO：1611)、公共GI ID No.125564440(SEQ ID NO：1613)、公共GI ID No.116309817(SEQ ID NO：1615)、公共GI ID No.125549382(SEQ ID NO：1616)、公共GI ID No.52077317(SEQ ID NO：1617)、公共GI ID No.115477655(SEQ ID NO：1618)、公共GI ID No.42408097(SEQ ID NO：1619)、公共GI ID No.115459982(SEQ ID NO：1620)、公共GI ID No.33591096(SEQ ID NO：1621)、Ceres克隆ID No.484753(SEQ ID NO：1623)、Ceres ANNOT ID No.6035291(SEQ ID NO：1625)、和鉴定为图19的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图20中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于570的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At2g45700(SEQ ID NO：1635)、Ceres ANNOT ID No.1508307(SEQ ID NO：1637)、公共GI ID No.1495267(SEQ ID NO：1642)、公共GI ID No.87241310(SEQ ID NO：1644)、Ceres克隆ID No.938390(SEQ ID NO：1646)、Ceres克隆ID No.272338(SEQ ID NO：1648)、Ceres克隆ID No.1993510(SEQ ID NO：1650)、公共GI ID No.125563862(SEQ ID NO：1651)、公共GI ID No.125605833(SEQ ID NO：1653)、公共GI ID No.6899919(SEQ ID NO：1632)、Ceres ANNOT ID No.1455110(SEQ ID NO：1639)、Ceres ANNOT ID No.1525218(SEQ ID NO：1641)、公共GI ID No.15231597(SEQ ID NO：1643)、公共GI ID No.125548147(SEQ ID NO：1652)、公共GI ID No.51091343(SEQ ID NO：1654)、公共GI ID No.115479355(SEQ ID NO：1655)、Ceres ANNOT ID No.6042086(SEQ ID NO：1657)、Ceres ANNOT ID No.6029903(SEQ IDNO：1659)、和鉴定为图20的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图21中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于150的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At2g35940(SEQ ID NO：1540)、Ceres克隆ID No.1943265(SEQ ID NO：1543)、Ceres ANNOT ID No.1454522(SEQ ID NO：1547)、公共GI ID No.31323447(SEQ ID NO：1556)、Ceres克隆ID No.1583941(SEQ ID NO：1561)、Ceres克隆ID No.1792942(SEQ ID NO：1563)、公共GI ID No.77548772(SEQ ID NO：1565)、公共GI ID No.84453182(SEQ ID NO：1567)、公共GI ID No.31746344(SEQ ID NO：1541)、Ceres克隆ID No.1926640(SEQ ID NO：1545)、Ceres ANNOT ID No.1475125(SEQ ID NO：1549)、Ceres ANNOT ID No.1439653(SEQ ID NO：1551)、Ceres ANNOT ID No.1461995(SEQ ID NO：1553)、公共GI ID No.13877517(SEQ ID NO：1554)、公共GI ID No.7239157(SEQ ID NO：1555)、公共GI ID No.22652125(SEQ ID NO：1557)、公共GI ID No.22652115(SEQ ID NO：1558)、公共GI ID No.22652117(SEQ ID NO：1559)、公共GI ID No.125535858(SEQ ID NO：1564)、公共GI ID No.125578581(SEQ ID NO：1566)、公共GI ID No.13752407(SEQ ID NO：1568)、Ceres ANNOT ID No.6098817(SEQ ID NO：1570)、Ceres ANNOT ID No.6039430(SEQ ID NO：1572)、Ceres ANNOT ID No.6068141(SEQ ID NO：1574)、Ceres ANNOT ID No.6033916(SEQ ID NO：1576)、Ceres ANNOT ID No.6034399(SEQ ID NO：1578)、Ceres ANNOT ID No.6068617(SEQ ID NO：1580)、Ceres ANNOT ID No.6026318(SEQ ID NO：1582)、Ceres ANNOT ID No.6107650(SEQ ID NO：1584)、和鉴定为图21的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图22中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于1340的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At1g04400(SEQ ID NO：538)、公共GI ID No.5731739(SEQ ID NO：539)、Ceres ANNOT ID No.1538045(SEQ ID NO：541)、公共GI ID No.29467479(SEQ ID NO：542)、公共GI ID No.133921974(SEQ ID NO：543)、公共GI ID No.113197027(SEQ ID NO：544)、公共GI ID No.92879277(SEQ ID NO：545)、公共GI ID No.45935260(SEQ ID NO：546)、公共GI ID No.8101444(SEQ ID NO：547)、公共GI ID No.78217443(SEQ ID NO：548)、公共GI ID No.28372347(SEQ ID NO：549)、公共GI ID No.16416405(SEQ ID NO：550)、Ceres ANNOT ID No.1484634(SEQ ID NO：552)、Ceres ANNOT ID No.1451869(SEQ ID NO：554)、公共GI ID No.25407462(SEQ ID NO：555)、公共GI ID No.29467481(SEQ ID NO：556)、公共GI ID No.29467477(SEQ ID NO：557)、公共GI ID No.45935264(SEQ ID NO：558)、公共GI ID No.5524201(SEQ ID NO：559)、公共GI ID No.78217441(SEQ ID NO：560)、公共GI ID No.3551221(SEQ ID NO：561)、公共GI ID No.3551219(SEQ ID NO：562)、公共GI ID No.23954324(SEQ ID NO：563)、公共GI ID No.125582937(SEQ ID NO：564)、公共GI ID No.83764373(SEQ ID NO：565)、Ceres ANNOT ID No.6045327(SEQ ID NO：567)、和鉴定为图22的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图23中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于80的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At3g45610(SEQ ID NO：606)、公共GI ID No.92873064(SEQ ID NO：607)、公共GI ID No.37051125(SEQ ID NO：608)、公共GI ID No.112363376(SEQ ID NO：609)、Ceres克隆ID No.1938524(SEQ ID NO：611)、Ceres ANNOT ID No.1473601(SEQ ID NO：613)、Ceres ANNOT ID No.1468397(SEQ ID NO：615)、公共GI ID No.21554185(SEQ ID NO：616)、公共GI ID No.18424330(SEQ ID NO：617)、公共GI ID No.8885571(SEQ ID NO：618)、Ceres克隆ID No.20852(SEQ ID NO：620)、公共GI ID No.21553763(SEQ ID NO：621)、公共GI ID No.18401763(SEQ ID NO：622)、Ceres克隆ID No.16423(SEQ ID NO：624)、公共GI ID No.112363380(SEQ ID NO：625)、公共GI ID No.6092016(SEQ ID NO：626)、Ceres克隆ID No.770468(SEQ ID NO：628)、公共GI ID No.113205234(SEQ ID NO：629)、Ceres ANNOT ID No.6094775(SEQ ID NO：631)、和鉴定为图23的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图24中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于110的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4g08330(SEQ ID NO：570)、Ceres克隆ID No.1919714(SEQ ID NO：572)、Ceres ANNOT ID No.1443290(SEQ ID NO：574)、Ceres克隆ID No.1042157(SEQ ID NO：576)、Ceres克隆ID No.1384304(SEQ ID NO：578)、公共GI ID No.115464375(SEQ ID NO：579)、Ceres克隆ID No.100028078(SEQ ID NO：580)、Ceres ANNOT ID No.1452096(SEQ ID NO：582)、Ceres ANNOT ID No.1503869(SEQ ID NO：584)、Ceres ANNOT ID No.1525651(SEQ ID NO：586)、Ceres克隆IDNo.1645639(SEQ ID NO：588)、Ceres克隆ID No.603237(SEQ ID NO：590)、Ceres克隆ID No.340925(SEQ ID NO：592)、Ceres克隆ID No.293238(SEQ ID NO：594)、Ceres克隆ID No.483742(SEQ ID NO：596)、Ceres克隆ID No.1460255(SEQ ID NO：598)、Ceres克隆ID No.1400107(SEQ ID NO：600)、公共GI ID No.115440865(SEQ ID NO：601)、Ceres ANNOT ID No.6016008(SEQ ID NO：603)、和鉴定为图24的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
E.百分比同一性
在一些实施方案中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与下组所列氨基酸序列之一具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列：SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：129、SEQ ID NO：317、SEQ ID NO：337、SEQ ID NO：456、SEQ ID NO：538、SEQ ID NO：570、SEQ ID NO：606、SEQ ID NO：634、SEQ ID NO：644、SEQ ID NO：850、SEQ ID NO：907、SEQ ID NO：953、SEQ ID NO：1024、SEQ ID NO：1047、SEQ ID NO：1151、SEQ ID NO：1277、SEQ ID NO：1347、SEQ ID NO：1457、SEQ ID NO：1497、SEQ ID NO：1540、SEQ ID NO：1587、SEQ ID NO：1630、和SEQ ID NO：1635。具有此类百分比序列同一性的多肽常常具有指明(indicative)SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的结构域和/或具有大于20的HMM比特得分，如上文所讨论的。图1-24中提供了与下组所列的氨基酸序列之一具有至少40％序列同一性的SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的氨基酸序列：SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：129、SEQ ID NO：317、SEQ ID NO：337、SEQ ID NO：456、SEQ ID NO：538、SEQ ID NO：570、SEQ ID NO：606、SEQ ID NO：634、SEQ ID NO：644、SEQ ID NO：850、SEQ ID NO：907、SEQ ID NO：953、SEQ ID NO：1024、SEQ ID NO：1047、SEQ ID NO：1151、SEQ ID NO：1277、SEQ ID NO：1347、SEQ ID NO：1457、SEQ ID NO：1497、SEQ ID NO：1540、SEQ ID NO：1587、和SEQ ID NO：1635。
“百分比序列同一性”指任何给定的参照序列(例如SEQ ID NO：3)与候选SD+EODFR和/或低光耐受性序列之间的序列同一性程度。候选序列通常具有如下的长度，其是参照序列的长度的80％至200％，例如参照序列的长度的82％、85％、87％、89％、90％、93％、95％、97％、99％、100％、105％、110％、115％、120％、130％、140％、150％、160％、170％、180％、190％、或200％。可以如下测定任何候选核酸或多肽相对于参照核酸或多肽的百分比同一性。使用计算机程序ClustalW(第1.83版，缺省参数)将参照序列(例如核酸序列或氨基酸序列)与一种或多种候选序列比对，所述计算机程序ClustalW容许核酸或多肽序列的比对跨越其整个长度实施(全局比对)。Chenna等，Nucleic Acids Res.，31(13)：3497-500(2003)。
ClustalW计算参照与一种或多种候选序列之间的最佳匹配，并比对它们，使得可以测定同一性、相似性和差异。可以将一个或多个残基的缺口插入参照序列和/或候选序列中以使序列比对最大化。对于核酸序列的快速成对比对，使用下列缺省参数：字大小：2；窗大小：4；评分方法：百分比；顶部对角线(top diagonal)的数目：4；和缺口罚分：5。对于核酸序列的多序列比对，使用下列参数：缺口开放罚分：10.0；缺口延伸罚分：5.0；和权重转换：是。对于蛋白质序列的快速成对比对，使用下列参数：字大小：1；窗大小：5；评分方法：百分比；顶部对角线的数目：5；缺口罚分：3。对于蛋白质序列的多比对，使用下列参数：权重矩阵：blosum；缺口开放罚分：10.0；缺口延伸罚分：0.05；亲水性缺口：开启；亲水性残基：Gly、Pro、Ser、Asn、Asp、Gln、Glu、Arg、和Lys；残基特定缺口罚分：开启。ClustalW输出是反映序列间相互关系的序列比对。可以在例如贝勒医学院(Baylor College of Medicine)搜索发射器(Search Launcher)站点(searchlauncher.bcm.tmc.edu/multi-align/multi-align.html)和万维网上的欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute)站点(ebi.ac.uk/clustalw)上运行ClustalW。
为了测定候选核酸或氨基酸序列与参照序列的百分比同一性，使用ClustalW来比对序列，用比对中相同匹配的数目除以参照序列的长度，并用结果乘以100。注意到百分比同一性数值可以四舍五入最近的十分之一。例如，78.11、78.12、78.13、和78.14向下四舍五入78.1，而78.15、78.16、78.17、78.18、和78.19向上四舍五入78.2。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：3中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图1中提供了与SEQ ID NO：3中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.1844057(SEQ ID NO：7)、Ceres ANNOT ID No.1469148(SEQ ID NO：22)、公共GI ID No.18390998(SEQ ID NO：25)、Ceres克隆ID No.1065656(SEQ ID NO：32)、Ceres克隆ID No.1652677(SEQ ID NO：36)、公共GI ID No.92874556(SEQ ID NO：49)、Ceres克隆ID No.1329161(SEQ ID NO：53)、Ceres克隆ID No.1030378(SEQ ID NO：55)、Ceres克隆ID No.1413787(SEQ ID NO：57)、和公共GI ID No.125543598(SEQ ID NO：60)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：70中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图2中提供了与SEQ ID NO：70中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.1975934(SEQ ID NO：72)、Ceres ANNOT ID No.1529913(SEQ ID NO：80)、Ceres克隆ID No.977794(SEQ ID NO：93)、公共GI ID No.42362378(SEQ ID NO：96)、公共GI ID No.23899378(SEQ ID NO：99)、公共GI ID No.15963346(SEQ ID NO：101)、公共GI ID No.15963344+B816(SEQ ID NO：102)、公共GI ID No.92429657(SEQ ID NO：103)、Ceres克隆ID No.746644(SEQ ID NO：105)、Ceres克隆ID No.623089(SEQ ID NO：109)、Ceres克隆ID No.1913678(SEQ ID NO：115)、和公共GI ID No.115450609(SEQ ID NO：119)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：129中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图3中提供了与SEQ ID NO：129中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括公共GI ID No.34550779(SEQ ID NO：133)、Ceres克隆ID No.1932235(SEQ ID NO：137)、Ceres克隆IDNo.981738(SEQ ID NO：201)、Ceres克隆ID No.565974(SEQ ID NO：209)、公共GI ID No.1352058(SEQ ID NO：231)、公共GI ID No.11131101(SEQ ID NO：234)、公共GI ID No.4887018(SEQ ID NO：236)、公共GI ID No.4887018(SEQ ID NO：236)、Ceres克隆ID No.644455(SEQ ID NO：247)、Ceres克隆ID No.1731500(SEQ ID NO：270)、公共GI ID No.20269063(SEQ ID NO：300)、公共GI ID No.50404477(SEQ ID NO：302)、和公共GI ID No.62125392(SEQ ID NO：303)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：317中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图4中提供了与SEQ ID NO：317中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.1842125(SEQ ID NO：319)、Ceres ANNOT ID No.1461360(SEQ ID NO：321)、Ceres克隆ID No.480906(SEQ ID NO：327)、公共GI ID No.92889352(SEQ ID NO：330)、和公共GI ID No.56201850(SEQ ID NO：330)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：337中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图5中提供了与SEQ ID NO：337中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括At2g04240Ceres克隆ID No.952050(SEQ ID NO：339)、公共GI ID No.115477050(SEQ ID NO：349)、公共GI ID No.87162911(SEQ ID NO：355)、Ceres克隆ID No.1790901(SEQ ID NO：357)、Ceres克隆ID No.1460088(SEQ ID NO：370)、Ceres克隆ID No.1734065(SEQ ID NO：393)、Ceres克隆ID No.473509(SEQ ID NO：395)、Ceres克隆ID No.849918(SEQ ID NO：401)、Ceres克隆ID No.633470(SEQ ID NO：409)、Ceres克隆ID No.1808334(SEQ ID NO：417)、和Ceres ANNOT ID No.1525600(SEQ ID NO：437)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：456中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图6中提供了与SEQ ID NO：456中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括公共GI ID No.58430585(SEQ ID NO：457)、Ceres克隆ID No.1842825(SEQ ID NO：466)、Ceres ANNOT ID No.1449721(SEQ ID NO：474)、公共GI ID No.41323978(SEQ ID NO：475)、公共GI ID No.2895186(SEQ ID NO：478)、公共GI ID No.22854950(SEQ ID NO：481)、公共GI ID No.116010474(SEQ ID NO：485)、公共GI ID No.4091804(SEQ ID NO：488)、公共GI ID No.60459257(SEQ ID NO：494)、公共GI ID No.45544881(SEQ ID NO：496)、公共GI ID No.36789802(SEQ IDNO：498)、公共GI ID No.92875402(SEQ ID NO：508)、公共GI ID No.118406898(SEQ ID NO：510)、公共GI ID No.107770485(SEQ ID NO：511)、公共GI ID No.21655154(SEQ ID NO：532)、公共GI ID No.90657642(SEQ ID NO：536)、和Ceres克隆ID No.1569555(SEQ ID NO：1842)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：634中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图7中提供了与SEQ ID NO：634中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括公共GI ID No.98961985(SEQ ID NO：637)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：644中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图8中提供了与SEQ ID NO：644中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括SEQ ID NO：645、Ceres克隆ID No.1849479(SEQ ID NO：767)、公共GI ID No.89275008(SEQ ID NO：796)、公共GI ID No.120400525(SEQ ID NO：797)、公共GI ID No.98980426(SEQ ID NO：804)、公共GI ID No.71983373(SEQ ID NO：808)、公共GI ID No.41351817(SEQ ID NO：809)、公共GI ID No.76446191(SEQ ID NO：811)、公共GI ID No.5616086(SEQ ID NO：813)、Ceres克隆ID No.1052602(SEQ ID NO：826)、公共GI ID No.72068957(SEQ ID NO：830)、公共GI ID No.71534113(SEQ ID NO：831)、公共GI ID No.37147896(SEQ ID NO：832)、公共GI ID No.92918850(SEQ ID NO：834)、公共GI ID No.40647095(SEQ ID NO：835)、Ceres ANNOT ID No.1527711(SEQ ID NO：837)、公共GI ID No.71041116(SEQ ID NO：838)、公共GI ID No.12003384(SEQ ID NO：839)、公共GI ID No.18535580(SEQ ID NO：840)、和公共GI ID No.115353971(SEQ ID NO：1843)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：850中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图9中提供了与SEQ ID NO：850中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.1833093(SEQ ID NO：853)、Ceres ANNOT ID No.1502190(SEQ ID NO：857)、Ceres克隆ID No.565641(SEQ ID NO：876)、公共GI ID No.87240507(SEQ ID NO：877)、Ceres克隆ID No.1325382(SEQ ID NO：881)、Ceres克隆ID No.1558265(SEQ ID NO：885)、Ceres克隆ID No.1823669(SEQ ID NO：895)、和公共GI ID No.115464921(SEQ ID NO：898)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：907中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图10中提供了与SEQ ID NO：907中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.1940797(SEQ ID NO：909)、Ceres ANNOT ID No.1538900(SEQ ID NO：911)、Ceres克隆ID No.1126868(SEQ ID NO：922)、公共GI ID No.89257684(SEQ ID NO：923)、公共GI ID No.124360460(SEQ ID NO：929)、公共GI ID No.62865694(SEQ ID NO：931)、公共GI ID No.62865692(SEQ ID NO：932)、Ceres克隆ID No.260368(SEQ ID NO：936)、Ceres克隆ID No.1873510(SEQ ID NO：947)、公共GI ID No.125541662(SEQ ID NO：948)、公共GI ID No.48716268(SEQ ID NO：950)、和公共GI ID No.62865696(SEQ ID NO：1844)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：953中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图11中提供了与SEQ ID NO：953中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.1798705(SEQ ID NO：955)、Ceres ANNOT ID No.1458907(SEQ ID NO：963)、Ceres克隆ID No.1090409(SEQ ID NO：971)、Ceres克隆ID No.479817(SEQ ID NO：977)、Ceres克隆ID No.1041793(SEQ ID NO：979)、Ceres克隆ID No.684633(SEQ ID NO：985)、Ceres克隆ID No.371815(SEQ ID NO：991)、Ceres克隆ID No.1686460(SEQ ID NO：993)、Ceres克隆ID No.1448595(SEQ ID NO：995)、Ceres克隆ID No.1734477(SEQ ID NO：999)、Ceres克隆ID No.1605693(SEQ ID NO：1005)、Ceres克隆ID No.1757400(SEQ ID NO：1009)、和公共GI ID No.115434334(SEQ ID NO：1015)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：1024中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图12中提供了与SEQ ID NO：1024中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres ANNOT ID No.1452905(SEQ ID NO：1029)、Ceres克隆ID No.956176(SEQ ID NO：1039)、公共GI ID No.92870366(SEQ ID NO：1040)、Ceres克隆ID No.294166(SEQ ID NO：1042)、和公共GI ID No.125543067(SEQ ID NO：1043)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：1047中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图13中提供了与SEQ ID NO：1047中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.1837694(SEQ ID NO：1053)、Ceres ANNOT ID No.1483367(SEQ ID NO：1057)、Ceres克隆ID No.1077781(SEQ ID NO：1083)、Ceres克隆ID No.471026(SEQ ID NO：1085)、公共GI ID No.92888885(SEQ ID NO：1099)、公共GI ID No.45544873(SEQ ID NO：1100)、公共GI ID No.45758663(SEQ ID NO：1101)、Ceres克隆ID No.772927(SEQ ID NO：1105)、Ceres克隆ID No.895080(SEQ ID NO：1111)、Ceres克隆ID No.1806128(SEQ ID NO：1131)、公共GI ID No.115458192(SEQ ID NO：1134)、和公共GI ID No.82470795(SEQ ID NO：1139)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：1151中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图14中提供了与SEQ ID NO：1151中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.1851526(SEQ ID NO：1155)、Ceres ANNOT ID No.1486769(SEQ ID NO：1172)、公共GI ID No.83032232(SEQ ID NO：1209)、Ceres克隆ID No.1620420(SEQ ID NO：1211)、公共GI ID No.92892428(SEQ ID NO：1215)、Ceres克隆ID No.884742(SEQ ID NO：1223)、Ceres克隆ID No.1821559(SEQ ID NO：1246)、公共GI ID No.51535021(SEQ ID NO：1258)、公共GI ID No.113205304(SEQ ID NO：1263)、和公共GI ID No.37719051(SEQ ID NO：1264)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：1277中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图15中提供了与SEQ ID NO：1277中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.1926352(SEQ ID NO：1279)、Ceres ANNOT ID No.1448905(SEQ ID NO：1285)、公共GI ID No.15236865(SEQ ID NO：1294)、Ceres克隆ID No.934771(SEQ ID NO：1301)、Ceres克隆ID No.338386(SEQ ID NO：1303)、Ceres克隆ID No.1780691(SEQ ID NO：1317)、和公共GI ID No.115464819(SEQ ID NO：1326)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：1347中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图16中提供了与SEQ ID NO：1347中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.285028(SEQ ID NO：1419)、Ceres克隆ID No.100969565(SEQ ID NO：1422)、公共GI ID No.1352057(SEQ ID NO：1427)、Ceres ANNOT ID No.1453784(SEQ ID NO：1429)、公共GI ID No.452777(SEQ ID NO：1430)、和公共GI ID No.92873297(SEQ ID NO：1431)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：1457中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图17中提供了与SEQ ID NO：1457中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.1924904(SEQ ID NO：1460)、Ceres ANNOT ID No.1543346(SEQ ID NO：1462)、公共GI ID No.18396338(SEQ ID NO：1467)、Ceres克隆ID No.833872(SEQ ID NO：1471)、Ceres克隆ID No.1579587(SEQ ID NO：1475)、Ceres克隆ID No.1786411(SEQ ID NO：1477)、和公共GI ID No.108864370(SEQ ID NO：1480)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：1497中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图18中提供了与SEQ ID NO：1497中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres ANNOT ID No.1443463(SEQ ID NO：1499)、公共GI ID No.13605525(SEQ ID NO：1502)、公共GI ID No.94965681(SEQ ID NO：1506)、和公共GI ID No.28201254(SEQ ID NO：1512)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：1587中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图19中提供了与SEQ ID NO：1587中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.1839577(SEQ ID NO：1589)、Ceres ANNOT ID No.1491567(SEQ ID NO：1591)、Ceres克隆ID No.574505(SEQ ID NO：1596)、公共GI ID No.56117815(SEQ ID NO：1597)、公共GI ID No.92874021(SEQ ID NO：1603)、公共GI ID No.123684(SEQ ID NO：1605)、公共GI ID No.5821136(SEQ ID NO：1606)、Ceres克隆ID No.283366(SEQ ID NO：1609)、公共GI ID No.16118447(SEQ ID NO：1612)、和公共GI ID No.125562434(SEQ ID NO：1614)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：1635中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图20中提供了与SEQ ID NO：1635中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres ANNOT ID No.1508307(SEQ ID NO：1637)、公共GI ID No.1495267(SEQ ID NO：1642)、公共GI ID No.87241310(SEQ ID NO：1644)、Ceres克隆ID No.938390(SEQ ID NO：1646)、Ceres克隆ID No.272338(SEQ ID NO：1648)、Ceres克隆ID No.1993510(SEQ ID NO：1650)、公共GI ID No.125563862(SEQID NO：1651)、和公共GI ID No.125605833(SEQ ID NO：1653)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：1540中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图21中提供了与SEQ ID NO：1540中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.1943265(SEQ ID NO：1543)、Ceres ANNOT ID No.1454522(SEQ ID NO：1547)、公共GI ID No.31323447(SEQ ID NO：1556)、Ceres克隆ID No.1583941(SEQ ID NO：1561)、Ceres克隆ID No.1792942(SEQ ID NO：1563)、公共GI ID No.77548772(SEQ ID NO：1565)、和公共GI ID No.84453182(SEQ ID NO：1567)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：538中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图22中提供了与SEQ ID NO：538中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括公共GI ID No.5731739(SEQ ID NO：539)、Ceres ANNOT ID No.1538045(SEQ ID NO：541)、公共GI ID No.29467479(SEQ ID NO：542)、公共GI ID No.133921974(SEQ ID NO：543)、公共GI ID No.113197027(SEQ ID NO：544)、公共GI ID No.92879277(SEQ ID NO：545)、公共GI ID No.45935260(SEQ ID NO：546)、公共GI ID No.8101444(SEQ ID NO：547)、公共GI ID No.78217443(SEQ ID NO：548)、和公共GI ID No.28372347(SEQ ID NO：549)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：606中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图23中提供了与SEQ ID NO：606中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括公共GI ID No.92873064(SEQ ID NO：607)、公共GI ID No.37051125(SEQ ID NO：608)、和公共GI ID No.112363376(SEQ ID NO：609)。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO：570中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图24中提供了与SEQ ID NO：570中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.1919714(SEQ ID NO：572)、Ceres ANNOT ID No.1443290(SEQ ID NO：574)、Ceres克隆ID No.1042157(SEQ ID NO：576)、Ceres克隆ID No.1384304(SEQ ID NO：578)、和公共GI ID No.115464375(SEQ ID NO：579)。
在一些情况中，红光特异性响应途径多肽具有与SEQ ID NO：456中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图6中提供了与SEQ ID NO：456中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括公共GI ID No.58430585(SEQ ID NO：457)、Ceres克隆ID No.1842825(SEQ ID NO：466)、Ceres ANNOT ID No.1449721(SEQ ID NO：474)、公共GI ID No.41323978(SEQ ID NO：475)、公共GI ID No.2895186(SEQ ID NO：478)、公共GI ID No.22854950(SEQ ID NO：481)、公共GI ID No.116010474(SEQ ID NO：485)、公共GI ID No.4091804(SEQ ID NO：488)、公共GI ID No.60459257(SEQ ID NO：494)、公共GI ID No.45544881(SEQ ID NO：496)、公共GI ID No.36789802(SEQ ID NO：498)、公共GI ID No.92875402(SEQ ID NO：508)、公共GI ID No.118406898(SEQ ID NO：510)、公共GI ID No.107770485(SEQ ID NO：511)、公共GI ID No.21655154(SEQ ID NO：532)、公共GI ID No.90657642(SEQ ID NO：536)、和Ceres克隆ID No.1569555(SEQ ID NO：1842)。
在一些情况中，红光特异性响应途径多肽具有与SEQ ID NO：953中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图11中提供了与SEQ ID NO：953中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.1798705(SEQ ID NO：955)、Ceres ANNOT ID No.1458907(SEQ ID NO：963)、Ceres克隆ID No.1090409(SEQ ID NO：971)、Ceres克隆ID No.479817(SEQ ID NO：977)、Ceres克隆ID No.1041793(SEQ ID NO：979)、Ceres克隆ID No.684633(SEQ ID NO：985)、Ceres克隆ID No.371815(SEQ ID NO：991)、Ceres克隆ID No.1686460(SEQ ID NO：993)、Ceres克隆ID No.1448595(SEQID NO：995)、Ceres克隆ID No.1734477(SEQ ID NO：999)、Ceres克隆ID No.1605693(SEQ ID NO：1005)、Ceres克隆ID No.1757400(SEQ ID NO：1009)、和公共GI ID No.115434334(SEQ ID NO：1015)。
在一些情况中，红光特异性响应途径多肽具有与SEQ ID NO：1540中所列的氨基酸序列具有至少40％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的氨基酸序列。图21中提供了与SEQ ID NO：1540中所列的多肽具有大于40％序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres克隆ID No.1943265(SEQ ID NO：1543)、Ceres ANNOT ID No.1454522(SEQ ID NO：1547)、公共GI ID No.31323447(SEQ ID NO：1556)、Ceres克隆ID No.1583941(SEQ ID NO：1561)、Ceres克隆ID No.1792942(SEQ ID NO：1563)、公共GI ID No.77548772(SEQ ID NO：1565)、和公共GI ID No.84453182(SEQ ID NO：1567)。
F.其它序列
应当领会的是，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽和红光特异性响应途径多肽可以包括不牵涉SD+EODFR和/或低光耐受性，或红光特异性响应途径的额外氨基酸，并且如此此类多肽可以比其它情况中会是的情况长(longer than would otherwise be the case)。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽可以包括添加至氨基或羧基端的纯化标签、叶绿体转运肽、线粒体转运肽、造粉体肽、或前导序列。在一些实施方案中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽包括发挥报告物(例如绿色荧光蛋白或黄色荧光蛋白)功能的氨基酸序列。
III.核酸
本文中所描述的核酸包括在植物或植物细胞中转录时有效调控SD+EODFR和/或低光耐受性的核酸。此类核酸包括(不限于)那些编码SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的核酸和那些可以经由基于核酸的方法用于抑制SD+EODFR和/或低光耐受性多肽或红光特异性响应途径多肽表达的核酸。
A.编码SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的核酸
本文中描述了编码SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的核酸。此类核酸包括SEQ ID NO：1、2、4、6、8、11、13、15、17、19、21、23、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、50、52、54、56、58、64、66、68、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、92、94、104、106、108、110、112、114、123、125、127、128、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、263、265、267、269、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、305、307、309、311、313、315、316、318、320、322、324、326、328、333、335、336、338、340、342、345、356、358、360、363、369、371、373、375、377、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、517、519、537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、577、581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、627、630、632、633、635、640、642、643、646、648、650、652、654、656、658、660、662、664、666、668、670、672、674、677、679、681、683、685、687、689、691、693、696、698、700、703、705、707、710、715、717、719、722、724、727、729、731、733、735、737、739、746、748、752、754、756、758、760、766、768、770、772、775、777、781、785、787、789、791、793、825、828、836、842、844、846、848、849、852、854、856、858、860、867、869、871、873、875、878、880、882、884、886、888、890、892、894、896、899、901、903、905、906、908、910、912、914、916、918、921、925、927、933、935、942、944、946、951、952、954、956、958、960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、984、986、988、990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1019、1020、1021、1022、1023、1026、1028、1031、1034、1036、1038、1041、1045、1046、1048、1050、1052、1054、1056、1058、1060、1062、1064、1066、1070、1076、1079、1082、1084、1086、1088、1090、1092、1094、1096、1102、1104、1106、1108、1110、1112、1114、1116、1118、1120、1122、1124、1126、1128、1130、1132、1140、1142、1144、1146、1148、1150、1152、1154、1156、1158、1163、1165、1167、1169、1171、1173、1175、1177、1179、1181、1183、1185、1187、1189、1191、1193、1195、1197、1205、1207、1210、1212、1218、1220、1222、1224、1226、1228、1231、1233、1235、1237、1239、1241、1243、1245、1247、1249、1251、1253、1265、1267、1269、1271、1273、1275、1276、1278、1280、1282、1284、1286、1288、1290、1292、1296、1300、1302、1304、1306、1308、1310、1312、1314、1316、1318、1320、1333、1335、1337、1339、1341、1343、1345、1346、1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、1443、1445、1447、1449、1451、1453、1454、1455、1456、1459、1461、1463、1465、1470、1472、1474、1476、1487、1489、1491、1493、1495、1496、1498、1500、1507、1509、1517、1526、1530、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1585、1586、1588、1590、1592、1595、1608、1610、1622、1624、1626、1627、1628、1629、1633、1634、1636、1638、1640、1645、1647、1649、1656、1658、1660、1662、1664、1666、1668、1670、1672、1674、1676、1678、1680、1683、1685、1687、1689、1691、1693、1695、1697、1706、1708、1710、1712、1714、1716、1718、1724、1726、1728、1731、1733、1735、1737、1747、1749、1753、1755、1757、1759、1761、1763、1765、1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、1795、1797、1799、1801、1803、1841、1849、1851、1853、1855、1857、1868、1872、1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、1902、1904、1906、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、1922、1924、1926、1928、1930、1932、1934、1936、1938、1940、1942、1944、1946、1948、1950、1952、1954、1956、1958、1960、1962、1964、1966、1968、1970、1972、1974、1976、1978、1980、1982、1984、1986、1988、1990、1992、1994、1996、1998、2000、2002、2004、2006、2008、2010、2012、2014、2016、2018、2020、2022、2024、2026、2028、2068、2071、2073、2075、2077、2079、2082、2086、2088、2090、2092、2094、2096、2098、2100、2102、2104、2106、2108、2110、2112、2122、2124、2126、2128、2130、2132、2134、2145、2147、2149、2151、2153、2155、2157、2159、2161、2163、2165、2167、2169、2171、2173、2175、2177、2179、2181、2265、2267、2279、2281、2283、2285、2287、2289、2291、2293、2295、2297、2299、2301、2303、2305、2307、2309、2311、2313、2315、2317、2319、2321、2349、2351、2353、2355、2357、2359、2361、2363、2365、2367、2369、2371、和2373，如下文更为详细地描述的。核酸也可以是片段，其是下组所列全长核酸的长度的至少40％(例如至少45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、或99％)：SEQ ID NO：1、2、4、6、8、11、13、15、17、19、21、23、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、50、52、54、56、58、64、66、68、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、92、94、104、106、108、110、112、114、123、125、127、128、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、263、265、267、269、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、305、307、309、311、313、315、316、318、320、322、324、326、328、333、335、336、338、340、342、345、356、358、360、363、369、371、373、375、377、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、517、519、537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、577、581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、627、630、632、633、635、640、642、643、646、648、650、652、654、656、658、660、662、664、666、668、670、672、674、677、679、681、683、685、687、689、691、693、696、698、700、703、705、707、710、715、717、719、722、724、727、729、731、733、735、737、739、746、748、752、754、756、758、760、766、768、770、772、775、777、781、785、787、789、791、793、825、828、836、842、844、846、848、849、852、854、856、858、860、867、869、871、873、875、878、880、882、884、886、888、890、892、894、896、899、901、903、905、906、908、910、912、914、916、918、921、925、927、933、935、942、944、946、951、952、954、956、958、960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、984、986、988、990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1019、1020、1021、1022、1023、1026、1028、1031、1034、1036、1038、1041、1045、1046、1048、1050、1052、1054、1056、1058、1060、1062、1064、1066、1070、1076、1079、1082、1084、1086、1088、1090、1092、1094、1096、1102、1104、1106、1108、1110、1112、1114、1116、1118、1120、1122、1124、1126、1128、1130、1132、1140、1142、1144、1146、1148、1150、1152、1154、1156、1158、1163、1165、1167、1169、1171、1173、1175、1177、1179、1181、1183、1185、1187、1189、1191、1193、1195、1197、1205、1207、1210、1212、1218、1220、1222、1224、1226、1228、1231、1233、1235、1237、1239、1241、1243、1245、1247、1249、1251、1253、1265、1267、1269、1271、1273、1275、1276、1278、1280、1282、1284、1286、1288、1290、1292、1296、1300、1302、1304、1306、1308、1310、1312、1314、1316、1318、1320、1333、1335、1337、1339、1341、1343、1345、1346、1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、1443、1445、1447、1449、1451、1453、1454、1455、1456、1459、1461、1463、1465、1470、1472、1474、1476、1487、1489、1491、1493、1495、1496、1498、1500、1507、1509、1517、1526、1530、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1585、1586、1588、1590、1592、1595、1608、1610、1622、1624、1626、1627、1628、1629、1633、1634、1636、1638、1640、1645、1647、1649、1656、1658、1660、1662、1664、1666、1668、1670、1672、1674、1676、1678、1680、1683、1685、1687、1689、1691、1693、1695、1697、1706、1708、1710、1712、1714、1716、1718、1724、1726、1728、1731、1733、1735、1737、1747、1749、1753、1755、1757、1759、1761、1763、1765、1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、1795、1797、1799、1801、1803、1841、1849、1851、1853、1855、1857、1868、1872、1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、1902、1904、1906、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、1922、1924、1926、1928、1930、1932、1934、1936、1938、1940、1942、1944、1946、1948、1950、1952、1954、1956、1958、1960、1962、1964、1966、1968、1970、1972、1974、1976、1978、1980、1982、1984、1986、1988、1990、1992、1994、1996、1998、2000、2002、2004、2006、2008、2010、2012、2014、2016、2018、2020、2022、2024、2026、2028、2068、2071、2073、2075、2077、2079、2082、2086、2088、2090、2092、2094、2096、2098、2100、2102、2104、2106、2108、2110、2112、2122、2124、2126、2128、2130、2132、2134、2145、2147、2149、2151、2153、2155、2157、2159、2161、2163、2165、2167、2169、2171、2173、2175、2177、2179、2181、2265、2267、2279、2281、2283、2285、2287、2289、2291、2293、2295、2297、2299、2301、2303、2305、2307、2309、2311、2313、2315、2317、2319、2321、2349、2351、2353、2355、2357、2359、2361、2363、2365、2367、2369、2371、和2373。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：68或SEQ ID NO：69中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：68或SEQ ID NO：69中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：68或SEQ ID NO：69中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：127或SEQ ID NO：128中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：127或SEQ ID NO：128中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：127或SEQ ID NO：128中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：315或SEQ ID NO：316中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：315或SEQ ID NO：316中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：315或SEQ ID NO：316中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：335或SEQ ID NO：336中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：335或SEQ ID NO：336中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：335或SEQ ID NO：336中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：454或SEQ ID NO：455中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：454或SEQ ID NO：455中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：454或SEQ ID NO：455中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：537中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：537中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：537中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：568或SEQ ID NO：569中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：568或SEQ ID NO：569中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：568或SEQ ID NO：569中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：604或SEQ ID NO：605中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：604或SEQ ID NO：605中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：604或SEQ ID NO：605中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：632或SEQ ID NO：633中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：632或SEQ ID NO：633中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：632或SEQ ID NO：633中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：642或SEQ ID NO：643中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：642或SEQ ID NO：643中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：642或SEQ ID NO：643中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：848或SEQ ID NO：849中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：848或SEQ ID NO：849中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：848或SEQ ID NO：849中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：905或SEQ IDNO：906中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：905或SEQ ID NO：906中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：905或SEQ ID NO：906中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：951或SEQ ID NO：952中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：951或SEQ ID NO：952中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：951或SEQ ID NO：952中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：1019、SEQ ID NO：1020、SEQ ID NO：1021、SEQ ID NO：1022、或SEQ ID NO：1023中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：1019、SEQ ID NO：1020、SEQ ID NO：1021、SEQ ID NO：1022、或SEQ ID NO：1023中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：1019、SEQ ID NO：1020、SEQ ID NO：1021、SEQ ID NO：1022、或SEQ ID NO：1023中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：1045或SEQ ID NO：1046中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：1045或SEQ ID NO：1046中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：1045或SEQ ID NO：1046中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：1150中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：1150中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：1150中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：1275或SEQ ID NO：1276中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：1275或SEQ ID NO：1276中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：1275或SEQ ID NO：1276中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：1345或SEQ ID NO：1346中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：1345或SEQ ID NO：1346中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：1345或SEQ ID NO：1346中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：1453、SEQ ID NO：1454、SEQ ID NO：1455、或SEQ ID NO：1456中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：1453、SEQ ID NO：1454、SEQ ID NO：1455、或SEQ ID NO：1456中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：1453、SEQ ID NO：1454、SEQ ID NO：1455、或SEQ ID NO：1456中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：1495或SEQ ID NO：1496中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：1495或SEQ ID NO：1496中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：1495或SEQ ID NO：1496中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：1537、SEQ ID NO：1538、或SEQ ID NO：1539中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：1537、SEQ ID NO：1538、或SEQ ID NO：1539中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：1537、SEQ ID NO：1538、或SEQ ID NO：1539中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：1585或SEQ ID NO：1586中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：1585或SEQ ID NO：1586中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：1585或SEQ ID NO：1586中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：1626、SEQ ID NO：1627、SEQ ID NO：1628、或SEQ ID NO：1629中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：1626、SEQ ID NO：1627、SEQ ID NO：1628、或SEQ ID NO：1629中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：1626、SEQ ID NO：1627、SEQ ID NO：1628、或SEQ ID NO：1629中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO：1633或SEQ ID NO：1634中所列的核苷酸序列。或者，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO：1633或SEQ ID NO：1634中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+EODFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO：1633或SEQ ID NO：1634中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
B.编码红光特异性响应途径多肽的核酸
本文中描述了编码红光特异性响应途径多肽的核酸。此类核酸包括SEQ ID NO：454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、517、519、951、952、954、956、958、960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、984、986、988、990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1660、1662、1664、1666、1668、1670、1672、1674、1676、1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、1795、1797、1799、1801、1803、1841、和2267，如下文更为详细地描述的。核酸也可以是片段，其是下组所列全长核酸长度的至少40％(例如45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、或99％)：SEQ ID NO：454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、517、519、951、952、954、956、958、960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、984、986、988、990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1660、1662、1664、1666、1668、1670、1672、1674、1676、1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、1795、1797、1799、1801、1803、1841、和2267。
红光特异性响应途径核酸可以包含SEQ ID NO：454或SEQ ID NO：455中所列的核苷酸序列。或者，红光特异性响应途径核酸可以是具有SEQ ID NO：454或SEQ ID NO：455中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，红光特异性响应途径核酸可以具有与SEQ ID NO：454或SEQ ID NO：455中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
红光特异性响应途径核酸可以包含SEQ ID NO：951或SEQ ID NO：952中所列的核苷酸序列。或者，红光特异性响应途径核酸可以是具有SEQ ID NO：951或SEQ ID NO：952中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，红光特异性响应途径核酸可以具有与SEQ ID NO：951或SEQ ID NO：952中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
红光特异性响应途径核酸可以包含SEQ ID NO：1537、SEQ ID NO：1538、或SEQ ID NO：1539中所列的核苷酸序列。或者，红光特异性响应途径核酸可以是具有SEQ ID NO：1537、SEQ ID NO：1538、或SEQ ID NO：1539中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，红光特异性响应途径核酸可以具有与SEQ ID NO：1537、SEQ ID NO：1538、或SEQ ID NO：1539中所列的核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性的核苷酸序列。
可以通过标准的技术来产生分离的核酸分子。例如，可以使用聚合酶链式反应(PCR)技术来获得含有本文中所描述的核苷酸序列的分离的核酸。可以使用PCR来从DNA及RNA(包括来自总基因组DNA或总细胞RNA的序列)扩增特定的序列。多种PCR方法记载于例如PCR Primer：ALaboratory Manual，Dieffenbach和Dveksler编，Cold Spring Harbor Laboratory Press，1995。一般而言，采用来自感兴趣区域末端或之外的序列信息来设计寡核苷酸引物，它们在序列上与要扩增模板的相反链相同或相似。多种PCR策略也是可用的，通过所述策略，可以将位点特异性核苷酸序列修饰引入模板核酸中。分离的核酸也可以以单一核酸分子(例如使用亚磷酰胺技术以3’至5’方向使用自动化DNA合成)或者以一系列寡核苷酸来化学合成。例如，可以合成一对或多对含有想要的序列的长的寡核苷酸(例如＞100个核苷酸)，其中每对含有短的互补性区段(例如约15个核苷酸)，从而当寡核苷酸对退火时形成双链体。使用DNA聚合酶来延伸寡核苷酸，每寡核苷酸对产生单一的双链核酸分子，然后可以将其连接入载体中。也可以通过诱变例如天然存在的DNA来获得本发明的分离的核酸。
C.核酸调控多肽表达的用途
SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的表达
可以使用编码本文中所描述的SD+EODFR和/或低光耐受性多肽之一的核酸来在感兴趣的植物物种中表达多肽，其通常通过用具有多肽编码序列的核酸转化植物细胞来实现，所述多肽编码序列以有义取向与一种或多种调节区可操作连接。要领会的是，由于遗传密码的简并性，许多核酸可以编码特定的SD+EODFR和/或低光耐受性多肽；即对于许多氨基酸，存在有超过一种充当氨基酸密码子的核苷酸三联体。如此，给定SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的编码序列中的密码子可以进行修饰，从而获得特定植物物种中的最佳表达，其使用适合于所述物种的密码子偏爱表来实现。
在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的表达抑制内源多肽的一种或多种功能。例如，可以使用编码显性负性多肽的核酸来抑制蛋白质功能。显性负性多肽相对于内源野生型多肽是突变的或截短的，而且其在细胞中的存在抑制野生型多肽在所述细胞中的一种或多种功能，即显性负性多肽是遗传上显性的，而且赋予功能丧失。显性负性多肽赋予此类表型的机制可以有所变化，但是常常牵涉蛋白质-蛋白质相互作用或蛋白质-DNA相互作用。例如，显性负性多肽可以是酶，其相对于天然的野生型酶是截短的，使得截短的多肽保留牵涉结合第一蛋白的结构域，但是缺乏牵涉结合第二蛋白的结构域。如此，截短的多肽不能正确调控第二蛋白的活性。参见例如美国2007/0056058。作为另一个例子，在催化域中产生非保守氨基酸替代的点突变可以产生显性负性多肽。参见例如美国2005/032221。作为另一个例子，显性负性多肽可以是转录因子，其相对于天然的野生型转录因子是截短的，使得截短的多肽保留DNA结合域，但缺乏激活域。此类截短的多肽能抑制野生型转录因子结合DNA，由此抑制转录激活。
D.核酸抑制红光特异性响应途径多肽表达的用途
可以使用本文中所描述的多核苷酸和重组构建体来抑制红光特异性响应途径多肽在感兴趣的植物物种中的表达。参见例如Matzke和Birchler，Nature Reviews Genetics 6：24-35(2005)；Akashi等，Nature Reviews Mol.Cell  Biology 6：413-422(2005)；Mittal，Nature Reviews Genetics 5：355-365(2004)；和Nature Reviews RNA interference collection，2005年10月于nature.com/reviews/focus/mai。已知许多基于核酸的方法(包括反义RNA、核酶指导的RNA切割、转录后基因剪接(PTGS)，例如RNA干扰(RNAi)和转录基因沉默(TGS))抑制植物中的基因表达。合适的多核苷酸包括编码红光特异性响应途径多肽的全长核酸或此类全长核酸的片段。在一些实施方案中，可以使用全长核酸的互补物或其片段。通常，片段是至少10个核苷酸，例如至少12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、30、35、40、50、80、100、200、500个核苷酸或更多。一般而言，可以使用较高的同源性来补偿较短序列的使用。
反义技术是一种公知的方法。在此方法中，将要阻抑的基因的核酸克隆，并可操作连接至调节区和转录终止序列，从而转录RNA的反义链。然后将重组构建体转化入植物中，如本文中所描述的，并生成RNA的反义链。核酸不需要是要阻抑的基因的整个序列，但是通常会与要阻抑的基因的有义链的至少一部分基本上互补。
在另一种方法中，可以将核酸转录成核酶或催化性RNA，其影响mRNA的表达。参见美国专利号6,423,885。可以将核酶设计成特异性与实际上任何目标RNA配对，并在特定的位置处切割磷酸二酯主链，由此在功能上使目标RNA失活。异源核酸可以编码设计用于切割特定mRNA转录物的核酶，如此阻止多肽的表达。锤头状核酶对于破坏特定的mRNA是有用的，虽然可以使用在位点特异性识别序列处切割mRNA的各种核酶。锤头状核酶在由与目标mRNA形成互补碱基对的侧翼区域规定的位置处切割mRNA。唯一的要求是目标RNA含有5’-UG-3’核苷酸序列。锤头状核酶的构建和生成是本领域中已知的。参见例如美国专利号5,254,678和WO 02/46449及其中引用的参考文献。可以将锤头状核酶序列包埋在稳定的RNA诸如转移RNA(tRNA)中以提高体内切割效率。Perriman等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，92(13)：6175-6179(1995)；de Feyter和Gaudron，Methods in Molecular Biology，第74卷，第43章，“Expressing Ribozymes in Plants”，Turner，P.C.编，Humana Press Inc.，Totowa，NJ。已经描述过的RNA内切核糖核酸酶诸如嗜热四膜虫(Tetrahymena thermophila)中天然存在的RNA内切核糖核酸酶可以为有用的。参见例如美国专利号4,987,071和6,423,885。
也可以使用PTGS(例如RNAi)来抑制基因的表达。例如，可以制备包含如下序列的构建体，所述序列被转录成能退火至自身的RNA，例如具有茎环结构的双链RNA。在一些实施方案中，双链RNA的茎部分的一条链包含与红光特异性响应途径多肽的有义编码序列或其片段相似或相同，而且长度为约10个核苷酸至约2,500个核苷酸的序列。与有义编码序列相似或相同的序列的长度可以是10个核苷酸至500个核苷酸、15个核苷酸至300个核苷酸、20个核苷酸至100个核苷酸、或25个核苷酸至100个核苷酸。双链RNA的茎部分的另一条链包含与红光特异性响应途径多肽的编码序列的反义链或其片段相似或相同，而且可以具有比有义序列的相应长度短、相同、或长的长度的序列。在一些情况中，双链RNA的茎部分的一条链包含编码红光特异性响应途径多肽的mRNA的3’或5’非翻译区或其片段的序列，而双链RNA的茎部分的另一条链包含与如下序列相似或相同的序列，所述序列分别与编码红光特异性响应途径多肽的mRNA的3’或5’非翻译区或其片段互补。在其它实施方案中，双链RNA的茎部分的一条链包含编码红光特异性响应途径多肽的前mRNA中的内含子序列或其片段相同或相似的序列，而茎部分的另一条链包含与如下序列相似或相同的序列，所述序列与前mRNA中的内含子序列或其片段互补。
双链RNA的环部分可以是3个核苷酸至5,000个核苷酸，例如3个核苷酸至25个核苷酸、15个核苷酸至1,000个核苷酸、20个核苷酸至500个核苷酸、或25个核苷酸至200个核苷酸。RNA的环部分可以包含内含子或其片段。双链RNA可以具有0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、或更多个茎-环结构。
如本文中所描述的，将包含序列的构建体转化入植物中，所述序列可操作连接至调节区和转录终止序列，而且被转录成能形成双链RNA的RNA。使用RNAi抑制基因表达的方法对于本领域技术人员是已知的。参见例如美国专利5,034,323；6,326,527；6,452,067；6,573,099；6,753,139；和6,777,588。还可参见WO 97/01952；WO 98/53083；WO 99/32619；WO 98/36083；和美国专利公开文本20030175965、20030175783、20040214330、和20030180945。
也可以使用包含以有义取向与核酸分子可操作连接的调节区的构建体来抑制基因的表达。转录产物可以与红光特异性响应途径多肽的有义编码序列或其片段相似或相同。转录产物还可以是未多聚腺苷酸化的，缺乏5’帽结构，或者含有不可剪接的内含子。使用全长cDNA及部分cDNA序列来抑制基因表达的方法是本领域中已知的。参见例如美国专利号5,231,020。
在一些实施方案中，使用含有核酸的构建体来抑制基因的表达，所述核酸具有作为彼此互补的有义和反义序列两者的模板的至少一条链。有义和反义序列可以是较大核酸分子的一部分或者可以是具有不互补的序列的不同核酸分子的一部分。有义或反义序列可以是与mRNA的序列、mRNA的3’或5’非翻译区、或编码红光特异性响应途径多肽的前mRNA中的内含子相同或互补的序列或此类序列的片段。在一些实施方案中，有义或反义序列与调节区的序列相同或互补，所述调节区驱动编码红光特异性响应途径多肽的基因转录。在每种情况中，有义序列是与反义序列互补的序列。
有义和反义序列可以是大于约10个核苷酸(例如12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、或更多个核苷酸)的长度。例如，反义序列可以长21或22个核苷酸。通常，有义和反义序列长度范围为约15个核苷酸至约30个核苷酸，例如约18个核苷酸至约28个核苷酸，或约21个核苷酸至约25个核苷酸。
在一些实施方案中，反义序列是与编码本文中所描述的红光特异性响应途径多肽的mRNA序列或其片段互补的序列。与反义序列互补的有义序列可以是红光特异性响应途径多肽的mRNA内存在的序列。通常，可以将有义和反义序列设计成对应于目标mRNA的15-30个核苷酸序列，从而降低所述目标mRNA的水平。
在一些实施方案中，可以使用含有核酸的构建体来抑制基因表达，所述核酸具有作为超过一个有义序列(例如2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个有义序列)的模板的至少一条链。同样地，可以使用含有核酸的构建体来抑制基因表达，所述核酸具有作为超过一个反义序列(例如2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个反义序列)的模板的至少一条链。例如，构建体可以含有具有作为两个有义序列和两个反义序列的模板的至少一条链的核酸。多个有义序列可以是相同或不同的，而且多个反义序列可以是相同或不同的。例如，构建体可以具有如下的核酸，该核酸具有作为两个相同的有义序列和与两个相同的有义序列互补的两个相同的反义序列的模板的一条链。或者，分离的核酸可以具有作为下列各项的模板的一条链：(1)长度为20个核苷酸的两个相同的有义序列，(2)与长度为20个核苷酸的两个相同的有义序列互补的一个反义序列，(3)长度为30个核苷酸的有义序列，和(4)与长度为30个核苷酸的有义序列互补的三个相同的反义序列。可以将本文中提供的构建体设计成具有有义和反义序列的适当安排。例如，两个相同的有义序列可以接着有两个相同的反义序列或者可以位于两个相同的反义序列之间。
可以将具有作为一个或多个有义和/或反义序列的模板的至少一条链的核酸可操作连接至调节区以驱动含有有义和/或反义序列的RNA分子的转录。另外，可以将所述核酸可操作连接至转录终止子序列，诸如胭脂氨酸合成酶(nos)基因的终止子。在一些情况中，两个调节区可以指导两个转录物的转录：一个从上部链，而一个从底部链。参见例如Yan等，Plant Physiol.，141：1508-1518(2006)。两个调节区可以是相同的或不同的。两个转录物可以想成双链RNA分子，其诱导降解目标RNA。在一些情况中，核酸可以位于T-DNA或植物衍生的转移DNA(P-DNA)内，使得左侧和右侧的T-DNA边界序列或P-DNA的左侧和右侧边界样序列在该核酸的侧翼或者在核酸的任一侧上。参见US 2006/0265788。两个调节区之间的核酸序列可以长约15至约300个核苷酸。在一些实施方案中，两个调节区之间的核酸序列长约15至约200个核苷酸，长约15至约100个核苷酸，长约15至约50个核苷酸，长约18个至约50个核苷酸，长约18至约40个核苷酸，长约18至约30个核苷酸，或长约18至约25个核苷酸。
在一些用于在植物中抑制基因表达的基于核酸的方法中，合适的核酸可以是核酸类似物。核酸类似物可以在碱基模块、糖模块、或磷酸酯主链处进行修饰以改善例如核酸的稳定性、杂交、或溶解度。在碱基模块处的修饰包括脱氧尿苷替换脱氧胸苷，和5-甲基-2’-脱氧胞苷和5-溴-2’-脱氧胞苷替换脱氧胞苷。对糖模块的修饰包括修饰核糖的2’羟基以形成2’-O-甲基或2’-O-烯丙基糖。可以修饰脱氧核糖磷酸酯主链以产生吗啉代核酸(其中每个碱基模块连接至六元吗啉环)或肽核酸(其中脱氧磷酸酯主链被假肽主链替换，而四种碱基得到保留)。参见例如Summerton和Weller，1997，Antisense Nucleic Acid Drug Dev.，7：187-195；Hyrup等，Bioorgan.Med.Chem.，4：5-23(1996)。另外，脱氧磷酸酯主链可以用例如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯主链、亚磷酰胺、或烷基磷酸三酯主链替换。
E.构建体/载体
可以使用本文中提供的重组构建体来转化植物或植物细胞以调控SD+EODFR、低光耐受性和/或红光特异性响应途径。重组核酸构建体可以包含编码SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的核酸，如本文中所描述的，其可操作连接至适合于在植物或细胞中表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的调节区。如此，核酸可以包含编码如下组中所列的SD+EODFR和/或低光耐受性多肽之任一的编码序列：SEQ ID NO：3、5、7、9、10、12、14、16、18、20、22、24、25、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、49、51、53、55、57、59、60、61、62、63、65、67、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、89、90、91、93、95、96、97、98、99、100、101、102、103、105、107、109、111、113、115、116、117、118、119、120、121、122、124、126、129、130、131、132、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、188、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、262、264、266、268、270、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、306、308、310、312、314、317、319、321、323、325、327、329、330、331、332、334、337、339、341、343、344、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、357、359、361、362、364、365、366、367、368、370、372、374、376、378、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、456、457、458、459、460、462、464、466、468、470、472、474、475、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、491、493、494、495、496、497、498、499、501、503、505、507、508、509、510、511、512、514、515、516、518、520、521、522、523、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、538、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、567、570、572、574、576、578、579、580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、601、603、606、607、608、609、611、613、615、616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、629、631、634、636、637、638、639、641、644、645、647、649、651、653、655、657、659、661、663、665、667、669、671、673、675、676、678、680、682、684、686、688、690、692、694、695、697、699、701、702、704、706、708、709、711、712、713、714、716、718、720、721、723、725、726、728、730、732、734、736、738、740、741、742、743、744、745、747、749、750、751、753、755、757、759、761、762、763、764、765、767、769、771、773、774、776、778、779、780、782、783、784、786、788、790、792、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、826、827、829、830、831、832、833、834、835、837、838、839、840、841、843、845、847、850、851、853、855、857、859、861、862、863、864、865、866、868、870、872、874、876、877、879、881、883、885、887、889、891、893、895、897、898、900、902、904、907、909、911、913、915、917、919、920、922、923、924、926、928、929、930、931、932、934、936、937、938、939、940、941、943、945、947、948、949、950、953、955、957、959、961、963、965、966、967、969、971、973、975、977、979、981、983、985、987、989、991、993、995、997、999、1001、1003、1005、1007、1009、1011、1013、1014、1015、1016、1018、1024、1025、1027、1029、1030、1032、1033、1035、1037、1039、1040、1042、1043、1044、1047、1049、1051、1053、1055、1057、1059、1061、1063、1065、1067、1068、1069、1071、1072、1073、1074、1075、1077、1078、1080、1081、1083、1085、1087、1089、1091、1093、1095、1097、1098、1099、1100、1101、1103、1105、1107、1109、1111、1113、1115、1117、1119、1121、1123、1125、1127、1129、1131、1133、1134、1135、1136、1137、1138、1139、1141、1143、1145、1147、1149、1151、1153、1155、1157、1159、1160、1161、1162、1164、1166、1168、1170、1172、1174、1176、1178、1180、1182、1184、1186、1188、1190、1192、1194、1196、1198、1199、1200、1201、1202、1203、1204、1206、1208、1209、1211、1213、1214、1215、1216、1217、1219、1221、1223、1225、1227、1229、1230、1232、1234、1236、1238、1240、1242、1244、1246、1248、1250、1252、1254、1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、1264、1266、1268、1270、1272、1274、1277、1279、1281、1283、1285、1287、1289、1291、1293、1294、1295、1297、1298、1299、1301、1303、1305、1307、1309、1311、1313、1315、1317、1319、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1334、1336、1338、1340、1342、1344、1347、1349、1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、1372、1374、1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、1399、1401、1402、1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、1440、1442、1444、1446、1448、1450、1452、1457、1458、1460、1462、1464、1466、1467、1468、1469、1471、1473、1475、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1488、1490、1492、1494、1497、1499、1501、1502、1503、1504、1505、1506、1508、1510、1511、1512、1513、1514、1515、1516、1518、1519、1520、1521、1522、1523、1524、1525、1527、1528、1529、1531、1532、1533、1534、1535、1536、1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、1555、1556、1557、1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、1578、1580、1582、1584、1587、1589、1591、1593、1594、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603、1604、1605、1606、1607、1609、1611、1612、1613、1614、1615、1616、1617、1618、1619、1620、1621、1623、1625、1630、1631、1632、1635、1637、1639、1641、1642、1643、1644、1646、1648、1650、1651、1652、1653、1654、1655、1657、1659、1661、1663、1665、1667、1669、1671、1673、1675、1677、1679、1681、1682、1684、1686、1688、1690、1692、1694、1696、1698、1699、1700、1701、1702、1703、1704、1705、1707、1709、1711、1713、1715、1717、1719、1720、1721、1722、1723、1725、1727、1729、1730、1732、1734、1736、1738、1739、1740、1741、1742、1743、1744、1745、1746、1748、1750、1751、1752、1754、1756、1758、1760、1762、1764、1766、1767、1768、1769、1770、1771、1772、1773、1774、1775、1776、1777、1778、1780、1782、1784、1786、1788、1790、1792、1794、1796、1798、1800、1802、1804、1805、1806、1807、1808、1809、1810、1811、1812、1813、1814、1815、1816、1817、1818、1819、1820、1821、1822、1823、1824、1825、1826、1827、1828、1829、1830、1831、1832、1833、1834、1835、1836、1837、1838、1839、1840、1842、1843、1844、1845、1846、1847、1848、1850、1852、1854、1856、1858、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1869、1870、1871、1873、1875、1877、1879、1881、1883、1885、1887、1889、1891、1893、1895、1897、1899、1901、1903、1905、1907、1909、1911、1913、1915、1917、1919、1921、1923、1925、1927、1929、1931、1933、1935、1937、1939、1941、1943、1945、1947、1949、1951、1953、1955、1957、1959、1961、1963、1965、1967、1969、1971、1973、1975、1977、1979、1981、1983、1985、1987、1989、1991、1993、1995、1997、1999、2001、2003、2005、2007、2009、2011、2013、2015、2017、2019、2021、2023、2025、2027、2029、2030、2031、2032、2033、2034、2035、2036、2037、2038、2039、2040、2041、2042、2043、2044、2045、2046、2047、2048、2049、2050、2051、2052、2053、2054、2055、2056、2057、2058、2059、2060、2061、2062、2063、2064、2065、2066、2067、2069、2070、2072、2074、2076、2078、2080、2081、2083、2084、2085、2087、2089、2091、2093、2095、2097、2099、2101、2103、2105、2107、2109、2111、2113、2114、2115、2116、2117、2118、2119、2120、2121、2123、2125、2127、2129、2131、2133、2135、2136、2137、2138、2139、2140、2141、2142、2143、2144、2146、2148、2150、2152、2154、2156、2158、2160、2162、2164、2166、2168、2170、2172、2174、2176、2178、2180、2182、2183、2184、2185、2186、2187、2188、2189、2190、2191、2192、2193、2194、2195、2196、2197、2198、2199、2200、2201、2202、2203、2204、2205、2206、2207、2208、2209、2210、2211、2212、2213、2214、2215、2216、2217、2218、2219、2220、2221、2222、2223、2224、2225、2226、2227、2228、2229、2230、2231、2232、2233、2234、2235、2236、2237、2238、2239、2240、2241、2242、2243、2244、2245、2246、2247、2248、2249、2250、2251、2252、2253、2254、2255、2256、2257、2258、2259、2260、2261、2262、2263、2264、2266、2268、2269、2270、2271、2272、2273、2274、2275、2276、2277、2278、2280、2282、2284、2286、2288、2290、2292、2294、2296、2298、2300、2302、2304、2306、2308、2310、2312、2314、2316、2318、2320、2322、2323、2324、2325、2326、2327、2328、2329、2330、2331、2332、2333、2334、2335、2336、2337、2338、2339、2340、2341、2342、2343、2344、2345、2346、2347、2348、2350、2352、2354、2356、2358、2360、2362、2364、2366、2368、2370、2372、2374、2375、2376、2377、2378、2379、2380、2381。本文中描述了编码SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的核酸的例子。由重组核酸编码的SD+EODFR和/或低光耐受性多肽可以是天然的SD+EODFR和/或低光耐受性多肽，或者对于细胞而言可以是异源的。在一些情况中，重组构建体含有与调节区可操作连接的核酸，该核酸抑制SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的表达。在标题为“调节区”的部分中描述了适合的调节区的例子。
还提供了含有重组核酸构建体诸如那些在本文中所描述的重组核酸构建体的载体。合适的载体主链包括例如那些在本领域中常规使用的，诸如质粒、病毒、人工染色体、BAC、YAC、或PAC。合适的表达载体包括(不限于)质粒和自例如噬菌体、杆状病毒和逆转录病毒衍生的病毒载体。众多载体和表达系统可购自诸如Novagen(Madison，WI)、Clontech(Palo Alto，CA)、Stratagene(La Jolla，CA)、和Invitrogen/Life Technologies(Carlsbad，CA)等公司。
本文中提供的载体还可以包含例如复制起点、支架附着区(SAR)、和/或标志物。标志物基因可以将可选择表型赋予植物细胞。例如，标志物可以赋予杀生物剂抗性，诸如对抗生素(例如卡那霉素、G418、博来霉素、或潮霉素)或除草剂(例如草甘膦、氯磺隆或膦丝菌素(phosphinothricin))的抗性。另外，表达载体可以包含设计用于便于操作或检测(例如纯化或定位)所表达的多肽的标签序列。标签序列诸如萤光素酶、β-葡糖醛酸糖苷酶(GUS)、绿色荧光蛋白(GFP)、谷胱甘肽S-转移酶(GST)、多组氨酸、c-myc、血凝素或FlagTM标签(Kodak，New Haven，CT)序列通常表达为与编码多肽的融合物。此类标签可以插入多肽内的任何地方，包括在羧基或氨基端。
F.调节区
要包含在重组构建体中的调节区的选择取决于数个因素，包括但不限于效率、可选择性(selectability)、可诱导性、想要的表达水平、和细胞或组织优先性表达。通过相对于编码序列适当地选择和定位调节区来调控编码序列的表达对于本领域技术人员是常规的事情。可以以类似的方式调控核酸的转录。
一些合适的调节区仅仅或者主要在某些细胞类型中启动转录。用于鉴定和表征植物基因组DNA中的调节区的方法是已知的，包括例如那些记载于下列参考文献的方法：Jordano等，Plant Cell，1：855-866(1989)；Bustos等，Plant Cell，1：839-854(1989)；Green等，EMBO J.，7：4035-4044(1988)；Meier等，Plant Cell，3：309-316(1991)；和Zhang等，Plant Physiology，110：1069-1079(1996)。
下文描述了多类调节区的例子。下文指明的一些调节区及别的调节区更为详细地记载于美国专利申请流水号60/505,689；60/518,075；60/544,771；60/558,869；60/583,691；60/619,181；60/637,140；60/757,544；60/776,307；10/957,569；11/058,689；11/172,703；11/208,308；11/274,890；60/583,609；60/612,891；11/097,589；11/233,726；11/408,791；11/414,142；10/950,321；11/360,017；PCT/US05/011105；PCT/US05/23639；PCT/US05/034308；PCT/US05/034343；和PCT/US06/038236；PCT/US06/040572；及PCT/US07/62762。
例如，调节区p326、YP0144、YP0190、p13879、YP0050、p32449、21876、YP0158、YP0214、YP0380、PT0848、PT0633、YP0128、YP0275、PT0660、PT0683、PT0758、PT0613、PT0672、PT0688、PT0837、YP0092、PT0676、PT0708、YP0396、YP0007、YP0111、YP0103、YP0028、YP0121、YP0008、YP0039、YP0115、YP0119、YP0120、YP0374、YP0101、YP0102、YP0110、YP0117、YP0137、YP0285、YP0212、YP0097、YP0107、YP0088、YP0143、YP0156、PT0650、PT0695、PT0723、PT0838、PT0879、PT0740、PT0535、PT0668、PT0886、PT0585、YP0381、YP0337、PT0710、YP0356、YP0385、YP0384、YP0286、YP0377、PD1367、PT0863、PT0829、PT0665、PT0678、YP0086、YP0188、YP0263、PT0743和YP0096的序列列于PCT/US06/040572的序列表；调节区PT0625的序列列于PCT/US05/034343的序列表；调节区PT0623、YP0388、YP0087、YP0093、YP0108、YP0022和YP0080的序列列于美国专利申请流水号11/172,703的序列表；调节区PR0924的序列列于PCT/US07/62762的序列表；及调节区p530c10、pOsFIE2-2、pOsMEA、pOsYp102、和pOsYp285的序列列于PCT/US06/038236的序列表。
要领会的是，调节区可以满足基于其在一种植物物种中的活性的一种分类的标准，而且还满足基于其在另一种植物物种中的活性的不同分类的标准。
i.广泛表达型启动子
当启动子在许多但不必所有植物组织中促进转录时，启动子可以被说成是“广泛表达型”。例如，广泛表达型启动子可以在枝条、枝条尖(尖端，茎端，苗尖)、和叶的一种或多种中，但弱地或者根本不在诸如根或茎等组织中促进可操作连接的序列转录。作为另一个例子，广泛表达型启动子可以在茎、枝条、枝条尖(尖端)、和叶的一种或多种中促进可操作连接的序列转录，但可以弱地或者根本不在诸如花的生殖组织或发育中的种子等组织中促进转录。可以包括在本文中所提供的核酸构建体中的广泛表达型启动子的非限制性例子包括p326、YP0144、YP0190、p13879、YP0050、p32449、21876、YP0158、YP0214、YP0380、PT0848、和PT0633启动子。别的例子包括花椰菜花叶病毒(CaMV)35S启动子、甘露氨酸合酶(MAS)启动子、自根癌土壤杆菌(Agrobacterium tumefaciens)的T-DNA衍生的1’或2’启动子、玄参花叶病毒34S启动子、肌动蛋白启动子诸如稻肌动蛋白启动子、和泛素启动子诸如玉米泛素-1启动子。在一些情况中，从广泛表达型启动子的种类排除CaMV 35S启动子。
ii.根启动子
根活性启动子在根组织(例如根内皮层、根表皮、或根维管组织)中赋予转录。在一些实施方案中，根活性启动子是根优先性启动子，即仅或主要在根组织中赋予转录。根优先性启动子包括YP0128、YP0275、PT0625、PT0660、PT0683、和PT0758启动子。其它根优先性启动子包括PT0613、PT0672、PT0688、和PT0837启动子，它们主要在根组织中和以较少的程度在胚珠和/或种子中驱动转录。根优先性启动子的其它例子包括CaMV 35S启动子的根特异性亚域(Lam等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，86：7890-7894(1989))、由Conkling等，Plant Physiol.，93：1203-1211(1990)报告的根细胞特异性启动子、和烟草RD2启动子。
iii.成熟胚乳启动子
在一些实施方案中，在成熟胚乳中驱动转录的启动子可以为有用的。从成熟胚乳启动子进行的转录通常在受精后开始，并且主要在胚乳组织中在种子发育过程中发生，而且通常在细胞化阶段期间为最高。最合适的是主要在成熟胚乳中有活性的启动子，虽然有时可以使用在其它组织中也有活性的启动子。可以包括在本文中所提供的核酸构建体中的成熟胚乳启动子的非限制性例子包括油菜籽蛋白启动子、Arcelin-5启动子、菜豆蛋白启动子(Bustos等，Plant Cell，1(9)：839-853(1989))、大豆胰蛋白酶抑制剂启动子(Riggs等，Plant Cell，1(6)：609-621(1989))、ACP启动子(Baerson等，Plant Mol.Biol.，22(2)：255-267(1993))、硬脂酰-ACP去饱和酶启动子(Slocombe等，Plant Physiol.，104(4)：167-176(1994))、β-伴大豆球蛋白(conglycinin)启动子的大豆α’亚基(Chen等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，83：8560-8564(1986))、油质蛋白启动子(Hong等，Plant Mol.Biol.，34(3)：549-555(1997))、和玉米醇溶蛋白启动子，诸如15kD玉米醇溶蛋白启动子、16kD玉米醇溶蛋白启动子、19kD玉米醇溶蛋白启动子、22kD玉米醇溶蛋白启动子和27kD玉米醇溶蛋白启动子。也合适的是来自稻谷蛋白-1基因的Osgt-1启动子(Zheng等，Mol.Cell Biol.，13：5829-5842(1993))、β-淀粉酶启动子、和大麦大麦醇溶蛋白启动子。其它成熟胚乳启动子包括YP0092、PT0676、和PT0708启动子。
iv.子房组织启动子
在子房组织诸如胚珠壁和中果皮中有活性的启动子也可以为有用的，例如多聚半乳糖醛酸酶(polygalacturonidase)启动子、香蕉TRX启动子、甜瓜肌动蛋白启动子、YP0396、和PT0623。主要在胚珠中有活性的启动子的例子包括YP0007、YP0111、YP0092、YP0103、YP0028、YP0121、YP0008、YP0039、YP0115、YP0119、YP0120、和YP0374。
v.胚囊/早期胚乳启动子
为了在胚囊/早期胚乳中实现表达，可以使用在极核和/或中央细胞中，或者在极核的前体中有活性，但在卵细胞或卵细胞的前体中无活性的调节区。最合适的是仅或主要在极核或其前体和/或中央细胞中驱动表达的启动子。也可以在胚囊/早期胚乳优先性启动子的情况中发现从极核延伸到早期胚乳发育的转录样式，虽然转录通常在细胞化阶段期间和之后在后期胚乳发育中显著降低。合子或发育中的胚中的表达在胚囊/早期胚乳优先性启动子的情况中通常不存在。
可以适合的启动子包括那些自下列基因衍生的启动子：拟南芥(Arabidopsis)Viviparous-1(参见GenBank号U93215)；拟南芥atmycl(参见Urao(1996)Plant Mol.Biol.，32：571-57；Conceicao(1994)Plant，5：493-505)；拟南芥FIE(GenBank号AF129516)；拟南芥MEA；拟南芥FIS2(GenBank号AF096096)；和FIE 1.1(美国专利6,906,244)。可以合适的其它启动子包括那些自下列基因衍生的启动子：玉米MAC1(参见Sheridan(1996)Genetics，142：1009-1020)；玉米Cat3(参见GenBank号L05934；Abler(1993)Plant Mol.Biol.，22：10131-1038)。其它启动子包括下列拟南芥启动子：YP0039、YP0101、YP0102、YP0110、YP0117、YP0119、YP0137、DME、YP0285、和YP0212。可以有用的其它启动子包括下列稻启动子：p530c10、pOsFIE2-2、pOsMEA、pOsYp102、和pOsYp285。
vi.胚启动子
受精后优先驱动合子细胞中的转录的调节区可以提供胚优先性表达。最合适的是在心期前的早期阶段胚中优先驱动转录的启动子，但是后期阶段和成熟胚中的表达也是合适的。胚优先性启动子包括大麦脂质转移蛋白(Ltp1)启动子(Plant Cell Rep(2001)20：647-654)、YP0097、YP0107、YP0088、YP0143、YP0156、PT0650、PT0695、PT0723、PT0838、PT0879、和PT0740。
vii.光合组织启动子
在光合组织中有活性的启动子在绿色组织诸如叶和茎中赋予转录。最合适的是仅或主要在此类组织中驱动表达的启动子。此类启动子的来自包括核酮糖-1，5-二磷酸羧化酶(RbcS)启动子诸如来自美洲落叶松(eastern larch，Larix laricina)的RbcS启动子、松cab6启动子(Yamamoto等，Plant Cell Physiol.，35：773-778(1994))、来自小麦的Cab-1启动子(Fejes等，Plant Mol.Biol.，15：921-932(1990))、来自菠菜的CAB-1启动子(Lubberstedt等，Plant Physiol.，104：997-1006(1994))、来自稻的cab1R启动子(Luan等，Plant Cell，4：971-981(1992))、来自玉米的丙酮酸磷酸二激酶(pyruvate orthophosphate dikinase，PPDK)启动子(Matsuoka等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，90：9586-9590(1993))、烟草Lhcb1*2启动子(Cerdan等，Plant Mol.Biol.，33：245-255(1997))、拟南芥(Arabidopsis thaliana)SUC2蔗糖-H+同向转运体(symporter)启动子(Truernit等，Planta，196：564-570(1995))、和来自菠菜的类囊体膜蛋白启动子(psaD、psaF、psaE、PC、FNR、atpC、atpD、cab、rbcS)。其它光合组织启动子包括PT0535、PT0668、PT0886、YP0144、YP0380和PT0585。
viii.维管组织启动子
在维管束中具有高的或优先的活性的启动子的例子包括YP0087、YP0093、YP0108、YP0022、和YP0080。其它维管组织优先性启动子包括富含甘氨酸的细胞壁蛋白GRP 1.8启动子(Keller和Baumgartner，Plant Cell，3(10)：1051-1061(1991))、鸭跖草黄斑点病毒(Commelina yellow mottle virus，CoYMV)启动子(Medberry等，Plant Cell，4(2)：185-192(1992))、和稻东格鲁杆状病毒(rice tungro bacilliform virus，RTBV)启动子(Dai等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，101(2)：687-692(2004))。
ix.诱导型启动子
诱导型启动子响应外部刺激物诸如化学剂或环境刺激物而赋予转录。例如，诱导型启动子可以响应激素诸如赤霉酸或乙烯，或者响应光或干旱而赋予转录。干旱诱导型启动子的例子包括YP0380、PT0848、YP0381、YP0337、PT0633、YP0374、PT0710、YP0356、YP0385、YP0396、YP0388、YP0384、PT0688、YP0286、YP0377、PD1367、和PD0901。氮诱导型启动子的例子包括PT0863、PT0829、PT0665、和PT0886。阴影诱导型启动子的例子包括PR0924和PT0678。由盐诱导的启动子的例子是rd29A(Kasuga等(1999)Nature Biotech 17：287-291)。
x.基础启动子
基础启动子是转录起始所需的转录复合物的装配必需的最小限度序列。基础启动子常常包括“TATA框”元件，其可以位于转录起始位点上游约15和35个核苷酸之间。基础启动子还可以包括“CCAAT框”元件(通常为序列CCAAT)和/或GGGCG序列，其可以位于转录起始位点上游约40和约200个核苷酸之间，通常约60至约120个核苷酸之间。
xi.其它启动子
其它种类的启动子包括但不限于枝条优先性、愈伤组织(callus)优先性、毛状体细胞优先性、保卫细胞优先性诸如PT0678、块茎优先性、薄壁组织细胞优先性、和衰老优先性启动子。称作YP0086、YP0188、YP0263、PT0758、PT0743、PT0829、YP0119、和YP0096的启动子(如上文提及的专利申请中所描述的)也可以为有用的。
xii.其它调节区
5’非翻译区(UTR)可以包括在本文中所描述的核酸构建体中。5’UTR被转录，但不被翻译，并且位于转录物的起始位点和翻译起始密码子之间，而且可以包括+1核苷酸。3’UTR可以位于翻译终止密码子和转录物末端之间。UTR可以具有特定的功能诸如提高mRNA稳定性或削弱翻译。3’UTR的例子包括但不限于多腺苷酸化信号和转录终止序列，例如胭脂氨酸合酶终止序列。
要理解的是，超过一种调节区可以存在于重组多核苷酸中，例如内含子、增强子、上游激活区、转录终止子、和可诱导元件。如此，例如超过一种调节区可以可操作连接至编码SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的多核苷酸的序列。
调节区诸如内源基因的启动子可以通过化学合成或者通过从包含此类调节区的基因组DNA亚克隆来获得。包含此类调节区的核酸还可以包含侧翼序列，其含有便于后续操作的限制酶位点。
IV.转基因植物和植物细胞
A.转化
本发明的特征还在于包含本文中所描述的至少一种重组核酸构建体的转基因植物细胞和植物。植物或植物细胞可以通过具有整合入其基因组中的构建体来转化，即可以稳定转化。稳定转化的细胞通常随着每次细胞分裂保留所导入的核酸。也可以瞬时转化植物或植物细胞，使得构建体不被整合入其基因组中。瞬时转化的细胞通常随着每次细胞分裂而丢失所导入核酸构建体的整个或一些部分，从而足够数目的细胞分裂后不能在子细胞中检测出所导入的核酸。瞬时转化的和稳定转化的转基因植物和植物细胞两者在本文中所描述的方法中可以为有用的。
本文中所描述的方法中使用的转基因植物细胞可以构成部分或整个全植物。此类植物可以以适合于所考虑物种的方式，或是在生长室，即温室中或者在大田中种植。根据需要可以为特定目的对转基因植物育种，例如以将重组核酸导入其它品系中，以将重组核酸转移至其它物种，或者用于进一步选择其它想要的性状。或者，对于那些适合此类技术的物种，转基因植物可以进行营养繁殖。如本文中所使用的，转基因植物还指初始转基因植物的后代，只要后代继承转基因。可以种植由转基因植物产生的种子，然后自交(或异型杂交并自交)以获得对于核酸构建体而言纯合的种子。
转基因植物可以以悬浮培养、或组织或器官培养方式培养。就本发明的目的而言，可以使用固体和/或液体组织培养技术。在使用固体培养基时，可以将转基因植物细胞直接放置到培养基上或者可以将其放置到滤纸上，然后将所述滤纸放置得与培养基接触。在使用液体培养基时，可以将转基因植物放置到浮选装置(例如接触液体培养基的多孔膜)上。固体培养基可以是例如Murashige和Skoog(MS)培养基，其含有琼脂和合适浓度的生长素(例如2，4-2，4-二氯苯氧乙酸(2，4-D))及合适浓度的细胞分裂素(例如激动素)。
在使用瞬时转化的植物细胞时，编码具有报告物活性的报告多肽的报告序列可以包括在转化方法中，而且可以在转化后的合适时间进行报告物活性或表达的测定法。适合于进行测定法的时间通常是转化后约1-21天，例如约1-14天、约1-7天、或约1-3天。瞬时测定法的使用对于不同物种中的快速分析，或者对于确认异源SD+EODFR和/或低光耐受性多肽(其表达先前尚未在特定的受体细胞中得到确认)的表达是特别方便的。
用于将核酸导入单子叶和双子叶植物中的技术是本领域中已知的，包括但不限于土壤杆菌属(Agrobacterium)介导的转化、病毒载体介导的转化、电穿孔和基因枪转化，例如美国专利5,538,880；5,204,253；6,329,571和6,013,863。若使用细胞或培养组织作为供转化用的受体组织，则可以通过本领域技术人员已知的技术来从经转化的培养物再生植物(若想要的话)。
B.筛选/选择
可以对转基因植物的群体筛选和/或选择群体中具有由转基因表达赋予的性状或表型的那些成员。例如，可以对单一转化事件的后代群体筛选那些具有想要水平的SD+EODFR和/或低光耐受性多肽或核酸表达的植物。可以使用物理和生化方法来鉴定表达水平。这些包括用于检测多核苷酸的Southern印迹或PCR扩增；用于检测RNA转录物的Northern印迹、S1 RNA酶保护、引物延伸、或RT-PCR扩增；用于检测多肽和多核苷酸的酶或核酶活性的酶促测定法；和用于检测多肽的蛋白质凝胶电泳、Western印迹、免疫沉淀、和酶联免疫测定法。也可以使用其它技术诸如原位杂交、酶染色、和免疫染色来检测多肽和/或多核苷酸的存在或表达。用于进行所有提及的技术的方法是已知的。作为备选，可以对包含独立转化事件的植物群体筛选那些具有想要的性状(诸如调控水平的SD+EODFR和/或低光耐受性)的植物。可以在一个或多个世代里和/或在超过一处地理位置中进行选择和/或筛选。在一些情况中，可以在诱导想要的表型或在其它情况中对于在转基因植物中产生想要的表型必要的条件下种植和选择转基因植物。另外，可以在预期植物展现表型的特定发育阶段期间应用选择和/或筛选。可以进行选择和/或筛选以选择那些相对于缺乏转基因的对照植物在SD+EODFR和/或低光耐受性水平上具有统计学显著性差异的转基因植物。与相应的对照植物相比，选择或筛选的转基因植物具有改变的表型，如本文中“转基因植物表型”部分中所描述的。
C.植物物种
可以使用本文中所描述的多核苷酸和载体来转化许多单子叶和双子叶植物和植物细胞系统，包括来自下列各科之一的物种：爵床科(Acanthaceae)、葱科(Alliaceae)、六出花科(Alstroemeriaceae)、石蒜科(Amaryllidaceae)、夹竹桃科(Apocynaceae)、棕榈科(Arecaceae)、菊科(Asteraceae)、小檗科(Berberidaceae)、红木科(Bixaceae)、十字花科(Brassicaceae)、凤梨科(Bromeliaceae)、大麻科(Cannabaceae)、石竹科(Caryophyllaceae)、三尖杉科(粗榧科)(Cephalotaxaceae)、藜科(Chenopodiaceae)、秋水仙科(Colchicaceae)、葫芦科(Cucurbitaceae)、薯蓣科(Dioscoreaceae)、麻黄科(Ephedraceae)、古柯科(Erythroxylaceae)、大戟科(Euphorbiaceae)、豆科(Fabaceae)、唇形科(Lamiaceae)、亚麻科(Linaceae)、石松科(Lycopodiaceae)、锦葵科(Malvaceae)、黑药花科(Melanthiaceae)、芭蕉科(Musaceae)、桃金娘科(Myrtaceae)、蓝果树科(Nyssaceae)、罂粟科(Papaveraceae)、松科(Pinaceae)、车前科(Plantaginaceae)、禾本科(Poaceae)、蔷薇科(Rosaceae)、茜草科(Rubiaceae)、杨柳科(Salicaceae)、无患子科(Sapindaceae)、茄科(Solanaceae)、红豆杉科(紫杉科)(Taxaceae)、山茶科(Theaceae)、或葡萄科(Vitaceae)。
合适的物种可以包括下列属的成员：秋葵属(Abelmoschus)、冷杉属(Abies)、槭属(Acer)、翦股颖属(Agrostis)、葱属(Allium)、六出花属(Alstroemeria)、凤梨属(Ananas)、穿心莲属(Andrographis)、须芒草属(Andropogon)、嵩属(艾属)(Artemisia)、芦竹属(Arundo)、颠茄属(Atropa)、小檗属(Berberis)、甜菜属(Beta)、红木属(Bixa)、芸苔属(Brassica)、金盏花属(Calendula)、山茶属(Camellia)、喜树属(旱莲木属)(Camptotheca)、大麻属(Cannabis)、辣椒属(Capsicum)、红花属(Carthamus)、长春花属(Catharanthus)、三尖杉属(粗榧属)(Cephalotaxus)、茼嵩属(Chrysanthemum)、金鸡纳属(Cinchona)、西瓜属(Citrullus)、咖啡属(Coffea)、秋水仙属(Colchicum)、鞘蕊花属(Coleus)、香瓜属(甜瓜属)(Cucumis)、南瓜属(Cucurbita)、狗牙根属(Cynodon)、曼陀罗属(Datura)、石竹属(Dianthus)、毛地黄属(Digitalis)、薯蓣属(Dioscorea)、油棕属(Elaeis)、麻黄属(Ephedra)、蔗茅属(Erianthus)、古柯属(Erythroxylum)、桉属(Eucalyptus)、羊茅属(狐茅属)(Festuca)、草莓属(Fragaria)、雪花莲属(Galanthus)、大豆属(Glycine)、棉属(Gossypium)、向日葵属(Helianthus)、橡胶树属(Hevea)、大麦属(Hordeum)、天仙子属(Hyoscyamus)、麻疯树属(Jatropha)、莴苣属(Lactuca)、亚麻属(Linum)、黑麦草属(Lolium)、羽扇豆属(Lupinus)、番茄属(Lycopersicon)、石松属(Lycopodium)、木薯属(Manihot)、苜蓿属(Medicago)、薄荷属(Mentha)、芒属(荻属)(Miscanthus)、芭蕉属(Musa)、烟草属(Nicotiana)、稻属(Oryza)、黍属(Panicum)、罂粟属(Papaver)、银胶菊属(Parthenium)、狼尾草属(Pennisetum)、碧冬茄属(Petunia)、虉草属(Phalaris)、梯牧草属(Phleum)、松属(Pinus)、早熟禾属(Poa)、一品红属(Poinsettia)、杨属(Populus)、萝芙木属(Pauwolfia)、蓖麻属(Ricinus)、蔷薇属(Rosa)、甘蔗属(Saccharum)、柳属(Salix)、血根草属(Sanguinaria)、赛莨菪属(Scopolia)、黑麦属(Secalg)、茄属(Solanum)、高粱属(Sorghum)、大米草属(Spartina)、菠菜属(Spinacea)、菊嵩属(艾菊属)(Tanacetum)、红豆杉属(紫杉属)(Taxus)、可可树属(Theobroma)、小黑麦属(Triticosecale)、小麦属(Triticum)、Uniola、藜芦属(Veratrum)、蔓长春花属(Vinca)、葡萄属(Vitis)和玉蜀黍属(Zea)。
合适的物种包括黍(Panicum spp.)或其杂种、高粱(Sorghum spp.)或其杂种、苏丹草(sudangrass)、芒(Miscanthus spp.)或其杂种、甘蔗(Saccharum spp.)或其杂种、蔗茅(Erianthus spp.)、杨(Populus spp.)、大须芒草(Andropogon gerardii，big bluestem)、象草(Pennisetum purpureum，elephant grass)或其杂种(例如象草x香蒲狼尾草(Pennisetum typhoidum))、虉草(Phalaris arundinacea)(草芦(reed canarygrass))、狗牙根(Cynodon dactylon，bermudagrass)、苇状羊茅(Festuca arundinacea)(高羊茅(tall fescue))、草原大米草(Spartina pectinata)(草原绳草(prairie cord-grass))、紫苜蓿(Medicago sativa)(苜蓿)、芦竹(Arundo donax，giant reed)或其杂种、黑麦(Secale cereale，rye)、柳(Salix spp.，willow)、桉(Eucalyptus spp.，eucalyptus)、小黑麦(Triticosecale)(小麦(triticum)-小麦X黑麦)和竹。
在一些实施方案中，合适的物种可以是野生的、杂草似的(weedy)、或栽培的高粱物种，诸如但不限于杂高粱(Sorghum almum)、Sorghum amplum、Sorghum angustum、Sorghum arundinaceum、高粱(Sorghum bicolor)(诸如高粱、几内亚高粱(guinea)、尾状高粱(caudatum)、高粱(kafir)、和硬秆高粱(durra))、Sorghum brachypodum、Sorghum bulbosum、Sorghum burmahicum、Sorghum controversum、Sorghum drummondii、Sorghum ecarinatum、Sorghum exstans、Sorghum grande、石茅(Sorghum halepense)、Sorghum interjectum、Sorghum intrans、Sorghum laxiflorum、Sorghum leiocladum、Sorghum macrospermum、Sorghum matarankense、Sorghummiliaceum、黑高粱(Sorghumnigrum)、光高粱(Sorghum nitidum)、羽高粱(Sorghum plumosum)、拟高梁(Sorghum propinquum)、Sorghum purpureosericeum、Sorghum stipoideum、苏丹草(Sorghum sudanensese)、Sorghum timorense、Sorghum trichocladum、Sorghum versicolor、Sorghum virgatum、高粱(Sorghum vulgare)、或杂种诸如杂高粱(Sorghum×almum)、苏丹草(Sorghum x sudangrass)或Sorghum×drummondii。
合适的物种还包括向日葵(Helianthus annuus，sunflower)、红花(Carthamus tinctorius，safflower)、麻疯树(Jatropha curcas，jatropha)、蓖麻(Ricinus communis，castor)、油棕(Elaeis guineensis)(棕榈(palm))、亚麻(Linum usitatissimum，flax)、和芥菜(Brassica juncea)。
合适的物种还包括甜菜(Beta vulgaris，sugarbeet)、和木薯(Manihot esculenta，cassava)。
合适的物种还包括番茄(Lycopersicon esculentum，tomato)、莴苣(Lactuca sativa，lettuce)、粉芭蕉(Musa paradisiacal)(香蕉)、马铃薯(Solanum tuberosum，potato)、甘蓝(Brassica oleracea)(花椰菜(broccoli)、花椰菜(cauliflower)、孢子甘蓝(Brussels sprouts))、茶(Camellia sinensis，tea)、草莓(Fragaria ananassa，strawberry)、可可(Theobroma cacao，cocoa)、小果咖啡(Coffea arabica)(咖啡)、葡萄(Vitis vinifera，grape)、凤梨(Ananas comosus，pineapple)、辣椒(Capsicum annum)(辣椒和甜椒)、洋葱(Allium cepa，onion)、香瓜(Cucumis melo)(甜瓜(melon))、黄瓜(Cucumis sativus，cucumber)、笋瓜(Cucurbita maxima)(南瓜(squash))、南瓜(番瓜)(Cucurbita moschata，squash)、菠菜(Spinacea oleracea，spinach)、西瓜(Citrullus lanatus，watermelon)、咖啡黄葵(Abelmoschus esculentus)(秋葵(okra))、和茄(Solanum melongena，eggplant)。
合适的物种还包括罂粟(Papaver somniferum，opium poppy)、鬼罂粟(Papaver orientale)、欧洲红豆杉(Taxus baccata)、短叶红豆杉(Taxus brevifolia)、黄花嵩(Artemisia annua)、大麻(Cannabis sativa)、旱莲木(Camptotheca acuminate)、长春花(Catharanthus roseus)、长春花(Vinca rosea)、正鸡纳树(Cinchona officinalis)、秋水仙(Colchicum autumnale)、Veratrum californica、毛花洋地黄(Digitalis lanata)、毛地黄(Digitalis purpurea)、薯蓣(Dioscorea spp.)、穿心莲(Andrographis paniculata)、颠茄(Atropa belladonna)、曼陀罗(Datura stomonium)、小檗(Berberis spp.)、三尖杉(Cephalotaxus spp.)、草麻黄(Ephedra sinica)、麻黄(Ephedra spp.)、古柯(Erythroxylum coca)、Galanthus wornorii、赛莨菪(Scopolia spp.)、蛇足石松(Lycopodium serratum)(＝蛇足石杉(Huperzia serrata))、石松(Lycopodium spp.)、蛇根木(Rauwolfia serpentine)、萝芙木(Rauwolfia spp.)、加拿大血根草(Sanguinaria canadensis)、天仙子(Hyoscyamus spp.)、金盏花(Calendula officinalis)、小白菊(Chrysanthemum parthenium)、毛喉鞘蕊花(Coleus forskohlii)、和小白菊(Tanacetum parthenium)。
合适的物种还包括灰白银胶菊(Parthenium argentatum)(银胶菊)、橡胶树(Hevea spp.)(橡胶)、留兰香(Mentha spicata)(薄荷)、辣薄荷(Mentha piperita)(薄荷)、红木(Bixa orellana)和六出花(Alstroemeria spp.)。
合适的物种还包括蔷薇(Rosa spp.)(蔷薇/玫瑰(rose))、香石竹(Dianthus caryophyllus，carnation)、碧冬茄(Petunia spp.，petunia)和一品红(Poinsettia pulcherrima，poinsettia)。
合适的物种还包括烟草(Nicotiana tabacum，tobacco)、白羽扇豆(Lupinus albus)(羽扇豆(lupin))、海燕麦(Uniola paniculata)(燕麦)、剪股颖(bentgrass，Agrostis spp.)、美洲山杨(Populus tremuloides)(白杨)、松(Pinus spp.，pine)、冷杉(Abies spp.，fir)、槭(Acer spp.，maple)、大麦(Hordeum vulgare，barley)、草地早熟禾(Poa pratensis)(蓝草)、黑麦草(Lolium spp.，ryegrass)和梯牧草(Phleum pretense，timothy)。
如此，可以在广泛范围的植物物种里使用方法和组合物，包括来自双子叶植物属芸苔属、红花属、大豆属、棉属、向日葵属、麻疯树属、银胶菊属、杨属和蓖麻属的物种；和来自单子叶植物属油棕属、羊茅属、大麦属、黑麦草属、稻属、黍属、狼尾草属、梯牧草属、早熟禾属、甘蔗属、黑麦属、高粱属、小黑麦属、小麦属、和玉蜀黍属。在一些实施方案中，植物是下列物种的成员：柳枝稷(Panicum virgatum，switchgrass)、高粱(Sorghum bicolor)(高粱，苏丹草)、奇岗(芒)、甘蔗(Saccharum sp.)(能源蔗(energycane))、小叶杨(Populus balsamifera)(杨)、玉蜀黍(Zea mays)(玉米)、大豆(Glycine max，soybean)、欧洲油菜(Brassica napus)(芸苔)、普通小麦(Triticum aestivum)(小麦)、陆地棉(Gossypium hirsutum)(棉)、稻、向日葵、紫苜蓿(苜蓿)、甜菜(甜菜)、或珍珠粟(Pennisetum glaucum，pearl millet)。
在某些实施方案中，可以使用本文中所描述的多核苷酸和载体来转化许多单子叶和双子叶植物和植物细胞系统，其中此类植物是不同物种的杂种或特定物种的品种(例如甘蔗(Saccharum sp.)X芒(Miscanthus sp.)、柳枝稷x Panicum amarum、柳枝稷x Panicum amarulum、和象草x香蒲狼尾草)。
D.转基因植物表型
相对于非阴影环境中的光，阴影环境中的光富含FR波长。红波长通常范围为约630nm光子辐射度至约700nm光子辐射度。远红波长通常范围为约700nm光子辐射度至约750nm光子辐射度。
在一些实施方案中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽表达受到调控的植物可以具有升高的SD+EODFR和/或低光耐受性。可以在对于模拟阴影有用的特定环境条件(即短日照加上日末远红(SD+EODFR)条件)下评估SD+EODFR和/或低光耐受性多肽表达受到调控的转基因植物和缺乏转基因或者不表达转基因的相应对照植物的表型。SD+EODFR条件由光周期，接着为富含远红的光条件的脉冲，接着为14小时黑暗期组成。光周期为约9.0至约9.6小时，其中红∶远红比率为约5.5，及下列注量率(fluence rate)：蓝450＝12μmol/m2/s，红633＝22μmol/m2/s，远红740＝4μmol/m2/s，PPFD400-700＝55μmol/m2/s。富含远红的光条件的脉冲是约0.4至约1.0小时，其中红∶远红比率为约0.14，及下列注量率：蓝450＝0.004μmol/m2/s，红633＝10μmol/m2/s，远红740＝70μmol/m2/s，PPFD400-700＝8μmol/m2/s。适合于产生和维持SD+EODFR条件的照明设备来源是本领域技术人员已知的。
也可以在低光辐照度的条件下评估SD+EODFR和/或低光耐受性多肽表达受到调控的转基因植物和相应对照植物的表型。低光条件是于室温和约70％相对湿度将植物暴露于辐照度约0.01μmol/m2/s的光至约20μmol/m2/s的光的条件。例如，将植物暴露于0.01、1、5、10、15、或20μmol/m2/s的光的条件是低光条件。适合于控制光条件的光照和其它设备的来源是本领域技术人员已知的。
低光条件通常具有波长组合的光，诸如白光。可以供应白光，例如通过32瓦荧光灯(Sylvania，F032/841/ECO，Danvers，MA)，只要红∶远红比率为13∶1。红波长通常范围为约630至约700nm的光子辐照度。远红波长通常范围为约700至约750nm的光子辐照度。
在一些实施方案中，在光/黑暗循环的光周期期间有连续低光的低光条件下测定转基因植物的表型。连续的低光条件可以是例如16小时的辐照度，其中0.01至20μmol/m2/s的光交替8小时黑暗。一旦已经将植物暴露于光/黑暗循环的光周期期间的连续低光条件达7天，便测定转基因植物的表型。
在一些实施方案中，在有连续红光的红光条件下测定转基因植物的表型。连续红光条件可以是例如具有约15μmol/m2/s的光的连续辐照度，其中红光与远红光比率(R∶FR)为约80。可以通过LED阵列供应连续的红光，可以使用所述LED阵列来激活和灭活植物光受体植物光敏素(例如SNAP-LITETMQuantum Devices，WI)。一旦已经将植物暴露于连续红光条件达约5天，便测定转基因植物的表型。
在一些实施方案中，在有连续远红光的远红光条件下测定转基因植物的表型。连续远红光条件可以是例如具有约5μmol/m2/s的光的连续辐照度，其中R∶FR为约0.10。可以通过LED阵列供应连续的远红光，可以使用所述LED阵列来激活和灭活植物光受体植物光敏素(例如SNAP-LITETM Quantum Devices，WI)。一旦已经将植物暴露于连续远红光条件达约5天，便测定转基因植物的表型。
在一些实施方案中，在天然日光或其它广谱光条件下测定转基因植物的表型。天然日光条件可以是例如温室或大田种植的转基因植物的全日光或其它天然照射。广谱条件可以是由荧光灯供应的照射，其中连续注量率为约12μmol/m2/s的蓝450光，22μmol/m2/s的红633光，4μmol/m2/s远红740光，和光合活性放射(PAR400-700)为约55μmol/m2/s，其中R∶FR为约5。其它广谱条件可以是例如光/黑暗光循环的光周期期间的连续广谱光。在一些情况中，例如连续广谱光可以是16小时约15至55μmol/m2/s PAR400-700的辐照度，其交替8小时黑暗，即交替8小时的黑暗期。在一些情况中，例如连续广谱光可以是12小时约15至55μmol/m2/s PAR400-700的辐照度，其交替12小时黑暗。成熟过程中和/或一旦植物已经达到成熟，测定转基因植物的表型。
与在SD+EODFR条件或低光条件下种植的不表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的对照植物相比，表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的转基因植物可以在SD+EODFR条件或低光条件下展现出下列一项或多项表型：延伸生长降低、叶发育加速、降低的顶端优势、升高的叶绿体发育、开花和种子/果实产量的变化、和贮藏器官沉积(deposition)升高。
与在连续红光或远红光条件下种植的不过表达红特异性光响应途径多肽的对照植物相比，过表达红光特异性响应途径多肽的转基因植物可以在连续红光或天然日光条件下展现出下胚轴长度减小，但是在连续远红光或黑暗条件下具有类似的下胚轴长度。
通常，认为相对于对照植物或细胞，转基因植物或细胞中形态学特征的差异(例如升高或降低)在合适的参数或非参数统计量(例如卡方检验(卡方test)、Student氏t检验、Mann-Whitney检验、或F检验)的情况中在p≤0.05时是统计学显著的。在一些实施方案中，任何个体形态学特征的尺寸差异在p＜0.01、p＜0.005、或p＜0.001时是统计学显著的。与对照植物的相应形态学特征相比在例如转基因植物中的形态学特征上的统计学显著性差异指明转基因植物中存在的重组核酸的表达赋予形态学特征的变化。
在比较SD+EODFR条件或低光条件下种植的表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的转基因植物与SD+EODFR条件或低光条件下种植的不表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的对照植物时，延伸生长的降低的例子包括(不限于)降低的叶柄长度、降低的下胚轴长度、降低的节间间隔、和谷物中降低的叶伸长。延伸生长的降低可以是约0.25％至约90％(例如约0.25％至约15％、约5％至约50％、约5％至约10％、约25％至约50％、约1％至约30％、约50％至约90％、约20％至约40％、约1％至约5％、约0.5％至约2％、约15％至约50％、约20％、约25％、约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、或约80％)的降低。
一种合适于测量的表型是下胚轴长度。当在SD+EODFR条件或低光条件下种植野生型幼苗时，下胚轴长度相对于在对照光条件下种植的野生型幼苗中找到的下胚轴长度通常显著升高。如此，可以在SD+EODFR条件或低光条件下种植转基因植物的幼苗和缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物的幼苗，并且在合适的时间，可以测量来自每组的幼苗的下胚轴长度。在SD+EODFR条件或低光条件下，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽表达升高的幼苗可以比缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物的幼苗具有统计学显著更短的下胚轴长度。与不表达转基因的相应对照植物中的下胚轴长度相比，下胚轴长度可以短了至少20％，例如20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、或80％。
当在连续红光条件下种植野生型幼苗时，下胚轴长度相对于连续远红光条件下种植的野生型幼苗中找到的下胚轴长度通常显著降低。如此，可以在连续红光条件或远红光条件下种植转基因植物的幼苗和缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物的幼苗，并且在合适的时间，可以测量来自每组的幼苗的下胚轴长度。在红光条件下，红光特异性响应途径多肽表达升高的幼苗可以比缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物的幼苗具有统计学显著更短的下胚轴长度。与不表达转基因的相应对照植物中的下胚轴长度相比，下胚轴长度可以短了至少20％，例如20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、或80％。在远红条件下，红光特异性响应途径多肽表达升高的幼苗可以与缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物具有类似长度的下胚轴。
比较而言，红光特异性响应途径多肽表达降低的幼苗可以比缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物的幼苗具有统计学显著更长的下胚轴长度。与不表达转基因的相应对照植物中的下胚轴长度相比，下胚轴长度可以长了至少20％，例如20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、或80％。在远红条件下，红光特异性响应途径多肽表达降低的幼苗可以与缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物具有类似长度的下胚轴。
另一种合适的表型可以是成熟植物的总体植物高度。当在天然光或其它广谱光条件下种植野生型植物时，成熟时的植物高度相对于在低光条件下种植的野生型植物中找到的植物高度可以显著降低。如此，可以在天然光条件或低光条件下种植转基因植物和缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物，并且在成熟时，可以测量来自每组的植物的高度。在天然光或其它广谱光条件下，红光特异性响应途径多肽表达降低的成熟植物可以比缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物的成熟植物具有统计学显著更高的植物。与不表达转基因的相应对照植物中的高度相比，植物高度可以高了至少20％，例如20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、或75％。
另一种合适的表型可以是植物生长率。例如，可以通过在一段时间里测量鲜重(T/英亩)的差异或近顶端细胞扩张的差异来测定植物生长率。当在天然光或其它广谱光条件下种植野生型植物时，植物生长率相对于低光条件下种植的野生型植物中找到的植物生长率可以显著更低。如此，可以在天然光条件或低光条件下种植转基因植物和缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物，并且在成熟过程中，可以测量来自每组的植物的植物生长率。在天然光或其它广谱光条件下，红光特异性响应途径多肽表达降低的植物可以比缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物的植物具有统计学显著增加的植物生长率。与不表达转基因的相应对照植物中的生长率相比，生长率可以增加至少2％，例如2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、或超过60％。
另一种适合于测量的表型可以是茎部分或地上部分(排除植物的花序和种子部分)的干物质产率。当在天然光或其它广谱光条件下种植野生型植物时，干物质产率相对于低光条件下种植的野生型植物中找到的干物质产率可以显著降低。如此，可以在天然光条件或低光条件下种植转基因植物和缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物，并且在收获时，可以测量来自每组的植物的干物质产率。在天然光或其它广谱光条件下，红光特异性响应途径多肽表达降低的成熟植物可以比缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物的成熟植物具有统计学显著更大的干物质产率。在下列等式中使用鲜物质重量(FMW)和重量百分比湿度(M)测量来计算干物质产率(DMY)。DMY＝((100-M)/100)*FMW。例如，与不表达转基因的相应对照植物中的干物质产率水平相比，干物质产率可以增加至少2％，例如2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、或超过60％。
另一种适合于测量的表型是叶柄长度。当在SD+EODFR条件或低光条件下种植野生型幼苗时，叶柄长度相对于对照光条件下种植的野生型幼苗中找到的叶柄长度通常显著增加。如此，可以在SD+EODFR条件或低光条件下种植转基因植物的幼苗和缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物的幼苗，并且在合适的时间，可以测量来自每组的幼苗的叶柄长度。在SD+EODFR条件或低光条件下，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽表达升高的幼苗比缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物的幼苗可以具有统计学显著更短的叶柄长度。与不表达转基因的相应对照植物中的叶柄长度相比，叶柄长度可以短了至少20％，例如20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、或75％。
在比较SD+EODFR条件或低光条件下种植的表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的转基因植物与SD+EODFR条件或低光条件下种植的不表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的对照植物时，叶发育加速的例子包括(不限于)增加的叶厚度和增加的叶面积生长。与在SD+EODFR条件或低光条件下种植的不表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的对照植物相比，叶厚度或叶面积生长在SD+EODFR条件或低光条件下种植的表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的转基因植物中可以增加约0.25％至约200％(例如约0.25％至约2％、约0.5％至约5％、约0.5％至约15％、约2％至约10％、约5％至约35％、约10％至约25％、约20％至约80％、约50％至约200％、约100％至约200％、约100％至约150％、约5％、约10％、约20％、约35％、约50％、约70％、约90％、约120％、约180％、或约200％)。
在比较SD+EODFR条件或低光条件下种植的表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的转基因植物与SD+EODFR条件或低光条件下种植的不表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的对照植物时，降低的顶端优势的例子包括(不限于)增加的分枝和增加的分蘖。与在SD+EODFR条件或低光条件下种植的不表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的对照植物相比，分枝和分蘖在SD+EODFR条件或低光条件下种植的表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的转基因植物中可以增加约0.25％至约200％(例如约0.25％至约2％、约0.5％至约5％、约0.5％至约15％、约2％至约10％、约5％至约35％、约10％至约25％、约20％至约80％、约50％至约200％、约100％至约200％、约100％至约150％、约5％、约10％、约20％、约35％、约50％、约70％、约90％、约120％、约180％、或约200％)。
在比较红光特异性响应途径多肽受下调的转基因植物与天然光或其它广谱光条件下种植的缺乏转基因或不表达转基因的对照植物时，增加的顶端优势的例子包括(不限于)减少的分枝和减少的分蘖。与天然光或其它广谱光条件下种植的缺乏转基因或不表达转基因的对照植物相比，分枝和分蘖在天然光或其它广谱光条件下种植的红光特异性响应途径多肽受下调的转基因植物中可以降低约0.25％至约200％(例如约0.25％至约2％、约0.5％至约5％、约0.5％至约15％、约2％至约10％、约5％至约35％、约10％至约25％、约20％至约80％、约50％至约200％、约100％至约200％、约100％至约150％、约5％、约10％、约20％、约35％、约50％、约70％、约90％、约120％、约180％、或约200％)。
在比较在SD+EODFR条件或低光条件下种植的表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的转基因植物与在SD+EODFR条件或低光条件下种植的不表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的对照植物时，增加的叶绿体发育的例子包括(不限于)增加的叶绿素合成和叶绿素a∶b比率的变化。与在SD+EODFR条件或低光条件下种植的不表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的对照植物相比，叶绿素合成和/或叶绿素a∶b比率在SD+EODFR条件或低光条件下种植的表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的转基因植物中可以大了约0.25％至约200％(例如约0.25％至约2％、0.25％至约0.5％、约0.25％至约1.5％、约0.5％至约1％、约0.5％至约5％、约0.5％至约15％、约2％至约10％、约5％至约35％、约10％至约25％、约20％至约80％、约50％至约200％、约100％至约200％、约100％至约150％、约5％、约10％、约20％、约35％、约50％、约70％、约90％、约120％、约180％、或约200％)。
在比较在SD+EODFR条件或低光条件下种植的表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的转基因植物与在SD+EODFR条件或低光条件下种植的不表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的对照植物时，开花和种子/果实产量的变化的例子包括(不限于)降低的开花率、结籽增加、和果实发育升高。与在SD+EODFR条件或低光条件下种植的不表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的对照植物相比，开花率在SD+EODFR条件或低光条件下种植的表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的转基因植物中可以降低约0.25％至约90％(例如约0.25％至约15％、约5％至约50％、约5％至约10％、约25％至约50％、约1％至约30％、约50％至约90％、约20％至约40％、约1％至约5％、约0.5％至约2％、约15％至约50％、约20％、约25％、约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、或约80％)。与在SD+EODFR条件或低光条件下种植的不表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的对照植物相比，种子或果实重量在SD+EODFR条件或低光条件下种植的表达SD+EODFR和/或低光耐受性多肽的转基因植物中可以提高约0.25％至约200％(例如约0.25％至约2％、约0.5％至约5％、约0.5％至约15％、约2％至约10％、约5％至约35％、约10％至约25％、约20％至约80％、约50％至约200％、约100％至约200％、约100％至约150％、约5％、约10％、约20％、约35％、约50％、约70％、约90％、约120％、约180％、或约200％)。
相对于对照植物来评估转基因植物的表型。当植物展现出由感兴趣的植物展现的多肽或编码多肽的mRNA的量的小于10％(例如小于9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.01％、或0.001％)时，植物被说成“不表达”多肽。可以使用方法来评估表达，所述方法包括例如RT-PCR、Northern印迹、S1 RNA酶保护、引物延伸、Western印迹、蛋白质凝胶电泳、免疫沉淀、酶联免疫测定法、芯片测定法、和质谱法。应当注意到，如果多肽在组织优先性或广泛表达型启动子的控制下表达，那么可以在整个植物中或者在选定的组织中评估表达。类似地，如果多肽在特定的时间(例如在发育中或诱导后的特定时间)表达，那么可以在想要的时间期限选择性评估表达。
V.植物育种
遗传多态性是群体中离散的等位序列差异。通常，认为以1％或更大存在的等位基因是遗传多态性。本文中所公开的多肽可以调控SD+EODFR和/或低光耐受性的发现在植物育种中是有用的，因为与此类多肽的基因座展现连锁程度的遗传多态性更有可能与SD+EODFR和/或低光耐受性变化有关。例如，与此类多肽的基因座连锁的遗传多态性更可能用于标志物辅助育种程序以创建具有SD+EODFR和/或低光耐受性的品系。
如此，本发明的一个方面包括鉴定一种或多种遗传多态性是否与SD+EODFR和/或低光耐受性变化有关的方法。此类方法牵涉测定给定群体中的遗传多态性是否展现出与图1-24中所描绘的多肽之一和/或其功能同系物的基因座连锁。在群体的植物中的SD+EODFR和/或低光耐受性变化与群体的植物中的遗传多态性的存在之间测量关联，由此鉴定遗传多态性是否与性状变化有关。如果特定等位基因的存在与SD+EODFR和/或低光耐受性中想要的调控在统计学上显著相关，那么等位基因与性状变化有关，而且作为性状的标志物是有用的。另一方面，如果特定等位基因的存在与想要的调控不显著相关，那么等位基因与性状变化无关，而且作为标志物是没用的。
此类方法可适用于含有天然存在的内源多肽而不是编码多肽的外源核酸的群体，即对于外源核酸而言不是转基因的群体。然而，要领会适合于在方法中使用的群体可以含有另一种不同性状(例如除草剂抗性)的转基因。
在此类方法中有用的遗传多态性包括简单序列重复(SSR或微卫星)、多态性DNA的快速扩增(RAPD)、单核苷酸多态性(SNP)、扩增片段长度多态性(AFLP)和限制性片段长度多态性(RFLP)。可以例如通过制备序列特异性探针，并通过PCR来扩增来自感兴趣群体中的个体的模板DNA，从而鉴定SSR多态性。若探针在群体中的SSR侧翼，则会生成不同大小的PCR产物。参见例如美国专利5,766,847。或者，可以通过使用PCR产物作为针对来自群体中不同个体的Southern印迹的探针来鉴定SSR多肽。参见U.H.Refseth等，(1997)Electrophoresis 18：1519。RFLP的鉴定参见例如Alonso-Blanco等(Methods in Molecular Biology，第82卷，“Arabidopsis Protocols”，第137页-第146页，J.M.Martinez-Zapater和J.Salinas编，大约在1998年Humana Press，Totowa，NJ)；Burr(“Mapping Genes with Recombinant Inbreds”，第249页-第254页，于Freeling，M.和V.Walbot(编)，The Maize Handbook，大约在1994年Springer-Verlag New York，Inc.：New York，NY，USA；Berlin Germany；Burr等Genetics(1998)118：519；及Gardiner，J.等，(1993)Genetics 134：917)。AFLP的鉴定参见例如EP 0 534 858和美国专利5,878,215。
在一些实施方案中，方法涉及育种植物品系。此类方法在标志物辅助育种程序中使用如上文所描述的那样鉴定的遗传多态性以促进开发在SD+EODFR和/或低光耐受性上具有想要的变化的品系。一旦合适的遗传多态性被鉴定为与性状的变化有关，则鉴定一种或多种个体植物，它们拥有与想要的变化有关的多态性等位基因。然后在育种程序中使用那些植物以组合多态性等位基因与其它基因座处的多种其它等位基因，它们与想要的变化有关。适合于在植物育种程序中使用的技术是本领域中已知的，包括(不限于)回交、混合选择、谱系育种、集团选择、与另一个群体杂交和轮回选择。可以在育种程序中单独或者与一种或多种其它技术联合使用这些技术。如此，将每个鉴定的植物自交或者与不同植物杂交以产生种子，然后使所述种子发芽以形成后代植物。然后将至少一个所述后代植物自交或者与不同植物杂交以形成后续后代世代。育种程序可以酌情将自交或异型杂交步骤再重复0至5个世代以在所得的植物品系中实现想要的一致性和稳定性，所述所得的植物品系保留多态性等位基因。在大多数育种程序中，将在每个世代中进行特定多态性等位基因的分析，虽然可以在交替世代中进行分析(若想要的话)。
在一些情况中，还进行其它有用性状的选择，例如选择真菌抗性或细菌抗性。此类其它性状的选择可以在鉴定拥有想要的多态性等位基因的个体植物之前、过程中或之后进行。
VI.制品
本文中提供的转基因植物在农业和能源生产工业中具有多种用途。例如，可以使用本文中所描述的转基因植物来制备动物饲料和食物产品。然而，此类植物作为能源生产的给料常常是特别有用的。
相对于缺乏外源核酸的对照植物，本文中所描述的转基因植物常常产生较高的每公顷谷粒和/或生物质的产率。在一些实施方案中，在低光条件和/或SD+EODFR条件的条件下种植时，此类转基因植物相对于对照植物提供相同或甚至升高的每公顷谷粒和/或生物质的产率。如此，可以使用所述转基因植物来在环境应力条件(如低光条件和/或SD+EODFR条件)下提供产率稳定性。通过在环境应力条件(如低光条件和/或SD+EODFR条件)下提供较高的产率，本文中所描述的转基因植物为农民和加工者改善收益性以及为消费者降低成本。
可以将来自本文中所描述的转基因植物的种子条件化(condition)，并通过本领域中已知的手段装入包装材料中以形成制品。包装材料诸如纸和布是本领域中公知的。种子包装可以具有描述其中的种子性质的标记，例如缚住包装材料的标签或标记、印刷在包装材料上的标记、或插入包装内的标记。
本发明会在以下实施例中进一步地描述，所述实施例不限制权利要求书中所描述的本发明的范围。
实施例
实施例1：转基因拟南芥植物
在关于拟南芥属转化的实施例中使用下列符号：T1：第一世代转化体；T2：第二世代，即自花传粉的T1植物的后代；T3：第三世代，即自花传粉的T2植物的后代；T4：第四世代，即自花传粉的T3植物的后代。独立转化称为事件。
自拟南芥植物分离核酸，并克隆入Ti质粒载体CRS338或CRS 811中(在35S启动子的控制下)。每种构建体含有膦丝菌素乙酰转移酶基因，其将FinaleTM抗性赋予经转化的植物。用每种构建体分开转化野生型拟南芥生态型Wassilewskija(Ws)植物。基本上如Bechtold等，C.R.Acad.Sci.Paris，316：1194-1199(1993)中所描述的那样进行转化。
含有SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：69、SEQ ID NO：127、SEQ ID NO：315、SEQ ID NO：335、SEQ ID NO：454、SEQ ID NO：537、SEQ ID NO：568、SEQ ID NO：604、SEQ ID NO：632、SEQ ID NO：642、SEQ ID NO：848、SEQ ID NO：905、SEQ ID NO：951、SEQ ID NO：1023、SEQ ID NO：1045、SEQ ID NO：1150、SEQ ID NO：1276、SEQ ID NO：1345、SEQ ID NO：1456、SEQ ID NO：1496、SEQ ID NO：1539、SEQ ID NO：1586、SEQ ID NO：1629、或SEQ ID NO：1634的转基因拟南芥品系分别称作ME05268、ME06120、ME09503、ME10007、ME10852、ME11939、ME12006、ME12596、ME12899、ME13456、ME15935、ME16594、ME16597、ME16630、ME17128、ME17578、ME18158、ME18314、ME18408、ME19304、ME19738、ME19971、ME20871、ME21199、或ME21508。通过FinaleTM抗性、自绿色叶组织提取物的PCR扩增、和/或对PCR产物的测序来确认用载体转化的各个转基因拟南芥品系中的含有上文所描述的核酸的每个载体的存在。
实施例2：对低光条件耐受的转基因植物的鉴定
将野生型和转基因种子灭菌，在含有5g/L蔗糖的固体0.5X MS培养基上分配，并于4℃在黑暗中分层(stratified)三天。分层后，容许含有种子的平板达到室温。然后将平板转移到于22℃和70％湿度在16:8小时光:黑暗循环情况中的Conviron步入式(walk-in)生长室(Controlled Environments Inc.，Pambina，ND)。通过32瓦荧光灯(Sylvania，F032/841/ECO，Danvers，MA)供应光照，只要红∶远红比率为13∶1。用三层遮光布(New York Wire，木炭玻璃纤维屏，857650；Home Depot，Atlanta，GA)覆盖平板，使得辐照度为约10μmol/m2/s。每天旋转平板，并监测下胚轴延长的变化。48小时后，对平板评分晚期发芽者(late germinator)，从认为在低光条件下具有降低的下胚轴延长的候选植物排除它们。将每个幼苗移植到含有总共18孔(3孔x6孔)并且大小测量为24cm x48cm的平面的8X8cm孔。
对在具有约10μmol/m2/s的光的辐照度的条件下于22℃维持7天的幼苗分析下胚轴长度。基于定性观察，个体幼苗的下胚轴测定为“长的”或“短的”(参见例如图28)。
实施例3：对短日照加上日末远红(SD+EODFR)条件耐受的转基因植物的鉴定
对幼苗进行短日照加上日末远红(SD+EODFR)测定法以评估SD+EODFR条件对下胚轴长度的影响。对于SD+EODFR测定法，将种子在0.5％蔗糖，1X MS培养基(PhytoTech)琼脂平板上分配，于4℃冷处理3-4天，然后使其在约60μmol/m2/s的连续白光下在步入式Conviron生长室中发芽2天。然后将幼苗暴露于SD+EODFR条件达4天。SD+EODFR条件是9.5小时光，接着是在每个光循环结束时的远红光的30分钟脉冲，其交替14小时黑暗。对光循环使用约60μmol/m2/s PPFD的两盏Gro-Lux(Sylvania，24660)和两盏冷白色(Phillips)灯(其中红∶远红比率为约5.5)；这些条件下的注量率是：蓝450＝12μmol/m2/s，红633＝22μmol/m2/s，远红740＝4μmol/m2/s，PPFD400-700＝55μmol/m2/s。通过约8μmol/m2/s PPFD的3个SNAP-LITE远红光盒(Quantum Devices，SL1515-670-735)(其中红∶远红比率为约0.14)来产生远红脉冲；这些条件下的注量率是：蓝450＝0.004μmol/m2/s，红633＝10μmol/m2/s，远红740＝70μmol/m2/s，PPFD400-700＝8μmol/m2/s。完全如上文那样培养对照幼苗，只是它们不接受远红脉冲；也就是说，发芽后，将它们暴露于约60μmol/m2/s PPFD的2盏Gro-Lux和2盏冷白色灯(其中红∶远红比率为约5.5)下交替14小时黑暗的10小时光的循环达2天。分配后第三天旋转平板，并在分配后第四天表征下胚轴长度。基于定性观察，个体幼苗的下胚轴测定为“长的”或“短的”(参见例如图28)。
在随后两天，然后用无菌Finale
Figure BPA00001229102601441
(浓度＝0.63％)喷射幼苗，然后容许生长24小时，之后进行叶绿素荧光成像以测定Finale抗性：Finale
Figure BPA00001229102601443
敏感性比率。通过在叶绿素荧光成像仪(CF Imager，Technologica Limited，UK)中放置经Finale
Figure BPA00001229102601444
处理的幼苗的平板来测定Finale
Figure BPA00001229102601445
敏感性。Finale
Figure BPA00001229102601446
抗性幼苗呈红色，而Finale
Figure BPA00001229102601447
敏感性幼苗呈蓝色。然后将来自Finale
Figure BPA00001229102601448
抗性幼苗和Finale
Figure BPA00001229102601449
敏感性幼苗的下胚轴长度进行卡方分析以测定统计显著性。
实施例4：ME05268、ME06120、ME09503、ME10007、ME10852、 ME11939、ME13456、ME15935、ME16594、ME16597、ME16630、ME17128、 ME17578、ME18158、ME18314、ME19304、ME19738、ME20871、ME21199、 和ME21508事件的结果
在低光条件下种植来自ME05268事件-03的T3和T4种子、来自ME05268事件-04的T2和T3种子、来自ME06120事件-11和-12的T2和T3种子、来自ME09503事件-03和-07的T2和T3种子、来自ME10007事件-02和-05的T2和T3种子、来自ME10852事件-03和-04的T2和T3种子、来自ME11939事件-01、-02、和-03的T2和T3种子、来自ME13456事件-02和-05的T2和T3种子、来自ME15935事件-03和-04的T2和T3种子、来自ME16594事件-02和-05的T3和T4种子、来自ME16597事件-01、-04、和-06的T2和T3种子、来自ME16630事件-01、-02、和-04的T2和T3种子、来自ME17128事件-02、-03、和-03的T2和T3种子、来自ME17578事件-01和-03的T2和T3种子、来自ME18158事件-01、-03、和-04的T2和T3种子、来自ME18314事件-01、-02、-03、和-04的T2和T3种子、来自ME19304事件-07和-08的T2和T3种子、来自ME19738事件-02和-05的T2和T3种子、来自ME20871事件-03、-05、和-10的T2和T3种子、来自ME21199事件-01、-03和-05的T2和T3种子、来自ME21508事件-01和-05的T2和T3种子，并评估下胚轴长度，如实施例2中所描述的。
进行卡方检验以比较转基因幼苗与具有短的或长的下胚轴的相应非转基因分离子。认为与通常由在正常的光条件(例如约100μmol/m2/s白光)下种植的野生型拟南芥幼苗展现的下胚轴长度具有类似长度的下胚轴是短的下胚轴，而认为与通常由在低光条件(例如约10μmol/m2/s白光)下种植的野生型拟南芥幼苗展现的长度具有类似长度的下胚轴是长的下胚轴。于22℃在具有约100μmol/m2/s白光的辐照度和16:8小时光:黑暗循环的条件下种植7天的野生型拟南芥种子通常形成长度为约1-3mm的下胚轴。在具有约10μmol/m2/s白光的辐照度的条件下，下胚轴的长度通常为约5-7mm。
来自下组的幼苗在低光条件下在T2和T3世代两者中都展示短的下胚轴：ME05268事件-03；ME05268事件-04；ME06120事件-11和-12；ME09503事件-03和-07；ME10007事件-02和-05；ME10852事件-03和-04；ME11939事件-01、-02、和-03；ME13456事件-02和-05；ME15935事件-03和-04；ME16594事件-02和-05；ME16597事件-01、-04、和-06；ME16630事件-01、-02、和-04；ME17128事件-02、-03、和-03；ME17578事件-01和-03；ME18158事件-01、-03、和-04；ME18314事件-01、-02、-03、和-04；ME19304事件-07和-08；ME19738事件-02和-05；ME20871事件-03、-05、和-10；ME21199事件-01、-03和-05；和ME21508事件-01和-05，并且转基因与短的下胚轴表型相联系，置信水平为p＜0.05(表1-23)。
用-99指派的T3或T4数据是自从指定的世代和事件的多个个体植物合并的种子获得的数据。
表1：来自ME05268的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601451
表2：来自ME06120的幼苗中的下胚轴长度
表3：来自ME09503的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601462
表4：来自ME10007的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601463
Figure BPA00001229102601471
表5：来自ME10852的幼苗中的下胚轴长度
表6：来自ME11939的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601473
Figure BPA00001229102601481
表7：来自ME13456的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601482
表8：来自ME15935的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601483
表9：来自ME16594的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601484
Figure BPA00001229102601491
表10：来自ME16597的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601492
表11：来自ME16630的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601493
Figure BPA00001229102601501
表12：来自ME17128的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601502
表13：来自ME17578的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601503
Figure BPA00001229102601511
表14：来自ME18158的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601512
表15：来自ME18314的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601513
表16：来自ME19304的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601522
表17：来自ME19738的幼苗中的下胚轴长度
表18：来自ME20871的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601531
表19：来自ME21199的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601532
表20：来自ME21508的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601541
在萌发、开花的开始、丛生面积(rosette area)、能育性、和一般形态学/构造上T2ME05268、ME06120、ME09503、ME10007、ME10852、ME11939、ME13456、ME15935、ME16594、ME16597、ME16630、ME17128、ME17578、ME18158、ME18314、ME19304、ME19738、ME20871、ME21199、和ME21508植物与对照植物之间没有可观察到的或统计学显著性差异。
实施例5：ME12006、ME12596、和ME12899事件的结果
在SD+EODFR条件下种植来自ME12006事件-03、-02、和-03的T2和T3种子、来自ME12596事件-08和-09的T2和T3种子、和来自ME12899事件-05和-06的T2和T3种子，并评估下胚轴长度，如实施例3中所描述的。
来自下组的幼苗在SD+EODFR条件下在T2和T3世代两者中都展示短的下胚轴：ME12006事件-03、-02、和-03；ME12596事件-08和-09；和ME12899事件-05和-06，并且转基因与短的下胚轴表型相联系，置信水平为p＜0.05(表21-23)。
表21：来自ME12006的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601542
表22：来自ME12596的幼苗中的下胚轴长度
表23：来自ME12899的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601561
在萌发、开花的开始、丛生面积(rosette area)、能育性、和一般形态学/构造上T2ME12006、ME12596、和ME12899植物与对照植物之间没有可观察到的或统计学显著性差异。
实施例6：ME18408和ME19971事件的结果
分别如实施例2和3中所描述的，在低光条件和SD+EODFR条件下种植来自ME18408事件-01、-02、和-03的T2和T3种子和来自ME19971事件-01、-02、-03、和-05的T2和T3种子，并评估下胚轴长度。
来自ME18408事件-01、-02、和-03和ME19971事件-01、-02、-03、和-05的幼苗在SD+EODFR条件下在T2和T3世代两者中都展示短的下胚轴，并且转基因与短的下胚轴表型相联系，置信水平为p＜0.05(表24和表26)。来自ME18408事件-01和-02和ME19971事件-01、-02、-03、和-05的幼苗在SD+EODFR条件下在T2和T3世代两者中都展示短的下胚轴，并且转基因与短的下胚轴表型相联系，置信水平为p＜0.05(表25和表27)。
表24：低光条件下种植的来自ME18408的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601562
表25：SD+EODFR条件下种植的来自ME18408的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601571
表26：低光条件下种植的来自ME19971的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601572
表27：SD+EODFR条件下种植的来自ME19971的幼苗中的下胚轴长度
Figure BPA00001229102601581
在萌发、开花的开始、丛生面积(rosette area)、能育性、和一般形态学/构造上T2ME18408和ME19971植物与对照植物之间没有可观察到的或统计学显著性差异。
实施例7：通过交互BLAST测定功能同系物
如果候选和参照序列编码具有类似功能和/或活性的蛋白质，那么认为候选序列是参照序列的功能同系物。使用称为交互BLAST的方法(Rivera等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，95：6239-6244(1998))从数据库鉴定潜在的功能同系物序列，所述数据库由所有可获得的公共和专有肽序列组成，包括来自NCBI的NR和来自Ceres克隆的肽翻译。
开始交互BLAST方法前，使用BLAST对特定参照多肽搜索来自其来源物种的所有肽以鉴定与参照多肽具有80％或更大的BLAST序列同一性和沿着比对中较短的序列具有85％或更大的比对长度的多肽。参照多肽和任何前述鉴定的多肽称为簇。
使用来自华盛顿大学(Saint Louis，Missouri，USA)的BLASTP第2.0版程序来测定BLAST序列同一性和E值。BLASTP第2.0版程序包括下列参数：1)E值截留1.0e-5；2)字大小5；和3)-postsw选项。基于鉴定的潜在功能同系物序列与特定的参照序列的第一BLAST HSP(高得分区段对)的比对来计算BLAST序列同一性。用BLAST HSP比对中完全匹配的残基数目除以HSP长度，然后乘以100以得到BLAST序列同一性。HSP长度通常包括比对中的缺口，但是在一些情况中，排除缺口。
主要的交互BLAST方法由两轮BLAST搜索，即正向搜索和反向搜索组成。在正向搜索步骤中，针对来自感兴趣物种的所有蛋白质序列对来自来源物种SA的参照多肽序列“多肽A”进行BLAST。使用E值截留10-5和序列同一性截留35％来测定顶部命中(top hit)。在顶部命中中，具有最低E值的序列称为最佳命中，而且被认为是潜在的功能同系物或直向同系物。认为与最佳命中或与初始参照多肽具有80％或更大的序列同一性的任何其它顶部命中也是潜在的功能同系物或直向同系物。对所有感兴趣的物种重复此方法。
在反向搜索轮次中，针对来自来源物种SA的所有蛋白质序列对正向搜索中从所有物种鉴定的顶部命中进行BLAST。将来自前述簇的多肽返回为其最佳命中的来自正向搜索的顶部命中也被认为潜在的功能同系物。
通过手动检查潜在的功能同系物序列来鉴定功能同系物。图1-24中分别显示了SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：129、SEQ ID NO：317、SEQ ID NO：337、SEQ ID NO：456、SEQ ID NO：538、SEQ ID NO：570、SEQ ID NO：606、SEQ ID NO：634、SEQ ID NO：644、SEQ ID NO：850、SEQ ID NO：907、SEQ ID NO：953、SEQ ID NO：1024、SEQ ID NO：1047、SEQ ID NO：1151、SEQ ID NO：1277、SEQ ID NO：1347、SEQ ID NO：1457、SEQ ID NO：1497、SEQ ID NO：1540、SEQ ID NO：1587、SEQ ID NO：1630、和SEQ ID NO：1635的例示性功能同系物。
实施例8：通过隐蔽马尔科夫模型来测定功能同系物
通过程序HMMER 2.3.2来产生隐蔽马尔科夫模型(HMM)。为了产生每个HMM，使用为全局比对配置的缺省HMMER 2.3.2程序参数。
使用图1中所显示的序列作为输入来产生HMM。将这些序列拟合至该模型，并在序列表中显示了每个序列的例示性HMM比特得分。将其它序列拟合至该模型，并在序列表中显示了任何此类其它序列的例示性HMM比特得分。结果指明这些其它序列是SEQ ID NO：3的功能同系物。
重复上述方法，并为图2-24中所显示的每组序列产生HMM，其使用每幅图中所显示的序列作为所述HMM的输入来进行。序列表中显示了每个序列的例示性比特得分。将其它序列拟合至某些HMM，并在序列表中显示了此类其它序列的例示性HMM比特得分。结果指明这些其它序列是用于产生所述HMM的序列的功能同系物。
实施例9：展现出红光特异性的短的下胚轴表型的转基因植物的鉴定
将野生型和转基因种子进行表面灭菌，在含有5g/L蔗糖、0.5g/L MES、7g/L琼脂的固体0.5X MS培养基(调节至pH 5.7)上分配，并于4℃在黑暗中分层3至4天。分层后，使平板适应室温，包在微孔胶带中，并暴露于具有约60μmol/m2/s PAR的注量率和约5.3的红∶远红比率(R∶FR)的连续白光。24小时后，将来自野生型对照和转基因品系的平板移动到三种光条件之一：(1)较低注量率(约15μmol/m2/s PAR，R∶FR＝约5.0)的白光条件，(2)红光条件(SNAP-LITETM红/远红光盒(Quantum Devices)，于约15μmol/m2/s PAR，R∶FR＝约80)，或者(3)远红条件(SNAP-LITETM红/远红光盒，于约15μmol/m2/sPAR，R∶FR＝约0.10)。在连续光条件下将幼苗维持5天。基于定性观察，个体幼苗的下胚轴测定为“高的”或“短的”。
认为与通常由在相同光条件下种植的野生型拟南芥幼苗展现的下胚轴长度具有类似长度的下胚轴是高的下胚轴。认为相对于通常由相同光条件下种植的野生型拟南芥幼苗展现的下胚轴长度具有降低的长度的下胚轴是短的下胚轴。来自10个Ceres种子系ID号的转基因幼苗在连续红光下不能发芽，或者发芽较差(ME10007、ME10852、ME11961、ME15935、ME17128、ME18158、ME18314、ME19304、ME20871、和ME21508)。
来自8个Ceres种子系ID号的转基因幼苗(ME11939、ME16630、ME19971、ME05268、ME13456、ME13629、ME16597、和ME17578)在连续红光下种植时展现出短的下胚轴。来自这些中三个的转基因幼苗(ME11939、ME16630、和ME19971)在连续远红光暴露下展现出高的下胚轴，这指明短的下胚轴表型在这三个种子系中是红光特异性的。比较而言，其它5个幼苗(ME05268、ME13456、ME13629、ME16597、和ME17578)在远红光下种植时展现出短的下胚轴表型，这指明由ME05268、ME13456、ME13629、ME16597、和ME17578展现的短的下胚轴表型不是红光特异性的(参见例如Parks和Spaulding，Proc.Natl.Acad.Sci.，96：14142-14146(1999)，其描述了在连续红光和远红光条件下抑制下胚轴延长的不同分子机制)。
已经在过表达光化学和生物学功能光受体，即光敏色素B(Phy B)的转基因植物中观察到类似的红光依赖性短的下胚轴表型(Wagner等，Plant Cell，3：1275-1288(1991))。Phy B无效突变体展现出长的下胚轴幼苗表型和升高的植物高度(Kebrom和Brutnell，J Exp.Bot.，58：3079-3089(2007))。这些观察提示光响应途径的转基因调控可以产生展现出升高的谷粒产率或升高的生物质的植物。参见Pennell等，2008年9月17日提交的美国专利申请流水号61/097,789，“Transgenic Plants Having Increased Biomass”，通过提及而收入本文。如此，包含如下核酸序列的转基因植物在正常或低光条件下预计展现出高的下胚轴表型，所述核酸下调At5g14370多肽(SEQ ID NO：456)(图6)、At1g13360多肽(SEQ ID NO：953)(图11)、At2g35940多肽(SEQ ID NO：1540)(图21)、和鉴定为这些序列的功能同系物的序列(参见图6、图11、图21和序列表)的表达。
其它实施方案
要理解的是，虽然本发明已经结合其详细的说明书进行了描述，但是前述说明书意图例示而非限制本发明的范围，所述本发明的范围由所附权利要求书的范围限定。其它方面、优点、和修饰在所附权利要求书的范围内。

Claims (43)

1.一种产生植物的方法，所述方法包括培养包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，其中所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约20，所述HMM基于图1-24之一中描绘的氨基酸序列，并且其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光耐受性或SD+EODFR耐受性上具有差异。
2.一种产生植物的方法，所述方法包括培养包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，所述多肽与选自下组的氨基酸序列具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：3、5、7、9、10、12、14、16、18、20、22、24、25、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、49、51、53、55、57、59、60、61、62、63、65、67、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、89、90、91、93、95、96、97、98、99、100、101、102、103、105、107、109、111、113、115、116、117、118、119、120、121、122、124、126、129、130、131、132、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、188、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、262、264、266、268、270、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、306、308、310、312、314、317、319、321、323、325、327、329、330、331、332、334、337、339、341、343、344、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、357、359、361、362、364、365、366、367、368、370、372、374、376、378、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、456、457、458、459、460、462、464、466、468、470、472、474、475、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、491、493、494、495、496、497、498、499、501、503、505、507、508、509、510、511、512、514、515、516、518、520、521、522、523、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、538、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、567、570、572、574、576、578、579、580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、601、603、606、607、608、609、611、613、615、616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、629、631、634、636、637、638、639、641、644、645、647、649、651、653、655、657、659、661、663、665、667、669、671、673、675、676、678、680、682、684、686、688、690、692、694、695、697、699、701、702、704、706、708、709、711、712、713、714、716、718、720、721、723、725、726、728、730、732、734、736、738、740、741、742、743、744、745、747、749、750、751、753、755、757、759、761、762、763、764、765、767、769、771、773、774、776、778、779、780、782、783、784、786、788、790、792、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、826、827、829、830、831、832、833、834、835、837、838、839、840、841、843、845、847、850、851、853、855、857、859、861、862、863、864、865、866、868、870、872、874、876、877、879、881、883、885、887、889、891、893、895、897、898、900、902、904、907、909、911、913、915、917、919、920、922、923、924、926、928、929、930、931、932、934、936、937、938、939、940、941、943、945、947、948、949、950、953、955、957、959、961、963、965、966、967、969、971、973、975、977、979、981、983、985、987、989、991、993、995、997、999、1001、1003、1005、1007、1009、1011、1013、1014、1015、1016、1018、1024、1025、1027、1029、1030、1032、1033、1035、1037、1039、1040、1042、1043、1044、1047、1049、1051、1053、1055、1057、1059、1061、1063、1065、1067、1068、1069、1071、1072、1073、1074、1075、1077、1078、1080、1081、1083、1085、1087、1089、1091、1093、1095、1097、1098、1099、1100、1101、1103、1105、1107、1109、1111、1113、1115、1117、1119、1121、1123、1125、1127、1129、1131、1133、1134、1135、1136、1137、1138、1139、1141、1143、1145、1147、1149、1151、1153、1155、1157、1159、1160、1161、1162、1164、1166、1168、1170、1172、1174、1176、1178、1180、1182、1184、1186、1188、1190、1192、1194、1196、1198、1199、1200、1201、1202、1203、1204、1206、1208、1209、1211、1213、1214、1215、1216、1217、1219、1221、1223、1225、1227、1229、1230、1232、1234、1236、1238、1240、1242、1244、1246、1248、1250、1252、1254、1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、1264、1266、1268、1270、1272、1274、1277、1279、1281、1283、1285、1287、1289、1291、1293、1294、1295、1297、1298、1299、1301、1303、1305、1307、1309、1311、1313、1315、1317、1319、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1334、1336、1338、1340、1342、1344、1347、1349、1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、1372、1374、1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、1399、1401、1402、1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、1440、1442、1444、1446、1448、1450、1452、1457、1458、1460、1462、1464、1466、1467、1468、1469、1471、1473、1475、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1488、1490、1492、1494、1497、1499、1501、1502、1503、1504、1505、1506、1508、1510、1511、1512、1513、1514、1515、1516、1518、1519、1520、1521、1522、1523、1524、1525、1527、1528、1529、1531、1532、1533、1534、1535、1536、1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、1555、1556、1557、1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、1578、1580、1582、1584、1587、1589、1591、1593、1594、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603、1604、1605、1606、1607、1609、1611、1612、1613、1614、1615、1616、1617、1618、1619、1620、1621、1623、1625、1630、1631、1632、1635、1637、1639、1641、1642、1643、1644、1646、1648、1650、1651、1652、1653、1654、1655、1657、1659、1661、1663、1665、1667、1669、1671、1673、1675、1677、1679、1681、1682、1684、1686、1688、1690、1692、1694、1696、1698、1699、1700、1701、1702、1703、1704、1705、1707、1709、1711、1713、1715、1717、1719、1720、1721、1722、1723、1725、1727、1729、1730、1732、1734、1736、1738、1739、1740、1741、1742、1743、1744、1745、1746、1748、1750、1751、1752、1754、1756、1758、1760、1762、1764、1766、1767、1768、1769、1770、1771、1772、1773、1774、1775、1776、1777、1778、1780、1782、1784、1786、1788、1790、1792、1794、1796、1798、1800、1802、1804、1805、1806、1807、1808、1809、1810、1811、1812、1813、1814、1815、1816、1817、1818、1819、1820、1821、1822、1823、1824、1825、1826、1827、1828、1829、1830、1831、1832、1833、1834、1835、1836、1837、1838、1839、1840、1842、1843、1844、1845、1846、1847、1848、1850、1852、1854、1856、1858、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1869、1870、1871、1873、1875、1877、1879、1881、1883、1885、1887、1889、1891、1893、1895、1897、1899、1901、1903、1905、1907、1909、1911、1913、1915、1917、1919、1921、1923、1925、1927、1929、1931、1933、1935、1937、1939、1941、1943、1945、1947、1949、1951、1953、1955、1957、1959、1961、1963、1965、1967、1969、1971、1973、1975、1977、1979、1981、1983、1985、1987、1989、1991、1993、1995、1997、1999、2001、2003、2005、2007、2009、2011、2013、2015、2017、2019、2021、2023、2025、2027、2029、2030、2031、2032、2033、2034、2035、2036、2037、2038、2039、2040、2041、2042、2043、2044、2045、2046、2047、2048、2049、2050、2051、2052、2053、2054、2055、2056、2057、2058、2059、2060、2061、2062、2063、2064、2065、2066、2067、2069、2070、2072、2074、2076、2078、2080、2081、2083、2084、2085、2087、2089、2091、2093、2095、2097、2099、2101、2103、2105、2107、2109、2111、2113、2114、2115、2116、2117、2118、2119、2120、2121、2123、2125、2127、2129、2131、2133、2135、2136、2137、2138、2139、2140、2141、2142、2143、2144、2146、2148、2150、2152、2154、2156、2158、2160、2162、2164、2166、2168、2170、2172、2174、2176、2178、2180、2182、2183、2184、2185、2186、2187、2188、2189、2190、2191、2192、2193、2194、2195、2196、2197、2198、2199、2200、2201、2202、2203、2204、2205、2206、2207、2208、2209、2210、2211、2212、2213、2214、2215、2216、2217、2218、2219、2220、2221、2222、2223、2224、2225、2226、2227、2228、2229、2230、2231、2232、2233、2234、2235、2236、2237、2238、2239、2240、2241、2242、2243、2244、2245、2246、2247、2248、2249、2250、2251、2252、2253、2254、2255、2256、2257、2258、2259、2260、2261、2262、2263、2264、2266、2268、2269、2270、2271、2272、2273、2274、2275、2276、2277、2278、2280、2282、2284、2286、2288、2290、2292、2294、2296、2298、2300、2302、2304、2306、2308、2310、2312、2314、2316、2318、2320、2322、2323、2324、2325、2326、2327、2328、2329、2330、2331、2332、2333、2334、2335、2336、2337、2338、2339、2340、2341、2342、2343、2344、2345、2346、2347、2348、2350、2352、2354、2356、2358、2360、2362、2364、2366、2368、2370、2372、2374、2375、2376、2377、2378、2379、2380、和2381，并且其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光耐受性或SD+EODFR耐受性上具有差异。
3.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含CDI结构域，所述CDI结构域与SEQ ID NO：70的CDI结构域具有70％或更大的序列同一性。
4.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含AUX/IAA结构域，所述AUX/IAA结构域与SEQ ID NO：129或SEQ ID NO：1347的AUX/IAA结构域具有70％或更大的序列同一性。
5.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含同源框结构域，所述同源框结构域与SEQ ID NO：317的同源框结构域具有70％或更大的序列同一性。
6.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含zf_C3HC4结构域，所述zf_C3HC4结构域与SEQ ID NO：337的zf_C3HC4结构域具有70％或更大的序列同一性。
7.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含B框锌指结构域和CCT基序，所述B框锌指结构域与SEQ ID NO：456的B框锌指结构域具有70％或更大的序列同一性，且所述CCT基序与SEQ ID NO：456的CCT基序具有70％或更大的序列同一性。
8.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含FAD结合7结构域和DNA光裂合酶结构域，所述FAD结合7结构域与SEQ ID NO：538或SEQ ID NO：1497的FAD结合7结构域具有70％或更大的序列同一性，且所述DNA光裂合酶结构域与SEQ ID NO：538或SEQ ID NO：1497的DNA光裂合酶结构域具有70％或更大的序列同一性。
9.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含zf_Dof结构域，所述zf_Dof 结构域与SEQ ID NO：606的zf_Dof结构域具有70％或更大的序列同一性。
10.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含AP2结构域，所述AP2结构域与SEQ ID NO：645的AP2结构域具有70％或更大的序列同一性。
11.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含VQ基序，所述VQ基序与SEQ ID NO：850的VQ基序具有70％或更大的序列同一性。
12.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含zf_C2H2结构域，所述zf_C2H2结构域与SEQ ID NO：907的zf_C2H2结构域具有70％或更大的序列同一性。
13.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含TCP结构域，所述TCP结构域与SEQ ID NO：1151的TCP结构域具有70％或更大的序列同一性。
14.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含F框结构域，所述F框结构域与SEQ ID NO：1277的F框结构域具有70％或更大的序列同一性。
15.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含zf_CCCH结构域，所述zf_CCCH结构域与SEQ ID NO：1457的zf_CCCH结构域具有70％或更大的序列同一性。
16.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含POX结构域和同源框结构域，所述POX结构域与SEQ ID NO：1540的POX结构域具有70％或更大的序列同一性，且所述同源框结构域与SEQ ID NO：1540的同源框结构域具有70％或更大的序列同一性。
17.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含HSF型DNA结合域，所述HSF型DNA结合域与SEQ ID NO：1587的HSF型DNA结合域具有70％或更大的序列同一性。
18.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含SAM_1结构域和DRMBL结构域，所述SAM_1结构域与SEQ ID NO：1635的SAM_1结构域具有70％或更大的序列同一性，且所述DRMBL结构域与SEQ ID NO：1635的DRMBL结构域具有70％或更大的序列同一性。
19.一种产生植物的方法，所述方法包括培养包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸包含与核苷酸序列可操作连接的调节区，所述核苷酸序列与选自下组的核苷酸序列或其片段具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：1、2、4、6、8、11、13、15、17、19、21、23、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、50、52、54、56、58、64、66、68、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、92、94、104、106、108、110、112、114、123、125、127、128、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、263、265、267、269、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、305、307、309、311、313、315、316、318、320、322、324、326、328、333、335、336、338、340、342、345、356、358、360、363、369、371、373、375、377、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、517、519、537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、577、581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、627、630、632、633、635、640、642、643、646、648、650、652、654、656、658、660、662、664、666、668、670、672、674、677、679、681、683、685、687、689、691、693、696、698、700、703、705、707、710、715、717、719、722、724、727、729、731、733、735、737、739、746、748、752、754、756、758、760、766、768、770、772、775、777、781、785、787、789、791、793、825、828、836、842、844、846、848、849、852、854、856、858、860、867、869、871、873、875、878、880、882、884、886、888、890、892、894、896、899、901、903、905、906、908、910、912、914、916、918、921、925、927、933、935、942、944、946、951、952、954、956、958、960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、984、986、988、990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1019、1020、1021、1022、1023、1026、1028、1031、1034、1036、1038、1041、1045、1046、1048、1050、1052、1054、1056、1058、1060、1062、1064、1066、1070、1076、1079、1082、1084、1086、1088、1090、1092、1094、1096、1102、1104、1106、1108、1110、1112、1114、1116、1118、1120、1122、1124、1126、1128、1130、1132、1140、1142、1144、1146、1148、1150、1152、1154、1156、1158、1163、1165、1167、1169、1171、1173、1175、1177、1179、1181、1183、1185、1187、1189、1191、1193、1195、1197、1205、1207、1210、1212、1218、1220、1222、1224、1226、1228、1231、1233、1235、1237、1239、1241、1243、1245、1247、1249、1251、1253、1265、1267、1269、1271、1273、1275、1276、1278、1280、1282、1284、1286、1288、1290、1292、1296、1300、1302、1304、1306、1308、1310、1312、1314、1316、1318、1320、1333、1335、1337、1339、1341、1343、1345、1346、1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、1443、1445、1447、1449、1451、1453、1454、1455、1456、1459、1461、1463、1465、1470、1472、1474、1476、1487、1489、1491、1493、1495、1496、1498、1500、1507、1509、1517、1526、1530、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1585、1586、1588、1590、1592、1595、1608、1610、1622、1624、1626、1627、1628、1629、1633、1634、1636、1638、1640、1645、1647、1649、1656、1658、1660、1662、1664、1666、1668、1670、1672、1674、1676、1678、1680、1683、1685、1687、1689、1691、1693、1695、1697、1706、1708、1710、1712、1714、1716、1718、1724、1726、1728、1731、1733、1735、1737、1747、1749、1753、1755、1757、1759、1761、1763、1765、1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、1795、1797、1799、1801、1803、1841、1849、1851、1853、1855、1857、1868、1872、1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、1902、1904、1906、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、1922、1924、1926、1928、1930、1932、1934、1936、1938、1940、1942、1944、1946、1948、1950、1952、1954、1956、1958、1960、1962、1964、1966、1968、1970、1972、1974、1976、1978、1980、1982、1984、1986、1988、1990、1992、1994、1996、1998、2000、2002、2004、2006、2008、2010、2012、2014、2016、2018、2020、2022、2024、2026、2028、2068、2071、2073、2075、2077、2079、2082、2086、2088、2090、2092、2094、2096、2098、2100、2102、2104、2106、2108、2110、2112、2122、2124、2126、2128、2130、2132、2134、2145、2147、2149、2151、2153、2155、2157、2159、2161、2163、2165、2167、2169、2171、2173、2175、2177、2179、2181、2265、2267、2279、2281、2283、2285、2287、2289、2291、2293、2295、2297、2299、2301、2303、2305、2307、2309、2311、2313、2315、2317、2319、2321、2349、2351、2353、2355、2357、2359、2361、2363、2365、2367、2369、2371、和2373，并且其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光耐受性或SD+EODFR耐受性上具有差异。
20.一种在植物中调控低光耐受性的方法，所述方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，其中所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约20，所述HMM基于图1-24之一中描绘的氨基酸序列，并且其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光耐受性上具有差异。
21.一种在植物中调控低光耐受性的方法，所述方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，所述多肽与选自下组的氨基酸序列具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：3、5、7、9、10、12、14、16、18、20、22、24、25、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、49、51、53、55、57、59、60、61、62、63、65、67、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、89、90、91、93、95、96、97、98、99、100、101、102、103、105、107、109、111、113、115、116、117、118、119、120、121、122、124、126、129、130、131、132、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、188、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、262、264、266、268、270、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、306、308、310、312、314、317、319、321、323、325、327、329、330、331、332、334、337、339、341、343、344、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、357、359、361、362、364、365、366、367、368、370、372、374、376、378、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、456、457、458、459、460、462、464、466、468、470、472、474、475、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、491、493、494、495、496、497、498、499、501、503、505、507、508、509、510、511、512、514、515、516、518、520、521、522、523、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、538、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、567、570、572、574、576、578、579、580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、601、603、606、607、608、609、611、613、615、616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、629、631、634、636、637、638、639、641、644、645、647、649、651、653、655、657、659、661、663、665、667、669、671、673、675、676、678、680、682、684、686、688、690、692、694、695、697、699、701、702、704、706、708、709、711、712、713、714、716、718、720、721、723、725、726、728、730、732、734、736、738、740、741、742、743、744、745、747、749、750、751、753、755、757、759、761、762、763、764、765、767、769、771、773、774、776、778、779、780、782、783、784、786、788、790、792、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、826、827、829、830、831、832、833、834、835、837、838、839、840、841、843、845、847、850、851、853、855、857、859、861、862、863、864、865、866、868、870、872、874、876、877、879、881、883、885、887、889、891、893、895、897、898、900、902、904、907、909、911、913、915、917、919、920、922、923、924、926、928、929、930、931、932、934、936、937、938、939、940、941、943、945、947、948、949、950、953、955、957、959、961、963、965、966、967、969、971、973、975、977、979、981、983、985、987、989、991、993、995、997、999、1001、1003、1005、1007、1009、1011、1013、1014、1015、1016、1018、1024、1025、1027、1029、1030、1032、1033、1035、1037、1039、1040、1042、1043、1044、1047、1049、1051、1053、1055、1057、1059、1061、1063、1065、1067、1068、1069、1071、1072、1073、1074、1075、1077、1078、1080、1081、1083、1085、1087、1089、1091、1093、1095、1097、1098、1099、1100、1101、1103、1105、1107、1109、1111、1113、1115、1117、1119、1121、1123、1125、1127、1129、1131、1133、1134、1135、1136、1137、1138、1139、1141、1143、1145、1147、1149、1151、1153、1155、1157、1159、1160、1161、1162、1164、1166、1168、1170、1172、1174、1176、1178、1180、1182、1184、1186、1188、1190、1192、1194、1196、1198、1199、1200、1201、1202、1203、1204、1206、1208、1209、1211、1213、1214、1215、1216、1217、1219、1221、1223、1225、1227、1229、1230、1232、1234、1236、1238、1240、1242、1244、1246、1248、1250、1252、1254、1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、1264、1266、1268、1270、1272、1274、1277、1279、1281、1283、1285、1287、1289、1291、1293、1294、1295、1297、1298、1299、1301、1303、1305、1307、1309、1311、1313、1315、1317、1319、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1334、1336、1338、1340、1342、1344、1347、1349、1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、1372、1374、1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、1399、1401、1402、1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、1440、1442、1444、1446、1448、1450、1452、1457、1458、1460、1462、1464、1466、1467、1468、1469、1471、1473、1475、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1488、1490、1492、1494、1497、1499、1501、1502、1503、1504、1505、1506、1508、1510、1511、1512、1513、1514、1515、1516、1518、1519、1520、1521、1522、1523、1524、1525、1527、1528、1529、1531、1532、1533、1534、1535、1536、1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、1555、1556、1557、1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、1578、1580、1582、1584、1587、1589、1591、1593、1594、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603、1604、1605、1606、1607、1609、1611、1612、1613、1614、1615、1616、1617、1618、1619、1620、1621、1623、1625、1630、1631、1632、1635、1637、1639、1641、1642、1643、1644、1646、1648、1650、1651、1652、1653、1654、1655、1657、1659、1661、1663、1665、1667、1669、1671、1673、1675、1677、1679、1681、1682、1684、1686、1688、1690、1692、1694、1696、1698、1699、1700、1701、1702、1703、1704、1705、1707、1709、1711、1713、1715、1717、1719、1720、1721、1722、1723、1725、1727、1729、1730、1732、1734、1736、1738、1739、1740、1741、1742、1743、1744、1745、1746、1748、1750、1751、1752、1754、1756、1758、1760、1762、1764、1766、1767、1768、1769、1770、1771、1772、1773、1774、1775、1776、1777、1778、1780、1782、1784、1786、1788、1790、1792、1794、1796、1798、1800、1802、1804、1805、1806、1807、1808、1809、1810、1811、1812、1813、1814、1815、1816、1817、1818、1819、1820、1821、1822、1823、1824、1825、1826、1827、1828、1829、1830、1831、1832、1833、1834、1835、1836、1837、1838、1839、1840、1842、1843、1844、1845、1846、1847、1848、1850、1852、1854、1856、1858、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1869、1870、1871、1873、1875、1877、1879、1881、1883、1885、1887、1889、1891、1893、1895、1897、1899、1901、1903、1905、1907、1909、1911、1913、1915、1917、1919、1921、1923、1925、1927、1929、1931、1933、1935、1937、1939、1941、1943、1945、1947、1949、1951、1953、1955、1957、1959、1961、1963、1965、1967、1969、1971、1973、1975、1977、1979、1981、1983、1985、1987、1989、1991、1993、1995、1997、1999、2001、2003、2005、2007、2009、2011、2013、2015、2017、2019、2021、2023、2025、2027、2029、2030、2031、2032、2033、2034、2035、2036、2037、2038、2039、2040、2041、2042、2043、2044、2045、2046、2047、2048、2049、2050、2051、2052、2053、2054、2055、2056、2057、2058、2059、2060、2061、2062、2063、2064、2065、2066、2067、2069、2070、2072、2074、2076、2078、2080、2081、2083、2084、2085、2087、2089、2091、2093、2095、2097、2099、2101、2103、2105、2107、2109、2111、2113、2114、2115、2116、2117、2118、2119、2120、2121、2123、2125、2127、2129、2131、2133、2135、2136、2137、2138、2139、2140、2141、2142、2143、2144、2146、2148、2150、2152、2154、2156、2158、2160、2162、2164、2166、2168、2170、2172、2174、2176、2178、2180、2182、2183、2184、2185、2186、2187、2188、2189、2190、2191、2192、2193、2194、2195、2196、2197、2198、2199、2200、2201、2202、2203、2204、2205、2206、2207、2208、2209、2210、2211、2212、2213、2214、2215、2216、2217、2218、2219、2220、2221、2222、2223、2224、2225、2226、2227、2228、2229、2230、2231、2232、2233、2234、2235、2236、2237、2238、2239、2240、2241、2242、2243、2244、2245、2246、2247、2248、2249、2250、2251、2252、2253、2254、2255、2256、2257、2258、2259、2260、2261、2262、2263、2264、2266、2268、2269、2270、2271、2272、2273、2274、2275、2276、2277、2278、2280、2282、2284、2286、2288、2290、2292、2294、2296、2298、2300、2302、2304、2306、2308、2310、2312、2314、2316、2318、2320、2322、2323、2324、2325、2326、2327、2328、2329、2330、2331、2332、2333、2334、2335、2336、2337、2338、2339、2340、2341、2342、2343、2344、2345、2346、2347、2348、2350、2352、2354、2356、2358、2360、2362、2364、2366、2368、2370、2372、2374、2375、2376、2377、2378、2379、2380、和2381，其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光耐受性上具有差异。
22.一种在植物中调控低光耐受性的方法，所述方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与核苷酸序列可操作连接的调节区，所述核苷酸序列与选自下组的核苷酸序列或其片段具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：1、2、4、6、8、11、13、15、17、19、21、23、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、50、52、54、56、58、64、66、68、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、92、94、104、106、108、110、112、114、123、125、127、128、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、263、265、267、269、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、305、307、309、311、313、315、316、318、320、322、324、326、328、333、335、336、338、340、342、345、356、358、360、363、369、371、373、375、377、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、517、519、537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、577、581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、627、630、632、633、635、640、642、643、646、648、650、652、654、656、658、660、662、664、666、668、670、672、674、677、679、681、683、685、687、689、691、693、696、698、700、703、705、707、710、715、717、719、722、724、727、729、731、733、735、737、739、746、748、752、754、756、758、760、766、768、770、772、775、777、781、785、787、789、791、793、825、828、836、842、844、846、848、849、852、854、856、858、860、867、869、871、873、875、878、880、882、884、886、888、890、892、894、896、899、901、903、905、906、908、910、912、914、916、918、921、925、927、933、935、942、944、946、951、952、954、956、958、960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、984、986、988、990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1019、1020、1021、1022、1023、1026、1028、1031、1034、1036、1038、1041、1045、1046、1048、1050、1052、1054、1056、1058、1060、1062、1064、1066、1070、1076、1079、1082、1084、1086、1088、1090、1092、1094、1096、1102、1104、1106、1108、1110、1112、1114、1116、1118、1120、1122、1124、1126、1128、1130、1132、1140、1142、1144、1146、1148、1150、1152、1154、1156、1158、1163、1165、1167、1169、1171、1173、1175、1177、1179、1181、1183、1185、1187、1189、1191、1193、1195、1197、1205、1207、1210、1212、1218、1220、1222、1224、1226、1228、1231、1233、1235、1237、1239、1241、1243、1245、1247、1249、1251、1253、1265、1267、1269、1271、1273、1275、1276、1278、1280、1282、1284、1286、1288、1290、1292、1296、1300、1302、1304、1306、1308、1310、1312、1314、1316、1318、1320、1333、1335、1337、1339、1341、1343、1345、1346、1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、1443、1445、1447、1449、1451、1453、1454、1455、1456、1459、1461、1463、1465、1470、1472、1474、1476、1487、1489、1491、1493、1495、1496、1498、1500、1507、1509、1517、1526、1530、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1585、1586、1588、1590、1592、1595、1608、1610、1622、1624、1626、1627、1628、1629、1633、1634、1636、1638、1640、1645、1647、1649、1656、1658、1660、1662、1664、1666、1668、1670、1672、1674、1676、1678、1680、1683、1685、1687、1689、1691、1693、1695、1697、1706、1708、1710、1712、1714、1716、1718、1724、1726、1728、1731、1733、1735、1737、1747、1749、1753、1755、1757、1759、1761、1763、1765、1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、1795、1797、1799、1801、1803、1841、1849、1851、1853、1855、1857、1868、1872、1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、1902、1904、1906、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、1922、1924、1926、1928、1930、1932、1934、1936、1938、1940、1942、1944、1946、1948、1950、1952、1954、1956、1958、1960、1962、1964、1966、1968、1970、1972、1974、1976、1978、1980、1982、1984、1986、1988、1990、1992、1994、1996、1998、2000、2002、2004、2006、2008、2010、2012、2014、2016、2018、2020、2022、2024、2026、2028、2068、2071、2073、2075、2077、2079、2082、2086、2088、2090、2092、2094、2096、2098、2100、2102、2104、2106、2108、2110、2112、2122、2124、2126、2128、2130、2132、2134、2145、2147、2149、2151、2153、2155、2157、2159、2161、2163、2165、2167、2169、2171、2173、2175、2177、2179、2181、2265、2267、2279、2281、2283、2285、2287、2289、2291、2293、2295、2297、2299、2301、2303、2305、2307、2309、2311、2313、2315、2317、2319、2321、2349、2351、2353、2355、2357、2359、2361、2363、2365、2367、2369、2371、和2373，其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光耐受性上具有差异。
23.一种在植物中调控SD+EODFR耐受性的方法，所述方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，其中所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约20，所述HMM基于图16或图21-24之一中描绘的氨基酸序列，并且其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在SD+EODFR耐受性上具有差异。
24.一种在植物中调控SD+EODFR耐受性的方法，所述方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，所述多肽与选自下组的氨基酸序列具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：538、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、567、570、572、574、576、578、579、580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、601、603、606、607、608、609、611、613、615、616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、629、631、1347、1349、1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、1372、1374、1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、1399、1401、1402、1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、1440、1442、1444、1446、1448、1450、1452、1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、1555、1556、1557、1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、1578、1580、1582、1584、1679、1681、1682、1748、1750、1751、1752、1850、1852、1854、1856、1858、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1869、1870、1871、1873、1875、1877、1879、1881、1883、1885、1887、1889、1891、1893、1895、1897、1899、1901、1903、1905、1907、2268、2269、2270、2271、2272、2273、2274、2275、2276、2277、和2278，其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在SD+EODFR耐受性上具有差异。
25.一种在植物中调控SD+EODFR耐受性的方法，所述方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与核苷酸序列可操作连接的调节区，所述核苷酸序列与选自下组的核苷酸序列或其片段具有80％或更大的序列同一性：537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、577、581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、627、630、1345、1346、1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、1443、1445、1447、1449、1451、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1678、1680、1747、1749、1849、1851、1853、1855、1857、1868、1872、1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、1902、1904、1906、和2267，其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在SD+EODFR耐受性上具有差异。
26.权利要求2或21中任一项的方法，其中所述多肽选自下组：SEQ IDNO：3、SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：129、SEQ ID NO：317、SEQ ID NO：337、SEQ ID NO：456、SEQ ID NO：538、SEQ ID NO：570、SEQ ID NO：606、SEQ ID NO：634、SEQ ID NO：644、SEQ ID NO：850、SEQ ID NO：907、SEQ ID NO：953、SEQ ID NO：1024、SEQ ID NO：1047、SEQ ID NO：1151、SEQ ID NO：1277、SEQ ID NO：1347、SEQ ID NO：1457、SEQ ID NO：1497、SEQ ID NO：1540、SEQ ID NO：1587、SEQ ID NO：1630、和SEQ ID NO：1635。
27.权利要求20或21之一的方法，其中所述多肽选自下组：SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：129、SEQ ID NO：317、SEQ ID NO：337、SEQ ID NO：456、SEQ ID NO：634、SEQ ID NO：644、SEQ ID NO：850、SEQ ID NO：907、SEQ ID NO：953、SEQ ID NO：1024、SEQ ID NO：1047、SEQ ID NO：1151、SEQ ID NO：1277、SEQ ID NO：1347、SEQ ID NO：1457、SEQ ID NO：1497、SEQ ID NO：1540、SEQ ID NO：1587、SEQ ID NO：1630、和SEQ ID NO：1635。
28.权利要求23或24之一的方法，其中所述多肽选自下组：SEQ ID NO：538、SEQ ID NO：570、SEQ ID NO：606、SEQ ID NO：1347、和SEQ ID NO：1540。
29.包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，其中所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约20，所述HMM基于图1-24之一中描绘的氨基酸序列，并且其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光耐受性或SD+EODFR耐受性上具有差异。
30.包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，所述多肽与选自下组的氨基酸序列具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：3、5、7、9、10、12、14、16、18、20、22、24、25、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、49、51、53、55、57、59、60、61、62、63、65、67、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、89、90、91、93、95、96、97、98、99、100、101、102、103、105、107、109、111、113、115、116、117、118、119、120、121、122、124、126、129、130、131、132、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、188、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、262、264、266、268、270、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、306、308、310、312、314、317、319、321、323、325、327、329、330、331、332、334、337、339、341、343、344、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、357、359、361、362、364、365、366、367、368、370、372、374、376、378、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、456、457、458、459、460、462、464、466、468、470、472、474、475、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、491、493、494、495、496、497、498、499、501、503、505、507、508、509、510、511、512、514、515、516、518、520、521、522、523、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、538、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、567、570、572、574、576、578、579、580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、601、603、606、607、608、609、611、613、615、616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、629、631、634、636、637、638、639、641、644、645、647、649、651、653、655、657、659、661、663、665、667、669、671、673、675、676、678、680、682、684、686、688、690、692、694、695、697、699、701、702、704、706、708、709、711、712、713、714、716、718、720、721、723、725、726、728、730、732、734、736、738、740、741、742、743、744、745、747、749、750、751、753、755、757、759、761、762、763、764、765、767、769、771、773、774、776、778、779、780、782、783、784、786、788、790、792、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、826、827、829、830、831、832、833、834、835、837、838、839、840、841、843、845、847、850、851、853、855、857、859、861、862、863、864、865、866、868、870、872、874、876、877、879、881、883、885、887、889、891、893、895、897、898、900、902、904、907、909、911、913、915、917、919、920、922、923、924、926、928、929、930、931、932、934、936、937、938、939、940、941、943、945、947、948、949、950、953、955、957、959、961、963、965、966、967、969、971、973、975、977、979、981、983、985、987、989、991、993、995、997、999、1001、1003、1005、1007、1009、1011、1013、1014、1015、1016、1018、1024、1025、1027、1029、1030、1032、1033、1035、1037、1039、1040、1042、1043、1044、1047、1049、1051、1053、1055、1057、1059、1061、1063、1065、1067、1068、1069、1071、1072、1073、1074、1075、1077、1078、1080、1081、1083、1085、1087、1089、1091、1093、1095、1097、1098、1099、1100、1101、1103、1105、1107、1109、1111、1113、1115、1117、1119、1121、1123、1125、1127、1129、1131、1133、1134、1135、1136、1137、1138、1139、1141、1143、1145、1147、1149、1151、1153、1155、1157、1159、1160、1161、1162、1164、1166、1168、1170、1172、1174、1176、1178、1180、1182、1184、1186、1188、1190、1192、1194、1196、1198、1199、1200、1201、1202、1203、1204、1206、1208、1209、1211、1213、1214、1215、1216、1217、1219、1221、1223、1225、1227、1229、1230、1232、1234、1236、1238、1240、1242、1244、1246、1248、1250、1252、1254、1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、1264、1266、1268、1270、1272、1274、1277、1279、1281、1283、1285、1287、1289、1291、1293、1294、1295、1297、1298、1299、1301、1303、1305、1307、1309、1311、1313、1315、1317、1319、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1334、1336、1338、1340、1342、1344、1347、1349、1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、1372、1374、1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、1399、1401、1402、1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、1440、1442、1444、1446、1448、1450、1452、1457、1458、1460、1462、1464、1466、1467、1468、1469、1471、1473、1475、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1488、1490、1492、1494、1497、1499、1501、1502、1503、1504、1505、1506、1508、1510、1511、1512、1513、1514、1515、1516、1518、1519、1520、1521、1522、1523、1524、1525、1527、1528、1529、1531、1532、1533、1534、1535、1536、1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、1555、1556、1557、1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、1578、1580、1582、1584、1587、1589、1591、1593、1594、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603、1604、1605、1606、1607、1609、1611、1612、1613、1614、1615、1616、1617、1618、1619、1620、1621、1623、1625、1630、1631、1632、1635、1637、1639、1641、1642、1643、1644、1646、1648、1650、1651、1652、1653、1654、1655、1657、1659、1661、1663、1665、1667、1669、1671、1673、1675、1677、1679、1681、1682、1684、1686、1688、1690、1692、1694、1696、1698、1699、1700、1701、1702、1703、1704、1705、1707、1709、1711、1713、1715、1717、1719、1720、1721、1722、1723、1725、1727、1729、1730、1732、1734、1736、1738、1739、1740、1741、1742、1743、1744、1745、1746、1748、1750、1751、1752、1754、1756、1758、1760、1762、1764、1766、1767、1768、1769、1770、1771、1772、1773、1774、1775、1776、1777、1778、1780、1782、1784、1786、1788、1790、1792、1794、1796、1798、1800、1802、1804、1805、1806、1807、1808、1809、1810、1811、1812、1813、1814、1815、1816、1817、1818、1819、1820、1821、1822、1823、1824、1825、1826、1827、1828、1829、1830、1831、1832、1833、1834、1835、1836、1837、1838、1839、1840、1842、1843、1844、1845、1846、1847、1848、1850、1852、1854、1856、1858、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1869、1870、1871、1873、1875、1877、1879、1881、1883、1885、1887、1889、1891、1893、1895、1897、1899、1901、1903、1905、1907、1909、1911、1913、1915、1917、1919、1921、1923、1925、1927、1929、1931、1933、1935、1937、1939、1941、1943、1945、1947、1949、1951、1953、1955、1957、1959、1961、1963、1965、1967、1969、1971、1973、1975、1977、1979、1981、1983、1985、1987、1989、1991、1993、1995、1997、1999、2001、2003、2005、2007、2009、2011、2013、2015、2017、2019、2021、2023、2025、2027、2029、2030、2031、2032、2033、2034、2035、2036、2037、2038、2039、2040、2041、2042、2043、2044、2045、2046、2047、2048、2049、2050、2051、2052、2053、2054、2055、2056、2057、2058、2059、2060、2061、2062、2063、2064、2065、2066、2067、2069、2070、2072、2074、2076、2078、2080、2081、2083、2084、2085、2087、2089、2091、2093、2095、2097、2099、2101、2103、2105、2107、2109、2111、2113、2114、2115、2116、2117、2118、2119、2120、2121、2123、2125、2127、2129、2131、2133、2135、2136、2137、2138、2139、2140、2141、2142、2143、2144、2146、2148、2150、2152、2154、2156、2158、2160、2162、2164、2166、2168、2170、2172、2174、2176、2178、2180、2182、2183、2184、2185、2186、2187、2188、2189、2190、2191、2192、2193、2194、2195、2196、2197、2198、2199、2200、2201、2202、2203、2204、2205、2206、2207、2208、2209、2210、2211、2212、2213、2214、2215、2216、2217、2218、2219、2220、2221、2222、2223、2224、2225、2226、2227、2228、2229、2230、2231、2232、2233、2234、2235、2236、2237、2238、2239、2240、2241、2242、2243、2244、2245、2246、2247、2248、2249、2250、2251、2252、2253、2254、2255、2256、2257、2258、2259、2260、2261、2262、2263、2264、2266、2268、2269、2270、2271、2272、2273、2274、2275、2276、2277、2278、2280、2282、2284、2286、2288、2290、2292、2294、2296、2298、2300、2302、2304、2306、2308、2310、2312、2314、2316、2318、2320、2322、2323、2324、2325、2326、2327、2328、2329、2330、2331、2332、2333、2334、2335、2336、2337、2338、2339、2340、2341、2342、2343、2344、2345、2346、2347、2348、2350、2352、2354、2356、2358、2360、2362、2364、2366、2368、2370、2372、2374、2375、2376、2377、2378、2379、2380、和2381，其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光耐受性或SD+EODFR耐受性上具有差异。
31.包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸包含与核苷酸序列可操作连接的调节区，所述核苷酸序列与选自下组的核苷酸序列或其片段具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：1、2、4、6、8、11、13、15、17、19、21、23、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、50、52、54、56、58、64、66、68、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、92、94、104、106、108、110、112、114、123、125、127、128、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、263、265、267、269、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、305、307、309、311、313、315、316、318、320、322、324、326、328、333、335、336、338、340、342、345、356、358、360、363、369、371、373、375、377、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、517、519、537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、577、581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、627、630、632、633、635、640、642、643、646、648、650、652、654、656、658、660、662、664、666、668、670、672、674、677、679、681、683、685、687、689、691、693、696、698、700、703、705、707、710、715、717、719、722、724、727、729、731、733、735、737、739、746、748、752、754、756、758、760、766、768、770、772、775、777、781、785、787、789、791、793、825、828、836、842、844、846、848、849、852、854、856、858、860、867、869、871、873、875、878、880、882、884、886、888、890、892、894、896、899、901、903、905、906、908、910、912、914、916、918、921、925、927、933、935、942、944、946、951、952、954、956、958、960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、984、986、988、990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1019、1020、1021、1022、1023、1026、1028、1031、1034、1036、1038、1041、1045、1046、1048、1050、1052、1054、1056、1058、1060、1062、1064、1066、1070、1076、1079、1082、1084、1086、1088、1090、1092、1094、1096、1102、1104、1106、1108、1110、1112、1114、1116、1118、1120、1122、1124、1126、1128、1130、1132、1140、1142、1144、1146、1148、1150、1152、1154、1156、1158、1163、1165、1167、1169、1171、1173、1175、1177、1179、1181、1183、1185、1187、1189、1191、1193、1195、1197、1205、1207、1210、1212、1218、1220、1222、1224、1226、1228、1231、1233、1235、1237、1239、1241、1243、1245、1247、1249、1251、1253、1265、1267、1269、1271、1273、1275、1276、1278、1280、1282、1284、1286、1288、1290、1292、1296、1300、1302、1304、1306、1308、1310、1312、1314、1316、1318、1320、1333、1335、1337、1339、1341、1343、1345、1346、1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、1443、1445、1447、1449、1451、1453、1454、1455、1456、1459、1461、1463、1465、1470、1472、1474、1476、1487、1489、1491、1493、1495、1496、1498、1500、1507、1509、1517、1526、1530、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1585、1586、1588、1590、1592、1595、1608、1610、1622、1624、1626、1627、1628、1629、1633、1634、1636、1638、1640、1645、1647、1649、1656、1658、1660、1662、1664、1666、1668、1670、1672、1674、1676、1678、1680、1683、1685、1687、1689、1691、1693、1695、1697、1706、1708、1710、1712、1714、1716、1718、1724、1726、1728、1731、1733、1735、1737、1747、1749、1753、1755、1757、1759、1761、1763、1765、1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、1795、1797、1799、1801、1803、1841、1849、1851、1853、1855、1857、1868、1872、1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、1902、1904、1906、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、1922、1924、1926、1928、1930、1932、1934、1936、1938、1940、1942、1944、1946、1948、1950、1952、1954、1956、1958、1960、1962、1964、1966、1968、1970、1972、1974、1976、1978、1980、1982、1984、1986、1988、1990、1992、1994、1996、1998、2000、2002、2004、2006、2008、2010、2012、2014、2016、2018、2020、2022、2024、2026、2028、2068、2071、2073、2075、2077、2079、2082、2086、2088、2090、2092、2094、2096、2098、2100、2102、2104、2106、2108、2110、2112、2122、2124、2126、2128、2130、2132、2134、2145、2147、2149、2151、2153、2155、2157、2159、2161、2163、2165、2167、2169、2171、2173、2175、2177、2179、2181、2265、2267、2279、2281、2283、2285、2287、2289、2291、2293、2295、2297、2299、2301、2303、2305、2307、2309、2311、2313、2315、2317、2319、2321、2349、2351、2353、2355、2357、2359、2361、2363、2365、2367、2369、2371、和2373，其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光耐受性或SD+EODFR耐受性上具有差异。
32.一种转基因植物，其包含权利要求29-31中任一项的植物细胞。
33.权利要求32的转基因植物，其中所述植物是选自下组物种的成员：柳枝稷(柳枝稷)(Panicum virgatum(switchgrass))、高粱(高粱，苏丹草)(Sorghum bicolor(sorghum，sudangrass))、奇岗(芒)(Miscanthus giganteus(miscanthus))、甘蔗(能源甘蔗)(Saccharum sp.(energycane))、(Populus(balsamifera(poplar))、玉蜀黍(玉米)(Zea mays(corn))、大豆(大豆)(Glycine max(soybean))、欧洲油菜(芸苔)(Brassica napus(canola))、普通小麦(小麦)(Triticum aestivum(wheat))、陆地棉(棉)(Gossypium hirsutum(cotton))、稻(稻)(Oryza sativa(rice))、向日葵(向日葵)(Helianthus annuus(sunflower))、紫苜蓿(苜蓿)(Medicago sativa(alfalfa))、甜菜(甜菜)(Beta vulgaris(sugarbeet))、或珍珠粟(珍珠粟)(Pennisetum glaucum(pearl millet))。
34.包含权利要求29或30的植物细胞的转基因植物，其中所述多肽选自下组：SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：129、SEQ ID NO：317、SEQ ID NO：337、SEQ ID NO：456、SEQ ID NO：538、SEQ ID NO：570、SEQ ID NO：606、SEQ ID NO：634、SEQ ID NO：644、SEQ ID NO：850、SEQ ID NO：907、SEQ ID NO：953、SEQ ID NO：1024、SEQ ID NO：1047、SEQ ID NO：1151、SEQ ID NO：1277、SEQ ID NO：1347、SEQ ID NO：1457、SEQ ID NO：1497、SEQ ID NO：1540、SEQ ID NO：1587、SEQ ID NO：1630、和SEQ ID NO：1635。
35.分离的核酸，其包含核苷酸序列，该核苷酸序列与选自下组的核苷酸序列具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：4、6、8、11、13、15、17、19、21、23、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、50、52、54、56、58、64、66、68、69、71、73、75、77、81、83、85、87、92、94、106、110、112、114、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、212、214、216、218、220、222、224、228、242、244、248、250、252、256、258、260、263、265、267、269、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、305、307、309、311、313、318、320、322、324、326、328、333、338、340、342、345、356、358、360、363、369、371、373、375、377、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、406、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、461、463、465、467、469、471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、517、519、540、551、553、566、571、573、575、577、581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、610、612、614、619、623、630、635、640、648、650、652、654、656、658、664、666、668、670、672、674、677、679、681、683、687、689、691、693、696、698、700、703、705、707、710、715、717、722、724、727、729、731、733、735、737、739、746、748、752、754、756、758、760、766、768、770、772、775、777、781、785、787、789、791、793、825、828、836、842、846、852、854、856、858、860、867、869、871、873、875、878、880、882、884、886、888、890、892、894、896、899、901、903、908、910、912、914、916、918、921、925、927、933、935、942、944、946、954、956、958、960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、984、986、988、990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1022、1023、1026、1028、1031、1036、1038、1041、1048、1050、1052、1054、1056、1058、1064、1066、1070、1076、1082、1084、1086、1088、1090、1092、1094、1096、1102、1104、1106、1108、1110、1112、1114、1116、1118、1120、1122、1124、1126、1128、1130、1132、1140、1142、1144、1146、1148、1152、1154、1156、1158、1163、1165、1167、1169、1171、1173、1175、1177、1179、1181、1183、1185、1187、1189、1191、1193、1195、1197、1205、1207、1210、1212、1218、1220、1222、1224、1226、1228、1231、1233、1235、1237、1239、1241、1243、1245、1247、1249、1251、1253、1265、1267、1269、1271、1273、1278、1280、1282、1284、1286、1288、1290、1292、1296、1300、1302、1304、1306、1308、1310、1312、1314、1316、1318、1320、1333、1335、1337、1339、1341、1343、1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、1443、1445、1447、1449、1451、1456、1459、1461、1463、1465、1470、1472、1474、1476、1487、1489、1491、1493、1498、1500、1507、1509、1517、1526、1530、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1588、1590、1592、1608、1610、1622、1624、1626、1627、1628、1629、1636、1638、1640、1645、1647、1649、1656、1658、1663、1666、1668、1671、1674、1676、1678、1680、1684、1686、1691、1693、1695、1697、1699、1701、1703、1705、1707、1709、1711、1713、1715、1717、1719、1721、1723、1725、1727、1729、1732、1746、1748、1749、1751、1753、1755、1757、1759、1761、1764、1768、1770、1772、1774、1777、1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、1798、1800、1802、1805、1807、1811、1813、1815、1817、1819、1821、1823、1827、1829、1832、1834、1836、1838、1840、1841、1868、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、1940、1948、1950、1952、1954、1958、1960、1962、1964、1966、1998、2000、2002、2004、2008、2014、2020、2022、2026、2028、2071、2073、2075、2077、2079、2082、2086、2088、2090、2092、2094、2096、2104、2106、2110、2122、2126、2128、2134、2145、2147、2149、2151、2153、2155、2157、2167、2169、2171、2175、2177、2179、2181、2265、2267、2279、2281、2283、2285、2287、2289、2291、2295、2297、2305、2307、2309、2311、2313、2319、2321、2349、2361、2363、2365、2369、2371、和2373。
36.分离的核酸，其包含编码多肽的核苷酸序列，所述多肽与选自下组的氨基酸序列具有80％或更大的序列同一性：SEQ ID NO：5、7、9、10、12、14、16、18、20、22、24、25、26、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、49、51、53、55、57、59、60、61、62、63、65、67、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、89、90、91、93、95、96、97、98、99、100、101、102、103、107、109、111、113、115、116、117、118、119、120、121、122、124、130、131、132、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、188、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、262、264、266、268、270、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、306、308、310、312、314、319、321、323、325、327、329、330、331、332、334、339、341、343、344、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、357、359、361、362、364、365、366、367、368、370、372、374、376、378、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、457、458、459、460、462、464、466、468、470、472、474、475、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、491、493、494、495、496、497、498、499、501、503、505、507、508、509、510、511、512、514、515、516、518、520、521、522、523、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、567、572、574、576、578、579、580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、601、603、607、608、609、611、613、615、616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、629、631、636、637、638、639、641、647、649、651、653、655、657、659、661、663、665、667、669、671、673、675、676、678、680、682、684、686、688、690、692、694、695、697、699、701、702、704、706、708、709、711、712、713、714、716、718、720、721、723、725、726、728、730、732、734、736、738、740、741、742、743、744、745、747、749、750、751、753、755、757、759、761、762、763、764、765、767、769、771、773、774、776、778、779、780、782、783、784、786、788、790、792、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、826、827、829、830、831、832、833、834、835、837、838、839、840、841、843、847、851、853、855、857、859、861、862、863、864、865、866、868、870、872、874、876、877、879、881、883、885、887、889、891、893、895、897、898、900、902、904、909、911、913、915、917、919、920、922、923、924、926、928、929、930、931、932、934、936、937、938、939、940、941、943、945、947、948、949、950、955、957、959、961、963、965、966、967、969、971、973、975、977、979、981、983、985、987、989、991、993、995、997、999、1001、1003、1005、1007、1009、1011、1013、1014、1015、1016、1018、1027、1029、1030、1032、1033、1037、1039、1040、1042、1043、1044、1049、1051、1053、1055、1057、1059、1061、1063、1065、1067、1068、1069、1071、1072、1073、1074、1075、1077、1078、1081、1083、1085、1087、1089、1091、1093、1095、1097、1098、1099、1100、1101、1103、1105、1107、1109、1111、1113、1115、1117、1119、1121、1123、1125、1127、1129、1131、1133、1134、1135、1136、1137、1138、1139、1141、1143、1145、1147、1149、1153、1155、1157、1159、1160、1161、1162、1164、1166、1168、1170、1172、1174、1176、1178、1180、1182、1184、1186、1188、1190、1192、1194、1196、1198、1199、1200、1201、1202、1203、1204、1206、1208、1209、1211、1213、1214、1215、1216、1217、1219、1221、1223、1225、1227、1229、1230、1232、1234、1236、1238、1240、1242、1244、1246、1248、1250、1252、1254、1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、1264、1266、1268、1270、1272、1274、1279、1281、1283、1285、1287、1289、1291、1293、1294、1295、1297、1298、1299、1301、1303、1305、1307、1309、1311、1313、1315、1317、1319、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1334、1336、1338、1340、1342、1344、1349、1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、1372、1374、1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、1399、1401、1402、1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、1440、1442、1444、1446、1448、1450、1452、1460、1462、1464、1466、1467、1468、1469、1471、1473、1475、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1488、1490、1492、1494、1499、1501、1502、1503、1504、1505、1506、1508、1510、1511、1512、1513、1514、1515、1516、1518、1519、1520、1521、1522、1523、1524、1525、1527、1528、1529、1531、1532、1533、1534、1535、1536、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、1555、1556、1557、1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、1578、1580、1582、1584、1589、1591、1593、1594、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603、1604、1605、1606、1607、1609、1611、1612、1613、1614、1615、1616、1617、1618、1619、1620、1621、1623、1625、1630、1631、1632、1637、1637、1639、1639、1641、1642、1643、1644、1646、1648、1650、1651、1651、1652、1652、1653、1653、1654、1654、1655、1655、1657、1657、1659、1659、1664、1665、1667、1669、1670、1672、1673、1675、1677、1679、1681、1682、1683、1685、1687、1692、1694、1696、1698、1700、1702、1704、1706、1708、1710、1712、1714、1716、1718、1720、1722、1724、1726、1728、1730、1731、1733、1734、1735、1736、1737、1738、1739、1740、1741、1742、1743、1744、1745、1747、1750、1752、1754、1756、1758、1760、1762、1763、1765、1766、1767、1769、1771、1773、1775、1776、1778、1780、1782、1784、1786、1788、1790、1792、1794、1799、1801、1803、1804、1806、1808、1809、1810、1812、1814、1816、1818、1820、1822、1824、1825、1826、1828、1830、1831、1833、1835、1837、1839、1842、1843、1844.、1869、1909、1911、1913、1915、1917、1919、1921、1941、1949、1951、1953、1955、1959、1961、1963、1965、1967、1999、2001、2003、2005、2009、2015、2021、2023、2027、2029、2072、2074、2076、2078、2080、2083、2087、2089、2091、2093、2095、2097、2105、2107、2111、2123、2127、2129、2135、2146、2148、2150、2152、2154、2156、2158、2168、2170、2172、2176、2178、2180、2182、2266、2268、2280、2282、2284、2286、2288、2290、2292、2296、2298、2306、2308、2310、2312、2314、2320、2322、2350、2362、2364、2366、2370、2372、和2374。
37.鉴定多态性是否与低光或SD+EODFR耐受性变化有关的方法，所述方法包括：
a)确定植物群体中的一种或多种遗传多态性是否与选自下组的多肽的基因座有关：图1-24中所描绘的多肽及其功能同源物；并
b)测量所述群体的植物中的所述低光或SD+EODFR耐受性变化与所述群体的植物中所述一种或多种遗传多态性的存在之间的关联，由此鉴定所述一种或多种遗传多态性是否与所述低光或SD+EODFR耐受性变化有关。
38.产生植物品系的方法，所述方法包括：
a)确定植物群体中的一种或多种遗传多态性是否与选自下组的多肽的基因座有关：图1-24中所描绘的多肽及其功能同源物；
b)在所述群体中鉴定一株或多株植物，其中在所述一种或多种遗传多态性上的至少一种等位基因的存在与低光或SD+EODFR耐受性变化有关；
c)将每株所述一种或多种鉴定的植物与其自身或不同植物杂交以产生种子；
d)将至少一株自所述种子生长的后代植物与其自身或不同植物杂交；并
e)将步骤c)和d)再重复0-5代以产生所述植物品系，其中所述至少一种等位基因存在于所述植物品系中。
39.权利要求37或38的方法，其中所述群体是柳枝稷、高粱、甘蔗、或芒属植物的群体。
40.产生植物的方法，所述方法包括培养包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸有效下调所述植物细胞中的内源核酸，其中所述内源核酸编码多肽，并且其中所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约210，所述HMM基于图6、图11、和图21之一中描绘的氨基酸序列，并且其中与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在红光特异性响应上具有差异。
41.权利要求40的方法，其中与不含所述外源核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物具有下胚轴长度的增加。
42.包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸有效下调所述植物细胞中的内源核酸，其中所述内源核酸编码多肽，并且其中所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约210，所述HMM基于图6、图11、和图21之一中描绘的氨基酸序列。
43.包含权利要求41的植物细胞的转基因植物，其中与不包含所述植物细胞的对照植物相比，所述植物具有下胚轴长度的增加。
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